SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011605773.1 NCBI__GCF_000058485.1:WP_011605773.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 13 hits to proteins with known functional sites (download)

7lgpB Dape enzyme from shigella flexneri
27% identity, 86% coverage: 21:358/394 of query aligns to 7:361/377 of 7lgpB

query
sites
7lgpB
L
 
V
L
 
I
R
 
E
L
 
L
A
 
T
A
 
Q
A
 
Q
L
 
L
V
 
I
E
 
R
V
 
R
P
 
P
S
 
S
V
 
L
S
 
S
G
 
P
D
 
D
E
 
D
H
 
A
L
 
G
L
 
C
A
 
Q
G
 
A
L
 
L
V
 
L
E
 
I
H
 
E
R
 
R
L
 
L
R
 
Q
A
 
A
R
 
I
A
 
G
P
 
F
G
 
T
L
 
V
R
 
E
M
 
R
I
 
M
R
 
D
D
 
-
G
 
-
N
 
-
N
 
-
I
 
-
I
 
F
A
 
A
T
 
D
T
 
T
R
 
Q
G
 
N
A
 
F
Q
 
W
A
 
A
G
 
W
K
 
R
P
 
-
A
 
G
R
 
Q
D
 
G
R
 
E
H
 
T
V
 
L
V
 
A
L
 
F
A
 
A
G
 
G
H
|
H
L
 
T
D
 
D
T
 
V
V
 
V
P
 
P
-
 
P
-
 
G
A
 
D
A
 
A
K
 
D
N
 
R
Y
 
W
-
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
P
-
 
F
-
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
I
I
 
R
P
 
D
G
 
G
T
 
M
V
 
L
S
 
F
G
 
G
L
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
A
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
G
G
 
S
L
 
L
A
 
A
V
 
A
M
 
M
L
 
V
V
 
V
L
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
R
-
 
F
-
 
V
A
 
A
Q
 
Q
D
 
H
S
 
P
D
 
N
H
 
H
-
 
T
-
 
G
H
 
R
L
 
L
T
 
A
F
 
F
V
 
L
F
 
I
Y
 
T
D
 
S
N
 
D
E
 
E
E
 
E
V
 
A
G
 
S
S
 
A
R
 
H
R
 
N
S
 
G
G
 
T
M
 
V
T
 
K
L
 
V
L
 
V
F
 
E
D
 
A
R
 
L
Y
 
M
Q
 
A
D
 
R
F
 
N
L
 
E
Q
 
R
A
 
L
D
 
D
L
 
Y
A
 
C
I
 
L
L
 
V
L
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
S
-
 
S
-
 
I
-
 
E
-
 
V
-
 
V
G
 
G
G
 
D
L
 
V
L
 
V
E
 
K
A
 
N
G
 
G
C
 
R
Q
 
R
G
 
G
N
 
S
L
 
L
V
 
T
V
 
C
E
 
N
L
 
L
R
 
T
Y
 
I
D
 
H
G
 
G
S
 
V
R
 
Q
A
 
G
H
 
H
T
 
V
A
 
A
R
 
Y
P
 
P
W
 
H
R
 
L
G
 
A
V
 
D
N
 
N
A
 
P
I
 
V
H
 
H
R
 
R
A
 
A
T
 
A
P
 
P
A
 
F
L
 
L
A
 
N
R
 
E
F
 
L
G
 
V
S
 
A
F
 
I
E
 
E
P
 
W
G
 
D
P
 
Q
A
 
G
V
 
-
V
 
-
D
 
N
G
 
E
L
 
F
T
 
F
Y
 
P
R
 
A
Q
 
T
S
 
S
L
 
M
S
 
Q
V
 
I
V
 
A
G
 
N
V
 
I
S
 
Q
S
 
A
G
 
G
V
 
T
-
 
G
Q
 
S
G
 
N
N
 
N
V
 
V
V
 
I
P
 
P
D
 
G
A
 
E
C
 
L
Q
 
F
V
 
V
R
 
Q
V
 
F
N
 
N
F
 
F
R
 
R
H
 
F
A
 
S
P
 
T
N
 
E
L
 
L
S
 
T
S
 
D
E
 
E
E
 
M
A
 
I
L
 
K
G
 
A
T
 
Q
V
 
V
V
 
L
G
 
A
L
 
L
A
 
L
G
 
E
D
 
K
A
 
H
D
 
Q
G
 
L
T
 
R
Q
 
Y
V
 
T
V
 
V
-
 
D
-
 
W
-
 
W
L
 
L
S
 
S
S
 
G
P
 
Q
P
 
P
-
 
F
-
 
L
-
 
T
A
 
A
P
 
R
P
 
G
N
 
K
L
 
L
E
 
V
H
 
D
P
 
A
L
 
V
L
 
V
A
 
N
A
 
A
L
 
V
R
 
E
A
 
H
S
 
Y
A
 
N
G
 
-
V
 
-
D
 
E
V
 
I
R
 
K
P
 
P
K
 
Q
L
 
L
-
 
L
-
 
T
-
 
T
G
 
G
W
 
G
T
 
T
D
 
S
V
 
D
G
 
G
R
 
R
F
 
F
A
 
I
A
 
A
H
 
R
-
 
M
G
 
G
V
 
A
P
 
Q
A
 
V
V
 
V
N
 
E
F
 
L
G
 
G
P
 
P
G
 
V
D
 
N
S
 
A
E
 
T
L
 
I
A
 
-
H
 
H
T
 
K
G
 
I
R
 
N
E
 
E
T
 
C
V
 
V
S
 
N
G
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L

5vo3A Crystal structure of dape in complex with the products (succinic acid and diaminopimelic acid) (see paper)
22% identity, 89% coverage: 18:369/394 of query aligns to 6:379/380 of 5vo3A

query
sites
5vo3A
R
 
K
T
 
E
D
 
K
L
 
V
L
 
V
R
 
S
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
A
 
D
L
 
L
V
 
I
E
 
R
V
 
R
P
 
P
S
 
S
V
 
I
S
 
S
G
 
P
D
 
N
E
 
D
H
 
E
L
 
G
L
 
C
A
 
Q
G
 
Q
L
 
I
V
 
I
E
 
A
H
 
E
R
 
R
L
 
L
R
 
E
A
 
K
R
 
L
A
 
G
P
 
F
G
 
Q
L
 
I
R
 
E
M
 
W
I
 
M
R
 
P
D
 
F
G
 
N
N
 
D
N
 
-
I
 
-
I
 
-
A
 
-
T
 
-
T
 
T
R
 
L
G
 
N
A
 
L
Q
 
W
A
 
A
G
 
K
K
 
H
P
 
G
A
 
T
R
 
S
D
 
E
R
 
P
H
 
V
V
 
I
V
 
A
L
 
F
A
 
A
G
 
G
H
|
H
L
 
T
D
 
D
T
 
V
V
 
V
P
 
P
A
 
T
A
 
G
K
 
D
N
 
E
Y
 
N
P
 
Q
T
 
W
A
 
S
I
 
S
P
 
P
-
 
P
-
 
F
-
 
S
-
 
A
-
 
E
-
 
I
-
 
I
-
 
D
G
 
G
T
 
M
V
 
L
S
 
Y
G
 
G
L
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
A
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
G
G
 
S
L
 
L
A
 
A
V
 
A
M
 
M
L
 
I
V
 
V
L
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
E
-
 
Y
-
 
V
A
 
K
Q
 
A
D
 
N
S
 
P
D
 
N
H
 
H
H
 
K
-
 
G
-
 
T
L
 
I
T
 
A
F
 
L
V
 
L
F
 
I
Y
 
T
D
 
S
N
 
D
E
|
E
E
|
E
V
x
A
G
 
T
S
 
A
R
 
K
R
 
D
S
 
G
G
 
T
M
 
I
T
 
H
L
 
V
L
 
V
F
 
E
D
 
T
R
 
L
Y
 
M
Q
 
A
D
 
R
F
 
D
L
 
E
Q
 
K
A
 
I
D
 
T
L
 
Y
A
 
C
I
 
M
L
 
V
L
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
S
-
 
S
-
 
A
-
 
K
-
 
N
-
 
L
G
 
G
G
 
D
L
 
V
L
 
V
E
 
K
A
 
N
G
 
G
C
x
R
Q
 
R
G
 
G
N
x
S
L
 
I
V
 
T
V
 
G
E
 
N
L
 
L
R
 
Y
Y
 
I
D
 
Q
G
 
G
S
 
I
R
 
Q
A
 
G
H
 
H
T
 
V
A
 
A
R
 
Y
P
 
P
W
 
H
R
 
L
G
 
A
V
 
E
N
 
N
A
 
P
I
 
I
H
 
H
R
 
K
A
 
A
T
 
A
P
 
L
A
 
F
L
 
L
A
 
Q
R
 
E
F
 
L
G
 
T
S
 
T
F
 
Y
E
 
Q
P
 
W
G
 
D
P
 
K
A
 
G
V
 
-
V
 
-
D
 
N
G
 
E
L
 
F
T
 
F
Y
 
P
R
 
P
Q
 
T
S
 
S
L
 
L
S
 
Q
V
 
I
V
 
A
G
 
N
V
 
I
S
 
H
S
 
A
G
 
G
V
 
T
-
 
G
Q
 
S
G
 
N
N
 
N
V
 
V
V
 
I
P
 
P
D
 
A
A
 
E
C
 
L
Q
 
Y
V
 
I
R
 
Q
V
 
F
N
 
N
F
 
L
R
|
R
H
 
Y
A
 
C
P
 
T
N
 
E
L
 
V
S
 
T
S
 
D
E
 
E
E
 
I
A
 
I
L
 
K
G
 
Q
T
 
K
V
 
V
V
 
A
G
 
E
L
 
M
A
 
L
G
 
E
D
 
K
A
 
H
D
 
N
G
 
L
T
 
K
Q
 
Y
V
 
R
V
 
I
L
 
E
S
 
W
S
 
N
P
 
L
P
x
S
A
 
G
P
 
K
P
 
P
N
 
F
L
 
L
E
 
T
H
 
K
P
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
S
L
 
I
L
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
I
R
 
E
A
 
E
S
 
T
A
 
I
G
 
G
V
 
I
D
 
T
V
 
P
R
 
K
P
 
A
K
 
E
L
 
T
-
 
G
G
 
G
W
x
G
T
|
T
D
 
S
V
 
D
G
 
G
R
 
R
F
 
F
A
 
I
A
 
A
-
 
L
H
 
M
G
 
G
V
 
A
P
 
E
A
 
V
V
 
V
N
 
E
F
 
F
G
 
G
P
 
P
G
 
L
D
 
N
S
 
S
E
 
T
L
 
I
A
 
-
H
|
H
T
 
K
G
 
V
R
 
N
E
 
E
T
 
C
V
 
V
S
 
S
G
 
V
A
 
E
E
 
D
L
 
L
A
 
G
A
 
K
C
 
C
-
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
Y
H
 
H
A
 
K
A
 
M
L
 
L
A
 
V
R
 
N
F
 
L
L
 
L

P44514 Succinyl-diaminopimelate desuccinylase; SDAP desuccinylase; N-succinyl-LL-2,6-diaminoheptanedioate amidohydrolase; EC 3.5.1.18 from Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (see 3 papers)
22% identity, 89% coverage: 18:369/394 of query aligns to 2:375/377 of P44514

query
sites
P44514
R
 
K
T
 
E
D
 
K
L
 
V
L
 
V
R
 
S
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
A
 
D
L
 
L
V
 
I
E
 
R
V
 
R
P
 
P
S
 
S
V
 
I
S
 
S
G
 
P
D
 
N
E
 
D
H
 
E
L
 
G
L
 
C
A
 
Q
G
 
Q
L
 
I
V
 
I
E
 
A
H
 
E
R
 
R
L
 
L
R
 
E
A
 
K
R
 
L
A
 
G
P
 
F
G
 
Q
L
 
I
R
 
E
M
 
W
I
 
M
R
 
P
D
 
F
G
 
N
N
 
D
N
 
-
I
 
-
I
 
-
A
 
-
T
 
-
T
 
T
R
 
L
G
 
N
A
 
L
Q
 
W
A
 
A
G
 
K
K
 
H
P
 
G
A
 
T
R
 
S
D
 
E
R
 
P
H
 
V
V
 
I
V
 
A
L
 
F
A
 
A
G
 
G
H
|
H
L
 
T
D
 
D
T
 
V
V
 
V
P
 
P
A
 
T
A
 
G
K
 
D
N
 
E
Y
 
N
P
 
Q
T
 
W
A
 
S
I
 
S
P
 
P
-
 
P
-
 
F
-
 
S
-
 
A
-
 
E
-
 
I
-
 
I
-
 
D
G
 
G
T
 
M
V
 
L
S
 
Y
G
 
G
L
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
A
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
G
G
 
S
L
 
L
A
 
A
V
 
A
M
 
M
L
 
I
V
 
V
L
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
E
-
 
Y
-
 
V
A
 
K
Q
 
A
D
 
N
S
 
P
D
 
N
H
 
H
H
 
K
-
 
G
-
 
T
L
 
I
T
 
A
F
 
L
V
 
L
F
 
I
Y
 
T
D
 
S
N
 
D
E
|
E
E
|
E
V
 
A
G
 
T
S
 
A
R
 
K
R
 
D
S
 
G
G
 
T
M
 
I
T
 
H
L
 
V
L
 
V
F
 
E
D
 
T
R
 
L
Y
 
M
Q
 
A
D
 
R
F
 
D
L
 
E
Q
 
K
A
 
I
D
 
T
L
 
Y
A
 
C
I
 
M
L
 
V
L
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
S
-
 
S
-
 
A
-
 
K
-
 
N
-
 
L
G
 
G
G
 
D
L
 
V
L
 
V
E
 
K
A
 
N
G
 
G
C
 
R
Q
 
R
G
 
G
N
 
S
L
 
I
V
 
T
V
 
G
E
 
N
L
 
L
R
 
Y
Y
 
I
D
 
Q
G
 
G
S
 
I
R
 
Q
A
 
G
H
 
H
T
 
V
A
 
A
R
 
Y
P
 
P
W
 
H
R
 
L
G
 
A
V
 
E
N
 
N
A
 
P
I
 
I
H
 
H
R
 
K
A
 
A
T
 
A
P
 
L
A
 
F
L
 
L
A
 
Q
R
 
E
F
 
L
G
 
T
S
 
T
F
 
Y
E
 
Q
P
 
W
G
 
D
P
 
K
A
 
G
V
 
-
V
 
-
D
 
N
G
 
E
L
 
F
T
 
F
Y
 
P
R
 
P
Q
 
T
S
 
S
L
 
L
S
 
Q
V
 
I
V
 
A
G
 
N
V
 
I
S
 
H
S
 
A
G
 
G
V
 
T
-
 
G
Q
 
S
G
 
N
N
 
N
V
 
V
V
 
I
P
 
P
D
 
A
A
 
E
C
 
L
Q
 
Y
V
 
I
R
 
Q
V
 
F
N
 
N
F
 
L
R
 
R
H
 
Y
A
 
C
P
 
T
N
 
E
L
 
V
S
 
T
S
 
D
E
 
E
E
 
I
A
 
I
L
 
K
G
 
Q
T
 
K
V
 
V
V
 
A
G
 
E
L
 
M
A
 
L
G
 
E
D
 
K
A
 
H
D
 
N
G
 
L
T
 
K
Q
 
Y
V
 
R
V
 
I
L
 
E
S
 
W
S
 
N
P
 
L
P
 
S
A
 
G
P
 
K
P
 
P
N
 
F
L
 
L
E
 
T
H
 
K
P
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
S
L
 
I
L
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
I
R
 
E
A
 
E
S
 
T
A
 
I
G
 
G
V
 
I
D
 
T
V
 
P
R
 
K
P
 
A
K
 
E
L
 
T
-
 
G
G
 
G
W
 
G
T
 
T
D
 
S
V
 
D
G
 
G
R
 
R
F
 
F
A
 
I
A
 
A
-
 
L
H
 
M
G
 
G
V
 
A
P
 
E
A
 
V
V
 
V
N
 
E
F
 
F
G
 
G
P
 
P
G
 
L
D
 
N
S
 
S
E
 
T
L
 
I
A
 
-
H
|
H
T
 
K
G
 
V
R
 
N
E
 
E
T
 
C
V
 
V
S
 
S
G
 
V
A
 
E
E
 
D
L
 
L
A
 
G
A
 
K
C
 
C
-
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
Y
H
 
H
A
 
K
A
 
M
L
 
L
A
 
V
R
 
N
F
 
L
L
 
L

4pqaA Crystal structure of succinyl-diaminopimelate desuccinylase from neisseria meningitidis mc58 in complex with the inhibitor captopril (see paper)
28% identity, 89% coverage: 18:369/394 of query aligns to 2:375/375 of 4pqaA

query
sites
4pqaA
R
 
E
T
 
T
D
 
Q
L
 
S
L
 
L
R
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
K
A
 
E
L
 
L
V
 
I
E
 
S
V
 
R
P
 
P
S
 
S
V
 
V
S
 
T
G
 
P
D
 
D
E
 
D
H
 
R
L
 
D
L
 
C
A
 
Q
G
 
K
L
 
L
V
 
L
E
 
A
H
 
E
R
 
R
L
 
L
R
 
H
A
 
K
R
 
I
A
 
G
P
 
F
G
 
A
L
 
A
R
 
E
M
 
E
I
 
L
R
 
H
D
 
F
G
 
G
N
 
D
N
 
T
I
 
K
-
 
N
I
 
I
A
 
W
T
 
L
T
 
R
R
 
R
G
 
G
A
 
T
Q
 
K
A
 
A
G
 
-
K
 
-
P
 
P
A
 
V
R
 
-
D
 
-
R
 
-
H
 
-
V
 
V
V
 
C
L
 
F
A
 
A
G
 
G
H
|
H
L
 
T
D
 
D
T
 
V
V
 
V
P
 
P
A
 
T
-
 
G
-
 
P
A
 
V
K
 
E
N
 
K
Y
 
W
-
 
D
-
 
S
-
 
P
-
 
P
-
 
F
-
 
E
P
 
P
T
 
A
A
 
E
I
 
R
P
 
D
G
 
G
T
 
R
V
 
L
S
 
Y
G
 
G
L
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
A
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
T
G
 
S
L
 
I
A
 
A
V
 
C
M
 
F
L
 
V
V
 
T
L
 
A
A
 
C
E
 
E
R
 
R
-
 
F
-
 
V
A
 
A
Q
 
K
D
 
H
S
 
P
D
 
N
H
 
H
H
 
Q
L
 
G
T
 
S
F
 
I
-
 
A
V
 
L
F
 
L
Y
 
I
D
 
T
N
 
S
E
 
D
E
|
E
V
x
E
G
 
G
S
 
D
R
 
A
R
 
L
S
 
D
G
 
G
M
 
T
T
 
T
L
 
K
L
 
V
F
 
V
D
 
D
-
 
V
-
 
L
R
 
K
Y
 
A
Q
 
R
D
 
D
F
 
E
L
 
L
Q
 
-
A
 
I
D
 
D
L
 
Y
A
 
C
I
 
I
L
 
V
L
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
T
-
 
A
-
 
V
-
 
D
-
 
K
-
 
L
G
 
G
G
 
D
L
 
M
L
 
I
E
 
K
A
 
N
G
 
G
C
 
R
Q
 
R
G
 
G
N
 
S
L
 
L
V
 
S
V
 
G
E
 
N
L
 
L
R
 
T
Y
 
V
D
 
K
G
 
G
S
 
K
R
 
Q
A
 
G
H
 
H
T
 
I
A
 
A
R
 
Y
P
 
P
W
 
H
R
 
L
G
 
A
V
 
I
N
 
N
A
 
P
I
 
V
H
 
H
R
 
T
A
 
F
T
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
L
A
 
-
R
 
-
F
 
-
G
 
-
S
 
-
F
 
L
E
 
E
P
 
L
G
 
T
P
 
Q
A
 
E
V
 
V
V
 
W
D
 
D
-
 
E
G
 
G
L
 
N
T
 
E
Y
 
Y
R
 
F
-
 
P
-
 
P
Q
 
T
S
 
S
L
 
F
S
 
Q
V
 
I
V
 
S
G
 
N
V
 
I
S
 
N
S
 
G
G
 
G
V
 
T
Q
 
G
G
 
A
-
 
T
N
 
N
V
 
V
V
 
I
P
 
P
D
 
G
A
 
E
C
 
L
Q
 
N
V
 
V
R
 
K
V
 
F
N
 
N
F
 
F
R
 
R
H
 
F
A
 
S
P
 
T
N
 
E
L
 
-
S
 
S
S
 
T
E
 
E
E
 
A
A
 
G
L
 
L
G
 
K
T
 
Q
V
 
R
V
 
V
G
 
H
L
 
A
A
 
I
G
 
L
D
 
D
A
 
K
D
 
H
G
 
G
T
 
V
Q
 
Q
V
 
Y
V
 
D
L
 
L
S
 
Q
-
 
W
S
 
S
P
 
C
P
 
S
A
 
G
P
 
Q
P
 
P
-
 
F
-
 
L
-
 
T
-
 
Q
-
 
A
-
 
G
N
 
K
L
 
L
E
 
T
H
 
D
P
 
V
L
 
A
L
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
I
R
 
A
A
 
E
S
 
T
A
 
C
G
 
G
V
 
I
D
 
E
V
 
A
R
 
E
-
 
L
P
 
S
K
 
T
L
 
T
G
 
G
W
x
G
T
 
T
D
 
S
V
 
D
G
 
G
R
 
R
F
 
F
-
 
I
A
 
K
A
 
A
H
 
I
G
 
A
V
 
Q
P
 
E
A
 
L
V
 
I
N
 
E
F
 
L
G
 
G
P
 
P
G
 
S
D
 
N
S
 
A
E
 
T
L
x
I
A
 
-
H
|
H
T
 
Q
G
 
I
R
 
N
E
 
E
T
 
N
V
 
V
S
 
R
G
 
L
A
 
N
E
 
D
L
 
I
-
 
P
-
 
K
-
 
L
-
 
S
A
 
A
A
 
V
C
 
Y
H
 
E
A
 
G
A
 
I
L
 
L
A
 
A
R
 
R
F
 
L
L
 
L

4o23A Crystal structure of mono-zinc form of succinyl diaminopimelate desuccinylase from neisseria meningitidis mc58 (see paper)
28% identity, 89% coverage: 18:369/394 of query aligns to 2:375/376 of 4o23A

query
sites
4o23A
R
 
E
T
 
T
D
 
Q
L
 
S
L
 
L
R
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
K
A
 
E
L
 
L
V
 
I
E
 
S
V
 
R
P
 
P
S
 
S
V
 
V
S
 
T
G
 
P
D
 
D
E
 
D
H
 
R
L
 
D
L
 
C
A
 
Q
G
 
K
L
 
L
V
 
L
E
 
A
H
 
E
R
 
R
L
 
L
R
 
H
A
 
K
R
 
I
A
 
G
P
 
F
G
 
A
L
 
A
R
 
E
M
 
E
I
 
L
R
 
H
D
 
F
G
 
G
N
 
D
N
 
T
I
 
K
-
 
N
I
 
I
A
 
W
T
 
L
T
 
R
R
 
R
G
 
G
A
 
T
Q
 
K
A
 
A
G
 
-
K
 
-
P
 
P
A
 
V
R
 
-
D
 
-
R
 
-
H
 
-
V
 
V
V
 
C
L
 
F
A
 
A
G
 
G
H
|
H
L
 
T
D
 
D
T
 
V
V
 
V
P
 
P
A
 
T
-
 
G
-
 
P
A
 
V
K
 
E
N
 
K
Y
 
W
-
 
D
-
 
S
-
 
P
-
 
P
-
 
F
-
 
E
P
 
P
T
 
A
A
 
E
I
 
R
P
 
D
G
 
G
T
 
R
V
 
L
S
 
Y
G
 
G
L
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
A
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
T
G
 
S
L
 
I
A
 
A
V
 
C
M
 
F
L
 
V
V
 
T
L
 
A
A
 
C
E
 
E
R
 
R
-
 
F
-
 
V
A
 
A
Q
 
K
D
 
H
S
 
P
D
 
N
H
 
H
H
 
Q
L
 
G
T
 
S
F
 
I
-
 
A
V
 
L
F
 
L
Y
 
I
D
 
T
N
 
S
E
 
D
E
 
E
V
 
E
G
 
G
S
 
D
R
 
A
R
 
L
S
 
D
G
 
G
M
 
T
T
 
T
L
 
K
L
 
V
F
 
V
D
 
D
-
 
V
-
 
L
R
 
K
Y
 
A
Q
 
R
D
 
D
F
 
E
L
 
L
Q
 
-
A
 
I
D
 
D
L
 
Y
A
 
C
I
 
I
L
 
V
L
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
T
-
 
A
-
 
V
-
 
D
-
 
K
-
 
L
G
 
G
G
 
D
L
 
M
L
 
I
E
 
K
A
 
N
G
 
G
C
 
R
Q
 
R
G
 
G
N
 
S
L
 
L
V
 
S
V
 
G
E
 
N
L
 
L
R
 
T
Y
 
V
D
 
K
G
 
G
S
 
K
R
 
Q
A
 
G
H
 
H
T
 
I
A
 
A
R
 
Y
P
 
P
W
 
H
R
 
L
G
 
A
V
 
I
N
 
N
A
 
P
I
 
V
H
 
H
R
 
T
A
 
F
T
 
A
P
 
P
A
 
A
L
 
L
A
 
-
R
 
-
F
 
-
G
 
-
S
 
-
F
 
L
E
 
E
P
 
L
G
 
T
P
 
Q
A
 
E
V
 
V
V
 
W
D
 
D
-
 
E
G
 
G
L
 
N
T
 
E
Y
 
Y
R
 
F
-
 
P
-
 
P
Q
 
T
S
 
S
L
 
F
S
 
Q
V
 
I
V
 
S
G
 
N
V
 
I
S
 
N
S
 
G
G
 
G
V
 
T
Q
 
G
G
 
A
-
 
T
N
 
N
V
 
V
V
 
I
P
 
P
D
 
G
A
 
E
C
 
L
Q
 
N
V
 
V
R
 
K
V
 
F
N
 
N
F
 
F
R
 
R
H
 
F
A
 
S
P
 
T
N
 
E
L
 
-
S
 
S
S
 
T
E
 
E
E
 
A
A
 
G
L
 
L
G
 
K
T
 
Q
V
 
R
V
 
V
G
 
H
L
 
A
A
 
I
G
 
L
D
 
D
A
 
K
D
 
H
G
 
G
T
 
V
Q
 
Q
V
 
Y
V
 
D
L
 
L
S
 
Q
-
 
W
S
 
S
P
 
C
P
 
S
A
 
G
P
 
Q
P
 
P
N
 
F
L
 
L
E
 
T
H
 
Q
P
 
A
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
T
-
 
D
-
 
V
L
 
A
L
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
I
R
 
A
A
 
E
S
 
T
A
 
C
G
 
G
V
 
I
D
 
E
V
 
A
R
 
E
-
 
L
P
 
S
K
 
T
L
 
T
G
 
G
W
 
G
T
 
T
D
 
S
V
 
D
G
 
G
R
 
R
F
 
F
-
 
I
A
 
K
A
 
A
H
 
I
G
 
A
V
 
Q
P
 
E
A
 
L
V
 
I
N
 
E
F
 
L
G
 
G
P
 
P
G
 
S
D
 
N
S
 
A
E
 
T
L
 
I
A
 
-
H
 
H
T
 
Q
G
 
I
R
 
N
E
 
E
T
 
N
V
 
V
S
 
R
G
 
L
A
 
N
E
 
D
L
 
I
-
 
P
-
 
K
-
 
L
-
 
S
A
 
A
A
 
V
C
 
Y
H
 
E
A
 
G
A
 
I
L
 
L
A
 
A
R
 
R
F
 
L
L
 
L

2f7vA Structure of acetylcitrulline deacetylase complexed with one co (see paper)
28% identity, 79% coverage: 49:358/394 of query aligns to 38:346/360 of 2f7vA

query
sites
2f7vA
L
 
L
R
 
R
A
 
A
R
 
Q
A
 
L
P
 
P
G
 
G
L
 
F
R
 
Q
M
 
V
I
 
E
R
 
V
D
 
I
G
 
D
N
 
H
N
 
G
I
 
D
I
 
G
A
 
A
T
 
V
T
 
S
R
 
L
G
 
Y
A
 
A
Q
 
V
A
 
R
G
 
G
K
 
T
P
 
P
A
 
K
R
 
Y
D
 
L
R
 
F
H
 
N
V
 
V
V
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
H
|
H
L
 
L
D
 
D
T
 
T
V
 
V
P
 
P
A
 
D
A
 
S
K
 
P
N
 
H
Y
 
W
-
 
S
-
 
A
-
 
D
P
 
P
T
 
H
A
 
V
I
 
M
P
 
R
G
 
R
T
 
T
-
 
E
-
 
D
-
 
R
V
 
V
S
 
I
G
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
V
V
 
C
D
|
D
M
 
I
K
 
K
G
 
G
G
 
A
L
 
A
A
 
A
V
 
A
M
 
L
L
 
V
V
 
A
L
 
A
A
 
A
E
 
N
R
 
A
A
 
G
Q
 
D
D
 
G
S
 
D
D
 
-
H
 
-
H
 
-
L
 
A
T
 
A
F
 
F
V
 
L
F
 
F
Y
 
S
D
 
S
N
 
D
E
|
E
E
 
E
V
 
A
G
 
N
S
 
D
R
 
P
R
 
R
S
 
C
G
 
I
M
 
A
T
 
A
L
 
F
L
 
L
F
 
-
D
 
-
R
 
-
Y
 
-
Q
 
A
D
 
R
F
 
G
L
 
L
Q
 
P
A
 
Y
D
 
D
L
 
A
A
 
V
I
 
L
L
 
V
L
 
A
E
|
E
P
 
P
T
 
T
G
 
M
G
 
S
L
 
E
L
 
A
E
 
V
A
 
L
G
 
A
C
 
H
Q
 
R
G
 
G
N
 
I
L
 
S
V
 
S
V
 
V
E
 
L
L
 
M
R
 
R
Y
 
F
D
 
A
G
 
G
-
 
R
-
 
A
-
 
G
-
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
A
S
 
S
R
 
A
A
 
L
H
 
H
T
 
Q
A
 
A
R
 
M
P
 
R
W
 
W
R
 
G
G
 
G
V
 
K
N
 
A
A
 
L
I
 
D
H
 
H
R
 
V
A
 
E
T
 
S
P
 
L
A
 
A
L
 
H
A
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
G
S
 
-
F
 
-
E
 
-
P
 
-
G
 
-
P
 
-
A
 
-
V
 
-
V
 
-
D
 
-
G
 
G
L
 
L
T
 
T
Y
 
G
R
 
L
Q
 
R
S
 
-
L
 
F
S
 
N
V
 
I
V
 
G
G
 
R
V
 
V
S
 
D
S
 
G
G
 
G
V
 
I
Q
 
K
G
 
A
N
 
N
V
 
M
V
 
I
P
 
A
D
 
P
A
 
A
C
 
A
Q
 
E
V
 
L
R
 
R
V
 
F
N
 
G
F
 
F
R
 
R
H
 
P
A
 
L
P
 
P
N
 
S
L
 
M
S
 
D
S
 
V
E
 
D
E
 
G
A
 
L
L
 
L
G
 
A
T
 
T
V
 
F
V
 
A
G
 
G
L
 
F
A
 
A
G
 
D
D
 
P
A
 
A
D
 
A
G
 
A
T
 
H
Q
 
F
V
 
E
V
 
E
L
 
T
S
 
F
S
 
R
P
 
G
P
 
P
A
 
S
P
 
L
P
 
P
N
 
S
-
 
G
-
 
D
-
 
I
-
 
A
-
 
R
L
 
A
E
 
E
H
 
E
P
 
R
L
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
R
R
 
D
A
 
V
S
 
A
A
 
D
G
 
A
V
 
L
D
 
D
V
 
L
R
 
-
P
 
-
K
 
P
L
 
I
G
 
G
-
 
N
-
 
A
-
 
V
-
 
D
-
 
F
W
 
W
T
 
T
D
 
E
V
 
A
G
 
S
R
 
L
F
 
F
A
 
S
A
 
A
H
 
G
G
 
G
V
 
Y
P
 
T
A
 
A
V
 
L
N
 
V
F
 
Y
G
 
G
P
 
P
G
 
G
D
 
D
S
 
I
E
 
A
L
 
Q
A
 
A
H
 
H
T
 
T
G
 
A
R
 
D
E
 
E
T
 
F
V
 
V
S
 
T
G
 
L
A
 
A
E
 
Q
L
 
L

7t1qA Crystal structure of the succinyl-diaminopimelate desuccinylase (dape) from acinetobacter baumannii in complex with succinic acid
27% identity, 61% coverage: 32:272/394 of query aligns to 16:267/377 of 7t1qA

query
sites
7t1qA
P
 
P
S
 
S
V
 
V
S
 
T
G
 
P
D
 
I
E
 
D
H
 
H
L
 
T
L
 
C
A
 
Q
G
 
T
L
 
I
V
 
M
E
 
A
H
 
D
R
 
R
L
 
L
R
 
A
A
 
K
R
 
V
A
 
G
P
 
F
G
 
H
L
 
I
R
 
E
M
 
P
I
 
M
R
 
R
-
 
F
-
 
G
D
 
D
G
 
V
N
 
D
N
 
N
I
 
L
I
 
W
A
 
A
T
 
R
T
 
-
R
 
R
G
 
G
A
 
T
Q
 
E
A
 
G
G
 
-
K
 
-
P
 
P
A
 
V
R
 
-
D
 
-
R
 
-
H
 
-
V
 
F
V
 
C
L
 
F
A
 
A
G
 
G
H
|
H
L
 
T
D
 
D
T
 
V
V
 
V
P
 
P
A
 
T
A
 
G
K
 
R
-
 
L
-
 
D
-
 
A
-
 
W
-
 
N
-
 
S
-
 
D
-
 
P
N
 
F
Y
 
A
P
 
P
T
 
E
A
 
I
I
 
R
P
 
D
G
 
G
T
 
K
V
 
L
S
 
Y
G
 
G
L
 
R
G
 
G
A
 
S
V
 
A
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
T
G
 
A
L
 
L
A
 
A
V
 
A
M
 
M
L
 
V
V
 
V
L
 
A
A
 
S
E
 
E
R
 
R
-
 
F
-
 
V
A
 
A
Q
 
K
D
 
H
S
 
P
D
 
N
H
 
H
H
 
K
-
 
G
-
 
S
L
 
I
T
 
A
F
 
F
V
 
L
F
 
I
Y
 
T
D
 
S
N
 
D
E
 
E
E
|
E
V
 
-
G
 
G
S
 
P
R
 
A
R
 
V
S
 
N
G
 
G
M
 
T
T
 
V
L
 
K
L
 
V
F
 
I
D
 
E
R
 
T
Y
 
L
Q
 
E
D
 
K
F
 
R
L
 
N
Q
 
E
A
 
K
D
 
I
L
 
T
A
 
W
I
 
C
L
 
L
L
 
V
-
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
S
-
 
S
-
 
T
-
 
H
-
 
K
-
 
L
G
 
G
G
 
D
L
 
I
L
 
V
E
 
K
A
 
N
G
 
G
C
 
R
Q
 
R
G
 
G
N
 
S
L
 
L
V
 
N
V
 
A
E
 
V
L
 
L
R
 
K
Y
 
V
D
 
Q
G
 
G
S
 
K
R
 
Q
A
 
G
H
 
H
T
 
V
A
 
A
R
 
Y
P
 
P
W
 
H
R
 
L
G
 
A
V
 
R
N
 
N
A
 
P
I
 
I
H
 
H
R
 
E
A
 
A
T
 
S
P
 
P
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
E
F
 
L
G
 
C
S
 
Q
-
 
T
-
 
V
F
 
W
E
 
D
P
 
N
G
 
G
P
 
N
A
 
E
V
 
Y
V
 
F
D
 
P
G
 
A
L
 
T
T
 
S
Y
 
F
R
 
Q
Q
 
-
S
 
-
L
 
I
S
 
S
V
 
N
V
 
I
G
 
H
V
 
A
S
 
G
S
 
T
G
 
G
V
 
A
Q
 
T
G
 
-
N
 
N
V
 
V
V
 
I
P
 
P
D
 
G
A
 
A
C
 
L
Q
 
E
V
 
V
R
 
T
V
 
F
N
 
N
F
 
F
R
 
R
H
 
Y
A
 
S
P
 
T
N
 
E
L
 
V
S
 
T
S
 
A
E
 
E
E
 
Q

Sites not aligning to the query:

Q8P8J5 N-acetyl-L-citrulline deacetylase; ACDase; Acetylcitrulline deacetylase; EC 3.5.1.- from Xanthomonas campestris pv. campestris (strain ATCC 33913 / DSM 3586 / NCPPB 528 / LMG 568 / P 25) (see paper)
28% identity, 79% coverage: 49:358/394 of query aligns to 37:351/366 of Q8P8J5

query
sites
Q8P8J5
L
 
L
R
 
R
A
 
A
R
 
Q
A
 
L
P
 
P
G
 
G
L
 
F
R
 
Q
M
 
V
I
 
E
R
 
V
D
 
I
G
 
D
N
 
H
N
 
G
I
 
D
I
 
G
A
 
A
T
 
V
T
 
S
R
 
L
G
 
Y
A
 
A
Q
 
V
A
 
R
G
 
G
K
 
T
P
 
P
A
 
K
R
 
Y
D
 
L
R
 
F
H
 
N
V
 
V
V
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
H
|
H
L
 
L
D
 
D
T
 
T
V
 
V
P
 
P
A
 
D
A
 
S
K
 
P
N
 
H
Y
 
W
-
 
S
-
 
A
-
 
D
P
 
P
T
 
H
A
 
V
I
 
M
P
 
R
G
 
R
T
 
T
-
 
E
-
 
D
-
 
R
V
 
V
S
 
I
G
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
V
V
 
C
D
|
D
M
 
I
K
 
K
G
 
G
G
 
A
L
 
A
A
 
A
V
 
A
M
 
L
L
 
V
V
 
A
L
 
A
A
 
A
E
 
N
R
 
A
A
 
G
Q
 
D
D
 
G
S
 
D
D
 
-
H
 
-
H
 
-
L
 
A
T
 
A
F
 
F
V
 
L
F
 
F
Y
 
S
D
 
S
N
 
D
E
 
E
E
 
E
V
 
A
G
 
N
S
 
D
R
 
P
R
 
R
S
 
C
G
 
I
M
 
A
T
 
A
L
 
F
L
 
L
F
 
-
D
 
-
R
 
-
Y
 
-
Q
 
A
D
 
R
F
 
G
L
 
L
Q
 
P
A
 
Y
D
 
D
L
 
A
A
 
V
I
 
L
L
 
V
L
 
A
E
|
E
P
 
P
T
 
T
G
 
M
G
 
S
L
 
E
L
 
A
E
 
V
A
 
L
G
 
A
C
 
H
Q
 
R
G
 
G
N
 
I
L
 
S
V
 
S
V
 
V
E
 
L
L
 
M
R
 
R
Y
 
F
D
 
A
G
 
G
-
 
R
-
 
A
-
 
G
-
 
H
-
 
A
-
 
S
-
 
G
-
 
K
-
 
Q
-
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
A
S
 
S
R
 
A
A
 
L
H
 
H
T
 
Q
A
 
A
R
 
M
P
 
R
W
 
W
R
 
G
G
 
G
V
 
K
N
 
A
A
 
L
I
 
D
H
 
H
R
 
V
A
 
E
T
 
S
P
 
L
A
 
A
L
 
H
A
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
G
S
 
-
F
 
-
E
 
-
P
 
-
G
 
-
P
 
-
A
 
-
V
 
-
V
 
-
D
 
-
G
 
G
L
 
L
T
 
T
Y
 
G
R
 
L
Q
 
R
S
 
-
L
 
F
S
 
N
V
 
I
V
 
G
G
 
R
V
 
V
S
 
D
S
 
G
G
 
G
V
 
I
Q
 
K
G
 
A
N
 
N
V
 
M
V
 
I
P
 
A
D
 
P
A
 
A
C
 
A
Q
 
E
V
 
L
R
 
R
V
 
F
N
 
G
F
 
F
R
 
R
H
 
P
A
 
L
P
 
P
N
 
S
L
 
M
S
 
D
S
 
V
E
 
D
E
 
G
A
 
L
L
 
L
G
 
A
T
 
T
V
 
F
V
 
A
G
 
G
L
 
F
A
 
A
G
 
D
D
 
P
A
 
A
D
 
A
G
 
A
T
 
H
Q
 
F
V
 
E
V
 
E
L
 
T
S
 
F
S
 
R
P
 
G
P
 
P
A
 
S
P
 
L
P
 
P
N
 
S
-
 
G
-
 
D
-
 
I
-
 
A
-
 
R
L
 
A
E
 
E
H
 
E
P
 
R
L
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
R
R
 
D
A
 
V
S
 
A
A
 
D
G
 
A
V
 
L
D
 
D
V
 
L
R
 
-
P
 
-
K
 
P
L
 
I
G
 
G
-
 
N
-
 
A
-
 
V
-
 
D
-
 
F
W
 
W
T
 
T
D
 
E
V
 
A
G
 
S
R
 
L
F
 
F
A
 
S
A
 
A
H
 
G
G
 
G
V
 
Y
P
 
T
A
 
A
V
 
L
N
 
V
F
 
Y
G
 
G
P
 
P
G
 
G
D
 
D
S
 
I
E
 
A
L
 
Q
A
 
A
H
 
H
T
 
T
G
 
A
R
 
D
E
 
E
T
 
F
V
 
V
S
 
T
G
 
L
A
 
A
E
 
Q
L
 
L

7uoiA Crystallographic structure of dape from enterococcus faecium (see paper)
24% identity, 86% coverage: 16:353/394 of query aligns to 5:362/383 of 7uoiA

query
sites
7uoiA
L
 
M
E
 
K
R
 
K
T
 
E
D
 
E
L
 
K
L
 
I
R
 
A
L
 
I
A
 
L
A
 
Q
A
 
E
L
 
I
V
 
I
E
 
R
V
 
I
P
 
K
S
 
S
V
 
V
S
 
N
G
 
G
D
 
N
E
 
E
H
 
G
L
 
E
L
 
V
A
 
A
G
 
A
L
 
Y
V
 
L
E
 
-
H
 
N
R
 
K
L
 
L
R
 
L
A
 
A
R
 
R
-
 
H
-
 
D
-
 
I
A
 
T
P
 
G
G
 
E
L
 
I
R
 
V
M
 
S
I
 
Y
R
 
R
D
 
D
G
 
G
-
 
R
N
 
D
N
 
N
I
 
L
I
 
I
A
 
A
T
 
R
T
 
Y
R
 
Q
G
 
K
A
 
G
Q
 
Q
A
 
S
G
 
G
K
 
K
P
 
V
A
 
-
R
 
-
D
 
-
R
 
-
H
 
-
V
 
L
V
 
G
L
 
L
A
 
S
G
 
G
H
|
H
L
 
M
D
 
D
T
 
V
V
 
V
P
 
A
A
 
A
A
 
G
K
 
D
N
 
E
-
 
S
-
 
S
-
 
W
-
 
T
-
 
Y
-
 
A
-
 
P
Y
 
F
P
 
A
T
 
A
A
 
E
I
 
I
P
 
H
G
 
G
T
 
N
-
 
R
V
 
L
S
 
Y
G
 
G
L
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
T
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
S
G
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
A
M
 
M
L
 
V
V
 
I
L
 
A
A
 
M
E
 
I
R
 
E
A
 
L
Q
 
K
D
 
E
S
 
S
D
 
G
H
 
K
H
 
P
L
 
F
T
 
N
-
 
G
-
 
T
-
 
V
F
 
K
V
 
L
F
 
L
Y
 
A
D
 
T
N
 
V
E
 
G
E
 
E
V
 
E
G
 
V
S
 
G
R
 
E
R
 
L
S
 
G
G
 
G
M
 
E
T
 
Q
L
 
L
L
 
T
F
 
K
D
 
A
R
 
G
Y
 
Y
Q
 
V
D
 
D
F
 
D
L
 
L
Q
 
-
A
 
-
D
 
D
L
 
A
A
 
L
I
 
I
L
 
I
L
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
T
G
 
N
G
 
Y
L
 
S
L
 
L
E
 
M
A
 
Y
G
 
T
C
 
H
Q
 
M
G
 
G
N
 
S
L
 
I
V
 
N
V
 
Y
E
 
T
L
 
V
R
 
T
Y
 
S
D
 
H
G
 
G
S
 
K
R
 
E
A
 
A
H
 
H
T
 
S
A
 
S
R
 
M
P
 
P
W
 
D
R
 
Q
G
 
G
V
 
Y
N
 
N
A
 
A
I
 
I
H
 
N
-
 
H
-
 
L
-
 
N
-
 
E
-
 
F
-
 
I
-
 
T
R
 
K
A
 
A
T
 
N
P
 
A
A
 
E
L
 
M
A
 
N
R
 
H
F
 
L
G
 
A
S
 
E
F
 
T
E
 
I
P
 
E
G
 
N
P
 
P
A
 
V
V
 
L
V
 
-
D
 
-
G
 
G
L
 
K
T
 
T
Y
 
I
R
 
H
Q
 
-
S
 
-
L
 
-
S
 
N
V
 
V
V
 
T
G
 
L
V
 
I
S
 
S
S
 
G
G
 
G
V
 
N
Q
 
Q
G
 
V
N
 
N
V
 
S
V
 
I
P
 
P
D
 
S
A
 
H
C
 
A
Q
 
Q
V
 
L
R
 
Q
V
 
G
N
 
N
F
 
I
R
 
R
H
 
S
A
 
I
P
 
P
N
 
E
L
 
Y
S
 
P
S
 
N
E
 
D
E
 
K
A
 
I
L
 
I
G
 
A
T
 
L
V
 
L
V
 
Q
G
 
S
L
 
I
A
 
V
G
 
N
D
 
E
A
 
L
D
 
N
G
 
Q
T
 
E
-
 
T
-
 
D
-
 
Y
-
 
H
-
 
L
-
 
E
-
 
L
Q
 
M
V
 
I
V
 
D
L
 
Y
S
 
N
S
 
K
P
 
I
P
 
P
A
 
V
P
 
K
P
 
A
N
 
D
L
 
P
E
 
D
H
 
S
P
 
P
L
 
L
L
 
I
A
 
H
A
 
S
L
 
I
R
 
Q
A
 
Q
S
 
Q
A
 
F
G
 
S
V
 
Q
D
 
P
V
 
L
R
 
-
P
 
P
K
 
L
L
 
V
G
 
G
-
 
A
-
 
A
-
 
A
W
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
A
G
 
A
R
 
E
F
 
F
-
 
T
-
 
K
A
 
A
A
 
N
H
 
H
G
 
S
V
 
F
P
 
D
A
 
F
V
 
V
N
 
V
F
 
F
G
 
G
P
 
P
G
 
G
D
 
V
S
 
V
E
 
T
L
 
L
A
 
P
H
 
H
T
 
Q
G
 
V
R
 
D
E
 
E
T
 
Y
V
 
V

5xoyA Crystal structure of lysk from thermus thermophilus in complex with lysine (see paper)
27% identity, 86% coverage: 20:358/394 of query aligns to 2:323/341 of 5xoyA

query
sites
5xoyA
D
 
D
L
 
P
L
 
V
R
 
E
L
 
F
A
 
L
A
 
K
A
 
G
L
 
A
V
 
L
E
 
E
V
 
I
P
 
P
S
 
S
V
 
P
S
 
S
G
 
G
D
 
K
E
 
E
H
 
R
L
 
L
L
 
V
A
 
A
G
 
E
L
 
Y
V
 
L
E
 
A
H
 
E
R
 
G
L
 
M
R
 
Q
A
 
K
R
 
L
A
 
-
P
 
-
G
 
G
L
 
L
R
 
K
M
 
G
I
 
F
R
 
V
D
 
D
G
 
E
N
 
A
N
 
D
I
 
-
I
 
-
A
 
-
T
 
N
T
 
A
R
 
R
G
 
G
A
 
Q
Q
 
V
A
 
G
G
 
E
K
 
G
P
 
P
A
 
V
R
 
Q
D
 
-
R
 
-
H
 
-
V
 
V
V
 
V
L
 
L
A
 
L
G
 
G
H
 
H
L
 
I
D
 
D
T
 
T
V
 
V
P
 
P
A
 
G
A
 
-
K
 
-
N
 
Q
Y
 
I
P
 
P
T
 
V
A
 
R
I
 
L
P
 
E
-
 
G
G
 
G
T
 
R
V
 
L
S
 
F
G
 
G
L
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
V
D
 
D
M
 
A
K
 
K
G
 
G
G
 
P
L
 
F
A
 
V
V
 
A
M
 
M
L
 
I
V
 
F
L
 
A
A
 
A
E
 
A
-
 
G
R
 
L
A
 
S
Q
 
E
D
 
E
S
 
A
D
 
R
H
 
K
H
 
R
L
 
L
T
 
T
F
 
V
-
 
H
V
 
L
F
 
V
Y
 
G
D
 
A
N
 
T
E
 
E
E
|
E
V
 
E
G
 
A
S
 
P
R
 
S
R
x
S
S
 
K
G
 
G
M
 
A
T
 
R
L
 
F
L
 
V
F
 
A
D
 
P
R
 
R
Y
 
-
Q
 
-
D
 
-
F
 
-
L
 
L
Q
 
K
A
 
P
D
 
H
L
 
Y
A
 
A
I
 
V
L
 
I
L
 
G
E
 
E
P
 
P
T
 
S
G
 
G
G
 
W
L
 
E
-
 
G
L
 
I
E
 
T
A
 
L
G
 
G
C
 
Y
Q
 
K
G
 
G
N
 
R
L
 
L
V
 
L
V
 
V
E
 
K
L
 
A
R
 
R
Y
 
R
D
 
E
G
 
-
S
 
-
R
 
K
A
 
D
H
 
H
T
 
E
A
 
P
R
 
N
P
 
A
W
 
A
R
 
E
G
 
E
V
 
L
N
 
I
A
 
S
I
 
Y
H
 
F
R
 
V
A
 
A
T
 
I
P
 
K
A
 
A
L
 
W
A
 
A
R
 
E
F
 
-
G
 
-
S
 
A
F
 
M
E
 
N
P
 
V
G
 
G
P
 
Q
A
 
R
V
 
P
V
 
F
D
 
D
G
 
Q
L
 
V
T
 
Q
Y
 
Y
R
 
-
Q
 
-
S
 
T
L
 
L
S
 
R
V
 
D
V
 
F
G
 
R
V
 
V
S
 
H
S
 
P
G
 
R
V
 
-
Q
 
-
G
 
-
N
 
-
V
 
-
V
 
-
P
 
-
D
 
Q
A
 
V
C
 
A
Q
 
E
V
 
M
R
 
F
V
 
F
N
 
D
F
 
L
R
|
R
H
 
L
A
 
P
P
 
P
N
 
R
L
 
L
S
 
P
S
 
P
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
I
G
 
R
T
 
H
V
 
L
V
 
T
G
 
A
L
 
Y
A
 
A
G
 
P
-
 
P
-
 
T
-
 
I
-
 
E
-
 
L
D
 
E
A
 
F
D
 
F
G
 
G
T
 
R
Q
 
E
V
 
V
V
 
P
L
 
Y
S
 
Q
S
 
G
P
 
P
P
 
K
A
 
D
P
 
T
P
 
P
N
 
-
L
 
L
E
 
T
H
 
R
P
 
A
L
 
F
L
 
R
A
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
R
A
 
K
S
 
A
A
 
G
G
 
G
V
 
R
D
 
P
V
 
V
-
 
F
R
 
K
P
 
L
K
 
K
L
 
T
G
 
G
W
x
T
T
 
S
D
 
D
V
 
M
G
 
N
R
 
V
F
 
L
A
 
A
A
 
P
H
 
H
G
 
W
-
 
P
V
 
V
P
 
P
A
 
M
V
 
V
N
 
A
F
 
Y
G
 
G
P
 
P
G
 
G
D
 
D
S
 
S
E
 
T
L
 
L
A
 
D
H
 
H
T
 
T
G
 
P
R
 
Y
E
 
E
T
 
H
V
 
V
S
 
E
G
 
V
A
 
A
E
 
E
L
 
F

3pfoA Crystal structure of a putative acetylornithine deacetylase (rpa2325) from rhodopseudomonas palustris cga009 at 1.90 a resolution
25% identity, 68% coverage: 72:340/394 of query aligns to 88:389/426 of 3pfoA

query
sites
3pfoA
A
 
A
Q
 
T
A
 
A
G
 
D
K
 
S
P
 
D
A
 
G
R
 
K
D
 
G
R
 
R
H
 
S
V
 
L
V
 
I
L
 
L
A
 
Q
G
 
G
H
|
H
L
 
I
D
 
D
T
 
V
V
 
V
P
 
P
A
 
E
A
 
G
K
 
P
N
 
V
Y
 
D
P
 
L
T
 
W
A
 
S
I
 
D
P
 
P
-
 
P
-
 
Y
-
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
V
-
 
R
-
 
D
G
 
G
T
 
W
V
 
M
S
 
I
G
 
G
L
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
Q
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
G
G
 
G
L
 
V
A
 
S
V
 
A
M
 
M
L
 
I
V
 
F
-
 
A
-
 
L
-
 
D
-
 
A
-
 
I
-
 
R
L
 
T
A
 
A
E
 
G
R
 
Y
A
 
A
Q
 
P
D
 
D
S
 
A
D
 
R
H
 
V
H
 
H
L
 
V
T
 
Q
F
 
T
V
 
V
F
 
-
Y
 
-
D
 
-
N
 
T
E
 
E
E
 
E
V
x
E
G
 
S
S
 
T
R
 
G
R
 
N
S
 
G
G
 
A
M
 
L
T
 
S
L
 
T
L
 
L
F
 
M
D
 
R
R
 
G
Y
 
Y
Q
 
R
D
 
-
F
 
-
L
 
-
Q
 
-
A
 
A
D
 
D
L
 
A
A
 
C
I
 
L
L
 
I
L
 
P
E
|
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
G
 
H
L
 
T
L
 
L
E
 
T
A
 
R
G
 
A
C
 
Q
Q
 
V
G
 
G
N
 
A
L
 
V
V
 
W
V
 
F
E
 
R
L
 
L
R
 
R
Y
 
V
D
 
R
G
 
G
S
 
T
R
 
P
A
 
V
H
 
H
T
 
V
A
 
A
R
 
Y
P
 
S
W
 
E
R
 
T
G
 
G
V
 
T
N
 
S
A
 
A
I
 
I
H
 
L
R
 
S
A
 
A
T
 
M
P
 
H
A
 
L
L
 
I
A
 
R
R
 
A
F
 
F
G
 
E
S
 
E
F
 
Y
-
 
T
-
 
K
E
 
E
P
 
L
G
 
N
P
 
A
A
 
Q
V
 
A
V
 
V
D
 
R
G
 
D
L
 
P
T
 
W
Y
 
F
R
 
G
Q
 
Q
-
 
V
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
I
S
 
K
L
 
F
S
 
N
V
 
V
V
 
G
G
 
I
V
 
I
S
 
K
S
 
G
G
 
G
V
 
D
Q
 
W
G
 
A
N
 
S
V
 
S
V
 
T
P
 
A
D
 
A
A
 
W
C
 
C
Q
 
E
V
 
L
R
 
D
V
 
C
N
 
R
F
 
L
R
 
G
H
 
L
A
 
L
P
 
T
N
 
G
L
 
D
S
 
T
S
 
P
E
 
Q
E
 
E
A
 
A
L
 
M
G
 
R
T
 
G
V
 
I
V
 
E
G
 
K
L
 
C
A
 
L
G
 
A
D
 
D
A
 
A
D
 
Q
G
 
A
T
 
T
Q
 
D
V
 
S
V
 
F
L
 
L
S
 
S
S
 
E
P
 
N
P
 
P
A
 
A
P
 
E
-
 
L
-
 
V
-
 
W
-
 
S
-
 
G
-
 
F
-
 
Q
-
 
A
-
 
D
P
 
P
N
 
A
L
 
V
E
 
C
H
 
E
P
 
P
-
 
G
-
 
G
-
 
V
-
 
A
-
 
E
-
 
D
-
 
V
L
 
L
L
 
T
A
 
A
A
 
A
L
 
H
R
 
K
A
 
A
-
 
A
-
 
F
S
 
N
A
 
A
G
 
P
V
 
L
D
 
D
V
 
A
R
 
R
P
 
L
K
 
S
L
 
T
G
 
A
W
 
V
T
 
N
D
 
D
V
 
T
G
 
R
R
 
Y
F
 
Y
A
 
S
A
 
V
-
 
D
H
 
Y
G
 
G
V
 
I
P
 
P
A
 
A
V
 
L
N
 
C
F
 
Y
G
 
G
P
 
P

Sites not aligning to the query:

8uw6B Acetylornithine deacetylase from escherichia coli, di-zinc form. (see paper)
23% identity, 85% coverage: 21:354/394 of query aligns to 6:360/381 of 8uw6B

query
sites
8uw6B
L
 
F
L
 
I
R
 
E
L
 
I
A
 
Y
A
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
I
E
 
A
V
 
T
P
 
P
S
 
S
V
 
I
S
 
S
G
 
A
D
 
T
E
 
E
H
 
E
L
 
A
L
 
L
A
 
D
G
 
Q
L
 
S
V
 
N
E
 
A
H
 
D
R
 
L
L
 
I
R
 
T
A
 
L
R
 
L
A
 
A
P
 
D
G
 
W
L
 
F
R
 
K
M
 
D
I
 
L
-
 
G
-
 
F
-
 
N
-
 
V
-
 
E
-
 
V
-
 
Q
-
 
P
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
T
R
 
R
D
 
N
G
 
K
N
 
F
N
 
N
I
 
M
I
 
L
A
 
A
T
 
S
T
 
T
R
 
G
G
 
Q
A
 
G
Q
 
A
A
 
G
G
 
G
K
 
-
P
 
-
A
 
-
R
 
-
D
 
-
R
 
-
H
 
-
V
 
L
V
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
H
|
H
L
 
T
D
 
D
T
 
T
V
 
V
P
 
P
A
 
F
A
 
D
K
 
D
N
 
G
Y
 
R
P
 
W
T
 
T
A
 
R
I
 
D
P
 
P
G
 
F
T
 
T
V
 
L
S
 
T
-
 
E
-
 
H
-
 
D
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
Y
G
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
T
V
 
A
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
G
G
 
F
L
 
F
A
 
A
V
 
F
M
 
I
L
 
L
-
 
D
-
 
A
-
 
L
-
 
R
-
 
D
V
 
V
L
 
D
A
 
V
E
 
T
R
 
K
A
 
L
Q
 
K
D
 
K
S
 
P
D
 
L
H
 
Y
H
 
I
L
 
L
T
 
A
F
 
T
V
 
A
F
 
D
Y
 
E
D
x
E
N
 
T
E
 
S
E
 
M
V
 
A
G
 
G
S
 
A
R
 
R
R
 
Y
S
 
F
G
 
A
M
 
E
T
 
T
L
 
T
L
 
A
F
 
-
D
 
-
R
 
-
Y
 
-
Q
 
-
D
 
-
F
 
-
L
 
L
Q
 
R
A
 
P
D
 
D
L
 
C
A
 
A
I
 
I
L
 
I
L
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
T
G
 
S
G
 
L
L
 
Q
L
 
P
E
 
V
A
 
R
G
 
A
C
 
H
Q
 
K
G
 
G
N
 
H
L
 
I
V
 
S
V
 
N
E
 
A
L
 
I
R
 
R
Y
 
I
D
 
Q
G
 
G
S
 
Q
R
 
S
A
 
G
H
 
H
T
 
S
A
 
S
R
 
D
P
 
P
W
 
A
R
 
R
G
 
G
V
 
V
N
 
N
A
 
A
I
 
I
H
 
E
R
 
L
A
 
M
T
 
H
P
 
D
A
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
H
F
 
I
G
 
L
S
 
Q
F
 
L
E
 
R
P
 
-
G
 
-
P
 
-
A
 
-
V
 
-
V
 
-
D
 
D
G
 
N
L
 
L
T
 
K
Y
 
E
R
 
R
Q
 
Y
-
 
H
-
 
Y
-
 
E
-
 
A
-
 
F
-
 
T
-
 
V
-
 
P
-
 
Y
-
 
P
S
 
T
L
 
L
S
 
N
V
 
L
V
 
G
G
 
H
V
 
I
S
 
H
S
 
G
G
 
G
V
 
D
Q
 
A
G
 
S
N
 
N
V
 
R
V
 
I
P
 
C
D
 
A
A
 
W
C
 
C
Q
 
E
V
 
L
R
 
H
V
 
M
N
 
D
F
 
I
R
 
R
H
 
P
A
 
L
P
 
P
N
 
G
L
 
M
S
 
T
S
 
-
E
 
-
E
 
-
A
 
-
L
 
L
G
 
N
T
 
E
V
 
L
V
 
N
G
 
G
L
 
L
A
 
L
G
 
N
D
 
D
A
 
A
-
 
L
-
 
A
-
 
P
-
 
V
-
 
S
-
 
E
-
 
R
-
 
W
-
 
P
-
 
G
-
 
R
-
 
L
-
 
T
-
 
V
D
 
D
G
 
E
T
 
L
Q
 
H
V
 
P
V
 
P
L
 
I
S
 
P
S
 
G
P
 
Y
P
 
E
A
 
C
P
 
P
P
 
P
N
 
N
L
 
-
E
 
-
H
 
H
P
 
Q
L
 
L
L
 
V
A
 
E
A
 
V
L
 
V
R
 
E
A
 
K
S
 
L
A
 
L
G
 
G
V
 
A
D
 
K
V
 
T
R
 
E
P
 
-
K
 
V
L
 
V
G
 
N
W
 
Y
T
 
C
D
 
T
V
 
E
G
 
A
R
 
P
F
 
F
A
 
I
A
 
Q
H
 
T
G
 
L
V
 
C
P
 
P
A
 
T
V
 
L
N
 
V
F
 
L
G
 
G
P
 
P
G
 
G
D
 
S
S
 
I
E
 
N
L
 
Q
A
 
A
H
|
H
T
 
Q
G
 
P
R
 
D
E
 
E
T
 
Y
V
 
L
S
 
E

Sites not aligning to the query:

4op4B Crystal structure of the catalytic domain of dape protein from v.Cholerea in the zn bound form (see paper)
34% identity, 31% coverage: 21:144/394 of query aligns to 5:135/265 of 4op4B

query
sites
4op4B
L
 
V
L
 
L
R
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
K
A
 
E
L
 
L
V
 
I
E
 
S
V
 
R
P
 
Q
S
 
S
V
 
V
S
 
T
G
 
P
D
 
A
E
 
D
H
 
A
L
 
G
L
 
C
A
 
Q
G
 
D
L
 
L
V
 
M
E
 
I
H
 
E
R
 
R
L
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
L
A
 
G
P
 
F
G
 
E
L
 
I
R
 
E
-
 
S
M
 
M
I
 
V
R
 
F
D
 
E
G
 
D
N
 
T
N
 
T
I
 
N
I
 
F
A
 
W
T
 
A
T
 
R
R
 
R
G
 
G
A
 
T
Q
 
Q
A
 
S
G
 
-
K
 
-
P
 
P
A
 
L
R
 
-
D
 
-
R
 
-
H
 
-
V
 
F
V
 
V
L
 
F
A
 
A
G
 
G
H
|
H
L
 
T
D
 
D
T
 
V
V
 
V
P
 
P
A
 
A
A
 
G
K
 
P
-
 
L
-
 
S
-
 
Q
-
 
W
-
 
H
-
 
T
-
 
P
-
 
P
N
 
F
Y
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
V
I
 
I
P
 
D
G
 
G
T
 
F
V
 
L
S
 
H
G
 
G
L
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
A
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
G
G
 
S
L
 
L
A
 
A
V
 
C
M
 
M
L
 
I
V
 
V
L
 
A
A
 
V
E
 
E
R
 
R
-
 
F
-
 
I
A
 
A
Q
 
E
D
 
H
S
 
P
D
 
D
H
 
H
H
 
Q
-
 
G
-
 
S
L
 
I
T
 
G
F
 
F
V
 
L
F
 
I
Y
 
T
D
 
S
N
 
D
E
 
E
E
|
E

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_011605773.1 NCBI__GCF_000058485.1:WP_011605773.1
MYSQSGRYPTAGVEVLERTDLLRLAAALVEVPSVSGDEHLLAGLVEHRLRARAPGLRMIR
DGNNIIATTRGAQAGKPARDRHVVLAGHLDTVPAAKNYPTAIPGTVSGLGAVDMKGGLAV
MLVLAERAQDSDHHLTFVFYDNEEVGSRRSGMTLLFDRYQDFLQADLAILLEPTGGLLEA
GCQGNLVVELRYDGSRAHTARPWRGVNAIHRATPALARFGSFEPGPAVVDGLTYRQSLSV
VGVSSGVQGNVVPDACQVRVNFRHAPNLSSEEALGTVVGLAGDADGTQVVLSSPPAPPNL
EHPLLAALRASAGVDVRPKLGWTDVGRFAAHGVPAVNFGPGDSELAHTGRETVSGAELAA
CHAALARFLFADAAGIPPDRLRNIGPHPASEVRP

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory