SitesBLAST

SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_011373503.1 NCBI__GCF_000012965.1:WP_011373503.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5zlpJ Crystal structure of glutamine synthetase from helicobacter pylori (see paper)
59% identity, 99% coverage: 6:476/476 of query aligns to 7:478/478 of 5zlpJ

query
sites
5zlpJ

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binding adenosine-5'-diphosphate: Y132 (= Y131), E136 (= E135), F215 (≠ I214), F232 (= F231), H278 (= H277), S280 (= S279), R351 (= R351), R362 (= R362)
binding magnesium ion: E138 (= E137), E220 (= E219), E227 (= E226)
binding phosphinothricin: E138 (= E137), E220 (= E219), G272 (= G271), H276 (= H275), E334 (= E334), R346 (= R346), R366 (= R366)

5zlpL Crystal structure of glutamine synthetase from helicobacter pylori (see paper)
59% identity, 99% coverage: 6:476/476 of query aligns to 5:476/476 of 5zlpL

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binding adenosine-5'-diphosphate: G132 (= G133), E134 (= E135), F213 (≠ I214), F230 (= F231), H276 (= H277), S278 (= S279), R349 (= R351), R360 (= R362)
binding magnesium ion: E136 (= E137), E218 (= E219), E225 (= E226)
binding (2s)-2-amino-4-[methyl(phosphonooxy)phosphoryl]butanoic acid: E136 (= E137), E218 (= E219), G270 (= G271), H274 (= H275), E332 (= E334), R344 (= R346), R364 (= R366)

5zlpA Crystal structure of glutamine synthetase from helicobacter pylori (see paper)
59% identity, 99% coverage: 6:476/476 of query aligns to 5:476/476 of 5zlpA

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binding adenosine-5'-triphosphate: E134 (= E135), V228 (≠ I229), F230 (= F231), H276 (= H277), S358 (≠ T360), R360 (= R362)

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1f1hA Crystal structure of glutamine synthetase from salmonella typhimurium with thallium ions (see paper)
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P0A1P6 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
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E130 (= E135) binding Mn(2+)
E132 (= E137) binding Mn(2+)
E208 (≠ I214) binding ATP
E213 (= E219) binding Mn(2+)
E221 (= E226) binding Mn(2+)
NG 265:266 (= NG 270:271) binding L-glutamate
H270 (= H275) binding Mn(2+)
HMS 272:274 (≠ HQS 277:279) binding ATP
R322 (= R328) binding L-glutamate
E358 (= E364) binding Mn(2+)
R360 (= R366) binding L-glutamate

P0A9C5 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
52% identity, 99% coverage: 7:476/476 of query aligns to 2:469/469 of P0A9C5

query
sites
P0A9C5

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Y398 (≠ F404) modified: O-AMP-tyrosine

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1 modified: Initiator methionine, Removed

P77961 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
47% identity, 98% coverage: 9:476/476 of query aligns to 6:473/473 of P77961

query
sites
P77961

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E134 (= E137) binding Mg(2+)
E215 (= E219) binding Mg(2+)
E223 (= E226) binding Mg(2+)
E361 (= E364) binding Mn(2+)

3ng0A Crystal structure of glutamine synthetase from synechocystis sp. Pcc 6803
47% identity, 98% coverage: 9:476/476 of query aligns to 4:465/465 of 3ng0A

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3ng0A

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active site: D51 (= D56), E130 (= E135), E132 (= E137), E213 (= E219), E221 (= E226), H270 (= H275), R340 (= R346), E359 (= E364), R361 (= R366)
binding phosphoaminophosphonic acid-adenylate ester: Y126 (= Y131), E130 (= E135), K209 (≠ L215), I224 (= I229), F226 (= F231), H272 (= H277), S274 (= S279), R340 (= R346), R345 (= R351), R357 (= R362)
binding manganese (ii) ion: E130 (= E135), E132 (= E137), E213 (= E219), E221 (= E226), H270 (= H275), E359 (= E364), R361 (= R366)

2lgsA Feedback inhibition of fully unadenylylated glutamine synthetase from salmonella typhimurium by glycine, alanine, and serine (see paper)
50% identity, 99% coverage: 7:476/476 of query aligns to 1:445/445 of 2lgsA

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2lgsA

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