SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011654436.1 NCBI__GCF_000009265.1:WP_011654436.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

4ymtC Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines (see paper)
28% identity, 97% coverage: 2:222/229 of query aligns to 4:211/215 of 4ymtC

query
sites
4ymtC
N
 
D
F
 
F
T
 
L
W
 
S
I
 
M
S
 
V
S
 
K
Y
 
Y
W
 
T
P
 
P
L
 
L
L
 
F
L
 
I
T
 
S
G
 
G
A
 
L
W
 
I
Q
 
M
T
 
T
V
 
L
C
 
K
L
 
L
L
 
T
V
 
F
I
 
L
S
 
A
V
 
V
V
 
T
F
 
I
G
 
G
F
 
V
A
 
L
I
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
F
L
 
I
A
 
A
F
 
L
A
 
M
Q
 
K
V
 
M
S
 
S
G
 
S
G
 
I
R
 
K
L
 
P
T
 
I
R
 
K
L
 
L
L
 
V
A
 
A
R
 
S
S
 
S
Y
 
Y
C
 
I
T
 
E
F
 
V
F
 
I
R
 
R
G
 
G
T
 
T
P
|
P
L
|
L
L
 
L
I
 
V
Q
 
Q
L
 
L
W
 
L
L
 
L
L
 
I
Y
 
Y
Y
 
N
G
 
G
V
 
L
G
 
M
S
 
Q
L
 
F
L
 
G
P
 
M
M
 
N
V
 
I
P
 
P
G
 
A
I
 
-
R
 
-
Q
 
-
S
 
-
L
 
-
F
 
-
W
 
-
P
 
-
I
 
-
L
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
-
F
 
-
F
 
F
F
 
T
A
 
A
A
 
G
V
 
V
S
 
S
-
 
A
F
 
L
T
 
A
L
 
I
N
|
N
Y
 
S
A
 
S
A
 
A
Y
|
Y
E
 
V
A
 
A
E
 
E
V
 
I
L
 
I
R
 
R
G
 
A
A
 
G
L
 
I
L
 
Q
A
 
A
V
 
V
P
 
D
K
 
P
G
 
G
E
 
Q
L
 
N
E
 
E
A
 
A
G
 
A
R
 
R
A
 
S
F
 
L
G
 
G
L
 
M
S
 
T
P
 
H
W
 
A
M
 
M
L
 
A
I
 
M
R
 
R
R
 
Y
I
 
V
W
 
I
L
 
I
P
 
P
R
 
Q
A
 
A
I
 
I
R
 
K
I
 
N
A
 
I
L
 
L
P
 
P
T
 
A
I
 
L
A
 
G
G
 
N
E
|
E
I
 
F
V
 
I
M
 
V
Q
x
M
L
 
L
K
|
K
A
x
E
T
 
S
P
 
A
L
 
I
A
 
V
F
 
S
T
 
V
V
 
I
T
 
G
V
 
F
M
 
A
D
 
D
L
 
L
Y
 
T
A
 
R
V
 
Q
A
 
A
N
 
D
K
 
I
V
 
I
R
 
Q
Q
 
S
D
 
V
T
 
T
L
 
Y
L
 
R
V
 
Y
Y
 
F
E
 
E
P
 
P
L
 
Y
L
 
I
V
 
I
V
 
I
T
 
A
L
 
A
F
 
I
Y
 
Y
L
 
F
A
 
V
L
 
M
T
 
T
A
 
L
V
 
T
I
 
F
A
 
S
R
 
K
V
 
L
F
 
L
R
 
S
S
 
L
L
 
F
E
 
E

4ymwC Crystal structure of an amino acid abc transporter with histidines (see paper)
28% identity, 97% coverage: 2:222/229 of query aligns to 4:211/214 of 4ymwC

query
sites
4ymwC
N
 
D
F
 
F
T
 
L
W
 
S
I
 
M
S
 
V
S
 
K
Y
 
Y
W
 
T
P
 
P
L
 
L
L
 
F
L
 
I
T
 
S
G
 
G
A
 
L
W
 
I
Q
 
M
T
 
T
V
 
L
C
 
K
L
 
L
L
 
T
V
 
F
I
 
L
S
 
A
V
 
V
V
 
T
F
 
I
G
 
G
F
 
V
A
 
L
I
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
F
L
 
I
A
 
A
F
 
L
A
 
M
Q
 
K
V
 
M
S
 
S
G
 
S
G
 
I
R
 
K
L
 
P
T
 
I
R
 
K
L
 
L
L
 
V
A
 
A
R
 
S
S
 
S
Y
 
Y
C
 
I
T
 
E
F
 
V
F
 
I
R
 
R
G
 
G
T
 
T
P
 
P
L
 
L
L
 
L
I
 
V
Q
 
Q
L
 
L
W
 
L
L
 
L
L
 
I
Y
 
Y
Y
 
N
G
 
G
V
 
L
G
 
M
S
 
Q
L
 
F
L
 
G
P
 
M
M
 
N
V
 
I
P
 
P
G
 
A
I
 
-
R
 
-
Q
 
-
S
 
-
L
 
-
F
 
-
W
 
-
P
 
-
I
 
-
L
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
-
F
 
-
F
 
F
F
 
T
A
 
A
A
 
G
V
 
V
S
 
S
-
 
A
F
 
L
T
 
A
L
 
I
N
|
N
Y
 
S
A
 
S
A
 
A
Y
|
Y
E
 
V
A
 
A
E
 
E
V
 
I
L
 
I
R
 
R
G
 
A
A
 
G
L
 
I
L
 
Q
A
 
A
V
 
V
P
 
D
K
 
P
G
 
G
E
 
Q
L
 
N
E
 
E
A
 
A
G
 
A
R
 
R
A
 
S
F
 
L
G
 
G
L
 
M
S
 
T
P
 
H
W
 
A
M
 
M
L
 
A
I
 
M
R
 
R
R
 
Y
I
 
V
W
 
I
L
 
I
P
 
P
R
 
Q
A
 
A
I
 
I
R
 
K
I
 
N
A
 
I
L
 
L
P
 
P
T
 
A
I
 
L
A
 
G
G
 
N
E
|
E
I
 
F
V
 
I
M
 
V
Q
 
M
L
 
L
K
 
K
A
x
E
T
 
S
P
 
A
L
 
I
A
 
V
F
 
S
T
 
V
V
 
I
T
 
G
V
 
F
M
 
A
D
 
D
L
 
L
Y
 
T
A
 
R
V
 
Q
A
 
A
N
 
D
K
 
I
V
 
I
R
 
Q
Q
 
S
D
 
V
T
 
T
L
 
Y
L
 
R
V
 
Y
Y
 
F
E
 
E
P
 
P
L
 
Y
L
 
I
V
 
I
V
 
I
T
 
A
L
 
A
F
 
I
Y
 
Y
L
 
F
A
 
V
L
 
M
T
 
T
A
 
L
V
 
T
I
 
F
A
 
S
R
 
K
V
 
L
F
 
L
R
 
S
S
 
L
L
 
F
E
 
E

Query Sequence

>WP_011654436.1 NCBI__GCF_000009265.1:WP_011654436.1
MNFTWISSYWPLLLTGAWQTVCLLVISVVFGFAIAIGLAFAQVSGGRLTRLLARSYCTFF
RGTPLLIQLWLLYYGVGSLLPMVPGIRQSLFWPILREGFFFAAVSFTLNYAAYEAEVLRG
ALLAVPKGELEAGRAFGLSPWMLIRRIWLPRAIRIALPTIAGEIVMQLKATPLAFTVTVM
DLYAVANKVRQDTLLVYEPLLVVTLFYLALTAVIARVFRSLEAQVPVRR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory