SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011737072.1 NCBI__GCF_000015045.1:WP_011737072.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1vm6B Crystal structure of dihydrodipicolinate reductase (tm1520) from thermotoga maritima at 2.27 a resolution
33% identity, 68% coverage: 74:243/251 of query aligns to 48:217/218 of 1vm6B

query
sites
1vm6B
D
 
D
V
 
V
I
 
V
I
 
I
D
 
D
F
|
F
S
|
S
S
|
S
E
 
P
Q
x
E
G
x
A
V
 
L
D
 
P
Y
 
K
Y
 
T
G
 
V
E
 
D
E
 
L
A
 
C
R
 
K
G
 
K
R
 
Y
K
 
R
I
 
A
A
 
G
V
 
L
V
 
V
S
 
L
A
x
G
I
 
T
S
x
T
E
 
A
Y
 
L
S
 
K
P
 
E
E
 
E
K
 
H
R
 
L
E
 
Q
Y
 
M
L
 
L
K
 
R
Y
 
E
L
 
L
A
 
S
E
 
K
E
 
E
T
 
V
R
 
P
V
 
V
V
 
V
W
 
Q
S
 
A
P
x
Y
N
|
N
I
x
F
T
 
S
I
 
I
G
 
G
I
 
I
N
 
N
F
 
V
L
 
L
M
 
K
I
 
R
A
 
F
A
 
L
K
 
S
V
 
E
L
 
L
K
 
V
N
 
K
I
 
V
A
 
L
P
 
E
Y
 
D
T
 
W
D
 
D
I
 
V
E
 
E
I
 
I
V
 
V
E
 
E
E
 
T
H
|
H
F
 
H
K
 
R
G
 
F
K
|
K
P
 
K
E
 
D
V
 
A
-
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
A
 
A
R
 
I
K
 
L
I
 
L
A
 
E
L
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
-
P
 
K
E
 
S
G
 
V
A
 
P
I
 
I
K
 
H
T
 
S
I
 
L
R
 
R
A
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
V
I
 
P
G
 
G
I
 
D
H
 
H
E
 
V
I
 
V
L
 
V
F
 
F
G
 
G
F
 
N
P
 
I
Y
 
G
Q
 
E
T
 
T
V
 
I
R
 
E
L
 
I
K
 
K
H
 
H
E
 
R
S
 
A
I
 
I
T
 
S
R
 
R
E
 
T
A
 
V
F
|
F
G
 
A
N
 
I
G
 
G
V
 
A
L
 
L
F
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
E
H
 
F
V
 
L
I
 
V
E
 
G
Q
 
K
E
 
D
A
 
P
G
 
G
L
 
M
Y
 
Y
G
 
S
M
 
F
E
 
E
D
 
E
L
 
V
M
 
I

Sites not aligning to the query:

Q9X1K8 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase; HTPA reductase; EC 1.17.1.8 from Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) (see paper)
33% identity, 68% coverage: 74:243/251 of query aligns to 43:212/216 of Q9X1K8

query
sites
Q9X1K8
D
 
D
V
 
V
I
 
V
I
 
I
D
 
D
F
 
F
S
 
S
S
 
S
E
 
P
Q
 
E
G
 
A
V
 
L
D
 
P
Y
 
K
Y
 
T
G
 
V
E
 
D
E
 
L
A
 
C
R
 
K
G
 
K
R
 
Y
K
 
R
I
 
A
A
 
G
V
 
L
V
 
V
S
 
L
A
x
G
I
x
T
S
x
T
E
 
A
Y
 
L
S
 
K
P
 
E
E
 
E
K
 
H
R
 
L
E
 
Q
Y
 
M
L
 
L
K
 
R
Y
 
E
L
 
L
A
 
S
E
 
K
E
 
E
T
 
V
R
 
P
V
 
V
V
 
V
W
 
Q
S
x
A
P
x
Y
N
|
N
I
x
F
T
 
S
I
 
I
G
 
G
I
 
I
N
 
N
F
 
V
L
 
L
M
 
K
I
 
R
A
 
F
A
 
L
K
 
S
V
 
E
L
 
L
K
 
V
N
 
K
I
 
V
A
 
L
P
 
E
Y
 
D
T
 
W
D
 
D
I
 
V
E
 
E
I
 
I
V
 
V
E
 
E
E
 
T
H
 
H
F
 
H
K
 
R
G
 
F
K
|
K
P
 
K
E
 
D
V
 
A
-
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
A
 
A
R
 
I
K
 
L
I
 
L
A
 
E
L
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
-
P
 
K
E
 
S
G
 
V
A
 
P
I
 
I
K
 
H
T
 
S
I
 
L
R
 
R
A
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
V
I
 
P
G
 
G
I
 
D
H
 
H
E
 
V
I
 
V
L
 
V
F
 
F
G
 
G
F
 
N
P
 
I
Y
 
G
Q
 
E
T
 
T
V
 
I
R
 
E
L
 
I
K
 
K
H
 
H
E
 
R
S
 
A
I
 
I
T
 
S
R
 
R
E
 
T
A
 
V
F
 
F
G
 
A
N
 
I
G
 
G
V
 
A
L
 
L
F
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
E
H
 
F
V
 
L
I
 
V
E
 
G
Q
 
K
E
 
D
A
 
P
G
 
G
L
 
M
Y
 
Y
G
 
S
M
 
F
E
 
E
D
 
E
L
 
V
M
 
I

Sites not aligning to the query:

5tejB Structure of 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase from vibrio vulnificus with 2,5 furan dicarboxylic and nadh (see paper)
31% identity, 68% coverage: 74:243/251 of query aligns to 70:264/269 of 5tejB

query
sites
5tejB
D
 
D
V
 
V
I
 
I
I
 
I
D
 
D
F
|
F
S
x
T
S
 
A
E
 
P
Q
 
A
G
x
S
V
 
T
D
 
L
Y
 
N
Y
 
N
G
 
L
E
 
A
E
 
L
A
 
C
R
 
Q
G
 
Q
R
 
Y
K
 
G
I
 
K
A
 
S
V
 
I
V
 
V
S
 
I
A
x
G
I
 
T
S
x
T
E
 
G
Y
 
F
S
 
T
P
 
E
E
 
E
K
 
Q
R
 
R
E
 
E
Y
 
Q
L
 
I
K
 
D
Y
 
L
L
 
V
A
 
A
E
 
Q
E
 
Q
T
 
V
R
 
P
V
 
V
V
 
V
W
 
M
S
 
A
P
|
P
N
|
N
I
x
Y
T
 
S
I
 
V
G
 
G
I
 
V
N
 
N
F
 
L
L
 
V
M
 
F
-
 
K
I
 
L
A
 
L
A
 
E
K
 
K
V
 
A
L
 
A
K
 
K
N
 
V
I
 
M
A
 
G
P
 
D
Y
 
Y
T
 
C
D
 
D
I
 
I
E
 
E
I
 
I
V
 
V
E
 
E
E
 
A
H
|
H
F
x
H
K
 
R
G
 
H
K
|
K
P
 
V
E
 
D
V
 
A
-
 
P
S
|
S
G
|
G
T
|
T
A
 
A
-
 
I
-
 
G
-
 
M
-
 
G
R
 
E
K
 
A
I
 
I
A
 
A
L
 
G
A
 
A
L
 
M
G
 
G
-
 
N
-
 
K
L
 
L
P
 
S
E
 
D
G
 
V
A
 
A
I
 
V
-
 
Y
-
 
A
-
 
R
-
 
E
-
 
G
-
 
I
-
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
R
-
 
T
-
 
K
-
 
D
-
 
E
-
 
I
-
 
G
-
 
F
K
 
A
T
 
T
I
 
I
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
D
I
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
E
H
 
H
E
 
T
I
 
A
L
 
M
F
 
F
G
 
A
F
 
D
P
 
I
Y
 
G
Q
 
E
T
 
R
V
 
V
R
 
E
L
 
I
K
 
T
H
 
H
E
 
K
S
 
A
I
 
T
T
 
D
R
 
R
E
 
M
A
 
T
F
|
F
G
 
A
N
 
N
G
 
G
V
 
A
L
 
V
F
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
V
H
 
W
V
 
L
I
 
H
E
 
E
Q
 
K
E
 
P
A
 
A
G
 
G
L
 
F
Y
 
Y
G
 
T
M
 
M
E
 
T
D
 
D
L
 
V
M
 
L

Sites not aligning to the query:

5tejA Structure of 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase from vibrio vulnificus with 2,5 furan dicarboxylic and nadh (see paper)
31% identity, 68% coverage: 74:243/251 of query aligns to 70:264/269 of 5tejA

query
sites
5tejA
D
 
D
V
 
V
I
 
I
I
 
I
D
 
D
F
|
F
S
x
T
S
 
A
E
 
P
Q
 
A
G
x
S
V
 
T
D
 
L
Y
 
N
Y
 
N
G
 
L
E
 
A
E
 
L
A
 
C
R
 
Q
G
 
Q
R
 
Y
K
 
G
I
 
K
A
 
S
V
 
I
V
 
V
S
 
I
A
x
G
I
 
T
S
x
T
E
 
G
Y
 
F
S
 
T
P
 
E
E
 
E
K
 
Q
R
 
R
E
 
E
Y
 
Q
L
 
I
K
 
D
Y
 
L
L
 
V
A
 
A
E
 
Q
E
 
Q
T
 
V
R
 
P
V
 
V
V
 
V
W
 
M
S
 
A
P
|
P
N
 
N
I
 
Y
T
 
S
I
 
V
G
 
G
I
 
V
N
 
N
F
 
L
L
 
V
M
 
F
-
 
K
I
 
L
A
 
L
A
 
E
K
 
K
V
 
A
L
 
A
K
 
K
N
 
V
I
 
M
A
 
G
P
 
D
Y
 
Y
T
 
C
D
 
D
I
 
I
E
 
E
I
 
I
V
 
V
E
 
E
E
 
A
H
|
H
F
 
H
K
 
R
G
 
H
K
|
K
P
 
V
E
 
D
V
 
A
-
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
A
 
A
-
 
I
-
 
G
-
 
M
-
 
G
R
 
E
K
 
A
I
 
I
A
 
A
L
 
G
A
 
A
L
 
M
G
 
G
-
 
N
-
 
K
L
 
L
P
 
S
E
 
D
G
 
V
A
 
A
I
 
V
-
 
Y
-
 
A
-
 
R
-
 
E
-
 
G
-
 
I
-
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
R
-
 
T
-
 
K
-
 
D
-
 
E
-
 
I
-
 
G
-
 
F
K
 
A
T
 
T
I
 
I
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
D
I
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
E
H
 
H
E
 
T
I
 
A
L
 
M
F
 
F
G
 
A
F
 
D
P
 
I
Y
 
G
Q
 
E
T
 
R
V
 
V
R
 
E
L
 
I
K
 
T
H
 
H
E
 
K
S
 
A
I
 
T
T
 
D
R
 
R
E
 
M
A
 
T
F
 
F
G
 
A
N
 
N
G
 
G
V
 
A
L
 
V
F
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
V
H
 
W
V
 
L
I
 
H
E
 
E
Q
 
K
E
 
P
A
 
A
G
 
G
L
 
F
Y
 
Y
G
 
T
M
 
M
E
 
T
D
 
D
L
 
V
M
 
L

Sites not aligning to the query:

5temA Structure of 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase from vibrio vulnificus with 2,6 pyridine dicarboxylic and nadh (see paper)
31% identity, 68% coverage: 74:243/251 of query aligns to 70:264/266 of 5temA

query
sites
5temA
D
 
D
V
 
V
I
 
I
I
 
I
D
 
D
F
|
F
S
x
T
S
 
A
E
 
P
Q
 
A
G
x
S
V
 
T
D
 
L
Y
 
N
Y
 
N
G
 
L
E
 
A
E
 
L
A
 
C
R
 
Q
G
 
Q
R
 
Y
K
 
G
I
 
K
A
 
S
V
 
I
V
 
V
S
 
I
A
x
G
I
 
T
S
x
T
E
 
G
Y
 
F
S
 
T
P
 
E
E
 
E
K
 
Q
R
 
R
E
 
E
Y
 
Q
L
 
I
K
 
D
Y
 
L
L
 
V
A
 
A
E
 
Q
E
 
Q
T
 
V
R
 
P
V
 
V
V
 
V
W
 
M
S
 
A
P
|
P
N
|
N
I
x
Y
T
 
S
I
 
V
G
 
G
I
 
V
N
 
N
F
 
L
L
 
V
M
 
F
-
 
K
I
 
L
A
 
L
A
 
E
K
 
K
V
 
A
L
 
A
K
 
K
N
 
V
I
 
M
A
 
G
P
 
D
Y
 
Y
T
 
C
D
 
D
I
 
I
E
 
E
I
 
I
V
 
V
E
 
E
E
 
A
H
|
H
F
x
H
K
 
R
G
 
H
K
|
K
P
 
V
E
 
D
V
 
A
-
 
P
S
|
S
G
|
G
T
|
T
A
 
A
-
 
I
-
 
G
-
 
M
-
 
G
R
 
E
K
 
A
I
 
I
A
 
A
L
 
G
A
 
A
L
 
M
G
 
G
-
 
N
-
 
K
L
 
L
P
 
S
E
 
D
G
 
V
A
 
A
I
 
V
-
 
Y
-
 
A
-
 
R
-
 
E
-
 
G
-
 
I
-
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
R
-
 
T
-
 
K
-
 
D
-
 
E
-
 
I
-
 
G
-
 
F
K
 
A
T
 
T
I
 
I
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
D
I
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
E
H
 
H
E
 
T
I
 
A
L
 
M
F
 
F
G
 
A
F
 
D
P
 
I
Y
 
G
Q
 
E
T
 
R
V
 
V
R
 
E
L
 
I
K
 
T
H
 
H
E
 
K
S
 
A
I
 
T
T
 
D
R
 
R
E
 
M
A
 
T
F
|
F
G
 
A
N
 
N
G
 
G
V
 
A
L
 
V
F
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
V
H
 
W
V
 
L
I
 
H
E
 
E
Q
 
K
E
 
P
A
 
A
G
 
G
L
 
F
Y
 
Y
G
 
T
M
 
M
E
 
T
D
 
D
L
 
V
M
 
L

Sites not aligning to the query:

4ywjA Crystal structure of 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase (htpa reductase) from pseudomonas aeruginosa
30% identity, 68% coverage: 74:243/251 of query aligns to 71:265/268 of 4ywjA

query
sites
4ywjA
D
 
D
V
 
V
I
 
L
I
 
I
D
 
D
F
|
F
S
x
T
S
 
H
E
 
P
Q
 
S
G
x
V
V
 
T
D
 
L
Y
 
K
Y
 
N
G
 
I
E
 
E
E
 
Q
A
 
C
R
 
R
G
 
K
R
 
A
K
 
R
I
 
R
A
 
A
V
 
M
V
 
V
S
 
I
A
x
G
I
 
T
S
x
T
E
 
G
Y
 
F
S
 
S
P
 
A
E
 
D
K
 
E
R
 
K
E
 
L
Y
 
L
L
 
L
K
 
A
Y
 
E
L
 
A
A
 
A
E
 
K
E
 
D
T
 
I
R
 
P
V
 
I
V
 
V
W
 
F
S
 
A
P
x
A
N
|
N
I
x
F
T
 
S
I
 
V
G
 
G
I
 
V
N
 
N
F
 
L
L
 
C
M
 
L
-
 
K
-
 
L
-
 
L
-
 
D
I
 
T
A
 
A
A
 
A
K
 
R
V
 
V
L
 
L
K
 
G
N
 
D
I
 
-
A
 
-
P
 
-
Y
 
E
T
 
V
D
 
D
I
 
I
E
 
E
I
 
I
V
 
I
E
 
E
E
 
A
H
|
H
F
 
H
K
 
R
G
 
H
K
|
K
P
 
V
E
 
D
V
 
A
-
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
A
 
A
R
 
L
K
 
R
-
 
M
-
 
G
-
 
E
-
 
V
I
 
V
A
 
A
L
 
Q
A
 
A
L
 
L
G
 
G
-
 
R
-
 
D
L
 
L
P
 
Q
E
 
E
G
 
V
A
 
A
I
 
V
-
 
Y
-
 
G
-
 
R
-
 
E
-
 
G
-
 
Q
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
R
-
 
A
-
 
R
-
 
E
-
 
T
-
 
I
-
 
G
-
 
F
K
 
A
T
 
T
I
 
V
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
D
I
 
V
I
 
V
G
 
G
I
 
D
H
 
H
E
 
T
I
 
V
L
 
L
F
 
F
G
 
A
F
 
A
P
 
E
Y
 
G
Q
 
E
T
 
R
V
 
V
R
 
E
L
 
I
K
 
T
H
 
H
E
 
K
S
 
A
I
 
S
T
 
S
R
|
R
E
 
M
A
 
T
F
|
F
G
 
A
N
 
R
G
 
G
V
 
A
L
 
V
F
 
R
A
 
A
A
 
A
R
 
L
H
 
W
V
 
L
I
 
E
E
 
G
Q
 
K
E
 
E
A
 
N
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
G
 
D
M
 
M
E
 
Q
D
 
D
L
 
V
M
 
L

Sites not aligning to the query:

5z2fA NADPH/pda bound dihydrodipicolinate reductase from paenisporosarcina sp. Tg-14 (see paper)
25% identity, 94% coverage: 9:243/251 of query aligns to 12:265/265 of 5z2fA

query
sites
5z2fA
G
|
G
K
|
K
T
x
M
G
 
G
K
 
Q
A
 
E
V
 
A
A
 
V
S
 
H
V
 
T
L
 
V
L
 
M
Q
 
N
S
 
N
D
 
E
E
 
N
V
 
M
K
 
E
L
 
L
Q
 
V
W
 
A
V
 
V
V
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
H
 
-
N
 
-
L
 
L
E
x
D
H
|
H
R
x
K
S
 
D
V
 
I
P
 
G
E
 
D
F
 
L
L
 
L
G
 
-
I
 
-
N
 
-
A
 
S
R
 
E
D
 
S
P
 
P
G
 
N
M
 
F
I
 
P
Y
 
A
S
 
S
F
 
Y
E
 
E
E
 
V
-
 
P
-
 
V
-
 
F
Y
 
L
T
 
N
A
 
L
Q
 
E
Q
 
S
L
 
L
L
 
I
D
 
V
R
 
T
L
 
I
P
 
K
V
 
P
D
 
D
V
 
V
I
 
F
I
 
L
D
 
D
F
x
L
S
x
T
S
 
T
E
 
P
Q
 
H
G
 
Q
V
 
V
D
 
F
Y
 
E
Y
 
H
G
 
T
E
 
M
E
 
L
A
 
C
R
 
L
G
 
Q
R
 
N
K
 
N
I
 
V
A
 
R
V
 
P
V
 
V
S
 
I
A
x
G
I
x
T
S
x
T
E
 
G
Y
 
F
S
 
T
P
 
D
E
 
E
K
 
Q
R
 
L
E
 
Q
Y
 
Q
L
 
C
K
 
T
Y
 
I
L
 
L
A
 
A
E
 
E
E
 
V
T
 
N
R
 
K
V
 
L
-
 
G
-
 
C
V
 
I
W
 
V
S
 
A
P
|
P
N
|
N
I
x
F
T
 
A
I
 
I
G
 
G
I
 
A
N
 
V
F
 
L
L
 
M
M
 
M
I
 
K
A
 
F
A
 
A
K
 
S
V
 
L
L
 
A
K
 
A
N
 
-
I
 
-
A
 
A
P
 
Y
Y
 
F
T
 
P
D
 
D
I
 
V
E
 
E
I
 
I
V
 
I
E
 
E
E
 
M
H
|
H
F
x
H
K
 
D
G
 
Q
K
|
K
P
 
L
E
 
D
V
 
A
-
 
P
S
|
S
G
|
G
T
|
T
A
 
A
R
 
Y
K
 
K
I
 
T
A
 
A
L
 
Q
A
 
M
L
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
V
-
 
R
-
 
P
-
 
S
-
 
H
-
 
K
-
 
Q
G
 
G
L
 
H
P
 
P
-
 
N
-
 
E
-
 
K
-
 
E
-
 
T
-
 
L
E
 
E
G
 
G
A
 
A
-
 
R
-
 
G
-
 
A
-
 
S
-
 
Y
-
 
D
-
 
G
-
 
I
-
 
P
I
 
I
K
 
H
T
 
S
I
 
V
R
 
R
A
 
L
G
 
P
G
 
G
I
 
L
I
 
I
G
x
A
I
 
H
H
 
Q
E
 
Q
I
 
I
L
 
L
F
 
F
G
 
G
F
 
G
P
 
E
Y
 
G
Q
 
Q
T
 
L
V
 
F
R
 
T
L
 
L
K
 
R
H
 
H
E
 
D
S
 
S
I
 
Y
T
 
N
R
 
R
E
 
Q
A
 
S
F
 
F
G
 
M
N
 
S
G
 
G
V
 
V
L
 
T
F
 
F
A
 
S
A
 
I
R
 
N
H
 
Q
V
 
V
I
 
M
E
 
E
Q
 
I
E
 
K
A
 
E
G
 
L
L
 
V
Y
 
Y
G
 
G
M
 
L
E
 
E
D
 
N
L
 
I
M
 
L

Sites not aligning to the query:

5z2eA Dipicolinate bound dihydrodipicolinate reductase from paenisporosarcina sp. Tg-14 (see paper)
25% identity, 94% coverage: 9:243/251 of query aligns to 12:265/265 of 5z2eA

query
sites
5z2eA
G
 
G
K
 
K
T
 
M
G
 
G
K
 
Q
A
 
E
V
 
A
A
 
V
S
 
H
V
 
T
L
 
V
L
 
M
Q
 
N
S
 
N
D
 
E
E
 
N
V
 
M
K
 
E
L
 
L
Q
 
V
W
 
A
V
 
V
V
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
H
 
-
N
 
-
L
 
L
E
 
D
H
 
H
R
 
K
S
 
D
V
 
I
P
 
G
E
 
D
F
 
L
L
 
L
G
 
-
I
 
-
N
 
-
A
 
S
R
 
E
D
 
S
P
 
P
G
 
N
M
 
F
I
 
P
Y
 
A
S
 
S
F
 
Y
E
 
E
E
 
V
-
 
P
-
 
V
-
 
F
Y
 
L
T
 
N
A
 
L
Q
 
E
Q
 
S
L
 
L
L
 
I
D
 
V
R
 
T
L
 
I
P
 
K
V
 
P
D
 
D
V
 
V
I
 
F
I
 
L
D
 
D
F
 
L
S
 
T
S
 
T
E
 
P
Q
 
H
G
 
Q
V
 
V
D
 
F
Y
 
E
Y
 
H
G
 
T
E
 
M
E
 
L
A
 
C
R
 
L
G
 
Q
R
 
N
K
 
N
I
 
V
A
 
R
V
 
P
V
 
V
S
 
I
A
 
G
I
 
T
S
 
T
E
 
G
Y
 
F
S
 
T
P
 
D
E
 
E
K
 
Q
R
 
L
E
 
Q
Y
 
Q
L
 
C
K
 
T
Y
 
I
L
 
L
A
 
A
E
 
E
E
 
V
T
 
N
R
 
K
V
 
L
-
 
G
-
 
C
V
 
I
W
 
V
S
 
A
P
 
P
N
 
N
I
 
F
T
 
A
I
 
I
G
 
G
I
 
A
N
 
V
F
 
L
L
 
M
M
 
M
I
 
K
A
 
F
A
 
A
K
 
S
V
 
L
L
 
A
K
 
A
N
 
-
I
 
-
A
 
A
P
 
Y
Y
 
F
T
 
P
D
 
D
I
 
V
E
 
E
I
 
I
V
 
I
E
 
E
E
 
M
H
|
H
F
x
H
K
 
D
G
 
Q
K
|
K
P
 
L
E
 
D
V
 
A
-
 
P
S
|
S
G
|
G
T
|
T
A
 
A
R
 
Y
K
 
K
I
 
T
A
 
A
L
 
Q
A
 
M
L
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
V
-
 
R
-
 
P
-
 
S
-
 
H
-
 
K
-
 
Q
G
 
G
L
 
H
P
 
P
-
 
N
-
 
E
-
 
K
-
 
E
-
 
T
-
 
L
E
 
E
G
 
G
A
 
A
-
 
R
-
 
G
-
 
A
-
 
S
-
 
Y
-
 
D
-
 
G
-
 
I
-
 
P
I
 
I
K
 
H
T
 
S
I
 
V
R
 
R
A
 
L
G
 
P
G
 
G
I
 
L
I
 
I
G
 
A
I
 
H
H
 
Q
E
 
Q
I
 
I
L
 
L
F
 
F
G
 
G
F
 
G
P
 
E
Y
 
G
Q
 
Q
T
 
L
V
 
F
R
 
T
L
 
L
K
 
R
H
 
H
E
 
D
S
 
S
I
 
Y
T
 
N
R
 
R
E
 
Q
A
 
S
F
 
F
G
 
M
N
 
S
G
 
G
V
 
V
L
 
T
F
 
F
A
 
S
A
 
I
R
 
N
H
 
Q
V
 
V
I
 
M
E
 
E
Q
 
I
E
 
K
A
 
E
G
 
L
L
 
V
Y
 
Y
G
 
G
M
 
L
E
 
E
D
 
N
L
 
I
M
 
L

P04036 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase; HTPA reductase; EC 1.17.1.8 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
26% identity, 72% coverage: 63:243/251 of query aligns to 61:268/273 of P04036

query
sites
P04036
T
 
T
A
 
V
Q
 
Q
Q
 
S
L
 
S
L
 
L
D
 
D
R
 
A
L
 
V
-
 
K
-
 
D
P
 
D
V
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
F
I
 
I
D
 
D
F
 
F
S
x
T
S
x
R
E
 
P
Q
 
E
G
 
G
V
 
T
D
 
L
Y
 
N
Y
 
H
G
 
L
E
 
A
E
 
F
A
 
C
R
 
R
G
 
Q
R
 
H
K
 
G
I
 
K
A
 
G
V
 
M
V
 
V
S
 
I
A
x
G
I
x
T
S
x
T
E
 
G
Y
 
F
S
 
D
P
 
E
E
 
A
K
 
G
R
 
K
E
 
Q
Y
 
A
L
 
I
K
 
R
Y
 
D
L
 
A
A
 
A
E
 
A
E
 
D
T
 
I
R
 
A
V
 
I
V
 
V
W
 
F
S
x
A
P
x
A
N
|
N
I
x
F
T
 
S
I
 
V
G
 
G
I
 
V
N
 
N
F
 
V
L
 
M
M
 
L
-
 
K
I
 
L
A
 
L
A
 
E
K
 
K
V
 
A
L
 
A
K
 
K
N
 
V
I
 
M
A
 
G
P
 
D
Y
 
Y
T
 
T
D
 
D
I
 
I
E
 
E
I
 
I
V
 
I
E
 
E
E
 
A
H
|
H
F
 
H
K
 
R
G
 
H
K
|
K
P
 
V
E
 
D
V
 
A
-
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
A
 
A
R
 
L
K
 
A
I
 
M
-
 
G
-
 
E
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
D
L
 
K
G
 
D
L
 
L
P
 
K
E
 
D
G
 
C
A
 
A
I
 
V
-
 
Y
-
 
S
-
 
R
-
 
E
-
 
G
-
 
H
-
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
R
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
T
-
 
I
-
 
G
-
 
F
K
 
A
T
 
T
I
 
V
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
D
I
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
E
H
 
H
E
 
T
I
 
A
L
 
M
F
 
F
G
 
A
F
 
D
P
 
I
Y
 
G
Q
 
E
T
 
R
V
 
L
R
 
E
L
 
I
K
 
T
H
 
H
E
 
K
S
 
A
I
 
S
T
 
S
R
|
R
E
 
M
A
 
T
F
|
F
G
 
A
N
 
N
G
 
G
V
 
A
L
 
V
F
 
R
A
 
S
A
 
A
R
 
L
H
 
W
V
 
L
I
 
S
E
 
G
Q
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
G
 
D
M
 
M
E
 
R
D
 
D
L
 
V
M
 
L

Sites not aligning to the query:

1arzB Escherichia coli dihydrodipicolinate reductase in complex with nadh and 2,6 pyridine dicarboxylate (see paper)
26% identity, 72% coverage: 63:243/251 of query aligns to 57:264/269 of 1arzB

query
sites
1arzB
T
 
T
A
 
V
Q
 
Q
Q
 
S
L
 
S
L
 
L
D
 
D
R
 
A
L
 
V
-
 
K
-
 
D
P
 
D
V
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
F
I
 
I
D
 
D
F
|
F
S
x
T
S
x
R
E
 
P
Q
 
E
G
|
G
V
 
T
D
 
L
Y
 
N
Y
x
H
G
 
L
E
 
A
E
 
F
A
 
C
R
 
R
G
 
Q
R
 
H
K
 
G
I
 
K
A
 
G
V
 
M
V
 
V
S
 
I
A
x
G
I
 
T
S
x
T
E
 
G
Y
 
F
S
 
D
P
 
E
E
 
A
K
 
G
R
 
K
E
 
Q
Y
 
A
L
 
I
K
 
R
Y
 
D
L
 
A
A
 
A
E
 
A
E
 
D
T
 
I
R
 
A
V
 
I
V
 
V
W
 
F
S
 
A
P
x
A
N
|
N
I
x
F
T
 
S
I
 
V
G
 
G
I
 
V
N
 
N
F
 
V
L
 
M
M
 
L
-
 
K
I
 
L
A
 
L
A
 
E
K
 
K
V
 
A
L
 
A
K
 
K
N
 
V
I
 
M
A
 
G
P
 
D
Y
 
Y
T
 
T
D
 
D
I
 
I
E
 
E
I
 
I
V
 
I
E
 
E
E
 
A
H
|
H
F
x
H
K
 
R
G
 
H
K
|
K
P
 
V
E
 
D
V
 
A
-
 
P
S
|
S
G
|
G
T
|
T
A
 
A
R
 
L
K
 
A
I
 
M
-
 
G
-
 
E
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
D
L
 
K
G
 
D
L
 
L
P
 
K
E
 
D
G
 
C
A
 
A
I
 
V
-
 
Y
-
 
S
-
 
R
-
 
E
-
 
G
-
 
H
-
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
R
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
T
-
 
I
-
 
G
-
 
F
K
 
A
T
 
T
I
 
V
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
D
I
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
E
H
 
H
E
 
T
I
 
A
L
 
M
F
 
F
G
 
A
F
 
D
P
 
I
Y
 
G
Q
 
E
T
 
R
V
 
L
R
 
E
L
 
I
K
 
T
H
 
H
E
 
K
S
 
A
I
 
S
T
 
S
R
 
R
E
 
M
A
 
T
F
|
F
G
 
A
N
 
N
G
 
G
V
 
A
L
 
V
F
 
R
A
 
S
A
 
A
R
 
L
H
 
W
V
 
L
I
 
S
E
 
G
Q
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
G
 
D
M
 
M
E
 
R
D
 
D
L
 
V
M
 
L

Sites not aligning to the query:

1drwA Escherichia coli dhpr/nhdh complex (see paper)
26% identity, 72% coverage: 63:243/251 of query aligns to 60:267/272 of 1drwA

query
sites
1drwA
T
 
T
A
 
V
Q
 
Q
Q
 
S
L
 
S
L
 
L
D
 
D
R
 
A
L
 
V
-
 
K
-
 
D
P
 
D
V
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
F
I
 
I
D
 
D
F
|
F
S
x
T
S
x
R
E
 
P
Q
 
E
G
 
G
V
 
T
D
 
L
Y
 
N
Y
 
H
G
 
L
E
 
A
E
 
F
A
 
C
R
 
R
G
 
Q
R
 
H
K
 
G
I
 
K
A
 
G
V
 
M
V
 
V
S
 
I
A
x
G
I
x
T
S
x
T
E
 
G
Y
 
F
S
 
D
P
 
E
E
 
A
K
 
G
R
 
K
E
 
Q
Y
 
A
L
 
I
K
 
R
Y
 
D
L
 
A
A
 
A
E
 
A
E
 
D
T
 
I
R
 
A
V
 
I
V
 
V
W
 
F
S
 
A
P
x
A
N
|
N
I
x
F
T
 
S
I
 
V
G
 
G
I
 
V
N
 
N
F
 
V
L
 
M
M
 
L
-
 
K
I
 
L
A
 
L
A
 
E
K
 
K
V
 
A
L
 
A
K
 
K
N
 
V
I
 
M
A
 
G
P
 
D
Y
 
Y
T
 
T
D
 
D
I
 
I
E
 
E
I
 
I
V
 
I
E
 
E
E
 
A
H
|
H
F
 
H
K
 
R
G
 
H
K
|
K
P
 
V
E
 
D
V
 
A
-
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
A
 
A
R
 
L
K
 
A
I
 
M
-
 
G
-
 
E
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
D
L
 
K
G
 
D
L
 
L
P
 
K
E
 
D
G
 
C
A
 
A
I
 
V
-
 
Y
-
 
S
-
 
R
-
 
E
-
 
G
-
 
H
-
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
R
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
T
-
 
I
-
 
G
-
 
F
K
 
A
T
 
T
I
 
V
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
D
I
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
E
H
 
H
E
 
T
I
 
A
L
 
M
F
 
F
G
 
A
F
 
D
P
 
I
Y
 
G
Q
 
E
T
 
R
V
 
L
R
 
E
L
 
I
K
 
T
H
 
H
E
 
K
S
 
A
I
 
S
T
 
S
R
 
R
E
 
M
A
 
T
F
|
F
G
 
A
N
 
N
G
 
G
V
 
A
L
 
V
F
 
R
A
 
S
A
 
A
R
 
L
H
 
W
V
 
L
I
 
S
E
 
G
Q
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
G
 
D
M
 
M
E
 
R
D
 
D
L
 
V
M
 
L

Sites not aligning to the query:

1dihA Three-dimensional structure of e. Coli dihydrodipicolinate reductase (see paper)
26% identity, 72% coverage: 63:243/251 of query aligns to 60:267/272 of 1dihA

query
sites
1dihA
T
 
T
A
 
V
Q
 
Q
Q
 
S
L
 
S
L
 
L
D
 
D
R
 
A
L
 
V
-
 
K
-
 
D
P
 
D
V
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
F
I
 
I
D
 
D
F
|
F
S
x
T
S
x
R
E
 
P
Q
 
E
G
|
G
V
 
T
D
 
L
Y
 
N
Y
 
H
G
 
L
E
 
A
E
 
F
A
 
C
R
 
R
G
 
Q
R
 
H
K
 
G
I
 
K
A
 
G
V
 
M
V
 
V
S
 
I
A
x
G
I
 
T
S
x
T
E
 
G
Y
 
F
S
 
D
P
 
E
E
 
A
K
 
G
R
 
K
E
 
Q
Y
 
A
L
 
I
K
 
R
Y
 
D
L
 
A
A
 
A
E
 
A
E
 
D
T
 
I
R
 
A
V
 
I
V
 
V
W
 
F
S
 
A
P
 
A
N
|
N
I
x
F
T
 
S
I
 
V
G
 
G
I
 
V
N
 
N
F
 
V
L
 
M
M
 
L
-
 
K
I
 
L
A
 
L
A
 
E
K
 
K
V
 
A
L
 
A
K
 
K
N
 
V
I
 
M
A
 
G
P
 
D
Y
 
Y
T
 
T
D
 
D
I
 
I
E
 
E
I
 
I
V
 
I
E
 
E
E
 
A
H
|
H
F
 
H
K
 
R
G
 
H
K
|
K
P
 
V
E
 
D
V
 
A
-
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
A
 
A
R
 
L
K
 
A
I
 
M
-
 
G
-
 
E
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
D
L
 
K
G
 
D
L
 
L
P
 
K
E
 
D
G
 
C
A
 
A
I
 
V
-
 
Y
-
 
S
-
 
R
-
 
E
-
 
G
-
 
H
-
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
R
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
T
-
 
I
-
 
G
-
 
F
K
 
A
T
 
T
I
 
V
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
D
I
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
E
H
 
H
E
 
T
I
 
A
L
 
M
F
 
F
G
 
A
F
 
D
P
 
I
Y
 
G
Q
 
E
T
 
R
V
 
L
R
 
E
L
 
I
K
 
T
H
 
H
E
 
K
S
 
A
I
 
S
T
 
S
R
|
R
E
 
M
A
 
T
F
|
F
G
 
A
N
 
N
G
 
G
V
 
A
L
 
V
F
 
R
A
 
S
A
 
A
R
 
L
H
 
W
V
 
L
I
 
S
E
 
G
Q
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
G
 
D
M
 
M
E
 
R
D
 
D
L
 
V
M
 
L

Sites not aligning to the query:

1drvA Escherichia coli dhpr/acnadh complex (see paper)
26% identity, 72% coverage: 63:243/251 of query aligns to 58:265/270 of 1drvA

query
sites
1drvA
T
 
T
A
 
V
Q
 
Q
Q
 
S
L
 
S
L
 
L
D
 
D
R
 
A
L
 
V
-
 
K
-
 
D
P
 
D
V
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
F
I
 
I
D
 
D
F
|
F
S
x
T
S
x
R
E
 
P
Q
 
E
G
|
G
V
 
T
D
 
L
Y
 
N
Y
 
H
G
 
L
E
 
A
E
 
F
A
 
C
R
 
R
G
 
Q
R
 
H
K
 
G
I
 
K
A
 
G
V
 
M
V
 
V
S
 
I
A
x
G
I
 
T
S
 
T
E
 
G
Y
 
F
S
 
D
P
 
E
E
 
A
K
 
G
R
 
K
E
 
Q
Y
 
A
L
 
I
K
 
R
Y
 
D
L
 
A
A
 
A
E
 
A
E
 
D
T
 
I
R
 
A
V
 
I
V
 
V
W
 
F
S
 
A
P
x
A
N
 
N
I
x
F
T
 
S
I
 
V
G
 
G
I
 
V
N
 
N
F
 
V
L
 
M
M
 
L
-
 
K
I
 
L
A
 
L
A
 
E
K
 
K
V
 
A
L
 
A
K
 
K
N
 
V
I
 
M
A
 
G
P
 
D
Y
 
Y
T
 
T
D
 
D
I
 
I
E
 
E
I
 
I
V
 
I
E
 
E
E
 
A
H
|
H
F
 
H
K
 
R
G
 
H
K
|
K
P
 
V
E
 
D
V
 
A
-
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
A
 
A
R
 
L
K
 
A
I
 
M
-
 
G
-
 
E
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
D
L
 
K
G
 
D
L
 
L
P
 
K
E
 
D
G
 
C
A
 
A
I
 
V
-
 
Y
-
 
S
-
 
R
-
 
E
-
 
G
-
 
H
-
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
R
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
T
-
 
I
-
 
G
-
 
F
K
 
A
T
 
T
I
 
V
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
D
I
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
E
H
 
H
E
 
T
I
 
A
L
 
M
F
 
F
G
 
A
F
 
D
P
 
I
Y
 
G
Q
 
E
T
 
R
V
 
L
R
 
E
L
 
I
K
 
T
H
 
H
E
 
K
S
 
A
I
 
S
T
 
S
R
|
R
E
 
M
A
 
T
F
 
F
G
 
A
N
 
N
G
 
G
V
 
A
L
 
V
F
 
R
A
 
S
A
 
A
R
 
L
H
 
W
V
 
L
I
 
S
E
 
G
Q
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
G
 
D
M
 
M
E
 
R
D
 
D
L
 
V
M
 
L

Sites not aligning to the query:

1druA Escherichia coli dhpr/nadh complex (see paper)
26% identity, 72% coverage: 63:243/251 of query aligns to 58:265/270 of 1druA

query
sites
1druA
T
 
T
A
 
V
Q
 
Q
Q
 
S
L
 
S
L
 
L
D
 
D
R
 
A
L
 
V
-
 
K
-
 
D
P
 
D
V
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
F
I
 
I
D
 
D
F
|
F
S
x
T
S
x
R
E
 
P
Q
 
E
G
|
G
V
 
T
D
 
L
Y
 
N
Y
 
H
G
 
L
E
 
A
E
 
F
A
 
C
R
 
R
G
 
Q
R
 
H
K
 
G
I
 
K
A
 
G
V
 
M
V
 
V
S
 
I
A
x
G
I
x
T
S
x
T
E
 
G
Y
 
F
S
 
D
P
 
E
E
 
A
K
 
G
R
 
K
E
 
Q
Y
 
A
L
 
I
K
 
R
Y
 
D
L
 
A
A
 
A
E
 
A
E
 
D
T
 
I
R
 
A
V
 
I
V
 
V
W
 
F
S
 
A
P
x
A
N
|
N
I
x
F
T
 
S
I
 
V
G
 
G
I
 
V
N
 
N
F
 
V
L
 
M
M
 
L
-
 
K
I
 
L
A
 
L
A
 
E
K
 
K
V
 
A
L
 
A
K
 
K
N
 
V
I
 
M
A
 
G
P
 
D
Y
 
Y
T
 
T
D
 
D
I
 
I
E
 
E
I
 
I
V
 
I
E
 
E
E
 
A
H
|
H
F
 
H
K
 
R
G
 
H
K
|
K
P
 
V
E
 
D
V
 
A
-
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
A
 
A
R
 
L
K
 
A
I
 
M
-
 
G
-
 
E
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
D
L
 
K
G
 
D
L
 
L
P
 
K
E
 
D
G
 
C
A
 
A
I
 
V
-
 
Y
-
 
S
-
 
R
-
 
E
-
 
G
-
 
H
-
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
R
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
T
-
 
I
-
 
G
-
 
F
K
 
A
T
 
T
I
 
V
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
D
I
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
E
H
 
H
E
 
T
I
 
A
L
 
M
F
 
F
G
 
A
F
 
D
P
 
I
Y
 
G
Q
 
E
T
 
R
V
 
L
R
 
E
L
 
I
K
 
T
H
 
H
E
 
K
S
 
A
I
 
S
T
 
S
R
 
R
E
 
M
A
 
T
F
|
F
G
 
A
N
 
N
G
 
G
V
 
A
L
 
V
F
 
R
A
 
S
A
 
A
R
 
L
H
 
W
V
 
L
I
 
S
E
 
G
Q
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
G
 
D
M
 
M
E
 
R
D
 
D
L
 
V
M
 
L

Sites not aligning to the query:

1arzA Escherichia coli dihydrodipicolinate reductase in complex with nadh and 2,6 pyridine dicarboxylate (see paper)
26% identity, 72% coverage: 63:243/251 of query aligns to 58:265/270 of 1arzA

query
sites
1arzA
T
 
T
A
 
V
Q
 
Q
Q
 
S
L
 
S
L
 
L
D
 
D
R
 
A
L
 
V
-
 
K
-
 
D
P
 
D
V
 
F
D
 
D
V
 
V
I
 
F
I
 
I
D
 
D
F
 
F
S
 
T
S
 
R
E
 
P
Q
 
E
G
 
G
V
 
T
D
 
L
Y
 
N
Y
 
H
G
 
L
E
 
A
E
 
F
A
 
C
R
 
R
G
 
Q
R
 
H
K
 
G
I
 
K
A
 
G
V
 
M
V
 
V
S
 
I
A
 
G
I
 
T
S
 
T
E
 
G
Y
 
F
S
 
D
P
 
E
E
 
A
K
 
G
R
 
K
E
 
Q
Y
 
A
L
 
I
K
 
R
Y
 
D
L
 
A
A
 
A
E
 
A
E
 
D
T
 
I
R
 
A
V
 
I
V
 
V
W
 
F
S
 
A
P
 
A
N
 
N
I
 
F
T
 
S
I
 
V
G
 
G
I
 
V
N
 
N
F
 
V
L
 
M
M
 
L
-
 
K
I
 
L
A
 
L
A
 
E
K
 
K
V
 
A
L
 
A
K
 
K
N
 
V
I
 
M
A
 
G
P
 
D
Y
 
Y
T
 
T
D
 
D
I
 
I
E
 
E
I
 
I
V
 
I
E
 
E
E
 
A
H
|
H
F
x
H
K
 
R
G
 
H
K
|
K
P
 
V
E
 
D
V
 
A
-
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
A
 
A
R
 
L
K
 
A
I
 
M
-
 
G
-
 
E
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
D
L
 
K
G
 
D
L
 
L
P
 
K
E
 
D
G
 
C
A
 
A
I
 
V
-
 
Y
-
 
S
-
 
R
-
 
E
-
 
G
-
 
H
-
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
R
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
T
-
 
I
-
 
G
-
 
F
K
 
A
T
 
T
I
 
V
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
D
I
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
E
H
 
H
E
 
T
I
 
A
L
 
M
F
 
F
G
 
A
F
 
D
P
 
I
Y
 
G
Q
 
E
T
 
R
V
 
L
R
 
E
L
 
I
K
 
T
H
 
H
E
 
K
S
 
A
I
 
S
T
 
S
R
 
R
E
 
M
A
 
T
F
 
F
G
 
A
N
 
N
G
 
G
V
 
A
L
 
V
F
 
R
A
 
S
A
 
A
R
 
L
H
 
W
V
 
L
I
 
S
E
 
G
Q
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
L
 
L
Y
 
F
G
 
D
M
 
M
E
 
R
D
 
D
L
 
V
M
 
L

5wolA Crystal structure of dihydrodipicolinate reductase dapb from coxiella burnetii
27% identity, 68% coverage: 74:243/251 of query aligns to 49:230/230 of 5wolA

query
sites
5wolA
D
 
D
V
 
V
I
 
V
I
 
I
D
 
D
F
|
F
S
x
T
S
x
T
E
 
P
Q
 
Q
G
x
S
V
 
V
D
 
F
Y
 
H
Y
 
N
G
 
A
E
 
E
-
 
I
-
 
I
-
 
I
E
 
Q
A
 
S
R
 
G
G
 
A
R
 
R
K
 
P
I
 
V
A
 
I
V
x
G
V
x
T
S
x
T
A
 
G
I
 
L
S
 
T
E
 
-
Y
 
-
S
 
-
P
 
-
E
 
-
K
 
-
R
 
L
E
 
E
Y
 
Q
L
 
I
K
 
A
Y
 
L
L
 
L
A
 
D
E
 
K
E
 
Q
T
 
C
R
 
R
-
 
N
-
 
K
-
 
K
-
 
L
-
 
G
V
 
A
V
 
I
W
 
V
S
 
A
P
|
P
N
|
N
I
x
F
T
 
S
I
 
V
G
 
G
I
 
A
N
 
V
F
 
L
L
 
M
M
 
M
I
 
K
A
 
Y
A
 
A
K
 
K
V
 
E
L
 
A
K
 
A
N
 
H
I
 
Y
A
 
F
P
 
P
Y
 
-
T
 
-
D
 
D
I
 
V
E
 
E
I
 
I
V
 
I
E
 
E
E
 
M
H
|
H
F
 
H
K
 
S
G
 
Q
K
|
K
P
 
I
E
 
D
V
 
A
-
 
P
S
 
S
G
 
G
T
|
T
A
 
A
R
 
I
K
|
K
I
 
T
A
 
A
L
 
Q
A
 
M
L
 
I
G
 
G
-
 
E
-
 
M
-
 
R
-
 
S
-
 
S
L
 
R
P
 
A
E
 
R
G
 
G
A
 
E
I
 
I
K
 
K
-
 
N
-
 
G
-
 
I
-
 
P
-
 
I
-
 
H
T
 
S
I
 
I
R
 
R
A
 
L
G
 
P
G
 
G
I
 
L
I
 
F
G
 
S
I
 
H
H
 
Q
E
 
S
I
 
V
L
 
I
F
 
F
G
 
G
F
 
S
P
 
N
Y
 
G
Q
 
E
T
 
T
V
 
L
R
 
T
L
 
I
K
 
R
H
 
H
E
 
D
S
 
G
I
 
M
T
 
D
R
 
R
E
 
N
A
 
C
F
 
T
G
 
M
N
 
P
G
 
G
V
 
I
L
 
F
F
 
M
A
 
A
A
 
C
R
 
R
H
 
K
V
 
V
I
 
M
E
 
E
Q
 
L
E
 
D
A
 
Y
G
 
L
L
 
V
Y
 
Y
G
 
G
M
 
L
E
 
E
D
 
N
L
 
L
M
 
L

Sites not aligning to the query:

3ijpA Crystal structure of dihydrodipicolinate reductase from bartonella henselae at 2.0a resolution (see paper)
25% identity, 97% coverage: 1:243/251 of query aligns to 2:264/266 of 3ijpA

query
sites
3ijpA
M
 
M
K
 
R
V
 
L
G
 
T
L
 
V
M
 
V
G
|
G
F
 
A
-
x
N
G
|
G
K
x
R
T
x
M
G
 
G
K
 
R
A
 
E
V
 
L
A
 
I
S
 
T
V
 
A
L
x
I
L
x
Q
Q
 
R
S
x
R
D
 
K
E
 
D
V
|
V
K
 
E
L
 
L
Q
 
C
W
 
A
V
 
V
-
 
L
V
 
V
R
|
R
R
 
K
S
 
G
H
 
S
N
 
S
L
 
F
E
 
V
H
 
D
R
 
K
S
 
D
V
 
A
P
 
S
-
 
I
-
 
L
-
 
I
-
 
G
-
 
S
E
 
D
F
 
F
L
 
L
G
 
G
I
 
V
N
 
R
-
 
I
A
 
T
R
 
D
D
 
D
P
 
P
G
 
E
M
 
S
I
 
A
Y
 
F
S
 
S
F
 
N
E
 
T
E
 
E
Y
 
G
T
 
-
A
 
-
Q
 
-
Q
 
-
L
 
-
L
 
-
D
 
-
R
 
-
L
 
-
P
 
-
V
 
-
D
 
-
V
 
-
I
 
I
I
 
L
D
 
D
F
|
F
S
|
S
S
x
Q
E
 
P
Q
 
Q
G
x
A
V
 
S
D
 
V
Y
 
L
Y
 
Y
G
 
A
E
 
N
E
 
Y
A
 
A
R
 
A
G
 
Q
R
 
K
K
 
S
I
 
L
A
 
I
V
 
H
V
 
I
S
 
I
A
x
G
I
 
T
S
x
T
E
 
G
Y
 
F
S
 
S
P
 
K
E
 
T
K
 
E
R
 
E
E
 
A
Y
 
Q
L
 
I
K
 
A
Y
 
D
L
 
F
A
 
A
E
 
K
E
 
Y
T
 
T
R
 
T
V
 
I
V
 
V
W
 
K
S
 
S
P
x
G
N
|
N
I
x
M
T
 
S
I
 
L
G
 
G
I
 
V
N
 
N
F
 
L
L
 
L
M
 
A
-
 
N
I
 
L
A
 
V
A
 
K
K
 
R
V
 
A
L
 
A
K
 
K
N
 
A
I
 
L
A
 
D
P
 
D
Y
 
D
T
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
E
I
 
I
V
 
Y
E
 
E
E
 
M
H
|
H
F
 
H
K
 
A
G
 
N
K
|
K
P
 
V
E
 
D
V
 
S
-
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
A
 
A
R
 
-
K
 
-
I
 
L
A
 
L
L
 
L
A
 
G
L
 
Q
G
 
A
L
 
A
P
 
A
E
 
E
G
 
G
-
 
R
-
 
N
-
 
I
A
 
M
I
 
L
K
 
K
T
 
N
I
 
V
-
 
S
-
 
V
-
 
N
-
 
G
-
 
R
-
 
S
-
 
G
-
 
H
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
R
-
 
E
-
 
K
-
 
G
-
 
T
-
 
I
-
 
G
-
 
F
-
 
A
-
 
C
-
 
S
R
 
R
A
 
G
G
 
G
G
 
T
I
 
V
I
 
I
G
 
G
I
 
D
H
 
H
E
 
S
I
 
I
L
 
T
F
 
F
G
 
A
F
 
G
P
 
E
Y
 
N
Q
 
E
T
 
R
V
 
I
R
 
V
L
 
L
K
 
S
H
 
H
E
 
I
S
 
A
I
 
Q
T
 
E
R
 
R
E
 
S
A
 
I
F
|
F
G
 
A
N
 
N
G
 
G
V
 
A
L
 
L
F
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
L
H
 
W
V
 
A
I
 
K
E
 
N
Q
 
H
E
 
E
A
 
N
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
G
 
S
M
 
M
E
 
L
D
 
D
L
 
V
M
 
L

3ijpB Crystal structure of dihydrodipicolinate reductase from bartonella henselae at 2.0a resolution (see paper)
25% identity, 97% coverage: 1:243/251 of query aligns to 2:264/267 of 3ijpB

query
sites
3ijpB
M
 
M
K
 
R
V
 
L
G
 
T
L
 
V
M
 
V
G
 
G
F
 
A
-
 
N
G
 
G
K
 
R
T
 
M
G
 
G
K
 
R
A
 
E
V
 
L
A
 
I
S
 
T
V
 
A
L
x
I
L
x
Q
Q
 
R
S
x
R
D
 
K
E
 
D
V
|
V
K
x
E
L
 
L
Q
 
C
W
 
A
V
 
V
-
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
K
S
 
G
H
 
S
N
 
S
L
 
F
E
 
V
H
 
D
R
 
K
S
 
D
V
 
A
P
 
S
-
 
I
-
 
L
-
 
I
-
 
G
-
 
S
E
 
D
F
 
F
L
 
L
G
 
G
I
 
V
N
 
R
-
 
I
A
 
T
R
 
D
D
 
D
P
 
P
G
 
E
M
 
S
I
 
A
Y
 
F
S
 
S
F
 
N
E
 
T
E
 
E
Y
 
G
T
 
-
A
 
-
Q
 
-
Q
 
-
L
 
-
L
 
-
D
 
-
R
 
-
L
 
-
P
 
-
V
 
-
D
 
-
V
 
-
I
 
I
I
 
L
D
 
D
F
 
F
S
 
S
S
 
Q
E
 
P
Q
 
Q
G
 
A
V
 
S
D
 
V
Y
 
L
Y
 
Y
G
 
A
E
 
N
E
 
Y
A
 
A
R
 
A
G
 
Q
R
 
K
K
 
S
I
 
L
A
 
I
V
 
H
V
 
I
S
 
I
A
 
G
I
 
T
S
 
T
E
 
G
Y
 
F
S
 
S
P
 
K
E
 
T
K
 
E
R
 
E
E
 
A
Y
 
Q
L
 
I
K
 
A
Y
 
D
L
 
F
A
 
A
E
 
K
E
 
Y
T
 
T
R
 
T
V
 
I
V
 
V
W
 
K
S
 
S
P
 
G
N
 
N
I
 
M
T
 
S
I
 
L
G
 
G
I
 
V
N
 
N
F
 
L
L
 
L
M
 
A
-
 
N
I
 
L
A
 
V
A
 
K
K
 
R
V
 
A
L
 
A
K
 
K
N
 
A
I
 
L
A
 
D
P
 
D
Y
 
D
T
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
E
I
 
I
V
 
Y
E
 
E
E
 
M
H
|
H
F
 
H
K
 
A
G
 
N
K
|
K
P
 
V
E
 
D
V
 
S
-
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
A
 
A
R
 
-
K
 
-
I
 
L
A
 
L
L
 
L
A
 
G
L
 
Q
G
 
A
L
 
A
P
 
A
E
 
E
G
 
G
-
 
R
-
 
N
-
 
I
A
 
M
I
 
L
K
 
K
T
 
N
I
 
V
-
 
S
-
 
V
-
 
N
-
 
G
-
 
R
-
 
S
-
 
G
-
 
H
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
R
-
 
E
-
 
K
-
 
G
-
 
T
-
 
I
-
 
G
-
 
F
-
 
A
-
 
C
-
 
S
R
 
R
A
 
G
G
 
G
G
 
T
I
 
V
I
 
I
G
 
G
I
 
D
H
 
H
E
 
S
I
 
I
L
 
T
F
 
F
G
 
A
F
 
G
P
 
E
Y
 
N
Q
 
E
T
 
R
V
 
I
R
 
V
L
 
L
K
 
S
H
 
H
E
 
I
S
 
A
I
 
Q
T
 
E
R
 
R
E
 
S
A
 
I
F
 
F
G
 
A
N
 
N
G
 
G
V
 
A
L
 
L
F
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
L
H
 
W
V
 
A
I
 
K
E
 
N
Q
 
H
E
 
E
A
 
N
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
G
 
S
M
 
M
E
 
L
D
 
D
L
 
V
M
 
L

1p9lA Structure of m. Tuberculosis dihydrodipicolinate reductase in complex with nadh and 2,6 pdc (see paper)
24% identity, 97% coverage: 1:243/251 of query aligns to 1:242/245 of 1p9lA

query
sites
1p9lA
M
 
M
K
 
R
V
 
V
G
 
G
L
 
V
M
 
L
G
|
G
F
 
A
-
 
K
G
|
G
K
|
K
T
x
V
G
 
G
K
 
T
A
 
T
V
 
M
A
 
V
S
 
R
V
 
A
L
 
V
L
 
A
Q
 
A
S
 
A
D
 
D
E
 
D
V
 
L
K
 
T
L
 
L
Q
 
S
W
 
A
V
 
-
V
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
H
 
-
N
 
-
L
 
-
E
 
-
H
 
-
R
 
-
S
 
-
V
 
-
P
 
-
E
 
-
F
 
-
L
 
-
G
 
E
I
 
L
N
x
D
A
|
A
R
 
G
D
 
D
P
 
P
G
 
-
M
 
-
I
 
-
Y
 
-
S
 
-
F
 
-
E
 
-
E
 
-
Y
 
-
T
 
-
A
 
-
Q
 
L
Q
 
S
L
 
L
L
 
L
D
 
T
R
 
D
L
 
G
P
 
N
V
 
T
D
 
E
V
 
V
I
 
V
I
 
I
D
 
D
F
|
F
S
x
T
S
 
H
E
 
P
Q
 
D
G
x
V
V
 
V
D
 
M
Y
 
G
Y
 
N
G
 
L
E
 
E
E
 
F
A
 
L
R
 
I
G
 
D
R
 
N
K
 
G
I
 
I
A
 
H
V
 
A
V
 
V
S
 
V
A
x
G
I
 
T
S
x
T
E
 
G
Y
 
F
S
 
T
P
 
A
E
 
E
K
 
R
R
 
F
E
 
Q
Y
 
Q
L
 
V
K
 
E
-
 
S
-
 
W
-
 
L
Y
 
V
L
 
A
A
 
K
E
 
P
E
 
N
T
 
T
R
 
S
V
 
V
V
 
L
W
 
I
S
 
A
P
|
P
N
|
N
I
x
F
T
 
A
I
 
I
G
 
G
I
 
A
N
 
V
F
 
L
L
 
S
M
 
M
I
 
H
A
 
F
A
 
A
K
 
K
V
 
Q
L
 
A
K
 
A
N
 
R
I
 
F
A
 
-
P
 
-
Y
 
F
T
 
D
D
 
S
I
 
A
E
 
E
I
 
V
V
 
I
E
 
E
E
 
L
H
|
H
F
x
H
K
 
P
G
 
H
K
|
K
P
 
A
E
 
D
V
 
A
-
 
P
S
|
S
G
|
G
T
|
T
A
 
A
R
 
A
K
 
R
I
 
T
A
 
A
L
 
K
A
 
L
L
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
A
-
 
R
-
 
K
G
 
G
L
 
L
P
 
P
-
 
P
-
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
A
-
 
T
-
 
S
-
 
T
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
A
E
 
R
G
 
G
A
 
A
-
 
D
-
 
V
-
 
D
-
 
G
-
 
I
-
 
P
I
 
V
K
 
H
T
 
A
I
 
V
R
 
R
A
 
L
G
 
A
G
 
G
I
 
L
I
 
V
G
x
A
I
 
H
H
 
Q
E
 
E
I
 
V
L
 
L
F
 
F
G
 
G
F
 
T
P
 
E
Y
 
G
Q
 
E
T
 
T
V
 
L
R
 
T
L
 
I
K
 
R
H
 
H
E
 
D
S
 
S
I
 
L
T
 
D
R
 
R
E
 
T
A
 
S
F
|
F
G
 
V
N
 
P
G
 
G
V
 
V
L
 
L
F
 
L
A
 
A
A
 
V
R
 
R
H
 
R
V
 
I
I
 
A
E
 
E
Q
 
R
E
 
P
A
 
G
G
 
L
L
 
T
Y
 
V
G
 
G
M
 
L
E
 
E
D
 
P
L
 
L
M
 
L

1c3vA Dihydrodipicolinate reductase from mycobacterium tuberculosis complexed with NADPH and pdc (see paper)
24% identity, 97% coverage: 1:243/251 of query aligns to 1:242/245 of 1c3vA

query
sites
1c3vA
M
 
M
K
 
R
V
 
V
G
 
G
L
 
V
M
 
L
G
 
G
F
 
A
-
x
K
G
|
G
K
|
K
T
x
V
G
 
G
K
 
T
A
 
T
V
 
M
A
 
V
S
 
R
V
 
A
L
 
V
L
 
A
Q
 
A
S
 
A
D
 
D
E
 
D
V
 
L
K
 
T
L
 
L
Q
 
S
W
 
A
V
 
-
V
 
-
R
 
-
R
 
-
S
 
-
H
 
-
N
 
-
L
 
-
E
 
-
H
 
-
R
 
-
S
 
-
V
 
-
P
 
-
E
 
-
F
 
-
L
 
-
G
 
E
I
 
L
N
x
D
A
|
A
R
 
G
D
 
D
P
 
P
G
 
-
M
 
-
I
 
-
Y
 
-
S
 
-
F
 
-
E
 
-
E
 
-
Y
 
-
T
 
-
A
 
-
Q
 
L
Q
 
S
L
 
L
L
 
L
D
 
T
R
 
D
L
 
G
P
 
N
V
 
T
D
 
E
V
 
V
I
 
V
I
 
I
D
 
D
F
|
F
S
x
T
S
 
H
E
 
P
Q
 
D
G
x
V
V
 
V
D
 
M
Y
 
G
Y
 
N
G
 
L
E
 
E
E
 
F
A
 
L
R
 
I
G
 
D
R
 
N
K
 
G
I
 
I
A
 
H
V
 
A
V
 
V
S
 
V
A
x
G
I
 
T
S
x
T
E
 
G
Y
 
F
S
 
T
P
 
A
E
 
E
K
 
R
R
 
F
E
 
Q
Y
 
Q
L
 
V
K
 
E
-
 
S
-
 
W
-
 
L
Y
 
V
L
 
A
A
 
K
E
 
P
E
 
N
T
 
T
R
 
S
V
 
V
V
 
L
W
 
I
S
 
A
P
|
P
N
|
N
I
 
F
T
 
A
I
 
I
G
 
G
I
 
A
N
 
V
F
 
L
L
 
S
M
 
M
I
 
H
A
 
F
A
 
A
K
 
K
V
 
Q
L
 
A
K
 
A
N
 
R
I
 
F
A
 
-
P
 
-
Y
 
F
T
 
D
D
 
S
I
 
A
E
 
E
I
 
V
V
 
I
E
 
E
E
 
L
H
|
H
F
 
H
K
 
P
G
 
H
K
|
K
P
 
A
E
 
D
V
 
A
-
 
P
S
|
S
G
|
G
T
|
T
A
 
A
R
 
A
K
 
R
I
 
T
A
 
A
L
 
K
A
 
L
L
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
A
-
 
R
-
 
K
G
 
G
L
 
L
P
 
P
-
 
P
-
 
N
-
 
P
-
 
D
-
 
A
-
 
T
-
 
S
-
 
T
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
A
E
 
R
G
 
G
A
 
A
-
 
D
-
 
V
-
 
D
-
 
G
-
 
I
-
 
P
I
 
V
K
 
H
T
 
A
I
 
V
R
 
R
A
 
L
G
 
A
G
 
G
I
 
L
I
 
V
G
x
A
I
 
H
H
 
Q
E
 
E
I
 
V
L
 
L
F
 
F
G
 
G
F
 
T
P
 
E
Y
 
G
Q
 
E
T
 
T
V
 
L
R
 
T
L
 
I
K
 
R
H
 
H
E
 
D
S
 
S
I
 
L
T
 
D
R
 
R
E
 
T
A
 
S
F
|
F
G
 
V
N
 
P
G
 
G
V
 
V
L
 
L
F
 
L
A
 
A
A
 
V
R
 
R
H
 
R
V
 
I
I
 
A
E
 
E
Q
 
R
E
 
P
A
 
G
G
 
L
L
 
T
Y
 
V
G
 
G
M
 
L
E
 
E
D
 
P
L
 
L
M
 
L

Query Sequence

>WP_011737072.1 NCBI__GCF_000015045.1:WP_011737072.1
MKVGLMGFGKTGKAVASVLLQSDEVKLQWVVRRSHNLEHRSVPEFLGINARDPGMIYSFE
EYTAQQLLDRLPVDVIIDFSSEQGVDYYGEEARGRKIAVVSAISEYSPEKREYLKYLAEE
TRVVWSPNITIGINFLMIAAKVLKNIAPYTDIEIVEEHFKGKPEVSGTARKIALALGLPE
GAIKTIRAGGIIGIHEILFGFPYQTVRLKHESITREAFGNGVLFAARHVIEQEAGLYGME
DLMIPYFNLGG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory