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SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_011189689.1 NCBI__GCF_000025945.1:WP_011189689.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2wc3A Structure of family 1 beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with 3-imino-2-oxa-(+)-8-epi-castanospermine (see paper)
43% identity, 94% coverage: 28:485/486 of query aligns to 1:441/442 of 2wc3A

query
sites
2wc3A

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binding (3Z,5S,6R,7S,8S,8aR)-3-(octylimino)hexahydro[1,3]oxazolo[3,4-a]pyridine-5,6,7,8-tetrol: Q19 (= Q46), H120 (= H147), N164 (= N191), E165 (= E192), Y294 (= Y333), H297 (≠ K336), W321 (= W364), E348 (= E392), W395 (= W439), E402 (= E446), W403 (= W447), F411 (= F455)

1oinA Family 1 b-glucosidase from thermotoga maritima (see paper)
43% identity, 94% coverage: 28:485/486 of query aligns to 1:441/442 of 1oinA

query
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1oinA

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binding 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose: Q19 (= Q46), H120 (= H147), N164 (= N191), E165 (= E192), Y294 (= Y333), E348 (= E392), W395 (= W439), E402 (= E446), W403 (= W447)

2jalB Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with cyclophellitol (see paper)
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2j75A

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6z1mA Structure of an ancestral glycosidase (family 1) bound to heme (see paper)
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6z1mA

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binding protoporphyrin ix containing fe: P164 (≠ F193), N165 (≠ Q194), L194 (≠ T235), L195 (≠ V236), L218 (≠ E260), L220 (≠ M262), N244 (= N286), F247 (= F289), K253 (≠ T295), Y256 (= Y298), L288 (≠ V325), R318 (≠ L378), Y323 (≠ W383)
binding magnesium ion: H346 (≠ Y408), K409 (≠ L471)

5ossB Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with gluco-1h- imidazole (see paper)
43% identity, 94% coverage: 29:485/486 of query aligns to 1:442/443 of 5ossB

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5ossB

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binding (4~{S},5~{S},6~{R},7~{R})-7-(hydroxymethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1~{H}-benzimidazole-4,5,6-triol: Q18 (= Q46), H119 (= H147), E164 (= E192), Y293 (= Y333), E349 (= E392), W396 (= W439), E403 (= E446), W404 (= W447), F412 (= F455)

5n6tA Thermotoga maritima family 1 glycoside hydrolase complexed with a cyclophellitol analogue transition state mimic (see paper)
43% identity, 94% coverage: 29:485/486 of query aligns to 1:442/443 of 5n6tA

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sites
5n6tA

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5n6sA Thermotoga maritima family 1 glycoside hydrolase complexed with carba- cyclophellitol transition state mimic (see paper)
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5n6sA

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2wc4A Structure of family 1 beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with 3-imino-2-thia-(+)-castanospermine (see paper)
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2wbgA Structure of family 1 beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with 3-imino-2-oxa-(+)-castanospermine (see paper)
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1oifA Family 1 b-glucosidase from thermotoga maritima (see paper)
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1w3jA Family 1 b-glucosidase from thermotoga maritima in complex with tetrahydrooxazine (see paper)
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2j79A Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with galacto- hydroximolactam (see paper)
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2j7dA Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with methoxycarbonyl-substituted glucoimidazole (see paper)
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binding methoxycarbonyl-substituted glucoimidazole: Q18 (= Q46), H119 (= H147), E164 (= E192), N220 (≠ C264), Y289 (= Y333), W316 (= W364), E343 (= E392), W390 (= W439), E397 (= E446), W398 (= W447), F406 (= F455)

2j7cA Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with phenylaminomethyl-derived glucoimidazole (see paper)
43% identity, 94% coverage: 29:485/486 of query aligns to 1:436/437 of 2j7cA

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sites
2j7cA

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GHNAVL

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SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory