SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011386256.1 NCBI__GCF_000009985.1:WP_011386256.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6aa8E Crystal structure of (s)-3-hydroxybutyryl-coenzymea dehydrogenase from clostridium acetobutylicum complexed with NAD+ (see paper)
60% identity, 96% coverage: 6:284/292 of query aligns to 2:280/281 of 6aa8E

query
sites
6aa8E
K
 
K
I
 
V
G
 
C
V
 
V
I
|
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
Q
x
T
M
|
M
G
 
G
N
 
S
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
V
 
A
C
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
E
V
 
V
I
 
V
L
 
L
L
x
R
D
|
D
V
x
I
S
 
K
E
 
D
E
 
E
A
 
F
L
 
V
K
 
D
K
 
R
G
 
G
L
 
L
G
 
D
T
 
F
I
 
I
T
 
N
K
 
K
N
 
N
L
 
L
D
 
S
R
 
K
A
 
L
L
 
V
S
 
K
K
 
K
G
 
G
K
 
K
L
 
I
T
 
E
E
 
E
A
 
A
E
 
T
K
 
K
A
 
V
A
 
E
T
 
I
L
 
L
G
 
T
H
 
R
I
 
I
K
 
S
T
 
G
T
 
T
T
 
V
A
 
D
Y
 
L
A
 
N
D
 
M
F
 
A
S
 
A
D
 
D
S
 
C
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
I
E
 
E
A
|
A
A
|
A
T
 
V
E
|
E
D
 
R
E
 
M
K
 
D
I
 
I
K
|
K
R
 
K
A
 
Q
I
 
I
F
 
F
A
 
A
Q
 
D
L
 
L
C
 
D
P
 
N
V
 
I
L
 
C
K
 
K
P
 
P
E
 
E
A
 
T
H
 
I
I
 
L
A
 
A
S
 
S
N
|
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
L
 
L
S
 
S
I
 
I
T
 
T
R
 
E
L
 
V
G
 
A
A
 
S
A
 
A
T
 
T
D
 
K
R
 
R
P
 
P
A
 
D
K
 
K
F
 
V
M
 
I
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
M
 
F
N
 
N
P
 
P
V
 
A
P
 
P
V
 
V
M
 
M
K
 
K
L
 
L
V
 
V
E
|
E
L
 
V
I
 
I
R
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
A
T
 
T
S
 
S
E
 
Q
E
 
E
T
 
T
F
 
F
S
 
D
L
 
A
V
 
V
T
 
K
E
 
E
M
 
T
T
 
S
Q
 
I
K
 
A
L
 
I
G
 
G
K
 
K
K
 
D
A
 
P
V
 
V
A
 
E
A
 
V
E
 
A
D
 
E
F
 
A
P
 
P
A
 
G
F
 
F
I
 
V
V
 
V
N
|
N
R
 
R
I
 
I
L
 
L
L
 
I
P
 
P
M
 
M
I
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
V
Y
 
G
T
 
I
L
 
L
Y
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
I
G
 
A
S
 
S
V
 
V
A
 
E
S
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
K
A
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
H
 
H
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
G
D
 
D
F
 
F
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
 
I
C
 
C
L
 
L
A
 
A
V
 
I
M
 
M
Q
 
D
V
 
V
L
 
L
H
 
Y
E
 
S
G
 
E
L
 
T
A
 
G
D
 
D
T
 
S
K
 
K
Y
 
Y
R
 
R
P
 
P
C
 
H
P
 
T
L
 
L
L
 
L
V
 
K
K
 
K
Y
 
Y
V
 
V
E
 
R
A
 
A
G
 
G
W
 
W
L
 
L
G
 
G
R
 
R
K
 
K
T
 
S
G
 
G
R
 
K
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
D
Y
 
Y
T
 
S

4kugA Crystal structure of 3-hydroxybutylryl-coa dehydrogenase with NAD from clostridium butyricum
58% identity, 96% coverage: 4:284/292 of query aligns to 1:281/282 of 4kugA

query
sites
4kugA
I
 
M
N
 
K
K
 
K
I
 
V
G
 
F
V
 
V
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
|
G
Q
x
T
M
|
M
G
 
G
N
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
V
Q
 
Q
V
 
A
C
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
K
G
 
G
F
 
C
D
 
E
V
 
V
I
 
I
L
 
V
L
x
R
D
|
D
V
 
I
S
 
K
E
 
E
E
 
E
A
 
F
L
 
V
K
 
D
K
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
A
T
 
T
I
 
I
T
 
T
K
 
K
N
 
S
L
 
L
D
 
S
R
 
K
A
 
L
L
 
V
S
 
A
K
 
K
G
 
E
K
 
K
L
 
I
T
 
T
E
 
E
A
 
A
E
 
D
K
 
K
A
 
E
A
 
E
T
 
I
L
 
L
G
 
S
H
 
R
I
 
I
K
 
S
T
 
G
T
 
T
T
 
T
A
 
D
Y
 
M
A
 
K
D
 
L
F
 
A
S
 
A
D
 
D
S
 
C
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
|
A
A
|
A
T
 
I
E
|
E
D
 
N
E
 
M
K
 
K
I
 
I
K
 
K
R
 
K
A
 
E
I
 
I
F
 
F
A
 
A
Q
 
E
L
 
L
C
 
D
P
 
G
V
 
I
L
 
C
K
 
K
P
 
P
E
 
E
A
 
T
H
 
I
I
 
L
A
 
A
S
 
S
N
|
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
L
 
L
S
 
S
I
 
I
T
 
T
R
 
E
L
 
V
G
 
A
A
 
S
A
 
A
T
 
T
D
 
K
R
 
R
P
 
A
A
 
D
K
 
K
F
 
V
M
 
I
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
M
 
F
N
 
N
P
 
P
V
 
A
P
 
P
V
 
V
M
 
M
K
 
K
L
 
L
V
 
V
E
|
E
L
 
V
I
 
I
R
 
R
G
 
G
I
 
A
A
 
A
T
 
T
S
 
S
E
 
Q
E
 
E
T
 
T
F
 
F
S
 
D
L
 
A
V
 
V
T
 
K
E
 
E
M
 
M
T
 
S
Q
 
E
K
 
S
L
 
I
G
 
G
K
 
K
K
 
T
A
 
P
V
 
V
A
 
E
A
 
V
E
 
A
D
 
E
F
 
A
P
 
P
A
 
G
F
 
F
I
 
V
V
 
V
N
|
N
R
 
R
I
 
I
L
 
L
L
 
I
P
 
P
M
 
M
I
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
T
Y
 
F
T
 
I
L
 
L
Y
 
Q
E
 
E
G
 
G
V
 
V
G
 
A
S
 
K
V
 
E
A
 
E
S
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
A
A
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
H
 
H
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
E
 
A
L
 
L
A
 
G
D
 
D
F
 
L
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
 
V
C
 
C
L
 
L
A
 
A
V
 
I
M
 
M
Q
 
D
V
 
V
L
 
L
H
 
Y
E
 
N
G
 
E
L
 
T
A
 
G
D
 
D
T
 
T
K
 
K
Y
 
Y
R
 
R
P
 
A
C
 
S
P
 
S
L
 
L
L
 
L
V
 
R
K
 
K
Y
 
Y
V
 
V
E
 
R
A
 
A
G
 
G
W
 
W
L
 
L
G
 
G
R
 
R
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
K
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
D
Y
 
Y
T
 
S

4kuhA Crystal structure of 3-hydroxybutylryl-coa dehydrogenase with acetoacetyl-coa from clostridium butyricum
58% identity, 96% coverage: 4:283/292 of query aligns to 1:280/280 of 4kuhA

query
sites
4kuhA
I
 
M
N
 
K
K
 
K
I
 
V
G
 
F
V
 
V
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
T
M
 
M
G
 
G
N
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
V
Q
 
Q
V
 
A
C
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
K
G
 
G
F
 
C
D
 
E
V
 
V
I
 
I
L
 
V
L
 
R
D
 
D
V
 
I
S
 
K
E
 
E
E
 
E
A
 
F
L
 
V
K
 
D
K
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
A
T
 
T
I
 
I
T
 
T
K
 
K
N
 
S
L
 
L
D
 
S
R
x
K
A
 
L
L
 
V
S
 
A
K
|
K
G
 
E
K
|
K
L
 
I
T
 
T
E
 
E
A
 
A
E
 
D
K
 
K
A
 
E
A
 
E
T
 
I
L
 
L
G
 
S
H
 
R
I
 
I
K
 
S
T
 
G
T
 
T
T
 
T
A
 
D
Y
 
M
A
 
K
D
 
L
F
 
A
S
 
A
D
 
D
S
 
C
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
A
T
 
I
E
 
E
D
 
N
E
 
M
K
 
K
I
 
I
K
 
K
R
 
K
A
 
E
I
 
I
F
 
F
A
 
A
Q
 
E
L
 
L
C
 
D
P
 
G
V
 
I
L
 
C
K
 
K
P
 
P
E
 
E
A
 
T
H
 
I
I
 
L
A
 
A
S
 
S
N
 
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
L
 
L
S
 
S
I
 
I
T
 
T
R
 
E
L
 
V
G
 
A
A
 
S
A
 
A
T
 
T
D
 
K
R
 
R
P
 
A
A
 
D
K
 
K
F
 
V
M
 
I
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
M
 
F
N
 
N
P
 
P
V
 
A
P
 
P
V
 
V
M
 
M
K
 
K
L
 
L
V
 
V
E
|
E
L
 
V
I
 
I
R
 
R
G
 
G
I
 
A
A
 
A
T
 
T
S
 
S
E
 
Q
E
 
E
T
 
T
F
 
F
S
 
D
L
 
A
V
 
V
T
 
K
E
 
E
M
 
M
T
 
S
Q
 
E
K
 
S
L
 
I
G
 
G
K
 
K
K
 
T
A
 
P
V
 
V
A
 
E
A
 
V
E
 
A
D
 
E
F
 
A
P
 
P
A
 
G
F
 
F
I
 
V
V
 
V
N
|
N
R
 
R
I
 
I
L
 
L
L
 
I
P
 
P
M
 
M
I
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
T
Y
 
F
T
 
I
L
 
L
Y
 
Q
E
 
E
G
 
G
V
 
V
G
 
A
S
 
K
V
 
E
A
 
E
S
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
A
A
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
H
 
H
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
E
 
A
L
 
L
A
 
G
D
 
D
F
 
L
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
 
V
C
 
C
L
 
L
A
 
A
V
 
I
M
 
M
Q
 
D
V
 
V
L
 
L
H
 
Y
E
 
N
G
 
E
L
 
T
A
 
G
D
 
D
T
 
T
K
 
K
Y
 
Y
R
 
R
P
 
A
C
 
S
P
 
S
L
 
L
L
 
L
V
 
R
K
 
K
Y
 
Y
V
 
V
E
 
R
A
 
A
G
 
G
W
 
W
L
 
L
G
 
G
R
 
R
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
K
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
D
Y
 
Y

4pzeA Crystal structure of (s)-3-hydroxybutyryl-coa dehydrogenase paah1 in complex with acetoacetyl-coa (see paper)
54% identity, 97% coverage: 3:284/292 of query aligns to 1:282/283 of 4pzeA

query
sites
4pzeA
A
 
S
I
 
I
N
 
R
K
 
T
I
 
V
G
 
G
V
 
I
I
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
T
M
 
M
G
 
G
N
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
V
 
A
C
 
C
A
 
A
A
 
V
A
 
V
G
 
G
F
 
L
D
 
N
V
 
V
I
 
V
L
 
M
L
 
V
D
 
D
V
 
I
S
 
S
E
 
D
E
 
A
A
 
A
L
 
V
K
 
Q
K
 
K
G
 
G
L
 
V
G
 
A
T
 
T
I
 
V
T
 
A
K
 
S
N
 
S
L
 
L
D
 
D
R
 
R
A
 
L
L
 
I
S
 
K
K
 
K
G
 
E
K
 
K
L
 
L
T
 
T
E
 
E
A
 
A
E
 
D
K
 
K
A
 
A
A
 
S
T
 
A
L
 
L
G
 
A
H
 
R
I
 
I
K
 
K
T
 
G
T
 
S
T
 
T
A
 
S
Y
 
Y
A
 
D
D
 
D
F
 
L
S
 
K
D
 
A
S
 
T
D
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
A
T
 
T
E
 
E
D
 
N
E
 
Y
K
 
D
I
 
L
K
 
K
R
 
V
A
 
K
I
 
I
F
 
L
A
 
K
Q
 
Q
L
 
I
C
 
D
P
 
G
V
 
I
L
 
V
K
 
G
P
 
E
E
 
N
A
 
V
H
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
S
N
 
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
L
 
I
S
 
S
I
 
I
T
 
T
R
 
K
L
 
L
G
 
A
A
 
A
A
 
V
T
 
T
D
 
S
R
 
R
P
 
A
A
 
D
K
 
R
F
 
F
M
 
I
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
M
x
F
N
 
N
P
 
P
V
 
V
P
 
P
V
 
V
M
 
M
K
 
A
L
 
L
V
 
V
E
|
E
L
 
L
I
 
I
R
 
R
G
 
G
I
 
L
A
 
Q
T
 
T
S
 
S
E
 
D
E
 
T
T
 
T
F
 
H
S
 
A
L
 
A
V
 
V
T
 
E
E
 
A
M
 
L
T
 
S
Q
 
K
K
 
Q
L
 
L
G
 
G
K
 
K
K
 
Y
A
 
P
V
 
I
A
 
T
A
 
V
E
 
K
D
 
N
F
 
S
P
 
P
A
 
G
F
 
F
I
 
V
V
 
V
N
|
N
R
 
R
I
 
I
L
 
L
L
 
C
P
 
P
M
 
M
I
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
F
Y
 
C
T
 
V
L
 
L
Y
 
G
E
 
E
G
 
G
V
 
L
G
 
A
S
 
S
V
 
P
A
 
E
S
 
E
I
 
I
D
 
D
T
 
E
A
 
G
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
C
N
 
N
H
 
H
P
 
P
M
 
I
G
 
G
P
 
P
L
 
L
E
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
F
 
M
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
 
T
C
 
M
L
 
L
A
 
A
V
 
V
M
 
M
Q
 
E
V
 
V
L
 
L
H
 
Y
E
 
T
G
 
E
L
 
F
A
 
A
D
 
D
T
 
P
K
 
K
Y
 
Y
R
 
R
P
 
P
C
 
A
P
 
M
L
 
L
L
 
M
V
 
R
K
 
E
Y
 
M
V
 
V
E
 
A
A
 
A
G
 
G
W
 
Y
L
 
L
G
 
G
R
 
R
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
V
Y
 
Y
D
 
V
Y
 
Y
T
 
S

4pzdA Crystal structure of (s)-3-hydroxybutyryl-coa dehydrogenase paah1 in complex with NAD+ (see paper)
54% identity, 97% coverage: 3:284/292 of query aligns to 1:282/283 of 4pzdA

query
sites
4pzdA
A
 
S
I
 
I
N
 
R
K
 
T
I
 
V
G
 
G
V
 
I
I
 
V
G
 
G
A
 
A
G
|
G
Q
x
T
M
|
M
G
 
G
N
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
V
 
A
C
 
C
A
 
A
A
 
V
A
 
V
G
 
G
F
 
L
D
 
N
V
 
V
I
 
V
L
 
M
L
 
V
D
|
D
V
 
I
S
 
S
E
 
D
E
 
A
A
 
A
L
 
V
K
 
Q
K
 
K
G
 
G
L
 
V
G
 
A
T
 
T
I
 
V
T
 
A
K
 
S
N
 
S
L
 
L
D
 
D
R
 
R
A
 
L
L
 
I
S
 
K
K
 
K
G
 
E
K
 
K
L
 
L
T
 
T
E
 
E
A
 
A
E
 
D
K
 
K
A
 
A
A
 
S
T
 
A
L
 
L
G
 
A
H
 
R
I
 
I
K
 
K
T
 
G
T
 
S
T
 
T
A
 
S
Y
 
Y
A
 
D
D
 
D
F
 
L
S
 
K
D
 
A
S
 
T
D
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
I
E
 
E
A
|
A
A
|
A
T
|
T
E
|
E
D
 
N
E
 
Y
K
 
D
I
 
L
K
 
K
R
 
V
A
 
K
I
|
I
F
 
L
A
 
K
Q
 
Q
L
 
I
C
 
D
P
 
G
V
 
I
L
 
V
K
 
G
P
 
E
E
 
N
A
 
V
H
 
I
I
 
I
A
 
A
S
 
S
N
|
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
L
 
I
S
 
S
I
 
I
T
 
T
R
 
K
L
 
L
G
 
A
A
 
A
A
 
V
T
 
T
D
 
S
R
 
R
P
 
A
A
 
D
K
 
R
F
 
F
M
 
I
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
M
 
F
N
|
N
P
 
P
V
 
V
P
 
P
V
 
V
M
 
M
K
 
A
L
 
L
V
 
V
E
|
E
L
 
L
I
 
I
R
 
R
G
 
G
I
 
L
A
 
Q
T
 
T
S
 
S
E
 
D
E
 
T
T
 
T
F
 
H
S
 
A
L
 
A
V
 
V
T
 
E
E
 
A
M
 
L
T
 
S
Q
 
K
K
 
Q
L
 
L
G
 
G
K
 
K
K
 
Y
A
 
P
V
 
I
A
 
T
A
 
V
E
 
K
D
 
N
F
 
S
P
 
P
A
 
G
F
 
F
I
 
V
V
 
V
N
|
N
R
 
R
I
 
I
L
 
L
L
 
C
P
 
P
M
 
M
I
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
F
Y
 
C
T
 
V
L
 
L
Y
 
G
E
 
E
G
 
G
V
 
L
G
 
A
S
 
S
V
 
P
A
 
E
S
 
E
I
 
I
D
 
D
T
 
E
A
 
G
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
C
N
 
N
H
 
H
P
 
P
M
 
I
G
 
G
P
 
P
L
 
L
E
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
F
 
M
I
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
 
T
C
 
M
L
 
L
A
 
A
V
 
V
M
 
M
Q
 
E
V
 
V
L
 
L
H
 
Y
E
 
T
G
 
E
L
 
F
A
 
A
D
 
D
T
 
P
K
 
K
Y
 
Y
R
 
R
P
 
P
C
 
A
P
 
M
L
 
L
L
 
M
V
 
R
K
 
E
Y
 
M
V
 
V
E
 
A
A
 
A
G
 
G
W
 
Y
L
 
L
G
 
G
R
 
R
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
V
Y
 
Y
D
 
V
Y
 
Y
T
 
S

P9WNP7 3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase; Beta-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase; BHBD; EC 1.1.1.157 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
45% identity, 96% coverage: 3:283/292 of query aligns to 4:286/286 of P9WNP7

query
sites
P9WNP7
A
 
A
I
 
I
N
 
Q
K
 
R
I
 
V
G
 
G
V
 
V
I
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
M
 
M
G
 
G
N
 
S
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
E
V
 
V
C
 
S
A
 
A
A
 
R
A
 
A
G
 
G
F
 
V
D
 
E
V
 
V
I
 
T
L
 
V
L
 
F
D
 
E
V
 
P
S
 
A
E
 
E
E
 
A
A
 
L
L
 
I
K
 
T
K
 
A
G
 
G
L
 
R
G
 
N
T
 
R
I
 
I
T
 
V
K
 
K
N
 
S
L
 
L
D
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
V
S
 
S
K
 
A
G
 
G
K
 
K
L
 
V
T
 
T
E
 
E
A
 
R
E
 
E
K
 
R
A
 
D
A
 
R
T
 
A
L
 
L
G
 
G
H
 
L
I
 
L
K
 
T
T
 
F
T
 
T
T
 
T
A
 
D
Y
 
L
A
 
N
D
 
D
F
 
L
S
 
S
D
 
D
S
 
R
D
 
Q
L
 
L
V
 
V
I
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
V
T
 
V
E
 
E
D
 
D
E
 
E
K
 
A
I
 
V
K
 
K
R
 
S
A
 
E
I
 
I
F
 
F
A
 
A
Q
 
E
L
 
L
C
 
D
P
 
R
V
 
V
L
 
V
-
 
T
K
 
D
P
 
P
E
 
D
A
 
A
H
 
V
I
 
L
A
 
A
S
 
S
N
 
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
L
 
I
S
 
P
I
 
I
T
 
M
R
 
K
L
 
V
G
 
A
A
 
A
A
 
A
T
 
T
D
 
K
R
 
Q
P
 
P
A
 
Q
K
 
R
F
 
V
M
 
L
G
 
G
M
 
L
H
 
H
F
 
F
M
 
F
N
 
N
P
 
P
V
 
V
P
 
P
V
 
V
M
 
L
K
 
P
L
 
L
V
 
V
E
 
E
L
 
L
I
 
V
R
 
R
G
 
T
I
 
L
A
 
V
T
 
T
S
 
D
E
 
E
E
 
A
T
 
A
F
 
A
S
 
A
L
 
R
V
 
T
T
 
E
E
 
E
M
 
F
T
 
A
Q
 
S
K
 
T
-
 
V
L
 
L
G
 
G
K
 
K
K
 
Q
A
 
V
V
 
V
A
 
R
A
 
C
E
 
S
D
 
D
F
 
R
P
 
S
A
 
G
F
 
F
I
 
V
V
 
V
N
 
N
R
 
A
I
 
L
L
 
L
L
 
V
P
 
P
M
 
Y
I
 
L
N
 
L
E
 
S
A
 
A
V
 
I
Y
 
R
T
 
M
L
 
V
Y
 
E
E
 
A
G
 
G
V
 
F
G
 
A
S
 
T
V
 
V
A
 
E
S
 
D
I
 
V
D
 
D
T
 
K
A
 
A
M
 
V
K
 
V
L
 
A
G
 
G
A
 
L
N
 
S
H
 
H
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
E
 
R
L
 
L
A
 
S
D
 
D
F
 
L
I
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
 
T
C
 
L
L
 
K
A
 
L
V
 
I
M
 
A
Q
 
D
V
 
K
L
 
M
H
 
F
E
 
E
G
 
E
L
 
F
A
 
K
D
 
E
T
 
P
K
 
H
Y
 
Y
R
 
G
P
 
P
C
 
P
P
 
P
L
 
L
L
 
L
V
 
L
K
 
R
Y
 
M
V
 
V
E
 
E
A
 
A
G
 
G
W
 
Q
L
 
L
G
 
G
R
 
K
K
 
K
T
 
S
G
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
T
Y
 
Y

1f0yA L-3-hydroxyacyl-coa dehydrogenase complexed with acetoacetyl-coa and NAD+ (see paper)
45% identity, 96% coverage: 4:283/292 of query aligns to 4:290/291 of 1f0yA

query
sites
1f0yA
I
 
V
N
 
K
K
 
H
I
 
V
G
 
T
V
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
G
G
|
G
Q
x
L
M
|
M
G
 
G
N
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
C
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
T
G
 
G
F
 
H
D
 
T
V
 
V
I
 
V
L
 
L
L
 
V
D
|
D
V
x
Q
S
 
T
E
 
E
E
 
D
A
 
I
L
 
L
K
 
A
K
 
K
G
 
S
L
 
K
G
 
K
T
 
G
I
 
I
T
 
E
K
 
E
N
x
S
L
 
L
D
 
-
R
 
R
A
 
K
L
 
V
S
 
A
K
 
K
G
x
K
K
 
K
L
 
F
T
 
A
E
 
E
A
 
N
E
 
P
K
 
K
A
 
A
A
 
G
-
 
D
-
 
E
-
 
F
-
 
V
-
 
E
-
 
K
T
 
T
L
 
L
G
 
S
H
 
T
I
 
I
K
 
A
T
 
T
T
 
S
T
 
T
A
 
D
Y
 
A
A
 
A
D
 
S
F
 
V
S
 
V
D
 
H
S
 
S
-
 
T
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
|
A
A
x
I
T
 
V
E
|
E
D
 
N
E
 
L
K
 
K
I
 
V
K
|
K
R
 
N
A
 
E
I
 
L
F
 
F
A
 
K
Q
 
R
L
 
L
C
 
D
P
 
K
V
 
F
L
 
A
K
 
A
P
 
E
E
 
H
A
 
T
H
 
I
I
 
F
A
 
A
S
 
S
N
|
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
L
 
L
S
 
Q
I
 
I
T
 
T
R
 
S
L
 
I
G
 
A
A
 
N
A
 
A
T
 
T
D
 
T
R
 
R
P
 
Q
A
 
D
K
 
R
F
 
F
M
 
A
G
 
G
M
 
L
H
|
H
F
 
F
M
x
F
N
|
N
P
|
P
V
 
V
P
|
P
V
|
V
M
 
M
K
 
K
L
 
L
V
 
V
E
|
E
L
 
V
I
 
I
R
 
K
G
 
T
I
 
P
A
 
M
T
 
T
S
 
S
E
 
Q
E
 
K
T
 
T
F
 
F
S
 
E
L
 
S
V
 
L
T
 
V
E
 
D
M
 
F
T
 
S
Q
 
K
K
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
K
K
 
H
A
 
P
V
 
V
A
 
S
A
 
C
E
 
K
D
 
D
F
 
T
P
 
P
A
 
G
F
 
F
I
 
I
V
 
V
N
|
N
R
 
R
I
 
L
L
 
L
L
 
V
P
 
P
M
 
Y
I
 
L
N
 
M
E
 
E
A
 
A
V
 
I
Y
 
R
T
 
L
L
 
Y
Y
 
E
E
 
R
G
 
G
V
 
D
G
 
A
S
 
S
V
 
K
A
 
E
S
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
T
A
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
G
H
 
Y
P
|
P
M
|
M
G
 
G
P
 
P
L
 
F
E
 
E
L
|
L
A
 
L
D
 
D
F
 
Y
I
x
V
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
|
T
C
 
T
L
 
K
A
 
F
V
 
I
M
 
V
Q
 
D
V
 
G
L
 
W
H
 
H
E
 
E
G
 
M
L
 
D
A
 
A
D
 
E
T
 
N
K
 
P
-
 
L
Y
 
H
R
 
Q
P
 
P
C
 
S
P
 
P
L
 
S
L
 
L
V
 
N
K
 
K
Y
 
L
V
 
V
E
 
A
A
 
E
G
 
N
W
 
K
L
 
F
G
 
G
R
 
K
K
|
K
T
 
T
G
 
G
R
 
E
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
K
Y
 
Y

1f17A L-3-hydroxyacyl-coa dehydrogenase complexed with nadh (see paper)
45% identity, 97% coverage: 4:286/292 of query aligns to 4:293/293 of 1f17A

query
sites
1f17A
I
 
V
N
 
K
K
 
H
I
 
V
G
 
T
V
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
G
G
|
G
Q
x
L
M
|
M
G
 
G
N
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
C
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
T
G
 
G
F
 
H
D
 
T
V
 
V
I
 
V
L
 
L
L
 
V
D
|
D
V
x
Q
S
 
T
E
 
E
E
 
D
A
 
I
L
 
L
K
 
A
K
 
K
G
 
S
L
 
K
G
 
K
T
 
G
I
 
I
T
 
E
K
 
E
N
 
S
L
 
L
D
 
-
R
 
R
A
 
K
L
 
V
S
 
A
K
 
K
G
 
K
K
 
K
L
 
F
T
 
A
E
 
E
A
 
N
E
 
P
K
 
K
A
 
A
A
 
G
-
 
D
-
 
E
-
 
C
-
 
V
-
 
E
-
 
K
T
 
T
L
 
L
G
 
S
H
 
T
I
 
I
K
 
A
T
 
T
T
 
S
T
 
T
A
 
D
Y
 
A
A
 
A
D
 
S
F
 
V
S
 
V
D
 
H
S
 
S
-
 
T
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
|
A
A
x
I
T
 
V
E
|
E
D
 
N
E
 
L
K
 
K
I
 
V
K
|
K
R
 
N
A
 
E
I
 
L
F
 
F
A
 
K
Q
 
R
L
 
L
C
 
D
P
 
K
V
 
F
L
 
A
K
 
A
P
 
E
E
 
H
A
 
T
H
 
I
I
 
F
A
 
A
S
 
S
N
|
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
L
 
L
S
 
Q
I
 
I
T
 
T
R
 
S
L
 
I
G
 
A
A
 
N
A
 
A
T
 
T
D
 
T
R
 
R
P
 
Q
A
 
D
K
 
R
F
 
F
M
 
A
G
 
G
M
 
L
H
|
H
F
 
F
M
 
F
N
 
N
P
 
P
V
 
V
P
 
P
V
 
V
M
 
M
K
 
K
L
 
L
V
 
V
E
|
E
L
 
V
I
 
I
R
 
K
G
 
T
I
 
P
A
 
M
T
 
T
S
 
S
E
 
Q
E
 
K
T
 
T
F
 
F
S
 
E
L
 
S
V
 
L
T
 
V
E
 
D
M
 
F
T
 
S
Q
 
K
K
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
K
K
 
H
A
 
P
V
 
V
A
 
S
A
 
C
E
 
K
D
 
D
F
 
T
P
 
P
A
 
G
F
 
F
I
 
I
V
 
V
N
|
N
R
 
R
I
 
L
L
 
L
L
 
V
P
 
P
M
 
Y
I
 
L
N
 
M
E
 
E
A
 
A
V
 
I
Y
 
R
T
 
L
L
 
Y
Y
 
E
E
 
R
G
 
G
V
 
D
G
 
A
S
 
S
V
 
K
A
 
E
S
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
T
A
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
G
H
 
Y
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
F
E
 
E
L
 
L
A
 
L
D
 
D
F
 
Y
I
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
 
T
C
 
T
L
 
K
A
 
F
V
 
I
M
 
V
Q
 
D
V
 
G
L
 
W
H
 
H
E
 
E
G
 
M
L
 
D
A
 
A
D
 
E
T
 
N
K
 
P
-
 
L
Y
 
H
R
 
Q
P
 
P
C
 
S
P
 
P
L
 
S
L
 
L
V
 
N
K
 
K
Y
 
L
V
 
V
E
 
A
A
 
E
G
 
N
W
 
K
L
 
F
G
 
G
R
 
K
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
E
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
K
Y
 
Y
T
 
K
G
 
L
E
 
E

1f12A L-3-hydroxyacyl-coa dehydrogenase complexed with 3-hydroxybutyryl-coa (see paper)
45% identity, 97% coverage: 4:286/292 of query aligns to 4:293/293 of 1f12A

query
sites
1f12A
I
 
V
N
 
K
K
 
H
I
 
V
G
 
T
V
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
G
G
 
G
Q
 
L
M
 
M
G
 
G
N
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
C
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
T
G
 
G
F
 
H
D
 
T
V
 
V
I
 
V
L
 
L
L
 
V
D
 
D
V
 
Q
S
 
T
E
 
E
E
 
D
A
 
I
L
 
L
K
 
A
K
 
K
G
 
S
L
 
K
G
 
K
T
 
G
I
 
I
T
 
E
K
 
E
N
 
S
L
 
L
D
 
-
R
 
R
A
 
K
L
 
V
S
 
A
K
 
K
G
x
K
K
 
K
L
 
F
T
 
A
E
 
E
A
 
N
E
 
P
K
 
K
A
 
A
A
 
G
-
 
D
-
 
E
-
 
C
-
 
V
-
 
E
-
 
K
T
 
T
L
 
L
G
 
S
H
 
T
I
 
I
K
 
A
T
 
T
T
 
S
T
 
T
A
 
D
Y
 
A
A
 
A
D
 
S
F
 
V
S
 
V
D
 
H
S
 
S
-
 
T
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
I
T
 
V
E
 
E
D
 
N
E
 
L
K
 
K
I
 
V
K
 
K
R
 
N
A
 
E
I
 
L
F
 
F
A
 
K
Q
 
R
L
 
L
C
 
D
P
 
K
V
 
F
L
 
A
K
 
A
P
 
E
E
 
H
A
 
T
H
 
I
I
 
F
A
 
A
S
 
S
N
 
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
L
 
L
S
 
Q
I
 
I
T
 
T
R
 
S
L
 
I
G
 
A
A
 
N
A
 
A
T
 
T
D
 
T
R
 
R
P
 
Q
A
 
D
K
 
R
F
 
F
M
 
A
G
 
G
M
 
L
H
|
H
F
 
F
M
x
F
N
|
N
P
 
P
V
 
V
P
 
P
V
 
V
M
|
M
K
 
K
L
 
L
V
 
V
E
|
E
L
 
V
I
 
I
R
 
K
G
 
T
I
 
P
A
 
M
T
 
T
S
 
S
E
 
Q
E
 
K
T
 
T
F
 
F
S
 
E
L
 
S
V
 
L
T
 
V
E
 
D
M
 
F
T
 
S
Q
 
K
K
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
K
K
 
H
A
 
P
V
 
V
A
 
S
A
 
C
E
 
K
D
 
D
F
 
T
P
 
P
A
 
G
F
 
F
I
 
I
V
 
V
N
|
N
R
 
R
I
 
L
L
|
L
L
 
V
P
 
P
M
 
Y
I
 
L
N
 
M
E
 
E
A
 
A
V
 
I
Y
 
R
T
 
L
L
 
Y
Y
 
E
E
 
R
G
 
G
V
 
D
G
 
A
S
 
S
V
 
K
A
 
E
S
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
T
A
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
G
H
 
Y
P
|
P
M
|
M
G
 
G
P
 
P
L
 
F
E
 
E
L
|
L
A
 
L
D
 
D
F
 
Y
I
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
 
T
C
 
T
L
 
K
A
 
F
V
 
I
M
 
V
Q
 
D
V
 
G
L
 
W
H
 
H
E
 
E
G
 
M
L
 
D
A
 
A
D
 
E
T
 
N
K
 
P
-
 
L
Y
 
H
R
 
Q
P
 
P
C
 
S
P
 
P
L
 
S
L
 
L
V
 
N
K
 
K
Y
 
L
V
 
V
E
 
A
A
 
E
G
 
N
W
 
K
L
 
F
G
 
G
R
 
K
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
E
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
K
Y
 
Y
T
 
K
G
 
L
E
 
E

Q16836 Hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase, mitochondrial; HCDH; Medium and short-chain L-3-hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase; Short-chain 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase; EC 1.1.1.35 from Homo sapiens (Human) (see 7 papers)
45% identity, 96% coverage: 4:283/292 of query aligns to 27:313/314 of Q16836

query
sites
Q16836
I
 
V
N
 
K
K
 
H
I
 
V
G
 
T
V
 
V
I
 
I
G
|
G
A
x
G
G
|
G
Q
x
L
M
|
M
G
|
G
N
x
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
C
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
T
G
 
G
F
 
H
D
 
T
V
 
V
I
 
V
L
 
L
L
 
V
D
|
D
V
 
Q
S
 
T
E
 
E
E
 
D
A
 
I
L
 
L
K
 
A
K
 
K
G
 
S
L
 
K
G
 
K
T
 
G
I
 
I
T
 
E
K
 
E
N
x
S
L
 
L
D
 
-
R
 
R
A
 
K
L
 
V
S
 
A
K
 
K
G
x
K
K
 
K
L
 
F
T
 
A
E
 
E
A
 
N
E
x
L
K
 
K
A
 
A
A
 
G
-
 
D
-
 
E
-
 
F
-
 
V
-
 
E
-
 
K
T
 
T
L
 
L
G
 
S
H
 
T
I
 
I
K
 
A
T
 
T
T
 
S
T
 
T
A
 
D
Y
 
A
A
 
A
D
 
S
F
 
V
S
 
V
D
 
H
S
 
S
-
 
T
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
I
T
 
V
E
|
E
D
 
N
E
 
L
K
 
K
I
 
V
K
|
K
R
 
N
A
 
E
I
 
L
F
 
F
A
 
K
Q
 
R
L
 
L
C
 
D
P
 
K
V
 
F
L
 
A
K
 
A
P
 
E
E
 
H
A
 
T
H
 
I
I
 
F
A
 
A
S
 
S
N
 
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
L
 
L
S
x
Q
I
 
I
T
 
T
R
 
S
L
 
I
G
 
A
A
 
N
A
 
A
T
 
T
D
 
T
R
 
R
P
 
Q
A
 
D
K
 
R
F
 
F
M
 
A
G
 
G
M
 
L
H
 
H
F
 
F
M
 
F
N
|
N
P
 
P
V
 
V
P
 
P
V
 
V
M
 
M
K
 
K
L
 
L
V
 
V
E
 
E
L
 
V
I
 
I
R
 
K
G
 
T
I
 
P
A
 
M
T
 
T
S
 
S
E
 
Q
E
 
K
T
 
T
F
 
F
S
 
E
L
 
S
V
 
L
T
 
V
E
 
D
M
 
F
T
 
S
Q
 
K
K
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
K
K
 
H
A
 
P
V
 
V
A
 
S
A
 
C
E
 
K
D
 
D
F
 
T
P
 
P
A
 
G
F
 
F
I
 
I
V
 
V
N
 
N
R
 
R
I
 
L
L
 
L
L
 
V
P
 
P
M
x
Y
I
 
L
N
 
M
E
 
E
A
 
A
V
 
I
Y
 
R
T
 
L
L
 
Y
Y
 
E
E
 
R
G
 
G
V
 
D
G
 
A
S
 
S
V
 
K
A
 
E
S
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
T
A
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
G
H
 
Y
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
|
P
L
 
F
E
 
E
L
 
L
A
 
L
D
 
D
F
 
Y
I
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
 
T
C
 
T
L
 
K
A
 
F
V
 
I
M
 
V
Q
 
D
V
 
G
L
 
W
H
 
H
E
 
E
G
 
M
L
 
D
A
 
A
D
 
E
T
 
N
K
 
P
-
 
L
Y
 
H
R
 
Q
P
 
P
C
 
S
P
 
P
L
 
S
L
 
L
V
 
N
K
 
K
Y
 
L
V
 
V
E
 
A
A
 
E
G
 
N
W
 
K
L
 
F
G
 
G
R
 
K
K
|
K
T
 
T
G
 
G
R
 
E
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
K
Y
 
Y

P00348 Hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase, mitochondrial; HCDH; L-3-hydroxyacyl CoA dehydrogenase; Medium and short-chain L-3-hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase; Short-chain 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase; EC 1.1.1.35 from Sus scrofa (Pig) (see paper)
44% identity, 96% coverage: 4:283/292 of query aligns to 27:313/314 of P00348

query
sites
P00348
I
 
V
N
 
K
K
 
H
I
 
V
G
 
T
V
 
V
I
 
I
G
|
G
A
x
G
G
|
G
Q
x
L
M
|
M
G
|
G
N
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
C
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
T
G
 
G
F
 
H
D
 
T
V
 
V
I
 
V
L
 
L
L
 
V
D
|
D
V
 
Q
S
 
T
E
 
E
E
 
D
A
 
I
L
 
L
K
 
A
K
 
K
G
 
S
L
 
K
G
 
K
T
 
G
I
 
I
T
 
E
K
 
E
N
 
S
L
 
L
D
 
-
R
 
R
A
 
K
L
 
V
S
 
A
K
 
K
G
 
K
K
 
K
L
 
F
T
 
A
E
 
E
A
 
N
E
 
P
K
 
K
A
 
A
A
 
G
-
 
D
-
 
E
-
 
F
-
 
V
-
 
E
-
 
K
T
 
T
L
 
L
G
 
S
H
 
S
I
 
I
K
 
S
T
 
T
T
 
S
T
 
T
A
 
D
Y
 
A
A
 
A
D
 
S
F
 
V
S
 
V
D
 
H
S
 
S
-
 
T
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
A
A
 
I
T
 
V
E
|
E
D
 
N
E
 
L
K
 
K
I
 
V
K
|
K
R
 
S
A
 
E
I
 
L
F
 
F
A
 
K
Q
 
R
L
 
L
C
 
D
P
 
K
V
 
F
L
 
A
K
 
A
P
 
E
E
 
H
A
 
T
H
 
I
I
 
F
A
 
A
S
 
S
N
 
N
T
 
T
S
|
S
S
 
S
L
 
L
S
 
Q
I
 
I
T
 
T
R
 
S
L
 
L
G
 
A
A
 
N
A
 
A
T
 
T
D
 
T
R
 
R
P
 
Q
A
 
D
K
 
R
F
 
F
M
 
A
G
 
G
M
 
L
H
 
H
F
 
F
M
 
F
N
 
N
P
 
P
V
 
V
P
 
P
V
 
L
M
 
M
K
 
K
L
 
L
V
 
V
E
 
E
L
 
V
I
 
V
R
 
K
G
 
T
I
 
P
A
 
M
T
 
T
S
 
S
E
 
Q
E
 
K
T
 
T
F
 
L
S
 
E
L
 
S
V
 
L
T
 
V
E
 
D
M
 
F
T
 
S
Q
 
K
K
 
T
L
 
L
G
 
G
K
 
K
K
 
H
A
 
P
V
 
V
A
 
S
A
 
C
E
 
K
D
 
D
F
 
T
P
 
P
A
 
G
F
 
F
I
 
I
V
 
V
N
 
N
R
 
R
I
 
L
L
 
L
L
 
V
P
 
P
M
 
Y
I
 
L
N
 
I
E
 
E
A
 
A
V
 
V
Y
 
R
T
 
L
L
 
Y
Y
 
E
E
 
R
G
 
G
V
 
D
G
 
A
S
 
S
V
 
K
A
 
E
S
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
T
A
 
A
M
 
M
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
G
H
 
Y
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
F
E
 
E
L
 
L
A
 
L
D
 
D
F
 
Y
I
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
 
T
C
 
T
L
 
K
A
 
F
V
 
I
M
 
I
Q
 
D
V
 
G
L
 
W
H
 
H
E
 
E
G
 
-
L
 
-
A
 
M
D
 
D
T
 
S
K
 
Q
-
 
N
-
 
P
-
 
L
Y
 
F
R
 
Q
P
 
P
C
 
S
P
 
P
L
 
A
L
 
M
V
 
N
K
 
K
Y
 
L
V
 
V
E
 
A
A
 
E
G
 
N
W
 
K
L
 
F
G
 
G
R
 
K
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
E
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
K
Y
 
Y

4b3iA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis fatty acid beta-oxidation complex with coenzymea bound at the hydratase active sites (see paper)
39% identity, 97% coverage: 2:283/292 of query aligns to 334:618/731 of 4b3iA

query
sites
4b3iA
T
 
T
A
 
P
I
 
I
N
 
K
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
M
M
 
M
G
 
G
N
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Y
V
 
V
C
 
S
A
 
A
A
 
K
A
 
A
G
 
G
F
 
Y
D
 
E
V
 
V
I
 
V
L
 
L
L
 
K
D
 
D
V
 
V
S
 
S
E
 
L
E
 
E
A
 
A
L
 
A
K
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
K
G
 
G
T
 
Y
I
 
S
T
 
E
K
 
K
N
 
L
L
 
E
D
 
A
R
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
E
K
 
R
G
 
G
K
 
R
L
 
T
T
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
R
K
 
S
A
 
D
A
 
A
T
 
L
L
 
L
G
 
A
H
 
R
I
 
I
K
 
T
T
 
P
T
 
T
T
 
A
A
 
D
Y
 
A
A
 
A
D
 
D
F
 
F
S
 
K
D
 
G
S
 
V
D
 
D
L
 
F
V
 
V
I
 
I
E
 
E
A
 
A
A
 
V
T
 
F
E
 
E
D
 
N
E
 
Q
K
 
E
I
 
L
K
 
K
R
 
H
A
 
K
I
 
V
F
 
F
A
 
G
Q
 
E
L
 
I
C
 
E
P
 
D
V
 
I
L
 
V
K
 
E
P
 
P
E
 
N
A
 
A
H
 
I
I
 
L
A
 
G
S
 
S
N
 
N
T
 
T
S
|
S
S
 
T
L
 
L
S
 
P
I
 
I
T
 
T
R
 
G
L
 
L
G
 
A
A
 
T
A
 
G
T
 
V
D
 
K
R
 
R
P
 
Q
A
 
E
K
 
D
F
 
F
M
 
I
G
 
G
M
 
I
H
|
H
F
 
F
M
 
F
N
 
S
P
 
P
V
 
V
P
 
D
V
 
K
M
 
M
K
 
P
L
 
L
V
 
V
E
|
E
L
 
I
I
 
I
R
 
K
G
 
G
I
 
E
A
 
K
T
 
T
S
 
S
E
 
D
E
 
E
T
 
A
F
 
L
S
 
A
L
 
R
V
 
V
T
 
F
E
 
D
M
 
Y
T
 
T
Q
 
L
K
 
A
L
 
I
G
 
G
K
 
K
K
 
T
A
 
P
V
 
I
A
 
V
A
 
V
E
 
N
D
 
D
F
 
S
P
 
R
A
 
G
F
 
F
I
 
F
V
 
T
N
x
S
R
 
R
I
 
V
L
 
I
L
 
G
P
 
T
M
 
F
I
 
V
N
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
L
Y
 
A
T
 
M
L
 
L
Y
 
G
E
 
E
G
 
G
V
 
V
G
 
-
S
 
E
V
 
P
A
 
A
S
 
S
I
 
I
D
 
E
T
 
Q
A
 
A
M
 
G
K
 
S
L
 
Q
G
 
-
A
 
A
N
 
G
H
 
Y
P
 
P
M
 
A
G
 
P
P
 
P
L
 
L
E
 
Q
L
 
L
A
 
S
D
 
D
F
 
E
I
 
L
G
 
N
L
 
L
D
 
E
T
 
L
C
 
M
L
 
H
A
 
K
V
 
I
M
 
A
Q
 
V
V
 
A
L
 
T
H
 
R
E
 
K
G
 
G
L
 
V
A
 
E
D
 
D
T
 
A
-
 
G
-
 
G
K
 
T
Y
 
Y
R
 
Q
P
 
P
C
 
H
P
 
P
-
 
A
-
 
E
-
 
A
L
 
V
L
 
V
V
 
E
K
 
K
Y
 
M
V
 
I
E
 
E
A
 
L
G
 
G
W
 
R
L
 
S
G
 
G
R
 
R
K
 
L
T
 
K
G
 
G
R
 
A
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
E
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

7o4uA Structure of the alpha subunit of mycobacterium tuberculosis beta- oxidation trifunctional enzyme in complex with oxidized nicotinamide adenine dinucleotide (see paper)
39% identity, 97% coverage: 2:283/292 of query aligns to 314:598/711 of 7o4uA

query
sites
7o4uA
T
 
T
A
 
P
I
 
I
N
 
K
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
I
 
L
G
 
G
A
|
A
G
 
G
Q
x
M
M
|
M
G
 
G
N
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
Q
 
Y
V
 
V
C
 
S
A
 
A
A
 
K
A
 
A
G
 
G
F
 
Y
D
 
E
V
 
V
I
 
V
L
 
L
L
 
K
D
|
D
V
|
V
S
 
S
E
 
L
E
 
E
A
 
A
L
 
A
K
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
K
G
 
G
T
 
Y
I
 
S
T
 
E
K
 
K
N
 
L
L
 
E
D
 
A
R
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
E
K
 
R
G
 
G
K
 
R
L
 
T
T
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
R
K
 
S
A
 
D
A
 
A
T
 
L
L
 
L
G
 
A
H
 
R
I
 
I
K
 
T
T
 
P
T
 
T
T
 
A
A
 
D
Y
 
A
A
 
A
D
 
D
F
 
F
S
 
K
D
 
G
S
 
V
D
 
D
L
 
F
V
 
V
I
 
I
E
 
E
A
 
A
A
x
V
T
x
F
E
|
E
D
 
N
E
 
Q
K
 
E
I
 
L
K
 
K
R
 
H
A
 
K
I
 
V
F
 
F
A
 
G
Q
 
E
L
 
I
C
 
E
P
 
D
V
 
I
L
 
V
K
 
E
P
 
P
E
 
N
A
 
A
H
 
I
I
 
L
A
 
G
S
 
S
N
|
N
T
 
T
S
 
S
S
 
T
L
 
L
S
 
P
I
 
I
T
 
T
R
 
G
L
 
L
G
 
A
A
 
T
A
 
G
T
 
V
D
 
K
R
 
R
P
 
Q
A
 
E
K
 
D
F
 
F
M
 
I
G
 
G
M
 
I
H
|
H
F
 
F
M
 
F
N
 
S
P
 
P
V
 
V
P
 
D
V
 
K
M
 
M
K
 
P
L
 
L
V
 
V
E
 
E
L
 
I
I
 
I
R
 
K
G
 
G
I
 
E
A
 
K
T
 
T
S
 
S
E
 
D
E
 
E
T
 
A
F
 
L
S
 
A
L
 
R
V
 
V
T
 
F
E
 
D
M
 
Y
T
 
T
Q
 
L
K
 
A
L
 
I
G
 
G
K
 
K
K
 
T
A
 
P
V
 
I
A
 
V
A
 
V
E
 
N
D
 
D
F
 
S
P
 
R
A
 
G
F
 
F
I
 
F
V
 
T
N
 
S
R
 
R
I
 
V
L
 
I
L
 
G
P
 
T
M
 
F
I
 
V
N
 
N
E
 
E
A
 
A
V
 
L
Y
 
A
T
 
M
L
 
L
Y
 
G
E
 
E
G
 
G
V
 
V
G
 
-
S
 
E
V
 
P
A
 
A
S
 
S
I
 
I
D
 
E
T
 
Q
A
 
A
M
 
G
K
 
S
L
 
Q
G
 
-
A
 
A
N
 
G
H
 
Y
P
 
P
M
 
A
G
 
P
P
 
P
L
 
L
E
 
Q
L
 
L
A
 
S
D
 
D
F
 
E
I
 
L
G
 
N
L
 
L
D
 
E
T
 
L
C
 
M
L
 
H
A
 
K
V
 
I
M
 
A
Q
 
V
V
 
A
L
 
T
H
 
R
E
 
K
G
 
G
L
 
V
A
 
E
D
 
D
T
 
A
-
 
G
-
 
G
K
 
T
Y
 
Y
R
 
Q
P
 
P
C
 
H
P
 
P
-
 
A
-
 
E
-
 
A
L
 
V
L
 
V
V
 
E
K
 
K
Y
 
M
V
 
I
E
 
E
A
 
L
G
 
G
W
 
R
L
 
S
G
 
G
R
 
R
K
 
L
T
 
K
G
 
G
R
 
A
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
E
Y
 
Y

6iunB Crystal structure of enoyl-coa hydratase (ech) from ralstonia eutropha h16 in complex with NAD
37% identity, 99% coverage: 4:292/292 of query aligns to 291:577/692 of 6iunB

query
sites
6iunB
I
 
I
N
 
E
K
 
K
I
 
V
G
 
A
V
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
Q
x
T
M
|
M
G
 
G
N
 
G
G
 
G
I
 
I
A
 
S
Q
 
M
V
 
N
C
 
F
A
 
L
A
 
N
A
 
A
G
 
G
F
 
I
D
 
P
V
 
V
I
 
T
L
 
I
L
 
L
D
x
E
V
x
T
S
 
K
E
 
Q
E
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
D
K
 
R
G
 
G
L
 
V
G
 
G
T
 
I
I
 
I
T
 
R
K
 
K
N
 
N
L
 
Y
D
 
E
R
 
N
A
 
S
L
 
A
S
 
K
K
 
K
G
 
G
K
 
K
L
 
L
T
 
T
E
 
Q
A
 
E
E
 
K
K
 
V
A
 
E
A
 
Q
T
 
R
L
 
M
G
 
G
H
 
L
I
 
L
K
 
S
T
 
T
T
 
T
T
 
L
A
 
S
Y
|
Y
A
 
D
D
 
D
F
 
L
S
 
K
D
 
D
S
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
I
I
 
I
E
 
E
A
|
A
A
x
V
T
 
F
E
|
E
D
 
E
E
 
M
K
 
G
I
x
V
K
 
K
R
 
E
A
 
T
I
x
V
F
 
F
A
 
K
Q
 
K
L
 
L
C
 
D
P
 
E
V
 
V
L
 
A
K
 
K
P
 
Q
E
 
G
A
 
A
H
 
I
I
 
L
A
 
A
S
 
S
N
|
N
T
 
T
S
|
S
S
 
T
L
 
L
S
 
D
I
 
V
T
 
N
R
 
K
L
 
I
G
 
A
A
 
S
A
 
F
T
 
T
D
 
K
R
 
R
P
 
P
A
 
Q
K
 
D
F
 
V
M
 
V
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
M
 
F
N
 
S
P
 
P
V
 
A
P
 
N
V
 
V
M
 
M
K
 
K
L
 
L
V
 
L
E
|
E
L
 
V
I
 
V
R
 
R
G
 
G
I
 
E
A
 
K
T
 
T
S
 
G
E
 
K
E
 
D
T
 
V
F
 
L
S
 
A
L
 
T
V
 
V
T
 
M
E
 
Q
M
 
V
T
 
G
Q
 
K
K
 
K
L
 
I
G
 
K
K
 
K
K
 
T
A
 
A
V
 
V
A
 
V
A
 
S
E
 
G
D
 
V
F
 
C
P
 
D
A
 
G
F
 
F
I
 
I
V
 
G
N
|
N
R
 
R
I
 
M
L
 
I
L
 
E
P
 
Q
M
 
Y
I
 
S
N
 
R
E
 
Q
A
 
A
V
 
G
Y
 
Y
T
 
L
L
 
L
Y
 
D
E
 
E
G
 
G
V
 
A
G
 
-
S
 
L
V
 
P
A
 
E
S
 
Q
I
 
V
D
 
D
T
 
K
A
 
A
M
 
I
-
 
E
K
 
K
L
 
F
G
 
G
A
 
-
N
 
-
H
 
F
P
 
A
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
F
E
 
R
L
 
M
A
 
G
D
 
D
F
 
L
I
 
A
G
 
G
L
 
N
D
 
D
T
 
I
C
 
G
L
 
W
A
 
A
V
 
I
M
 
R
Q
 
K
V
 
R
L
 
R
H
 
A
E
 
V
G
 
D
L
 
K
A
 
P
D
 
E
T
 
I
K
 
Q
Y
 
Y
R
 
S
P
 
K
C
 
T
P
 
A
L
 
D
L
 
L
V
 
L
K
 
-
Y
 
-
V
 
C
E
 
E
A
 
M
G
 
G
W
 
R
L
 
F
G
 
G
R
 
Q
K
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
A
G
 
G
F
 
W
Y
 
Y
D
 
D
Y
 
Y
T
 
K
G
 
A
-
 
G
-
 
D
E
 
R
T
 
K
P
 
P
V
 
Y
P
 
P
T
 
N
R
 
Q

Sites not aligning to the query:

1wdlA Fatty acid beta-oxidation multienzyme complex from pseudomonas fragi, form ii (native4) (see paper)
38% identity, 90% coverage: 23:286/292 of query aligns to 333:595/715 of 1wdlA

query
sites
1wdlA
C
 
S
A
 
A
A
 
S
A
 
K
G
 
G
F
 
T
D
 
P
V
 
I
I
 
L
L
 
M
L
 
K
D
|
D
V
x
I
S
 
N
E
 
E
E
 
H
A
 
G
L
 
I
K
 
E
K
 
Q
G
 
G
L
 
L
G
 
A
T
 
E
I
 
A
T
 
A
K
 
K
N
 
L
L
 
L
D
 
V
R
 
G
A
 
R
L
 
V
S
 
D
K
 
K
G
 
G
K
 
R
L
 
M
T
 
T
E
 
P
A
 
A
E
 
K
K
 
M
A
 
A
A
 
E
T
 
V
L
 
L
G
 
N
H
 
G
I
 
I
K
 
R
T
 
P
T
 
T
T
 
L
A
 
S
Y
 
Y
A
 
G
D
 
D
F
 
F
S
 
G
D
 
N
S
 
V
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
|
A
A
x
V
T
 
V
E
|
E
D
 
N
E
 
P
K
 
K
I
 
V
K
 
K
R
 
Q
A
 
A
I
 
V
F
 
L
A
 
A
Q
 
E
L
 
V
C
 
E
P
 
N
V
 
H
L
 
V
K
 
R
P
 
E
E
 
D
A
 
A
H
 
I
I
 
L
A
 
A
S
 
S
N
|
N
T
|
T
S
|
S
S
 
T
L
 
I
S
 
S
I
 
I
T
 
S
R
 
L
L
 
L
G
 
A
A
 
K
A
 
A
T
 
L
D
 
K
R
 
R
P
 
P
A
 
E
K
 
N
F
 
F
M
 
V
G
 
G
M
 
M
H
|
H
F
 
F
M
 
F
N
 
N
P
 
P
V
 
V
P
 
H
V
 
M
M
 
M
K
 
P
L
 
L
V
 
V
E
|
E
L
 
V
I
 
I
R
 
R
G
 
G
I
 
E
A
 
K
T
 
S
S
 
S
E
 
D
E
 
L
T
 
A
F
 
V
S
 
A
L
 
T
V
 
T
T
 
V
E
 
A
M
 
Y
T
 
A
Q
 
K
K
 
K
L
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
N
A
 
P
V
 
I
A
 
V
A
 
V
E
 
N
D
 
D
F
 
C
P
 
P
A
 
G
F
 
F
I
 
L
V
 
V
N
|
N
R
 
R
I
 
V
L
 
L
L
 
F
P
 
P
M
 
Y
I
 
F
N
 
G
E
 
G
A
 
F
V
 
A
Y
 
K
T
 
L
L
 
V
Y
 
S
E
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
D
S
 
F
V
 
V
A
 
-
S
 
R
I
 
I
D
 
D
T
 
K
A
 
V
M
 
M
-
 
E
K
 
K
L
 
F
G
 
G
A
 
-
N
 
-
H
 
W
P
 
P
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
A
E
 
Y
L
 
L
A
 
M
D
 
D
F
 
V
I
 
V
G
 
G
L
 
I
D
 
D
T
 
T
C
 
G
L
 
H
A
 
H
V
 
G
M
 
R
Q
 
D
V
 
V
L
 
M
H
 
A
E
 
E
G
 
G
L
 
F
A
 
P
D
 
D
-
 
R
-
 
M
T
 
K
K
 
D
Y
 
D
R
 
R
P
 
R
C
 
S
P
 
A
L
 
I
L
 
D
V
 
A
K
 
L
Y
 
Y
V
 
-
E
 
E
A
 
A
G
 
K
W
 
R
L
 
L
G
 
G
R
 
Q
K
 
K
T
 
N
G
 
G
R
 
K
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
D
 
A
Y
 
Y
T
 
E
G
 
A
E
 
D

Sites not aligning to the query:

P28793 Fatty acid oxidation complex subunit alpha; EC 4.2.1.17; EC 5.1.2.3; EC 5.3.3.8; EC 1.1.1.35 from Pseudomonas fragi (see paper)
38% identity, 90% coverage: 23:286/292 of query aligns to 333:595/715 of P28793

query
sites
P28793
C
 
S
A
 
A
A
 
S
A
 
K
G
 
G
F
 
T
D
 
P
V
 
I
I
 
L
L
 
M
L
 
K
D
|
D
V
 
I
S
 
N
E
 
E
E
 
H
A
 
G
L
 
I
K
 
E
K
 
Q
G
 
G
L
 
L
G
 
A
T
 
E
I
 
A
T
 
A
K
 
K
N
 
L
L
 
L
D
 
V
R
 
G
A
 
R
L
 
V
S
 
D
K
 
K
G
 
G
K
 
R
L
 
M
T
 
T
E
 
P
A
 
A
E
 
K
K
 
M
A
 
A
A
 
E
T
 
V
L
 
L
G
 
N
H
 
G
I
 
I
K
 
R
T
 
P
T
 
T
T
 
L
A
 
S
Y
 
Y
A
 
G
D
 
D
F
 
F
S
 
G
D
 
N
S
 
V
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
A
A
x
V
T
x
V
E
|
E
D
 
N
E
 
P
K
 
K
I
 
V
K
|
K
R