SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011605976.1 NCBI__GCF_000058485.1:WP_011605976.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
40% identity, 95% coverage: 2:231/242 of query aligns to 4:237/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
S
 
D
V
 
I
L
 
V
L
 
L
Q
 
E
T
 
V
R
 
Q
G
 
S
L
 
L
N
 
H
A
 
V
G
 
Y
Y
|
Y
D
 
G
R
 
A
V
 
I
P
 
H
V
 
A
V
 
I
R
 
K
G
 
G
F
 
I
E
 
D
L
 
L
T
 
K
L
 
V
R
 
P
E
 
R
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
V
A
 
T
L
 
L
L
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
T
L
 
L
L
 
S
T
 
A
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
V
P
 
R
A
 
A
L
 
Q
G
 
K
G
 
G
E
 
K
V
 
I
A
 
I
V
 
F
H
 
N
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
V
 
I
H
 
T
R
 
N
A
 
K
S
 
P
P
 
A
R
 
H
A
 
V
L
 
I
S
 
N
R
 
R
L
 
M
G
 
G
V
 
I
V
 
A
L
 
L
V
 
V
P
 
P
D
x
E
D
 
G
R
 
R
S
 
R
L
 
I
F
 
F
T
 
P
T
 
E
L
 
L
T
 
T
S
 
V
R
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
L
 
M
G
 
G
-
 
A
-
 
Y
-
 
N
-
 
R
R
 
K
V
 
D
K
 
K
G
 
E
G
 
G
L
 
I
S
 
K
V
 
R
D
 
D
-
 
L
-
 
E
E
 
W
V
 
I
L
 
F
D
 
S
Y
 
L
F
 
F
P
 
P
A
 
R
L
 
L
R
 
K
K
 
E
R
 
R
L
 
L
D
 
K
V
 
Q
R
 
L
A
 
G
G
 
G
M
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
L
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
M
Q
 
S
R
 
R
P
 
P
R
 
K
I
 
L
L
 
L
L
 
M
I
 
M
D
 
D
E
|
E
L
 
P
S
 
S
M
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
V
 
I
I
 
L
V
 
V
Q
 
S
E
 
E
L
 
V
L
 
F
P
 
E
V
 
V
V
 
I
R
 
Q
A
 
K
V
 
I
A
 
N
T
 
Q
D
 
E
T
 
G
S
 
T
A
 
-
A
 
T
V
 
I
V
 
L
L
 
L
V
 
V
E
 
E
Q
 
Q
H
 
N
V
 
A
H
 
L
L
 
G
V
 
A
M
 
L
G
 
K
I
 
V
A
 
A
D
 
H
H
 
Y
A
 
G
I
 
Y
V
 
V
L
 
L
A
 
E
H
 
T
G
 
G
E
 
Q
E
 
I
V
 
V
L
 
L
S
 
E
G
 
G
P
 
K
A
 
A
A
 
S
E
 
E
L
 
L
R
 
L
A
 
D
N
 
N
P
 
-
E
 
E
L
 
M
L
 
V
E
 
R
R
 
K
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
27% identity, 95% coverage: 4:234/242 of query aligns to 2:237/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
L
 
I
L
 
L
Q
 
K
T
 
A
R
 
Q
G
 
H
L
 
L
N
 
A
A
 
K
G
 
S
Y
 
Y
D
 
K
R
 
K
V
 
R
P
 
K
V
 
V
V
 
V
R
 
S
G
 
D
F
 
V
E
 
S
L
 
L
T
 
Q
L
 
V
R
 
E
E
 
S
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
V
 
S
L
 
F
L
 
Y
T
 
M
L
 
I
A
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
V
P
 
A
A
 
R
L
 
D
G
 
E
G
 
G
E
 
T
V
 
I
A
 
T
V
 
I
H
 
D
G
 
D
Q
 
N
D
 
D
V
 
I
H
 
S
R
 
I
A
 
L
S
 
P
P
 
M
R
 
H
A
 
S
L
 
R
S
 
S
R
 
R
L
 
M
G
 
G
V
 
I
V
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
D
 
Q
D
 
E
R
 
A
S
 
S
L
 
I
F
 
F
T
 
R
T
 
K
L
 
L
T
 
S
S
 
V
R
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
I
Q
 
M
-
 
A
L
 
V
G
 
L
R
 
Q
V
 
T
K
 
R
G
 
E
G
 
E
L
 
L
S
 
T
V
 
H
D
x
E
E
 
E
V
 
R
L
 
Q
D
|
D
Y
 
K
F
 
L
P
 
E
A
 
D
L
 
L
R
 
L
K
 
E
R
 
E
L
 
F
D
 
H
V
 
I
R
 
Q
-
 
H
-
 
I
-
 
R
-
 
K
-
 
S
A
 
A
G
 
G
M
 
M
-
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
Q
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
Q
I
 
F
L
 
I
L
 
L
I
 
L
D
 
D
E
 
Q
L
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
V
 
V
Q
 
I
E
 
D
L
 
I
L
 
K
P
 
K
V
 
I
V
 
I
R
 
E
A
 
H
V
 
L
A
 
-
T
 
R
D
 
D
T
 
R
S
 
G
A
 
L
A
 
G
V
 
V
V
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
H
 
N
V
 
V
H
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
G
 
D
I
 
V
A
 
C
D
 
E
H
 
K
A
 
A
I
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
H
 
Q
G
 
G
E
 
R
E
 
L
V
 
I
L
 
A
S
 
E
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
Q
E
 
D
L
 
V
R
 
-
A
 
L
N
 
N
P
 
N
E
 
E
L
 
Q
L
 
V
E
 
K
R
 
Q
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
S
 
G
E
 
E
R
 
Q

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
25% identity, 95% coverage: 4:233/242 of query aligns to 4:254/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
L
 
I
L
 
L
Q
 
R
T
 
T
R
 
E
G
 
N
L
 
I
N
 
V
A
 
K
G
 
Y
Y
x
F
D
 
G
R
 
E
V
x
F
P
 
K
V
 
A
V
 
L
R
 
D
G
 
G
F
 
V
E
 
S
L
 
I
T
 
S
L
 
V
R
 
N
E
 
K
G
 
G
E
 
D
V
 
V
V
 
T
A
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
V
 
L
L
 
I
L
 
N
T
 
V
L
 
I
A
 
T
G
 
G
L
 
F
L
 
L
P
 
K
A
 
A
L
 
D
G
 
E
G
 
G
E
 
R
V
 
V
A
 
Y
V
 
F
H
 
E
G
 
N
Q
 
K
D
 
D
V
 
I
H
 
T
R
 
N
A
 
K
S
 
E
P
 
P
R
 
A
A
 
E
L
 
L
S
 
Y
R
 
H
L
 
Y
G
 
G
V
 
I
V
 
V
L
 
R
V
 
T
P
 
F
D
 
Q
D
 
T
R
 
P
S
 
Q
L
 
P
F
 
L
T
 
K
T
 
E
L
 
M
T
 
T
S
 
V
R
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
Q
 
L
L
 
I
G
 
G
R
 
E
V
 
I
K
 
C
G
 
P
G
 
G
L
 
E
S
 
S
V
 
P
D
 
L
E
 
N
V
 
S
L
 
L
D
 
F
Y
 
Y
-
 
K
-
 
K
-
 
W
-
 
I
-
 
P
-
 
K
-
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
M
-
 
V
-
 
E
-
 
K
-
 
A
-
 
F
-
 
K
-
 
I
-
 
L
-
 
E
F
 
F
P
 
L
A
 
K
L
 
L
R
 
S
K
 
H
R
 
L
L
 
Y
D
 
D
V
 
R
R
 
K
A
 
A
G
 
G
M
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
M
Q
 
T
R
 
N
P
 
P
R
 
K
I
 
M
L
 
I
L
 
V
I
 
M
D
 
D
E
 
E
L
 
P
S
 
I
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
V
 
G
I
 
L
V
 
A
Q
 
H
E
 
D
L
 
I
L
 
F
P
 
N
V
 
H
V
 
V
R
 
L
A
 
E
V
 
L
A
 
K
T
 
A
D
 
-
T
 
K
S
 
G
A
 
I
A
 
T
V
 
F
V
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
H
 
R
V
 
L
H
 
D
L
 
I
V
 
V
M
 
L
G
 
N
I
 
Y
A
 
I
D
 
D
H
 
H
A
 
L
I
 
Y
V
 
V
L
 
M
A
 
F
H
 
N
G
 
G
E
 
Q
E
 
I
V
 
I
L
 
A
S
 
E
G
 
G
P
 
R
A
 
G
A
 
E
E
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
L
 
V
R
 
L
A
 
S
N
 
D
P
 
P
E
 
K
L
 
V
L
 
V
E
 
E
R
 
-
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
S
 
G
E
 
E

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
26% identity, 90% coverage: 4:222/242 of query aligns to 4:240/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
L
 
I
L
 
L
Q
 
R
T
 
T
R
 
E
G
 
N
L
 
I
N
 
V
A
 
K
G
 
Y
Y
x
F
D
 
G
R
 
E
V
x
F
P
 
K
V
 
A
V
 
L
R
 
D
G
 
G
F
 
V
E
 
S
L
 
I
T
 
S
L
 
V
R
 
C
E
 
K
G
 
G
E
 
D
V
 
V
V
 
T
A
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
V
 
L
L
 
I
L
 
N
T
 
V
L
 
I
A
 
T
G
 
G
L
 
F
L
 
L
P
 
K
A
 
A
L
 
D
G
 
E
G
 
G
E
 
R
V
 
V
A
 
Y
V
 
F
H
 
E
G
 
N
Q
 
K
D
 
D
V
 
I
H
 
T
R
 
N
A
 
K
S
 
E
P
 
P
R
 
A
A
 
E
L
 
L
S
 
Y
R
 
H
L
 
Y
G
 
G
V
 
I
V
 
V
L
 
R
V
 
T
P
 
F
D
 
Q
D
 
T
R
 
P
S
 
Q
L
 
P
F
 
L
T
 
K
T
 
E
L
 
M
T
 
T
S
 
V
R
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
Q
 
L
L
 
I
G
 
G
R
 
E
V
 
I
K
 
N
G
 
P
G
 
G
L
 
E
S
 
S
V
 
P
D
 
L
E
 
N
V
 
S
L
 
L
D
 
F
Y
 
Y
-
 
K
-
 
K
-
 
W
-
 
I
-
 
P
-
 
K
-
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
M
-
 
V
-
 
E
-
 
K
-
 
A
-
 
F
-
 
K
-
 
I
-
 
L
-
 
E
F
 
F
P
 
L
A
 
K
L
 
L
R
 
S
K
 
H
R
 
L
L
 
Y
D
 
D
V
 
R
R
 
K
A
 
A
G
 
G
M
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
M
Q
 
T
R
 
N
P
 
P
R
 
K
I
 
M
L
 
I
L
 
V
I
 
M
D
 
D
E
|
E
L
 
P
S
 
I
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
V
 
G
I
 
L
V
 
A
Q
 
H
E
 
D
L
 
I
L
 
F
P
 
N
V
 
H
V
 
V
R
 
L
A
 
E
V
 
L
A
 
K
T
 
A
D
 
-
T
 
K
S
 
G
A
 
I
A
 
T
V
 
F
V
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
H
 
R
V
 
L
H
 
D
L
 
I
V
 
V
M
 
L
G
 
N
I
 
Y
A
 
I
D
 
D
H
 
H
A
 
L
I
 
Y
V
 
V
L
 
M
A
 
F
H
 
N
G
 
G
E
 
Q
E
 
I
V
 
I
L
 
A
S
 
E
G
 
G
P
 
R
A
 
G
A
 
E
E
 
E
L
 
E
R
 
I
A
 
K
N
 
N

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
29% identity, 95% coverage: 5:233/242 of query aligns to 3:236/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
L
Q
 
T
T
 
A
R
 
K
G
 
N
L
 
L
N
 
A
A
 
K
G
 
A
Y
 
Y
D
 
K
R
 
G
V
 
R
P
 
R
V
 
V
V
 
V
R
 
E
G
 
D
F
 
V
E
 
S
L
 
L
T
 
T
L
 
V
R
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
V
 
T
L
 
F
L
 
Y
T
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
P
 
P
A
 
R
L
 
D
G
 
A
G
 
G
E
 
N
V
 
I
A
 
I
V
 
I
H
 
D
G
 
D
Q
 
D
D
 
D
V
 
I
H
 
S
R
 
L
A
 
L
S
 
P
P
 
L
R
 
H
A
 
A
L
 
R
S
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
D
 
Q
D
 
E
R
 
A
S
 
S
L
 
I
F
 
F
T
x
R
T
 
R
L
 
L
T
 
S
S
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
-
 
A
L
 
V
G
 
L
R
 
Q
V
 
I
K
 
R
G
 
D
G
 
D
L
 
L
S
 
S
V
 
A
D
 
E
E
 
Q
V
 
R
L
 
E
D
 
D
Y
 
R
F
 
A
P
 
N
A
 
E
L
 
L
R
 
M
K
 
E
R
 
E
L
 
F
D
 
H
V
 
I
-
 
E
-
 
H
-
 
L
R
 
R
A
 
D
G
 
S
M
|
M
-
x
G
-
x
Q
-
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
Q
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
I
 
F
L
 
I
L
 
L
I
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
V
 
V
Q
 
I
E
 
D
L
 
I
L
 
K
P
 
R
V
 
I
V
 
I
R
 
E
A
 
H
V
 
L
A
 
-
T
 
R
D
 
D
T
 
S
S
 
G
A
 
L
A
 
G
V
 
V
V
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
H
 
N
V
 
V
H
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
G
 
A
I
 
V
A
 
C
D
 
E
H
 
R
A
 
A
I
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
H
 
Q
G
 
G
E
 
H
E
 
L
V
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
R
 
L
A
 
Q
N
 
D
P
 
-
E
 
E
L
 
H
L
 
V
E
 
K
R
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
S
 
G
E
 
E

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
29% identity, 95% coverage: 5:233/242 of query aligns to 3:236/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
L
Q
 
T
T
 
A
R
 
K
G
 
N
L
 
L
N
 
A
A
 
K
G
 
A
Y
|
Y
D
 
K
R
 
G
V
x
R
P
 
R
V
 
V
V
 
V
R
 
E
G
 
D
F
 
V
E
 
S
L
 
L
T
 
T
L
 
V
R
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
T
L
 
F
L
 
Y
T
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
P
 
P
A
 
R
L
 
D
G
 
A
G
 
G
E
 
N
V
 
I
A
 
I
V
 
I
H
 
D
G
 
D
Q
 
D
D
 
D
V
 
I
H
 
S
R
 
L
A
 
L
S
 
P
P
 
L
R
 
H
A
 
A
L
 
R
S
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
D
x
Q
D
 
E
R
 
A
S
 
S
L
 
I
F
 
F
T
 
R
T
 
R
L
 
L
T
 
S
S
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
-
 
A
L
 
V
G
 
L
R
 
Q
V
 
I
K
 
R
G
 
D
G
 
D
L
 
L
S
 
S
V
 
A
D
 
E
E
 
Q
V
 
R
L
 
E
D
 
D
Y
 
R
F
 
A
P
 
N
A
 
E
L
 
L
R
 
M
K
 
E
R
 
E
L
 
F
D
 
H
V
 
I
-
 
E
-
 
H
-
 
L
R
 
R
A
 
D
G
 
S
M
 
M
-
 
G
-
 
Q
-
x
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
Q
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
I
 
F
L
 
I
L
 
L
I
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
V
 
V
Q
 
I
E
 
D
L
 
I
L
 
K
P
 
R
V
 
I
V
 
I
R
 
E
A
 
H
V
 
L
A
 
-
T
 
R
D
 
D
T
 
S
S
 
G
A
 
L
A
 
G
V
 
V
V
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
H
 
N
V
 
V
H
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
G
 
A
I
 
V
A
 
C
D
 
E
H
 
R
A
 
A
I
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
H
 
Q
G
 
G
E
 
H
E
 
L
V
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
R
 
L
A
 
Q
N
 
D
P
 
-
E
 
E
L
 
H
L
 
V
E
 
K
R
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
S
 
G
E
 
E

4yerA Crystal structure of an abc transporter atp-binding protein (tm_1403) from thermotoga maritima msb8 at 2.35 a resolution
26% identity, 91% coverage: 1:220/242 of query aligns to 1:224/285 of 4yerA

query
sites
4yerA
M
 
M
S
 
E
V
 
D
L
 
I
L
 
I
Q
 
V
T
 
V
R
 
E
G
 
N
L
 
L
N
 
V
A
 
K
G
 
K
Y
x
F
D
 
G
R
 
D
V
x
F
P
 
E
V
 
A
V
 
V
R
 
K
G
 
G
F
 
V
E
 
S
L
 
F
T
 
S
L
 
V
R
 
K
E
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
F
A
 
A
L
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
T
L
 
I
L
 
H
T
 
M
L
 
L
A
 
T
G
 
T
L
 
L
L
 
L
P
 
K
A
 
P
L
 
T
G
 
S
G
 
G
E
 
K
V
 
A
A
 
W
V
 
V
H
 
A
G
 
G
Q
 
H
D
 
D
V
 
V
H
 
L
R
 
K
A
 
E
S
 
P
P
 
R
R
 
E
A
 
V
L
 
R
S
 
R
R
 
K
L
 
I
G
 
G
V
 
I
V
 
V
L
 
F
V
 
-
P
 
-
D
 
Q
D
 
D
R
 
Q
S
 
S
L
 
L
F
 
D
T
 
R
T
 
E
L
 
L
T
 
T
S
 
A
R
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
M
Q
 
Y
L
 
I
-
 
H
G
 
G
R
 
K
V
 
I
K
 
Y
G
 
G
G
 
Y
L
 
G
S
 
G
V
 
-
D
 
-
E
 
-
V
 
-
L
 
-
D
 
-
Y
 
-
F
 
-
P
 
E
A
 
K
L
 
L
R
 
K
K
 
K
R
 
R
L
 
I
-
 
L
-
 
E
-
 
L
-
 
L
-
 
E
-
 
F
-
 
V
-
 
E
-
 
L
-
 
L
-
 
E
-
 
F
-
 
K
D
 
D
V
 
K
R
 
P
A
 
V
G
 
K
M
x
T
L
x
F
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
Q
 
A
Q
 
R
M
 
R
L
 
L
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
S
L
 
L
V
 
I
Q
 
H
R
 
E
P
 
P
R
 
E
I
 
V
L
 
L
L
 
F
I
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
P
S
 
T
M
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
D
P
 
P
V
 
H
I
 
T
V
 
R
Q
 
A
E
 
H
L
 
M
L
 
W
P
 
E
V
 
Y
V
 
I
R
 
S
A
 
K
V
 
M
A
 
K
T
 
K
D
 
E
T
 
H
S
 
N
A
 
M
A
 
T
V
 
I
V
 
F
L
 
L
V
 
T
E
 
T
Q
 
H
H
 
Y
V
 
M
H
 
D
L
 
E
V
 
A
M
 
E
G
 
Q
I
 
L
A
 
A
D
 
D
H
 
R
A
 
V
I
 
A
V
 
I
L
 
I
A
 
D
H
 
H
G
 
G
E
 
K
E
 
I
V
 
I
L
 
A
S
 
L
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
L
R
 
K

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
28% identity, 96% coverage: 2:233/242 of query aligns to 1:237/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
S
 
S
V
 
A
L
 
T
L
 
L
Q
 
T
T
 
A
R
 
K
G
 
N
L
 
L
N
 
A
A
 
K
G
 
A
Y
|
Y
D
 
K
R
 
G
V
x
R
P
 
R
V
|
V
V
 
V
R
 
E
G
 
D
F
 
V
E
 
S
L
 
L
T
 
T
L
 
V
R
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
T
L
 
F
L
 
Y
T
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
P
 
P
A
 
R
L
 
D
G
 
A
G
 
G
E
 
N
V
 
I
A
 
I
V
 
I
H
 
D
G
 
D
Q
 
D
D
 
D
V
 
I
H
 
S
R
 
L
A
 
L
S
 
P
P
 
L
R
 
H
A
 
A
L
 
R
S
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
D
 
Q
D
 
E
R
 
A
S
 
S
L
 
I
F
 
F
T
 
R
T
 
R
L
 
L
T
 
S
S
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
-
 
A
L
 
V
G
 
L
R
 
Q
V
 
I
K
 
R
G
 
D
G
 
D
L
 
L
S
 
S
V
 
A
D
 
E
E
 
Q
V
 
R
L
 
E
D
 
D
Y
 
R
F
 
A
P
 
N
A
 
E
L
 
L
R
 
M
K
 
E
R
 
E
L
 
F
D
 
H
V
 
I
-
 
E
-
 
H
-
 
L
R
 
R
A
 
D
G
 
S
M
 
M
-
 
G
-
 
Q
-
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
Q
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
I
 
F
L
 
I
L
 
L
I
 
L
D
 
D
E
 
Q
L
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
V
 
V
Q
 
I
E
 
D
L
 
I
L
 
K
P
 
R
V
 
I
V
 
I
R
 
E
A
 
H
V
 
L
A
 
-
T
 
R
D
 
D
T
 
S
S
 
G
A
 
L
A
 
G
V
 
V
V
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
H
 
N
V
 
V
H
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
G
 
A
I
 
V
A
 
C
D
 
E
H
 
R
A
 
A
I
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
H
 
Q
G
 
G
E
 
H
E
 
L
V
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
R
 
L
A
 
Q
N
 
D
P
 
-
E
 
E
L
 
H
L
 
V
E
 
K
R
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
S
 
G
E
 
E

P04983 Ribose import ATP-binding protein RbsA; EC 7.5.2.7 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
30% identity, 86% coverage: 18:226/242 of query aligns to 266:487/501 of P04983

query
sites
P04983
P
 
P
V
 
G
V
 
V
R
 
N
G
 
D
F
 
V
E
 
S
L
 
F
T
 
T
L
 
L
R
 
R
E
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
L
A
 
G
L
 
V
L
 
S
G
 
G
P
 
L
N
 
M
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
R
T
 
T
T
 
E
V
 
L
L
 
M
L
 
K
T
 
V
L
 
L
A
 
Y
G
 
G
L
 
A
L
 
L
P
 
P
A
 
R
L
 
T
G
 
S
G
 
G
E
 
Y
V
 
V
A
 
T
V
 
L
H
 
D
G
 
G
Q
 
H
D
 
E
V
 
V
H
 
V
R
 
T
A
 
R
S
 
S
P
 
P
R
 
Q
A
 
D
L
 
G
S
 
L
R
 
A
L
 
N
G
 
G
V
 
I
V
 
V
L
 
Y
V
 
I
P
 
S
D
 
E
D
 
D
R
 
R
S
 
K
-
 
R
-
 
D
-
 
G
L
 
L
F
 
V
T
 
L
T
 
G
L
 
M
T
 
S
S
 
V
R
 
K
E
 
E
N
 
N
L
 
M
Q
 
S
L
 
L
-
 
T
-
 
A
-
 
L
-
 
R
-
 
Y
-
 
F
G
 
S
R
 
R
V
 
A
K
 
G
G
 
G
G
 
S
L
 
L
-
 
K
-
 
H
-
 
A
-
 
D
-
 
E
-
 
Q
-
 
Q
S
 
A
V
 
V
D
 
S
E
 
D
V
 
F
L
 
I
D
 
R
Y
 
L
F
 
F
P
 
N
A
 
V
L
 
K
R
 
T
K
 
P
R
 
S
L
 
M
D
 
E
V
 
Q
R
 
A
A
 
I
G
 
G
M
 
L
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
N
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
K
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
G
L
 
L
V
 
M
Q
 
T
R
 
R
P
 
P
R
 
K
I
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
P
S
 
T
M
 
R
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
V
V
 
G
I
 
A
V
 
K
Q
 
K
E
 
E
L
 
I
L
 
Y
P
 
Q
V
 
L
V
 
I
R
 
N
A
 
Q
V
 
F
A
 
K
T
 
A
D
 
D
T
 
-
S
 
G
A
 
L
A
 
S
V
 
I
V
 
I
L
 
L
V
 
V
E
 
S
Q
 
S
H
 
E
V
 
M
H
 
P
L
 
E
V
 
V
M
 
L
G
 
G
I
 
M
A
 
S
D
 
D
H
 
R
A
 
I
I
 
I
V
 
V
L
 
M
A
 
H
H
 
E
G
 
G
E
 
H
E
 
-
V
 
-
L
 
L
S
 
S
G
 
G
P
 
E
A
 
F
A
 
T
E
 
R
L
 
E
R
 
Q
A
 
A
N
 
T
P
 
Q
E
 
E
L
 
V
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
29% identity, 94% coverage: 5:231/242 of query aligns to 3:234/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
L
Q
 
T
T
 
A
R
 
K
G
 
N
L
 
L
N
 
A
A
 
K
G
 
A
Y
|
Y
D
 
K
R
 
G
V
 
R
P
 
R
V
 
V
V
 
V
R
 
E
G
 
D
F
 
V
E
 
S
L
 
L
T
 
T
L
 
V
R
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
T
L
 
F
L
 
Y
T
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
P
 
P
A
 
R
L
 
D
G
 
A
G
 
G
E
 
N
V
 
I
A
 
I
V
 
I
H
 
D
G
 
D
Q
 
D
D
 
D
V
 
I
H
 
S
R
 
L
A
 
L
S
 
P
P
 
L
R
 
H
A
 
A
L
 
R
S
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
D
x
Q
D
 
E
R
 
A
S
 
S
L
 
I
F
 
F
T
 
R
T
 
R
L
 
L
T
 
S
S
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
-
 
A
L
 
V
G
 
L
R
 
Q
V
 
I
K
 
R
G
 
D
G
 
D
L
 
L
S
 
S
V
 
A
D
 
E
E
 
Q
V
 
R
L
 
E
D
 
D
Y
 
R
F
 
A
P
 
N
A
 
E
L
 
L
R
 
M
K
 
E
R
 
E
L
 
F
D
 
H
V
 
I
-
 
E
-
 
H
-
 
L
R
 
R
A
 
D
G
 
S
M
 
M
-
 
G
-
 
Q
-
x
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
Q
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
I
 
F
L
 
I
L
 
L
I
 
L
D
 
D
E
|
E
L
 
P
S
 
F
M
 
A
G
|
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
V
 
V
Q
 
I
E
 
D
L
 
I
L
 
K
P
 
R
V
 
I
V
 
I
R
 
E
A
 
H
V
 
L
A
 
-
T
 
R
D
 
D
T
 
S
S
 
G
A
 
L
A
 
G
V
 
V
V
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
H
 
N
V
 
V
H
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
G
 
A
I
 
V
A
 
C
D
 
E
H
 
R
A
 
A
I
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
H
 
Q
G
 
G
E
 
H
E
 
L
V
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
R
 
L
A
 
Q
N
 
D
P
 
-
E
 
E
L
 
H
L
 
V
E
 
K
R
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
29% identity, 94% coverage: 5:231/242 of query aligns to 3:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
L
Q
 
T
T
 
A
R
 
K
G
 
N
L
 
L
N
 
A
A
 
K
G
 
A
Y
|
Y
D
 
K
R
 
G
V
x
R
P
 
R
V
|
V
V
 
V
R
 
E
G
 
D
F
 
V
E
 
S
L
 
L
T
 
T
L
 
V
R
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
T
L
 
F
L
 
Y
T
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
P
 
P
A
 
R
L
 
D
G
 
A
G
 
G
E
 
N
V
 
I
A
 
I
V
 
I
H
 
D
G
 
D
Q
 
D
D
 
D
V
 
I
H
 
S
R
 
L
A
 
L
S
 
P
P
x
L
R
x
H
A
 
A
L
 
R
S
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
|
P
D
x
Q
D
 
E
R
x
A
S
|
S
L
 
I
F
|
F
T
x
R
T
x
R
L
|
L
T
 
S
S
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
-
 
A
L
x
V
G
 
L
R
 
Q
V
 
I
K
 
R
G
 
D
G
 
D
L
 
L
S
 
S
V
 
A
D
 
E
E
 
Q
V
 
R
L
 
E
D
 
D
Y
 
R
F
 
A
P
 
N
A
 
E
L
 
L
R
 
M
K
 
E
R
 
E
L
 
F
D
 
H
V
 
I
-
 
E
-
 
H
-
 
L
R
 
R
A
 
D
G
 
S
M
 
M
-
 
G
-
x
Q
-
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
Q
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
I
 
F
L
 
I
L
 
L
I
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
V
 
V
Q
 
I
E
 
D
L
 
I
L
 
K
P
 
R
V
 
I
V
 
I
R
 
E
A
 
H
V
 
L
A
 
-
T
 
R
D
 
D
T
 
S
S
 
G
A
 
L
A
 
G
V
 
V
V
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
H
 
N
V
 
V
H
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
G
 
A
I
 
V
A
 
C
D
 
E
H
 
R
A
 
A
I
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
H
 
Q
G
 
G
E
 
H
E
 
L
V
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
R
 
L
A
 
Q
N
 
D
P
 
-
E
 
E
L
 
H
L
 
V
E
 
K
R
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
29% identity, 94% coverage: 5:231/242 of query aligns to 3:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
L
Q
 
T
T
 
A
R
 
K
G
 
N
L
 
L
N
 
A
A
 
K
G
 
A
Y
|
Y
D
 
K
R
 
G
V
x
R
P
 
R
V
|
V
V
 
V
R
 
E
G
 
D
F
 
V
E
 
S
L
 
L
T
 
T
L
 
V
R
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
T
L
 
F
L
 
Y
T
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
P
 
P
A
 
R
L
 
D
G
 
A
G
 
G
E
 
N
V
 
I
A
 
I
V
 
I
H
 
D
G
 
D
Q
 
D
D
 
D
V
 
I
H
 
S
R
 
L
A
 
L
S
 
P
P
 
L
R
 
H
A
 
A
L
 
R
S
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
D
x
Q
D
 
E
R
 
A
S
 
S
L
 
I
F
 
F
T
 
R
T
 
R
L
 
L
T
 
S
S
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
-
 
A
L
 
V
G
 
L
R
 
Q
V
 
I
K
 
R
G
 
D
G
 
D
L
 
L
S
 
S
V
 
A
D
 
E
E
 
Q
V
 
R
L
 
E
D
 
D
Y
 
R
F
 
A
P
 
N
A
 
E
L
 
L
R
 
M
K
 
E
R
 
E
L
 
F
D
 
H
V
 
I
-
 
E
-
 
H
-
 
L
R
 
R
A
 
D
G
 
S
M
 
M
-
 
G
-
 
Q
-
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
Q
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
I
 
F
L
 
I
L
 
L
I
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
V
 
V
Q
 
I
E
 
D
L
 
I
L
 
K
P
 
R
V
 
I
V
 
I
R
 
E
A
 
H
V
 
L
A
 
-
T
 
R
D
 
D
T
 
S
S
 
G
A
 
L
A
 
G
V
 
V
V
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
H
 
N
V
 
V
H
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
G
 
A
I
 
V
A
 
C
D
 
E
H
 
R
A
 
A
I
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
H
 
Q
G
 
G
E
 
H
E
 
L
V
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
R
 
L
A
 
Q
N
 
D
P
 
-
E
 
E
L
 
H
L
 
V
E
 
K
R
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
28% identity, 93% coverage: 5:230/242 of query aligns to 3:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
L
Q
 
T
T
 
A
R
 
K
G
 
N
L
 
L
N
 
A
A
 
K
G
 
A
Y
|
Y
D
 
K
R
 
G
V
x
R
P
 
R
V
|
V
V
 
V
R
 
E
G
 
D
F
 
V
E
 
S
L
 
L
T
 
T
L
 
V
R
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
T
L
 
F
L
 
Y
T
 
M
L
 
V
A
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
P
 
P
A
 
R
L
 
D
G
 
A
G
 
G
E
 
N
V
 
I
A
 
I
V
 
I
H
 
D
G
 
D
Q
 
D
D
 
D
V
 
I
H
 
S
R
 
L
A
 
L
S
 
P
P
 
L
R
 
H
A
 
A
L
 
R
S
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
D
 
Q
D
 
E
R
 
A
S
 
S
L
 
I
F
|
F
T
x
R
T
x
R
L
 
L
T
 
S
S
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
Q
 
M
-
 
A
L
 
V
G
 
L
R
 
Q
V
 
I
K
 
R
G
 
D
G
 
D
L
 
L
S
 
S
V
 
A
D
 
E
E
 
Q
V
 
R
L
 
E
D
 
D
Y
 
R
F
 
A
P
 
N
A
 
E
L
 
L
R
 
M
K
 
E
R
 
E
L
 
F
D
 
H
V
 
I
-
 
E
-
 
H
-
 
L
R
 
R
A
 
D
G
 
S
M
 
M
-
 
G
-
 
Q
-
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
Q
 
A
R
 
N
P
 
P
R
 
K
I
 
F
L
 
I
L
 
L
I
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
V
 
V
Q
 
I
E
 
D
L
 
I
L
 
K
P
 
R
V
 
I
V
 
I
R
 
E
A
 
H
V
 
L
A
 
-
T
 
R
D
 
D
T
 
S
S
 
G
A
 
L
A
 
G
V
 
V
V
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
H
 
N
V
 
V
H
 
R
L
 
E
V
 
T
M
 
L
G
 
A
I
 
V
A
 
C
D
 
E
H
 
R
A
 
A
I
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
H
 
Q
G
 
G
E
 
H
E
 
L
V
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
R
 
L
A
 
Q
N
 
D
P
 
-
E
 
E
L
 
H
L
 
V
E
 
K
R
 
R
A
 
V
Y
 
Y

Q8R420 Phospholipid-transporting ATPase ABCA3; ATP-binding cassette sub-family A member 3; Xenobiotic-transporting ATPase ABCA3; EC 7.6.2.1; EC 7.6.2.2 from Mus musculus (Mouse) (see paper)
32% identity, 79% coverage: 20:209/242 of query aligns to 549:740/1704 of Q8R420

query
sites
Q8R420
V
 
I
R
 
R
G
 
D
F
 
L
E
 
T
L
 
L
T
 
N
L
 
L
R
 
Y
E
 
E
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
T
A
 
V
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
V
 
T
L
 
M
L
 
S
T
 
L
L
 
L
A
 
T
G
 
G
L
 
L
L
 
F
P
 
P
A
 
P
L
 
T
G
 
S
G
 
G
E
 
H
V
 
A
A
 
Y
V
 
I
H
 
H
G
 
G
Q
 
Y
D
 
E
V
 
I
H
 
S
R
 
Q
A
 
D
S
 
M
P
 
A
R
 
Q
A
 
I
L
 
R
S
 
K
R
 
S
L
 
L
G
 
G
V
 
-
V
 
-
L
 
L
V
 
C
P
 
P
D
 
Q
D
 
H
R
 
D
S
 
V
L
 
L
F
 
F
T
 
D
T
 
N
L
 
L
T
 
T
S
 
V
R
 
A
E
 
E
N
 
H
L
 
L
Q
 
Y
L
 
F
G
 
Y
R
 
A
V
 
Q
K
 
L
G
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
S
V
 
L
-
 
Q
-
 
K
-
 
C
-
 
P
D
 
E
E
 
E
V
 
V
-
 
K
-
 
Q
L
 
M
D
 
L
Y
 
H
F
 
I
P
 
L
A
 
S
L
 
L
R
 
E
K
 
D
R
 
K
L
 
R
D
 
D
V
 
L
R
 
R
A
 
S
G
 
K
M
 
F
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
Q
 
K
Q
 
R
M
 
K
L
 
L
A
 
S
I
 
I
G
 
G
R
 
I
A
 
A
L
 
L
V
 
I
Q
 
A
R
 
G
P
 
S
R
 
K
I
 
V
L
 
L
L
 
M
I
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
P
S
 
T
M
 
S
G
 
G
L
 
M
A
 
D
P
 
A
V
 
V
I
 
S
V
 
R
Q
 
R
E
 
A
L
 
I
L
 
W
P
 
D
V
 
L
V
 
L
R
 
Q
A
 
Q
V
 
Q
A
 
K
T
 
S
D
 
D
T
 
R
S
 
T
A
 
-
A
 
-
V
 
V
V
 
L
L
 
L
V
 
T
E
 
T
Q
 
H
H
 
F
V
 
M
H
 
D
L
 
E
V
 
A
M
 
D
G
 
L
I
 
L
A
 
G
D
 
D
H
 
R
A
 
I
I
 
A
V
 
I
L
 
L
A
 
A
H
 
K
G
 
G
E
 
E

Sites not aligning to the query:

P55339 ABC-type transporter ATP-binding protein EcsA from Bacillus subtilis (strain 168) (see paper)
30% identity, 90% coverage: 4:220/242 of query aligns to 3:222/247 of P55339

query
sites
P55339
L
 
L
L
 
L
Q
 
S
T
 
V
R
 
K
G
 
D
L
 
L
N
 
T
A
 
G
G
 
G
Y
 
Y
D
 
T
R
 
R
V
 
N
P
 
P
V
 
V
V
 
L
R
 
K
G
 
N
F
 
V
E
 
S
L
 
F
T
 
T
L
 
L
R
 
E
E
 
P
G
 
N
E
 
Q
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
I
G
 
G
P
 
L
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
T
 
T
V
 
T
L
 
I
L
 
R
T
 
H
L
 
I
A
 
I
G
 
G
L
 
L
L
 
M
P
 
D
A
 
P
L
 
H
G
 
K
G
 
G
E
 
S
V
 
I
A
 
E
V
 
L
H
 
N
G
 
G
Q
 
K
D
 
-
V
 
T
H
 
F
R
 
A
A
 
E
S
 
D
P
 
P
R
 
E
A
 
G
L
 
Y
S
 
-
R
 
R
L
 
S
G
 
Q
V
 
F
V
 
T
L
 
Y
V
 
I
P
 
P
D
 
E
D
 
T
R
 
P
S
 
V
L
 
L
F
 
Y
T
 
E
T
 
E
L
 
L
T
 
T
S
 
L
R
 
M
E
 
E
N
 
H
L
 
L
Q
 
E
L
 
L
G
 
T
R
 
A
V
 
M
K
 
A
G
 
Y
G
 
G
L
 
L
S
 
S
V
 
K
D
 
E
E
 
T
V
 
M
L
 
E
D
 
K
Y
 
R
F
 
L
P
 
P
A
 
P
L
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
E
-
 
F
-
 
R
-
 
M
R
 
E
K
 
K
R
 
R
L
 
L
D
 
K
V
 
W
R
 
F
A
 
P
G
 
A
M
 
H
L
 
F
S
 
S
G
 
K
G
 
G
E
 
M
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
K
L
 
V
A
 
M
I
 
I
G
 
M
R
 
C
A
 
A
L
 
F
V
 
L
Q
 
A
R
 
E
P
 
P
R
 
A
I
 
L
L
 
Y
L
 
I
I
 
I
D
 
D
E
 
E
L
 
P
S
 
F
M
 
L
G
|
G
L
 
L
A
 
D
P
 
P
V
 
L
I
 
A
V
 
I
Q
 
N
E
 
A
L
 
L
L
 
L
P
 
E
V
 
-
V
 
-
R
 
R
A
 
M
V
 
N
A
 
E
T
 
A
D
 
K
T
 
K
S
 
G
A
 
G
A
 
A
V
 
S
V
 
V
L
 
L
V
 
M
E
 
S
Q
 
T
H
 
H
V
 
I
-
 
L
H
 
A
L
 
T
V
 
A
M
 
E
G
 
R
I
 
Y
A
 
C
D
 
D
H
 
S
A
 
F
I
 
I
V
 
I
L
 
L
A
 
H
H
 
N
G
 
G
E
 
E
E
 
V
V
 
R
L
 
A
S
 
R
G
 
G
P
 
T
A
 
L
A
 
S
E
 
E
L
 
L
R
 
R

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
30% identity, 93% coverage: 1:226/242 of query aligns to 14:242/378 of P69874

query
sites
P69874
M
 
L
S
 
S
V
 
P
L
 
L
L
 
V
Q
 
Q
T
 
L
R
 
A
G
 
G
L
 
I
N
 
R
A
 
K
G
x
C
Y
x
F
D
 
D
R
 
G
V
 
K
P
 
E
V
 
V
V
 
I
R
 
P
G
 
Q
F
 
L
E
 
D
L
 
L
T
 
T
L
 
I
R
 
N
E
 
N
G
 
G
E
 
E
V
x
F
V
 
L
A
 
T
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
x
C
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
V
 
V
L
|
L
L
 
R
T
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
E
P
 
T
A
 
V
L
 
D
G
 
S
G
 
G
E
 
R
V
 
I
A
 
M
V
x
L
H
 
D
G
 
N
Q
 
E
D
 
D
V
 
I
H
 
T
R
 
H
A
 
V
S
 
P
P
 
-
R
 
-
A
 
A
L
 
E
S
 
N
R
 
R
L
 
Y
G
 
-
V
 
V
V
 
N
L
 
T
V
 
V
P
 
F
D
 
Q
D
 
S
R
 
Y
S
 
A
L
 
L
F
 
F
T
 
P
T
 
H
L
 
M
T
 
T
S
 
V
R
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
V
Q
 
A
L
 
F
G
 
G
-
 
L
R
 
R
V
 
M
K
 
Q
G
 
K
G
 
T
L
 
P
S
 
A
V
 
A
D
 
E
E
 
I
V
 
T
L
 
P
D
 
R
Y
 
V
F
 
M
P
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
R
K
 
M
-
x
V
R
 
Q
L
 
L
D
 
E
V
 
T
R
 
F
A
 
A
G
 
Q
-
 
R
-
 
K
-
 
P
-
 
H
M
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
V
 
V
Q
 
N
R
 
K
P
 
P
R
 
R
I
 
L
L
 
L
L
 
L
I
 
L
D
|
D
E
 
E
L
 
S
S
 
L
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
Y
V
 
K
I
 
L
V
 
R
Q
 
K
E
 
Q
L
 
M
L
 
Q
P
 
N
V
 
E
V
 
L
R
 
K
A
 
A
V
 
L
A
 
Q
T
 
R
D
 
K
T
 
L
S
 
G
A
 
I
A
 
T
V
 
F
V
 
V
L
 
F
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
H
 
D
V
 
Q
H
 
E
L
 
E
V
 
A
M
 
L
G
 
T
I
 
M
A
 
S
D
 
D
H
 
R
A
 
I
I
 
V
V
 
V
L
 
M
A
 
R
H
 
D
G
 
G
E
 
R
E
 
I
V
 
E
L
 
Q
S
 
D
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
R
E
 
E
L
 
I
R
 
Y
A
 
E
N
 
E
P
 
P
E
 
K
L
 
N
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6panA Structure of a bacterial atm1-family abc exporter with atp bound (see paper)
32% identity, 95% coverage: 13:241/242 of query aligns to 339:568/572 of 6panA

query
sites
6panA
G
 
G
Y
|
Y
D
 
D
R
 
R
-
 
D
V
x
R
P
 
E
V
x
I
V
 
L
R
 
H
G
 
G
F
 
L
E
 
S
L
 
F
T
 
E
L
 
V
R
 
A
E
 
A
G
 
G
E
 
S
V
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
A
G
 
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
V
 
I
L
 
A
L
 
R
T
 
L
L
 
L
A
 
F
G
 
R
L
 
F
L
 
Y
P
 
D
A
 
P
L
 
W
G
 
E
G
 
G
E
 
R
V
 
I
A
 
L
V
 
I
H
 
D
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
V
 
I
H
 
A
R
 
H
A
 
V
S
 
T
P
 
Q
R
 
T
A
 
S
L
 
L
S
 
-
R
 
R
L
 
A
G
 
A
V
 
L
V
 
G
L
 
I
V
 
V
P
 
P
D
 
Q
D
 
D
R
 
S
S
 
V
L
 
L
F
 
F
T
 
N
T
 
D
L
 
-
T
 
T
S
 
I
R
 
G
E
 
Y
N
 
N
L
 
I
Q
 
A
L
 
Y
G
 
G
R
 
R
V
 
-
K
 
-
G
 
D
G
 
G
L
 
A
S
 
S
V
 
R
D
 
A
E
 
E
V
 
V
-
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
G
-
 
A
-
 
A
-
 
I
L
 
A
D
 
D
Y
 
F
F
 
I
P
 
A
A
 
R
L
 
L
R
 
P
K
 
Q
R
 
G
L
 
Y
D
 
D
V
 
T
R
 
E
A
 
V
G
 
G
-
 
E
-
 
R
-
 
G
-
 
L
M
x
K
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
 
G
E
|
E
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
T
L
 
L
V
 
V
Q
 
K
R
 
N
P
 
P
R
 
P
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
F
D
 
D
E
 
E
L
 
A
S
 
T
M
 
C
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
T
V
 
R
I
 
T
V
 
E
Q
 
Q
E
 
D
L
 
I
L
 
L
P
 
S
V
 
T
V
 
M
R
 
R
A
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
S
D
 
H
T
 
R
S
 
T
A
 
T
A
 
I
V
 
S
V
 
I
L
 
-
V
 
-
E
 
-
Q
 
-
H
 
-
V
 
A
H
|
H
L
 
R
V
 
L
M
 
S
G
 
T
I
 
I
A
 
A
D
 
D
H
 
S
A
 
D
I
 
T
V
 
I
L
 
L
A
 
V
H
 
L
G
 
D
E
 
Q
E
 
-
V
 
-
L
 
-
S
 
-
G
 
G
P
 
R
A
 
L
A
 
A
E
 
E
L
 
Q
R
 
G
A
 
S
N
 
H
P
 
L
E
 
D
L
 
L
L
 
L
E
 
R
R
 
R
A
 
D
Y
 
G
L
 
L
S
 
Y
E
 
A
R
 
E
H
 
M
A
 
W
P
 
A
R
 
R
E
 
Q
V
 
A
A
 
A

6fn1A Zosuquidar and uic2 fab complex of human-mouse chimeric abcb1 (abcb1hm) (see paper)
34% identity, 66% coverage: 17:175/242 of query aligns to 376:546/1182 of 6fn1A

query
sites
6fn1A
V
 
V
P
 
Q
V
 
I
V
 
L
R
 
K
G
 
G
F
 
L
E
 
N
L
 
L
T
 
K
L
 
V
R
 
K
E
 
S
G
 
G
E
 
Q
V
 
T
V
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
V
G
 
G
P
 
N
N
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
T
 
T
V
 
T
L
 
V
L
 
Q
T
 
L
L
 
M
A
 
Q
G
 
R
L
 
L
L
 
Y
P
 
D
A
 
P
L
 
L
G
 
D
G
 
G
E
 
M
V
 
V
A
 
S
V
 
I
H
 
D
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
V
 
I
H
 
R
R
 
T
A
 
I
S
 
N
P
 
V
R
 
R
A
 
Y
L
 
L
S
 
R
R
 
E
L
 
I
G
 
-
V
 
I
V
 
G
L
 
V
V
 
V
P
 
S
D
 
Q
D
 
E
R
 
P
S
 
V
L
 
L
F
 
F
T
 
A
T
 
T
L
 
-
T
 
T
S
 
I
R
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
I
Q
 
R
L
 
Y
G
 
G
R
 
R
V
 
E
K
 
D
G
 
-
G
 
-
L
 
V
S
 
T
V
 
M
D
 
D
E
 
E
V
 
I
-
 
E
-
 
K
-
 
A
-
 
V
-
 
K
-
 
E
-
 
A
-
 
N
-
 
A
L
 
Y
D
 
D
Y
 
F
F
 
I
P
 
M
A
 
K
L
 
L
R
 
P
K
 
H
R
 
Q
L
 
F
D
 
D
V
 
T
-
 
L
-
 
V
-
 
G
-
 
E
R
 
R
A
 
G
G
 
A
M
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
I
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
V
Q
 
R
R
 
N
P
 
P
R
 
K
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
L
D
 
D
E
 
E
L
 
A
S
 
T
M
 
C
G
 
A
L
 
L
-
 
D
-
 
T
-
 
E
A
 
S
P
 
E
V
 
A
I
 
V
V
 
V
Q
 
Q
E
 
A
L
 
A
L
 
L
P
 
D
V
 
K
V
 
A
R
 
R

Sites not aligning to the query:

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
31% identity, 91% coverage: 13:233/242 of query aligns to 10:238/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
G
 
N
Y
x
F
D
 
G
R
 
S
V
 
L
P
 
E
V
|
V
V
 
L
R
 
K
G
 
G
F
 
V
E
 
T
L
 
L
T
 
K
L
 
V
R
 
N
E
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
V
 
L
L
 
L
L
 
R
T
 
C
L
 
I
A
 
N
G
 
L
L
 
L
L
 
E
P
 
E
A
 
P
L
 
T
G
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
V
A
 
F
V
 
I
H
 
D
G
 
G
Q
 
V
D
 
K
V
 
I
H
 
N
R
 
N
A
 
G
S
 
K
-
 
V
-
 
N
-
 
I
P
 
N
R
 
K
A
 
V
L
 
R
S
 
Q
R
 
K
L
 
V
G
 
G
V
 
M
V
 
V
L
 
F
V
 
-
P
 
-
D
 
Q
D
 
H
R
 
F
S
 
N
L
 
L
F
 
F
T
 
P
T
 
H
L
 
L
T
 
T
S
 
A
R
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
I
Q
 
T
L
 
L
G
 
A
R
 
P
V
 
V
K
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
K
-
 
M
-
 
N
-
 
K
-
 
K
-
 
E
-
 
A
G
 
E
G
 
E
L
 
L
S
 
A
V
 
V
D
 
D
E
 
-
V
 
L
L
 
L
D
 
A
Y
 
K
F
 
V
P
 
G
A
 
L
L
 
L
R
 
D
K
 
K
R
 
K
L
 
-
D
 
D
V
 
Q
R
 
Y
A
 
P
G
 
I
M
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
Q
 
M
R
 
Q
P
 
P
R
 
E
I
 
V
L
 
M
L
 
L
I
 
F
D
 
D
E
|
E
L
 
P
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
V
 
E
I
 
M
V
 
V
Q
 
K
E
 
E
L
 
V
L
 
L
P
 
N
V
 
V
V
 
M
R
 
K
A
 
Q
V
 
L
A
 
A
T
 
N
D
 
E
T
 
-
S
 
G
A
 
M
A
 
T
V
 
M
V
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
H
 
E
V
 
M
H
 
G
L
 
F
V
 
A
M
 
R
G
 
E
I
 
V
A
 
G
D
 
D
H
 
R
A
 
V
I
 
I
V
 
F
L
 
M
A
 
D
H
 
D
G
 
G
E
 
V
E
 
I
V
 
V
L
 
E
S
 
E
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
E
E
 
E
L
 
I
-
 
F
-
 
Y
R
 
R
A
 
A
N
 
K
P
 
N
E
 
E
L
 
R
L
 
T
E
 
-
R
 
R
A
 
E
Y
 
F
L
 
L
S
 
S
E
 
K

4mrvA Structure of a bacterial atm1-family abc transporter (see paper)
32% identity, 95% coverage: 13:241/242 of query aligns to 362:591/600 of 4mrvA

query
sites
4mrvA
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
R
 
R
-
 
D
V
 
R
P
 
E
V
 
I
V
 
L
R
 
H
G
 
G
F
 
L
E
 
S
L
 
F
T
 
E
L
 
V
R
 
A
E
 
A
G
 
G
E
 
S
V
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
 
K
T
x
S
T
 
T
V
 
I
L
 
A
L
 
R
T
 
L
L
 
L
A
 
F
G
 
R
L
 
F
L
 
Y
P
 
D
A
 
P
L
 
W
G
 
E
G
 
G
E
 
R
V
 
I
A
 
L
V
 
I
H
 
D
G
 
G
Q
 
Q
D
 
D
V
 
I
H
 
A
R
 
H
A
 
V
S
 
T
P
 
Q
R
 
T
A
 
S
L
 
L
S
 
-
R
 
R
L
 
A
G
 
A
V
 
L
V
 
G
L
 
I
V
 
V
P
 
P
D
 
Q
D
 
D
R
 
S
S
 
V
L
 
L
F
 
F
T
 
N
T
 
D
L
 
-
T
 
T
S
 
I
R
 
G
E
 
Y
N
 
N
L
 
I
Q
 
A
L
 
Y
G
 
G
R
 
R
V
 
-
K
 
-
G
 
D
G
 
G
L
 
A
S
 
S
V
 
R
D
 
A
E
 
E
V
 
V
-
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
G
-
 
A
-
 
A
-
 
I
L
 
A
D
 
D
Y
 
F
F
 
I
P
 
A
A
 
R
L
 
L
R
 
P
K
 
Q
R
 
G
L
 
Y
D
 
D
V
 
T
R
 
E
A
 
V
G
 
G
-
 
E
-
 
R
-
 
G
-
 
L
M
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
T
L
 
L
V
 
V
Q
 
K
R
 
N
P
 
P
R
 
P
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
F
D
 
D
E
 
E
L
 
A
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
T
V
 
R
I
 
T
V
 
E
Q
 
Q
E
 
D
L
 
I
L
 
L
P
 
S
V
 
T
V
 
M
R
 
R
A
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
S
D
 
H
T
 
R
S
 
T
A
 
T
A
 
I
V
 
S
V
 
I
L
 
-
V
 
-
E
 
-
Q
 
-
H
 
-
V
 
A
H
 
H
L
 
R
V
 
L
M
 
S
G
 
T
I
 
I
A
 
A
D
 
D
H
 
S
A
 
D
I
 
T
V
 
I
L
 
L
A
 
V
H
 
L
G
 
D
E
 
Q
E
 
-
V
 
-
L
 
-
S
 
-
G
 
G
P
 
R
A
 
L
A
 
A
E
 
E
L
 
Q
R
 
G
A
 
S
N
 
H
P
 
L
E
 
D
L
 
L
L
 
L
E
 
R
R
 
R
A
 
D
Y
 
G
L
 
L
S
 
Y
E
 
A
R
 
E
H
 
M
A
 
W
P
 
A
R
 
R
E
 
Q
V
 
A
A
 
A

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_011605976.1 NCBI__GCF_000058485.1:WP_011605976.1
MSVLLQTRGLNAGYDRVPVVRGFELTLREGEVVALLGPNGAGKTTVLLTLAGLLPALGGE
VAVHGQDVHRASPRALSRLGVVLVPDDRSLFTTLTSRENLQLGRVKGGLSVDEVLDYFPA
LRKRLDVRAGMLSGGEQQMLAIGRALVQRPRILLIDELSMGLAPVIVQELLPVVRAVATD
TSAAVVLVEQHVHLVMGIADHAIVLAHGEEVLSGPAAELRANPELLERAYLSERHAPREV
AA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory