SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011337253.1 NCBI__GCF_000015985.1:WP_011337253.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 12 hits to proteins with known functional sites (download)

1q8jA Cobalamin-dependent methionine synthase (1-566) from thermotoga maritima (cd2+, hcy, methyltetrahydrofolate complex) (see paper)
33% identity, 87% coverage: 5:296/335 of query aligns to 7:290/559 of 1q8jA

query
sites
1q8jA
L
 
V
S
 
S
R
 
K
L
 
L
L
 
L
R
 
S
T
 
E
R
 
R
D
 
-
W
 
V
L
 
L
M
 
L
A
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
T
 
Y
G
 
G
T
 
T
N
 
E
L
 
F
F
 
M
N
 
K
M
 
Y
G
 
G
L
 
Y
S
 
D
S
 
-
G
 
-
E
 
D
P
 
L
P
 
P
E
 
E
L
 
E
W
 
L
T
 
N
V
 
I
D
 
K
R
 
A
P
 
P
D
 
D
N
 
V
I
 
V
R
 
L
S
 
K
L
 
V
Y
 
H
R
 
R
A
 
S
A
 
Y
V
 
I
E
 
E
A
 
S
G
 
G
S
 
S
D
 
D
I
 
V
F
 
I
L
 
L
T
 
T
N
 
N
S
 
T
F
 
F
G
 
G
G
 
A
N
 
T
A
 
R
A
 
M
R
 
K
L
 
L
K
 
R
L
 
K
H
 
H
E
 
G
A
 
L
Q
 
E
G
 
D
R
 
K
V
 
L
G
 
D
E
 
P
L
 
I
N
 
V
R
 
R
I
 
N
A
 
A
A
 
V
E
 
R
L
 
I
G
 
A
R
 
R
E
 
R
V
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
A
A
 
A
G
 
G
R
 
E
P
 
K
V
 
L
V
 
V
V
 
F
A
 
-
G
 
G
S
 
D
M
 
I
G
 
G
P
 
P
T
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
L
F
 
P
E
 
Y
P
 
P
M
 
L
G
 
G
T
 
S
L
 
T
T
 
L
H
 
F
R
 
E
M
 
E
A
 
F
V
 
Y
E
 
E
I
 
N
F
 
F
H
 
R
E
 
E
Q
 
T
A
 
V
E
 
E
A
 
I
L
 
M
K
 
V
A
 
E
G
 
E
G
 
G
A
 
V
D
 
D
V
 
G
L
 
I
W
 
I
V
 
F
E
 
E
T
 
T
I
 
F
S
 
S
A
 
D
A
 
I
E
 
L
E
 
E
F
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
V
E
 
L
A
 
A
A
 
A
R
 
R
L
 
E
A
 
V
G
 
S
-
 
R
-
 
D
M
 
V
P
 
F
W
 
L
C
 
I
G
 
A
T
 
H
M
 
M
S
 
T
F
 
F
D
 
D
T
 
E
A
 
K
G
 
G
R
 
R
T
 
S
M
 
L
M
 
T
G
 
G
I
 
T
T
 
D
A
 
P
A
 
A
A
 
N
L
 
F
V
 
A
D
 
I
L
 
T
V
 
F
T
 
D
K
 
E
L
 
L
P
 
D
N
 
I
P
 
D
P
 
-
L
 
-
A
 
A
F
 
L
G
 
G
A
 
I
N
 
N
C
 
C
G
 
S
V
 
L
G
 
G
A
 
P
S
 
E
D
 
E
L
 
I
L
 
L
R
 
-
T
 
P
V
 
I
L
 
F
G
 
Q
F
 
E
A
 
L
A
 
S
Q
 
Q
G
 
Y
I
 
T
E
 
D
V
 
K
P
 
F
I
 
L
I
 
V
A
 
V
K
 
E
G
 
P
N
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
K
P
 
P
K
 
I
Y
 
V
H
 
E
D
 
N
G
 
G
H
 
K
I
 
T
H
 
V
Y
 
Y
D
 
P
G
 
L
T
 
K
P
 
P
E
 
H
L
 
D
M
 
F
A
 
A
E
 
V
Y
 
H
A
 
I
V
 
D
L
 
S
A
 
Y
R
 
Y
D
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
V
R
 
N
I
 
I
I
 
F
G
 
G
G
 
G
C
 
C
C
 
C
G
 
G
T
 
T
M
 
T
P
 
P
E
 
E
H
 
H
L
 
V
K
 
K
A
 
L
M
 
F
R
 
R
A
 
K
A
 
V
L
 
L
E
 
G
G
 
N
R
 
R

Sites not aligning to the query:

3bofA Cobalamin-dependent methionine synthase (1-566) from thermotoga maritima complexed with zn2+ and homocysteine (see paper)
33% identity, 87% coverage: 5:296/335 of query aligns to 7:290/560 of 3bofA

query
sites
3bofA
L
 
V
S
 
S
R
 
K
L
 
L
L
 
L
R
 
S
T
 
E
R
 
R
D
 
-
W
 
V
L
 
L
M
 
L
A
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
T
 
Y
G
 
G
T
 
T
N
 
E
L
 
F
F
 
M
N
 
K
M
 
Y
G
 
G
L
 
Y
S
 
D
S
 
-
G
 
-
E
 
D
P
 
L
P
 
P
E
 
E
L
 
E
W
 
L
T
 
N
V
 
I
D
 
K
R
 
A
P
 
P
D
 
D
N
 
V
I
 
V
R
 
L
S
 
K
L
 
V
Y
 
H
R
 
R
A
 
S
A
 
Y
V
 
I
E
 
E
A
 
S
G
 
G
S
 
S
D
 
D
I
 
V
F
 
I
L
 
L
T
 
T
N
 
N
S
 
T
F
 
F
G
 
G
G
 
A
N
 
T
A
 
R
A
 
M
R
 
K
L
 
L
K
 
R
L
 
K
H
 
H
E
 
G
A
 
L
Q
 
E
G
 
D
R
 
K
V
 
L
G
 
D
E
 
P
L
 
I
N
 
V
R
 
R
I
 
N
A
 
A
A
 
V
E
 
R
L
 
I
G
 
A
R
 
R
E
 
R
V
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
A
A
 
A
G
 
G
R
 
E
P
 
K
V
 
L
V
 
V
V
 
F
A
 
-
G
 
G
S
 
D
M
 
I
G
 
G
P
 
P
T
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
L
F
 
P
E
 
Y
P
 
P
M
 
L
G
 
G
T
 
S
L
 
T
T
 
L
H
 
F
R
 
E
M
 
E
A
 
F
V
 
Y
E
 
E
I
 
N
F
 
F
H
 
R
E
 
E
Q
 
T
A
 
V
E
 
E
A
 
I
L
 
M
K
 
V
A
 
E
G
 
E
G
 
G
A
 
V
D
 
D
V
 
G
L
 
I
W
 
I
V
 
F
E
 
E
T
 
T
I
 
F
S
 
S
A
 
D
A
 
I
E
 
L
E
 
E
F
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
V
E
 
L
A
 
A
A
 
A
R
 
R
L
 
E
A
 
V
G
 
S
-
 
R
-
 
D
M
 
V
P
 
F
W
 
L
C
 
I
G
 
A
T
 
H
M
 
M
S
 
T
F
 
F
D
 
D
T
 
E
A
 
K
G
 
G
R
 
R
T
 
S
M
 
L
M
 
T
G
 
G
I
 
T
T
 
D
A
 
P
A
 
A
A
 
N
L
 
F
V
 
A
D
 
I
L
 
T
V
 
F
T
 
D
K
 
E
L
 
L
P
 
D
N
 
I
P
 
D
P
 
-
L
 
-
A
 
A
F
 
L
G
 
G
A
 
I
N
 
N
C
|
C
G
 
S
V
 
L
G
 
G
A
 
P
S
 
E
D
 
E
L
 
I
L
 
L
R
 
-
T
 
P
V
 
I
L
 
F
G
 
Q
F
 
E
A
 
L
A
 
S
Q
 
Q
G
 
Y
I
 
T
E
 
D
V
 
K
P
 
F
I
 
L
I
 
V
A
 
V
K
 
E
G
 
P
N
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
K
P
 
P
K
 
I
Y
 
V
H
 
E
D
 
N
G
 
G
H
 
K
I
 
T
H
 
V
Y
 
Y
D
 
P
G
 
L
T
 
K
P
 
P
E
 
H
L
 
D
M
 
F
A
 
A
E
 
V
Y
 
H
A
 
I
V
 
D
L
 
S
A
 
Y
R
 
Y
D
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
V
R
 
N
I
 
I
I
 
F
G
 
G
G
 
G
C
|
C
C
 
C
G
 
G
T
 
T
M
 
T
P
 
P
E
 
E
H
 
H
L
 
V
K
 
K
A
 
L
M
 
F
R
 
R
A
 
K
A
 
V
L
 
L
E
 
G
G
 
N
R
 
R

8g3hA Structure of cobalamin-dependent methionine synthase (meth) in a resting state (see paper)
31% identity, 84% coverage: 15:297/335 of query aligns to 14:305/841 of 8g3hA

query
sites
8g3hA
L
 
L
M
 
V
A
 
F
D
 
D
G
 
G
A
 
A
T
 
M
G
 
G
T
 
T
N
 
E
L
 
L
F
 
Q
N
 
K
M
 
R
G
 
D
L
 
L
S
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
D
S
 
Y
G
 
G
E
 
E
P
 
E
-
 
A
-
 
Y
-
 
Y
-
 
G
-
 
C
P
 
P
E
 
E
L
 
V
W
 
L
T
 
N
V
 
R
D
 
T
R
 
R
P
 
P
D
 
D
N
 
V
I
 
V
R
 
R
S
 
E
L
 
I
Y
 
H
R
 
L
A
 
S
A
 
Y
V
 
L
E
 
E
A
 
A
G
 
G
S
 
A
D
 
E
I
 
V
F
 
I
L
 
E
T
 
T
N
 
N
S
 
S
F
 
F
G
 
G
G
 
A
N
 
L
A
 
R
A
 
H
R
 
V
L
 
L
K
 
A
L
 
E
H
 
Y
E
 
G
A
 
L
Q
 
G
G
 
E
R
 
E
V
 
A
G
 
E
E
 
E
L
 
L
N
 
A
R
 
Y
I
 
R
A
 
A
A
 
A
E
 
R
L
 
I
G
 
A
R
 
K
E
 
E
V
 
A
A
 
A
D
 
E
A
 
P
A
 
Y
G
 
G
R
 
-
P
 
-
V
 
A
V
 
F
V
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
A
M
 
L
G
 
G
P
 
P
T
 
-
G
 
G
E
 
T
I
 
K
F
 
L
E
 
V
P
 
S
M
 
L
G
 
G
T
 
Q
L
 
I
T
 
S
H
 
W
R
 
E
M
 
E
A
 
L
V
 
F
E
 
S
I
 
A
F
 
Y
H
 
K
E
 
E
Q
 
A
A
 
V
E
 
R
A
 
G
L
 
L
K
 
V
A
 
R
G
 
G
G
 
G
A
 
V
D
 
D
V
 
L
L
 
I
W
 
L
V
 
L
E
 
E
T
 
T
I
 
A
S
 
Q
A
 
D
A
 
I
E
 
L
E
 
Q
F
 
V
K
 
R
A
 
C
A
 
A
A
 
V
E
 
L
A
 
A
A
 
A
R
 
R
L
 
E
A
 
A
-
 
M
-
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
G
-
 
V
G
 
E
M
 
L
P
 
P
W
 
L
C
 
Q
G
 
V
T
 
Q
M
 
V
S
 
T
F
 
F
D
 
E
T
 
A
A
 
T
G
 
G
R
 
T
T
 
M
M
 
L
M
 
V
G
 
G
I
 
T
T
 
D
A
 
E
A
 
Q
A
 
A
L
 
A
V
 
L
D
 
A
L
 
A
V
 
L
T
 
E
K
 
S
L
 
L
P
 
P
N
 
I
P
 
D
P
 
-
L
 
-
A
 
V
F
 
V
G
 
G
A
 
M
N
 
N
C
 
C
G
 
A
V
 
T
G
 
G
A
 
-
S
 
P
D
 
D
L
 
L
L
 
M
R
 
D
T
 
A
V
 
K
L
 
I
G
 
R
F
 
Y
A
 
F
A
 
A
Q
 
Q
G
 
E
I
 
S
E
 
T
V
 
R
P
 
F
I
 
V
I
 
A
A
 
C
K
 
L
G
 
P
N
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
L
P
 
P
K
 
R
Y
 
N
H
 
E
D
 
G
G
 
G
H
 
R
I
 
V
H
 
V
Y
 
Y
D
 
D
G
 
L
T
 
T
P
 
P
E
 
E
L
 
E
M
 
L
A
 
A
E
 
R
Y
 
W
A
 
H
V
 
L
-
 
K
L
 
F
A
 
V
R
 
T
D
 
E
A
 
Y
G
 
G
A
 
V
R
 
N
I
 
A
I
 
V
G
 
G
G
 
G
C
 
C
C
 
C
G
 
G
T
 
T
M
 
G
P
 
P
E
 
E
H
 
H
L
 
I
K
 
R
A
 
K
M
 
V
R
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
V
E
 
G
G
 
G
R
 
R
P
 
P

Sites not aligning to the query:

Q99707 Methionine synthase; MS; 5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase; Cobalamin-dependent methionine synthase; Vitamin-B12 dependent methionine synthase; EC 2.1.1.13 from Homo sapiens (Human) (see 6 papers)
29% identity, 79% coverage: 37:300/335 of query aligns to 68:346/1265 of Q99707

query
sites
Q99707
E
 
D
L
 
I
W
 
L
T
 
S
V
 
I
D
 
T
R
 
Q
P
 
P
D
 
D
N
 
V
I
 
I
R
 
Y
S
 
Q
L
 
I
Y
 
H
R
 
K
A
 
E
A
 
Y
V
 
L
E
 
L
A
 
A
G
 
G
S
 
A
D
 
D
I
 
I
F
 
I
L
 
E
T
 
T
N
 
N
S
 
T
F
 
F
G
 
S
G
 
S
N
 
T
A
 
S
A
 
I
R
 
A
L
 
Q
K
 
A
L
 
D
H
 
Y
E
 
G
A
 
L
Q
 
E
G
 
H
R
 
L
V
 
A
G
 
Y
E
 
R
L
 
M
N
 
N
R
 
M
I
 
C
A
 
S
A
 
A
E
 
G
L
 
V
G
 
A
R
 
R
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
T
D
 
L
A
 
Q
A
 
T
G
 
G
R
 
I
P
 
K
V
 
R
V
 
F
V
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
A
M
 
L
G
 
G
P
 
P
T
 
T
G
 
N
E
 
K
I
 
T
F
 
L
E
 
S
-
 
V
-
 
S
-
 
P
-
 
S
-
 
V
-
 
E
-
 
R
-
 
P
P
 
D
M
 
Y
G
 
R
T
 
N
L
 
I
T
 
T
H
 
F
R
 
D
M
 
E
A
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
A
F
 
Y
H
 
Q
E
 
E
Q
 
Q
A
 
A
E
 
K
A
 
G
L
 
L
K
 
L
A
 
D
G
 
G
G
 
G
A
 
V
D
 
D
V
 
I
L
 
L
W
 
L
V
 
I
E
 
E
T
 
T
I
 
I
S
 
F
A
 
D
A
 
T
E
 
A
E
 
N
F
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
L
E
 
F
A
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
N
-
 
L
-
 
F
-
 
E
A
 
E
R
 
K
L
 
Y
A
 
A
G
 
P
M
 
R
P
 
P
-
 
I
-
 
F
W
 
I
C
 
S
G
 
G
T
 
T
M
 
I
S
 
-
F
 
V
D
 
D
T
 
K
A
 
S
G
 
G
R
 
R
T
 
T
M
 
L
M
 
S
G
 
G
I
 
Q
T
 
T
A
 
G
A
 
E
A
 
G
L
 
F
V
 
V
D
 
I
L
 
S
V
 
V
T
 
S
K
 
H
L
 
-
P
 
-
N
 
G
P
 
E
P
 
P
L
 
L
A
x
C
F
 
I
G
 
G
A
 
L
N
 
N
C
 
C
G
 
A
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
A
D
 
E
L
 
-
L
 
M
R
 
R
T
 
P
V
 
F
L
 
I
G
 
E
F
 
I
A
 
I
A
 
G
Q
 
K
G
 
C
I
 
T
E
 
T
V
 
A
P
 
Y
I
 
V
I
 
L
A
 
C
K
 
Y
G
 
P
N
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
L
P
 
P
K
 
N
Y
 
T
H
 
F
D
 
G
G
 
D
H
 
-
I
 
-
H
 
-
Y
 
Y
D
 
D
G
 
E
T
 
T
P
 
P
E
 
S
L
 
M
M
 
M
A
 
A
E
 
K
Y
 
H
A
 
L
V
 
K
-
 
D
L
 
F
A
 
A
R
 
M
D
 
D
A
 
G
G
 
L
A
 
V
R
 
N
I
 
I
I
 
V
G
 
G
G
 
G
C
 
C
C
 
C
G
 
G
T
 
S
M
 
T
P
 
P
E
 
D
H
 
H
L
 
I
K
 
R
A
 
E
M
 
I
R
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
V
E
 
K
G
 
N
-
 
C
R
 
K
P
 
P
R
 
R
G
 
V
P
 
P

Sites not aligning to the query:

P13009 Methionine synthase; 5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase; Methionine synthase, vitamin-B12-dependent; MS; EC 2.1.1.13 from Escherichia coli (strain K12) (see 5 papers)
31% identity, 77% coverage: 37:295/335 of query aligns to 54:327/1227 of P13009

query
sites
P13009
E
 
D
L
 
L
W
 
L
T
 
V
V
 
L
D
 
S
R
 
K
P
 
P
D
 
E
N
 
V
I
 
I
R
 
A
S
 
A
L
 
I
Y
 
H
R
 
N
A
 
A
A
 
Y
V
 
F
E
 
E
A
 
A
G
 
G
S
 
A
D
 
D
I
 
I
F
 
I
L
 
E
T
 
T
N
 
N
S
 
T
F
 
F
G
 
N
G
 
S
N
 
T
A
 
T
A
 
I
R
 
A
L
 
M
K
 
A
L
 
D
H
 
Y
E
 
Q
A
 
M
Q
 
E
G
 
S
R
 
L
V
 
S
G
 
A
E
 
E
L
 
I
N
 
N
R
 
F
I
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
K
L
 
L
G
 
A
R
 
R
E
 
A
V
 
C
A
 
A
D
 
D
-
 
E
-
 
W
-
 
T
-
 
A
-
 
R
A
 
T
A
 
P
G
 
E
R
 
K
P
 
P
V
 
R
V
 
Y
V
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
V
M
 
L
G
 
G
P
 
P
T
 
T
G
 
N
-
 
R
-
 
T
-
 
A
-
 
S
-
 
I
-
 
S
-
 
P
E
 
D
I
 
V
F
 
N
E
 
D
P
 
P
-
 
A
M
 
F
G
 
R
T
 
N
L
 
I
T
 
T
H
 
F
R
 
D
M
 
G
A
 
L
V
 
V
E
 
A
I
 
A
F
 
Y
H
 
R
E
 
E
Q
 
S
A
 
T
E
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
V
A
 
E
G
 
G
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
L
L
 
I
W
 
L
V
 
I
E
 
E
T
 
T
I
 
V
S
 
F
A
 
D
A
 
T
E
 
L
E
 
N
F
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
V
E
 
F
A
 
A
A
 
V
R
 
K
L
 
T
-
 
E
-
 
F
-
 
E
-
 
A
-
 
L
-
 
G
A
 
V
G
 
E
M
 
L
P
 
P
-
 
I
-
 
M
W
 
I
C
 
S
G
 
G
T
 
T
M
 
I
S
 
T
F
 
-
D
 
D
T
 
A
A
 
S
G
 
G
R
 
R
T
 
T
M
 
L
M
 
S
G
 
G
I
 
Q
T
 
T
A
 
T
A
 
E
A
 
A
L
 
F
V
 
Y
D
 
N
L
 
S
V
 
L
T
 
R
K
 
H
L
 
A
P
 
-
N
 
-
P
 
E
P
 
A
L
 
L
A
 
T
F
 
F
G
 
G
A
 
L
N
 
N
C
|
C
G
 
A
V
 
L
G
 
G
A
 
-
S
 
P
D
 
D
L
 
E
L
 
L
R
 
R
T
 
Q
V
 
Y
L
 
V
G
 
Q
F
 
E
A
 
L
A
 
S
Q
 
R
G
 
I
I
 
A
E
 
E
V
 
C
P
 
Y
I
 
V
I
 
T
A
 
A
K
 
H
G
 
P
N
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
L
P
 
P
K
 
-
Y
 
-
H
 
-
D
 
N
G
 
A
H
 
F
I
 
G
H
 
E
Y
 
Y
D
 
D
G
 
L
T
 
D
P
 
A
E
 
D
L
 
T
M
 
M
A
 
A
E
 
K
Y
 
Q
A
 
I
V
 
R
L
 
E
A
 
W
R
 
A
D
 
Q
A
 
A
G
 
G
-
 
F
A
 
L
R
 
N
I
 
I
I
 
V
G
 
G
G
 
G
C
|
C
C
|
C
G
 
G
T
 
T
M
 
T
P
 
P
E
 
Q
H
 
H
L
 
I
K
 
A
A
 
A
M
 
M
R
 
S
A
 
R
A
 
A
L
 
V
E
 
E
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4cczA Crystal structure of human 5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, the homocysteine and folate binding domains
27% identity, 79% coverage: 37:300/335 of query aligns to 51:306/611 of 4cczA

query
sites
4cczA
E
 
D
L
 
I
W
 
L
T
 
S
V
 
I
D
 
T
R
 
Q
P
 
P
D
 
D
N
 
V
I
 
I
R
 
Y
S
 
Q
L
 
I
Y
 
H
R
 
K
A
 
E
A
 
Y
V
 
L
E
 
L
A
 
A
G
 
-
S
 
-
D
 
D
I
 
I
F
 
I
L
 
E
T
 
T
N
 
N
S
 
T
F
 
F
G
 
S
G
 
S
N
 
T
A
 
S
A
 
I
R
 
A
L
 
Q
K
 
A
L
 
D
H
 
Y
E
 
G
A
 
L
Q
 
E
G
 
H
R
 
L
V
 
A
G
 
Y
E
 
R
L
 
M
N
 
N
R
 
M
I
 
C
A
 
S
A
 
A
E
 
G
L
 
V
G
 
A
R
 
R
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
T
D
 
L
A
 
Q
A
 
T
G
 
G
R
 
I
P
 
K
V
 
R
V
 
F
V
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
A
M
 
L
G
 
G
P
 
P
T
 
T
G
 
N
E
 
K
I
 
T
F
 
L
E
 
S
-
 
V
-
 
S
-
 
P
-
 
S
-
 
V
-
 
E
-
 
R
-
 
P
P
 
D
M
 
Y
G
 
R
T
 
N
L
 
I
T
 
T
H
 
F
R
 
D
M
 
E
A
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
A
F
 
Y
H
 
Q
E
 
E
Q
 
Q
A
 
A
E
 
K
A
 
G
L
 
L
K
 
L
A
 
D
G
 
G
G
 
G
A
 
V
D
 
D
V
 
I
L
 
L
W
 
L
V
 
I
E
 
E
T
 
T
I
 
I
S
 
F
A
 
D
A
 
T
E
 
A
E
 
N
F
 
A
K
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
L
E
 
F
A
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
N
-
 
L
-
 
F
-
 
E
A
 
E
R
 
K
L
 
Y
A
 
A
G
 
P
M
 
R
P
 
P
W
 
I
-
 
F
-
 
I
C
 
S
G
 
G
T
 
T
M
 
I
S
 
-
F
 
V
D
 
D
T
 
K
A
 
S
G
 
G
R
 
R
T
 
T
M
 
L
M
 
S
G
 
G
I
 
Q
T
 
T
A
 
G
A
 
E
A
 
G
L
 
F
V
 
V
D
 
I
L
 
S
V
 
V
T
 
S
K
 
H
L
 
-
P
 
-
N
 
G
P
 
E
P
 
P
L
 
L
A
 
C
F
 
I
G
 
G
A
 
L
N
 
N
C
 
C
G
 
A
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
A
D
 
E
L
 
M
L
 
-
R
 
R
T
 
P
V
 
F
L
 
I
G
 
E
F
 
I
A
 
I
A
 
G
Q
 
K
G
 
C
I
 
T
E
 
T
V
 
A
P
 
Y
I
 
V
I
 
L
A
 
C
K
 
Y
G
 
P
N
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
-
P
 
-
K
 
-
Y
 
-
H
 
-
D
 
-
G
 
-
H
 
-
I
 
-
H
 
-
Y
 
-
D
 
-
G
 
-
T
 
-
P
 
-
E
 
-
L
 
-
M
 
-
A
 
-
E
 
-
Y
 
-
A
 
-
V
 
-
L
 
F
A
 
A
R
 
M
D
 
D
A
 
G
G
 
L
A
 
V
R
 
N
I
 
I
I
 
V
G
 
G
G
 
G
C
 
C
C
 
C
G
 
G
T
 
S
M
 
T
P
 
P
E
 
D
H
 
H
L
 
I
K
 
R
A
 
E
M
 
I
R
 
A
A
 
E
A
 
A
L
 
V
E
 
K
G
 
N
-
 
C
R
 
K
P
 
P
R
 
R
G
 
V
P
 
P

Sites not aligning to the query:

1umyD Bhmt from rat liver (see paper)
27% identity, 76% coverage: 39:293/335 of query aligns to 35:291/381 of 1umyD

query
sites
1umyD
W
 
W
T
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
A
-
 
A
V
 
V
D
 
E
R
 
H
P
 
P
D
 
E
N
 
A
I
 
V
R
 
R
S
 
Q
L
 
L
Y
 
H
R
 
R
A
 
E
A
 
F
V
 
L
E
 
R
A
 
A
G
 
G
S
 
S
D
 
N
I
 
V
F
 
M
L
 
Q
T
 
T
N
 
F
S
 
T
F
 
F
G
 
Y
G
 
A
N
 
K
A
 
I
A
 
S
R
 
G
L
 
Q
K
 
K
L
 
V
H
 
N
E
 
E
A
 
A
Q
 
-
G
 
-
R
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
-
L
 
-
N
 
-
R
 
-
I
 
-
A
 
A
A
 
C
E
 
D
L
 
I
G
 
A
R
 
R
E
 
Q
V
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
E
A
 
G
G
 
D
R
 
-
P
 
-
V
 
A
V
 
L
V
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
G
M
 
V
G
 
S
P
 
Q
T
 
T
G
 
P
E
 
S
I
 
Y
F
 
-
E
 
-
P
 
-
M
 
L
G
 
S
T
 
C
L
 
K
T
 
S
H
 
E
R
 
T
M
 
E
A
 
V
V
 
K
E
 
K
I
 
I
F
 
F
H
 
H
E
 
Q
Q
 
Q
A
 
L
E
 
E
A
 
V
L
 
F
K
 
M
A
 
K
G
 
K
G
 
N
A
 
V
D
 
D
V
 
F
L
 
L
W
 
I
V
 
A
E
 
E
T
 
Y
I
 
F
S
 
E
A
 
H
A
 
V
E
 
E
E
 
E
F
 
A
K
 
V
A
 
W
A
 
A
A
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
L
R
 
K
L
 
T
A
 
S
G
 
G
M
 
K
P
 
P
W
 
I
C
 
A
G
 
A
T
 
T
M
 
M
S
 
C
F
 
I
D
 
G
T
 
P
A
 
E
G
 
G
R
 
-
T
 
D
M
 
L
M
 
H
G
 
G
I
 
V
T
 
S
A
 
P
A
 
G
A
 
-
L
 
-
V
 
-
D
 
E
L
 
C
V
 
A
T
 
V
K
 
R
L
 
L
P
 
V
N
 
K
P
 
A
P
 
G
L
 
A
A
 
A
F
 
I
-
 
V
G
 
G
A
 
V
N
 
N
C
 
C
G
 
H
V
 
F
G
 
D
A
 
P
S
 
S
D
 
T
L
 
S
L
 
L
R
 
Q
T
 
T
V
 
I
L
 
-
G
 
K
F
 
L
A
 
M
A
 
K
Q
 
E
G
 
G
I
 
L
E
 
E
V
 
A
P
 
A
I
 
R
I
 
L
A
 
K
K
 
A
G
 
Y
N
 
L
A
 
M
G
 
S
I
 
Q
P
 
P
-
 
L
K
 
A
Y
 
Y
H
 
H
D
 
T
-
 
P
-
 
D
-
 
C
G
 
G
H
 
K
I
 
Q
H
 
G
Y
 
F
D
 
I
G
 
D
T
 
L
P
 
P
E
 
E
L
 
F
-
 
P
-
 
F
-
 
G
-
 
L
-
 
E
-
 
P
-
 
R
-
 
V
-
 
A
-
 
T
-
 
R
-
 
W
-
 
D
M
 
I
A
 
Q
E
 
K
Y
 
Y
A
 
A
V
 
R
L
 
E
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
A
 
L
G
 
G
A
 
V
R
 
R
I
 
Y
I
 
I
G
 
G
G
 
G
C
|
C
C
|
C
G
 
G
T
 
F
M
 
E
P
 
P
E
 
Y
H
 
H
L
 
I
K
 
R
A
 
A
M
 
I
R
 
A
A
 
E
A
 
E
L
 
L

O09171 Betaine--homocysteine S-methyltransferase 1; EC 2.1.1.5 from Rattus norvegicus (Rat) (see 2 papers)
27% identity, 76% coverage: 39:293/335 of query aligns to 44:314/407 of O09171

query
sites
O09171
W
 
W
T
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
A
-
 
A
V
 
V
D
 
E
R
 
H
P
 
P
D
 
E
N
 
A
I
 
V
R
 
R
S
 
Q
L
 
L
Y
 
H
R
 
R
A
 
E
A
 
F
V
 
L
E
 
R
A
 
A
G
 
G
S
 
S
D
 
N
I
 
V
F
 
M
L
 
Q
T
|
T
N
x
F
S
 
T
F
 
F
G
 
-
G
 
-
N
x
Y
A
 
A
A
 
S
R
 
E
L
 
D
K
 
K
L
 
L
H
 
E
E
 
N
A
 
R
Q
 
G
G
 
N
R
 
Y
V
 
V
G
 
A
E
 
E
-
 
K
-
 
I
-
 
S
-
 
G
-
 
Q
-
 
K
L
 
V
N
 
N
R
 
E
I
 
A
A
 
A
A
 
C
E
 
D
L
 
I
G
 
A
R
 
R
E
 
Q
V
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
E
A
 
G
G
 
D
R
 
-
P
 
-
V
 
A
V
 
L
V
 
V
A
|
A
G
 
G
S
 
G
M
 
V
G
 
S
P
 
Q
T
 
T
G
 
P
E
 
S
I
 
Y
F
 
-
E
 
-
P
 
-
M
 
L
G
 
S
T
 
C
L
 
K
T
 
S
H
 
E
R
 
T
M
 
E
A
 
V
V
 
K
E
 
K
I
 
I
F
 
F
H
 
H
E
 
Q
Q
 
Q
A
 
L
E
 
E
A
 
V
L
 
F
K
 
M
A
 
K
G
 
K
G
 
N
A
 
V
D
 
D
V
 
F
L
 
L
W
 
I
V
 
A
E
|
E
T
 
Y
I
 
F
S
 
E
A
 
H
A
 
V
E
 
E
E
 
E
F
 
A
K
 
V
A
 
W
A
 
A
A
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
L
R
 
K
L
 
T
A
 
S
G
 
G
M
 
K
P
 
P
W
 
I
C
 
A
G
 
A
T
|
T
M
 
M
S
x
C
F
 
I
D
 
G
T
 
P
A
 
E
G
 
G
R
 
-
T
 
D
M
 
L
M
 
H
G
 
G
I
 
V
T
 
S
A
 
P
A
 
G
A
 
-
L
 
-
V
 
-
D
 
E
L
 
C
V
 
A
T
 
V
K
 
R
L
 
L
P
 
V
N
 
K
P
 
A
P
 
G
L
 
A
A
 
A
F
 
I
-
 
V
G
 
G
A
 
V
N
 
N
C
 
C
G
 
H
V
 
F
G
 
D
A
 
P
S
 
S
D
 
T
L
 
S
L
 
L
R
 
Q
T
 
T
V
 
I
L
 
K
-
 
L
-
 
M
-
 
K
-
 
E
G
 
G
F
 
L
A
 
E
A
 
A
Q
 
A
G
 
R
I
 
L
E
 
K
V
 
A
P
 
Y
I
 
L
I
 
M
A
 
S
-
 
H
-
 
A
-
 
L
-
 
A
-
 
Y
-
 
H
-
 
T
-
 
P
-
 
D
-
 
C
-
 
G
-
 
K
K
 
Q
G
 
G
N
 
F
A
 
I
G
 
D
I
 
L
P
 
P
K
 
E
Y
 
F
H
 
P
D
 
F
G
 
G
H
 
L
I
 
E
H
 
P
Y
 
R
D
 
V
G
 
A
T
 
T
P
 
R
E
 
W
L
 
D
M
 
I
A
 
Q
E
 
K
Y
 
Y
A
 
A
V
 
R
L
 
E
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
A
 
L
G
 
G
A
 
V
R
 
R
I
 
Y
I
 
I
G
 
G
G
 
G
C
 
C
C
 
C
G
 
G
T
 
F
M
 
E
P
 
P
E
 
Y
H
 
H
L
 
I
K
 
R
A
 
A
M
 
I
R
 
A
A
 
E
A
 
E
L
 
L

Sites not aligning to the query:

1lt8A Reduced homo sapiens betaine-homocysteine s-methyltransferase in complex with s-(delta-carboxybutyl)-l-homocysteine (see paper)
26% identity, 76% coverage: 39:293/335 of query aligns to 34:291/348 of 1lt8A

query
sites
1lt8A
W
|
W
T
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
A
-
 
A
V
 
V
D
 
E
R
 
H
P
 
P
D
 
E
N
 
A
I
 
V
R
 
R
S
 
Q
L
 
L
Y
 
H
R
 
R
A
 
E
A
 
F
V
 
L
E
 
R
A
 
A
G
 
G
S
 
S
D
 
N
I
 
V
F
 
M
L
 
Q
T
 
T
N
 
F
S
 
T
F
|
F
G
 
-
G
 
-
N
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
-
L
 
-
K
 
-
L
 
-
H
 
Y
E
 
A
A
 
S
Q
 
E
G
 
D
R
 
K
V
 
G
G
 
Q
E
 
E
L
 
V
N
 
N
R
 
E
I
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
I
G
 
A
R
 
R
E
 
Q
V
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
E
A
 
G
G
 
D
R
 
-
P
 
-
V
 
A
V
 
L
V
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
G
M
 
V
G
 
S
P
 
Q
T
 
T
G
 
P
E
 
S
I
 
Y
F
 
-
E
 
-
P
 
-
M
 
L
G
 
S
T
 
A
L
 
K
T
 
S
H
 
E
R
 
T
M
 
E
A
 
V
V
 
K
E
 
K
I
 
V
F
 
F
H
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
A
 
L
E
 
E
A
 
V
L
 
F
K
 
M
A
 
K
G
 
K
G
 
N
A
 
V
D
 
D
V
 
F
L
 
L
W
 
I
V
 
A
E
|
E
T
x
Y
I
 
F
S
 
E
A
 
H
A
 
V
E
 
E
E
 
E
F
 
A
K
 
V
A
 
W
A
 
A
A
 
V
E
 
E
A
 
T
A
 
L
R
 
I
L
 
A
A
 
S
G
 
G
M
 
K
P
 
P
W
 
V
C
 
A
G
 
A
T
 
T
M
 
M
S
 
A
F
 
I
D
 
G
T
 
P
A
 
E
G
 
G
R
 
D
T
 
L
M
 
H
M
 
G
G
 
V
I
 
P
T
 
P
A
 
G
A
 
E
A
 
A
L
 
A
V
 
V
D
 
R
L
 
L
V
 
V
T
 
K
K
 
A
L
 
G
P
 
A
N
 
S
P
 
-
P
 
-
L
 
-
A
 
I
F
 
I
G
 
G
A
 
V
N
 
N
C
|
C
G
 
H
V
 
F
G
 
D
A
 
P
S
 
T
D
 
I
L
 
S
L
 
L
R
 
K
T
 
T
V
 
V
L
 
-
G
 
K
F
 
L
A
 
M
A
 
K
Q
 
E
G
 
G
I
 
L
E
 
E
V
 
A
P
 
A
I
 
Q
I
 
L
A
 
K
K
 
A
G
 
H
N
 
L
A
 
M
G
 
S
I
 
Q
P
 
P
-
 
L
K
 
A
Y
 
Y
H
 
H
D
 
T
G
 
P
H
 
D
I
 
A
H
 
N
Y
 
K
D
 
Q
G
 
G
-
 
F
-
x
I
-
 
D
T
 
L
P
 
P
E
 
E
L
x
F
-
 
P
-
 
F
-
 
G
-
 
L
-
 
E
-
 
P
-
 
R
-
 
V
-
 
A
-
 
T
-
 
R
-
 
W
-
 
D
M
 
I
A
 
Q
E
 
K
Y
 
Y
A
 
A
V
 
R
L
 
E
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
A
 
L
G
 
G
A
 
V
R
 
R
I
 
Y
I
 
I
G
 
G
G
 
G
C
|
C
C
|
C
G
 
G
T
 
F
M
 
E
P
 
P
E
 
Y
H
 
H
L
 
I
K
 
R
A
 
A
M
 
I
R
 
A
A
 
E
A
 
E
L
 
L

Sites not aligning to the query:

5dmmA Crystal structure of the homocysteine methyltransferase mmum from escherichia coli, metallated form (see paper)
31% identity, 86% coverage: 5:291/335 of query aligns to 3:286/288 of 5dmmA

query
sites
5dmmA
L
 
L
S
 
R
R
 
A
L
 
L
L
 
L
R
 
D
T
 
K
R
 
Q
D
 
D
W
 
I
L
 
L
M
 
L
A
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
T
 
M
G
 
A
T
 
T
N
 
E
L
 
L
F
 
E
N
 
A
M
 
R
G
 
G
L
 
C
S
 
N
S
 
L
G
 
A
E
 
D
P
 
-
P
 
-
E
 
S
L
 
L
W
 
W
T
 
S
-
 
A
-
 
K
-
 
V
-
 
L
V
 
V
D
 
E
R
 
N
P
 
P
D
 
E
N
 
L
I
 
I
R
 
R
S
 
E
L
 
V
Y
 
H
R
 
L
A
 
D
A
 
Y
V
 
Y
E
 
R
A
 
A
G
 
G
S
 
A
D
 
Q
I
 
C
F
 
A
L
 
I
T
 
T
N
 
A
S
 
S
F
 
Y
-
 
Q
-
 
A
-
 
T
-
 
P
G
 
A
G
 
G
N
 
F
A
 
A
A
 
A
R
 
R
L
 
-
K
 
G
L
 
L
H
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
-
 
S
-
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
I
G
 
G
R
 
K
V
 
S
G
 
V
E
 
E
L
 
L
N
 
A
R
 
R
I
 
K
A
 
A
A
 
R
E
 
E
L
 
A
G
 
Y
R
 
L
E
 
A
V
 
E
A
 
N
D
 
P
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
R
 
T
P
 
-
V
 
L
V
 
L
V
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
S
M
 
V
G
 
G
P
 
P
T
 
Y
G
 
G
E
 
A
I
 
Y
F
 
L
-
 
A
-
 
D
-
 
G
-
 
S
E
 
E
P
 
Y
M
 
R
G
 
G
T
x
D
L
 
Y
T
x
H
H
 
C
R
 
S
M
 
V
-
 
E
A
 
A
V
 
F
E
 
Q
I
 
A
F
 
F
H
 
H
E
 
R
-
 
P
Q
 
R
A
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
L
A
 
D
G
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
L
L
 
L
W
 
A
V
 
C
E
 
E
T
 
T
I
 
L
S
 
P
A
 
N
A
 
F
E
 
S
E
 
E
F
 
I
K
 
E
A
 
A
A
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
L
A
 
-
R
 
-
L
 
L
A
 
T
G
 
A
M
 
Y
P
 
P
-
 
R
-
 
A
-
 
R
-
 
A
W
 
W
C
 
-
G
 
-
T
 
-
M
 
F
S
 
S
F
 
F
D
 
T
T
 
L
A
 
R
G
 
D
R
 
S
T
 
E
M
 
H
M
 
L
G
 
S
I
 
-
T
 
D
A
 
G
A
 
T
A
 
P
L
 
L
V
 
R
D
 
D
L
 
V
V
 
V
T
 
A
K
 
L
L
 
L
P
 
A
N
 
G
P
 
Y
P
 
P
-
 
Q
-
 
V
L
 
V
A
 
A
F
 
L
G
 
G
A
 
I
N
 
N
C
|
C
G
 
I
V
 
A
-
 
L
-
 
E
G
 
N
A
 
T
S
 
T
D
 
A
L
 
A
L
 
L
R
 
Q
T
 
H
V
 
L
L
 
H
G
 
G
F
 
L
A
 
T
A
 
V
Q
 
-
G
 
-
I
 
-
E
 
-
V
 
L
P
 
P
I
 
L
I
 
V
A
 
V
K
 
Y
G
 
P
N
 
N
A
 
S
G
 
G
I
 
-
P
 
-
K
 
-
Y
 
-
H
 
-
D
 
-
G
 
-
H
 
-
I
 
-
H
 
-
Y
 
-
D
 
-
G
 
-
T
 
-
P
 
-
E
 
-
L
 
Q
M
 
L
A
 
A
E
 
D
Y
 
Y
A
 
L
V
 
P
L
 
Q
A
 
W
R
 
Q
D
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
A
R
 
R
I
 
L
I
 
I
G
 
G
G
 
G
C
|
C
C
 
C
G
 
R
T
 
T
M
 
T
P
 
P
E
 
A
H
 
D
L
 
I
K
 
A
A
 
A
M
 
L
R
 
K
A
 
A

Q93088 Betaine--homocysteine S-methyltransferase 1; EC 2.1.1.5 from Homo sapiens (Human) (see 4 papers)
26% identity, 76% coverage: 39:293/335 of query aligns to 44:314/406 of Q93088

query
sites
Q93088
W
 
W
T
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
A
-
 
A
V
 
V
D
 
E
R
 
H
P
 
P
D
 
E
N
 
A
I
 
V
R
 
R
S
 
Q
L
 
L
Y
 
H
R
 
R
A
 
E
A
 
F
V
 
L
E
 
R
A
 
A
G
 
G
S
 
S
D
 
N
I
 
V
F
 
M
L
 
Q
T
 
T
N
 
F
S
 
T
F
 
F
G
 
Y
G
 
A
N
 
S
A
 
E
A
 
D
R
 
K
L
 
L
K
 
E
-
 
N
-
 
R
-
 
G
-
 
N
-
 
Y
-
 
V
L
 
L
H
 
E
E
 
K
A
 
I
Q
 
S
G
 
G
R
 
Q
V
 
-
G
 
-
E
 
E
L
 
V
N
 
N
R
 
E
I
 
A
A
 
A
A
 
C
E
 
D
L
 
I
G
 
A
R
 
R
E
 
Q
V
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
E
A
 
G
G
 
D
R
 
-
P
 
-
V
 
A
V
 
L
V
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
G
M
 
V
G
 
S
P
 
Q
T
 
T
G
 
P
E
 
S
I
 
Y
F
 
-
E
 
-
P
 
-
M
 
L
G
 
S
T
 
C
L
 
K
T
 
S
H
 
E
R
 
T
M
 
E
A
 
V
V
 
K
E
 
K
I
 
V
F
 
F
H
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
A
 
L
E
 
E
A
 
V
L
 
F
K
 
M
A
 
K
G
 
K
G
 
N
A
 
V
D
 
D
V
 
F
L
 
L
W
 
I
V
 
A
E
 
E
T
 
Y
I
 
F
S
 
E
A
 
H
A
 
V
E
 
E
E
 
E
F
 
A
K
 
V
A
 
W
A
 
A
A
 
V
E
 
E
A
 
T
A
 
L
R
 
I
L
 
A
A
 
S
G
 
G
M
 
K
P
 
P
W
 
V
C
 
A
G
 
A
T
 
T
M
 
M
S
 
C
F
 
I
D
 
G
T
 
P
A
 
E
G
 
G
R
 
D
T
 
L
M
 
H
M
 
G
G
 
V
I
 
P
T
 
P
A
 
G
A
 
E
A
 
C
L
 
A
V
 
V
D
 
R
L
 
L
V
 
V
T
 
K
K
 
A
L
 
G
P
 
A
N
 
S
P
 
-
P
 
-
L
 
-
A
 
I
F
 
I
G
 
G
A
 
V
N
|
N
C
|
C
G
 
H
V
 
F
G
 
D
A
 
P
S
 
T
D
 
I
L
 
S
L
 
L
R
 
K
T
 
T
V
 
V
L
 
-
G
 
K
F
 
L
A
 
M
A
 
K
Q
 
E
G
 
G
I
 
L
E
 
E
V
 
A
P
 
A
I
x
R
I
 
L
A
 
K
K
 
A
G
 
H
N
 
L
A
 
M
G
 
S
I
 
Q
P
 
P
-
 
L
K
 
A
Y
 
Y
H
 
H
D
 
T
G
 
P
H
 
D
I
 
C
H
 
N
Y
 
K
D
 
Q
G
 
G
-
 
F
-
 
I
-
 
D
T
 
L
P
 
P
E
 
E
L
 
F
-
 
P
-
 
F
-
 
G
-
 
L
-
 
E
-
 
P
-
 
R
-
 
V
-
 
A
-
 
T
-
 
R
-
 
W
-
 
D
M
 
I
A
 
Q
E
 
K
Y
 
Y
A
 
A
V
 
R
L
 
E
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
A
 
L
G
 
G
A
 
V
R
 
R
I
 
Y
I
 
I
G
 
G
G
 
G
C
|
C
C
|
C
G
 
G
T
 
F
M
x
E
P
 
P
E
 
Y
H
|
H
L
 
I
K
 
R
A
 
A
M
 
I
R
 
A
A
 
E
A
 
E
L
 
L

4m3pA Betaine-homocysteine s-methyltransferase from homo sapiens complexed with homocysteine (see paper)
25% identity, 76% coverage: 39:293/335 of query aligns to 35:283/370 of 4m3pA

query
sites
4m3pA
W
 
W
T
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
A
-
 
A
V
 
V
D
 
E
R
 
H
P
 
P
D
 
E
N
 
A
I
 
V
R
 
R
S
 
Q
L
 
L
Y
 
H
R
 
R
A
 
E
A
 
F
V
 
L
E
 
R
A
 
A
G
 
G
S
 
S
D
 
N
I
 
V
F
 
M
L
x
Q
T
 
T
N
 
F
S
 
T
F
 
F
G
 
Y
G
 
S
N
 
G
A
 
Q
A
 
-
R
 
-
L
 
-
K
 
-
L
 
-
H
 
-
E
 
-
A
 
-
Q
 
-
G
 
-
R
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
E
L
 
V
N
 
N
R
 
E
I
 
A
A
 
A
A
 
C
E
 
D
L
 
I
G
 
A
R
 
R
E
 
Q
V
 
V
A
 
A
D
 
D
A
 
E
A
 
G
G
 
D
R
 
-
P
 
-
V
 
A
V
 
L
V
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
G
M
 
V
G
 
S
P
 
Q
T
 
T
G
 
P
E
 
K
I
 
-
F
 
-
E
 
-
P
 
-
M
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
T
 
S
H
 
E
R
 
T
M
 
E
A
 
V
V
 
K
E
 
K
I
 
V
F
 
F
H
 
L
E
 
Q
Q
 
Q
A
 
L
E
 
E
A
 
V
L
 
F
K
 
M
A
 
K
G
 
K
G
 
N
A
 
V
D
 
D
V
 
F
L
 
L
W
 
I
V
 
A
E
 
E
T
 
Y
I
 
F
S
 
E
A
 
H
A
 
V
E
 
E
E
 
E
F
 
A
K
 
V
A
 
W
A
 
A
A
 
V
E
 
E
A
 
T
A
 
L
R
 
I
L
 
A
A
 
S
G
 
G
M
 
K
P
 
P
W
 
V
C
 
A
G
 
A
T
 
T
M
 
M
S
 
C
F
 
I
D
 
G
T
 
P
A
 
E
G
 
G
R
 
D
T
 
L
M
 
H
M
 
G
G
 
V
I
 
P
T
 
P
A
 
G
A
 
E
A
 
C
L
 
A
V
 
V
D
 
R
L
 
L
V
 
V
T
 
K
K
 
A
L
 
G
P
 
A
N
 
S
P
 
-
P
 
-
L
 
-
A
 
I
F
 
I
G
 
G
A
 
V
N
 
N
C
|
C
G
 
H
V
 
F
G
 
D
A
 
P
S
 
T
D
 
I
L
 
S
L
 
L
R
 
K
T
 
T
V
 
V
L
 
-
G
 
K
F
 
L
A
 
M
A
 
K
Q
 
E
G
 
G
I
 
L
E
 
E
V
 
A
P
 
A
I
 
Q
I
 
L
A
 
K
K
 
A
G
 
H
N
 
L
A
 
M
G
 
S
I
x
Q
P
 
P
-
 
L
K
 
A
Y
 
Y
H
 
H
D
 
T
G
 
P
H
 
D
I
 
C
H
 
N
Y
 
K
D
 
Q
G
 
G
-
 
F
-
 
I
-
 
D
T
 
L
P
 
P
E
 
E
L
 
F
-
 
P
-
 
F
-
 
G
-
 
L
-
 
E
-
 
P
-
 
R
-
 
V
-
 
A
-
 
T
-
 
R
-
 
W
-
 
D
M
 
I
A
 
Q
E
 
K
Y
 
Y
A
 
A
V
 
R
L
 
E
A
 
A
R
 
Y
D
 
N
A
 
L
G
 
G
A
 
V
R
 
R
I
 
Y
I
 
I
G
 
G
G
|
G
C
|
C
C
|
C
G
 
G
T
 
F
M
 
E
P
 
P
E
 
Y
H
 
H
L
 
I
K
 
R
A
 
A
M
 
I
R
 
A
A
 
E
A
 
E
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_011337253.1 NCBI__GCF_000015985.1:WP_011337253.1
MTDALSRLLRTRDWLMADGATGTNLFNMGLSSGEPPELWTVDRPDNIRSLYRAAVEAGSD
IFLTNSFGGNAARLKLHEAQGRVGELNRIAAELGREVADAAGRPVVVAGSMGPTGEIFEP
MGTLTHRMAVEIFHEQAEALKAGGADVLWVETISAAEEFKAAAEAARLAGMPWCGTMSFD
TAGRTMMGITAAALVDLVTKLPNPPLAFGANCGVGASDLLRTVLGFAAQGIEVPIIAKGN
AGIPKYHDGHIHYDGTPELMAEYAVLARDAGARIIGGCCGTMPEHLKAMRAALEGRPRGP
RPSLETISETLGGFSSASDGSDDAGPTRERRRRRS

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory