SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011383654.1 NCBI__GCF_000009985.1:WP_011383654.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2vpyF Polysulfide reductase with bound quinone inhibitor, pentachlorophenol (pcp) (see paper)
37% identity, 97% coverage: 1:211/217 of query aligns to 1:178/193 of 2vpyF

query
sites
2vpyF
M
 
M
T
 
P
K
 
R
W
 
Y
A
 
A
I
 
M
V
 
A
A
 
I
D
 
D
L
 
L
G
 
S
R
 
L
C
|
C
V
 
V
G
|
G
C
|
C
Q
 
A
T
 
A
C
|
C
T
 
A
T
 
V
A
 
A
C
|
C
R
 
K
H
 
M
A
 
E
N
|
N
A
 
E
T
 
V
P
 
P
P
 
P
G
 
G
V
 
V
Q
 
F
Y
 
N
R
x
L
K
 
W
V
x
I
L
 
R
D
 
E
M
 
R
E
 
E
V
 
V
G
 
G
T
 
E
F
 
Y
P
 
P
D
 
N
V
 
L
R
 
V
R
 
V
V
 
E
F
 
F
V
 
R
P
|
P
V
 
E
G
x
Q
C
|
C
M
x
L
H
 
H
C
|
C
D
 
E
E
 
N
P
 
P
P
|
P
C
|
C
R
 
V
D
 
P
V
 
V
C
|
C
P
|
P
T
 
T
T
 
G
A
 
A
T
 
S
T
 
Y
K
 
Q
R
 
T
A
 
K
D
 
D
G
 
G
M
 
L
V
|
V
M
 
L
I
 
V
D
 
D
Y
 
P
D
 
K
I
 
K
C
|
C
I
|
I
G
x
A
C
|
C
G
|
G
Y
 
A
C
|
C
I
 
I
V
 
A
A
 
A
C
|
C
P
|
P
Y
|
Y
Q
 
D
A
 
A
R
|
R
Y
 
Y
K
 
L
V
 
-
S
 
-
K
 
-
P
 
-
T
 
-
F
 
-
A
 
-
F
 
-
K
 
-
D
 
-
Q
 
-
E
 
-
T
 
-
Q
 
-
N
 
-
E
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
-
F
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
H
L
 
P
L
 
A
G
 
G
V
 
Y
A
x
V
Q
 
S
K
 
K
C
|
C
T
 
T
F
|
F
C
|
C
V
 
A
D
 
H
R
 
R
V
 
L
D
 
E
Y
 
K
G
 
G
L
 
-
A
 
-
N
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
K
T
 
V
P
|
P
A
|
A
C
|
C
V
 
V
N
 
E
S
 
T
C
|
C
L
 
P
S
 
T
K
 
Y
A
x
C
L
x
R
T
 
T
F
 
F
G
 
G
D
 
D
T
 
L
D
 
E
N
 
D
P
 
P
D
 
E
S
 
S
N
 
P
V
 
V
S
 
A
K
 
K
L
 
A
L
 
L
K
 
K
R
 
A
Y
 
A
K
 
E
S
 
R
F
 
V
R
 
D
-
 
V
M
 
L
H
 
R
E
 
P
E
 
E
L
 
Q
G
 
G
T
 
T
G
 
R
P
 
P
N
 
K
I
 
L
H
 
F
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

2vpwF Polysulfide reductase with bound menaquinone (see paper)
37% identity, 97% coverage: 1:211/217 of query aligns to 1:178/193 of 2vpwF

query
sites
2vpwF
M
 
M
T
 
P
K
 
R
W
 
Y
A
 
A
I
 
M
V
 
A
A
 
I
D
 
D
L
 
L
G
 
S
R
 
L
C
|
C
V
 
V
G
|
G
C
|
C
Q
 
A
T
 
A
C
|
C
T
 
A
T
 
V
A
 
A
C
|
C
R
 
K
H
 
M
A
 
E
N
|
N
A
 
E
T
 
V
P
 
P
P
 
P
G
 
G
V
 
V
Q
 
F
Y
 
N
R
x
L
K
 
W
V
x
I
L
 
R
D
 
E
M
 
R
E
 
E
V
 
V
G
 
G
T
 
E
F
 
Y
P
 
P
D
 
N
V
 
L
R
 
V
R
 
V
V
 
E
F
 
F
V
 
R
P
|
P
V
 
E
G
x
Q
C
|
C
M
x
L
H
|
H
C
|
C
D
 
E
E
 
N
P
 
P
P
|
P
C
|
C
R
 
V
D
 
P
V
 
V
C
|
C
P
|
P
T
 
T
T
 
G
A
 
A
T
 
S
T
 
Y
K
 
Q
R
 
T
A
 
K
D
 
D
G
 
G
M
 
L
V
|
V
M
 
L
I
 
V
D
 
D
Y
 
P
D
 
K
I
 
K
C
|
C
I
|
I
G
x
A
C
|
C
G
|
G
Y
 
A
C
|
C
I
 
I
V
 
A
A
 
A
C
|
C
P
|
P
Y
|
Y
Q
 
D
A
 
A
R
|
R
Y
 
Y
K
 
L
V
 
-
S
 
-
K
 
-
P
 
-
T
 
-
F
 
-
A
 
-
F
 
-
K
 
-
D
 
-
Q
 
-
E
 
-
T
 
-
Q
 
-
N
 
-
E
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
-
F
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
H
L
 
P
L
 
A
G
 
G
V
 
Y
A
x
V
Q
 
S
K
 
K
C
|
C
T
 
T
F
|
F
C
|
C
V
 
A
D
 
H
R
 
R
V
 
L
D
 
E
Y
 
K
G
 
G
L
 
-
A
 
-
N
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
K
T
 
V
P
|
P
A
|
A
C
|
C
V
 
V
N
 
E
S
 
T
C
|
C
L
 
P
S
 
T
K
 
Y
A
x
C
L
x
R
T
 
T
F
 
F
G
 
G
D
 
D
T
 
L
D
 
E
N
 
D
P
 
P
D
 
E
S
 
S
N
 
P
V
 
V
S
 
A
K
 
K
L
 
A
L
 
L
K
 
K
R
 
A
Y
 
A
K
 
E
S
 
R
F
 
V
R
 
D
-
 
V
M
 
L
H
 
R
E
 
P
E
 
E
L
 
Q
G
 
G
T
 
T
G
 
R
P
 
P
N
 
K
I
 
L
H
 
F
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6cz7B The arsenate respiratory reductase (arr) complex from shewanella sp. Ana-3 (see paper)
34% identity, 96% coverage: 3:211/217 of query aligns to 2:225/234 of 6cz7B

query
sites
6cz7B
K
 
R
W
 
L
A
 
G
I
 
M
V
 
V
A
 
I
D
 
D
L
 
L
G
 
Q
R
 
K
C
|
C
V
|
V
G
|
G
C
|
C
Q
x
G
T
 
G
C
|
C
T
 
S
T
 
L
A
 
A
C
|
C
R
 
K
H
 
T
A
 
E
N
|
N
A
 
N
T
 
T
P
 
N
P
 
D
G
 
G
V
 
I
Q
 
H
Y
 
W
R
 
S
K
 
H
V
 
H
L
 
I
D
 
A
M
 
T
E
 
T
V
 
E
G
 
G
T
 
T
F
 
F
P
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
K
R
 
Y
V
 
T
F
x
Y
V
 
I
P
|
P
V
 
T
G
 
L
C
|
C
M
x
N
H
|
H
C
|
C
D
 
D
E
 
D
P
x
A
P
|
P
C
|
C
R
 
V
D
 
K
V
 
V
C
|
C
P
|
P
T
 
T
T
 
G
A
 
A
T
 
M
T
 
H
K
 
K
R
 
D
A
 
K
D
 
R
G
 
G
M
 
L
V
x
T
M
 
L
I
 
Q
D
 
N
Y
 
N
D
 
D
I
 
E
C
|
C
I
|
I
G
|
G
C
|
C
G
x
K
Y
 
K
C
|
C
I
 
M
V
 
N
A
 
A
C
|
C
P
 
P
Y
|
Y
Q
 
G
A
x
V
-
x
I
R
 
S
Y
 
F
K
 
N
V
 
A
S
 
A
K
 
T
P
 
P
T
 
H
F
 
R
A
 
R
F
 
W
K
 
Q
D
 
D
Q
 
D
E
 
S
-
 
E
-
 
V
-
 
V
-
 
A
-
 
N
-
 
G
-
 
T
-
 
V
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
M
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
R
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
T
-
 
A
T
 
T
Q
 
P
N
 
N
E
 
E
R
 
N
T
 
P
R
 
E
F
 
R
D
 
G
E
 
D
-
 
T
-
 
Y
-
 
P
-
 
M
-
 
I
R
 
R
L
 
P
L
 
K
G
 
R
V
 
T
A
x
T
Q
 
E
K
|
K
C
|
C
T
 
T
F
|
F
C
|
C
V
 
D
D
 
H
R
 
R
V
 
L
D
 
D
Y
 
K
G
 
G
L
 
L
A
 
-
N
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
-
T
 
N
P
 
P
A
 
A
C
|
C
V
 
V
N
 
D
S
 
A
C
|
C
L
x
P
S
 
S
K
 
E
A
 
A
L
x
R
T
 
V
F
 
I
G
 
G
D
 
D
T
 
L
D
 
D
N
 
D
P
 
P
D
 
Q
S
 
S
N
 
K
V
 
V
S
 
S
K
 
Q
L
 
L
L
 
I
K
 
K
R
 
L
Y
 
H
K
 
K
S
 
P
F
 
M
R
 
Q
M
 
L
H
 
K
E
 
P
E
 
E
L
 
A
G
 
G
T
 
T
G
 
G
P
 
P
N
 
R
I
 
V
H
 
F
Y
 
Y
L
 
I

Q7WTT9 Arsenate respiratory reductase iron-sulfur subunit ArrB; Arsenate respiratory reductase small subunit; ARR small subunit from Shewanella sp. (strain ANA-3) (see paper)
34% identity, 96% coverage: 3:211/217 of query aligns to 2:225/234 of Q7WTT9

query
sites
Q7WTT9
K
 
R
W
 
L
A
 
G
I
 
M
V
 
V
A
 
I
D
 
D
L
 
L
G
 
Q
R
 
K
C
|
C
V
 
V
G
 
G
C
|
C
Q
 
G
T
 
G
C
|
C
T
 
S
T
 
L
A
 
A
C
|
C
R
 
K
H
 
T
A
 
E
N
 
N
A
 
N
T
 
T
P
 
N
P
 
D
G
 
G
V
 
I
Q
 
H
Y
 
W
R
 
S
K
 
H
V
 
H
L
 
I
D
 
A
M
 
T
E
 
T
V
 
E
G
 
G
T
 
T
F
 
F
P
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
K
R
 
Y
V
 
T
F
 
Y
V
 
I
P
 
P
V
 
T
G
 
L
C
|
C
M
 
N
H
 
H
C
|
C
D
 
D
E
 
D
P
 
A
P
 
P
C
|
C
R
 
V
D
 
K
V
 
V
C
|
C
P
 
P
T
 
T
T
 
G
A
 
A
T
 
M
T
 
H
K
 
K
R
 
D
A
 
K
D
 
R
G
 
G
M
 
L
V
 
T
M
 
L
I
 
Q
D
 
N
Y
 
N
D
 
D
I
 
E
C
|
C
I
 
I
G
 
G
C
|
C
G
 
K
Y
 
K
C
|
C
I
 
M
V
 
N
A
 
A
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
G
A
 
V
-
 
I
R
 
S
Y
 
F
K
 
N
V
 
A
S
 
A
K
 
T
P
 
P
T
 
H
F
 
R
A
 
R
F
 
W
K
 
Q
D
 
D
Q
 
D
E
 
S
-
 
E
-
 
V
-
 
V
-
 
A
-
 
N
-
 
G
-
 
T
-
 
V
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
M
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
R
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
T
-
 
A
T
 
T
Q
 
P
N
 
N
E
 
E
R
 
N
T
 
P
R
 
E
F
 
R
D
 
G
E
 
D
-
 
T
-
 
Y
-
 
P
-
 
M
-
 
I
R
 
R
L
 
P
L
 
K
G
 
R
V
 
T
A
 
T
Q
 
E
K
 
K
C
|
C
T
 
T
F
 
F
C
|
C
V
 
D
D
 
H
R
 
R
V
 
L
D
 
D
Y
 
K
G
 
G
L
 
L
A
 
-
N
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
-
T
 
N
P
 
P
A
 
A
C
|
C
V
 
V
N
 
D
S
 
A
C
|
C
L
 
P
S
 
S
K
 
E
A
 
A
L
 
R
T
 
V
F
 
I
G
 
G
D
 
D
T
 
L
D
 
D
N
 
D
P
 
P
D
 
Q
S
 
S
N
 
K
V
 
V
S
 
S
K
 
Q
L
 
L
L
 
I
K
 
K
R
 
L
Y
 
H
K
 
K
S
 
P
F
 
M
R
 
Q
M
 
L
H
 
K
E
 
P
E
 
E
L
 
A
G
 
G
T
 
T
G
 
G
P
 
P
N
 
R
I
 
V
H
 
F
Y
 
Y
L
 
I

6f0kB Alternative complex iii (see paper)
33% identity, 97% coverage: 2:211/217 of query aligns to 722:948/961 of 6f0kB

query
sites
6f0kB
T
 
N
K
 
Q
W
 
W
A
 
A
I
 
M
V
 
V
A
 
I
D
 
D
L
 
L
G
 
N
R
 
A
C
|
C
V
x
T
G
|
G
C
|
C
Q
x
N
T
x
A
C
|
C
T
 
I
T
 
V
A
 
A
C
|
C
R
 
D
H
 
S
A
 
E
N
 
N
A
 
N
T
 
I
P
 
P
P
 
-
G
 
-
V
 
-
Q
 
-
Y
 
-
R
 
-
K
 
M
V
 
V
L
 
G
D
 
K
M
 
N
E
 
E
V
 
V
G
 
G
T
 
R
-
 
G
-
 
R
-
 
E
-
 
M
-
 
H
F
x
W
P
 
L
D
 
R
V
x
I
R
 
D
R
 
R
V
 
Y
F
 
F
V
 
V
-
 
S
-
 
D
-
 
E
-
 
A
-
 
H
-
 
A
-
 
D
-
 
D
-
 
P
-
 
Q
-
 
I
-
 
V
-
 
V
-
 
Q
P
 
P
V
 
V
G
 
P
C
|
C
M
|
M
H
|
H
C
|
C
D
 
E
E
 
N
P
 
A
P
|
P
C
|
C
R
 
E
D
 
S
V
 
V
C
|
C
P
 
P
T
x
V
T
 
A
A
 
A
T
 
T
T
 
V
K
 
H
R
 
S
A
 
P
D
 
D
G
 
G
M
 
L
V
x
N
M
 
E
I
x
M
D
 
V
Y
 
Y
D
x
N
I
x
R
C
|
C
I
|
I
G
|
G
C
 
T
G
 
R
Y
 
Y
C
|
C
I
 
S
V
 
N
A
 
N
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
K
A
 
V
R
 
R
-
 
R
-
 
F
-
 
N
-
 
W
Y
 
F
K
 
N
V
 
W
S
 
V
K
 
K
P
 
-
T
 
T
F
 
L
A
 
P
F
 
I
K
 
Q
D
 
V
Q
 
Q
E
 
M
T
 
A
Q
 
Q
N
 
N
E
 
P
R
 
D
T
 
V
R
 
T
F
 
V
D
 
-
E
 
-
R
 
R
L
 
F
L
 
R
G
 
G
V
 
V
A
x
M
Q
 
E
K
 
K
C
|
C
T
 
T
F
x
Y
C
|
C
V
 
V
D
 
Q
R
 
R
V
 
I
D
 
R
Y
 
E
G
 
A
L
 
Q
A
x
R
N
 
Q
G
 
A
-
x
N
-
 
I
-
 
E
L
 
K
T
 
R
P
 
P
G
 
L
V
 
R
A
 
D
P
 
G
E
 
E
A
 
V
T
 
K
P
 
T
A
|
A
C
|
C
V
 
Q
N
 
Q
S
 
A
C
|
C
L
 
P
S
 
A
K
 
E
A
 
A
L
 
I
T
 
T
F
 
F
G
 
G
D
 
D
T
 
L
D
 
N
N
 
D
P
 
P
D
 
N
S
 
N
N
 
A
V
 
V
S
 
V
K
 
K
L
 
Q
L
 
R
K
 
Q
R
 
N
Y
 
A
K
 
R
S
 
R
F
 
Y
R
 
E
M
 
M
H
 
L
E
 
A
E
 
A
L
 
L
G
 
N
T
 
V
G
 
K
P
 
P
N
 
R
I
 
T
H
 
S
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P18776 Anaerobic dimethyl sulfoxide reductase chain B; DMSO reductase iron-sulfur subunit from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
33% identity, 95% coverage: 2:208/217 of query aligns to 3:181/205 of P18776

query
sites
P18776
T
 
T
K
 
Q
W
 
Y
A
 
G
I
 
F
V
 
F
A
 
I
D
 
D
L
 
S
G
 
S
R
 
R
C
 
C
V
 
T
G
 
G
C
 
C
Q
 
K
T
 
T
C
 
C
T
 
E
T
 
L
A
 
A
C
 
C
R
 
K
H
 
D
A
 
Y
N
 
K
A
 
D
T
 
L
P
 
T
P
 
P
G
 
E
V
 
V
Q
 
S
Y
 
F
R
 
R
K
 
R
V
 
I
L
 
Y
D
 
E
M
 
Y
E
 
A
V
 
G
G
 
G
T
 
D
F
 
W
P
 
Q
D
 
E
-
 
D
-
 
N
-
 
G
-
 
V
-
 
W
-
 
H
-
 
Q
-
 
N
V
 
V
R
 
F
R
 
A
V
 
Y
F
 
Y
V
 
L
P
 
S
V
 
I
G
 
S
C
 
C
M
 
N
H
 
H
C
 
C
D
 
E
E
 
D
P
 
P
P
 
A
C
 
C
R
 
T
D
 
K
V
 
V
C
 
C
P
 
P
T
 
S
T
 
G
A
 
A
T
 
M
T
 
H
K
 
K
R
 
R
A
 
E
D
 
D
G
 
G
M
 
F
V
 
V
M
 
V
I
 
V
D
 
D
Y
 
E
D
 
D
I
 
V
C
 
C
I
 
I
G
 
G
C
|
C
G
 
R
Y
 
Y
C
 
C
I
 
H
V
 
M
A
 
A
C
 
C
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
G
A
 
A
R
 
-
Y
 
-
K
 
-
V
 
-
S
 
-
K
 
-
P
 
P
T
 
Q
F
 
Y
A
 
-
F
 
-
K
 
-
D
 
-
Q
 
N
E
 
E
T
 
T
Q
 
K
N
 
G
E
 
H
R
 
M
T
 
T
R
 
-
F
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
K
C
 
C
T
 
D
F
 
G
C
 
C
V
 
Y
D
 
D
R
 
R
V
 
V
D
 
A
Y
 
E
G
 
G
L
 
-
A
 
-
N
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
K
T
 
K
P
 
P
A
 
I
C
 
C
V
 
V
N
 
E
S
 
S
C
 
C
L
 
P
S
 
L
K
 
R
A
 
A
L
 
L
T
 
D
F
 
F
G
 
G
D
 
P
T
 
I
D
 
D
N
 
E
P
 
L
D
 
R
S
 
K
N
 
K
V
 
H
S
 
G
K
 
D
L
 
L
L
 
A
K
 
A
R
 
V
Y
 
A
K
 
P
S
 
L
F
 
P
R
 
R
M
 
A
H
 
H
E
 
-
E
 
-
L
 
-
G
 
F
T
 
T
G
 
K
P
 
P
N
 
N
I
 
I

Sites not aligning to the query:

5ch7B Crystal structure of the perchlorate reductase pcrab - phe164 gate switch intermediate - from azospira suillum ps (see paper)
33% identity, 79% coverage: 40:211/217 of query aligns to 115:255/329 of 5ch7B

query
sites
5ch7B
D
 
D
M
 
Q
E
 
G
V
 
A
G
 
G
T
 
E
F
 
Y
P
 
P
D
 
N
V
 
N
R
 
S
R
 
F
V
 
F
F
 
Y
V
 
L
P
|
P
V
 
R
G
 
M
C
|
C
M
x
N
H
 
H
C
|
C
D
 
T
E
 
K
P
|
P
P
 
A
C
|
C
R
 
L
D
 
E
V
 
A
C
|
C
P
 
P
T
 
N
T
 
E
A
 
A
T
x
I
T
 
Y
K
 
K
R
 
R
-
 
E
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
M
 
I
V
 
V
M
 
V
I
 
I
D
 
H
Y
 
Q
D
 
D
I
 
K
C
|
C
I
x
K
G
|
G
C
x
A
G
x
Q
Y
x
A
C
|
C
I
 
V
V
 
Q
A
 
S
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
-
A
 
-
R
 
-
Y
 
-
K
 
-
V
 
-
S
 
A
K
 
K
P
 
P
T
 
Y
F
 
F
A
 
-
F
 
-
K
 
-
D
 
-
Q
 
-
E
 
-
T
 
-
Q
 
-
N
 
-
E
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
-
F
 
-
D
 
-
E
 
N
R
 
P
L
 
L
L
 
T
G
 
N
V
 
K
A
|
A
Q
 
N
K
 
K
C
|
C
T
 
I
F
x
G
C
|
C
V
 
F
D
 
P
R
 
R
V
 
I
D
 
E
Y
 
Q
G
 
G
L
 
V
A
 
A
N
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
-
T
 
-
P
 
P
A
 
A
C
|
C
V
 
V
N
 
A
S
 
Q
C
|
C
L
x
V
S
x
G
K
 
R
A
 
A
L
 
M
T
 
H
F
 
V
G
 
G
D
 
F
T
 
V
D
 
D
N
 
D
P
 
V
D
 
N
S
 
S
N
 
S
V
 
V
S
 
Y
K
 
K
L
 
L
L
 
I
K
 
K
R
 
Q
Y
 
Y
K
 
K
-
 
V
S
 
A
F
 
L
R
 
P
M
 
L
H
 
H
E
 
P
E
 
E
L
 
F
G
 
G
T
 
T
G
 
E
P
 
P
N
 
N
I
 
V
H
 
F
Y
 
Y
L
 
V

Sites not aligning to the query:

6lodB Cryo-em structure of the air-oxidized photosynthetic alternative complex iii from roseiflexus castenholzii (see paper)
28% identity, 96% coverage: 3:211/217 of query aligns to 682:917/929 of 6lodB

query
sites
6lodB
K
 
K
W
 
W
A
 
G
I
 
M
V
 
S
A
 
I
D
 
D
L
 
L
G
 
N
R
 
V
C
|
C
V
x
N
G
x
S
C
|
C
Q
x
N
T
x
A
C
|
C
T
 
V
T
 
V
A
 
A
C
|
C
R
 
Q
H
 
S
A
 
E
N
|
N
A
 
N
T
 
I
P
 
P
-
 
V
-
 
V
-
 
G
-
 
K
-
 
D
-
 
E
-
 
V
-
 
W
-
 
L
-
 
G
P
 
R
G
 
E
V
 
M
Q
 
H
Y
x
W
R
 
I
K
 
R
V
x
I
L
 
D
D
 
Q
M
 
Y
E
 
Y
V
 
V
G
 
G
T
 
D
-
 
E
-
 
H
F
 
T
P
 
P
D
 
N
V
 
V
R
 
Y
R
 
N
V
 
M
F
 
V
V
 
M
P
x
L
V
 
-
G
 
-
C
|
C
M
x
Q
H
x
Q
C
|
C
D
 
E
E
 
H
P
 
A
P
|
P
C
|
C
R
 
E
D
 
I
V
|
V
C
|
C
P
|
P
T
 
V
T
 
A
A
 
A
T
 
T
T
 
V
K
 
H
R
 
D
A
 
A
D
 
E
G
 
G
M
 
L
V
x
N
M
 
N
I
 
M
D
 
V
Y
 
Y
D
x
N
I
x
R
C
|
C
I
x
V
G
|
G
C
x
T
G
 
K
Y
 
Y
C
|
C
I
 
S
V
 
N
A
 
N
C
|
C
P
 
P
Y
|
Y
Q
 
K
A
x
V
R
|
R
-
 
R
-
 
F
-
 
N
-
 
F
-
 
L
-
 
Q
Y
 
Y
K
 
Q
V
 
-
S
 
D
K
 
V
P
 
P
T
 
Y
F
 
R
A
 
S
F
 
P
K
 
I
D
 
D
Q
 
A
E
 
S
T
 
T
Q
 
E
N
 
N
E
 
D
R
 
S
T
 
I
R
 
P
F
 
V
D
 
L
E
 
K
-
 
M
-
 
M
-
 
R
-
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
V
-
 
T
-
 
V
R
 
R
L
 
A
L
 
R
G
 
G
V
 
V
A
x
M
Q
 
E
K
|
K
C
|
C
T
 
T
F
|
F
C
|
C
V
 
V
D
 
Q
R
 
R
V
 
I
D
 
N
Y
 
E
G
 
A
L
x
R
A
x
I
N
 
Q
G
 
A
L
x
R
T
 
T
P
 
E
G
 
N
-
 
R
-
 
R
-
 
I
V
 
A
A
 
D
P
 
G
E
 
E
A
 
I
T
 
M
P
x
T
A
 
A
C
|
C
V
 
Q
N
 
Q
S
 
V
C
|
C
L
 
P
S
 
T
K
 
Q
A
 
A
L
x
I
T
 
V
F
 
F
G
 
G
D
 
D
T
 
L
D
 
N
N
 
D
P
 
P
D
 
Q
S
 
A
N
 
R
V
 
V
S
 
V
K
 
D
L
 
L
L
 
K
K
 
E
R
 
Q
Y
 
P
K
 
L
S
 
K
F
 
Y
R
 
T
M
 
S
H
 
L
E
 
D
E
 
K
L
 
L
G
 
N
T
 
T
G
 
K
P
 
P
N
 
R
I
 
V
H
 
S
Y
 
Y
L
 
L

2ivfB Ethylbenzene dehydrogenase from aromatoleum aromaticum (see paper)
32% identity, 83% coverage: 31:211/217 of query aligns to 109:258/337 of 2ivfB

query
sites
2ivfB
P
 
P
G
 
A
V
 
W
Q
 
G
Y
 
Y
R
 
N
K
 
W
V
 
D
L
 
E
D
 
D
M
 
Q
E
 
G
V
 
G
G
 
G
T
 
K
F
 
W
P
 
P
D
 
N
V
 
P
R
 
F
R
 
F
V
 
F
F
 
Y
V
 
L
P
 
A
V
 
R
G
x
M
C
|
C
M
x
N
H
|
H
C
|
C
D
 
T
E
 
N
P
|
P
P
 
A
C
|
C
R
 
L
D
 
A
V
 
A
C
|
C
P
 
P
T
|
T
T
 
G
A
 
A
T
x
I
T
 
Y
K
 
K
R
 
R
A
 
E
D
 
D
-
 
N
G
 
G
M
 
I
V
|
V
M
 
L
I
 
V
D
 
D
Y
 
Q
D
 
E
I
 
R
C
|
C
I
x
K
G
|
G
C
x
H
G
x
R
Y
x
H
C
|
C
I
 
V
V
 
E
A
 
A
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
K
A
|
A
R
x
I
Y
 
Y
K
 
-
V
 
-
S
 
-
K
 
-
P
 
-
T
 
-
F
 
F
A
 
N
F
 
P
K
 
V
D
 
S
Q
 
Q
E
 
-
T
 
-
Q
 
-
N
 
-
E
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
-
F
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
T
A
x
S
Q
 
E
K
|
K
C
|
C
T
x
I
F
x
L
C
|
C
V
 
Y
D
 
P
R
 
R
V
 
I
D
 
E
Y
 
K
G
 
G
L
 
I
A
 
A
N
|
N
G
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
-
T
 
-
P
 
-
A
 
A
C
|
C
V
 
N
N
 
R
S
 
Q
C
|
C
L
 
P
S
 
G
K
 
R
A
x
V
L
x
R
T
 
A
F
 
F
G
 
G
D
 
Y
T
 
L
D
 
D
N
 
D
P
 
T
D
 
T
S
 
S
N
 
H
V
 
V
S
 
H
K
 
K
L
 
L
L
 
V
K
 
K
R
 
K
Y
 
W
K
 
K
-
 
V
S
 
A
F
 
L
R
 
P
M
 
L
H
 
H
E
 
A
E
 
E
L
 
Y
G
 
G
T
 
T
G
 
G
P
 
P
N
 
N
I
 
I
H
 
Y
Y
 
Y
L
 
V

Sites not aligning to the query:

6btmB Structure of alternative complex iii from flavobacterium johnsoniae (wild type) (see paper)
27% identity, 93% coverage: 9:210/217 of query aligns to 689:942/948 of 6btmB

query
sites
6btmB
D
 
D
L
 
L
G
 
N
R
 
A
C
 
C
V
 
T
G
 
G
C
 
C
Q
 
G
T
 
A
C
 
C
T
 
V
T
 
I
A
 
A
C
 
C
R
 
H
H
 
A
A
 
E
N
 
N
A
 
N
T
 
V
P
 
P
-
 
V
-
 
V
P
 
G
G
 
K
V
 
A
Q
 
E
Y
 
V
R
 
R
K
 
R
V
 
S
L
 
R
D
 
D
M
 
M
E
 
H
-
 
W
-
 
L
-
 
R
-
 
I
-
 
D
-
 
R
-
 
Y
-
 
Y
-
 
S
-
 
S
-
 
E
-
 
S
-
 
T
-
 
F
-
 
E
-
 
G
-
 
D
-
 
N
-
 
E
-
 
R
-
 
K
-
 
E
-
 
G
-
 
I
-
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
S
-
 
S
-
 
S
V
 
L
G
 
S
T
 
T
F
 
F
P
 
N
D
 
E
V
 
M
R
 
E
R
 
K
-
 
P
-
 
G
-
 
D
-
 
N
-
 
P
-
 
Q
-
 
V
V
 
A
F
 
F
V
 
Q
P
 
P
V
 
V
G
 
M
C
|
C
M
x
Q
H
 
H
C
|
C
D
 
N
E
 
H
P
 
A
P
 
P
C
|
C
R
 
E
D
 
T
V
 
V
C
|
C
P
 
P
T
 
V
T
 
A
A
 
A
T
 
T
T
 
S
K
 
H
R
 
G
A
 
R
D
 
Q
G
 
G
M
 
Q
V
x
N
M
 
H
I
 
M
D
 
A
Y
 
Y
D
 
N
I
 
R
C
|
C
I
x
V
G
 
G
C
x
T
G
 
R
Y
 
Y
C
|
C
I
 
A
V
 
N
A
 
N
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
K
A
 
V
R
|
R
Y
 
R
-
 
F
-
 
N
-
 
W
-
 
F
-
 
L
-
 
Y
-
 
N
K
 
K
V
 
N
S
 
S
K
 
E
P
 
F
T
 
D
F
 
Y
A
 
H
F
 
M
K
 
N
D
 
D
Q
 
D
E
 
L
T
 
G
Q
 
R
-
 
M
-
 
V
-
 
L
-
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
V
N
 
N
E
 
V
R
 
R
T
 
S
R
 
R
F
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
G
V
 
V
A
x
M
Q
 
E
K
 
K
C
 
C
T
 
S
F
 
F
C
 
C
V
 
I
D
 
Q
R
 
S
V
 
T
D
 
Q
Y
 
A
G
 
V
L
 
I
A
 
L
N
 
E
G
 
A
L
 
K
T
 
R
P
 
Q
G
 
G
-
 
R
-
 
V
V
 
V
A
 
G
P
 
K
E
 
D
A
 
E
-
 
F
-
 
N
-
 
N
T
 
A
P
 
C
A
 
A
C
 
C
V
 
S
N
 
A
S
 
A
C
 
C
L
 
S
S
 
S
K
 
G
A
 
A
L
 
M
T
 
V
F
 
F
G
 
G
D
 
D
T
 
V
D
 
N
N
 
D
P
 
K
D
 
E
S
 
S
N
 
E
V
 
V
S
 
A
K
 
K
L
 
L
L
 
A
K
 
E
R
 
S
Y
 
E
K
 
R
S
 
M
F
 
Y
R
 
H
M
 
L
H
 
L
E
 
E
E
 
H
L
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
K
P
 
P
N
 
N
I
 
V
H
 
F
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

7qv7A Cryo-em structure of hydrogen-dependent co2 reductase. (see paper)
29% identity, 92% coverage: 6:204/217 of query aligns to 5:172/174 of 7qv7A

query
sites
7qv7A
I
 
V
V
 
I
A
 
A
D
 
D
L
 
P
G
 
K
R
 
R
C
|
C
V
x
L
G
|
G
C
|
C
Q
x
Y
T
 
T
C
|
C
T
 
I
T
 
A
A
 
A
C
|
C
R
 
A
H
 
F
A
 
V
N
x
H
A
 
E
T
 
E
P
 
Q
P
 
-
G
 
G
V
 
L
Q
 
Q
Y
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
-
L
 
-
D
 
-
M
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
T
 
P
F
 
F
P
 
P
D
 
R
V
x
L
R
 
Y
R
 
L
V
 
T
F
 
Y
-
 
T
-
 
S
-
 
E
-
 
G
-
 
I
V
 
M
P
 
P
V
 
I
G
 
Q
C
|
C
M
x
R
H
 
H
C
|
C
D
 
E
E
 
D
P
 
A
P
 
P
C
|
C
R
 
A
D
 
E
V
 
V
C
|
C
P
 
P
T
 
V
T
 
E
A
 
A
T
 
I
T
 
K
K
 
K
R
 
E
A
 
G
D
 
N
G
 
A
M
 
-
V
 
I
M
 
I
I
 
I
D
 
D
Y
 
E
D
 
K
I
 
A
C
|
C
I
|
I
G
|
G
C
|
C
G
 
K
Y
 
T
C
|
C
I
 
L
V
 
L
A
 
A
C
|
C
P
 
S
Y
 
F
Q
 
G
A
 
A
R
 
-
Y
 
-
K
 
-
V
 
-
S
 
-
K
 
-
P
x
I
T
 
D
F
|
F
A
 
S
F
 
V
K
 
Q
D
 
D
Q
 
S
E
 
L
T
 
E
Q
 
Q
N
 
S
E
 
I
R
 
F
T
 
K
R
 
D
F
 
I
D
 
K
E
 
E
R
 
N
L
 
L
L
 
M
G
 
R
-
 
I
V
 
V
A
 
A
Q
 
V
K
 
K
C
|
C
T
 
D
F
x
L
C
|
C
V
 
N
D
 
F
R
 
R
V
 
-
D
 
-
Y
 
-
G
 
-
L
 
-
A
 
-
N
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
P
 
-
E
 
E
A
 
E
T
 
G
P
 
P
A
|
A
C
|
C
V
 
V
N
 
Q
S
 
F
C
|
C
L
 
P
S
 
T
K
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
K
F
 
L
G
 
V
D
 
D
T
 
G
D
 
D
N
 
-
P
 
-
D
 
-
S
 
-
N
 
E
V
 
I
S
 
N
K
 
K
L
 
M
L
 
V
K
 
K
R
 
N
Y
 
K
K
 
R
S
 
T
F
 
V
R
 
N
M
 
V
H
 
E
E
 
S
E
 
L
L
 
L
G
 
S
T
 
V

1kqfB Formate dehydrogenase n from e. Coli (see paper)
28% identity, 98% coverage: 5:217/217 of query aligns to 30:232/289 of 1kqfB

query
sites
1kqfB
A
 
A
I
x
K
V
 
L
A
 
I
D
 
D
L
 
V
G
 
S
R
 
T
C
|
C
V
x
I
G
|
G
C
|
C
Q
x
K
T
 
A
C
|
C
T
 
Q
T
 
V
A
 
A
C
|
C
R
 
S
H
 
E
A
 
W
N
|
N
A
 
D
T
 
I
P
 
R
P
 
D
G
 
E
V
 
V
Q
 
G
-
 
H
-
 
C
-
 
V
-
 
G
-
 
V
Y
 
Y
R
 
D
K
 
N
V
 
P
L
 
A
D
 
D
M
 
L
E
 
S
V
 
A
G
 
K
T
 
S
F
 
W
P
x
T
D
 
V
V
x
M
R
 
R
-
 
F
-
 
S
-
 
E
-
 
T
-
 
E
-
 
Q
-
 
N
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
E
R
 
W
V
 
L
F
 
I
V
 
R
P
 
K
V
 
D
G
 
G
C
|
C
M
|
M
H
|
H
C
|
C
D
 
E
E
 
D
P
|
P
P
 
G
C
|
C
R
 
L
D
 
K
V
 
A
C
|
C
P
|
P
T
 
S
T
 
A
-
 
G
A
 
A
T
x
I
T
 
I
K
 
Q
R
 
Y
A
 
A
D
 
N
G
 
G
M
 
I
V
|
V
M
 
D
I
 
F
D
 
Q
Y
 
S
D
 
E
I
 
N
C
|
C
I
|
I
G
|
G
C
|
C
G
|
G
Y
|
Y
C
|
C
I
 
I
V
 
A
A
 
G
C
|
C
P
 
P
Y
 
F
Q
 
N
A
x
I
R
 
-
Y
 
-
K
 
-
V
 
-
S
 
-
K
 
-
P
|
P
T
 
R
F
 
L
A
 
-
F
 
-
K
 
-
D
 
-
Q
 
-
E
 
-
T
 
-
Q
 
-
N
 
-
E
 
-
R
 
-
T
 
N
R
 
K
F
 
E
D
 
D
E
 
N
R
 
R
L
x
V
L
 
Y
G
 
-
V
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
|
K
C
|
C
T
 
T
F
x
L
C
|
C
V
 
V
D
 
D
R
 
R
V
 
V
D
 
S
Y
 
V
G
 
G
L
 
-
A
 
-
N
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
Q
T
 
E
P
|
P
A
 
A
C
|
C
V
 
V
N
 
K
S
 
T
C
|
C
L
x
P
S
 
T
K
 
G
A
 
A
L
x
I
T
 
H
F
 
F
G
 
G
D
 
T
T
 
K
D
 
K
N
 
E
-
 
M
-
 
L
-
 
E
-
 
L
P
 
A
D
 
E
S
 
Q
N
 
R
V
 
V
S
 
A
K
 
K
L
 
L
L
 
K
K
 
A
R
 
R
-
 
G
Y
 
Y
K
 
E
S
 
H
F
 
A
R
 
G
M
 
V
H
 
Y
E
 
N
E
 
P
L
 
E
G
 
G
T
 
V
-
 
G
G
 
G
P
 
T
N
 
H
I
 
V
H
 
M
Y
 
Y
L
 
V
W
 
L
E
 
H
T
 
H
E
 
A
D
 
D
E
 
Q

Sites not aligning to the query:

P0AAJ3 Formate dehydrogenase, nitrate-inducible, iron-sulfur subunit; Anaerobic formate dehydrogenase iron-sulfur subunit; Formate dehydrogenase-N subunit beta; FDH-N subunit beta from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
28% identity, 98% coverage: 5:217/217 of query aligns to 31:233/294 of P0AAJ3

query
sites
P0AAJ3
A
 
A
I
 
K
V
 
L
A
 
I
D
 
D
L
 
V
G
 
S
R
 
T
C
|
C
V
 
I
G
 
G
C
|
C
Q
 
K
T
 
A
C
|
C
T
 
Q
T
 
V
A
 
A
C
|
C
R
 
S
H
 
E
A
 
W
N
 
N
A
 
D
T
 
I
P
 
R
P
 
D
G
 
E
V
 
V
Q
 
G
-
 
H
-
 
C
-
 
V
-
 
G
-
 
V
Y
 
Y
R
 
D
K
 
N
V
 
P
L
 
A
D
 
D
M
 
L
E
 
S
V
 
A
G
 
K
T
 
S
F
 
W
P
 
T
D
 
V
V
 
M
R
 
R
-
 
F
-
 
S
-
 
E
-
 
T
-
 
E
-
 
Q
-
 
N
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
E
R
 
W
V
 
L
F
 
I
V
 
R
P
 
K
V
 
D
G
 
G
C
|
C
M
 
M
H
 
H
C
|
C
D
 
E
E
 
D
P
 
P
P
 
G
C
|
C
R
 
L
D
 
K
V
 
A
C
|
C
P
 
P
T
 
S
T
 
A
-
 
G
A
 
A
T
 
I
T
 
I
K
 
Q
R
 
Y
A
 
A
D
 
N
G
 
G
M
 
I
V
 
V
M
 
D
I
 
F
D
 
Q
Y
 
S
D
 
E
I
 
N
C
|
C
I
 
I
G
 
G
C
|
C
G
 
G
Y
 
Y
C
|
C
I
 
I
V
 
A
A
 
G
C
|
C
P
 
P
Y
 
F
Q
 
N
A
 
I
R
 
-
Y
 
-
K
 
-
V
 
-
S
 
-
K
 
-
P
 
P
T
 
R
F
 
L
A
 
-
F
 
-
K
 
-
D
 
-
Q
 
-
E
 
-
T
 
-
Q
 
-
N
 
-
E
 
-
R
 
-
T
 
N
R
 
K
F
 
E
D
 
D
E
 
N
R
 
R
L
 
V
L
 
Y
G
 
-
V
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
K
C
|
C
T
 
T
F
 
L
C
|
C
V
 
V
D
 
D
R
 
R
V
 
V
D
 
S
Y
 
V
G
 
G
L
 
-
A
 
-
N
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
Q
T
 
E
P
 
P
A
 
A
C
|
C
V
 
V
N
 
K
S
 
T
C
|
C
L
 
P
S
 
T
K
 
G
A
 
A
L
 
I
T
 
H
F
 
F
G
 
G
D
 
T
T
 
K
D
 
K
N
 
E
-
 
M
-
 
L
-
 
E
-
 
L
P
 
A
D
 
E
S
 
Q
N
 
R
V
 
V
S
 
A
K
 
K
L
 
L
L
 
K
K
 
A
R
 
R
-
 
G
Y
 
Y
K
 
E
S
 
H
F
 
A
R
 
G
M
 
V
H
 
Y
E
 
N
E
 
P
L
 
E
G
 
G
T
 
V
-
 
G
G
 
G
P
 
T
N
 
H
I
 
V
H
 
M
Y
 
Y
L
 
V
W
 
L
E
 
H
T
 
H
E
 
A
D
 
D
E
 
Q

7qv7B Cryo-em structure of hydrogen-dependent co2 reductase. (see paper)
28% identity, 79% coverage: 6:176/217 of query aligns to 7:161/183 of 7qv7B

query
sites
7qv7B
I
 
V
V
 
V
A
 
A
D
 
N
L
 
P
G
 
A
R
 
K
C
|
C
V
 
I
G
|
G
C
|
C
Q
x
K
T
x
A
C
|
C
T
 
E
T
 
V
A
 
A
C
|
C
-
 
F
-
 
A
-
 
V
-
x
H
-
 
N
-
 
R
-
 
N
R
 
N
H
 
H
A
 
V
N
 
G
A
 
A
T
 
T
P
 
V
-
 
G
-
 
T
-
 
V
-
 
S
-
 
I
P
 
P
G
 
V
V
 
I
Q
 
P
Y
x
R
R
 
L
K
 
H
V
 
L
L
 
I
D
 
K
M
 
T
E
 
E
V
 
H
G
 
G
T
 
T
F
 
M
P
 
P
D
 
-
V
 
-
R
 
-
R
 
-
V
 
-
F
 
-
V
 
-
P
 
-
V
 
I
G
 
Q
C
|
C
M
x
R
H
|
H
C
|
C
D
 
E
E
 
D
P
x
A
P
 
P
C
|
C
R
 
A
D
 
N
V
 
V
C
|
C
P
 
-
T
 
T
T
 
V
A
 
G
T
x
A
T
x
I
K
 
K
R
 
R
A
 
E
D
 
G
G
 
N
M
 
A
V
 
I
M
 
V
I
 
V
D
 
D
Y
 
E
D
 
K
I
 
L
C
|
C
I
|
I
G
 
G
C
|
C
G
 
K
Y
 
S
C
|
C
I
 
L
V
 
L
A
 
A
C
|
C
P
 
P
Y
 
F
Q
 
G
A
 
A
-
x
I
-
 
E
-
 
L
-
 
L
-
 
P
R
 
Q
Y
 
Y
K
 
E
V
 
D
S
 
G
K
 
R
P
 
E
T
 
V
F
 
F
A
 
Q
F
 
I
K
 
N
D
 
L
Q
 
K
E
 
L
T
 
V
Q
 
Q
N
 
E
E
 
P
R
 
R
T
 
I
R
 
-
F
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
I
A
 
A
Q
 
Y
K
 
K
C
|
C
T
 
D
F
x
L
C
|
C
V
 
N
D
 
D
R
 
L
V
 
-
D
 
-
Y
 
-
G
 
-
L
 
-
A
 
-
N
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
G
T
 
E
P
|
P
A
 
A
C
|
C
V
 
V
N
 
K
S
 
A
C
|
C
L
x
P
S
 
E
K
 
N
A
 
A
L
|
L
T
 
T
F
 
L

7b04A of Nitrite oxidoreductase (Nxr) from the anammox bacterium Kuenenia stuttgartiensis.
30% identity, 78% coverage: 42:211/217 of query aligns to 156:305/409 of 7b04A

query
sites
7b04A
E
 
E
V
 
Y
G
 
S
T
 
T
F
 
L
P
 
P
D
 
E
V
 
H
R
 
S
R
 
R
V
 
W
F
 
F
V
 
F
P
 
Y
V
 
L
G
x
Q
-
 
R
-
x
I
C
|
C
M
x
N
H
|
H
C
|
C
D
 
T
E
 
Y
P
|
P
P
 
G
C
|
C
R
 
L
D
 
A
V
 
A
C
|
C
P
 
P
T
x
R
T
 
K
A
 
A
T
x
I
T
 
Y
K
 
K
R
 
R
A
 
K
-
 
E
D
 
D
G
 
G
M
 
I
V
 
V
M
 
L
I
 
I
D
 
D
Y
 
Q
D
 
K
I
 
R
C
|
C
I
x
R
G
|
G
C
x
Y
G
x
R
Y
x
K
C
|
C
I
 
V
V
 
E
A
 
Q
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
K
A
 
-
R
 
-
Y
 
-
K
 
-
V
 
-
S
 
-
K
 
K
P
|
P
T
 
M
F
 
Y
A
 
-
F
 
-
K
 
-
D
 
-
Q
 
-
E
 
-
T
 
-
Q
 
-
N
 
-
E
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
-
F
 
-
D
 
-
E
 
R
R
 
G
L
 
L
L
 
T
G
 
R
V
 
V
A
x
S
Q
 
E
K
|
K
C
|
C
T
 
I
F
x
A
C
|
C
V
 
Y
D
 
P
R
 
R
V
 
I
D
 
E
Y
 
-
G
 
-
L
 
G
A
 
R
N
 
D
G
 
S
L
 
L
T
 
T
P
 
D
G
 
G
V
 
R
A
 
P
P
 
M
E
 
E
A
x
T
T
 
-
P
 
-
A
x
R
C
|
C
V
 
M
N
 
S
S
 
A
C
|
C
L
x
V
S
 
G
K
 
Q
A
x
I
L
x
R
T
 
L
F
 
Q
G
 
G
D
 
F
T
 
L
-
 
D
D
 
D
N
 
N
P
 
P
D
 
K
S
 
N
N
 
P
V
 
I
S
 
T
K
 
W
L
 
L
L
 
I
K
 
R
R
 
H
Y
 
Q
K
 
K
-
 
I
S
 
A
F
 
L
R
 
P
M
 
L
H
 
Y
E
 
P
E
 
Q
L
 
F
G
 
G
T
 
T
G
 
E
P
 
P
N
 
N
I
 
I
H
 
Y
Y
 
Y
L
 
I

Sites not aligning to the query:

4v4cB Pyrogallol hydroxytransferase small subunit (see paper)
26% identity, 97% coverage: 1:210/217 of query aligns to 1:188/274 of 4v4cB

query
sites
4v4cB
M
 
M
T
 
E
K
 
Q
W
 
Y
A
 
Y
I
 
M
V
 
V
A
 
I
D
 
D
L
 
V
G
 
A
R
 
K
C
|
C
V
x
Q
G
x
D
C
|
C
Q
x
N
T
x
N
C
|
C
T
 
F
T
 
M
A
 
G
C
|
C
-
 
M
-
 
D
R
 
E
H
 
H
A
 
E
N
 
L
A
 
N
T
 
E
P
 
W
P
 
P
G
 
G
V
 
Y
-
 
T
-
 
A
-
 
S
-
 
M
-
 
Q
-
 
R
-
 
G
-
 
H
Q
 
R
Y
 
W
R
 
M
K
 
N
V
 
I
L
 
E
D
 
R
M
 
R
E
 
E
V
 
R
G
 
G
T
 
T
F
 
Y
P
 
P
D
 
R
V
 
N
R
 
D
R
x
I
V
x
N
F
 
Y
V
 
R
P
 
P
V
 
T
G
 
P
C
|
C
M
|
M
H
|
H
C
|
C
D
 
E
E
 
N
P
 
A
P
 
P
C
|
C
R
 
V
D
 
-
V
 
A
C
 
K
P
 
G
T
 
N
T
 
G
A
 
A
T
 
V
T
 
Y
K
 
Q
R
 
R
A
 
E
D
 
D
G
 
G
M
 
I
V
|
V
M
 
L
I
 
I
D
 
D
Y
 
P
D
 
E
I
 
K
C
 
A
I
 
K
G
 
G
C
 
K
G
 
K
Y
 
E
C
 
L
I
 
L
V
 
D
A
 
T
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
G
A
x
V
R
 
M
Y
 
Y
K
 
-
V
 
-
S
 
-
K
 
-
P
 
-
T
 
-
F
 
-
A
 
-
F
 
W
K
 
N
D
 
E
Q
 
E
E
 
E
T
 
N
Q
 
-
N
 
-
E
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
-
F
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
V
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K
C
|
C
T
 
T
F
x
M
C
|
C
V
 
A
D
 
H
R
 
L
V
 
L
D
 
D
Y
 
-
G
 
-
L
 
-
A
 
-
N
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
D
P
 
E
G
 
S
V
 
W
A
 
A
P
 
P
E
 
K
A
 
-
T
 
M
P
|
P
A
 
R
C
|
C
V
 
A
N
 
H
S
 
N
C
|
C
L
 
G
S
|
S
K
 
F
A
x
V
L
x
Y
T
 
E
F
 
F
G
 
L
D
 
K
T
 
T
D
 
-
N
 
T
P
 
P
D
 
E
S
 
A
N
 
M
V
 
A
S
 
K
K
 
K
L
 
V
L
 
E
K
 
E
R
 
E
Y
 
G
K
 
L
S
 
E
F
 
V
R
 
-
M
 
I
H
 
K
E
 
P
E
 
E
L
 
L
G
 
G
T
 
T
G
 
K
P
 
P
N
 
R
I
 
V
H
 
Y
Y
 
Y

7z0sB Structure of the escherichia coli formate hydrogenlyase complex (anaerobic preparation, without formate dehydrogenase h) (see paper)
28% identity, 80% coverage: 6:179/217 of query aligns to 5:169/170 of 7z0sB

query
sites
7z0sB
I
 
V
V
 
I
A
 
A
D
 
D
L
 
S
G
 
T
R
 
L
C
|
C
V
x
I
G
|
G
C
|
C
Q
x
H
T
|
T
C
|
C
T
 
E
T
 
A
A
 
A
C
|
C
R
 
S
H
 
E
A
 
T
N
x
H
A
 
R
T
 
Q
P
 
H
P
 
-
G
 
G
V
 
L
Q
 
Q
Y
 
S
R
 
M
K
 
P
V
x
R
L
|
L
D
 
R
M
 
V
E
 
M
V
 
L
G
 
N
T
 
-
F
 
-
P
 
-
D
 
-
V
 
-
R
 
E
R
 
K
V
 
E
F
 
S
V
 
A
P
|
P
V
 
Q
G
x
L
C
|
C
M
x
H
H
|
H
C
|
C
D
 
E
E
 
D
P
 
A
P
 
P
C
|
C
R
 
A
D
 
V
V
 
V
C
|
C
P
|
P
T
 
V
T
 
N
A
 
A
T
x
I
T
 
T
K
 
-
R
 
R
A
 
V
D
 
D
G
 
G
M
 
A
V
|
V
M
 
Q
I
x
L
D
 
N
Y
 
E
D
 
S
I
 
L
C
|
C
I
x
V
G
 
S
C
|
C
G
x
K
Y
 
L
C
|
C
I
 
G
V
 
I
A
 
A
C
|
C
P
 
P
Y
 
F
Q
 
G
A
 
A
-
x
I
R
 
E
Y
 
F
K
 
S
V
 
G
S
 
S
K
 
R
P
 
P
T
 
L
F
 
D
A
 
I
F
 
P
K
 
A
D
 
N
Q
 
A
E
 
N
T
 
T
Q
 
P
N
 
K
E
 
A
-
 
P
-
 
P
-
 
A
-
 
P
-
 
P
-
 
A
-
 
P
-
 
A
-
 
R
-
 
V
R
 
S
T
 
T
R
 
L
F
 
L
D
 
D
-
 
W
-
 
V
E
 
P
R
 
G
L
 
I
L
 
R
G
 
A
V
 
I
A
|
A
Q
 
V
K
|
K
C
|
C
T
x
D
F
x
L
C
|
C
V
 
-
D
 
-
R
 
-
V
 
-
D
 
-
Y
 
-
G
 
-
L
 
-
A
 
-
N
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
S
A
 
F
P
 
D
E
 
E
A
 
Q
T
 
G
P
|
P
A
 
A
C
|
C
V
 
V
N
 
R
S
 
M
C
|
C
L
x
P
S
x
T
K
 
K
A
 
A
L
|
L
T
 
H
F
 
L
G
 
V
D
 
D
T
 
N

P11349 Respiratory nitrate reductase 1 beta chain; Nitrate reductase A subunit beta; Quinol-nitrate oxidoreductase subunit beta; EC 1.7.5.1 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
34% identity, 47% coverage: 46:148/217 of query aligns to 172:254/512 of P11349

query
sites
P11349
F
 
F
P
 
E
D
 
N
V
 
T
R
 
F
R
 
M
V
 
M
F
 
Y
V
 
L
P
 
P
V
 
R
G
 
L
C
|
C
M
 
E
H
 
H
C
|
C
D
 
L
E
 
N
P
 
P
P
 
A
C
|
C
R
 
V
D
 
A
V
 
T
C
|
C
P
 
P
T
 
S
T
 
G
A
 
A
T
 
I
T
 
Y
K
 
K
R
 
R
A
 
E
-
 
E
D
 
D
G
 
G
M
 
I
V
 
V
M
 
L
I
 
I
D
 
D
Y
 
Q
D
 
D
I
 
K
C
|
C
I
 
R
G
 
G
C
 
W
G
 
R
Y
 
M
C
|
C
I
 
I
V
 
T
A
 
G
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
K
A
 
K
R
 
I
Y
 
Y
K
 
-
V
 
-
S
 
-
K
 
-
P
 
-
T
 
-
F
 
F
A
 
N
F
 
W
K
 
K
D
 
S
Q
 
-
E
 
-
T
 
-
Q
 
-
N
 
-
E
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
-
F
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
G
V
 
K
A
 
S
Q
 
E
K
 
K
C
|
C
T
 
I
F
 
F
C
|
C
V
 
Y
D
 
P
R
 
R
V
 
I
D
 
E
Y
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

3egwB The crystal structure of the narghi mutant narh - c16a
34% identity, 47% coverage: 46:148/217 of query aligns to 172:254/509 of 3egwB

query
sites
3egwB
F
 
F
P
 
E
D
 
N
V
 
T
R
 
F
R
 
M
V
 
M
F
 
Y
V
 
L
P
|
P
V
 
R
G
 
L
C
|
C
M
x
E
H
|
H
C
|
C
D
 
L
E
 
N
P
|
P
P
 
A
C
|
C
R
 
V
D
 
A
V
 
T
C
|
C
P
 
P
T
x
S
T
 
G
A
 
A
T
x
I
T
 
Y
K
 
K
R
 
R
A
 
E
-
 
E
D
 
D
G
 
G
M
 
I
V
 
V
M
 
L
I
 
I
D
 
D
Y
 
Q
D
 
D
I
 
K
C
|
C
I
x
R
G
|
G
C
x
W
G
x
R
Y
 
M
C
|
C
I
 
I
V
 
T
A
 
G
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
K
A
 
K
R
x
I
Y
 
Y
K
 
-
V
 
-
S
 
-
K
 
-
P
 
-
T
 
-
F
 
F
A
 
N
F
 
W
K
 
K
D
 
S
Q
 
-
E
 
-
T
 
-
Q
 
-
N
 
-
E
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
-
F
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
G
V
 
K
A
x
S
Q
 
E
K
|
K
C
|
C
T
 
I
F
|
F
C
|
C
V
 
Y
D
 
P
R
 
R
V
 
I
D
 
E
Y
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

Q8GC87 Formate dehydrogenase subunit beta; FDH subunit beta; Formate dehydrogenase small subunit from Megalodesulfovibrio gigas (strain ATCC 19364 / DSM 1382 / NCIMB 9332 / VKM B-1759) (Desulfovibrio gigas) (see paper)
26% identity, 90% coverage: 1:195/217 of query aligns to 1:183/215 of Q8GC87

query
sites
Q8GC87
M
 
M
T
 
S
K
 
K
W
 
G
A
 
F
I
 
F
V
 
V
A
 
-
D
 
D
L
 
T
G
 
T
R
 
R
C
|
C
V
 
T
G
 
A
C
|
C
Q
 
R
T
 
G
C
|
C
T
 
Q
T
 
V
A
 
A
C
|
C
R
 
K
-
 
Q
-
 
W
H
 
H
A
 
G
N
 
N
A
 
P
T
 
A
P
 
T
P
 
P
G
 
T
V
 
E
Q
 
N
-
 
T
-
 
G
-
 
F
Y
 
H
R
 
Q
K
 
N
V
 
P
L
 
P
D
 
D
M
 
F
E
 
N
V
 
F
G
 
H
T
 
T
F
 
Y
P
 
K
D
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
M
-
 
H
-
 
E
-
 
Q
-
 
E
-
 
I
-
 
D
-
 
G
-
 
R
-
 
I
-
 
D
-
 
W
V
 
L
F
 
F
V
 
F
P
 
P
V
 
D
G
 
Q
C
|
C
M
 
R
H
 
H
C
|
C
D
 
I
E
 
A
P
 
P
P
 
P
C
|
C
R
 
K
D
 
-
V
 
-
C
 
-
P
 
-
T
 
-
T
 
-
A
 
A
T
 
T
T
 
A
K
 
D
R
 
M
A
 
E
D
 
D
G
 
E
M
 
S
V
 
A
M
 
I
I
 
I
D
 
-
Y
 
H
D
 
D
I
 
D
C
 
A
I
 
T
G
 
G
C
 
C
-
 
V
-
 
L
-
 
F
-
 
T
-
 
P
-
 
K
-
 
T
-
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
Y
G
 
E
Y
 
S
C
 
V
I
 
I
V
 
S
A
 
A
C
|
C
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
V
R
 
P
Y
 
R
K
 
K
V
 
V
S
 
A
K
 
E
P
 
S
T
 
-
F
 
-
A
 
-
F
 
-
K
 
-
D
 
-
Q
 
-
E
 
-
T
 
-
Q
 
-
N
 
-
E
 
-
R
 
-
T
 
-
R
 
-
F
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
N
V
 
Q
A
 
M
Q
 
A
K
 
K
C
|
C
T
 
D
F
 
M
C
|
C
V
 
I
D
 
D
R
 
R
V
 
I
D
 
T
Y
 
N
G
 
G
L
 
L
A
 
-
N
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
-
T
 
R
P
 
P
A
 
A
C
|
C
V
 
V
N
 
T
S
 
S
C
|
C
L
 
P
S
 
T
K
 
G
A
 
A
L
 
M
T
 
N
F
 
F
G
 
G
D
 
D
T
 
L
D
 
S
N
 
E
P
 
M
D
 
E
S
 
A
N
 
M
V
 
A
S
 
S
K
 
A
L
 
R
L
 
L
K
 
A
R
 
E
Y
 
I
K
 
K
S
 
A

Query Sequence

>WP_011383654.1 NCBI__GCF_000009985.1:WP_011383654.1
MTKWAIVADLGRCVGCQTCTTACRHANATPPGVQYRKVLDMEVGTFPDVRRVFVPVGCMH
CDEPPCRDVCPTTATTKRADGMVMIDYDICIGCGYCIVACPYQARYKVSKPTFAFKDQET
QNERTRFDERLLGVAQKCTFCVDRVDYGLANGLTPGVAPEATPACVNSCLSKALTFGDTD
NPDSNVSKLLKRYKSFRMHEELGTGPNIHYLWETEDE

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory