SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011606921.1 NCBI__GCF_000058485.1:WP_011606921.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 11 hits to proteins with known functional sites (download)

3h0rH Structure of tRNA-dependent amidotransferase gatcab from aquifex aeolicus (see paper)
45% identity, 83% coverage: 19:439/505 of query aligns to 2:410/410 of 3h0rH

query
sites
3h0rH
R
 
K
Y
 
Y
E
 
E
P
 
A
V
|
V
I
 
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
T
 
I
H
|
H
V
 
V
E
 
Q
L
 
M
G
 
D
T
 
T
V
 
K
S
 
T
K
 
K
M
 
M
F
 
F
C
|
C
G
 
G
C
|
C
P
 
K
T
 
V
A
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
E
P
 
P
N
 
N
T
 
T
Q
 
N
V
 
V
C
|
C
P
 
P
V
 
V
C
|
C
L
 
L
G
 
G
L
 
M
P
 
P
G
 
G
A
 
A
L
 
L
P
 
P
V
 
I
V
 
V
N
 
N
E
 
K
A
 
R
A
 
A
V
 
V
R
 
E
F
 
Y
A
 
A
V
 
I
M
 
R
I
 
A
G
 
S
L
 
L
A
 
A
L
 
L
H
 
N
C
 
C
D
 
E
I
 
V
A
 
H
S
 
E
W
 
E
C
 
S
R
 
V
F
 
F
A
 
A
R
 
R
K
|
K
N
 
H
Y
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
L
P
 
P
K
 
K
N
 
G
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
E
E
 
K
P
 
P
L
 
L
C
 
A
T
 
T
D
 
N
G
 
G
W
 
W
L
 
V
D
 
E
V
 
L
E
 
N
V
 
L
-
 
P
D
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
K
H
 
K
R
 
K
V
 
V
G
 
R
I
 
I
T
 
R
R
 
R
V
 
L
H
 
H
M
 
I
E
|
E
E
 
E
D
 
D
T
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
N
L
 
I
H
 
H
V
 
E
G
 
G
G
 
D
A
 
K
T
 
T
G
 
-
R
 
-
I
 
-
H
 
-
G
 
-
A
 
-
T
 
-
H
 
-
S
 
-
L
 
L
V
 
V
D
 
D
Y
 
L
N
 
N
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
M
E
|
E
I
 
I
V
|
V
T
|
T
E
 
E
P
 
P
D
 
D
V
 
I
R
 
R
S
 
T
P
 
P
E
 
E
V
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
L
Y
 
F
V
 
L
D
 
E
E
 
K
L
 
L
R
 
R
E
 
N
L
 
I
I
 
M
R
 
R
A
 
Y
L
 
A
D
 
G
V
 
V
S
 
S
D
 
K
V
 
A
R
 
D
M
 
M
E
 
E
Q
 
K
G
 
G
S
 
Q
L
 
L
R
 
R
C
 
C
D
 
D
A
 
I
N
|
N
V
 
V
S
|
S
L
 
I
R
 
R
R
 
P
R
 
K
P
 
G
A
 
S
P
 
-
G
 
-
E
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
K
P
 
E
F
 
F
G
 
G
T
 
T
R
|
R
T
 
V
E
|
E
T
 
I
K
 
K
N
 
N
L
 
V
N
 
N
S
 
S
L
 
F
R
 
R
S
 
F
V
 
V
E
 
Q
R
 
K
A
 
A
V
 
L
R
 
E
Y
 
Y
E
 
E
I
 
I
S
 
E
R
 
R
Q
 
Q
A
 
I
G
 
N
R
 
V
L
 
V
D
 
E
D
 
E
G
 
G
E
 
G
R
 
E
I
 
V
L
 
V
Q
 
Q
E
 
E
T
 
T
R
 
R
H
 
T
F
 
F
D
 
D
E
 
P
A
 
Q
S
 
T
G
 
G
R
 
K
T
 
T
S
 
Y
P
 
P
G
 
M
R
 
R
S
 
T
K
 
K
E
 
E
E
 
E
A
 
A
T
 
E
D
 
D
Y
|
Y
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
P
 
P
E
 
D
P
 
P
D
 
D
L
 
L
T
 
V
P
 
P
L
 
L
A
 
K
L
 
V
P
 
K
E
 
K
Q
 
E
Y
 
W
V
 
I
D
 
E
E
 
E
L
 
I
R
 
K
A
 
K
G
 
N
L
 
M
P
 
P
E
 
E
L
 
L
P
 
P
A
 
D
A
 
Q
R
 
R
R
 
F
A
 
E
R
 
R
L
 
L
V
 
I
A
 
K
E
 
E
H
 
Y
G
 
G
-
 
L
-
 
S
-
 
E
Y
 
Y
T
 
E
G
 
A
R
 
G
D
 
I
L
 
L
T
 
V
D
 
N
M
 
H
R
 
K
N
 
E
A
 
V
G
 
G
V
 
-
L
 
-
D
 
D
L
 
F
V
 
F
E
 
E
Q
 
E
T
 
A
V
 
V
A
 
R
A
 
H
G
 
F
A
 
K
T
 
E
P
 
P
A
 
K
A
 
G
A
 
I
R
 
V
K
 
N
W
 
W
W
 
L
L
 
I
N
 
N
E
 
D
L
 
L
A
 
L
R
 
G
R
 
L
A
 
L
A
 
R
D
 
D
A
 
K
G
 
G
S
 
I
Q
 
S
P
 
I
S
 
E
E
 
E
L
 
S
A
 
P
I
 
V
S
 
K
P
 
P
A
 
E
D
 
H
V
 
L
A
 
A
R
 
E
I
 
L
T
 
V
V
 
K
L
 
L
V
 
I
A
 
K
G
 
E
G
 
K
E
 
V
L
 
I
T
 
S
D
 
T
A
 
K
L
 
I
A
 
G
R
 
K
K
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
K
G
 
E
V
 
M
L
 
V
A
 
E
G
 
T
E
 
G
G
 
K
T
 
T
P
 
P
D
 
S
E
 
Q
V
 
I
V
 
V
A
 
E
G
 
E
R
 
K
G
 
G
L
 
L

3h0rE Structure of tRNA-dependent amidotransferase gatcab from aquifex aeolicus (see paper)
45% identity, 83% coverage: 19:439/505 of query aligns to 2:410/410 of 3h0rE

query
sites
3h0rE
R
 
K
Y
 
Y
E
 
E
P
 
A
V
|
V
I
 
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
T
 
I
H
|
H
V
 
V
E
 
Q
L
 
M
G
 
D
T
 
T
V
 
K
S
 
T
K
 
K
M
 
M
F
 
F
C
|
C
G
 
G
C
|
C
P
 
K
T
 
V
A
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
E
P
 
P
N
 
N
T
 
T
Q
 
N
V
 
V
C
|
C
P
 
P
V
 
V
C
|
C
L
 
L
G
 
G
L
 
M
P
 
P
G
 
G
A
 
A
L
 
L
P
 
P
V
 
I
V
 
V
N
 
N
E
 
K
A
 
R
A
 
A
V
 
V
R
 
E
F
 
Y
A
 
A
V
 
I
M
 
R
I
 
A
G
 
S
L
 
L
A
 
A
L
 
L
H
 
N
C
 
C
D
 
E
I
 
V
A
 
H
S
 
E
W
 
E
C
 
S
R
 
V
F
 
F
A
 
A
R
 
R
K
 
K
N
 
H
Y
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
L
P
 
P
K
 
K
N
 
G
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
E
E
 
K
P
 
P
L
 
L
C
 
A
T
 
T
D
 
N
G
 
G
W
 
W
L
 
V
D
 
E
V
 
L
E
 
N
V
 
L
-
 
P
D
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
K
H
 
K
R
 
K
V
 
V
G
 
R
I
 
I
T
 
R
R
 
R
V
 
L
H
 
H
M
 
I
E
|
E
E
 
E
D
 
D
T
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
N
L
 
I
H
 
H
V
 
E
G
 
G
G
 
D
A
 
K
T
 
T
G
 
-
R
 
-
I
 
-
H
 
-
G
 
-
A
 
-
T
 
-
H
 
-
S
 
-
L
 
L
V
 
V
D
 
D
Y
 
L
N
 
N
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
M
E
|
E
I
 
I
V
 
V
T
|
T
E
 
E
P
|
P
D
 
D
V
 
I
R
 
R
S
 
T
P
 
P
E
 
E
V
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
L
Y
 
F
V
 
L
D
 
E
E
 
K
L
 
L
R
 
R
E
 
N
L
 
I
I
 
M
R
 
R
A
 
Y
L
 
A
D
 
G
V
 
V
S
 
S
D
 
K
V
 
A
R
 
D
M
 
M
E
 
E
Q
 
K
G
 
G
S
 
Q
L
 
L
R
 
R
C
 
C
D
 
D
A
 
I
N
|
N
V
 
V
S
|
S
L
 
I
R
 
R
R
 
P
R
 
K
P
 
G
A
 
S
P
 
-
G
 
-
E
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
K
P
 
E
F
 
F
G
 
G
T
 
T
R
|
R
T
 
V
E
|
E
T
 
I
K
 
K
N
 
N
L
 
V
N
 
N
S
 
S
L
 
F
R
 
R
S
 
F
V
 
V
E
 
Q
R
 
K
A
 
A
V
 
L
R
 
E
Y
 
Y
E
 
E
I
 
I
S
 
E
R
 
R
Q
 
Q
A
 
I
G
 
N
R
 
V
L
 
V
D
 
E
D
 
E
G
 
G
E
 
G
R
 
E
I
 
V
L
 
V
Q
 
Q
E
 
E
T
 
T
R
 
R
H
 
T
F
 
F
D
 
D
E
 
P
A
 
Q
S
 
T
G
 
G
R
 
K
T
 
T
S
 
Y
P
 
P
G
 
M
R
 
R
S
 
T
K
 
K
E
 
E
E
 
E
A
 
A
T
 
E
D
 
D
Y
 
Y
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
P
 
P
E
 
D
P
 
P
D
 
D
L
 
L
T
 
V
P
 
P
L
 
L
A
 
K
L
 
V
P
 
K
E
 
K
Q
 
E
Y
 
W
V
 
I
D
 
E
E
 
E
L
 
I
R
 
K
A
 
K
G
 
N
L
 
M
P
 
P
E
 
E
L
 
L
P
 
P
A
 
D
A
 
Q
R
 
R
R
 
F
A
 
E
R
 
R
L
 
L
V
 
I
A
 
K
E
 
E
H
 
Y
G
 
G
-
 
L
-
 
S
-
 
E
Y
 
Y
T
 
E
G
 
A
R
 
G
D
 
I
L
 
L
T
 
V
D
 
N
M
 
H
R
 
K
N
 
E
A
 
V
G
 
G
V
 
-
L
 
-
D
 
D
L
 
F
V
 
F
E
 
E
Q
 
E
T
 
A
V
 
V
A
 
R
A
 
H
G
 
F
A
 
K
T
 
E
P
 
P
A
 
K
A
 
G
A
 
I
R
 
V
K
 
N
W
 
W
W
 
L
L
 
I
N
 
N
E
 
D
L
 
L
A
 
L
R
 
G
R
 
L
A
 
L
A
 
R
D
 
D
A
 
K
G
 
G
S
 
I
Q
 
S
P
 
I
S
 
E
E
 
E
L
 
S
A
 
P
I
 
V
S
 
K
P
 
P
A
 
E
D
 
H
V
 
L
A
 
A
R
 
E
I
 
L
T
 
V
V
 
K
L
 
L
V
 
I
A
 
K
G
 
E
G
 
K
E
 
V
L
 
I
T
 
S
D
 
T
A
 
K
L
 
I
A
 
G
R
 
K
K
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
K
G
 
E
V
 
M
L
 
V
A
 
E
G
 
T
E
 
G
G
 
K
T
 
T
P
 
P
D
 
S
E
 
Q
V
 
I
V
 
V
A
 
E
G
 
E
R
 
K
G
 
G
L
 
L

3h0rB Structure of tRNA-dependent amidotransferase gatcab from aquifex aeolicus (see paper)
45% identity, 83% coverage: 19:439/505 of query aligns to 2:410/410 of 3h0rB

query
sites
3h0rB
R
 
K
Y
 
Y
E
 
E
P
 
A
V
 
V
I
 
I
G
|
G
L
|
L
E
|
E
T
 
I
H
|
H
V
 
V
E
 
Q
L
 
M
G
 
D
T
 
T
V
 
K
S
 
T
K
 
K
M
 
M
F
 
F
C
|
C
G
 
G
C
|
C
P
 
K
T
 
V
A
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
E
P
 
P
N
 
N
T
 
T
Q
 
N
V
 
V
C
|
C
P
 
P
V
 
V
C
|
C
L
 
L
G
 
G
L
 
M
P
 
P
G
 
G
A
 
A
L
 
L
P
 
P
V
 
I
V
 
V
N
 
N
E
 
K
A
 
R
A
 
A
V
 
V
R
 
E
F
 
Y
A
 
A
V
 
I
M
 
R
I
 
A
G
 
S
L
 
L
A
 
A
L
 
L
H
 
N
C
 
C
D
 
E
I
 
V
A
 
H
S
 
E
W
 
E
C
 
S
R
 
V
F
 
F
A
 
A
R
 
R
K
 
K
N
 
H
Y
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
L
P
 
P
K
 
K
N
 
G
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
E
E
 
K
P
 
P
L
 
L
C
 
A
T
 
T
D
 
N
G
 
G
W
 
W
L
 
V
D
 
E
V
 
L
E
 
N
V
 
L
-
 
P
D
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
K
H
 
K
R
 
K
V
 
V
G
 
R
I
 
I
T
 
R
R
 
R
V
 
L
H
 
H
M
 
I
E
|
E
E
 
E
D
 
D
T
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
N
L
 
I
H
 
H
V
 
E
G
 
G
G
 
D
A
 
K
T
 
T
G
 
-
R
 
-
I
 
-
H
 
-
G
 
-
A
 
-
T
 
-
H
 
-
S
 
-
L
 
L
V
 
V
D
 
D
Y
 
L
N
 
N
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
M
E
|
E
I
 
I
V
 
V
T
|
T
E
 
E
P
|
P
D
 
D
V
 
I
R
 
R
S
 
T
P
 
P
E
 
E
V
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
L
Y
 
F
V
 
L
D
 
E
E
 
K
L
 
L
R
 
R
E
 
N
L
 
I
I
 
M
R
 
R
A
 
Y
L
 
A
D
 
G
V
 
V
S
 
S
D
 
K
V
 
A
R
 
D
M
 
M
E
 
E
Q
 
K
G
 
G
S
 
Q
L
 
L
R
 
R
C
 
C
D
 
D
A
 
I
N
|
N
V
 
V
S
|
S
L
 
I
R
 
R
R
 
P
R
 
K
P
 
G
A
 
S
P
 
-
G
 
-
E
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
K
P
 
E
F
 
F
G
 
G
T
 
T
R
|
R
T
 
V
E
|
E
T
 
I
K
 
K
N
 
N
L
 
V
N
 
N
S
 
S
L
 
F
R
 
R
S
 
F
V
 
V
E
 
Q
R
 
K
A
 
A
V
 
L
R
 
E
Y
 
Y
E
 
E
I
 
I
S
 
E
R
 
R
Q
 
Q
A
 
I
G
 
N
R
 
V
L
 
V
D
 
E
D
 
E
G
 
G
E
 
G
R
 
E
I
 
V
L
 
V
Q
 
Q
E
 
E
T
 
T
R
 
R
H
 
T
F
 
F
D
 
D
E
 
P
A
 
Q
S
 
T
G
 
G
R
 
K
T
 
T
S
 
Y
P
 
P
G
 
M
R
 
R
S
 
T
K
 
K
E
 
E
E
 
E
A
 
A
T
 
E
D
 
D
Y
 
Y
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
P
 
P
E
 
D
P
 
P
D
 
D
L
 
L
T
 
V
P
 
P
L
 
L
A
 
K
L
 
V
P
 
K
E
 
K
Q
 
E
Y
 
W
V
 
I
D
 
E
E
 
E
L
 
I
R
 
K
A
 
K
G
 
N
L
 
M
P
 
P
E
 
E
L
 
L
P
 
P
A
 
D
A
 
Q
R
 
R
R
 
F
A
 
E
R
 
R
L
 
L
V
 
I
A
 
K
E
 
E
H
 
Y
G
 
G
-
 
L
-
 
S
-
 
E
Y
 
Y
T
 
E
G
 
A
R
 
G
D
 
I
L
 
L
T
 
V
D
 
N
M
 
H
R
 
K
N
 
E
A
 
V
G
 
G
V
 
-
L
 
-
D
 
D
L
 
F
V
 
F
E
 
E
Q
 
E
T
 
A
V
 
V
A
 
R
A
 
H
G
 
F
A
 
K
T
 
E
P
 
P
A
 
K
A
 
G
A
 
I
R
 
V
K
 
N
W
 
W
W
 
L
L
 
I
N
 
N
E
 
D
L
 
L
A
 
L
R
 
G
R
 
L
A
 
L
A
 
R
D
 
D
A
 
K
G
 
G
S
 
I
Q
 
S
P
 
I
S
 
E
E
 
E
L
 
S
A
 
P
I
 
V
S
 
K
P
 
P
A
 
E
D
 
H
V
 
L
A
 
A
R
 
E
I
 
L
T
 
V
V
 
K
L
 
L
V
 
I
A
 
K
G
 
E
G
 
K
E
 
V
L
 
I
T
 
S
D
 
T
A
 
K
L
 
I
A
 
G
R
 
K
K
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
K
G
 
E
V
 
M
L
 
V
A
 
E
G
 
T
E
 
G
G
 
K
T
 
T
P
 
P
D
 
S
E
 
Q
V
 
I
V
 
V
A
 
E
G
 
E
R
 
K
G
 
G
L
 
L

3h0lB Structure of tRNA-dependent amidotransferase gatcab from aquifex aeolicus (see paper)
45% identity, 83% coverage: 19:439/505 of query aligns to 2:410/410 of 3h0lB

query
sites
3h0lB
R
 
K
Y
 
Y
E
 
E
P
 
A
V
|
V
I
 
I
G
|
G
L
|
L
E
|
E
T
 
I
H
|
H
V
 
V
E
 
Q
L
 
M
G
 
D
T
 
T
V
 
K
S
 
T
K
 
K
M
 
M
F
 
F
C
|
C
G
 
G
C
|
C
P
 
K
T
 
V
A
 
E
F
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
E
P
 
P
N
 
N
T
 
T
Q
 
N
V
 
V
C
|
C
P
 
P
V
 
V
C
|
C
L
 
L
G
 
G
L
 
M
P
 
P
G
 
G
A
 
A
L
 
L
P
 
P
V
 
I
V
 
V
N
 
N
E
 
K
A
 
R
A
 
A
V
 
V
R
 
E
F
 
Y
A
 
A
V
 
I
M
 
R
I
 
A
G
 
S
L
 
L
A
 
A
L
 
L
H
 
N
C
 
C
D
 
E
I
 
V
A
 
H
S
 
E
W
 
E
C
 
S
R
 
V
F
 
F
A
 
A
R
 
R
K
 
K
N
 
H
Y
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
L
P
 
P
K
 
K
N
 
G
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
E
E
 
K
P
 
P
L
 
L
C
 
A
T
 
T
D
 
N
G
 
G
W
 
W
L
 
V
D
 
E
V
 
L
E
 
N
V
 
L
-
 
P
D
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
K
H
 
K
R
 
K
V
 
V
G
 
R
I
 
I
T
 
R
R
 
R
V
 
L
H
 
H
M
 
I
E
|
E
E
 
E
D
 
D
T
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
N
L
 
I
H
 
H
V
 
E
G
 
G
G
 
D
A
 
K
T
 
T
G
 
-
R
 
-
I
 
-
H
 
-
G
 
-
A
 
-
T
 
-
H
 
-
S
 
-
L
 
L
V
 
V
D
 
D
Y
 
L
N
 
N
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
M
E
|
E
I
 
I
V
|
V
T
|
T
E
 
E
P
|
P
D
 
D
V
 
I
R
 
R
S
 
T
P
 
P
E
 
E
V
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
L
Y
 
F
V
 
L
D
 
E
E
 
K
L
 
L
R
 
R
E
 
N
L
 
I
I
 
M
R
 
R
A
 
Y
L
 
A
D
 
G
V
 
V
S
 
S
D
 
K
V
 
A
R
 
D
M
 
M
E
 
E
Q
 
K
G
 
G
S
 
Q
L
 
L
R
 
R
C
 
C
D
 
D
A
 
I
N
|
N
V
 
V
S
|
S
L
 
I
R
 
R
R
 
P
R
 
K
P
 
G
A
 
S
P
 
-
G
 
-
E
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
K
P
 
E
F
 
F
G
 
G
T
 
T
R
|
R
T
 
V
E
 
E
T
 
I
K
 
K
N
 
N
L
 
V
N
 
N
S
 
S
L
 
F
R
 
R
S
 
F
V
 
V
E
 
Q
R
 
K
A
 
A
V
 
L
R
 
E
Y
 
Y
E
 
E
I
 
I
S
 
E
R
 
R
Q
 
Q
A
 
I
G
 
N
R
 
V
L
 
V
D
 
E
D
 
E
G
 
G
E
 
G
R
 
E
I
 
V
L
 
V
Q
 
Q
E
 
E
T
 
T
R
 
R
H
 
T
F
 
F
D
 
D
E
 
P
A
 
Q
S
 
T
G
 
G
R
 
K
T
 
T
S
 
Y
P
 
P
G
 
M
R
 
R
S
 
T
K
 
K
E
 
E
E
 
E
A
 
A
T
 
E
D
 
D
Y
 
Y
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
P
 
P
E
 
D
P
 
P
D
 
D
L
 
L
T
 
V
P
 
P
L
 
L
A
 
K
L
 
V
P
 
K
E
 
K
Q
 
E
Y
 
W
V
 
I
D
 
E
E
 
E
L
 
I
R
 
K
A
 
K
G
 
N
L
 
M
P
 
P
E
 
E
L
 
L
P
 
P
A
 
D
A
 
Q
R
 
R
R
 
F
A
 
E
R
 
R
L
 
L
V
 
I
A
 
K
E
 
E
H
 
Y
G
 
G
-
 
L
-
 
S
-
 
E
Y
 
Y
T
 
E
G
 
A
R
 
G
D
 
I
L
 
L
T
 
V
D
 
N
M
 
H
R
 
K
N
 
E
A
 
V
G
 
G
V
 
-
L
 
-
D
 
D
L
 
F
V
 
F
E
 
E
Q
 
E
T
 
A
V
 
V
A
 
R
A
 
H
G
 
F
A
 
K
T
 
E
P
 
P
A
 
K
A
 
G
A
 
I
R
 
V
K
 
N
W
 
W
W
 
L
L
 
I
N
 
N
E
 
D
L
 
L
A
 
L
R
 
G
R
 
L
A
 
L
A
 
R
D
 
D
A
 
K
G
 
G
S
 
I
Q
 
S
P
 
I
S
 
E
E
 
E
L
 
S
A
 
P
I
 
V
S
 
K
P
 
P
A
 
E
D
 
H
V
 
L
A
 
A
R
 
E
I
 
L
T
 
V
V
 
K
L
 
L
V
 
I
A
 
K
G
 
E
G
 
K
E
 
V
L
 
I
T
 
S
D
 
T
A
 
K
L
 
I
A
 
G
R
 
K
K
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
K
G
 
E
V
 
M
L
 
V
A
 
E
G
 
T
E
 
G
G
 
K
T
 
T
P
 
P
D
 
S
E
 
Q
V
 
I
V
 
V
A
 
E
G
 
E
R
 
K
G
 
G
L
 
L

3ip4B The high resolution structure of gatcab (see paper)
43% identity, 96% coverage: 19:502/505 of query aligns to 2:472/482 of 3ip4B

query
sites
3ip4B
R
 
H
Y
 
F
E
 
E
P
 
T
V
 
V
I
 
I
G
 
G
L
 
L
E
 
E
T
 
V
H
|
H
V
 
V
E
 
E
L
 
L
G
 
K
T
 
T
V
 
D
S
 
S
K
 
K
M
 
M
F
 
F
C
 
S
G
 
P
C
 
S
P
 
P
T
 
A
A
 
H
F
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
E
P
 
P
N
 
N
T
 
S
Q
 
N
V
 
T
C
 
N
P
 
V
V
 
I
C
 
D
L
 
L
G
 
A
L
 
Y
P
 
P
G
 
G
A
 
V
L
 
L
P
 
P
V
 
V
V
 
V
N
 
N
E
 
K
A
 
R
A
 
A
V
 
V
R
 
D
F
 
W
A
 
A
V
 
M
M
 
R
I
 
A
G
 
A
L
 
M
A
 
A
L
 
L
H
 
N
C
 
M
D
 
E
I
 
I
A
 
A
S
 
T
W
 
E
C
 
S
R
 
K
F
 
F
A
 
D
R
 
R
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
N
P
 
P
K
 
K
N
 
A
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
Q
 
Q
Y
 
F
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
I
C
 
G
T
 
E
D
 
N
G
 
G
W
 
Y
L
 
I
D
 
D
V
 
I
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
G
E
 
E
V
 
T
H
 
K
R
 
R
V
 
I
G
 
G
I
 
I
T
 
T
R
 
R
V
 
L
H
 
H
M
 
M
E
|
E
E
 
E
D
 
D
T
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
L
 
T
H
 
H
V
 
K
G
 
G
G
 
-
A
 
-
T
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
H
 
-
G
 
-
A
 
-
T
 
E
H
 
Y
S
 
S
L
 
L
V
 
V
D
 
D
Y
 
L
N
 
N
R
 
R
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
I
E
|
E
I
 
I
V
 
V
T
 
S
E
 
E
P
 
P
D
 
D
V
 
I
R
 
R
S
 
S
P
 
P
E
 
K
V
 
E
A
 
A
R
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
V
 
L
D
 
E
E
 
K
L
 
L
R
 
R
E
 
S
L
 
I
I
 
I
R
 
Q
A
 
Y
L
 
T
D
 
G
V
 
V
S
 
S
D
 
D
V
 
V
R
 
K
M
 
M
E
 
E
Q
 
E
G
 
G
S
 
S
L
 
L
R
 
R
C
 
C
D
 
D
A
 
A
N
 
N
V
 
I
S
 
S
L
 
L
R
 
-
R
 
-
R
 
R
P
 
P
A
 
Y
P
 
G
G
 
Q
E
 
E
P
 
-
D
 
-
A
 
-
P
 
K
F
 
F
G
 
G
T
 
T
R
 
K
T
 
A
E
 
E
T
 
L
K
 
K
N
 
N
L
 
L
N
 
N
S
 
S
L
 
F
R
 
N
S
 
Y
V
 
V
E
 
R
R
 
K
A
 
G
V
 
L
R
 
E
Y
 
Y
E
 
E
I
 
E
S
 
K
R
 
R
Q
 
Q
A
 
E
G
 
E
R
 
E
L
 
L
D
 
L
D
 
N
G
 
G
E
 
G
R
 
E
I
 
I
L
 
G
Q
 
Q
E
 
E
T
 
T
R
 
R
H
 
R
F
 
F
D
 
D
E
 
E
A
 
S
S
 
T
G
 
G
R
 
K
T
 
T
S
 
I
P
 
L
G
 
M
R
 
R
S
 
V
K
 
K
E
 
E
E
 
G
A
 
S
T
 
D
D
 
D
Y
 
Y
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
P
 
P
E
 
E
P
 
P
D
 
D
L
 
I
T
 
V
P
 
P
L
 
L
A
 
Y
L
 
I
P
 
D
E
 
D
Q
 
A
Y
 
W
V
 
K
D
 
E
E
 
R
L
 
V
R
 
R
A
 
Q
G
 
T
L
 
I
P
 
P
E
 
E
L
 
L
P
 
P
A
 
D
A
 
E
R
 
R
R
 
K
A
 
A
R
 
K
L
 
Y
V
 
V
A
 
N
E
 
E
H
 
L
G
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
A
Y
 
Y
T
 
D
G
 
A
R
 
H
D
 
V
L
 
L
T
 
T
D
 
L
M
 
T
R
 
K
N
 
E
A
 
M
G
 
S
V
 
-
L
 
-
D
 
D
L
 
F
V
 
F
E
 
E
Q
 
S
T
 
T
V
 
I
A
 
E
A
 
H
G
 
G
A
 
A
T
 
D
P
 
V
A
 
K
A
 
L
A
 
T
R
 
S
K
 
N
W
 
W
W
 
L
L
 
M
N
 
G
E
 
G
L
 
V
A
 
N
R
 
E
R
 
Y
A
 
L
A
 
N
D
 
K
A
 
N
G
 
Q
S
 
V
Q
 
E
P
 
L
S
 
L
E
 
D
L
 
T
A
 
K
I
 
L
S
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
N
V
 
L
A
 
A
R
 
G
I
 
M
T
 
I
V
 
K
L
 
L
V
 
I
A
 
E
G
 
D
G
 
G
E
 
T
L
 
M
T
 
S
D
 
S
A
 
K
L
 
I
A
 
A
R
 
K
K
 
K
V
 
V
I
 
F
D
 
P
G
 
E
V
 
L
L
 
A
A
 
A
G
 
K
E
 
G
G
 
G
T
 
N
P
 
A
D
 
K
E
 
Q
V
 
I
V
 
M
A
 
E
G
 
D
R
 
N
G
 
G
L
 
L
A
 
V
V
 
Q
V
 
I
A
 
S
D
 
D
D
 
E
G
 
A
A
 
T
L
 
L
T
 
L
A
 
K
A
 
F
V
 
V
D
 
N
A
 
E
A
 
A
I
 
L
A
 
D
A
 
N
A
 
N
P
 
E
D
 
Q
I
 
S
A
 
V
E
 
E
K
 
D
V
 
Y
R
 
K
G
 
N
G
 
G
K
 
K
V
 
G
N
 
K
A
 
A
V
 
M
G
 
G
P
 
F
L
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
Q
V
 
I
M
 
M
K
 
K
A
 
A
M
 
S
R
 
K
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
D
 
N
A
 
P
A
 
Q
S
 
L
V
 
V
R
 
N
G
 
Q
L
 
L
L
 
L
L
 
K
E
 
Q
R
 
E
L
 
L

3al0B Crystal structure of the glutamine transamidosome from thermotoga maritima in the glutamylation state. (see paper)
41% identity, 93% coverage: 19:490/505 of query aligns to 2:467/482 of 3al0B

query
sites
3al0B
R
 
R
Y
 
Y
E
 
R
P
 
P
V
 
V
I
 
I
G
 
G
L
 
L
E
 
E
T
 
I
H
 
H
V
 
V
E
 
Q
L
 
L
G
 
S
T
 
T
V
 
K
S
 
T
K
 
K
M
 
A
F
 
F
C
 
C
G
 
S
C
|
C
P
 
P
T
 
A
-
 
D
A
 
V
F
 
F
G
 
E
A
 
L
E
 
P
P
 
P
N
 
N
T
 
T
Q
 
A
V
 
I
C
|
C
P
 
P
V
 
V
C
|
C
L
 
T
G
 
G
L
 
Q
P
 
P
G
 
G
A
 
A
L
 
L
P
 
P
V
 
V
V
 
P
N
 
N
E
 
E
A
 
E
A
 
M
V
 
I
R
 
R
F
 
F
A
 
A
V
 
V
M
 
K
I
 
T
G
 
A
L
 
L
A
 
A
L
 
L
H
 
N
C
 
C
D
 
K
I
 
I
A
 
H
S
 
K
W
 
Y
C
 
S
R
 
R
F
 
F
A
 
D
R
 
R
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
L
P
 
P
K
 
K
N
 
G
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
Q
 
Q
Y
 
Y
D
 
F
E
 
Y
P
 
P
L
 
I
C
 
A
T
 
T
D
 
E
G
 
G
W
 
F
L
 
L
D
 
E
V
 
I
E
 
D
V
 
G
D
 
D
G
 
E
E
 
G
V
 
R
H
 
K
R
 
K
V
 
V
G
 
R
I
 
I
T
 
R
R
 
R
V
 
L
H
 
H
M
 
L
E
 
E
E
 
E
D
 
D
T
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
L
L
 
V
H
 
H
V
 
E
G
 
G
G
 
D
A
 
S
T
 
I
G
 
T
R
 
R
I
 
-
H
 
-
G
 
-
A
 
A
T
 
S
H
 
Y
S
 
S
L
 
L
V
 
V
D
 
D
Y
 
M
N
 
N
R
 
R
A
 
C
G
 
G
I
 
V
P
 
P
L
 
L
V
 
I
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
T
E
 
E
P
 
P
D
 
D
V
 
I
R
 
S
S
 
S
P
 
P
E
 
R
V
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
V
Y
 
F
V
 
M
D
 
E
E
 
K
L
 
L
R
 
R
E
 
S
L
 
I
I
 
V
R
 
R
A
 
Y
L
 
L
D
 
G
V
 
V
S
 
S
D
 
T
V
 
G
R
 
D
M
 
M
E
 
E
Q
 
K
G
 
G
S
 
A
L
 
L
R
 
R
C
 
C
D
 
D
A
 
A
N
 
N
V
 
I
S
 
S
L
 
V
R
 
-
R
 
-
R
 
-
P
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
P
 
V
D
 
D
A
 
T
P
 
E
F
 
T
G
 
G
-
 
R
-
 
Q
-
 
S
T
 
N
R
 
R
T
 
V
E
 
E
T
 
V
K
 
K
N
 
N
L
 
M
N
 
N
S
 
S
L
 
F
R
|
R
S
 
F
V
 
V
E
 
E
R
 
R
A
 
A
V
 
L
R
 
E
Y
 
Y
E
 
E
I
 
F
S
 
E
R
 
R
Q
 
I
A
 
V
G
 
K
R
 
A
L
 
M
D
 
E
D
 
R
G
 
G
E
 
E
R
 
D
I
 
V
L
 
E
Q
 
R
E
 
E
T
 
T
R
 
R
H
 
G
F
 
W
D
 
D
E
 
M
A
 
A
S
 
T
G
 
K
R
 
I
T
 
T
S
 
V
P
 
S
G
 
M
R
 
R
S
 
G
K
 
K
E
 
E
E
 
E
A
 
E
T
 
S
D
 
D
Y
 
Y
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
P
 
P
E
 
E
P
 
P
D
 
D
L
 
I
T
 
P
P
 
P
L
 
V
A
 
V
L
 
L
P
 
S
E
 
D
Q
 
E
Y
 
Y
V
 
L
D
 
E
E
 
E
L
 
V
R
 
K
A
 
K
G
 
E
L
 
L
P
 
P
E
 
E
L
 
L
P
 
P
A
 
D
A
 
E
R
 
K
R
 
A
A
 
E
R
 
R
L
 
F
V
 
M
A
 
R
E
 
E
H
 
Y
G
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
E
Y
|
Y
T
 
D
G
 
A
R
 
K
D
 
V
L
 
L
T
 
T
D
 
S
M
 
S
R
 
K
N
 
E
A
 
L
G
 
A
V
 
-
L
 
-
D
 
E
L
 
F
V
 
F
E
 
E
Q
 
E
T
 
C
V
 
V
A
 
K
A
 
V
G
 
V
A
 
N
T
 
R
P
 
P
A
 
K
A
 
D
A
 
L
R
 
S
K
x
N
W
 
W
W
 
I
L
x
M
N
x
T
E
 
E
L
 
V
A
x
L
R
|
R
R
 
E
A
 
L
A
 
N
D
 
E
A
 
R
G
 
N
S
 
I
Q
 
E
P
 
I
S
 
T
E
 
E
L
 
S
A
 
K
I
 
L
S
 
T
P
 
P
A
 
Q
D
 
H
V
 
F
A
 
A
R
 
D
I
 
L
T
 
F
V
 
K
L
 
L
V
 
M
A
 
D
G
 
E
G
 
G
E
 
K
L
 
I
T
 
S
D
 
I
A
x
K
L
 
I
A
 
A
R
x
K
K
 
E
V
 
I
I
 
F
D
 
P
G
 
E
V
 
V
L
 
F
A
 
E
G
 
T
E
 
G
G
 
K
T
 
M
P
 
P
D
 
S
E
 
Q
V
 
I
V
 
V
A
 
E
G
 
E
R
 
K
G
 
G
L
 
L
A
 
T
V
 
Q
V
 
I
A
 
N
D
 
D
D
 
E
G
 
K
A
 
L
L
 
I
T
 
E
A
 
E
A
 
L
V
 
V
D
 
K
A
 
K
A
 
A
I
 
M
A
 
E
A
 
Q
A
 
N
P
 
P
D
 
K
I
x
A
A
 
V
E
 
Q
K
x
D
V
 
Y
R
 
K
G
 
S
G
 
G
K
 
K
V
 
K
N
x
K
A
 
A
V
 
A
G
|
G
P
x
F
L
 
F
V
|
V
G
|
G
A
 
Y
V
 
V
M
 
M
K
 
R
A
 
E
M
 
T
R
 
K
G
 
G
Q
 
K
A
 
A
D
 
N

Sites not aligning to the query:

2g5iB Structure of tRNA-dependent amidotransferase gatcab complexed with adp-alf4 (see paper)
45% identity, 83% coverage: 19:439/505 of query aligns to 1:408/410 of 2g5iB

query
sites
2g5iB
R
 
H
Y
 
F
E
 
E
P
 
T
V
|
V
I
 
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
T
 
V
H
|
H
V
 
V
E
 
E
L
 
L
G
 
K
T
 
T
V
 
D
S
 
S
K
 
K
M
 
M
F
 
F
C
 
S
G
 
P
C
 
S
P
 
P
T
 
A
A
 
H
F
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
E
P
 
P
N
 
N
T
 
S
Q
 
N
V
 
T
C
 
N
P
 
V
V
 
I
C
 
D
L
 
L
G
 
A
L
 
Y
P
 
P
G
 
G
A
 
V
L
 
L
P
 
P
V
 
V
V
 
V
N
 
N
E
 
K
A
 
R
A
 
A
V
 
V
R
 
D
F
 
W
A
 
A
V
 
M
M
 
R
I
 
A
G
 
A
L
 
M
A
 
A
L
 
L
H
 
N
C
 
M
D
 
E
I
 
I
A
 
A
S
 
T
W
 
E
C
 
S
R
 
K
F
 
F
A
 
D
R
 
R
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
N
P
 
P
K
 
K
N
 
A
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
Q
 
Q
Y
 
F
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
I
C
 
G
T
 
E
D
 
N
G
 
G
W
 
Y
L
 
I
D
 
D
V
 
I
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
G
E
 
E
V
 
T
H
 
K
R
 
R
V
 
I
G
 
G
I
 
I
T
 
T
R
 
R
V
 
L
H
 
H
M
 
M
E
|
E
E
 
E
D
 
D
T
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
L
 
T
H
 
H
V
 
K
G
 
G
G
 
-
A
 
-
T
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
H
 
-
G
 
-
A
 
-
T
 
E
H
 
Y
S
 
S
L
 
L
V
 
V
D
 
D
Y
 
L
N
 
N
R
 
R
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
I
E
|
E
I
 
I
V
|
V
T
x
S
E
 
E
P
|
P
D
 
D
V
 
I
R
 
R
S
 
S
P
 
P
E
 
K
V
 
E
A
 
A
R
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
V
 
L
D
 
E
E
 
K
L
 
L
R
 
R
E
 
S
L
 
I
I
 
I
R
 
Q
A
 
Y
L
 
T
D
 
G
V
 
V
S
 
S
D
 
D
V
 
V
R
 
K
M
 
M
E
 
E
Q
 
E
G
 
G
S
 
S
L
 
L
R
 
R
C
 
C
D
 
D
A
 
A
N
|
N
V
 
I
S
|
S
L
 
L
R
 
-
R
 
-
R
 
R
P
 
P
A
 
Y
P
 
G
G
 
Q
E
 
E
P
 
-
D
 
-
A
 
-
P
 
K
F
 
F
G
 
G
T
 
T
R
x
K
T
 
A
E
 
E
T
 
L
K
 
K
N
 
N
L
 
L
N
 
N
S
 
S
L
 
F
R
 
N
S
 
Y
V
 
V
E
 
R
R
 
K
A
 
G
V
 
L
R
 
E
Y
 
Y
E
 
E
I
 
E
S
 
K
R
 
R
Q
 
Q
A
 
E
G
 
E
R
 
E
L
 
L
D
 
L
D
 
N
G
 
G
E
 
G
R
 
E
I
 
I
L
 
G
Q
 
Q
E
 
E
T
 
T
R
 
R
H
 
R
F
 
F
D
 
D
E
 
E
A
 
S
S
 
T
G
 
G
R
 
K
T
 
T
S
 
I
P
 
L
G
 
M
R
 
R
S
 
V
K
 
K
E
 
E
E
 
G
A
 
S
T
 
D
D
 
D
Y
 
Y
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
P
 
P
E
 
E
P
 
P
D
 
D
L
 
I
T
 
V
P
 
P
L
 
L
A
 
Y
L
 
I
P
 
D
E
 
D
Q
 
A
Y
 
W
V
 
K
D
 
E
E
 
R
L
 
V
R
 
R
A
 
Q
G
 
T
L
 
I
P
 
P
E
 
E
L
 
L
P
 
P
A
 
D
A
 
E
R
 
R
R
 
K
A
 
A
R
 
K
L
 
Y
V
 
V
A
 
N
E
 
E
H
 
L
G
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
A
Y
 
Y
T
 
D
G
 
A
R
 
H
D
 
V
L
 
L
T
 
T
D
 
L
M
 
T
R
 
K
N
 
E
A
 
M
G
 
S
V
 
-
L
 
-
D
 
D
L
 
F
V
 
F
E
 
E
Q
 
S
T
 
T
V
 
I
A
 
E
A
 
H
G
 
G
A
 
A
T
 
D
P
 
V
A
 
K
A
 
L
A
 
T
R
 
S
K
 
N
W
 
W
W
 
L
L
 
M
N
 
G
E
 
G
L
 
V
A
 
N
R
 
E
R
 
Y
A
 
L
A
 
N
D
 
K
A
 
N
G
 
Q
S
 
V
Q
 
E
P
 
L
S
 
L
E
 
D
L
 
T
A
 
K
I
 
L
S
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
N
V
 
L
A
 
A
R
 
G
I
 
M
T
 
I
V
 
K
L
 
L
V
 
I
A
 
E
G
 
D
G
 
G
E
 
T
L
 
M
T
 
S
D
 
S
A
 
K
L
 
I
A
 
A
R
 
K
K
 
K
V
 
V
I
 
F
D
 
P
G
 
E
V
 
L
L
 
A
A
 
A
G
 
K
E
 
G
G
 
G
T
 
N
P
 
A
D
 
K
E
 
Q
V
 
I
V
 
M
A
 
E
G
 
D
R
 
N
G
 
G
L
 
L

2df4B Structure of tRNA-dependent amidotransferase gatcab complexed with mn2+ (see paper)
46% identity, 80% coverage: 19:420/505 of query aligns to 1:389/399 of 2df4B

query
sites
2df4B
R
 
H
Y
 
F
E
 
E
P
 
T
V
 
V
I
 
I
G
 
G
L
 
L
E
|
E
T
 
V
H
|
H
V
 
V
E
 
E
L
 
L
G
 
K
T
 
T
V
 
D
S
 
S
K
 
K
M
 
M
F
 
F
C
 
S
G
 
P
C
 
S
P
 
P
T
 
A
A
 
H
F
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
E
P
 
P
N
 
N
T
 
S
Q
 
N
V
 
T
C
 
N
P
 
V
V
 
I
C
 
D
L
 
L
G
 
A
L
 
Y
P
 
P
G
 
G
A
 
V
L
 
L
P
 
P
V
 
V
V
 
V
N
 
N
E
 
K
A
 
R
A
 
A
V
 
V
R
 
D
F
 
W
A
 
A
V
 
M
M
 
R
I
 
A
G
 
A
L
 
M
A
 
A
L
 
L
H
 
N
C
 
M
D
 
E
I
 
I
A
 
A
S
 
T
W
 
E
C
 
S
R
 
K
F
 
F
A
 
D
R
 
R
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
N
P
 
P
K
 
K
N
 
A
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
Q
 
Q
Y
 
F
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
I
C
 
G
T
 
E
D
 
N
G
 
G
W
 
Y
L
 
I
D
 
D
V
 
I
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
G
E
 
E
V
 
T
H
 
K
R
 
R
V
 
I
G
 
G
I
 
I
T
 
T
R
 
R
V
 
L
H
 
H
M
 
M
E
|
E
E
 
E
D
 
D
T
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
L
 
T
H
 
H
V
 
K
G
 
G
G
 
-
A
 
-
T
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
H
 
-
G
 
-
A
 
-
T
 
E
H
 
Y
S
 
S
L
 
L
V
 
V
D
 
D
Y
 
L
N
 
N
R
 
R
A
 
Q
G
 
G
I
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
I
E
|
E
I
 
I
V
 
V
T
 
S
E
 
E
P
 
P
D
 
D
V
 
I
R
 
R
S
 
S
P
 
P
E
 
K
V
 
E
A
 
A
R
 
Y
A
 
A
Y
 
Y
V
 
L
D
 
E
E
 
K
L
 
L
R
 
R
E
 
S
L
 
I
I
 
I
R
 
Q
A
 
Y
L
 
T
D
 
G
V
 
V
S
 
S
D
 
D
V
 
V
R
 
K
M
 
M
E
 
E
Q
 
E
G
 
G
S
 
S
L
 
L
R
 
R
C
 
C
D
|
D
A
 
A
N
 
N
V
 
I
S
 
S
L
 
L
R
 
-
R
 
-
R
 
R
P
 
P
A
 
Y
P
 
G
G
 
Q
E
 
E
P
 
-
D
 
-
A
 
-
P
 
K
F
 
F
G
 
G
T
 
T
R
 
K
T
 
A
E
|
E
T
 
L
K
 
K
N
 
N
L
 
L
N
 
N
S
 
S
L
 
F
R
 
N
S
 
Y
V
 
V
E
 
R
R
 
K
A
 
G
V
 
L
R
 
E
Y
 
Y
E
 
E
I
 
E
S
 
K
R
 
R
Q
 
Q
A
 
E
G
 
E
R
 
E
L
 
L
D
 
L
D
 
N
G
 
G
E
 
G
R
 
E
I
 
I
L
 
G
Q
 
Q
E
 
E
T
 
T
R
 
R
H
 
R
F
 
F
D
 
D
E
 
E
A
 
S
S
 
T
G
 
G
R
 
K
T
 
T
S
 
I
P
 
L
G
 
M
R
 
R
S
 
V
K
 
K
E
 
E
E
 
G
A
 
S
T
 
D
D
 
D
Y
 
Y
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
P
 
P
E
 
E
P
 
P
D
 
D
L
 
I
T
 
V
P
 
P
L
 
L
A
 
Y
L
 
I
P
 
D
E
 
D
Q
 
A
Y
 
W
V
 
K
D
 
E
E
 
R
L
 
V
R
 
R
A
 
Q
G
 
T
L
 
I
P
 
P
E
 
E
L
 
L
P
 
P
A
 
D
A
 
E
R
 
R
R
 
K
A
 
A
R
 
K
L
 
Y
V
 
V
A
 
N
E
 
E
H
 
L
G
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
A
Y
 
Y
T
 
D
G
 
A
R
 
H
D
 
V
L
 
L
T
 
T
D
 
L
M
 
T
R
 
K
N
 
E
A
 
M
G
 
S
V
 
-
L
 
-
D
 
D
L
 
F
V
 
F
E
 
E
Q
 
S
T
 
T
V
 
I
A
 
E
A
 
H
G
 
G
A
 
A
T
 
D
P
 
V
A
 
K
A
 
L
A
 
T
R
 
S
K
 
N
W
 
W
W
 
L
L
 
M
N
 
G
E
 
G
L
 
V
A
 
N
R
 
E
R
 
Y
A
 
L
A
 
N
D
 
K
A
 
N
G
 
Q
S
 
V
Q
 
E
P
 
L
S
 
L
E
 
D
L
 
T
A
 
K
I
 
L
S
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
N
V
 
L
A
 
A
R
 
G
I
 
M
T
 
I
V
 
K
L
 
L
V
 
I
A
 
E
G
 
D
G
 
G
E
 
T
L
 
M
T
 
S
D
 
S
A
 
K
L
 
I
A
 
A
R
 
K
K
 
K
V
 
V
I
 
F

4wj3B Crystal structure of the asparagine transamidosome from pseudomonas aeruginosa (see paper)
43% identity, 81% coverage: 20:429/505 of query aligns to 1:398/456 of 4wj3B

query
sites
4wj3B
Y
 
W
E
 
E
P
 
T
V
 
V
I
 
I
G
 
G
L
 
L
E
 
E
T
 
I
H
 
H
V
 
A
E
 
Q
L
 
L
G
 
A
T
 
T
V
 
Q
S
 
S
K
 
K
M
 
I
F
 
F
C
 
S
G
 
G
C
 
S
P
 
S
T
 
T
A
 
A
F
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
A
P
 
P
N
 
N
T
 
T
Q
 
Q
V
 
A
C
 
S
P
 
L
V
 
V
C
 
D
L
 
L
G
 
A
L
 
M
P
 
P
G
 
G
A
 
T
L
 
L
P
 
P
V
 
V
V
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
E
A
 
A
V
 
V
R
 
R
F
 
M
A
 
A
V
 
C
M
 
L
I
 
F
G
 
G
L
 
L
A
 
A
L
 
I
H
 
D
C
 
A
D
 
R
I
 
I
A
 
D
S
 
R
W
 
Q
C
 
N
R
 
V
F
 
F
A
 
A
R
 
R
K
 
K
N
 
N
Y
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
M
 
L
P
 
P
K
 
K
N
 
G
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
T
S
 
S
Q
 
Q
Y
 
M
D
 
D
E
 
H
P
 
P
L
 
I
C
 
V
T
 
G
D
 
K
G
 
G
W
 
H
L
 
L
D
 
D
V
 
I
E
 
T
V
 
L
-
 
E
D
 
D
G
 
G
E
 
T
V
 
T
H
 
K
R
 
R
V
 
I
G
 
G
I
 
I
T
 
T
R
 
R
V
 
A
H
 
H
M
 
L
E
 
E
E
 
E
D
 
D
T
 
A
G
 
G
K
|
K
S
 
S
L
 
L
H
 
H
V
 
E
G
 
D
G
 
G
A
 
M
T
 
S
G
 
G
R
 
-
I
 
-
H
 
-
G
 
-
A
 
-
T
 
-
H
 
-
S
 
-
L
 
-
V
 
I
D
 
D
Y
 
L
N
 
N
R
 
R
A
 
A
G
 
G
I
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
L
E
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
S
E
 
E
P
 
P
D
 
D
V
 
I
R
 
R
S
 
S
P
 
A
E
 
K
V
 
E
A
 
A
R
 
V
A
 
A
Y
 
Y
V
 
V
D
 
K
E
 
A
L
 
I
R
 
H
E
 
A
L
 
L
I
 
V
R
 
R
A
 
Y
L
 
L
D
 
G
V
 
I
S
 
C
D
 
D
V
 
G
R
 
N
M
 
M
E
x
A
Q
 
E
G
 
G
S
 
S
L
 
L
R
 
R
C
 
C
D
 
D
A
 
C
N
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
V
R
 
R
R
 
P
R
 
K
P
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
P
 
G
D
 
Q
A
 
A
P
 
E
F
|
F
G
 
G
T
 
T
R
 
R
T
 
A
E
 
E
T
 
I
K
 
K
N
|
N
L
 
V
N
 
N
S
|
S
L
 
F
R
|
R
S
 
F
V
 
I
E
 
E
R
 
K
A
 
A
V
 
I
R
 
N
Y
 
H
E
 
E
I
 
I
S
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
A
 
I
G
 
E
R
 
L
L
 
I
D
 
E
D
 
D
G
 
G
E
 
G
R
 
K
I
x
V
L
 
V
Q
 
Q
E
 
E
T
 
T
R
 
R
H
 
L
F
 
Y
D
 
D
E
 
P
A
 
N
S
 
K
G
 
D
R
 
E
T
 
T
S
 
R
P
 
S
G
 
M
R
 
R
S
 
G
K
 
K
E
 
E
E
 
E
A
 
A
T
 
N
D
 
D
Y
 
Y
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
P
 
P
E
 
C
P
 
P
D
 
D
L
 
L
T
 
L
P
 
P
L
 
V
A
 
V
L
 
I
P
 
E
E
 
P
Q
 
E
Y
 
Y
V
 
L
D
 
A
E
 
K
L
 
L
R
 
R
A
 
E
G
 
Q
L
 
L
P
 
P
E
 
E
L
 
L
P
 
P
A
 
V
A
 
Q
R
 
K
R
 
R
A
 
E
R
 
R
L
 
F
V
 
E
A
 
S
E
 
Q
H
 
Y
G
 
G
Y
 
L
T
 
S
G
 
A
R
x
Y
D
 
D
L
 
A
T
 
S
D
 
V
M
 
L
R
 
S
N
 
A
A
 
S
G
 
R
V
 
E
L
 
M
-
 
A
D
 
D
L
 
Y
V
 
F
E
 
E
Q
 
K
T
 
V
V
 
Q
A
 
G
A
 
I
G
 
C
A
 
G
T
 
D
P
 
A
A
 
K
A
 
L
A
 
A
R
 
A
K
x
N
W
 
W
W
 
V
L
x
M
N
x
V
E
 
E
L
 
L
A
 
G
R
x
S
R
 
L
A
 
L
A
x
N
D
 
K
A
 
D
G
 
G
S
 
L
Q
 
E
P
 
I
S
 
E
E
 
Q
L
 
S
A
 
P
I
 
V
S
 
S
P
 
A
A
 
E
D
 
Q
V
 
L
A
 
G
R
 
G
I
 
M
T
 
I
V
 
L
L
 
R
V
 
I
A
 
K
G
 
D
G
 
N
E
 
T
L
 
I
T
 
S
D
 
G
A
 
K
L
 
L
A
 
A
R
 
K
K
 
M
V
 
V
I
 
F
D
 
E
G
 
A
V
 
M
L
 
A
A
 
N
G
 
G
E
 
E
G
 
G
T
 
S

Sites not aligning to the query:

3kfuF Crystal structure of the transamidosome (see paper)
47% identity, 81% coverage: 20:427/505 of query aligns to 2:386/447 of 3kfuF

query
sites
3kfuF
Y
 
Y
E
 
E
P
 
A
V
 
V
I
 
I
G
 
G
L
 
L
E
 
E
T
 
V
H
|
H
V
 
L
E
 
H
L
 
L
G
 
K
T
 
T
V
 
R
S
 
T
K
 
K
M
 
M
F
 
F
C
|
C
G
 
G
C
|
C
-
 
R
P
 
A
T
 
D
A
 
Y
F
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
E
P
 
P
N
 
N
T
 
T
Q
 
H
V
 
T
C
|
C
P
 
P
V
 
V
C
 
C
L
 
L
G
 
G
L
 
L
P
 
P
G
 
G
A
 
A
L
 
L
P
 
P
V
 
V
V
 
P
N
 
N
E
 
R
A
 
V
A
 
A
V
 
V
R
 
E
F
 
H
A
 
G
V
 
L
M
 
R
I
 
L
G
 
A
L
 
L
A
 
A
L
 
L
H
 
G
C
 
A
D
 
E
I
 
V
A
 
P
S
 
E
W
 
R
C
 
L
R
 
V
F
 
F
A
 
H
R
 
R
K
 
K
N
 
N
Y
|
Y
F
 
F
Y
|
Y
P
 
P
D
|
D
M
 
L
P
 
P
K
 
K
N
 
N
F
 
Y
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
Q
 
Q
Y
|
Y
D
|
D
E
 
L
P
 
P
L
 
L
C
 
G
T
 
R
D
 
G
G
 
G
W
 
S
L
 
L
D
 
P
V
 
L
E
 
-
V
 
-
D
 
-
G
 
G
E
 
E
V
 
-
H
 
R
R
 
R
V
 
V
G
 
R
I
 
I
T
 
K
R
 
R
V
 
L
H
 
H
M
 
L
E
|
E
E
 
E
D
 
D
T
 
A
G
 
G
K
|
K
S
 
S
L
 
L
H
|
H
V
 
L
G
 
E
G
 
G
A
 
R
T
 
T
G
 
-
R
 
-
I
 
-
H
 
-
G
 
-
A
 
-
T
 
-
H
 
-
S
 
-
L
 
L
V
 
L
D
 
D
Y
 
L
N
 
N
R
|
R
A
 
A
G
 
G
I
 
S
P
 
P
L
 
L
V
 
I
E
|
E
I
 
L
V
 
V
T
 
T
E
 
E
P
 
P
D
 
D
V
 
L
R
 
K
S
 
T
P
 
P
E
 
E
V
 
E
A
 
A
R
|
R
A
 
L
Y
 
F
V
 
L
D
 
Q
E
 
R
L
 
I
R
 
Q
E
 
A
L
 
L
I
 
V
R
 
Q
A
 
T
L
 
L
D
 
G
V
 
I
S
 
S
D
 
D
V
 
A
R
 
S
M
x
P
E
|
E
Q
 
E
G
|
G
S
 
K
L
 
L
R
|
R
C
 
A
D
 
D
A
 
V
N
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
V
R
 
R
R
 
R
R
 
V
P
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
G
E
 
E
P
 
-
D
 
-
A
 
-
P
 
P
F
 
L
G
 
G
T
 
T
R
 
K
T
 
V
E
 
E
T
 
I
K
 
K
N
 
N
L
 
L
N
|
N
S
|
S
L
x
F
R
x
K
S
 
S
V
 
V
E
 
Q
R
 
R
A
 
A
V
 
L
R
 
E
Y
 
Y
E
 
E
I
 
I
S
 
R
R
 
R
Q
 
Q
A
 
T
G
 
E
R
 
I
L
 
L
D
 
R
D
 
R
G
 
G
E
 
E
R
 
K
I
 
V
L
 
K
Q
 
Q
E
 
A
T
 
T
R
 
M
H
 
G
F
 
F
D
 
E
E
 
E
A
 
G
S
 
S
G
 
G
R
 
K
T
 
T
S
 
Y
P
 
P
G
 
-
R
 
-
S
 
-
K
 
-
E
 
-
E
 
-
A
 
M
T
 
A
D
 
D
Y
 
Y
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
P
 
P
E
 
E
P
 
P
D
 
D
L
 
L
T
 
P
P
 
P
L
 
V
A
 
A
L
 
I
P
 
P
E
 
R
Q
 
D
Y
 
W
V
 
L
D
 
E
E
 
E
L
 
V
R
 
R
A
 
R
G
 
S
L
 
L
P
 
P
E
 
E
L
 
L
P
 
P
A
 
W
A
 
E
R
 
K
R
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
Y
V
 
R
A
 
A
E
 
-
H
 
L
G
 
G
Y
 
I
T
 
K
G
 
E
R
 
K
D
 
D
L
 
A
T
 
E
D
 
V
M
 
L
R
 
A
N
 
Y
A
 
T
G
 
P
V
 
S
L
 
L
-
 
A
D
 
R
L
 
F
V
 
L
E
 
D
Q
 
Q
T
 
A
V
 
L
A
 
P
A
 
L
G
 
G
-
 
L
A
 
A
T
 
S
P
 
P
A
 
Q
A
 
A
A
 
L
R
 
A
K
 
N
W
 
W
W
 
L
L
|
L
N
 
A
E
 
D
L
 
V
A
 
A
R
x
G
R
 
L
A
 
L
A
x
H
D
 
E
A
 
R
G
 
G
S
 
L
Q
 
R
P
 
L
S
 
E
E
 
E
L
 
T
A
 
R
I
 
L
S
 
S
P
 
P
A
 
E
D
 
G
V
 
L
A
 
A
R
 
R
I
 
L
T
 
V
V
 
G
L
 
L
V
 
F
A
 
E
G
 
R
G
 
G
E
 
E
L
 
V
T
 
T
D
x
S
A
x
R
L
 
V
A
 
A
R
x
K
K
 
S
V
 
L
I
 
L
D
 
P
G
 
E
V
 
V
L
 
L
A
 
E
G
 
G
E
 
Q

Sites not aligning to the query:

2d6fD Crystal structure of glu-tRNA(gln) amidotransferase in the complex with tRNA(gln) (see paper)
26% identity, 47% coverage: 24:262/505 of query aligns to 10:248/522 of 2d6fD

query
sites
2d6fD
I
 
M
G
 
G
L
 
L
E
 
E
T
 
I
H
 
H
V
 
Q
E
 
Q
L
 
L
G
 
D
T
 
T
V
 
E
S
 
S
K
 
K
M
 
L
F
 
F
C
 
C
G
 
P
C
|
C
P
 
R
T
 
T
A
 
E
F
 
L
-
 
T
G
 
D
A
 
S
E
 
E
P
 
P
N
 
D
T
 
H
Q
 
D
V
 
I
C
 
V
-
 
R
-
 
N
-
 
L
-
 
R
-
 
P
-
 
T
-
 
R
-
 
A
-
 
A
-
 
F
-
 
E
-
 
E
-
 
A
-
 
M
-
 
R
-
 
K
-
 
L
-
 
H
-
 
F
-
 
H
-
 
Y
-
 
E
-
 
N
-
 
Y
-
 
H
-
 
E
P
 
E
V
 
T
C
|
C
L
 
L
G
 
V
L
x
E
P
 
A
G
 
D
A
 
E
L
 
E
P
 
P
V
 
P
-
 
H
-
 
P
V
 
L
N
 
N
E
 
P
A
 
E
A
 
A
V
 
L
R
 
E
F
 
I
A
 
A
V
 
V
M
 
T
I
 
I
G
 
A
L
 
L
A
 
L
L
 
L
H
 
N
C
 
M
D
 
R
I
 
V
A
 
V
S
 
D
W
 
E
C
 
F
R
 
H
F
 
T
A
 
M
R
 
R
K
 
K
N
 
Q
Y
 
V
F
 
I
Y
 
D
P
 
G
D
 
S
M
 
N
P
 
T
K
 
G
N
 
G
F
 
F
Q
 
Q
I
 
R
S
 
T
Q
 
G
Y
 
L
D
 
-
E
 
-
P
 
-
L
 
V
C
 
A
T
 
T
D
 
D
G
 
G
W
 
H
L
 
L
D
 
E
V
 
T
E
 
P
V
 
Q
D
 
G
G
 
T
E
 
-
V
 
-
H
 
-
R
 
-
V
 
V
G
 
K
I
 
I
T
 
E
R
 
N
V
 
L
H
 
C
M
 
L
E
 
E
E
 
E
D
 
D
T
 
A
G
 
A
K
 
R
S
 
R
L
 
I
H
 
R
V
 
E
G
 
T
G
 
G
A
 
-
T
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
H
 
D
G
 
G
A
 
V
T
 
V
H
 
F
S
 
R
L
 
L
V
 
-
D
 
-
Y
 
-
N
 
D
R
 
R
A
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
I
V
 
T
T
 
T
E
 
D
P
 
P
D
 
S
V
 
M
R
 
S
S
 
D
P
 
P
E
 
Q
V
 
Q
A
 
L
R
 
R
A
 
E
Y
 
V
V
 
A
D
 
Y
E
 
Q
L
 
I
R
 
G
E
 
Q
L
 
I
I
 
L
R
 
R
A
 
S
L
 
-
D
 
-
V
 
-
S
 
T
D
 
R
V
 
V
R
 
K
M
 
R
E
 
G
Q
 
L
G
 
G
S
 
T
L
 
I
R
 
R
C
 
Q
D
 
D
A
 
L
N
 
N
V
 
I
S
 
S
L
 
I
R
 
R
R
 
D
R
 
-
P
 
-
A
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
-
P
 
-
F
 
-
G
 
G
T
 
A
R
 
R
T
 
V
E
 
E
T
 
V
K
 
K
N
 
G
L
 
V
N
x
Q
S
x
D
L
 
L
R
x
D
S
 
L
V
 
I
E
 
P
R
 
E
A
 
I
V
 
V
R
 
E
Y
 
R
E
 
E
I
 
V
S
 
K
R
 
R
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_011606921.1 NCBI__GCF_000058485.1:WP_011606921.1
MSTAAPASALPSYADALARYEPVIGLETHVELGTVSKMFCGCPTAFGAEPNTQVCPVCLG
LPGALPVVNEAAVRFAVMIGLALHCDIASWCRFARKNYFYPDMPKNFQISQYDEPLCTDG
WLDVEVDGEVHRVGITRVHMEEDTGKSLHVGGATGRIHGATHSLVDYNRAGIPLVEIVTE
PDVRSPEVARAYVDELRELIRALDVSDVRMEQGSLRCDANVSLRRRPAPGEPDAPFGTRT
ETKNLNSLRSVERAVRYEISRQAGRLDDGERILQETRHFDEASGRTSPGRSKEEATDYRY
FPEPDLTPLALPEQYVDELRAGLPELPAARRARLVAEHGYTGRDLTDMRNAGVLDLVEQT
VAAGATPAAARKWWLNELARRAADAGSQPSELAISPADVARITVLVAGGELTDALARKVI
DGVLAGEGTPDEVVAGRGLAVVADDGALTAAVDAAIAAAPDIAEKVRGGKVNAVGPLVGA
VMKAMRGQADAASVRGLLLERLGAS

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory