SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011802173.1 NCBI__GCF_000015505.1:WP_011802173.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 11 hits to proteins with known functional sites (download)

3ggoA Crystal structure of prephenate dehydrogenase from a. Aeolicus with hpp and nadh (see paper)
40% identity, 87% coverage: 7:261/292 of query aligns to 10:263/285 of 3ggoA

query
sites
3ggoA
L
 
I
I
 
V
G
 
G
C
x
V
G
|
G
L
x
F
M
|
M
G
 
G
S
 
G
S
 
S
F
 
F
A
 
A
L
 
K
A
 
S
L
 
L
K
 
R
R
 
R
A
 
S
G
 
G
L
 
F
V
 
K
R
 
G
R
 
K
I
 
I
V
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
S
x
D
K
x
I
S
 
N
P
 
P
S
 
E
T
x
S
T
 
I
E
 
S
R
 
K
A
 
A
R
 
V
Q
 
D
M
 
L
G
 
G
V
 
I
I
 
I
D
 
D
V
 
-
E
 
E
A
 
G
P
 
T
S
 
T
A
 
S
L
 
I
L
 
A
A
 
K
V
 
V
S
 
E
-
 
D
-
 
F
G
 
S
A
 
P
D
 
D
I
 
F
V
 
V
L
 
M
L
 
L
A
x
S
I
x
S
P
|
P
V
 
V
S
 
R
A
x
T
T
 
F
E
 
R
A
 
E
T
 
I
F
 
A
K
 
K
A
 
K
I
 
L
R
 
S
H
 
Y
L
 
I
V
 
L
G
 
S
P
 
E
D
 
D
T
 
A
L
 
T
V
 
V
M
 
T
D
 
D
V
x
Q
G
 
G
S
|
S
T
 
V
K
 
K
R
 
G
D
 
K
V
 
L
V
 
V
D
 
Y
A
 
D
A
 
L
R
 
E
R
 
N
V
 
I
L
 
L
R
 
G
E
 
K
Q
 
R
V
 
-
G
 
-
S
 
-
F
 
F
V
 
V
P
 
G
C
 
G
H
 
H
P
 
P
I
 
I
T
x
A
G
 
G
K
 
T
E
 
E
V
 
K
S
 
S
G
|
G
V
 
V
E
 
E
H
 
Y
A
 
S
D
 
L
V
 
D
D
 
N
L
 
L
Y
 
Y
A
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
K
V
 
V
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
I
 
T
E
 
K
R
 
K
T
 
T
F
 
D
T
 
K
A
 
K
Q
 
R
L
 
L
K
 
K
K
 
L
A
 
V
T
 
K
A
 
R
V
 
V
W
 
W
T
 
E
A
 
D
M
 
V
G
 
G
C
 
G
H
 
V
V
 
V
V
 
E
K
 
Y
M
 
M
S
 
S
P
 
P
Q
 
E
A
 
L
H
 
H
D
 
D
A
 
Y
A
 
V
Y
 
F
A
 
G
A
 
V
V
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
H
L
 
A
I
 
V
A
 
A
F
 
F
A
 
A
M
 
L
I
 
V
N
 
D
G
 
T
I
 
L
-
 
I
-
 
H
K
 
M
S
 
S
Q
 
T
P
 
P
H
 
E
G
 
-
K
 
V
D
 
D
Y
 
L
M
 
F
A
 
K
L
 
Y
A
 
P
G
|
G
P
x
G
G
|
G
F
 
F
R
 
K
D
 
D
F
 
F
T
 
T
R
 
R
I
 
I
A
 
A
A
 
K
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Q
 
I
M
|
M
W
 
W
R
 
R
D
 
D
I
 
I
L
 
F
L
 
L
A
 
E
N
 
N
R
 
K
E
 
E
E
 
N
L
 
V
L
 
M
A
 
K
Q
 
A
S
 
I
K
 
E
I
 
G
F
 
F
Q
 
E
Q
 
K
S
 
S
L
 
L
Q
 
N
S
 
H
L
 
L
E
 
K
Q
 
E
L
 
L
I
 
I

3ggpA Crystal structure of prephenate dehydrogenase from a. Aeolicus in complex with hydroxyphenyl propionate and NAD+ (see paper)
40% identity, 87% coverage: 7:261/292 of query aligns to 10:263/286 of 3ggpA

query
sites
3ggpA
L
 
I
I
 
V
G
 
G
C
x
V
G
|
G
L
x
F
M
|
M
G
 
G
S
 
G
S
 
S
F
 
F
A
 
A
L
 
K
A
 
S
L
 
L
K
 
R
R
 
R
A
 
S
G
 
G
L
 
F
V
 
K
R
 
G
R
 
K
I
 
I
V
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
S
x
D
K
x
I
S
 
N
P
 
P
S
 
E
T
x
S
T
 
I
E
 
S
R
 
K
A
 
A
R
 
V
Q
 
D
M
 
L
G
 
G
V
 
I
I
 
I
D
 
D
V
 
-
E
 
E
A
 
G
P
 
T
S
 
T
A
 
S
L
 
I
L
 
A
A
 
K
V
 
V
S
 
E
-
 
D
-
 
F
G
 
S
A
 
P
D
 
D
I
 
F
V
 
V
L
 
M
L
 
L
A
x
S
I
x
S
P
|
P
V
 
V
S
 
R
A
x
T
T
 
F
E
 
R
A
 
E
T
 
I
F
 
A
K
 
K
A
 
K
I
 
L
R
 
S
H
 
Y
L
 
I
V
 
L
G
 
S
P
 
E
D
 
D
T
 
A
L
 
T
V
 
V
M
 
T
D
 
D
V
x
Q
G
 
G
S
|
S
T
 
V
K
 
K
R
 
G
D
 
K
V
 
L
V
 
V
D
 
Y
A
 
D
A
 
L
R
 
E
R
 
N
V
 
I
L
 
L
R
 
G
E
 
K
Q
 
R
V
 
-
G
 
-
S
 
-
F
 
F
V
 
V
P
 
G
C
 
G
H
 
H
P
 
P
I
 
I
T
 
A
G
 
G
K
 
T
E
 
E
V
 
K
S
 
S
G
|
G
V
 
V
E
 
E
H
 
Y
A
 
S
D
 
L
V
 
D
D
 
N
L
 
L
Y
 
Y
A
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
K
V
 
V
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
I
 
T
E
 
K
R
 
K
T
 
T
F
 
D
T
 
K
A
 
K
Q
 
R
L
 
L
K
 
K
K
 
L
A
 
V
T
 
K
A
 
R
V
 
V
W
 
W
T
 
E
A
 
D
M
 
V
G
 
G
C
 
G
H
 
V
V
 
V
V
 
E
K
 
Y
M
 
M
S
 
S
P
 
P
Q
 
E
A
 
L
H
 
H
D
 
D
A
 
Y
A
 
V
Y
 
F
A
 
G
A
 
V
V
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
H
L
 
A
I
 
V
A
 
A
F
 
F
A
 
A
M
 
L
I
 
V
N
 
D
G
 
T
I
 
L
-
 
I
-
 
H
K
 
M
S
 
S
Q
 
T
P
 
P
H
 
E
G
 
-
K
 
V
D
 
D
Y
 
L
M
 
F
A
 
K
L
 
Y
A
 
P
G
 
G
P
x
G
G
|
G
F
 
F
R
 
K
D
 
D
F
 
F
T
 
T
R
 
R
I
 
I
A
 
A
A
 
K
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Q
 
I
M
|
M
W
 
W
R
 
R
D
 
D
I
 
I
L
 
F
L
 
L
A
 
E
N
 
N
R
 
K
E
 
E
E
 
N
L
 
V
L
 
M
A
 
K
Q
 
A
S
 
I
K
 
E
I
 
G
F
 
F
Q
 
E
Q
 
K
S
 
S
L
 
L
Q
 
N
S
 
H
L
 
L
E
 
K
Q
 
E
L
 
L
I
 
I

3gggD The crystal structure of a. Aeolicus prephenate dehydrogenase in complex with tyrosine and NAD+ (see paper)
40% identity, 87% coverage: 7:261/292 of query aligns to 18:271/293 of 3gggD

query
sites
3gggD
L
 
I
I
 
V
G
 
G
C
x
V
G
|
G
L
x
F
M
|
M
G
 
G
S
 
G
S
 
S
F
 
F
A
 
A
L
 
K
A
 
S
L
 
L
K
 
R
R
 
R
A
 
S
G
 
G
L
 
F
V
 
K
R
 
G
R
 
K
I
 
I
V
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
S
x
D
K
x
I
S
 
N
P
 
P
S
 
E
T
x
S
T
 
I
E
 
S
R
 
K
A
 
A
R
 
V
Q
 
D
M
 
L
G
 
G
V
 
I
I
 
I
D
 
D
V
 
-
E
 
E
A
 
G
P
 
T
S
 
T
A
 
S
L
 
I
L
 
A
A
 
K
V
 
V
S
 
E
-
 
D
-
 
F
G
 
S
A
 
P
D
 
D
I
 
F
V
 
V
L
 
M
L
 
L
A
x
S
I
x
S
P
|
P
V
|
V
S
 
R
A
x
T
T
 
F
E
 
R
A
 
E
T
 
I
F
 
A
K
 
K
A
 
K
I
 
L
R
 
S
H
 
Y
L
 
I
V
 
L
G
 
S
P
 
E
D
 
D
T
 
A
L
 
T
V
 
V
M
 
T
D
 
D
V
x
Q
G
 
G
S
|
S
T
 
V
K
 
K
R
 
G
D
 
K
V
 
L
V
 
V
D
 
Y
A
 
D
A
 
L
R
 
E
R
 
N
V
 
I
L
 
L
R
 
G
E
 
K
Q
 
R
V
 
-
G
 
-
S
 
-
F
 
F
V
 
V
P
 
G
C
 
G
H
 
H
P
 
P
I
 
I
T
 
A
G
|
G
K
x
T
E
 
E
V
 
K
S
 
S
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
Y
A
 
S
D
 
L
V
 
D
D
 
N
L
 
L
Y
 
Y
A
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
K
V
 
V
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
I
 
T
E
 
K
R
 
K
T
 
T
F
 
D
T
 
K
A
 
K
Q
 
R
L
 
L
K
 
K
K
 
L
A
 
V
T
 
K
A
 
R
V
 
V
W
 
W
T
 
E
A
 
D
M
 
V
G
 
G
C
 
G
H
 
V
V
 
V
V
 
E
K
 
Y
M
 
M
S
 
S
P
 
P
Q
 
E
A
 
L
H
 
H
D
 
D
A
 
Y
A
 
V
Y
 
F
A
 
G
A
 
V
V
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
H
L
 
A
I
 
V
A
 
A
F
 
F
A
 
A
M
 
L
I
 
V
N
 
D
G
 
T
I
 
L
-
 
I
-
 
H
K
 
M
S
 
S
Q
 
T
P
 
P
H
 
E
G
 
-
K
 
V
D
 
D
Y
 
L
M
 
F
A
 
K
L
 
Y
A
 
P
G
|
G
P
x
G
G
 
G
F
 
F
R
 
K
D
 
D
F
 
F
T
 
T
R
 
R
I
 
I
A
 
A
A
 
K
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Q
 
I
M
 
M
W
 
W
R
 
R
D
 
D
I
 
I
L
 
F
L
 
L
A
 
E
N
 
N
R
 
K
E
 
E
E
 
N
L
 
V
L
 
M
A
 
K
Q
 
A
S
 
I
K
 
E
I
 
G
F
 
F
Q
 
E
Q
 
K
S
 
S
L
 
L
Q
 
N
S
 
H
L
 
L
E
 
K
Q
 
E
L
 
L
I
 
I

4wjiA Crystal structure of cyclohexadienyl dehydrogenase from sinorhizobium meliloti in complex with NADP and tyrosine
39% identity, 92% coverage: 2:269/292 of query aligns to 4:272/293 of 4wjiA

query
sites
4wjiA
F
 
F
E
 
Q
Q
 
T
L
 
I
G
 
A
L
 
L
I
 
I
G
|
G
C
 
I
G
|
G
L
|
L
M
x
I
G
 
G
S
 
S
S
 
S
F
 
I
A
 
A
L
 
R
A
 
D
L
 
I
K
 
R
R
 
E
A
 
K
G
 
Q
L
 
L
V
 
A
R
 
G
R
 
T
I
 
I
V
 
V
G
 
V
Y
 
T
S
x
T
K
x
R
S
|
S
P
 
E
S
 
A
T
|
T
T
 
L
E
 
K
R
 
R
A
 
A
R
 
G
Q
 
E
M
 
L
G
 
G
V
 
L
I
 
G
D
 
D
V
 
R
E
 
Y
A
 
T
P
 
L
S
 
S
A
 
A
L
 
A
L
 
E
A
 
A
V
 
V
S
 
E
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
L
V
 
V
L
 
V
L
 
V
A
x
S
I
x
V
P
|
P
V
 
V
S
 
G
A
|
A
T
 
S
E
 
G
A
 
A
T
 
V
F
 
A
K
 
A
A
 
E
I
 
I
R
 
A
H
 
A
L
 
H
V
 
L
G
 
K
P
 
P
D
 
G
T
 
A
L
 
I
V
 
V
M
 
T
D
 
D
V
|
V
G
 
G
S
|
S
T
 
T
K
 
K
R
 
G
D
 
S
V
 
V
V
 
I
D
 
A
A
 
Q
A
 
M
R
 
A
R
 
P
V
 
H
L
 
L
R
 
P
E
 
K
Q
 
D
V
 
V
G
 
-
S
 
H
F
 
F
V
 
V
P
 
P
C
 
G
H
|
H
P
 
P
I
 
I
T
x
A
G
 
G
K
x
T
E
 
E
V
 
H
S
|
S
G
 
G
V
 
P
E
 
D
H
 
A
A
 
G
D
 
F
V
 
A
D
 
G
L
 
L
Y
 
F
A
 
R
G
 
G
K
 
R
Q
 
W
V
 
C
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
I
 
P
E
 
A
R
 
G
T
 
T
F
 
D
T
 
E
A
 
E
Q
 
A
L
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
L
T
 
R
A
 
L
V
 
F
W
 
W
T
 
E
A
 
T
M
 
L
G
 
G
C
 
S
H
 
M
V
 
V
V
 
D
K
 
E
M
 
M
S
 
D
P
 
P
Q
 
K
A
 
H
H
 
H
D
 
D
A
 
K
A
 
V
Y
 
L
A
 
A
A
 
I
V
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
H
L
 
I
I
 
I
A
 
A
F
 
Y
A
 
N
M
 
I
I
 
V
N
 
G
G
 
T
I
 
A
K
 
D
S
 
D
-
 
L
-
 
E
Q
 
T
P
 
V
H
 
T
G
 
E
K
 
S
D
 
E
Y
 
V
M
 
I
A
 
K
L
 
Y
A
 
S
G
 
A
P
 
S
G
 
G
F
 
F
R
 
R
D
 
D
F
 
F
T
 
T
R
|
R
I
 
L
A
 
A
A
 
A
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Q
 
T
M
|
M
W
 
W
R
 
R
D
 
D
I
 
V
L
 
C
L
 
L
A
 
H
N
 
N
R
 
K
E
 
D
E
 
A
L
 
I
L
 
L
A
 
E
Q
 
M
S
 
L
K
 
A
I
 
R
F
 
F
Q
 
S
Q
 
E
S
 
D
L
 
L
Q
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
Q
Q
 
R
L
 
A
I
 
I
S
 
R
G
 
W
G
 
G
N
 
D
G
 
G
D
 
D
G
 
K
L
 
L

5uyyA Crystal structure of prephenate dehydrogenase tyra from bacillus anthracis in complex with l-tyrosine (see paper)
32% identity, 96% coverage: 1:280/292 of query aligns to 8:287/373 of 5uyyA

query
sites
5uyyA
M
 
M
F
 
R
E
 
K
Q
 
K
L
 
V
G
 
V
L
 
L
I
 
I
G
 
G
C
 
T
G
 
G
L
 
L
M
 
I
G
 
G
S
 
G
S
 
S
F
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
A
L
 
I
K
 
K
R
 
K
A
 
D
G
 
H
L
 
D
V
 
V
R
 
T
R
 
-
I
 
I
V
 
T
G
 
G
Y
 
Y
S
 
D
K
 
I
S
 
F
P
 
Q
S
 
E
T
 
Q
T
 
V
E
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
K
Q
 
E
M
 
L
G
 
H
V
 
V
I
 
V
D
 
D
V
 
E
E
 
I
A
 
A
P
 
V
S
 
D
A
 
L
L
 
Q
L
 
H
A
 
A
V
 
C
S
 
E
G
 
E
A
 
A
D
 
H
I
 
L
V
 
I
L
 
V
L
 
F
A
 
A
I
 
S
P
 
P
V
 
V
S
 
E
A
 
E
T
 
T
E
 
K
A
 
K
T
 
L
F
 
L
K
 
H
A
 
K
I
 
L
R
 
A
H
 
S
L
 
F
-
 
H
V
 
L
G
 
R
P
 
E
D
 
D
T
 
V
L
 
I
V
 
V
M
 
T
D
 
D
V
 
V
G
 
G
S
 
S
T
 
T
K
 
K
R
 
G
D
 
S
V
 
I
V
 
M
D
 
N
A
 
E
A
 
A
R
 
E
R
 
A
V
 
L
L
 
F
R
 
S
E
 
K
Q
 
E
V
 
I
G
 
-
S
 
S
F
 
F
V
 
I
P
 
G
C
 
G
H
 
H
P
 
P
I
 
M
T
 
A
G
 
G
K
 
S
E
 
H
V
 
K
S
 
T
G
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
A
 
A
D
 
K
V
 
A
D
 
H
L
 
L
Y
 
F
A
 
E
G
x
N
K
 
A
Q
 
F
V
 
Y
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
I
 
M
E
 
H
R
 
H
T
 
V
F
 
P
T
 
N
A
 
E
Q
 
H
L
 
V
K
 
E
K
 
E
A
 
L
T
 
K
A
 
D
V
 
W
W
 
L
T
 
K
A
 
G
M
 
T
G
 
G
C
 
S
H
 
H
V
 
F
V
 
L
K
 
V
M
 
L
S
 
N
P
 
T
Q
 
E
A
 
E
H
 
H
D
 
D
A
 
Y
A
 
V
Y
 
T
A
 
G
A
 
I
V
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
L
I
 
I
A
 
A
F
 
A
A
 
G
M
 
L
I
 
V
N
 
K
G
 
Q
I
 
V
K
 
-
S
 
-
Q
 
E
P
 
K
H
 
H
G
 
A
K
 
G
D
 
D
-
 
N
-
 
P
-
 
L
Y
 
I
M
 
H
A
 
Q
L
 
L
A
 
A
G
 
A
P
 
G
G
 
G
F
 
F
R
 
K
D
 
D
F
 
I
T
 
T
R
 
R
I
 
I
A
 
A
A
 
S
S
 
S
D
 
S
P
 
P
Q
 
K
M
 
M
W
 
W
R
 
S
D
 
D
I
 
I
L
 
V
L
 
K
A
 
Q
N
 
N
R
 
R
E
 
E
E
 
H
L
 
L
L
 
M
A
 
V
Q
 
L
S
 
L
K
 
K
I
 
E
F
 
W
Q
 
I
Q
 
S
S
 
E
L
 
M
Q
 
E
S
 
D
L
 
L
E
 
Y
Q
 
D
L
 
T
I
 
V
S
 
S
G
 
S
G
 
G
N
 
D
G
 
A
D
 
G
G
 
E
L
 
I
E
 
Q
S
 
N
Q
 
Y
I
 
F
R
 
A
Q
 
D
A
 
A
S
 
K
E
 
E
T
 
Y
R
 
R

Sites not aligning to the query:

6u60B Crystal structure of prephenate dehydrogenase tyra from bacillus anthracis in complex with NAD and l-tyrosine (see paper)
32% identity, 94% coverage: 7:280/292 of query aligns to 6:279/365 of 6u60B

query
sites
6u60B
L
 
L
I
 
I
G
 
G
C
 
T
G
|
G
L
|
L
M
x
I
G
 
G
S
 
G
S
 
S
F
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
A
L
 
I
K
 
K
R
 
K
A
 
D
G
 
H
L
 
D
V
 
V
R
 
T
R
 
-
I
 
I
V
 
T
G
 
G
Y
 
Y
S
x
D
K
x
I
S
 
F
P
 
Q
S
 
E
T
 
Q
T
 
V
E
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
K
Q
 
E
M
 
L
G
 
H
V
 
V
I
 
V
D
 
D
V
 
E
E
 
I
A
 
A
P
 
V
S
 
D
A
 
L
L
 
Q
L
 
H
A
 
A
V
 
C
S
 
E
G
 
E
A
 
A
D
 
H
I
 
L
V
 
I
L
 
V
L
 
F
A
|
A
I
 
S
P
|
P
V
 
V
S
 
E
A
x
E
T
 
T
E
 
K
A
 
K
T
 
L
F
 
L
K
 
H
A
 
K
I
 
L
R
 
A
H
 
S
L
 
F
-
 
H
V
 
L
G
 
R
P
 
E
D
 
D
T
 
V
L
 
I
V
 
V
M
 
T
D
 
D
V
|
V
G
 
G
S
|
S
T
 
T
K
 
K
R
 
G
D
 
S
V
 
I
V
 
M
D
 
N
A
 
E
A
 
A
R
 
E
R
 
A
V
 
L
L
 
F
R
 
S
E
 
K
Q
 
E
V
 
I
G
 
-
S
 
S
F
 
F
V
 
I
P
 
G
C
 
G
H
 
H
P
 
P
I
 
M
T
 
A
G
 
G
K
 
S
E
 
H
V
x
K
S
 
T
G
|
G
V
 
V
E
 
E
H
 
S
A
 
A
D
 
K
V
 
A
D
 
H
L
 
L
Y
 
F
A
 
E
G
 
N
K
 
A
Q
 
F
V
 
Y
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
I
 
M
E
 
H
R
 
H
T
 
V
F
 
P
T
 
N
A
 
E
Q
 
H
L
 
V
K
 
E
K
 
E
A
 
L
T
 
K
A
 
D
V
 
W
W
 
L
T
 
K
A
 
G
M
 
T
G
 
G
C
 
S
H
 
H
V
 
F
V
 
L
K
 
V
M
 
L
S
 
N
P
 
T
Q
 
E
A
 
E
H
 
H
D
 
D
A
 
Y
A
 
V
Y
 
T
A
 
G
A
 
I
V
 
V
S
 
S
H
 
H
L
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
L
I
 
I
A
 
A
F
 
A
A
 
G
M
 
L
I
 
V
N
 
K
G
 
Q
I
 
V
K
 
-
S
 
-
Q
 
E
P
 
K
H
 
H
G
 
A
K
 
G
D
 
D
-
 
N
-
 
P
-
 
L
Y
 
I
M
 
H
A
 
Q
L
 
L
A
 
A
G
 
A
P
 
G
G
 
G
F
 
F
R
 
K
D
 
D
F
 
I
T
 
T
R
 
R
I
 
I
A
 
A
A
 
S
S
 
S
D
 
S
P
 
P
Q
 
K
M
 
M
W
 
W
R
 
S
D
 
D
I
 
I
L
 
V
L
 
K
A
 
Q
N
 
N
R
 
R
E
 
E
E
 
H
L
 
L
L
 
M
A
 
V
Q
 
L
S
 
L
K
 
K
I
 
E
F
 
W
Q
 
I
Q
 
S
S
 
E
L
 
M
Q
 
E
S
 
D
L
 
L
E
 
Y
Q
 
D
L
 
T
I
 
V
S
 
S
G
 
S
G
 
G
N
 
D
G
 
A
D
 
G
G
 
E
L
 
I
E
 
Q
S
 
N
Q
 
Y
I
 
F
R
 
A
Q
 
D
A
 
A
S
 
K
E
 
E
T
 
Y
R
 
R

Sites not aligning to the query:

3b1fA Crystal structure of prephenate dehydrogenase from streptococcus mutans (see paper)
31% identity, 94% coverage: 9:282/292 of query aligns to 13:284/286 of 3b1fA

query
sites
3b1fA
G
 
G
C
 
L
G
|
G
L
|
L
M
x
I
G
 
G
S
 
A
S
 
S
F
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
G
L
 
I
K
 
K
R
 
R
A
 
D
G
 
H
L
 
P
V
 
H
R
 
Y
R
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
S
x
N
K
x
R
S
 
S
P
 
D
S
 
R
T
 
S
T
 
R
E
 
D
R
 
I
A
 
A
R
 
L
Q
 
E
M
 
R
G
 
G
V
 
I
I
 
V
D
 
D
V
 
E
E
 
A
A
 
T
P
 
A
S
 
D
A
 
F
L
 
K
L
 
V
A
 
F
V
 
A
S
 
A
G
 
L
A
 
A
D
 
D
I
 
V
V
 
I
L
 
I
L
 
L
A
 
A
I
 
V
P
|
P
V
 
I
S
 
K
A
x
K
T
 
T
E
 
I
A
 
D
T
 
F
F
 
I
K
 
K
A
 
I
I
 
L
R
 
A
H
 
D
L
 
L
-
 
D
V
 
L
G
 
K
P
 
E
D
 
D
T
 
V
L
 
I
V
 
I
M
 
T
D
 
D
V
x
A
G
 
G
S
|
S
T
 
T
K
 
K
R
 
Y
D
 
E
V
 
I
V
 
V
D
 
R
A
 
A
A
 
A
R
 
E
R
 
Y
V
 
Y
L
 
L
R
 
K
E
 
D
Q
 
K
V
 
P
G
 
V
S
 
Q
F
 
F
V
 
V
P
 
G
C
 
S
H
 
H
P
 
P
I
 
M
T
 
A
G
 
-
K
 
-
E
 
-
V
 
-
S
 
S
G
 
G
V
 
A
E
 
V
H
 
A
A
 
A
D
 
N
V
 
V
D
 
N
L
 
L
Y
 
F
A
 
E
G
 
N
K
 
A
Q
 
Y
V
 
Y
I
 
I
L
 
F
T
 
S
P
 
P
I
 
S
E
 
C
R
 
L
T
 
T
F
 
K
T
 
P
A
 
N
Q
 
T
L
 
I
K
 
P
K
 
A
A
 
L
T
 
Q
A
 
D
V
 
L
W
 
L
T
 
S
A
 
G
M
 
L
G
 
H
C
 
A
H
 
R
V
 
Y
V
 
V
K
 
E
M
 
I
S
 
D
P
 
A
Q
 
A
A
 
E
H
 
H
D
 
D
A
 
C
A
 
V
Y
 
T
A
 
S
A
 
Q
V
 
I
S
 
S
H
 
H
L
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
I
I
 
I
A
 
A
F
 
S
A
 
S
M
 
L
I
 
M
N
 
K
-
 
Q
-
 
A
G
 
G
I
 
D
K
 
F
S
 
S
Q
 
E
P
 
S
H
 
H
G
 
E
K
 
M
D
 
T
Y
 
K
M
 
H
A
 
F
L
 
A
A
 
A
G
 
G
P
 
-
G
 
G
F
 
F
R
 
R
D
 
D
F
 
M
T
 
T
R
 
R
I
 
I
A
 
A
A
 
E
S
 
S
D
 
E
P
 
P
Q
 
G
M
|
M
W
 
W
R
 
T
D
 
S
I
 
I
L
 
L
L
 
L
A
 
T
N
 
N
R
 
Q
E
 
E
E
 
A
L
 
V
L
 
L
A
 
D
Q
 
R
S
 
I
K
 
E
I
 
N
F
 
F
Q
 
K
Q
 
Q
S
 
R
L
 
L
Q
 
D
S
 
E
L
 
V
E
 
S
Q
 
N
L
 
L
I
 
I
S
 
K
G
 
A
G
 
R
N
 
D
G
 
E
D
 
N
G
 
A
L
 
I
E
 
W
S
 
A
Q
 
F
I
 
F
R
 
N
Q
 
Q
A
 
S
S
 
R
E
 
Q
T
 
I
R
 
R
A
 
K
N
 
N

2f1kA Crystal structure of synechocystis arogenate dehydrogenase (see paper)
29% identity, 96% coverage: 4:283/292 of query aligns to 2:277/279 of 2f1kA

query
sites
2f1kA
Q
 
K
L
 
I
G
 
G
L
 
V
I
 
V
G
|
G
C
 
L
G
|
G
L
|
L
M
x
I
G
 
G
S
 
A
S
 
S
F
 
L
A
 
A
L
 
G
A
 
D
L
 
L
K
 
R
R
 
R
A
 
R
G
 
G
L
 
-
V
 
-
R
 
H
R
 
Y
I
 
L
V
 
I
G
 
G
Y
 
V
S
|
S
K
x
R
S
x
Q
P
 
Q
S
 
S
T
|
T
T
 
C
E
 
E
R
 
K
A
 
A
R
 
V
Q
 
E
M
 
R
G
 
Q
V
 
L
I
 
V
D
 
D
V
 
-
E
 
E
A
 
A
P
 
G
S
 
Q
A
 
D
L
 
L
L
 
S
A
 
L
V
 
L
S
 
Q
G
 
T
A
 
A
D
 
K
I
 
I
V
 
I
L
 
F
L
 
L
A
 
C
I
x
T
P
|
P
V
 
I
S
 
Q
A
 
L
T
 
I
E
 
L
A
 
P
T
 
T
F
 
L
K
 
E
A
 
K
I
 
L
R
 
I
H
 
P
L
 
H
V
 
L
G
 
S
P
 
P
D
 
T
T
 
A
L
 
I
V
 
V
M
 
T
D
 
D
V
|
V
G
x
A
S
|
S
T
 
V
K
 
K
R
 
T
D
 
A
V
 
I
V
 
A
D
 
E
A
 
P
A
 
A
R
 
S
R
 
Q
V
 
L
L
 
W
R
 
-
E
 
-
Q
 
-
V
 
-
G
 
S
S
 
G
F
 
F
V
 
I
P
 
G
C
 
G
H
 
H
P
 
P
I
 
M
T
 
A
G
|
G
K
x
T
E
 
A
V
 
A
S
x
Q
G
|
G
V
 
I
E
 
D
H
 
G
A
 
A
D
 
E
V
 
E
D
 
N
L
 
L
Y
 
F
A
 
V
G
 
N
K
 
A
Q
 
P
V
 
Y
I
 
V
L
 
L
T
 
T
P
 
P
I
 
T
E
 
E
R
 
Y
T
 
T
F
 
D
T
 
P
A
 
E
Q
 
Q
L
 
L
K
 
A
K
 
C
A
 
L
T
 
R
A
 
S
V
 
V
W
 
L
T
 
E
A
 
P
M
 
L
G
 
G
C
 
V
H
 
K
V
 
I
V
 
Y
K
 
L
M
 
C
S
 
T
P
 
P
Q
 
A
A
 
D
H
 
H
D
 
D
A
 
Q
A
 
A
Y
 
V
A
 
A
A
 
W
V
 
I
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
V
L
 
M
I
 
V
A
 
S
F
 
A
A
 
A
M
 
L
I
 
I
N
 
Q
G
 
A
I
 
C
K
 
A
S
 
G
Q
 
E
P
 
K
H
 
D
G
 
G
-
 
D
-
 
I
-
 
L
K
 
K
D
 
L
Y
 
A
M
 
Q
A
 
N
L
 
L
A
 
A
G
 
S
P
 
S
G
 
G
F
 
F
R
 
R
D
 
D
F
 
T
T
 
S
R
 
R
I
 
V
A
 
G
A
 
G
S
 
G
D
 
N
P
 
P
Q
 
E
M
 
L
W
 
G
R
 
T
D
 
M
I
 
M
L
 
A
L
 
T
A
 
Y
N
 
N
R
 
Q
E
 
R
E
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
K
Q
 
S
S
 
L
K
 
Q
I
 
D
F
 
Y
Q
 
R
Q
 
Q
S
 
H
L
 
L
Q
 
D
S
 
Q
L
 
L
E
 
I
Q
 
T
L
 
L
I
 
I
S
 
S
G
 
N
G
 
Q
N
 
Q
G
 
W
D
 
P
G
 
E
L
 
L
E
 
H
S
 
R
Q
 
L
I
 
L
R
 
Q
Q
 
Q
A
 
T
S
 
N
E
 
G
T
 
D
R
 
R
A
 
D
N
 
K
W
 
Y

2pv7B Crystal structure of chorismate mutase / prephenate dehydrogenase (tyra) (1574749) from haemophilus influenzae rd at 2.00 a resolution (see paper)
22% identity, 63% coverage: 60:243/292 of query aligns to 51:226/280 of 2pv7B

query
sites
2pv7B
V
 
L
S
 
A
G
 
N
A
 
A
D
 
D
I
 
V
V
 
V
L
 
I
L
 
V
A
 
S
I
x
V
P
|
P
V
x
I
S
 
N
A
 
L
T
 
T
E
 
L
A
 
E
T
 
T
F
 
I
K
 
E
A
 
R
I
 
L
R
 
K
H
 
P
L
 
Y
V
 
L
G
 
T
P
 
E
D
 
N
T
 
M
L
 
L
V
 
L
M
 
A
D
 
D
V
x
L
G
x
T
S
|
S
T
 
V
K
 
K
R
 
R
D
 
E
V
 
P
V
 
L
D
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
A
R
 
K
V
 
M
L
 
L
R
 
E
E
 
V
Q
 
H
V
 
T
G
 
G
S
 
A
F
 
V
V
 
L
P
 
G
C
 
L
H
|
H
P
 
P
I
 
M
T
x
F
G
 
G
K
 
A
E
 
D
V
 
I
S
 
A
G
 
S
V
 
M
E
 
-
H
 
-
A
 
-
D
 
-
V
 
-
D
 
-
L
 
-
Y
 
-
A
 
-
G
 
A
K
 
K
Q
 
Q
V
 
V
I
 
V
L
 
V
T
 
R
P
 
C
I
 
D
E
 
G
R
 
R
-
 
F
-
 
P
T
 
E
F
 
R
T
 
Y
A
 
E
Q
 
W
L
 
L
K
 
L
K
 
E
A
 
Q
T
 
I
A
 
Q
V
 
I
W
 
W
T
 
-
A
 
-
M
 
-
G
 
G
C
 
A
H
 
K
V
 
I
V
 
Y
K
 
Q
M
 
T
S
 
N
P
 
A
Q
 
T
A
 
E
H
 
H
D
 
D
A
 
H
A
 
N
Y
 
M
A
 
T
A
 
Y
V
 
I
S
x
Q
H
 
A
L
 
L
P
 
R
H
 
H
L
 
F
I
 
S
A
 
T
F
 
F
A
 
A
M
 
N
I
 
G
N
 
L
G
 
H
I
 
L
K
 
S
S
 
K
Q
 
Q
P
 
P
-
 
I
H
 
N
G
 
L
K
 
A
D
 
N
Y
 
L
M
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
S
G
 
S
P
 
P
G
 
I
F
 
Y
R
 
R
-
 
L
-
 
E
-
 
L
-
 
A
D
 
M
F
 
I
T
 
G
R
|
R
I
 
L
A
 
F
A
 
A
S
x
Q
D
 
D
P
 
A
Q
 
E
M
x
L
W
x
Y
R
 
A
D
 
D
I
 
I
L
 
I
L
 
M
A
 
D
N
 
K
R
 
S
E
 
E
E
 
N
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4om8A Crystal structure of 5-formly-3-hydroxy-2-methylpyridine 4-carboxylic acid (fhmpc) 5-dehydrogenase, an NAD+ dependent dismutase. (see paper)
35% identity, 32% coverage: 1:92/292 of query aligns to 1:111/309 of 4om8A

query
sites
4om8A
M
 
M
F
 
I
E
 
R
Q
 
N
L
 
I
G
 
A
L
 
I
I
 
I
G
 
G
C
 
L
G
|
G
L
x
T
M
|
M
G
 
G
S
 
P
S
 
G
F
 
M
A
 
A
L
 
A
A
 
R
L
 
L
K
 
A
R
 
R
A
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
-
R
 
-
R
 
Q
I
 
V
V
 
V
G
 
A
Y
|
Y
S
x
D
K
x
V
S
 
A
P
 
P
S
 
A
T
 
A
T
 
I
E
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
R
Q
 
S
M
 
M
-
 
L
-
 
S
-
 
V
-
 
A
-
 
E
G
 
T
V
 
V
I
 
L
D
 
D
-
 
A
-
 
L
-
 
G
V
 
I
E
 
A
A
 
L
P
 
P
S
 
S
A
 
A
L
 
G
L
 
V
-
 
G
-
 
T
-
 
V
-
 
R
-
 
F
-
 
T
-
 
D
-
 
D
-
 
I
-
 
G
-
 
D
A
 
A
V
 
V
S
 
S
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
L
V
 
V
L
 
I
L
 
E
A
x
N
I
x
V
P
|
P
-
x
E
-
 
N
V
 
I
S
 
S
A
 
I
T
x
K
E
 
A
A
 
D
T
 
V
F
 
Y
K
 
R
A
 
T
I
 
I
R
 
D
H
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
P
 
Q
D
 
D
T
 
T
L
 
I
V
 
V

Sites not aligning to the query:

Q988C8 5-formyl-3-hydroxy-2-methylpyridine 4-carboxylate 5-dehydrogenase; FHMPC dehydrogenase; EC 1.2.1.100 from Mesorhizobium japonicum (strain LMG 29417 / CECT 9101 / MAFF 303099) (Mesorhizobium loti (strain MAFF 303099)) (see 2 papers)
35% identity, 32% coverage: 1:92/292 of query aligns to 1:111/309 of Q988C8

query
sites
Q988C8
M
 
M
F
 
I
E
 
R
Q
 
N
L
 
I
G
 
A
L
 
I
I
 
I
G
 
G
C
 
L
G
 
G
L
x
T
M
|
M
G
 
G
S
 
P
S
 
G
F
 
M
A
 
A
L
 
A
A
 
R
L
 
L
K
 
A
R
 
R
A
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
-
R
 
-
R
 
Q
I
 
V
V
 
V
G
 
A
Y
 
Y
S
x
D
K
 
V
S
 
A
P
 
P
S
 
A
T
 
A
T
 
I
E
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
R
Q
 
S
M
 
M
-
 
L
-
 
S
-
 
V
-
 
A
-
 
E
G
 
T
V
 
V
I
 
L
D
 
D
-
 
A
-
 
L
-
 
G
V
 
I
E
 
A
A
 
L
P
 
P
S
 
S
A
 
A
L
 
G
L
 
V
-
 
G
-
 
T
-
 
V
-
 
R
-
 
F
-
 
T
-
 
D
-
 
D
-
 
I
-
 
G
-
 
D
A
 
A
V
 
V
S
 
S
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
L
V
 
V
L
 
I
L
 
E
A
 
N
I
x
V
P
|
P
-
x
E
-
 
N
V
 
I
S
 
S
A
 
I
T
x
K
E
 
A
A
 
D
T
 
V
F
 
Y
K
 
R
A
 
T
I
 
I
R
 
D
H
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
P
 
Q
D
 
D
T
 
T
L
 
I
V
 
V

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_011802173.1 NCBI__GCF_000015505.1:WP_011802173.1
MFEQLGLIGCGLMGSSFALALKRAGLVRRIVGYSKSPSTTERARQMGVIDVEAPSALLAV
SGADIVLLAIPVSATEATFKAIRHLVGPDTLVMDVGSTKRDVVDAARRVLREQVGSFVPC
HPITGKEVSGVEHADVDLYAGKQVILTPIERTFTAQLKKATAVWTAMGCHVVKMSPQAHD
AAYAAVSHLPHLIAFAMINGIKSQPHGKDYMALAGPGFRDFTRIAASDPQMWRDILLANR
EELLAQSKIFQQSLQSLEQLISGGNGDGLESQIRQASETRANWRVSSHKAHK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory