SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011869534.1 NCBI__GCF_000016125.1:WP_011869534.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3nemB Aspartyl-tRNA synthetase complexed with aspartyl adenylate (see paper)
51% identity, 98% coverage: 9:438/438 of query aligns to 3:438/438 of 3nemB

query
sites
3nemB
R
 
R
T
 
T
H
 
H
Y
 
Y
S
 
S
E
 
S
E
 
E
V
 
I
I
 
T
P
 
E
E
 
E
M
 
L
D
 
N
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
V
 
V
I
 
K
L
 
V
M
 
A
G
 
G
W
 
W
V
 
V
H
 
W
S
 
E
I
 
V
R
 
K
A
 
D
L
 
L
G
 
G
K
 
G
L
 
I
A
 
K
F
 
F
V
 
L
I
 
W
L
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
E
 
D
G
 
G
T
 
I
I
 
V
Q
 
Q
A
 
I
V
 
T
V
 
A
P
 
P
K
 
K
Q
 
K
K
 
K
V
 
V
D
 
D
E
 
P
E
 
E
T
 
L
F
 
F
A
 
K
I
 
L
A
 
I
K
 
P
K
 
K
L
 
L
G
 
R
K
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
V
I
 
V
A
 
A
I
 
V
R
 
E
G
 
G
K
 
V
V
 
V
V
 
N
A
 
F
N
 
T
E
 
P
K
 
K
A
 
A
P
 
K
K
 
L
G
 
G
F
 
F
E
 
E
V
 
I
I
 
L
P
 
P
I
 
E
E
 
K
I
 
I
R
 
V
V
 
V
L
 
L
N
 
N
K
 
R
A
 
A
D
 
E
A
 
T
P
 
P
L
 
L
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
S
 
T
E
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
K
A
 
A
E
 
E
I
 
L
D
 
D
T
 
T
R
 
R
L
 
L
D
 
D
K
 
N
R
 
R
F
 
F
L
 
M
D
 
D
I
 
L
R
 
R
R
 
R
P
 
P
K
 
E
I
 
V
Q
 
M
A
 
A
I
 
I
F
 
F
K
 
K
I
 
I
R
 
R
S
 
S
E
 
S
M
 
V
L
 
F
R
 
K
S
 
A
I
 
V
R
 
R
K
 
D
T
 
F
F
 
F
A
 
H
D
 
E
G
 
N
G
 
G
F
 
F
V
 
I
E
 
E
V
 
I
N
 
H
T
 
T
P
 
P
K
 
K
L
 
I
V
 
I
A
 
A
S
 
T
A
 
A
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
G
T
 
T
E
 
E
L
 
L
F
 
F
P
 
P
I
 
M
S
 
K
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
K
 
E
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
A
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
Q
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
K
 
K
Q
 
Q
M
 
I
M
 
M
M
 
M
A
 
A
G
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
D
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
E
 
E
I
 
I
A
 
A
Q
 
P
I
 
I
F
 
F
R
|
R
A
 
A
E
|
E
E
 
E
H
 
H
N
 
N
T
 
T
R
 
T
R
|
R
H
|
H
L
|
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
I
 
W
S
 
S
I
 
I
D
 
D
T
 
S
E
 
E
M
 
M
S
 
A
F
 
F
V
 
I
-
 
E
N
 
D
E
 
E
K
 
E
D
 
E
A
 
V
M
 
M
A
 
S
M
 
F
L
 
L
E
 
E
K
 
R
V
 
L
V
 
V
Y
 
A
N
 
H
C
 
A
Y
 
I
A
 
N
D
 
Y
I
 
V
E
 
R
Y
 
E
N
 
H
R
 
N
P
 
A
Q
 
K
E
 
E
I
 
L
E
 
D
L
 
I
L
 
L
E
 
N
L
 
F
N
 
E
W
 
L
E
 
E
I
 
E
P
 
P
E
 
K
K
 
L
T
 
P
F
 
F
D
 
P
K
 
R
I
 
V
T
 
S
Y
 
Y
T
 
D
E
 
K
A
 
A
I
 
L
D
 
E
I
 
I
A
 
L
N
 
G
A
 
D
K
 
L
G
 
G
V
 
K
E
 
E
I
 
I
E
 
P
W
 
W
G
 
G
E
 
E
D
 
D
L
 
I
S
 
D
R
 
T
A
 
E
A
 
G
E
 
E
R
 
R
A
 
L
V
 
L
G
 
G
-
 
K
-
 
Y
-
 
M
-
 
M
-
 
E
D
 
N
E
 
E
M
 
N
G
 
A
G
 
P
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
I
 
L
T
 
Y
E
 
Q
W
 
Y
P
 
P
T
 
S
Q
 
E
T
 
A
R
 
K
P
 
P
F
 
F
Y
 
Y
T
 
I
L
 
M
P
 
K
H
 
Y
K
 
D
H
 
N
D
 
K
N
 
P
K
 
E
V
 
I
C
 
C
K
 
R
A
 
A
F
 
F
D
 
D
L
 
L
M
 
E
Y
 
Y
K
 
R
E
 
G
L
 
V
E
|
E
I
|
I
S
|
S
S
|
S
G
 
G
A
 
G
Q
 
Q
R
 
R
V
 
E
H
 
H
K
 
R
Y
 
H
D
 
D
L
 
I
L
 
L
V
 
V
E
 
E
N
 
Q
I
 
I
S
 
K
N
 
E
M
 
K
G
 
G
M
 
L
N
 
N
P
 
P
D
 
E
S
 
S
F
 
F
E
 
E
T
 
F
Y
 
Y
L
 
L
E
 
K
A
 
A
F
 
F
K
 
R
F
 
Y
G
 
G
M
 
M
P
 
P
P
 
P
H
 
H
A
 
G
G
 
G
W
 
F
G
|
G
L
 
L
G
|
G
A
 
A
D
 
E
R
|
R
F
 
L
A
 
I
M
 
K
V
 
Q
L
 
M
T
 
L
A
 
D
Q
 
L
D
 
P
N
 
N
I
 
I
R
 
R
E
 
E
C
 
V
V
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
R
 
R
D
 
D
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
L
 
L
T
 
T
P
 
P

3nemA Aspartyl-tRNA synthetase complexed with aspartyl adenylate (see paper)
51% identity, 98% coverage: 9:438/438 of query aligns to 3:438/438 of 3nemA

query
sites
3nemA
R
 
R
T
 
T
H
 
H
Y
 
Y
S
 
S
E
 
S
E
 
E
V
 
I
I
 
T
P
 
E
E
 
E
M
 
L
D
 
N
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
V
 
V
I
 
K
L
 
V
M
 
A
G
 
G
W
 
W
V
 
V
H
 
W
S
 
E
I
 
V
R
 
K
A
 
D
L
 
L
G
 
G
K
 
G
L
 
I
A
 
K
F
 
F
V
 
L
I
 
W
L
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
E
 
D
G
 
G
T
 
I
I
 
V
Q
 
Q
A
 
I
V
 
T
V
 
A
P
 
P
K
 
K
Q
 
K
K
 
K
V
 
V
D
 
D
E
 
P
E
 
E
T
 
L
F
 
F
A
 
K
I
 
L
A
 
I
K
 
P
K
 
K
L
 
L
G
 
R
K
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
V
I
 
V
A
 
A
I
 
V
R
 
E
G
 
G
K
 
V
V
 
V
V
 
N
A
 
F
N
 
T
E
 
P
K
 
K
A
 
A
P
 
K
K
 
L
G
 
G
F
 
F
E
 
E
V
 
I
I
 
L
P
 
P
I
 
E
E
 
K
I
 
I
R
 
V
V
 
V
L
 
L
N
 
N
K
 
R
A
 
A
D
 
E
A
 
T
P
 
P
L
 
L
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
S
 
T
E
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
K
A
 
A
E
 
E
I
 
L
D
 
D
T
 
T
R
 
R
L
 
L
D
 
D
K
 
N
R
 
R
F
 
F
L
 
M
D
 
D
I
 
L
R
 
R
R
 
R
P
 
P
K
 
E
I
 
V
Q
 
M
A
 
A
I
 
I
F
 
F
K
 
K
I
 
I
R
 
R
S
 
S
E
 
S
M
 
V
L
 
F
R
 
K
S
 
A
I
 
V
R
 
R
K
 
D
T
 
F
F
 
F
A
 
H
D
 
E
G
 
N
G
 
G
F
 
F
V
 
I
E
 
E
V
 
I
N
 
H
T
 
T
P
 
P
K
 
K
L
 
I
V
 
I
A
 
A
S
 
T
A
 
A
T
 
T
E
|
E
G
 
G
G
 
G
T
 
T
E
 
E
L
 
L
F
 
F
P
 
P
I
 
M
S
 
K
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
K
 
E
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
A
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
Q
|
Q
L
 
L
Y
 
Y
K
|
K
Q
 
Q
M
 
I
M
 
M
M
 
M
A
 
A
G
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
D
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
E
 
E
I
 
I
A
 
A
Q
 
P
I
 
I
F
 
F
R
|
R
A
 
A
E
|
E
E
 
E
H
 
H
N
 
N
T
 
T
R
 
T
R
|
R
H
|
H
L
|
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
I
 
W
S
 
S
I
 
I
D
 
D
T
 
S
E
 
E
M
 
M
S
 
A
F
 
F
V
 
I
-
 
E
N
 
D
E
 
E
K
 
E
D
 
E
A
 
V
M
 
M
A
 
S
M
 
F
L
 
L
E
 
E
K
 
R
V
 
L
V
 
V
Y
 
A
N
 
H
C
 
A
Y
 
I
A
 
N
D
 
Y
I
 
V
E
 
R
Y
 
E
N
 
H
R
 
N
P
 
A
Q
 
K
E
 
E
I
 
L
E
 
D
L
 
I
L
 
L
E
 
N
L
 
F
N
 
E
W
 
L
E
 
E
I
 
E
P
 
P
E
 
K
K
 
L
T
 
P
F
 
F
D
 
P
K
 
R
I
 
V
T
 
S
Y
 
Y
T
 
D
E
 
K
A
 
A
I
 
L
D
 
E
I
 
I
A
 
L
N
 
G
A
 
D
K
 
L
G
 
G
V
 
K
E
 
E
I
 
I
E
 
P
W
 
W
G
 
G
E
 
E
D
 
D
L
 
I
S
 
D
R
 
T
A
 
E
A
 
G
E
 
E
R
 
R
A
 
L
V
 
L
G
 
G
-
 
K
-
 
Y
-
 
M
-
 
M
-
 
E
D
 
N
E
 
E
M
 
N
G
 
A
G
 
P
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
I
 
L
T
 
Y
E
 
Q
W
 
Y
P
 
P
T
 
S
Q
 
E
T
 
A
R
 
K
P
 
P
F
 
F
Y
|
Y
T
 
I
L
 
M
P
 
K
H
 
Y
K
 
D
H
 
N
D
 
K
N
 
P
K
 
E
V
 
I
C
 
C
K
 
R
A
 
A
F
 
F
D
 
D
L
 
L
M
 
E
Y
 
Y
K
 
R
E
 
G
L
 
V
E
|
E
I
|
I
S
|
S
S
|
S
G
|
G
A
 
G
Q
 
Q
R
|
R
V
 
E
H
 
H
K
 
R
Y
 
H
D
 
D
L
 
I
L
 
L
V
 
V
E
 
E
N
 
Q
I
 
I
S
 
K
N
 
E
M
 
K
G
 
G
M
 
L
N
 
N
P
 
P
D
 
E
S
 
S
F
 
F
E
 
E
T
 
F
Y
 
Y
L
 
L
E
 
K
A
 
A
F
 
F
K
 
R
F
 
Y
G
 
G
M
 
M
P
 
P
P
 
P
H
 
H
A
 
G
G
 
G
W
x
F
G
|
G
L
 
L
G
|
G
A
 
A
D
 
E
R
|
R
F
 
L
A
 
I
M
 
K
V
 
Q
L
 
M
T
 
L
A
 
D
Q
 
L
D
 
P
N
 
N
I
 
I
R
 
R
E
 
E
C
 
V
V
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
R
 
R
D
 
D
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
L
 
L
T
 
T
P
 
P

3nelA Aspartyl-tRNA synthetase complexed with aspartic acid (see paper)
51% identity, 98% coverage: 9:438/438 of query aligns to 3:438/438 of 3nelA

query
sites
3nelA
R
 
R
T
 
T
H
 
H
Y
 
Y
S
 
S
E
 
S
E
 
E
V
 
I
I
 
T
P
 
E
E
 
E
M
 
L
D
 
N
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
V
 
V
I
 
K
L
 
V
M
 
A
G
 
G
W
 
W
V
 
V
H
 
W
S
 
E
I
 
V
R
 
K
A
 
D
L
 
L
G
 
G
K
 
G
L
 
I
A
 
K
F
 
F
V
 
L
I
 
W
L
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
E
 
D
G
 
G
T
 
I
I
 
V
Q
 
Q
A
 
I
V
 
T
V
 
A
P
 
P
K
 
K
Q
 
K
K
 
K
V
 
V
D
 
D
E
 
P
E
 
E
T
 
L
F
 
F
A
 
K
I
 
L
A
 
I
K
 
P
K
 
K
L
 
L
G
 
R
K
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
V
I
 
V
A
 
A
I
 
V
R
 
E
G
 
G
K
 
V
V
 
V
V
 
N
A
 
F
N
 
T
E
 
P
K
 
K
A
 
A
P
 
K
K
 
L
G
 
G
F
 
F
E
 
E
V
 
I
I
 
L
P
 
P
I
 
E
E
 
K
I
 
I
R
 
V
V
 
V
L
 
L
N
 
N
K
 
R
A
 
A
D
 
E
A
 
T
P
 
P
L
 
L
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
S
 
T
E
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
K
A
 
A
E
 
E
I
 
L
D
 
D
T
 
T
R
 
R
L
 
L
D
 
D
K
 
N
R
 
R
F
 
F
L
 
M
D
 
D
I
 
L
R
 
R
R
 
R
P
 
P
K
 
E
I
 
V
Q
 
M
A
 
A
I
 
I
F
 
F
K
 
K
I
 
I
R
 
R
S
 
S
E
 
S
M
 
V
L
 
F
R
 
K
S
 
A
I
 
V
R
 
R
K
 
D
T
 
F
F
 
F
A
 
H
D
 
E
G
 
N
G
 
G
F
 
F
V
 
I
E
 
E
V
 
I
N
 
H
T
 
T
P
 
P
K
 
K
L
 
I
V
 
I
A
 
A
S
 
T
A
 
A
T
 
T
E
|
E
G
 
G
G
 
G
T
 
T
E
 
E
L
 
L
F
 
F
P
 
P
I
 
M
S
 
K
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
K
 
E
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
A
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
Q
|
Q
L
 
L
Y
 
Y
K
|
K
Q
 
Q
M
 
I
M
 
M
M
 
M
A
 
A
G
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
D
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
E
 
E
I
 
I
A
 
A
Q
 
P
I
 
I
F
 
F
R
|
R
A
 
A
E
|
E
E
 
E
H
 
H
N
 
N
T
 
T
R
 
T
R
|
R
H
|
H
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
I
 
W
S
 
S
I
 
I
D
 
D
T
 
S
E
 
E
M
 
M
S
 
A
F
 
F
V
 
I
-
 
E
N
 
D
E
 
E
K
 
E
D
 
E
A
 
V
M
 
M
A
 
S
M
 
F
L
 
L
E
 
E
K
 
R
V
 
L
V
 
V
Y
 
A
N
 
H
C
 
A
Y
 
I
A
 
N
D
 
Y
I
 
V
E
 
R
Y
 
E
N
 
H
R
 
N
P
 
A
Q
 
K
E
 
E
I
 
L
E
 
D
L
 
I
L
 
L
E
 
N
L
 
F
N
 
E
W
 
L
E
 
E
I
 
E
P
 
P
E
 
K
K
 
L
T
 
P
F
 
F
D
 
P
K
 
R
I
 
V
T
 
S
Y
 
Y
T
 
D
E
 
K
A
 
A
I
 
L
D
 
E
I
 
I
A
 
L
N
 
G
A
 
D
K
 
L
G
 
G
V
 
K
E
 
E
I
 
I
E
 
P
W
 
W
G
 
G
E
 
E
D
 
D
L
 
I
S
 
D
R
 
T
A
 
E
A
 
G
E
 
E
R
 
R
A
 
L
V
 
L
G
 
G
-
 
K
-
 
Y
-
 
M
-
 
M
-
 
E
D
 
N
E
 
E
M
 
N
G
 
A
G
 
P
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
I
 
L
T
 
Y
E
 
Q
W
 
Y
P
 
P
T
 
S
Q
 
E
T
 
A
R
 
K
P
 
P
F
 
F
Y
|
Y
T
 
I
L
 
M
P
 
K
H
 
Y
K
 
D
H
 
N
D
 
K
N
 
P
K
 
E
V
 
I
C
 
C
K
 
R
A
 
A
F
 
F
D
 
D
L
 
L
M
 
E
Y
 
Y
K
 
R
E
 
G
L
 
V
E
|
E
I
 
I
S
 
S
S
|
S
G
 
G
A
 
G
Q
 
Q
R
|
R
V
 
E
H
 
H
K
 
R
Y
 
H
D
 
D
L
 
I
L
 
L
V
 
V
E
 
E
N
 
Q
I
 
I
S
 
K
N
 
E
M
 
K
G
 
G
M
 
L
N
 
N
P
 
P
D
 
E
S
 
S
F
 
F
E
 
E
T
 
F
Y
 
Y
L
 
L
E
 
K
A
 
A
F
 
F
K
 
R
F
 
Y
G
 
G
M
 
M
P
 
P
P
 
P
H
 
H
A
 
G
G
 
G
W
x
F
G
|
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
E
R
|
R
F
 
L
A
 
I
M
 
K
V
 
Q
L
 
M
T
 
L
A
 
D
Q
 
L
D
 
P
N
 
N
I
 
I
R
 
R
E
 
E
C
 
V
V
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
R
 
R
D
 
D
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
L
 
L
T
 
T
P
 
P

Q52428 Aspartate--tRNA(Asp) ligase; Aspartyl-tRNA synthetase; AspRS; Discriminating aspartyl-tRNA synthetase; D-AspRS; EC 6.1.1.12 from Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (Pyrococcus kodakaraensis (strain KOD1)) (see paper)
51% identity, 98% coverage: 9:438/438 of query aligns to 3:438/438 of Q52428

query
sites
Q52428
R
 
R
T
 
T
H
 
H
Y
 
Y
S
 
S
E
 
S
E
 
E
V
 
I
I
 
T
P
 
E
E
 
E
M
 
L
D
 
N
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
V
 
V
I
 
K
L
 
V
M
 
A
G
 
G
W
 
W
V
 
V
H
x
W
S
 
E
I
 
V
R
 
K
A
 
D
L
 
L
G
 
G
K
 
G
L
 
I
A
 
K
F
 
F
V
 
L
I
 
W
L
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
E
 
D
G
 
G
T
 
I
I
 
V
Q
 
Q
A
 
I
V
 
T
V
 
A
P
 
P
K
 
K
Q
 
K
K
 
K
V
 
V
D
 
D
E
 
P
E
 
E
T
 
L
F
 
F
A
 
K
I
 
L
A
 
I
K
 
P
K
 
K
L
 
L
G
 
R
K
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
V
I
 
V
A
 
A
I
 
V
R
 
E
G
 
G
K
 
V
V
 
V
V
 
N
A
 
F
N
 
T
E
 
P
K
 
K
A
 
A
P
x
K
K
 
L
G
 
G
F
 
F
E
 
E
V
 
I
I
 
L
P
 
P
I
 
E
E
 
K
I
 
I
R
 
V
V
 
V
L
 
L
N
 
N
K
 
R
A
 
A
D
 
E
A
 
T
P
 
P
L
 
L
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
S
 
T
E
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
K
A
 
A
E
 
E
I
 
L
D
 
D
T
 
T
R
 
R
L
 
L
D
 
D
K
 
N
R
 
R
F
 
F
L
 
M
D
 
D
I
 
L
R
 
R
R
 
R
P
 
P
K
 
E
I
 
V
Q
 
M
A
 
A
I
 
I
F
 
F
K
 
K
I
 
I
R
 
R
S
 
S
E
 
S
M
 
V
L
 
F
R
 
K
S
 
A
I
 
V
R
 
R
K
 
D
T
 
F
F
 
F
A
 
H
D
 
E
G
 
N
G
 
G
F
 
F
V
 
I
E
 
E
V
 
I
N
 
H
T
 
T
P
 
P
K
 
K
L
 
I
V
 
I
A
 
A
S
 
T
A
 
A
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
G
T
 
T
E
 
E
L
 
L
F
 
F
P
 
P
I
 
M
S
 
K
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
K
 
E
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
A
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
Q
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
K
 
K
Q
 
Q
M
 
I
M
 
M
M
 
M
A
 
A
G
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
D
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
E
 
E
I
 
I
A
 
A
Q
 
P
I
 
I
F
 
F
R
 
R
A
 
A
E
 
E
E
 
E
H
 
H
N
 
N
T
 
T
R
 
T
R
 
R
H
 
H
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
I
 
W
S
 
S
I
 
I
D
 
D
T
 
S
E
 
E
M
 
M
S
 
A
F
 
F
V
 
I
-
 
E
N
 
D
E
 
E
K
 
E
D
 
E
A
 
V
M
 
M
A
 
S
M
 
F
L
 
L
E
 
E
K
 
R
V
 
L
V
 
V
Y
 
A
N
 
H
C
 
A
Y
 
I
A
 
N
D
 
Y
I
 
V
E
 
R
Y
 
E
N
 
H
R
 
N
P
 
A
Q
 
K
E
 
E
I
 
L
E
 
D
L
 
I
L
 
L
E
 
N
L
 
F
N
 
E
W
 
L
E
 
E
I
 
E
P
 
P
E
 
K
K
 
L
T
 
P
F
 
F
D
 
P
K
 
R
I
 
V
T
 
S
Y
 
Y
T
 
D
E
 
K
A
 
A
I
 
L
D
 
E
I
 
I
A
 
L
N
 
G
A
 
D
K
 
L
G
 
G
V
 
K
E
 
E
I
 
I
E
 
P
W
 
W
G
 
G
E
 
E
D
 
D
L
 
I
S
 
D
R
 
T
A
 
E
A
 
G
E
 
E
R
 
R
A
 
L
V
 
L
G
 
G
-
 
K
-
 
Y
-
 
M
-
 
M
-
 
E
D
 
N
E
 
E
M
 
N
G
 
A
G
 
P
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
I
 
L
T
 
Y
E
 
Q
W
 
Y
P
 
P
T
 
S
Q
 
E
T
 
A
R
 
K
P
 
P
F
 
F
Y
 
Y
T
 
I
L
 
M
P
 
K
H
 
Y
K
 
D
H
 
N
D
 
K
N
 
P
K
 
E
V
 
I
C
 
C
K
 
R
A
 
A
F
 
F
D
 
D
L
 
L
M
 
E
Y
 
Y
K
 
R
E
 
G
L
 
V
E
 
E
I
 
I
S
 
S
S
 
S
G
 
G
A
 
G
Q
 
Q
R
 
R
V
 
E
H
 
H
K
 
R
Y
 
H
D
 
D
L
 
I
L
 
L
V
 
V
E
 
E
N
 
Q
I
 
I
S
 
K
N
 
E
M
 
K
G
 
G
M
 
L
N
 
N
P
 
P
D
 
E
S
 
S
F
 
F
E
 
E
T
 
F
Y
 
Y
L
 
L
E
 
K
A
 
A
F
 
F
K
 
R
F
 
Y
G
 
G
M
 
M
P
 
P
P
 
P
H
 
H
A
 
G
G
 
G
W
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
E
R
 
R
F
 
L
A
 
I
M
 
K
V
 
Q
L
 
M
T
 
L
A
 
D
Q
 
L
D
 
P
N
 
N
I
 
I
R
 
R
E
 
E
C
 
V
V
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
R
 
R
D
 
D
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
L
 
L
T
 
T
P
 
P

1b8aA Aspartyl-tRNA synthetase (see paper)
50% identity, 98% coverage: 9:438/438 of query aligns to 3:438/438 of 1b8aA

query
sites
1b8aA
R
 
R
T
 
T
H
 
H
Y
 
Y
S
 
S
E
 
S
E
 
E
V
 
I
I
 
T
P
 
E
E
 
E
M
 
L
D
 
N
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
V
 
V
I
 
K
L
 
V
M
 
A
G
 
G
W
 
W
V
 
V
H
 
W
S
 
E
I
 
V
R
 
K
A
 
D
L
 
L
G
 
G
K
 
G
L
 
I
A
 
K
F
 
F
V
 
L
I
 
W
L
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
E
 
D
G
 
G
T
 
I
I
 
V
Q
 
Q
A
 
I
V
 
T
V
 
A
P
 
P
K
 
K
Q
 
K
K
 
K
V
 
V
D
 
D
E
 
P
E
 
E
T
 
L
F
 
F
A
 
K
I
 
L
A
 
I
K
 
P
K
 
K
L
 
L
G
 
R
K
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
V
I
 
V
A
 
A
I
 
V
R
 
E
G
 
G
K
 
V
V
 
V
V
 
N
A
 
F
N
 
T
E
 
P
K
 
K
A
 
A
P
 
K
K
 
L
G
 
G
F
 
F
E
 
E
V
 
I
I
 
L
P
 
P
I
 
E
E
 
K
I
 
I
R
 
V
V
 
V
L
 
L
N
 
N
K
 
R
A
 
A
D
 
E
A
 
T
P
 
P
L
 
L
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
S
 
T
E
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
K
A
 
A
E
 
E
I
 
L
D
 
D
T
 
T
R
 
R
L
 
L
D
 
N
K
 
N
R
 
R
F
 
F
L
 
M
D
 
D
I
 
L
R
 
R
R
 
R
P
 
P
K
 
E
I
 
V
Q
 
M
A
 
A
I
 
I
F
 
F
K
 
K
I
 
I
R
 
R
S
 
S
E
 
S
M
 
V
L
 
F
R
 
K
S
 
A
I
 
V
R
 
R
K
 
D
T
 
F
F
 
F
A
 
H
D
 
E
G
 
N
G
 
G
F
 
F
V
 
I
E
 
E
V
 
I
N
 
H
T
 
T
P
 
P
K
 
K
L
 
I
V
 
I
A
 
A
S
 
T
A
 
A
T
 
T
E
 
E
G
 
G
G
 
G
T
 
T
E
 
E
L
 
L
F
 
F
P
 
P
I
 
M
S
 
K
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
K
 
E
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
A
Q
 
E
S
 
S
P
 
P
Q
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
K
 
K
Q
 
E
M
 
I
M
 
M
M
 
M
A
 
A
G
 
S
G
 
G
F
 
L
D
 
D
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
E
 
E
I
 
I
A
 
A
Q
 
P
I
 
I
F
 
F
R
|
R
A
 
A
E
|
E
E
 
E
H
 
H
N
 
N
T
 
T
R
 
T
R
 
R
H
|
H
L
|
L
N
 
N
E
 
E
A
 
A
I
 
W
S
 
S
I
 
I
D
 
D
T
 
S
E
 
E
M
 
M
S
 
A
F
 
F
V
 
I
-
 
E
N
 
D
E
 
E
K
 
E
D
 
E
A
 
V
M
 
M
A
 
S
M
 
F
L
 
L
E
 
E
K
 
R
V
 
L
V
 
V
Y
 
A
N
 
H
C
 
A
Y
 
I
A
 
N
D
 
Y
I
 
V
E
 
R
Y
 
E
N
 
H
R
 
N
P
 
A
Q
 
K
E
 
E
I
 
L
E
 
D
L
 
I
L
 
L
E
 
N
L
 
F
N
 
E
W
 
L
E
 
E
I
 
E
P
 
P
E
 
K
K
 
L
T
 
P
F
 
F
D
 
P
K
 
R
I
 
V
T
 
S
Y
 
Y
T
 
D
E
 
K
A
 
A
I
 
L
D
 
E
I
 
I
A
 
L
N
 
G
A
 
D
K
 
L
G
 
G
V
 
K
E
 
E
I
 
I
E
 
P
W
 
W
G
 
G
E
 
E
D
 
D
L
 
I
S
 
D
R
 
T
A
 
E
A
 
G
E
 
E
R
 
R
A
 
L
V
 
L
G
 
G
-
 
K
-
 
Y
-
 
M
-
 
M
-
 
E
D
 
N
E
 
E
M
 
N
G
 
A
G
 
P
L
 
L
Y
 
Y
F
 
F
I
 
L
T
 
Y
E
 
Q
W
 
Y
P
 
P
T
 
S
Q
 
E
T
 
A
R
 
K
P
 
P
F
 
F
Y
 
Y
T
 
I
L
 
M
P
 
K
H
 
Y
K
 
D
H
 
N
D
 
K
N
 
P
K
 
E
V
 
I
C
 
C
K
 
R
A
 
A
F
 
F
D
 
D
L
 
L
M
 
E
Y
 
Y
K
 
R
E
 
G
L
 
V
E
|
E
I
|
I
S
|
S
S
|
S
G
 
G
A
 
G
Q
 
Q
R
 
R
V
 
E
H
 
H
K
 
R
Y
 
H
D
 
D
L
 
I
L
 
L
V
 
V
E
 
E
N
 
Q
I
 
I
S
 
K
N
 
E
M
 
K
G
 
G
M
 
L
N
 
N
P
 
P
D
 
E
S
 
S
F
 
F
E
 
E
T
 
F
Y
 
Y
L
 
L
E
 
K
A
 
A
F
 
F
K
 
R
F
 
Y
G
 
G
M
 
M
P
 
P
P
 
P
H
 
H
A
 
G
G
 
G
W
 
F
G
 
G
L
 
L
G
|
G
A
 
A
D
 
E
R
|
R
F
 
L
A
 
I
M
 
K
V
 
Q
L
 
M
T
 
L
A
 
D
Q
 
L
D
 
P
N
 
N
I
 
I
R
 
R
E
 
E
C
 
V
V
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
R
 
R
D
 
D
R
 
R
Q
 
R
R
 
R
L
 
L
T
 
T
P
 
P

O07683 Aspartate--tRNA(Asp/Asn) ligase; Aspartyl-tRNA synthetase; AspRS; Non-discriminating aspartyl-tRNA synthetase; ND-AspRS; EC 6.1.1.23 from Halobacterium salinarum (strain ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1) (Halobacterium halobium) (see paper)
38% identity, 97% coverage: 12:438/438 of query aligns to 6:436/436 of O07683

query
sites
O07683
Y
 
Y
S
 
I
E
 
E
E
 
D
V
 
V
I
 
T
P
 
P
E
 
D
M
 
D
D
 
D
G
 
G
Q
 
E
E
 
D
V
 
T
I
 
T
L
 
I
M
 
A
G
 
G
W
 
H
V
 
V
H
|
H
S
 
E
I
 
L
R
 
R
A
 
D
L
 
L
G
 
G
K
 
G
L
 
I
A
 
L
F
 
F
V
 
V
I
 
I
L
 
V
R
 
R
D
 
D
R
 
A
E
 
T
G
 
G
T
 
R
I
 
L
Q
 
Q
A
 
-
V
 
V
V
 
V
P
 
A
K
 
K
Q
 
E
K
 
D
V
 
D
D
 
T
E
 
P
E
 
D
T
 
L
F
 
F
A
 
E
I
 
T
A
 
A
K
 
E
K
 
G
L
 
L
G
 
S
K
 
S
E
 
E
D
 
D
I
 
V
I
 
V
A
 
Q
I
 
V
R
 
T
G
 
G
K
 
T
V
 
L
V
 
E
A
 
A
N
 
S
E
 
D
K
 
Q
A
 
A
P
|
P
K
 
G
G
 
G
F
 
V
E
 
E
V
 
L
I
 
A
P
 
P
I
 
T
E
 
E
I
 
L
R
 
T
V
 
V
L
 
V
N
 
S
K
 
E
A
 
A
D
 
T
A
 
D
P
 
V
L
 
P
P
 
S
L
 
I
D
 
E
P
 
I
S
 
S
E
 
K
K
 
D
V
 
V
A
 
D
A
 
A
E
 
D
I
 
L
D
 
S
T
 
T
R
 
R
L
 
L
D
 
D
K
 
E
R
 
R
F
 
H
L
 
L
D
 
D
I
 
V
R
 
R
R
 
K
P
 
P
K
 
S
I
 
T
Q
 
K
A
 
A
I
 
V
F
 
F
K
 
S
I
 
L
R
 
R
S
 
S
E
 
K
M
 
A
L
 
M
R
 
G
S
 
A
I
 
M
R
 
T
K
 
D
T
 
W
F
 
F
A
 
Y
D
 
D
G
 
N
G
 
R
F
 
F
V
 
E
E
 
E
V
 
V
N
 
D
T
 
T
P
 
P
K
 
E
L
 
L
V
 
S
A
 
T
S
 
A
A
 
G
T
 
A
E
 
E
G
 
G
G
 
G
T
 
A
E
 
D
L
 
L
F
 
F
P
 
P
I
 
V
S
 
V
Y
 
Y
F
 
Y
E
 
D
K
 
K
E
 
E
A
 
A
F
 
Y
L
 
L
G
 
S
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
Q
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
K
 
K
Q
 
Q
M
 
I
M
 
L
M
 
V
A
 
A
G
 
S
G
 
G
F
 
V
D
 
D
K
 
R
V
 
L
F
 
F
E
 
E
I
 
V
A
 
G
Q
 
H
I
 
A
F
 
F
R
 
R
A
 
A
E
 
E
E
 
D
H
 
F
N
 
G
T
 
T
R
 
S
R
 
R
H
 
H
L
 
V
N
 
S
E
 
E
A
 
I
I
 
A
S
 
M
I
 
F
D
 
D
T
 
V
E
 
E
M
 
L
S
 
G
F
 
Y
V
 
V
-
 
E
N
 
D
E
 
H
K
 
H
D
 
D
A
 
V
M
 
M
A
 
D
M
 
V
L
 
Q
E
 
E
K
 
E
V
 
S
V
 
L
Y
 
R
N
 
H
C
 
T
Y
 
I
A
 
R
D
 
H
I
 
V
E
 
V
Y
 
E
N
 
H
R
 
A
P
 
Q
Q
 
R
E
 
E
I
 
L
E
 
D
L
 
E
L
 
L
E
 
G
L
 
S
N
 
D
W
 
L
E
 
S
I
 
V
P
 
P
E
 
E
K
 
A
T
 
D
F
 
F
D
 
P
K
 
R
I
 
I
T
 
T
Y
 
F
T
 
E
E
 
E
A
 
A
I
 
R
D
 
E
I
 
I
-
 
L
A
 
A
N
 
D
A
 
E
K
 
Y
G
 
D
V
 
H
E
 
V
I
 
P
E
 
E
W
 
D
G
 
D
E
 
N
D
 
D
L
 
L
S
 
D
R
 
T
A
 
K
A
 
G
E
 
E
R
 
R
A
 
L
V
 
L
G
 
G
-
 
E
-
 
Y
-
 
F
D
 
E
E
 
E
M
 
Q
G
 
G
G
 
H
-
 
P
L
 
A
Y
 
V
F
 
F
I
 
V
T
 
V
E
 
G
W
 
Y
P
 
P
T
 
D
Q
 
E
T
 
-
R
 
K
P
 
F
F
 
Y
Y
 
Y
T
 
R
L
 
Q
P
 
D
H
 
V
K
 
D
H
 
G
D
 
D
N
 
D
K
 
V
V
 
A
C
 
S
K
 
R
A
 
K
F
 
F
D
 
D
L
 
L
M
 
L
Y
 
Y
K
 
R
E
 
G
L
 
Q
E
 
E
I
 
L
S
 
S
S
 
S
G
 
G
A
 
G
Q
 
Q
R
 
R
V
 
E
H
 
H
K
 
D
Y
 
I
D
 
E
L
 
R
L
 
L
V
 
T
E
 
A
N
 
K
I
 
M
S
 
R
N
 
E
M
 
Q
G
 
G
M
 
V
N
 
E
P
 
P
D
 
E
S
 
N
F
 
F
E
 
E
T
 
F
Y
 
Y
L
 
L
E
 
D
A
 
A
F
 
F
K
 
R
F
 
Y
G
 
G
M
 
V
P
 
P
P
 
P
H
 
H
A
 
G
G
 
G
W
 
Y
G
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
I
D
 
D
R
 
R
F
 
L
A
 
I
M
 
Q
V
 
Q
L
 
L
T
 
A
A
 
G
Q
 
L
D
 
D
N
 
N
I
 
I
R
 
K
E
 
E
C
 
A
V
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
R
 
R
D
 
D
R
 
P
Q
 
D
R
 
R
L
 
L
T
 
E
P
 
P

Q9RVH4 Aspartate--tRNA(Asp/Asn) ligase; Aspartyl-tRNA synthetase 2; AspRS2; Non-discriminating aspartyl-tRNA synthetase; ND-AspRS; EC 6.1.1.23 from Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / CCUG 27074 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / VKM B-1422 / R1) (see paper)
38% identity, 96% coverage: 17:438/438 of query aligns to 13:435/435 of Q9RVH4

query
sites
Q9RVH4
I
 
L
P
 
P
E
 
Q
M
 
H
D
 
E
G
 
G
Q
 
Q
E
 
T
V
 
V
I
 
K
L
 
L
M
 
Q
G
 
G
W
 
F
V
 
V
H
|
H
S
 
A
I
 
R
R
 
R
A
 
D
L
 
L
G
 
G
K
 
G
L
 
V
A
 
Q
F
 
F
V
 
L
I
 
V
L
 
L
R
 
R
D
 
D
R
 
V
E
 
T
G
 
G
T
 
V
I
 
T
Q
 
Q
A
 
C
V
 
V
V
 
G
P
 
S
K
 
G
Q
 
L
K
 
-
V
 
-
D
 
-
E
 
-
E
 
-
T
 
T
F
 
L
A
 
P
I
 
L
A
 
A
K
 
-
K
 
-
L
 
-
G
 
-
K
 
-
E
 
E
D
 
S
I
 
S
I
 
V
A
 
E
I
 
V
R
 
V
G
 
G
K
 
K
V
 
V
V
 
K
A
 
A
N
 
H
E
 
P
K
 
K
A
 
A
P
|
P
K
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
V
 
V
I
 
Q
P
 
V
I
 
E
E
 
D
I
 
F
R
 
R
V
 
V
L
 
I
N
 
S
K
 
A
A
 
A
D
 
T
A
 
E
P
 
A
L
 
T
P
 
P
L
 
V
D
 
E
-
 
I
P
 
P
S
 
K
E
 
M
K
 
E
V
 
W
A
 
N
A
 
V
E
 
N
I
 
P
D
 
E
T
 
T
R
 
M
L
 
L
D
 
D
K
 
Y
R
 
R
F
 
V
L
 
V
D
 
T
I
 
V
R
 
R
R
 
G
P
 
L
K
 
K
I
 
E
Q
 
R
A
 
A
I
 
A
F
 
L
K
 
K
I
 
V
R
 
Q
S
 
A
E
 
E
M
 
L
L
 
V
R
 
D
S
 
A
I
 
F
R
 
R
K
 
A
T
 
H
F
 
L
A
 
R
D
 
G
G
 
E
G
 
G
F
 
F
V
 
T
E
 
E
V
 
I
N
 
S
T
 
T
P
 
P
K
 
K
L
 
I
V
 
V
A
 
S
S
 
A
A
 
G
T
 
A
E
 
E
G
 
G
G
 
G
T
 
A
E
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
I
 
I
S
 
D
Y
 
Y
F
 
F
E
 
G
K
 
H
E
 
P
A
 
A
F
 
Y
L
 
L
G
 
A
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
Q
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
K
 
K
Q
 
Q
M
 
I
M
 
M
M
 
V
A
 
-
G
 
G
G
 
V
F
 
F
D
 
E
K
 
R
V
 
V
F
 
F
E
 
E
I
 
V
A
 
A
Q
 
A
I
 
V
F
 
Y
R
 
R
A
 
A
E
 
E
E
 
E
H
 
H
N
 
A
T
 
T
R
 
S
R
 
R
H
 
H
L
 
L
N
 
N
E
 
E
A
 
Y
I
 
L
S
 
S
I
 
L
D
 
D
T
 
V
E
 
E
M
 
M
S
 
G
F
 
F
V
 
I
-
 
E
N
 
D
E
 
E
K
 
E
D
 
D
A
 
V
M
 
M
A
 
G
M
 
L
L
 
E
E
 
N
K
 
R
V
 
L
V
 
L
Y
 
A
N
 
S
C
 
I
Y
 
M
A
 
E
D
 
R
I
 
L
E
 
R
Y
 
A
N
 
T
R
 
S
P
 
Q
Q
 
A
E
 
E
I
 
F
E
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
G
L
 
A
N
 
T
W
 
I
E
 
P
I
 
D
P
 
V
E
 
P
K
 
A
T
 
H
F
 
I
D
 
P
K
 
R
I
 
I
T
 
T
Y
 
L
T
 
M
E
 
D
A
 
A
I
 
R
D
 
Q
I
 
L
A
 
V
N
 
T
A
 
E
K
 
K
G
 
Y
V
 
G
E
 
H
I
 
P
E
 
V
W
 
G
G
 
G
E
 
K
D
 
D
L
 
L
S
 
D
R
 
P
A
 
E
A
 
A
E
 
E
R
 
R
A
 
L
V
 
L
G
 
S
D
 
Q
-
 
H
-
 
F
-
 
A
-
 
E
-
 
T
E
 
E
M
 
G
G
 
S
G
 
D
L
 
F
Y
 
V
F
 
F
I
 
V
T
 
T
E
 
K
W
 
Y
P
 
P
T
 
R
Q
 
A
T
 
A
R
 
R
P
 
P
F
 
F
Y
 
Y
T
 
A
L
 
H
P
 
P
H
 
E
K
 
L
H
 
N
D
 
E
N
 
D
-
 
G
-
 
S
-
 
V
-
 
N
-
 
G
K
 
E
V
 
V
C
 
T
K
 
R
A
 
G
F
 
F
D
 
D
L
 
L
M
 
L
Y
 
F
K
 
R
E
 
G
L
 
I
E
 
E
I
 
I
S
 
T
S
 
S
G
 
G
A
 
G
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
H
 
H
K
 
D
Y
 
Y
D
 
G
L
 
M
L
 
L
V
 
M
E
 
D
N
 
S
I
 
I
S
 
A
N
 
A
M
 
Y
G
 
K
M
 
L
N
 
K
P
 
P
D
 
E
S
 
S
F
 
L
E
 
E
T
 
G
Y
 
Y
L
 
T
E
 
E
A
 
V
F
 
F
K
 
K
F
 
Y
G
 
G
M
 
M
P
 
P
P
 
P
H
 
H
A
 
G
G
 
G
W
 
F
G
 
A
L
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
E
R
 
R
F
 
L
A
 
T
M
 
A
V
 
K
L
 
L
T
 
L
A
 
G
Q
 
I
D
 
A
N
 
N
I
 
V
R
 
R
E
 
Y
C
 
A
V
 
R
L
 
A
F
 
F
P
 
P
R
 
R
D
 
D
R
 
R
Q
 
H
R
 
R
L
 
L
T
 
T
P
 
P

1x55A Crystal structure of asparaginyl-tRNA synthetase from pyrococcus horikoshii complexed with asparaginyl-adenylate analogue (see paper)
38% identity, 97% coverage: 12:438/438 of query aligns to 6:434/434 of 1x55A

query
sites
1x55A
Y
 
Y
S
 
C
E
 
Q
E
 
E
V
 
V
I
 
K
P
 
P
E
 
E
M
 
L
D
 
D
G
 
G
Q
 
K
E
 
K
V
 
V
I
 
R
L
 
L
M
 
A
G
 
G
W
 
W
V
 
V
H
 
Y
S
 
T
I
 
N
R
 
M
A
 
R
L
 
V
G
 
G
K
 
K
L
 
K
A
 
I
F
 
F
V
 
L
I
 
W
L
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
S
E
 
T
G
 
G
T
 
I
I
 
V
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
V
 
V
P
 
A
K
 
K
Q
 
N
K
 
V
V
 
V
D
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
F
 
F
A
 
E
I
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
K
 
R
E
 
E
D
 
S
I
 
S
I
 
V
A
 
I
I
 
V
R
 
E
G
 
G
K
 
I
V
 
V
V
 
K
A
 
A
N
 
D
E
 
E
K
 
R
A
 
A
P
 
P
K
 
G
G
 
G
F
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
H
P
 
V
I
 
E
E
 
K
I
 
L
R
 
E
V
 
V
L
 
I
N
 
Q
K
 
A
-
 
V
A
 
S
D
 
E
A
 
F
P
 
P
L
 
I
P
 
P
L
 
E
D
 
N
P
 
P
S
 
E
E
 
Q
K
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
A
E
 
S
I
 
P
D
 
E
T
 
L
R
 
L
L
 
L
D
 
D
K
 
Y
R
 
R
F
 
H
L
 
L
D
 
H
I
 
I
R
 
R
R
 
T
P
 
P
K
 
K
I
 
A
Q
 
S
A
 
A
I
 
I
F
 
M
K
 
K
I
 
V
R
 
K
S
 
E
E
 
T
M
 
L
L
 
I
R
 
M
S
 
A
I
 
A
R
 
R
K
 
E
T
 
W
F
 
L
A
 
L
D
 
K
G
 
D
G
 
G
F
 
W
V
 
H
E
 
E
V
 
V
N
 
F
T
 
P
P
 
P
K
 
I
L
 
L
V
 
V
A
 
T
S
 
G
A
 
A
T
 
V
E
|
E
G
 
G
G
 
G
T
 
A
E
 
T
L
 
L
F
 
F
P
 
K
I
 
L
S
 
K
Y
 
Y
F
 
F
E
 
D
K
 
K
E
 
Y
A
 
A
F
 
Y
L
 
L
G
 
S
Q
 
Q
S
|
S
P
 
A
Q
|
Q
L
 
L
Y
 
Y
K
 
L
Q
 
E
M
 
A
M
 
A
M
 
I
A
 
F
G
 
-
G
 
G
F
 
L
D
 
E
K
 
K
V
 
V
F
 
W
E
 
S
I
 
L
A
 
T
Q
 
P
I
 
S
F
 
F
R
|
R
A
 
A
E
|
E
E
 
K
H
 
S
N
 
R
T
 
T
R
 
R
R
|
R
H
|
H
L
|
L
N
 
T
E
 
E
A
x
F
I
 
W
S
x
H
I
 
L
D
x
E
T
 
L
E
 
E
M
 
A
S
 
A
F
 
W
V
 
M
N
 
D
E
 
L
K
 
W
D
 
D
A
 
I
M
 
M
A
 
K
M
 
V
L
 
E
E
 
E
K
 
E
V
 
L
V
 
V
Y
 
S
N
 
Y
C
 
M
Y
 
V
A
 
Q
D
 
R
I
 
T
E
 
L
Y
 
E
N
 
L
R
 
R
P
 
K
Q
 
K
E
 
E
I
 
I
E
 
E
L
 
M
L
 
F
E
 
R
L
 
D
N
 
D
W
 
L
E
 
T
I
 
T
P
 
L
E
 
K
K
 
N
T
 
T
-
 
E
-
 
P
-
 
P
F
 
F
D
 
P
K
 
R
I
 
I
T
 
S
Y
 
Y
T
 
D
E
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
I
 
I
A
 
L
N
 
Q
A
 
S
K
 
K
G
 
G
V
 
V
E
 
N
I
 
V
E
 
E
W
 
W
G
 
G
E
 
D
D
 
D
L
 
L
S
 
G
R
 
A
A
 
D
A
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
V
V
 
L
G
 
T
D
 
E
E
 
E
M
 
F
G
 
D
G
 
R
L
 
P
Y
 
F
F
 
F
I
 
V
T
 
Y
E
 
G
W
 
Y
P
 
P
T
 
K
Q
 
H
T
 
I
R
 
K
P
 
A
F
 
F
Y
 
Y
T
 
M
L
 
K
P
 
E
H
 
D
K
 
P
H
 
N
D
 
D
N
 
P
K
 
R
V
 
K
C
 
V
K
 
L
A
 
A
F
 
S
D
 
D
L
 
M
M
 
L
Y
 
A
K
 
P
E
 
E
-
 
G
-
 
Y
L
 
G
E
|
E
I
|
I
S
x
I
S
x
G
G
 
G
A
 
S
Q
 
Q
R
|
R
V
 
E
H
 
D
K
 
D
Y
 
Y
D
 
D
L
 
K
L
 
L
V
 
L
E
 
N
N
 
R
I
 
I
S
 
L
N
 
E
M
 
E
G
 
G
M
 
M
N
 
D
P
 
P
D
 
K
S
 
D
F
 
Y
E
 
E
T
 
W
Y
 
Y
L
 
L
E
 
D
A
 
L
F
 
R
K
 
R
F
 
Y
G
 
G
M
 
S
P
 
V
P
 
P
H
 
H
A
 
S
G
 
G
W
x
F
G
|
G
L
 
L
G
|
G
A
 
V
D
 
E
R
|
R
F
 
L
A
 
V
M
 
A
V
 
W
L
 
V
T
 
L
A
 
K
Q
 
L
D
 
D
N
 
H
I
 
I
R
 
R
E
 
W
C
 
A
V
 
A
L
 
L
F
 
F
P
 
P
R
 
R
D
 
T
R
 
P
Q
 
A
R
 
R
L
 
L
T
 
Y
P
 
P

1x54A Crystal structure of asparaginyl-tRNA synthetase from pyrococcus horikoshii complexed with asparaginyl-adenylate (see paper)
38% identity, 97% coverage: 12:438/438 of query aligns to 6:434/434 of 1x54A

query
sites
1x54A
Y
 
Y
S
 
C
E
 
Q
E
 
E
V
 
V
I
 
K
P
 
P
E
 
E
M
 
L
D
 
D
G
 
G
Q
 
K
E
 
K
V
 
V
I
 
R
L
 
L
M
 
A
G
 
G
W
 
W
V
 
V
H
 
Y
S
 
T
I
 
N
R
 
M
A
 
R
L
 
V
G
 
G
K
 
K
L
 
K
A
 
I
F
 
F
V
 
L
I
 
W
L
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
S
E
 
T
G
 
G
T
 
I
I
 
V
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
V
 
V
P
 
A
K
 
K
Q
 
N
K
 
V
V
 
V
D
 
G
E
 
E
E
 
E
T
 
T
F
 
F
A
 
E
I
 
K
A
 
A
K
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
K
 
R
E
 
E
D
 
S
I
 
S
I
 
V
A
 
I
I
 
V
R
 
E
G
 
G
K
 
I
V
 
V
V
 
K
A
 
A
N
 
D
E
 
E
K
 
R
A
 
A
P
 
P
K
 
G
G
 
G
F
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
H
P
 
V
I
 
E
E
 
K
I
 
L
R
 
E
V
 
V
L
 
I
N
 
Q
K
 
A
-
 
V
A
 
S
D
 
E
A
 
F
P
 
P
L
 
I
P
 
P
L
 
E
D
 
N
P
 
P
S
 
E
E
 
Q
K
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
A
E
 
S
I
 
P
D
 
E
T
 
L
R
 
L
L
 
L
D
 
D
K
 
Y
R
 
R
F
 
H
L
 
L
D
 
H
I
 
I
R
 
R
R
 
T
P
 
P
K
 
K
I
 
A
Q
 
S
A
 
A
I
 
I
F
 
M
K
 
K
I
 
V
R
 
K
S
 
E
E
 
T
M
 
L
L
 
I
R
 
M
S
 
A
I
 
A
R
 
R
K
 
E
T
 
W
F
 
L
A
 
L
D
 
K
G
 
D
G
 
G
F
 
W
V
 
H
E
 
E
V
 
V
N
 
F
T
 
P
P
 
P
K
 
I
L
 
L
V
 
V
A
 
T
S
 
G
A
 
A
T
 
V
E
|
E
G
 
G
G
 
G
T
 
A
E
 
T
L
 
L
F
 
F
P
 
K
I
 
L
S
 
K
Y
 
Y
F
 
F
E
 
D
K
 
K
E
 
Y
A
 
A
F
 
Y
L
 
L
G
 
S
Q
 
Q
S
|
S
P
 
A
Q
|
Q
L
 
L
Y
 
Y
K
 
L
Q
 
E
M
 
A
M
 
A
M
 
I
A
 
F
G
 
-
G
 
G
F
 
L
D
 
E
K
 
K
V
 
V
F
 
W
E
 
S
I
 
L
A
 
T
Q
 
P
I
 
S
F
 
F
R
|
R
A
 
A
E
|
E
E
 
K
H
 
S
N
 
R
T
 
T
R
 
R
R
|
R
H
|
H
L
|
L
N
 
T
E
 
E
A
x
F
I
 
W
S
x
H
I
 
L
D
x
E
T
 
L
E
 
E
M
 
A
S
 
A
F
 
W
V
 
M
N
 
D
E
 
L
K
 
W
D
 
D
A
 
I
M
 
M
A
 
K
M
 
V
L
 
E
E
 
E
K
 
E
V
 
L
V
 
V
Y
 
S
N
 
Y
C
 
M
Y
 
V
A
 
Q
D
 
R
I
 
T
E
 
L
Y
 
E
N
 
L
R
 
R
P
 
K
Q
 
K
E
 
E
I
 
I
E
 
E
L
 
M
L
 
F
E
 
R
L
 
D
N
 
D
W
 
L
E
 
T
I
 
T
P
 
L
E
 
K
K
 
N
T
 
T
-
 
E
-
 
P
-
 
P
F
 
F
D
 
P
K
 
R
I
 
I
T
 
S
Y
 
Y
T
 
D
E
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
D
I
 
I
A
 
L
N
 
Q
A
 
S
K
 
K
G
 
G
V
 
V
E
 
N
I
 
V
E
 
E
W
 
W
G
 
G
E
 
D
D
 
D
L
 
L
S
 
G
R
 
A
A
 
D
A
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
V
V
 
L
G
 
T
D
 
E
E
 
E
M
 
F
G
 
D
G
 
R
L
 
P
Y
 
F
F
 
F
I
 
V
T
 
Y
E
 
G
W
 
Y
P
 
P
T
 
K
Q
 
H
T
 
I
R
 
K
P
 
A
F
 
F
Y
 
Y
T
 
M
L
 
K
P
 
E
H
 
D
K
 
P
H
 
N
D
 
D
N
 
P
K
 
R
V
 
K
C
 
V
K
 
L
A
 
A
F
 
S
D
 
D
L
 
M
M
 
L
Y
 
A
K
 
P
E
 
E
-
 
G
-
 
Y
L
 
G
E
|
E
I
|
I
S
x
I
S
x
G
G
 
G
A
 
S
Q
 
Q
R
|
R
V
 
E
H
 
D
K
 
D
Y
 
Y
D
 
D
L
 
K
L
 
L
V
 
L
E
 
N
N
 
R
I
 
I
S
 
L
N
 
E
M
 
E
G
 
G
M
 
M
N
 
D
P
 
P
D
 
K
S
 
D
F
 
Y
E
 
E
T
 
W
Y
 
Y
L
 
L
E
 
D
A
 
L
F
 
R
K
 
R
F
 
Y
G
 
G
M
 
S
P
 
V
P
 
P
H
 
H
A
 
S
G
 
G
W
x
F
G
|
G
L
 
L
G
|
G
A
 
V
D
 
E
R
|
R
F
 
L
A
 
V
M
 
A
V
 
W
L
 
V
T
 
L
A
 
K
Q
 
L
D
 
D
N
 
H
I
 
I
R
 
R
E
 
W
C
 
A
V
 
A
L
 
L
F
 
F
P
 
P
R
 
R
D
 
T
R
 
P
Q
 
A
R
 
R
L
 
L
T
 
Y
P
 
P

1aszA The active site of yeast aspartyl-tRNA synthetase: structural and functional aspects of the aminoacylation reaction (see paper)
33% identity, 95% coverage: 23:438/438 of query aligns to 40:490/490 of 1aszA

query
sites
1aszA
Q
 
K
E
 
E
V
 
V
I
 
L
L
 
F
M
 
R
G
 
A
W
 
R
V
 
V
H
 
H
S
 
N
I
 
T
R
|
R
A
x
Q
L
x
Q
G
 
G
-
 
A
K
x
T
L
|
L
A
 
A
F
|
F
V
 
L
I
 
T
L
 
L
R
 
R
D
 
Q
R
 
Q
E
 
A
G
 
S
T
 
L
I
 
I
Q
|
Q
A
 
G
V
x
L
V
 
V
P
 
K
K
 
A
Q
 
N
K
 
K
-
 
E
-
 
G
-
 
T
V
 
I
D
 
S
E
 
K
E
 
N
T
 
M
F
 
V
A
 
K
I
 
W
A
 
A
K
 
G
K
 
S
L
 
L
G
 
N
K
 
L
E
 
E
D
 
S
I
 
I
I
 
V
A
 
L
I
 
V
R
 
R
G
 
G
K
 
I
V
 
V
V
 
K
A
 
K
N
 
V
E
 
D
K
x
E
A
 
P
P
x
I
K
|
K
G
 
S
F
 
A
E
 
T
V
 
V
I
 
Q
P
 
N
I
 
L
E
 
E
I
 
I
R
 
H
V
 
I
-
 
T
-
 
K
-
 
I
-
 
Y
-
 
T
L
 
I
N
 
S
K
 
E
A
 
T
D
 
P
A
x
E
P
 
A
L
 
L
P
|
P
-
 
I
-
x
L
L
 
L
D
 
E
P
 
D
S
 
A
E
 
S
K
 
R
V
 
S
A
 
E
A
 
A
E
 
E
-
 
A
-
 
E
-
 
A
-
x
A
-
 
G
-
x
L
-
x
P
-
x
V
-
 
V
-
x
N
I
 
L
D
 
D
T
|
T
R
 
R
L
 
L
D
 
D
K
 
Y
R
 
R
F
 
V
L
 
I
D
 
D
I
 
L
R
 
R
R
 
T
P
 
V
K
 
T
I
 
N
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
F
 
F
K
 
R
I
 
I
R
 
Q
S
 
A
E
 
G
M
 
V
L
 
C
R
 
E
S
 
L
I
 
F
R
 
R
K
 
E
T
 
Y
F
 
L
A
 
A
D
 
T
G
 
K
G
 
K
F
 
F
V
 
T
E
 
E
V
 
V
N
 
H
T
 
T
P
 
P
K
 
K
L
 
L
V
 
L
A
 
G
S
 
A
A
 
P
T
x
S
E
|
E
G
|
G
G
|
G
T
x
S
E
 
S
L
 
V
F
 
F
P
 
E
I
 
V
S
 
T
Y
 
Y
F
 
F
E
 
K
K
 
G
E
 
K
A
 
A
F
 
Y
L
 
L
G
 
A
Q
|
Q
S
 
S
P
 
P
Q
 
Q
L
x
F
Y
 
N
K
 
K
Q
 
Q
M
 
Q
M
 
L
M
 
I
A
 
V
G
 
A
G
 
D
F
 
F
D
 
E
K
 
R
V
 
V
F
 
Y
E
 
E
I
 
I
A
 
G
Q
 
P
I
 
V
F
 
F
R
|
R
A
 
A
E
|
E
E
x
N
H
x
S
N
|
N
T
 
T
R
 
H
R
|
R
H
|
H
L
x
M
N
 
T
E
 
E
A
x
F
I
 
T
S
 
G
I
 
L
D
 
D
T
 
M
E
 
E
M
 
M
S
 
A
F
 
F
V
 
E
N
 
E
E
 
H
-
 
Y
K
 
H
D
 
E
A
 
V
M
 
L
A
 
D
M
 
T
L
 
L
E
 
S
K
 
E
V
 
L
V
 
F
Y
 
V
N
 
F
C
 
I
Y
 
F
A
 
S
D
 
E
I
 
L
E
 
P
Y
 
K
N
 
R
R
 
F
P
 
A
Q
 
H
E
 
E
I
 
I
E
 
E
L
 
L
L
 
V
E
 
R
L
 
K
N
 
Q
W
 
Y
E
 
P
I
 
V
P
 
E
E
 
E
K
 
F
T
 
K
F
 
L
D
 
P
K
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
K
-
 
M
-
 
V
-
 
R
I
 
L
T
 
T
Y
 
Y
T
 
K
E
 
E
A
 
G
I
 
I
D
 
E
I
 
M
A
 
L
N
 
R
A
 
A
K
 
A
G
 
G
V
 
K
E
 
E
I
 
I
E
 
G
W
 
D
G
 
F
E
 
E
D
 
D
L
 
L
S
|
S
R
x
T
A
 
E
A
 
N
E
 
E
R
 
K
A
 
F
V
 
L
G
 
G
D
 
K
E
 
L
M
 
V
-
 
R
-
 
D
-
 
K
-
 
Y
-
 
D
G
 
T
G
 
D
L
 
F
Y
 
Y
F
 
I
I
 
L
T
 
D
E
 
K
W
 
F
P
 
P
T
 
L
Q
 
E
T
 
I
R
 
R
P
 
P
F
|
F
Y
 
Y
T
 
T
L
 
M
P
 
P
H
 
D
K
 
P
H
 
A
D
 
N
N
 
P
K
 
K
V
 
Y
C
 
S
K
 
N
A
 
S
F
 
Y
D
 
D
L
 
F
M
 
F
Y
 
M
K
 
R
E
 
G
L
 
E
E
|
E
I
|
I
S
x
L
S
|
S
G
 
G
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
H
 
H
K
 
D
Y
 
H
D
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
Q
E
 
E
N
 
R
I
 
M
S
 
K
N
 
A
M
 
H
G
 
G
M
 
L
N
 
S
P
 
P
D
 
E
-
 
D
-
 
P
S
 
G
F
 
L
E
 
K
T
 
D
Y
 
Y
L
 
C
E
 
D
A
 
G
F
 
F
K
 
S
F
 
Y
G
 
G
M
 
C
P
 
P
P
 
P
H
 
H
A
 
A
G
 
G
W
 
G
G
|
G
L
 
I
G
 
G
A
 
L
D
 
E
R
|
R
F
 
V
A
 
V
M
 
M
V
 
F
L
 
Y
T
 
L
A
 
D
Q
 
L
D
 
K
N
 
N
I
 
I
R
 
R
E
 
R
C
 
A
V
 
S
L
 
L
F
 
F
P
 
P
R
 
R
D
 
D
R
 
P
Q
x
K
R
 
R
L
 
L
T
 
R
P
 
P

1asyA Class ii aminoacyl transfer RNA synthetases: crystal structure of yeast aspartyl-tRNA synthetase complexed with tRNA asp (see paper)
33% identity, 95% coverage: 23:438/438 of query aligns to 40:490/490 of 1asyA

query
sites
1asyA
Q
 
K
E
 
E
V
 
V
I
 
L
L
 
F
M
 
R
G
 
A
W
 
R
V
 
V
H
 
H
S
 
N
I
 
T
R
|
R
A
x
Q
L
x
Q
G
 
G
-
 
A
K
 
T
L
|
L
A
 
A
F
|
F
V
 
L
I
 
T
L
 
L
R
 
R
D
 
Q
R
 
Q
E
 
A
G
 
S
T
 
L
I
 
I
Q
|
Q
A
 
G
V
x
L
V
 
V
P
 
K
K
 
A
Q
 
N
K
 
K
-
 
E
-
 
G
-
 
T
V
 
I
D
 
S
E
 
K
E
 
N
T
 
M
F
 
V
A
x
K
I
 
W
A
 
A
K
 
G
K
 
S
L
 
L
G
 
N
K
 
L
E
 
E
D
 
S
I
 
I
I
 
V
A
 
L
I
 
V
R
 
R
<