SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011372105.1 NCBI__GCF_000012965.1:WP_011372105.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 10 hits to proteins with known functional sites (download)

3mwbA The crystal structure of prephenate dehydratase in complex with l-phe from arthrobacter aurescens to 2.0a
32% identity, 74% coverage: 94:360/363 of query aligns to 5:279/306 of 3mwbA

query
sites
3mwbA
Y
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
P
E
 
Q
G
 
G
S
 
T
F
 
F
T
 
T
H
 
E
Q
 
A
A
 
A
A
 
L
E
 
M
S
 
Q
R
 
V
F
 
P
G
 
G
A
 
A
M
 
A
-
 
D
S
 
A
D
 
T
Y
 
R
M
 
I
P
 
P
M
 
C
R
 
T
S
 
N
I
 
V
S
 
N
H
 
T
V
 
A
F
 
L
K
 
E
E
 
R
L
 
V
E
 
R
T
 
A
K
 
G
R
 
E
A
 
A
K
 
D
F
 
A
G
 
A
V
 
M
V
 
V
P
 
P
I
 
I
E
 
E
N
 
N
S
 
S
R
 
V
D
 
E
G
 
G
V
 
G
V
 
V
G
 
T
E
 
A
T
 
T
L
 
L
D
 
D
L
 
A
L
 
I
A
 
A
K
 
T
S
 
G
S
 
Q
-
 
E
V
 
L
K
 
R
I
 
I
V
 
I
A
 
R
E
 
E
L
 
A
Y
 
L
M
 
V
P
 
P
I
 
I
H
 
T
M
 
F
S
 
V
F
 
L
V
 
V
T
 
A
K
 
R
A
 
P
K
 
G
-
 
V
K
 
E
I
 
L
S
 
S
D
 
D
I
 
I
T
 
K
K
 
R
I
 
I
Y
 
S
S
 
T
R
 
H
D
 
G
K
 
H
G
 
A
F
 
W
G
 
A
Q
 
Q
C
 
C
R
 
R
E
 
L
F
 
W
L
 
V
Q
 
D
E
 
E
H
 
H
N
 
-
L
 
L
S
 
P
N
 
N
V
 
A
E
 
D
L
 
Y
I
 
V
P
 
P
V
 
G
E
 
S
S
 
S
T
 
T
A
 
A
K
 
A
A
 
S
A
 
A
I
 
M
L
 
G
A
 
L
S
 
L
K
 
E
D
 
D
D
 
D
S
 
A
A
 
P
-
 
Y
-
 
E
A
 
A
A
 
A
I
 
I
C
 
C
S
 
A
H
 
P
-
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
A
K
 
E
L
 
Q
Y
 
P
N
 
G
V
 
L
P
 
N
T
 
V
M
 
L
F
 
A
D
 
E
H
 
D
V
 
I
E
 
G
D
 
D
S
 
N
I
 
P
G
 
D
S
 
A
Q
 
V
T
|
T
R
 
R
F
|
F
F
 
I
I
 
L
L
 
V
S
 
S
-
 
R
-
 
P
D
 
G
F
 
A
K
 
L
N
 
P
E
 
E
K
 
R
S
 
T
Y
 
G
D
 
A
D
 
D
K
 
K
T
 
T
S
 
T
I
 
V
L
 
V
V
 
V
R
 
P
L
 
L
K
 
P
D
 
E
S
x
D
V
 
-
K
x
H
A
 
P
G
 
G
S
 
A
L
|
L
V
 
M
H
 
E
F
 
I
L
 
L
Q
 
D
D
 
Q
F
 
F
E
 
A
H
 
S
E
 
R
S
 
G
I
 
V
N
|
N
L
|
L
S
|
S
K
x
R
I
 
I
E
 
E
S
|
S
R
 
R
P
 
P
S
 
T
K
 
G
E
 
Q
K
 
Y
G
 
L
G
 
G
F
 
-
E
 
H
Y
 
Y
W
 
F
F
|
F
F
 
S
I
 
I
D
 
D
F
 
A
Y
 
D
G
 
G
H
 
H
V
 
A
D
 
T
D
 
D
E
 
S
K
 
R
F
 
V
Q
 
A
K
 
D
V
 
A
-
 
L
-
 
A
-
 
G
L
 
L
Q
 
H
K
 
R
H
 
I
K
 
S
E
 
P
E
 
A
V
 
T
T
 
R
W
 
F
L
 
L
G
 
G
S
 
S
Y
 
Y
V
 
A
K
 
R
G
 
A
E
 
D
E
 
K

3mwbB The crystal structure of prephenate dehydratase in complex with l-phe from arthrobacter aurescens to 2.0a
32% identity, 74% coverage: 94:360/363 of query aligns to 5:276/303 of 3mwbB

query
sites
3mwbB
Y
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
P
E
 
Q
G
 
G
S
 
T
F
 
F
T
 
T
H
 
E
Q
 
A
A
 
A
A
 
L
E
 
M
S
 
Q
R
 
V
F
 
P
G
 
G
A
 
A
M
 
A
-
 
D
S
 
A
D
 
T
Y
 
R
M
 
I
P
 
P
M
 
C
R
 
T
S
 
N
I
 
V
S
 
N
H
 
T
V
 
A
F
 
L
K
 
E
E
 
R
L
 
V
E
 
R
T
 
A
K
 
G
R
 
E
A
 
A
K
 
D
F
 
A
G
 
A
V
 
M
V
 
V
P
 
P
I
 
I
E
 
E
N
 
N
S
 
S
R
 
V
D
 
E
G
 
G
V
 
G
V
 
V
G
 
T
E
 
A
T
 
T
L
 
L
D
 
D
L
 
A
L
 
I
A
 
A
K
 
T
S
 
G
S
 
Q
-
 
E
V
 
L
K
 
R
I
 
I
V
 
I
A
 
R
E
 
E
L
 
A
Y
 
L
M
 
V
P
 
P
I
 
I
H
 
T
M
 
F
S
 
V
F
 
L
V
 
V
T
 
A
K
 
R
A
 
P
K
 
G
-
 
V
K
 
E
I
 
L
S
 
S
D
 
D
I
 
I
T
 
K
K
 
R
I
 
I
Y
 
S
S
 
T
R
 
H
D
 
G
K
 
H
G
 
A
F
 
W
G
 
A
Q
 
Q
C
 
C
R
 
R
E
 
L
F
 
W
L
 
V
Q
 
D
E
 
E
H
 
H
N
 
-
L
 
L
S
 
P
N
 
N
V
 
A
E
 
D
L
 
Y
I
 
V
P
 
P
V
 
G
E
 
S
S
 
S
T
 
T
A
 
A
K
 
A
A
 
S
A
 
A
I
 
M
L
 
G
A
 
L
S
 
L
K
 
E
D
 
D
D
 
D
S
 
A
A
 
P
-
 
Y
-
 
E
A
 
A
A
 
A
I
 
I
C
 
C
S
 
A
H
 
P
-
 
L
I
 
I
A
|
A
A
 
A
K
 
E
L
x
Q
Y
 
P
N
 
G
V
x
L
P
 
N
T
 
V
M
 
L
F
 
A
D
 
E
H
 
D
V
 
I
E
 
G
D
 
D
S
 
N
I
 
P
G
 
D
S
 
A
Q
 
V
T
|
T
R
 
R
F
|
F
F
 
I
I
 
L
L
 
V
S
 
S
-
 
R
-
 
P
D
 
G
F
 
A
K
 
L
N
 
P
E
 
E
K
 
R
S
 
T
Y
 
G
D
 
A
D
 
D
K
 
K
T
 
T
S
 
T
I
 
V
L
 
V
V
 
V
R
 
P
L
 
L
K
 
P
D
 
E
S
x
D
V
 
-
K
x
H
A
 
P
G
 
G
S
 
A
L
|
L
V
 
M
H
 
E
F
 
I
L
 
L
Q
 
D
D
 
Q
F
 
F
E
 
A
H
 
S
E
 
R
S
 
G
I
 
V
N
|
N
L
|
L
S
|
S
K
x
R
I
|
I
E
 
E
S
 
S
R
 
R
P
 
P
S
 
T
K
 
L
E
 
G
K
 
-
G
 
-
G
 
-
F
 
-
E
 
H
Y
|
Y
W
 
F
F
|
F
F
 
S
I
 
I
D
 
D
F
 
A
Y
 
D
G
 
G
H
 
H
V
 
A
D
 
T
D
 
D
E
 
S
K
 
R
F
 
V
Q
 
A
K
 
D
V
 
A
-
 
L
-
 
A
-
 
G
L
 
L
Q
 
H
K
 
R
H
 
I
K
 
S
E
 
P
E
 
A
V
 
T
T
 
R
W
 
F
L
 
L
G
 
G
S
 
S
Y
 
Y
V
 
A
K
 
R
G
 
A
E
 
D
E
 
K

2qmxA The crystal structure of l-phe inhibited prephenate dehydratase from chlorobium tepidum tls (see paper)
33% identity, 73% coverage: 92:355/363 of query aligns to 4:273/278 of 2qmxA

query
sites
2qmxA
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
L
 
Q
G
 
G
P
 
E
E
 
P
G
 
G
S
 
A
F
 
Y
T
 
S
H
 
E
Q
 
I
A
 
A
A
 
A
E
 
-
S
 
L
R
 
R
F
 
F
G
 
G
A
 
-
M
 
-
S
 
-
D
 
E
Y
 
P
M
 
L
P
 
P
M
 
C
R
 
E
S
 
S
I
 
F
S
 
D
H
 
D
V
 
V
F
 
F
K
 
S
E
 
A
L
 
V
E
 
T
T
 
E
K
 
Q
R
 
K
A
 
A
K
 
D
F
 
Y
G
 
A
V
 
V
V
 
I
P
 
P
I
 
I
E
 
E
N
 
N
S
 
S
R
 
L
D
 
G
G
 
G
V
 
S
V
 
I
G
 
H
E
 
Q
T
 
N
L
 
Y
D
 
D
L
 
L
L
 
L
A
 
L
K
 
R
S
 
R
S
 
P
V
 
V
K
 
V
I
 
I
V
 
L
A
 
A
E
 
E
L
 
T
Y
 
F
M
 
V
P
 
K
I
 
V
-
 
E
H
 
H
M
 
C
S
 
L
F
 
L
V
 
G
T
 
L
K
 
P
A
 
G
K
 
A
K
 
S
I
 
V
S
 
E
D
 
T
I
 
A
T
 
T
K
 
K
I
 
A
Y
 
M
S
 
S
R
 
H
D
 
P
K
 
Q
G
 
A
F
 
L
G
 
V
Q
 
Q
C
 
C
R
 
H
E
 
N
F
 
F
L
 
F
Q
 
A
E
 
T
H
 
H
N
 
P
L
 
Q
S
 
I
N
 
R
V
 
A
E
 
E
L
 
A
I
 
A
P
 
Y
V
 
D
E
 
T
S
 
A
T
 
G
A
 
S
K
 
A
A
 
K
A
 
M
I
 
V
L
 
A
A
 
E
S
 
S
K
 
R
D
 
D
D
 
K
S
 
S
A
 
A
A
 
L
A
 
A
I
 
I
C
 
A
S
 
S
H
 
K
I
 
R
A
 
A
A
 
G
K
 
E
L
 
L
Y
 
Y
N
 
G
V
 
L
P
 
D
T
 
I
M
 
L
F
 
K
D
 
E
H
 
N
V
 
L
E
 
A
D
 
D
S
 
E
I
 
E
G
 
W
S
 
N
Q
 
I
T
|
T
R
 
R
F
|
F
F
 
F
I
 
C
L
 
I
S
 
A
-
 
H
-
 
E
-
 
N
-
 
N
-
 
P
D
 
D
F
 
I
K
 
S
N
 
H
E
 
L
K
 
K
S
 
V
Y
 
R
D
 
P
D
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
R
-
 
Q
K
 
K
T
 
T
S
 
S
I
 
I
L
 
V
V
 
F
R
 
A
L
 
L
K
 
P
D
x
N
S
 
-
V
 
-
K
x
E
A
 
Q
G
 
G
S
 
S
L
|
L
V
 
F
H
 
R
F
 
A
L
 
L
Q
 
A
D
 
T
F
 
F
E
 
A
H
 
L
E
 
R
S
 
G
I
 
I
N
x
D
L
|
L
S
x
T
K
|
K
I
 
I
E
 
E
S
|
S
R
 
R
P
 
P
S
 
S
K
 
R
E
 
K
K
 
K
G
 
-
G
 
A
F
 
F
E
 
E
Y
|
Y
W
 
L
F
|
F
F
 
Y
I
 
A
D
 
D
F
 
F
Y
 
I
G
 
G
H
 
H
V
 
R
D
 
E
D
 
D
E
 
Q
K
 
N
F
 
V
Q
 
H
K
 
N
V
 
A
L
 
L
Q
 
E
K
 
N
H
 
L
K
 
R
E
 
E
E
 
F
V
 
A
T
 
T
W
 
M
-
 
V
-
 
K
-
 
V
L
 
L
G
 
G
S
 
S
Y
 
Y

P0A9J8 Bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase; Chorismate mutase-prephenate dehydratase; P-protein; EC 5.4.99.5; EC 4.2.1.51 from Escherichia coli (strain K12)
27% identity, 96% coverage: 8:355/363 of query aligns to 11:375/386 of P0A9J8

query
sites
P0A9J8
R
|
R
D
 
E
G
 
K
I
 
I
D
 
S
A
 
A
I
 
L
D
 
D
N
 
E
K
 
K
I
 
L
L
 
L
E
 
A
L
 
L
L
 
L
N
 
A
Q
 
E
R
|
R
M
 
R
V
 
E
V
 
L
V
 
A
K
 
V
R
 
E
V
 
V
G
 
G
E
 
K
I
 
A
K
|
K
K
 
L
D
 
L
S
 
S
K
 
H
S
 
R
A
 
P
I
 
V
Y
 
R
R
 
D
P
 
I
E
 
D
R
 
R
E
|
E
K
 
R
A
 
D
I
 
L
I
 
L
E
 
E
R
 
R
L
 
L
T
 
I
L
 
-
Q
 
-
S
 
T
V
 
L
N
 
G
D
 
K
K
 
A
G
 
H
L
 
H
L
 
L
N
 
D
Q
 
A
D
 
H
A
 
Y
I
 
I
E
 
T
A
 
R
I
 
L
F
 
F
-
 
Q
-
 
L
-
 
I
L
 
I
E
 
E
I
 
D
F
 
S
A
 
V
V
 
L
S
 
T
R
x
Q
N
 
Q
L
 
A
E
 
L
L
 
L
P
 
Q
E
 
Q
-
 
H
-
 
L
-
 
N
-
 
K
-
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
H
-
 
S
-
 
A
R
 
R
I
 
I
A
 
A
Y
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
P
E
 
K
G
 
G
S
 
S
F
 
Y
T
 
S
H
 
H
Q
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
R
S
 
-
R
 
Q
F
 
Y
G
 
A
A
 
A
M
 
R
S
 
H
D
 
F
Y
 
E
M
 
Q
P
 
F
M
 
I
R
 
E
S
 
S
-
 
G
-
 
C
-
 
A
-
 
K
I
 
F
S
 
A
H
 
D
V
 
I
F
 
F
K
 
N
E
 
Q
L
 
V
E
 
E
T
 
T
K
 
G
R
 
Q
A
 
A
K
 
D
F
 
Y
G
 
A
V
 
V
V
 
V
P
 
P
I
 
I
E
 
E
N
 
N
S
 
T
R
 
S
D
 
S
G
 
G
V
 
A
V
 
I
G
 
N
E
 
D
T
 
V
L
 
Y
D
 
D
L
 
L
L
 
L
A
 
Q
K
 
H
S
 
T
S
 
S
V
 
L
K
 
S
I
 
I
V
 
V
A
 
G
E
 
E
L
 
M
Y
 
T
M
 
L
P
 
T
I
 
I
-
 
D
H
 
H
M
 
C
S
 
L
F
 
L
V
 
V
T
 
S
K
 
G
A
 
T
K
 
T
K
 
D
I
 
L
S
 
S
D
 
T
I
 
I
T
 
N
K
 
T
I
 
V
Y
 
Y
S
 
S
R
 
H
D
 
P
K
 
Q
G
 
P
F
 
F
G
 
Q
Q
 
Q
C
 
C
R
 
S
E
 
K
F
 
F
L
 
L
Q
 
N
E
 
R
H
 
Y
N
 
P
L
 
H
S
 
W
N
 
K
V
 
I
E
 
E
L
 
Y
I
 
T
P
 
E
V
 
S
E
 
T
S
 
S
T
 
A
A
 
A
K
 
M
A
 
E
A
 
K
I
 
V
L
 
A
A
 
Q
S
 
A
K
 
K
D
 
S
D
 
P
S
 
H
A
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
L
C
 
G
S
 
S
H
 
E
I
 
A
A
 
G
A
 
G
K
 
T
L
 
L
Y
 
Y
N
 
G
V
 
L
P
 
Q
T
 
V
M
 
L
F
 
E
D
 
R
H
 
I
V
 
E
E
 
A
D
 
N
S
 
Q
I
 
R
G
 
Q
S
 
N
Q
 
F
T
 
T
R
 
R
F
 
F
F
 
V
I
 
V
L
 
L
S
 
A
-
 
R
-
 
K
D
 
A
F
 
I
K
 
N
N
 
V
E
 
S
K
 
D
S
 
Q
Y
 
V
D
 
P
D
 
A
K
 
K
T
 
T
S
 
T
I
 
L
L
 
L
V
 
-
R
 
-
L
 
M
K
 
A
D
 
T
S
 
G
V
 
Q
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
S
 
A
L
 
L
V
 
V
H
 
E
F
 
A
L
 
L
Q
 
L
D
 
V
F
 
L
E
 
R
H
 
N
E
 
H
S
 
N
I
 
L
N
 
I
L
 
M
S
 
T
K
 
R
I
 
L
E
 
E
S
 
S
R
 
R
P
 
P
S
 
I
K
 
-
E
 
H
K
 
G
G
 
N
G
 
P
F
 
W
E
 
E
Y
 
E
W
 
M
F
 
F
F
 
Y
I
 
L
D
 
D
F
 
I
Y
 
Q
G
 
A
H
 
N
V
 
L
D
 
E
D
 
S
E
 
A
K
 
E
F
 
M
Q
 
Q
K
 
K
V
 
A
L
 
L
Q
 
K
K
 
E
H
 
L
K
 
G
E
 
E
-
 
I
-
 
T
-
 
R
E
 
S
V
 
M
T
 
K
W
 
V
L
 
L
G
 
G
S
 
C
Y
 
Y

6vh5D Crystal structure of prephenate dehydratase from brucella melitensis biovar abortus 2308 in complex with phenylalanine
29% identity, 75% coverage: 91:361/363 of query aligns to 8:281/282 of 6vh5D

query
sites
6vh5D
R
 
R
I
 
I
A
 
S
Y
 
F
L
 
Q
G
 
G
P
 
E
E
 
A
G
 
G
S
 
A
F
 
N
T
 
S
H
 
D
Q
 
T
A
 
A
A
 
C
E
 
R
S
 
N
R
 
M
F
 
F
G
 
P
A
 
D
M
 
M
S
 
-
D
 
E
Y
 
P
M
 
L
P
 
P
M
 
C
R
 
P
S
 
T
I
 
F
S
 
E
H
 
D
V
 
A
F
 
F
K
 
N
E
 
A
L
 
V
E
 
E
T
 
T
K
 
G
R
 
A
A
 
A
K
 
D
F
 
L
G
 
A
V
 
M
V
 
I
P
 
P
I
 
I
E
 
E
N
 
N
S
 
T
R
 
L
D
 
A
G
 
G
V
 
R
V
 
V
G
 
A
E
 
D
T
 
I
L
 
H
D
 
Y
L
 
L
L
 
L
A
 
P
K
 
L
S
 
A
S
 
D
V
 
M
K
 
H
I
 
I
V
 
V
A
 
G
E
 
E
L
 
Y
Y
 
F
M
 
L
P
 
P
I
 
I
H
 
H
M
 
F
S
 
Q
F
 
L
-
 
M
V
 
V
T
 
L
K
 
P
A
 
G
K
 
V
K
 
R
I
 
R
S
 
E
D
 
E
I
 
I
T
 
K
K
 
T
I
 
V
Y
 
H
S
 
S
R
 
H
D
 
I
K
 
H
G
 
A
F
 
L
G
 
G
Q
 
Q
C
 
C
R
 
R
E
 
N
F
 
V
L
 
I
Q
 
R
E
 
Q
H
 
N
N
 
G
L
 
W
S
 
K
N
 
G
V
 
V
E
 
-
L
 
-
I
 
I
P
 
A
V
 
G
E
 
D
S
 
T
T
 
A
A
 
G
K
 
A
A
 
A
A
 
R
I
 
L
L
 
V
A
 
A
S
 
D
-
 
V
K
 
K
D
 
D
D
 
R
S
 
S
A
 
M
A
 
A
A
 
A
I
 
L
C
 
A
S
 
P
H
 
R
I
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
D
L
 
L
Y
 
Y
N
 
G
V
 
L
P
 
D
T
 
I
M
 
L
F
 
E
D
 
E
H
 
N
V
 
V
E
 
E
D
 
D
S
 
S
I
 
E
G
 
N
S
 
N
Q
 
V
T
 
T
R
 
R
F
 
F
F
 
V
I
 
V
L
 
L
S
 
S
D
 
K
F
 
N
K
 
K
N
 
Q
E
 
W
K
 
A
S
 
A
Y
 
R
D
 
P
D
 
E
K
 
N
-
 
D
-
 
E
-
 
R
-
 
I
-
 
V
T
 
T
S
 
T
I
 
F
L
 
V
V
 
F
R
 
R
L
 
V
K
 
R
D
x
N
S
x
V
V
 
P
K
 
A
A
 
A
G
 
-
S
 
-
L
|
L
V
 
Y
H
 
K
F
 
A
L
 
L
Q
 
G
D
 
G
F
 
F
E
 
A
H
 
T
E
 
N
S
 
G
I
 
V
N
|
N
L
x
M
S
x
T
K
|
K
I
 
L
E
 
E
S
 
-
R
 
-
P
 
-
S
|
S
K
 
Y
E
 
Q
K
 
L
G
 
G
G
 
G
-
 
R
-
 
F
F
 
I
E
 
A
Y
x
T
W
 
Q
F
|
F
F
 
Y
I
 
A
D
 
D
F
 
I
Y
 
E
G
 
G
H
 
H
V
 
P
D
 
E
D
 
E
E
 
R
K
 
S
F
 
V
Q
 
Q
K
 
L
V
 
A
L
 
L
Q
 
E
K
 
E
H
 
L
K
 
R
-
 
F
-
 
F
-
 
T
E
 
K
E
 
E
V
 
V
T
 
R
W
 
I
L
 
L
G
 
G
S
 
V
Y
 
Y
V
 
-
K
 
K
G
 
G
E
 
S
E
 
D
I
 
I

3luyA Putative chorismate mutase from bifidobacterium adolescentis
25% identity, 72% coverage: 91:351/363 of query aligns to 5:276/326 of 3luyA

query
sites
3luyA
R
 
K
I
 
L
A
 
F
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
P
 
P
E
 
Q
G
 
G
S
 
T
F
 
F
T
 
T
H
 
H
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
V
-
 
N
-
 
A
-
 
A
-
 
Q
-
 
E
-
 
L
S
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
E
A
 
P
M
 
Q
S
 
G
-
 
F
D
 
D
Y
 
L
M
 
M
P
 
P
M
 
M
R
 
D
S
 
D
I
 
V
S
 
P
H
 
Q
V
 
I
F
 
L
K
 
D
E
 
A
L
 
A
E
 
Q
T
 
H
K
 
G
R
 
D
A
 
G
K
 
-
F
 
W
G
 
G
V
 
I
V
 
V
P
 
A
I
 
W
E
 
E
N
 
N
S
 
N
R
 
V
D
 
E
G
 
G
V
 
Y
V
 
V
G
 
V
E
 
P
T
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
A
L
 
L
A
 
I
K
 
D
S
 
A
S
 
K
V
 
-
K
 
D
I
 
L
V
 
V
A
 
G
E
 
F
L
 
A
Y
 
R
M
 
V
P
 
G
I
 
V
H
 
N
M
 
V
S
 
E
F
 
F
-
 
D
-
 
A
-
 
Y
V
 
V
T
 
A
K
 
Q
A
 
G
K
 
A
K
 
D
I
 
P
S
 
A
D
 
E
I
 
A
T
 
R
K
 
I
I
 
A
Y
 
T
S
 
A
R
 
H
D
 
P
K
 
H
G
 
G
F
 
L
G
 
A
Q
 
Q
C
 
C
R
 
K
E
 
R
F
 
F
L
 
I
Q
 
A
E
 
E
H
 
H
N
 
R
L
 
L
S
 
S
N
 
T
V
 
Q
E
 
-
L
 
-
I
 
-
P
 
P
V
 
A
E
 
T
S
 
S
T
 
N
A
 
A
K
 
A
A
 
A
A
 
C
-
 
R
-
 
D
I
 
L
L
 
I
A
 
P
S
 
G
K
 
E
D
 
I
D
 
A
S
 
F
A
 
G
A
 
P
A
 
A
I
 
I
C
 
C
S
 
G
H
 
-
I
 
-
A
 
-
A
 
-
K
 
E
L
 
L
Y
 
Y
N
 
D
V
 
I
P
 
T
T
 
R
M
 
I
F
 
G
D
 
T
H
 
A
V
 
I
E
 
Q
D
 
D
S
 
Y
I
 
Q
G
 
G
S
 
A
Q
 
A
T
|
T
R
 
D
F
 
F
F
 
L
I
 
V
L
 
L
S
 
S
D
 
P
F
 
R
-
 
A
-
 
E
-
 
V
-
 
A
-
 
R
-
 
L
-
 
L
-
 
A
-
 
K
K
 
P
N
 
R
E
 
A
K
 
E
S
 
A
Y
 
N
D
 
V
D
 
E
K
 
Y
T
 
E
S
 
S
I
 
V
L
 
L
V
 
T
R
 
L
L
 
I
K
 
P
D
 
L
S
 
V
V
 
T
K
x
G
A
 
P
G
 
G
S
 
V
L
|
L
V
 
A
H
 
N
F
 
L
L
 
L
Q
 
D
D
 
V
F
 
F
E
 
R
H
 
D
E
 
A
S
 
G
I
 
L
N
 
N
L
 
M
S
 
T
K
 
S
I
 
F
E
 
I
S
 
S
R
 
R
P
 
P
S
 
I
K
 
K
E
 
G
K
 
R
G
 
T
G
 
G
F
 
-
E
 
T
Y
|
Y
W
 
S
F
|
F
F
 
I
I
 
V
D
 
T
F
 
L
Y
 
D
G
 
A
H
 
A
V
 
P
D
 
W
D
 
E
E
 
E
K
 
R
F
 
F
Q
 
R
K
 
D
V
 
A
L
 
L
Q
 
V
K
 
E
H
 
I
K
 
A
E
 
E
E
 
H
V
 
G
T
 
D
W
 
W

7am0B Gqqa- a novel type of quorum quenching acylases (see paper)
25% identity, 69% coverage: 92:342/363 of query aligns to 4:253/278 of 7am0B

query
sites
7am0B
I
 
I
A
 
A
Y
 
F
L
 
Q
G
 
G
P
 
R
E
 
P
G
 
G
S
 
A
F
 
Y
T
 
S
H
 
D
Q
 
L
A
 
A
A
 
C
-
 
R
E
 
Q
S
 
A
R
 
R
F
 
P
G
 
G
A
 
W
M
 
T
S
 
T
D
 
-
Y
 
-
M
 
L
P
 
P
M
 
C
R
 
Q
S
 
T
I
 
F
S
 
A
H
 
Q
V
 
T
F
 
I
K
 
A
E
 
A
L
 
V
E
 
H
T
 
D
K
 
G
R
 
R
A
 
A
K
 
E
F
 
L
G
 
A
V
 
M
V
 
L
P
 
A
I
 
C
E
 
E
N
 
N
S
 
S
R
 
L
D
 
A
G
 
G
V
 
R
V
 
V
G
 
P
E
 
D
T
 
I
L
 
H
D
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
P
K
 
E
S
 
A
S
 
G
V
 
L
K
 
F
I
 
I
V
 
V
A
 
G
E
 
E
L
 
H
Y
 
F
M
 
Q
P
 
R
I
 
V
-
 
E
H
 
H
M
 
C
S
 
L
F
 
L
V
 
G
T
 
I
K
 
P
A
 
G
K
 
S
K
 
T
I
 
L
S
 
A
D
 
D
I
 
A
T
 
R
K
 
R
I
 
I
Y
 
H
S
 
T
R
 
H
D
 
P
K
 
V
G
 
A
F
 
M
G
 
A
Q
 
Q
C
 
V
R
 
R
E
 
G
F
 
I
L
 
I
Q
 
T
E
 
E
H
 
L
N
 
G
L
 
L
S
 
D
N
 
P
V
 
V
E
 
-
L
 
-
I
 
-
P
 
-
V
 
V
E
 
E
-
 
F
S
 
D
T
 
T
A
 
A
K
 
G
A
 
A
A
 
A
I
 
E
L
 
M
-
 
V
-
 
R
-
 
E
-
 
W
A
 
G
S
 
R
K
 
K
D
 
E
D
 
D
S
 
-
A
 
-
A
 
V
A
 
A
I
 
V
C
 
A
S
 
S
H
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
E
L
 
L
Y
 
N
N
 
G
V
 
L
P
 
E
T
 
I
M
 
L
F
 
R
D
 
R
H
 
N
V
 
V
E
 
E
D
 
D
S
 
A
I
 
T
G
 
H
S
 
N
Q
 
T
T
 
T
R
 
R
F
 
F
F
 
Y
I
 
I
L
 
A
S
 
S
D
 
R
F
 
R
K
 
P
N
 
A
E
 
T
K
 
L
S
 
P
Y
 
P
D
 
P
D
 
G
K
 
P
-
 
G
-
 
F
-
 
M
T
 
T
S
 
T
I
 
L
L
 
L
V
 
F
R
 
R
L
 
V
K
x
N
D
x
N
S
 
-
V
 
-
K
x
Q
A
x
P
G
 
G
S
 
A
L
|
L
V
 
Y
H
 
K
F
 
A
L
 
L
Q
 
G
D
 
G
F
 
L
E
 
A
H
 
T
E
 
A
S
 
G
I
 
V
N
|
N
L
x
M
S
x
T
K
x
R
I
 
L
E
 
E
S
 
S
R
 
-
P
 
-
S
 
Y
K
 
M
E
 
L
K
 
E
G
 
G
G
 
S
F
 
F
E
 
S
-
 
A
Y
x
T
W
 
Q
F
|
F
F
 
L
I
 
M
D
 
D
F
 
V
Y
 
E
G
 
G
H
 
H
V
 
P
D
 
E
D
 
A
E
 
P
K
 
P
F
 
L
Q
 
A
K
 
R
V
 
A
L
 
L

6al9A Crystal structure of chorismate mutase from helicobacter pylori in complex with prephenate
36% identity, 23% coverage: 4:87/363 of query aligns to 4:82/90 of 6al9A

query
sites
6al9A
L
 
L
E
 
E
E
 
N
C
 
L
R
 
R
D
 
A
G
 
E
I
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
L
D
 
D
N
 
N
K
 
E
I
 
L
L
 
S
E
 
D
L
 
L
L
 
L
N
 
D
Q
 
K
R
|
R
M
 
L
V
 
E
V
 
I
V
 
A
K
 
L
R
 
K
V
 
I
G
 
A
E
 
L
I
 
I
K
 
K
K
 
Q
D
 
E
S
 
-
K
 
-
S
 
S
A
 
P
I
 
I
Y
 
Y
R
x
C
P
 
P
E
 
K
R
|
R
E
|
E
K
 
Q
A
 
E
I
 
I
I
 
L
E
 
K
R
 
R
L
 
L
T
 
-
L
 
-
Q
 
-
S
 
S
V
 
Q
N
 
R
D
 
D
K
 
F
G
 
K
L
 
H
L
 
L
N
 
N
Q
 
G
D
 
E
A
 
I
I
 
L
E
 
T
A
 
G
I
 
F
F
 
Y
L
 
T
E
 
E
I
 
V
F
|
F
A
 
K
V
 
I
S
|
S
R
 
R
N
 
K
L
 
F
E
x
Q

6al9B Crystal structure of chorismate mutase from helicobacter pylori in complex with prephenate
36% identity, 23% coverage: 4:87/363 of query aligns to 5:83/91 of 6al9B

query
sites
6al9B
L
 
L
E
 
E
E
 
N
C
 
L
R
 
R
D
 
A
G
 
E
I
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
L
D
 
D
N
 
N
K
 
E
I
 
L
L
 
S
E
 
D
L
 
L
L
 
L
N
 
D
Q
 
K
R
 
R
M
 
L
V
 
E
V
 
I
V
 
A
K
 
L
R
 
K
V
x
I
G
 
A
E
 
L
I
 
I
K
 
K
K
 
Q
D
 
E
S
 
-
K
 
-
S
 
S
A
 
P
I
 
I
Y
 
Y
R
 
C
P
 
P
E
 
K
R
 
R
E
 
E
K
 
Q
A
 
E
I
 
I
I
 
L
E
 
K
R
 
R
L
 
L
T
 
-
L
 
-
Q
 
-
S
 
S
V
 
Q
N
 
R
D
 
D
K
 
F
G
 
K
L
 
H
L
 
L
N
 
N
Q
 
G
D
 
E
A
 
I
I
 
L
E
 
T
A
 
G
I
 
F
F
 
Y
L
 
T
E
 
E
I
 
V
F
 
F
A
 
K
V
 
I
S
 
S
R
 
R
N
 
K
L
 
F
E
x
Q

5j6fA Crystal structure of dah7ps-cm complex from geobacillus sp. With prephenate (see paper)
34% identity, 24% coverage: 4:90/363 of query aligns to 4:85/352 of 5j6fA

query
sites
5j6fA
L
 
L
E
 
D
E
 
E
C
 
L
R
 
R
D
 
A
G
 
R
I
 
V
D
 
D
A
 
E
I
 
I
D
 
N
N
 
L
K
 
Q
I
 
L
L
 
L
E
 
K
L
 
L
L
 
I
N
 
N
Q
 
E
R
|
R
M
 
G
V
 
R
V
 
L
V
 
V
K
 
Q
R
 
E
V
x
I
G
 
G
E
 
K
I
 
I
K
|
K
K
 
E
D
 
A
S
 
Q
K
 
G
S
 
T
A
 
H
I
 
R
Y
|
Y
R
x
D
P
 
P
E
 
V
R
|
R
E
 
E
K
 
R
A
 
K
I
x
M
I
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
L
T
 
D
L
 
L
Q
 
I
S
 
S
V
 
E
N
 
H
D
 
N
K
 
D
G
 
G
L
 
P
L
 
F
N
 
E
Q
 
T
D
 
S
A
 
T
I
 
L
E
 
Q
A
 
H
I
 
I
F
 
F
L
 
K
E
 
E
I
 
I
F
 
F
A
 
K
V
 
A
S
 
A
R
 
-
N
 
-
L
 
L
E
 
E
L
 
L
P
 
Q
E
 
E

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_011372105.1 NCBI__GCF_000012965.1:WP_011372105.1
MKTLEECRDGIDAIDNKILELLNQRMVVVKRVGEIKKDSKSAIYRPEREKAIIERLTLQS
VNDKGLLNQDAIEAIFLEIFAVSRNLELPERIAYLGPEGSFTHQAAESRFGAMSDYMPMR
SISHVFKELETKRAKFGVVPIENSRDGVVGETLDLLAKSSVKIVAELYMPIHMSFVTKAK
KISDITKIYSRDKGFGQCREFLQEHNLSNVELIPVESTAKAAILASKDDSAAAICSHIAA
KLYNVPTMFDHVEDSIGSQTRFFILSDFKNEKSYDDKTSILVRLKDSVKAGSLVHFLQDF
EHESINLSKIESRPSKEKGGFEYWFFIDFYGHVDDEKFQKVLQKHKEEVTWLGSYVKGEE
IEV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory