SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011607175.1 NCBI__GCF_000058485.1:WP_011607175.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3tdtA Complex of tetrahydrodipicolinate n-succinyltransferase with 2-amino- 6-oxopimelate and coenzyme a (see paper)
41% identity, 95% coverage: 10:274/280 of query aligns to 2:271/274 of 3tdtA

query
sites
3tdtA
S
 
Q
P
 
Q
I
 
L
D
 
Q
P
 
N
I
 
V
I
 
I
D
 
E
E
 
S
L
 
A
W
 
F
D
 
E
R
 
R
R
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
I
T
 
T
P
 
P
D
 
A
D
 
N
A
 
V
D
 
D
A
 
T
-
 
V
-
 
T
R
 
R
K
 
E
T
 
A
I
 
V
V
 
N
A
 
Q
A
 
V
V
 
I
D
 
G
A
 
L
I
 
L
D
 
D
A
 
S
G
 
G
I
 
A
A
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
A
T
 
E
V
 
-
A
 
K
A
 
I
D
 
D
G
 
G
S
 
Q
V
 
W
V
 
V
V
 
T
D
 
H
E
 
Q
R
 
W
A
 
L
K
 
K
R
 
K
A
 
A
I
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
S
F
 
F
K
 
R
V
 
I
L
 
N
P
 
D
M
 
N
A
 
K
E
 
V
S
 
M
A
 
D
A
 
G
G
 
A
D
 
E
F
 
T
Q
 
R
Y
 
Y
H
 
Y
D
 
D
R
 
K
M
 
V
P
 
P
L
 
M
K
 
K
-
 
F
-
 
A
-
 
D
-
 
Y
-
 
D
-
 
E
T
 
A
R
 
R
F
 
F
-
 
Q
-
 
K
D
 
E
G
 
G
V
 
F
R
|
R
V
 
V
V
 
V
P
 
P
G
 
P
A
 
A
I
 
T
V
 
V
R
 
R
W
 
Q
G
 
G
A
 
A
H
 
F
V
 
I
Q
 
A
P
 
R
G
 
N
A
 
T
I
 
V
L
 
L
M
|
M
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
T
 
V
N
 
N
I
 
I
G
 
G
G
 
A
Y
 
Y
V
 
V
G
 
D
A
 
E
G
 
G
T
 
T
L
x
M
V
 
V
D
|
D
T
 
T
W
 
W
A
 
A
T
 
T
V
 
V
G
 
G
S
 
S
C
 
C
A
 
A
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
S
 
K
N
 
N
V
 
V
H
 
H
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
L
 
I
G
 
G
G
|
G
V
 
V
L
 
L
E
 
E
P
 
P
P
 
L
N
 
Q
A
 
A
V
 
N
P
 
P
V
 
T
V
 
I
I
 
I
E
 
E
D
 
D
D
 
N
A
 
C
F
 
F
V
 
I
G
|
G
S
x
A
R
 
R
C
 
S
M
x
E
V
 
V
V
 
V
D
 
E
G
 
G
A
 
V
R
 
I
V
 
V
R
 
E
R
 
E
G
 
G
A
 
S
K
 
V
L
 
I
G
x
S
A
x
M
G
 
G
A
 
V
I
 
Y
L
 
L
T
 
G
A
 
Q
S
 
S
T
 
T
H
 
R
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
x
R
N
 
E
T
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
I
Y
 
H
P
 
-
R
 
Y
G
 
G
E
 
R
I
 
V
P
 
P
E
 
A
R
 
G
A
 
S
V
 
V
A
 
V
V
|
V
G
 
-
S
 
S
S
 
G
R
 
N
L
 
L
K
 
P
S
 
S
F
 
-
P
 
K
G
 
D
G
 
G
E
 
S
F
 
Y
A
 
S
M
 
L
P
 
Y
C
 
C
I
 
A
L
 
V
V
 
I
L
 
V
R
x
K
T
 
K
L
 
V
A
 
-
E
 
D
G
 
A
E
x
K
I
x
T
H
 
R
D
 
G
K
|
K
L
 
V
A
 
G
L
 
I
N
 
N
D
 
E
V
 
L
L
 
L
R
 
R

2tdtA Complex of tetrahydrodipicolinate n-succinyltransferase with 2- aminopimelate and coenzyme a (see paper)
41% identity, 95% coverage: 10:274/280 of query aligns to 2:271/274 of 2tdtA

query
sites
2tdtA
S
 
Q
P
 
Q
I
 
L
D
 
Q
P
 
N
I
 
V
I
 
I
D
 
E
E
 
S
L
 
A
W
 
F
D
 
E
R
 
R
R
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
I
T
 
T
P
 
P
D
 
A
D
 
N
A
 
V
D
 
D
A
 
T
-
 
V
-
 
T
R
 
R
K
 
E
T
 
A
I
 
V
V
 
N
A
 
Q
A
 
V
V
 
I
D
 
G
A
 
L
I
 
L
D
 
D
A
 
S
G
 
G
I
 
A
A
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
A
T
 
E
V
 
-
A
 
K
A
 
I
D
 
D
G
 
G
S
 
Q
V
 
W
V
 
V
V
 
T
D
 
H
E
 
Q
R
 
W
A
 
L
K
 
K
R
 
K
A
 
A
I
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
S
F
 
F
K
 
R
V
 
I
L
 
N
P
 
D
M
 
N
A
 
K
E
 
V
S
 
M
A
 
D
A
 
G
G
 
A
D
 
E
F
 
T
Q
 
R
Y
 
Y
H
 
Y
D
 
D
R
 
K
M
 
V
P
 
P
L
 
M
K
 
K
-
 
F
-
 
A
-
 
D
-
 
Y
-
 
D
-
 
E
T
 
A
R
 
R
F
 
F
-
 
Q
-
 
K
D
 
E
G
 
G
V
 
F
R
|
R
V
 
V
V
 
V
P
 
P
G
 
P
A
 
A
I
 
T
V
 
V
R
 
R
W
 
Q
G
 
G
A
 
A
H
 
F
V
 
I
Q
 
A
P
 
R
G
 
N
A
 
T
I
 
V
L
 
L
M
|
M
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
T
 
V
N
 
N
I
 
I
G
 
G
G
 
A
Y
 
Y
V
 
V
G
 
D
A
 
E
G
 
G
T
 
T
L
x
M
V
 
V
D
|
D
T
 
T
W
 
W
A
 
A
T
 
T
V
 
V
G
 
G
S
 
S
C
 
C
A
 
A
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
S
 
K
N
 
N
V
 
V
H
 
H
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
L
 
I
G
 
G
G
|
G
V
 
V
L
 
L
E
 
E
P
 
P
P
 
L
N
 
Q
A
 
A
V
 
N
P
 
P
V
 
T
V
 
I
I
 
I
E
 
E
D
 
D
D
 
N
A
 
C
F
|
F
V
 
I
G
|
G
S
 
A
R
 
R
C
 
S
M
x
E
V
 
V
V
 
V
D
 
E
G
 
G
A
 
V
R
 
I
V
 
V
R
 
E
R
 
E
G
 
G
A
 
S
K
 
V
L
 
I
G
x
S
A
x
M
G
 
G
A
 
V
I
 
Y
L
 
L
T
 
G
A
 
Q
S
 
S
T
 
T
H
 
R
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
x
R
N
 
E
T
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
I
Y
 
H
P
 
-
R
 
Y
G
 
G
E
 
R
I
 
V
P
 
P
E
 
A
R
 
G
A
 
S
V
 
V
A
 
V
V
 
V
G
 
-
S
 
S
S
 
G
R
 
N
L
 
L
K
 
P
S
 
S
F
 
-
P
 
K
G
 
D
G
 
G
E
 
S
F
 
Y
A
 
S
M
 
L
P
 
Y
C
 
C
I
 
A
L
 
V
V
 
I
L
 
V
R
x
K
T
 
K
L
 
V
A
 
-
E
 
D
G
 
A
E
x
K
I
x
T
H
 
R
D
 
G
K
|
K
L
 
V
A
 
G
L
 
I
N
 
N
D
 
E
V
 
L
L
 
L
R
 
R

1kgtA Crystal structure of tetrahydrodipicolinate n-succinyltransferase in complex with pimelate and succinyl-coa (see paper)
41% identity, 95% coverage: 10:274/280 of query aligns to 2:271/274 of 1kgtA

query
sites
1kgtA
S
 
Q
P
 
Q
I
 
L
D
 
Q
P
 
N
I
 
V
I
 
I
D
 
E
E
 
S
L
 
A
W
 
F
D
 
E
R
 
R
R
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
I
T
 
T
P
 
P
D
 
A
D
 
N
A
 
V
D
 
D
A
 
T
-
 
V
-
 
T
R
 
R
K
 
E
T
 
A
I
 
V
V
 
N
A
 
Q
A
 
V
V
 
I
D
 
G
A
 
L
I
 
L
D
 
D
A
 
S
G
 
G
I
 
A
A
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
A
T
 
E
V
 
-
A
 
K
A
 
I
D
 
D
G
 
G
S
 
Q
V
 
W
V
 
V
V
 
T
D
 
H
E
 
Q
R
 
W
A
 
L
K
 
K
R
 
K
A
 
A
I
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
S
F
 
F
K
 
R
V
 
I
L
 
N
P
 
D
M
 
N
A
 
K
E
 
V
S
 
M
A
 
D
A
 
G
G
 
A
D
 
E
F
 
T
Q
 
R
Y
 
Y
H
 
Y
D
 
D
R
 
K
M
 
V
P
 
P
L
 
M
K
 
K
-
 
F
-
 
A
-
 
D
-
 
Y
-
 
D
-
 
E
T
 
A
R
 
R
F
 
F
-
 
Q
-
 
K
D
 
E
G
 
G
V
 
F
R
|
R
V
 
V
V
 
V
P
 
P
G
 
P
A
 
A
I
 
T
V
 
V
R
 
R
W
 
Q
G
 
G
A
 
A
H
 
F
V
 
I
Q
 
A
P
 
R
G
 
N
A
 
T
I
 
V
L
 
L
M
|
M
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
T
 
V
N
 
N
I
 
I
G
 
G
G
 
A
Y
 
Y
V
 
V
G
 
D
A
 
E
G
 
G
T
 
T
L
x
M
V
 
V
D
|
D
T
 
T
W
 
W
A
 
A
T
 
T
V
 
V
G
 
G
S
 
S
C
 
C
A
 
A
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
S
 
K
N
 
N
V
 
V
H
 
H
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
L
 
I
G
 
G
G
|
G
V
 
V
L
 
L
E
 
E
P
 
P
P
 
L
N
 
Q
A
 
A
V
 
N
P
 
P
V
 
T
V
 
I
I
 
I
E
 
E
D
 
D
D
 
N
A
 
C
F
 
F
V
 
I
G
 
G
S
x
A
R
 
R
C
 
S
M
x
E
V
 
V
V
 
V
D
 
E
G
 
G
A
 
V
R
 
I
V
 
V
R
 
E
R
 
E
G
 
G
A
 
S
K
 
V
L
 
I
G
x
S
A
 
M
G
 
G
A
 
V
I
 
Y
L
 
L
T
 
G
A
 
Q
S
 
S
T
 
T
H
 
R
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
x
R
N
 
E
T
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
I
Y
 
H
P
 
-
R
 
Y
G
 
G
E
 
R
I
 
V
P
 
P
E
 
A
R
 
G
A
 
S
V
 
V
A
 
V
V
 
V
G
 
-
S
 
S
S
 
G
R
 
N
L
 
L
K
 
P
S
 
S
F
 
-
P
 
K
G
 
D
G
 
G
E
 
S
F
 
Y
A
 
S
M
 
L
P
 
Y
C
 
C
I
 
A
L
 
V
V
 
I
L
 
V
R
 
K
T
 
K
L
 
V
A
 
-
E
 
D
G
 
A
E
x
K
I
x
T
H
 
R
D
 
G
K
|
K
L
 
V
A
 
G
L
 
I
N
 
N
D
 
E
V
 
L
L
 
L
R
 
R

1kgqA Crystal structure of tetrahydrodipicolinate n-succinyltransferase in complex with l-2-aminopimelate and succinamide-coa (see paper)
41% identity, 95% coverage: 10:274/280 of query aligns to 2:271/274 of 1kgqA

query
sites
1kgqA
S
 
Q
P
 
Q
I
 
L
D
 
Q
P
 
N
I
 
V
I
 
I
D
 
E
E
 
S
L
 
A
W
 
F
D
 
E
R
 
R
R
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
I
T
 
T
P
 
P
D
 
A
D
 
N
A
 
V
D
 
D
A
 
T
-
 
V
-
 
T
R
 
R
K
 
E
T
 
A
I
 
V
V
 
N
A
 
Q
A
 
V
V
 
I
D
 
G
A
 
L
I
 
L
D
 
D
A
 
S
G
 
G
I
 
A
A
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
A
T
 
E
V
 
-
A
 
K
A
 
I
D
 
D
G
 
G
S
 
Q
V
 
W
V
 
V
V
 
T
D
 
H
E
 
Q
R
 
W
A
 
L
K
 
K
R
 
K
A
 
A
I
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
S
F
 
F
K
 
R
V
 
I
L
 
N
P
 
D
M
 
N
A
 
K
E
 
V
S
 
M
A
 
D
A
 
G
G
 
A
D
 
E
F
 
T
Q
 
R
Y
 
Y
H
 
Y
D
 
D
R
 
K
M
 
V
P
 
P
L
 
M
K
 
K
-
 
F
-
 
A
-
 
D
-
 
Y
-
 
D
-
 
E
T
 
A
R
 
R
F
 
F
-
 
Q
-
 
K
D
 
E
G
 
G
V
 
F
R
|
R
V
 
V
V
 
V
P
 
P
G
 
P
A
 
A
I
 
T
V
 
V
R
 
R
W
 
Q
G
 
G
A
 
A
H
 
F
V
 
I
Q
 
A
P
 
R
G
 
N
A
 
T
I
 
V
L
 
L
M
|
M
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
T
 
V
N
 
N
I
 
I
G
 
G
G
 
A
Y
 
Y
V
 
V
G
 
D
A
 
E
G
 
G
T
 
T
L
x
M
V
 
V
D
|
D
T
 
T
W
 
W
A
 
A
T
 
T
V
 
V
G
 
G
S
 
S
C
 
C
A
 
A
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
S
 
K
N
 
N
V
 
V
H
 
H
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
L
 
I
G
 
G
G
|
G
V
 
V
L
 
L
E
 
E
P
 
P
P
 
L
N
 
Q
A
 
A
V
 
N
P
 
P
V
 
T
V
 
I
I
 
I
E
 
E
D
 
D
D
 
N
A
 
C
F
|
F
V
 
I
G
|
G
S
 
A
R
 
R
C
 
S
M
x
E
V
 
V
V
 
V
D
 
E
G
 
G
A
 
V
R
 
I
V
 
V
R
 
E
R
 
E
G
 
G
A
 
S
K
 
V
L
 
I
G
x
S
A
x
M
G
 
G
A
 
V
I
 
Y
L
 
L
T
 
G
A
 
Q
S
 
S
T
 
T
H
 
R
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
x
R
N
 
E
T
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
I
Y
 
H
P
 
-
R
 
Y
G
 
G
E
 
R
I
 
V
P
 
P
E
 
A
R
 
G
A
 
S
V
 
V
A
 
V
V
|
V
G
 
-
S
 
S
S
 
G
R
 
N
L
 
L
K
 
P
S
 
S
F
 
-
P
 
K
G
 
D
G
 
G
E
 
S
F
 
Y
A
 
S
M
 
L
P
 
Y
C
 
C
I
 
A
L
 
V
V
 
I
L
 
V
R
x
K
T
 
K
L
 
V
A
 
-
E
 
D
G
 
A
E
x
K
I
x
T
H
 
R
D
 
G
K
|
K
L
 
V
A
 
G
L
 
I
N
 
N
D
 
E
V
 
L
L
 
L
R
 
R

3r8yA Structure of the bacillus anthracis tetrahydropicolinate succinyltransferase
43% identity, 32% coverage: 103:192/280 of query aligns to 77:167/203 of 3r8yA

query
sites
3r8yA
R
 
R
V
 
I
V
 
E
P
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
I
V
 
I
R
 
R
W
 
-
G
 
-
A
 
D
H
 
H
V
 
V
Q
 
E
P
 
I
G
 
G
-
 
D
-
 
N
-
 
A
A
 
V
I
 
I
L
 
M
M
 
M
P
 
N
S
 
A
Y
 
T
T
 
I
N
 
N
I
 
I
G
 
G
G
 
A
Y
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
E
G
 
G
T
 
S
L
 
M
V
 
I
D
|
D
T
 
M
W
 
N
A
 
A
T
 
V
V
 
L
G
|
G
S
x
G
C
 
R
A
 
A
Q
 
T
V
 
V
G
 
G
S
 
K
N
 
N
V
 
C
H
 
H
L
 
V
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
A
G
 
V
L
 
L
G
 
A
G
|
G
V
 
V
L
 
I
E
 
E
P
 
P
P
 
P
N
 
S
A
 
A
V
 
K
P
 
P
V
 
V
V
 
I
I
 
V
E
 
E
D
 
D
D
 
D
A
 
V
F
 
V
V
 
I
G
 
G
S
 
A
R
 
N
C
 
V
M
x
V
V
 
V
V
 
L
D
 
E
G
 
G

P43889 Bifunctional protein GlmU; EC 2.7.7.23; EC 2.3.1.157 from Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (see 3 papers)
32% identity, 34% coverage: 114:208/280 of query aligns to 330:428/456 of P43889

query
sites
P43889
A
 
S
H
 
R
V
 
L
Q
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
E
L
 
L
M
 
-
P
 
A
S
 
A
Y
 
E
T
 
T
N
 
H
I
 
V
G
 
G
G
 
N
Y
 
F
V
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
K
-
 
S
-
 
T
-
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
G
T
 
S
L
 
K
V
 
V
D
 
N
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
D
C
 
-
A
 
S
Q
 
E
V
 
I
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
C
H
 
N
L
 
I
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
-
L
 
I
G
 
T
G
 
C
V
 
N
L
 
Y
E
 
D
P
 
G
P
 
A
N
 
N
A
 
K
V
 
F
P
 
K
V
 
T
V
 
I
I
 
I
E
 
G
D
 
D
D
 
D
A
 
V
F
 
F
V
 
V
G
 
G
S
 
S
R
 
D
C
 
T
M
 
Q
V
 
L
V
 
V
D
 
A
G
 
P
A
 
V
R
 
K
V
 
V
R
 
A
R
 
N
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
T
I
 
T
L
 
I
T
 
T

Sites not aligning to the query:

4kqlA Hin glmu bound to wg578 (see paper)
32% identity, 34% coverage: 114:208/280 of query aligns to 327:425/450 of 4kqlA

query
sites
4kqlA
A
 
S
H
 
R
V
 
L
Q
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
E
L
 
L
M
 
-
P
 
A
S
 
A
Y
 
E
T
 
T
N
 
H
I
 
V
G
 
G
G
 
N
Y
 
F
V
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
K
-
 
S
-
 
T
-
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
G
T
 
S
L
 
K
V
 
V
D
 
N
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
D
C
 
-
A
 
S
Q
 
E
V
 
I
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
C
H
 
N
L
 
I
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
-
L
 
I
G
 
T
G
 
C
V
 
N
L
 
Y
E
 
D
P
 
G
P
 
A
N
 
N
A
 
K
V
 
F
P
 
K
V
 
T
V
 
I
I
 
I
E
 
G
D
 
D
D
 
D
A
 
V
F
 
F
V
 
V
G
 
G
S
 
S
R
 
D
C
 
T
M
 
Q
V
 
L
V
 
V
D
 
A
G
 
P
A
 
V
R
 
K
V
 
V
R
 
A
R
 
N
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
T
I
 
T
L
 
I
T
 
T

Sites not aligning to the query:

4kpzA Hin glmu bound to a small molecule fragment (see paper)
32% identity, 34% coverage: 114:208/280 of query aligns to 327:425/450 of 4kpzA

query
sites
4kpzA
A
 
S
H
 
R
V
 
L
Q
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
E
L
 
L
M
 
-
P
 
A
S
 
A
Y
 
E
T
 
T
N
 
H
I
 
V
G
 
G
G
 
N
Y
 
F
V
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
K
-
 
S
-
 
T
-
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
G
T
 
S
L
 
K
V
 
V
D
 
N
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
D
C
 
-
A
 
S
Q
 
E
V
 
I
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
C
H
 
N
L
 
I
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
-
L
 
I
G
 
T
G
 
C
V
 
N
L
 
Y
E
 
D
P
 
G
P
 
A
N
 
N
A
 
K
V
 
F
P
 
K
V
 
T
V
 
I
I
 
I
E
 
G
D
 
D
D
 
D
A
 
V
F
 
F
V
 
V
G
 
G
S
 
S
R
 
D
C
 
T
M
 
Q
V
 
L
V
 
V
D
 
A
G
 
P
A
 
V
R
 
K
V
 
V
R
 
A
R
 
N
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
T
I
 
T
L
 
I
T
 
T

Sites not aligning to the query:

4kpxA Hin glmu bound to wg766 (see paper)
32% identity, 34% coverage: 114:208/280 of query aligns to 327:425/450 of 4kpxA

query
sites
4kpxA
A
 
S
H
 
R
V
 
L
Q
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
E
L
 
L
M
 
-
P
 
A
S
 
A
Y
 
E
T
 
T
N
 
H
I
 
V
G
 
G
G
 
N
Y
 
F
V
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
K
-
 
S
-
 
T
-
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
G
T
 
S
L
 
K
V
 
V
D
 
N
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
D
C
 
-
A
 
S
Q
 
E
V
 
I
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
C
H
 
N
L
 
I
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
-
L
 
I
G
 
T
G
 
C
V
 
N
L
 
Y
E
 
D
P
 
G
P
 
A
N
 
N
A
 
K
V
 
F
P
 
K
V
 
T
V
 
I
I
 
I
E
 
G
D
 
D
D
 
D
A
 
V
F
 
F
V
 
V
G
 
G
S
 
S
R
 
D
C
 
T
M
 
Q
V
 
L
V
 
V
D
 
A
G
 
P
A
 
V
R
 
K
V
 
V
R
 
A
R
 
N
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
T
I
 
T
L
 
I
T
 
T

Sites not aligning to the query:

4knxA Hin glmu bound to wg176 (see paper)
32% identity, 34% coverage: 114:208/280 of query aligns to 327:425/450 of 4knxA

query
sites
4knxA
A
 
S
H
 
R
V
 
L
Q
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
E
L
 
L
M
 
-
P
 
A
S
 
A
Y
 
E
T
 
T
N
 
H
I
 
V
G
 
G
G
 
N
Y
 
F
V
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
K
-
 
S
-
 
T
-
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
G
T
 
S
L
 
K
V
 
V
D
 
N
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
D
C
 
-
A
 
S
Q
 
E
V
 
I
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
C
H
 
N
L
 
I
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
-
L
 
I
G
 
T
G
 
C
V
 
N
L
 
Y
E
 
D
P
 
G
P
 
A
N
 
N
A
 
K
V
 
F
P
 
K
V
 
T
V
 
I
I
 
I
E
 
G
D
 
D
D
 
D
A
 
V
F
 
F
V
 
V
G
 
G
S
 
S
R
 
D
C
 
T
M
 
Q
V
 
L
V
 
V
D
 
A
G
 
P
A
 
V
R
 
K
V
 
V
R
 
A
R
 
N
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
T
I
 
T
L
 
I
T
 
T

Sites not aligning to the query:

4knrA Hin glmu bound to wg188 (see paper)
32% identity, 34% coverage: 114:208/280 of query aligns to 327:425/450 of 4knrA

query
sites
4knrA
A
 
S
H
 
R
V
 
L
Q
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
E
L
 
L
M
 
-
P
 
A
S
 
A
Y
 
E
T
 
T
N
 
H
I
 
V
G
 
G
G
 
N
Y
 
F
V
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
K
-
 
S
-
 
T
-
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
G
T
 
S
L
 
K
V
 
V
D
 
N
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
D
C
 
-
A
 
S
Q
 
E
V
 
I
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
C
H
 
N
L
 
I
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
-
L
 
I
G
 
T
G
 
C
V
 
N
L
 
Y
E
 
D
P
 
G
P
 
A
N
 
N
A
 
K
V
 
F
P
 
K
V
 
T
V
 
I
I
 
I
E
 
G
D
 
D
D
 
D
A
 
V
F
 
F
V
 
V
G
 
G
S
 
S
R
 
D
C
 
T
M
 
Q
V
 
L
V
 
V
D
 
A
G
 
P
A
 
V
R
 
K
V
 
V
R
 
A
R
 
N
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
T
I
 
T
L
 
I
T
 
T

Sites not aligning to the query:

4e1kA Glmu in complex with a quinazoline compound (see paper)
32% identity, 34% coverage: 114:208/280 of query aligns to 327:425/450 of 4e1kA

query
sites
4e1kA
A
 
S
H
 
R
V
 
L
Q
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
E
L
 
L
M
 
-
P
 
A
S
 
A
Y
 
E
T
 
T
N
 
H
I
 
V
G
 
G
G
 
N
Y
 
F
V
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
K
-
 
S
-
 
T
-
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
G
T
 
S
L
 
K
V
 
V
D
 
N
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
D
C
 
-
A
 
S
Q
 
E
V
 
I
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
C
H
 
N
L
 
I
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
-
L
 
I
G
 
T
G
 
C
V
 
N
L
 
Y
E
 
D
P
 
G
P
 
A
N
 
N
A
 
K
V
 
F
P
 
K
V
 
T
V
 
I
I
 
I
E
 
G
D
 
D
D
 
D
A
 
V
F
 
F
V
 
V
G
 
G
S
 
S
R
 
D
C
 
T
M
 
Q
V
 
L
V
 
V
D
 
A
G
 
P
A
 
V
R
 
K
V
 
V
R
 
A
R
 
N
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
T
I
 
T
L
 
I
T
 
T

Sites not aligning to the query:

2w0wA Crystal structure of glmu from haemophilus influenzae in complex with quinazoline inhibitor 2
32% identity, 34% coverage: 114:208/280 of query aligns to 327:425/450 of 2w0wA

query
sites
2w0wA
A
 
S
H
 
R
V
 
L
Q
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
E
L
 
L
M
 
-
P
 
A
S
 
A
Y
 
E
T
 
T
N
 
H
I
 
V
G
 
G
G
 
N
Y
 
F
V
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
K
-
 
S
-
 
T
-
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
G
T
 
S
L
 
K
V
 
V
D
 
N
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
D
C
 
-
A
 
S
Q
 
E
V
 
I
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
C
H
 
N
L
 
I
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
-
L
 
I
G
 
T
G
 
C
V
 
N
L
 
Y
E
 
D
P
 
G
P
 
A
N
 
N
A
 
K
V
 
F
P
 
K
V
 
T
V
 
I
I
 
I
E
 
G
D
 
D
D
 
D
A
 
V
F
 
F
V
 
V
G
 
G
S
 
S
R
 
D
C
 
T
M
 
Q
V
 
L
V
 
V
D
 
A
G
 
P
A
 
V
R
 
K
V
 
V
R
 
A
R
 
N
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
T
I
 
T
L
 
I
T
 
T

Sites not aligning to the query:

2w0vA Crystal structure of glmu from haemophilus influenzae in complex with quinazoline inhibitor 1
32% identity, 34% coverage: 114:208/280 of query aligns to 327:425/450 of 2w0vA

query
sites
2w0vA
A
 
S
H
 
R
V
 
L
Q
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
E
L
 
L
M
 
-
P
 
A
S
 
A
Y
 
E
T
 
T
N
 
H
I
 
V
G
 
G
G
 
N
Y
 
F
V
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
K
-
 
S
-
 
T
-
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
G
T
 
S
L
 
K
V
 
V
D
 
N
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
D
C
 
-
A
 
S
Q
 
E
V
 
I
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
C
H
 
N
L
 
I
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
-
L
 
I
G
 
T
G
 
C
V
 
N
L
 
Y
E
 
D
P
 
G
P
 
A
N
 
N
A
 
K
V
 
F
P
 
K
V
 
T
V
 
I
I
 
I
E
 
G
D
 
D
D
 
D
A
 
V
F
 
F
V
 
V
G
 
G
S
 
S
R
 
D
C
 
T
M
 
Q
V
 
L
V
 
V
D
 
A
G
 
P
A
 
V
R
 
K
V
 
V
R
 
A
R
 
N
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
T
I
 
T
L
 
I
T
 
T

Sites not aligning to the query:

2vd4A Structure of small-molecule inhibitor of glmu from haemophilus influenzae reveals an allosteric binding site (see paper)
32% identity, 34% coverage: 114:208/280 of query aligns to 327:425/450 of 2vd4A

query
sites
2vd4A
A
 
S
H
 
R
V
 
L
Q
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
E
L
 
L
M
 
-
P
 
A
S
 
A
Y
 
E
T
 
T
N
 
H
I
 
V
G
 
G
G
 
N
Y
 
F
V
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
K
-
 
S
-
 
T
-
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
G
T
 
S
L
 
K
V
 
V
D
 
N
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
D
C
 
-
A
 
S
Q
 
E
V
 
I
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
C
H
 
N
L
 
I
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
-
L
 
I
G
 
T
G
 
C
V
 
N
L
 
Y
E
 
D
P
 
G
P
 
A
N
 
N
A
 
K
V
 
F
P
 
K
V
 
T
V
 
I
I
 
I
E
 
G
D
 
D
D
 
D
A
 
V
F
 
F
V
 
V
G
 
G
S
 
S
R
 
D
C
 
T
M
 
Q
V
 
L
V
 
V
D
 
A
G
 
P
A
 
V
R
 
K
V
 
V
R
 
A
R
 
N
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
T
I
 
T
L
 
I
T
 
T

Sites not aligning to the query:

2v0lA Characterization of substrate binding and catalysis of the potential antibacterial target n-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase (glmu) (see paper)
32% identity, 34% coverage: 114:208/280 of query aligns to 327:425/450 of 2v0lA

query
sites
2v0lA
A
 
S
H
 
R
V
 
L
Q
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
E
L
 
L
M
 
-
P
 
A
S
 
A
Y
 
E
T
 
T
N
 
H
I
 
V
G
 
G
G
 
N
Y
 
F
V
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
K
-
 
S
-
 
T
-
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
G
T
 
S
L
 
K
V
 
V
D
 
N
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
D
C
 
-
A
 
S
Q
 
E
V
 
I
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
C
H
 
N
L
 
I
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
-
L
 
I
G
 
T
G
 
C
V
 
N
L
 
Y
E
 
D
P
 
G
P
 
A
N
 
N
A
 
K
V
 
F
P
 
K
V
 
T
V
 
I
I
 
I
E
 
G
D
 
D
D
 
D
A
 
V
F
 
F
V
 
V
G
 
G
S
 
S
R
 
D
C
 
T
M
 
Q
V
 
L
V
 
V
D
 
A
G
 
P
A
 
V
R
 
K
V
 
V
R
 
A
R
 
N
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
T
I
 
T
L
 
I
T
 
T

Sites not aligning to the query:

2v0kA Characterization of substrate binding and catalysis of the potential antibacterial target n-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase (glmu) (see paper)
32% identity, 34% coverage: 114:208/280 of query aligns to 327:425/450 of 2v0kA

query
sites
2v0kA
A
 
S
H
 
R
V
 
L
Q
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
E
L
 
L
M
 
-
P
 
A
S
 
A
Y
 
E
T
 
T
N
 
H
I
 
V
G
 
G
G
 
N
Y
 
F
V
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
K
-
 
S
-
 
T
-
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
G
T
 
S
L
 
K
V
 
V
D
 
N
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
D
C
 
-
A
 
S
Q
 
E
V
 
I
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
C
H
 
N
L
 
I
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
-
L
 
I
G
 
T
G
 
C
V
 
N
L
 
Y
E
 
D
P
 
G
P
 
A
N
 
N
A
 
K
V
 
F
P
 
K
V
 
T
V
 
I
I
 
I
E
 
G
D
 
D
D
 
D
A
 
V
F
 
F
V
 
V
G
 
G
S
 
S
R
 
D
C
 
T
M
 
Q
V
 
L
V
 
V
D
 
A
G
 
P
A
 
V
R
 
K
V
 
V
R
 
A
R
 
N
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
T
I
 
T
L
 
I
T
 
T

Sites not aligning to the query:

2v0iA Characterization of substrate binding and catalysis of the potential antibacterial target n-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase (glmu) (see paper)
32% identity, 34% coverage: 114:208/280 of query aligns to 327:425/450 of 2v0iA

query
sites
2v0iA
A
 
S
H
 
R
V
 
L
Q
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
E
L
 
L
M
 
-
P
 
A
S
 
A
Y
 
E
T
 
T
N
 
H
I
 
V
G
 
G
G
 
N
Y
 
F
V
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
K
-
 
S
-
 
T
-
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
G
T
 
S
L
 
K
V
 
V
D
 
N
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
D
C
 
-
A
 
S
Q
 
E
V
 
I
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
C
H
 
N
L
 
I
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
-
L
 
I
G
 
T
G
 
C
V
 
N
L
 
Y
E
 
D
P
 
G
P
 
A
N
 
N
A
 
K
V
 
F
P
 
K
V
 
T
V
 
I
I
 
I
E
 
G
D
 
D
D
 
D
A
 
V
F
 
F
V
 
V
G
 
G
S
 
S
R
 
D
C
 
T
M
 
Q
V
 
L
V
 
V
D
 
A
G
 
P
A
 
V
R
 
K
V
 
V
R
 
A
R
 
N
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
T
I
 
T
L
 
I
T
 
T

Sites not aligning to the query:

2v0jA Characterization of substrate binding and catalysis of the potential antibacterial target n-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase (glmu) (see paper)
32% identity, 34% coverage: 114:208/280 of query aligns to 327:425/449 of 2v0jA

query
sites
2v0jA
A
 
S
H
 
R
V
 
L
Q
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
E
L
 
L
M
 
-
P
 
A
S
 
A
Y
 
E
T
 
T
N
 
H
I
 
V
G
 
G
G
 
N
Y
 
F
V
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
K
-
 
S
-
 
T
-
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
G
T
 
S
L
 
K
V
 
V
D
 
N
T
 
H
W
 
L
A
 
T
T
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
D
C
 
-
A
 
S
Q
 
E
V
 
I
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
C
H
 
N
L
 
I
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
-
L
 
I
G
 
T
G
 
C
V
 
N
L
 
Y
E
 
D
P
 
G
P
 
A
N
 
N
A
 
K
V
 
F
P
 
K
V
 
T
V
 
I
I
 
I
E
 
G
D
 
D
D
 
D
A
 
V
F
 
F
V
 
V
G
 
G
S
 
S
R
 
D
C
 
T
M
 
Q
V
 
L
V
 
V
D
 
A
G
 
P
A
 
V
R
 
K
V
 
V
R
 
A
R
 
N
G
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
T
I
 
T
L
 
I
T
 
T

Sites not aligning to the query:

4ac3A S.Pneumoniae glmu in complex with an antibacterial inhibitor (see paper)
29% identity, 50% coverage: 100:238/280 of query aligns to 318:438/456 of 4ac3A

query
sites
4ac3A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
R
 
T
V
 
V
V
 
G
P
 
P
G
 
Y
A
 
A
I
 
H
V
 
I
R
 
R
-
 
P
-
 
N
-
 
S
-
 
S
W
 
L
G
 
G
A
 
A
H
 
Q
V
 
V
Q
 
H
P
 
I
G
 
G
A
 
N
I
 
F
L
 
V
M
 
E
P
 
V
S
 
K
Y
 
G
T
 
S
N
 
S
I
 
I
G
 
G
G
 
E
Y
 
N
V
 
T
G
 
K
A
 
A
G
 
G
T
 
H
L
 
L
V
 
-
D
 
-
T
 
T
W
 
Y
A
 
-
T
 
-
V
 
I
G
 
G
S
 
N
C
 
C
A
 
-
Q
 
E
V
 
V
G
 
G
S
 
S
N
 
N
V
 
V
H
 
N
L
 
F
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
-
L
 
I
G
 
T
G
x
V
V
 
N
L
x
Y
E
x
D
P
 
G
P
 
K
N
 
N
A
 
K
V
 
Y
P
 
K
V
 
T
V
 
V
I
 
I
E
 
G
D
 
D
D
 
N
A
 
V
F
 
F
V
 
V
G
 
G
S
 
S
R
 
N
C
 
S
M
 
T
V
 
I
V
x
I
D
 
A
G
 
P
A
 
V
R
 
E
V
 
L
R
 
G
R
 
D
G
 
N
A
 
S
K
 
L
L
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
S
I
 
T
L
 
I
T
 
T
A
 
K
S
 
-
T
 
-
H
 
-
V
 
-
F
 
-
D
 
-
A
 
-
N
 
-
T
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
-
Y
 
-
P
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
D
I
 
V
P
 
P
E
 
A
R
 
D
A
 
A
V
 
I
A
 
A
V
 
I
G
 
G
S
 
R
S
 
G
R
 
R

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_011607175.1 NCBI__GCF_000058485.1:WP_011607175.1
MSAPKTSIDSPIDPIIDELWDRRADLTPDDADARKTIVAAVDAIDAGIARVATVAADGSV
VVDERAKRAILLSFKVLPMAESAAGDFQYHDRMPLKTRFDGVRVVPGAIVRWGAHVQPGA
ILMPSYTNIGGYVGAGTLVDTWATVGSCAQVGSNVHLSGGVGLGGVLEPPNAVPVVIEDD
AFVGSRCMVVDGARVRRGAKLGAGAILTASTHVFDANTGEEYPRGEIPERAVAVGSSRLK
SFPGGEFAMPCILVLRTLAEGEIHDKLALNDVLREHGVAG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory