SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011371908.1 NCBI__GCF_000012965.1:WP_011371908.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 8 hits to proteins with known functional sites (download)

Q5U925 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase activator; EC 3.-.-.- from Clostridioides difficile (Peptoclostridium difficile) (see paper)
41% identity, 99% coverage: 3:267/268 of query aligns to 2:261/266 of Q5U925

query
sites
Q5U925
Y
 
Y
F
 
T
A
 
M
G
 
G
I
 
L
D
 
D
I
 
I
G
 
G
S
|
S
T
|
T
A
|
A
I
x
S
K
|
K
I
 
G
A
 
V
I
 
I
V
 
L
D
 
K
E
 
N
N
 
G
R
 
E
K
 
D
L
 
I
V
 
V
G
 
A
H
 
S
K
 
E
I
 
T
S
 
I
A
 
S
S
 
S
G
 
G
S
 
T
M
 
G
F
 
T
Y
 
T
K
 
G
Y
 
P
A
 
S
K
 
R
Q
 
-
A
 
V
L
 
L
K
 
E
E
 
K
M
 
L
L
 
Y
D
 
G
E
 
K
L
 
T
N
 
G
I
 
L
D
 
A
E
 
R
K
 
E
N
 
D
L
 
I
V
 
K
Y
 
K
R
 
V
V
 
V
A
 
V
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
K
 
M
L
 
N
F
 
Y
K
 
S
E
 
D
A
 
A
D
 
D
E
 
K
N
 
Q
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
L
T
 
S
A
 
C
N
 
H
A
 
A
M
 
R
G
 
G
A
 
V
M
 
N
A
 
F
A
 
I
A
 
I
D
 
P
G
 
-
K
 
-
C
 
-
N
 
E
I
 
T
K
 
R
T
 
T
I
 
I
I
 
I
N
 
D
I
 
I
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
D
|
D
S
 
A
K
 
K
A
 
V
I
 
L
S
 
K
L
 
L
D
 
D
D
 
N
E
 
N
G
 
G
N
 
R
V
 
L
V
 
L
N
 
N
F
 
F
A
 
L
M
 
M
N
 
N
D
 
D
R
 
K
C
|
C
A
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
T
G
 
G
K
 
R
F
 
F
L
 
L
D
|
D
V
 
V
V
 
M
A
 
A
M
 
K
N
 
I
L
 
I
E
 
E
I
 
V
E
 
D
V
 
V
D
 
S
E
 
E
L
 
L
G
 
G
E
 
S
Y
 
I
H
 
S
F
 
M
K
 
N
S
 
S
Q
 
Q
G
 
-
T
 
N
P
 
E
L
 
V
A
 
S
I
 
I
N
 
S
S
 
S
T
 
T
C
|
C
A
 
T
V
 
V
F
 
F
A
 
A
E
 
E
S
 
S
E
 
E
I
 
V
I
 
I
G
 
S
L
 
H
L
 
L
G
 
S
N
 
E
D
 
N
H
 
A
S
 
K
V
 
I
E
 
E
D
 
D
I
 
I
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
I
H
 
H
Y
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
K
 
K
R
 
R
I
 
V
I
 
S
K
 
S
L
 
L
L
 
V
K
 
K
R
 
R
V
 
I
G
 
G
I
 
V
N
 
Q
E
 
R
G
 
N
I
 
V
Y
 
V
F
 
M
D
 
V
G
 
G
G
|
G
P
 
V
A
 
A
L
 
R
N
 
N
S
 
S
G
 
G
L
 
I
V
 
V
N
 
R
A
 
A
I
 
M
E
 
A
N
 
R
E
 
E
L
 
I
G
 
N
K
 
T
K
 
E
I
 
I
F
 
I
I
 
V
P
 
P
E
 
D
F
 
I
P
 
P
Q
|
Q
I
 
L
T
 
T
T
 
G
S
 
A
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
I
 
L
L
 
Y
A
 
A
L
 
F
E
 
D
S
 
E
Y
 
A
E
 
K
F
 
E
E
 
S
N
 
Q
K
 
K

4ehuA Activator of the 2-hydroxyisocaproyl-coa dehydratase from clostridium difficile with bound adpnp (see paper)
41% identity, 99% coverage: 3:267/268 of query aligns to 2:261/268 of 4ehuA

query
sites
4ehuA
Y
 
Y
F
 
T
A
 
M
G
 
G
I
 
L
D
 
D
I
 
I
G
|
G
S
|
S
T
|
T
A
|
A
I
 
S
K
|
K
I
 
G
A
 
V
I
 
I
V
 
L
D
 
K
E
 
N
N
 
G
R
 
E
K
 
D
L
 
I
V
 
V
G
 
A
H
 
S
K
 
E
I
 
T
S
 
I
A
 
S
S
 
S
G
 
G
S
 
T
M
 
G
F
 
T
Y
 
T
K
 
G
Y
 
P
A
 
S
K
 
R
Q
 
-
A
 
V
L
 
L
K
 
E
E
 
K
M
 
L
L
 
Y
D
 
G
E
 
K
L
 
T
N
 
G
I
 
L
D
 
A
E
 
R
K
 
E
N
 
D
L
 
I
V
 
K
Y
 
K
R
 
V
V
 
V
A
 
V
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
K
 
M
L
 
N
F
 
Y
K
 
S
E
 
D
A
 
A
D
 
D
E
 
K
N
 
Q
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
L
T
 
S
A
 
C
N
 
H
A
 
A
M
 
R
G
 
G
A
 
V
M
 
N
A
 
F
A
 
I
A
 
I
D
 
P
G
 
-
K
 
-
C
 
-
N
 
E
I
 
T
K
 
R
T
 
T
I
 
I
I
 
I
N
 
D
I
 
I
G
|
G
G
|
G
Q
|
Q
D
 
D
S
 
A
K
 
K
A
 
V
I
 
L
S
 
K
L
 
L
D
 
D
D
 
N
E
 
N
G
 
G
N
 
R
V
 
L
V
 
L
N
 
N
F
 
F
A
 
L
M
 
M
N
 
N
D
 
D
R
 
K
C
|
C
A
|
A
A
 
A
G
 
G
T
 
T
G
|
G
K
 
R
F
 
F
L
 
L
D
|
D
V
 
V
V
 
M
A
 
A
M
 
K
N
 
I
L
 
I
E
 
E
I
 
V
E
 
D
V
 
V
D
x
S
E
 
E
L
 
L
G
 
G
E
 
S
Y
 
I
H
x
S
F
 
M
K
 
N
S
 
S
Q
 
Q
G
 
-
T
 
N
P
 
E
L
 
V
A
 
S
I
 
I
N
 
S
S
 
S
T
 
T
C
|
C
A
x
T
V
 
V
F
 
F
A
 
A
E
 
E
S
 
S
E
 
E
I
 
V
I
 
I
G
 
S
L
 
H
L
 
L
G
 
S
N
 
E
D
 
N
H
 
A
S
 
K
V
 
I
E
 
E
D
 
D
I
 
I
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
I
H
 
H
Y
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
K
 
K
R
 
R
I
 
V
I
 
S
K
 
S
L
 
L
L
 
V
K
 
K
R
 
R
V
 
I
G
 
G
I
 
V
N
 
Q
E
 
R
G
 
N
I
 
V
Y
 
V
F
 
M
D
 
V
G
|
G
G
|
G
P
 
V
A
 
A
L
x
R
N
|
N
S
 
S
G
 
G
L
 
I
V
 
V
N
x
R
A
 
A
I
 
M
E
 
A
N
 
R
E
 
E
L
 
I
G
 
N
K
 
T
K
 
E
I
 
I
F
 
I
I
 
V
P
 
P
E
 
D
F
 
I
P
 
P
Q
|
Q
I
 
L
T
 
T
T
 
G
S
 
A
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
I
 
L
L
 
Y
A
 
A
L
 
F
E
 
D
S
 
E
Y
 
A
E
 
K
F
 
E
E
 
S
N
 
Q
K
 
K

4ehtA Activator of the 2-hydroxyisocaproyl-coa dehydratase from clostridium difficile with bound adp (see paper)
41% identity, 99% coverage: 3:267/268 of query aligns to 2:261/268 of 4ehtA

query
sites
4ehtA
Y
 
Y
F
 
T
A
 
M
G
 
G
I
 
L
D
 
D
I
 
I
G
|
G
S
 
S
T
|
T
A
|
A
I
 
S
K
|
K
I
 
G
A
 
V
I
 
I
V
 
L
D
 
K
E
 
N
N
 
G
R
 
E
K
 
D
L
 
I
V
 
V
G
 
A
H
 
S
K
 
E
I
 
T
S
 
I
A
 
S
S
 
S
G
 
G
S
 
T
M
 
G
F
 
T
Y
 
T
K
 
G
Y
 
P
A
 
S
K
 
R
Q
 
-
A
 
V
L
 
L
K
 
E
E
 
K
M
 
L
L
 
Y
D
 
G
E
 
K
L
 
T
N
 
G
I
 
L
D
 
A
E
 
R
K
 
E
N
 
D
L
 
I
V
 
K
Y
 
K
R
 
V
V
 
V
A
 
V
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
K
 
M
L
 
N
F
 
Y
K
 
S
E
 
D
A
 
A
D
 
D
E
 
K
N
 
Q
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
L
T
x
S
A
 
C
N
 
H
A
 
A
M
 
R
G
 
G
A
 
V
M
 
N
A
 
F
A
 
I
A
 
I
D
 
P
G
 
-
K
 
-
C
 
-
N
 
E
I
 
T
K
 
R
T
 
T
I
 
I
I
 
I
N
 
D
I
 
I
G
|
G
G
|
G
Q
 
Q
D
 
D
S
 
A
K
 
K
A
 
V
I
 
L
S
 
K
L
 
L
D
 
D
D
 
N
E
 
N
G
 
G
N
 
R
V
x
L
V
 
L
N
 
N
F
 
F
A
 
L
M
 
M
N
 
N
D
 
D
R
 
K
C
|
C
A
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
T
G
 
G
K
 
R
F
 
F
L
 
L
D
|
D
V
 
V
V
 
M
A
 
A
M
 
K
N
 
I
L
 
I
E
 
E
I
 
V
E
 
D
V
|
V
D
 
S
E
 
E
L
 
L
G
 
G
E
 
S
Y
 
I
H
x
S
F
 
M
K
 
N
S
 
S
Q
 
Q
G
 
-
T
 
N
P
 
E
L
 
V
A
 
S
I
 
I
N
 
S
S
 
S
T
 
T
C
|
C
A
x
T
V
 
V
F
 
F
A
 
A
E
 
E
S
 
S
E
 
E
I
 
V
I
 
I
G
 
S
L
 
H
L
 
L
G
 
S
N
 
E
D
 
N
H
 
A
S
 
K
V
 
I
E
 
E
D
 
D
I
 
I
V
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
I
H
 
H
Y
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
K
 
K
R
 
R
I
 
V
I
 
S
K
 
S
L
 
L
L
 
V
K
 
K
R
 
R
V
 
I
G
 
G
I
 
V
N
 
Q
E
 
R
G
 
N
I
 
V
Y
 
V
F
 
M
D
 
V
G
 
G
G
|
G
P
 
V
A
 
A
L
x
R
N
 
N
S
 
S
G
 
G
L
 
I
V
 
V
N
x
R
A
 
A
I
 
M
E
 
A
N
 
R
E
 
E
L
 
I
G
 
N
K
 
T
K
 
E
I
 
I
F
 
I
I
 
V
P
 
P
E
 
D
F
 
I
P
 
P
Q
|
Q
I
 
L
T
 
T
T
 
G
S
 
A
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
I
 
L
L
 
Y
A
 
A
L
 
F
E
 
D
S
 
E
Y
 
A
E
 
K
F
 
E
E
 
S
N
 
Q
K
 
K

1huxA Crystal structure of the acidaminococcus fermentans (r)-2- hydroxyglutaryl-coa dehydratase component a (see paper)
41% identity, 94% coverage: 3:253/268 of query aligns to 3:248/259 of 1huxA

query
sites
1huxA
Y
 
Y
F
 
T
A
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
D
I
 
V
G
|
G
S
|
S
T
|
T
A
 
A
I
 
S
K
|
K
I
 
C
A
 
I
I
 
I
V
 
L
D
 
K
E
 
D
N
 
G
R
 
K
K
 
E
L
 
I
V
 
V
G
 
A
H
 
K
K
 
S
I
 
L
S
 
V
A
 
A
S
 
V
G
 
G
S
 
T
M
 
G
F
 
T
Y
 
S
K
 
G
Y
 
P
A
 
A
K
 
R
Q
 
-
A
 
S
L
 
I
K
 
S
E
 
E
M
 
V
L
 
L
D
 
E
E
 
N
L
 
A
N
 
H
I
 
M
D
 
K
E
 
K
K
 
E
N
 
D
L
 
M
V
 
A
Y
 
F
R
 
T
V
 
L
A
 
A
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
K
 
N
L
 
S
F
 
L
K
 
E
E
 
G
-
 
I
A
 
A
D
 
D
E
 
K
N
 
Q
I
 
M
S
 
S
E
 
E
I
 
L
T
 
S
A
 
C
N
 
H
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
A
M
 
S
A
 
F
A
 
I
A
 
W
D
 
P
G
 
-
K
 
-
C
 
-
N
 
N
I
 
V
K
 
H
T
 
T
I
 
V
I
 
I
N
 
D
I
 
I
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
S
 
V
K
 
K
A
 
V
I
 
I
S
 
H
L
 
V
D
 
E
D
 
N
E
 
-
G
 
G
N
 
T
V
 
M
V
 
T
N
 
N
F
 
F
A
 
Q
M
 
M
N
 
N
D
 
D
R
 
K
C
|
C
A
|
A
A
 
A
G
 
G
T
 
T
G
 
G
K
 
R
F
 
F
L
 
L
D
 
D
V
 
V
V
 
M
A
 
A
M
 
N
N
 
I
L
 
L
E
 
E
I
 
V
E
 
K
V
 
V
D
x
S
E
 
D
L
 
L
G
 
A
E
 
E
Y
 
L
H
 
G
F
 
A
K
 
K
S
 
S
Q
 
T
G
 
-
T
 
K
P
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
N
 
S
S
 
S
T
 
T
C
|
C
A
x
T
V
 
V
F
 
F
A
 
A
E
 
E
S
 
S
E
 
E
I
 
V
I
 
I
G
 
S
L
 
Q
L
 
L
G
 
S
N
 
K
D
 
G
H
 
T
S
 
D
V
 
K
E
 
I
D
 
D
I
 
I
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
I
H
 
H
Y
 
R
S
 
S
I
 
V
A
 
A
K
 
S
R
 
R
I
 
V
I
 
I
K
 
G
L
 
L
L
 
A
K
 
N
R
 
R
V
 
V
G
 
G
I
 
I
N
 
V
E
 
K
G
 
D
I
 
V
Y
 
V
F
 
M
D
 
T
G
 
G
G
|
G
P
x
V
A
 
A
L
x
Q
N
 
N
S
 
Y
G
 
G
L
 
V
V
 
R
N
 
G
A
 
A
I
 
L
E
 
E
N
 
E
E
 
G
L
 
L
G
 
G
K
 
V
K
 
E
I
 
I
F
 
K
I
 
T
P
 
S
E
 
P
F
 
L
P
 
A
Q
|
Q
I
 
Y
T
 
N
T
 
G
S
 
A
Y
 
L
G
 
G

P11568 (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activating ATPase; (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activase; (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase, component A; ATP-coupled electron transfer protein HgdC; Activator of (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase; EC 3.6.1.- from Acidaminococcus fermentans (strain ATCC 25085 / DSM 20731 / CCUG 9996 / CIP 106432 / VR4) (see 2 papers)
41% identity, 94% coverage: 3:253/268 of query aligns to 4:249/260 of P11568

query
sites
P11568
Y
 
Y
F
 
T
A
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
D
I
 
V
G
 
G
S
|
S
T
|
T
A
|
A
I
x
S
K
|
K
I
 
C
A
 
I
I
 
I
V
 
L
D
 
K
E
 
D
N
 
G
R
 
K
K
 
E
L
 
I
V
 
V
G
 
A
H
 
K
K
 
S
I
 
L
S
 
V
A
 
A
S
 
V
G
 
G
S
 
T
M
 
G
F
 
T
Y
 
S
K
 
G
Y
 
P
A
 
A
K
 
R
Q
 
-
A
 
S
L
 
I
K
 
S
E
 
E
M
 
V
L
 
L
D
 
E
E
 
N
L
 
A
N
 
H
I
 
M
D
 
K
E
 
K
K
 
E
N
 
D
L
 
M
V
 
A
Y
 
F
R
 
T
V
 
L
A
 
A
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
K
 
N
L
 
S
F
 
L
K
 
E
E
 
G
-
 
I
A
 
A
D
 
D
E
 
K
N
 
Q
I
 
M
S
 
S
E
 
E
I
 
L
T
 
S
A
 
C
N
 
H
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
A
M
 
S
A
 
F
A
 
I
A
 
W
D
 
P
G
 
-
K
 
-
C
 
-
N
 
N
I
 
V
K
 
H
T
 
T
I
 
V
I
 
I
N
 
D
I
 
I
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
S
 
V
K
 
K
A
 
V
I
 
I
S
 
H
L
 
V
D
 
E
D
 
N
E
 
-
G
 
G
N
 
T
V
 
M
V
 
T
N
 
N
F
 
F
A
 
Q
M
 
M
N
 
N
D
 
D
R
 
K
C
|
C
A
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
T
G
 
G
K
 
R
F
 
F
L
 
L
D
 
D
V
 
V
V
 
M
A
 
A
M
 
N
N
 
I
L
 
L
E
 
E
I
 
V
E
 
K
V
 
V
D
 
S
E
 
D
L
 
L
G
 
A
E
 
E
Y
 
L
H
 
G
F
 
A
K
 
K
S
 
S
Q
 
T
G
 
-
T
 
K
P
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
N
 
S
S
 
S
T
 
T
C
|
C
A
 
T
V
 
V
F
 
F
A
 
A
E
 
E
S
 
S
E
 
E
I
 
V
I
 
I
G
 
S
L
 
Q
L
 
L
G
 
S
N
 
K
D
 
G
H
 
T
S
 
D
V
 
K
E
 
I
D
 
D
I
 
I
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
I
H
 
H
Y
 
R
S
 
S
I
 
V
A
 
A
K
 
S
R
 
R
I
 
V
I
 
I
K
 
G
L
 
L
L
 
A
K
 
N
R
 
R
V
 
V
G
 
G
I
 
I
N
 
V
E
 
K
G
 
D
I
 
V
Y
 
V
F
 
M
D
 
T
G
 
G
G
 
G
P
 
V
A
 
A
L
x
Q
N
 
N
S
 
Y
G
 
G
L
 
V
V
 
R
N
 
G
A
 
A
I
 
L
E
 
E
N
 
E
E
 
G
L
 
L
G
 
G
K
 
V
K
 
E
I
 
I
F
 
K
I
 
T
P
 
S
E
 
P
F
 
L
P
 
A
Q
|
Q
I
 
Y
T
 
N
T
 
G
S
 
A
Y
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

7yzqE Mgadp-alf4-bound dccp:dccp-r complex (see paper)
34% identity, 96% coverage: 4:261/268 of query aligns to 2:243/243 of 7yzqE

query
sites
7yzqE
F
 
F
A
 
A
G
 
G
I
 
L
D
 
D
I
 
L
G
|
G
S
|
S
T
|
T
A
x
N
I
 
S
K
|
K
I
 
L
A
 
V
I
 
I
V
 
I
D
 
K
E
 
E
N
 
D
R
 
G
K
 
S
L
 
Y
V
 
T
G
 
F
H
 
K
K
 
V
I
 
V
S
 
P
A
 
T
S
 
-
G
 
-
S
 
-
M
 
-
F
 
-
Y
 
-
K
 
R
Y
 
Y
A
 
E
K
 
P
Q
 
V
A
 
K
L
 
A
K
 
G
E
 
E
M
 
L
L
 
L
D
 
L
E
 
K
L
 
N
N
 
T
I
 
G
D
 
E
E
 
I
K
 
R
N
 
N
L
 
L
V
 
V
Y
 
-
R
 
-
V
 
-
A
 
V
T
 
T
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
R
 
R
K
 
V
L
 
A
F
 
F
K
 
N
E
 
R
A
 
G
D
 
-
E
 
K
N
 
V
I
 
V
S
 
T
E
 
E
I
 
I
T
 
T
A
 
C
N
 
Q
A
 
A
M
 
R
G
 
G
A
 
C
M
 
H
A
 
E
A
 
L
A
 
F
D
 
P
G
 
-
K
 
-
C
 
-
N
 
E
I
 
V
K
 
D
T
 
Y
I
 
I
I
 
L
N
 
D
I
 
L
G
|
G
G
|
G
Q
|
Q
D
|
D
S
 
A
K
|
K
A
 
I
I
 
I
S
 
K
L
 
K
D
 
D
D
 
G
E
 
Q
G
 
G
N
 
R
V
 
V
V
 
V
N
 
N
F
 
F
A
 
L
M
 
M
N
 
N
D
 
D
R
 
K
C
|
C
A
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
T
G
|
G
K
 
R
F
 
F
L
 
L
D
 
E
V
 
I
V
 
I
A
 
L
M
 
T
N
 
A
L
 
I
E
 
G
I
 
-
E
 
-
V
 
-
D
 
D
E
 
D
L
 
Y
G
 
R
E
 
D
Y
 
E
H
 
D
F
 
L
K
 
I
S
 
N
Q
 
E
G
 
E
T
 
N
P
 
A
L
 
V
A
 
P
I
 
I
N
 
N
S
 
S
T
 
M
C
|
C
A
 
T
V
|
V
F
 
F
A
 
A
E
 
E
S
 
S
E
 
E
I
 
V
I
 
I
G
 
S
L
 
L
L
 
L
G
 
A
N
 
R
D
 
G
H
 
T
S
 
S
V
 
K
E
 
R
D
 
A
I
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
L
H
 
F
Y
 
K
S
 
T
I
 
T
A
 
A
K
 
K
R
 
R
I
 
L
I
 
A
K
 
K
L
 
F
L
 
A
K
 
E
R
 
S
V
 
L
G
 
G
I
 
K
N
 
P
E
 
R
G
 
K
I
 
L
Y
 
I
F
 
F
D
 
T
G
 
G
G
|
G
P
x
G
A
 
A
L
 
K
N
x
Y
S
 
P
G
 
A
L
 
L
V
 
R
N
 
L
A
 
F
I
 
L
E
 
Q
N
 
K
E
 
E
L
 
M
G
 
G
K
 
V
K
 
E
I
 
V
F
 
V
I
 
V
P
 
P
E
 
P
F
 
E
P
 
P
Q
 
S
I
 
V
T
 
T
T
 
A
S
 
A
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
I
 
L
L
 
I
A
 
A
L
 
R
E
 
E
S
 
T

7yzmE Mgadpnp-bound dccp:dccp-r complex (see paper)
34% identity, 96% coverage: 4:261/268 of query aligns to 2:243/243 of 7yzmE

query
sites
7yzmE
F
 
F
A
 
A
G
 
G
I
 
L
D
 
D
I
 
L
G
|
G
S
|
S
T
|
T
A
x
N
I
 
S
K
|
K
I
 
L
A
 
V
I
 
I
V
 
I
D
 
K
E
 
E
N
 
D
R
 
G
K
 
S
L
 
Y
V
 
T
G
 
F
H
 
K
K
 
V
I
 
V
S
 
P
A
 
T
S
 
-
G
 
-
S
 
-
M
 
-
F
 
-
Y
 
-
K
 
R
Y
 
Y
A
 
E
K
 
P
Q
 
V
A
 
K
L
 
A
K
 
G
E
 
E
M
 
L
L
 
L
D
 
L
E
 
K
L
 
N
N
 
T
I
 
G
D
 
E
E
 
I
K
 
R
N
 
N
L
 
L
V
 
V
Y
 
-
R
 
-
V
 
-
A
 
V
T
 
T
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
R
 
R
K
 
V
L
 
A
F
 
F
K
 
N
E
 
R
A
 
G
D
 
-
E
 
K
N
 
V
I
 
V
S
 
T
E
 
E
I
 
I
T
 
T
A
 
C
N
 
Q
A
 
A
M
 
R
G
 
G
A
 
C
M
 
H
A
 
E
A
 
L
A
 
F
D
 
P
G
 
-
K
 
-
C
 
-
N
 
E
I
 
V
K
 
D
T
 
Y
I
 
I
I
 
L
N
 
D
I
 
L
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
D
 
D
S
 
A
K
 
K
A
 
I
I
 
I
S
 
K
L
 
K
D
 
D
D
 
G
E
 
Q
G
 
G
N
 
R
V
 
V
V
 
V
N
 
N
F
 
F
A
 
L
M
 
M
N
 
N
D
 
D
R
 
K
C
|
C
A
|
A
A
 
A
G
 
G
T
|
T
G
|
G
K
 
R
F
 
F
L
 
L
D
 
E
V
 
I
V
 
I
A
 
L
M
 
T
N
 
A
L
 
I
E
 
G
I
 
-
E
 
-
V
 
-
D
 
D
E
 
D
L
 
Y
G
 
R
E
 
D
Y
 
E
H
 
D
F
 
L
K
 
I
S
 
N
Q
 
E
G
 
E
T
 
N
P
 
A
L
 
V
A
 
P
I
 
I
N
 
N
S
 
S
T
 
M
C
|
C
A
 
T
V
|
V
F
|
F
A
 
A
E
 
E
S
 
S
E
 
E
I
 
V
I
 
I
G
 
S
L
 
L
L
 
L
G
 
A
N
 
R
D
 
G
H
 
T
S
 
S
V
 
K
E
 
R
D
 
A
I
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
L
H
 
F
Y
 
K
S
 
T
I
 
T
A
 
A
K
 
K
R
|
R
I
x
L
I
 
A
K
 
K
L
 
F
L
 
A
K
 
E
R
 
S
V
 
L
G
 
G
I
 
K
N
 
P
E
 
R
G
 
K
I
 
L
Y
 
I
F
 
F
D
 
T
G
 
G
G
|
G
P
 
G
A
 
A
L
x
K
N
x
Y
S
 
P
G
 
A
L
 
L
V
 
R
N
 
L
A
 
F
I
 
L
E
 
Q
N
 
K
E
 
E
L
 
M
G
 
G
K
 
V
K
 
E
I
 
V
F
 
V
I
 
V
P
 
P
E
 
P
F
 
E
P
 
P
Q
 
S
I
 
V
T
 
T
T
 
A
S
 
A
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
I
 
L
L
 
I
A
 
A
L
 
R
E
 
E
S
 
T

7yylE Nucleotide-free dccp:dccp-r complex (see paper)
34% identity, 96% coverage: 4:261/268 of query aligns to 2:243/243 of 7yylE

query
sites
7yylE
F
 
F
A
 
A
G
 
G
I
 
L
D
 
D
I
 
L
G
 
G
S
 
S
T
 
T
A
 
N
I
 
S
K
 
K
I
 
L
A
 
V
I
 
I
V
 
I
D
 
K
E
 
E
N
 
D
R
 
G
K
 
S
L
 
Y
V
 
T
G
 
F
H
 
K
K
 
V
I
 
V
S
 
P
A
 
T
S
 
-
G
 
-
S
 
-
M
 
-
F
 
-
Y
 
-
K
 
R
Y
 
Y
A
 
E
K
 
P
Q
 
V
A
 
K
L
 
A
K
 
G
E
 
E
M
 
L
L
 
L
D
 
L
E
 
K
L
 
N
N
 
T
I
 
G
D
 
E
E
 
I
K
 
R
N
 
N
L
 
L
V
 
V
Y
 
-
R
 
-
V
 
-
A
 
V
T
 
T
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
K
 
V
L
 
A
F
 
F
K
 
N
E
 
R
A
 
G
D
 
-
E
 
K
N
 
V
I
 
V
S
 
T
E
 
E
I
 
I
T
 
T
A
 
C
N
 
Q
A
 
A
M
 
R
G
 
G
A
 
C
M
 
H
A
 
E
A
 
L
A
 
F
D
 
P
G
 
-
K
 
-
C
 
-
N
 
E
I
 
V
K
 
D
T
 
Y
I
 
I
I
 
L
N
 
D
I
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
S
 
A
K
 
K
A
 
I
I
 
I
S
 
K
L
 
K
D
 
D
D
 
G
E
 
Q
G
 
G
N
 
R
V
 
V
V
 
V
N
 
N
F
 
F
A
 
L
M
 
M
N
 
N
D
 
D
R
 
K
C
|
C
A
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
T
G
 
G
K
 
R
F
 
F
L
 
L
D
 
E
V
 
I
V
 
I
A
 
L
M
 
T
N
 
A
L
 
I
E
 
G
I
 
-
E
 
-
V
 
-
D
 
D
E
 
D
L
 
Y
G
 
R
E
 
D
Y
 
E
H
 
D
F
 
L
K
 
I
S
 
N
Q
 
E
G
 
E
T
 
N
P
 
A
L
 
V
A
 
P
I
 
I
N
 
N
S
 
S
T
 
M
C
|
C
A
 
T
V
 
V
F
 
F
A
 
A
E
 
E
S
 
S
E
 
E
I
 
V
I
 
I
G
 
S
L
 
L
L
 
L
G
 
A
N
 
R
D
 
G
H
 
T
S
 
S
V
 
K
E
 
R
D
 
A
I
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
L
H
 
F
Y
 
K
S
 
T
I
 
T
A
 
A
K
 
K
R
 
R
I
 
L
I
 
A
K
 
K
L
 
F
L
 
A
K
 
E
R
 
S
V
 
L
G
 
G
I
 
K
N
 
P
E
 
R
G
 
K
I
 
L
Y
 
I
F
 
F
D
 
T
G
 
G
G
 
G
P
 
G
A
 
A
L
 
K
N
 
Y
S
 
P
G
 
A
L
 
L
V
 
R
N
 
L
A
 
F
I
 
L
E
 
Q
N
 
K
E
 
E
L
 
M
G
 
G
K
 
V
K
 
E
I
 
V
F
 
V
I
 
V
P
 
P
E
 
P
F
 
E
P
 
P
Q
 
S
I
 
V
T
 
T
T
 
A
S
 
A
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
I
 
L
L
 
I
A
 
A
L
 
R
E
 
E
S
 
T

Query Sequence

>WP_011371908.1 NCBI__GCF_000012965.1:WP_011371908.1
MNYFAGIDIGSTAIKIAIVDENRKLVGHKISASGSMFYKYAKQALKEMLDELNIDEKNLV
YRVATGYGRKLFKEADENISEITANAMGAMAAADGKCNIKTIINIGGQDSKAISLDDEGN
VVNFAMNDRCAAGTGKFLDVVAMNLEIEVDELGEYHFKSQGTPLAINSTCAVFAESEIIG
LLGNDHSVEDIVAGVHYSIAKRIIKLLKRVGINEGIYFDGGPALNSGLVNAIENELGKKI
FIPEFPQITTSYGAAILALESYEFENKI

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory