SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011424797.1 NCBI__GCF_000092045.1:WP_011424797.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

4ymwC Crystal structure of an amino acid abc transporter with histidines (see paper)
27% identity, 90% coverage: 19:241/248 of query aligns to 1:214/214 of 4ymwC

query
sites
4ymwC
L
 
M
N
 
T
Y
 
V
E
 
D
F
 
F
L
 
L
A
 
S
T
 
M
G
 
V
Y
 
K
E
 
Y
A
 
T
E
 
P
I
 
L
W
 
F
R
 
I
D
 
S
G
 
G
F
 
L
I
 
I
T
 
M
T
 
T
L
 
L
Y
 
K
L
 
L
I
 
T
A
 
F
L
 
L
L
 
A
I
 
V
P
 
T
V
 
I
S
 
G
L
 
V
I
 
L
A
 
M
G
 
G
L
 
L
L
 
F
F
 
I
A
 
A
A
 
L
C
 
M
L
 
K
T
 
M
S
 
S
G
 
S
R
 
I
L
 
K
W
 
P
L
 
I
S
 
K
A
 
L
P
 
V
V
 
A
R
 
S
A
 
S
F
 
Y
V
 
I
E
 
E
I
 
V
T
 
I
R
 
R
N
 
G
T
 
T
P
 
P
T
 
L
L
 
L
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
M
 
L
F
 
L
S
 
I
F
 
Y
L
 
N
V
 
G
L
 
L
N
 
M
S
 
Q
F
 
F
V
 
G
S
 
M
N
 
N
L
 
I
V
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
-
Q
 
-
N
 
-
N
 
-
P
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
P
F
 
A
F
 
F
W
 
T
V
 
A
-
 
G
V
 
V
A
 
S
M
 
A
V
 
L
G
 
A
L
 
I
H
x
N
I
 
S
A
 
S
A
 
A
L
x
Y
H
 
V
A
 
A
E
 
E
A
 
I
I
 
I
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
Q
A
 
A
V
 
V
P
 
D
A
 
P
S
 
G
T
 
Q
V
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
R
G
 
S
I
 
L
G
 
G
F
 
M
S
 
T
K
 
H
L
 
A
Q
 
M
I
 
A
L
 
M
R
 
R
Y
 
Y
V
 
V
E
 
I
I
 
I
P
 
P
L
 
Q
A
 
A
F
 
I
R
 
K
A
 
N
S
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
A
I
 
L
V
 
G
N
 
N
N
x
E
L
 
F
I
 
I
N
 
V
L
 
M
V
 
L
K
 
K
L
x
E
T
 
S
T
 
A
V
 
I
G
 
V
N
 
S
A
 
V
I
 
I
A
 
G
V
 
F
S
 
A
E
 
D
I
 
L
T
 
T
Y
 
R
A
 
Q
S
 
A
I
 
D
M
 
I
V
 
I
W
 
Q
T
 
S
Q
 
V
R
 
T
D
 
Y
N
 
R
V
 
Y
V
 
F
S
 
E
L
 
P
M
 
Y
I
 
I
V
 
I
I
 
I
L
 
A
L
 
A
F
 
I
F
 
Y
S
 
F
L
 
V
I
 
M
N
 
T
L
 
L
V
 
T
V
 
F
A
 
S
R
 
K
V
 
L
G
 
L
L
 
S
W
 
L
V
 
F
E
 
E
R
 
R
K
 
R
L
 
L

4ymtC Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines (see paper)
27% identity, 90% coverage: 19:241/248 of query aligns to 1:214/215 of 4ymtC

query
sites
4ymtC
L
 
M
N
 
T
Y
 
V
E
 
D
F
 
F
L
 
L
A
 
S
T
 
M
G
 
V
Y
 
K
E
 
Y
A
 
T
E
 
P
I
 
L
W
 
F
R
 
I
D
 
S
G
 
G
F
 
L
I
 
I
T
 
M
T
 
T
L
 
L
Y
 
K
L
 
L
I
 
T
A
 
F
L
 
L
L
 
A
I
 
V
P
 
T
V
 
I
S
 
G
L
 
V
I
 
L
A
 
M
G
 
G
L
 
L
L
 
F
F
 
I
A
 
A
A
 
L
C
 
M
L
 
K
T
 
M
S
 
S
G
 
S
R
 
I
L
 
K
W
 
P
L
 
I
S
 
K
A
 
L
P
 
V
V
 
A
R
 
S
A
 
S
F
 
Y
V
 
I
E
 
E
I
 
V
T
 
I
R
 
R
N
 
G
T
 
T
P
|
P
T
x
L
L
 
L
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
M
 
L
F
 
L
S
 
I
F
 
Y
L
 
N
V
 
G
L
 
L
N
 
M
S
 
Q
F
 
F
V
 
G
S
 
M
N
 
N
L
 
I
V
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
-
Q
 
-
N
 
-
N
 
-
P
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
P
F
 
A
F
 
F
W
 
T
V
 
A
-
 
G
V
 
V
A
 
S
M
 
A
V
 
L
G
 
A
L
 
I
H
x
N
I
 
S
A
 
S
A
 
A
L
x
Y
H
 
V
A
 
A
E
 
E
A
 
I
I
 
I
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
Q
A
 
A
V
 
V
P
 
D
A
 
P
S
 
G
T
 
Q
V
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
R
G
 
S
I
 
L
G
 
G
F
 
M
S
 
T
K
 
H
L
 
A
Q
 
M
I
 
A
L
 
M
R
 
R
Y
 
Y
V
 
V
E
 
I
I
 
I
P
 
P
L
 
Q
A
 
A
F
 
I
R
 
K
A
 
N
S
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
A
I
 
L
V
 
G
N
 
N
N
x
E
L
 
F
I
 
I
N
 
V
L
x
M
V
 
L
K
|
K
L
x
E
T
 
S
T
 
A
V
 
I
G
 
V
N
 
S
A
 
V
I
 
I
A
 
G
V
 
F
S
 
A
E
 
D
I
 
L
T
 
T
Y
 
R
A
 
Q
S
 
A
I
 
D
M
 
I
V
 
I
W
 
Q
T
 
S
Q
 
V
R
 
T
D
 
Y
N
 
R
V
 
Y
V
 
F
S
 
E
L
 
P
M
 
Y
I
 
I
V
 
I
I
 
I
L
 
A
L
 
A
F
 
I
F
 
Y
S
 
F
L
 
V
I
 
M
N
 
T
L
 
L
V
 
T
V
 
F
A
 
S
R
 
K
V
 
L
G
 
L
L
 
S
W
 
L
V
 
F
E
 
E
R
 
R
K
 
R
L
 
L

Query Sequence

>WP_011424797.1 NCBI__GCF_000092045.1:WP_011424797.1
MWNNGITGLFVELTNRLGLNYEFLATGYEAEIWRDGFITTLYLIALLIPVSLIAGLLFAA
CLTSGRLWLSAPVRAFVEITRNTPTLVQLMFSFLVLNSFVSNLVGGAQNNPLTPFFWVVA
MVGLHIAALHAEAIRAGIEAVPASTVEAARGIGFSKLQILRYVEIPLAFRASLPAIVNNL
INLVKLTTVGNAIAVSEITYASIMVWTQRDNVVSLMIVILLFFSLINLVVARVGLWVERK
LAVPGYGL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory