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SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_011780782.1 NCBI__GCF_000015305.1:WP_011780782.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

A0R079 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
95% identity, 100% coverage: 1:478/478 of query aligns to 1:478/478 of A0R079

query
sites
A0R079

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K14 (= K14) modified: Isoglutamyl lysine isopeptide (Lys-Gln) (interchain with Q-Cter in protein Pup)

P9WN39 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 5 papers)
86% identity, 100% coverage: 1:478/478 of query aligns to 1:478/478 of P9WN39

query
sites
P9WN39

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M1 (= M1) modified: Initiator methionine, Removed
E133 (= E133) binding Mg(2+)
E135 (= E135) binding Mg(2+)
E219 (= E219) binding Mg(2+)
E227 (= E227) binding Mg(2+)
H276 (= H276) binding Mg(2+)
E366 (= E366) binding Mg(2+)
Y406 (= Y406) modified: O-AMP-tyrosine; mutation to F: Unable to be adenylylated.

1htoA Crystallographic structure of a relaxed glutamine synthetase from mycobacterium tuberculosis (see paper)
86% identity, 100% coverage: 3:478/478 of query aligns to 2:477/477 of 1htoA

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1htoA

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2whiA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a purine analogue inhibitor and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
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4acfA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with imidazopyridine inhibitor ((4-(6-bromo-3- (butylamino)imidazo(1,2-a)pyridin-2-yl)phenoxy) acetic acid) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate.
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3zxvA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (4-(2-tert-butyl- 4-(6-methoxynaphthalen-2-yl)-1h-imidazol-5-yl)pyridin-2-amine) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate (see paper)
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3zxrA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (3-(2-tert-butyl- 5-(pyridin-4-yl)-1h-imidazol-4-yl)quinoline) and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
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2bvcA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a transition state mimic (see paper)
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binding adenosine-5'-diphosphate: E130 (= E133), E211 (= E214), K212 (≠ R215), N226 (= N229), F229 (= F232), H275 (= H278), S277 (= S280), R344 (= R347), R349 (= R352), R361 (= R364), E363 (= E366)
binding magnesium ion: E130 (= E133), E130 (= E133), E132 (= E135), E216 (= E219), E224 (= E227), E224 (= E227), H273 (= H276), E363 (= E366)
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4xycA Nanomolar inhibitors of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase 1: synthesis, biological evaluation and x-ray crystallographic studies (see paper)
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4xycA

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2wgsA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a purine analogue inhibitor. (see paper)
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2wgsA

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P77961 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
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P77961

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3ng0A Crystal structure of glutamine synthetase from synechocystis sp. Pcc 6803
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3ng0A

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binding phosphoaminophosphonic acid-adenylate ester: Y126 (= Y129), E130 (= E133), K209 (≠ R215), I224 (≠ Y230), F226 (= F232), H272 (= H278), S274 (= S280), R340 (= R347), R345 (= R352), R357 (= R364)
binding manganese (ii) ion: E130 (= E133), E132 (= E135), E213 (= E219), E221 (= E227), H270 (= H276), E359 (= E366), R361 (= R368)

4s17A The crystal structure of glutamine synthetase from bifidobacterium adolescentis atcc 15703
59% identity, 99% coverage: 4:478/478 of query aligns to 2:452/452 of 4s17A

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4s17A

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binding magnesium ion: E129 (= E135), E213 (= E219), E221 (= E227)

1fpyA Crystal structure of glutamine synthetase from salmonella typhimurium with inhibitor phosphinothricin (see paper)
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1fpyA

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1f1hA Crystal structure of glutamine synthetase from salmonella typhimurium with thallium ions (see paper)
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P0A9C5 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
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Y398 (= Y406) modified: O-AMP-tyrosine

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1 modified: Initiator methionine, Removed

P0A1P6 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
50% identity, 99% coverage: 5:478/478 of query aligns to 2:469/469 of P0A1P6

query
sites
P0A1P6

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E130 (= E133) binding Mn(2+)
E132 (= E135) binding Mn(2+)
E208 (= E214) binding ATP
E213 (= E219) binding Mn(2+)
E221 (= E227) binding Mn(2+)
NG 265:266 (= NG 271:272) binding L-glutamate
H270 (= H276) binding Mn(2+)
HMS 272:274 (≠ HQS 278:280) binding ATP
R322 (= R329) binding L-glutamate
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R360 (= R368) binding L-glutamate

2lgsA Feedback inhibition of fully unadenylylated glutamine synthetase from salmonella typhimurium by glycine, alanine, and serine (see paper)
46% identity, 99% coverage: 5:478/478 of query aligns to 1:445/445 of 2lgsA

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sites
2lgsA

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binding glutamic acid: E125 (= E135), N258 (= N271), G259 (= G272), G261 (= G274), H263 (= H276), R315 (= R329), R349 (= R368)
binding manganese (ii) ion: E123 (= E133), E125 (= E135), E206 (= E219), E214 (= E227), H263 (= H276), E347 (= E366)

1lgrA Interactions of nucleotides with fully unadenylylated glutamine synthetase from salmonella typhimurium (see paper)
46% identity, 99% coverage: 5:478/478 of query aligns to 1:445/445 of 1lgrA

query
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1lgrA

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binding adenosine monophosphate: E201 (= E214), T217 (≠ Y230), F219 (= F232), H265 (= H278), S267 (= S280), R345 (= R364)
binding manganese (ii) ion: E123 (= E133), E125 (= E135), E206 (= E219), E214 (= E227), H263 (= H276), E347 (= E366)

5zlpL Crystal structure of glutamine synthetase from helicobacter pylori (see paper)
44% identity, 100% coverage: 2:478/478 of query aligns to 3:476/476 of 5zlpL

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sites
5zlpL

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binding adenosine-5'-diphosphate: G132 (= G131), E134 (= E133), F213 (≠ E214), F230 (= F232), H276 (= H278), S278 (= S280), R349 (= R352), R360 (= R364)
binding magnesium ion: E136 (= E135), E218 (= E219), E225 (= E227)
binding (2s)-2-amino-4-[methyl(phosphonooxy)phosphoryl]butanoic acid: E136 (= E135), E218 (= E219), G270 (= G272), H274 (= H276), E332 (= E335), R344 (= R347), R364 (= R368)

Query Sequence

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TSLASVIDRLEEDHEYLTEGGVFTTDLIETWISYKRENEIMPIQIRPHPYEFSLYYDV

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SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory