SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011384207.1 NCBI__GCF_000009985.1:WP_011384207.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
56% identity, 98% coverage: 1:233/237 of query aligns to 6:238/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
M
 
V
L
 
L
R
 
E
I
 
V
E
 
Q
S
 
S
L
 
L
H
 
H
S
 
V
G
 
Y
Y
|
Y
G
 
G
R
 
A
I
 
I
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
H
 
K
G
 
G
V
 
I
D
 
D
I
 
L
N
 
K
V
 
V
A
 
P
E
 
R
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
V
A
 
T
L
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
M
 
S
T
 
A
I
 
I
C
 
A
G
 
G
N
 
L
P
 
V
R
 
R
A
 
A
T
 
Q
A
 
K
G
 
G
T
 
K
V
 
I
R
 
I
L
 
F
A
 
N
G
 
G
E
 
Q
D
 
D
I
 
I
T
 
T
G
 
N
L
 
K
A
 
P
T
 
A
H
 
H
H
 
V
I
 
I
M
 
N
R
 
R
R
 
M
G
 
G
L
 
I
A
 
A
H
 
L
S
 
V
P
 
P
E
|
E
G
 
G
R
 
R
R
 
R
I
 
I
F
 
F
A
 
P
R
 
E
M
 
L
S
 
T
V
 
V
L
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
M
 
M
G
 
G
A
 
A
A
 
Y
-
 
N
R
 
R
G
 
K
N
 
D
P
 
K
A
 
E
H
 
G
F
 
I
A
 
K
Q
 
R
D
 
D
L
 
L
E
 
E
R
 
W
V
 
I
L
 
F
G
 
S
L
 
L
F
 
F
P
 
P
R
 
R
L
 
L
E
 
K
E
 
E
R
 
R
L
 
L
A
 
K
Q
 
Q
R
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
L
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
S
 
S
R
 
R
P
 
P
K
 
K
I
 
L
L
 
L
L
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
S
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
I
V
 
L
V
 
V
R
 
S
Q
 
E
I
 
V
F
 
F
E
 
E
I
 
V
V
 
I
A
 
Q
T
 
K
I
 
I
N
 
N
R
 
Q
E
 
E
Q
 
-
G
 
G
V
 
T
T
 
T
V
 
I
F
 
L
L
 
L
V
 
V
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
H
 
L
H
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
K
L
 
V
A
 
A
H
 
H
R
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
M
 
L
V
 
E
N
 
T
G
 
G
K
 
Q
V
 
I
T
 
V
L
 
L
S
 
E
G
 
G
T
 
K
G
 
A
A
 
S
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
D
N
 
N
E
 
E
E
 
M
I
 
V
R
 
R
A
 
K
H
 
A
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
31% identity, 95% coverage: 1:224/237 of query aligns to 4:240/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
M
 
I
L
 
L
R
 
R
I
 
T
E
 
E
S
 
N
L
 
I
H
 
V
S
 
K
G
 
Y
Y
x
F
G
 
G
R
 
E
I
x
F
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
H
 
D
G
 
G
V
 
V
D
 
S
I
 
I
N
 
S
V
 
V
A
 
C
E
 
K
G
 
G
E
 
D
I
 
V
V
 
T
A
 
L
L
 
I
V
 
I
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
M
 
N
T
 
V
I
 
I
C
 
T
G
 
G
N
 
F
P
 
L
R
 
K
A
 
A
T
 
D
A
 
E
G
 
G
T
 
R
V
 
V
R
 
Y
L
 
F
A
 
E
G
 
N
E
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
T
G
 
N
L
 
K
A
 
E
T
 
P
H
 
A
H
 
E
I
 
L
M
 
Y
R
 
H
R
 
Y
G
 
G
L
 
I
A
 
V
H
 
R
S
 
T
P
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
R
 
Q
I
 
P
F
 
L
A
 
K
R
 
E
M
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
Q
 
L
M
 
I
G
 
G
A
 
E
A
 
I
R
 
-
G
 
-
N
 
N
P
 
P
A
 
G
H
 
E
F
 
S
A
 
P
Q
 
L
D
 
N
L
 
S
E
 
L
R
 
F
V
 
Y
L
 
K
G
 
K
L
 
W
F
 
I
P
 
P
R
 
K
L
 
E
E
 
E
E
 
E
R
 
M
L
 
V
A
 
E
Q
 
K
-
 
A
-
 
F
-
 
K
-
 
I
-
 
L
-
 
E
-
 
F
-
 
L
-
 
K
-
 
L
-
 
S
-
 
H
-
 
L
-
 
Y
-
 
D
-
 
R
R
 
K
G
 
A
G
 
G
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
S
 
T
R
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
I
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
L
 
G
V
 
L
V
 
A
R
 
H
Q
 
D
I
 
I
F
 
F
E
 
N
I
 
H
V
 
V
A
 
L
T
 
E
I
 
L
N
 
-
R
 
K
E
 
A
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
T
 
T
V
 
F
F
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
A
 
L
H
 
D
H
 
I
A
 
V
L
 
L
R
 
N
L
 
Y
A
 
I
H
 
D
R
 
H
G
 
L
Y
 
Y
V
 
V
M
 
M
V
 
F
N
 
N
G
 
G
K
 
Q
V
 
I
T
 
I
L
 
A
S
 
E
G
 
G
T
 
R
G
 
G
A
 
E
E
 
E
L
 
E
L
 
I
A
 
K
N
 
N

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
31% identity, 95% coverage: 1:224/237 of query aligns to 4:240/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
M
 
I
L
 
L
R
 
R
I
 
T
E
 
E
S
 
N
L
 
I
H
 
V
S
 
K
G
 
Y
Y
x
F
G
 
G
R
 
E
I
x
F
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
H
 
D
G
 
G
V
 
V
D
 
S
I
 
I
N
 
S
V
 
V
A
 
N
E
 
K
G
 
G
E
 
D
I
 
V
V
 
T
A
 
L
L
 
I
V
 
I
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
M
 
N
T
 
V
I
 
I
C
 
T
G
 
G
N
 
F
P
 
L
R
 
K
A
 
A
T
 
D
A
 
E
G
 
G
T
 
R
V
 
V
R
 
Y
L
 
F
A
 
E
G
 
N
E
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
T
G
 
N
L
 
K
A
 
E
T
 
P
H
 
A
H
 
E
I
 
L
M
 
Y
R
 
H
R
 
Y
G
 
G
L
 
I
A
 
V
H
 
R
S
 
T
P
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
R
 
Q
I
 
P
F
 
L
A
 
K
R
 
E
M
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
Q
 
L
M
 
I
G
 
G
A
 
E
-
 
I
-
 
C
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
A
 
K
R
 
K
G
 
W
N
 
I
P
 
P
A
 
K
H
 
E
F
 
-
A
 
E
Q
 
E
D
 
M
L
 
V
E
 
E
R
 
K
V
 
A
L
 
F
G
 
K
L
 
I
-
 
L
-
 
E
F
 
F
P
 
L
R
 
K
L
 
L
E
 
S
E
 
H
R
 
L
L
 
Y
A
 
D
Q
 
R
R
 
K
G
 
A
G
 
G
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
S
 
T
R
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
I
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
L
 
G
V
 
L
V
 
A
R
 
H
Q
 
D
I
 
I
F
 
F
E
 
N
I
 
H
V
 
V
A
 
L
T
 
E
I
 
L
N
 
-
R
 
K
E
 
A
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
T
 
T
V
 
F
F
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
A
 
L
H
 
D
H
 
I
A
 
V
L
 
L
R
 
N
L
 
Y
A
 
I
H
 
D
R
 
H
G
 
L
Y
 
Y
V
 
V
M
 
M
V
 
F
N
 
N
G
 
G
K
 
Q
V
 
I
T
 
I
L
 
A
S
 
E
G
 
G
T
 
R
G
 
G
A
 
E
E
 
E
L
 
E
L
 
I
A
 
K
N
 
N

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
32% identity, 98% coverage: 1:233/237 of query aligns to 2:235/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
M
 
I
L
 
L
R
 
K
I
 
A
E
 
Q
S
 
H
L
 
L
H
 
A
S
 
K
G
 
S
Y
 
Y
G
 
K
R
 
K
I
 
R
Q
 
K
A
 
V
L
 
V
H
 
S
G
 
D
V
 
V
D
 
S
I
 
L
N
 
Q
V
 
V
A
 
E
E
 
S
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
S
L
 
F
M
 
Y
T
 
M
I
 
I
C
 
V
G
 
G
N
 
L
P
 
V
R
 
A
A
 
R
T
 
D
A
 
E
G
 
G
T
 
T
V
 
I
R
 
T
L
 
I
A
 
D
G
 
D
E
 
N
D
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
I
L
 
L
A
 
P
T
 
M
H
 
H
H
 
S
I
 
R
M
 
S
R
 
R
R
 
M
G
 
G
L
 
I
A
 
G
H
 
Y
S
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
A
 
R
R
 
K
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
I
Q
 
M
-
 
A
M
 
V
G
 
L
A
 
Q
A
 
T
R
 
R
G
 
E
N
 
E
P
 
L
A
 
T
H
 
H
F
x
E
A
 
E
-
 
R
Q
 
Q
D
|
D
-
 
K
L
 
L
E
 
E
R
 
D
V
 
L
L
 
L
G
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
-
R
 
H
L
 
I
E
 
Q
E
 
H
R
 
I
L
 
R
A
 
K
Q
 
S
R
 
A
G
 
G
G
 
M
T
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
K
 
Q
I
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
V
 
S
V
 
V
R
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
E
 
K
I
 
I
V
 
I
A
 
E
T
 
H
I
 
L
N
 
-
R
 
R
E
 
D
Q
 
R
G
 
G
V
 
L
T
 
G
V
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
H
 
R
H
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
D
L
 
V
A
 
C
H
 
E
R
 
K
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
M
 
V
V
 
S
N
 
Q
G
 
G
K
 
R
V
 
L
T
 
I
L
 
A
S
 
E
G
 
G
T
 
T
G
 
P
A
 
Q
E
 
D
L
 
V
L
 
L
A
 
N
N
 
N
E
 
E
E
 
Q
I
 
V
R
 
K
A
 
Q
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
33% identity, 98% coverage: 2:233/237 of query aligns to 3:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
L
R
 
T
I
 
A
E
 
K
S
 
N
L
 
L
H
 
A
S
 
K
G
 
A
Y
 
Y
G
 
K
R
 
G
I
 
R
Q
 
R
A
 
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
D
 
S
I
 
L
N
 
T
V
 
V
A
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
T
L
 
F
M
 
Y
T
 
M
I
 
V
C
 
V
G
 
G
N
 
I
P
 
V
R
 
P
A
 
R
T
 
D
A
 
A
G
 
G
T
 
N
V
 
I
R
 
I
L
 
I
A
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
L
 
L
A
 
P
T
 
L
H
 
H
H
 
A
I
 
R
M
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
G
H
 
Y
S
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
A
x
R
R
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
M
 
A
G
 
V
A
 
L
A
 
Q
R
 
I
G
 
R
N
 
D
P
 
D
A
 
L
H
 
S
F
 
A
A
 
E
Q
 
Q
D
 
R
L
 
E
E
 
D
R
 
R
V
 
A
L
 
N
G
 
E
L
 
L
F
 
M
P
 
E
R
 
E
-
 
F
-
 
H
L
 
I
E
 
E
E
 
H
R
 
L
L
 
R
A
 
D
Q
 
S
R
x
M
G
|
G
G
x
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
V
 
S
V
 
V
R
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
E
 
R
I
 
I
V
 
I
A
 
E
T
 
H
I
 
L
N
 
-
R
 
R
E
 
D
Q
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
V
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
H
 
R
H
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
L
 
V
A
 
C
H
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
M
 
V
V
 
S
N
 
Q
G
 
G
K
 
H
V
 
L
T
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
Q
N
 
D
E
 
E
E
 
H
I
 
V
R
 
K
A
 
R
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
33% identity, 98% coverage: 2:233/237 of query aligns to 3:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
L
R
 
T
I
 
A
E
 
K
S
 
N
L
 
L
H
 
A
S
 
K
G
 
A
Y
|
Y
G
 
K
R
 
G
I
x
R
Q
 
R
A
 
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
D
 
S
I
 
L
N
 
T
V
 
V
A
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
M
 
Y
T
 
M
I
 
V
C
 
V
G
 
G
N
 
I
P
 
V
R
 
P
A
 
R
T
 
D
A
 
A
G
 
G
T
 
N
V
 
I
R
 
I
L
 
I
A
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
L
 
L
A
 
P
T
 
L
H
 
H
H
 
A
I
 
R
M
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
G
H
 
Y
S
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
A
 
R
R
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
M
 
A
G
 
V
A
 
L
A
 
Q
R
 
I
G
 
R
N
 
D
P
 
D
A
 
L
H
 
S
F
 
A
A
 
E
Q
 
Q
D
 
R
L
 
E
E
 
D
R
 
R
V
 
A
L
 
N
G
 
E
L
 
L
F
 
M
P
 
E
R
 
E
-
 
F
-
 
H
L
 
I
E
 
E
E
 
H
R
 
L
L
 
R
A
 
D
Q
 
S
R
 
M
G
 
G
G
 
Q
T
x
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
V
 
S
V
 
V
R
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
E
 
R
I
 
I
V
 
I
A
 
E
T
 
H
I
 
L
N
 
-
R
 
R
E
 
D
Q
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
V
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
H
 
R
H
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
L
 
V
A
 
C
H
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
M
 
V
V
 
S
N
 
Q
G
 
G
K
 
H
V
 
L
T
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
Q
N
 
D
E
 
E
E
 
H
I
 
V
R
 
K
A
 
R
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
33% identity, 98% coverage: 2:233/237 of query aligns to 3:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
L
R
 
T
I
 
A
E
 
K
S
 
N
L
 
L
H
 
A
S
 
K
G
 
A
Y
|
Y
G
 
K
R
 
G
I
 
R
Q
 
R
A
 
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
D
 
S
I
 
L
N
 
T
V
 
V
A
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
M
 
Y
T
 
M
I
 
V
C
 
V
G
 
G
N
 
I
P
 
V
R
 
P
A
 
R
T
 
D
A
 
A
G
 
G
T
 
N
V
 
I
R
 
I
L
 
I
A
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
L
 
L
A
 
P
T
 
L
H
 
H
H
 
A
I
 
R
M
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
G
H
 
Y
S
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
A
 
R
R
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
M
 
A
G
 
V
A
 
L
A
 
Q
R
 
I
G
 
R
N
 
D
P
 
D
A
 
L
H
 
S
F
 
A
A
 
E
Q
 
Q
D
 
R
L
 
E
E
 
D
R
 
R
V
 
A
L
 
N
G
 
E
L
 
L
F
 
M
P
 
E
R
 
E
-
 
F
-
 
H
L
 
I
E
 
E
E
 
H
R
 
L
L
 
R
A
 
D
Q
 
S
R
 
M
G
 
G
G
 
Q
T
x
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
|
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
V
 
S
V
 
V
R
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
E
 
R
I
 
I
V
 
I
A
 
E
T
 
H
I
 
L
N
 
-
R
 
R
E
 
D
Q
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
V
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
A
 
V
H
 
R
H
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
L
 
V
A
 
C
H
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
M
 
V
V
 
S
N
 
Q
G
 
G
K
 
H
V
 
L
T
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
Q
N
 
D
E
 
E
E
 
H
I
 
V
R
 
K
A
 
R
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
33% identity, 98% coverage: 2:233/237 of query aligns to 4:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
L
 
L
R
 
T
I
 
A
E
 
K
S
 
N
L
 
L
H
 
A
S
 
K
G
 
A
Y
|
Y
G
 
K
R
 
G
I
x
R
Q
 
R
A
x
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
D
 
S
I
 
L
N
 
T
V
 
V
A
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
M
 
Y
T
 
M
I
 
V
C
 
V
G
 
G
N
 
I
P
 
V
R
 
P
A
 
R
T
 
D
A
 
A
G
 
G
T
 
N
V
 
I
R
 
I
L
 
I
A
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
L
 
L
A
 
P
T
 
L
H
 
H
H
 
A
I
 
R
M
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
G
H
 
Y
S
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
A
 
R
R
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
M
 
A
G
 
V
A
 
L
A
 
Q
R
 
I
G
 
R
N
 
D
P
 
D
A
 
L
H
 
S
F
 
A
A
 
E
Q
 
Q
D
 
R
L
 
E
E
 
D
R
 
R
V
 
A
L
 
N
G
 
E
L
 
L
F
 
M
P
 
E
R
 
E
-
 
F
-
 
H
L
 
I
E
 
E
E
 
H
R
 
L
L
 
R
A
 
D
Q
 
S
R
 
M
G
 
G
G
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
V
 
S
V
 
V
R
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
E
 
R
I
 
I
V
 
I
A
 
E
T
 
H
I
 
L
N
 
-
R
 
R
E
 
D
Q
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
V
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
A
 
V
H
 
R
H
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
L
 
V
A
 
C
H
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
M
 
V
V
 
S
N
 
Q
G
 
G
K
 
H
V
 
L
T
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
Q
N
 
D
E
 
E
E
 
H
I
 
V
R
 
K
A
 
R
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
33% identity, 97% coverage: 2:232/237 of query aligns to 3:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
L
R
 
T
I
 
A
E
 
K
S
 
N
L
 
L
H
 
A
S
 
K
G
 
A
Y
|
Y
G
 
K
R
 
G
I
x
R
Q
 
R
A
x
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
D
 
S
I
 
L
N
 
T
V
 
V
A
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
M
 
Y
T
 
M
I
 
V
C
 
V
G
 
G
N
 
I
P
 
V
R
 
P
A
 
R
T
 
D
A
 
A
G
 
G
T
 
N
V
 
I
R
 
I
L
 
I
A
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
L
 
L
A
 
P
T
x
L
H
|
H
H
 
A
I
 
R
M
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
G
H
 
Y
S
 
L
P
|
P
E
x
Q
G
 
E
R
x
A
R
x
S
I
 
I
F
|
F
A
x
R
R
|
R
M
x
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
M
 
A
G
x
V
A
 
L
A
 
Q
R
 
I
G
 
R
N
 
D
P
 
D
A
 
L
H
 
S
F
 
A
A
 
E
Q
 
Q
D
 
R
L
 
E
E
 
D
R
 
R
V
 
A
L
 
N
G
 
E
L
 
L
F
 
M
P
 
E
R
 
E
-
 
F
-
 
H
L
 
I
E
 
E
E
 
H
R
 
L
L
 
R
A
 
D
Q
 
S
R
 
M
G
 
G
G
x
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
V
 
S
V
 
V
R
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
E
 
R
I
 
I
V
 
I
A
 
E
T
 
H
I
 
L
N
 
-
R
 
R
E
 
D
Q
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
V
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
H
 
R
H
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
L
 
V
A
 
C
H
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
M
 
V
V
 
S
N
 
Q
G
 
G
K
 
H
V
 
L
T
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
Q
N
 
D
E
 
E
E
 
H
I
 
V
R
 
K
A
 
R
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
33% identity, 97% coverage: 2:232/237 of query aligns to 3:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
L
R
 
T
I
 
A
E
 
K
S
 
N
L
 
L
H
 
A
S
 
K
G
 
A
Y
|
Y
G
 
K
R
 
G
I
x
R
Q
 
R
A
x
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
D
 
S
I
 
L
N
 
T
V
 
V
A
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
M
 
Y
T
 
M
I
 
V
C
 
V
G
 
G
N
 
I
P
 
V
R
 
P
A
 
R
T
 
D
A
 
A
G
 
G
T
 
N
V
 
I
R
 
I
L
 
I
A
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
L
 
L
A
 
P
T
 
L
H
 
H
H
 
A
I
 
R
M
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
G
H
 
Y
S
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
A
 
R
R
 
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
M
 
A
G
 
V
A
 
L
A
 
Q
R
 
I
G
 
R
N
 
D
P
 
D
A
 
L
H
 
S
F
 
A
A
 
E
Q
 
Q
D
 
R
L
 
E
E
 
D
R
 
R
V
 
A
L
 
N
G
 
E
L
 
L
F
 
M
P
 
E
R
 
E
-
 
F
-
 
H
L
 
I
E
 
E
E
 
H
R
 
L
L
 
R
A
 
D
Q
 
S
R
 
M
G
 
G
G
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
V
 
S
V
 
V
R
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
E
 
R
I
 
I
V
 
I
A
 
E
T
 
H
I
 
L
N
 
-
R
 
R
E
 
D
Q
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
V
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
H
 
R
H
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
L
 
V
A
 
C
H
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
M
 
V
V
 
S
N
 
Q
G
 
G
K
 
H
V
 
L
T
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
Q
N
 
D
E
 
E
E
 
H
I
 
V
R
 
K
A
 
R
H
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
33% identity, 97% coverage: 2:231/237 of query aligns to 3:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
L
R
 
T
I
 
A
E
 
K
S
 
N
L
 
L
H
 
A
S
 
K
G
 
A
Y
|
Y
G
 
K
R
 
G
I
x
R
Q
 
R
A
x
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
D
 
S
I
 
L
N
 
T
V
 
V
A
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
M
 
Y
T
 
M
I
 
V
C
 
V
G
 
G
N
 
I
P
 
V
R
 
P
A
 
R
T
 
D
A
 
A
G
 
G
T
 
N
V
 
I
R
 
I
L
 
I
A
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
G
 
L
L
 
L
A
 
P
T
 
L
H
 
H
H
 
A
I
 
R
M
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
G
H
 
Y
S
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
|
F
A
x
R
R
|
R
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
M
 
A
G
 
V
A
 
L
A
 
Q
R
 
I
G
 
R
N
 
D
P
 
D
A
 
L
H
 
S
F
 
A
A
 
E
Q
 
Q
D
 
R
L
 
E
E
 
D
R
 
R
V
 
A
L
 
N
G
 
E
L
 
L
F
 
M
P
 
E
R
 
E
-
 
F
-
 
H
L
 
I
E
 
E
E
 
H
R
 
L
L
 
R
A
 
D
Q
 
S
R
 
M
G
 
G
G
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
A
R
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
V
 
S
V
 
V
R
 
I
Q
 
D
I
 
I
F
 
K
E
 
R
I
 
I
V
 
I
A
 
E
T
 
H
I
 
L
N
 
-
R
 
R
E
 
D
Q
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
V
 
V
F
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
H
 
R
H
 
E
A
 
T
L
 
L
R
 
A
L
 
V
A
 
C
H
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
M
 
V
V
 
S
N
 
Q
G
 
G
K
 
H
V
 
L
T
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
Q
N
 
D
E
 
E
E
 
H
I
 
V
R
 
K
A
 
R
H
 
V
Y
 
Y

3d31A Modbc from methanosarcina acetivorans (see paper)
33% identity, 94% coverage: 1:222/237 of query aligns to 1:216/348 of 3d31A

query
sites
3d31A
M
 
M
L
 
I
R
 
E
I
 
I
E
 
E
S
 
S
L
 
L
H
 
S
S
 
R
G
 
K
Y
 
W
G
 
K
R
 
N
I
 
F
Q
 
-
A
 
S
L
 
L
H
 
D
G
 
N
V
 
L
D
 
S
I
 
L
N
 
K
V
 
V
A
 
E
E
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
Y
V
 
F
A
 
V
L
 
I
V
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
T
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
L
L
 
F
L
 
L
M
 
E
T
 
L
I
 
I
C
 
A
G
 
G
N
 
F
P
 
H
R
 
V
A
 
P
T
 
D
A
 
S
G
 
G
T
 
R
V
 
I
R
 
L
L
 
L
A
 
D
G
 
G
E
 
K
D
 
D
I
 
V
T
 
T
G
 
D
L
 
L
A
 
S
T
 
P
H
 
E
H
 
-
I
 
-
M
 
-
R
 
K
R
 
H
G
 
D
L
 
I
A
 
A
H
 
F
S
 
V
P
 
Y
E
 
Q
G
 
N
R
 
Y
R
 
S
I
 
L
F
 
F
A
 
P
R
 
H
M
 
M
S
 
N
V
 
V
L
 
K
E
 
K
N
 
N
L
 
L
Q
 
E
M
 
F
G
 
G
A
 
M
A
 
R
R
 
M
G
 
K
N
 
K
P
 
-
A
 
-
H
 
-
F
 
-
A
 
I
Q
 
K
D
 
D
L
 
P
E
 
K
R
 
R
V
 
V
L
 
L
G
 
D
L
 
T
F
 
A
P
 
R
R
 
D
L
 
L
E
 
K
-
 
I
E
 
E
R
 
H
L
 
L
A
 
L
Q
 
D
R
 
R
G
 
N
G
 
P
-
 
L
T
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
L
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
V
S
 
T
R
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
L
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
R
V
 
T
V
 
Q
R
 
E
Q
 
N
I
 
A
F
 
R
E
 
E
I
 
M
V
 
L
A
 
S
T
 
V
I
 
L
N
 
H
R
 
K
E
 
K
Q
 
N
G
 
K
V
 
L
T
 
T
V
 
V
F
 
L
L
 
H
V
 
I
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
A
 
Q
H
 
T
H
 
E
A
 
A
L
 
R
R
 
I
L
 
M
A
 
A
H
 
D
R
 
R
G
 
I
Y
 
A
V
 
V
M
 
V
V
 
M
N
 
D
G
 
G
K
 
K
V
 
L
T
 
I
L
 
Q
S
 
V
G
 
G
T
 
K
G
 
P
A
 
E
E
 
E
L
 
I
L
 
F

Sites not aligning to the query:

Q8IUA7 ATP-binding cassette sub-family A member 9; EC 7.6.2.- from Homo sapiens (Human) (see 2 papers)
31% identity, 91% coverage: 2:217/237 of query aligns to 481:699/1624 of Q8IUA7

query
sites
Q8IUA7
L
 
I
R
 
R
I
 
I
E
 
K
S
 
N
L
 
L
H
 
K
S
 
K
G
 
E
Y
 
Y
G
 
A
-
 
G
-
 
K
-
 
C
-
 
E
R
 
R
I
 
V
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
H
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
V
I
 
F
N
 
D
V
 
I
A
 
Y
E
 
E
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
T
A
 
A
L
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
H
N
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
L
L
 
L
M
 
N
T
 
I
I
 
L
C
 
S
G
 
G
N
 
L
P
 
S
R
 
V
A
 
P
T
 
T
A
 
S
G
 
G
T
 
S
V
 
V
R
 
T
L
 
V
A
 
Y
G
 
N
E
 
H
D
 
T
I
 
L
T
 
S
G
 
R
L
 
M
A
 
A
T
 
D
H
 
I
H
 
E
I
 
N
M
 
I
R
 
S
R
 
K
G
 
F
L
 
T
A
 
G
H
 
F
S
 
C
P
 
P
E
 
Q
G
 
S
R
 
N
R
 
V
I
 
Q
F
 
F
A
 
G
R
 
F
M
 
L
S
 
T
V
 
V
L
 
K
E
 
E
N
 
N
L
 
L
Q
 
R
M
 
L
G
 
F
A
 
A
A
 
K
R
 
I
G
 
K
N
 
G
-
 
I
-
 
L
P
 
P
A
 
H
H
 
E
F
 
V
A
 
E
Q
 
K
D
 
E
L
 
V
E
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
V
G
 
Q
L
 
E
F
 
L
-
 
E
-
 
M
P
 
E
R
 
N
L
 
I
E
 
Q
E
 
D
R
 
I
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
R
 
-
G
 
-
G
 
-
T
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
N
Q
 
R
M
 
K
L
 
L
A
 
T
I
 
F
G
 
G
R
 
I
A
 
A
L
 
I
M
 
L
S
 
G
R
 
D
P
 
P
K
 
Q
I
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
L
V
 
S
V
 
R
R
 
H
Q
 
R
I
 
I
F
 
W
E
 
N
I
 
L
V
 
L
A
 
K
T
 
E
I
 
G
N
 
K
R
 
S
E
 
D
Q
 
R
G
 
-
V
 
-
T
 
V
V
 
I
F
 
L
L
 
F
V
 
S
E
 
T
Q
 
Q
N
 
F
A
 
I
H
 
D
H
 
E
A
 
A
L
 
D
R
 
I
L
 
L
A
 
A
H
 
D
R
 
R
G
 
K
Y
 
V
V
 
F
M
 
I
V
 
S
N
 
N
G
 
G
K
 
K
V
 
L
T
 
K
L
 
C
S
 
A
G
 
G
T
 
S

Sites not aligning to the query:

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
31% identity, 92% coverage: 7:223/237 of query aligns to 11:230/343 of P30750

query
sites
P30750
L
 
F
H
 
H
S
 
Q
G
 
G
Y
 
T
G
 
R
R
 
T
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
H
 
N
G
 
N
V
 
V
D
 
S
I
 
L
N
 
H
V
 
V
A
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
Y
A
 
G
L
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
A
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
M
 
R
T
 
C
I
 
V
C
 
N
G
 
L
N
 
L
P
 
E
R
 
R
A
 
P
T
 
T
A
 
E
G
 
G
T
 
S
V
 
V
R
 
L
L
 
V
A
 
D
G
 
G
E
 
Q
D
 
E
I
 
L
T
 
T
G
 
T
L
 
L
A
 
S
T
 
E
H
 
S
H
 
E
I
 
L
M
 
T
-
 
K
-
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
Q
L
 
I
A
 
G
H
 
M
S
 
I
P
 
F
E
 
Q
G
 
H
R
 
F
R
 
N
I
 
L
F
 
L
A
 
S
R
 
S
M
 
R
S
 
T
V
 
V
L
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
Q
 
A
M
 
L
G
 
P
A
 
L
A
 
E
R
 
L
G
 
D
N
 
N
-
 
T
P
 
P
A
 
K
H
 
D
F
 
E
A
 
V
Q
 
K
D
 
-
L
 
-
E
 
R
R
 
R
V
 
V
L
 
T
G
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
S
R
 
L
-
 
V
-
 
G
L
 
L
E
 
G
E
 
D
R
 
K
L
 
H
A
 
D
Q
 
S
R
 
Y
G
 
P
G
 
S
T
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
S
R
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
S
 
T
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
A
V
 
T
V
 
T
R
 
R
Q
 
S
I
 
I
F
 
L
E
 
E
I
 
L
V
 
L
A
 
K
T
 
D
I
 
I
N
 
N
R
 
R
E
 
R
Q
 
L
G
 
G
V
 
L
T
 
T
V
 
I
F
 
L
L
 
L
V
 
I
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
A
 
M
H
 
D
H
 
V
A
 
V
L
 
K
R
 
R
L
 
I
A
 
C
H
 
D
R
 
C
G
 
V
Y
 
A
V
 
V
M
 
I
V
 
S
N
 
N
G
 
G
K
 
E
V
 
L
T
 
I
L
 
E
S
 
Q
G
 
D
T
 
T
G
 
V
A
 
S
E
 
E
L
 
V
L
 
F
A
 
S

Sites not aligning to the query:

4yerA Crystal structure of an abc transporter atp-binding protein (tm_1403) from thermotoga maritima msb8 at 2.35 a resolution
30% identity, 92% coverage: 4:221/237 of query aligns to 7:223/285 of 4yerA

query
sites
4yerA
I
 
V
E
 
E
S
 
N
L
 
L
H
 
V
S
 
K
G
 
K
Y
x
F
G
 
G
R
 
D
I
x
F
Q
 
E
A
 
A
L
 
V
H
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
S
I
 
F
N
 
S
V
 
V
A
 
K
E
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
F
A
 
A
L
 
F
V
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
I
M
 
H
T
 
M
I
 
L
C
 
T
G
 
T
N
 
L
P
 
L
R
 
K
A
 
P
T
 
T
A
 
S
G
 
G
T
 
K
V
 
A
R
 
W
L
 
V
A
 
A
G
 
G
E
 
H
D
 
D
I
 
V
T
 
-
G
 
-
L
 
L
A
 
K
T
 
E
H
 
P
H
 
R
I
 
E
M
 
V
R
 
R
R
 
R
G
 
K
L
 
I
A
 
G
H
 
I
S
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
D
R
 
Q
R
 
S
I
 
L
F
 
D
A
 
R
R
 
E
M
 
L
S
 
T
V
 
A
L
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
M
Q
 
Y
M
 
I
-
 
H
G
 
G
A
 
K
A
 
I
R
 
Y
G
 
G
N
 
-
P
 
-
A
 
-
H
 
Y
F
 
G
A
 
G
Q
 
E
D
 
K
L
 
L
E
 
K
R
 
K
V
 
R
L
 
I
G
 
L
L
 
E
F
 
L
P
 
L
R
 
E
L
 
F
E
 
V
E
 
E
R
 
L
L
 
L
A
 
E
Q
 
F
R
 
K
G
 
D
G
 
K
-
 
P
-
 
V
-
 
K
T
|
T
L
x
F
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
Q
 
A
Q
 
R
M
 
R
L
 
L
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
S
L
 
L
M
 
I
S
 
H
R
 
E
P
 
P
K
 
E
I
 
V
L
 
L
L
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
H
V
 
T
V
 
R
R
 
A
Q
 
H
I
 
M
F
 
W
E
 
E
I
 
Y
V
 
I
A
 
S
T
 
K
I
 
M
N
 
K
R
 
K
E
 
E
Q
 
H
G
 
N
V
 
M
T
 
T
V
 
I
F
 
F
L
 
L
V
 
T
E
 
T
Q
 
H
N
 
Y
A
 
M
H
 
D
H
 
E
A
 
A
L
 
E
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
H
 
D
R
 
R
G
 
V
Y
 
A
V
 
I
M
 
I
V
 
D
N
 
H
G
 
G
K
 
K
V
 
I
T
 
I
L
 
A
S
 
L
G
 
G
T
 
T
G
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
L

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
31% identity, 92% coverage: 7:223/237 of query aligns to 12:231/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
L
x
F
H
 
H
S
x
Q
G
 
G
Y
 
T
G
 
R
R
 
T
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
H
 
N
G
 
N
V
 
V
D
 
S
I
 
L
N
 
H
V
 
V
A
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
Y
A
 
G
L
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
M
 
R
T
 
C
I
 
V
C
 
N
G
 
L
N
 
L
P
 
E
R
 
R
A
 
P
T
 
T
A
 
E
G
 
G
T
 
S
V
 
V
R
 
L
L
 
V
A
 
D
G
 
G
E
 
Q
D
 
E
I
 
L
T
 
T
G
 
T
L
 
L
A
 
S
T
 
E
H
 
S
H
 
E
I
 
L
M
 
T
-
 
K
-
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
Q
L
 
I
A
 
G
H
 
M
S
 
I
P
 
F
E
 
Q
G
 
H
R
 
F
R
 
N
I
 
L
F
 
L
A
 
S
R
 
S
M
 
R
S
 
T
V
 
V
L
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
Q
 
A
M
 
L
G
 
P
A
 
L
A
 
E
R
 
L
G
 
D
N
 
N
-
 
T
P
 
P
A
 
K
H
 
D
F
 
E
A
 
V
Q
 
K
D
 
-
L
 
-
E
 
R
R
 
R
V
 
V
L
 
T
G
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
S
R
 
L
-
 
V
-
 
G
L
 
L
E
 
G
E
 
D
R
 
K
L
 
H
A
 
D
Q
 
S
R
 
Y
G
 
P
G
 
S
T
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
S
R
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
S
 
T
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
A
V
 
T
V
 
T
R
 
R
Q
 
S
I
 
I
F
 
L
E
 
E
I
 
L
V
 
L
A
 
K
T
 
D
I
 
I
N
 
N
R
 
R
E
 
R
Q
 
L
G
 
G
V
 
L
T
 
T
V
 
I
F
 
L
L
 
L
V
 
I
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
A
 
M
H
 
D
H
 
V
A
 
V
L
 
K
R
 
R
L
 
I
A
 
C
H
 
D
R
 
C
G
 
V
Y
 
A
V
 
V
M
 
I
V
 
S
N
 
N
G
 
G
K
 
E
V
 
L
T
 
I
L
 
E
S
 
Q
G
 
D
T
 
T
G
 
V
A
 
S
E
 
E
L
 
V
L
 
F
A
 
S

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
31% identity, 92% coverage: 7:223/237 of query aligns to 12:231/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
L
x
F
H
 
H
S
 
Q
G
 
G
Y
 
T
G
 
R
R
 
T
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
H
 
N
G
 
N
V
 
V
D
 
S
I
 
L
N
 
H
V
 
V
A
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
Y
A
 
G
L
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
M
 
R
T
 
C
I
 
V
C
 
N
G
 
L
N
 
L
P
 
E
R
 
R
A
 
P
T
 
T
A
 
E
G
 
G
T
 
S
V
 
V
R
 
L
L
 
V
A
 
D
G
 
G
E
 
Q
D
 
E
I
 
L
T
 
T
G
 
T
L
 
L
A
 
S
T
 
E
H
 
S
H
 
E
I
 
L
M
 
T
-
 
K
-
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
Q
L
 
I
A
 
G
H
 
M
S
 
I
P
 
F
E
 
Q
G
 
H
R
 
F
R
 
N
I
 
L
F
 
L
A
 
S
R
 
S
M
 
R
S
 
T
V
 
V
L
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
Q
 
A
M
 
L
G
 
P
A
 
L
A
 
E
R
 
L
G
 
D
N
 
N
-
 
T
P
 
P
A
 
K
H
 
D
F
 
E
A
 
V
Q
 
K
D
 
-
L
 
-
E
 
R
R
 
R
V
 
V
L
 
T
G
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
S
R
 
L
-
 
V
-
 
G
L
 
L
E
 
G
E
 
D
R
 
K
L
 
H
A
 
D
Q
 
S
R
 
Y
G
 
P
G
 
S
T
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
S
R
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
S
 
T
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
A
V
 
T
V
 
T
R
 
R
Q
 
S
I
 
I
F
 
L
E
 
E
I
 
L
V
 
L
A
 
K
T
 
D
I
 
I
N
 
N
R
 
R
E
 
R
Q
 
L
G
 
G
V
 
L
T
 
T
V
 
I
F
 
L
L
 
L
V
 
I
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
A
 
M
H
 
D
H
 
V
A
 
V
L
 
K
R
 
R
L
 
I
A
 
C
H
 
D
R
 
C
G
 
V
Y
 
A
V
 
V
M
 
I
V
 
S
N
 
N
G
 
G
K
 
E
V
 
L
T
 
I
L
 
E
S
 
Q
G
 
D
T
 
T
G
 
V
A
 
S
E
 
E
L
 
V
L
 
F
A
 
S

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
31% identity, 92% coverage: 7:223/237 of query aligns to 12:231/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
L
x
F
H
 
H
S
x
Q
G
 
G
Y
 
T
G
 
R
R
 
T
I
|
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
H
 
N
G
 
N
V
 
V
D
 
S
I
 
L
N
 
H
V
 
V
A
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
V
 
Y
A
 
G
L
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
A
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
M
 
R
T
 
C
I
 
V
C
 
N
G
 
L
N
 
L
P
 
E
R
 
R
A
 
P
T
 
T
A
 
E
G
 
G
T
 
S
V
 
V
R
 
L
L
 
V
A
 
D
G
 
G
E
 
Q
D
 
E
I
 
L
T
 
T
G
 
T
L
 
L
A
 
S
T
 
E
H
 
S
H
 
E
I
 
L
M
 
T
-
 
K
-
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
Q
L
 
I
A
 
G
H
 
M
S
 
I
P
 
F
E
 
Q
G
 
H
R
 
F
R
 
N
I
 
L
F
 
L
A
 
S
R
 
S
M
 
R
S
 
T
V
 
V
L
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
Q
 
A
M
 
L
G
 
P
A
 
L
A
 
E
R
 
L
G
 
D
N
 
N
-
 
T
P
 
P
A
 
K
H
 
D
F
 
E
A
 
V
Q
 
K
D
 
-
L
 
-
E
 
R
R
 
R
V
 
V
L
 
T
G
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
S
R
 
L
-
 
V
-
 
G
L
 
L
E
 
G
E
 
D
R
 
K
L
 
H
A
 
D
Q
 
S
R
 
Y
G
 
P
G
 
S
T
x
N
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
x
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
S
R
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
S
 
T
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
A
V
 
T
V
 
T
R
 
R
Q
 
S
I
 
I
F
 
L
E
 
E
I
 
L
V
 
L
A
 
K
T
 
D
I
 
I
N
 
N
R
 
R
E
 
R
Q
 
L
G
 
G
V
 
L
T
 
T
V
 
I
F
 
L
L
 
L
V
 
I
E
 
T
Q
x
H
N
 
E
A
 
M
H
 
D
H
 
V
A
 
V
L
 
K
R
 
R
L
 
I
A
 
C
H
 
D
R
 
C
G
 
V
Y
 
A
V
 
V
M
 
I
V
 
S
N
 
N
G
 
G
K
 
E
V
 
L
T
 
I
L
 
E
S
 
Q
G
 
D
T
 
T
G
 
V
A
 
S
E
 
E
L
 
V
L
 
F
A
 
S

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
27% identity, 96% coverage: 1:228/237 of query aligns to 1:233/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
M
 
M
L
 
I
R
 
F
I
 
V
E
 
N
S
 
D
L
 
V
H
 
Y
S
 
K
G
 
N
Y
x
F
G
 
G
R
 
S
I
 
L
Q
 
E
A
x
V
L
 
L
H
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
T
I
 
L
N
 
K
V
 
V
A
 
N
E
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
I
V
 
I
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
M
 
R
T
 
C
I
 
I
C
 
N
G
 
L
N
 
L
P
 
E
R
 
E
A
 
P
T
 
T
A
 
K
G
 
G
T
 
E
V
 
V
R
 
F
L
 
I
A
 
D
G
 
G
E
 
V
D
 
K
I
 
I
T
 
N
-
 
N
G
 
G
L
 
K
A
 
V
T
 
N
H
 
I
H
 
N
I
 
K
M
 
V
R
 
R
R
 
Q
G
 
K
L
 
V
A
 
G
H
 
M
S
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
H
R
 
F
R
 
N
I
 
L
F
 
F
A
 
P
R
 
H
M
 
L
S
 
T
V
 
A
L
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
I
Q
 
T
M
 
L
G
 
A
A
 
P
A
 
V
R
 
K
G
 
V
N
 
K
P
 
K
A
 
M
H
 
N
F
 
K
A
 
K
Q
 
E
D
 
A
L
 
E
E
 
E
R
 
L
V
 
A
L
 
V
G
 
D
L
 
L
F
 
L
P
 
A
R
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
E
 
L
E
 
D
R
 
K
L
 
K
A
 
D
Q
 
Q
R
 
Y
G
 
P
G
 
I
T
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
S
 
M
R
 
Q
P
 
P
K
 
E
I
 
V
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
T
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
E
V
 
M
V
 
V
R
 
K
Q
 
E
I
 
V
F
 
L
E
 
N
I
 
V
V
 
M
A
 
K
T
 
Q
I
 
L
N
 
A
R
 
N
E
 
E
Q
 
-
G
 
G
V
 
M
T
 
T
V
 
M
F
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
E
A
 
M
H
 
G
H
 
F
A
 
A
L
 
R
R
 
E
L
 
V
A
 
G
H
 
D
R
 
R
G
 
V
Y
 
I
V
 
F
M
 
M
V
 
D
N
 
D
G
 
G
K
 
V
V
 
I
T
 
V
L
 
E
S
 
E
G
 
G
T
 
T
G
 
P
A
 
E
E
 
E
L
 
I
L
 
F
-
 
Y
-
 
R
-
 
A
A
 
K
N
 
N
E
 
E
E
 
R
I
 
T
R
 
R

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
31% identity, 94% coverage: 15:237/237 of query aligns to 31:249/378 of P69874

query
sites
P69874
Q
 
E
A
 
V
L
 
I
H
 
P
G
 
Q
V
 
L
D
 
D
I
 
L
N
 
T
V
 
I
A
 
N
E
 
N
G
 
G
E
 
E
I
x
F
V
 
L
A
 
T
L
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
S
G
 
G
A
x
C
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
V
L
|
L
M
 
R
T
 
L
I
 
I
C
 
A
G
 
G
N
 
L
P
 
E
R
 
T
A
 
V
T
 
D
A
 
S
G
 
G
T
 
R
V
 
I
R
 
M
L
|
L
A
 
D
G
 
N
E
 
E
D
 
D
I
 
I
T
 
T
G
 
H
L
 
V
A
 
P
T
 
A
H
 
E
H
 
N
I
 
-
M
 
-
R
 
-
R
 
R
G
 
Y
L
 
V
A
 
N
H
 
T
S
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
S
R
 
Y
R
 
A
I
 
L
F
 
F
A
 
P
R
 
H
M
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
V
Q
 
A
M
 
F
G
 
G
A
 
L
-
 
R
A
 
M
R
 
Q
G
 
K
N
 
T
P
 
P
A
 
A
H
 
-
F
 
-
A
 
A
Q
 
E
D
 
I
L
 
T
E
 
P
R
 
R
V
 
V
L
 
M
G
 
E
L
 
A
F
 
L
P
 
R
R
 
M
L
x
V
E
 
Q
-
 
L
E
 
E
R
 
T
L
 
F
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
G
 
K
G
 
P
-
 
H
T
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
M
 
V
S
 
N
R
 
K
P
 
P
K
 
R
I
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
S
 
L
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
Y
L
 
K
V
 
L
V
 
R
R
 
K
Q
 
Q
I
 
M
F
 
Q
E
 
N
I
 
E
V
 
L
A
 
K
T
 
A
I
 
L
N
 
Q
R
 
R
E
 
K
Q
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
T
V
 
F
F
 
V
L
 
F
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
A
 
Q
H
 
E
H
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
T
L
 
M
A
 
S
H
 
D
R
 
R
G
 
I
Y
 
V
V
 
V
M
 
M
V
 
R
N
 
D
G
 
G
K
 
R
V
 
I
T
 
E
L
 
Q
S
 
D
G
 
G
T
 
T
G
 
P
A
 
R
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
A
 
-
N
 
-
E
 
E
E
 
E
I
 
P
R
 
K
A
 
N
H
 
L
Y
 
F
L
 
V
G
 
A
G
 
G
G
 
F
H
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_011384207.1 NCBI__GCF_000009985.1:WP_011384207.1
MLRIESLHSGYGRIQALHGVDINVAEGEIVALVGANGAGKTTLLMTICGNPRATAGTVRL
AGEDITGLATHHIMRRGLAHSPEGRRIFARMSVLENLQMGAARGNPAHFAQDLERVLGLF
PRLEERLAQRGGTLSGGEQQMLAIGRALMSRPKILLLDEPSLGLAPLVVRQIFEIVATIN
REQGVTVFLVEQNAHHALRLAHRGYVMVNGKVTLSGTGAELLANEEIRAHYLGGGHG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory