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SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_011814015.1 NCBI__GCF_000015585.1:WP_011814015.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P0A1P6 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
70% identity, 99% coverage: 4:471/471 of query aligns to 2:469/469 of P0A1P6

query
sites
P0A1P6

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E130 (= E132) binding Mn(2+)
E132 (= E134) binding Mn(2+)
E208 (= E210) binding ATP
E213 (= E215) binding Mn(2+)
E221 (= E223) binding Mn(2+)
NG 265:266 (= NG 267:268) binding L-glutamate
H270 (= H272) binding Mn(2+)
HMS 272:274 (≠ HQS 274:276) binding ATP
R322 (= R324) binding L-glutamate
E358 (= E360) binding Mn(2+)
R360 (= R362) binding L-glutamate

1fpyA Crystal structure of glutamine synthetase from salmonella typhimurium with inhibitor phosphinothricin (see paper)
70% identity, 99% coverage: 4:471/471 of query aligns to 1:468/468 of 1fpyA

query
sites
1fpyA

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binding adenosine-5'-diphosphate: G127 (= G130), E129 (= E132), E207 (= E210), T223 (≠ V226), F225 (≠ A228), H271 (= H274), S273 (= S276), R355 (= R358), E357 (= E360)
binding manganese (ii) ion: E129 (= E132), E131 (= E134), E212 (= E215), E220 (= E223), H269 (= H272), E357 (= E360)
binding phosphinothricin: E131 (= E134), E212 (= E215), G265 (= G268), H269 (= H272), R321 (= R324), E327 (= E330), R359 (= R362)

1f1hA Crystal structure of glutamine synthetase from salmonella typhimurium with thallium ions (see paper)
70% identity, 99% coverage: 4:471/471 of query aligns to 1:468/468 of 1f1hA

query
sites
1f1hA

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binding adenosine-5'-diphosphate: E129 (= E132), E207 (= E210), H210 (= H213), E220 (= E223), T223 (≠ V226), F225 (≠ A228), H271 (= H274), S273 (= S276), R355 (= R358)
binding manganese (ii) ion: E129 (= E132), E131 (= E134), E212 (= E215), E220 (= E223), H269 (= H272), E357 (= E360)

P0A9C5 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
70% identity, 99% coverage: 4:471/471 of query aligns to 2:469/469 of P0A9C5

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P0A9C5

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Y398 (= Y400) modified: O-AMP-tyrosine

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1 modified: Initiator methionine, Removed

2lgsA Feedback inhibition of fully unadenylylated glutamine synthetase from salmonella typhimurium by glycine, alanine, and serine (see paper)
66% identity, 99% coverage: 4:471/471 of query aligns to 1:445/445 of 2lgsA

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sites
2lgsA

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binding glutamic acid: E125 (= E134), N258 (= N267), G259 (= G268), G261 (= G270), H263 (= H272), R315 (= R324), R349 (= R362)
binding manganese (ii) ion: E123 (= E132), E125 (= E134), E206 (= E215), E214 (= E223), H263 (= H272), E347 (= E360)

1lgrA Interactions of nucleotides with fully unadenylylated glutamine synthetase from salmonella typhimurium (see paper)
66% identity, 99% coverage: 4:471/471 of query aligns to 1:445/445 of 1lgrA

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1lgrA

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binding adenosine monophosphate: E201 (= E210), T217 (≠ V226), F219 (≠ A228), H265 (= H274), S267 (= S276), R345 (= R358)
binding manganese (ii) ion: E123 (= E132), E125 (= E134), E206 (= E215), E214 (= E223), H263 (= H272), E347 (= E360)

P77961 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
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P77961

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E134 (= E134) binding Mg(2+)
E215 (= E215) binding Mg(2+)
E223 (= E223) binding Mg(2+)
E361 (= E360) binding Mn(2+)

3ng0A Crystal structure of glutamine synthetase from synechocystis sp. Pcc 6803
54% identity, 99% coverage: 3:469/471 of query aligns to 1:463/465 of 3ng0A

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3ng0A

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active site: D51 (= D53), E130 (= E132), E132 (= E134), E213 (= E215), E221 (= E223), H270 (= H272), R340 (= R342), E359 (= E360), R361 (= R362)
binding phosphoaminophosphonic acid-adenylate ester: Y126 (≠ L128), E130 (= E132), K209 (≠ V211), I224 (≠ V226), F226 (≠ A228), H272 (= H274), S274 (= S276), R340 (= R342), R345 (= R347), R357 (= R358)
binding manganese (ii) ion: E130 (= E132), E132 (= E134), E213 (= E215), E221 (= E223), H270 (= H272), E359 (= E360), R361 (= R362)

A0R079 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
51% identity, 100% coverage: 3:471/471 of query aligns to 4:478/478 of A0R079

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sites
A0R079

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K14 (≠ E13) modified: Isoglutamyl lysine isopeptide (Lys-Gln) (interchain with Q-Cter in protein Pup)

1htoA Crystallographic structure of a relaxed glutamine synthetase from mycobacterium tuberculosis (see paper)
50% identity, 100% coverage: 3:471/471 of query aligns to 3:477/477 of 1htoA

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sites
1htoA

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active site: D53 (= D53), E132 (= E132), E134 (= E134), E218 (= E215), E226 (= E223), H275 (= H272), R346 (= R342), E365 (= E360), R367 (= R362)
binding adenosine monophosphate: Y128 (≠ L128), G130 (= G130), E132 (= E132), F231 (≠ A228), H277 (= H274), S279 (= S276), R363 (= R358)
binding manganese (ii) ion: E132 (= E132), H275 (= H272), E365 (= E360)

P9WN39 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 5 papers)
50% identity, 100% coverage: 3:471/471 of query aligns to 4:478/478 of P9WN39

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sites
P9WN39

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E133 (= E132) binding Mg(2+)
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Sites not aligning to the query:

1 modified: Initiator methionine, Removed

4acfA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with imidazopyridine inhibitor ((4-(6-bromo-3- (butylamino)imidazo(1,2-a)pyridin-2-yl)phenoxy) acetic acid) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate.
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4acfA

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3zxvA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (4-(2-tert-butyl- 4-(6-methoxynaphthalen-2-yl)-1h-imidazol-5-yl)pyridin-2-amine) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate (see paper)
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3zxvA

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3zxrA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (3-(2-tert-butyl- 5-(pyridin-4-yl)-1h-imidazol-4-yl)quinoline) and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
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2bvcA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a transition state mimic (see paper)
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2whiA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a purine analogue inhibitor and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
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binding magnesium ion: E131 (= E132), E131 (= E132), E133 (= E134), E217 (= E215), E225 (= E223), E225 (= E223), H274 (= H272), E364 (= E360)
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5zlpL Crystal structure of glutamine synthetase from helicobacter pylori (see paper)
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binding adenosine-5'-diphosphate: G132 (= G130), E134 (= E132), F213 (≠ E210), F230 (≠ A228), H276 (= H274), S278 (= S276), R349 (= R347), R360 (= R358)
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5zlpA Crystal structure of glutamine synthetase from helicobacter pylori (see paper)
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binding adenosine-5'-triphosphate: E134 (= E132), V228 (= V226), F230 (≠ A228), H276 (= H274), S358 (≠ A356), R360 (= R358)

5zlpJ Crystal structure of glutamine synthetase from helicobacter pylori (see paper)
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binding adenosine-5'-diphosphate: Y132 (≠ L128), E136 (= E132), F215 (≠ E210), F232 (≠ A228), H278 (= H274), S280 (= S276), R351 (= R347), R362 (= R358)
binding magnesium ion: E138 (= E134), E220 (= E215), E227 (= E223)
binding phosphinothricin: E138 (= E134), E220 (= E215), G272 (= G268), H276 (= H272), E334 (= E330), R346 (= R342), R366 (= R362)

4xycA Nanomolar inhibitors of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase 1: synthesis, biological evaluation and x-ray crystallographic studies (see paper)
49% identity, 100% coverage: 3:471/471 of query aligns to 1:466/466 of 4xycA

query
sites
4xycA

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Query Sequence

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LEALDNDREFLKQGGVFSDDLIDAYIQLKMDDVTRLRMTTHPVEFDMYYSV

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SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory