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SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_011317041.1 NCBI__GCF_000204075.1:WP_011317041.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P77961 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
78% identity, 100% coverage: 3:474/474 of query aligns to 4:473/473 of P77961

query
sites
P77961

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E134 (= E133) binding Mg(2+)
E215 (= E216) binding Mg(2+)
E223 (= E224) binding Mg(2+)
E361 (= E362) binding Mn(2+)

3ng0A Crystal structure of glutamine synthetase from synechocystis sp. Pcc 6803
77% identity, 100% coverage: 3:474/474 of query aligns to 2:465/465 of 3ng0A

query
sites
3ng0A

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active site: D51 (= D52), E130 (= E131), E132 (= E133), E213 (= E216), E221 (= E224), H270 (= H273), R340 (= R343), E359 (= E362), R361 (= R364)
binding phosphoaminophosphonic acid-adenylate ester: Y126 (≠ F127), E130 (= E131), K209 (= K212), I224 (≠ F227), F226 (= F229), H272 (= H275), S274 (= S277), R340 (= R343), R345 (= R348), R357 (= R360)
binding manganese (ii) ion: E130 (= E131), E132 (= E133), E213 (= E216), E221 (= E224), H270 (= H273), E359 (= E362), R361 (= R364)

1htoA Crystallographic structure of a relaxed glutamine synthetase from mycobacterium tuberculosis (see paper)
57% identity, 100% coverage: 3:474/474 of query aligns to 4:477/477 of 1htoA

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1htoA

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binding adenosine monophosphate: Y128 (≠ F127), G130 (= G129), E132 (= E131), F231 (= F229), H277 (= H275), S279 (= S277), R363 (= R360)
binding manganese (ii) ion: E132 (= E131), H275 (= H273), E365 (= E362)

P9WN39 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 5 papers)
57% identity, 100% coverage: 3:474/474 of query aligns to 5:478/478 of P9WN39

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sites
P9WN39

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E133 (= E131) binding Mg(2+)
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Y406 (= Y402) modified: O-AMP-tyrosine; mutation to F: Unable to be adenylylated.

Sites not aligning to the query:

1 modified: Initiator methionine, Removed

4acfA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with imidazopyridine inhibitor ((4-(6-bromo-3- (butylamino)imidazo(1,2-a)pyridin-2-yl)phenoxy) acetic acid) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate.
57% identity, 100% coverage: 3:474/474 of query aligns to 2:475/475 of 4acfA

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sites
4acfA

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active site: D51 (= D52), E130 (= E131), E132 (= E133), E216 (= E216), E224 (= E224), H273 (= H273), R344 (= R343), E363 (= E362), R365 (= R364)
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binding magnesium ion: E130 (= E131), E130 (= E131), E132 (= E133), E216 (= E216), E224 (= E224), E224 (= E224), H273 (= H273), E363 (= E362)
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3zxvA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (4-(2-tert-butyl- 4-(6-methoxynaphthalen-2-yl)-1h-imidazol-5-yl)pyridin-2-amine) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate (see paper)
57% identity, 100% coverage: 3:474/474 of query aligns to 2:475/475 of 3zxvA

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sites
3zxvA

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3zxrA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (3-(2-tert-butyl- 5-(pyridin-4-yl)-1h-imidazol-4-yl)quinoline) and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
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2bvcA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a transition state mimic (see paper)
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binding adenosine-5'-diphosphate: E130 (= E131), E211 (= E211), K212 (= K212), N226 (≠ G226), F229 (= F229), H275 (= H275), S277 (= S277), R344 (= R343), R349 (= R348), R361 (= R360), E363 (= E362)
binding magnesium ion: E130 (= E131), E130 (= E131), E132 (= E133), E216 (= E216), E224 (= E224), E224 (= E224), H273 (= H273), E363 (= E362)
binding l-methionine-s-sulfoximine phosphate: E130 (= E131), E132 (= E133), E216 (= E216), E224 (= E224), G269 (= G269), H273 (= H273), R326 (= R325), E332 (= E331), R344 (= R343), R365 (= R364)

2whiA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a purine analogue inhibitor and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
57% identity, 100% coverage: 3:474/474 of query aligns to 3:476/476 of 2whiA

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2whiA

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A0R079 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
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A0R079

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