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SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_011780782.1 NCBI__GCF_000015305.1:WP_011780782.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

A0R079 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
95% identity, 100% coverage: 1:478/478 of query aligns to 1:478/478 of A0R079

query
sites
A0R079

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K14 (= K14) modified: Isoglutamyl lysine isopeptide (Lys-Gln) (interchain with Q-Cter in protein Pup)

P9WN39 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 5 papers)
86% identity, 100% coverage: 1:478/478 of query aligns to 1:478/478 of P9WN39

query
sites
P9WN39

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M1 (= M1) modified: Initiator methionine, Removed
E133 (= E133) binding Mg(2+)
E135 (= E135) binding Mg(2+)
E219 (= E219) binding Mg(2+)
E227 (= E227) binding Mg(2+)
H276 (= H276) binding Mg(2+)
E366 (= E366) binding Mg(2+)
Y406 (= Y406) modified: O-AMP-tyrosine; mutation to F: Unable to be adenylylated.

1htoA Crystallographic structure of a relaxed glutamine synthetase from mycobacterium tuberculosis (see paper)
86% identity, 100% coverage: 3:478/478 of query aligns to 2:477/477 of 1htoA

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1htoA

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2whiA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a purine analogue inhibitor and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
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4acfA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with imidazopyridine inhibitor ((4-(6-bromo-3- (butylamino)imidazo(1,2-a)pyridin-2-yl)phenoxy) acetic acid) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate.
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3zxvA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (4-(2-tert-butyl- 4-(6-methoxynaphthalen-2-yl)-1h-imidazol-5-yl)pyridin-2-amine) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate (see paper)
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3zxrA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (3-(2-tert-butyl- 5-(pyridin-4-yl)-1h-imidazol-4-yl)quinoline) and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
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2bvcA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a transition state mimic (see paper)
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binding adenosine-5'-diphosphate: E130 (= E133), E211 (= E214), K212 (≠ R215), N226 (= N229), F229 (= F232), H275 (= H278), S277 (= S280), R344 (= R347), R349 (= R352), R361 (= R364), E363 (= E366)
binding magnesium ion: E130 (= E133), E130 (= E133), E132 (= E135), E216 (= E219), E224 (= E227), E224 (= E227), H273 (= H276), E363 (= E366)
binding l-methionine-s-sulfoximine phosphate: E130 (= E133), E132 (= E135), E216 (= E219), E224 (= E227), G269 (= G272), H273 (= H276), R326 (= R329), E332 (= E335), R344 (= R347), R365 (= R368)

4xycA Nanomolar inhibitors of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase 1: synthesis, biological evaluation and x-ray crystallographic studies (see paper)
85% identity, 99% coverage: 4:478/478 of query aligns to 1:466/466 of 4xycA

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4xycA

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binding 9-phenyl-4H-imidazo[1,2-a]indeno[1,2-e]pyrazin-4-one: Y117 (= Y129), F220 (= F232), H266 (= H278), S268 (= S280), W270 (= W282), K349 (= K361), A350 (= A362), R352 (= R364)

2wgsA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a purine analogue inhibitor. (see paper)
84% identity, 99% coverage: 4:478/478 of query aligns to 1:463/463 of 2wgsA

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2wgsA

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