SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011653546.1 NCBI__GCF_000009265.1:WP_011653546.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

8y4wA Sialic acid bound form of tripartite atp-independent periplasmic (trap) transporter from fusobacterium nucleatum.
25% identity, 85% coverage: 16:438/497 of query aligns to 201:609/612 of 8y4wA

query
sites
8y4wA
I
 
L
I
 
V
F
 
M
M
 
I
L
 
F
Y
 
F
G
 
G
F
 
V
P
 
P
V
 
V
A
 
G
F
 
W
S
 
S
L
 
L
-
 
L
A
 
V
A
 
A
V
 
C
G
 
I
L
 
L
F
 
Y
F
 
F
A
 
A
I
 
L
I
 
-
G
 
-
I
 
-
V
 
-
T
 
-
G
 
T
H
 
R
F
 
W
G
 
K
E
 
V
V
 
V
F
 
Y
L
 
F
Q
 
A
A
 
A
L
 
D
P
 
K
L
 
L
R
 
V
F
 
Y
F
 
-
G
 
-
I
 
S
L
 
L
S
 
D
N
 
S
D
 
F
L
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
S
I
 
V
P
 
P
F
 
F
F
 
F
T
 
I
F
 
L
M
 
T
G
 
G
A
 
I
V
 
L
L
 
M
E
 
N
R
 
G
C
 
A
G
 
G
L
 
I
A
 
T
E
 
E
D
 
R
L
 
I
L
 
F
E
 
N
G
 
F
T
 
A
G
 
K
K
 
A
L
 
M
F
 
L
G
 
G
G
 
H
I
 
Y
P
 
T
G
 
G
G
 
G
L
 
M
A
 
G
Y
 
H
A
 
V
V
 
N
I
 
V
L
 
A
V
 
A
G
 
S
A
 
L
V
 
I
L
 
F
G
 
S
A
 
G
I
 
M
T
 
S
G
 
G
T
x
S
V
x
A
A
 
I
A
 
A
S
 
D
V
 
A
I
 
G
T
 
G
M
 
L
G
 
G
M
 
Q
I
 
L
S
 
E
L
 
I
P
 
K
I
 
A
M
 
M
L
 
R
R
 
D
Y
 
E
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
P
 
D
R
 
D
L
 
I
A
 
C
T
 
G
G
 
G
V
 
L
I
 
T
A
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
C
T
 
I
I
 
I
T
 
G
Q
 
P
V
 
L
I
 
V
P
 
P
P
 
P
S
 
S
L
 
I
V
 
S
L
 
M
V
 
I
V
 
I
L
 
Y
A
 
G
D
 
V
Q
 
I
L
 
A
G
 
N
R
 
Q
S
 
S
V
 
I
G
 
A
D
 
K
M
 
L
Y
 
F
L
 
L
G
 
A
A
 
G
I
 
F
G
 
V
P
 
P
S
 
G
I
 
F
L
 
L
Q
 
-
V
 
-
T
 
T
I
 
T
F
 
I
V
 
A
L
 
L
F
 
M
I
 
I
L
 
M
V
 
N
M
 
Y
S
 
F
I
 
V
I
 
C
R
 
K
P
 
K
-
 
R
-
 
G
-
 
Y
-
 
K
K
 
K
S
 
T
M
 
A
P
 
K
P
 
A
L
 
S
P
 
P
K
 
K
E
 
E
V
 
R
R
 
W
G
 
I
D
 
A
F
 
F
N
 
K
-
 
K
-
 
S
-
 
F
W
 
W
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
T
K
 
P
V
 
I
L
 
L
M
 
-
G
 
-
M
 
-
V
 
-
P
 
-
S
 
-
I
 
-
V
 
-
L
 
-
I
 
-
F
 
-
L
 
-
V
 
I
L
 
I
G
 
G
T
 
G
I
 
I
F
 
F
M
 
S
G
 
G
L
 
I
A
 
F
T
 
T
P
 
P
T
 
T
E
 
E
A
 
A
G
 
A
A
 
V
L
 
I
G
 
A
V
 
T
V
 
F
G
 
Y
A
 
S
I
 
I
V
 
I
L
 
L
A
 
G
A
 
G
-
 
F
M
 
I
N
 
Y
R
 
K
R
 
E
L
 
L
T
 
T
W
 
V
P
 
K
L
 
S
I
 
F
R
 
F
E
 
K
A
 
H
M
 
C
S
 
V
S
 
E
T
 
A
T
 
V
H
 
A
I
 
I
T
 
S
S
 
G
M
 
V
V
 
T
V
 
V
M
 
L
I
 
M
L
 
I
I
 
M
G
 
T
S
 
V
T
 
T
C
 
F
F
 
F
S
 
G
L
 
D
V
 
I
F
 
I
Q
 
A
G
 
R
M
 
E
D
 
Q
G
 
V
S
 
A
R
 
M
W
 
R
I
 
V
E
 
A
H
 
E
M
 
I
L
 
F
S
 
I
G
 
K
I
 
Y
P
 
A
G
 
T
G
 
S
P
 
P
V
 
M
G
 
M
F
 
V
L
 
L
I
 
V
F
 
M
V
 
I
N
 
N
I
 
L
F
 
L
I
 
L
F
 
L
V
 
F
L
 
L
A
 
G
F
 
M
F
 
F
L
 
I
D
|
D
F
 
A
F
 
L
E
 
A
I
 
L
A
 
Q
F
 
F
I
 
L
V
 
V
I
 
L
P
 
P
M
 
M
L
 
L
A
 
I
P
 
P
V
 
I
A
 
A
S
 
E
S
 
Q
L
 
V
G
 
G
I
 
I
D
 
D
L
 
L
I
 
V
W
 
F
F
 
F
G
 
G
V
 
V
L
 
M
I
 
T
C
 
T
V
 
L
N
 
N
M
 
M
Q
 
M
T
 
I
S
 
G
F
 
I
M
 
L
H
 
T
P
 
P
P
 
P
F
 
M
G
 
G
F
x
M
A
 
A
L
 
L
F
 
F
Y
 
V
L
 
V
R
 
A
S
 
Q
I
 
V
A
 
G
S
 
K
K
 
M
D
 
S
V
 
V
K
 
S
T
 
T
S
 
-
D
 
-
I
 
V
Y
 
A
M
 
K
G
 
G
A
 
V
L
 
L
P
 
P
W
 
F
V
 
L
G
 
L
M
 
P
Q
 
I
L
 
F
I
 
I
L
 
T
V
 
L
A
 
V
I
 
I
V
 
I
I
 
T
F
 
I
W
 
F
P
 
P
Q
 
Q
S
 
I
V
 
I
T
 
L
Y
 
F

8b01B Cryo-em structure of the tripartite atp-independent periplasmic (trap) transporter siaqm from photobacterium profundum in a nanodisc (see paper)
27% identity, 83% coverage: 22:434/497 of query aligns to 15:413/427 of 8b01B

query
sites
8b01B
G
 
G
F
 
M
P
 
P
V
 
V
A
 
G
F
 
F
S
 
S
L
 
L
A
 
I
A
 
F
V
 
V
G
 
G
L
 
L
F
 
A
F
 
F
A
 
L
I
 
V
I
 
L
G
 
T
I
 
E
V
 
S
T
 
T
G
 
G
H
 
-
F
 
-
G
 
-
E
 
-
V
 
-
F
 
-
L
 
I
Q
 
N
A
 
F
L
 
A
P
 
A
L
 
Q
R
 
Q
F
 
M
F
 
I
G
 
G
I
 
G
L
 
L
S
 
D
N
 
N
D
 
F
L
 
T
L
 
L
L
 
L
A
 
A
I
 
V
P
 
P
F
 
F
F
 
F
T
 
V
F
 
L
M
 
T
G
 
G
A
 
H
V
 
L
L
 
M
E
 
N
R
 
S
C
 
A
G
 
G
L
 
I
A
 
T
E
 
E
D
 
R
L
 
I
L
 
F
E
 
N
G
 
F
T
 
A
G
 
K
K
 
A
L
 
M
F
 
V
G
 
G
G
 
H
I
 
I
P
 
T
G
 
G
G
 
S
L
 
L
A
 
G
Y
 
H
A
 
V
V
 
N
I
 
I
L
 
L
V
 
A
G
 
S
A
 
L
V
 
L
L
 
F
G
x
S
A
 
G
I
 
M
T
x
S
G
|
G
T
 
S
V
 
A
A
 
L
A
 
A
S
 
D
V
 
A
I
 
G
T
 
G
M
 
L
G
 
G
M
 
Q
I
 
L
S
 
E
L
 
I
P
 
K
I
 
S
M
 
M
L
 
R
R
 
D
Y
 
A
G
 
K
Y
 
Y
N
 
D
P
 
D
R
 
D
L
 
F
A
 
A
T
 
G
G
 
G
V
 
L
I
 
T
A
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
C
T
 
I
I
 
I
T
x
G
Q
 
P
V
 
L
I
x
V
P
|
P
P
|
P
S
 
S
L
 
I
V
 
P
L
 
L
V
 
V
V
 
I
L
 
Y
A
 
G
D
 
V
Q
 
V
L
 
S
G
 
N
R
 
T
S
 
S
V
 
I
G
 
G
D
 
A
M
 
L
Y
 
F
L
 
L
G
 
A
A
 
G
I
 
A
G
 
I
P
 
P
S
 
G
I
 
L
L
 
L
Q
 
-
V
 
-
T
 
C
I
 
C
F
 
I
V
 
A
L
 
L
F
 
C
I
 
I
L
 
M
V
 
T
M
 
Y
S
 
F
I
 
I
I
 
A
R
 
K
P
 
K
K
 
R
S
 
G
M
 
Y
P
 
M
P
 
T
L
 
L
P
 
P
K
 
R
E
 
A
V
 
S
R
 
R
G
 
K
D
 
E
F
 
R
N
 
L
W
 
I
A
 
A
L
 
F
L
 
R
A
 
D
K
 
A
V
 
F
L
 
L
M
 
S
G
 
L
M
 
L
V
 
T
P
 
P
S
 
-
I
 
-
V
 
-
L
 
-
I
 
-
F
 
F
L
 
I
V
 
I
L
 
I
G
 
G
T
 
G
I
 
I
F
 
F
M
 
S
G
 
G
L
 
K
A
 
F
T
 
T
P
 
P
T
 
T
E
 
E
A
 
A
G
 
A
A
 
I
L
 
I
G
 
S
V
 
S
V
 
L
G
 
Y
A
 
A
I
 
L
V
 
F
L
 
L
A
 
G
A
 
T
M
 
V
-
 
V
N
 
Y
R
 
K
R
 
S
L
 
L
T
 
T
W
 
M
P
 
D
L
 
K
I
 
F
R
 
I
E
 
K
A
 
L
M
 
V
S
 
Q
S
 
E
T
 
T
T
 
V
H
 
T
I
 
T
T
 
T
S
 
S
M
 
V
V
 
V
V
 
A
M
 
L
I
 
M
L
 
V
I
 
M
G
 
G
S
 
V
T
 
T
C
 
V
F
 
F
S
 
G
L
 
W
V
 
I
F
 
V
Q
 
A
G
 
R
M
 
E
D
 
Q
G
 
L
S
 
P
R
 
Q
W
 
Q
I
 
L
E
 
A
H
 
E
M
 
L
L
 
F
S
 
L
G
 
S
I
 
I
P
 
S
G
 
D
G
 
N
P
 
P
V
 
L
G
 
I
F
 
L
L
 
L
I
 
L
F
 
L
V
 
I
N
 
N
I
 
L
F
 
L
I
 
L
F
 
L
V
 
F
L
 
L
A
x
G
F
x
T
F
 
F
L
 
I
D
 
E
F
 
S
F
 
L
E
 
A
I
 
L
A
 
L
F
 
L
I
 
L
V
 
L
I
 
V
P
 
P
M
 
F
L
 
L
A
 
V
P
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
T
S
 
S
L
 
V
G
 
G
I
 
I
D
 
D
L
 
P
I
 
V
W
 
H
F
 
F
G
 
G
V
 
V
L
 
M
I
 
A
C
 
I
V
 
L
N
 
N
M
 
L
Q
 
M
T
 
I
S
x
G
F
x
I
M
 
L
H
x
T
P
 
P
P
 
P
F
x
M
G
|
G
F
 
M
A
 
A
L
 
L
F
 
Y
Y
 
V
L
 
V
R
 
S
S
 
K
I
 
V
A
 
G
S
 
-
K
 
-
D
 
N
V
 
I
K
 
P
T
 
F
S
 
H
D
 
V
I
 
L
Y
 
T
M
 
R
G
 
G
A
 
V
L
 
L
P
 
P
W
 
L
V
 
L
G
 
V
M
 
P
Q
 
L
L
 
F
I
 
I
L
 
V
V
 
L
A
 
G
I
 
L
V
 
I
I
 
I
F
 
V
W
 
F
P
 
P
Q
 
Q

Query Sequence

>WP_011653546.1 NCBI__GCF_000009265.1:WP_011653546.1
MFDFGIIPPAMFLGMIIFMLYGFPVAFSLAAVGLFFAIIGIVTGHFGEVFLQALPLRFFG
ILSNDLLLAIPFFTFMGAVLERCGLAEDLLEGTGKLFGGIPGGLAYAVILVGAVLGAITG
TVAASVITMGMISLPIMLRYGYNPRLATGVIAASGTITQVIPPSLVLVVLADQLGRSVGD
MYLGAIGPSILQVTIFVLFILVMSIIRPKSMPPLPKEVRGDFNWALLAKVLMGMVPSIVL
IFLVLGTIFMGLATPTEAGALGVVGAIVLAAMNRRLTWPLIREAMSSTTHITSMVVMILI
GSTCFSLVFQGMDGSRWIEHMLSGIPGGPVGFLIFVNIFIFVLAFFLDFFEIAFIVIPML
APVASSLGIDLIWFGVLICVNMQTSFMHPPFGFALFYLRSIASKDVKTSDIYMGALPWVG
MQLILVAIVIFWPQSVTYWLDHGPKVDPNSIKIEVPGFGGQLGLPPLGGGGNGSPQIPGL
TLPPLNGLPGAPPPPAK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory