SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011388859.1 NCBI__GCF_000013085.1:WP_011388859.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

P9WQ73 Phosphoserine aminotransferase; Phosphohydroxythreonine aminotransferase; PSAT; EC 2.6.1.52 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 2 papers)
24% identity, 98% coverage: 1:376/384 of query aligns to 9:373/376 of P9WQ73

query
sites
P9WQ73
M
 
L
A
 
E
M
 
I
P
 
P
T
 
T
-
 
A
I
 
I
R
 
K
P
 
P
A
 
R
N
 
D
P
 
G
C
 
R
F
 
F
S
 
G
S
 
S
G
 
G
P
 
P
C
 
S
A
 
K
K
 
V
R
 
R
-
 
L
-
 
E
P
 
Q
G
 
L
W
 
Q
S
 
T
A
 
L
A
 
T
A
 
T
L
 
T
D
 
A
G
 
A
S
 
A
L
 
L
L
 
F
G
 
G
R
 
T
S
 
S
H
 
H
R
 
R
S
 
Q
T
 
A
E
 
P
G
 
V
R
 
K
A
 
N
R
 
L
L
 
V
A
 
G
E
 
R
V
 
V
I
 
R
D
 
S
R
 
G
T
 
L
R
 
A
A
 
E
V
 
L
L
 
F
G
 
S
I
 
L
P
 
P
A
 
D
D
 
G
W
 
Y
R
 
E
V
 
V
G
 
I
I
 
L
V
 
G
P
 
N
A
 
G
S
 
G
D
 
A
T
 
T
G
 
A
A
 
F
V
 
W
E
 
D
M
 
A
A
 
A
L
 
A
W
 
F
S
 
G
L
 
L
L
 
I
G
 
D
P
 
K
R
 
R
P
 
S
I
 
L
D
 
-
M
 
H
L
 
L
A
 
T
W
 
Y
E
 
G
S
 
E
F
 
F
G
 
S
A
 
A
T
 
K
W
 
F
V
 
A
A
 
S
D
 
A
V
 
V
L
 
S
K
 
K
Q
 
N
L
 
P
K
 
F
L
 
V
P
 
G
D
 
E
V
 
P
R
 
I
V
 
I
L
 
I
E
 
T
A
 
S
D
 
D
Y
 
P
G
 
G
A
 
S
L
 
A
P
 
P
D
 
E
L
 
-
G
 
P
R
 
Q
V
 
T
D
 
D
F
 
P
S
 
S
R
 
V
D
 
D
V
 
V
V
 
I
-
 
A
F
 
W
T
 
A
W
 
H
N
 
N
G
 
E
T
|
T
T
 
S
S
 
T
G
 
G
A
 
V
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
V
R
 
R
V
 
R
P
 
P
N
 
E
G
 
G
D
 
-
W
 
-
I
 
-
A
 
S
D
 
D
D
 
D
R
 
-
Q
 
-
G
 
A
L
 
L
T
 
V
I
 
V
C
 
I
D
|
D
A
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
G
A
 
A
F
 
G
A
 
G
M
 
L
D
 
P
L
 
V
P
 
D
W
 
I
R
 
A
K
 
E
L
 
T
D
 
D
V
 
A
V
 
Y
T
 
Y
W
 
F
S
 
A
W
 
P
Q
|
Q
K
 
K
V
 
N
L
 
F
G
 
A
G
 
S
E
 
D
G
 
G
Q
 
G
H
 
L
G
 
W
M
 
L
L
 
A
V
 
I
L
 
M
S
 
S
P
 
P
R
 
A
A
 
A
V
 
L
E
 
S
R
 
R
L
 
I
E
 
E
S
 
A
H
 
I
K
 
A
P
 
A
A
 
T
-
 
G
-
 
R
W
 
W
P
 
-
M
 
V
P
 
P
K
 
D
I
 
F
F
 
L
R
 
S
M
 
L
T
 
P
S
 
I
G
 
A
G
 
-
K
 
-
L
 
-
M
 
V
E
 
E
G
 
N
I
 
S
F
 
L
K
 
K
G
 
N
D
 
Q
T
 
T
I
 
Y
N
 
N
T
 
T
P
 
P
S
 
A
M
 
I
L
 
A
C
 
T
A
 
L
E
 
A
D
 
L
A
 
L
I
 
A
D
 
E
G
 
Q
L
 
I
R
 
D
W
 
W
A
 
L
E
 
V
S
 
G
V
 
N
G
 
G
G
 
G
L
 
L
S
 
D
G
 
W
L
 
A
I
 
V
A
 
K
R
 
R
S
 
T
E
 
A
A
 
D
N
 
S
L
 
S
A
 
Q
A
 
R
V
 
L
A
 
Y
D
 
S
W
 
W
V
 
A
A
 
Q
A
 
E
K
 
R
G
 
P
T
 
Y
A
 
T
R
 
T
F
 
P
L
 
F
A
 
V
E
 
T
D
 
D
P
 
P
A
 
G
V
 
L
R
 
R
S
 
S
C
 
Q
T
 
V
A
 
V
I
 
G
C
 
T
L
 
I
R
 
D
L
 
-
T
 
-
N
 
-
P
 
-
A
 
-
F
 
F
A
 
V
A
 
D
Q
 
D
T
 
V
D
 
D
G
 
A
G
 
G
A
 
T
K
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
-
V
 
V
A
 
A
A
 
K
L
 
I
L
 
L
A
 
R
K
 
A
E
 
N
G
 
G
V
 
I
G
 
-
Y
 
V
D
 
D
L
 
T
A
 
E
S
 
P
Y
 
Y
R
 
R
D
 
K
-
 
L
A
 
G
P
 
R
P
 
N
G
 
Q
L
 
L
R
 
R
I
 
V
W
 
A
G
 
M
G
 
F
A
 
P
T
 
A
V
 
V
E
 
E
R
 
P
S
 
D
N
 
D
I
 
V
E
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
T
P
 
E
W
 
C
I
 
V
D
 
D
W
 
W
A
 
V
V
 
V

Sites not aligning to the query:

2fyfA Structure of a putative phosphoserine aminotransferase from mycobacterium tuberculosis (see paper)
24% identity, 98% coverage: 1:376/384 of query aligns to 2:365/368 of 2fyfA

query
sites
2fyfA
M
x
L
A
 
E
M
 
I
P
 
P
T
 
T
-
 
A
I
 
I
R
 
K
P
 
P
A
 
R
N
 
D
P
 
G
C
 
R
F
 
F
S
 
G
S
 
S
G
 
G
P
 
P
C
 
S
A
 
K
K
 
V
R
 
R
-
 
L
-
 
E
P
 
Q
G
 
L
W
 
Q
S
 
T
A
 
L
A
 
T
A
 
T
L
 
T
D
 
A
G
 
A
S
 
A
L
 
L
L
 
F
G
 
G
R
 
T
S
 
S
H
 
H
R
 
R
S
 
Q
T
 
A
E
 
P
G
 
V
R
 
K
A
 
N
R
 
L
L
 
V
A
 
G
E
 
R
V
 
V
I
 
R
D
 
S
R
 
G
T
 
L
R
 
A
A
 
E
V
 
L
L
 
F
G
 
S
I
 
L
P
 
P
A
 
D
D
 
G
W
 
Y
R
 
E
V
 
V
G
 
I
I
 
L
V
 
G
P
 
N
A
 
G
S
 
G
D
x
A
T
|
T
G
 
A
A
 
F
V
x
W
E
 
D
M
 
A
A
 
A
L
 
A
W
 
F
S
 
G
L
 
L
L
 
I
G
 
D
P
 
K
R
 
R
P
 
S
I
 
L
D
 
-
M
 
H
L
 
L
A
 
T
W
 
Y
E
 
G
S
 
E
F
|
F
G
 
S
A
 
A
T
 
K
W
 
F
V
 
A
A
 
S
D
 
A
V
 
V
L
 
S
K
 
K
Q
 
N
L
 
P
K
 
F
L
 
V
P
 
G
D
 
E
V
 
P
R
 
I
V
 
I
L
 
I
E
 
T
A
 
S
D
 
D
Y
 
P
G
 
G
A
 
S
L
 
A
P
 
P
D
 
E
L
 
-
G
 
P
R
 
Q
V
 
T
D
 
D
F
 
P
S
 
S
R
 
V
D
 
D
V
 
V
V
 
I
-
 
A
F
 
W
T
 
A
W
 
H
N
 
N
G
 
E
T
|
T
T
 
S
S
 
T
G
 
G
A
 
V
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
V
R
 
R
V
 
R
P
 
P
N
 
E
G
 
G
D
 
S
W
 
-
I
 
-
A
 
-
D
 
-
D
 
-
R
 
-
Q
 
D
G
 
A
L
 
L
T
 
V
I
 
V
C
 
I
D
|
D
A
 
A
T
|
T
S
 
S
A
 
G
A
 
A
F
 
G
A
 
G
M
 
L
D
 
P
L
 
V
P
 
D
W
 
I
R
 
A
K
 
E
L
 
T
D
 
D
V
 
A
V
 
Y
T
 
Y
W
 
F
S
 
A
W
 
P
Q
|
Q
K
|
K
V
 
N
L
 
F
G
 
A
G
 
S
E
 
D
G
 
G
Q
 
G
H
 
L
G
 
W
M
 
L
L
 
A
V
 
I
L
 
M
S
 
S
P
 
P
R
 
A
A
 
A
V
 
L
E
 
S
R
 
R
L
 
I
E
 
E
S
 
A
H
 
I
K
 
A
P
 
A
A
 
T
-
 
G
-
 
R
W
 
W
P
 
-
M
 
V
P
 
P
K
 
D
I
 
F
F
 
L
R
 
S
M
 
L
T
 
P
S
 
I
G
 
A
G
 
-
K
 
-
L
 
-
M
 
V
E
 
E
G
 
N
I
 
S
F
 
L
K
 
K
G
 
N
D
 
Q
T
 
T
I
 
Y
N
|
N
T
|
T
P
 
P
S
 
A
M
 
I
L
 
A
C
 
T
A
 
L
E
 
A
D
 
L
A
 
L
I
 
A
D
 
E
G
 
Q
L
 
I
R
 
D
W
 
W
A
 
L
E
 
V
S
 
G
V
 
N
G
 
G
G
 
G
L
 
L
S
 
D
G
 
W
L
 
A
I
 
V
A
 
K
R
 
R
S
 
T
E
 
A
A
 
D
N
 
S
L
 
S
A
 
Q
A
 
R
V
 
L
A
 
Y
D
 
S
W
 
W
V
 
A
A
 
Q
A
 
E
K
 
R
G
 
P
T
 
Y
A
 
T
R
 
T
F
 
P
L
 
F
A
 
V
E
 
T
D
 
D
P
 
P
A
 
G
V
 
L
R
 
R
S
 
S
C
 
Q
T
 
V
A
 
V
I
 
G
C
 
T
L
 
I
R
 
D
L
 
-
T
 
-
N
 
-
P
 
-
A
 
-
F
 
F
A
 
V
A
 
D
Q
 
D
T
 
V
D
 
D
G
 
A
G
 
G
A
 
T
K
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
-
V
 
V
A
 
A
A
 
K
L
x
I
L
 
L
A
 
R
K
x
A
E
 
N
G
 
G
V
 
I
G
 
-
Y
 
V
D
 
D
L
 
T
A
 
E
S
 
P
Y
 
Y
R
 
R
D
 
K
-
 
L
A
 
G
P
 
R
P
 
N
G
 
Q
L
 
L
R
 
R
I
 
V
W
 
A
G
 
M
G
 
F
A
 
P
T
 
A
V
 
V
E
 
E
R
 
P
S
 
D
N
 
D
I
 
V
E
 
S
A
 
A
L
 
L
L
 
T
P
 
E
W
 
C
I
 
V
D
 
D
W
 
W
A
 
V
V
 
V

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_011388859.1 NCBI__GCF_000013085.1:WP_011388859.1
MAMPTIRPANPCFSSGPCAKRPGWSAAALDGSLLGRSHRSTEGRARLAEVIDRTRAVLGI
PADWRVGIVPASDTGAVEMALWSLLGPRPIDMLAWESFGATWVADVLKQLKLPDVRVLEA
DYGALPDLGRVDFSRDVVFTWNGTTSGARVPNGDWIADDRQGLTICDATSAAFAMDLPWR
KLDVVTWSWQKVLGGEGQHGMLVLSPRAVERLESHKPAWPMPKIFRMTSGGKLMEGIFKG
DTINTPSMLCAEDAIDGLRWAESVGGLSGLIARSEANLAAVADWVAAKGTARFLAEDPAV
RSCTAICLRLTNPAFAAQTDGGAKAAARVAALLAKEGVGYDLASYRDAPPGLRIWGGATV
ERSNIEALLPWIDWAVAEVARDLA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory