SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011876077.1 NCBI__GCF_000016205.1:WP_011876077.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P66899 Diaminopropionate ammonia-lyase; DAPAL; 2,3-diaminopropionate ammonia-lyase; Alpha,beta-diaminopropionate ammonia-lyase; Diaminopropionatase; EC 4.3.1.15 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
39% identity, 86% coverage: 44:396/412 of query aligns to 45:396/398 of P66899

query
sites
P66899
T
 
T
P
 
P
L
 
L
W
 
C
D
 
A
L
 
L
P
 
D
D
 
D
A
 
L
A
 
A
A
 
N
R
 
L
L
 
F
G
 
G
V
 
V
A
 
K
Q
 
K
L
 
I
S
 
L
L
 
V
K
 
K
D
 
D
E
 
E
S
 
S
F
 
K
R
 
R
S
 
F
P
 
G
L
 
L
G
 
N
S
 
A
F
 
F
K
|
K
A
 
M
L
 
L
G
 
G
A
 
G
P
 
A
I
 
Y
A
 
A
L
 
I
M
 
A
R
 
Q
L
 
L
I
 
L
M
 
C
R
 
E
Q
 
K
W
 
Y
H
 
H
A
 
-
H
 
-
G
 
-
I
 
L
D
 
D
P
 
I
K
 
E
A
 
T
L
 
L
V
 
S
T
 
F
G
 
E
Q
 
H
Y
 
L
A
 
K
Q
 
N
M
 
A
L
 
I
-
 
G
S
 
E
N
 
K
M
 
M
T
 
T
V
 
F
I
 
A
S
 
T
A
 
T
T
 
T
D
|
D
G
 
G
N
 
N
H
 
H
G
 
G
K
 
R
S
 
G
L
 
V
A
 
A
A
 
W
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
Q
I
 
L
G
 
G
C
 
Q
Y
 
N
C
 
A
V
 
V
I
 
I
V
 
Y
L
 
M
H
 
P
A
 
K
N
 
G
V
 
S
S
 
A
I
 
Q
E
 
E
R
 
R
E
 
V
Q
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
L
A
 
N
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
E
I
 
C
V
 
I
R
 
V
I
 
T
D
 
D
G
 
M
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
E
 
D
S
 
T
V
 
V
Q
 
R
H
 
L
A
 
T
A
 
M
Q
 
Q
L
 
H
A
 
A
A
 
Q
E
 
Q
N
 
H
G
 
G
W
 
W
H
 
E
V
 
V
V
 
V
S
 
Q
D
|
D
T
 
T
S
 
A
Y
 
W
E
 
E
G
 
G
Y
 
Y
E
 
T
T
 
K
I
 
I
P
 
P
R
 
T
D
 
W
V
 
I
M
 
M
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
G
 
A
V
 
T
I
 
L
P
 
A
A
 
D
E
 
E
V
 
A
L
 
V
A
 
E
Q
 
Q
L
 
M
N
 
R
E
 
E
E
 
M
H
 
G
S
 
V
R
 
T
P
 
P
A
 
-
F
 
-
T
 
T
H
 
H
V
 
V
F
 
L
L
 
L
Q
 
Q
G
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
G
G
 
A
L
 
M
A
 
A
A
 
G
G
 
G
V
 
V
A
 
L
S
 
G
Y
 
Y
L
 
L
W
 
V
E
 
D
H
 
V
Y
 
Y
G
 
S
A
 
P
E
 
Q
R
 
N
P
 
L
T
 
H
F
 
S
I
 
I
V
 
I
V
 
V
E
 
E
P
 
P
Q
 
D
Q
 
K
A
 
A
D
 
D
C
|
C
L
 
I
Y
 
Y
Q
 
R
S
 
S
A
 
G
I
 
V
A
 
K
G
 
G
R
 
D
A
 
I
S
 
V
K
 
N
A
 
V
T
 
G
G
 
G
S
 
D
V
 
M
D
 
A
S
 
T
I
 
I
M
 
M
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
C
|
C
G
 
G
E
 
E
A
 
P
S
 
N
P
 
P
L
 
L
A
 
G
W
 
W
K
 
E
I
 
I
L
 
L
E
 
R
Q
 
N
C
 
C
V
 
A
D
 
T
Y
 
Q
F
 
F
M
 
I
T
 
S
I
 
C
D
 
Q
D
 
D
E
 
S
D
 
V
A
 
A
V
 
A
A
 
L
A
 
G
M
 
M
C
 
R
S
 
V
L
 
L
A
 
G
K
 
N
G
 
P
S
 
Y
D
 
G
R
 
N
D
 
D
A
 
P
P
 
R
L
 
I
V
 
I
V
 
S
G
 
G
E
 
E
S
 
S
G
 
G
A
 
A
A
 
V
G
 
G
Y
 
L
A
 
G
G
 
V
L
 
L
T
 
A
T
 
A
V
 
V
M
 
H
-
 
Y
-
 
H
-
 
P
K
 
Q
S
 
R
L
 
Q
E
 
S
L
 
L
A
 
M
H
 
E
A
 
K
T
 
L
G
 
A
L
 
L
G
 
N
P
 
K
D
 
D
S
 
A
H
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
N
 
S
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
D
T
 
T
A
 
D
P
 
V
S
 
K
V
 
H
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
E
L
 
V
V
 
V
G
 
W
E
 
E
S
 
G
A
 
K
E
 
H
A
 
A
V
 
V

4d9nA Crystal structure of diaminopropionate ammonia lyase from escherichia coli in complex with d-serine (see paper)
39% identity, 86% coverage: 44:396/412 of query aligns to 44:390/391 of 4d9nA

query
sites
4d9nA
T
 
T
P
 
P
L
 
L
W
 
C
D
 
A
L
 
L
P
 
D
D
 
D
A
 
L
A
 
A
A
 
N
R
 
L
L
 
F
G
 
G
V
 
V
A
 
K
Q
 
K
L
 
I
S
 
L
L
 
V
K
 
K
D
 
D
E
 
E
S
 
S
F
 
K
R
 
R
S
 
F
P
 
G
L
 
L
G
 
N
S
 
A
F
 
F
K
|
K
A
 
M
L
 
L
G
 
G
A
 
G
P
 
A
I
 
Y
A
 
A
L
 
I
M
 
A
R
 
Q
L
 
L
I
 
L
M
 
C
R
 
E
Q
 
K
W
 
Y
H
 
H
A
 
-
H
 
-
G
 
-
I
 
L
D
 
D
P
 
I
K
 
E
A
 
T
L
 
L
V
 
S
T
 
F
G
 
E
Q
 
H
Y
 
L
A
 
K
Q
 
N
M
 
A
L
 
I
-
 
G
S
 
E
N
 
K
M
 
M
T
 
T
V
 
F
I
 
A
S
 
T
A
 
T
T
|
T
D
|
D
G
 
G
N
 
N
H
|
H
G
 
G
K
 
R
S
 
G
L
 
V
A
 
A
A
 
W
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
Q
I
 
L
G
 
G
C
 
Q
Y
 
N
C
 
A
V
 
V
I
 
I
V
 
Y
L
 
M
H
 
P
A
 
K
N
 
G
V
 
S
S
 
A
I
 
Q
E
 
E
R
 
R
E
 
V
Q
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
L
A
 
N
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
E
I
 
C
V
 
I
R
 
V
I
 
T
D
 
D
G
 
M
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
E
 
D
S
 
T
V
 
V
Q
 
R
H
 
L
A
 
T
A
 
M
Q
 
Q
L
 
H
A
 
A
A
 
Q
E
 
Q
N
 
H
G
 
G
W
 
W
H
 
E
V
 
V
V
 
V
S
 
Q
D
|
D
T
 
T
S
 
A
Y
 
W
E
 
E
G
 
G
Y
 
Y
E
 
T
T
 
K
I
 
I
P
 
P
R
 
T
D
 
W
V
 
I
M
 
M
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
G
 
A
V
 
T
I
 
L
P
 
A
A
 
D
E
 
E
V
 
A
L
 
V
A
 
E
Q
 
Q
L
 
M
N
 
R
E
 
E
E
 
M
H
 
G
S
 
V
R
 
T
P
 
P
A
 
-
F
 
-
T
 
T
H
 
H
V
 
V
F
 
L
L
 
L
Q
 
Q
G
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
G
G
 
A
L
 
M
A
 
A
A
 
G
G
 
G
V
 
V
A
 
L
S
 
G
Y
 
Y
L
 
L
W
 
V
E
 
D
H
 
V
Y
 
Y
G
 
S
A
 
P
E
 
Q
R
 
N
P
 
L
T
 
H
F
 
S
I
 
I
V
 
I
V
 
V
E
 
E
P
 
P
Q
 
D
Q
 
K
A
 
A
D
 
D
C
 
C
L
 
I
Y
 
Y
Q
 
R
S
 
S
A
 
G
I
 
V
A
 
K
G
 
G
R
 
D
A
 
I
S
 
V
K
 
N
A
 
V
T
 
T
G
 
-
S
 
-
V
 
-
D
 
-
S
 
-
I
 
I
M
 
M
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
C
 
C
G
 
G
E
 
E
A
 
P
S
 
N
P
 
P
L
 
L
A
 
G
W
 
W
K
 
E
I
 
I
L
 
L
E
 
R
Q
 
N
C
 
C
V
 
A
D
 
T
Y
 
Q
F
 
F
M
 
I
T
 
S
I
 
C
D
 
Q
D
 
D
E
 
S
D
 
V
A
 
A
V
 
A
A
 
L
A
 
G
M
 
M
C
 
R
S
 
V
L
 
L
A
 
G
K
 
N
G
 
P
S
 
Y
D
 
G
R
 
N
D
 
D
A
 
P
P
 
R
L
 
I
V
 
I
V
 
S
G
 
G
E
 
E
S
 
S
G
 
G
A
 
A
A
 
V
G
 
G
Y
 
L
A
 
G
G
 
V
L
 
L
T
 
A
T
 
A
V
 
V
M
 
H
-
 
Y
-
 
H
-
 
P
K
 
Q
S
 
R
L
 
Q
E
 
S
L
 
L
A
 
M
H
 
E
A
 
K
T
 
L
G
 
A
L
 
L
G
 
N
P
 
K
D
 
D
S
 
A
H
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
N
 
S
T
|
T
E
 
E
G
 
G
A
 
D
T
 
T
A
 
D
P
 
V
S
 
K
V
 
H
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
E
L
 
V
V
 
V
G
 
W
E
 
E
S
 
G
A
 
K
E
 
H
A
 
A
V
 
V

4d9mA Crystal structure of diaminopropionate ammonia lyase from escherichia coli in complex with aminoacrylate-plp azomethine reaction intermediate (see paper)
39% identity, 86% coverage: 44:396/412 of query aligns to 44:377/378 of 4d9mA

query
sites
4d9mA
T
 
T
P
 
P
L
 
L
W
 
C
D
 
A
L
 
L
P
 
D
D
 
D
A
 
L
A
 
A
A
 
N
R
 
L
L
 
F
G
 
G
V
 
V
A
 
K
Q
 
K
L
 
I
S
 
L
L
 
V
K
 
K
D
 
D
E
 
E
S
 
S
F
 
K
R
 
R
S
 
F
P
 
G
L
 
L
G
 
N
S
 
A
F
 
F
K
|
K
A
 
M
L
 
L
G
 
G
A
 
G
P
 
A
I
 
Y
A
 
A
L
 
I
M
 
A
R
 
Q
L
 
L
I
 
L
M
 
C
R
 
E
Q
 
K
W
 
Y
H
 
H
A
 
L
H
 
D
G
 
-
I
 
-
D
 
-
P
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
-
V
 
-
T
 
-
G
 
-
Q
 
-
Y
 
-
A
 
I
Q
 
E
M
 
T
L
 
L
S
 
S
N
 
F
M
 
M
T
 
T
V
 
F
I
 
A
S
 
T
A
 
T
T
|
T
D
|
D
G
 
G
N
|
N
H
|
H
G
 
G
K
 
R
S
 
G
L
 
V
A
 
A
A
 
W
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
Q
I
 
L
G
 
G
C
 
Q
Y
 
N
C
 
A
V
 
V
I
 
I
V
 
Y
L
 
M
H
 
P
A
 
K
N
 
G
V
 
S
S
 
A
I
 
Q
E
 
E
R
 
R
E
 
V
Q
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
L
A
 
N
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
E
I
 
C
V
 
I
R
 
V
I
 
T
D
 
D
G
 
M
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
E
 
D
S
 
T
V
 
V
Q
 
R
H
 
L
A
 
T
A
 
M
Q
 
Q
L
 
H
A
 
A
A
 
Q
E
 
Q
N
 
H
G
 
G
W
 
W
H
 
E
V
 
V
V
 
V
S
 
Q
D
 
D
T
 
T
S
 
A
Y
 
W
E
 
E
G
 
G
Y
 
Y
E
 
T
T
 
K
I
 
I
P
 
P
R
 
T
D
 
W
V
 
I
M
 
M
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
G
 
A
V
 
T
I
 
L
P
 
A
A
 
D
E
 
E
V
 
A
L
 
V
A
 
E
Q
 
Q
L
 
M
N
 
R
E
 
E
E
 
M
H
 
G
S
 
V
R
 
T
P
 
P
A
 
-
F
 
-
T
 
T
H
 
H
V
 
V
F
 
L
L
 
L
Q
 
Q
G
 
A
G
|
G
V
|
V
G
|
G
G
x
A
L
 
M
A
 
A
A
 
G
G
 
G
V
 
V
A
 
L
S
 
G
Y
 
Y
L
 
L
W
 
V
E
 
D
H
 
V
Y
 
Y
G
 
S
A
 
P
E
 
Q
R
 
N
P
 
L
T
 
H
F
 
S
I
 
I
V
 
I
V
 
V
E
 
E
P
 
P
Q
 
D
Q
 
K
A
 
A
D
 
D
C
 
C
L
 
I
Y
 
Y
Q
 
R
S
 
S
A
 
G
I
 
V
A
 
K
G
 
G
R
 
D
A
 
I
S
 
-
K
 
-
A
 
-
T
 
-
G
 
-
S
 
-
V
 
-
D
 
-
S
 
V
I
 
I
M
 
M
A
 
A
G
|
G
L
|
L
A
 
A
C
 
C
G
 
G
E
 
E
A
 
P
S
 
N
P
 
P
L
 
L
A
 
G
W
 
W
K
 
E
I
 
I
L
 
L
E
 
R
Q
 
N
C
 
C
V
 
A
D
 
T
Y
 
Q
F
 
F
M
 
I
T
 
S
I
 
C
D
 
Q
D
 
D
E
 
S
D
 
V
A
 
A
V
 
A
A
 
L
A
 
G
M
 
M
C
 
R
S
 
V
L
 
L
A
 
G
K
 
N
G
 
P
S
 
Y
D
 
G
R
 
N
D
 
D
A
 
P
P
 
R
L
 
I
V
 
I
V
 
S
G
 
G
E
 
E
S
 
S
G
 
G
A
 
A
A
 
V
G
 
G
Y
 
L
A
 
G
G
 
V
L
 
L
T
 
A
T
 
A
V
 
V
M
 
H
-
 
Y
-
 
H
-
 
P
K
 
Q
S
 
R
L
 
Q
E
 
S
L
 
L
A
 
M
H
 
E
A
 
K
T
 
L
G
 
A
L
 
L
G
 
N
P
 
K
D
 
D
S
 
A
H
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
N
 
S
T
|
T
E
|
E
G
 
G
A
 
D
T
 
T
A
 
D
P
 
V
S
 
K
V
 
H
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
E
L
 
V
V
 
V
G
 
W
E
 
E
S
 
G
A
 
K
E
 
H
A
 
A
V
 
V

5ygrD Crystal structure of plp bound diaminopropionate ammonia lyase from salmonella typhimurium (see paper)
38% identity, 84% coverage: 44:389/412 of query aligns to 35:382/388 of 5ygrD

query
sites
5ygrD
T
 
T
P
 
P
L
 
L
W
x
H
D
 
N
L
 
L
P
 
A
D
 
H
A
 
L
A
 
S
A
 
Q
R
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
A
 
G
Q
 
S
L
 
I
S
 
H
L
 
I
K
 
K
D
 
D
E
 
E
S
 
S
F
 
W
R
 
R
S
 
F
P
 
G
L
 
L
G
 
N
S
 
A
F
 
F
K
|
K
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
G
P
 
S
I
 
Y
A
 
A
L
 
V
M
 
G
R
 
K
L
 
Y
I
 
L
-
 
A
-
 
D
M
 
K
R
 
L
Q
 
Q
W
 
C
H
 
D
A
 
I
H
 
N
G
 
S
I
 
L
D
 
S
P
 
F
K
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
N
T
 
T
G
 
P
Q
 
E
Y
 
I
A
 
K
Q
 
E
M
 
K
L
 
I
S
 
K
N
 
D
M
 
C
T
 
V
V
 
F
I
 
V
S
 
T
A
 
A
T
|
T
D
|
D
G
 
G
N
|
N
H
|
H
G
 
G
K
 
R
S
 
G
L
 
V
A
 
A
A
 
W
A
 
A
A
 
A
R
 
E
A
 
Q
I
 
L
G
 
G
C
 
L
Y
 
K
C
 
A
V
 
V
I
 
V
V
 
Y
L
 
M
H
 
P
A
 
K
N
 
G
V
 
S
S
 
S
I
 
L
E
 
I
R
 
R
E
 
A
Q
 
E
A
 
N
I
 
I
A
 
R
A
 
H
Y
 
H
G
 
G
A
 
A
K
 
E
I
 
C
V
 
T
R
 
I
I
 
T
D
 
D
G
 
L
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
E
 
D
S
 
A
V
 
V
Q
 
R
H
 
L
A
 
A
A
 
H
Q
 
R
L
 
M
A
 
A
A
 
Q
E
 
T
N
 
K
G
 
G
W
 
W
H
 
V
V
 
L
V
 
L
S
 
Q
D
 
D
T
 
T
S
 
A
Y
 
W
E
 
T
G
 
G
Y
 
Y
E
 
E
T
 
E
I
 
I
P
 
P
R
 
T
D
 
W
V
 
I
M
 
M
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
G
 
M
V
 
T
I
 
L
P
 
A
A
 
V
E
 
E
V
 
A
L
 
Y
A
 
E
Q
 
Q
L
 
L
N
 
A
E
 
E
E
 
T
H
 
N
S
 
S
R
 
-
P
 
P
A
 
L
F
 
P
T
 
T
H
 
H
V
 
L
F
 
I
L
 
L
Q
 
Q
G
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
G
G
 
S
L
 
F
A
 
A
A
 
G
G
 
S
V
 
V
A
 
M
S
 
G
Y
 
Y
L
 
F
W
 
V
E
 
E
H
 
K
Y
 
M
G
 
Q
A
 
E
E
 
N
R
 
I
P
 
P
T
 
N
F
 
I
I
 
I
V
 
V
V
 
V
E
 
E
P
 
P
Q
 
H
Q
 
Q
A
 
A
D
 
N
C
 
C
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
Q
S
 
S
A
 
A
I
 
V
A
 
M
-
 
D
-
 
D
G
 
G
R
 
Q
A
 
P
S
 
H
K
 
C
A
 
V
T
 
T
G
 
A
S
 
-
V
 
-
D
 
-
S
 
T
I
 
I
M
 
M
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
C
 
C
G
 
G
E
 
E
A
 
P
S
 
N
P
 
I
L
 
I
A
 
S
W
 
W
K
 
P
I
 
I
L
 
I
E
 
R
Q
 
D
C
 
N
V
 
T
D
 
S
Y
 
C
F
 
F
M
 
I
T
 
S
I
 
A
D
 
D
D
 
D
E
 
C
D
 
L
A
 
A
V
 
A
A
 
K
A
 
G
M
 
M
-
 
R
C
 
I
S
 
S
L
 
A
A
 
A
K
 
P
G
 
R
S
 
P
D
 
G
R
 
T
D
 
D
A
x
T
P
 
P
L
 
F
V
 
I
V
 
S
G
 
G
E
 
E
S
 
S
G
 
G
A
 
A
A
 
I
G
 
G
Y
 
V
A
 
G
G
 
L
L
 
L
T
 
Y
T
 
E
V
 
L
M
 
M
K
 
N
S
 
N
L
 
H
E
 
Y
L
 
Q
A
 
D
H
 
L
A
 
A
T
 
N
G
 
R
L
 
L
G
 
Q
P
 
L
D
 
D
-
 
A
S
 
A
H
 
H
V
 
V
L
 
L
V
 
L
I
 
I
N
 
S
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
D
T
 
T
A
 
S
P
 
P
S
 
D
V
 
I
Y
 
Y
R
 
E
Q
 
D
L
 
I
V
 
V

5ygrB Crystal structure of plp bound diaminopropionate ammonia lyase from salmonella typhimurium (see paper)
37% identity, 84% coverage: 44:389/412 of query aligns to 35:359/365 of 5ygrB

query
sites
5ygrB
T
 
T
P
 
P
L
 
L
W
 
H
D
 
N
L
 
L
P
 
A
D
 
H
A
 
L
A
 
S
A
 
Q
R
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
A
 
G
Q
 
S
L
 
I
S
 
H
L
 
I
K
 
K
D
 
D
E
 
E
S
 
S
F
 
W
R
 
R
S
 
F
P
 
G
L
 
L
G
 
N
S
 
A
F
 
F
K
|
K
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
G
P
 
S
I
 
Y
A
 
A
L
 
V
M
 
G
R
 
K
L
 
Y
I
 
L
M
 
A
R
 
D
Q
 
K
W
 
L
H
 
Q
A
 
C
H
 
D
G
 
-
I
 
I
D
 
N
P
 
S
K
 
K
A
 
-
L
 
-
V
 
-
T
 
-
G
 
-
Q
 
-
Y
 
-
A
 
-
Q
 
E
M
 
K
L
 
I
S
 
K
N
 
D
M
 
C
T
 
V
V
 
F
I
 
V
S
 
T
A
 
A
T
|
T
D
|
D
G
 
G
N
|
N
H
|
H
G
 
G
K
 
R
S
 
G
L
 
V
A
 
A
A
 
W
A
 
A
A
 
A
R
 
E
A
 
Q
I
 
L
G
 
G
C
 
L
Y
 
K
C
 
A
V
 
V
I
 
V
V
 
Y
L
 
M
H
 
P
A
 
K
N
 
G
V
 
S
S
 
S
I
 
L
E
 
I
R
 
R
E
 
A
Q
 
E
A
 
N
I
 
I
A
 
R
A
 
H
Y
 
H
G
 
G
A
 
A
K
 
E
I
 
C
V
 
T
R
 
I
I
 
T
D
 
D
G
 
L
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
E
 
D
S
 
A
V
 
V
Q
 
R
H
 
L
A
 
A
A
 
H
Q
 
R
L
 
M
A
 
A
A
 
Q
E
 
T
N
 
K
G
 
G
W
 
W
H
 
V
V
 
L
V
 
L
S
 
Q
D
 
D
T
 
T
S
 
A
Y
 
W
E
 
T
G
 
G
Y
 
Y
E
 
E
T
 
E
I
 
I
P
 
P
R
 
T
D
 
W
V
 
I
M
 
M
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
G
 
M
V
 
T
I
 
L
P
 
A
A
 
V
E
 
E
V
 
A
L
 
Y
A
 
E
Q
 
Q
L
 
L
N
 
A
E
 
E
E
 
N
H
 
S
S
 
P
R
 
L
P
 
P
A
 
-
F
 
-
T
 
T
H
 
H
V
 
L
F
 
I
L
 
L
Q
 
Q
G
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
G
G
 
S
L
 
F
A
 
A
A
 
G
G
 
S
V
 
V
A
 
M
S
 
G
Y
 
Y
L
 
F
W
 
V
E
 
E
H
 
K
Y
 
M
G
 
Q
A
 
E
E
 
N
R
 
I
P
 
P
T
 
N
F
 
I
I
 
I
V
 
V
V
 
V
E
 
E
P
 
P
Q
 
H
Q
 
Q
A
 
A
D
 
N
C
 
C
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
Q
S
 
S
A
 
A
I
 
V
A
 
M
G
 
-
R
 
-
A
 
-
S
 
-
K
 
-
A
 
-
T
 
-
G
 
-
S
 
-
V
 
-
D
 
-
S
 
-
I
 
I
M
 
M
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
C
 
C
G
 
G
E
 
E
A
 
P
S
 
N
P
 
I
L
 
I
A
 
S
W
 
W
K
 
P
I
 
I
L
 
I
E
 
R
Q
 
D
C
 
N
V
 
T
D
 
S
Y
 
C
F
 
F
M
 
I
T
 
S
I
 
A
D
 
D
D
 
D
E
 
C
D
 
L
A
 
A
V
 
A
A
 
K
A
 
G
M
 
M
-
 
R
C
 
I
S
 
S
L
 
A
A
 
A
K
 
P
G
 
R
S
 
P
D
 
G
R
 
T
D
 
D
A
 
T
P
 
P
L
 
F
V
 
I
V
 
S
G
 
G
E
 
E
S
 
S
G
 
G
A
 
A
A
 
I
G
 
G
Y
 
V
A
 
G
G
 
L
L
 
L
T
 
Y
T
 
E
V
 
L
M
 
M
K
 
N
S
 
N
L
 
M
E
 
H
L
 
Y
A
 
Q
H
 
D
A
 
L
T
 
A
G
 
R
L
 
L
G
 
Q
P
 
L
D
 
D
-
 
A
S
 
A
H
 
H
V
 
V
L
 
L
V
 
L
I
 
I
N
 
S
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
D
T
 
T
A
 
S
P
 
P
S
 
D
V
 
I
Y
 
Y
R
 
E
Q
 
D
L
 
I
V
 
V

4d9kA Crystal structure of escherichia coli diaminopropionate ammonia lyase in apo form (see paper)
35% identity, 86% coverage: 44:396/412 of query aligns to 45:364/366 of 4d9kA

query
sites
4d9kA
T
 
T
P
 
P
L
 
L
W
 
C
D
 
A
L
 
L
P
 
D
D
 
D
A
 
L
A
 
A
A
 
N
R
 
L
L
 
F
G
 
G
V
 
V
A
 
K
Q
 
K
L
 
I
S
 
L
L
 
V
K
 
K
D
 
D
E
 
E
S
 
S
F
 
K
R
 
R
S
 
F
P
 
G
L
 
L
G
 
N
S
 
A
F
 
F
K
|
K
A
 
M
L
 
L
G
 
G
A
 
G
P
 
A
I
 
Y
A
 
A
L
 
I
M
 
A
R
 
Q
L
 
L
I
 
L
M
 
C
R
 
E
Q
 
K
W
 
Y
H
 
H
A
 
-
H
 
-
G
 
-
I
 
L
D
 
D
P
 
I
K
 
E
A
 
T
L
 
L
V
 
S
T
 
F
G
 
E
Q
 
H
Y
 
L
A
 
K
Q
 
N
M
 
A
L
 
G
S
 
E
N
 
K
M
 
M
T
 
T
V
 
F
I
 
A
S
 
T
A
 
T
T
 
T
D
 
D
G
 
G
N
 
N
H
 
H
G
 
G
K
 
R
S
 
G
L
 
V
A
 
A
A
 
W
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
Q
I
 
L
G
 
G
C
 
Q
Y
 
N
C
 
A
V
 
V
I
 
I
V
 
Y
L
 
M
H
 
P
A
 
K
N
 
G
V
 
S
S
 
A
I
 
Q
E
 
E
R
 
R
E
 
V
Q
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
L
A
 
N
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
E
I
 
C
V
 
I
R
 
V
I
 
T
D
 
D
G
 
M
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
E
 
D
S
 
T
V
 
V
Q
 
R
H
 
L
A
 
T
A
 
M
Q
 
Q
L
 
H
A
 
A
A
 
Q
E
 
Q
N
 
H
G
 
G
W
 
W
H
 
E
V
 
V
V
 
V
S
 
Q
D
 
D
T
 
T
S
 
A
Y
 
W
E
 
E
G
 
G
Y
 
Y
E
 
T
T
 
K
I
 
I
P
 
P
R
 
T
D
 
W
V
 
I
M
 
M
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
G
 
A
V
 
T
I
 
L
P
 
A
A
 
D
E
 
E
V
 
A
L
 
V
A
 
E
Q
 
Q
L
 
M
N
 
R
E
 
E
E
 
M
H
 
G
S
 
V
R
 
T
P
 
P
A
 
-
F
 
-
T
 
T
H
 
H
V
 
V
F
 
L
L
 
L
Q
 
Q
G
x
A
G
|
G
V
|
V
G
 
G
G
x
A
L
x
M
A
 
A
A
 
G
G
 
G
V
 
V
A
 
L
S
 
G
Y
 
Y
L
 
L
W
 
V
E
 
D
H
 
V
Y
 
Y
G
 
S
A
 
P
E
 
Q
R
 
N
P
 
L
T
 
H
F
 
S
I
 
I
V
 
I
V
 
V
E
 
E
P
 
P
Q
 
D
Q
 
K
A
 
P
D
 
N
C
 
-
L
 
-
Y
 
-
Q
 
-
S
 
-
A
 
-
I
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
A
 
-
S
 
-
K
 
-
A
 
-
T
 
-
G
 
-
S
 
-
V
 
-
D
 
-
S
 
-
I
 
-
M
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
A
 
-
C
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
-
S
 
-
P
 
P
L
 
L
A
 
G
W
 
W
K
 
E
I
 
I
L
 
L
E
 
R
Q
 
N
C
 
C
V
 
A
D
 
T
Y
 
Q
F
 
F
M
 
I
T
 
S
I
 
C
D
 
Q
D
 
D
E
 
S
D
 
V
A
 
A
V
 
A
A
 
L
A
 
G
M
 
M
C
 
R
S
 
V
L
 
L
A
 
G
K
 
N
G
 
P
S
 
Y
D
 
G
R
 
N
D
 
D
A
 
P
P
 
R
L
 
I
V
 
I
V
 
S
G
 
G
E
 
E
S
 
S
G
 
G
A
 
A
A
 
V
G
 
G
Y
 
L
A
 
G
G
 
V
L
 
L
T
 
A
T
 
A
V
 
V
M
 
H
-
 
Y
-
 
H
-
 
P
K
 
Q
S
 
R
L
 
Q
E
 
S
L
 
L
A
 
M
H
 
E
A
 
K
T
 
L
G
 
A
L
 
L
G
 
N
P
 
K
D
 
D
S
 
A
H
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
N
 
S
T
|
T
E
 
E
G
 
G
A
 
D
T
 
T
A
 
D
P
 
V
S
 
K
V
 
H
Y
 
Y
R
 
R
Q
 
E
L
 
V
V
 
V
G
 
W
E
 
E
S
 
G
A
 
K
E
 
H
A
 
A
V
 
V

8y1jA Structure of the pyridoxal 5'-phosphate-dependent (plp) threonine deaminase ilva1 from pseudomonas aeruginosa pao1 (see paper)
29% identity, 86% coverage: 43:398/412 of query aligns to 19:331/502 of 8y1jA

query
sites
8y1jA
D
 
E
T
 
T
P
 
P
L
 
L
W
 
Q
D
 
P
L
 
A
P
 
R
D
 
Q
A
 
L
A
 
S
A
 
E
R
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
-
A
 
N
Q
 
Q
L
 
V
S
 
L
L
 
L
K
 
K
D
 
R
E
 
E
S
 
D
F
 
L
R
 
Q
S
 
-
P
 
P
L
 
V
G
 
F
S
 
S
F
 
F
K
|
K
A
 
I
L
 
R
G
 
G
A
 
A
P
 
Y
I
 
N
A
 
K
L
 
V
M
 
A
R
 
Q
L
 
L
I
 
-
M
 
T
R
 
E
Q
 
E
W
 
E
H
 
K
A
 
A
H
 
R
G
 
G
I
 
-
D
 
-
P
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
-
V
 
-
T
 
-
G
 
-
Q
 
-
Y
 
-
A
 
-
Q
 
-
M
 
-
L
 
-
S
 
-
N
 
-
M
 
-
T
 
-
V
 
V
I
 
I
S
 
A
A
 
A
T
x
S
D
 
A
G
 
G
N
 
N
H
|
H
G
 
A
K
 
Q
S
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
R
I
 
Q
G
 
G
C
 
I
Y
 
R
C
 
A
V
 
V
I
 
I
V
 
V
L
 
M
H
 
P
A
 
K
N
 
T
V
 
T
S
 
P
I
 
E
E
 
I
R
 
K
E
 
V
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
A
 
R
A
 
A
Y
 
H
G
 
G
A
 
A
K
 
K
I
 
A
V
 
V
R
 
L
I
 
H
D
 
G
G
 
D
N
 
A
Y
 
F
D
 
P
E
 
E
S
 
A
V
 
L
Q
 
A
H
 
H
A
 
A
A
 
L
Q
 
K
L
 
L
A
 
V
A
 
D
E
 
E
N
 
K
G
 
G
W
 
Y
H
 
T
V
 
F
V
 
V
S
 
H
D
 
-
T
 
-
S
 
P
Y
 
Y
E
 
D
G
 
D
Y
 
P
E
 
D
T
 
T
I
 
I
P
 
-
R
 
-
D
 
-
V
 
-
M
 
-
Q
 
A
G
 
G
Y
 
Q
G
 
G
V
 
T
I
 
V
P
 
A
A
 
M
E
 
E
V
 
I
L
 
L
A
 
R
Q
 
Q
L
 
-
N
 
-
E
 
-
E
 
-
H
 
-
S
 
-
R
 
Q
P
 
P
A
 
G
-
 
R
F
 
L
T
 
D
H
 
A
V
 
I
F
 
F
L
 
V
Q
 
P
G
 
V
G
 
G
V
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
L
A
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
S
 
A
Y
 
Y
L
 
V
W
 
-
E
 
-
H
 
K
Y
 
Y
G
 
L
A
 
R
E
 
P
R
 
E
P
 
I
T
 
K
F
 
V
I
 
I
V
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
P
Q
 
D
Q
 
E
A
 
S
D
 
N
C
 
C
L
 
L
Y
 
-
Q
 
Q
S
 
A
A
 
A
I
 
M
A
 
A
G
 
A
R
 
G
A
 
E
S
 
R
K
 
V
A
 
V
T
 
L
G
 
G
S
 
Q
V
 
V
D
 
G
S
 
L
I
 
F
M
 
A
A
 
D
G
 
G
L
 
V
A
 
A
C
 
V
G
 
A
E
 
Q
A
 
I
S
 
G
P
 
Q
L
 
H
A
 
T
W
 
F
K
 
D
I
 
I
L
 
C
E
 
K
Q
 
D
C
 
H
V
 
V
D
 
D
Y
 
E
F
 
V
M
 
I
T
 
T
I
 
V
D
 
S
D
 
T
E
 
D
D
 
E
A
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
M
 
I
C
 
C
S
 
A
L
 
A
A
 
I
K
 
K
G
 
D
S
 
I
D
 
Y
R
 
D
D
 
D
A
 
T
P
 
R
L
 
S
V
 
I
V
 
T
G
 
E
E
 
P
S
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
L
G
 
A
Y
 
V
A
 
A
G
 
G
L
 
-
T
 
-
T
 
-
V
 
I
M
 
K
K
 
K
S
 
Y
L
 
V
E
 
E
L
 
R
A
 
E
H
 
R
A
 
A
T
 
E
G
 
G
L
 
-
G
 
-
P
 
-
D
 
-
S
 
-
H
 
Q
V
 
T
L
 
L
V
 
V
I
 
A
N
 
I
T
 
D
E
 
S
G
 
G
A
 
A
T
 
N
A
 
V
P
 
N
-
 
F
-
 
D
-
 
R
-
 
L
-
 
R
-
 
H
S
 
V
V
 
A
Y
 
E
R
 
R
Q
 
A
L
 
E
V
 
L
G
 
G
E
 
E
S
 
R
A
 
R
E
 
E
A
 
A
V
 
I
I
 
I
A
 
A

Sites not aligning to the query:

3l6bA X-ray crystal structure of human serine racemase in complex with malonate a potent inhibitor (see paper)
28% identity, 63% coverage: 60:319/412 of query aligns to 39:259/322 of 3l6bA

query
sites
3l6bA
Q
 
N
L
 
L
S
 
F
L
 
F
K
 
K
D
 
C
E
 
E
S
 
L
F
 
F
R
 
Q
S
 
K
P
 
-
L
 
T
G
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
A
 
I
L
 
R
G
 
G
A
 
A
P
 
L
I
 
N
A
 
A
L
 
V
M
 
R
R
 
S
L
 
L
I
 
V
M
 
R
R
 
K
Q
 
-
W
 
-
H
 
-
A
 
-
H
 
-
G
 
-
I
 
-
D
 
-
P
 
P
K
 
K
A
 
A
L
 
V
V
 
V
T
 
T
G
 
-
Q
 
-
Y
 
-
A
 
-
Q
 
-
M
 
-
L
 
-
S
 
-
N
 
-
M
 
-
T
 
-
V
 
-
I
 
-
S
 
-
A
 
H
T
x
S
D
x
S
G
 
G
N
|
N
H
|
H
G
 
G
K
 
Q
S
 
A
L
 
L
A
 
T
A
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
L
I
 
E
G
 
G
C
 
I
Y
 
P
C
 
A
V
 
Y
I
 
I
V
 
V
L
 
V
H
 
P
A
 
Q
N
 
T
V
 
A
S
 
P
I
 
D
E
 
C
R
 
K
E
 
K
Q
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
K
 
S
I
 
I
V
 
V
R
 
Y
I
 
C
D
 
E
G
 
P
N
 
S
Y
 
-
D
 
D
E
 
E
S
 
S
V
x
R
Q
 
E
H
 
N
A
 
V
A
 
A
Q
 
K
L
 
R
A
 
V
A
 
T
E
 
E
N
 
E
G
 
T
W
 
E
H
 
G
V
 
I
V
 
M
S
 
V
D
 
H
T
 
P
S
 
N
Y
 
Q
E
 
E
G
 
P
Y
 
A
E
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
R
 
-
D
 
-
V
 
V
M
 
I
Q
 
A
G
 
G
Y
 
Q
G
 
G
V
 
T
I
 
I
P
 
A
A
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
A
 
N
Q
 
Q
L
 
V
N
 
-
E
 
-
E
 
-
H
 
-
S
 
-
R
 
-
P
 
P
A
 
L
F
 
V
T
 
D
H
 
A
V
 
L
F
 
V
L
 
V
Q
 
P
G
 
V
G
|
G
V
x
G
G
|
G
G
|
G
L
x
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
S
 
I
Y
 
T
L
 
V
W
 
-
E
 
-
H
 
-
Y
 
-
G
 
K
A
 
A
E
 
L
R
 
K
P
 
P
T
 
S
F
 
V
I
 
K
V
 
V
-
 
Y
-
 
A
V
 
A
E
|
E
P
 
P
Q
 
S
Q
 
N
A
|
A
D
 
D
C
x
D
L
 
C
Y
 
Y
Q
 
Q
S
 
S
A
 
K
I
 
L
A
 
K
G
 
G
R
 
K
A
 
L
S
 
M
K
 
P
A
 
N
T
 
L
G
 
Y
S
 
P
V
 
P
D
 
E
S
 
T
I
 
I
M
 
A
A
 
D
G
|
G
L
x
V
A
 
K
C
 
-
G
 
S
E
 
S
A
 
I
S
 
G
P
 
L
L
 
N
A
 
T
W
 
W
K
 
P
I
 
I
L
 
I
E
 
R
Q
 
D
C
 
L
V
 
V
D
 
D
Y
 
D
F
 
I
M
 
F
T
 
T
I
 
V
D
 
T
D
 
E
E
 
D
D
 
E

Sites not aligning to the query:

7nbgDDD structure of human serine racemase in complex with DSiP fragment Z52314092, XChem fragment screen (see paper)
28% identity, 63% coverage: 60:319/412 of query aligns to 38:258/310 of 7nbgDDD

query
sites
7nbgDDD
Q
 
N
L
 
L
S
 
F
L
 
F
K
 
K
D
 
C
E
 
E
S
 
L
F
 
F
R
 
Q
S
 
K
P
 
-
L
 
T
G
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
A
 
I
L
 
R
G
 
G
A
 
A
P
 
L
I
 
N
A
 
A
L
 
V
M
 
R
R
 
S
L
 
L
I
 
V
M
 
R
R
 
K
Q
 
-
W
 
-
H
 
-
A
 
-
H
 
-
G
 
-
I
 
-
D
 
-
P
 
P
K
 
K
A
 
A
L
 
V
V
 
V
T
 
T
G
 
-
Q
 
-
Y
 
-
A
 
-
Q
 
-
M
 
-
L
 
-
S
 
-
N
 
-
M
 
-
T
 
-
V
 
-
I
 
-
S
 
-
A
 
H
T
 
S
D
x
S
G
 
G
N
|
N
H
 
H
G
 
G
K
x
Q
S
 
A
L
 
L
A
 
T
A
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
L
I
 
E
G
 
G
C
 
I
Y
 
P
C
 
A
V
 
Y
I
|
I
V
 
V
L
 
V
H
 
P
A
 
Q
N
 
T
V
 
A
S
 
P
I
 
D
E
 
C
R
 
K
E
 
K
Q
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
A
 
A
K
 
S
I
 
I
V
 
V
R
 
Y
I
 
C
D
 
E
G
 
P
N
 
S
Y
 
-
D
 
D
E
 
E
S
 
S
V
 
R
Q
 
E
H
 
N
A
 
V
A
 
A
Q
 
K
L
 
R
A
 
V
A
 
T
E
 
E
N
 
E
G
 
T
W
 
E
H
 
G
V
 
I
V
 
M
S
 
V
D
 
H
T
 
P
S
 
N
Y
 
Q
E
 
E
G
 
P
Y
 
A
E
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
R
 
-
D
 
-
V
 
V
M
 
I
Q
 
A
G
 
G
Y
 
Q
G
 
G
V
 
T
I
 
I
P
 
A
A
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
A
 
N
Q
 
Q
L
 
V
N
 
-
E
 
-
E
 
-
H
 
-
S
 
-
R
 
-
P
 
P
A
 
L
F
 
V
T
 
D
H
 
A
V
 
L
F
 
V
L
 
V
Q
 
P
G
 
V
G
|
G
V
x
G
G
|
G
G
|
G
L
x
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
S
 
I
Y
 
T
L
 
V
W
 
-
E
 
-
H
 
-
Y
 
-
G
 
K
A
 
A
E
 
L
R
 
K
P
 
P
T
 
S
F
 
V
I
 
K
V
 
V
-
 
Y
-
 
A
V
 
A
E
|
E
P
 
P
Q
 
S
Q
 
N
A
|
A
D
 
D
C
x
D
L
 
C
Y
 
Y
Q
 
Q
S
 
S
A
 
K
I
 
L
A
 
K
G
 
G
R
 
K
A
 
L
S
 
M
K
 
P
A
 
N
T
 
L
G
 
Y
S
 
P
V
 
P
D
 
E
S
 
T
I
 
I
M
 
A
A
 
D
G
|
G
L
x
V
A
 
K
C
 
-
G
 
S
E
 
S
A
 
I
S
 
G
P
 
L
L
x
N
A
 
T
W
 
W
K
 
P
I
 
I
L
 
I
E
 
R
Q
 
D
C
 
L
V
 
V
D
 
D
Y
 
D
F
 
I
M
 
F
T
 
T
I
 
V
D
 
T
D
 
E
E
 
D
D
 
E

Sites not aligning to the query:

7nbhAAA structure of human serine racemase in complex with DSiP fragment Z26781964, XChem fragment screen (see paper)
28% identity, 63% coverage: 60:319/412 of query aligns to 38:263/320 of 7nbhAAA

query
sites
7nbhAAA
Q
 
N
L
 
L
S
 
F
L
 
F
K
 
K
D
 
C
E
 
E
S
 
L
F
 
F
R
 
Q
S
 
K
P
 
-
L
 
T
G
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
A
 
I
L
 
R
G
 
G
A
 
A
P
 
L
I
 
N
A
 
A
L
 
V
M
 
R
R
 
S
L
 
L
I
 
V
M
 
P
R
 
D
Q
 
A
W
 
L
H
 
E
A
 
R
H
 
K
G
 
-
I
 
-
D
 
-
P
 
P
K
 
K
A
 
A
L
 
V
V
 
V
T
 
T
G
 
-
Q
 
-
Y
 
-
A
 
-
Q
 
-
M
 
-
L
 
-
S
 
-
N
 
-
M
 
-
T
 
-
V
 
-
I
 
-
S
 
-
A
 
H
T
 
S
D
x
S
G
 
G
N
 
N
H
 
H
G
|
G
K
x
Q
S
 
A
L
 
L
A
 
T
A
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
L
I
 
E
G
 
G
C
 
I
Y
 
P
C
 
A
V
 
Y
I
 
I
V
 
V
L
 
V
H
 
P
A
 
Q
N
 
T
V
 
A
S
 
P
I
 
D
E
 
C
R
x
K
E
 
K
Q
 
L
A
 
A
I
|
I
A
 
Q
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
A
 
A
K
 
S
I
 
I
V
 
V
R
 
Y
I
 
C
D
 
E
G
 
P
N
 
S
Y
 
-
D
 
D
E
 
E
S
 
S
V
 
R
Q
 
E
H
 
N
A
 
V
A
 
A
Q
 
K
L
 
R
A
 
V
A
 
T
E
 
E
N
 
E
G
 
T
W
 
E
H
 
G
V
 
I
V
 
M
S
 
V
D
 
H
T
 
P
S
 
N
Y
 
Q
E
 
E
G
 
P
Y
 
A
E
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
R
 
-
D
 
-
V
 
V
M
 
I
Q
 
A
G
 
G
Y
 
Q
G
 
G
V
 
T
I
 
I
P
 
A
A
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
A
 
N
Q
 
Q
L
 
V
N
 
-
E
 
-
E
 
-
H
 
-
S
 
-
R
 
-
P
 
P
A
 
L
F
 
V
T
 
D
H
 
A
V
 
L
F
 
V
L
 
V
Q
 
P
G
 
V
G
 
G
V
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
S
 
I
Y
 
T
L
 
V
W
 
-
E
 
-
H
 
-
Y
 
-
G
 
K
A
 
A
E
 
L
R
 
K
P
 
P
T
 
S
F
 
V
I
 
K
V
 
V
-
 
Y
-
 
A
V
 
A
E
|
E
P
 
P
Q
 
S
Q
 
N
A
|
A
D
 
D
C
x
D
L
 
C
Y
 
Y
Q
 
Q
S
 
S
A
 
K
I
 
L
A
 
K
G
 
G
R
 
K
A
 
L
S
 
M
K
 
P
A
 
N
T
 
L
G
 
Y
S
 
P
V
 
P
D
 
E
S
 
T
I
 
I
M
 
A
A
x
D
G
|
G
L
 
V
A
 
K
C
 
-
G
 
S
E
 
S
A
 
I
S
 
G
P
 
L
L
 
N
A
 
T
W
 
W
K
 
P
I
 
I
L
 
I
E
 
R
Q
 
D
C
 
L
V
 
V
D
 
D
Y
 
D
F
 
I
M
 
F
T
 
T
I
 
V
D
 
T
D
 
E
E
 
D
D
 
E

Sites not aligning to the query:

7nbgAAA structure of human serine racemase in complex with DSiP fragment Z52314092, XChem fragment screen (see paper)
28% identity, 63% coverage: 60:319/412 of query aligns to 38:263/322 of 7nbgAAA

query
sites
7nbgAAA
Q
 
N
L
 
L
S
 
F
L
 
F
K
 
K
D
 
C
E
 
E
S
 
L
F
 
F
R
 
Q
S
 
K
P
 
-
L
 
T
G
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
A
 
I
L
 
R
G
 
G
A
 
A
P
 
L
I
 
N
A
 
A
L
 
V
M
 
R
R
 
S
L
 
L
I
 
V
M
 
P
R
 
D
Q
 
A
W
 
L
H
 
E
A
 
R
H
 
K
G
 
-
I
 
-
D
 
-
P
 
P
K
 
K
A
 
A
L
 
V
V
 
V
T
 
T
G
 
-
Q
 
-
Y
 
-
A
 
-
Q
 
-
M
 
-
L
 
-
S
 
-
N
 
-
M
 
-
T
 
-
V
 
-
I
 
-
S
 
-
A
 
H
T
 
S
D
x
S
G
 
G
N
|
N
H
 
H
G
|
G
K
x
Q
S
 
A
L
 
L
A
 
T
A
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
L
I
 
E
G
 
G
C
 
I
Y
 
P
C
 
A
V
 
Y
I
|
I
V
 
V
L
 
V
H
 
P
A
 
Q
N
 
T
V
 
A
S
 
P
I
 
D
E
 
C
R
x
K
E
 
K
Q
 
L
A
 
A
I
|
I
A
 
Q
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
A
 
A
K
 
S
I
 
I
V
 
V
R
 
Y
I
 
C
D
 
E
G
 
P
N
 
S
Y
 
-
D
 
D
E
 
E
S
 
S
V
 
R
Q
 
E
H
 
N
A
 
V
A
 
A
Q
 
K
L
 
R
A
 
V
A
 
T
E
 
E
N
 
E
G
 
T
W
 
E
H
 
G
V
 
I
V
 
M
S
 
V
D
 
H
T
 
P
S
 
N
Y
 
Q
E
 
E
G
 
P
Y
 
A
E
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
R
 
-
D
 
-
V
 
V
M
 
I
Q
 
A
G
 
G
Y
 
Q
G
 
G
V
 
T
I
 
I
P
 
A
A
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
A
 
N
Q
 
Q
L
 
V
N
 
-
E
 
-
E
 
-
H
 
-
S
 
-
R
 
-
P
 
P
A
 
L
F
 
V
T
 
D
H
 
A
V
 
L
F
 
V
L
 
V
Q
 
P
G
 
V
G
|
G
V
x
G
G
|
G
G
|
G
L
x
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
S
 
I
Y
 
T
L
 
V
W
 
-
E
 
-
H
 
-
Y
 
-
G
 
K
A
 
A
E
 
L
R
 
K
P
 
P
T
 
S
F
 
V
I
 
K
V
 
V
-
 
Y
-
 
A
V
 
A
E
|
E
P
 
P
Q
 
S
Q
 
N
A
|
A
D
 
D
C
x
D
L
 
C
Y
 
Y
Q
 
Q
S
 
S
A
 
K
I
 
L
A
 
K
G
 
G
R
 
K
A
 
L
S
 
M
K
 
P
A
 
N
T
 
L
G
 
Y
S
 
P
V
 
P
D
 
E
S
 
T
I
 
I
M
 
A
A
 
D
G
|
G
L
x
V
A
 
K
C
 
-
G
 
S
E
 
S
A
 
I
S
 
G
P
 
L
L
 
N
A
 
T
W
 
W
K
 
P
I
 
I
L
 
I
E
 
R
Q
 
D
C
 
L
V
 
V
D
 
D
Y
 
D
F
 
I
M
 
F
T
 
T
I
 
V
D
 
T
D
 
E
E
 
D
D
 
E

Sites not aligning to the query:

7nbfAAA structure of human serine racemase in complex with DSiP fragment Z126932614, XChem fragment screen (see paper)
28% identity, 63% coverage: 60:319/412 of query aligns to 38:263/323 of 7nbfAAA

query
sites
7nbfAAA
Q
 
N
L
 
L
S
 
F
L
 
F
K
 
K
D
 
C
E
 
E
S
 
L
F
|
F
R
 
Q
S
 
K
P
 
-
L
 
T
G
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
A
 
I
L
 
R
G
 
G
A
 
A
P
 
L
I
 
N
A
 
A
L
 
V
M
 
R
R
 
S
L
 
L
I
 
V
M
 
P
R
 
D
Q
 
A
W
 
L
H
 
E
A
 
R
H
 
K
G
 
-
I
 
-
D
 
-
P
 
P
K
 
K
A
 
A
L
 
V
V
 
V
T
 
T
G
 
-
Q
 
-
Y
 
-
A
 
-
Q
 
-
M
 
-
L
 
-
S
 
-
N
 
-
M
 
-
T
 
-
V
 
-
I
 
-
S
 
-
A
 
H
T
 
S
D
x
S
G
 
G
N
|
N
H
 
H
G
 
G
K
 
Q
S
 
A
L
 
L
A
 
T
A
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
L
I
 
E
G
 
G
C
 
I
Y
 
P
C
 
A
V
 
Y
I
 
I
V
 
V
L
 
V
H
 
P
A
 
Q
N
 
T
V
 
A
S
 
P
I
 
D
E
 
C
R
 
K
E
 
K
Q
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
K
 
S
I
 
I
V
 
V
R
 
Y
I
 
C
D
 
E
G
 
P
N
 
S
Y
 
-
D
 
D
E
 
E
S
 
S
V
 
R
Q
 
E
H
 
N
A
 
V
A
 
A
Q
 
K
L
 
R
A
 
V
A
 
T
E
 
E
N
 
E
G
 
T
W
 
E
H
 
G
V
 
I
V
 
M
S
 
V
D
 
H
T
 
P
S
 
N
Y
 
Q
E
 
E
G
 
P
Y
 
A
E
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
R
 
-
D
 
-
V
 
V
M
 
I
Q
 
A
G
 
G
Y
 
Q
G
 
G
V
 
T
I
 
I
P
 
A
A
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
A
 
N
Q
 
Q
L
 
V
N
 
-
E
 
-
E
 
-
H
 
-
S
 
-
R
 
-
P
 
P
A
 
L
F
 
V
T
 
D
H
 
A
V
 
L
F
 
V
L
 
V
Q
 
P
G
 
V
G
|
G
V
x
G
G
|
G
G
|
G
L
x
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
S
 
I
Y
 
T
L
 
V
W
 
-
E
 
-
H
 
-
Y
 
-
G
 
K
A
 
A
E
 
L
R
 
K
P
 
P
T
 
S
F
 
V
I
 
K
V
 
V
-
 
Y
-
 
A
V
 
A
E
|
E
P
 
P
Q
 
S
Q
 
N
A
|
A
D
 
D
C
x
D
L
 
C
Y
 
Y
Q
 
Q
S
 
S
A
 
K
I
 
L
A
 
K
G
 
G
R
 
K
A
 
L
S
 
M
K
 
P
A
 
N
T
 
L
G
 
Y
S
 
P
V
 
P
D
 
E
S
 
T
I
 
I
M
 
A
A
 
D
G
|
G
L
x
V
A
 
K
C
 
-
G
 
S
E
 
S
A
 
I
S
 
G
P
 
L
L
x
N
A
 
T
W
 
W
K
 
P
I
 
I
L
 
I
E
 
R
Q
 
D
C
 
L
V
 
V
D
 
D
Y
 
D
F
 
I
M
 
F
T
 
T
I
 
V
D
 
T
D
 
E
E
 
D
D
 
E

Sites not aligning to the query:

7nbdAAA structure of human serine racemase in complex with DSiP fragment Z235449082, XChem fragment screen (see paper)
28% identity, 63% coverage: 60:319/412 of query aligns to 38:263/323 of 7nbdAAA

query
sites
7nbdAAA
Q
 
N
L
 
L
S
 
F
L
 
F
K
 
K
D
 
C
E
 
E
S
 
L
F
 
F
R
 
Q
S
 
K
P
 
-
L
 
T
G
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
A
 
I
L
 
R
G
 
G
A
 
A
P
 
L
I
 
N
A
 
A
L
 
V
M
 
R
R
 
S
L
 
L
I
 
V
M
 
P
R
 
D
Q
 
A
W
 
L
H
 
E
A
 
R
H
 
K
G
 
-
I
 
-
D
 
-
P
 
P
K
 
K
A
 
A
L
 
V
V
 
V
T
 
T
G
 
-
Q
 
-
Y
 
-
A
 
-
Q
 
-
M
 
-
L
 
-
S
 
-
N
 
-
M
 
-
T
 
-
V
 
-
I
 
-
S
 
-
A
 
H
T
 
S
D
x
S
G
 
G
N
|
N
H
 
H
G
 
G
K
 
Q
S
 
A
L
 
L
A
 
T
A
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
L
I
 
E
G
 
G
C
 
I
Y
 
P
C
 
A
V
 
Y
I
 
I
V
 
V
L
 
V
H
 
P
A
 
Q
N
 
T
V
 
A
S
 
P
I
 
D
E
 
C
R
 
K
E
 
K
Q
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
K
 
S
I
 
I
V
 
V
R
 
Y
I
 
C
D
 
E
G
 
P
N
 
S
Y
 
-
D
 
D
E
 
E
S
 
S
V
 
R
Q
 
E
H
 
N
A
 
V
A
 
A
Q
 
K
L
 
R
A
 
V
A
 
T
E
 
E
N
 
E
G
 
T
W
 
E
H
 
G
V
 
I
V
 
M
S
 
V
D
 
H
T
 
P
S
 
N
Y
 
Q
E
 
E
G
 
P
Y
 
A
E
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
R
 
-
D
 
-
V
 
V
M
 
I
Q
 
A
G
 
G
Y
 
Q
G
 
G
V
 
T
I
 
I
P
 
A
A
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
A
 
N
Q
 
Q
L
 
V
N
 
-
E
 
-
E
 
-
H
 
-
S
 
-
R
 
-
P
 
P
A
 
L
F
 
V
T
 
D
H
 
A
V
 
L
F
 
V
L
 
V
Q
 
P
G
 
V
G
|
G
V
x
G
G
|
G
G
|
G
L
x
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
S
 
I
Y
 
T
L
 
V
W
 
-
E
 
-
H
 
-
Y
 
-
G
 
K
A
 
A
E
 
L
R
 
K
P
 
P
T
 
S
F
 
V
I
 
K
V
 
V
-
 
Y
-
 
A
V
 
A
E
|
E
P
 
P
Q
 
S
Q
 
N
A
|
A
D
 
D
C
x
D
L
 
C
Y
 
Y
Q
 
Q
S
 
S
A
 
K
I
 
L
A
 
K
G
 
G
R
 
K
A
 
L
S
 
M
K
 
P
A
 
N
T
 
L
G
 
Y
S
 
P
V
 
P
D
 
E
S
 
T
I
 
I
M
 
A
A
 
D
G
|
G
L
x
V
A
 
K
C
 
-
G
 
S
E
 
S
A
 
I
S
 
G
P
 
L
L
x
N
A
 
T
W
 
W
K
 
P
I
 
I
L
 
I
E
 
R
Q
 
D
C
 
L
V
 
V
D
 
D
Y
 
D
F
 
I
M
 
F
T
 
T
I
 
V
D
 
T
D
 
E
E
 
D
D
 
E

Sites not aligning to the query:

7nbcCCC structure of human serine racemase in complex with DSiP fragment Z2856434779, XChem fragment screen (see paper)
28% identity, 63% coverage: 60:319/412 of query aligns to 38:263/323 of 7nbcCCC

query
sites
7nbcCCC
Q
 
N
L
 
L
S
 
F
L
 
F
K
 
K
D
 
C
E
 
E
S
 
L
F
 
F
R
 
Q
S
 
K
P
 
-
L
 
T
G
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
A
 
I
L
 
R
G
 
G
A
 
A
P
 
L
I
 
N
A
 
A
L
 
V
M
 
R
R
 
S
L
 
L
I
 
V
M
 
P
R
 
D
Q
 
A
W
 
L
H
 
E
A
 
R
H
 
K
G
 
-
I
 
-
D
 
-
P
 
P
K
 
K
A
 
A
L
 
V
V
 
V
T
|
T
G
 
-
Q
 
-
Y
 
-
A
 
-
Q
 
-
M
 
-
L
 
-
S
 
-
N
 
-
M
 
-
T
 
-
V
 
-
I
 
-
S
 
-
A
x
H
T
 
S
D
x
S
G
 
G
N
|
N
H
|
H
G
 
G
K
 
Q
S
 
A
L
 
L
A
 
T
A
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
L
I
 
E
G
 
G
C
 
I
Y
 
P
C
 
A
V
 
Y
I
 
I
V
 
V
L
 
V
H
 
P
A
 
Q
N
 
T
V
 
A
S
 
P
I
 
D
E
 
C
R
 
K
E
 
K
Q
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
K
 
S
I
 
I
V
 
V
R
 
Y
I
 
C
D
 
E
G
 
P
N
 
S
Y
 
-
D
 
D
E
 
E
S
 
S
V
 
R
Q
 
E
H
 
N
A
 
V
A
 
A
Q
 
K
L
 
R
A
 
V
A
 
T
E
 
E
N
 
E
G
 
T
W
 
E
H
 
G
V
 
I
V
 
M
S
x
V
D
x
H
T
x
P
S
 
N
Y
 
Q
E
 
E
G
 
P
Y
 
A
E
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
R
 
-
D
 
-
V
 
V
M
 
I
Q
 
A
G
 
G
Y
 
Q
G
 
G
V
 
T
I
 
I
P
 
A
A
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
A
 
N
Q
 
Q
L
 
V
N
 
-
E
 
-
E
 
-
H
 
-
S
 
-
R
 
-
P
 
P
A
 
L
F
 
V
T
 
D
H
 
A
V
 
L
F
 
V
L
 
V
Q
 
P
G
 
V
G
|
G
V
x
G
G
|
G
G
|
G
L
x
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
S
 
I
Y
 
T
L
 
V
W
 
-
E
 
-
H
 
-
Y
 
-
G
 
K
A
 
A
E
 
L
R
 
K
P
 
P
T
 
S
F
 
V
I
 
K
V
 
V
-
 
Y
-
 
A
V
 
A
E
|
E
P
 
P
Q
 
S
Q
 
N
A
|
A
D
 
D
C
x
D
L
 
C
Y
 
Y
Q
 
Q
S
 
S
A
 
K
I
 
L
A
 
K
G
 
G
R
 
K
A
 
L
S
 
M
K
 
P
A
 
N
T
 
L
G
 
Y
S
 
P
V
 
P
D
 
E
S
 
T
I
 
I
M
 
A
A
 
D
G
|
G
L
x
V
A
 
K
C
 
-
G
 
S
E
 
S
A
 
I
S
 
G
P
 
L
L
 
N
A
 
T
W
 
W
K
 
P
I
 
I
L
 
I
E
 
R
Q
 
D
C
 
L
V
 
V
D
 
D
Y
 
D
F
 
I
M
 
F
T
 
T
I
 
V
D
 
T
D
 
E
E
 
D
D
 
E

Sites not aligning to the query:

7nbcAAA structure of human serine racemase in complex with DSiP fragment Z2856434779, XChem fragment screen (see paper)
28% identity, 63% coverage: 60:319/412 of query aligns to 38:263/323 of 7nbcAAA

query
sites
7nbcAAA
Q
 
N
L
 
L
S
 
F
L
 
F
K
 
K
D
 
C
E
 
E
S
 
L
F
 
F
R
 
Q
S
 
K
P
 
-
L
 
T
G
 
G
S
 
S
F
|
F
K
|
K
A
 
I
L
 
R
G
 
G
A
 
A
P
 
L
I
 
N
A
 
A
L
 
V
M
 
R
R
 
S
L
 
L
I
 
V
M
 
P
R
 
D
Q
 
A
W
 
L
H
 
E
A
 
R
H
 
K
G
 
-
I
 
-
D
 
-
P
 
P
K
 
K
A
 
A
L
 
V
V
 
V
T
 
T
G
 
-
Q
 
-
Y
 
-
A
 
-
Q
 
-
M
 
-
L
 
-
S
 
-
N
 
-
M
 
-
T
 
-
V
 
-
I
 
-
S
 
-
A
 
H
T
 
S
D
x
S
G
 
G
N
|
N
H
 
H
G
 
G
K
 
Q
S
 
A
L
 
L
A
 
T
A
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
L
I
 
E
G
 
G
C
 
I
Y
 
P
C
 
A
V
 
Y
I
 
I
V
 
V
L
 
V
H
 
P
A
 
Q
N
 
T
V
 
A
S
 
P
I
 
D
E
 
C
R
 
K
E
 
K
Q
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
K
 
S
I
 
I
V
 
V
R
 
Y
I
 
C
D
 
E
G
 
P
N
 
S
Y
 
-
D
 
D
E
 
E
S
 
S
V
 
R
Q
 
E
H
 
N
A
 
V
A
 
A
Q
 
K
L
 
R
A
 
V
A
 
T
E
 
E
N
 
E
G
 
T
W
 
E
H
 
G
V
 
I
V
 
M
S
 
V
D
 
H
T
 
P
S
 
N
Y
 
Q
E
 
E
G
 
P
Y
 
A
E
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
R
 
-
D
 
-
V
 
V
M
 
I
Q
 
A
G
 
G
Y
 
Q
G
 
G
V
 
T
I
 
I
P
 
A
A
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
A
 
N
Q
 
Q
L
 
V
N
 
-
E
 
-
E
 
-
H
 
-
S
 
-
R
 
-
P
 
P
A
 
L
F
 
V
T
 
D
H
 
A
V
 
L
F
 
V
L
 
V
Q
 
P
G
 
V
G
|
G
V
x
G
G
|
G
G
|
G
L
x
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
S
 
I
Y
 
T
L
 
V
W
 
-
E
 
-
H
 
-
Y
 
-
G
 
K
A
 
A
E
 
L
R
 
K
P
 
P
T
 
S
F
 
V
I
 
K
V
 
V
-
 
Y
-
 
A
V
 
A
E
|
E
P
 
P
Q
 
S
Q
 
N
A
|
A
D
 
D
C
x
D
L
 
C
Y
 
Y
Q
 
Q
S
 
S
A
 
K
I
 
L
A
 
K
G
 
G
R
 
K
A
 
L
S
 
M
K
 
P
A
 
N
T
 
L
G
 
Y
S
 
P
V
 
P
D
 
E
S
 
T
I
 
I
M
 
A
A
 
D
G
|
G
L
x
V
A
 
K
C
 
-
G
 
S
E
 
S
A
 
I
S
 
G
P
 
L
L
x
N
A
 
T
W
 
W
K
 
P
I
 
I
L
 
I
E
 
R
Q
 
D
C
 
L
V
 
V
D
 
D
Y
 
D
F
 
I
M
 
F
T
 
T
I
 
V
D
 
T
D
 
E
E
 
D
D
 
E

Sites not aligning to the query:

Q9GZT4 Serine racemase; D-serine ammonia-lyase; D-serine dehydratase; L-serine ammonia-lyase; L-serine dehydratase; EC 5.1.1.18; EC 4.3.1.18; EC 4.3.1.17 from Homo sapiens (Human) (see 4 papers)
28% identity, 63% coverage: 60:319/412 of query aligns to 41:266/340 of Q9GZT4

query
sites
Q9GZT4
Q
 
N
L
 
L
S
 
F
L
 
F
K
 
K
D
 
C
E
 
E
S
 
L
F
 
F
R
 
Q
S
x
K
P
 
-
L
x
T
G
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
A
 
I
L
 
R
G
 
G
A
 
A
P
 
L
I
 
N
A
 
A
L
 
V
M
 
R
R
 
S
L
 
L
I
 
V
M
x
P
R
 
D
Q
 
A
W
 
L
H
 
E
A
 
R
H
 
K
G
 
-
I
 
-
D
 
-
P
 
P
K
 
K
A
 
A
L
 
V
V
 
V
T
|
T
G
 
H
Q
 
-
Y
 
-
A
 
-
Q
 
-
M
 
-
L
 
-
S
 
-
N
 
-
M
 
-
T
 
-
V
 
-
I
 
-
S
 
-
A
 
-
T
 
S
D
 
S
G
 
G
N
|
N
H
 
H
G
 
G
K
x
Q
S
 
A
L
 
L
A
 
T
A
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
L
I
 
E
G
 
G
C
 
I
Y
 
P
C
 
A
V
 
Y
I
 
I
V
 
V
L
 
V
H
 
P
A
 
Q
N
 
T
V
 
A
S
 
P
I
 
D
E
 
C
R
 
K
E
 
K
Q
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
A
 
A
K
 
S
I
 
I
V
 
V
R
 
Y
I
 
C
D
 
E
G
 
P
N
 
S
Y
 
-
D
 
D
E
 
E
S
 
S
V
 
R
Q
 
E
H
 
N
A
 
V
A
 
A
Q
 
K
L
 
R
A
 
V
A
 
T
E
 
E
N
 
E
G
 
T
W
 
E
H
 
G
V
 
I
V
 
M
S
 
V
D
 
H
T
 
P
S
 
N
Y
 
Q
E
 
E
G
 
P
Y
 
A
E
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
R
 
-
D
 
-
V
 
V
M
 
I
Q
 
A
G
 
G
Y
 
Q
G
 
G
V
 
T
I
 
I
P
 
A
A
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
A
 
N
Q
 
Q
L
 
V
N
 
-
E
 
-
E
 
-
H
 
-
S
 
-
R
 
-
P
 
P
A
 
L
F
 
V
T
x
D
H
 
A
V
 
L
F
 
V
L
 
V
Q
 
P
G
 
V
G
|
G
V
x
G
G
|
G
G
|
G
L
x
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
S
 
I
Y
 
T
L
 
V
W
 
-
E
 
-
H
 
-
Y
 
-
G
 
K
A
 
A
E
 
L
R
 
K
P
 
P
T
 
S
F
 
V
I
 
K
V
 
V
-
 
Y
-
 
A
V
 
A
E
|
E
P
 
P
Q
 
S
Q
 
N
A
|
A
D
 
D
C
x
D
L
 
C
Y
 
Y
Q
 
Q
S
 
S
A
 
K
I
 
L
A
 
K
G
 
G
R
 
K
A
 
L
S
 
M
K
 
P
A
 
N
T
 
L
G
 
Y
S
 
P
V
 
P
D
 
E
S
 
T
I
 
I
M
 
A
A
 
D
G
 
G
L
 
V
A
 
K
C
 
-
G
 
S
E
 
S
A
 
I
S
 
G
P
 
L
L
x
N
A
 
T
W
 
W
K
 
P
I
 
I
L
 
I
E
 
R
Q
 
D
C
 
L
V
 
V
D
 
D
Y
 
D
F
 
I
M
 
F
T
 
T
I
 
V
D
 
T
D
 
E
E
 
D
D
 
E

Sites not aligning to the query:

6zspAAA serine racemase bound to atp and malonate. (see paper)
28% identity, 63% coverage: 60:319/412 of query aligns to 38:256/320 of 6zspAAA

query
sites
6zspAAA
Q
 
N
L
 
L
S
 
F
L
 
F
K
 
K
D
 
C
E
 
E
S
 
L
F
 
F
R
 
Q
S
x
K
P
 
-
L
x
T
G
 
G
S
 
S
F
 
F
K
|
K
A
 
I
L
 
R
G
 
G
A
 
A
P
 
L
I
 
N
A
 
A
L
 
V
M
 
R
R
 
S
L
 
L
I
 
-
M
 
-
R
 
-
Q
 
-
W
 
-
H
 
-
A
 
-
H
 
-
G
 
-
I
 
-
D
 
K
P
 
P
K
 
K
A
 
A
L
 
V
V
 
V
T
 
T
G
 
-
Q
 
-
Y
 
-
A
 
-
Q
 
-
M
 
-
L
 
-
S
 
-
N
 
-
M
 
-
T
 
-
V
 
-
I
 
-
S
 
-
A
 
H
T
x
S
D
x
S
G
 
G
N
|
N
H
|
H
G
 
G
K
x
Q
S
 
A
L
 
L
A
 
T
A
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
L
I
 
E
G
 
G
C
 
I
Y
 
P
C
 
A
V
 
Y
I
 
I
V
 
V
L
 
V
H
 
P
A
 
Q
N
 
T
V
 
A
S
 
P
I
 
D
E
 
C
R
 
K
E
 
K
Q
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
A
 
A
K
 
S
I
 
I
V
 
V
R
 
Y
I
 
C
D
 
E
G
 
P
N
 
S
Y
 
-
D
 
D
E
 
E
S
 
S
V
x
R
Q
 
E
H
 
N
A
 
V
A
 
A
Q
 
K
L
 
R
A
 
V
A
 
T
E
 
E
N
 
E
G
 
T
W
 
E
H
 
G
V
 
I
V
 
M
S
 
V
D
 
H
T
 
P
S
 
N
Y
 
Q
E
 
E
G
 
P
Y
 
A
E
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
R
 
-
D
 
-
V
 
V
M
 
I
Q
 
A
G
 
G
Y
 
Q
G
 
G
V
 
T
I
 
I
P
 
A
A
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
A
 
N
Q
 
Q
L
 
V
N
 
-
E
 
-
E
 
-
H
 
-
S
 
-
R
 
-
P
 
P
A
 
L
F
 
V
T
 
D
H
 
A
V
 
L
F
 
V
L
 
V
Q
 
P
G
 
V
G
 
G
V
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
S
 
I
Y
 
T
L
 
V
W
 
-
E
 
-
H
 
-
Y
 
-
G
 
K
A
 
A
E
 
L
R
 
K
P
 
P
T
 
S
F
 
V
I
 
K
V
 
V
-
 
Y
-
 
A
V
 
A
E
|
E
P
 
P
Q
 
S
Q
 
N
A
|
A
D
 
D
C
x
D
L
 
C
Y
 
Y
Q
 
Q
S
 
S
A
 
K
I
 
L
A
 
K
G
 
G
R
 
K
A
 
L
S
 
M
K
 
P
A
 
N
T
 
L
G
 
Y
S
 
P
V
 
P
D
 
E
S
 
T
I
 
I
M
 
A
A
 
D
G
|
G
L
 
V
A
 
K
C
 
-
G
x
S
E
 
S
A
 
I
S
 
G
P
 
L
L
 
N
A
 
T
W
 
W
K
 
P
I
 
I
L
 
I
E
 
R
Q
 
D
C
 
L
V
 
V
D
 
D
Y
 
D
F
 
I
M
 
F
T
 
T
I
 
V
D
 
T
D
 
E
E
 
D
D
 
E

Sites not aligning to the query:

5i6dB Mycobacterium tuberculosis cysm in complex with the urea-scaffold inhibitor 5 [3-(3-(p-tolyl)ureido) benzoic acid] (see paper)
29% identity, 59% coverage: 44:288/412 of query aligns to 21:228/287 of 5i6dB

query
sites
5i6dB
T
 
S
P
 
P
L
 
R
W
 
W
D
 
D
L
 
G
P
 
P
D
 
H
A
 
V
A
 
-
A
 
-
R
 
R
L
 
L
G
 
W
V
 
A
A
 
-
Q
 
-
L
 
-
S
 
K
L
 
L
K
 
E
D
 
D
E
 
-
S
 
-
F
 
-
R
 
R
S
 
N
P
 
P
L
 
T
G
 
G
S
 
S
F
 
I
K
|
K
A
 
D
L
 
R
G
 
P
A
 
A
P
 
-
I
 
-
A
 
-
L
 
-
M
 
V
R
 
R
L
 
M
I
 
I
M
 
-
R
 
E
Q
 
Q
W
 
A
H
 
E
A
 
A
H
 
D
G
 
G
I
 
L
D
 
-
P
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
-
V
 
-
T
 
-
G
 
-
Q
 
-
Y
 
-
A
 
-
Q
 
-
M
 
L
L
 
R
S
 
P
N
 
G
M
 
A
T
 
T
V
 
I
I
 
L
S
 
E
A
 
P
T
|
T
D
x
S
G
 
G
N
|
N
H
x
T
G
 
G
K
 
I
S
 
S
L
 
L
A
 
A
A
 
M
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
L
I
 
K
G
 
G
C
 
Y
Y
 
R
C
 
L
V
 
I
I
 
C
V
 
V
L
 
M
H
 
P
A
 
E
N
 
N
V
 
T
S
 
S
I
 
V
E
 
E
R
 
R
E
 
R
Q
 
Q
A
 
L
I
 
L
A
 
E
A
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
K
 
Q
I
 
I
V
 
I
-
 
F
-
 
S
R
 
A
I
 
A
D
 
E
G
 
G
N
 
G
Y
 
S
D
 
N
E
 
T
S
 
A
V
 
V
Q
 
A
H
 
T
A
 
A
A
 
K
Q
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
T
N
 
N
-
 
P
G
 
S
W
 
W
H
 
V
V
 
M
V
 
L
S
 
Y
D
x
Q
T
x
Y
S
 
G
Y
 
N
E
 
-
G
 
-
Y
 
-
E
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
P
R
 
A
D
 
N
V
 
T
M
 
D
Q
 
S
G
 
H
Y
 
Y
G
 
C
V
 
G
I
 
T
P
 
G
A
 
P
E
 
E
V
 
L
L
 
L
A
 
A
Q
 
D
L
 
L
N
 
-
E
 
-
E
 
-
H
 
-
S
 
-
R
 
-
P
 
P
A
 
E
F
 
I
T
 
T
H
 
H
V
 
F
F
 
V
L
 
A
Q
 
G
G
 
L
G
|
G
V
x
T
G
x
T
G
 
G
L
x
T
A
 
L
A
 
M
G
 
G
V
 
T
A
 
G
S
 
R
Y
 
F
L
 
L
W
 
R
E
 
E
H
 
H
Y
 
V
G
 
A
A
 
N
E
 
V
R
 
K
P
 
-
T
 
-
F
 
I
I
 
V
V
 
A
V
 
A
E
|
E
P
|
P
Q
 
R
Q
 
F
A
 
V
D
 
P
C
 
E
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
D
S
 
P
A
 
E
I
 
I
A
 
L
G
 
-
R
 
T
A
 
A
S
 
R
K
 
Y
A
 
S
T
 
V
G
 
G
S
 
A
V
 
V
D
 
D
S
 
A
I
 
V

Sites not aligning to the query:

5i7hB Mycobacterium tuberculosis cysm in complex with the urea-scaffold inhibitor 6 [3-(3-(4-bromophenyl)ureido)benzoic acid] (see paper)
31% identity, 42% coverage: 115:288/412 of query aligns to 71:232/291 of 5i7hB

query
sites
5i7hB
T
 
T
V
 
I
I
 
L
S
 
E
A
 
P
T
|
T
D
x
S
G
 
G
N
|
N
H
x
T
G
 
G
K
 
I
S
 
S
L
 
L
A
 
A
A
 
M
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
L
I
 
K
G
 
G
C
 
Y
Y
 
R
C
 
L
V
 
I
I
 
C
V
 
V
L
 
M
H
 
P
A
 
E
N
 
N
V
 
T
S
 
S
I
 
V
E
 
E
R
 
R
E
 
R
Q
 
Q
A
 
L
I
 
L
A
 
E
A
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
K
 
Q
I
 
I
V
 
I
-
 
F
-
 
S
R
 
A
I
 
A
D
 
E
G
 
G
N
 
G
Y
 
S
D
 
N
E
 
T
S
 
A
V
 
V
Q
 
A
H
 
T
A
 
A
A
 
K
Q
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
T
N
 
N
-
 
P
G
 
S
W
 
W
H
 
V
V
 
M
V
 
L
S
 
Y
D
x
Q
T
x
Y
S
 
G
Y
 
N
E
 
-
G
 
-
Y
 
-
E
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
P
R
 
A
D
 
N
V
 
T
M
 
D
Q
 
S
G
 
H
Y
 
Y
G
 
C
V
 
G
I
 
T
P
 
G
A
 
P
E
 
E
V
 
L
L
 
L
A
 
A
Q
 
D
L
 
L
N
 
-
E
 
-
E
 
-
H
 
-
S
 
-
R
 
-
P
 
P
A
 
E
F
 
I
T
 
T
H
 
H
V
 
F
F
 
V
L
 
A
Q
 
G
G
 
L
G
|
G
V
x
T
G
x
T
G
 
G
L
x
T
A
 
L
A
 
M
G
 
G
V
 
T
A
 
G
S
 
R
Y
 
F
L
 
L
W
 
R
E
 
E
H
 
H
Y
 
V
G
 
A
A
 
N
E
 
V
R
 
K
P
 
-
T
 
-
F
 
I
I
 
V
V
 
A
V
x
A
E
|
E
P
|
P
Q
 
R
Q
 
F
A
 
V
D
 
P
C
 
E
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
D
S
 
P
A
 
E
I
 
I
A
 
L
G
 
-
R
 
T
A
 
A
S
 
R
K
 
Y
A
 
S
T
 
V
G
 
G
S
 
A
V
 
V
D
 
D
S
 
A
I
 
V

Sites not aligning to the query:

5i6dA Mycobacterium tuberculosis cysm in complex with the urea-scaffold inhibitor 5 [3-(3-(p-tolyl)ureido) benzoic acid] (see paper)
30% identity, 42% coverage: 115:288/412 of query aligns to 71:225/285 of 5i6dA

query
sites
5i6dA
T
 
T
V
 
I
I
 
L
S
 
E
A
 
P
T
|
T
D
x
S
G
 
G
N
|
N
H
x
T
G
 
G
K
 
I
S
 
S
L
 
L
A
 
A
A
 
M
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
L
I
 
K
G
 
G
C
 
Y
Y
 
R
C
 
L
V
 
I
I
 
C
V
 
V
L
 
M
H
 
P
A
 
E
N
 
N
V
 
T
S
 
S
I
 
V
E
 
E
R
 
R
E
 
R
Q
 
Q
A
 
L
I
 
L
A
 
E
A
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
K
 
Q
I
 
I
V
 
I
R
 
-
I
 
-
D
 
-
G
 
-
N
 
-
Y
 
F
D
 
S
E
 
T
S
 
A
V
 
V
Q
 
A
H
 
T
A
 
A
A
 
K
Q
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
T
N
 
N
-
 
P
G
 
S
W
 
W
H
 
V
V
 
M
V
 
L
S
 
Y
D
x
Q
T
x
Y
S
 
G
Y
 
N
E
 
-
G
 
-
Y
 
-
E
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
P
R
 
A
D
 
N
V
 
T
M
 
D
Q
 
S
G
 
H
Y
 
Y
G
 
C
V
 
G
I
 
T
P
 
G
A
 
P
E
 
E
V
 
L
L
 
L
A
 
A
Q
 
D
L
 
L
N
 
-
E
 
-
E
 
-
H
 
-
S
 
-
R
 
-
P
 
P
A
 
E
F
 
I
T
 
T
H
 
H
V
 
F
F
 
V
L
 
A
Q
 
G
G
 
L
G
|
G
V
x
T
G
x
T
G
 
G
L
x
T
A
 
L
A
 
M
G
 
G
V
 
T
A
 
G
S
 
R
Y
 
F
L
 
L
W
 
R
E
 
E
H
 
H
Y
 
V
G
 
A
A
 
N
E
 
V
R
 
K
P
 
-
T
 
-
F
 
I
I
 
V
V
 
A
V
x
A
E
|
E
P
|
P
Q
 
R
Q
 
F
A
 
V
D
 
P
C
 
E
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
D
S
 
P
A
 
E
I
 
I
A
 
L
G
 
T
R
 
-
A
 
A
S
 
R
K
 
Y
A
 
S
T
 
V
G
 
G
S
 
A
V
 
V
D
 
D
S
 
A
I
 
V

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_011876077.1 NCBI__GCF_000016205.1:WP_011876077.1
MLIANPRSCRASYPEELRGILNIKSAHESGAWLSSWDQISRSDTPLWDLPDAAARLGVAQ
LSLKDESFRSPLGSFKALGAPIALMRLIMRQWHAHGIDPKALVTGQYAQMLSNMTVISAT
DGNHGKSLAAAARAIGCYCVIVLHANVSIEREQAIAAYGAKIVRIDGNYDESVQHAAQLA
AENGWHVVSDTSYEGYETIPRDVMQGYGVIPAEVLAQLNEEHSRPAFTHVFLQGGVGGLA
AGVASYLWEHYGAERPTFIVVEPQQADCLYQSAIAGRASKATGSVDSIMAGLACGEASPL
AWKILEQCVDYFMTIDDEDAVAAMCSLAKGSDRDAPLVVGESGAAGYAGLTTVMKSLELA
HATGLGPDSHVLVINTEGATAPSVYRQLVGESAEAVIARQDAWKQRVVQSAT

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory