SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011654829.1 NCBI__GCF_000009265.1:WP_011654829.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2cjfA Type ii dehydroquinase inhibitor complex (see paper)
52% identity, 97% coverage: 2:143/147 of query aligns to 5:147/149 of 2cjfA

query
sites
2cjfA
N
 
N
K
 
A
P
 
P
I
 
I
F
 
M
V
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
|
N
L
|
L
N
 
N
L
|
L
L
|
L
G
 
G
Q
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
A
 
E
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
T
 
S
T
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
I
 
V
G
 
E
K
 
A
R
 
L
C
 
C
V
 
V
T
 
K
K
 
A
A
 
A
K
 
A
S
 
A
L
 
H
G
 
G
F
 
G
D
 
T
V
 
V
E
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
F
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
Q
 
E
A
 
A
R
 
R
T
 
L
D
 
N
A
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
I
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
G
x
A
Y
 
Y
T
 
S
F
x
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
N
M
 
T
F
 
C
D
 
D
P
 
G
-
 
L
P
 
P
K
 
V
I
 
V
E
 
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
 
R
E
 
E
S
 
P
I
 
F
Y
x
R
H
 
H
N
 
H
S
 
S
L
 
Y
I
 
V
S
 
S
R
 
Q
V
 
R
A
 
A
T
 
D
A
 
G
I
 
V
M
 
V
I
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
A
 
V
D
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
V
L
 
F
A
 
G
V
 
V
Q
 
E
A
 
R
M
 
I
A
 
A
G
 
A
M
 
L

2bt4A Type ii dehydroquinase inhibitor complex (see paper)
52% identity, 97% coverage: 2:143/147 of query aligns to 5:147/149 of 2bt4A

query
sites
2bt4A
N
 
N
K
 
A
P
 
P
I
 
I
F
 
M
V
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
|
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
A
 
E
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
T
 
S
T
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
I
 
V
G
 
E
K
 
A
R
 
L
C
 
C
V
 
V
T
 
K
K
 
A
A
 
A
K
 
A
S
 
A
L
 
H
G
 
G
F
 
G
D
 
T
V
 
V
E
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
F
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
Q
 
E
A
 
A
R
 
R
T
 
L
D
 
N
A
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
I
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
G
x
A
Y
 
Y
T
 
S
F
x
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
N
M
 
T
F
 
C
D
 
D
P
 
G
-
 
L
P
 
P
K
 
V
I
 
V
E
 
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
 
R
E
 
E
S
 
P
I
 
F
Y
x
R
H
 
H
N
 
H
S
 
S
L
 
Y
I
 
V
S
 
S
R
 
Q
V
 
R
A
 
A
T
 
D
A
 
G
I
 
V
M
 
V
I
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
A
 
V
D
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
V
L
 
F
A
 
G
V
 
V
Q
 
E
A
 
R
M
 
I
A
 
A
G
 
A
M
 
L

1gu1A Crystal structure of type ii dehydroquinase from streptomyces coelicolor complexed with 2,3-anhydro-quinic acid (see paper)
52% identity, 97% coverage: 2:143/147 of query aligns to 5:147/149 of 1gu1A

query
sites
1gu1A
N
 
N
K
 
A
P
 
P
I
 
I
F
 
M
V
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
|
L
N
 
N
L
 
L
L
|
L
G
 
G
Q
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
A
 
E
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
T
 
S
T
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
I
 
V
G
 
E
K
 
A
R
 
L
C
 
C
V
 
V
T
 
K
K
 
A
A
 
A
K
 
A
S
 
A
L
 
H
G
 
G
F
 
G
D
 
T
V
 
V
E
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
F
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
Q
 
E
A
 
A
R
 
R
T
 
L
D
 
N
A
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
I
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
G
x
A
Y
 
Y
T
 
S
F
x
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
N
M
 
T
F
 
C
D
 
D
P
 
G
-
 
L
P
 
P
K
 
V
I
 
V
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
|
R
E
 
E
S
 
P
I
 
F
Y
x
R
H
 
H
N
 
H
S
 
S
L
 
Y
I
 
V
S
 
S
R
 
Q
V
 
R
A
 
A
T
 
D
A
 
G
I
 
V
M
 
V
I
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
A
 
V
D
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
V
L
 
F
A
 
G
V
 
V
Q
 
E
A
 
R
M
 
I
A
 
A
G
 
A
M
 
L

P15474 3-dehydroquinate dehydratase; 3-dehydroquinase; Type II DHQase; EC 4.2.1.10 from Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (see 2 papers)
52% identity, 97% coverage: 2:143/147 of query aligns to 7:149/157 of P15474

query
sites
P15474
N
 
N
K
 
A
P
 
P
I
 
I
F
 
M
V
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
 
N
L
 
L
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
A
 
E
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
T
 
S
T
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
I
 
V
G
 
E
K
 
A
R
 
L
C
 
C
V
 
V
T
 
K
K
 
A
A
 
A
K
 
A
S
 
A
L
 
H
G
 
G
F
 
G
D
 
T
V
 
V
E
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
F
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
Q
 
E
A
 
A
R
 
R
T
 
L
D
 
N
A
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
I
 
V
I
 
I
N
 
N
P
 
P
A
 
A
G
 
A
Y
 
Y
T
 
S
F
 
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
N
M
 
T
F
 
C
D
 
D
P
 
G
-
 
L
P
 
P
K
 
V
I
 
V
E
 
E
L
 
V
H
 
H
I
 
I
S
 
S
N
 
N
V
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
 
R
E
 
E
S
 
P
I
 
F
Y
 
R
H
 
H
N
 
H
S
 
S
L
 
Y
I
 
V
S
 
S
R
 
Q
V
 
R
A
 
A
T
 
D
A
 
G
I
 
V
M
 
V
I
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
A
 
V
D
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
V
L
 
F
A
 
G
V
 
V
Q
 
E
A
 
R
M
 
I
A
 
A
G
 
A
M
 
L

Sites not aligning to the query:

1v1jA Crystal structure of type ii dehydroquintae dehydratase from streptomyces coelicolor in complex with 3-fluoro (see paper)
52% identity, 97% coverage: 2:143/147 of query aligns to 6:148/150 of 1v1jA

query
sites
1v1jA
N
 
N
K
 
A
P
 
P
I
 
I
F
 
M
V
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
A
 
E
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
T
 
S
T
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
I
 
V
G
 
E
K
 
A
R
 
L
C
 
C
V
 
V
T
 
K
K
 
A
A
 
A
K
 
A
S
 
A
L
 
H
G
 
G
F
 
G
D
 
T
V
 
V
E
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
F
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
Q
 
E
A
 
A
R
 
R
T
 
L
D
 
N
A
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
I
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
G
x
A
Y
 
Y
T
 
S
F
x
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
N
M
 
T
F
 
C
D
 
D
P
 
G
-
 
L
P
 
P
K
 
V
I
 
V
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
|
R
E
 
E
S
 
P
I
 
F
Y
x
R
H
 
H
N
 
H
S
 
S
L
 
Y
I
 
V
S
 
S
R
 
Q
V
 
R
A
 
A
T
 
D
A
 
G
I
 
V
M
 
V
I
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
A
 
V
D
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
V
L
 
F
A
 
G
V
 
V
Q
 
E
A
 
R
M
 
I
A
 
A
G
 
A
M
 
L

1gtzA Structure of streptomyces coelicolor type ii dehydroquinase r23a mutant in complex with dehydroshikimate (see paper)
52% identity, 97% coverage: 2:143/147 of query aligns to 5:147/149 of 1gtzA

query
sites
1gtzA
N
 
N
K
 
A
P
 
P
I
 
I
F
 
M
V
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
R
x
A
E
 
Q
P
 
P
A
 
E
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
T
 
S
T
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
I
 
V
G
 
E
K
 
A
R
 
L
C
 
C
V
 
V
T
 
K
K
 
A
A
 
A
K
 
A
S
 
A
L
 
H
G
 
G
F
 
G
D
 
T
V
 
V
E
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
F
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
Q
 
E
A
 
A
R
 
R
T
 
L
D
 
N
A
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
I
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
G
x
A
Y
 
Y
T
 
S
F
x
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
N
M
 
T
F
 
C
D
 
D
P
 
G
-
 
L
P
 
P
K
 
V
I
 
V
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
|
R
E
 
E
S
 
P
I
 
F
Y
x
R
H
 
H
N
 
H
S
 
S
L
 
Y
I
 
V
S
 
S
R
 
Q
V
 
R
A
 
A
T
 
D
A
 
G
I
 
V
M
 
V
I
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
A
 
V
D
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
V
L
 
F
A
 
G
V
 
V
Q
 
E
A
 
R
M
 
I
A
 
A
G
 
A
M
 
L

8idrC Crystal structure of apo-form of dehydroquinate dehydratase from corynebacterium glutamicum (see paper)
49% identity, 96% coverage: 5:145/147 of query aligns to 4:144/147 of 8idrC

query
sites
8idrC
I
 
I
F
 
L
V
 
L
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
 
N
L
 
L
N
 
N
L
 
M
L
 
L
G
 
G
Q
 
K
R
 
R
E
 
E
P
 
P
A
 
D
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
T
 
H
T
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
E
D
 
D
I
 
V
G
 
V
K
 
A
R
 
L
C
 
A
V
 
T
T
 
A
K
 
E
A
 
A
K
 
A
S
 
K
L
 
H
G
 
G
F
 
L
D
 
E
V
 
V
E
 
E
F
 
A
R
 
L
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
F
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
I
E
 
D
S
 
A
V
 
L
H
 
H
Q
 
N
A
 
A
R
 
R
T
 
G
D
 
T
A
 
H
C
 
I
G
 
G
I
 
C
I
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
x
G
G
 
G
Y
 
L
T
 
T
F
 
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
V
K
 
K
M
 
A
F
 
S
D
 
E
P
 
L
P
 
P
K
 
T
I
 
V
E
 
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
P
H
 
H
A
 
A
R
 
R
E
 
E
S
 
E
I
 
F
Y
 
R
H
 
H
N
 
H
S
 
S
L
 
Y
I
 
I
S
 
S
R
 
L
V
 
A
A
 
A
T
 
V
A
 
S
I
 
V
M
 
I
I
 
A
G
 
G
F
 
A
G
 
G
A
 
I
D
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
R
L
 
F
A
 
A
V
 
V
Q
 
D
A
 
I
M
 
L
A
 
A
G
 
N
M
 
L
V
 
K
K
 
K

8iduA Crystal structure of substrate bound-form dehydroquinate dehydratase from corynebacterium glutamicum (see paper)
48% identity, 96% coverage: 5:145/147 of query aligns to 4:144/145 of 8iduA

query
sites
8iduA
I
 
I
F
 
L
V
 
L
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
 
N
L
 
L
N
 
N
L
 
M
L
 
L
G
 
G
Q
 
K
R
 
A
E
 
E
P
 
P
A
 
D
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
T
 
H
T
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
E
D
 
D
I
 
V
G
 
V
K
 
A
R
 
L
C
 
A
V
 
T
T
 
A
K
 
E
A
 
A
K
 
A
S
 
K
L
 
H
G
 
G
F
 
L
D
 
E
V
 
V
E
 
E
F
 
A
R
 
L
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
F
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
I
E
 
D
S
 
A
V
 
L
H
 
H
Q
 
N
A
 
A
R
 
R
T
 
G
D
 
T
A
 
H
C
 
I
G
 
G
I
 
C
I
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
T
 
T
F
x
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
V
K
 
K
M
 
A
F
 
S
D
 
E
P
 
L
P
 
P
K
 
T
I
 
V
E
 
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
P
H
 
H
A
 
A
R
 
R
E
 
E
S
 
E
I
 
F
Y
x
R
H
 
H
N
 
H
S
 
S
L
 
Y
I
 
I
S
 
S
R
 
L
V
 
A
A
 
A
T
 
V
A
 
S
I
 
V
M
 
I
I
 
A
G
 
G
F
 
A
G
 
G
A
 
I
D
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
R
L
 
F
A
 
A
V
 
V
Q
 
D
A
 
I
M
 
L
A
 
A
G
 
N
M
 
L
V
 
K
K
 
K

5ydbA Crystal structure of the complex of type ii dehydroquinate dehydratase from acinetobacter baumannii with dehydroquinic acid at 1.76 angstrom resolution
47% identity, 90% coverage: 5:137/147 of query aligns to 3:136/145 of 5ydbA

query
sites
5ydbA
I
 
I
F
 
L
V
 
V
L
 
I
N
 
H
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
K
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
E
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
H
T
 
L
T
 
T
L
 
L
A
 
D
D
 
N
I
 
I
G
 
N
K
 
R
R
 
Q
C
 
L
V
 
I
T
 
A
K
 
Q
A
 
A
K
 
E
S
 
Q
L
 
A
G
 
S
F
 
I
D
 
T
V
 
L
E
 
D
F
 
T
R
 
F
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
F
 
W
E
 
E
G
 
G
E
 
A
L
 
I
V
 
V
E
 
D
S
 
R
V
 
I
H
 
H
Q
 
Q
A
 
A
R
 
Q
T
 
T
D
 
E
A
 
G
C
 
V
G
 
K
-
 
L
I
 
I
I
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
G
x
A
Y
 
L
T
 
T
F
x
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
L
M
 
G
F
 
V
D
 
A
P
 
I
P
 
P
K
 
F
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
x
L
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
A
I
 
F
Y
x
R
H
 
H
N
 
H
S
 
S
L
 
Y
I
 
L
S
 
S
R
 
D
V
 
K
A
 
A
T
 
I
A
 
G
I
 
V
M
 
I
I
 
C
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
K
G
 
G
Y
 
Y
E
 
S
L
 
F
A
 
A
V
 
L

5b6pB Structure of the dodecameric type-ii dehydrogenate dehydratase from acinetobacter baumannii at 2.00 a resolution (see paper)
47% identity, 90% coverage: 5:137/147 of query aligns to 3:136/145 of 5b6pB

query
sites
5b6pB
I
 
I
F
 
L
V
 
V
L
 
I
N
 
H
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
K
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
E
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
H
T
 
L
T
 
T
L
 
L
A
 
D
D
 
N
I
 
I
G
 
N
K
 
R
R
 
Q
C
 
L
V
 
I
T
 
A
K
 
Q
A
 
A
K
 
E
S
 
Q
L
 
A
G
 
S
F
 
I
D
 
T
V
 
L
E
 
D
F
 
T
R
 
F
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
F
 
W
E
 
E
G
 
G
E
 
A
L
 
I
V
 
V
E
 
D
S
 
R
V
 
I
H
 
H
Q
 
Q
A
 
A
R
 
Q
T
 
T
D
 
E
A
 
G
C
 
V
G
 
K
-
 
L
I
 
I
I
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
 
A
G
x
A
Y
 
L
T
 
T
F
 
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
L
M
 
G
F
 
V
D
 
A
P
 
I
P
 
P
K
 
F
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
x
L
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
A
I
 
F
Y
 
R
H
 
H
N
 
H
S
 
S
L
 
Y
I
 
L
S
 
S
R
 
D
V
 
K
A
 
A
T
 
I
A
 
G
I
 
V
M
 
I
I
 
C
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
K
G
 
G
Y
 
Y
E
 
S
L
 
F
A
 
A
V
 
L

3n76A Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase from mycobacterium tuberculosis in complex with compound 5 (see paper)
44% identity, 95% coverage: 5:144/147 of query aligns to 4:143/143 of 3n76A

query
sites
3n76A
I
 
V
F
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
x
R
L
 
L
G
 
G
Q
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
T
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
G
 
V
K
 
A
R
 
L
C
 
I
V
 
E
T
 
R
K
 
E
A
 
A
K
 
A
S
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
L
D
 
K
V
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
F
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
V
 
L
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
Q
 
Q
A
 
A
R
 
A
T
 
D
D
 
A
A
 
A
C
 
E
G
 
P
I
 
V
I
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
T
 
T
F
x
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
M
 
E
F
 
L
D
 
S
P
 
A
P
 
P
K
 
L
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
I
 
F
Y
x
R
H
 
R
N
 
H
S
 
S
L
 
Y
I
 
L
S
 
S
R
 
P
V
 
I
A
 
A
T
 
T
A
 
G
I
 
V
M
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
D
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
V
 
L
Q
 
R
A
 
Y
M
 
L
A
 
A
G
 
E
M
 
H
V
 
V

4b6pA Structure of mycobacterium tuberculosis type ii dehydroquinase inhibited by (2s)-2-perfluorobenzyl-3-dehydroquinic acid (see paper)
44% identity, 95% coverage: 5:144/147 of query aligns to 3:142/142 of 4b6pA

query
sites
4b6pA
I
 
V
F
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
|
L
G
 
G
Q
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
T
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
G
 
V
K
 
A
R
 
L
C
 
I
V
 
E
T
 
R
K
 
E
A
 
A
K
 
A
S
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
L
D
 
K
V
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
F
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
V
 
L
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
Q
 
Q
A
 
A
R
 
A
T
 
D
D
 
A
A
 
A
C
 
E
G
 
P
I
 
V
I
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
T
 
T
F
x
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
M
 
E
F
 
L
D
 
S
P
 
A
P
 
P
K
 
L
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
I
 
F
Y
x
R
H
 
R
N
 
H
S
 
S
L
 
Y
I
 
L
S
 
S
R
 
P
V
 
I
A
 
A
T
 
T
A
 
G
I
 
V
M
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
D
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
V
 
L
Q
 
R
A
 
Y
M
 
L
A
 
A
G
 
E
M
 
H
V
 
V

4cl0A Structure of the mycobacterium tuberculosis type ii dehydroquinase inhibited by a 3-dehydroquinic acid derivative
44% identity, 93% coverage: 5:141/147 of query aligns to 3:139/140 of 4cl0A

query
sites
4cl0A
I
 
V
F
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
 
L
G
 
G
Q
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
T
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
G
 
V
K
 
A
R
 
L
C
 
I
V
 
E
T
 
R
K
 
E
A
 
A
K
 
A
S
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
L
D
 
K
V
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
F
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
V
 
L
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
Q
 
Q
A
 
A
R
 
A
T
 
D
D
 
A
A
 
A
C
 
E
G
 
P
I
 
V
I
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
T
 
T
F
x
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
M
 
E
F
 
L
D
 
S
P
 
A
P
 
P
K
 
L
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
I
 
F
Y
x
R
H
 
R
N
 
H
S
 
S
L
 
Y
I
 
L
S
 
S
R
 
P
V
 
I
A
 
A
T
 
T
A
 
G
I
 
V
M
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
D
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
V
 
L
Q
 
R
A
 
Y
M
 
L
A
 
A

4b6oA Structure of mycobacterium tuberculosis type ii dehydroquinase inhibited by (2s)-2-(4-methoxy)benzyl-3-dehydroquinic acid (see paper)
44% identity, 93% coverage: 5:141/147 of query aligns to 4:140/142 of 4b6oA

query
sites
4b6oA
I
 
V
F
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
 
L
G
 
G
Q
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
T
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
G
 
V
K
 
A
R
 
L
C
 
I
V
 
E
T
 
R
K
 
E
A
 
A
K
 
A
S
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
L
D
 
K
V
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
F
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
V
 
L
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
Q
 
Q
A
 
A
R
 
A
T
 
D
D
 
A
A
 
A
C
 
E
G
 
P
I
 
V
I
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
T
 
T
F
x
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
M
 
E
F
 
L
D
 
S
P
 
A
P
 
P
K
 
L
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
I
 
F
Y
x
R
H
 
R
N
 
H
S
 
S
L
 
Y
I
 
L
S
 
S
R
 
P
V
 
I
A
 
A
T
 
T
A
 
G
I
 
V
M
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
D
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
V
 
L
Q
 
R
A
 
Y
M
 
L
A
 
A

3n59C Type ii dehydroquinase from mycobacterium tuberculosis complexed with 3-dehydroshikimate (see paper)
44% identity, 93% coverage: 5:141/147 of query aligns to 4:140/142 of 3n59C

query
sites
3n59C
I
 
V
F
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
 
L
G
 
G
Q
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
T
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
G
 
V
K
 
A
R
 
L
C
 
I
V
 
E
T
 
R
K
 
E
A
 
A
K
 
A
S
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
L
D
 
K
V
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
F
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
V
 
L
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
Q
 
Q
A
 
A
R
 
A
T
 
D
D
 
A
A
 
A
C
 
E
G
 
P
I
 
V
I
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
T
 
T
F
x
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
M
 
E
F
 
L
D
 
S
P
 
A
P
 
P
K
 
L
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
I
 
F
Y
x
R
H
 
R
N
 
H
S
 
S
L
 
Y
I
 
L
S
 
S
R
 
P
V
 
I
A
 
A
T
 
T
A
 
G
I
 
V
M
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
D
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
V
 
L
Q
 
R
A
 
Y
M
 
L
A
 
A

4kiwA Design and structural analysis of aromatic inhibitors of type ii dehydroquinate dehydratase from mycobacterium tuberculosis - compound 49e [5-[(3-nitrobenzyl)amino]benzene-1,3-dicarboxylic acid] (see paper)
44% identity, 93% coverage: 5:141/147 of query aligns to 3:139/141 of 4kiwA

query
sites
4kiwA
I
 
V
F
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
|
L
N
 
G
L
x
R
L
|
L
G
 
G
Q
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
T
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
G
 
V
K
 
A
R
 
L
C
 
I
V
 
E
T
 
R
K
 
E
A
 
A
K
 
A
S
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
L
D
 
K
V
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
F
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
V
 
L
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
Q
 
Q
A
 
A
R
 
A
T
 
D
D
 
A
A
 
A
C
 
E
G
 
P
I
 
V
I
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
T
 
T
F
x
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
M
 
E
F
 
L
D
 
S
P
 
A
P
 
P
K
 
L
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
|
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
I
 
F
Y
x
R
H
 
R
N
 
H
S
 
S
L
 
Y
I
 
L
S
 
S
R
 
P
V
 
I
A
 
A
T
 
T
A
 
G
I
 
V
M
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
D
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
V
 
L
Q
 
R
A
 
Y
M
 
L
A
 
A

4kiuA Design and structural analysis of aromatic inhibitors of type ii dehydroquinate dehydratase from mycobacterium tuberculosis - compound 49d [5-[(3-nitrobenzyl)oxy]benzene-1,3-dicarboxylic acid] (see paper)
44% identity, 93% coverage: 5:141/147 of query aligns to 3:139/141 of 4kiuA

query
sites
4kiuA
I
 
V
F
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
x
R
L
|
L
G
 
G
Q
 
R
R
|
R
E
|
E
P
 
P
A
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
T
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
G
 
V
K
 
A
R
 
L
C
 
I
V
 
E
T
 
R
K
 
E
A
 
A
K
 
A
S
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
L
D
 
K
V
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
F
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
V
 
L
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
Q
 
Q
A
 
A
R
 
A
T
 
D
D
 
A
A
 
A
C
 
E
G
 
P
I
 
V
I
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
T
 
T
F
x
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
M
 
E
F
 
L
D
 
S
P
 
A
P
 
P
K
 
L
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
I
 
F
Y
x
R
H
 
R
N
 
H
S
 
S
L
 
Y
I
 
L
S
 
S
R
 
P
V
 
I
A
 
A
T
 
T
A
 
G
I
 
V
M
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
D
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
V
 
L
Q
 
R
A
 
Y
M
 
L
A
 
A

4ciwA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis type 2 dehydroquinase in complex with (1r,4r,5r)-1,4,5-trihydroxy-3-(2-hydroxy) ethylcyclohex-2-ene-1-carboxylic acid (see paper)
44% identity, 93% coverage: 5:141/147 of query aligns to 3:139/141 of 4ciwA

query
sites
4ciwA
I
 
V
F
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
 
L
G
 
G
Q
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
T
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
G
 
V
K
 
A
R
 
L
C
 
I
V
 
E
T
 
R
K
 
E
A
 
A
K
 
A
S
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
L
D
 
K
V
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
F
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
V
 
L
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
Q
 
Q
A
 
A
R
 
A
T
 
D
D
 
A
A
 
A
C
 
E
G
 
P
I
 
V
I
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
T
 
T
F
x
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
M
 
E
F
 
L
D
 
S
P
 
A
P
 
P
K
 
L
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
I
 
F
Y
x
R
H
 
R
N
 
H
S
 
S
L
 
Y
I
 
L
S
 
S
R
 
P
V
 
I
A
 
A
T
 
T
A
 
G
I
 
V
M
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
D
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
V
 
L
Q
 
R
A
 
Y
M
 
L
A
 
A

3n8kM Type ii dehydroquinase from mycobacterium tuberculosis complexed with citrazinic acid (see paper)
44% identity, 94% coverage: 7:144/147 of query aligns to 14:151/151 of 3n8kM

query
sites
3n8kM
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
 
L
G
 
G
Q
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
T
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
G
 
V
K
 
A
R
 
L
C
 
I
V
 
E
T
 
R
K
 
E
A
 
A
K
 
A
S
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
L
D
 
K
V
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
F
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
V
 
L
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
Q
 
Q
A
 
A
R
 
A
T
 
D
D
 
A
A
 
A
C
 
E
G
 
P
I
 
V
I
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
T
 
T
F
x
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
M
 
E
F
 
L
D
 
S
P
 
A
P
 
P
K
 
L
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
I
 
F
Y
x
R
H
 
R
N
 
H
S
 
S
L
 
Y
I
 
L
S
 
S
R
 
P
V
 
I
A
 
A
T
 
T
A
 
G
I
 
V
M
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
D
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
V
 
L
Q
 
R
A
 
Y
M
 
L
A
 
A
G
 
E
M
 
H
V
 
V

3n87A Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase from mycobacterium tuberculosis in complex with inhibitor 3 (see paper)
44% identity, 93% coverage: 5:141/147 of query aligns to 3:139/141 of 3n87A

query
sites
3n87A
I
 
V
F
 
N
V
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
 
L
G
 
G
Q
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
T
 
T
T
 
T
L
 
H
A
 
D
D
 
E
I
 
L
G
 
V
K
 
A
R
 
L
C
 
I
V
 
E
T
 
R
K
 
E
A
 
A
K
 
A
S
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
L
D
 
K
V
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
F
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
V
 
L
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
Q
 
Q
A
 
A
R
 
A
T
 
D
D
 
A
A
 
A
C
 
E
G
 
P
I
 
V
I
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
T
 
T
F
x
H
T
 
T
S
 
S
I
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
M
 
E
F
 
L
D
 
S
P
 
A
P
 
P
K
 
L
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
I
 
F
Y
x
R
H
 
R
N
 
H
S
 
S
L
 
Y
I
 
L
S
 
S
R
 
P
V
 
I
A
 
A
T
 
T
A
 
G
I
 
V
M
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
D
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
V
 
L
Q
 
R
A
 
Y
M
 
L
A
 
A

Query Sequence

>WP_011654829.1 NCBI__GCF_000009265.1:WP_011654829.1
MNKPIFVLNGPNLNLLGQREPAIYGTTTLADIGKRCVTKAKSLGFDVEFRQTNFEGELVE
SVHQARTDACGIIINPAGYTFTSIALLDALKMFDPPKIELHISNVHARESIYHNSLISRV
ATAIMIGFGADGYELAVQAMAGMVKRD

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory