SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011606081.1 NCBI__GCF_000058485.1:WP_011606081.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6uapC Crystal structure of tryptophan synthase from m. Tuberculosis - open form with brd6309 bound
55% identity, 97% coverage: 3:268/275 of query aligns to 2:248/250 of 6uapC

query
sites
6uapC
S
 
S
R
 
R
L
 
L
D
 
G
E
 
P
R
 
V
F
 
F
T
 
D
A
 
S
A
 
C
R
 
R
E
 
A
E
 
N
G
 
N
R
 
R
S
 
A
L
 
A
L
 
L
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
A
 
T
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
T
 
D
V
 
V
D
 
P
G
 
A
A
 
S
V
 
V
A
 
A
A
 
A
M
 
M
R
 
T
A
 
A
M
 
L
V
 
V
A
 
E
A
 
S
G
 
G
V
 
C
D
 
D
V
 
I
V
 
I
E
|
E
V
 
V
G
 
G
L
 
V
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
D
|
D
P
 
P
T
x
G
M
 
M
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
A
D
 
R
A
 
A
A
 
T
D
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
V
 
V
T
 
R
T
 
V
V
 
R
D
 
D
V
 
T
L
 
L
R
 
A
T
 
A
V
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
I
A
 
S
A
 
I
T
 
A
G
 
G
A
 
G
P
 
R
T
 
A
V
 
V
V
 
V
M
 
M
T
 
T
Y
 
Y
W
 
W
N
 
N
P
 
P
I
 
V
D
 
L
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
P
 
V
A
 
D
R
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
L
G
 
G
T
 
L
I
 
I
T
 
T
P
 
P
D
|
D
L
 
L
P
 
I
P
 
P
E
 
D
E
 
E
A
 
A
D
 
Q
P
 
Q
W
 
W
L
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
S
A
 
E
E
 
E
H
 
H
G
 
R
L
 
L
D
 
D
P
 
R
V
 
I
F
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
S
S
 
S
S
 
T
D
 
P
A
 
E
R
 
R
I
 
L
R
 
A
R
 
A
V
 
T
T
 
V
G
 
E
I
 
A
S
 
S
R
 
R
G
 
G
F
 
F
V
 
V
Y
|
Y
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
T
M
 
V
G
 
-
V
 
-
T
 
-
G
 
-
T
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
G
 
-
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
-
 
P
D
 
E
L
 
L
V
 
V
A
 
G
R
 
R
V
 
V
R
 
K
A
 
A
T
 
V
T
 
S
E
 
D
L
 
I
P
 
P
V
 
V
A
 
G
V
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
V
 
V
S
 
R
T
 
S
G
 
R
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
V
 
I
A
 
A
G
 
Q
F
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
S
 
S
A
 
A
L
 
L
V
 
V
K
 
T
V
 
A
L
 
L
V
 
T
D
 
E
A
 
-
Q
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
-
T
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
G
L
 
L
A
 
P
G
 
R
I
 
L
G
 
R
R
 
A
L
 
L
A
 
T
A
 
G
E
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
A
G
 
G
V
 
V
R
 
R

6usaA Crystal structure of tryptophan synthase from m. Tuberculosis - aminoacrylate- and gsk1-bound form (see paper)
55% identity, 97% coverage: 3:268/275 of query aligns to 3:247/249 of 6usaA

query
sites
6usaA
S
 
S
R
 
R
L
 
L
D
 
G
E
 
P
R
 
V
F
 
F
T
 
D
A
 
S
A
 
C
R
 
R
E
 
A
E
 
N
G
 
N
R
 
R
S
 
A
L
 
A
L
 
L
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
A
 
T
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
T
 
D
V
 
V
D
 
P
G
 
A
A
 
S
V
 
V
A
 
A
A
 
A
M
 
M
R
 
T
A
 
A
M
 
L
V
 
V
A
 
E
A
 
S
G
 
G
V
 
C
D
 
D
V
 
I
V
 
I
E
|
E
V
 
V
G
 
G
L
 
V
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
x
G
M
 
M
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
A
D
 
R
A
 
A
A
 
T
D
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
V
 
V
T
 
R
T
 
V
V
 
R
D
 
D
V
 
T
L
 
L
R
 
A
T
 
A
V
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
I
A
 
S
A
 
I
T
 
A
G
 
G
A
 
G
P
 
R
T
 
A
V
 
V
V
 
V
M
 
M
T
 
T
Y
 
Y
W
 
W
N
 
N
P
 
P
I
 
V
D
 
L
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
P
 
V
A
 
D
R
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
L
G
 
G
T
 
L
I
 
I
T
 
T
P
 
P
D
|
D
L
 
L
P
 
I
P
 
P
E
 
D
E
 
E
A
 
A
D
 
Q
P
 
Q
W
 
W
L
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
S
A
 
E
E
 
E
H
 
H
G
 
R
L
 
L
D
 
D
P
 
R
V
 
I
F
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
S
S
 
S
S
 
T
D
 
P
A
 
E
R
 
R
I
 
L
R
 
A
R
 
A
V
 
T
T
 
V
G
 
E
I
 
A
S
 
S
R
 
R
G
 
G
F
 
F
V
 
V
Y
|
Y
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
-
M
 
-
G
 
-
V
 
-
T
 
-
G
 
-
T
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
G
 
-
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
-
 
P
D
 
E
L
 
L
V
 
V
A
 
G
R
 
R
V
 
V
R
 
K
A
 
A
T
 
V
T
 
S
E
 
D
L
 
I
P
 
P
V
 
V
A
 
G
V
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
V
 
V
S
 
R
T
 
S
G
 
R
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
V
 
I
A
 
A
G
 
Q
F
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
S
 
S
A
 
A
L
 
L
V
 
V
K
 
T
V
 
A
L
 
L
V
 
T
D
 
E
A
 
-
Q
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
-
T
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
G
L
 
L
A
 
P
G
 
R
I
 
L
G
 
R
R
 
A
L
 
L
A
 
T
A
 
G
E
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
A
G
 
G
V
 
V
R
 
R

6u6cA Crystal structure of tryptophan synthase from m. Tuberculosis - aminoacrylate- and gsk2-bound form (see paper)
55% identity, 97% coverage: 3:268/275 of query aligns to 3:247/249 of 6u6cA

query
sites
6u6cA
S
 
S
R
 
R
L
 
L
D
 
G
E
 
P
R
 
V
F
 
F
T
 
D
A
 
S
A
 
C
R
 
R
E
 
A
E
 
N
G
 
N
R
 
R
S
 
A
L
 
A
L
 
L
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
A
 
T
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
T
 
D
V
 
V
D
 
P
G
 
A
A
 
S
V
 
V
A
 
A
A
 
A
M
 
M
R
 
T
A
 
A
M
 
L
V
 
V
A
 
E
A
 
S
G
 
G
V
 
C
D
 
D
V
 
I
V
 
I
E
|
E
V
 
V
G
 
G
L
 
V
P
 
P
Y
|
Y
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
x
G
M
|
M
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
A
D
 
R
A
 
A
A
 
T
D
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
V
 
V
T
 
R
T
 
V
V
 
R
D
 
D
V
 
T
L
 
L
R
 
A
T
 
A
V
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
I
A
 
S
A
 
I
T
 
A
G
 
G
A
 
G
P
 
R
T
 
A
V
 
V
V
 
V
M
 
M
T
 
T
Y
|
Y
W
 
W
N
 
N
P
 
P
I
 
V
D
 
L
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
P
 
V
A
 
D
R
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
L
G
 
G
T
 
L
I
 
I
T
 
T
P
 
P
D
|
D
L
 
L
P
 
I
P
 
P
E
 
D
E
 
E
A
 
A
D
 
Q
P
 
Q
W
 
W
L
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
S
A
 
E
E
 
E
H
 
H
G
 
R
L
 
L
D
 
D
P
 
R
V
 
I
F
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
S
S
 
S
S
 
T
D
 
P
A
 
E
R
 
R
I
 
L
R
 
A
R
 
A
V
 
T
T
 
V
G
 
E
I
 
A
S
 
S
R
 
R
G
 
G
F
 
F
V
 
V
Y
|
Y
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
-
M
 
-
G
 
-
V
 
-
T
 
-
G
 
-
T
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
G
 
-
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
-
 
P
D
 
E
L
 
L
V
 
V
A
 
G
R
 
R
V
 
V
R
 
K
A
 
A
T
 
V
T
 
S
E
 
D
L
 
I
P
 
P
V
 
V
A
 
G
V
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
V
 
V
S
 
R
T
 
S
G
 
R
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
V
 
I
A
 
A
G
 
Q
F
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
S
 
S
A
 
A
L
 
L
V
 
V
K
 
T
V
 
A
L
 
L
V
 
T
D
 
E
A
 
-
Q
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
-
T
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
G
L
 
L
A
 
P
G
 
R
I
 
L
G
 
R
R
 
A
L
 
L
A
 
T
A
 
G
E
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
A
G
 
G
V
 
V
R
 
R

6dweA Crystal structure of tryptophan synthase from m. Tuberculosis - aminoacrylate- and brd0059-bound form
55% identity, 97% coverage: 3:268/275 of query aligns to 3:247/249 of 6dweA

query
sites
6dweA
S
 
S
R
 
R
L
 
L
D
 
G
E
 
P
R
 
V
F
 
F
T
 
D
A
 
S
A
 
C
R
 
R
E
 
A
E
 
N
G
 
N
R
 
R
S
 
A
L
 
A
L
 
L
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
A
 
T
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
T
 
D
V
 
V
D
 
P
G
 
A
A
 
S
V
 
V
A
 
A
A
 
A
M
 
M
R
 
T
A
 
A
M
 
L
V
 
V
A
 
E
A
 
S
G
 
G
V
 
C
D
 
D
V
 
I
V
 
I
E
|
E
V
 
V
G
 
G
L
 
V
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
D
|
D
P
 
P
T
 
G
M
 
M
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
A
D
 
R
A
 
A
A
 
T
D
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
V
 
V
T
 
R
T
 
V
V
 
R
D
 
D
V
 
T
L
 
L
R
 
A
T
 
A
V
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
I
A
 
S
A
 
I
T
 
A
G
 
G
A
 
G
P
 
R
T
 
A
V
 
V
V
 
V
M
 
M
T
 
T
Y
|
Y
W
 
W
N
 
N
P
 
P
I
 
V
D
 
L
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
P
 
V
A
 
D
R
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
L
G
 
G
T
 
L
I
 
I
T
 
T
P
 
P
D
 
D
L
 
L
P
 
I
P
 
P
E
 
D
E
 
E
A
 
A
D
 
Q
P
 
Q
W
 
W
L
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
S
A
 
E
E
 
E
H
 
H
G
 
R
L
 
L
D
 
D
P
 
R
V
 
I
F
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
S
S
 
S
S
 
T
D
 
P
A
 
E
R
 
R
I
 
L
R
 
A
R
 
A
V
 
T
T
 
V
G
 
E
I
 
A
S
 
S
R
 
R
G
 
G
F
 
F
V
 
V
Y
|
Y
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
-
M
 
-
G
 
-
V
 
-
T
 
-
G
 
-
T
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
G
 
-
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
-
 
P
D
 
E
L
 
L
V
 
V
A
 
G
R
 
R
V
 
V
R
 
K
A
 
A
T
 
V
T
 
S
E
 
D
L
 
I
P
 
P
V
 
V
A
 
G
V
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
V
 
V
S
 
R
T
 
S
G
 
R
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
V
 
I
A
 
A
G
 
Q
F
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
S
 
S
A
 
A
L
 
L
V
 
V
K
 
T
V
 
A
L
 
L
V
 
T
D
 
E
A
 
-
Q
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
-
T
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
G
L
 
L
A
 
P
G
 
R
I
 
L
G
 
R
R
 
A
L
 
L
A
 
T
A
 
G
E
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
A
G
 
G
V
 
V
R
 
R

5tciA Crystal structure of tryptophan synthase from m. Tuberculosis - brd4592-bound form (see paper)
55% identity, 97% coverage: 3:268/275 of query aligns to 3:247/249 of 5tciA

query
sites
5tciA
S
 
S
R
 
R
L
 
L
D
 
G
E
 
P
R
 
V
F
 
F
T
 
D
A
 
S
A
 
C
R
 
R
E
 
A
E
 
N
G
 
N
R
 
R
S
 
A
L
 
A
L
 
L
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
A
 
T
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
T
 
D
V
 
V
D
 
P
G
 
A
A
 
S
V
 
V
A
 
A
A
 
A
M
 
M
R
 
T
A
 
A
M
 
L
V
 
V
A
 
E
A
 
S
G
 
G
V
 
C
D
 
D
V
 
I
V
 
I
E
|
E
V
 
V
G
 
G
L
 
V
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
D
|
D
P
 
P
T
x
G
M
 
M
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
A
D
 
R
A
 
A
A
 
T
D
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
V
 
V
T
 
R
T
 
V
V
 
R
D
 
D
V
 
T
L
 
L
R
 
A
T
 
A
V
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
I
A
 
S
A
 
I
T
 
A
G
 
G
A
 
G
P
 
R
T
 
A
V
 
V
V
 
V
M
 
M
T
 
T
Y
 
Y
W
 
W
N
 
N
P
 
P
I
 
V
D
 
L
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
P
 
V
A
 
D
R
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
L
G
 
G
T
 
L
I
 
I
T
 
T
P
 
P
D
|
D
L
 
L
P
 
I
P
 
P
E
 
D
E
 
E
A
 
A
D
 
Q
P
 
Q
W
 
W
L
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
S
A
 
E
E
 
E
H
 
H
G
 
R
L
 
L
D
 
D
P
 
R
V
 
I
F
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
S
S
 
S
S
 
T
D
 
P
A
 
E
R
 
R
I
 
L
R
 
A
R
 
A
V
 
T
T
 
V
G
 
E
I
 
A
S
 
S
R
 
R
G
 
G
F
 
F
V
 
V
Y
|
Y
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
-
M
 
-
G
 
-
V
 
-
T
 
-
G
 
-
T
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
G
 
-
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
-
 
P
D
 
E
L
 
L
V
 
V
A
 
G
R
 
R
V
 
V
R
 
K
A
 
A
T
 
V
T
 
S
E
 
D
L
 
I
P
 
P
V
 
V
A
 
G
V
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
V
 
V
S
 
R
T
 
S
G
 
R
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
V
 
I
A
 
A
G
 
Q
F
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
S
 
S
A
 
A
L
 
L
V
 
V
K
 
T
V
 
A
L
 
L
V
 
T
D
 
E
A
 
-
Q
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
-
T
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
G
L
 
L
A
 
P
G
 
R
I
 
L
G
 
R
R
 
A
L
 
L
A
 
T
A
 
G
E
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
A
G
 
G
V
 
V
R
 
R

6u6cE Crystal structure of tryptophan synthase from m. Tuberculosis - aminoacrylate- and gsk2-bound form (see paper)
54% identity, 97% coverage: 3:268/275 of query aligns to 2:245/245 of 6u6cE

query
sites
6u6cE
S
 
S
R
 
R
L
 
L
D
 
G
E
 
P
R
 
V
F
 
F
T
 
D
A
 
S
A
 
C
R
 
R
E
 
A
E
 
N
G
 
N
R
 
R
S
 
A
L
 
A
L
 
L
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
A
 
T
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
T
 
D
V
 
V
D
 
P
G
 
A
A
 
S
V
 
V
A
 
A
A
 
A
M
 
M
R
 
T
A
 
A
M
 
L
V
 
V
A
 
E
A
 
S
G
 
G
V
 
C
D
 
D
V
 
I
V
 
I
E
|
E
V
 
V
G
 
G
L
 
V
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
x
G
M
|
M
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
A
D
 
R
A
 
A
A
 
T
D
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
V
 
V
T
 
R
T
 
V
V
 
R
D
 
D
V
 
T
L
 
L
R
 
A
T
 
A
V
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
I
A
 
S
A
 
I
T
 
A
G
 
G
A
 
G
P
 
R
T
 
A
V
 
V
V
 
V
M
 
M
T
 
T
Y
|
Y
W
 
W
N
 
N
P
 
P
I
 
V
D
 
L
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
P
 
V
A
 
D
R
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
L
G
 
G
T
 
L
I
 
I
T
 
T
P
 
P
D
|
D
L
 
L
P
 
I
P
 
P
E
 
D
E
 
E
A
 
A
D
 
Q
P
 
Q
W
 
W
L
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
S
A
 
E
E
 
E
H
 
H
G
 
R
L
 
L
D
 
D
P
 
R
V
 
I
F
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
S
S
 
S
S
 
T
D
 
P
A
 
E
R
 
R
I
 
L
R
 
A
R
 
A
V
 
T
T
 
V
G
 
E
I
 
A
S
 
S
R
 
R
G
 
G
F
 
F
V
 
V
Y
|
Y
A
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
-
M
 
-
G
 
-
V
 
-
T
 
-
G
 
-
T
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
G
 
-
S
 
Q
Q
 
A
A
 
A
A
 
P
D
 
E
L
 
L
V
 
V
A
 
G
R
 
R
V
 
V
R
 
K
A
 
A
T
 
V
T
 
S
E
 
D
L
 
I
P
 
P
V
 
V
A
 
G
V
 
V
G
 
G
L
 
L
G
 
G
V
 
V
S
 
R
T
 
S
G
 
R
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
V
 
I
A
 
A
G
 
Q
F
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
S
 
S
A
 
A
L
 
L
V
 
V
K
 
T
V
 
A
L
 
L
V
 
T
D
 
E
A
 
-
Q
 
-
R
 
-
S
 
-
G
 
-
T
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
G
L
 
L
A
 
P
G
 
R
I
 
L
G
 
R
R
 
A
L
 
L
A
 
T
A
 
G
E
 
E
L
 
L
A
 
A
E
x
A
G
|
G
V
 
V
R
|
R

5ey5A Lbcats
43% identity, 97% coverage: 3:268/275 of query aligns to 2:257/261 of 5ey5A

query
sites
5ey5A
S
 
N
R
 
R
L
 
I
D
 
A
E
 
E
R
 
A
F
 
F
T
 
E
A
 
E
A
 
L
R
 
K
E
 
K
E
 
K
G
 
G
R
 
E
S
 
K
L
 
A
L
 
L
V
 
I
G
 
P
Y
 
F
L
 
I
P
 
T
A
 
A
G
 
G
Y
 
D
P
 
P
T
 
D
V
 
L
D
 
E
G
 
T
A
 
T
V
 
L
A
 
E
A
 
L
M
 
V
R
 
R
A
 
A
M
 
L
V
 
V
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
V
 
I
V
 
I
E
|
E
V
 
L
G
 
G
L
 
I
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
L
M
 
A
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
|
I
Q
 
Q
D
 
R
A
 
A
A
 
S
D
 
Q
A
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
A
G
 
S
G
 
G
V
 
T
T
 
T
T
 
L
V
 
D
D
 
K
V
 
V
L
 
F
R
 
E
T
 
M
V
 
V
E
 
R
A
 
E
V
 
L
-
 
R
-
 
E
A
 
K
A
 
N
T
 
T
G
 
D
A
 
V
P
 
P
T
 
I
V
 
V
V
 
F
M
 
L
T
 
T
Y
 
Y
W
 
Y
N
 
N
P
 
P
I
 
I
D
 
F
R
 
R
Y
 
Y
G
 
G
P
 
I
A
 
E
R
 
R
F
 
F
A
 
V
A
 
K
D
 
E
L
 
C
A
 
A
A
 
E
A
 
A
G
 
G
G
 
V
A
 
D
G
 
G
T
 
L
I
 
I
T
 
V
P
 
P
D
 
D
L
 
L
P
 
P
P
 
P
E
 
E
E
 
E
A
 
A
D
 
A
P
 
D
W
 
L
L
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
A
A
 
E
E
 
K
H
 
Y
G
 
G
L
 
V
D
 
D
P
 
L
V
 
I
F
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
T
S
 
S
S
 
T
D
 
D
A
 
E
R
 
R
I
 
I
R
 
K
R
 
M
V
 
I
T
 
A
G
 
K
I
 
H
S
 
A
R
 
S
G
 
G
F
 
F
V
 
V
Y
|
Y
A
 
C
A
 
V
S
 
S
L
 
V
M
 
T
G
 
G
V
 
V
T
 
T
G
|
G
T
 
A
R
 
R
A
 
S
A
 
E
V
 
-
G
 
-
S
 
-
Q
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
V
 
I
A
 
S
R
 
R
V
 
I
R
 
R
A
 
K
T
 
H
T
 
T
E
 
D
L
 
L
P
 
P
V
 
I
A
 
A
V
 
V
G
 
G
L
x
F
G
|
G
V
 
I
S
 
S
T
 
T
G
 
P
A
 
E
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
E
V
 
V
A
 
A
G
 
Q
F
 
V
A
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
|
G
S
|
S
A
 
A
L
 
I
V
 
V
K
 
K
V
 
R
L
 
I
V
 
E
D
 
E
A
 
N
Q
 
Q
R
 
-
S
 
-
G
 
-
T
 
-
G
 
D
D
 
E
A
 
E
A
 
D
A
 
I
L
 
V
A
 
E
G
 
E
I
 
V
G
 
R
R
 
E
L
 
F
A
 
V
A
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
R
E
 
E
G
 
A
V
 
V
R
 
K

3cepA Structure of a tryptophan synthase quinonoid intermediate (see paper)
29% identity, 86% coverage: 3:239/275 of query aligns to 1:240/266 of 3cepA

query
sites
3cepA
S
 
E
R
 
R
L
 
Y
D
 
E
E
 
N
R
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
Q
A
 
L
R
 
N
E
 
D
E
 
R
G
 
R
R
 
E
S
 
G
L
 
A
L
 
F
V
 
V
G
 
P
Y
x
F
L
 
V
P
 
T
A
 
L
G
 
G
Y
 
D
P
 
P
T
 
G
V
 
I
D
 
E
G
 
Q
A
 
S
V
 
L
A
 
K
A
 
I
M
 
I
R
 
D
A
 
T
M
 
L
V
 
I
A
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
L
M
 
A
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
|
I
Q
 
Q
D
 
N
A
 
A
A
 
N
D
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
G
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
T
T
 
P
V
 
A
D
 
Q
V
 
C
L
 
F
R
 
E
T
 
M
V
 
L
E
 
-
A
 
A
V
 
I
A
 
I
A
 
R
T
 
E
G
 
K
A
 
H
P
 
P
T
 
T
V
 
I
-
 
P
-
 
I
-
 
G
V
 
L
M
x
L
T
 
M
Y
 
Y
W
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
D
 
F
R
 
N
Y
 
N
G
 
G
P
 
I
A
 
D
R
 
A
F
 
F
A
 
Y
A
 
A
D
 
R
L
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
G
 
V
A
 
D
G
 
S
T
 
V
I
 
L
T
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
P
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
S
D
 
A
P
 
P
W
 
F
L
 
R
A
 
Q
A
 
A
S
 
A
A
 
L
E
 
R
H
 
H
G
 
N
L
 
I
D
 
A
P
 
P
V
 
I
F
 
F
L
 
I
V
 
C
A
 
P
P
 
P
S
 
N
S
 
A
S
 
D
D
 
D
A
 
D
R
 
L
I
 
L
R
 
R
R
 
Q
V
 
V
T
 
A
G
 
S
I
 
Y
S
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
V
 
T
Y
|
Y
A
 
L
A
 
L
S
 
S
L
 
R
M
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
 
G
T
 
A
R
 
E
A
 
N
A
 
R
V
 
G
G
 
A
S
 
L
Q
 
P
A
 
L
A
 
H
D
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
E
R
 
K
V
 
L
R
 
K
A
 
E
T
 
Y
T
 
H
E
 
A
L
 
A
P
 
P
V
 
A
A
 
L
V
 
Q
G
 
G
L
x
F
G
|
G
V
 
I
S
 
S
T
 
S
G
 
P
A
 
E
Q
 
Q
-
 
V
A
 
S
A
 
A
E
 
A
V
 
V
A
 
R
G
 
A
F
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
L
 
I
V
 
V
K
 
K
V
 
I
L
 
I

2clkA Tryptophan synthase in complex with d-glyceraldehyde 3- phosphate (g3p) (see paper)
29% identity, 86% coverage: 3:239/275 of query aligns to 2:241/267 of 2clkA

query
sites
2clkA
S
 
E
R
 
R
L
 
Y
D
 
E
E
 
N
R
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
Q
A
 
L
R
 
N
E
 
D
E
 
R
G
 
R
R
 
E
S
 
G
L
 
A
L
 
F
V
 
V
G
 
P
Y
x
F
L
 
V
P
 
T
A
 
L
G
 
G
Y
 
D
P
 
P
T
 
G
V
 
I
D
 
E
G
 
Q
A
 
S
V
 
L
A
 
K
A
 
I
M
 
I
R
 
D
A
 
T
M
 
L
V
 
I
A
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
L
M
 
A
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
|
I
Q
 
Q
D
 
N
A
 
A
A
 
N
D
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
G
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
T
T
 
P
V
 
A
D
 
Q
V
 
C
L
 
F
R
 
E
T
 
M
V
 
L
E
 
-
A
 
A
V
 
I
A
 
I
A
 
R
T
 
E
G
 
K
A
 
H
P
 
P
T
 
T
V
 
I
-
 
P
-
 
I
-
 
G
V
 
L
M
x
L
T
 
M
Y
 
Y
W
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
D
 
F
R
 
N
Y
 
N
G
 
G
P
 
I
A
 
D
R
 
A
F
 
F
A
 
Y
A
 
A
D
 
R
L
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
G
 
V
A
 
D
G
 
S
T
 
V
I
 
L
T
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
P
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
S
D
 
A
P
 
P
W
 
F
L
 
R
A
 
Q
A
 
A
S
 
A
A
 
L
E
 
R
H
 
H
G
 
N
L
 
I
D
 
A
P
 
P
V
 
I
F
 
F
L
 
I
V
 
C
A
 
P
P
 
P
S
 
N
S
 
A
S
 
D
D
 
D
A
 
D
R
 
L
I
 
L
R
 
R
R
 
Q
V
 
V
T
 
A
G
 
S
I
 
Y
S
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
V
 
T
Y
|
Y
A
 
L
A
 
L
S
 
S
L
 
R
M
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
|
G
T
 
A
R
 
E
A
 
N
A
 
R
V
 
G
G
 
A
S
 
L
Q
 
P
A
 
L
A
 
H
D
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
E
R
 
K
V
 
L
R
 
K
A
 
E
T
 
Y
T
 
H
E
 
A
L
 
A
P
 
P
V
 
A
A
 
L
V
 
Q
G
 
G
L
x
F
G
|
G
V
 
I
S
 
S
T
 
S
G
 
P
A
 
E
Q
 
Q
-
 
V
A
 
S
A
 
A
E
 
A
V
 
V
A
 
R
G
 
A
F
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
L
 
I
V
 
V
K
 
K
V
 
I
L
 
I

1k3uA Crystal structure of wild-type tryptophan synthase complexed with n- [1h-indol-3-yl-acetyl]aspartic acid (see paper)
29% identity, 86% coverage: 3:239/275 of query aligns to 2:241/268 of 1k3uA

query
sites
1k3uA
S
 
E
R
 
R
L
 
Y
D
 
E
E
 
N
R
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
Q
A
 
L
R
 
N
E
 
D
E
 
R
G
 
R
R
 
E
S
 
G
L
 
A
L
 
F
V
 
V
G
 
P
Y
x
F
L
 
V
P
 
T
A
 
L
G
 
G
Y
 
D
P
 
P
T
 
G
V
 
I
D
 
E
G
 
Q
A
 
S
V
 
L
A
 
K
A
 
I
M
 
I
R
 
D
A
 
T
M
 
L
V
 
I
A
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
L
M
 
A
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
|
I
Q
 
Q
D
 
N
A
 
A
A
 
N
D
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
G
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
T
T
 
P
V
 
A
D
 
Q
V
 
C
L
 
F
R
 
E
T
 
M
V
 
L
E
 
-
A
 
A
V
 
L
A
 
I
A
 
R
T
 
E
G
 
K
A
 
H
P
 
P
T
 
T
V
 
I
-
 
P
-
 
I
-
 
G
V
 
L
M
x
L
T
 
M
Y
 
Y
W
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
D
 
F
R
 
N
Y
 
N
G
 
G
P
 
I
A
 
D
R
 
A
F
 
F
A
 
Y
A
 
A
D
 
R
L
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
G
 
V
A
 
D
G
 
S
T
 
V
I
 
L
T
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
P
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
S
D
 
A
P
 
P
W
 
F
L
 
R
A
 
Q
A
 
A
S
 
A
A
 
L
E
 
R
H
 
H
G
 
N
L
 
I
D
 
A
P
 
P
V
 
I
F
 
F
L
 
I
V
 
C
A
 
P
P
 
P
S
 
N
S
 
A
S
 
D
D
 
D
A
 
D
R
 
L
I
 
L
R
 
R
R
 
Q
V
 
V
T
 
A
G
 
S
I
 
Y
S
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
V
 
T
Y
|
Y
A
 
L
A
 
L
S
 
S
L
 
R
M
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
|
G
T
 
A
R
 
E
A
 
N
A
 
R
V
 
G
G
 
A
S
 
L
Q
 
P
A
 
L
A
 
H
D
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
E
R
 
K
V
 
L
R
 
K
A
 
E
T
 
Y
T
 
H
E
 
A
L
 
A
P
 
P
V
 
A
A
 
L
V
 
Q
G
 
G
L
x
F
G
|
G
V
x
I
S
 
S
T
 
S
G
 
P
A
 
E
Q
 
Q
-
 
V
A
 
S
A
 
A
E
 
A
V
 
V
A
 
R
G
 
A
F
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
|
I
V
x
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
L
 
I
V
 
V
K
 
K
V
 
I
L
 
I

1tjpA Crystal structure of wild-type tryptophan synthase complexed with 1- [(2-hydroxylphenyl)amino]3-glycerolphosphate (see paper)
29% identity, 86% coverage: 3:239/275 of query aligns to 2:241/267 of 1tjpA

query
sites
1tjpA
S
 
E
R
 
R
L
 
Y
D
 
E
E
 
N
R
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
Q
A
 
L
R
 
N
E
 
D
E
 
R
G
 
R
R
 
E
S
 
G
L
 
A
L
 
F
V
 
V
G
 
P
Y
 
F
L
 
V
P
 
T
A
 
L
G
 
G
Y
 
D
P
 
P
T
 
G
V
 
I
D
 
E
G
 
Q
A
 
S
V
 
L
A
 
K
A
 
I
M
 
I
R
 
D
A
 
T
M
 
L
V
 
I
A
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
L
M
 
A
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
|
I
Q
 
Q
D
 
N
A
 
A
A
 
N
D
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
G
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
T
T
 
P
V
 
A
D
 
Q
V
 
C
L
 
F
R
 
E
T
 
M
V
 
L
E
 
-
A
 
A
V
 
L
A
 
I
A
 
R
T
 
E
G
 
K
A
 
H
P
 
P
T
 
T
V
 
I
-
 
P
-
 
I
-
 
G
V
 
L
M
x
L
T
 
M
Y
 
Y
W
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
D
 
F
R
 
N
Y
 
N
G
 
G
P
 
I
A
 
D
R
 
A
F
 
F
A
 
Y
A
 
A
D
 
R
L
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
G
 
V
A
 
D
G
 
S
T
 
V
I
 
L
T
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
P
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
S
D
 
A
P
 
P
W
 
F
L
 
R
A
 
Q
A
 
A
S
 
A
A
 
L
E
 
R
H
 
H
G
 
N
L
 
I
D
 
A
P
 
P
V
 
I
F
 
F
L
 
I
V
 
C
A
 
P
P
 
P
S
 
N
S
 
A
S
 
D
D
 
D
A
 
D
R
 
L
I
 
L
R
 
R
R
 
Q
V
 
V
T
 
A
G
 
S
I
 
Y
S
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
V
 
T
Y
|
Y
A
 
L
A
 
L
S
 
S
L
 
R
M
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
|
G
T
 
A
R
 
E
A
 
N
A
 
R
V
 
G
G
 
A
S
 
L
Q
 
P
A
 
L
A
 
H
D
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
E
R
 
K
V
 
L
R
 
K
A
 
E
T
 
Y
T
 
H
E
 
A
L
 
A
P
 
P
V
 
A
A
 
L
V
 
Q
G
 
G
L
x
F
G
|
G
V
 
I
S
 
S
T
 
S
G
 
P
A
 
E
Q
 
Q
-
 
V
A
 
S
A
 
A
E
 
A
V
 
V
A
 
R
G
 
A
F
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
L
 
I
V
 
V
K
 
K
V
 
I
L
 
I

8b08A Tryptophan synthase - cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger after 30 sec (see paper)
29% identity, 86% coverage: 3:239/275 of query aligns to 3:242/269 of 8b08A

query
sites
8b08A
S
 
E
R
 
R
L
 
Y
D
 
E
E
 
N
R
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
Q
A
 
L
R
 
N
E
 
D
E
 
R
G
 
R
R
 
E
S
 
G
L
 
A
L
 
F
V
 
V
G
 
P
Y
x
F
L
 
V
P
 
T
A
 
L
G
 
G
Y
 
D
P
 
P
T
 
G
V
 
I
D
 
E
G
 
Q
A
 
S
V
 
L
A
 
K
A
 
I
M
 
I
R
 
D
A
 
T
M
 
L
V
 
I
A
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
L
E
 
E
V
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
L
M
 
A
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
D
 
N
A
 
A
A
 
N
D
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
G
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
T
T
 
P
V
 
A
D
 
Q
V
 
C
L
 
F
R
 
E
T
 
M
V
 
L
E
 
-
A
 
A
V
 
L
A
 
I
A
 
R
T
 
E
G
 
K
A
 
H
P
 
P
T
 
T
V
 
I
-
 
P
-
 
I
-
 
G
V
 
L
M
 
L
T
 
M
Y
 
Y
W
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
D
 
F
R
 
N
Y
 
N
G
 
G
P
 
I
A
 
D
R
 
A
F
 
F
A
 
Y
A
 
A
D
 
R
L
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
G
 
V
A
 
D
G
 
S
T
 
V
I
 
L
T
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
P
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
S
D
 
A
P
 
P
W
 
F
L
 
R
A
 
Q
A
 
A
S
 
A
A
 
L
E
 
R
H
 
H
G
 
N
L
 
I
D
 
A
P
 
P
V
 
I
F
 
F
L
 
I
V
 
C
A
 
P
P
 
P
S
 
N
S
 
A
S
 
D
D
 
D
A
 
D
R
 
L
I
 
L
R
 
R
R
 
Q
V
 
V
T
 
A
G
 
S
I
 
Y
S
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
V
 
T
Y
|
Y
A
 
L
A
 
L
S
 
S
L
 
R
M
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
|
G
T
 
A
R
 
E
A
 
N
A
 
R
V
 
G
G
 
A
S
 
L
Q
 
P
A
 
L
A
 
H
D
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
E
R
 
K
V
 
L
R
 
K
A
 
E
T
 
Y
T
 
H
E
 
A
L
 
A
P
 
P
V
 
A
A
 
L
V
 
Q
G
 
G
L
x
F
G
 
G
V
 
I
S
 
S
T
 
S
G
 
P
A
 
E
Q
 
Q
-
 
V
A
 
S
A
 
A
E
 
A
V
 
V
A
 
R
G
 
A
F
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
x
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
L
 
I
V
 
V
K
 
K
V
 
I
L
 
I

1a50A Crystal structure of wild-type tryptophan synthase complexed with 5- fluoroindole propanol phosphate (see paper)
29% identity, 86% coverage: 3:239/275 of query aligns to 1:234/260 of 1a50A

query
sites
1a50A
S
 
E
R
 
R
L
 
Y
D
 
E
E
 
N
R
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
Q
A
 
L
R
 
N
E
 
D
E
 
R
G
 
R
R
 
E
S
 
G
L
 
A
L
 
F
V
 
V
G
 
P
Y
x
F
L
 
V
P
 
T
A
 
L
G
 
G
Y
 
D
P
 
P
T
 
G
V
 
I
D
 
E
G
 
Q
A
 
S
V
 
L
A
 
K
A
 
I
M
 
I
R
 
D
A
 
T
M
 
L
V
 
I
A
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
L
M
 
A
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
D
 
N
A
 
A
A
 
N
D
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
G
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
T
T
 
P
V
 
A
D
 
Q
V
 
C
L
 
F
R
 
E
T
 
M
V
 
L
E
 
-
A
 
A
V
 
L
A
 
I
A
 
R
T
 
E
G
 
K
A
 
H
P
 
P
T
 
T
V
 
I
-
 
P
-
 
I
-
 
G
V
 
L
M
x
L
T
 
M
Y
|
Y
W
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
D
 
F
R
 
N
Y
 
N
G
 
G
P
 
I
A
 
D
R
 
A
F
 
F
A
 
Y
A
 
A
D
 
R
L
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
G
 
V
A
 
D
G
 
S
T
 
V
I
 
L
T
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
P
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
S
D
 
A
P
 
P
W
 
F
L
 
R
A
 
Q
A
 
A
S
 
A
A
 
L
E
 
R
H
 
H
G
 
N
L
 
I
D
 
A
P
 
P
V
 
I
F
 
F
L
 
I
V
 
C
A
 
P
P
 
P
S
 
N
S
 
A
S
 
D
D
 
D
A
 
D
R
 
L
I
 
L
R
 
R
R
 
Q
V
 
V
T
 
A
G
 
S
I
 
Y
S
 
G
R
 
R
G
 
G
F
x
Y
V
 
T
Y
|
Y
A
 
L
A
 
L
S
 
S
L
 
R
M
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
 
-
T
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
G
 
G
S
 
A
Q
 
E
A
 
N
A
 
H
D
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
E
R
 
K
V
 
L
R
 
K
A
 
E
T
 
Y
T
 
H
E
 
A
L
 
A
P
 
P
V
 
A
A
 
L
V
 
Q
G
 
G
L
x
F
G
|
G
V
 
I
S
 
S
T
 
S
G
 
P
A
 
E
Q
 
Q
-
 
V
A
 
S
A
 
A
E
 
A
V
 
V
A
 
R
G
 
A
F
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
x
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
L
 
I
V
 
V
K
 
K
V
 
I
L
 
I

7jllA The internal aldimine crystal structure of salmonella typhimurium tryptophan synthase mutant beta-s377a in complex with inhibitor 2- ({[4-(trifluoromethoxy)phenyl]sulfonyl}amino)ethyl dihydrogen phosphate (f9f) at the alpha-site, cesium ion at the metal coordination site and l-tryptophan at the enzyme beta-site
29% identity, 86% coverage: 3:239/275 of query aligns to 1:240/267 of 7jllA

query
sites
7jllA
S
 
E
R
 
R
L
 
Y
D
 
E
E
 
N
R
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
Q
A
 
L
R
 
N
E
 
D
E
 
R
G
 
R
R
 
E
S
 
G
L
 
A
L
 
F
V
 
V
G
 
P
Y
x
F
L
 
V
P
 
T
A
 
L
G
 
G
Y
 
D
P
 
P
T
 
G
V
 
I
D
 
E
G
 
Q
A
 
S
V
 
L
A
 
K
A
 
I
M
 
I
R
 
D
A
 
T
M
 
L
V
 
I
A
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
L
E
 
E
V
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
L
M
 
A
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
D
 
N
A
 
A
A
 
N
D
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
G
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
T
T
 
P
V
 
A
D
 
Q
V
 
C
L
 
F
R
 
E
T
 
M
V
 
L
E
 
-
A
 
A
V
 
L
A
 
I
A
 
R
T
 
E
G
 
K
A
 
H
P
 
P
T
 
T
V
 
I
-
 
P
-
 
I
-
 
G
V
 
L
M
x
L
T
 
M
Y
 
Y
W
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
D
 
F
R
 
N
Y
 
N
G
 
G
P
 
I
A
 
D
R
 
A
F
 
F
A
 
Y
A
 
A
D
 
R
L
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
G
 
V
A
 
D
G
 
S
T
 
V
I
x
L
T
 
V
P
x
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
P
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
S
D
 
A
P
 
P
W
 
F
L
 
R
A
 
Q
A
 
A
S
 
A
A
 
L
E
 
R
H
 
H
G
 
N
L
 
I
D
 
A
P
 
P
V
 
I
F
 
F
L
x
I
V
 
C
A
 
P
P
|
P
S
x
N
S
 
A
S
 
D
D
 
D
A
 
D
R
 
L
I
 
L
R
 
R
R
 
Q
V
 
V
T
 
A
G
 
S
I
 
Y
S
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
V
 
T
Y
|
Y
A
 
L
A
 
L
S
 
S
L
x
R
M
x
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
|
G
T
 
A
R
 
E
A
 
N
A
 
R
V
 
G
G
 
A
S
x
L
Q
 
P
A
 
L
A
 
H
D
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
E
R
 
K
V
 
L
R
 
K
A
 
E
T
 
Y
T
 
H
E
 
A
L
 
A
P
 
P
V
 
A
A
 
L
V
 
Q
G
 
G
L
x
F
G
|
G
V
 
I
S
 
S
T
 
S
G
 
P
A
 
E
Q
 
Q
-
 
V
A
 
S
A
 
A
E
 
A
V
 
V
A
 
R
G
 
A
F
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
L
 
I
V
 
V
K
 
K
V
 
I
L
 
I

6xncA Salmonella typhimurium tryptophan synthase complexed with l-tryptophan and d-glycerol-3-phosphate (see paper)
29% identity, 86% coverage: 3:239/275 of query aligns to 1:240/267 of 6xncA

query
sites
6xncA
S
 
E
R
 
R
L
 
Y
D
 
E
E
 
N
R
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
Q
A
 
L
R
 
N
E
 
D
E
 
R
G
 
R
R
 
E
S
 
G
L
 
A
L
 
F
V
 
V
G
 
P
Y
x
F
L
 
V
P
 
T
A
 
L
G
 
G
Y
 
D
P
 
P
T
 
G
V
 
I
D
 
E
G
 
Q
A
 
S
V
 
L
A
 
K
A
 
I
M
 
I
R
 
D
A
 
T
M
 
L
V
 
I
A
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
L
E
 
E
V
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
L
M
 
A
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
D
 
N
A
 
A
A
 
N
D
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
G
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
T
T
 
P
V
 
A
D
 
Q
V
 
C
L
 
F
R
 
E
T
 
M
V
 
L
E
 
-
A
 
A
V
 
L
A
 
I
A
 
R
T
 
E
G
 
K
A
 
H
P
 
P
T
 
T
V
 
I
-
 
P
-
 
I
-
 
G
V
 
L
M
x
L
T
 
M
Y
 
Y
W
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
D
 
F
R
 
N
Y
 
N
G
 
G
P
 
I
A
 
D
R
 
A
F
 
F
A
 
Y
A
 
A
D
 
R
L
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
G
 
V
A
 
D
G
 
S
T
 
V
I
 
L
T
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
P
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
S
D
 
A
P
 
P
W
 
F
L
 
R
A
 
Q
A
 
A
S
 
A
A
 
L
E
 
R
H
 
H
G
 
N
L
 
I
D
 
A
P
 
P
V
 
I
F
 
F
L
 
I
V
 
C
A
 
P
P
 
P
S
 
N
S
 
A
S
 
D
D
 
D
A
 
D
R
 
L
I
 
L
R
 
R
R
 
Q
V
 
V
T
 
A
G
 
S
I
 
Y
S
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
V
 
T
Y
|
Y
A
 
L
A
 
L
S
 
S
L
 
R
M
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
|
G
T
 
A
R
 
E
A
 
N
A
 
R
V
 
G
G
 
A
S
 
L
Q
 
P
A
 
L
A
 
H
D
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
E
R
 
K
V
 
L
R
 
K
A
 
E
T
 
Y
T
 
H
E
 
A
L
 
A
P
 
P
V
 
A
A
 
L
V
 
Q
G
 
G
L
x
F
G
|
G
V
 
I
S
 
S
T
 
S
G
 
P
A
 
E
Q
 
Q
-
 
V
A
 
S
A
 
A
E
 
A
V
 
V
A
 
R
G
 
A
F
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
L
 
I
V
 
V
K
 
K
V
 
I
L
 
I

2trsA Crystal structures of mutant (betak87t) tryptophan synthase alpha2 beta2 complex with ligands bound to the active sites of the alpha and beta subunits reveal ligand-induced conformational changes (see paper)
29% identity, 86% coverage: 3:239/275 of query aligns to 2:235/262 of 2trsA

query
sites
2trsA
S
 
E
R
 
R
L
 
Y
D
 
E
E
 
N
R
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
Q
A
 
L
R
 
N
E
 
D
E
 
R
G
 
R
R
 
E
S
 
G
L
 
A
L
 
F
V
 
V
G
 
P
Y
x
F
L
 
V
P
 
T
A
 
L
G
 
G
Y
 
D
P
 
P
T
 
G
V
 
I
D
 
E
G
 
Q
A
 
S
V
 
L
A
 
K
A
 
I
M
 
I
R
 
D
A
 
T
M
 
L
V
 
I
A
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
L
M
x
A
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
D
 
N
A
 
A
A
 
N
D
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
G
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
T
T
 
P
V
 
A
D
 
Q
V
 
C
L
 
F
R
 
E
T
 
M
V
 
L
E
 
-
A
 
A
V
 
L
A
 
I
A
 
R
T
 
E
G
 
K
A
 
H
P
 
P
T
 
T
V
 
I
-
 
P
-
 
I
-
 
G
V
 
L
M
 
L
T
 
M
Y
 
Y
W
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
D
 
F
R
 
N
Y
 
N
G
 
G
P
 
I
A
 
D
R
 
A
F
 
F
A
 
Y
A
 
A
D
 
R
L
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
G
 
V
A
 
D
G
 
S
T
 
V
I
 
L
T
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
P
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
S
D
 
A
P
 
P
W
 
F
L
 
R
A
 
Q
A
 
A
S
 
A
A
 
L
E
 
R
H
 
H
G
 
N
L
 
I
D
 
A
P
 
P
V
 
I
F
 
F
L
 
I
V
 
C
A
 
P
P
 
P
S
 
N
S
 
A
S
 
D
D
 
D
A
 
D
R
 
L
I
 
L
R
 
R
R
 
Q
V
 
V
T
 
A
G
 
S
I
 
Y
S
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
V
 
T
Y
|
Y
A
 
L
A
 
L
S
 
S
L
 
R
M
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
 
-
T
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
G
 
G
S
 
A
Q
 
E
A
 
N
A
 
H
D
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
E
R
 
K
V
 
L
R
 
K
A
 
E
T
 
Y
T
 
H
E
 
A
L
 
A
P
 
P
V
 
A
A
 
L
V
 
Q
G
 
G
L
x
F
G
 
G
V
 
I
S
 
S
T
 
S
G
 
P
A
 
E
Q
 
Q
-
 
V
A
 
S
A
 
A
E
 
A
V
 
V
A
 
R
G
 
A
F
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
S
G
 
G
S
|
S
A
 
A
L
 
I
V
 
V
K
 
K
V
 
I
L
 
I

2clhA Tryptophan synthase in complex with (naphthalene-2'-sulfonyl)-2-amino- 1-ethylphosphate (f19) (see paper)
29% identity, 86% coverage: 3:239/275 of query aligns to 2:232/258 of 2clhA

query
sites
2clhA
S
 
E
R
 
R
L
 
Y
D
 
E
E
 
N
R
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
Q
A
 
L
R
 
N
E
 
D
E
 
R
G
 
R
R
 
E
S
 
G
L
 
A
L
 
F
V
 
V
G
 
P
Y
x
F
L
 
V
P
 
T
A
 
L
G
 
G
Y
 
D
P
 
P
T
 
G
V
 
I
D
 
E
G
 
Q
A
 
S
V
 
L
A
 
K
A
 
I
M
 
I
R
 
D
A
 
T
M
 
L
V
 
I
A
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
L
M
 
A
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
D
 
N
A
 
A
A
 
N
D
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
G
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
T
T
 
P
V
 
A
D
 
Q
V
 
C
L
 
F
R
 
E
T
 
M
V
 
L
E
 
-
A
 
A
V
 
L
A
 
I
A
 
R
T
 
E
G
 
K
A
 
H
P
 
P
T
 
T
V
 
I
-
 
P
-
 
I
-
 
G
V
 
L
M
x
L
T
 
M
Y
 
Y
W
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
D
 
F
R
 
N
Y
 
N
G
 
G
P
 
I
A
 
D
R
 
A
F
 
F
A
 
Y
A
 
A
D
 
R
L
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
G
 
V
A
 
D
G
 
S
T
 
V
I
x
L
T
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
P
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
S
D
 
A
P
 
P
W
 
F
L
 
R
A
 
Q
A
 
A
S
 
A
A
 
L
E
 
R
H
 
H
G
 
N
L
 
I
D
 
A
P
 
P
V
 
I
F
 
F
L
x
I
V
 
C
A
 
P
P
 
P
S
 
N
S
 
A
S
 
D
D
 
D
A
 
D
R
 
L
I
 
L
R
 
R
R
 
Q
V
 
V
T
 
A
G
 
S
I
 
Y
S
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
V
 
T
Y
|
Y
A
 
L
A
 
L
S
 
S
L
 
R
M
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
|
G
T
 
H
R
 
H
A
 
-
A
 
-
V
 
-
G
 
-
S
 
-
Q
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
L
V
 
I
A
 
E
R
 
K
V
 
L
R
 
K
A
 
E
T
 
Y
T
 
H
E
 
A
L
 
A
P
 
P
V
 
A
A
 
L
V
 
Q
G
 
G
L
x
F
G
|
G
V
 
I
S
 
S
T
 
S
G
 
P
A
 
E
Q
 
Q
-
 
V
A
 
S
A
 
A
E
 
A
V
 
V
A
 
R
G
 
A
F
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
L
 
I
V
 
V
K
 
K
V
 
I
L
 
I

1cx9A Crystal structure of the complex of bacterial tryptophan synthase with the transition state analogue inhibitor 4-(2-aminophenylthio)- butylphosphonic acid (see paper)
29% identity, 86% coverage: 3:239/275 of query aligns to 1:238/264 of 1cx9A

query
sites
1cx9A
S
 
E
R
 
R
L
 
Y
D
 
E
E
 
N
R
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
Q
A
 
L
R
 
N
E
 
D
E
 
R
G
 
R
R
 
E
S
 
G
L
 
A
L
 
F
V
 
V
G
 
P
Y
 
F
L
 
V
P
 
T
A
 
L
G
 
G
Y
 
D
P
 
P
T
 
G
V
 
I
D
 
E
G
 
Q
A
 
S
V
 
L
A
 
K
A
 
I
M
 
I
R
 
D
A
 
T
M
 
L
V
 
I
A
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
L
M
 
A
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
D
 
N
A
 
A
A
 
N
D
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
G
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
T
T
 
P
V
 
A
D
 
Q
V
 
C
L
 
F
R
 
E
T
 
M
V
 
L
E
 
-
A
 
A
V
 
L
A
 
I
A
 
R
T
 
E
G
 
K
A
 
H
P
 
P
T
 
T
V
 
I
-
 
P
-
 
I
-
 
G
V
 
L
M
x
L
T
 
M
Y
 
Y
W
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
D
 
F
R
 
N
Y
 
N
G
 
G
P
 
I
A
 
D
R
 
A
F
 
F
A
 
Y
A
 
A
D
 
R
L
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
G
 
V
A
 
D
G
 
S
T
 
V
I
 
L
T
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
P
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
S
D
 
A
P
 
P
W
 
F
L
 
R
A
 
Q
A
 
A
S
 
A
A
 
L
E
 
R
H
 
H
G
 
N
L
 
I
D
 
A
P
 
P
V
 
I
F
 
F
L
 
I
V
 
C
A
 
P
P
 
P
S
 
N
S
 
A
S
 
D
D
 
D
A
 
D
R
 
L
I
 
L
R
 
R
R
 
Q
V
 
V
T
 
A
G
 
S
I
 
Y
S
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
V
 
T
Y
|
Y
A
 
L
A
 
L
S
 
S
L
 
R
M
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
|
G
T
 
-
R
 
-
A
 
A
A
 
E
V
 
N
G
 
R
S
 
G
Q
 
P
A
 
L
A
 
H
D
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
E
R
 
K
V
 
L
R
 
K
A
 
E
T
 
Y
T
 
H
E
 
A
L
 
A
P
 
P
V
 
A
A
 
L
V
 
Q
G
 
G
L
x
F
G
 
G
V
 
I
S
 
S
T
 
S
G
 
P
A
 
E
Q
 
Q
-
 
V
A
 
S
A
 
A
E
 
A
V
 
V
A
 
R
G
 
A
F
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
L
 
I
V
 
V
K
 
K
V
 
I
L
 
I

1cw2A Crystal structure of the complex of bacterial tryptophan synthase with the transition state analogue inhibitor 4-(2-hydroxyphenylsulfinyl)- butylphosphonic acid (see paper)
29% identity, 86% coverage: 3:239/275 of query aligns to 1:238/264 of 1cw2A

query
sites
1cw2A
S
 
E
R
 
R
L
 
Y
D
 
E
E
 
N
R
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
Q
A
 
L
R
 
N
E
 
D
E
 
R
G
 
R
R
 
E
S
 
G
L
 
A
L
 
F
V
 
V
G
 
P
Y
x
F
L
 
V
P
 
T
A
 
L
G
 
G
Y
 
D
P
 
P
T
 
G
V
 
I
D
 
E
G
 
Q
A
 
S
V
 
L
A
 
K
A
 
I
M
 
I
R
 
D
A
 
T
M
 
L
V
 
I
A
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
L
M
 
A
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
D
 
N
A
 
A
A
 
N
D
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
G
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
T
T
 
P
V
 
A
D
 
Q
V
 
C
L
 
F
R
 
E
T
 
M
V
 
L
E
 
-
A
 
A
V
 
L
A
 
I
A
 
R
T
 
E
G
 
K
A
 
H
P
 
P
T
 
T
V
 
I
-
 
P
-
 
I
-
 
G
V
 
L
M
x
L
T
 
M
Y
 
Y
W
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
D
 
F
R
 
N
Y
 
N
G
 
G
P
 
I
A
 
D
R
 
A
F
 
F
A
 
Y
A
 
A
D
 
R
L
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
G
 
V
A
 
D
G
 
S
T
 
V
I
 
L
T
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
P
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
S
D
 
A
P
 
P
W
 
F
L
 
R
A
 
Q
A
 
A
S
 
A
A
 
L
E
 
R
H
 
H
G
 
N
L
 
I
D
 
A
P
 
P
V
 
I
F
 
F
L
 
I
V
 
C
A
 
P
P
 
P
S
 
N
S
 
A
S
 
D
D
 
D
A
 
D
R
 
L
I
 
L
R
 
R
R
 
Q
V
 
V
T
 
A
G
 
S
I
 
Y
S
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
V
 
T
Y
|
Y
A
 
L
A
 
L
S
 
S
L
 
R
M
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
|
G
T
 
-
R
 
-
A
 
A
A
 
E
V
 
N
G
 
R
S
 
G
Q
 
P
A
 
L
A
 
H
D
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
E
R
 
K
V
 
L
R
 
K
A
 
E
T
 
Y
T
 
H
E
 
A
L
 
A
P
 
P
V
 
A
A
 
L
V
 
Q
G
 
G
L
x
F
G
 
G
V
 
I
S
 
S
T
 
S
G
 
P
A
 
E
Q
 
Q
-
 
V
A
 
S
A
 
A
E
 
A
V
 
V
A
 
R
G
 
A
F
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
L
 
I
V
 
V
K
 
K
V
 
I
L
 
I

1c9dA Crystal structure of the complex of bacterial tryptophan synthase with the transition state analogue inhibitor 4-(2-hydroxy-4- fluorophenylthio)-butylphosphonic acid (see paper)
29% identity, 86% coverage: 3:239/275 of query aligns to 1:238/264 of 1c9dA

query
sites
1c9dA
S
 
E
R
 
R
L
 
Y
D
 
E
E
 
N
R
 
L
F
 
F
T
 
A
A
 
Q
A
 
L
R
 
N
E
 
D
E
 
R
G
 
R
R
 
E
S
 
G
L
 
A
L
 
F
V
 
V
G
 
P
Y
 
F
L
 
V
P
 
T
A
 
L
G
 
G
Y
 
D
P
 
P
T
 
G
V
 
I
D
 
E
G
 
Q
A
 
S
V
 
L
A
 
K
A
 
I
M
 
I
R
 
D
A
 
T
M
 
L
V
 
I
A
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
L
E
|
E
V
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
L
M
 
A
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
D
 
N
A
 
A
A
 
N
D
 
L
A
 
R
A
 
A
L
 
F
R
 
A
G
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
T
T
 
P
V
 
A
D
 
Q
V
 
C
L
 
F
R
 
E
T
 
M
V
 
L
E
 
-
A
 
A
V
 
L
A
 
I
A
 
R
T
 
E
G
 
K
A
 
H
P
 
P
T
 
T
V
 
I
-
 
P
-
 
I
-
 
G
V
 
L
M
x
L
T
 
M
Y
 
Y
W
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
D
 
F
R
 
N
Y
 
N
G
 
G
P
 
I
A
 
D
R
 
A
F
 
F
A
 
Y
A
 
A
D
 
R
L
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
G
 
V
A
 
D
G
 
S
T
 
V
I
 
L
T
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
P
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
S
D
 
A
P
 
P
W
 
F
L
 
R
A
 
Q
A
 
A
S
 
A
A
 
L
E
 
R
H
 
H
G
 
N
L
 
I
D
 
A
P
 
P
V
 
I
F
 
F
L
 
I
V
 
C
A
 
P
P
 
P
S
 
N
S
 
A
S
 
D
D
 
D
A
 
D
R
 
L
I
 
L
R
 
R
R
 
Q
V
 
V
T
 
A
G
 
S
I
 
Y
S
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
V
 
T
Y
|
Y
A
 
L
A
 
L
S
 
S
L
 
R
M
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
|
G
T
 
-
R
 
-
A
 
A
A
 
E
V
 
N
G
 
R
S
 
G
Q
 
P
A
 
L
A
 
H
D
 
H
L
 
L
V
 
I
A
 
E
R
 
K
V
 
L
R
 
K
A
 
E
T
 
Y
T
 
H
E
 
A
L
 
A
P
 
P
V
 
A
A
 
L
V
 
Q
G
 
G
L
x
F
G
 
G
V
 
I
S
 
S
T
 
S
G
 
P
A
 
E
Q
 
Q
-
 
V
A
 
S
A
 
A
E
 
A
V
 
V
A
 
R
G
 
A
F
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
L
 
I
V
 
V
K
 
K
V
 
I
L
 
I

Query Sequence

>WP_011606081.1 NCBI__GCF_000058485.1:WP_011606081.1
MQSRLDERFTAAREEGRSLLVGYLPAGYPTVDGAVAAMRAMVAAGVDVVEVGLPYSDPTM
DGPVIQDAADAALRGGVTTVDVLRTVEAVAATGAPTVVMTYWNPIDRYGPARFAADLAAA
GGAGTITPDLPPEEADPWLAASAEHGLDPVFLVAPSSSDARIRRVTGISRGFVYAASLMG
VTGTRAAVGSQAADLVARVRATTELPVAVGLGVSTGAQAAEVAGFADGVIVGSALVKVLV
DAQRSGTGDAAALAGIGRLAAELAEGVRAPVPASA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory