SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011842530.1 NCBI__GCF_000015985.1:WP_011842530.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4oanA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from rhodopseudomonas palustris haa2 (rpb_2686), target efi-510221, with density modeled as (s)-2-hydroxy-2-methyl-3-oxobutanoate ((s)-2- acetolactate) (see paper)
65% identity, 91% coverage: 30:337/337 of query aligns to 5:312/312 of 4oanA

query
sites
4oanA
A
 
A
E
 
E
Y
 
F
S
 
V
Y
 
Y
K
 
K
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
N
|
N
F
 
L
P
 
P
V
 
D
G
 
T
H
 
H
P
 
P
M
 
M
N
 
N
T
 
I
Q
 
R
M
 
A
E
 
R
A
 
E
A
 
M
A
 
A
K
 
A
R
 
A
I
 
I
S
 
K
E
 
A
E
 
E
T
 
T
D
 
N
G
 
G
R
 
R
F
 
V
E
 
Q
L
 
I
K
 
D
I
 
I
F
 
F
P
 
P
N
 
S
N
 
N
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
S
D
 
D
T
 
T
D
 
D
T
 
M
L
 
L
N
 
S
Q
 
Q
V
 
I
R
 
R
S
 
S
G
 
G
A
 
G
V
 
V
E
 
E
F
 
F
F
 
F
T
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
L
 
L
I
 
I
L
 
L
S
 
S
S
 
T
L
 
L
V
 
V
P
 
P
V
 
A
A
 
A
S
 
S
I
 
I
N
 
N
G
 
G
M
 
I
G
 
G
F
 
F
A
 
A
F
 
F
K
 
P
D
 
D
I
 
Y
D
 
D
Q
 
T
V
 
V
W
 
W
Q
 
K
A
 
A
M
 
M
D
 
D
G
 
G
E
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
G
Y
 
Y
V
 
V
R
 
R
E
 
G
Q
 
E
I
 
I
R
 
G
A
 
K
N
 
A
R
 
G
L
 
L
E
 
V
V
 
V
M
 
M
D
 
D
R
 
K
I
 
I
F
 
W
N
 
D
N
 
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
Q
I
 
T
T
 
T
T
 
T
S
 
S
S
 
T
R
 
R
P
 
P
I
 
I
E
 
T
G
 
G
P
 
P
D
 
D
D
 
D
L
 
F
A
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
I
R
|
R
V
 
V
P
|
P
V
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
W
 
W
T
 
T
S
 
S
M
 
M
F
 
F
Q
 
K
A
 
A
L
 
F
G
 
D
C
 
A
A
 
S
P
 
P
V
 
A
S
 
S
I
 
I
N
 
N
W
x
F
N
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
S
S
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
G
 
K
V
 
V
V
 
V
D
 
E
A
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
S
 
A
T
 
I
I
 
I
D
 
S
V
 
T
G
 
A
K
 
K
L
 
L
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
T
 
K
Y
 
Y
C
 
C
S
 
S
M
 
L
T
 
T
N
 
N
H
 
H
M
 
M
W
 
W
D
 
D
G
 
G
F
 
F
W
 
W
M
 
F
L
 
L
A
 
A
N
 
N
P
 
R
R
 
R
A
 
A
W
 
W
R
 
E
A
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
A
D
 
D
L
 
L
Q
 
R
E
 
D
I
 
I
V
 
V
A
 
A
R
 
R
N
 
N
I
 
I
N
 
N
Q
 
A
A
 
A
A
 
G
L
 
V
D
 
N
Q
 
Q
R
 
R
E
 
A
D
 
D
L
 
V
T
 
A
Q
 
K
L
 
L
N
 
N
A
 
A
T
 
G
L
 
L
Q
 
K
S
 
D
E
 
E
L
 
L
E
 
A
K
 
T
D
 
K
G
 
G
L
 
L
I
 
T
F
 
F
N
 
N
K
 
Q
P
 
P
D
 
T
T
 
I
A
 
G
A
 
P
I
 
F
R
 
R
D
 
D
K
 
K
L
 
L
R
 
R
E
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
S
 
A
E
 
E
W
 
W
R
 
K
S
 
G
T
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
 
E
E
 
Q
A
 
A
W
 
W
A
 
S
L
 
L
L
 
L
E
 
E
Q
 
K
V
 
S
S
 
V
G
 
G
S
 
K
L
 
L
A
 
A

P44542 Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP; Extracytoplasmic solute receptor protein SiaP; N-acetylneuraminic-binding protein; Neu5Ac-binding protein from Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (see 2 papers)
27% identity, 98% coverage: 6:334/337 of query aligns to 6:326/329 of P44542

query
sites
P44542
R
 
K
R
 
L
F
 
F
V
 
L
A
 
A
T
 
T
A
 
A
G
 
I
G
 
S
V
 
L
L
 
G
L
 
V
A
 
S
A
 
S
P
 
A
F
 
V
L
 
L
R
 
-
P
 
-
G
 
-
M
 
-
A
 
-
H
 
-
A
 
A
A
 
A
E
 
D
Y
 
Y
S
 
D
Y
 
L
K
 
K
Y
 
F
A
 
G
N
 
M
N
|
N
F
 
A
P
 
G
V
 
T
G
 
S
H
 
S
P
 
N
M
 
E
N
 
Y
T
 
K
Q
 
A
M
 
A
E
 
E
A
 
M
A
 
F
A
 
A
K
 
K
R
 
E
I
 
V
S
 
K
E
 
E
E
 
K
T
 
S
D
 
Q
G
 
G
R
 
K
F
 
I
E
 
E
L
 
I
K
 
S
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
S
N
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
D
D
|
D
T
 
R
D
 
A
T
 
M
L
 
L
N
 
K
Q
 
Q
V
 
L
R
 
K
S
 
D
G
 
G
A
 
S
V
 
L
E
 
D
F
 
F
F
x
T
T
 
F
L
 
A
S
x
E
G
 
S
L
 
A
I
 
R
L
 
F
S
 
Q
S
 
L
L
 
F
V
 
Y
P
 
P
V
 
E
A
 
A
S
 
A
I
 
V
N
 
F
G
 
A
M
 
L
G
 
P
F
 
Y
A
 
V
F
 
I
K
 
S
D
 
N
I
 
Y
D
 
N
Q
 
V
V
 
A
W
 
Q
Q
 
K
A
 
A
M
 
L
-
 
F
D
 
D
G
 
T
E
 
E
L
 
F
G
 
G
A
 
K
-
 
D
Y
 
L
V
 
I
R
 
K
E
 
K
Q
 
M
I
 
D
R
 
K
A
 
D
N
 
L
R
 
G
L
 
V
E
 
T
V
 
L
M
 
L
D
 
S
R
 
Q
I
 
A
F
 
Y
N
 
N
N
 
-
G
 
G
F
 
T
R
|
R
Q
 
Q
I
 
-
T
 
T
T
 
T
S
 
S
S
 
N
R
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
G
 
S
P
 
I
D
 
A
D
 
D
L
 
M
A
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
|
R
V
 
V
P
 
P
V
 
N
S
 
A
P
 
A
L
 
T
W
 
N
T
 
L
S
 
A
M
 
Y
F
 
A
Q
 
K
A
 
Y
L
 
V
G
 
G
C
 
A
A
 
S
P
 
P
V
 
T
S
 
P
I
 
M
N
 
A
W
 
F
N
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
L
S
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
G
 
N
V
 
A
V
 
V
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
S
 
A
T
 
A
I
 
V
D
 
Q
V
 
A
G
 
Q
K
 
K
L
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
T
 
K
Y
 
F
C
 
L
S
 
A
M
 
M
T
 
T
N
 
N
H
 
H
M
 
I
W
 
L
D
 
N
G
 
D
F
 
Q
W
 
L
M
 
Y
L
 
L
A
 
V
N
 
S
P
 
N
R
 
E
A
 
T
W
 
Y
R
 
K
A
 
E
L
 
L
P
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
E
 
K
I
 
V
V
 
V
A
 
K
R
 
D
N
 
A
I
 
A
N
 
E
Q
 
N
A
 
A
A
 
A
L
 
K
D
 
Y
Q
 
H
R
 
T
E
 
K
D
 
L
L
 
F
T
 
V
Q
 
D
L
 
G
N
 
E
A
 
K
T
 
D
L
 
L
Q
 
V
S
 
T
E
 
F
L
 
F
E
 
E
K
 
K
D
 
Q
G
 
G
L
 
V
I
 
K
F
 
I
N
 
T
K
 
H
P
 
P
D
 
D
T
 
L
A
 
V
A
 
P
I
 
F
R
 
K
D
 
E
K
 
S
L
 
M
R
 
K
E
 
P
A
 
-
G
 
-
F
 
Y
Y
 
Y
S
 
A
E
 
E
W
 
F
R
 
V
S
 
K
T
 
Q
Y
 
T
G
 
G
D
 
Q
E
 
K
A
 
G
W
 
E
A
 
S
L
 
A
L
 
L
E
 
K
Q
 
Q
V
 
I
S
 
E
G
 
A

Q16BC9 Solute-binding protein RD1_1052 from Roseobacter denitrificans (strain ATCC 33942 / OCh 114) (Erythrobacter sp. (strain OCh 114)) (Roseobacter denitrificans) (see paper)
34% identity, 78% coverage: 39:300/337 of query aligns to 30:295/325 of Q16BC9

query
sites
Q16BC9
N
 
T
F
 
L
P
 
K
V
 
L
G
 
G
H
 
H
P
 
L
M
 
A
N
 
N
T
 
E
Q
 
Q
M
 
N
-
 
A
-
 
W
E
 
H
A
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
V
R
 
K
I
 
F
S
 
G
E
 
E
E
 
E
-
 
L
-
 
S
-
 
T
-
 
L
T
 
T
D
 
D
G
 
G
R
 
R
F
 
I
E
 
A
L
 
V
K
 
E
I
 
V
F
 
F
P
 
P
N
 
N
N
 
E
Q
 
S
L
 
L
G
 
G
S
 
K
D
x
E
T
 
I
D
 
D
T
 
L
L
 
I
N
 
N
Q
 
G
V
 
M
R
 
Q
S
 
L
G
 
G
A
 
T
V
 
V
E
 
D
F
 
M
F
 
-
T
 
T
L
 
I
S
 
T
G
|
G
L
x
E
I
x
S
L
 
L
S
 
Q
S
 
N
L
 
W
V
 
A
P
 
P
V
 
M
A
 
A
S
 
A
I
 
L
N
 
L
G
 
A
M
 
V
G
 
P
F
 
Y
A
 
A
F
 
Y
K
 
K
D
 
S
I
 
L
D
 
E
Q
 
H
V
 
M
W
 
D
Q
 
E
A
 
V
M
 
A
D
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
G
 
G
A
 
E
Y
 
Q
V
 
I
R
 
K
E
 
Q
Q
 
Q
I
 
I
R
 
I
A
 
E
N
 
K
R
 
A
L
 
Q
E
 
V
V
 
R
M
 
P
D
 
I
R
 
A
I
 
F
F
 
F
N
 
A
N
x
R
G
|
G
F
x
P
R
|
R
Q
 
N
I
 
L
T
 
T
T
 
-
S
 
S
S
 
Q
R
 
R
P
 
P
I
 
I
E
 
T
G
 
S
P
 
P
D
 
A
D
 
D
L
 
L
A
 
D
G
 
G
L
 
M
K
 
K
I
 
M
R
|
R
V
 
V
P
 
P
V
 
N
S
 
V
P
 
P
L
 
L
W
 
F
T
 
V
S
 
D
M
 
V
F
 
W
Q
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
A
A
 
S
P
 
P
V
 
T
S
 
P
I
 
M
N
 
A
W
 
F
N
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
T
 
T
S
 
S
L
 
L
Q
 
Q
T
 
N
G
 
G
V
 
V
V
 
I
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
S
 
A
T
 
L
I
 
I
D
 
R
V
 
S
G
 
A
K
 
N
L
 
F
Y
 
N
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
T
 
G
Y
 
Y
C
 
V
S
 
N
M
 
Q
T
 
T
N
 
E
H
 
H
M
 
V
W
 
R
D
 
S
G
 
W
F
 
I
W
 
Y
M
 
L
L
 
T
A
 
I
N
 
A
P
 
E
R
 
S
A
 
T
W
 
W
R
 
A
A
 
K
L
 
L
P
 
S
D
 
E
D
 
D
L
 
D
Q
 
Q
E
 
N
I
 
A
V
 
V
A
 
M
R
 
Q
N
 
A
I
 
A
N
 
A
Q
 
T
A
 
A
A
 
Q
L
 
E
D
 
Y
Q
 
E
R
 
R
E
 
G
D
 
L
L
 
L
T
 
L
Q
 
E
L
 
S
N
 
L
A
 
A
T
 
E
L
 
D
Q
 
R
S
 
G
E
 
Y
L
 
L
E
 
E
K
 
S
D
 
K
G
 
G
L
 
M
I
 
T
F
 
F
N
 
V
K
 
E
P
 
V
D
 
D

4pcdA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from roseobacter denitrificans och 114 (rd1_1052, target efi-510238) with bound l-galactonate (see paper)
34% identity, 77% coverage: 42:300/337 of query aligns to 9:271/300 of 4pcdA

query
sites
4pcdA
V
 
L
G
 
G
H
 
H
P
 
L
M
 
A
N
 
N
T
 
E
Q
 
Q
M
 
N
-
 
A
-
 
W
E
 
H
A
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
V
R
 
K
I
 
F
S
 
G
E
 
E
E
 
E
-
 
L
-
 
S
-
 
T
-
 
L
T
 
T
D
 
D
G
 
G
R
 
R
F
 
I
E
 
A
L
 
V
K
 
E
I
 
V
F
 
F
P
 
P
N
 
N
N
 
E
Q
 
S
L
 
L
G
 
G
S
 
K
D
x
E
T
 
I
D
 
D
T
 
L
L
 
I
N
 
N
Q
 
G
V
 
M
R
 
Q
S
 
L
G
 
G
A
 
T
V
 
V
E
 
D
F
 
M
F
 
-
T
 
T
L
 
I
S
 
T
G
|
G
L
x
E
I
x
S
L
 
L
S
 
Q
S
 
N
L
 
W
V
 
A
P
 
P
V
 
M
A
 
A
S
 
A
I
 
L
N
 
L
G
 
A
M
 
V
G
 
P
F
 
Y
A
 
A
F
 
Y
K
 
K
D
 
S
I
 
L
D
 
E
Q
 
H
V
 
M
W
 
D
Q
 
E
A
 
V
M
 
A
D
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
G
 
G
A
 
E
Y
 
Q
V
 
I
R
 
K
E
 
Q
Q
 
Q
I
 
I
R
 
I
A
 
E
N
 
K
R
 
A
L
 
Q
E
 
V
V
 
R
M
 
P
D
 
I
R
 
A
I
 
F
F
 
F
N
 
A
N
x
R
G
 
G
F
 
P
R
|
R
Q
 
N
I
 
L
T
 
T
T
 
-
S
 
S
S
 
Q
R
 
R
P
 
P
I
 
I
E
 
T
G
 
S
P
 
P
D
 
A
D
 
D
L
 
L
A
 
D
G
 
G
L
 
M
K
 
K
I
 
M
R
|
R
V
 
V
P
 
P
V
 
N
S
 
V
P
 
P
L
 
L
W
 
F
T
 
V
S
 
D
M
 
V
F
 
W
Q
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
A
A
 
S
P
 
P
V
 
T
S
 
P
I
 
M
N
 
A
W
 
F
N
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
T
 
T
S
 
S
L
 
L
Q
 
Q
T
 
N
G
 
G
V
 
V
V
 
I
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
S
 
A
T
x
L
I
 
I
D
 
R
V
 
S
G
 
A
K
 
N
L
 
F
Y
 
N
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
T
 
G
Y
 
Y
C
 
V
S
 
N
M
 
Q
T
 
T
N
 
E
H
 
H
M
 
V
W
 
R
D
 
S
G
 
W
F
 
I
W
 
Y
M
 
L
L
 
T
A
 
I
N
 
A
P
 
E
R
 
S
A
 
T
W
 
W
R
 
A
A
 
K
L
 
L
P
 
S
D
 
E
D
 
D
L
 
D
Q
 
Q
E
 
N
I
 
A
V
 
V
A
 
M
R
 
Q
N
 
A
I
 
A
N
 
A
Q
 
T
A
 
A
A
 
Q
L
 
E
D
 
Y
Q
 
E
R
 
R
E
 
G
D
 
L
L
 
L
T
 
L
Q
 
E
L
 
S
N
 
L
A
 
A
T
 
E
L
 
D
Q
 
R
S
 
G
E
 
Y
L
 
L
E
 
E
K
 
S
D
 
K
G
 
G
L
 
M
I
 
T
F
 
F
N
 
V
K
 
E
P
 
V
D
 
D

4pc9A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from rosenbacter denitrificans och 114 (rd1_1052, target efi-510238) with bound d-mannonate (see paper)
34% identity, 77% coverage: 42:300/337 of query aligns to 9:271/300 of 4pc9A

query
sites
4pc9A
V
 
L
G
 
G
H
 
H
P
x
L
M
 
A
N
 
N
T
 
E
Q
 
Q
M
 
N
-
 
A
-
 
W
E
 
H
A
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
V
R
 
K
I
 
F
S
 
G
E
 
E
E
 
E
-
 
L
-
 
S
-
 
T
-
 
L
T
 
T
D
 
D
G
 
G
R
 
R
F
 
I
E
 
A
L
 
V
K
 
E
I
 
V
F
 
F
P
 
P
N
 
N
N
 
E
Q
 
S
L
 
L
G
 
G
S
 
K
D
x
E
T
 
I
D
 
D
T
 
L
L
 
I
N
 
N
Q
 
G
V
 
M
R
 
Q
S
 
L
G
 
G
A
 
T
V
 
V
E
 
D
F
 
M
F
 
-
T
 
T
L
 
I
S
 
T
G
|
G
L
x
E
I
x
S
L
 
L
S
 
Q
S
 
N
L
 
W
V
 
A
P
 
P
V
 
M
A
 
A
S
 
A
I
 
L
N
 
L
G
 
A
M
 
V
G
 
P
F
 
Y
A
 
A
F
 
Y
K
 
K
D
 
S
I
 
L
D
 
E
Q
 
H
V
 
M
W
 
D
Q
 
E
A
 
V
M
 
A
D
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
G
 
G
A
 
E
Y
 
Q
V
 
I
R
 
K
E
 
Q
Q
 
Q
I
 
I
R
 
I
A
 
E
N
 
K
R
 
A
L
 
Q
E
 
V
V
 
R
M
 
P
D
 
I
R
 
A
I
 
F
F
 
F
N
 
A
N
x
R
G
 
G
F
 
P
R
|
R
Q
 
N
I
 
L
T
 
T
T
 
-
S
 
S
S
 
Q
R
 
R
P
 
P
I
 
I
E
 
T
G
 
S
P
 
P
D
 
A
D
 
D
L
 
L
A
 
D
G
 
G
L
 
M
K
 
K
I
 
M
R
|
R
V
 
V
P
|
P
V
 
N
S
 
V
P
 
P
L
 
L
W
 
F
T
 
V
S
 
D
M
 
V
F
 
W
Q
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
A
A
 
S
P
 
P
V
 
T
S
 
P
I
 
M
N
 
A
W
x
F
N
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
F
T
 
T
S
 
S
L
 
L
Q
 
Q
T
 
N
G
 
G
V
 
V
V
 
I
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
S
 
A
T
x
L
I
 
I
D
 
R
V
 
S
G
 
A
K
 
N
L
 
F
Y
 
N
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
T
 
G
Y
 
Y
C
 
V
S
 
N
M
 
Q
T
 
T
N
 
E
H
 
H
M
 
V
W
 
R
D
 
S
G
 
W
F
 
I
W
 
Y
M
 
L
L
 
T
A
 
I
N
 
A
P
 
E
R
 
S
A
 
T
W
 
W
R
 
A
A
 
K
L
 
L
P
 
S
D
 
E
D
 
D
L
 
D
Q
 
Q
E
 
N
I
 
A
V
 
V
A
 
M
R
 
Q
N
 
A
I
 
A
N
 
A
Q
 
T
A
 
A
A
 
Q
L
 
E
D
 
Y
Q
 
E
R
 
R
E
 
G
D
 
L
L
 
L
T
 
L
Q
 
E
L
 
S
N
 
L
A
 
A
T
 
E
L
 
D
Q
 
R
S
 
G
E
 
Y
L
 
L
E
 
E
K
 
S
D
 
K
G
 
G
L
 
M
I
 
T
F
 
F
N
 
V
K
 
E
P
 
V
D
 
D

2v4cA Structure of sialic acid binding protein (siap) in the presence of kdn (see paper)
28% identity, 91% coverage: 30:334/337 of query aligns to 1:303/309 of 2v4cA

query
sites
2v4cA
A
 
A
E
 
D
Y
 
Y
S
 
D
Y
 
L
K
 
K
Y
 
F
A
 
G
N
 
M
N
 
N
F
 
A
P
 
G
V
 
T
G
 
S
H
 
S
P
 
N
M
 
E
N
 
Y
T
 
K
Q
 
A
M
 
A
E
 
E
A
 
M
A
 
F
A
 
A
K
 
K
R
 
E
I
 
V
S
 
K
E
 
E
E
 
K
T
 
S
D
 
Q
G
 
G
R
 
K
F
 
I
E
 
E
L
 
I
K
 
S
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
S
N
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
D
D
|
D
T
 
R
D
 
A
T
 
M
L
 
L
N
 
K
Q
 
Q
V
 
L
R
 
K
S
 
D
G
 
G
A
 
S
V
 
L
E
 
D
F
 
F
F
 
T
T
 
F
L
 
A
S
x
E
G
 
S
L
 
A
I
 
R
L
 
F
S
 
Q
S
 
L
L
 
F
V
 
Y
P
 
P
V
 
E
A
 
A
S
 
A
I
 
V
N
 
F
G
 
A
M
 
L
G
 
P
F
 
Y
A
 
V
F
 
I
K
 
S
D
 
N
I
 
Y
D
 
N
Q
 
V
V
 
A
W
 
Q
Q
 
K
A
 
A
M
 
L
-
 
F
D
 
D
G
 
T
E
 
E
L
 
F
G
 
G
A
 
K
-
 
D
Y
 
L
V
 
I
R
 
K
E
 
K
Q
 
M
I
 
D
R
 
K
A
 
D
N
 
L
R
 
G
L
 
V
E
 
T
V
 
L
M
 
L
D
 
S
R
 
Q
I
 
A
F
 
Y
N
 
N
N
 
-
G
 
G
F
 
T
R
|
R
Q
 
Q
I
 
-
T
 
T
T
 
T
S
 
S
S
 
N
R
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
G
 
S
P
 
I
D
 
A
D
 
D
L
 
M
A
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
|
R
V
 
V
P
 
P
V
 
N
S
 
A
P
 
A
L
 
T
W
 
N
T
 
L
S
 
A
M
 
Y
F
 
A
Q
 
K
A
 
Y
L
 
V
G
 
G
C
 
A
A
 
S
P
 
P
V
 
T
S
 
P
I
 
M
N
 
A
W
x
F
N
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
L
S
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
G
 
N
V
 
A
V
 
V
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
S
 
A
T
 
A
I
 
V
D
 
Q
V
 
A
G
 
Q
K
 
K
L
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
T
 
K
Y
 
F
C
 
L
S
 
A
M
 
M
T
 
T
N
 
N
H
 
H
M
 
I
W
 
L
D
 
N
G
 
D
F
 
Q
W
 
L
M
 
Y
L
 
L
A
 
V
N
 
S
P
 
N
R
 
E
A
 
T
W
 
Y
R
 
K
A
 
E
L
 
L
P
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
E
 
K
I
 
V
V
 
V
A
 
K
R
 
D
N
 
A
I
 
A
N
 
E
Q
 
N
A
 
A
A
 
A
L
 
K
D
 
Y
Q
 
H
R
 
T
E
 
K
D
 
L
L
 
F
T
 
V
Q
 
D
L
 
G
N
 
E
A
 
K
T
 
D
L
 
L
Q
 
V
S
 
T
E
 
F
L
 
F
E
 
E
K
 
K
D
 
Q
G
 
G
L
 
V
I
 
K
F
 
I
N
 
T
K
 
H
P
 
P
D
 
D
T
 
L
A
 
V
A
 
P
I
 
F
R
 
K
D
 
E
K
 
S
L
 
M
R
 
K
E
 
P
A
 
-
G
 
-
F
 
Y
Y
 
Y
S
 
A
E
 
E
W
 
F
R
 
V
S
 
K
T
 
Q
Y
 
T
G
 
G
D
 
Q
E
 
K
A
 
G
W
 
E
A
 
S
L
 
A
L
 
L
E
 
K
Q
 
Q
V
 
I
S
 
E
G
 
A

3b50A Structure of h. Influenzae sialic acid binding protein bound to neu5ac. (see paper)
28% identity, 91% coverage: 30:334/337 of query aligns to 1:303/310 of 3b50A

query
sites
3b50A
A
 
A
E
 
D
Y
 
Y
S
 
D
Y
 
L
K
 
K
Y
 
F
A
 
G
N
 
M
N
|
N
F
 
A
P
 
G
V
 
T
G
 
S
H
 
S
P
 
N
M
 
E
N
 
Y
T
 
K
Q
 
A
M
 
A
E
 
E
A
 
M
A
 
F
A
 
A
K
 
K
R
 
E
I
 
V
S
 
K
E
 
E
E
 
K
T
 
S
D
 
Q
G
 
G
R
 
K
F
 
I
E
 
E
L
 
I
K
 
S
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
S
N
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
D
D
|
D
T
 
R
D
 
A
T
 
M
L
 
L
N
 
K
Q
 
Q
V
 
L
R
 
K
S
 
D
G
 
G
A
 
S
V
 
L
E
 
D
F
 
F
F
 
T
T
x
F
L
 
A
S
x
E
G
 
S
L
 
A
I
x
R
L
 
F
S
 
Q
S
 
L
L
 
F
V
 
Y
P
 
P
V
 
E
A
 
A
S
 
A
I
 
V
N
 
F
G
 
A
M
 
L
G
 
P
F
 
Y
A
 
V
F
 
I
K
 
S
D
 
N
I
 
Y
D
 
N
Q
 
V
V
 
A
W
 
Q
Q
 
K
A
 
A
M
 
L
-
 
F
D
 
D
G
 
T
E
 
E
L
 
F
G
 
G
A
 
K
-
 
D
Y
 
L
V
 
I
R
 
K
E
 
K
Q
 
M
I
 
D
R
 
K
A
 
D
N
 
L
R
 
G
L
 
V
E
 
T
V
 
L
M
 
L
D
 
S
R
 
Q
I
 
A
F
 
Y
N
 
N
N
 
-
G
 
G
F
 
T
R
|
R
Q
 
Q
I
 
-
T
 
T
T
 
T
S
 
S
S
 
N
R
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
G
 
S
P
 
I
D
 
A
D
 
D
L
 
M
A
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
|
R
V
 
V
P
 
P
V
 
N
S
 
A
P
 
A
L
 
T
W
 
N
T
 
L
S
 
A
M
 
Y
F
 
A
Q
 
K
A
 
Y
L
 
V
G
 
G
C
 
A
A
 
S
P
 
P
V
 
T
S
 
P
I
 
M
N
 
A
W
x
F
N
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
L
S
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
G
 
N
V
 
A
V
 
V
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
S
 
A
T
 
A
I
 
V
D
 
Q
V
 
A
G
 
Q
K
 
K
L
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
T
 
K
Y
 
F
C
 
L
S
 
A
M
 
M
T
 
T
N
 
N
H
 
H
M
 
I
W
 
L
D
 
N
G
 
D
F
x
Q
W
 
L
M
 
Y
L
 
L
A
 
V
N
 
S
P
 
N
R
 
E
A
 
T
W
 
Y
R
 
K
A
 
E
L
 
L
P
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
E
 
K
I
 
V
V
 
V
A
 
K
R
 
D
N
 
A
I
 
A
N
 
E
Q
 
N
A
 
A
A
 
A
L
 
K
D
 
Y
Q
 
H
R
 
T
E
 
K
D
 
L
L
 
F
T
 
V
Q
 
D
L
 
G
N
 
E
A
 
K
T
 
D
L
 
L
Q
 
V
S
 
T
E
 
F
L
 
F
E
 
E
K
 
K
D
 
Q
G
 
G
L
 
V
I
 
K
F
 
I
N
 
T
K
 
H
P
 
P
D
 
D
T
 
L
A
 
V
A
 
P
I
 
F
R
 
K
D
 
E
K
 
S
L
 
M
R
 
K
E
 
P
A
 
-
G
 
-
F
 
Y
Y
 
Y
S
 
A
E
 
E
W
 
F
R
 
V
S
 
K
T
 
Q
Y
 
T
G
 
G
D
 
Q
E
 
K
A
 
G
W
 
E
A
 
S
L
 
A
L
 
L
E
 
K
Q
 
Q
V
 
I
S
 
E
G
 
A

2wx9A Crystal structure of the sialic acid binding periplasmic protein siap (see paper)
28% identity, 91% coverage: 30:334/337 of query aligns to 1:303/308 of 2wx9A

query
sites
2wx9A
A
 
A
E
 
D
Y
 
Y
S
 
D
Y
 
L
K
 
K
Y
 
F
A
 
G
N
 
M
N
|
N
F
 
N
P
 
G
V
 
T
G
 
S
H
 
S
P
 
N
M
 
E
N
 
Y
T
 
K
Q
 
A
M
 
A
E
 
E
A
 
M
A
 
F
A
 
A
K
 
K
R
 
E
I
 
V
S
 
K
E
 
E
E
 
K
T
 
S
D
 
Q
G
 
G
R
 
K
F
 
I
E
 
E
L
 
I
K
 
S
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
S
N
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
D
D
|
D
T
 
R
D
 
A
T
 
M
L
 
L
N
 
K
Q
 
Q
V
 
L
R
 
K
S
 
D
G
 
G
A
 
S
V
 
L
E
 
D
F
 
F
F
 
T
T
x
F
L
x
A
S
x
E
G
 
S
L
 
A
I
 
R
L
 
F
S
 
Q
S
 
L
L
 
F
V
 
Y
P
 
P
V
 
E
A
 
A
S
 
A
I
 
V
N
 
F
G
 
A
M
 
L
G
 
P
F
 
Y
A
 
V
F
 
I
K
 
S
D
 
N
I
 
Y
D
 
N
Q
 
V
V
 
A
W
 
Q
Q
 
K
A
 
A
M
 
L
-
 
F
D
 
D
G
 
T
E
 
E
L
 
F
G
 
G
A
 
K
-
 
D
Y
 
L
V
 
I
R
 
K
E
 
K
Q
 
M
I
 
D
R
 
K
A
 
D
N
 
L
R
 
G
L
 
V
E
 
T
V
 
L
M
 
L
D
 
S
R
 
Q
I
 
A
F
 
Y
N
 
N
N
 
-
G
 
G
F
 
T
R
|
R
Q
 
Q
I
 
-
T
 
T
T
 
T
S
 
S
S
 
N
R
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
G
 
S
P
 
I
D
 
A
D
 
D
L
 
M
A
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
|
R
V
 
V
P
 
P
V
 
N
S
 
A
P
 
A
L
 
T
W
 
N
T
 
L
S
 
A
M
 
Y
F
 
A
Q
 
K
A
 
Y
L
 
V
G
 
G
C
 
A
A
 
S
P
 
P
V
 
T
S
 
P
I
 
M
N
 
A
W
x
F
N
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
L
S
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
G
 
N
V
 
A
V
 
V
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
S
 
A
T
 
A
I
 
V
D
 
Q
V
 
A
G
 
Q
K
 
K
L
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
T
 
K
Y
 
F
C
 
L
S
 
A
M
 
M
T
 
T
N
 
N
H
 
H
M
 
I
W
 
L
D
 
N
G
 
D
F
x
Q
W
 
L
M
 
Y
L
 
L
A
 
V
N
 
S
P
 
N
R
 
E
A
 
T
W
 
Y
R
 
K
A
 
E
L
 
L
P
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
E
 
K
I
 
V
V
 
V
A
 
K
R
 
D
N
 
A
I
 
A
N
 
E
Q
 
N
A
 
A
A
 
A
L
 
K
D
 
Y
Q
 
H
R
 
T
E
 
K
D
 
L
L
 
F
T
 
V
Q
 
D
L
 
G
N
 
E
A
 
K
T
 
D
L
 
L
Q
 
V
S
 
T
E
 
F
L
 
F
E
 
E
K
 
K
D
 
Q
G
 
G
L
 
V
I
 
K
F
 
I
N
 
T
K
 
H
P
 
P
D
 
D
T
 
L
A
 
V
A
 
P
I
 
F
R
 
K
D
 
E
K
 
S
L
 
M
R
 
K
E
 
P
A
 
-
G
 
-
F
 
Y
Y
 
Y
S
 
A
E
 
E
W
 
F
R
 
V
S
 
K
T
 
Q
Y
 
T
G
 
G
D
 
Q
E
 
K
A
 
G
W
 
E
A
 
S
L
 
A
L
 
L
E
 
K
Q
 
Q
V
 
I
S
 
E
G
 
A

2cexB Structure of a sialic acid binding protein (siap) in the presence of the sialic acid acid analogue neu5ac2en (see paper)
28% identity, 84% coverage: 51:334/337 of query aligns to 21:302/305 of 2cexB

query
sites
2cexB
E
 
E
A
 
M
A
 
F
A
 
A
K
 
K
R
 
E
I
 
V
S
 
K
E
 
E
E
 
K
T
 
S
D
 
Q
G
 
G
R
 
K
F
 
I
E
 
E
L
 
I
K
 
S
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
S
N
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
D
D
 
D
T
 
R
D
 
A
T
 
M
L
 
L
N
 
K
Q
 
Q
V
 
L
R
 
K
S
 
D
G
 
G
A
 
S
V
 
L
E
 
D
F
 
F
F
 
T
T
 
F
L
 
A
S
x
E
G
 
S
L
 
A
I
 
R
L
 
F
S
 
Q
S
 
L
L
 
F
V
 
Y
P
 
P
V
 
E
A
 
A
S
 
A
I
 
V
N
 
F
G
 
A
M
 
L
G
 
P
F
 
Y
A
 
V
F
 
I
K
 
S
D
 
N
I
 
Y
D
 
N
Q
 
V
V
 
A
W
 
Q
Q
 
K
A
 
A
M
 
L
-
 
F
D
 
D
G
 
T
E
 
E
L
 
F
G
 
G
A
 
K
-
 
D
Y
 
L
V
 
I
R
 
K
E
 
K
Q
 
M
I
 
D
R
 
K
A
 
D
N
 
L
R
 
G
L
 
V
E
 
T
V
 
L
M
 
L
D
 
S
R
 
Q
I
 
A
F
 
Y
N
 
N
N
 
-
G
 
G
F
 
T
R
 
R
Q
 
Q
I
 
-
T
 
T
T
 
T
S
 
S
S
 
N
R
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
G
 
S
P
 
I
D
 
A
D
 
D
L
 
M
A
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
|
R
V
 
V
P
 
P
V
 
N
S
 
A
P
 
A
L
 
T
W
 
N
T
 
L
S
 
A
M
 
Y
F
 
A
Q
 
K
A
 
Y
L
 
V
G
 
G
C
 
A
A
 
S
P
 
P
V
 
T
S
 
P
I
 
M
N
 
A
W
x
F
N
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
L
S
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
G
 
N
V
 
A
V
 
V
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
S
 
A
T
 
A
I
 
V
D
 
Q
V
 
A
G
 
Q
K
 
K
L
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
T
 
K
Y
 
F
C
 
L
S
 
A
M
 
M
T
 
T
N
 
N
H
 
H
M
 
I
W
 
L
D
 
N
G
 
D
F
 
Q
W
 
L
M
 
Y
L
 
L
A
 
V
N
 
S
P
 
N
R
 
E
A
 
T
W
 
Y
R
 
K
A
 
E
L
 
L
P
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
E
 
K
I
 
V
V
 
V
A
 
K
R
 
D
N
 
A
I
 
A
N
 
E
Q
 
N
A
 
A
A
 
A
L
 
K
D
 
Y
Q
 
H
R
 
T
E
 
K
D
 
L
L
 
F
T
 
V
Q
 
D
L
 
G
N
 
E
A
 
K
T
 
D
L
 
L
Q
 
V
S
 
T
E
 
F
L
 
F
E
 
E
K
 
K
D
 
Q
G
 
G
L
 
V
I
 
K
F
 
I
N
 
T
K
 
H
P
 
P
D
 
D
T
 
L
A
 
V
A
 
P
I
 
F
R
 
K
D
 
E
K
 
S
L
 
M
R
 
K
E
 
P
A
 
-
G
 
-
F
 
Y
Y
 
Y
S
 
A
E
 
E
W
 
F
R
 
V
S
 
K
T
 
Q
Y
 
T
G
 
G
D
 
Q
E
 
K
A
 
G
W
 
E
A
 
S
L
 
A
L
 
L
E
 
K
Q
 
Q
V
 
I
S
 
E
G
 
A

Sites not aligning to the query:

2cexA Structure of a sialic acid binding protein (siap) in the presence of the sialic acid acid analogue neu5ac2en (see paper)
28% identity, 84% coverage: 51:334/337 of query aligns to 21:302/304 of 2cexA

query
sites
2cexA
E
 
E
A
 
M
A
 
F
A
 
A
K
 
K
R
 
E
I
 
V
S
 
K
E
 
E
E
 
K
T
 
S
D
 
Q
G
 
G
R
 
K
F
 
I
E
 
E
L
 
I
K
 
S
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
S
N
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
D
D
 
D
T
 
R
D
 
A
T
 
M
L
 
L
N
 
K
Q
 
Q
V
 
L
R
 
K
S
 
D
G
 
G
A
 
S
V
 
L
E
 
D
F
 
F
F
 
T
T
 
F
L
 
A
S
 
E
G
 
S
L
 
A
I
 
R
L
 
F
S
 
Q
S
 
L
L
 
F
V
 
Y
P
 
P
V
 
E
A
 
A
S
 
A
I
 
V
N
 
F
G
 
A
M
 
L
G
 
P
F
 
Y
A
 
V
F
 
I
K
 
S
D
 
N
I
 
Y
D
 
N
Q
 
V
V
 
A
W
 
Q
Q
 
K
A
 
A
M
 
L
-
 
F
D
 
D
G
 
T
E
 
E
L
 
F
G
 
G
A
 
K
-
 
D
Y
 
L
V
 
I
R
 
K
E
 
K
Q
 
M
I
 
D
R
 
K
A
 
D
N
 
L
R
 
G
L
 
V
E
 
T
V
 
L
M
 
L
D
 
S
R
 
Q
I
 
A
F
 
Y
N
 
N
N
 
-
G
 
G
F
 
T
R
 
R
Q
 
Q
I
 
-
T
 
T
T
 
T
S
 
S
S
 
N
R
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
G
 
S
P
 
I
D
 
A
D
 
D
L
 
M
A
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
N
S
 
A
P
 
A
L
 
T
W
 
N
T
 
L
S
 
A
M
 
Y
F
 
A
Q
 
K
A
 
Y
L
 
V
G
 
G
C
 
A
A
 
S
P
 
P
V
 
T
S
 
P
I
 
M
N
 
A
W
 
F
N
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
L
S
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
G
 
N
V
 
A
V
 
V
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
 
N
P
 
P
L
 
L
S
 
A
T
 
A
I
 
V
D
 
Q
V
 
A
G
 
Q
K
 
K
L
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
T
 
K
Y
 
F
C
 
L
S
 
A
M
 
M
T
 
T
N
 
N
H
 
H
M
 
I
W
 
L
D
 
N
G
 
D
F
 
Q
W
 
L
M
 
Y
L
 
L
A
 
V
N
 
S
P
 
N
R
 
E
A
 
T
W
 
Y
R
 
K
A
 
E
L
 
L
P
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
E
 
K
I
 
V
V
 
V
A
 
K
R
 
D
N
 
A
I
 
A
N
 
E
Q
 
N
A
 
A
A
 
A
L
 
K
D
 
Y
Q
 
H
R
 
T
E
 
K
D
 
L
L
 
F
T
 
V
Q
 
D
L
 
G
N
 
E
A
 
K
T
 
D
L
 
L
Q
 
V
S
 
T
E
 
F
L
 
F
E
 
E
K
 
K
D
 
Q
G
 
G
L
 
V
I
 
K
F
 
I
N
 
T
K
 
H
P
 
P
D
 
D
T
 
L
A
 
V
A
 
P
I
 
F
R
 
K
D
 
E
K
 
S
L
 
M
R
 
K
E
 
P
A
 
-
G
 
-
F
 
Y
Y
 
Y
S
 
A
E
 
E
W
 
F
R
 
V
S
 
K
T
 
Q
Y
 
T
G
 
G
D
 
Q
E
 
K
A
 
G
W
 
E
A
 
S
L
 
A
L
 
L
E
 
K
Q
 
Q
V
 
I
S
 
E
G
 
A

Sites not aligning to the query:

2xwoA Siap r147e mutant in complex with sialylamide (see paper)
27% identity, 91% coverage: 30:334/337 of query aligns to 1:303/308 of 2xwoA

query
sites
2xwoA
A
 
A
E
 
D
Y
 
Y
S
 
D
Y
 
L
K
 
K
Y
 
F
A
 
G
N
 
M
N
|
N
F
 
A
P
 
G
V
 
T
G
 
S
H
 
S
P
 
N
M
 
E
N
 
Y
T
 
K
Q
 
A
M
 
A
E
 
E
A
 
M
A
 
F
A
 
A
K
 
K
R
 
E
I
 
V
S
 
K
E
 
E
E
 
K
T
 
S
D
 
Q
G
 
G
R
 
K
F
 
I
E
 
E
L
 
I
K
 
S
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
S
N
 
S
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
D
D
|
D
T
 
R
D
 
A
T
 
M
L
 
L
N
 
K
Q
 
Q
V
 
L
R
 
K
S
 
D
G
 
G
A
 
S
V
 
L
E
 
D
F
 
F
F
 
T
T
 
F
L
 
A
S
x
E
G
 
S
L
 
A
I
 
R
L
 
F
S
 
Q
S
 
L
L
 
F
V
 
Y
P
 
P
V
 
E
A
 
A
S
 
A
I
 
V
N
 
F
G
 
A
M
 
L
G
 
P
F
 
Y
A
 
V
F
 
I
K
 
S
D
 
N
I
 
Y
D
 
N
Q
 
V
V
 
A
W
 
Q
Q
 
K
A
 
A
M
 
L
-
 
F
D
 
D
G
 
T
E
 
E
L
 
F
G
 
G
A
 
K
-
 
D
Y
 
L
V
 
I
R
 
K
E
 
K
Q
 
M
I
 
D
R
 
K
A
 
D
N
 
L
R
 
G
L
 
V
E
 
T
V
 
L
M
 
L
D
 
S
R
 
Q
I
 
A
F
 
Y
N
 
N
N
 
-
G
 
G
F
 
T
R
|
R
Q
 
Q
I
 
-
T
 
T
T
 
T
S
 
S
S
 
N
R
 
R
P
 
A
I
 
I
E
 
N
G
 
S
P
 
I
D
 
A
D
 
D
L
 
M
A
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
L
R
 
E
V
 
V
P
|
P
V
 
N
S
 
A
P
 
A
L
 
T
W
 
N
T
 
L
S
 
A
M
 
Y
F
 
A
Q
 
K
A
 
Y
L
 
V
G
 
G
C
 
A
A
 
S
P
 
P
V
 
T
S
 
P
I
 
M
N
 
A
W
x
F
N
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
L
S
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
G
 
N
V
 
A
V
 
V
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
S
 
A
T
 
A
I
 
V
D
 
Q
V
 
A
G
 
Q
K
 
K
L
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
T
 
K
Y
 
F
C
 
L
S
 
A
M
 
M
T
 
T
N
 
N
H
 
H
M
 
I
W
 
L
D
 
N
G
 
D
F
x
Q
W
 
L
M
 
Y
L
 
L
A
 
V
N
 
S
P
 
N
R
 
E
A
 
T
W
 
Y
R
 
K
A
 
E
L
 
L
P
 
P
D
 
E
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
E
 
K
I
 
V
V
 
V
A
 
K
R
 
D
N
 
A
I
 
A
N
 
E
Q
 
N
A
 
A
A
 
A
L
 
K
D
 
Y
Q
 
H
R
 
T
E
 
K
D
 
L
L
 
F
T
 
V
Q
 
D
L
 
G
N
 
E
A
 
K
T
 
D
L
 
L
Q
 
V
S
 
T
E
 
F
L
 
F
E
 
E
K
 
K
D
 
Q
G
 
G
L
 
V
I
 
K
F
 
I
N
 
T
K
 
H
P
 
P
D
 
D
T
 
L
A
 
V
A
 
P
I
 
F
R
 
K
D
 
E
K
 
S
L
 
M
R
 
K
E
 
P
A
 
-
G
 
-
F
 
Y
Y
 
Y
S
 
A
E
 
E
W
 
F
R
 
V
S
 
K
T
 
Q
Y
 
T
G
 
G
D
 
Q
E
 
K
A
 
G
W
 
E
A
 
S
L
 
A
L
 
L
E
 
K
Q
 
Q
V
 
I
S
 
E
G
 
A

4p3lA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from chromohalobacter salexigens dsm 3043 (csal_2479), target efi-510085, with bound glucuronate, spg p6122 (see paper)
32% identity, 71% coverage: 38:275/337 of query aligns to 7:243/303 of 4p3lA

query
sites
4p3lA
N
 
N
N
x
I
F
x
H
P
 
P
V
 
P
G
 
S
H
 
Y
P
 
P
M
 
N
N
 
G
T
 
K
Q
 
A
M
 
L
E
 
E
A
 
S
A
 
F
A
 
A
K
 
K
R
 
E
I
 
V
S
 
A
E
 
E
E
 
K
T
 
T
D
 
E
G
 
G
R
 
R
F
 
V
E
 
E
L
 
P
K
 
K
I
 
V
F
 
Y
P
 
H
N
 
N
N
 
A
Q
 
V
L
 
L
G
 
G
S
 
D
D
x
Q
T
 
P
D
 
D
T
 
A
L
 
I
N
 
E
Q
 
Q
V
 
T
R
 
R
S
 
S
G
 
G
A
 
A
V
 
L
E
 
D
F
 
F
F
 
A
T
 
N
L
 
F
S
x
N
G
 
M
L
 
G
I
 
P
L
 
M
S
 
G
S
 
P
L
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
A
A
 
A
S
 
N
I
 
V
N
 
L
G
 
S
M
 
L
G
 
P
F
 
F
A
 
I
F
 
F
K
 
K
D
 
S
I
 
P
D
 
D
Q
 
D
V
 
M
W
 
Y
Q
 
R
A
 
I
M
 
M
D
 
D
G
 
G
E
 
E
L
 
I
G
 
G
A
 
E
Y
 
R
V
 
F
R
 
A
E
 
D
Q
 
A
I
 
L
R
 
A
A
 
E
N
 
K
R
 
N
L
 
L
E
 
I
V
 
V
M
 
L
D
 
-
R
 
S
I
 
W
F
 
F
N
 
G
N
 
S
G
 
G
F
 
A
R
|
R
Q
 
S
I
 
L
T
 
Y
T
 
N
S
 
T
S
 
D
R
 
H
P
 
P
I
 
V
E
 
E
G
 
T
P
 
P
D
 
D
D
 
D
L
 
V
A
 
E
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
V
R
|
R
V
 
V
P
x
M
V
 
N
S
 
N
P
 
D
L
 
L
W
 
Y
T
 
V
S
 
Q
M
 
M
F
 
I
Q
 
D
A
 
E
L
 
M
G
 
G
C
 
G
A
 
N
P
 
A
V
 
T
S
 
P
I
 
M
N
 
A
W
x
Y
N
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
Q
S
 
S
L
 
L
Q
 
K
T
 
T
G
 
G
V
 
V
V
 
I
D
 
D
A
 
G
Q
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
L
 
Y
S
 
P
T
x
S
I
 
Y
D
 
E
V
 
S
G
 
S
K
 
G
L
 
H
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
A
T
 
N
Y
 
Y
C
 
Y
S
 
S
M
 
L
T
 
T
N
 
E
H
 
H
M
 
L
W
 
I
D
 
L
G
 
P
F
x
E
W
 
C
M
 
L
L
 
C
A
 
V
N
 
A
P
 
K
R
 
A
A
 
S
W
 
W
R
 
E
A
 
E
L
 
L
P
 
S
D
 
E
D
 
K
L
 
D
Q
 
R
E
 
Q
I
 
A
V
 
I
A
 
R
R
 
E
N
 
A
I
 
A
N
 
E
Q
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
K
D
 
E
Q
 
Q
R
 
R

4mnpA Structure of the sialic acid binding protein from fusobacterium nucleatum subsp. Nucleatum atcc 25586 (see paper)
30% identity, 84% coverage: 51:332/337 of query aligns to 21:303/305 of 4mnpA

query
sites
4mnpA
E
 
E
A
 
V
A
 
F
A
 
A
K
 
K
R
 
E
I
 
L
S
 
K
E
 
K
E
 
R
T
 
S
D
 
N
G
 
G
R
 
E
F
 
I
E
 
E
L
 
L
K
 
K
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
N
 
N
N
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
K
D
 
D
-
x
D
T
 
L
D
 
A
T
 
M
L
 
M
N
 
Q
Q
 
Q
V
 
L
R
 
E
S
 
G
G
 
G
A
 
A
V
 
L
E
 
D
F
 
F
-
 
T
F
|
F
T
 
A
L
x
E
S
 
T
G
 
G
L
x
R
I
 
-
L
 
F
S
 
S
S
 
T
L
 
F
V
 
F
P
 
P
V
 
E
A
 
A
S
 
E
I
 
V
N
 
F
G
 
T
M
 
L
G
 
P
F
 
Y
A
 
M
F
 
I
K
 
K
D
 
D
I
 
F
D
 
N
Q
 
H
V
 
M
W
 
K
Q
 
K
A
 
A
M
 
V
D
 
N
G
 
T
E
 
K
L
 
F
G
 
G
A
 
K
Y
 
D
V
 
L
R
 
F
E
 
K
Q
 
K
I
 
V
R
 
H
A
 
D
N
 
K
R
 
K
-
 
G
L
 
M
E
 
T
V
 
V
M
 
L
D
 
A
R
 
Q
I
 
A
F
 
Y
N
 
N
N
 
-
G
 
G
F
 
T
R
|
R
Q
 
Q
I
 
-
T
 
T
T
 
T
S
 
S
S
 
N
R
 
K
P
 
A
I
 
I
E
 
K
G
 
S
P
 
L
D
 
A
D
 
D
L
 
M
A
 
K
G
 
G
L
 
M
K
 
K
I
 
L
R
|
R
V
 
V
P
 
P
V
 
G
S
 
A
P
 
A
L
 
A
W
 
N
T
 
L
S
 
A
M
 
Y
F
 
A
Q
 
K
A
 
Y
L
 
T
G
 
E
C
 
A
A
 
A
P
 
P
V
 
T
S
 
P
I
 
M
N
 
A
W
x
F
N
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
T
 
L
S
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
G
 
N
V
 
A
V
 
V
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
S
 
S
T
 
T
I
 
I
D
 
K
V
 
A
G
 
Q
K
 
K
L
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
T
 
K
Y
 
Y
C
 
L
S
 
A
M
 
M
T
 
T
N
 
N
H
 
H
M
 
I
W
 
L
D
 
N
G
 
D
F
 
Q
W
 
L
M
 
Y
L
 
L
A
 
V
N
 
S
P
 
N
R
 
I
A
 
T
W
 
M
R
 
E
A
 
E
L
 
L
P
 
P
D
 
E
D
 
N
L
 
L
Q
 
Q
E
 
K
I
 
V
V
 
V
A
 
K
R
 
E
N
 
S
I
 
A
N
 
E
Q
 
V
A
 
A
A
 
A
L
 
E
D
 
Y
Q
 
H
R
 
T
E
 
K
D
 
L
L
 
F
T
 
M
Q
 
D
L
 
E
N
 
E
A
 
K
T
 
S
L
 
L
Q
 
K
S
 
D
E
 
F
L
 
F
E
 
K
K
 
S
D
 
K
G
 
G
L
 
V
I
 
T
F
 
I
N
 
T
K
 
E
P
 
P
D
 
N
T
 
L
A
 
V
A
 
D
I
 
F
R
 
K
D
 
K
K
 
A
L
 
M
R
 
K
E
 
P
A
 
-
G
 
-
F
 
F
Y
 
Y
S
 
D
E
 
E
W
 
Y
-
 
I
-
 
K
-
 
K
R
 
N
S
 
G
T
 
K
Y
 
V
G
 
G
D
 
E
E
 
N
A
 
A
W
 
I
A
 
K
L
 
A
L
 
I
E
 
E
Q
 
A
V
 
V

4xeqB Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from desulfovibrio vulgaris (deval_0042, target efi-510114) bound to copurified (r)-pantoic acid
33% identity, 77% coverage: 51:309/337 of query aligns to 21:278/304 of 4xeqB

query
sites
4xeqB
E
 
E
A
 
R
A
 
F
A
 
A
K
 
Q
R
 
L
I
 
L
S
 
A
E
 
E
E
 
R
T
 
S
D
 
D
G
 
K
R
 
R
F
 
F
E
 
N
L
 
V
K
 
V
I
 
L
F
 
H
P
 
H
N
 
S
N
 
A
Q
 
S
L
 
L
G
 
G
S
 
T
D
 
E
T
 
T
D
 
D
T
 
I
L
 
L
N
 
Q
Q
 
Q
V
 
V
R
 
Q
S
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
E
 
Q
F
 
M
F
 
A
T
 
I
L
 
V
S
x
T
G
 
T
L
 
G
I
 
T
L
 
L
S
 
D
S
 
A
L
 
F
V
 
V
P
 
P
V
 
E
A
 
M
S
 
A
I
 
A
N
 
L
G
 
D
M
 
F
G
 
P
F
 
F
A
 
L
F
 
F
K
 
T
D
 
D
I
 
T
D
 
T
Q
 
T
V
 
A
W
 
D
Q
 
R
A
 
V
M
 
L
D
 
D
G
 
G
E
 
P
L
 
V
G
 
G
A
 
R
Y
 
G
V
 
L
R
 
L
E
 
D
Q
 
R
I
 
L
R
 
S
A
 
T
N
 
A
R
 
G
L
 
F
E
 
K
V
 
G
M
 
L
D
 
-
R
 
H
I
 
F
F
 
S
N
 
E
N
 
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
H
I
 
L
T
 
T
T
 
N
S
 
S
S
 
I
R
 
R
P
 
P
I
 
V
E
 
M
G
 
T
P
 
P
D
 
D
D
 
D
L
 
V
A
 
R
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
I
R
|
R
V
 
V
P
x
M
V
 
E
S
 
S
P
 
Q
L
 
V
W
 
H
T
 
R
S
 
E
M
 
L
F
 
W
Q
 
R
A
 
T
L
 
L
G
 
G
C
 
A
A
 
N
P
 
P
V
 
T
S
 
P
I
 
M
N
 
G
W
|
W
N
 
-
E
 
P
V
 
I
Y
 
Y
T
 
A
S
 
E
L
 
L
Q
 
Q
T
 
Q
G
 
G
V
 
T
V
 
L
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
S
 
W
T
 
V
I
 
I
D
 
A
V
 
E
G
 
Y
K
 
R
L
 
L
Y
 
N
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
T
 
K
Y
 
H
C
 
L
S
 
S
M
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
M
 
V
W
 
Y
D
 
S
G
 
T
F
 
H
W
 
T
M
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
N
P
 
L
R
 
A
A
 
W
W
 
F
R
 
E
A
 
A
L
 
L
P
 
P
D
 
A
D
 
N
L
 
D
Q
 
R
E
 
R
I
 
L
V
 
L
A
 
A
R
 
S
N
 
C
I
 
M
N
 
Q
Q
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
W
Q
 
Q
R
 
R
E
 
T
D
 
W
L
 
S
T
 
R
Q
 
Q
L
 
R
N
 
D
A
 
A
T
 
A
L
 
Y
Q
 
L
S
 
E
E
 
Q
L
 
L
E
 
R
K
 
T
D
 
A
G
 
G
L
 
M
-
 
Q
I
 
V
F
 
I
N
 
E
K
 
R
P
 
P
D
 
D
T
 
I
A
 
A
A
 
T
I
 
F
R
 
R
D
 
Q
K
 
R
L
 
V
R
 
Q

Sites not aligning to the query:

7bcrA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with galactonate (see paper)
32% identity, 72% coverage: 32:275/337 of query aligns to 9:243/310 of 7bcrA

query
sites
7bcrA
Y
 
F
S
 
G
Y
 
Y
K
x
G
Y
x
L
A
 
A
N
 
D
N
 
D
F
 
S
P
 
P
V
 
T
G
 
G
H
 
K
P
 
A
M
 
S
N
 
A
T
 
H
Q
 
F
M
 
A
E
 
E
A
 
V
A
 
-
A
 
-
K
 
-
R
 
-
I
 
V
S
 
S
E
 
K
E
 
L
T
 
S
D
 
D
G
 
G
R
 
K
F
 
M
E
 
K
L
 
V
K
 
K
I
 
T
F
 
F
P
 
G
N
 
N
N
 
G
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
P
D
|
D
T
 
E
D
 
Q
T
 
L
L
 
I
N
 
N
Q
 
S
V
 
L
R
 
I
S
 
S
G
 
G
A
 
S
V
 
G
E
 
E
F
 
I
F
 
T
T
 
F
L
 
V
S
|
S
G
 
T
L
 
A
I
 
P
L
 
I
S
 
A
S
 
S
L
 
L
V
 
I
P
 
P
V
 
E
A
 
F
S
 
G
I
 
V
N
 
F
G
 
D
M
 
L
G
 
P
F
 
F
A
 
L
F
 
F
K
 
D
D
 
N
I
 
E
D
 
K
Q
 
V
V
 
A
W
 
D
Q
 
T
A
 
V
M
 
L
D
 
D
G
 
G
E
 
P
L
 
E
G
 
G
A
 
K
Y
 
K
V
 
L
R
 
L
E
 
D
Q
 
K
I
 
L
R
 
P
A
 
A
N
 
K
R
 
G
L
 
L
E
 
I
V
 
G
M
 
L
D
 
N
R
 
-
I
 
Y
F
 
W
N
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
N
I
 
I
T
 
T
T
 
N
S
 
S
S
 
R
R
 
H
P
 
E
I
 
I
E
 
S
G
 
K
P
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
I
A
 
G
G
 
G
L
 
I
K
 
K
I
 
L
R
|
R
V
 
V
P
x
M
V
 
Q
S
 
N
P
 
Q
L
 
V
W
 
A
T
 
L
S
 
S
M
 
V
F
 
F
Q
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
G
C
 
A
A
 
N
P
 
A
V
 
I
S
 
P
I
 
M
N
 
P
W
x
F
N
 
T
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
T
 
T
S
 
A
L
 
L
Q
 
E
T
 
T
G
 
K
V
 
T
V
 
V
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
S
 
S
T
 
T
I
 
I
D
 
Q
V
 
T
G
 
S
K
 
K
L
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
T
 
P
Y
 
Y
C
 
L
S
 
T
M
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
M
 
V
W
 
Y
D
 
T
G
 
P
F
|
F
W
 
V
M
 
F
L
 
L
A
 
A
N
 
S
P
 
K
R
 
K
A
 
W
W
 
F
R
 
D
A
 
Q
L
 
L
P
 
S
D
 
Q
D
 
D
L
 
E
Q
 
K
E
 
D
I
 
V
V
 
-
A
 
-
R
 
-
N
 
-
I
 
I
N
 
T
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
L
 
A
D
 
D
Q
 
S
R
 
Q

7bcpA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with gluconate (see paper)
32% identity, 72% coverage: 32:275/337 of query aligns to 9:243/310 of 7bcpA

query
sites
7bcpA
Y
 
F
S
 
G
Y
 
Y
K
x
G
Y
x
L
A
 
A
N
 
D
N
 
D
F
 
S
P
 
P
V
 
T
G
 
G
H
 
K
P
 
A
M
 
S
N
 
A
T
 
H
Q
 
F
M
 
A
E
 
E
A
 
V
A
 
-
A
 
-
K
 
-
R
 
-
I
 
V
S
 
S
E
 
K
E
 
L
T
 
S
D
 
D
G
 
G
R
 
K
F
 
M
E
 
K
L
 
V
K
 
K
I
 
T
F
 
F
P
 
G
N
 
N
N
 
G
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
P
D
|
D
T
 
E
D
 
Q
T
 
L
L
 
I
N
 
N
Q
 
S
V
 
L
R
 
I
S
 
S
G
 
G
A
 
S
V
 
G
E
 
E
F
 
I
F
 
T
T
x
F
L
 
V
S
|
S
G
 
T
L
 
A
I
 
P
L
 
I
S
 
A
S
 
S
L
 
L
V
 
I
P
 
P
V
 
E
A
 
F
S
 
G
I
 
V
N
 
F
G
 
D
M
 
L
G
 
P
F
 
F
A
 
L
F
 
F
K
 
D
D
 
N
I
 
E
D
 
K
Q
 
V
V
 
A
W
 
D
Q
 
T
A
 
V
M
 
L
D
 
D
G
 
G
E
 
P
L
 
E
G
 
G
A
 
K
Y
 
K
V
 
L
R
 
L
E
 
D
Q
 
K
I
 
L
R
 
P
A
 
A
N
 
K
R
 
G
L
 
L
E
 
I
V
 
G
M
 
L
D
 
N
R
 
-
I
 
Y
F
 
W
N
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
N
I
 
I
T
 
T
T
 
N
S
 
S
S
 
R
R
 
H
P
 
E
I
 
I
E
 
S
G
 
K
P
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
I
A
 
G
G
 
G
L
 
I
K
 
K
I
 
L
R
|
R
V
 
V
P
x
M
V
 
Q
S
 
N
P
 
Q
L
 
V
W
 
A
T
 
L
S
 
S
M
 
V
F
 
F
Q
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
G
C
 
A
A
 
N
P
 
A
V
 
I
S
 
P
I
 
M
N
 
P
W
x
F
N
 
T
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
T
 
T
S
 
A
L
 
L
Q
 
E
T
 
T
G
 
K
V
 
T
V
 
V
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
S
 
S
T
 
T
I
 
I
D
 
Q
V
 
T
G
 
S
K
 
K
L
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
T
 
P
Y
 
Y
C
 
L
S
 
T
M
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
M
 
V
W
 
Y
D
 
T
G
 
P
F
|
F
W
 
V
M
 
F
L
 
L
A
 
A
N
 
S
P
 
K
R
 
K
A
 
W
W
 
F
R
 
D
A
 
Q
L
 
L
P
 
S
D
 
Q
D
 
D
L
 
E
Q
 
K
E
 
D
I
 
V
V
 
-
A
 
-
R
 
-
N
 
-
I
 
I
N
 
T
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
L
 
A
D
 
D
Q
 
S
R
 
Q

7bcoA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with d-foconate (see paper)
32% identity, 72% coverage: 32:275/337 of query aligns to 9:243/310 of 7bcoA

query
sites
7bcoA
Y
 
F
S
 
G
Y
 
Y
K
 
G
Y
x
L
A
 
A
N
 
D
N
 
D
F
 
S
P
 
P
V
 
T
G
 
G
H
 
K
P
 
A
M
 
S
N
 
A
T
 
H
Q
 
F
M
 
A
E
 
E
A
 
V
A
 
-
A
 
-
K
 
-
R
 
-
I
 
V
S
 
S
E
 
K
E
 
L
T
 
S
D
 
D
G
 
G
R
 
K
F
 
M
E
 
K
L
 
V
K
 
K
I
 
T
F
 
F
P
 
G
N
 
N
N
 
G
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
P
D
|
D
T
 
E
D
 
Q
T
 
L
L
 
I
N
 
N
Q
 
S
V
 
L
R
 
I
S
 
S
G
 
G
A
 
S
V
 
G
E
 
E
F
 
I
F
 
T
T
 
F
L
 
V
S
|
S
G
 
T
L
 
A
I
 
P
L
 
I
S
 
A
S
 
S
L
 
L
V
 
I
P
 
P
V
 
E
A
 
F
S
 
G
I
 
V
N
 
F
G
 
D
M
 
L
G
 
P
F
 
F
A
 
L
F
 
F
K
 
D
D
 
N
I
 
E
D
 
K
Q
 
V
V
 
A
W
 
D
Q
 
T
A
 
V
M
 
L
D
 
D
G
 
G
E
 
P
L
 
E
G
 
G
A
 
K
Y
 
K
V
 
L
R
 
L
E
 
D
Q
 
K
I
 
L
R
 
P
A
 
A
N
 
K
R
 
G
L
 
L
E
 
I
V
 
G
M
 
L
D
 
N
R
 
-
I
 
Y
F
 
W
N
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
N
I
 
I
T
 
T
T
 
N
S
 
S
S
 
R
R
 
H
P
 
E
I
 
I
E
 
S
G
 
K
P
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
I
A
 
G
G
 
G
L
 
I
K
 
K
I
 
L
R
|
R
V
 
V
P
x
M
V
 
Q
S
 
N
P
 
Q
L
 
V
W
 
A
T
 
L
S
 
S
M
 
V
F
 
F
Q
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
G
C
 
A
A
 
N
P
 
A
V
 
I
S
 
P
I
 
M
N
 
P
W
x
F
N
 
T
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
T
 
T
S
 
A
L
 
L
Q
 
E
T
 
T
G
 
K
V
 
T
V
 
V
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
S
 
S
T
 
T
I
 
I
D
 
Q
V
 
T
G
 
S
K
 
K
L
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
T
 
P
Y
 
Y
C
 
L
S
 
T
M
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
M
 
V
W
 
Y
D
 
T
G
 
P
F
 
F
W
 
V
M
 
F
L
 
L
A
 
A
N
 
S
P
 
K
R
 
K
A
 
W
W
 
F
R
 
D
A
 
Q
L
 
L
P
 
S
D
 
Q
D
 
D
L
 
E
Q
 
K
E
 
D
I
 
V
V
 
-
A
 
-
R
 
-
N
 
-
I
 
I
N
 
T
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
L
 
A
D
 
D
Q
 
S
R
 
Q

7bcnA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with xylonic acid (see paper)
32% identity, 72% coverage: 32:275/337 of query aligns to 9:243/310 of 7bcnA

query
sites
7bcnA
Y
 
F
S
 
G
Y
 
Y
K
 
G
Y
 
L
A
 
A
N
 
D
N
 
D
F
 
S
P
 
P
V
 
T
G
 
G
H
 
K
P
 
A
M
 
S
N
 
A
T
 
H
Q
 
F
M
 
A
E
 
E
A
 
V
A
 
-
A
 
-
K
 
-
R
 
-
I
 
V
S
 
S
E
 
K
E
 
L
T
 
S
D
 
D
G
 
G
R
 
K
F
 
M
E
 
K
L
 
V
K
 
K
I
 
T
F
 
F
P
 
G
N
 
N
N
 
G
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
P
D
|
D
T
 
E
D
 
Q
T
 
L
L
 
I
N
 
N
Q
 
S
V
 
L
R
 
I
S
 
S
G
 
G
A
 
S
V
 
G
E
 
E
F
 
I
F
 
T
T
 
F
L
 
V
S
|
S
G
 
T
L
 
A
I
 
P
L
 
I
S
 
A
S
 
S
L
 
L
V
 
I
P
 
P
V
 
E
A
 
F
S
 
G
I
 
V
N
 
F
G
 
D
M
 
L
G
 
P
F
 
F
A
 
L
F
 
F
K
 
D
D
 
N
I
 
E
D
 
K
Q
 
V
V
 
A
W
 
D
Q
 
T
A
 
V
M
 
L
D
 
D
G
 
G
E
 
P
L
 
E
G
 
G
A
 
K
Y
 
K
V
 
L
R
 
L
E
 
D
Q
 
K
I
 
L
R
 
P
A
 
A
N
 
K
R
 
G
L
 
L
E
 
I
V
 
G
M
 
L
D
 
N
R
 
-
I
 
Y
F
 
W
N
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
N
I
 
I
T
 
T
T
 
N
S
 
S
S
 
R
R
 
H
P
 
E
I
 
I
E
 
S
G
 
K
P
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
I
A
 
G
G
 
G
L
 
I
K
 
K
I
 
L
R
|
R
V
 
V
P
x
M
V
 
Q
S
 
N
P
 
Q
L
 
V
W
 
A
T
 
L
S
 
S
M
 
V
F
 
F
Q
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
G
C
 
A
A
 
N
P
 
A
V
 
I
S
 
P
I
 
M
N
 
P
W
x
F
N
 
T
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
T
 
T
S
 
A
L
 
L
Q
 
E
T
 
T
G
 
K
V
 
T
V
 
V
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
S
 
S
T
 
T
I
 
I
D
 
Q
V
 
T
G
 
S
K
 
K
L
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
T
 
P
Y
 
Y
C
 
L
S
 
T
M
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
M
 
V
W
 
Y
D
 
T
G
 
P
F
|
F
W
 
V
M
 
F
L
 
L
A
 
A
N
 
S
P
 
K
R
 
K
A
 
W
W
 
F
R
 
D
A
 
Q
L
 
L
P
 
S
D
 
Q
D
 
D
L
 
E
Q
 
K
E
 
D
I
 
V
V
 
-
A
 
-
R
 
-
N
 
-
I
 
I
N
 
T
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
L
 
A
D
 
D
Q
 
S
R
 
Q

7bbrA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t (see paper)
32% identity, 72% coverage: 32:275/337 of query aligns to 10:244/310 of 7bbrA

query
sites
7bbrA
Y
 
F
S
 
G
Y
 
Y
K
x
G
Y
x
L
A
 
A
N
 
D
N
 
D
F
 
S
P
 
P
V
 
T
G
 
G
H
 
K
P
 
A
M
 
S
N
 
A
T
 
H
Q
 
F
M
 
A
E
 
E
A
 
V
A
 
-
A
 
-
K
 
-
R
 
-
I
 
V
S
 
S
E
 
K
E
 
L
T
 
S
D
 
D
G
 
G
R
 
K
F
 
M
E
 
K
L
 
V
K
 
K
I
 
T
F
 
F
P
 
G
N
 
N
N
 
G
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
P
D
|
D
T
 
E
D
 
Q
T
 
L
L
 
I
N
 
N
Q
 
S
V
 
L
R
 
I
S
 
S
G
 
G
A
 
S
V
 
G
E
 
E
F
 
I
F
 
T
T
 
F
L
 
V
S
|
S
G
 
T
L
 
A
I
 
P
L
 
I
S
 
A
S
 
S
L
 
L
V
 
I
P
 
P
V
 
E
A
 
F
S
 
G
I
 
V
N
 
F
G
 
D
M
 
L
G
 
P
F
 
F
A
 
L
F
 
F
K
 
D
D
 
N
I
 
E
D
 
K
Q
 
V
V
 
A
W
 
D
Q
 
T
A
 
V
M
 
L
D
 
D
G
 
G
E
 
P
L
 
E
G
 
G
A
 
K
Y
 
K
V
 
L
R
 
L
E
 
D
Q
 
K
I
 
L
R
 
P
A
 
A
N
 
K
R
 
G
L
 
L
E
 
I
V
 
G
M
 
L
D
 
N
R
 
-
I
 
Y
F
 
W
N
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
N
I
 
I
T
 
T
T
 
N
S
 
S
S
 
R
R
 
H
P
 
E
I
 
I
E
 
S
G
 
K
P
 
L
D
 
D
D
 
D
L
 
I
A
 
G
G
 
G
L
 
I
K
 
K
I
 
L
R
|
R
V
 
V
P
x
M
V
 
Q
S
 
N
P
 
Q
L
 
V
W
 
A
T
 
L
S
 
S
M
 
V
F
 
F
Q
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
G
C
 
A
A
 
N
P
 
A
V
 
I
S
 
P
I
 
M
N
 
P
W
x
F
N
 
T
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
T
 
T
S
 
A
L
 
L
Q
 
E
T
 
T
G
 
K
V
 
T
V
 
V
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
L
S
 
S
T
 
T
I
 
I
D
 
Q
V
 
T
G
 
S
K
 
K
L
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
T
 
P
Y
 
Y
C
 
L
S
 
T
M
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
M
 
V
W
 
Y
D
 
T
G
 
P
F
 
F
W
 
V
M
 
F
L
 
L
A
 
A
N
 
S
P
 
K
R
 
K
A
 
W
W
 
F
R
 
D
A
 
Q
L
 
L
P
 
S
D
 
Q
D
 
D
L
 
E
Q
 
K
E
 
D
I
 
V
V
 
-
A
 
-
R
 
-
N
 
-
I
 
I
N
 
T
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
L
 
A
D
 
D
Q
 
S
R
 
Q

4pddA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_0088, target efi-510167) bound to d- erythronate (see paper)
28% identity, 82% coverage: 57:333/337 of query aligns to 27:301/303 of 4pddA

query
sites
4pddA
I
 
V
S
 
E
E
 
K
E
 
G
T
 
T
D
 
Q
G
 
E
R
 
R
F
 
Y
E
 
K
L
 
C
K
 
Q
I
 
H
F
 
F
P
 
P
N
 
S
N
 
S
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
G
D
x
E
T
 
R
D
 
E
T
 
M
L
 
I
N
 
E
Q
 
S
V
 
V
R
 
Q
S
 
L
G
 
G
A
 
T
V
 
Q
E
 
D
F
 
L
F
 
V
T
 
N
L
 
T
S
 
S
G
 
T
L
 
G
I
 
P
L
 
L
S
 
G
S
 
N
L
 
F
V
 
V
P
 
P
V
 
E
A
 
T
S
 
R
I
 
I
N
 
V
G
 
D
M
 
I
G
 
P
F
 
F
A
 
L
F
 
F
K
 
R
D
 
D
I
 
Y
D
 
E
Q
 
H
V
 
A
W
 
R
Q
 
K
A
 
V
M
 
M
D
 
D
G
 
G
E
 
A
L
 
I
G
 
G
A
 
Q
Y
 
D
V
 
L
R
 
L
E
 
K
Q
 
K
I
 
M
R
 
Q
A
 
A
N
 
K
R
 
G
L
 
L
E
 
-
V
 
I
M
 
G
D
 
L
R
 
A
I
 
W
F
 
T
N
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
Q
 
H
I
 
M
T
 
T
T
 
N
S
 
S
S
 
K
R
 
R
P
 
P
I
 
I
E
 
L
G
 
Q
P
 
A
D
 
S
D
 
D
L
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
V
R
|
R
V
 
T
P
x
M
V
 
E
S
 
N
P
 
K
L
 
V
W
 
H
T
 
M
S
 
D
M
 
G
F
 
Y
Q
 
K
A
 
T
L
 
F
G
 
G
C
 
L
A
 
L
P
 
P
V
 
T
S
 
P
I
 
M
N
 
A
W
x
F
N
 
P
E
 
E
V
 
L
Y
 
F
T
 
T
S
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
Q
G
 
G
V
 
T
V
 
V
D
 
D
A
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
L
 
I
S
 
P
T
 
V
I
 
I
D
 
L
V
 
S
G
 
S
K
 
K
L
 
F
Y
 
S
E
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
T
 
K
Y
 
H
C
 
L
S
 
S
M
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
M
 
V
W
 
Y
D
 
S
G
 
P
F
 
A
W
 
V
M
 
L
L
 
I
A
 
L
N
 
S
P
 
S
R
 
R
A
 
V
W
 
W
R
 
D
A
 
K
L
 
L
P
 
S
D
 
E
D
 
A
L
 
D
Q
 
K
E
 
K
I
 
V
V
 
F
A
 
V
R
 
A
N
 
A
I
 
A
N
 
Q
Q
 
K
A
 
A
A
 
T
L
 
V
D
 
A
Q
 
Q
R
 
R
E
 
K
D
 
R
L
 
V
T
 
N
Q
 
D
L
 
D
N
 
E
A
 
A
T
 
N
L
 
G
Q
 
I
S
 
T
E
 
Q
L
 
L
E
 
K
K
 
K
D
 
D
G
 
G
L
 
M
-
 
Q
I
 
V
F
 
V
N
 
E
K
 
K
P
 
V
D
 
D
T
 
G
A
 
E
A
 
S
I
 
F
R
 
R
D
 
K
K
 
A
L
 
V
R
 
A
E
 
P
A
 
A
G
 
-
F
 
-
Y
 
Y
S
 
A
E
 
G
W
 
F
R
 
A
S
 
K
T
 
E
Y
 
F
G
 
G
D
 
A
E
 
E
A
 
R
W
 
I
A
 
A
L
 
A
L
 
I
E
 
Q
Q
 
A
V
 
V
S
 
K

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_011842530.1 NCBI__GCF_000015985.1:WP_011842530.1
MTINRRRFVATAGGVLLAAPFLRPGMAHAAEYSYKYANNFPVGHPMNTQMEAAAKRISEE
TDGRFELKIFPNNQLGSDTDTLNQVRSGAVEFFTLSGLILSSLVPVASINGMGFAFKDID
QVWQAMDGELGAYVREQIRANRLEVMDRIFNNGFRQITTSSRPIEGPDDLAGLKIRVPVS
PLWTSMFQALGCAPVSINWNEVYTSLQTGVVDAQENPLSTIDVGKLYEVQTYCSMTNHMW
DGFWMLANPRAWRALPDDLQEIVARNINQAALDQREDLTQLNATLQSELEKDGLIFNKPD
TAAIRDKLREAGFYSEWRSTYGDEAWALLEQVSGSLA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory