SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011653981.1 NCBI__GCF_000009265.1:WP_011653981.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2ylnA Crystal structure of the l-cystine solute receptor of neisseria gonorrhoeae in the closed conformation (see paper)
52% identity, 92% coverage: 21:256/257 of query aligns to 1:238/240 of 2ylnA

query
sites
2ylnA
A
 
A
H
 
I
A
 
S
G
 
G
E
 
S
N
 
L
L
 
I
A
 
E
A
 
R
I
 
I
K
 
N
S
 
N
A
 
K
G
 
G
V
 
T
F
 
V
K
 
T
I
 
V
G
 
G
T
 
T
E
|
E
G
 
G
T
 
T
Y
|
Y
A
 
A
P
 
P
F
 
F
T
 
T
Y
 
Y
H
 
H
D
 
D
E
 
K
S
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
Y
D
 
D
V
 
V
E
 
E
I
 
V
G
 
T
E
 
R
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
E
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
A
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
K
E
 
E
G
 
T
K
 
Q
W
|
W
D
 
D
G
 
S
L
 
M
I
 
M
A
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
K
A
 
A
K
 
G
R
 
R
Y
 
F
D
 
D
T
 
V
V
 
V
I
 
A
N
|
N
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
I
 
L
T
 
T
E
 
S
T
 
P
R
 
E
K
x
R
Q
 
Q
-
 
A
K
 
T
Y
 
F
D
 
D
F
 
K
S
 
S
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
I
 
S
A
 
W
S
 
S
K
 
G
A
 
A
V
 
V
L
 
L
I
 
V
A
 
A
R
 
H
D
 
N
G
 
-
D
 
D
D
 
S
S
 
N
I
 
I
K
 
K
S
 
S
F
 
I
A
 
A
D
 
D
L
 
I
K
 
K
G
 
G
K
 
V
K
 
K
A
 
T
A
 
A
Q
 
Q
S
|
S
L
 
L
T
 
T
S
|
S
N
|
N
F
 
Y
G
 
G
K
 
E
L
 
K
A
 
A
T
 
K
E
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
L
 
L
V
 
V
G
 
P
T
 
V
D
 
D
G
|
G
F
x
L
D
 
A
Q
 
Q
S
 
S
I
 
L
Q
 
T
L
 
L
V
 
I
L
 
E
T
 
Q
K
 
K
R
 
R
A
 
A
D
 
D
A
 
A
T
 
T
I
 
L
N
|
N
D
 
D
S
 
E
L
 
L
S
 
A
F
 
V
L
 
L
D
 
D
F
 
Y
K
 
L
K
 
K
H
 
K
K
 
N
P
 
P
D
 
N
A
 
A
P
 
G
V
 
V
K
 
K
I
 
I
V
 
V
-
 
W
-
 
S
A
 
A
E
 
P
Q
 
A
E
 
D
N
 
E
A
 
K
D
 
V
Y
 
G
S
 
S
G
 
G
I
 
L
I
 
I
I
 
V
R
 
N
K
 
K
N
 
G
E
 
N
P
 
D
E
 
E
L
 
A
L
 
V
A
 
A
E
 
K
I
 
F
N
 
S
K
 
T
A
 
A
L
 
I
A
 
N
D
 
E
I
 
L
K
 
K
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
L
K
 
K
K
 
K
I
 
L
A
 
G
D
 
E
K
 
Q
Y
 
F
F
 
F
G
 
G
Q
 
K
D
 
D
V
 
I
S
 
S

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
44% identity, 85% coverage: 34:252/257 of query aligns to 4:226/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
G
 
G
V
 
T
F
 
L
K
 
R
I
 
V
G
 
G
T
 
T
E
|
E
G
 
A
T
 
T
Y
x
F
A
 
P
P
 
P
F
 
F
T
 
G
Y
 
F
H
 
K
D
 
D
E
 
E
S
 
N
G
 
G
K
 
K
L
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
E
 
D
I
 
L
G
 
A
E
 
K
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
A
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
K
E
 
P
G
 
M
K
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
G
L
 
I
I
 
I
A
 
P
G
 
A
L
 
L
D
 
Q
A
 
S
K
 
G
R
 
K
Y
 
I
D
 
D
T
 
V
V
 
V
I
 
I
N
x
A
Q
x
G
V
x
M
G
x
T
I
 
I
T
 
T
E
 
E
T
 
E
R
|
R
K
 
K
Q
 
K
K
 
Q
Y
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
F
A
 
E
S
 
A
K
 
G
A
 
Q
V
 
A
L
 
I
I
 
V
A
 
V
R
 
K
D
 
K
G
 
G
D
 
N
D
 
D
S
 
S
I
 
I
K
 
K
S
 
S
F
 
L
A
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
K
A
 
V
A
 
G
Q
 
V
S
x
Q
L
 
L
T
 
G
S
|
S
-
x
T
-
 
S
-
 
E
-
 
Q
N
 
H
F
 
V
G
 
K
K
 
K
L
 
V
A
 
A
T
 
K
E
 
D
A
 
A
G
 
G
A
 
V
E
 
K
L
 
V
V
 
K
G
 
K
T
 
F
D
 
D
G
 
N
F
 
F
D
 
S
Q
 
E
S
 
A
I
 
F
Q
 
Q
L
 
E
V
 
L
L
 
K
T
 
S
K
 
G
R
 
R
A
 
V
D
 
D
A
 
A
T
 
V
I
 
V
N
 
T
D
|
D
S
 
N
L
 
A
S
 
V
F
 
A
L
 
L
D
 
A
F
 
Y
K
 
V
K
 
K
H
 
Q
K
 
N
P
 
P
D
 
N
A
 
A
P
 
G
V
 
V
K
 
K
I
 
I
V
 
V
A
 
G
E
 
E
Q
 
T
E
 
F
N
 
S
A
 
G
D
 
E
Y
 
P
S
 
Y
G
 
G
I
 
I
I
 
A
I
 
V
R
 
R
K
 
K
N
 
G
E
 
N
P
 
S
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
E
E
 
K
I
 
I
N
 
N
K
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
E
D
 
E
I
 
M
K
 
K
A
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
D
K
 
K
I
 
I
A
 
Y
D
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
G
 
G

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
44% identity, 86% coverage: 34:253/257 of query aligns to 4:225/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
G
 
G
V
 
T
F
 
L
K
 
R
I
 
V
G
 
G
T
 
T
E
|
E
G
 
A
T
 
T
Y
x
F
A
 
P
P
 
P
F
 
F
T
 
G
Y
 
F
H
 
K
D
 
D
E
 
E
S
 
N
G
 
G
K
 
K
L
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
E
 
D
I
 
L
G
 
A
E
 
K
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
A
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
K
E
 
P
G
 
M
K
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
G
L
 
I
I
 
I
A
 
P
G
 
A
L
 
L
D
 
Q
A
 
S
K
 
G
R
 
K
Y
 
I
D
 
D
T
 
V
V
 
V
I
 
I
N
 
A
Q
x
G
V
x
M
G
x
T
I
 
I
T
 
T
E
 
E
T
 
E
R
|
R
K
 
K
Q
 
K
K
 
Q
Y
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
F
A
 
E
S
 
A
K
 
G
A
 
Q
V
 
A
L
 
I
I
 
V
A
 
V
R
 
K
D
 
K
G
 
G
D
 
N
D
 
D
S
 
S
I
 
I
K
 
K
S
 
S
F
 
L
A
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
K
A
 
V
A
 
G
Q
 
V
S
 
Q
L
 
L
-
 
G
-
x
S
T
|
T
S
 
S
N
 
E
F
 
Q
G
 
H
K
 
V
L
 
K
A
 
K
T
 
V
E
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
V
E
 
K
L
 
V
V
 
K
G
 
K
T
 
F
D
 
D
G
 
N
F
 
F
D
 
S
Q
 
E
S
 
A
I
 
F
Q
 
Q
L
 
E
V
 
L
L
 
K
T
 
S
K
 
G
R
 
R
A
 
V
D
 
D
A
 
A
T
 
V
I
 
V
N
 
T
D
|
D
S
 
N
L
 
A
S
 
V
F
 
A
L
 
L
D
 
A
F
 
Y
K
 
V
K
 
K
H
 
Q
K
 
N
P
 
P
D
 
N
A
 
A
P
 
G
V
 
V
K
 
K
I
 
I
V
 
V
A
 
G
E
 
E
Q
 
T
E
 
F
N
 
S
A
 
G
D
 
E
Y
 
P
S
 
Y
G
 
G
I
 
I
I
 
A
I
 
V
R
 
R
K
 
K
N
 
G
E
 
N
P
 
S
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
E
E
 
K
I
 
I
N
 
N
K
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
E
D
 
E
I
 
M
K
 
K
A
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
D
K
 
K
I
 
I
A
 
Y
D
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
G
 
G
Q
 
E

8gtuA Crystal structure of putative amino acid binding periplasmic abc transporter protein from candidatus liberibacter asiaticus in complex with clidinium (see paper)
40% identity, 86% coverage: 36:255/257 of query aligns to 5:227/236 of 8gtuA

query
sites
8gtuA
F
 
L
K
 
R
I
 
V
G
 
G
T
 
T
E
 
D
G
 
G
T
 
I
Y
|
Y
A
 
P
P
 
P
F
 
H
T
 
S
Y
 
F
H
 
H
-
 
A
-
 
Q
D
 
D
E
 
G
S
 
R
G
 
G
K
 
E
L
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
E
 
D
I
 
L
G
 
I
E
 
K
A
 
E
I
 
V
A
 
A
A
 
H
K
 
R
L
 
L
G
 
N
V
 
L
K
 
K
A
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
F
E
 
E
G
 
T
K
 
A
W
x
V
D
 
S
G
 
G
L
 
L
I
|
I
A
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
D
A
 
T
K
 
N
R
 
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
V
V
 
L
I
 
V
N
|
N
Q
 
-
V
 
V
G
x
A
I
 
I
T
 
T
E
 
P
T
 
E
R
|
R
K
 
Q
Q
 
K
K
 
K
Y
 
Y
D
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
S
x
H
K
 
R
A
 
V
V
 
L
L
 
L
I
 
V
A
 
V
R
 
R
D
 
S
G
 
D
D
 
Q
D
 
Q
S
 
D
I
 
I
K
 
R
S
 
S
F
 
F
A
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
T
G
 
D
K
 
K
K
 
T
A
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
I
L
 
L
T
 
G
S
 
T
N
x
D
F
 
L
G
 
S
K
 
R
L
 
F
A
 
A
T
 
K
E
 
E
A
 
L
G
 
K
A
 
S
E
 
H
L
 
L
V
 
V
G
 
F
T
 
S
D
 
H
G
 
N
F
 
F
D
 
E
Q
 
Q
S
 
S
I
 
L
Q
 
Q
L
 
L
V
 
L
L
 
L
T
 
S
K
 
K
R
 
R
A
 
T
D
 
D
A
 
A
T
 
T
I
 
M
N
 
I
D
 
P
S
 
D
L
 
I
S
 
P
F
 
F
L
 
F
D
 
N
F
 
F
K
 
L
K
 
E
H
 
R
K
 
R
P
 
P
D
 
H
-
 
D
-
 
G
A
 
N
P
 
L
V
 
F
K
 
K
I
 
I
V
 
A
A
 
D
E
 
R
Q
 
M
E
 
K
N
 
D
A
 
N
D
 
S
Y
 
A
S
 
V
G
 
A
I
 
F
I
 
M
I
 
M
R
 
R
K
 
K
N
 
G
E
 
N
P
 
N
E
 
K
L
 
L
L
 
T
A
 
R
E
 
S
I
 
I
N
 
N
K
 
E
A
 
I
L
 
L
A
 
C
D
 
A
I
 
I
K
 
H
A
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
K
K
 
K
I
 
I
A
 
F
D
 
D
K
 
R
Y
 
Y
F
 
F
G
 
D
Q
 
K
D
 
N
V
 
I

8gu1A Crystal structure of putative amino acid binding periplasmic abc transporter protein from candidatus liberibacter asiaticus in complex with pimozide (see paper)
40% identity, 86% coverage: 36:255/257 of query aligns to 3:225/234 of 8gu1A

query
sites
8gu1A
F
 
L
K
 
R
I
 
V
G
 
G
T
|
T
E
x
D
G
 
G
T
 
I
Y
|
Y
A
 
P
P
 
P
F
 
H
T
x
S
Y
 
F
H
 
H
-
 
A
-
 
Q
D
 
D
E
 
G
S
 
R
G
 
G
K
 
E
L
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
E
 
D
I
 
L
G
 
I
E
 
K
A
 
E
I
 
V
A
 
A
A
 
H
K
 
R
L
 
L
G
 
N
V
 
L
K
 
K
A
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
F
E
 
E
G
 
T
K
 
A
W
x
V
D
 
S
G
 
G
L
|
L
I
 
I
A
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
D
A
 
T
K
 
N
R
 
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
V
V
 
L
I
x
V
N
|
N
Q
 
-
V
 
V
G
x
A
I
 
I
T
 
T
E
 
P
T
 
E
R
|
R
K
 
Q
Q
 
K
K
 
K
Y
 
Y
D
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
S
 
H
K
 
R
A
 
V
V
 
L
L
 
L
I
 
V
A
 
V
R
 
R
D
 
S
G
 
D
D
 
Q
D
 
Q
S
 
D
I
 
I
K
 
R
S
 
S
F
 
F
A
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
T
G
 
D
K
 
K
K
 
T
A
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
I
L
 
L
T
 
G
S
x
T
N
 
D
F
x
L
G
 
S
K
 
R
L
 
F
A
 
A
T
 
K
E
 
E
A
 
L
G
 
K
A
 
S
E
 
H
L
 
L
V
 
V
G
 
F
T
 
S
D
 
H
G
 
N
F
|
F
D
 
E
Q
 
Q
S
 
S
I
 
L
Q
 
Q
L
 
L
V
 
L
L
 
L
T
 
S
K
 
K
R
 
R
A
 
T
D
 
D
A
 
A
T
 
T
I
 
M
N
 
I
D
x
P
S
 
D
L
 
I
S
 
P
F
 
F
L
 
F
D
 
N
F
 
F
K
 
L
K
 
E
H
 
R
K
 
R
P
 
P
D
 
H
-
 
D
-
 
G
A
 
N
P
 
L
V
 
F
K
 
K
I
 
I
V
 
A
A
 
D
E
 
R
Q
 
M
E
 
K
N
 
D
A
 
N
D
 
S
Y
 
A
S
 
V
G
 
A
I
 
F
I
 
M
I
 
M
R
 
R
K
 
K
N
 
G
E
 
N
P
 
N
E
 
K
L
 
L
L
 
T
A
 
R
E
 
S
I
 
I
N
 
N
K
 
E
A
 
I
L
 
L
A
 
C
D
 
A
I
 
I
K
 
H
A
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
K
K
 
K
I
 
I
A
 
F
D
 
D
K
 
R
Y
 
Y
F
 
F
G
 
D
Q
 
K
D
 
N
V
 
I

6aalA Crystal structure of putative amino acid binding periplasmic abc transporter protein from candidatus liberibacter asiaticus in complex with arginine (see paper)
40% identity, 86% coverage: 36:255/257 of query aligns to 3:225/234 of 6aalA

query
sites
6aalA
F
 
L
K
 
R
I
 
V
G
 
G
T
 
T
E
 
D
G
 
G
T
 
I
Y
 
Y
A
 
P
P
 
P
F
 
H
T
 
S
Y
 
F
H
 
H
-
 
A
-
 
Q
D
 
D
E
 
G
S
 
R
G
 
G
K
 
E
L
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
E
 
D
I
 
L
G
 
I
E
 
K
A
 
E
I
 
V
A
 
A
A
 
H
K
 
R
L
 
L
G
 
N
V
 
L
K
 
K
A
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
F
E
 
E
G
 
T
K
 
A
W
 
V
D
 
S
G
 
G
L
 
L
I
 
I
A
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
D
A
 
T
K
 
N
R
 
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
V
V
 
L
I
 
V
N
 
N
Q
 
-
V
 
V
G
x
A
I
 
I
T
 
T
E
 
P
T
 
E
R
|
R
K
 
Q
Q
 
K
K
 
K
Y
 
Y
D
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
S
x
H
K
 
R
A
x
V
V
 
L
L
 
L
I
 
V
A
 
V
R
 
R
D
 
S
G
 
D
D
 
Q
D
 
Q
S
 
D
I
 
I
K
 
R
S
 
S
F
 
F
A
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
T
G
 
D
K
 
K
K
 
T
A
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
I
L
 
L
T
 
G
S
x
T
N
x
D
F
 
L
G
 
S
K
 
R
L
 
F
A
 
A
T
 
K
E
 
E
A
 
L
G
 
K
A
 
S
E
 
H
L
 
L
V
 
V
G
 
F
T
 
S
D
 
H
G
 
N
F
 
F
D
 
E
Q
 
Q
S
 
S
I
 
L
Q
 
Q
L
 
L
V
 
L
L
 
L
T
 
S
K
 
K
R
 
R
A
 
T
D
 
D
A
 
A
T
 
T
I
 
M
N
 
I
D
 
P
S
 
D
L
 
I
S
 
P
F
 
F
L
 
F
D
 
N
F
 
F
K
 
L
K
 
E
H
 
R
K
 
R
P
 
P
D
 
H
-
 
D
-
 
G
A
 
N
P
 
L
V
 
F
K
 
K
I
 
I
V
 
A
A
 
D
E
 
R
Q
 
M
E
 
K
N
 
D
A
 
N
D
x
S
Y
 
A
S
 
V
G
 
A
I
 
F
I
 
M
I
 
M
R
 
R
K
 
K
N
 
G
E
 
N
P
 
N
E
 
K
L
 
L
L
 
T
A
 
R
E
 
S
I
 
I
N
 
N
K
 
E
A
 
I
L
 
L
A
 
C
D
 
A
I
 
I
K
 
H
A
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
K
K
 
K
I
 
I
A
 
F
D
 
D
K
 
R
Y
 
Y
F
 
F
G
 
D
Q
 
K
D
 
N
V
 
I

6a80A Crystal structure of putative amino acid binding periplasmic abc transporter protein from candidatus liberibacter asiaticus in complex with cystine (see paper)
40% identity, 86% coverage: 36:255/257 of query aligns to 3:225/234 of 6a80A

query
sites
6a80A
F
 
L
K
 
R
I
 
V
G
 
G
T
 
T
E
 
D
G
 
G
T
 
I
Y
 
Y
A
 
P
P
 
P
F
 
H
T
 
S
Y
 
F
H
 
H
-
 
A
-
 
Q
D
 
D
E
 
G
S
 
R
G
 
G
K
 
E
L
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
E
 
D
I
 
L
G
 
I
E
 
K
A
 
E
I
 
V
A
 
A
A
 
H
K
 
R
L
 
L
G
 
N
V
 
L
K
 
K
A
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
F
E
 
E
G
 
T
K
 
A
W
 
V
D
 
S
G
 
G
L
 
L
I
|
I
A
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
D
A
 
T
K
 
N
R
 
R
Y
 
Y
D
 
D
T
 
V
V
 
L
I
 
V
N
 
N
Q
 
-
V
 
V
G
x
A
I
 
I
T
 
T
E
 
P
T
 
E
R
|
R
K
 
Q
Q
 
K
K
 
K
Y
 
Y
D
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
I
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
S
x
H
K
 
R
A
 
V
V
 
L
L
 
L
I
 
V
A
 
V
R
 
R
D
 
S
G
 
D
D
 
Q
D
 
Q
S
 
D
I
 
I
K
 
R
S
 
S
F
 
F
A
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
T
G
 
D
K
 
K
K
 
T
A
 
V
A
 
A
Q
 
Q
S
 
I
L
 
L
T
 
G
S
x
T
N
 
D
F
 
L
G
 
S
K
 
R
L
 
F
A
 
A
T
 
K
E
 
E
A
 
L
G
 
K
A
 
S
E
 
H
L
 
L
V
 
V
G
 
F
T
 
S
D
 
H
G
 
N
F
 
F
D
 
E
Q
 
Q
S
 
S
I
 
L
Q
 
Q
L
 
L
V
 
L
L
 
L
T
 
S
K
 
K
R
 
R
A
 
T
D
 
D
A
 
A
T
 
T
I
 
M
N
 
I
D
 
P
S
 
D
L
 
I
S
 
P
F
 
F
L
 
F
D
 
N
F
 
F
K
 
L
K
 
E
H
 
R
K
 
R
P
 
P
D
 
H
-
 
D
-
 
G
A
 
N
P
 
L
V
 
F
K
 
K
I
 
I
V
 
A
A
 
D
E
 
R
Q
 
M
E
 
K
N
 
D
A
 
N
D
 
S
Y
 
A
S
 
V
G
 
A
I
 
F
I
 
M
I
 
M
R
 
R
K
 
K
N
 
G
E
 
N
P
 
N
E
 
K
L
 
L
L
 
T
A
 
R
E
 
S
I
 
I
N
 
N
K
 
E
A
 
I
L
 
L
A
 
C
D
 
A
I
 
I
K
 
H
A
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
K
K
 
K
I
 
I
A
 
F
D
 
D
K
 
R
Y
 
Y
F
 
F
G
 
D
Q
 
K
D
 
N
V
 
I

5t0wA Crystal structure of the ancestral amino acid-binding protein anccdt- 1, a precursor of cyclohexadienyl dehydratase
36% identity, 88% coverage: 26:251/257 of query aligns to 2:228/229 of 5t0wA

query
sites
5t0wA
N
 
T
L
 
L
A
 
D
A
 
E
I
 
I
K
 
M
S
 
K
A
 
R
G
 
G
V
 
T
F
 
L
K
 
R
I
 
V
G
 
G
T
 
T
E
x
D
G
 
A
T
 
D
Y
|
Y
A
 
K
P
 
P
F
 
F
T
 
S
Y
 
F
H
 
K
D
 
D
E
 
K
S
 
N
G
 
G
K
 
Q
L
 
Y
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
E
 
D
I
 
L
G
 
A
E
 
K
A
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
K
K
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
A
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
V
E
 
P
G
 
T
K
 
T
W
|
W
D
 
D
G
 
G
L
 
I
I
 
I
A
 
P
G
 
A
L
 
L
D
 
Q
A
 
T
K
 
G
R
 
K
Y
 
F
D
 
D
T
 
I
V
 
V
I
 
M
N
x
S
Q
x
G
V
x
M
G
x
T
I
 
I
T
 
T
E
 
P
T
 
E
R
|
R
K
 
K
Q
 
K
K
 
K
Y
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
M
-
 
T
A
 
A
S
 
G
K
 
Q
A
 
T
V
 
I
L
 
L
I
 
V
A
 
K
R
 
K
D
 
D
G
 
N
D
 
A
D
 
D
S
 
K
I
 
I
K
 
K
S
 
S
F
 
F
A
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
-
G
 
-
K
 
N
K
 
K
A
 
P
A
 
D
Q
 
V
S
 
K
L
 
V
T
 
A
S
 
V
N
x
Q
F
 
L
G
 
G
K
x
T
L
x
T
A
 
S
T
 
E
E
 
Q
A
 
A
G
 
A
A
 
K
E
 
E
L
 
F
V
 
L
G
 
P
T
 
K
-
 
A
-
 
K
-
 
I
-
 
R
-
 
T
-
 
F
D
 
E
G
 
N
F
 
N
D
 
A
Q
 
E
S
 
A
I
 
F
Q
 
Q
L
 
E
V
 
V
L
 
V
T
 
S
K
 
G
R
 
R
A
 
A
D
 
D
A
 
A
T
 
M
I
 
V
N
 
T
D
|
D
S
 
S
L
 
P
S
 
V
F
 
A
L
 
A
D
 
Y
F
 
Y
K
 
A
K
 
K
H
 
-
K
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
L
P
 
A
V
 
V
K
 
V
I
 
V
V
 
V
A
 
D
E
 
E
Q
 
P
E
 
F
N
 
T
A
 
H
D
 
E
Y
 
P
S
 
L
G
 
G
I
 
F
I
 
A
I
 
I
R
 
R
K
 
K
N
 
G
E
 
D
P
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
N
E
 
W
I
 
V
N
 
N
K
 
N
A
 
W
L
 
L
A
 
K
D
 
Q
I
 
M
K
 
K
A
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
D
K
 
K
I
 
L
A
 
Y
D
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F

3vv5A Crystal structure of ttc0807 complexed with (s)-2-aminoethyl-l- cysteine (aec) (see paper)
34% identity, 88% coverage: 30:255/257 of query aligns to 9:234/237 of 3vv5A

query
sites
3vv5A
I
 
I
K
 
K
S
 
R
A
 
S
G
 
G
V
 
E
F
 
I
K
 
R
I
 
I
G
 
G
T
 
T
E
|
E
G
 
G
T
 
A
Y
x
F
A
 
P
P
 
P
F
 
F
T
x
N
Y
 
Y
H
 
F
D
 
D
E
 
E
S
 
R
G
 
N
K
 
Q
L
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
E
V
 
V
E
 
D
I
 
L
G
 
G
E
 
N
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
E
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
A
 
P
E
 
R
F
 
W
V
 
I
E
 
A
G
 
Q
K
 
S
W
x
F
D
 
D
G
 
T
L
 
L
I
 
L
A
 
I
G
 
Q
L
 
L
D
 
N
A
 
Q
K
 
G
R
 
R
Y
 
F
D
 
D
T
 
F
V
 
V
I
 
I
N
x
A
Q
x
S
V
 
H
G
|
G
I
 
I
T
 
T
E
 
E
T
 
E
R
|
R
K
 
A
Q
 
R
K
 
A
Y
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
T
E
 
N
P
 
P
Y
 
H
I
 
Y
A
 
C
S
 
T
K
 
G
A
 
G
V
 
V
L
 
I
I
 
V
A
 
S
R
 
R
D
 
K
G
 
G
D
 
G
D
 
P
S
 
-
I
 
-
K
 
R
S
 
T
F
 
A
A
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
K
 
V
A
 
V
A
 
G
Q
 
V
S
 
Q
L
 
V
T
 
G
S
x
T
N
x
T
F
x
Y
G
 
M
K
 
E
L
 
A
A
 
A
T
 
Q
E
 
K
-
 
I
A
 
P
G
 
G
A
 
I
E
 
K
L
 
E
V
 
V
G
 
R
T
 
T
D
 
Y
G
 
Q
F
 
R
D
 
D
-
 
P
Q
 
D
S
 
A
I
 
L
Q
 
Q
L
 
D
V
 
L
L
 
L
T
 
A
K
 
G
R
 
R
A
 
I
D
 
D
A
 
T
T
 
W
I
 
I
N
 
T
D
 
D
S
 
R
L
 
F
S
 
V
F
 
A
L
 
K
D
 
E
F
 
A
K
 
I
K
 
K
H
 
E
K
 
R
P
 
K
D
 
L
A
 
E
P
 
N
V
 
T
K
 
L
I
 
Q
V
 
V
A
 
G
E
 
E
Q
 
L
E
 
V
N
 
F
A
 
Q
D
 
E
Y
 
R
S
 
V
G
 
A
I
 
M
I
 
A
I
 
V
R
 
A
K
 
K
N
 
G
E
 
N
P
 
K
E
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
D
E
 
A
I
 
L
N
 
N
K
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
E
I
 
L
K
 
M
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
A
K
 
R
I
 
I
A
 
S
D
 
Q
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
G
 
G
Q
 
E
D
 
D
V
 
V

3vvfA Crystal structure of ttc0807 complexed with arginine (see paper)
34% identity, 88% coverage: 30:255/257 of query aligns to 13:238/241 of 3vvfA

query
sites
3vvfA
I
 
I
K
 
K
S
 
R
A
 
S
G
 
G
V
 
E
F
 
I
K
 
R
I
 
I
G
 
G
T
 
T
E
|
E
G
 
G
T
 
A
Y
x
F
A
 
P
P
 
P
F
 
F
T
 
N
Y
 
Y
H
 
F
D
 
D
E
 
E
S
 
R
G
 
N
K
 
Q
L
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
E
V
 
V
E
 
D
I
 
L
G
 
G
E
 
N
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
E
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
A
 
P
E
 
R
F
 
W
V
 
I
E
 
A
G
 
Q
K
 
S
W
x
F
D
 
D
G
 
T
L
 
L
I
 
L
A
 
I
G
 
Q
L
 
L
D
 
N
A
 
Q
K
 
G
R
 
R
Y
 
F
D
 
D
T
 
F
V
 
V
I
 
I
N
x
A
Q
x
S
V
x
H
G
|
G
I
 
I
T
 
T
E
 
E
T
 
E
R
|
R
K
 
A
Q
 
R
K
 
A
Y
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
T
E
 
N
P
 
P
Y
 
H
I
 
Y
A
 
C
S
 
T
K
 
G
A
 
G
V
 
V
L
 
I
I
 
V
A
 
S
R
 
R
D
 
K
G
 
G
D
 
G
D
 
P
S
 
-
I
 
-
K
 
R
S
 
T
F
 
A
A
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
K
 
V
A
 
V
A
 
G
Q
 
V
S
x
Q
L
 
V
T
 
G
S
x
T
N
x
T
F
x
Y
G
 
M
K
 
E
L
 
A
A
 
A
T
 
Q
E
 
K
-
 
I
A
 
P
G
 
G
A
 
I
E
 
K
L
 
E
V
 
V
G
 
R
T
 
T
D
 
Y
G
 
Q
F
 
R
D
 
D
-
 
P
Q
 
D
S
 
A
I
 
L
Q
 
Q
L
 
D
V
 
L
L
 
L
T
 
A
K
 
G
R
 
R
A
 
I
D
 
D
A
 
T
T
 
W
I
 
I
N
 
T
D
 
D
S
 
R
L
 
F
S
 
V
F
 
A
L
 
K
D
 
E
F
 
A
K
 
I
K
 
K
H
 
E
K
 
R
P
 
K
D
 
L
A
 
E
P
 
N
V
 
T
K
 
L
I
 
Q
V
 
V
A
 
G
E
 
E
Q
 
L
E
 
V
N
 
F
A
 
Q
D
x
E
Y
 
R
S
 
V
G
 
A
I
 
M
I
 
A
I
 
V
R
 
A
K
 
K
N
 
G
E
 
N
P
 
K
E
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
D
E
 
A
I
 
L
N
 
N
K
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
E
I
 
L
K
 
M
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
A
K
 
R
I
 
I
A
 
S
D
 
Q
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
G
 
G
Q
 
E
D
 
D
V
 
V

3vveA Crystal structure of ttc0807 complexed with lysine (see paper)
34% identity, 88% coverage: 30:255/257 of query aligns to 13:238/241 of 3vveA

query
sites
3vveA
I
 
I
K
 
K
S
 
R
A
 
S
G
 
G
V
 
E
F
 
I
K
 
R
I
 
I
G
 
G
T
 
T
E
|
E
G
 
G
T
 
A
Y
x
F
A
 
P
P
 
P
F
 
F
T
 
N
Y
 
Y
H
 
F
D
 
D
E
 
E
S
 
R
G
 
N
K
 
Q
L
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
E
V
 
V
E
 
D
I
 
L
G
 
G
E
 
N
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
E
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
A
 
P
E
 
R
F
 
W
V
 
I
E
 
A
G
 
Q
K
 
S
W
x
F
D
 
D
G
 
T
L
 
L
I
 
L
A
 
I
G
 
Q
L
 
L
D
 
N
A
 
Q
K
 
G
R
 
R
Y
 
F
D
 
D
T
 
F
V
 
V
I
 
I
N
 
A
Q
x
S
V
x
H
G
 
G
I
 
I
T
 
T
E
 
E
T
 
E
R
|
R
K
 
A
Q
 
R
K
 
A
Y
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
T
E
 
N
P
 
P
Y
 
H
I
 
Y
A
 
C
S
 
T
K
 
G
A
 
G
V
 
V
L
 
I
I
 
V
A
 
S
R
 
R
D
 
K
G
 
G
D
 
G
D
 
P
S
 
-
I
 
-
K
 
R
S
 
T
F
 
A
A
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
K
 
V
A
 
V
A
 
G
Q
 
V
S
x
Q
L
 
V
T
 
G
S
x
T
N
x
T
F
x
Y
G
 
M
K
 
E
L
 
A
A
 
A
T
 
Q
E
 
K
-
 
I
A
 
P
G
 
G
A
 
I
E
 
K
L
 
E
V
 
V
G
 
R
T
 
T
D
 
Y
G
 
Q
F
 
R
D
 
D
-
 
P
Q
 
D
S
 
A
I
 
L
Q
 
Q
L
 
D
V
 
L
L
 
L
T
 
A
K
 
G
R
 
R
A
 
I
D
 
D
A
 
T
T
 
W
I
 
I
N
 
T
D
 
D
S
 
R
L
 
F
S
 
V
F
 
A
L
 
K
D
 
E
F
 
A
K
 
I
K
 
K
H
 
E
K
 
R
P
 
K
D
 
L
A
 
E
P
 
N
V
 
T
K
 
L
I
 
Q
V
 
V
A
 
G
E
 
E
Q
 
L
E
 
V
N
 
F
A
 
Q
D
x
E
Y
 
R
S
 
V
G
 
A
I
 
M
I
 
A
I
 
V
R
 
A
K
 
K
N
 
G
E
 
N
P
 
K
E
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
D
E
 
A
I
 
L
N
 
N
K
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
E
I
 
L
K
 
M
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
A
K
 
R
I
 
I
A
 
S
D
 
Q
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
G
 
G
Q
 
E
D
 
D
V
 
V

3vvdA Crystal structure of ttc0807 complexed with ornithine (see paper)
34% identity, 88% coverage: 30:255/257 of query aligns to 13:238/241 of 3vvdA

query
sites
3vvdA
I
 
I
K
 
K
S
 
R
A
 
S
G
 
G
V
 
E
F
 
I
K
 
R
I
 
I
G
 
G
T
 
T
E
|
E
G
 
G
T
 
A
Y
 
F
A
 
P
P
 
P
F
 
F
T
 
N
Y
 
Y
H
 
F
D
 
D
E
 
E
S
 
R
G
 
N
K
 
Q
L
 
L
V
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
E
V
 
V
E
 
D
I
 
L
G
 
G
E
 
N
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
E
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
A
 
P
E
 
R
F
 
W
V
 
I
E
 
A
G
 
Q
K
 
S
W
x
F
D
 
D
G
 
T
L
 
L
I
 
L
A
 
I
G
 
Q
L
 
L
D
 
N
A
 
Q
K
 
G
R
 
R
Y
 
F
D
 
D
T
 
F
V
 
V
I
 
I
N
 
A
Q
x
S
V
x
H
G
|
G
I
 
I
T
 
T
E
 
E
T
 
E
R
|
R
K
 
A
Q
 
R
K
 
A
Y
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
T
E
 
N
P
 
P
Y
 
H
I
 
Y
A
 
C
S
 
T
K
 
G
A
 
G
V
 
V
L
 
I
I
 
V
A
 
S
R
 
R
D
 
K
G
 
G
D
 
G
D
 
P
S
 
-
I
 
-
K
 
R
S
 
T
F
 
A
A
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
K
 
V
A
 
V
A
 
G
Q
 
V
S
x
Q
L
 
V
T
 
G
S
x
T
N
x
T
F
x
Y
G
 
M
K
 
E
L
 
A
A
 
A
T
 
Q
E
 
K
-
 
I
A
 
P
G
 
G
A
 
I
E
 
K
L
 
E
V
 
V
G
 
R
T
 
T
D
 
Y
G
 
Q
F
 
R
D
 
D
-
 
P
Q
 
D
S
 
A
I
 
L
Q
 
Q
L
 
D
V
 
L
L
 
L
T
 
A
K
 
G
R
 
R
A
 
I
D
 
D
A
 
T
T
 
W
I
 
I
N
 
T
D
 
D
S
 
R
L
 
F
S
 
V
F
 
A
L
 
K
D
 
E
F
 
A
K
 
I
K
 
K
H
 
E
K
 
R
P
 
K
D
 
L
A
 
E
P
 
N
V
 
T
K
 
L
I
 
Q
V
 
V
A
 
G
E
 
E
Q
 
L
E
 
V
N
 
F
A
 
Q
D
x
E
Y
 
R
S
 
V
G
 
A
I
 
M
I
 
A
I
 
V
R
 
A
K
 
K
N
 
G
E
 
N
P
 
K
E
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
D
E
 
A
I
 
L
N
 
N
K
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
E
I
 
L
K
 
M
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
A
K
 
R
I
 
I
A
 
S
D
 
Q
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
G
 
G
Q
 
E
D
 
D
V
 
V

6svfA Crystal structure of the p235gk mutant of argbp from t. Maritima (see paper)
34% identity, 87% coverage: 30:253/257 of query aligns to 6:229/229 of 6svfA

query
sites
6svfA
I
 
I
K
 
K
S
 
S
A
 
R
G
 
G
V
 
Y
F
 
L
K
 
L
I
 
V
G
 
G
T
 
L
E
 
S
G
 
A
T
 
D
Y
x
F
A
 
P
P
 
P
F
 
F
T
 
E
Y
 
F
H
 
V
D
 
D
E
 
E
S
 
N
G
 
G
K
 
N
L
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
E
 
D
I
 
L
G
 
A
E
 
K
A
 
E
I
 
I
A
 
A
A
 
R
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
E
A
 
L
E
 
K
F
 
I
V
 
V
E
 
D
G
 
M
K
 
T
W
x
F
D
 
D
G
 
G
L
 
L
I
 
I
A
 
P
G
 
S
L
 
L
D
 
L
A
 
T
K
 
K
R
 
K
Y
 
I
D
 
D
T
 
V
V
 
I
I
 
I
N
x
S
Q
x
G
V
x
M
G
x
T
I
 
I
T
 
T
E
 
E
T
 
E
R
|
R
K
 
K
Q
 
K
K
 
V
Y
 
V
D
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
F
-
 
D
A
 
A
S
 
G
K
 
Q
A
 
V
V
 
I
L
 
V
I
 
V
A
 
R
R
 
K
D
 
D
G
 
S
D
 
D
D
 
F
S
 
R
I
 
P
K
 
K
S
 
T
F
 
Y
A
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
V
G
 
G
K
 
K
K
 
T
A
 
V
A
 
A
Q
 
V
S
x
Q
L
 
I
-
 
G
T
|
T
S
x
T
N
 
G
F
 
D
G
 
I
K
 
E
L
 
V
A
 
S
T
 
K
E
 
Y
A
 
D
G
 
G
A
 
I
E
 
K
L
 
V
V
 
V
G
 
R
T
 
F
D
 
D
G
 
K
F
 
F
D
 
T
Q
 
D
S
 
A
I
 
F
Q
 
L
L
 
E
V
 
L
L
 
K
T
 
R
K
 
G
R
 
R
A
 
A
D
 
D
A
 
A
T
 
V
I
 
V
N
 
L
D
|
D
S
 
S
L
 
A
S
 
T
F
 
A
L
 
R
D
 
A
F
 
F
K
 
V
K
 
A
H
 
K
K
 
N
P
 
P
D
 
D
A
 
-
P
 
-
V
 
L
K
 
V
I
 
I
V
 
S
A
 
S
E
 
G
Q
 
V
E
 
L
N
 
S
A
 
S
D
 
E
Y
 
Q
S
 
Y
G
 
G
I
 
I
I
 
A
I
 
V
R
 
R
K
 
K
N
 
E
E
 
D
P
 
T
E
 
D
L
 
L
L
 
L
A
 
E
E
 
F
I
 
I
N
 
N
K
 
S
A
 
V
L
 
L
A
 
R
D
 
E
I
 
L
K
 
K
A
 
K
D
 
S
G
 
G
T
 
K
Y
 
Y
K
 
D
K
 
V
I
 
L
A
 
I
D
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
G
 
S
Q
 
E

3k4uE Crystal structure of putative binding component of abc transporter from wolinella succinogenes dsm 1740 complexed with lysine
32% identity, 85% coverage: 34:251/257 of query aligns to 4:226/234 of 3k4uE

query
sites
3k4uE
G
 
G
V
 
E
F
 
L
K
 
R
I
 
V
G
 
G
T
 
L
E
|
E
G
 
P
T
 
G
Y
|
Y
A
 
L
P
 
P
F
 
F
T
 
E
Y
 
M
H
 
K
D
 
D
E
 
K
S
 
K
G
 
G
K
 
N
L
 
V
V
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
E
 
D
I
 
L
G
 
A
E
 
R
A
 
E
I
 
M
A
 
A
A
 
K
K
 
A
L
 
M
G
 
G
V
 
V
K
 
K
A
 
L
E
 
K
F
 
L
V
 
V
E
 
P
G
 
T
K
 
S
W
|
W
D
 
D
G
 
G
L
 
L
I
 
I
A
 
P
G
 
G
L
 
L
D
 
V
A
 
T
K
 
E
R
 
K
Y
 
F
D
 
D
T
 
I
V
 
I
I
 
I
N
 
S
Q
x
G
V
 
M
G
x
T
I
 
I
T
 
S
E
 
Q
T
 
E
R
|
R
K
 
N
Q
 
L
K
 
R
Y
 
V
D
 
N
F
 
F
S
 
V
E
 
E
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
A
 
V
S
 
V
K
 
G
A
 
Q
V
 
S
L
 
L
I
 
L
A
 
V
R
 
K
D
 
K
G
 
G
-
 
L
D
 
E
D
 
K
S
 
G
I
 
V
K
 
K
S
 
S
F
 
Y
A
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
-
G
 
-
K
 
D
K
 
K
A
 
P
A
 
E
Q
 
L
S
 
T
L
 
L
T
 
V
S
 
T
N
x
K
F
 
F
G
 
G
K
x
V
L
x
S
A
 
A
T
 
E
E
 
Y
A
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
R
-
 
L
-
 
F
-
 
K
G
 
N
A
 
A
E
 
K
L
 
L
V
 
K
G
 
T
T
 
Y
D
 
D
G
 
T
F
x
E
D
 
A
Q
 
E
S
 
A
I
 
V
Q
 
Q
L
 
E
V
 
V
L
 
L
T
 
N
K
 
G
R
 
K
A
 
A
D
 
D
A
 
M
T
 
F
I
 
I
N
 
F
D
|
D
S
 
L
L
 
P
S
 
F
F
 
N
L
 
V
D
 
A
F
 
F
K
 
M
K
 
A
H
 
Q
K
 
K
P
 
G
D
 
Q
A
 
G
P
 
Y
V
 
L
K
 
V
I
 
H
V
 
L
A
 
D
E
 
T
Q
 
S
E
 
L
N
 
T
A
 
Y
D
 
E
Y
 
P
S
 
L
G
 
G
I
 
W
I
 
A
I
 
I
R
 
K
K
 
K
N
 
G
E
 
D
P
 
P
E
 
D
L
 
F
L
 
L
A
 
N
E
 
W
I
 
L
N
 
N
K
 
H
A
 
F
L
 
L
A
 
A
D
 
Q
I
 
I
K
 
K
A
 
H
D
 
D
G
 
G
T
 
S
Y
 
Y
K
 
D
K
 
E
I
 
L
A
 
Y
D
 
E
K
 
R
Y
 
W
F
 
F

1hslA Refined 1.89 angstroms structure of the histidine-binding protein complexed with histidine and its relationship with many other active transport(slash)chemosensory receptors (see paper)
34% identity, 85% coverage: 37:255/257 of query aligns to 7:235/238 of 1hslA

query
sites
1hslA
K
 
R
I
 
I
G
 
G
T
 
T
E
 
D
G
 
P
T
 
T
Y
|
Y
A
 
A
P
 
P
F
 
F
T
 
E
Y
 
S
H
 
K
D
 
N
E
 
A
S
 
Q
G
 
G
K
 
E
L
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
E
 
D
I
 
L
G
 
A
E
 
K
A
 
E
I
 
L
A
 
C
A
 
K
K
 
R
L
 
I
G
 
N
V
 
T
K
 
Q
A
 
C
E
 
T
F
 
F
V
 
V
E
 
E
G
 
N
K
 
P
W
x
L
D
 
D
G
 
A
L
 
L
I
 
I
A
 
P
G
 
S
L
 
L
D
 
K
A
 
A
K
 
K
R
 
K
Y
 
I
D
 
D
T
 
A
V
 
I
I
 
M
N
x
S
Q
x
S
V
x
L
G
x
S
I
 
I
T
 
T
E
 
E
T
 
K
R
|
R
K
 
Q
Q
 
Q
K
 
E
Y
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
T
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
I
 
Y
A
 
A
S
 
A
K
 
D
A
 
S
V
 
R
L
 
L
I
 
V
A
 
V
R
 
A
D
 
K
G
 
N
D
 
S
D
 
D
S
 
I
I
 
Q
K
 
P
S
 
T
F
 
V
A
 
A
D
 
S
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
R
A
 
V
A
 
G
-
 
V
-
 
L
Q
 
Q
S
 
G
L
x
T
T
|
T
S
 
Q
-
 
E
N
 
T
F
 
F
G
 
G
-
 
N
K
 
E
L
 
H
A
 
W
T
 
A
E
 
P
A
 
K
G
 
G
A
 
I
E
 
E
L
 
I
V
 
V
G
 
S
T
 
Y
D
 
Q
G
 
G
F
 
Q
D
 
D
Q
 
N
S
 
I
I
 
Y
Q
 
S
L
 
D
V
 
L
L
 
T
T
 
A
K
 
G
R
 
R
A
 
I
D
 
D
A
 
A
T
 
A
I
 
F
N
 
Q
D
|
D
S
 
E
L
 
V
S
 
A
-
 
A
-
 
S
-
 
E
-
 
G
F
 
F
L
 
L
D
 
K
F
 
Q
-
 
P
-
 
V
-
 
G
K
 
K
K
 
D
H
 
Y
K
 
K
P
 
F
D
 
G
A
 
G
P
 
P
V
 
A
K
 
-
I
 
V
V
 
K
A
 
D
E
 
E
Q
 
K
E
 
L
N
 
F
A
 
G
D
 
V
Y
 
G
S
 
T
G
 
G
I
 
M
I
 
G
I
 
L
R
 
R
K
 
K
N
 
E
E
 
D
P
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
R
A
 
E
E
 
A
I
 
L
N
 
N
K
 
K
A
 
A
L
 
F
A
 
A
D
 
E
I
 
M
K
 
R
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
E
K
 
K
I
 
L
A
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
G
 
D
Q
 
F
D
 
D
V
 
V

P02910 Histidine-binding periplasmic protein; HBP from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 2 papers)
34% identity, 85% coverage: 37:255/257 of query aligns to 29:257/260 of P02910

query
sites
P02910
K
 
R
I
 
I
G
 
G
T
 
T
E
 
D
G
 
P
T
 
T
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
F
 
F
T
x
E
Y
 
S
H
x
K
D
 
N
E
 
A
S
 
Q
G
 
G
K
x
E
L
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
E
 
D
I
 
L
G
 
A
E
 
K
A
 
E
I
 
L
A
 
C
A
 
K
K
 
R
L
 
I
G
 
N
V
 
T
K
 
Q
A
 
C
E
 
T
F
 
F
V
 
V
E
 
E
G
 
N
K
 
P
W
 
L
D
 
D
G
 
A
L
 
L
I
 
I
A
 
P
G
 
S
L
 
L
D
 
K
A
 
A
K
 
K
R
 
K
Y
 
I
D
 
D
T
 
A
V
 
I
I
 
M
N
 
S
Q
 
S
V
 
L
G
 
S
I
 
I
T
 
T
E
 
E
T
 
K
R
 
R
K
 
Q
Q
 
Q
K
 
E
Y
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
T
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
I
 
Y
A
 
A
S
 
A
K
 
D
A
 
S
V
 
R
L
 
L
I
 
V
A
 
V
R
 
A
D
 
K
G
 
N
D
 
S
D
 
D
S
 
I
I
 
Q
K
 
P
S
 
T
F
 
V
A
 
A
D
 
S
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
R
A
 
V
A
 
G
-
 
V
-
 
L
Q
 
Q
S
 
G
L
 
T
T
 
T
S
 
Q
-
 
E
N
 
T
F
 
F
G
 
G
-
 
N
K
 
E
L
 
H
A
 
W
T
 
A
E
 
P
A
 
K
G
 
G
A
 
I
E
 
E
L
 
I
V
 
V
G
 
S
T
 
Y
D
 
Q
G
 
G
F
 
Q
D
 
D
Q
 
N
S
 
I
I
 
Y
Q
 
S
L
x
D
V
 
L
L
 
T
T
 
A
K
 
G
R
|
R
A
 
I
D
|
D
A
 
A
T
 
A
I
 
F
N
 
Q
D
 
D
S
 
E
L
 
V
S
 
A
-
 
A
-
 
S
-
 
E
-
 
G
F
 
F
L
 
L
D
 
K
F
 
Q
-
 
P
-
 
V
-
 
G
K
 
K
K
 
D
H
 
Y
K
 
K
P
 
F
D
 
G
A
 
G
P
 
P
V
 
A
K
 
-
I
 
V
V
 
K
A
 
D
E
 
E
Q
 
K
E
 
L
N
 
F
A
 
G
D
 
V
Y
 
G
S
 
T
G
 
G
I
 
M
I
 
G
I
 
L
R
 
R
K
 
K
N
 
E
E
 
D
P
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
R
A
 
E
E
 
A
I
 
L
N
 
N
K
 
K
A
 
A
L
 
F
A
 
A
D
 
E
I
 
M
K
 
R
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
E
K
 
K
I
 
L
A
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
G
 
D
Q
 
F
D
 
D
V
 
V

Sites not aligning to the query:

2q2cA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
33% identity, 84% coverage: 38:254/257 of query aligns to 5:223/231 of 2q2cA

query
sites
2q2cA
I
 
V
G
 
G
T
 
T
E
 
D
G
 
A
T
 
A
Y
x
F
A
 
A
P
 
P
F
 
F
T
 
E
Y
 
Y
H
 
M
D
 
-
E
 
Q
S
 
K
G
 
G
K
 
K
L
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
E
 
D
I
 
L
G
 
L
E
 
D
A
 
A
I
 
V
A
 
M
A
 
K
K
 
A
L
 
A
G
 
G
V
 
L
K
 
D
A
 
Y
E
 
E
F
 
L
V
 
K
E
 
N
G
 
I
K
 
G
W
|
W
D
 
D
G
 
P
L
 
L
I
 
F
A
 
A
G
 
S
L
 
L
D
 
Q
A
 
S
K
 
K
R
 
E
Y
 
V
D
 
D
T
 
M
V
 
G
I
 
I
N
x
S
Q
x
G
V
x
I
G
x
T
I
 
I
T
 
T
E
 
D
T
 
E
R
|
R
K
 
K
Q
 
Q
K
 
S
Y
 
Y
D
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
F
A
 
E
S
 
A
K
 
T
A
 
Q
V
 
V
L
 
I
I
 
L
A
 
V
R
 
K
D
 
Q
G
 
G
D
 
-
D
 
S
S
 
P
I
 
V
K
 
K
S
 
N
F
 
A
A
 
L
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
T
-
 
I
A
 
G
A
 
V
Q
|
Q
S
 
N
L
 
A
T
|
T
S
x
T
N
 
-
F
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
A
 
G
T
 
Q
E
 
E
A
 
A
G
 
A
A
 
E
E
 
K
L
 
L
V
 
F
G
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
P
-
 
H
T
 
I
D
 
K
G
 
K
F
 
F
D
 
E
Q
 
T
S
 
T
-
 
V
-
 
V
-
 
A
I
 
I
Q
 
M
L
 
E
V
 
L
L
 
L
T
 
N
K
 
G
R
 
G
A
 
V
D
 
D
A
 
A
T
 
V
I
 
I
N
 
T
D
|
D
S
 
N
L
 
A
S
 
V
F
 
A
L
 
N
D
 
E
F
 
Y
K
 
V
K
 
K
H
 
N
K
 
N
P
 
P
D
 
N
A
 
K
P
 
K
V
 
L
K
 
Q
I
 
V
V
 
I
A
 
E
E
 
D
Q
 
P
E
 
K
N
 
N
-
 
F
-
 
A
A
 
S
D
 
E
Y
 
Y
S
 
Y
G
 
G
I
 
M
I
 
I
I
 
F
R
 
P
K
 
K
N
 
N
E
 
S
P
 
-
E
 
E
L
 
L
L
 
K
A
 
A
E
 
K
I
 
V
N
 
D
K
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
K
D
 
N
I
 
V
K
 
I
A
 
N
D
 
S
G
 
G
T
 
K
Y
 
Y
K
 
T
K
 
E
I
 
I
A
 
Y
D
 
K
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
G
 
G
Q
 
K
D
 
E

2q2aA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
33% identity, 84% coverage: 38:254/257 of query aligns to 15:233/241 of 2q2aA

query
sites
2q2aA
I
 
V
G
 
G
T
 
T
E
x
D
G
 
A
T
 
A
Y
x
F
A
 
A
P
 
P
F
 
F
T
 
E
Y
 
Y
H
 
M
D
 
-
E
 
Q
S
 
K
G
 
G
K
 
K
L
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
E
 
D
I
 
L
G
 
L
E
 
D
A
 
A
I
 
V
A
 
M
A
 
K
K
 
A
L
 
A
G
 
G
V
 
L
K
 
D
A
 
Y
E
 
E
F
 
L
V
 
K
E
 
N
G
 
I
K
 
G
W
|
W
D
 
D
G
 
P
L
 
L
I
 
F
A
 
A
G
 
S
L
 
L
D
 
Q
A
 
S
K
 
K
R
 
E
Y
 
V
D
 
D
T
 
M
V
 
G
I
 
I
N
x
S
Q
x
G
V
x
I
G
x
T
I
 
I
T
 
T
E
 
D
T
 
E
R
|
R
K
 
K
Q
 
Q
K
 
S
Y
 
Y
D
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
F
A
 
E
S
 
A
K
 
T
A
 
Q
V
 
V
L
 
I
I
 
L
A
 
V
R
 
K
D
 
Q
G
 
G
D
 
-
D
 
S
S
 
P
I
 
V
K
 
K
S
 
N
F
 
A
A
 
L
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
T
-
 
I
A
 
G
A
 
V
Q
|
Q
S
 
N
L
 
A
T
|
T
S
x
T
N
 
-
F
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
A
 
G
T
 
Q
E
 
E
A
 
A
G
 
A
A
 
E
E
 
K
L
 
L
V
 
F
G
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
P
-
 
H
T
 
I
D
 
K
G
 
K
F
 
F
D
 
E
Q
 
T
S
 
T
-
 
V
-
 
V
-
 
A
I
 
I
Q
 
M
L
 
E
V
 
L
L
 
L
T
 
N
K
 
G
R
 
G
A
 
V
D
 
D
A
 
A
T
 
V
I
 
I
N
 
T
D
|
D
S
 
N
L
 
A
S
 
V
F
 
A
L
 
N
D
 
E
F
 
Y
K
 
V
K
 
K
H
 
N
K
 
N
P
 
P
D
 
N
A
 
K
P
 
K
V
 
L
K
 
Q
I
 
V
V
 
I
A
 
E
E
 
D
Q
 
P
E
 
K
N
 
N
-
 
F
-
 
A
A
 
S
D
 
E
Y
 
Y
S
 
Y
G
 
G
I
 
M
I
 
I
I
 
F
R
 
P
K
 
K
N
 
N
E
 
S
P
 
-
E
 
E
L
 
L
L
 
K
A
 
A
E
 
K
I
 
V
N
 
D
K
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
K
D
 
N
I
 
V
K
 
I
A
 
N
D
 
S
G
 
G
T
 
K
Y
 
Y
K
 
T
K
 
E
I
 
I
A
 
Y
D
 
K
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
G
 
G
Q
 
K
D
 
E

2pvuA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
33% identity, 84% coverage: 38:254/257 of query aligns to 9:227/235 of 2pvuA

query
sites
2pvuA
I
 
V
G
 
G
T
 
T
E
 
D
G
 
A
T
 
A
Y
x
F
A
 
A
P
 
P
F
 
F
T
 
E
Y
 
Y
H
 
M
D
 
-
E
 
Q
S
 
K
G
 
G
K
 
K
L
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
E
 
D
I
 
L
G
 
L
E
 
D
A
 
A
I
 
V
A
 
M
A
 
K
K
 
A
L
 
A
G
 
G
V
 
L
K
 
D
A
 
Y
E
 
E
F
 
L
V
 
K
E
 
N
G
 
I
K
 
G
W
|
W
D
 
D
G
 
P
L
 
L
I
 
F
A
 
A
G
 
S
L
 
L
D
 
Q
A
 
S
K
 
K
R
 
E
Y
 
V
D
 
D
T
 
M
V
 
G
I
 
I
N
 
S
Q
x
G
V
x
I
G
x
T
I
 
I
T
 
T
E
 
D
T
 
E
R
|
R
K
 
K
Q
 
Q
K
 
S
Y
 
Y
D
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
F
A
 
E
S
 
A
K
 
T
A
 
Q
V
 
V
L
 
I
I
 
L
A
 
V
R
 
K
D
 
Q
G
 
G
D
 
-
D
 
S
S
 
P
I
 
V
K
 
K
S
 
N
F
 
A
A
 
L
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
T
-
 
I
A
 
G
A
 
V
Q
|
Q
S
 
N
L
 
A
T
|
T
S
x
T
N
 
-
F
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
A
 
G
T
 
Q
E
 
E
A
 
A
G
 
A
A
 
E
E
 
K
L
 
L
V
 
F
G
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
P
-
 
H
T
 
I
D
 
K
G
 
K
F
 
F
D
 
E
Q
 
T
S
 
T
-
 
V
-
 
V
-
 
A
I
 
I
Q
 
M
L
 
E
V
 
L
L
 
L
T
 
N
K
 
G
R
 
G
A
 
V
D
 
D
A
 
A
T
 
V
I
 
I
N
 
T
D
|
D
S
 
N
L
 
A
S
 
V
F
 
A
L
 
N
D
 
E
F
 
Y
K
 
V
K
 
K
H
 
N
K
 
N
P
 
P
D
 
N
A
 
K
P
 
K
V
 
L
K
 
Q
I
 
V
V
 
I
A
 
E
E
 
D
Q
 
P
E
 
K
N
 
N
-
 
F
-
 
A
A
 
S
D
 
E
Y
 
Y
S
 
Y
G
 
G
I
 
M
I
 
I
I
 
F
R
 
P
K
 
K
N
 
N
E
 
S
P
 
-
E
 
E
L
 
L
L
 
K
A
 
A
E
 
K
I
 
V
N
 
D
K
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
K
D
 
N
I
 
V
K
 
I
A
 
N
D
 
S
G
 
G
T
 
K
Y
 
Y
K
 
T
K
 
E
I
 
I
A
 
Y
D
 
K
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
G
 
G
Q
 
K
D
 
E

P0AEU0 Histidine-binding periplasmic protein; HBP from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
33% identity, 85% coverage: 37:255/257 of query aligns to 29:257/260 of P0AEU0

query
sites
P0AEU0
K
 
R
I
 
I
G
 
G
T
 
T
E
 
D
G
 
P
T
 
T
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
F
 
F
T
 
E
Y
 
S
H
 
K
D
 
N
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
K
 
E
L
 
L
V
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
E
 
D
I
 
L
G
 
A
E
 
K
A
 
E
I
 
L
A
x
C
A
 
K
K
 
R
L
 
I
G
 
N
V
 
T
K
 
Q
A
x
C
E
 
T
F
 
F
V
 
V
E
 
E
G
 
N
K
 
P
W
 
L
D
 
D
G
 
A
L
 
L
I
 
I
A
 
P
G
 
S
L
 
L
D
 
K
A
 
A
K
 
K
R
 
K
Y
 
I
D
 
D
T
 
A
V
 
I
I
 
M
N
x
S
Q
x
S
V
 
L
G
x
S
I
 
I
T
 
T
E
 
E
T
 
K
R
|
R
K
 
Q
Q
 
Q
K
 
E
Y
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
T
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
I
 
Y
A
 
A
S
 
A
K
 
D
A
 
S
V
 
R
L
 
L
I
 
V
A
 
V
R
 
A
D
 
K
G
 
N
D
 
S
D
 
D
S
 
I
I
 
Q
K
 
P
S
 
T
F
 
V
A
 
E
D
 
S
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
R
A
 
V
A
 
G
-
 
V
-
 
L
Q
 
Q
S
 
G
L
 
T
T
|
T
S
 
Q
-
 
E
N
 
T
F
 
F
G
 
G
-
 
N
K
 
E
L
 
H
A
 
W
T
 
A
E
 
P
A
 
K
G
 
G
A
 
I
E
 
E
L
 
I
V
 
V
G
 
S
T
 
Y
D
 
Q
G
 
G
F
 
Q
D
 
D
Q
 
N
S
 
I
I
 
Y
Q
 
S
L
 
D
V
 
L
L
 
T
T
 
A
K
 
G
R
 
R
A
 
I
D
 
D
A
 
A
T
 
A
I
 
F
N
 
Q
D
|
D
S
 
E
L
 
V
S
 
A
-
 
A
-
 
S
-
 
E
-
 
G
F
 
F
L
 
L
-
 
K
-
 
Q
-
 
P
-
 
V
-
 
G
-
 
K
D
 
D
F
 
Y
K
 
K
K
 
F
H
 
G
K
 
G
P
 
P
D
 
-
A
 
-
P
 
-
V
 
-
K
 
S
I
 
V
V
 
K
A
 
D
E
 
E
Q
 
K
E
 
L
N
 
F
A
 
G
D
 
V
Y
 
G
S
 
T
G
 
G
I
 
M
I
 
G
I
 
L
R
 
R
K
 
K
N
 
E
E
 
D
P
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
R
A
 
E
E
 
A
I
 
L
N
 
N
K
 
K
A
 
A
L
 
F
A
 
A
D
 
E
I
 
M
K
 
R
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
E
K
 
K
I
 
L
A
 
A
D
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
G
 
D
Q
 
F
D
 
D
V
 
V

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_011653981.1 NCBI__GCF_000009265.1:WP_011653981.1
MNWLKTVAAAALIQAAALLPAHAGENLAAIKSAGVFKIGTEGTYAPFTYHDESGKLVGFD
VEIGEAIAAKLGVKAEFVEGKWDGLIAGLDAKRYDTVINQVGITETRKQKYDFSEPYIAS
KAVLIARDGDDSIKSFADLKGKKAAQSLTSNFGKLATEAGAELVGTDGFDQSIQLVLTKR
ADATINDSLSFLDFKKHKPDAPVKIVAEQENADYSGIIIRKNEPELLAEINKALADIKAD
GTYKKIADKYFGQDVSK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory