SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011607465.1 NCBI__GCF_000058485.1:WP_011607465.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6knhC Crystal structure of sbnh in complex with citrate, a plp-dependent decarboxylase in staphyloferrin b biothesynthesis (see paper)
36% identity, 71% coverage: 130:465/476 of query aligns to 64:383/384 of 6knhC

query
sites
6knhC
V
 
V
D
 
E
G
 
G
F
 
F
E
 
E
V
 
V
S
 
A
S
 
S
V
 
Q
G
 
G
E
 
E
T
 
I
R
 
A
L
 
K
A
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
-
Y
 
-
G
 
-
R
 
-
V
 
F
A
 
K
P
 
P
A
 
A
R
 
N
S
 
-
P
 
-
Y
 
H
L
 
I
V
 
I
A
 
F
S
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
D
T
 
E
L
 
E
L
 
L
T
 
R
A
 
Y
L
 
A
V
 
V
E
 
S
A
 
E
G
 
G
V
 
V
S
 
Q
I
 
R
V
 
I
N
 
H
V
 
V
E
 
E
S
 
S
P
 
M
G
 
H
E
 
E
L
 
L
R
 
Q
R
 
R
L
 
L
E
 
N
A
 
A
V
 
I
A
 
L
A
 
E
R
 
D
F
 
E
G
 
D
R
 
K
R
 
T
V
 
Q
T
 
H
V
 
I
A
 
L
V
 
L
R
 
R
V
 
V
N
 
N
P
 
-
A
 
-
R
 
-
V
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
S
 
-
L
 
L
Q
 
A
M
 
M
G
 
A
G
 
G
R
 
R
P
 
P
S
 
T
A
 
Q
F
 
F
G
 
G
V
 
I
P
 
S
E
 
E
S
 
D
E
 
E
V
 
V
P
 
D
A
 
D
V
 
V
L
 
I
D
 
E
L
 
A
A
 
A
R
 
L
R
 
V
L
 
M
P
 
P
H
 
N
L
 
I
D
 
H
V
 
L
A
 
D
G
 
G
F
 
F
H
 
H
V
 
F
H
 
H
A
 
S
V
 
I
S
 
S
G
 
N
N
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
S
A
 
N
A
 
L
H
 
H
L
 
V
D
 
D
Y
 
V
V
 
V
R
 
K
W
 
L
C
 
Y
L
 
F
E
 
K
F
 
K
A
 
A
E
 
K
R
 
S
T
 
W
A
 
S
A
 
E
D
 
K
A
 
H
G
 
R
I
 
F
D
 
P
L
 
L
R
 
K
V
 
H
V
 
I
D
 
N
V
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
V
 
V
P
 
N
F
 
Y
E
 
-
P
 
A
D
 
D
R
 
L
R
 
T
G
 
S
E
 
Q
R
 
-
P
 
-
F
 
F
D
 
E
L
 
W
D
 
D
R
 
N
F
 
F
G
 
V
E
 
E
G
 
N
L
 
F
A
 
K
R
 
T
L
 
L
P
 
I
V
 
V
P
 
E
P
 
Q
-
 
E
-
 
M
-
 
E
G
 
D
V
 
V
R
 
T
M
 
L
I
 
N
I
 
F
E
 
E
P
x
C
G
|
G
R
|
R
L
 
F
L
 
I
V
 
V
A
 
A
D
 
H
C
 
I
G
 
G
W
 
Y
Y
 
Y
A
 
V
A
 
T
E
 
E
V
 
V
I
 
L
D
 
D
V
 
I
K
 
K
R
 
K
S
 
V
Y
 
H
G
 
G
T
 
A
D
 
W
F
 
Y
V
 
A
V
 
I
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
I
 
T
H
 
Q
H
 
Q
F
 
F
A
 
R
L
 
L
P
 
P
T
 
V
S
 
S
W
 
W
E
 
Q
I
 
H
V
 
N
H
 
H
N
 
P
F
 
F
A
 
E
V
 
I
V
 
Y
A
 
R
G
 
Y
P
 
K
T
 
D
S
 
N
T
 
P
A
 
Y
A
 
S
E
 
F
D
 
E
K
 
K
G
 
-
V
 
V
D
 
S
T
 
I
A
 
S
G
 
R
R
 
Q
P
 
D
V
 
T
T
 
T
V
 
L
V
 
V
G
 
G
E
 
Q
L
 
L
C
 
C
T
 
T
P
 
P
E
 
K
D
 
D
T
 
V
L
 
F
A
 
A
R
 
R
D
 
E
I
 
V
T
 
Q
V
 
I
G
 
D
P
 
A
V
 
I
R
 
S
P
 
T
G
 
G
D
 
D
V
 
V
V
 
I
V
 
V
F
 
F
P
 
K
M
 
Y
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
Y
 
W
E
 
S
F
 
I
A
 
S
L
 
H
A
 
H
D
 
D
F
 
F
L
 
L
G
 
S
H
 
H
P
 
P
R
 
H
P
 
P
A
 
E
R
 
F
V
 
I
V
 
Y
L
 
L

6knkA Crystal structure of sbnh in complex with citryl-diaminoethane (see paper)
35% identity, 71% coverage: 130:467/476 of query aligns to 65:383/383 of 6knkA

query
sites
6knkA
V
 
V
D
 
E
G
 
G
F
 
F
E
 
E
V
 
V
S
 
A
S
 
S
V
 
Q
G
 
G
E
 
E
T
 
I
R
 
A
L
 
K
A
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
-
Y
 
-
G
 
-
R
 
-
V
 
F
A
 
K
P
 
P
A
 
A
R
 
N
S
 
-
P
 
-
Y
 
H
L
 
I
V
 
I
A
 
F
S
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
D
T
 
E
L
 
E
L
 
L
T
 
R
A
 
Y
L
 
A
V
 
V
E
 
S
A
 
E
G
 
G
V
 
V
S
 
Q
I
 
R
V
 
I
N
 
H
V
 
V
E
 
E
S
 
S
P
 
M
G
 
H
E
 
E
L
 
L
R
 
Q
R
 
R
L
 
L
E
 
N
A
 
A
V
 
I
A
 
L
A
 
E
R
 
D
F
 
E
G
 
D
R
 
K
R
 
T
V
 
Q
T
 
H
V
 
I
A
 
L
V
 
L
R
 
R
V
 
V
N
 
N
P
 
L
A
 
A
R
 
R
V
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
S
 
-
L
 
-
Q
 
-
M
 
-
G
 
-
G
 
-
R
 
-
P
 
P
S
 
T
A
 
Q
F
 
F
G
 
G
V
 
I
P
 
S
E
 
E
S
 
D
E
 
E
V
 
V
P
 
D
A
 
D
V
 
V
L
 
I
D
 
E
L
 
A
A
 
A
R
 
L
R
 
V
L
 
M
P
 
P
H
 
N
L
 
I
D
 
H
V
 
L
A
 
D
G
 
G
F
 
F
H
 
H
V
 
F
H
|
H
A
 
S
V
 
I
S
 
S
G
 
N
N
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
S
A
 
N
A
 
L
H
 
H
L
 
V
D
 
D
Y
 
V
V
 
V
R
 
K
W
 
L
C
 
Y
L
 
F
E
 
K
F
 
K
A
 
A
E
 
K
R
 
S
T
 
W
A
 
S
A
 
E
D
 
K
A
 
H
G
 
R
I
 
F
D
 
P
L
 
L
R
 
K
V
 
H
V
 
I
D
 
N
V
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
V
 
V
P
 
N
F
 
Y
E
 
-
P
 
A
D
 
D
R
 
L
R
 
T
G
 
S
E
 
Q
R
 
-
P
 
-
F
 
F
D
 
E
L
 
W
D
 
D
R
 
N
F
 
F
G
 
V
E
 
E
G
 
N
L
 
F
A
 
K
R
 
T
L
 
L
P
 
I
V
 
V
P
 
E
P
 
Q
-
 
E
-
 
M
-
 
E
G
 
D
V
 
V
R
 
T
M
 
L
I
 
N
I
 
F
E
|
E
P
 
C
G
|
G
R
|
R
L
 
F
L
 
I
V
 
V
A
 
A
D
 
H
C
 
I
G
 
G
W
 
Y
Y
 
Y
A
 
V
A
 
T
E
 
E
V
 
V
I
 
L
D
 
D
V
 
I
K
 
K
R
 
K
S
 
V
Y
 
H
G
 
G
T
 
A
D
 
W
F
 
Y
V
 
A
V
 
I
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
I
 
T
H
 
Q
H
 
Q
F
 
F
A
x
R
L
 
L
P
 
P
T
 
V
S
|
S
W
|
W
E
 
Q
I
 
H
V
 
N
H
 
H
N
 
P
F
 
F
A
 
E
V
 
I
V
 
Y
A
 
R
G
 
Y
P
 
K
T
 
D
S
 
N
T
 
P
A
 
Y
A
 
S
E
 
F
D
 
E
K
 
K
G
 
-
V
 
V
D
 
S
T
 
I
A
 
S
G
 
R
R
 
Q
P
 
D
V
 
T
T
 
T
V
 
L
V
 
V
G
 
G
E
 
Q
L
 
L
C
 
C
T
|
T
P
 
P
E
x
K
D
 
D
T
 
V
L
 
F
A
 
A
R
 
R
D
 
E
I
 
V
T
 
Q
V
 
I
G
 
D
P
 
A
V
 
I
R
 
S
P
 
T
G
 
G
D
 
D
V
 
V
V
 
I
V
 
V
F
 
F
P
 
K
M
 
Y
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
Y
 
W
E
 
S
F
 
I
A
 
S
L
 
H
A
 
H
D
 
D
F
 
F
L
 
L
G
 
S
H
 
H
P
 
P
R
 
H
P
 
P
A
 
E
R
 
F
V
 
I
V
 
Y
L
 
L
G
 
T
E
 
Q

6kniA Crystal structure of sbnh in complex with the cofactor plp, a plp- dependent decarboxylase in staphyloferrin b biothesynthesis (see paper)
35% identity, 71% coverage: 130:467/476 of query aligns to 64:381/381 of 6kniA

query
sites
6kniA
V
 
V
D
 
E
G
 
G
F
 
F
E
 
E
V
 
V
S
 
A
S
 
S
V
 
Q
G
 
G
E
 
E
T
 
I
R
 
A
L
 
K
A
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
-
Y
 
-
G
 
-
R
 
-
V
 
F
A
 
K
P
 
P
A
 
A
R
 
N
S
 
-
P
 
-
Y
 
H
L
 
I
V
 
I
A
 
F
S
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
D
T
 
E
L
 
E
L
 
L
T
 
R
A
 
Y
L
 
A
V
 
V
E
 
S
A
 
E
G
 
G
V
 
V
S
 
Q
I
 
R
V
 
I
N
 
H
V
 
V
E
 
E
S
 
S
P
 
M
G
 
H
E
 
E
L
 
L
R
 
Q
R
 
R
L
 
L
E
 
N
A
 
A
V
 
I
A
 
L
A
 
E
R
 
D
F
 
E
G
 
D
R
 
K
R
 
T
V
 
Q
T
 
H
V
 
I
A
 
L
V
 
L
R
 
R
V
 
V
N
 
N
P
 
L
A
 
A
R
 
-
V
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
S
 
-
L
 
-
Q
 
-
M
 
-
G
 
-
G
 
-
R
 
-
P
 
P
S
 
T
A
 
Q
F
 
F
G
 
G
V
 
I
P
 
S
E
 
E
S
 
D
E
 
E
V
 
V
P
 
D
A
 
D
V
 
V
L
 
I
D
 
E
L
 
A
A
 
A
R
 
L
R
 
V
L
 
M
P
 
P
H
 
N
L
 
I
D
 
H
V
 
L
A
 
D
G
 
G
F
 
F
H
 
H
V
 
F
H
|
H
A
 
S
V
 
I
S
 
S
G
 
N
N
 
N
L
 
L
D
 
D
A
 
S
A
 
N
A
 
L
H
 
H
L
 
V
D
 
D
Y
 
V
V
 
V
R
 
K
W
 
L
C
 
Y
L
 
F
E
 
K
F
 
K
A
 
A
E
 
K
R
 
S
T
 
W
A
 
S
A
 
E
D
 
K
A
 
H
G
 
R
I
 
F
D
 
P
L
 
L
R
 
K
V
 
H
V
 
I
D
 
N
V
 
L
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
I
G
 
G
V
 
V
P
 
N
F
 
Y
E
 
-
P
 
A
D
 
D
R
 
L
R
 
T
G
 
S
E
 
Q
R
 
-
P
 
-
F
 
F
D
 
E
L
 
W
D
 
D
R
 
N
F
 
F
G
 
V
E
 
E
G
 
N
L
 
F
A
 
K
R
 
T
L
 
L
P
 
I
V
 
V
P
 
E
P
 
Q
-
 
E
-
 
M
-
 
E
G
 
D
V
 
V
R
 
T
M
 
L
I
 
N
I
 
F
E
|
E
P
 
C
G
|
G
R
|
R
L
 
F
L
 
I
V
 
V
A
 
A
D
 
H
C
 
I
G
 
G
W
 
Y
Y
 
Y
A
 
V
A
 
T
E
 
E
V
 
V
I
 
L
D
 
D
V
 
I
K
 
K
R
 
K
S
 
V
Y
 
H
G
 
G
T
 
A
D
 
W
F
 
Y
V
 
A
V
 
I
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
I
 
T
H
 
Q
H
 
Q
F
 
F
A
 
R
L
 
L
P
 
P
T
 
V
S
 
S
W
 
W
E
 
Q
I
 
H
V
 
N
H
 
H
N
 
P
F
 
F
A
 
E
V
 
I
V
 
Y
A
 
R
G
 
Y
P
 
K
T
 
D
S
 
N
T
 
P
A
 
Y
A
 
S
E
 
F
D
 
E
K
 
K
G
 
-
V
 
V
D
 
S
T
 
I
A
 
S
G
 
R
R
 
Q
P
 
D
V
 
T
T
 
T
V
 
L
V
 
V
G
 
G
E
 
Q
L
 
L
C
 
C
T
 
T
P
 
P
E
 
K
D
 
D
T
 
V
L
 
F
A
 
A
R
 
R
D
 
E
I
 
V
T
 
Q
V
 
I
G
 
D
P
 
A
V
 
I
R
 
S
P
 
T
G
 
G
D
 
D
V
 
V
V
 
I
V
 
V
F
 
F
P
 
K
M
 
Y
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
Y
 
W
E
 
S
F
 
I
A
 
S
L
 
H
A
 
H
D
 
D
F
 
F
L
 
L
G
 
S
H
 
H
P
 
P
R
 
H
P
 
P
A
 
E
R
 
F
V
 
I
V
 
Y
L
 
L
G
 
T
E
 
Q

Sites not aligning to the query:

7ru7A Crystal structure of btrk, a decarboxylase involved in butirosin biosynthesis
34% identity, 70% coverage: 132:464/476 of query aligns to 66:388/412 of 7ru7A

query
sites
7ru7A
G
 
G
F
 
V
E
 
E
V
 
V
S
 
A
S
 
S
V
 
A
G
 
G
E
 
E
T
 
-
R
 
-
L
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
-
Y
 
-
G
 
-
R
 
R
V
 
H
A
 
A
P
 
G
A
 
F
R
 
S
S
 
A
P
 
E
Y
 
N
L
 
I
V
 
I
A
 
F
S
 
S
G
 
G
P
 
P
A
 
G
K
 
K
S
 
K
S
 
R
T
 
S
L
 
E
L
 
L
T
 
E
A
 
I
L
 
A
V
 
V
E
 
Q
A
 
S
G
 
G
V
 
I
S
 
Y
I
 
C
V
 
I
N
 
I
V
 
A
E
 
E
S
 
S
P
 
V
G
 
E
E
 
E
L
 
L
R
 
F
R
 
Y
L
 
I
E
 
E
A
 
E
V
 
L
A
 
A
A
 
E
R
 
K
F
 
E
G
 
N
R
 
K
R
 
T
V
 
A
T
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
R
 
R
V
 
I
N
 
N
P
 
P
A
 
D
R
 
K
V
 
S
A
 
F
L
 
G
A
 
S
G
 
T
S
 
A
L
 
I
Q
 
K
M
 
M
G
 
G
G
 
G
R
 
V
P
 
P
S
 
R
A
 
Q
F
 
F
G
 
G
V
 
M
P
 
D
E
 
E
S
 
S
E
 
M
V
 
L
P
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
M
D
 
D
L
 
A
A
 
V
R
 
R
R
 
S
L
 
L
P
 
Q
H
 
F
L
 
T
D
 
K
V
 
F
A
 
I
G
 
G
F
 
I
H
 
H
V
 
V
H
x
Y
A
 
T
V
 
G
S
x
T
G
 
Q
N
 
N
L
 
L
D
 
N
A
 
T
A
 
D
A
 
S
H
 
I
L
 
I
D
 
E
Y
 
S
V
 
M
R
 
K
W
 
Y
C
 
T
L
 
V
E
 
D
F
 
L
A
 
G
E
 
R
R
 
N
T
 
I
A
 
Y
A
 
E
D
 
R
A
 
Y
G
 
G
I
 
I
D
 
V
L
 
C
R
 
E
V
 
C
V
 
I
D
 
N
V
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
F
G
 
G
V
 
V
P
 
P
F
 
Y
E
 
F
P
 
S
D
 
H
R
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
E
R
 
K
P
 
A
F
 
L
D
 
D
L
 
I
D
 
G
R
 
K
F
 
I
G
 
T
E
 
R
G
 
T
L
 
V
-
 
S
-
 
D
-
 
Y
-
 
V
-
 
Q
-
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
D
P
 
T
V
 
R
P
 
F
P
 
P
G
 
Q
V
 
T
R
 
T
M
 
F
I
 
I
I
 
I
E
|
E
P
x
S
G
|
G
R
|
R
L
 
Y
L
 
L
V
 
L
A
 
A
D
 
Q
C
 
A
G
 
A
W
 
V
Y
 
Y
A
 
V
A
 
T
E
 
E
V
 
V
I
 
L
D
 
Y
V
 
R
K
 
K
R
 
A
S
 
S
Y
 
K
G
 
G
T
 
E
D
 
V
F
 
F
V
 
V
V
 
I
L
 
V
R
 
D
G
 
G
G
 
G
I
 
M
H
 
H
H
 
H
F
 
H
A
 
A
L
 
A
P
 
S
T
 
T
S
 
-
W
 
-
E
 
-
I
 
-
V
 
F
H
 
S
N
 
N
F
 
Y
A
 
P
V
 
M
V
 
E
A
 
Y
G
 
I
P
 
P
T
 
V
S
 
R
T
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
E
D
 
D
K
 
S
G
 
G
V
 
R
D
 
R
T
 
E
A
 
L
G
 
E
R
 
K
P
 
-
V
 
V
T
 
T
V
 
I
V
 
A
G
 
G
E
 
P
L
 
L
C
 
C
T
 
T
P
 
P
E
 
E
D
 
D
T
 
C
L
 
L
A
 
G
R
 
K
D
 
D
I
 
V
T
 
H
V
 
V
G
 
P
P
 
A
V
 
L
R
 
Y
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
L
V
 
V
V
 
C
F
 
V
P
 
L
M
 
N
A
 
S
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
Y
 
L
E
 
S
F
 
F
A
 
S
L
 
P
A
 
V
D
 
H
F
 
F
L
 
L
G
 
G
H
 
H
P
 
P
R
 
T
P
 
P
A
 
I
R
 
E
V
 
I
V
 
L

Sites not aligning to the query:

B4XMC6 Diaminopimelate decarboxylase; DAP decarboxylase; DAPDC; EC 4.1.1.20 from Helicobacter pylori (Campylobacter pylori) (see paper)
29% identity, 71% coverage: 137:474/476 of query aligns to 68:386/405 of B4XMC6

query
sites
B4XMC6
S
 
S
V
 
I
G
 
G
E
 
E
T
 
I
R
 
Q
L
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
K
A
 
A
Y
 
-
G
 
-
R
 
G
V
 
I
A
 
K
P
 
P
A
 
Y
R
 
R
S
 
-
P
 
-
Y
 
-
L
 
I
V
 
V
A
 
F
S
 
S
G
 
G
P
 
V
A
 
G
K
 
K
S
 
S
S
 
A
T
 
F
L
 
E
L
 
I
T
 
E
A
 
Q
L
 
A
V
 
L
E
 
K
A
 
L
G
 
N
V
 
I
S
 
L
I
 
F
V
 
L
N
 
N
V
 
V
E
 
E
S
 
S
P
 
F
G
 
M
E
 
E
L
 
L
R
 
K
R
 
T
L
 
I
E
 
E
A
 
T
V
 
I
A
 
A
A
 
Q
R
 
S
F
 
L
G
 
G
R
 
I
R
 
K
V
 
A
T
 
R
V
 
I
A
 
S
V
 
I
R
 
R
V
 
I
N
 
N
P
 
P
A
 
N
R
 
I
V
 
D
A
 
A
L
 
K
A
 
T
G
 
H
-
 
P
S
 
Y
L
x
I
Q
 
S
M
 
T
G
 
G
G
 
L
R
 
K
P
 
E
S
 
N
A
 
K
F
 
F
G
 
G
V
 
V
P
 
G
E
 
E
S
 
K
E
 
E
V
 
A
P
 
L
A
 
E
V
 
M
L
 
F
D
 
L
L
 
W
A
 
A
R
 
K
R
 
K
L
 
S
P
 
A
H
 
F
L
 
L
D
 
E
V
 
P
A
 
V
G
 
S
F
 
V
H
 
H
V
 
F
H
 
H
A
 
I
V
 
G
S
 
S
G
 
Q
N
 
L
L
 
L
D
 
D
A
 
L
A
 
E
A
 
P
H
 
I
L
 
I
D
 
E
Y
 
A
V
 
S
R
 
Q
W
 
K
C
 
V
L
 
A
E
 
K
F
 
I
A
 
A
E
 
K
R
 
S
T
 
L
A
 
I
A
 
A
D
 
-
A
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
V
 
F
V
 
F
D
 
D
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
I
G
 
G
V
 
V
P
 
S
F
 
Y
E
 
E
P
 
-
D
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
N
E
 
E
R
 
E
P
 
T
F
 
I
D
 
K
L
 
L
D
 
Y
R
 
D
F
 
Y
G
 
A
E
 
Q
G
 
G
L
 
I
A
 
L
R
 
N
L
 
A
P
 
L
V
 
Q
P
 
G
P
 
L
G
 
D
V
 
L
R
 
T
M
 
I
I
 
I
I
 
C
E
|
E
P
|
P
G
|
G
R
|
R
L
 
S
L
 
I
V
 
V
A
 
A
D
 
E
C
 
S
G
 
G
W
 
E
Y
 
L
A
 
I
A
 
T
E
 
Q
V
 
V
I
 
L
D
 
Y
V
 
E
K
 
K
R
 
K
S
 
A
Y
 
Q
G
 
N
T
 
K
D
 
R
F
 
F
V
 
V
V
 
I
L
 
V
R
 
D
G
 
A
G
 
G
I
 
M
H
 
N
H
 
D
F
 
F
A
 
L
L
 
R
P
 
P
T
 
S
S
 
L
W
 
Y
E
 
H
I
 
A
V
 
K
H
 
H
N
 
A
F
 
I
A
 
R
V
 
V
V
 
I
A
 
T
G
 
-
P
 
P
T
 
S
S
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
-
K
 
K
G
 
G
V
 
R
D
 
E
T
 
I
A
 
S
G
 
-
R
 
-
P
 
P
V
 
C
T
 
D
V
 
V
V
 
V
G
 
G
E
 
P
L
 
V
C
 
C
T
 
E
P
 
S
E
 
S
D
 
D
T
 
T
L
 
F
A
 
L
R
 
K
D
 
D
I
 
A
T
 
H
V
 
L
G
 
P
P
 
E
V
 
L
R
 
E
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
K
V
 
I
V
 
A
F
 
I
P
 
E
M
 
K
A
 
V
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
Y
 
S
E
 
S
F
 
M
A
 
A
L
 
-
A
 
S
D
 
Q
F
 
Y
L
 
N
G
 
S
H
 
R
P
 
P
R
 
K
P
 
L
A
 
L
R
 
E
V
 
L
V
 
A
L
 
L
G
 
E
E
 
D
S
 
H
V
 
K
D
 
I
R
 
R
G
 
V
P
 
I
R
 
R

Sites not aligning to the query:

3c5qA Crystal structure of diaminopimelate decarboxylase (i148l mutant) from helicobacter pylori complexed with l-lysine
28% identity, 70% coverage: 137:469/476 of query aligns to 66:374/394 of 3c5qA

query
sites
3c5qA
S
 
S
V
 
I
G
 
G
E
 
E
T
 
I
R
 
Q
L
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
K
A
 
A
Y
 
-
G
 
-
R
 
G
V
 
I
A
 
K
P
 
P
A
 
Y
R
 
R
S
 
-
P
 
-
Y
 
-
L
 
I
V
 
V
A
 
F
S
 
S
G
 
G
P
 
V
A
 
G
K
 
K
S
 
S
S
 
A
T
 
F
L
 
E
L
 
I
T
 
E
A
 
Q
L
 
A
V
 
L
E
 
K
A
 
L
G
 
N
V
 
I
S
 
L
I
 
F
V
 
L
N
 
N
V
 
V
E
 
E
S
 
S
P
 
F
G
 
M
E
 
E
L
 
L
R
 
K
R
 
T
L
 
I
E
 
E
A
 
T
V
 
I
A
 
A
A
 
Q
R
 
S
F
 
L
G
 
G
R
 
I
R
 
K
V
 
A
T
 
R
V
 
I
A
 
S
V
 
I
R
 
R
V
 
I
N
 
N
P
 
P
A
 
N
R
 
I
V
 
D
A
 
A
L
 
K
A
 
T
G
 
H
-
 
P
S
 
Y
L
|
L
Q
 
S
M
 
T
G
 
G
G
 
L
R
 
K
P
 
E
S
 
N
A
 
K
F
 
F
G
 
G
V
 
V
P
 
G
E
 
E
S
 
K
E
 
E
V
 
A
P
 
L
A
 
E
V
 
M
L
 
F
D
 
L
L
 
W
A
 
A
R
 
K
R
 
K
L
 
S
P
 
A
H
 
F
L
 
L
D
 
E
V
 
P
A
 
V
G
 
S
F
 
V
H
 
H
V
 
F
H
|
H
A
 
I
V
 
G
S
|
S
G
 
Q
N
 
L
L
 
L
D
 
D
A
 
L
A
 
E
A
 
P
H
 
I
L
 
I
D
 
E
Y
 
A
V
 
S
R
 
Q
W
 
K
C
 
V
L
 
A
E
 
K
F
 
I
A
 
A
E
 
K
R
 
S
T
 
L
A
 
I
A
 
A
D
 
-
A
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
V
 
F
V
 
F
D
 
D
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
I
G
 
G
V
 
V
P
 
S
F
 
Y
E
 
E
P
 
-
D
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
N
E
 
E
R
 
E
P
 
T
F
 
I
D
 
K
L
 
L
D
 
Y
R
 
D
F
 
Y
G
 
A
E
 
Q
G
 
G
L
 
I
A
 
L
R
 
N
L
 
A
P
 
L
V
 
Q
P
 
G
P
 
L
G
 
D
V
 
L
R
 
T
M
 
I
I
 
I
I
 
C
E
|
E
P
|
P
G
|
G
R
|
R
L
 
S
L
 
I
V
 
V
A
 
A
D
 
E
C
 
S
G
 
G
W
 
E
Y
 
L
A
 
I
A
 
T
E
 
Q
V
 
V
I
 
L
D
 
Y
V
 
E
K
 
K
R
 
K
S
 
N
Y
 
-
G
 
-
T
 
K
D
 
R
F
 
F
V
 
V
V
 
I
L
 
V
R
 
D
G
 
A
G
 
G
I
 
M
H
 
N
H
 
D
F
 
F
A
 
L
L
x
R
P
 
P
T
 
S
S
 
L
W
x
Y
E
 
H
I
 
A
V
 
K
H
 
H
N
 
A
F
 
I
A
 
R
V
 
V
V
 
I
A
 
T
G
 
-
P
 
P
T
 
S
S
 
E
T
 
I
A
 
S
A
 
-
E
 
-
D
 
-
K
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
-
T
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
P
 
P
V
 
C
T
 
D
V
 
V
V
 
V
G
 
G
E
 
P
L
 
V
C
 
C
T
 
E
P
 
S
E
 
S
D
 
D
T
 
T
L
 
F
A
 
L
R
 
K
D
 
D
I
 
A
T
 
H
V
 
L
G
 
P
P
 
E
V
 
L
R
 
E
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
K
V
 
I
V
 
A
F
 
I
P
 
E
M
 
K
A
 
V
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
Y
 
S
E
 
S
F
 
M
A
 
A
L
 
-
A
 
S
D
 
Q
F
 
Y
L
 
N
G
 
S
H
 
R
P
 
P
R
 
K
P
 
L
A
 
L
R
 
E
V
 
L
V
 
A
L
 
L
G
 
E
E
 
D
S
 
K
V
 
I

Sites not aligning to the query:

1twiA Crystal structure of diaminopimelate decarboxylase from m. Jannaschii in co-complex with l-lysine (see paper)
26% identity, 70% coverage: 132:465/476 of query aligns to 86:405/434 of 1twiA

query
sites
1twiA
G
 
G
F
 
A
E
x
D
V
 
V
S
 
V
S
 
S
V
 
G
G
 
G
E
 
E
T
 
L
R
 
Y
L
 
I
A
 
A
L
 
-
A
 
-
A
 
-
Y
 
-
G
 
-
R
 
K
V
 
L
A
 
S
P
 
N
A
 
V
R
 
P
S
 
S
P
 
K
Y
 
K
L
 
I
V
 
V
A
 
F
S
x
N
G
 
G
P
 
N
A
 
C
K
 
K
S
 
T
S
 
K
T
 
E
L
 
E
L
 
I
T
 
I
A
 
M
L
 
G
V
 
I
E
 
E
A
 
A
G
 
N
V
 
I
S
 
R
I
 
A
V
 
F
N
 
N
V
 
V
E
 
D
S
 
S
P
 
I
G
 
S
E
 
E
L
 
L
R
 
I
R
 
L
L
 
I
E
 
N
A
 
E
V
 
T
A
 
A
A
 
K
R
 
E
F
 
L
G
 
G
R
 
E
R
 
T
V
 
A
T
 
N
V
 
V
A
 
A
V
 
F
R
 
R
V
 
I
N
 
N
P
 
P
-
 
N
A
 
V
R
 
N
V
 
P
A
 
K
L
 
T
A
 
H
G
 
P
S
 
K
L
 
I
Q
 
S
M
 
T
G
 
G
G
 
L
R
 
K
P
 
K
S
 
N
A
 
K
F
 
F
G
 
G
V
 
L
P
 
D
-
 
V
E
 
E
S
 
S
E
 
G
V
 
I
P
 
A
-
 
M
A
 
K
V
 
A
L
 
I
D
 
K
L
 
M
A
 
A
R
 
L
R
 
E
L
 
M
P
 
E
H
 
Y
L
 
V
D
 
N
V
 
V
A
 
V
G
 
G
F
 
V
H
 
H
V
 
C
H
|
H
A
 
I
V
 
G
S
|
S
G
 
Q
N
 
L
L
 
T
D
 
D
A
 
I
A
 
S
A
 
P
H
 
F
L
 
I
D
 
E
Y
 
E
V
 
T
R
 
R
W
 
K
C
 
V
L
 
M
E
 
D
F
 
F
A
 
V
E
 
V
R
 
E
T
 
L
A
 
K
A
 
E
D
 
E
A
 
-
G
 
G
I
 
I
D
 
E
L
 
I
R
 
E
V
 
D
V
 
V
D
 
N
V
 
L
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
L
G
 
G
V
 
I
P
 
P
F
 
Y
E
 
Y
P
 
K
D
 
D
R
 
K
R
 
Q
G
 
I
E
 
P
R
 
T
P
 
Q
F
 
K
D
 
D
L
 
L
-
 
A
-
 
D
-
 
A
-
 
I
-
 
I
D
 
N
R
 
T
F
 
M
G
 
L
E
 
K
G
 
Y
L
 
K
A
 
D
R
 
K
L
 
V
P
 
E
V
 
M
P
 
P
P
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
N
M
 
L
I
 
I
I
 
L
E
|
E
P
 
P
G
|
G
R
|
R
L
 
S
L
 
L
V
 
V
A
 
A
D
 
T
C
 
A
G
 
G
W
 
Y
Y
 
L
A
 
L
A
 
G
E
 
K
V
 
V
I
 
H
D
 
H
V
 
I
K
 
K
R
 
E
S
 
T
Y
 
P
G
 
V
T
 
T
D
 
K
F
 
W
V
 
V
V
 
M
L
 
I
R
 
D
G
 
A
G
 
G
I
 
M
H
 
N
H
 
D
F
 
M
A
 
M
L
x
R
P
 
P
T
 
A
S
 
M
W
x
Y
E
 
E
I
 
A
V
 
Y
H
 
H
N
 
H
F
 
I
A
 
I
V
 
-
V
 
-
A
 
-
G
 
-
P
 
-
T
 
-
S
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
N
K
 
C
G
 
K
V
 
V
D
 
K
T
 
N
A
 
E
G
 
K
R
 
E
P
 
V
V
 
V
T
 
S
V
 
I
V
 
A
G
 
G
E
 
G
L
 
L
C
 
C
T
 
E
P
 
S
E
 
S
D
 
D
T
 
V
L
 
F
A
 
G
R
 
R
D
 
D
I
 
R
T
 
E
V
 
L
G
 
D
P
 
K
V
 
V
R
 
E
P
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
V
 
L
V
 
A
F
 
I
P
 
F
M
 
D
A
 
V
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
Y
 
I
E
 
S
F
 
M
A
 
A
L
 
-
A
 
N
D
 
N
F
 
Y
L
 
N
G
 
A
H
 
R
P
 
G
R
 
R
P
 
P
A
 
-
R
 
R
V
 
M
V
 
V
L
 
L

Sites not aligning to the query:

1tufA Crystal structure of diaminopimelate decarboxylase from m. Jannaschi (see paper)
26% identity, 70% coverage: 132:465/476 of query aligns to 86:405/434 of 1tufA

query
sites
1tufA
G
 
G
F
 
A
E
 
D
V
 
V
S
 
V
S
 
S
V
 
G
G
 
G
E
 
E
T
 
L
R
 
Y
L
 
I
A
 
A
L
 
-
A
 
-
A
 
-
Y
 
-
G
 
-
R
 
K
V
 
L
A
 
S
P
 
N
A
 
V
R
 
P
S
 
S
P
 
K
Y
 
K
L
 
I
V
 
V
A
 
F
S
 
N
G
 
G
P
 
N
A
 
C
K
 
K
S
 
T
S
 
K
T
 
E
L
 
E
L
 
I
T
 
I
A
 
M
L
 
G
V
 
I
E
 
E
A
 
A
G
 
N
V
 
I
S
 
R
I
 
A
V
 
F
N
 
N
V
 
V
E
 
D
S
 
S
P
 
I
G
 
S
E
 
E
L
 
L
R
 
I
R
 
L
L
 
I
E
 
N
A
 
E
V
 
T
A
 
A
A
 
K
R
 
E
F
 
L
G
 
G
R
 
E
R
 
T
V
 
A
T
 
N
V
 
V
A
 
A
V
 
F
R
 
R
V
 
I
N
 
N
P
 
P
-
 
N
A
 
V
R
 
N
V
 
P
A
 
K
L
 
T
A
 
H
G
 
P
S
 
K
L
 
I
Q
 
S
M
 
T
G
 
G
G
 
L
R
 
K
P
 
K
S
 
N
A
 
K
F
 
F
G
 
G
V
 
L
P
 
D
-
 
V
E
 
E
S
 
S
E
 
G
V
 
I
P
 
A
-
 
M
A
 
K
V
 
A
L
 
I
D
 
K
L
 
M
A
 
A
R
 
L
R
 
E
L
 
M
P
 
E
H
 
Y
L
 
V
D
 
N
V
 
V
A
 
V
G
 
G
F
 
V
H
 
H
V
 
C
H
|
H
A
 
I
V
 
G
S
|
S
G
 
Q
N
 
L
L
 
T
D
 
D
A
 
I
A
 
S
A
 
P
H
 
F
L
 
I
D
 
E
Y
 
E
V
 
T
R
 
R
W
 
K
C
 
V
L
 
M
E
 
D
F
 
F
A
 
V
E
 
V
R
 
E
T
 
L
A
 
K
A
 
E
D
 
E
A
 
-
G
 
G
I
 
I
D
 
E
L
 
I
R
 
E
V
 
D
V
 
V
D
 
N
V
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
L
G
 
G
V
 
I
P
 
P
F
 
Y
E
 
Y
P
 
K
D
 
D
R
 
K
R
 
Q
G
 
I
E
 
P
R
 
T
P
 
Q
F
 
K
D
 
D
L
 
L
-
 
A
-
 
D
-
 
A
-
 
I
-
 
I
D
 
N
R
 
T
F
 
M
G
 
L
E
 
K
G
 
Y
L
 
K
A
 
D
R
 
K
L
 
V
P
 
E
V
 
M
P
 
P
P
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
N
M
 
L
I
 
I
I
 
L
E
|
E
P
 
P
G
 
G
R
|
R
L
 
S
L
 
L
V
 
V
A
 
A
D
 
T
C
 
A
G
 
G
W
 
Y
Y
 
L
A
 
L
A
 
G
E
 
K
V
 
V
I
 
H
D
 
H
V
 
I
K
 
K
R
 
E
S
 
T
Y
 
P
G
 
V
T
 
T
D
 
K
F
 
W
V
 
V
V
 
M
L
 
I
R
 
D
G
 
A
G
 
G
I
 
M
H
 
N
H
 
D
F
 
M
A
 
M
L
x
R
P
 
P
T
 
A
S
 
M
W
x
Y
E
 
E
I
 
A
V
 
Y
H
 
H
N
 
H
F
 
I
A
 
I
V
 
-
V
 
-
A
 
-
G
 
-
P
 
-
T
 
-
S
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
N
K
 
C
G
 
K
V
 
V
D
 
K
T
 
N
A
 
E
G
 
K
R
 
E
P
 
V
V
 
V
T
 
S
V
 
I
V
 
A
G
 
G
E
 
G
L
 
L
C
 
C
T
 
E
P
 
S
E
 
S
D
 
D
T
 
V
L
 
F
A
 
G
R
 
R
D
 
D
I
 
R
T
 
E
V
 
L
G
 
D
P
 
K
V
 
V
R
 
E
P
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
V
 
L
V
 
A
F
 
I
P
 
F
M
 
D
A
 
V
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
Y
 
I
E
 
S
F
 
M
A
 
A
L
 
-
A
 
N
D
 
N
F
 
Y
L
 
N
G
 
A
H
 
R
P
 
G
R
 
R
P
 
P
A
 
-
R
 
R
V
 
M
V
 
V
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Q58497 Diaminopimelate decarboxylase; DAP decarboxylase; DAPDC; EC 4.1.1.20 from Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (Methanococcus jannaschii) (see paper)
26% identity, 70% coverage: 132:465/476 of query aligns to 90:409/438 of Q58497

query
sites
Q58497
G
 
G
F
 
A
E
 
D
V
 
V
S
 
V
S
 
S
V
 
G
G
 
G
E
 
E
T
 
L
R
 
Y
L
 
I
A
 
A
L
 
-
A
 
-
A
 
-
Y
 
-
G
 
-
R
 
K
V
 
L
A
 
S
P
 
N
A
 
V
R
 
P
S
 
S
P
 
K
Y
 
K
L
 
I
V
 
V
A
 
F
S
 
N
G
 
G
P
 
N
A
 
C
K
 
K
S
 
T
S
 
K
T
 
E
L
 
E
L
 
I
T
 
I
A
 
M
L
 
G
V
 
I
E
 
E
A
 
A
G
 
N
V
 
I
S
 
R
I
 
A
V
 
F
N
 
N
V
 
V
E
 
D
S
 
S
P
 
I
G
 
S
E
 
E
L
 
L
R
 
I
R
 
L
L
 
I
E
 
N
A
 
E
V
 
T
A
 
A
A
 
K
R
 
E
F
 
L
G
 
G
R
 
E
R
 
T
V
 
A
T
 
N
V
 
V
A
 
A
V
 
F
R
 
R
V
 
I
N
 
N
P
 
P
-
 
N
A
 
V
R
 
N
V
 
P
A
 
K
L
 
T
A
 
H
G
 
P
S
 
K
L
 
I
Q
 
S
M
 
T
G
 
G
G
 
L
R
 
K
P
 
K
S
 
N
A
 
K
F
 
F
G
 
G
V
 
L
P
 
D
-
 
V
E
 
E
S
 
S
E
 
G
V
 
I
P
 
A
-
 
M
A
 
K
V
 
A
L
 
I
D
 
K
L
 
M
A
 
A
R
 
L
R
 
E
L
 
M
P
 
E
H
 
Y
L
 
V
D
 
N
V
 
V
A
 
V
G
 
G
F
 
V
H
 
H
V
 
C
H
 
H
A
 
I
V
 
G
S
|
S
G
 
Q
N
 
L
L
 
T
D
 
D
A
 
I
A
 
S
A
 
P
H
 
F
L
 
I
D
 
E
Y
 
E
V
 
T
R
 
R
W
 
K
C
 
V
L
 
M
E
 
D
F
 
F
A
 
V
E
 
V
R
 
E
T
 
L
A
 
K
A
 
E
D
 
E
A
 
-
G
 
G
I
 
I
D
 
E
L
 
I
R
 
E
V
 
D
V
 
V
D
 
N
V
 
L
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
L
G
 
G
V
 
I
P
 
P
F
 
Y
E
 
Y
P
 
K
D
 
D
R
 
K
R
 
Q
G
 
I
E
 
P
R
 
T
P
 
Q
F
 
K
D
 
D
L
 
L
-
 
A
-
 
D
-
 
A
-
 
I
-
 
I
D
 
N
R
 
T
F
 
M
G
 
L
E
 
K
G
 
Y
L
 
K
A
 
D
R
 
K
L
 
V
P
 
E
V
 
M
P
 
P
P
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
N
M
 
L
I
 
I
I
 
L
E
|
E
P
|
P
G
|
G
R
|
R
L
 
S
L
 
L
V
 
V
A
 
A
D
 
T
C
 
A
G
 
G
W
 
Y
Y
 
L
A
 
L
A
 
G
E
 
K
V
 
V
I
 
H
D
 
H
V
 
I
K
 
K
R
 
E
S
 
T
Y
 
P
G
 
V
T
 
T
D
 
K
F
 
W
V
 
V
V
 
M
L
 
I
R
 
D
G
 
A
G
 
G
I
 
M
H
 
N
H
 
D
F
 
M
A
 
M
L
 
R
P
 
P
T
 
A
S
 
M
W
 
Y
E
 
E
I
 
A
V
 
Y
H
 
H
N
 
H
F
 
I
A
 
I
V
 
-
V
 
-
A
 
-
G
 
-
P
 
-
T
 
-
S
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
N
K
 
C
G
 
K
V
 
V
D
 
K
T
 
N
A
 
E
G
 
K
R
 
E
P
 
V
V
 
V
T
 
S
V
 
I
V
 
A
G
 
G
E
 
G
L
 
L
C
 
C
T
 
E
P
 
S
E
 
S
D
 
D
T
 
V
L
 
F
A
 
G
R
 
R
D
 
D
I
 
R
T
 
E
V
 
L
G
 
D
P
 
K
V
 
V
R
 
E
P
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
V
V
 
L
V
 
A
F
 
I
P
 
F
M
 
D
A
 
V
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
Y
 
I
E
 
S
F
 
M
A
 
A
L
 
-
A
 
N
D
 
N
F
 
Y
L
 
N
G
 
A
H
 
R
P
 
G
R
 
R
P
 
P
A
 
-
R
 
R
V
 
M
V
 
V
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4xg1B Psychromonas ingrahamii diaminopimelate decarboxylase with llp
26% identity, 70% coverage: 132:465/476 of query aligns to 77:392/418 of 4xg1B

query
sites
4xg1B
G
 
G
F
 
F
E
x
D
V
 
I
S
 
V
S
 
S
V
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
L
R
 
M
L
 
R
A
 
V
L
 
I
A
 
Q
A
 
A
Y
 
G
G
 
G
R
 
D
V
 
-
A
 
-
P
 
P
A
 
K
R
 
K
S
 
-
P
 
-
Y
 
-
L
 
I
V
 
V
A
 
F
S
 
S
G
 
G
P
 
V
A
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
E
T
 
I
L
 
E
L
 
I
T
 
S
A
 
A
L
 
A
V
 
L
E
 
Q
A
 
A
G
 
N
V
 
I
S
 
M
I
 
C
V
 
F
N
 
N
V
 
V
E
 
E
S
 
S
P
 
I
G
 
S
E
 
E
L
 
L
R
 
Y
R
 
R
L
 
I
E
 
N
A
 
S
V
 
V
A
 
A
A
 
K
R
 
A
F
 
L
G
 
N
R
 
V
R
 
K
V
 
A
T
 
P
V
 
I
A
 
S
V
 
I
R
 
R
V
 
I
N
 
N
P
 
P
A
 
N
R
 
-
V
 
-
A
 
I
L
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
T
-
 
H
-
 
P
-
 
Y
L
 
I
Q
 
S
M
 
T
G
 
G
G
 
L
R
 
K
P
 
E
S
 
N
A
 
K
F
 
F
G
 
G
V
 
I
P
 
E
E
 
I
S
 
E
E
 
Q
V
 
A
P
 
L
A
 
D
V
 
V
L
 
Y
D
 
K
L
 
I
A
 
A
R
 
S
R
 
D
L
 
L
P
 
E
H
 
F
L
 
L
D
 
E
V
 
I
A
 
K
G
 
G
F
 
V
H
 
D
V
 
C
H
|
H
A
 
-
V
 
I
S
 
G
G
x
S
N
 
Q
L
 
L
D
 
T
A
x
E
A
x
I
A
|
A
H
 
P
L
 
F
D
 
I
Y
 
E
V
 
A
R
 
L
W
 
D
C
 
K
L
 
L
E
 
L
F
 
I
A
 
L
E
 
I
R
 
D
T
 
L
A
 
L
A
 
A
D
 
E
A
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
T
L
 
I
R
 
S
V
 
H
V
 
L
D
 
D
V
 
L
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
F
 
Y
E
 
D
P
 
D
D
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
-
E
 
E
R
 
T
P
 
P
F
 
P
D
 
E
L
 
P
D
 
A
R
 
E
F
 
Y
G
 
M
E
 
T
G
 
A
L
 
I
A
 
I
R
 
N
L
 
R
P
 
M
V
 
A
P
 
G
P
 
R
G
 
S
V
 
L
R
 
K
M
 
L
I
 
I
I
 
F
E
|
E
P
 
P
G
|
G
R
|
R
L
 
A
L
 
I
V
 
M
A
 
A
D
 
N
C
 
A
G
 
G
W
 
V
Y
 
L
A
 
V
A
 
T
E
 
K
V
 
V
I
 
E
D
 
F
V
 
L
K
 
K
R
 
-
S
 
-
Y
 
L
G
 
N
T
 
K
D
 
N
F
 
F
V
 
A
V
 
I
L
 
V
R
 
D
G
 
A
G
 
A
I
 
M
H
 
N
H
 
D
F
 
L
A
 
I
L
x
R
P
 
P
T
 
A
S
 
L
W
x
Y
E
 
S
I
 
A
V
 
W
H
 
Q
N
 
N
F
 
I
A
 
I
V
 
-
V
 
-
A
 
-
G
 
-
P
 
P
T
 
L
S
 
N
T
 
T
A
 
D
A
 
Y
E
 
Q
D
 
D
K
 
-
G
 
G
V
 
Q
D
 
D
T
 
R
A
 
P
G
 
V
R
 
R
P
 
S
V
 
Y
T
 
D
V
 
I
V
 
V
G
 
G
E
 
P
L
 
I
C
|
C
T
x
E
P
 
T
E
 
G
D
 
D
T
 
F
L
 
L
A
 
G
R
 
K
D
 
E
I
 
R
T
 
Q
V
 
L
G
 
A
P
 
-
V
 
L
R
 
A
P
 
E
G
 
G
D
 
D
V
 
Y
V
 
L
V
 
V
F
 
I
P
 
R
M
 
S
A
 
T
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
Y
 
S
E
 
T
F
 
M
A
 
S
L
 
-
A
 
S
D
 
N
F
 
Y
L
 
N
G
 
S
H
 
R
P
 
C
R
 
R
P
 
A
A
 
A
R
 
E
V
 
I
V
 
L
L
 
V

Sites not aligning to the query:

Q9X1K5 Diaminopimelate decarboxylase; DAP decarboxylase; DAPDC; EC 4.1.1.20 from Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8)
27% identity, 71% coverage: 132:468/476 of query aligns to 63:365/386 of Q9X1K5

query
sites
Q9X1K5
G
 
G
F
 
M
E
 
D
V
 
V
S
 
V
S
 
T
V
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
L
R
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Y
 
-
G
 
-
R
 
K
V
 
L
A
 
A
P
 
G
A
 
V
R
 
P
S
 
S
P
 
H
Y
 
T
L
 
V
V
 
V
A
 
W
S
 
N
G
 
G
P
 
N
A
 
G
K
 
K
S
 
S
S
 
R
T
 
D
L
 
Q
L
 
M
T
 
E
A
 
H
L
 
F
V
 
L
E
 
R
A
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
R
I
 
I
V
 
V
N
 
N
V
 
V
E
 
D
S
 
S
P
 
F
G
 
E
E
 
E
L
 
M
-
 
E
-
 
I
-
 
W
R
 
R
R
 
E
L
 
L
E
 
N
A
 
P
V
 
E
A
 
G
A
 
V
R
 
E
F
 
Y
G
 
-
R
 
-
R
 
-
V
 
-
T
 
-
V
 
-
A
 
F
V
 
I
R
 
R
V
 
V
N
 
N
P
 
P
A
 
E
R
 
V
V
 
D
A
 
A
L
 
K
A
 
T
G
 
H
-
 
P
S
 
H
L
 
I
Q
 
S
M
 
T
G
 
G
G
 
L
R
 
K
P
 
K
S
 
H
A
 
K
F
 
F
G
 
G
V
 
I
P
 
P
E
 
L
S
 
E
E
 
D
V
 
L
P
 
D
A
 
S
V
 
F
L
 
M
D
 
E
L
 
-
A
 
-
R
 
-
R
 
R
L
 
F
P
 
R
H
 
S
L
 
M
D
 
N
V
 
I
A
 
R
G
 
G
F
 
L
H
 
H
V
 
V
H
 
H
A
 
I
V
 
G
S
 
S
G
 
Q
N
 
I
L
 
T
D
 
R
A
 
V
A
 
E
A
 
P
H
 
F
L
 
V
D
 
E
Y
 
A
V
 
F
R
 
S
W
 
K
C
 
V
L
 
V
E
 
R
F
 
A
A
 
S
E
 
E
R
 
R
T
 
Y
A
 
G
A
 
F
D
 
E
A
 
E
G
 
-
I
 
-
D
 
-
L
 
-
R
 
-
V
 
-
V
 
I
D
 
N
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
W
G
 
G
V
 
I
P
 
N
F
 
Y
E
 
S
P
 
-
D
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
G
E
 
E
R
 
-
P
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
D
 
S
R
 
S
F
 
Y
G
 
R
E
 
E
G
 
K
-
 
V
-
 
V
-
 
P
-
 
D
L
 
L
A
 
K
R
 
R
L
 
F
P
 
K
V
 
-
P
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
R
M
 
V
I
 
I
I
 
V
E
|
E
P
x
I
G
|
G
R
|
R
L
 
Y
L
 
I
V
 
V
A
 
A
D
 
P
C
 
S
G
 
G
W
 
Y
Y
 
L
A
 
L
A
 
L
E
 
R
V
 
V
I
 
V
D
 
L
V
 
V
K
 
K
R
 
R
S
 
R
Y
 
H
G
 
N
T
 
K
D
 
A
F
 
F
V
 
V
V
 
V
L
 
V
R
 
D
G
 
G
G
 
G
I
 
M
H
 
N
H
 
V
F
 
L
A
 
I
L
 
R
P
 
P
T
 
A
S
 
L
W
 
Y
E
 
S
I
 
A
V
 
Y
H
 
H
N
 
R
F
 
I
A
 
F
V
 
V
V
 
L
A
 
G
G
 
K
P
 
Q
T
 
G
S
 
K
T
 
E
A
 
M
A
 
R
E
 
A
D
 
D
K
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
-
T
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
P
 
-
V
 
-
T
 
-
V
 
V
V
 
V
G
 
G
E
 
P
L
 
L
C
 
C
T
 
E
P
 
S
E
 
G
D
 
D
T
 
V
L
 
I
A
 
A
R
 
Y
D
 
D
I
 
R
T
 
E
V
 
L
G
 
P
P
 
E
V
 
V
R
 
E
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
I
V
 
I
V
 
A
F
 
V
P
 
E
M
 
N
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
Y
 
Y
E
 
T
F
 
M
A
 
S
L
 
-
A
 
N
D
 
N
F
 
Y
L
 
N
G
 
S
H
 
T
P
 
T
R
 
R
P
 
P
A
 
A
R
 
E
V
 
V
V
 
L
L
 
V
G
 
R
E
 
E
S
 
N

2yxxA Crystal structure analysis of diaminopimelate decarboxylate (lysa)
27% identity, 71% coverage: 132:468/476 of query aligns to 62:364/385 of 2yxxA

query
sites
2yxxA
G
 
G
F
 
M
E
x
D
V
 
V
S
 
V
S
 
T
V
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
L
R
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Y
 
-
G
 
-
R
 
K
V
 
L
A
 
A
P
 
G
A
 
V
R
 
P
S
 
S
P
 
H
Y
 
T
L
 
V
V
 
V
A
 
W
S
 
N
G
 
G
P
 
N
A
 
G
K
 
K
S
 
S
S
 
R
T
 
D
L
 
Q
L
 
M
T
 
E
A
 
H
L
 
F
V
 
L
E
 
R
A
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
R
I
 
I
V
 
V
N
 
N
V
 
V
E
 
D
S
 
S
P
 
F
G
 
E
E
 
E
L
 
M
-
 
E
-
 
I
-
 
W
R
 
R
R
 
E
L
 
L
E
 
N
A
 
P
V
 
E
A
 
G
A
 
V
R
 
E
F
 
Y
G
 
-
R
 
-
R
 
-
V
 
-
T
 
-
V
 
-
A
 
F
V
 
I
R
 
R
V
 
V
N
 
N
P
 
P
A
 
E
R
 
V
V
 
D
A
 
A
L
 
K
A
 
T
G
 
H
-
 
P
S
 
H
L
 
I
Q
 
S
M
 
T
G
 
G
G
 
L
R
 
K
P
 
K
S
 
H
A
 
K
F
 
F
G
 
G
V
 
I
P
 
P
E
 
L
S
 
E
E
 
D
V
 
L
P
 
D
A
 
S
V
 
F
L
 
M
D
 
E
L
 
-
A
 
-
R
 
-
R
 
R
L
 
F
P
 
R
H
 
S
L
 
M
D
 
N
V
 
I
A
 
R
G
 
G
F
 
L
H
 
H
V
 
V
H
|
H
A
 
I
V
 
G
S
|
S
G
 
Q
N
 
I
L
 
T
D
 
R
A
 
V
A
 
E
A
 
P
H
 
F
L
 
V
D
 
E
Y
 
A
V
 
F
R
 
S
W
 
K
C
 
V
L
 
V
E
 
R
F
 
A
A
 
S
E
 
E
R
 
R
T
 
Y
A
 
G
A
 
F
D
 
E
A
 
E
G
 
-
I
 
-
D
 
-
L
 
-
R
 
-
V
 
-
V
 
I
D
 
N
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
W
G
 
G
V
 
I
P
 
N
F
 
Y
E
 
S
P
 
-
D
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
G
E
 
E
R
 
-
P
 
E
F
 
L
D
 
D
L
 
L
D
 
S
R
 
S
F
 
Y
G
 
R
E
 
E
G
 
K
-
 
V
-
 
V
-
 
P
-
 
D
L
 
L
A
 
K
R
 
R
L
 
F
P
 
K
V
 
-
P
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
R
M
 
V
I
 
I
I
 
V
E
|
E
P
 
I
G
|
G
R
|
R
L
 
Y
L
 
I
V
 
V
A
 
A
D
 
P
C
 
S
G
 
G
W
 
Y
Y
 
L
A
 
L
A
 
L
E
 
R
V
 
V
I
 
V
D
 
L
V
 
V
K
 
K
R
 
R
S
 
R
Y
 
H
G
 
N
T
 
K
D
 
A
F
 
F
V
 
V
V
 
V
L
 
V
R
 
D
G
 
G
G
 
G
I
 
M
H
 
N
H
 
V
F
 
L
A
 
I
L
 
R
P
 
P
T
 
A
S
 
L
W
 
Y
E
 
S
I
 
A
V
 
Y
H
 
H
N
 
R
F
 
I
A
 
F
V
 
V
V
 
L
A
 
G
G
 
K
P
 
Q
T
 
G
S
 
K
T
 
E
A
 
M
A
 
R
E
 
A
D
 
D
K
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
-
T
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
P
 
-
V
 
-
T
 
-
V
 
V
V
 
V
G
 
G
E
 
P
L
 
L
C
 
C
T
 
E
P
 
S
E
 
G
D
 
D
T
 
V
L
 
I
A
 
A
R
 
Y
D
 
D
I
 
R
T
 
E
V
 
L
G
 
P
P
 
E
V
 
V
R
 
E
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
I
V
 
I
V
 
A
F
 
V
P
 
E
M
 
N
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
Y
 
Y
E
 
T
F
 
M
A
 
S
L
 
-
A
 
N
D
 
N
F
 
Y
L
 
N
G
 
S
H
 
T
P
 
T
R
 
R
P
 
P
A
 
A
R
 
E
V
 
V
V
 
L
L
 
V
G
 
R
E
 
E
S
 
N

Sites not aligning to the query:

4xg1A Psychromonas ingrahamii diaminopimelate decarboxylase with llp
25% identity, 70% coverage: 132:465/476 of query aligns to 72:367/393 of 4xg1A

query
sites
4xg1A
G
 
G
F
 
F
E
x
D
V
 
I
S
 
V
S
 
S
V
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
L
R
 
M
L
 
R
A
 
V
L
 
I
A
 
Q
A
 
A
Y
 
G
G
 
G
R
 
D
V
 
-
A
 
-
P
 
P
A
 
K
R
 
K
S
 
-
P
 
-
Y
 
-
L
 
I
V
 
V
A
 
F
S
|
S
G
 
G
P
 
V
A
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
E
T
 
I
L
 
E
L
 
I
T
 
S
A
 
A
L
 
A
V
 
L
E
 
Q
A
 
A
G
 
N
V
 
I
S
 
M
I
 
C
V
 
F
N
 
N
V
 
V
E
 
E
S
|
S
P
x
I
G
 
S
E
 
E
L
 
L
R
 
Y
R
 
R
L
 
I
E
 
N
A
 
S
V
 
V
A
 
A
A
 
K
R
 
A
F
 
L
G
 
N
R
 
V
R
 
K
V
 
A
T
 
P
V
 
I
A
 
S
V
 
I
R
 
R
V
 
I
N
 
N
P
 
P
A
 
N
R
 
K
V
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
S
 
-
L
 
-
Q
 
-
M
 
-
G
 
-
G
 
-
R
 
-
P
 
-
S
 
-
A
 
-
F
 
F
G
 
G
V
 
I
P
 
E
E
 
I
S
 
E
E
 
Q
V
 
A
P
 
L
A
 
D
V
 
V
L
 
Y
D
 
K
L
 
I
A
 
A
R
 
S
R
 
D
L
 
L
P
 
E
H
 
F
L
 
L
D
 
E
V
 
I
A
 
K
G
 
G
F
 
V
H
 
D
V
 
C
H
|
H
A
 
-
V
 
I
S
 
G
G
x
S
N
 
Q
L
 
L
D
 
T
A
 
I
A
 
A
A
 
P
H
 
F
L
 
I
D
 
E
Y
 
L
V
 
D
R
 
K
W
 
-
C
 
-
L
 
L
E
 
L
F
 
I
A
 
L
E
 
I
R
 
D
T
 
L
A
 
L
A
 
A
D
 
E
A
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
T
L
 
I
R
 
S
V
 
H
V
 
L
D
 
D
V
 
L
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
F
 
Y
E
 
D
P
 
-
D
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
D
E
 
E
R
 
P
P
 
P
F
 
E
D
 
P
L
 
A
D
 
E
R
 
Y
F
 
M
G
 
T
E
 
A
G
 
I
L
 
I
A
 
N
R
 
R
L
 
M
P
 
R
V
 
-
P
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
L
R
 
K
M
 
L
I
 
I
I
 
F
E
|
E
P
 
P
G
|
G
R
|
R
L
 
A
L
 
I
V
 
M
A
 
A
D
 
N
C
 
A
G
 
G
W
 
V
Y
 
L
A
 
V
A
 
T
E
 
K
V
 
V
I
 
E
D
 
F
V
 
L
K
 
K
R
 
L
S
 
N
Y
 
D
G
 
Y
T
 
K
D
 
N
F
 
F
V
 
A
V
 
I
L
 
V
R
 
D
G
 
A
G
 
A
I
 
M
H
 
N
H
 
D
F
 
L
A
 
I
L
x
R
P
 
P
T
 
A
S
 
L
W
x
Y
E
 
S
I
 
A
V
 
W
H
 
Q
N
 
N
F
 
I
A
 
I
V
 
-
V
 
-
A
 
-
G
 
-
P
 
P
T
 
L
S
 
N
T
 
T
A
 
D
A
 
Y
E
 
Q
D
 
D
K
 
-
G
 
G
V
 
Q
D
 
D
T
 
R
A
 
P
G
 
V
R
 
R
P
 
S
V
 
Y
T
 
D
V
 
I
V
 
V
G
 
G
E
 
P
L
 
I
C
|
C
T
x
E
P
 
T
E
 
G
D
 
D
T
 
F
L
 
L
A
 
G
R
 
K
D
 
E
I
 
R
T
 
Q
V
 
L
G
 
A
P
 
-
V
 
L
R
 
A
P
 
E
G
 
G
D
 
D
V
 
Y
V
 
L
V
 
V
F
 
I
P
 
R
M
 
S
A
 
T
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
Y
 
S
E
 
T
F
 
M
A
 
S
L
 
-
A
 
S
D
 
N
F
 
Y
L
 
N
G
 
S
H
 
R
P
 
C
R
 
R
P
 
A
A
 
A
R
 
E
V
 
I
V
 
L
L
 
V

Sites not aligning to the query:

1ko0A Crystal structure of a d,l-lysine complex of diaminopimelate decarboxylase
30% identity, 51% coverage: 206:446/476 of query aligns to 138:378/419 of 1ko0A

query
sites
1ko0A
V
 
V
A
 
W
V
 
L
R
 
R
V
 
V
N
 
N
P
 
P
A
 
G
R
 
F
-
 
G
V
 
H
A
 
G
L
 
H
A
 
S
G
 
Q
S
 
K
L
 
T
Q
 
N
M
x
T
G
 
G
G
 
G
R
 
E
P
 
N
S
 
S
A
 
K
F
 
H
G
 
G
V
 
I
P
 
W
E
 
Y
S
 
T
E
 
D
V
 
L
P
 
P
A
 
A
V
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
I
R
 
Q
R
 
R
L
 
-
P
 
H
H
 
H
L
 
L
D
 
Q
V
 
L
A
 
V
G
 
G
F
 
I
H
 
H
V
 
M
H
|
H
A
 
I
V
 
G
S
 
S
G
 
G
N
 
-
L
 
V
D
 
D
A
 
Y
A
 
A
A
 
-
H
 
H
L
 
L
D
 
E
-
 
Q
-
 
V
-
 
C
-
 
G
-
 
A
Y
 
M
V
 
V
R
 
R
W
 
Q
C
 
V
L
 
I
E
 
E
F
 
F
A
 
-
E
 
-
R
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
-
G
 
G
I
 
Q
D
 
D
L
 
L
R
 
Q
V
 
A
V
 
I
D
 
S
V
 
A
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
L
G
 
S
V
 
V
P
 
P
F
 
Y
E
 
Q
P
 
-
D
 
-
R
 
-
R
 
Q
G
 
G
E
 
E
R
 
E
P
 
A
F
 
V
D
 
D
L
 
T
D
 
E
R
 
H
F
 
Y
G
 
Y
-
 
G
-
 
L
-
 
W
-
 
N
-
 
A
-
 
A
-
 
R
E
 
E
G
 
Q
L
 
I
A
 
A
R
 
R
L
 
H
P
 
L
V
 
G
P
 
H
P
 
P
G
 
-
V
 
V
R
 
K
M
 
L
I
 
E
I
 
I
E
|
E
P
|
P
G
|
G
R
|
R
L
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
A
D
 
Q
C
 
S
G
 
G
W
 
V
Y
 
L
A
 
I
A
 
T
E
 
Q
V
 
V
I
 
R
D
 
S
V
 
V
K
 
K
R
 
Q
S
 
M
Y
 
G
G
 
S
T
 
R
D
 
H
F
 
F
V
 
V
V
 
L
L
 
V
R
 
D
G
 
A
G
 
G
I
 
F
H
 
N
H
 
D
F
 
L
A
 
M
L
x
R
P
 
P
T
 
A
S
 
M
W
x
Y
E
 
G
I
 
S
V
 
Y
H
 
H
N
 
H
F
 
I
A
 
S
V
 
A
V
 
L
A
 
A
G
 
A
P
 
D
T
 
G
S
 
R
T
 
S
A
 
L
A
 
E
E
 
H
D
 
A
K
 
P
G
 
T
V
 
V
D
 
E
T
 
T
A
 
-
G
 
-
R
 
-
P
 
-
V
 
-
T
 
V
V
 
V
V
 
A
G
 
G
E
 
P
L
 
L
C
 
C
T
 
E
P
 
S
E
 
G
D
 
D
T
 
V
L
 
F
A
 
T
R
 
Q
D
 
Q
I
 
E
-
 
G
-
 
G
-
 
N
-
 
V
-
 
E
-
 
T
-
 
R
T
 
A
V
 
L
G
 
P
P
 
E
V
 
V
R
 
K
P
 
A
G
 
G
D
 
D
V
 
Y
V
 
L
V
 
V
F
 
L
P
 
H
M
 
D
A
 
T
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G

Sites not aligning to the query:

P00861 Diaminopimelate decarboxylase; DAP decarboxylase; DAPDC; EC 4.1.1.20 from Escherichia coli (strain K12)
30% identity, 51% coverage: 206:446/476 of query aligns to 139:379/420 of P00861

query
sites
P00861
V
 
V
A
 
W
V
 
L
R
 
R
V
 
V
N
 
N
P
 
P
A
 
G
R
 
F
-
 
G
V
 
H
A
 
G
L
 
H
A
 
S
G
 
Q
S
 
K
L
 
T
Q
 
N
M
 
T
G
 
G
G
 
G
R
 
E
P
 
N
S
 
S
A
 
K
F
 
H
G
 
G
V
 
I
P
 
W
E
 
Y
S
 
T
E
 
D
V
 
L
P
 
P
A
 
A
V
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
I
R
 
Q
R
 
R
L
 
-
P
 
H
H
 
H
L
 
L
D
 
Q
V
 
L
A
 
V
G
 
G
F
 
I
H
 
H
V
 
M
H
 
H
A
 
I
V
 
G
S
 
S
G
 
G
N
 
-
L
 
V
D
 
D
A
 
Y
A
 
A
A
 
-
H
 
H
L
 
L
D
 
E
-
 
Q
-
 
V
-
 
C
-
 
G
-
 
A
Y
 
M
V
 
V
R
 
R
W
 
Q
C
 
V
L
 
I
E
 
E
F
 
F
A
 
-
E
 
-
R
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
-
G
 
G
I
 
Q
D
 
D
L
 
L
R
 
Q
V
 
A
V
 
I
D
 
S
V
 
A
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
L
G
 
S
V
 
V
P
 
P
F
 
Y
E
 
Q
P
 
-
D
 
-
R
 
-
R
 
Q
G
 
G
E
 
E
R
 
E
P
 
A
F
 
V
D
 
D
L
 
T
D
 
E
R
 
H
F
 
Y
G
 
Y
-
 
G
-
 
L
-
 
W
-
 
N
-
 
A
-
 
A
-
 
R
E
 
E
G
 
Q
L
 
I
A
 
A
R
 
R
L
 
H
P
 
L
V
 
G
P
 
H
P
 
P
G
 
-
V
 
V
R
 
K
M
 
L
I
 
E
I
 
I
E
|
E
P
|
P
G
|
G
R
|
R
L
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
A
D
 
Q
C
 
S
G
 
G
W
 
V
Y
 
L
A
 
I
A
 
T
E
 
Q
V
 
V
I
 
R
D
 
S
V
 
V
K
 
K
R
 
Q
S
 
M
Y
 
G
G
 
S
T
 
R
D
 
H
F
 
F
V
 
V
V
 
L
L
 
V
R
 
D
G
 
A
G
 
G
I
 
F
H
 
N
H
 
D
F
 
L
A
 
M
L
 
R
P
 
P
T
 
A
S
 
M
W
 
Y
E
 
G
I
 
S
V
 
Y
H
 
H
N
 
H
F
 
I
A
 
S
V
 
A
V
 
L
A
 
A
G
 
A
P
 
D
T
 
G
S
 
R
T
 
S
A
 
L
A
 
E
E
 
H
D
 
A
K
 
P
G
 
T
V
 
V
D
 
E
T
 
T
A
 
-
G
 
-
R
 
-
P
 
-
V
 
-
T
 
V
V
 
V
V
 
A
G
 
G
E
 
P
L
 
L
C
 
C
T
 
E
P
 
S
E
 
G
D
 
D
T
 
V
L
 
F
A
 
T
R
 
Q
D
 
Q
I
 
E
-
 
G
-
 
G
-
 
N
-
 
V
-
 
E
-
 
T
-
 
R
T
 
A
V
 
L
G
 
P
P
 
E
V
 
V
R
 
K
P
 
A
G
 
G
D
 
D
V
 
Y
V
 
L
V
 
V
F
 
L
P
 
H
M
 
D
A
 
T
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1knwA Crystal structure of diaminopimelate decarboxylase
30% identity, 51% coverage: 206:446/476 of query aligns to 138:378/421 of 1knwA

query
sites
1knwA
V
 
V
A
 
W
V
 
L
R
 
R
V
 
V
N
 
N
P
 
P
A
 
G
R
 
F
-
 
G
V
 
H
A
 
G
L
 
H
A
 
S
G
 
Q
S
 
K
L
 
T
Q
 
N
M
 
T
G
 
G
G
 
G
R
 
E
P
 
N
S
 
S
A
 
K
F
 
H
G
 
G
V
 
I
P
 
W
E
 
Y
S
 
T
E
 
D
V
 
L
P
 
P
A
 
A
V
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
I
R
 
Q
R
 
R
L
 
-
P
 
H
H
 
H
L
 
L
D
 
Q
V
 
L
A
 
V
G
 
G
F
 
I
H
 
H
V
 
M
H
|
H
A
 
I
V
 
G
S
 
S
G
 
G
N
 
-
L
 
V
D
 
D
A
 
Y
A
 
A
A
 
-
H
 
H
L
 
L
D
 
E
-
 
Q
-
 
V
-
 
C
-
 
G
-
 
A
Y
 
M
V
 
V
R
 
R
W
 
Q
C
 
V
L
 
I
E
 
E
F
 
F
A
 
-
E
 
-
R
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
-
G
 
G
I
 
Q
D
 
D
L
 
L
R
 
Q
V
 
A
V
 
I
D
 
S
V
 
A
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
L
G
 
S
V
 
V
P
 
P
F
 
Y
E
 
Q
P
 
-
D
 
-
R
 
-
R
 
Q
G
 
G
E
 
E
R
 
E
P
 
A
F
 
V
D
 
D
L
 
T
D
 
E
R
 
H
F
 
Y
G
 
Y
-
 
G
-
 
L
-
 
W
-
 
N
-
 
A
-
 
A
-
 
R
E
 
E
G
 
Q
L
 
I
A
 
A
R
 
R
L
 
H
P
 
L
V
 
G
P
 
H
P
 
P
G
 
-
V
 
V
R
 
K
M
 
L
I
 
E
I
 
I
E
|
E
P
 
P
G
|
G
R
|
R
L
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
A
D
 
Q
C
 
S
G
 
G
W
 
V
Y
 
L
A
 
I
A
 
T
E
 
Q
V
 
V
I
 
R
D
 
S
V
 
V
K
 
K
R
 
Q
S
 
M
Y
 
G
G
 
S
T
 
R
D
 
H
F
 
F
V
 
V
V
 
L
L
 
V
R
 
D
G
 
A
G
 
G
I
 
F
H
 
N
H
 
D
F
 
L
A
 
M
L
 
R
P
 
P
T
 
A
S
 
M
W
 
Y
E
 
G
I
 
S
V
 
Y
H
 
H
N
 
H
F
 
I
A
 
S
V
 
A
V
 
L
A
 
A
G
 
A
P
 
D
T
 
G
S
 
R
T
 
S
A
 
L
A
 
E
E
 
H
D
 
A
K
 
P
G
 
T
V
 
V
D
 
E
T
 
T
A
 
-
G
 
-
R
 
-
P
 
-
V
 
-
T
 
V
V
 
V
V
 
A
G
 
G
E
 
P
L
 
L
C
 
C
T
 
E
P
 
S
E
 
G
D
 
D
T
 
V
L
 
F
A
 
T
R
 
Q
D
 
Q
I
 
E
-
 
G
-
 
G
-
 
N
-
 
V
-
 
E
-
 
T
-
 
R
T
 
A
V
 
L
G
 
P
P
 
E
V
 
V
R
 
K
P
 
A
G
 
G
D
 
D
V
 
Y
V
 
L
V
 
V
F
 
L
P
 
H
M
 
D
A
 
T
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6n2aA Meso-diaminopimelate decarboxylase from arabidopsis thaliana (isoform 1)
24% identity, 90% coverage: 22:450/476 of query aligns to 23:383/422 of 6n2aA

query
sites
6n2aA
V
 
I
L
 
M
A
 
E
A
 
S
V
 
V
R
 
E
D
 
R
R
 
R
P
 
P
A
 
F
G
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
-
F
 
-
S
 
-
A
 
-
Y
 
Y
L
 
L
Y
 
Y
D
 
S
P
 
K
T
 
P
V
 
Q
A
 
I
A
 
T
R
 
R
N
 
N
A
 
L
A
 
E
A
 
A
L
 
Y
R
 
K
G
 
E
C
 
A
L
 
L
P
 
E
G
 
G
W
 
V
A
 
S
E
 
S
L
 
V
C
 
I
-
 
G
F
 
Y
A
 
A
V
 
I
K
|
K
A
 
A
N
 
N
G
 
N
F
 
N
P
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
L
D
 
E
A
 
H
L
 
L
L
 
-
R
 
-
G
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
G
 
-
T
 
-
P
 
-
A
 
-
D
 
-
I
 
-
Q
 
-
L
 
-
A
 
-
D
 
-
I
 
-
R
 
R
A
 
S
H
 
L
G
 
G
P
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
G
 
-
P
 
-
D
 
-
P
 
-
S
 
-
V
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
-
P
 
-
D
 
-
P
 
-
R
 
-
V
 
-
C
 
C
G
 
G
H
 
A
G
 
V
G
 
L
V
 
V
D
 
S
G
 
G
F
 
-
E
 
-
V
 
-
S
 
-
S
 
-
V
 
-
G
 
N
E
 
E
T
 
L
R
 
R
L
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
R
A
 
A
Y
 
-
G
 
-
R
 
G
V
 
F
A
 
D
P
 
P
A
 
T
R
 
K
S
 
C
P
 
-
Y
 
-
L
 
-
V
 
I
A
 
F
S
 
N
G
 
G
P
 
N
A
 
G
K
 
K
S
 
S
S
 
L
T
 
E
L
 
D
L
 
L
T
 
V
A
 
L
L
 
A
V
 
A
E
 
Q
A
 
E
G
 
G
V
 
V
S
 
-
I
 
F
V
 
V
N
 
N
V
 
V
E
 
D
S
 
S
P
 
E
G
 
F
E
 
D
L
 
L
R
 
N
R
 
N
L
 
I
E
 
V
A
 
E
V
 
A
A
 
S
A
 
R
R
 
I
F
 
S
G
 
G
R
 
K
R
 
Q
V
 
V
T
 
N
V
 
V
A
 
L
V
 
L
R
 
R
V
 
I
N
 
N
P
 
P
-
 
D
A
 
V
R
 
D
V
 
P
A
 
Q
L
 
V
A
 
H
G
 
P
S
 
Y
L
 
V
Q
 
A
M
 
T
G
 
G
G
 
N
R
 
K
P
 
N
S
 
S
A
 
K
F
 
F
G
 
G
V
 
I
P
 
R
E
 
N
S
 
E
E
 
K
V
 
L
P
 
Q
A
 
W
V
 
F
L
 
L
D
 
D
L
 
Q
A
 
V
R
 
K
R
 
A
L
 
H
P
 
P
-
 
K
H
 
E
L
 
L
D
 
K
V
 
L
A
 
V
G
 
G
F
 
A
H
 
H
V
 
C
H
|
H
A
 
L
V
 
G
S
|
S
G
 
T
N
 
I
L
 
T
D
 
K
A
 
V
A
 
D
A
 
I
H
 
F
L
 
R
D
 
D
Y
 
A
V
 
A
R
 
V
W
 
L
C
 
M
L
 
I
E
 
E
F
 
Y
A
 
I
E
 
D
R
 
E
T
 
I
A
 
R
A
 
R
D
 
Q
A
 
-
G
 
G
I
 
F
D
 
E
L
 
V
R
 
S
V
 
Y
V
 
L
D
 
N
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
L
G
 
G
V
 
I
P
 
D
F
 
Y
-
 
Y
E
 
H
P
 
A
D
 
G
R
 
A
R
 
V
G
 
L
E
 
P
R
 
T
P
 
P
F
 
M
D
 
D
L
 
L
D
 
I
R
 
N
F
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
T
L
 
V
A
 
R
R
 
E
L
 
L
P
 
V
V
 
L
P
 
S
P
 
R
G
 
D
V
 
L
R
 
N
M
 
L
I
 
I
I
 
I
E
|
E
P
 
P
G
|
G
R
|
R
L
 
S
L
 
L
V
 
I
A
 
A
D
 
N
C
 
T
G
 
C
W
 
C
Y
 
F
A
 
V
A
 
N
E
 
H
V
 
V
I
 
T
D
 
G
V
 
V
K
 
K
R
 
T
S
 
N
Y
 
G
G
 
T
T
 
K
D
 
N
F
 
F
V
 
I
V
 
V
L
 
I
R
 
D
G
 
G
G
 
S
I
 
M
H
 
A
H
 
E
F
 
L
A
 
I
L
x
R
P
 
P
T
 
S
S
 
L
W
x
Y
E
 
D
I
 
A
V
 
Y
H
 
Q
N
 
H
F
 
I
A
 
E
V
 
L
V
 
V
A
 
S
G
 
P
P
 
P
T
 
P
S
 
A
T
 
E
A
 
A
A
 
E
E
 
V
D
 
T
K
 
K
G
 
-
V
 
-
D
 
-
T
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
P
 
-
V
 
F
T
 
D
V
 
V
V
 
V
G
 
G
E
 
P
L
 
V
C
|
C
T
x
E
P
 
S
E
 
A
D
 
D
T
 
F
L
 
L
A
 
G
R
 
K
D
 
D
I
 
R
T
 
E
V
 
L
G
 
P
P
 
T
V
 
P
R
 
P
P
 
Q
G
 
G
D
 
A
V
 
G
V
 
L
V
 
V
F
 
V
P
 
H
M
 
D
A
 
A
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
C
Y
 
M
E
 
S
F
 
M
A
 
A

1hkvA Mycobacterium diaminopimelate dicarboxylase (lysa) (see paper)
28% identity, 67% coverage: 133:450/476 of query aligns to 89:409/446 of 1hkvA

query
sites
1hkvA
F
 
L
E
 
D
V
 
V
S
 
C
S
 
T
V
 
G
G
 
G
E
 
E
T
 
-
R
 
-
L
 
L
A
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
L
Y
 
H
G
 
A
R
 
S
V
 
F
A
 
P
P
 
P
A
 
E
R
 
R
S
 
-
P
 
-
Y
 
-
L
 
I
V
 
T
A
 
L
S
 
H
G
 
G
P
 
N
A
 
N
K
 
K
S
 
S
S
 
V
T
 
S
L
 
E
L
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
A
V
 
V
E
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
G
I
 
H
V
 
I
N
 
V
V
 
V
E
 
D
S
 
S
P
 
M
G
 
T
E
 
E
L
 
I
R
 
E
R
 
R
L
 
L
E
 
D
A
 
A
V
 
I
A
 
A
A
 
G
R
 
E
F
 
A
G
 
G
-
 
I
-
 
V
-
 
Q
-
 
D
-
 
V
-
 
L
R
 
V
R
|
R
V
 
L
T
 
T
V
 
V
A
 
G
V
 
V
R
 
E
V
 
A
N
 
H
P
 
T
A
 
H
R
 
E
-
 
F
V
 
I
A
 
S
L
 
T
A
 
A
G
 
H
S
 
E
L
 
D
Q
 
Q
M
 
K
G
 
F
G
 
G
R
 
L
P
 
S
S
 
V
A
 
A
F
 
S
G
 
G
V
 
A
P
 
A
E
 
M
S
 
A
E
 
A
V
 
V
P
 
R
A
 
R
V
 
V
L
 
F
D
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
R
 
A
L
 
T
P
 
D
H
 
H
L
 
L
D
 
R
V
 
L
A
 
V
G
 
G
F
 
L
H
|
H
V
 
S
H
|
H
A
 
I
V
 
G
S
 
S
G
 
Q
N
 
I
L
 
F
D
 
D
A
 
V
-
 
D
-
 
G
-
 
F
-
 
E
-
 
L
A
 
A
A
 
A
H
 
H
-
 
R
-
 
V
L
 
I
D
 
G
Y
 
L
V
 
L
R
 
R
W
 
D
C
 
V
L
 
V
-
 
G
E
 
E
F
 
F
A
 
G
-
 
P
E
 
E
R
 
K
T
 
T
A
 
A
A
 
Q
D
 
I
A
 
A
G
 
T
I
 
V
D
 
D
L
 
L
R
 
-
V
 
-
V
 
-
D
 
-
V
 
-
G
 
G
G
|
G
G
|
G
L
 
L
G
 
G
V
 
I
P
 
S
F
 
Y
E
 
L
P
 
P
D
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
S
E
 
D
R
 
D
P
 
P
F
 
P
D
 
P
L
 
I
D
 
A
R
 
E
F
 
L
G
 
A
E
 
A
G
 
K
L
 
L
A
 
G
R
 
T
-
 
I
-
 
V
-
 
S
-
 
D
-
 
E
-
 
S
-
 
T
-
 
A
-
 
V
-
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
T
P
 
P
P
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
K
M
 
L
I
 
V
I
 
V
E
|
E
P
 
P
G
|
G
R
|
R
L
 
A
L
 
I
V
 
A
A
 
G
D
 
P
C
 
G
G
 
T
W
 
I
Y
 
T
A
 
L
A
 
Y
E
 
E
V
 
V
-
 
G
-
 
T
-
 
V
-
 
K
-
 
D
I
 
V
D
 
D
V
 
V
K
 
S
R
 
A
S
 
T
Y
 
A
G
 
H
T
 
R
D
 
R
F
 
Y
V
 
V
V
 
S
L
 
V
R
 
D
G
 
G
G
 
G
I
 
M
H
 
S
H
 
D
F
 
N
A
 
I
L
 
R
P
 
T
T
 
A
S
 
L
W
 
Y
E
 
G
I
 
A
V
 
Q
H
 
Y
N
 
D
F
 
V
A
 
R
V
 
L
V
 
V
A
 
S
G
 
-
P
 
-
T
 
-
S
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
-
K
 
R
G
 
V
V
 
S
D
 
D
T
 
A
A
 
P
G
 
P
R
 
V
P
 
P
V
 
A
T
 
R
V
 
L
V
 
V
G
 
G
E
 
K
L
 
H
C
 
C
T
x
E
P
x
S
E
 
G
D
 
D
T
 
I
L
 
I
A
 
V
R
 
R
D
 
D
I
 
T
T
 
W
V
 
V
-
 
P
G
 
D
P
 
D
V
 
I
R
 
R
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
L
V
 
V
V
 
A
F
 
V
P
 
A
M
 
A
A
 
T
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
C
Y
 
Y
E
 
S
F
 
L
A
 
S

Sites not aligning to the query:

P9WIU7 Diaminopimelate decarboxylase; DAP decarboxylase; DAPDC; EC 4.1.1.20 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 2 papers)
28% identity, 67% coverage: 133:450/476 of query aligns to 90:410/447 of P9WIU7

query
sites
P9WIU7
F
 
L
E
 
D
V
 
V
S
x
C
S
 
T
V
 
G
G
 
G
E
 
E
T
 
-
R
 
-
L
 
L
A
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
L
Y
 
H
G
 
A
R
 
S
V
 
F
A
 
P
P
 
P
A
 
E
R
 
R
S
 
-
P
 
-
Y
 
-
L
 
I
V
 
T
A
 
L
S
 
H
G
 
G
P
 
N
A
 
N
K
 
K
S
 
S
S
 
V
T
 
S
L
 
E
L
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
A
V
 
V
E
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
G
I
 
H
V
 
I
N
 
V
V
 
V
E
 
D
S
 
S
P
 
M
G
 
T
E
 
E
L
 
I
R
 
E
R
 
R
L
 
L
E
 
D
A
 
A
V
 
I
A
 
A
A
 
G
R
 
E
F
 
A
G
 
G
-
 
I
-
 
V
-
 
Q
-
 
D
-
 
V
-
 
L
R
 
V
R
 
R
V
 
L
T
 
T
V
 
V
A
 
G
V
 
V
R
 
E
V
 
A
N
 
H
P
 
T
A
 
H
R
 
E
-
 
F
V
 
I
A
 
S
L
 
T
A
 
A
G
 
H
S
 
E
L
 
D
Q
 
Q
M
 
K
G
 
F
G
 
G
R
 
L
P
 
S
S
 
V
A
 
A
F
 
S
G
 
G
V
 
A
P
 
A
E
 
M
S
 
A
E
 
A
V
 
V
P
 
R
A
 
R
V
 
V
L
 
F
D
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
R
 
A
L
 
T
P
 
D
H
 
H
L
 
L
D
 
R
V
 
L
A
 
V
G
 
G
F
 
L
H
 
H
V
 
S
H
 
H
A
 
I
V
 
G
S
 
S
G
 
Q
N
 
I
L
 
F
D
 
D
A
 
V
-
 
D
-
 
G
-
 
F
-
 
E
-
 
L
A
 
A
A
 
A
H
 
H
-
 
R
-
 
V
L
 
I
D
 
G
Y
 
L
V
 
L
R
 
R
W
 
D
C
 
V
L
 
V
-
 
G
E
 
E
F
 
F
A
 
G
-
 
P
E
 
E
R
 
K
T
 
T
A
 
A
A
 
Q
D
 
I
A
 
A
G
 
T
I
 
V
D
 
D
L
 
L
R
 
-
V
 
-
V
 
-
D
 
-
V
 
-
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
L
G
 
G
V
 
I
P
 
S
F
 
Y
E
 
L
P
 
P
D
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
S
E
 
D
R
 
D
P
 
P
F
 
P
D
 
P
L
 
I
D
 
A
R
 
E
F
 
L
G
 
A
E
 
A
G
 
K
L
 
L
A
 
G
R
 
T
-
 
I
-
 
V
-
 
S
-
 
D
-
 
E
-
 
S
-
 
T
-
 
A
-
 
V
-
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
T
P
 
P
P
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
K
M
 
L
I
 
V
I
 
V
E
|
E
P
|
P
G
|
G
R
|
R
L
 
A
L
 
I
V
 
A
A
 
G
D
 
P
C
 
G
G
 
T
W
 
I
Y
 
T
A
 
L
A
 
Y
E
 
E
V
 
V
-
 
G
-
 
T
-
 
V
-
 
K
-
 
D
I
 
V
D
 
D
V
 
V
K
 
S
R
 
A
S
 
T
Y
 
A
G
 
H
T
 
R
D
 
R
F
 
Y
V
 
V
V
 
S
L
 
V
R
 
D
G
 
G
G
 
G
I
 
M
H
 
S
H
 
D
F
 
N
A
 
I
L
 
R
P
 
T
T
 
A
S
 
L
W
 
Y
E
 
G
I
 
A
V
 
Q
H
 
Y
N
 
D
F
 
V
A
 
R
V
 
L
V
 
V
A
 
S
G
 
-
P
 
-
T
 
-
S
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
-
K
 
R
G
 
V
V
 
S
D
 
D
T
 
A
A
 
P
G
 
P
R
 
V
P
 
P
V
 
A
T
 
R
V
 
L
V
 
V
G
 
G
E
 
K
L
 
H
C
|
C
T
 
E
P
 
S
E
 
G
D
 
D
T
 
I
L
 
I
A
 
V
R
 
R
D
 
D
I
 
T
T
 
W
V
 
V
-
 
P
G
 
D
P
 
D
V
 
I
R
 
R
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
L
V
 
V
V
 
A
F
 
V
P
 
A
M
 
A
A
 
T
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
C
Y
 
Y
E
 
S
F
 
L
A
 
S

Sites not aligning to the query:

7kh2D Structure of n-citrylornithine decarboxylase bound with plp (see paper)
21% identity, 65% coverage: 159:468/476 of query aligns to 103:402/415 of 7kh2D

query
sites
7kh2D
L
 
I
V
 
I
A
 
F
S
 
N
G
 
G
P
 
P
A
 
Y
K
 
K
S
 
N
S
 
D
T
 
A
L
 
S
L
 
L
T
 
I
A
 
K
L
 
A
V
 
L
E
 
Q
A
 
L
G
 
N
V
 
-
S
 
A
I
 
M
V
 
I
N
 
N
V
 
C
E
 
D
S
 
H
P
 
F
G
 
D
E
 
E
L
 
I
R
 
L
R
 
R
L
 
I
E
 
-
A
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
A
R
 
K
F
 
I
G
 
A
R
 
K
R
 
K
V
 
L
T
 
N
V
 
I
A
 
T
V
 
A
R
 
K
V
 
I
N
 
G
P
 
-
A
 
L
R
 
R
V
 
I
A
 
A
L
 
D
A
 
N
G
 
K
S
 
T
L
 
P
Q
 
Q
M
 
N
G
 
W
G
 
S
R
 
R
P
 
F
S
 
G
A
 
F
F
 
A
G
 
L
V
 
T
P
 
D
E
 
Q
S
 
S
E
 
D
V
 
I
P
 
F
A
 
T
V
 
T
L
 
I
D
 
D
L
 
K
A
 
I
R
 
Q
R
 
Q
L
 
I
P
 
A
H
 
N
L
 
I
D
 
Q
V
 
L
A
 
A
G
 
G
F
 
L
H
 
H
V
 
C
H
|
H
A
 
I
V
 
G
S
 
T
G
 
N
N
 
I
L
 
R
D
 
D
A
 
I
A
 
S
A
 
R
H
 
F
L
 
T
D
 
A
Y
 
M
V
 
A
R
 
K
W
 
N
C
 
I
L
 
A
E
 
E
F
 
L
A
 
A
E
 
E
R
 
T
T
 
I
A
 
L
A
 
T
D
 
K
A
 
Y
G
 
K
I
 
L
D
 
T
L
 
L
R
 
E
V
 
W
V
 
I
D
 
D
V
 
L
G
 
G
G
 
G
G
|
G
L
 
L
G
 
A
-
 
G
-
 
I
V
 
S
P
 
P
F
 
T
E
 
L
P
 
S
D
 
D
R
 
K
R
 
R
G
 
L
E
 
Q
-
 
P
-
 
Y
R
 
N
P
 
P
F
 
F
D
 
D
L
 
L
D
 
E
R
 
L
F
 
Y
G
 
A
-
 
A
-
 
T
-
 
I
-
 
I
-
 
A
-
 
P
-
 
L
-
 
K
E
 
E
G
 
Y
L
 
L
A
 
N
R
 
K
L
 
-
P
 
-
V
 
T
P
 
N
P
 
D
G
 
K
V
 
T
R
 
K
M
 
L
I
 
I
I
 
F
E
|
E
P
 
L
G
|
G
R
|
R
L
 
S
L
 
L
V
 
V
A
 
-
D
 
D
C
 
Y
G
 
S
W
 
V
Y
 
A
A
 
L
A
 
L
E
 
T
V
 
T
I
 
I
D
 
V
V
 
G
K
 
T
R
 
R
S
 
E
Y
 
Q
G
 
N
T
 
E
D
 
D
F
 
F
-
 
Q
-
 
S
V
 
L
V
 
I
L
 
T
R
 
D
G
 
A
G
 
G
I
 
I
H
 
H
H
 
-
F
 
-
A
 
T
L
 
I
P
 
P
T
 
T
S
 
I
W
 
S
E
 
T
I
 
Y
V
 
R
H
 
H
N
 
P
F
 
I
A
 
Y
V
 
H
V
 
L
A
 
K
G
 
-
P
 
-
T
 
-
S
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
-
K
 
-
G
 
-
V
 
T
D
 
D
T
 
S
A
 
Y
G
 
H
R
 
K
P
 
K
V
 
T
T
 
L
V
 
L
V
 
L
G
 
G
E
 
P
L
 
S
C
 
C
T
 
M
P
 
Q
E
 
H
D
 
D
T
 
F
L
 
L
A
 
H
R
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
F
V
 
L
G
 
P
P
 
K
V
 
L
R
 
E
P
 
Y
G
 
G
D
 
D
V
 
K
V
 
L
V
 
L
F
 
I
P
 
D
M
 
G
A
 
V
G
 
G
A
 
A
Y
|
Y
G
 
N
Y
 
-
E
 
-
F
 
I
A
 
S
L
 
R
A
 
N
D
 
N
F
 
E
L
 
F
G
 
I
H
 
H
P
 
L
R
 
K
P
 
P
A
 
S
R
 
V
V
 
I
V
 
L
L
 
I
G
 
D
E
 
K
S
 
N

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_011607465.1 NCBI__GCF_000058485.1:WP_011607465.1
MDLPPSAAPLHALPAGRLPLAVLAAVRDRPAGAAEFSAYLYDPTVAARNAAALRGCLPGW
AELCFAVKANGFPPVLDALLRGAAAAGTPADIQLADIRAHGPGAGGGPDPSVGPGASGGP
DPRVCGHGGVDGFEVSSVGETRLALAAYGRVAPARSPYLVASGPAKSSTLLTALVEAGVS
IVNVESPGELRRLEAVAARFGRRVTVAVRVNPARVALAGSLQMGGRPSAFGVPESEVPAV
LDLARRLPHLDVAGFHVHAVSGNLDAAAHLDYVRWCLEFAERTAADAGIDLRVVDVGGGL
GVPFEPDRRGERPFDLDRFGEGLARLPVPPGVRMIIEPGRLLVADCGWYAAEVIDVKRSY
GTDFVVLRGGIHHFALPTSWEIVHNFAVVAGPTSTAAEDKGVDTAGRPVTVVGELCTPED
TLARDITVGPVRPGDVVVFPMAGAYGYEFALADFLGHPRPARVVLGESVDRGPRDA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory