SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011651801.1 NCBI__GCF_000009265.1:WP_011651801.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4z9nB Abc transporter / periplasmic binding protein from brucella ovis with glutathione bound
74% identity, 94% coverage: 23:341/341 of query aligns to 4:324/324 of 4z9nB

query
sites
4z9nB
S
 
H
A
 
A
T
 
D
T
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
D
V
 
V
K
 
K
A
 
A
K
 
K
G
 
G
F
 
F
V
 
L
Q
 
Q
C
 
C
G
 
G
V
 
V
N
|
N
T
|
T
G
 
G
L
 
L
T
 
L
G
 
G
F
 
F
A
 
A
A
 
S
P
 
P
D
 
N
A
 
D
S
 
K
G
 
G
N
 
E
W
 
W
A
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
F
 
Y
C
 
C
K
 
R
A
 
A
V
 
V
A
 
A
S
 
S
A
 
A
V
 
I
F
 
F
G
 
G
D
 
D
P
 
P
T
 
T
K
 
K
V
 
V
K
 
K
Y
 
F
T
 
T
P
 
P
T
 
L
N
|
N
A
|
A
K
 
K
E
 
E
R
|
R
F
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
L
S
 
I
R
|
R
N
|
N
T
|
T
T
|
T
W
 
W
T
 
T
I
 
I
N
 
S
R
|
R
D
 
D
T
 
T
A
 
S
L
 
L
G
 
G
F
 
L
N
 
D
F
 
F
R
 
A
P
 
G
V
 
I
T
 
N
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
F
 
F
M
 
M
V
 
I
-
 
N
-
 
S
R
 
K
K
 
K
G
 
L
L
 
A
N
 
G
V
 
I
K
 
N
S
 
S
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
A
 
A
A
 
S
I
 
I
C
 
C
V
 
V
Q
|
Q
S
 
A
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
T
E
 
E
L
 
L
N
 
N
L
 
M
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
F
 
F
K
 
R
T
 
A
N
 
N
N
 
K
L
 
M
Q
 
E
Y
 
Y
N
 
N
P
 
P
V
 
V
V
 
V
F
 
F
E
 
E
N
 
K
L
x
I
P
 
E
E
 
E
V
 
A
N
 
N
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
D
 
D
A
 
S
G
 
G
R
 
R
C
 
C
D
 
D
V
 
A
Y
 
Y
T
 
T
T
|
T
D
|
D
Q
 
Q
S
 
S
G
 
S
L
 
L
Y
 
Y
S
 
G
L
 
V
R
 
R
L
 
L
T
 
A
L
 
L
K
 
A
N
 
N
P
 
P
D
 
D
E
 
D
H
 
H
I
 
V
I
 
I
L
 
L
P
 
P
E
 
E
I
 
I
I
 
I
S
 
S
K
 
K
E
 
E
P
 
P
L
 
F
G
 
G
P
 
L
A
 
T
V
 
V
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
D
 
D
D
 
A
Q
 
R
W
 
W
F
 
A
D
 
D
I
 
V
V
 
V
S
 
R
W
 
W
T
 
T
A
 
H
Y
 
N
A
 
A
L
 
L
I
 
L
N
 
N
A
 
A
E
 
E
E
 
E
F
 
Y
G
 
G
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
V
 
V
D
 
E
E
 
E
M
 
M
K
 
K
N
 
K
S
 
S
P
 
D
N
 
N
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
R
 
R
F
 
L
L
 
L
G
 
G
S
 
A
E
 
E
T
 
A
D
 
D
T
 
T
K
 
K
I
 
I
G
 
G
T
 
T
D
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
D
N
 
K
D
 
D
W
 
W
A
 
V
A
 
V
N
 
K
V
 
I
I
 
I
K
 
K
G
 
G
V
 
V
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
G
 
G
E
 
E
I
 
I
F
 
F
E
 
E
R
 
R
N
 
N
I
 
I
G
 
G
Q
 
S
G
 
G
S
 
S
P
 
P
L
 
L
K
 
K
I
 
I
A
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
A
L
 
Q
W
 
W
N
 
N
K
 
K
G
 
G
G
 
G
I
 
L
Q
 
Q
Y
 
Y
A
 
G
P
 
I
P
 
P
V
 
V
R
 
R

2v25A Structure of the campylobacter jejuni antigen peb1a, an aspartate and glutamate receptor with bound aspartate (see paper)
30% identity, 61% coverage: 27:234/341 of query aligns to 3:204/231 of 2v25A

query
sites
2v25A
L
 
L
S
 
E
D
 
S
V
 
I
K
 
K
A
 
S
K
 
K
G
 
G
F
 
Q
V
 
L
Q
 
I
C
 
V
G
 
G
V
 
V
N
x
K
T
 
N
G
 
D
L
 
V
T
 
P
G
 
H
F
 
Y
A
 
A
A
 
L
P
 
L
D
 
D
-
 
Q
A
 
A
S
 
T
G
 
G
N
 
E
W
 
I
A
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
E
V
 
V
D
 
D
F
 
V
C
 
A
K
 
K
A
 
L
V
 
L
A
 
A
S
 
K
A
 
S
V
 
I
F
 
L
G
 
G
D
 
D
P
 
D
T
 
K
K
 
K
V
 
I
K
 
K
Y
 
L
T
 
V
P
 
A
T
 
V
N
 
N
A
 
A
K
 
K
E
 
T
R
|
R
F
 
G
T
 
P
A
 
L
L
 
L
Q
 
D
S
 
N
G
 
G
E
 
S
I
 
V
D
 
D
V
 
A
L
 
V
S
 
I
R
 
-
N
 
-
T
 
A
T
|
T
W
 
F
T
|
T
I
 
I
N
 
T
R
 
P
D
 
E
T
x
R
A
 
K
L
 
R
G
 
I
F
 
Y
N
 
N
F
 
F
R
 
S
P
 
E
V
 
P
T
 
Y
Y
 
Y
Y
 
Q
D
 
D
G
 
A
Q
 
I
G
 
G
F
 
L
M
 
L
V
 
V
R
 
L
K
 
K
G
 
E
L
 
K
N
 
K
V
 
Y
K
 
K
S
 
S
A
 
L
L
 
A
E
 
D
L
 
M
S
 
K
G
 
G
A
 
A
A
 
N
I
 
I
C
 
G
V
 
V
Q
 
A
S
 
Q
G
 
A
T
x
A
T
|
T
T
 
T
E
 
K
L
 
K
N
 
A
L
 
I
A
 
G
D
 
E
Y
 
A
F
 
A
K
 
K
T
 
K
N
 
I
N
 
G
L
 
I
Q
 
D
Y
 
V
N
 
K
P
 
F
V
 
S
V
 
E
F
 
F
E
 
P
N
 
D
L
x
Y
P
 
P
E
 
S
V
 
I
N
 
K
A
 
A
A
 
A
Y
 
L
D
 
D
A
 
A
G
 
K
R
 
R
C
 
V
D
 
D
V
 
A
Y
 
F
T
 
S
T
 
V
D
|
D
Q
 
K
S
 
S
G
x
I
L
 
L
Y
 
L
S
 
G
L
 
Y
R
 
V
L
 
-
T
 
-
L
 
-
K
 
-
N
 
-
P
 
D
D
 
D
E
 
K
H
 
S
I
 
E
I
 
I
L
 
L
P
 
P
E
 
D
I
 
S
I
 
F
S
 
E
K
 
P
E
 
Q
P
 
S
L
 
Y
G
 
G
P
 
I
A
 
V
V
 
T
R
 
K
Q
 
K
G
 
D
D
 
D

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
30% identity, 62% coverage: 33:242/341 of query aligns to 3:205/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
K
 
R
G
 
G
F
 
T
V
 
L
Q
 
R
C
 
V
G
 
G
V
 
T
N
x
E
T
 
A
G
 
T
L
x
F
T
 
P
G
 
P
F
 
F
A
 
G
A
 
F
P
 
K
D
 
D
A
 
E
S
 
N
G
 
G
N
 
K
W
 
L
A
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
F
 
L
C
 
A
K
 
K
A
 
A
V
 
I
A
 
A
S
 
K
A
 
K
V
 
L
F
 
-
G
 
-
D
 
-
P
 
G
T
 
V
K
 
K
V
 
V
K
 
E
Y
 
F
T
 
K
P
 
P
T
 
M
N
 
D
A
x
F
K
 
D
E
 
G
R
 
I
F
 
I
T
 
P
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
I
D
 
D
V
 
V
L
 
V
S
 
I
R
x
A
N
x
G
T
x
M
T
|
T
W
 
I
T
 
T
I
 
E
N
 
E
R
|
R
D
 
K
T
 
K
A
 
Q
L
 
V
G
 
-
F
 
-
N
 
D
F
 
F
R
 
S
P
 
D
V
 
P
T
 
Y
Y
 
F
Y
 
E
D
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
A
F
 
I
M
 
V
V
 
V
R
 
K
K
 
K
G
 
G
L
 
N
N
 
D
-
 
S
V
 
I
K
 
K
S
 
S
A
 
L
L
 
E
E
 
D
L
 
L
S
 
K
G
 
G
A
 
K
A
 
K
I
 
V
C
 
G
V
 
V
Q
|
Q
S
 
L
G
 
G
T
x
S
T
|
T
T
 
S
E
 
E
L
 
Q
N
 
H
L
 
V
A
 
K
D
 
K
Y
 
V
F
 
A
K
 
K
T
 
D
N
 
A
N
 
G
L
 
V
Q
 
K
Y
 
V
N
 
K
P
 
K
V
 
-
V
 
-
F
 
F
E
 
D
N
 
N
L
 
F
P
 
S
E
 
E
V
 
A
N
 
F
A
 
Q
A
 
E
Y
 
L
D
 
K
A
 
S
G
 
G
R
 
R
C
 
V
D
 
D
V
 
A
Y
 
V
T
 
V
T
 
T
D
|
D
Q
 
N
S
 
A
G
 
-
L
 
-
Y
 
V
S
 
A
L
 
L
R
 
A
L
 
Y
T
 
V
L
 
K
K
 
Q
N
 
N
P
 
P
D
 
N
E
 
A
H
 
G
I
 
V
-
 
K
I
 
I
L
 
V
P
 
G
E
 
E
I
 
T
I
 
F
S
 
S
K
 
G
E
 
E
P
 
P
L
 
Y
G
 
G
P
 
I
A
 
A
V
 
V
R
 
R
Q
 
K
G
 
G
D
 
N
D
 
S
Q
 
E
W
 
L
F
 
L
D
 
E
I
 
K
V
 
I
S
 
N

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
30% identity, 62% coverage: 33:242/341 of query aligns to 3:203/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
K
 
R
G
 
G
F
 
T
V
 
L
Q
 
R
C
 
V
G
 
G
V
 
T
N
x
E
T
 
A
G
 
T
L
x
F
T
 
P
G
 
P
F
 
F
A
 
G
A
 
F
P
 
K
D
 
D
A
 
E
S
 
N
G
 
G
N
 
K
W
 
L
A
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
F
 
L
C
 
A
K
 
K
A
 
A
V
 
I
A
 
A
S
 
K
A
 
K
V
 
L
F
 
-
G
 
-
D
 
-
P
 
G
T
 
V
K
 
K
V
 
V
K
 
E
Y
 
F
T
 
K
P
 
P
T
 
M
N
 
D
A
x
F
K
 
D
E
 
G
R
 
I
F
 
I
T
 
P
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
I
D
 
D
V
 
V
L
 
V
S
 
I
R
 
A
N
x
G
T
x
M
T
|
T
W
 
I
T
 
T
I
 
E
N
 
E
R
|
R
D
 
K
T
 
K
A
 
Q
L
 
V
G
 
D
F
 
F
N
 
S
F
 
-
R
 
D
P
 
P
V
 
-
T
 
-
Y
 
Y
Y
 
F
D
 
E
-
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
A
F
 
I
M
 
V
V
 
V
R
 
K
K
 
K
G
 
G
L
 
N
N
 
D
-
 
S
V
 
I
K
 
K
S
 
S
A
 
L
L
 
E
E
 
D
L
 
L
S
 
K
G
 
G
A
 
K
A
 
K
I
 
V
C
 
G
V
 
V
Q
 
Q
S
 
L
G
 
G
T
x
S
T
|
T
T
 
S
E
 
E
L
 
Q
N
 
H
L
 
V
A
 
K
D
 
K
Y
 
V
F
 
A
K
 
A
T
 
G
N
 
V
N
 
K
L
 
V
Q
 
K
Y
 
K
N
 
-
P
 
-
V
 
-
V
 
-
F
 
F
E
 
D
N
 
N
L
 
F
P
 
S
E
 
E
V
 
A
N
 
F
A
 
Q
A
 
E
Y
 
L
D
 
K
A
 
S
G
 
G
R
 
R
C
 
V
D
 
D
V
 
A
Y
 
V
T
 
V
T
 
T
D
|
D
Q
 
N
S
 
A
G
 
-
L
 
-
Y
 
V
S
 
A
L
 
L
R
 
A
L
 
Y
T
 
V
L
 
K
K
 
Q
N
 
N
P
 
P
D
 
N
E
 
A
H
 
G
I
 
V
-
 
K
I
 
I
L
 
V
P
 
G
E
 
E
I
 
T
I
 
F
S
 
S
K
 
G
E
 
E
P
 
P
L
 
Y
G
 
G
P
 
I
A
 
A
V
 
V
R
 
R
Q
 
K
G
 
G
D
 
N
D
 
S
Q
 
E
W
 
L
F
 
L
D
 
E
I
 
K
V
 
I
S
 
N

5t0wA Crystal structure of the ancestral amino acid-binding protein anccdt- 1, a precursor of cyclohexadienyl dehydratase
28% identity, 64% coverage: 25:242/341 of query aligns to 1:208/229 of 5t0wA

query
sites
5t0wA
T
 
S
T
 
T
L
 
L
S
 
D
D
 
E
V
 
I
K
 
M
A
 
K
K
 
R
G
 
G
F
 
T
V
 
L
Q
 
R
C
 
V
G
 
G
V
 
T
N
x
D
T
 
A
G
 
D
L
x
Y
T
 
K
G
 
P
F
 
F
A
 
S
A
 
F
P
 
K
D
 
D
A
 
K
S
 
N
G
 
G
N
 
Q
W
 
Y
A
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
F
 
L
C
 
A
K
 
K
A
 
A
V
 
L
A
 
A
S
 
K
A
 
E
V
 
L
F
 
-
G
 
-
D
 
-
P
 
G
T
 
V
K
 
K
V
 
V
K
 
E
Y
 
F
T
 
V
P
 
P
T
 
T
N
 
T
A
x
W
K
 
D
E
 
G
R
 
I
F
 
I
T
 
P
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
T
G
 
G
E
 
K
I
 
F
D
 
D
V
 
I
L
 
V
S
 
M
R
x
S
N
x
G
T
x
M
T
|
T
W
 
I
T
 
T
I
 
P
N
 
E
R
|
R
D
 
K
T
 
K
A
 
K
L
 
V
G
 
D
F
 
F
N
 
S
F
 
D
R
 
P
P
 
Y
V
 
M
T
 
T
Y
 
A
Y
 
-
D
 
-
G
 
G
Q
 
Q
G
 
T
F
 
I
M
 
L
V
 
V
R
 
K
K
 
K
-
 
D
-
 
N
G
 
A
L
 
D
N
 
K
V
 
I
K
 
K
S
 
S
A
 
F
L
 
E
E
 
D
L
 
L
S
 
N
-
 
K
-
 
P
G
 
D
A
 
V
A
 
K
I
 
V
C
 
A
V
 
V
Q
|
Q
S
 
L
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
S
E
 
E
L
 
Q
N
 
A
L
 
A
A
 
K
D
 
E
Y
 
F
F
 
L
K
 
P
T
 
K
N
 
A
N
 
K
L
 
I
Q
 
R
Y
 
-
N
 
-
P
 
-
V
 
-
V
 
T
F
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
N
P
 
A
E
 
E
V
 
A
N
 
F
A
 
Q
A
 
E
Y
 
V
D
 
V
A
 
S
G
 
G
R
 
R
C
 
A
D
 
D
V
 
A
Y
 
M
T
 
V
T
 
T
D
|
D
Q
 
S
S
 
P
-
 
V
G
 
A
L
 
A
Y
 
Y
S
 
Y
L
 
A
R
 
K
L
 
L
T
 
A
L
 
V
K
 
-
N
 
-
P
 
-
D
 
-
E
 
-
H
 
-
I
 
V
I
 
V
L
 
V
P
 
D
E
 
E
I
 
P
I
 
F
S
 
T
K
 
H
E
 
E
P
 
P
L
 
L
G
 
G
P
 
F
A
 
A
V
 
I
R
 
R
Q
 
K
G
 
G
D
 
D
D
 
P
Q
 
E
W
 
L
F
 
L
D
 
N
I
 
W
V
 
V
S
 
N

6h20A Glnh bound to asn, mycobacterium tuberculosis (see paper)
27% identity, 63% coverage: 12:227/341 of query aligns to 29:236/287 of 6h20A

query
sites
6h20A
A
 
A
A
 
S
V
 
L
L
 
R
A
 
P
V
 
F
G
 
A
A
 
T
S
 
K
A
 
A
A
 
E
S
 
A
A
 
D
T
 
A
T
 
A
L
 
V
S
 
A
D
 
D
V
 
I
K
 
R
A
 
A
K
 
R
G
 
G
F
 
R
V
 
L
Q
 
I
C
 
V
G
 
G
V
 
L
N
 
D
T
 
I
G
 
G
L
 
S
T
 
N
G
 
L
F
 
F
A
 
S
A
 
F
P
 
R
D
 
D
A
 
P
-
 
I
S
 
T
G
 
G
N
 
E
W
 
I
A
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
F
 
I
C
 
A
K
 
G
A
 
E
V
 
V
A
 
A
S
 
R
A
 
D
V
 
I
F
 
F
G
 
G
D
 
V
P
 
P
T
 
S
K
 
H
V
 
V
K
 
E
Y
 
Y
T
 
R
P
 
I
T
 
L
N
 
S
A
 
A
K
 
A
E
 
E
R
|
R
F
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
K
G
 
S
E
 
Q
I
 
V
D
 
D
V
 
I
L
 
V
S
 
V
R
 
K
N
x
T
T
 
M
T
x
S
W
 
I
T
 
T
I
 
C
N
 
E
R
|
R
D
 
R
T
 
K
A
 
L
L
 
V
G
 
N
F
 
F
N
 
S
F
 
-
R
 
-
P
 
-
V
 
T
T
 
V
Y
 
Y
Y
 
L
D
 
D
G
 
A
-
 
N
Q
 
Q
G
 
R
F
 
I
M
 
L
V
 
A
R
 
P
K
 
R
G
 
D
L
 
S
N
 
P
V
 
I
K
 
T
S
 
K
A
 
V
L
 
S
E
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
G
A
 
K
A
 
R
I
 
V
C
 
C
V
 
V
Q
 
A
S
 
R
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
S
E
 
-
L
 
-
N
 
-
L
 
-
A
 
-
D
 
-
Y
 
L
F
 
R
K
 
R
T
 
I
N
 
R
N
 
E
L
 
I
Q
 
A
Y
 
P
N
 
P
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
V
E
 
S
-
 
V
-
 
V
N
 
N
L
x
W
P
 
A
E
 
D
V
 
C
N
 
L
A
 
V
A
 
A
Y
 
L
D
 
Q
A
 
Q
G
 
R
R
 
E
C
 
I
D
 
D
V
 
A
Y
 
V
T
 
S
T
 
T
D
|
D
Q
 
D
S
 
T
G
 
I
L
 
L
Y
 
A
S
 
G
L
 
-
R
 
-
L
 
L
T
 
V
L
 
E
K
 
E
N
 
D
P
 
P
D
 
Y
E
 
L
H
 
H
I
 
I
I
 
V
L
 
G
P
 
P
E
 
D
I
 
-
I
 
M
S
 
A
K
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
Y
G
 
G

6h1uA Glnh bound to asp, mycobacterium tuberculosis (see paper)
27% identity, 63% coverage: 12:227/341 of query aligns to 29:236/287 of 6h1uA

query
sites
6h1uA
A
 
A
A
 
S
V
 
L
L
 
R
A
 
P
V
 
F
G
 
A
A
 
T
S
 
K
A
 
A
A
 
E
S
 
A
A
 
D
T
 
A
T
 
A
L
 
V
S
 
A
D
 
D
V
 
I
K
 
R
A
 
A
K
 
R
G
 
G
F
 
R
V
 
L
Q
 
I
C
 
V
G
 
G
V
 
L
N
 
D
T
 
I
G
 
G
L
 
S
T
 
N
G
 
L
F
 
F
A
 
S
A
 
F
P
 
R
D
 
D
A
 
P
-
 
I
S
 
T
G
 
G
N
 
E
W
 
I
A
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
F
 
I
C
 
A
K
 
G
A
 
E
V
 
V
A
 
A
S
 
R
A
 
D
V
 
I
F
 
F
G
 
G
D
 
V
P
 
P
T
 
S
K
 
H
V
 
V
K
 
E
Y
 
Y
T
 
R
P
 
I
T
 
L
N
 
S
A
 
A
K
 
A
E
 
E
R
|
R
F
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
K
G
 
S
E
 
Q
I
 
V
D
 
D
V
 
I
L
 
V
S
 
V
R
 
K
N
x
T
T
 
M
T
x
S
W
 
I
T
 
T
I
 
C
N
 
E
R
|
R
D
 
R
T
 
K
A
 
L
L
 
V
G
 
N
F
 
F
N
 
S
F
 
-
R
 
-
P
 
-
V
 
T
T
 
V
Y
 
Y
Y
 
L
D
 
D
G
 
A
-
 
N
Q
 
Q
G
 
R
F
 
I
M
 
L
V
 
A
R
 
P
K
 
R
G
 
D
L
 
S
N
 
P
V
 
I
K
 
T
S
 
K
A
 
V
L
 
S
E
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
G
A
 
K
A
 
R
I
 
V
C
 
C
V
 
V
Q
 
A
S
 
R
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
S
E
 
-
L
 
-
N
 
-
L
 
-
A
 
-
D
 
-
Y
 
L
F
 
R
K
 
R
T
 
I
N
 
R
N
 
E
L
 
I
Q
 
A
Y
 
P
N
 
P
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
V
E
 
S
-
 
V
-
 
V
N
 
N
L
x
W
P
 
A
E
 
D
V
 
C
N
 
L
A
 
V
A
 
A
Y
 
L
D
 
Q
A
 
Q
G
 
R
R
 
E
C
 
I
D
 
D
V
 
A
Y
 
V
T
 
S
T
 
T
D
|
D
Q
 
D
S
 
T
G
x
I
L
 
L
Y
 
A
S
 
G
L
 
-
R
 
-
L
 
L
T
 
V
L
 
E
K
 
E
N
 
D
P
 
P
D
 
Y
E
 
L
H
 
H
I
 
I
I
 
V
L
 
G
P
 
P
E
 
D
I
 
-
I
 
M
S
 
A
K
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
Y
G
 
G

6h2tA Glnh bound to glu, mycobacterium tuberculosis (see paper)
27% identity, 63% coverage: 12:227/341 of query aligns to 30:237/288 of 6h2tA

query
sites
6h2tA
A
 
A
A
 
S
V
 
L
L
 
R
A
 
P
V
 
F
G
 
A
A
 
T
S
 
K
A
 
A
A
 
E
S
 
A
A
 
D
T
 
A
T
 
A
L
 
V
S
 
A
D
 
D
V
 
I
K
 
R
A
 
A
K
 
R
G
 
G
F
 
R
V
 
L
Q
 
I
C
 
V
G
 
G
V
 
L
N
 
D
T
 
I
G
 
G
L
 
S
T
 
N
G
 
L
F
 
F
A
 
S
A
 
F
P
 
R
D
 
D
A
 
P
-
 
I
S
 
T
G
 
G
N
 
E
W
 
I
A
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
F
 
I
C
 
A
K
 
G
A
 
E
V
 
V
A
 
A
S
 
R
A
 
D
V
 
I
F
 
F
G
 
G
D
 
V
P
 
P
T
 
S
K
 
H
V
 
V
K
 
E
Y
 
Y
T
 
R
P
 
I
T
 
L
N
 
S
A
 
A
K
 
A
E
 
E
R
|
R
F
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
K
G
 
S
E
 
Q
I
 
V
D
 
D
V
 
I
L
 
V
S
 
V
R
 
K
N
x
T
T
 
M
T
x
S
W
 
I
T
 
T
I
 
C
N
 
E
R
|
R
D
 
R
T
 
K
A
 
L
L
 
V
G
 
N
F
 
F
N
 
S
F
 
-
R
 
-
P
 
-
V
 
T
T
 
V
Y
 
Y
Y
 
L
D
 
D
G
 
A
-
 
N
Q
 
Q
G
 
R
F
 
I
M
 
L
V
 
A
R
 
P
K
 
R
G
 
D
L
 
S
N
 
P
V
 
I
K
 
T
S
 
K
A
 
V
L
 
S
E
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
G
A
 
K
A
 
R
I
 
V
C
 
C
V
 
V
Q
 
A
S
 
R
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
S
E
 
-
L
 
-
N
 
-
L
 
-
A
 
-
D
 
-
Y
 
L
F
 
R
K
 
R
T
 
I
N
 
R
N
 
E
L
 
I
Q
 
A
Y
 
P
N
 
P
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
V
E
 
S
-
 
V
-
 
V
N
 
N
L
x
W
P
 
A
E
 
D
V
 
C
N
 
L
A
 
V
A
 
A
Y
 
L
D
 
Q
A
 
Q
G
 
R
R
 
E
C
 
I
D
 
D
V
 
A
Y
 
V
T
 
S
T
 
T
D
|
D
Q
 
D
S
 
T
G
 
I
L
 
L
Y
 
A
S
 
G
L
 
-
R
 
-
L
 
L
T
 
V
L
 
E
K
 
E
N
 
D
P
 
P
D
 
Y
E
 
L
H
 
H
I
 
I
I
 
V
L
 
G
P
 
P
E
 
D
I
 
-
I
 
M
S
 
A
K
 
D
E
 
Q
P
 
P
L
 
Y
G
 
G

1xt8B Crystal structure of cysteine-binding protein from campylobacter jejuni at 2.0 a resolution (see paper)
26% identity, 65% coverage: 21:242/341 of query aligns to 1:214/251 of 1xt8B

query
sites
1xt8B
A
 
S
A
 
K
S
 
T
A
 
L
T
 
N
T
 
S
L
 
L
S
 
D
D
 
K
V
 
I
K
 
K
A
 
Q
K
 
N
G
 
G
F
 
V
V
 
V
Q
 
R
C
 
I
G
 
G
V
 
V
N
x
F
T
 
G
G
 
D
L
x
K
T
 
P
G
 
P
F
 
F
A
 
G
A
 
Y
P
 
V
D
 
D
A
 
E
S
 
K
G
 
G
N
 
N
W
 
N
A
 
Q
G
 
G
F
 
Y
D
 
D
V
 
I
D
 
A
F
 
L
C
 
A
K
 
K
A
 
R
V
 
I
A
 
A
S
 
K
A
 
E
V
 
L
F
 
F
G
 
G
D
 
D
P
 
E
T
 
N
K
 
K
V
 
V
K
 
Q
Y
 
F
T
 
V
P
 
L
T
 
V
N
 
E
A
 
A
K
 
A
E
 
N
R
|
R
F
 
V
T
 
E
A
 
F
L
 
L
Q
 
K
S
 
S
G
 
N
E
 
K
I
 
V
D
 
D
V
 
I
L
 
I
S
 
L
R
 
A
N
|
N
T
 
F
T
|
T
W
 
Q
T
 
T
I
 
P
N
 
Q
R
|
R
D
 
A
T
 
E
A
 
Q
L
 
V
G
 
D
F
 
F
N
 
-
F
 
C
R
 
S
P
 
P
V
 
Y
T
 
M
Y
 
K
Y
 
V
D
 
-
G
 
A
Q
 
L
G
 
G
F
 
V
M
 
A
V
 
V
R
 
P
K
 
K
G
 
D
L
 
S
N
 
N
V
 
I
K
 
T
S
 
S
A
 
V
L
 
E
E
 
D
L
 
L
S
 
K
G
 
D
A
 
K
A
 
T
I
 
L
C
 
L
V
 
L
Q
 
N
S
 
K
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
A
E
 
D
L
 
A
N
 
-
L
 
-
A
 
-
D
 
-
Y
 
Y
F
 
F
K
 
T
T
 
Q
N
 
N
N
 
Y
L
 
P
Q
 
N
Y
 
I
N
 
K
P
 
T
V
 
L
V
 
K
F
 
Y
E
 
D
N
 
Q
L
 
N
P
 
T
E
 
E
V
 
T
N
 
F
A
 
A
A
 
A
Y
 
L
D
 
M
A
 
D
G
 
K
R
 
R
C
 
G
D
 
D
V
 
A
Y
 
L
T
 
S
T
x
H
D
|
D
Q
 
N
S
 
T
G
 
L
L
 
L
Y
 
F
S
 
A
L
 
-
R
 
-
L
 
W
T
 
V
L
 
K
K
 
D
N
 
H
P
 
P
D
 
D
E
 
F
H
 
K
I
 
M
I
 
G
L
 
I
P
 
K
E
 
E
I
 
L
I
 
G
S
 
N
K
 
K
E
 
D
P
 
V
L
 
I
G
 
A
P
 
P
A
 
A
V
 
V
R
 
K
Q
 
K
G
 
G
D
 
D
D
 
K
Q
 
E
W
 
L
F
 
K
D
 
E
I
 
F
V
 
I
S
 
D

5eyfB Crystal structure of solute-binding protein from enterococcus faecium with bound glutamate
28% identity, 54% coverage: 58:242/341 of query aligns to 38:214/243 of 5eyfB

query
sites
5eyfB
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
F
 
I
C
 
A
K
 
K
A
 
A
V
 
I
A
 
T
S
 
K
A
 
K
V
 
I
F
 
L
G
 
G
D
 
D
P
 
N
T
 
G
K
 
K
V
 
T
K
 
E
Y
 
F
T
 
V
P
 
E
T
 
V
N
 
T
A
x
S
K
 
K
E
 
T
R
|
R
F
 
I
T
 
P
A
 
L
L
 
L
Q
 
K
S
 
N
G
 
G
E
 
N
I
 
I
D
 
D
V
 
A
L
 
I
S
 
I
R
 
-
N
 
-
T
 
A
T
|
T
W
x
M
T
|
T
I
 
I
N
 
T
R
 
D
D
 
E
T
x
R
A
 
K
L
 
K
G
 
Q
F
 
V
N
 
D
F
 
F
R
 
S
P
 
D
V
 
V
T
 
Y
Y
 
F
Y
 
D
D
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
A
F
 
L
M
 
L
V
 
V
R
 
K
K
 
K
G
 
G
L
 
S
N
 
Q
V
 
I
K
 
K
S
 
S
A
 
V
L
 
D
E
 
D
L
 
L
S
 
N
G
 
A
A
 
S
-
 
T
A
 
T
I
 
V
C
 
L
V
 
A
Q
 
V
S
 
K
G
 
G
T
x
S
T
|
T
T
 
S
E
 
A
L
 
A
N
 
N
L
 
I
A
 
R
D
 
Q
Y
 
H
F
 
A
K
 
P
T
 
D
N
 
A
N
 
K
L
 
I
Q
 
-
Y
 
-
N
 
-
P
 
-
V
 
L
V
 
E
F
 
L
E
 
E
N
 
N
L
x
Y
P
 
A
E
 
E
V
 
A
N
 
F
A
 
T
A
 
A
Y
 
L
D
 
Q
A
 
S
G
 
G
R
 
Q
C
 
G
D
 
D
V
 
A
Y
 
M
T
 
T
T
 
T
D
|
D
Q
 
N
S
 
A
G
 
I
L
 
L
Y
 
-
S
 
-
L
 
L
R
 
G
L
 
I
T
 
A
L
 
D
K
 
E
N
 
N
P
 
P
D
 
-
E
 
E
H
 
Y
I
 
E
I
 
L
L
 
V
P
 
G
E
 
G
I
 
T
I
 
F
S
 
T
K
 
N
E
 
E
P
 
P
L
 
Y
G
 
G
P
 
I
A
 
A
V
 
I
R
 
N
Q
 
K
G
 
G
D
 
Q
D
 
E
Q
 
N
W
 
F
F
 
L
D
 
K
I
 
A
V
 
V
S
 
N

2ia4B Crystal structure of novel amino acid binding protein from shigella flexneri
24% identity, 66% coverage: 19:244/341 of query aligns to 1:228/278 of 2ia4B

query
sites
2ia4B
A
 
A
S
 
A
A
 
P
A
 
A
S
 
A
A
 
G
T
 
S
T
 
T
L
 
L
S
 
D
D
 
K
V
 
I
K
 
A
A
 
K
K
 
N
G
 
G
F
 
V
V
 
I
Q
 
V
C
 
V
G
 
G
V
 
H
N
x
R
T
 
E
G
 
S
L
 
S
T
 
V
G
 
P
F
 
F
A
 
S
A
 
Y
P
 
Y
D
 
D
A
 
N
S
 
Q
G
 
Q
N
 
K
W
 
V
A
 
V
G
 
G
F
 
Y
D
 
S
V
 
Q
D
 
D
F
 
Y
C
 
S
K
 
N
A
 
A
V
 
I
A
 
V
S
 
E
A
 
A
V
 
V
F
 
K
G
 
K
D
 
K
P
 
L
T
 
N
K
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
L
-
 
Q
V
 
V
K
 
K
Y
 
L
T
 
I
P
 
P
T
 
I
N
 
T
A
x
S
K
 
Q
E
 
N
R
|
R
F
 
I
T
 
P
A
 
L
L
 
L
Q
 
Q
S
 
N
G
 
G
E
 
T
I
 
F
D
 
D
V
 
F
L
 
E
S
 
C
R
 
G
N
x
S
T
|
T
T
|
T
W
 
N
T
 
N
I
 
V
N
 
E
R
|
R
D
 
Q
T
 
K
A
 
Q
L
 
A
G
 
A
F
 
F
N
 
S
F
 
-
R
 
-
P
 
D
V
 
T
T
 
I
Y
 
F
Y
 
V
D
 
V
G
 
G
Q
 
T
G
 
R
F
 
L
M
 
L
V
 
T
R
 
K
K
 
K
G
 
G
L
 
G
N
 
D
V
 
I
K
 
K
S
 
D
A
 
F
L
 
A
E
 
D
L
 
L
S
 
K
G
 
G
A
 
K
A
 
A
I
 
V
C
 
V
V
 
V
Q
 
T
S
 
S
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
S
E
 
E
L
 
V
N
 
L
L
 
L
A
 
N
D
 
K
Y
 
L
F
 
N
K
 
E
T
 
E
N
 
Q
N
 
K
L
 
M
Q
 
N
Y
 
M
N
 
R
P
 
I
V
 
I
V
 
S
F
 
A
E
 
K
N
 
D
L
x
H
P
 
G
E
 
D
V
 
S
N
 
F
A
 
R
A
 
T
Y
 
L
D
 
E
A
 
S
G
 
G
R
 
R
C
 
A
D
 
V
V
 
A
Y
 
F
T
 
M
T
x
M
D
|
D
Q
 
D
S
 
A
G
 
L
L
 
L
Y
 
A
S
 
G
L
 
E
R
 
R
L
 
A
T
 
K
L
 
A
K
 
K
N
 
K
P
 
P
D
 
D
E
 
N
H
 
W
I
 
D
I
 
I
L
 
V
P
 
G
E
 
K
I
 
P
I
 
Q
S
 
S
K
 
Q
E
 
E
P
 
A
L
 
Y
G
 
G
P
 
C
A
 
M
V
 
L
R
 
R
Q
 
K
G
 
D
D
 
D
D
 
P
Q
 
Q
W
 
F
F
 
K
D
 
K
I
 
L
V
 
M
S
 
D
W
 
D
T
 
T

2yjpA Crystal structure of the solute receptors for l-cysteine of neisseria gonorrhoeae (see paper)
26% identity, 65% coverage: 24:244/341 of query aligns to 1:210/247 of 2yjpA

query
sites
2yjpA
A
 
A
T
 
A
T
 
T
L
 
V
S
 
A
D
 
A
V
 
I
K
 
K
A
 
E
K
 
K
G
 
G
F
 
V
V
 
I
Q
 
R
C
 
I
G
 
G
V
 
V
N
x
F
T
 
G
G
 
D
L
x
K
T
 
P
G
 
P
F
 
F
A
 
G
A
 
Y
P
 
V
D
 
D
A
 
A
S
 
N
G
 
G
N
 
K
W
 
N
A
 
Q
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
E
F
 
I
C
 
A
K
 
K
A
 
D
V
 
L
A
 
A
S
 
K
A
 
D
V
 
L
F
 
L
G
 
G
D
 
S
P
 
P
T
 
D
K
 
K
V
 
V
K
 
E
Y
 
F
T
 
V
P
 
L
T
 
T
N
x
E
A
 
A
K
 
A
E
 
N
R
|
R
F
 
V
T
 
E
A
 
Y
L
 
V
Q
 
R
S
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
V
D
 
D
V
 
L
L
 
I
S
 
L
R
 
A
N
|
N
T
x
F
T
|
T
W
 
Q
T
 
T
I
 
P
N
 
E
R
|
R
D
 
A
T
 
E
A
 
A
L
 
V
G
 
-
F
 
-
N
 
D
F
 
F
R
 
A
P
 
D
V
 
P
T
 
Y
Y
 
M
Y
 
K
D
 
V
G
 
A
Q
 
L
G
 
G
F
 
V
M
 
V
V
 
S
R
 
P
K
 
K
G
 
N
L
 
K
N
 
P
V
 
I
K
 
T
S
 
D
A
 
M
L
 
A
E
 
Q
L
 
L
S
 
K
G
 
D
A
 
Q
A
 
T
I
 
L
C
 
L
V
 
V
Q
 
N
S
 
K
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
A
E
 
D
L
 
A
N
 
-
L
 
-
A
 
-
D
 
-
Y
 
F
F
 
F
K
 
T
T
 
K
N
 
S
N
x
H
L
 
P
Q
x
E
Y
 
V
N
 
K
P
 
L
V
 
L
V
 
K
F
 
F
E
x
D
N
 
Q
L
 
N
P
 
T
E
 
E
V
 
T
N
 
F
A
 
D
A
 
A
Y
 
L
D
 
K
A
 
D
G
 
G
R
 
R
C
 
G
D
 
V
V
 
A
Y
 
L
T
 
A
T
x
H
D
|
D
Q
 
N
S
 
A
G
 
L
L
 
L
Y
 
W
S
 
A
L
 
-
R
 
-
L
 
W
T
 
A
L
 
K
K
 
E
N
 
N
P
 
P
D
 
N
E
 
F
H
 
E
I
 
V
I
 
A
L
 
I
P
 
G
E
 
N
I
 
L
I
 
G
S
 
P
K
 
A
E
 
E
P
 
F
L
 
I
G
 
A
P
 
P
A
 
A
V
 
V
R
 
Q
Q
 
K
G
 
G
D
 
N
D
 
-
Q
 
-
W
 
-
F
 
A
D
 
D
I
 
L
V
 
L
S
 
N
W
 
W
T
 
V

2vhaA Debp (see paper)
24% identity, 65% coverage: 22:244/341 of query aligns to 3:227/276 of 2vhaA

query
sites
2vhaA
A
 
A
S
 
A
A
 
G
T
 
S
T
 
T
L
 
L
S
 
D
D
 
K
V
 
I
K
 
A
A
 
K
K
 
N
G
 
G
F
 
V
V
 
I
Q
 
V
C
 
V
G
 
G
V
 
H
N
x
R
T
 
E
G
 
S
L
 
S
T
 
V
G
 
P
F
 
F
A
 
S
A
 
Y
P
 
Y
D
 
D
A
 
N
S
 
Q
G
 
Q
N
 
K
W
 
V
A
 
V
G
 
G
F
 
Y
D
 
S
V
 
Q
D
 
D
F
 
Y
C
 
S
K
 
N
A
 
A
V
 
I
A
 
V
S
 
E
A
 
A
V
 
V
F
 
K
G
 
K
D
 
K
P
 
L
T
 
N
K
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
L
-
 
Q
V
 
V
K
 
K
Y
 
L
T
 
I
P
 
P
T
 
I
N
 
T
A
x
S
K
 
Q
E
 
N
R
|
R
F
 
I
T
 
P
A
 
L
L
 
L
Q
 
Q
S
 
N
G
 
G
E
 
T
I
 
F
D
 
D
V
 
F
L
 
E
S
 
C
R
 
G
N
x
S
T
|
T
T
|
T
W
 
N
T
 
N
I
 
V
N
 
E
R
|
R
D
 
Q
T
 
K
A
 
Q
L
 
A
G
 
A
F
 
F
N
 
S
F
 
-
R
 
-
P
 
D
V
 
T
T
 
I
Y
 
F
Y
 
V
D
 
V
G
 
G
Q
 
T
G
 
R
F
 
L
M
 
L
V
 
T
R
 
K
K
 
K
G
 
G
L
 
G
N
 
D
V
 
I
K
 
K
S
 
D
A
 
F
L
 
A
E
 
D
L
 
L
S
 
K
G
 
G
A
 
K
A
 
A
I
 
V
C
 
V
V
 
V
Q
 
T
S
 
S
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
S
E
 
E
L
 
V
N
 
L
L
 
L
A
 
N
D
 
K
Y
 
L
F
 
N
K
 
E
T
 
E
N
 
Q
N
 
K
L
 
M
Q
 
N
Y
 
M
N
 
R
P
 
I
V
 
I
V
 
S
F
 
A
E
 
K
N
 
D
L
x
H
P
 
G
E
 
D
V
 
S
N
 
F
A
 
R
A
 
T
Y
 
L
D
 
E
A
 
S
G
 
G
R
 
R
C
 
A
D
 
V
V
 
A
Y
 
F
T
 
M
T
x
M
D
|
D
Q
 
D
S
 
A
G
 
L
L
 
L
Y
 
A
S
 
G
L
 
E
R
 
R
L
 
A
T
 
K
L
 
A
K
 
K
N
 
K
P
 
P
D
 
D
E
 
N
H
 
W
I
 
D
I
 
I
L
 
V
P
 
G
E
 
K
I
 
P
I
 
Q
S
 
S
K
 
Q
E
 
E
P
 
A
L
 
Y
G
 
G
P
 
C
A
 
M
V
 
L
R
 
R
Q
 
K
G
 
D
D
 
D
D
 
P
Q
 
Q
W
 
F
F
 
K
D
 
K
I
 
L
V
 
M
S
 
D
W
 
D
T
 
T

6svfA Crystal structure of the p235gk mutant of argbp from t. Maritima (see paper)
27% identity, 63% coverage: 27:241/341 of query aligns to 3:206/229 of 6svfA

query
sites
6svfA
L
 
I
S
 
D
D
 
E
V
 
I
K
 
K
A
 
S
K
 
R
G
 
G
F
 
Y
V
 
L
Q
 
L
C
 
V
G
 
G
V
 
L
N
 
S
T
 
A
G
 
D
L
x
F
T
 
P
G
 
P
F
 
F
A
 
E
A
 
F
P
 
V
D
 
D
A
 
E
S
 
N
G
 
G
N
 
N
W
 
I
A
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
F
 
L
C
 
A
K
 
K
A
 
E
V
 
I
A
 
A
S
 
R
A
 
R
V
 
L
F
 
-
G
 
-
D
 
-
P
 
G
T
 
V
K
 
E
V
 
L
K
 
K
Y
 
I
T
 
V
P
 
D
T
 
M
N
 
T
A
x
F
K
 
D
E
 
G
R
 
L
F
 
I
T
 
P
A
 
S
L
 
L
Q
 
L
S
 
T
G
 
K
E
 
K
I
 
I
D
 
D
V
 
V
L
 
I
S
 
I
R
x
S
N
x
G
T
x
M
T
|
T
W
 
I
T
 
T
I
 
E
N
 
E
R
|
R
D
 
K
T
 
K
A
 
V
L
 
V
G
 
A
F
 
F
N
 
S
F
 
-
R
 
D
P
 
P
V
 
-
T
 
-
Y
 
Y
Y
 
F
D
 
D
-
 
A
G
 
G
Q
 
Q
G
 
V
F
 
I
M
 
V
V
 
V
R
 
R
K
 
K
G
 
D
L
 
S
N
 
D
V
 
F
-
 
R
-
 
P
K
 
K
S
 
T
A
 
Y
L
 
E
E
 
D
L
 
L
S
 
V
G
 
G
A
 
K
A
 
T
I
 
V
C
 
A
V
 
V
Q
|
Q
S
 
I
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
G
E
 
D
L
 
I
N
 
E
L
 
V
A
 
S
D
 
K
Y
 
Y
F
 
-
K
 
-
T
 
-
N
 
D
N
 
G
L
 
I
Q
 
K
Y
 
V
N
 
-
P
 
-
V
 
V
V
 
R
F
 
F
E
 
D
N
 
K
L
 
F
P
 
T
E
 
D
V
 
A
N
 
F
A
 
L
A
 
E
Y
 
L
D
 
K
A
 
R
G
 
G
R
 
R
C
 
A
D
 
D
V
 
A
Y
 
V
T
 
V
T
 
L
D
|
D
Q
 
S
S
 
A
G
 
T
L
 
A
Y
 
R
S
 
A
L
 
-
R
 
-
L
 
F
T
 
V
L
 
A
K
 
K
N
 
N
P
 
P
D
 
D
E
 
-
H
 
L
I
 
V
I
 
I
L
 
S
P
 
S
E
 
G
I
 
V
I
 
L
S
 
S
K
 
S
E
 
E
P
 
Q
L
 
Y
G
 
G
P
 
I
A
 
A
V
 
V
R
 
R
Q
 
K
G
 
E
D
 
D
D
 
T
Q
 
D
W
 
L
F
 
L
D
 
E
I
 
F
V
 
I

8ovoA X-ray structure of the sf-iglusnfr-s72a in complex with l-aspartate
24% identity, 65% coverage: 22:244/341 of query aligns to 1:225/503 of 8ovoA

query
sites
8ovoA
A
 
A
S
 
A
A
 
G
T
 
S
T
 
T
L
 
L
S
 
D
D
 
K
V
 
I
K
 
A
A
 
K
K
 
N
G
 
G
F
 
V
V
 
I
Q
 
V
C
 
V
G
 
G
V
 
H
N
x
R
T
 
E
G
 
S
L
 
S
T
 
V
G
 
P
F
 
F
A
 
S
A
 
Y
P
 
Y
D
 
D
A
 
N
S
 
Q
G
 
Q
N
 
K
W
 
V
A
 
V
G
 
G
F
 
Y
D
 
S
V
 
Q
D
 
D
F
 
Y
C
 
S
K
 
N
A
 
A
V
 
I
A
 
V
S
 
E
A
 
A
V
 
V
F
 
K
G
 
K
D
 
K
P
 
L
T
 
N
K
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
L
-
 
Q
V
 
V
K
 
K
Y
 
L
T
 
I
P
 
P
T
 
I
N
 
T
A
 
A
K
 
Q
E
 
N
R
|
R
F
 
I
T
 
P
A
 
L
L
 
L
Q
 
Q
S
 
N
G
 
G
E
 
T
I
 
F
D
 
D
V
 
F
L
 
E
S
 
C
R
 
G
N
x
S
T
 
T
T
|
T
W
 
N
T
 
N
I
 
V
N
 
E
R
|
R
D
 
Q
T
 
K
A
 
Q
L
 
A
G
 
A
F
 
F
N
 
S
F
 
-
R
 
-
P
 
D
V
 
T
T
 
I
Y
 
F
Y
 
V
D
 
V
G
 
G
Q
 
T
G
 
R
F
 
L
M
 
L
V
 
T
R
 
K
K
 
K
G
 
G
L
 
G
N
 
D
V
 
I
K
 
K
S
 
D
A
 
F
L
 
A
E
 
N
L
 
L
S
 
K
G
 
D
A
 
K
A
 
A
I
 
V
C
 
V
V
 
V
Q
 
T
S
 
S
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
S
E
 
E
L
 
V
N
 
L
L
 
L
A
 
N
D
 
K
Y
 
L
F
 
N
K
 
E
T
 
E
N
 
Q
N
 
K
L
 
M
Q
 
N
Y
 
M
N
 
R
P
 
I
V
 
I
V
 
S
F
 
A
E
 
K
N
 
D
L
x
H
P
 
G
E
 
D
V
 
S
N
 
F
A
 
R
A
 
T
Y
 
L
D
 
E
A
 
S
G
 
G
R
 
R
C
 
A
D
 
V
V
 
A
Y
 
F
T
 
M
T
 
M
D
|
D
Q
 
D
S
 
V
G
 
L
L
 
L
Y
 
A
S
 
G
L
 
E
R
 
R
L
 
A
T
 
K
L
 
A
K
 
K
N
 
K
P
 
P
D
 
D
E
 
N
H
 
W
I
 
E
I
 
I
L
 
V
P
 
G
E
 
K
I
 
P
I
 
Q
S
 
S
K
 
Q
E
 
E
P
 
A
L
 
Y
G
 
G
P
 
C
A
 
M
V
 
L
R
 
R
Q
 
K
G
 
D
D
 
D
D
 
P
Q
 
Q
W
 
F
F
 
K
D
 
K
I
 
L
V
 
M
S
 
D
W
 
D
T
 
T

3k4uE Crystal structure of putative binding component of abc transporter from wolinella succinogenes dsm 1740 complexed with lysine
25% identity, 65% coverage: 33:255/341 of query aligns to 3:216/234 of 3k4uE

query
sites
3k4uE
K
 
R
G
 
G
F
 
E
V
 
L
Q
 
R
C
 
V
G
 
G
V
 
L
N
x
E
T
 
P
G
 
G
L
x
Y
T
 
L
G
 
P
F
 
F
A
 
E
A
 
M
P
 
K
D
 
D
A
 
K
S
 
K
G
 
G
N
 
N
W
 
V
A
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
F
 
L
C
 
A
K
 
R
A
 
E
V
 
M
A
 
A
S
 
K
A
 
A
V
 
M
F
 
-
G
 
-
D
 
-
P
 
G
T
 
V
K
 
K
V
 
L
K
 
K
Y
 
L
T
 
V
P
 
P
T
 
T
N
 
S
A
x
W
K
 
D
E
 
G
R
 
L
F
 
I
T
 
P
A
 
G
L
 
L
Q
 
V
S
 
T
G
 
E
E
 
K
I
 
F
D
 
D
V
 
I
L
 
I
S
 
I
R
 
S
N
x
G
T
 
M
T
 
-
W
 
-
T
|
T
I
 
I
N
 
S
R
 
Q
D
 
E
T
x
R
A
 
N
L
 
L
G
 
R
F
 
V
N
 
N
F
 
F
R
 
V
P
 
E
V
 
P
T
 
Y
Y
 
I
Y
 
V
D
 
V
G
 
G
Q
 
Q
G
 
S
F
 
L
M
 
L
V
 
V
R
 
K
K
 
K
G
 
G
L
 
L
N
 
E
-
 
K
-
 
G
V
 
V
K
 
K
S
 
S
A
 
Y
L
 
K
E
 
D
L
 
L
S
 
D
G
 
K
A
 
P
A
 
E
I
 
L
C
 
T
V
 
L
-
 
V
-
 
T
Q
x
K
S
 
F
G
 
G
T
x
V
T
x
S
T
 
A
E
 
E
L
 
Y
N
 
A
L
 
A
A
 
K
D
 
R
Y
 
L
F
 
F
K
 
K
T
 
N
N
 
A
N
 
K
L
 
L
Q
 
K
Y
 
T
N
 
Y
P
 
D
V
 
T
V
x
E
F
 
A
E
 
E
N
 
A
L
 
V
P
 
Q
E
 
E
V
 
V
N
 
L
A
 
-
A
 
-
Y
 
-
D
 
-
A
 
N
G
 
G
R
 
K
C
 
A
D
 
D
V
 
M
Y
 
F
T
 
I
T
 
F
D
|
D
Q
 
L
S
 
P
G
 
-
L
 
-
Y
 
F
S
 
N
L
 
V
R
 
A
L
 
F
T
 
M
L
 
A
K
 
Q
N
 
K
P
 
G
D
 
Q
E
 
G
H
 
Y
I
 
L
I
 
V
-
 
H
L
 
L
P
 
D
E
 
T
I
 
S
I
 
L
S
 
T
K
 
Y
E
 
E
P
 
P
L
 
L
G
 
G
P
 
W
A
 
A
V
 
I
R
 
K
Q
 
K
G
 
G
D
 
D
D
 
P
Q
 
-
W
 
-
F
 
-
D
 
D
I
 
F
V
 
L
S
 
N
W
 
W
T
 
L
A
 
N
Y
 
H
A
 
F
L
 
L
I
 
A
N
 
Q
A
 
I
E
 
K
E
 
H
F
 
D
G
 
G

9e2bC Structure of a solute binding protein from desulfonauticus sp. Bound to l-tryptophan
25% identity, 67% coverage: 17:243/341 of query aligns to 10:230/258 of 9e2bC

query
sites
9e2bC
V
 
V
G
 
R
A
 
E
S
 
K
A
 
L
A
 
V
S
 
E
A
 
E
T
 
S
T
 
T
L
 
L
S
 
E
D
 
T
V
 
I
K
 
L
A
 
K
K
 
R
G
 
G
F
 
V
V
 
L
Q
 
K
C
 
V
G
 
G
V
 
M
N
 
S
T
 
T
G
 
-
L
 
F
T
 
V
G
 
P
F
x
W
A
 
A
A
 
M
P
 
K
D
 
D
A
 
K
S
 
E
G
 
G
N
 
Q
W
 
L
A
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
E
V
 
I
D
 
D
F
 
V
C
 
A
K
 
K
A
 
R
V
 
L
A
 
A
S
 
R
A
 
D
V
 
M
F
 
-
G
 
-
D
 
-
P
 
G
T
 
V
K
 
K
V
 
V
K
 
Q
Y
 
F
T
 
V
P
 
P
T
 
T
N
 
K
A
x
W
K
 
S
E
 
G
R
 
I
F
 
I
T
 
P
A
 
A
L
 
L
Q
 
L
S
 
T
G
 
G
E
 
K
I
 
F
D
 
D
V
 
I
L
 
I
S
 
I
R
 
G
N
x
G
T
x
M
T
x
S
W
 
-
T
 
-
I
 
I
N
 
R
R
 
P
D
 
D
T
x
R
A
 
N
L
 
L
G
 
K
F
 
V
N
 
N
F
 
F
R
 
S
P
 
I
V
 
P
T
 
Y
Y
 
D
Y
 
Y
D
 
S
G
 
G
Q
 
M
G
 
S
F
 
L
M
 
V
V
 
A
R
 
N
K
 
K
-
 
K
-
 
L
-
 
A
-
 
Q
G
 
G
L
 
F
N
 
S
V
 
R
K
 
L
S
 
E
A
 
D
L
 
F
E
 
N
L
 
K
S
 
S
G
 
E
A
 
V
A
 
L
I
 
I
C
 
A
V
 
A
Q
 
R
S
 
L
G
 
G
T
|
T
T
|
T
T
 
A
E
 
A
L
 
K
N
 
A
L
 
A
A
 
E
D
 
K
Y
 
Y
F
 
F
K
 
P
T
 
R
N
 
A
N
 
Q
L
 
L
Q
 
K
Y
 
-
N
 
-
P
 
-
V
 
-
V
 
L
F
 
F
E
 
D
N
 
D
L
 
-
P
 
-
E
 
E
V
 
A
N
 
Q
A
 
A
A
 
I
Y
 
Q
D
 
E
A
 
L
G
 
L
R
 
N
C
 
G
D
 
R
V
 
V
Y
 
H
T
 
A
T
 
V
D
 
V
Q
 
A
S
 
S
G
 
A
L
 
P
Y
 
L
S
 
P
L
 
A
R
 
F
L
 
K
T
 
A
L
 
L
K
 
E
N
 
Y
P
 
P
D
 
-
E
 
E
H
 
Q
I
 
L
I
 
F
L
 
L
P
 
P
-
 
I
-
 
S
E
 
G
I
 
T
I
 
F
S
 
T
K
 
K
E
 
E
P
 
P
L
 
I
G
 
G
P
 
F
A
 
A
V
 
I
R
 
R
Q
 
K
G
 
G
D
 
D
D
 
P
Q
 
D
W
 
F
F
 
L
D
 
N
I
 
Y
V
 
L
-
 
N
S
 
S
W
 
W

P02911 Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein; LAO-binding protein from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
24% identity, 58% coverage: 1:198/341 of query aligns to 1:184/260 of P02911

query
sites
P02911
M
 
M
K
 
K
N
 
K
K
 
T
L
 
V
L
 
L
S
 
A
A
 
L
A
 
S
I
 
L
G
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
L
L
 
I
A
 
G
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
T
A
 
A
A
 
A
S
 
S
A
 
Y
T
 
A
T
 
A
L
 
L
S
 
P
D
 
Q
V
 
T
K
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
F
 
-
V
 
V
Q
 
R
C
 
I
G
 
G
V
 
T
N
x
D
T
 
T
G
 
T
L
x
Y
T
 
A
G
 
P
F
 
F
A
 
S
A
 
S
P
 
K
D
 
D
A
 
A
S
 
K
G
 
G
N
 
E
W
 
F
A
 
I
G
 
G
F
 
F
D
|
D
V
 
I
D
 
D
F
 
L
-
 
G
-
 
N
-
 
E
-
 
M
C
|
C
K
 
K
A
 
R
V
 
M
A
 
-
S
 
-
A
 
-
V
 
-
F
 
-
G
 
-
D
 
-
P
 
Q
T
 
V
K
 
K
V
x
C
K
 
T
Y
 
W
T
 
V
P
 
A
T
 
S
N
 
D
A
x
F
K
 
D
E
 
A
R
 
L
F
 
I
T
 
P
A
 
S
L
 
L
Q
 
K
S
 
A
G
 
K
E
 
K
I
 
I
D
 
D
V
 
A
L
 
I
S
 
I
R
x
S
N
x
S
T
 
L
T
x
S
W
 
I
T
 
T
I
 
D
N
 
K
R
|
R
D
 
Q
T
 
Q
A
 
E
L
 
I
G
 
A
F
 
F
N
 
S
F
 
D
R
 
K
P
 
-
V
 
-
T
 
L
Y
 
Y
Y
 
A
D
 
A
G
 
D
Q
 
S
G
 
R
F
 
L
M
 
I
V
 
A
R
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
S
N
 
P
V
 
I
K
 
Q
S
 
P
A
 
T
L
 
L
E
 
E
-
 
S
L
 
L
S
 
K
G
 
G
A
 
K
A
 
H
I
 
V
C
 
G
V
 
V
Q
x
L
S
 
Q
G
 
G
T
 
S
T
|
T
T
 
Q
E
 
E
L
 
A
N
 
Y
L
 
A
A
 
N
D
 
D
Y
 
N
F
 
W
K
 
R
T
 
T
N
 
K
N
 
G
L
 
V
Q
 
-
Y
 
-
N
 
D
P
 
V
V
 
V
V
 
A
F
 
Y
E
 
A
N
 
N
L
 
Q
P
 
D
E
 
L
V
 
I
N
 
Y
A
 
S
A
 
D
Y
 
L
D
 
T
A
 
A
G
 
G
R
 
R
C
 
L
D
 
D
V
 
A
Y
 
A
T
 
L
T
 
Q
D
|
D
Q
 
E

5owfA Structure of a lao-binding protein mutant with glutamine (see paper)
23% identity, 48% coverage: 36:198/341 of query aligns to 3:159/235 of 5owfA

query
sites
5owfA
V
 
V
Q
 
R
C
 
I
G
 
G
V
 
T
N
 
D
T
 
T
G
 
T
L
x
Y
T
 
A
G
 
P
F
 
F
A
 
S
A
 
S
P
 
K
D
 
D
A
 
A
S
 
K
G
 
G
N
 
E
W
 
F
A
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
F
 
L
C
 
G
K
 
N
A
 
E
V
 
M
A
 
C
S
 
K
A
 
R
V
 
M
F
 
-
G
 
-
D
 
-
P
 
Q
T
 
V
K
 
K
V
 
C
K
 
T
Y
 
W
T
 
V
P
 
A
T
 
S
N
 
D
A
x
F
K
 
D
E
 
A
R
 
L
F
 
I
T
 
P
A
 
S
L
 
L
Q
 
K
S
 
A
G
 
K
E
 
K
I
 
I
D
 
D
V
 
A
L
 
I
S
 
I
R
x
S
N
x
S
T
 
L
T
x
S
W
 
I
T
 
T
I
 
D
N
 
K
R
|
R
D
 
Q
T
 
Q
A
 
E
L
 
I
G
 
A
F
 
F
N
 
S
F
 
D
R
 
K
P
 
-
V
 
-
T
 
L
Y
 
Y
Y
 
A
D
 
A
G
 
D
Q
 
S
G
 
R
F
 
L
M
 
I
V
 
A
R
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
S
N
 
P
V
 
I
K
 
Q
S
 
P
A
 
T
L
 
L
E
 
E
-
 
S
L
 
L
S
 
K
G
 
G
A
 
K
A
 
H
I
 
V
C
 
G
V
 
V
Q
x
K
S
 
Q
G
 
G
T
x
S
T
|
T
T
 
Q
E
 
E
L
 
A
N
 
Y
L
 
A
A
 
N
D
 
D
Y
 
N
F
 
W
K
 
R
T
 
T
N
 
K
N
 
G
L
 
V
Q
 
-
Y
 
-
N
 
D
P
 
V
V
 
V
V
 
A
F
 
Y
E
 
A
N
 
N
L
 
Q
P
 
D
E
 
L
V
 
I
N
 
Y
A
 
S
A
 
D
Y
 
L
D
 
T
A
 
A
G
 
G
R
 
R
C
 
L
D
 
D
V
 
A
Y
 
A
T
 
L
T
 
Q
D
|
D
Q
 
E

1lstA Three-dimensional structures of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein with and without a ligand (see paper)
23% identity, 48% coverage: 36:198/341 of query aligns to 6:162/238 of 1lstA

query
sites
1lstA
V
 
V
Q
 
R
C
 
I
G
 
G
V
 
T
N
 
D
T
 
T
G
 
T
L
x
Y
T
 
A
G
 
P
F
 
F
A
 
S
A
 
S
P
 
K
D
 
D
A
 
A
S
 
K
G
 
G
N
 
E
W
 
F
A
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
F
 
L
C
 
G
K
 
N
A
 
E
V
 
M
A
 
C
S
 
K
A
 
R
V
 
M
F
 
-
G
 
-
D
 
-
P
 
Q
T
 
V
K
 
K
V
 
C
K
 
T
Y
 
W
T
 
V
P
 
A
T
 
S
N
 
D
A
x
F
K
 
D
E
 
A
R
 
L
F
 
I
T
 
P
A
 
S
L
 
L
Q
 
K
S
 
A
G
 
K
E
 
K
I
 
I
D
 
D
V
 
A
L
 
I
S
 
I
R
 
S
N
x
S
T
 
L
T
x
S
W
 
I
T
 
T
I
 
D
N
 
K
R
|
R
D
 
Q
T
 
Q
A
 
E
L
 
I
G
 
A
F
 
F
N
 
S
F
 
D
R
 
K
P
 
-
V
 
-
T
 
L
Y
 
Y
Y
 
A
D
 
A
G
 
D
Q
 
S
G
 
R
F
 
L
M
 
I
V
 
A
R
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
S
N
 
P
V
 
I
K
 
Q
S
 
P
A
 
T
L
 
L
E
 
E
-
 
S
L
 
L
S
 
K
G
 
G
A
 
K
A
 
H
I
 
V
C
 
G
V
 
V
Q
x
L
S
 
Q
G
 
G
T
x
S
T
|
T
T
x
Q
E
 
E
L
 
A
N
 
Y
L
 
A
A
 
N
D
 
D
Y
 
N
F
 
W
K
 
R
T
 
T
N
 
K
N
 
G
L
 
V
Q
 
-
Y
 
-
N
 
D
P
 
V
V
 
V
V
 
A
F
 
Y
E
 
A
N
 
N
L
 
Q
P
 
D
E
 
L
V
 
I
N
 
Y
A
 
S
A
 
D
Y
 
L
D
 
T
A
 
A
G
 
G
R
 
R
C
 
L
D
 
D
V
 
A
Y
 
A
T
 
L
T
 
Q
D
|
D
Q
 
E

Query Sequence

>WP_011651801.1 NCBI__GCF_000009265.1:WP_011651801.1
MKNKLLSAAIGAAVLAVGASAASATTLSDVKAKGFVQCGVNTGLTGFAAPDASGNWAGFD
VDFCKAVASAVFGDPTKVKYTPTNAKERFTALQSGEIDVLSRNTTWTINRDTALGFNFRP
VTYYDGQGFMVRKGLNVKSALELSGAAICVQSGTTTELNLADYFKTNNLQYNPVVFENLP
EVNAAYDAGRCDVYTTDQSGLYSLRLTLKNPDEHIILPEIISKEPLGPAVRQGDDQWFDI
VSWTAYALINAEEFGITQANVDEMKNSPNPDIKRFLGSETDTKIGTDLGLTNDWAANVIK
GVGNYGEIFERNIGQGSPLKIARGLNALWNKGGIQYAPPVR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory