SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011386171.1 AMB_RS19325 NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 12 hits to proteins with known functional sites (download)

3dmeA Crystal structure of conserved exported protein from bordetella pertussis. Northeast structural genomics target ber141
60% identity, 94% coverage: 15:366/374 of query aligns to 3:358/366 of 3dmeA

query
sites
3dmeA
V
 
I
D
 
D
C
 
C
V
 
I
V
 
V
I
|
I
G
|
G
A
 
A
G
|
G
V
|
V
V
|
V
G
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
H
 
A
A
 
G
G
 
G
A
 
H
E
 
E
V
 
V
I
 
L
I
 
V
L
 
A
E
|
E
A
|
A
E
 
A
G
 
E
A
 
G
I
 
I
G
 
G
S
 
T
G
 
G
I
x
T
S
|
S
S
 
S
R
|
R
N
|
N
S
|
S
E
 
E
V
|
V
I
 
I
H
|
H
A
 
A
G
 
G
M
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
G
 
D
S
 
S
L
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
R
L
 
L
C
 
C
V
 
V
E
 
R
G
 
G
N
 
K
R
 
H
L
 
L
L
 
L
R
 
Y
D
 
E
Y
 
Y
A
 
C
A
 
A
S
 
A
R
 
R
G
 
G
V
 
V
A
 
P
H
 
H
A
 
Q
M
 
R
T
 
L
G
 
G
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
T
D
 
S
E
 
D
A
 
A
E
 
E
A
 
A
A
 
S
Q
 
Q
L
 
L
D
 
D
A
 
S
I
 
I
L
 
A
A
 
R
K
 
R
G
 
A
R
 
G
A
 
A
N
 
N
G
 
G
V
 
V
E
 
D
G
 
D
L
 
L
T
 
Q
R
 
H
I
 
I
S
 
D
A
 
G
A
 
A
H
 
A
A
 
A
R
 
R
E
 
R
M
 
L
E
 
E
P
 
P
D
 
A
L
 
L
A
 
H
C
 
C
V
 
T
A
 
A
A
 
A
L
 
L
W
 
V
S
 
S
P
 
P
A
 
S
T
 
T
G
 
G
I
 
I
I
 
V
D
 
D
T
 
S
H
 
H
G
 
A
L
 
L
M
 
M
L
 
L
S
 
A
L
 
Y
L
 
Q
G
 
G
E
 
D
A
 
A
E
 
E
E
 
S
R
 
D
G
 
G
A
 
A
A
 
Q
L
 
L
A
 
V
L
 
F
K
 
H
S
 
T
P
|
P
V
x
L
T
 
I
G
 
A
G
 
G
R
 
R
A
 
V
T
 
R
D
 
P
D
 
E
-
 
G
G
 
G
M
 
F
L
 
E
L
 
L
S
 
D
V
 
F
G
 
G
G
 
G
A
 
A
E
 
E
P
 
P
T
 
M
T
 
T
L
 
L
L
 
S
A
 
C
R
 
R
N
 
V
V
 
L
V
 
I
L
 
N
A
 
A
A
|
A
G
 
G
L
 
L
S
 
H
S
 
A
P
 
P
R
 
G
L
 
L
G
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
I
A
 
E
A
 
G
L
 
I
G
 
P
L
 
R
K
 
D
N
 
S
V
 
I
P
 
P
P
 
P
A
 
E
H
 
Y
L
 
L
C
 
C
K
 
K
G
 
G
N
 
S
Y
 
Y
F
 
F
T
 
T
L
 
L
S
 
A
G
 
G
R
 
R
T
 
A
P
 
P
F
 
F
T
 
S
R
 
R
L
 
L
V
 
I
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
P
 
P
V
 
Q
A
 
H
A
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
V
 
V
H
 
H
F
 
L
T
 
T
L
 
L
D
 
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
R
 
Q
G
 
A
R
 
K
F
 
F
G
 
G
P
 
P
D
 
D
V
 
T
E
 
E
W
 
W
V
 
I
E
 
A
A
 
T
E
 
E
D
 
D
Y
 
Y
Q
 
T
V
 
L
D
 
D
P
 
P
R
 
R
R
 
R
G
 
A
D
 
D
S
 
V
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
I
 
V
R
 
R
R
 
S
Y
 
Y
W
 
W
P
 
P
D
 
A
L
 
L
A
 
P
D
 
D
G
 
G
A
 
A
L
 
L
E
 
A
P
 
P
A
 
G
Y
 
Y
A
 
T
G
 
G
I
|
I
R
|
R
P
 
P
K
 
K
I
 
I
T
 
S
A
 
G
E
 
P
G
 
H
E
 
E
P
 
P
A
 
A
A
 
A
D
 
D
F
 
F
L
 
A
I
 
I
H
 
A
G
 
G
P
 
P
R
 
A
E
 
S
T
 
H
G
 
G
V
 
V
P
 
A
G
 
G
V
 
L
A
 
V
A
 
N
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
I
|
I
E
|
E
S
|
S
P
|
P
G
|
G
L
|
L
T
|
T
S
 
A
S
 
S
L
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
A

8w7fB Structure of drosophila melanogaster l-2-hydroxyglutarate dehydrogenase bound with fad and a sulfate ion (see paper)
31% identity, 91% coverage: 33:371/374 of query aligns to 23:403/412 of 8w7fB

query
sites
8w7fB
L
 
L
A
 
R
H
 
H
A
 
P
G
 
S
A
 
L
E
 
K
V
 
V
I
 
A
I
 
V
L
 
L
E
|
E
A
x
K
E
 
E
G
 
C
A
 
K
I
 
L
G
 
A
S
 
K
G
x
H
I
x
Q
S
|
S
S
 
G
R
x
H
N
|
N
S
|
S
E
 
G
V
|
V
I
 
I
H
|
H
A
 
A
G
 
G
M
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
K
A
 
P
G
 
G
S
 
T
L
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
R
L
 
L
C
 
C
V
 
V
E
 
E
G
 
G
N
 
M
R
 
H
L
 
L
L
 
A
R
 
Y
D
 
A
Y
 
Y
A
 
L
A
 
D
S
 
E
R
 
K
G
 
K
V
 
I
A
 
P
H
 
Y
A
 
K
M
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
T
D
 
D
E
 
E
A
 
K
E
 
E
A
 
V
A
 
K
Q
 
L
L
 
L
D
 
K
A
 
D
I
 
L
L
 
E
A
 
K
K
 
R
G
 
G
R
 
I
A
 
A
N
 
N
G
 
N
V
 
V
E
 
P
G
 
D
L
 
L
T
 
R
R
 
M
I
 
I
S
 
E
A
 
G
A
 
S
H
 
E
A
 
I
R
 
Q
E
 
E
M
 
I
E
 
E
P
 
P
D
 
Y
L
 
C
A
 
Q
C
 
G
V
 
V
A
 
M
A
 
A
L
 
L
W
 
H
S
 
S
P
 
P
A
 
H
T
 
T
G
 
G
I
 
I
I
 
V
D
 
D
T
 
W
H
 
-
G
 
G
L
 
L
M
 
V
L
 
T
S
 
E
L
 
H
L
 
Y
G
 
G
E
 
Q
-
 
D
A
 
F
E
 
K
E
 
Q
R
 
C
G
 
G
A
 
G
A
 
D
L
 
I
A
 
Y
L
 
L
K
 
D
S
 
F
P
 
N
V
|
V
T
 
S
G
 
K
G
 
F
R
 
T
A
 
E
T
 
T
D
 
K
D
 
T
G
 
D
M
 
Y
L
 
P
L
 
V
S
 
T
V
 
I
G
 
H
G
 
G
A
 
A
E
 
K
P
 
P
-
 
G
T
 
Q
T
 
T
L
 
V
L
 
R
A
 
T
R
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
L
L
 
T
A
 
C
A
x
G
G
|
G
L
 
L
S
x
Q
S
 
S
P
 
D
R
 
L
L
 
L
G
 
A
A
 
E
A
 
K
L
 
T
G
 
G
L
 
C
K
 
P
N
 
R
V
 
D
P
 
P
P
 
R
A
 
I
H
 
V
L
 
P
C
 
F
K
 
R
G
 
G
N
 
E
Y
|
Y
F
 
L
T
 
L
L
 
L
S
 
T
G
 
K
R
 
E
T
 
K
P
 
Q
F
 
H
T
 
M
R
 
V
L
 
K
-
 
G
-
 
N
V
 
I
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
-
 
P
-
 
D
P
 
P
V
 
R
A
 
F
A
 
P
G
 
F
L
 
L
G
 
G
V
 
V
H
 
H
F
 
F
T
 
T
L
 
P
D
 
R
L
 
M
G
 
D
G
 
G
R
 
S
G
 
I
R
 
W
F
 
L
G
 
G
P
 
P
-
 
N
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
K
-
 
R
-
 
E
-
 
G
-
 
Y
-
 
T
-
 
W
-
 
G
D
 
D
V
 
I
E
 
N
W
 
L
V
 
F
E
 
E
A
 
L
E
 
F
D
 
D
Y
 
A
Q
 
L
V
 
R
D
 
Y
P
 
P
-
 
G
-
 
F
-
 
V
-
 
K
-
 
M
-
 
A
-
 
S
-
 
K
-
 
Y
-
 
I
-
 
G
-
 
F
-
 
G
-
 
L
-
 
S
R
 
E
R
 
M
G
 
S
D
 
K
S
 
S
F
 
W
Y
 
F
-
 
I
-
 
N
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
A
 
K
A
 
A
I
 
L
R
 
Q
R
 
K
Y
 
Y
W
 
I
P
 
P
D
 
D
L
 
I
A
 
T
D
 
E
G
 
Y
A
 
D
L
 
I
E
 
Q
P
 
R
A
 
G
Y
 
P
A
 
A
G
 
G
I
x
V
R
|
R
P
 
A
K
 
Q
-
 
A
I
 
M
T
 
D
A
 
L
E
 
D
G
 
G
E
 
N
P
 
L
A
 
V
A
 
D
D
 
D
F
 
F
L
 
V
I
 
F
H
 
D
G
 
R
P
 
G
R
 
Q
E
 
G
T
 
S
G
 
G
V
 
A
P
 
L
G
 
A
V
 
K
A
 
R
A
 
V
L
 
L
Y
 
H
-
 
C
-
 
R
G
 
N
I
 
A
E
 
P
S
 
S
P
|
P
G
|
G
L
x
A
T
|
T
S
 
S
S
 
S
L
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
A
G
 
K
H
 
M
V
 
I
G
 
A
E
 
D

Sites not aligning to the query:

8w78A Structure of drosophila melanogaster l-2-hydroxyglutarate dehydrogenase in complex with fad and 2-oxoglutarate (see paper)
31% identity, 91% coverage: 33:371/374 of query aligns to 23:401/410 of 8w78A

query
sites
8w78A
L
 
L
A
 
R
H
 
H
A
 
P
G
 
S
A
 
L
E
 
K
V
 
V
I
 
A
I
 
V
L
 
L
E
|
E
A
x
K
E
 
E
G
 
C
A
 
K
I
 
L
G
 
A
S
 
K
G
x
H
I
x
Q
S
|
S
S
 
G
R
 
H
N
|
N
S
|
S
E
 
G
V
|
V
I
 
I
H
|
H
A
 
A
G
 
G
M
 
I
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
K
A
 
P
G
 
G
S
 
T
L
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
R
L
 
L
C
 
C
V
 
V
E
 
E
G
 
G
N
 
M
R
 
H
L
 
L
L
 
A
R
 
Y
D
 
A
Y
 
Y
A
 
L
A
 
D
S
 
E
R
 
K
G
 
K
V
 
I
A
 
P
H
 
Y
A
 
K
M
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
K
L
 
L
I
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
T
D
 
D
E
 
E
A
 
K
E
 
E
A
 
V
A
 
K
Q
 
L
L
 
L
D
 
K
A
 
D
I
 
L
L
 
E
A
 
K
K
 
R
G
 
G
R
 
I
A
 
A
N
 
N
G
 
N
V
 
V
E
 
P
G
 
D
L
 
L
T
 
R
R
 
M
I
 
I
S
 
E
A
 
G
A
 
S
H
 
E
A
 
I
R
 
Q
E
 
E
M
 
I
E
 
E
P
 
P
D
 
Y
L
 
C
A
 
Q
C
 
G
V
 
V
A
 
M
A
 
A
L
 
L
W
 
H
S
 
S
P
 
P
A
 
H
T
 
T
G
 
G
I
 
I
I
 
V
D
 
D
T
 
W
H
 
-
G
 
G
L
 
L
M
 
V
L
 
T
S
 
E
L
 
H
L
 
Y
G
 
G
E
 
Q
-
 
D
A
 
F
E
 
K
E
 
Q
R
 
C
G
 
G
A
 
G
A
 
D
L
 
I
A
 
Y
L
 
L
K
 
D
S
 
F
P
 
N
V
|
V
T
 
S
G
 
K
G
 
F
R
 
T
A
 
E
T
 
T
D
 
D
D
 
-
G
 
-
M
 
Y
L
 
P
L
 
V
S
 
T
V
 
I
G
 
H
G
 
G
A
 
A
E
 
K
P
 
P
-
 
G
T
 
Q
T
 
T
L
 
V
L
 
R
A
 
T
R
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
L
L
 
T
A
 
C
A
x
G
G
|
G
L
 
L
S
x
Q
S
 
S
P
 
D
R
 
L
L
 
L
G
 
A
A
 
E
A
 
K
L
 
T
G
 
G
L
 
C
K
 
P
N
 
R
V
 
D
P
 
P
P
 
R
A
 
I
H
 
V
L
 
P
C
 
F
K
 
R
G
 
G
N
 
E
Y
 
Y
F
 
L
T
 
L
L
 
L
S
 
T
G
 
K
R
 
E
T
 
K
P
 
Q
F
 
H
T
 
M
R
 
V
L
 
K
-
 
G
-
 
N
V
 
I
Y
|
Y
P
 
P
V
 
V
-
 
P
-
 
D
P
 
P
V
 
R
A
 
F
A
 
P
G
x
F
L
|
L
G
 
G
V
 
V
H
|
H
F
 
F
T
 
T
L
 
P
D
 
R
L
 
M
G
 
D
G
 
G
R
 
S
G
 
I
R
 
W
F
 
L
G
 
G
P
 
P
D
 
N
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
K
-
 
R
-
 
E
-
 
G
V
 
Y
E
 
T
W
 
W
V
 
G
E
 
D
A
 
I
E
 
N
D
 
L
Y
 
F
Q
 
E
V
 
L
-
 
F
D
 
D
P
 
A
R
 
L
R
 
R
G
 
Y
D
 
P
S
 
G
F
 
F
-
 
V
-
 
K
-
 
M
-
 
A
-
 
S
-
 
K
-
 
Y
-
 
I
-
 
G
-
 
F
-
 
G
-
 
L
-
 
S
-
 
E
-
 
M
-
 
S
-
 
K
-
 
S
-
 
W
-
 
F
-
 
I
-
 
N
-
 
L
-
 
Q
Y
 
I
A
 
K
A
 
A
I
 
L
R
 
Q
R
 
K
Y
 
Y
W
 
I
P
 
P
D
 
D
L
 
I
A
 
T
D
 
E
G
 
Y
A
 
D
L
 
I
E
 
Q
P
 
R
A
 
G
Y
 
P
A
 
A
G
 
G
I
 
V
R
|
R
P
 
A
K
 
Q
-
 
A
I
 
M
T
 
D
A
 
L
E
 
D
G
 
G
E
 
N
P
 
L
A
 
V
A
 
D
D
 
D
F
 
F
L
 
V
I
 
F
H
 
D
G
 
R
P
 
G
R
 
Q
E
 
G
T
 
S
G
 
G
V
 
A
P
 
L
G
 
A
V
 
K
A
 
R
A
 
V
L
 
L
Y
 
H
-
 
C
-
 
R
G
 
N
I
 
A
E
 
P
S
 
S
P
|
P
G
|
G
L
x
A
T
|
T
S
 
S
S
 
S
L
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
A
G
 
K
H
 
M
V
 
I
G
 
A
E
 
D

Sites not aligning to the query:

4x9mA Oxidized l-alpha-glycerophosphate oxidase from mycoplasma pneumoniae with fad bound (see paper)
26% identity, 97% coverage: 13:373/374 of query aligns to 2:365/384 of 4x9mA

query
sites
4x9mA
E
 
E
R
 
T
V
 
R
D
 
D
C
 
V
V
 
L
V
 
I
I
 
V
G
|
G
A
 
G
G
|
G
V
 
V
V
x
I
G
 
G
L
 
C
A
 
A
V
 
T
A
 
A
R
 
Y
S
 
E
L
 
L
A
 
S
H
 
Q
A
 
Y
G
 
K
A
 
L
E
 
K
V
 
V
I
 
T
I
 
L
L
 
V
E
|
E
A
x
K
E
 
H
G
 
H
A
 
Y
I
 
L
G
 
A
S
 
Q
G
x
E
I
x
T
S
|
S
S
 
H
R
x
A
N
|
N
S
|
S
E
 
G
V
|
V
I
 
I
H
|
H
A
 
T
G
 
G
M
 
I
Y
 
D
Y
 
P
P
 
N
A
 
P
G
 
H
S
 
K
L
 
L
R
 
T
A
 
A
R
 
K
L
 
Y
C
 
N
V
 
I
E
 
L
G
 
G
N
 
K
R
 
K
L
 
L
-
 
W
L
 
L
R
 
N
D
 
T
Y
 
Y
A
 
F
A
 
K
S
 
R
R
 
L
G
 
G
V
 
F
A
 
P
H
 
R
A
 
Q
M
 
K
T
 
I
G
 
R
K
 
T
L
 
L
I
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
F
D
 
N
E
 
E
A
 
M
E
 
E
A
 
R
A
 
E
Q
 
Q
L
 
L
D
 
E
A
 
V
I
 
L
L
 
K
A
 
Q
K
 
R
G
 
G
R
 
I
A
 
A
N
 
N
G
 
Q
V
 
I
-
 
N
-
 
L
E
 
E
G
 
D
L
 
I
T
 
Q
R
 
M
I
 
L
S
 
S
A
 
K
A
 
E
H
 
E
A
 
T
R
 
L
E
 
K
M
 
L
E
 
E
P
 
P
-
 
Y
-
 
V
D
 
N
L
 
P
A
 
E
C
 
I
V
 
V
A
 
A
A
 
G
L
 
L
W
 
K
S
 
I
P
 
E
A
 
G
T
 
S
G
 
W
I
 
A
I
 
I
D
 
D
T
 
P
H
 
V
G
 
L
L
 
A
M
 
S
L
 
K
S
 
C
L
 
L
L
 
A
G
 
L
E
 
A
A
 
A
E
 
Q
E
 
Q
R
 
N
G
 
K
A
 
V
A
 
Q
L
 
I
A
 
C
L
 
T
K
 
N
S
 
T
P
x
E
V
|
V
T
 
T
G
 
N
G
 
I
R
 
S
A
 
K
T
 
Q
D
 
V
D
 
D
G
 
G
M
 
T
L
 
Y
L
 
L
S
 
V
V
 
W
G
 
T
G
 
N
A
 
N
E
 
E
P
 
T
T
 
T
-
 
P
T
 
S
L
 
F
L
 
K
A
 
V
R
 
K
N
 
K
V
 
I
V
 
I
L
 
D
A
 
A
A
|
A
G
|
G
L
 
H
S
x
Y
S
 
A
P
 
D
R
 
Y
L
 
L
G
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
N
 
-
V
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
A
H
 
H
L
 
L
C
 
A
K
 
K
G
 
A
N
 
D
Y
 
D
F
 
F
-
 
E
-
 
Q
-
 
T
-
 
T
-
 
R
-
 
R
-
 
G
-
 
Q
-
x
Y
-
 
V
-
 
V
-
 
V
T
 
T
L
 
N
S
 
Q
G
 
G
R
 
E
T
 
L
P
 
H
F
 
L
T
 
N
R
 
S
L
 
M
V
 
V
Y
 
F
P
 
M
V
 
V
P
 
P
V
 
T
A
 
I
A
 
H
G
 
G
L
x
K
G
|
G
V
 
V
H
 
I
F
 
V
T
 
S
L
 
P
D
 
M
L
 
L
G
 
D
G
 
G
R
 
N
G
 
F
R
 
L
F
 
V
G
 
G
P
 
P
D
 
T
-
 
A
V
 
L
E
 
D
W
 
G
V
 
V
E
 
D
A
 
K
E
 
E
D
 
A
Y
 
T
Q
 
R
V
 
Y
D
 
I
P
 
T
R
 
K
R
 
D
G
 
A
D
 
P
S
 
C
F
 
M
Y
 
L
A
 
T
A
 
K
I
 
I
R
 
G
R
 
K
Y
 
H
W
 
M
-
 
V
P
 
P
D
 
S
L
 
L
A
 
N
D
 
I
G
 
N
A
 
N
L
 
A
E
 
L
P
 
I
A
 
S
Y
 
F
A
 
A
G
 
G
I
x
S
R
|
R
P
 
P
K
 
I
I
 
D
T
 
K
A
 
A
E
 
T
G
 
N
E
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
D
F
 
F
L
 
I
I
 
I
H
 
R
G
 
V
P
 
A
R
 
H
E
 
N
T
 
D
G
 
-
V
 
-
P
 
P
G
 
D
V
 
F
A
 
V
A
 
I
L
 
L
Y
 
G
G
 
G
I
x
M
E
x
K
S
|
S
P
|
P
G
|
G
L
|
L
T
|
T
S
 
A
S
 
A
L
 
P
A
 
A
I
 
I
A
 
V
G
 
R
H
 
E
V
 
A
G
 
V
E
 
R
L
 
L
L
 
L

P75063 Glycerol 3-phosphate oxidase; GlpO; L-alpha-glycerophosphate oxidase; EC 1.1.3.21 from Mycoplasma pneumoniae (strain ATCC 29342 / M129 / Subtype 1) (Mycoplasmoides pneumoniae) (see paper)
26% identity, 97% coverage: 13:373/374 of query aligns to 2:365/384 of P75063

query
sites
P75063
E
 
E
R
 
T
V
 
R
D
 
D
C
 
V
V
 
L
V
 
I
I
 
V
G
 
G
A
 
G
G
 
G
V
 
V
V
x
I
G
 
G
L
 
C
A
 
A
V
 
T
A
 
A
R
 
Y
S
 
E
L
 
L
A
 
S
H
 
Q
A
 
Y
G
 
K
A
 
L
E
 
K
V
 
V
I
 
T
I
 
L
L
 
V
E
|
E
A
 
K
E
 
H
G
 
H
A
 
Y
I
 
L
G
 
A
S
 
Q
G
 
E
I
x
T
S
|
S
S
 
H
R
 
A
N
 
N
S
|
S
E
x
G
V
|
V
I
 
I
H
 
H
A
 
T
G
 
G
M
 
I
Y
 
D
Y
 
P
P
 
N
A
 
P
G
 
H
S
 
K
L
 
L
R
 
T
A
 
A
R
 
K
L
 
Y
C
 
N
V
 
I
E
 
L
G
 
G
N
 
K
R
 
K
L
 
L
-
 
W
L
 
L
R
 
N
D
 
T
Y
 
Y
A
 
F
A
 
K
S
 
R
R
 
L
G
 
G
V
 
F
A
 
P
H
 
R
A
 
Q
M
 
K
T
 
I
G
 
R
K
 
T
L
 
L
I
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
F
D
 
N
E
 
E
A
 
M
E
 
E
A
 
R
A
 
E
Q
 
Q
L
 
L
D
 
E
A
 
V
I
 
L
L
 
K
A
 
Q
K
 
R
G
 
G
R
 
I
A
 
A
N
 
N
G
 
Q
V
 
I
-
 
N
-
 
L
E
 
E
G
 
D
L
 
I
T
 
Q
R
 
M
I
 
L
S
 
S
A
 
K
A
 
E
H
 
E
A
 
T
R
 
L
E
 
K
M
 
L
E
 
E
P
 
P
-
 
Y
-
 
V
D
 
N
L
 
P
A
 
E
C
 
I
V
 
V
A
 
A
A
 
G
L
 
L
W
 
K
S
 
I
P
 
E
A
 
G
T
 
S
G
 
W
I
 
A
I
 
I
D
 
D
T
 
P
H
 
V
G
 
L
L
 
A
M
 
S
L
 
K
S
 
C
L
 
L
L
 
A
G
 
L
E
 
A
A
 
A
E
 
Q
E
 
Q
R
 
N
G
 
K
A
 
V
A
 
Q
L
 
I
A
 
C
L
 
T
K
 
N
S
 
T
P
 
E
V
|
V
T
 
T
G
 
N
G
 
I
R
 
S
A
 
K
T
 
Q
D
 
V
D
 
D
G
 
G
M
 
T
L
 
Y
L
 
L
S
 
V
V
 
W
G
 
T
G
 
N
A
 
N
E
 
E
P
 
T
T
 
T
-
 
P
T
 
S
L
 
F
L
 
K
A
 
V
R
 
K
N
 
K
V
 
I
V
 
I
L
 
D
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
H
S
 
Y
S
 
A
P
 
D
R
 
Y
L
 
L
G
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
-
K
 
-
N
 
-
V
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
A
H
 
H
L
 
L
C
 
A
K
 
K
G
 
A
N
 
D
Y
 
D
F
 
F
-
 
E
-
 
Q
-
 
T
-
 
T
-
 
R
-
 
R
-
 
G
-
 
Q
-
 
Y
-
 
V
-
 
V
-
 
V
T
 
T
L
 
N
S
 
Q
G
 
G
R
 
E
T
 
L
P
 
H
F
 
L
T
 
N
R
 
S
L
 
M
V
 
V
Y
 
F
P
 
M
V
 
V
P
 
P
V
 
T
A
 
I
A
 
H
G
 
G
L
 
K
G
 
G
V
 
V
H
 
I
F
 
V
T
 
S
L
 
P
D
 
M
L
 
L
G
 
D
G
 
G
R
 
N
G
 
F
R
 
L
F
 
V
G
 
G
P
 
P
D
 
T
-
 
A
V
 
L
E
 
D
W
 
G
V
 
V
E
 
D
A
 
K
E
 
E
D
 
A
Y
 
T
Q
 
R
V
 
Y
D
 
I
P
 
T
R
 
K
R
 
D
G
 
A
D
 
P
S
 
C
F
 
M
Y
 
L
A
 
T
A
 
K
I
 
I
R
 
G
R
 
K
Y
 
H
W
 
M
-
 
V
P
 
P
D
 
S
L
 
L
A
 
N
D
 
I
G
 
N
A
 
N
L
 
A
E
 
L
P
 
I
A
 
S
Y
 
F
A
 
A
G
 
G
I
 
S
R
 
R
P
 
P
K
 
I
I
 
D
T
 
K
A
 
A
E
 
T
G
 
N
E
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
D
F
 
F
L
 
I
I
 
I
H
 
R
G
 
V
P
 
A
R
 
H
E
 
N
T
 
D
G
 
-
V
 
-
P
 
P
G
 
D
V
 
F
A
 
V
A
 
I
L
 
L
Y
 
G
G
 
G
I
x
M
E
x
K
S
 
S
P
 
P
G
 
G
L
 
L
T
|
T
S
 
A
S
 
A
L
 
P
A
 
A
I
 
I
A
 
V
G
 
R
H
 
E
V
 
A
G
 
V
E
 
R
L
 
L
L
 
L

Q9UI17 Dimethylglycine dehydrogenase, mitochondrial; ME2GLYDH; EC 1.5.8.4 from Homo sapiens (Human) (see 4 papers)
25% identity, 59% coverage: 13:234/374 of query aligns to 48:270/866 of Q9UI17

query
sites
Q9UI17
E
 
D
R
 
R
V
 
A
D
 
E
C
 
T
V
 
V
V
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
G
G
 
G
V
x
C
V
|
V
G
 
G
L
 
V
A
 
S
V
 
L
A
 
A
R
 
Y
S
 
H
L
 
L
A
 
A
H
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
M
E
 
K
V
 
D
I
 
V
I
 
V
L
 
L
E
 
L
A
x
E
E
x
K
G
 
S
A
 
E
I
 
L
G
 
T
S
 
A
G
|
G
I
 
-
S
 
-
S
 
-
R
 
-
N
 
-
S
 
-
E
x
S
V
x
T
I
x
W
H
|
H
A
|
A
G
x
A
-
x
G
-
x
L
-
 
T
M
 
T
Y
 
Y
Y
 
F
P
 
H
A
 
P
G
 
G
S
 
I
L
 
N
R
 
L
A
 
K
R
 
K
L
 
I
C
x
H
V
 
Y
E
 
D
G
 
S
N
 
I
R
 
K
L
 
L
L
 
Y
R
 
E
D
 
K
Y
 
L
A
 
E
A
 
E
S
 
E
R
 
T
G
 
G
-
 
Q
-
 
V
V
 
V
A
 
G
H
 
F
A
 
H
M
 
Q
T
 
P
G
 
G
K
 
S
L
 
I
I
 
R
V
 
L
A
 
A
T
 
T
D
 
T
E
 
P
A
 
V
E
 
R
A
 
V
A
 
D
Q
 
E
L
 
F
D
 
K
A
 
Y
I
 
Q
L
 
M
A
 
T
K
 
R
G
 
T
R
 
G
A
 
W
N
 
H
G
 
A
V
 
T
E
 
E
G
 
Q
L
 
Y
T
 
L
R
 
-
I
 
I
S
 
E
A
 
P
A
 
E
H
 
K
A
 
I
R
 
Q
E
 
E
M
 
M
E
 
F
P
 
P
D
 
L
L
 
L
-
 
N
-
 
M
-
 
N
A
 
K
C
 
V
V
 
L
A
 
A
A
 
G
L
 
L
W
 
Y
S
 
N
P
 
P
A
 
G
T
 
D
G
 
G
I
 
H
I
 
I
D
 
D
T
 
P
H
 
Y
G
 
S
L
 
L
M
 
T
L
 
M
S
 
A
L
 
L
L
 
A
G
 
A
E
 
G
A
 
A
E
 
R
E
 
K
R
 
C
G
 
G
A
 
A
A
 
L
L
 
L
A
 
K
L
 
Y
K
 
P
S
 
A
P
 
P
V
|
V
T
 
T
G
 
S
G
 
L
R
 
K
A
 
A
T
 
R
D
 
S
D
 
D
G
 
G
M
 
-
L
 
-
L
 
-
S
 
T
V
 
W
G
 
D
G
 
V
A
 
E
E
 
T
P
 
P
T
 
Q
-
 
G
T
 
S
L
 
M
L
 
R
A
 
A
R
 
N
N
 
R
V
 
I
V
 
V
L
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
F
S
 
W
S
 
A
P
 
R
R
 
E
L
 
V
G
 
G
A
 
K
A
 
M
L
 
I
G
 
G
L
 
L
K
 
E
N
 
H
-
 
P
-
 
L
V
 
I
P
 
P
P
 
V
A
 
Q
H
 
H

Sites not aligning to the query:

4pabB Crystal structure of the precursor form of rat dmgdh complexed with tetrahydrofolate (see paper)
24% identity, 59% coverage: 13:234/374 of query aligns to 4:226/824 of 4pabB

query
sites
4pabB
E
 
D
R
 
R
V
 
A
D
 
E
C
 
T
V
 
V
V
 
I
I
|
I
G
|
G
A
 
G
G
|
G
V
x
C
V
|
V
G
 
G
L
 
V
A
 
S
V
 
L
A
 
A
R
 
Y
S
 
H
L
 
L
A
 
A
H
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
M
E
 
R
V
 
D
I
 
V
I
 
V
L
 
L
E
x
L
A
x
E
E
x
K
G
 
S
A
 
E
I
 
L
G
 
T
S
 
A
G
|
G
I
x
S
S
x
T
S
 
W
R
x
H
N
x
A
-
x
A
-
x
G
-
x
L
S
 
T
E
x
T
V
 
Y
I
 
F
H
 
H
A
 
P
G
 
G
M
 
I
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
-
 
I
Y
 
H
Y
 
Y
P
 
D
A
 
S
G
 
I
S
 
K
L
 
L
R
 
Y
A
 
E
R
 
R
L
 
L
C
 
E
V
 
E
E
 
E
G
 
T
N
 
G
R
 
Q
L
 
V
L
 
-
R
 
-
D
 
-
Y
 
-
A
 
-
A
 
-
S
 
-
R
 
-
G
 
-
V
 
V
A
 
G
H
 
F
A
 
H
M
 
Q
T
 
P
G
 
G
K
 
S
L
 
I
I
 
R
V
 
L
A
 
A
T
 
T
D
 
T
E
 
P
A
 
E
E
 
R
A
 
V
A
 
D
Q
x
E
L
 
F
D
 
K
A
 
Y
I
 
Q
L
 
M
A
 
T
K
 
R
G
 
T
R
 
N
A
 
W
N
 
H
G
 
A
V
 
T
E
 
E
G
 
Q
L
 
Y
T
 
I
R
 
-
I
 
I
S
 
E
A
 
P
A
 
E
H
 
K
A
 
I
R
 
H
E
 
E
M
 
L
E
 
F
P
 
P
D
 
L
L
 
L
-
 
N
-
 
M
-
 
D
A
 
K
C
 
I
V
 
L
A
 
A
A
 
G
L
 
L
W
 
Y
S
 
N
P
 
P
A
 
G
T
 
D
G
 
G
I
 
H
I
 
I
D
 
D
T
 
P
H
 
Y
G
 
S
L
 
L
M
 
T
L
 
M
S
 
A
L
 
L
L
 
A
G
 
T
E
 
G
A
 
A
E
 
R
E
 
K
R
 
Y
G
 
G
A
 
V
A
 
L
L
 
L
A
 
K
L
 
Y
K
 
P
S
 
A
P
 
P
V
|
V
T
 
T
G
 
S
G
 
L
R
 
K
A
 
P
T
 
R
D
 
P
D
 
D
G
 
G
M
 
-
L
 
-
L
 
-
S
 
T
V
 
W
G
 
D
G
 
V
A
 
E
E
 
T
P
 
P
T
 
Q
-
 
G
T
 
S
L
 
V
L
 
R
A
 
A
R
 
N
N
 
R
V
 
I
V
 
V
L
 
N
A
 
A
A
|
A
G
|
G
L
 
F
S
x
W
S
 
A
P
 
R
R
 
E
L
 
V
G
 
G
A
 
K
A
 
M
L
 
I
G
 
G
L
 
L
K
 
D
N
 
H
-
 
P
-
 
L
V
 
I
P
 
P
P
 
V
A
 
Q
H
|
H

Sites not aligning to the query:

Q63342 Dimethylglycine dehydrogenase, mitochondrial; ME2GLYDH; EC 1.5.8.4 from Rattus norvegicus (Rat) (see 2 papers)
24% identity, 59% coverage: 13:234/374 of query aligns to 41:263/857 of Q63342

query
sites
Q63342
E
 
D
R
 
R
V
 
A
D
 
E
C
 
T
V
 
V
V
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
G
G
 
G
V
x
C
V
|
V
G
 
G
L
 
V
A
 
S
V
 
L
A
 
A
R
 
Y
S
 
H
L
 
L
A
 
A
H
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
M
E
 
R
V
 
D
I
 
V
I
 
V
L
 
L
E
 
L
A
x
E
E
x
K
G
 
S
A
 
E
I
 
L
G
 
T
S
 
A
G
|
G
I
x
S
S
x
T
S
x
W
R
x
H
N
x
A
-
x
A
-
x
G
-
x
L
S
 
T
E
 
T
V
 
Y
I
 
F
H
 
H
A
 
P
G
 
G
M
 
I
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
-
 
I
Y
 
H
Y
 
Y
P
 
D
A
 
S
G
 
I
S
 
K
L
 
L
R
 
Y
A
 
E
R
 
R
L
 
L
C
 
E
V
 
E
E
 
E
G
 
T
N
 
G
R
 
Q
L
 
V
L
 
-
R
 
-
D
 
-
Y
 
-
A
 
-
A
 
-
S
 
-
R
 
-
G
 
-
V
 
V
A
 
G
H
 
F
A
 
H
M
 
Q
T
 
P
G
 
G
K
 
S
L
 
I
I
 
R
V
 
L
A
 
A
T
 
T
D
 
T
E
 
P
A
 
E
E
 
R
A
 
V
A
 
D
Q
 
E
L
 
F
D
 
K
A
 
Y
I
 
Q
L
 
M
A
 
T
K
 
R
G
 
T
R
 
N
A
 
W
N
 
H
G
 
A
V
 
T
E
 
E
G
 
Q
L
 
Y
T
 
I
R
 
-
I
 
I
S
 
E
A
 
P
A
 
E
H
 
K
A
 
I
R
 
H
E
 
E
M
 
L
E
 
F
P
 
P
D
 
L
L
 
L
-
 
N
-
 
M
-
 
D
A
 
K
C
 
I
V
 
L
A
 
A
A
 
G
L
 
L
W
 
Y
S
 
N
P
 
P
A
 
G
T
 
D
G
 
G
I
 
H
I
 
I
D
 
D
T
 
P
H
 
Y
G
 
S
L
 
L
M
 
T
L
 
M
S
 
A
L
 
L
L
 
A
G
 
T
E
 
G
A
 
A
E
 
R
E
 
K
R
 
Y
G
 
G
A
 
V
A
 
L
L
 
L
A
 
K
L
 
Y
K
 
P
S
 
A
P
 
P
V
|
V
T
 
T
G
 
S
G
 
L
R
 
K
A
 
P
T
 
R
D
 
P
D
 
D
G
 
G
M
 
-
L
 
-
L
 
-
S
 
T
V
 
W
G
 
D
G
 
V
A
 
E
E
 
T
P
 
P
T
 
Q
-
 
G
T
 
S
L
 
V
L
 
R
A
 
A
R
 
N
N
 
R
V
 
I
V
 
V
L
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
F
S
x
W
S
 
A
P
 
R
R
 
E
L
 
V
G
 
G
A
 
K
A
 
M
L
 
I
G
 
G
L
 
L
K
 
D
N
 
H
-
 
P
-
 
L
V
 
I
P
 
P
P
 
V
A
 
Q
H
 
H

Sites not aligning to the query:

Q6TGQ9 L-amino-acid oxidase BjussuLAAO-I; BjsuLAAO; LAO; EC 1.4.3.2 from Bothrops jararacussu (Jararacussu) (see paper)
34% identity, 25% coverage: 1:93/374 of query aligns to 35:120/497 of Q6TGQ9

query
sites
Q6TGQ9
M
 
I
G
 
A
K
 
K
N
 
N
K
 
G
V
 
L
L
 
S
T
 
T
Q
 
T
S
 
S
A
 
N
A
 
P
E
 
K
R
 
R
V
 
V
D
 
-
C
 
-
V
 
V
V
 
I
I
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
V
 
M
V
 
S
G
 
G
L
 
L
A
 
S
V
 
A
A
 
A
R
 
Y
S
 
V
L
 
L
A
 
A
H
 
N
A
 
A
G
 
G
A
 
H
E
 
Q
V
 
V
I
 
T
I
 
V
L
 
L
E
 
E
A
 
A
E
 
S
G
 
E
A
 
R
I
 
A
G
 
G
S
 
G
G
 
Q
I
 
V
S
 
K
S
 
T
R
 
Y
N
 
R
S
 
N
E
 
E
V
 
-
I
 
-
H
 
K
A
 
E
G
 
G
M
 
W
Y
 
Y
Y
 
A
P
 
N
A
 
L
G
 
G
S
 
P
L
 
M
R
 
R
A
 
-
R
 
-
L
 
-
C
 
L
V
 
P
E
 
E
G
 
K
N
 
H
R
 
R
L
 
I
L
 
V
R
 
R
D
 
E
Y
 
Y
A
 
I
A
 
R
S
 
K
R
 
F
G
 
G
V
 
L

Sites not aligning to the query:

1y56B Crystal structure of l-proline dehydrogenase from p.Horikoshii (see paper)
28% identity, 42% coverage: 30:185/374 of query aligns to 20:173/374 of 1y56B

query
sites
1y56B
A
 
A
R
 
H
S
 
E
L
 
L
A
 
A
H
 
K
A
 
R
G
 
G
A
 
E
E
 
E
V
 
V
I
 
T
I
 
V
L
x
I
E
|
E
A
x
K
E
 
R
G
 
-
A
 
F
I
 
I
G
 
G
S
 
S
G
 
G
I
x
S
S
x
T
S
x
F
R
|
R
N
x
C
S
x
G
E
x
T
V
x
G
I
 
I
H
 
R
A
 
Q
G
 
Q
M
 
F
Y
 
N
Y
 
D
P
 
E
A
 
A
G
 
N
S
 
V
L
 
R
R
 
V
A
 
M
R
 
K
L
 
R
C
 
S
V
 
V
E
 
E
G
 
-
N
 
-
R
 
-
L
 
L
L
 
W
R
 
K
D
 
K
Y
 
Y
A
 
S
A
 
E
S
 
E
R
 
Y
G
 
G
V
 
F
A
 
S
H
 
F
A
 
K
M
 
Q
T
 
T
G
 
G
K
 
Y
L
 
L
I
 
F
V
 
L
A
 
L
T
 
Y
D
 
D
E
 
D
A
 
E
E
 
E
A
 
V
A
 
K
Q
 
T
L
 
F
D
 
K
A
 
R
I
 
N
L
 
I
A
 
E
K
 
I
G
 
Q
R
 
N
A
 
K
N
 
F
G
 
G
V
 
V
E
 
-
G
 
P
L
 
T
T
 
K
R
 
L
I
 
I
S
 
T
A
 
P
A
 
E
H
 
E
A
 
A
R
 
K
E
 
E
M
 
I
E
 
V
P
 
P
D
 
L
L
 
L
-
 
D
-
 
I
-
 
S
A
 
E
C
 
V
V
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
S
W
 
W
S
 
N
P
 
P
A
 
T
T
 
D
G
 
G
I
 
K
I
 
A
D
 
D
T
 
P
H
 
F
G
 
E
L
 
A
M
 
T
L
 
T
S
 
A
L
 
F
L
 
A
G
 
V
E
 
K
A
 
A
E
 
K
E
 
E
R
 
Y
G
 
G
A
 
A
A
 
K
L
 
L
A
 
L
L
 
E
K
 
Y
S
 
T
P
x
E
V
|
V
T
 
K
G
 
G

Sites not aligning to the query:

5ts5A Crystal structure of l-amino acid oxidase from bothrops atrox (see paper)
36% identity, 23% coverage: 1:87/374 of query aligns to 21:100/483 of 5ts5A

query
sites
5ts5A
M
 
I
G
 
A
K
 
K
N
 
N
K
 
G
V
 
L
L
 
S
T
 
T
Q
 
T
S
 
S
A
 
N
A
 
P
E
 
K
R
 
R
V
 
V
D
 
-
C
 
-
V
 
V
V
 
I
I
x
V
G
|
G
A
 
A
G
 
G
V
 
M
V
x
S
G
 
G
L
 
L
A
 
S
V
 
A
A
 
A
R
 
Y
S
 
V
L
 
L
A
 
A
H
 
N
A
 
A
G
 
G
A
 
H
E
 
Q
V
 
V
I
 
T
I
 
V
L
|
L
E
|
E
A
|
A
E
 
S
G
 
E
A
 
R
I
 
A
G
 
G
S
x
G
G
x
R
I
 
V
S
 
K
S
 
T
R
 
Y
N
 
R
S
 
N
E
 
E
V
 
-
I
 
-
H
 
K
A
 
E
G
 
G
M
 
W
Y
 
Y
Y
 
A
P
 
N
A
 
L
G
|
G
S
x
P
L
 
M
R
|
R
A
 
-
R
 
-
L
 
-
C
 
L
V
x
P
E
 
E
G
 
K
N
 
H
R
 
R
L
 
I
L
 
V
R
 
R
D
 
E
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

P0CC17 L-amino-acid oxidase; BatroxLAAO; LAO; EC 1.4.3.2 from Bothrops atrox (Barba amarilla) (Fer-de-lance) (see 2 papers)
36% identity, 23% coverage: 1:87/374 of query aligns to 40:119/506 of P0CC17

query
sites
P0CC17
M
 
I
G
 
A
K
 
K
N
 
N
K
 
G
V
 
L
L
 
S
T
 
T
Q
 
T
S
 
S
A
 
N
A
 
P
E
 
K
R
 
R
V
 
V
D
 
-
C
 
-
V
 
V
V
 
I
I
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
V
 
M
V
 
S
G
 
G
L
 
L
A
 
S
V
 
A
A
 
A
R
 
Y
S
 
V
L
 
L
A
 
A
H
 
N
A
 
A
G
 
G
A
 
H
E
 
Q
V
 
V
I
 
T
I
 
V
L
 
L
E
 
E
A
 
A
E
 
S
G
 
E
A
 
R
I
 
A
G
 
G
S
 
G
G
 
R
I
 
V
S
 
K
S
 
T
R
 
Y
N
 
R
S
 
N
E
 
E
V
 
-
I
 
-
H
 
K
A
 
E
G
 
G
M
 
W
Y
 
Y
Y
 
A
P
 
N
A
 
L
G
 
G
S
 
P
L
 
M
R
 
R
A
 
-
R
 
-
L
 
-
C
 
L
V
 
P
E
|
E
G
 
K
N
 
H
R
 
R
L
 
I
L
 
V
R
 
R
D
x
E
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_011386171.1 AMB_RS19325 NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase
MGKNKVLTQSAAERVDCVVIGAGVVGLAVARSLAHAGAEVIILEAEGAIGSGISSRNSEV
IHAGMYYPAGSLRARLCVEGNRLLRDYAASRGVAHAMTGKLIVATDEAEAAQLDAILAKG
RANGVEGLTRISAAHAREMEPDLACVAALWSPATGIIDTHGLMLSLLGEAEERGAALALK
SPVTGGRATDDGMLLSVGGAEPTTLLARNVVLAAGLSSPRLGAALGLKNVPPAHLCKGNY
FTLSGRTPFTRLVYPVPVAAGLGVHFTLDLGGRGRFGPDVEWVEAEDYQVDPRRGDSFYA
AIRRYWPDLADGALEPAYAGIRPKITAEGEPAADFLIHGPRETGVPGVAALYGIESPGLT
SSLAIAGHVGELLA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory