SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011883672.1 NCBI__GCF_000016205.1:WP_011883672.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 15 hits to proteins with known functional sites (download)

5dvjA Crystal structure of galactose complexed periplasmic glucose binding protein (ppgbp) from p. Putida csv86 (see paper)
56% identity, 93% coverage: 28:413/415 of query aligns to 5:393/396 of 5dvjA

query
sites
5dvjA
V
 
V
T
 
D
V
 
V
L
 
L
H
 
H
W
|
W
W
|
W
T
 
T
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
S
 
A
K
 
K
A
 
A
V
 
V
G
 
E
V
 
T
L
 
L
K
 
K
D
 
Q
D
 
Q
L
 
I
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
D
G
 
G
Y
 
F
V
 
I
W
 
W
K
 
K
D
 
D
F
 
N
A
 
A
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
|
G
A
x
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
A
 
A
M
 
M
T
 
T
A
 
V
L
 
L
K
 
K
T
 
T
K
 
R
V
 
A
I
 
I
S
 
S
G
 
G
D
 
N
A
 
P
P
 
P
S
 
S
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
K
|
K
G
 
G
P
 
P
L
 
D
I
 
I
Q
 
Q
D
 
E
W
 
W
A
 
G
D
 
A
Q
 
L
G
 
G
V
 
L
L
 
L
V
 
T
N
 
E
I
 
L
D
 
D
-
 
D
-
 
V
S
 
A
A
 
A
A
 
A
T
 
N
D
 
K
W
 
W
K
 
D
Q
 
D
N
 
L
L
 
L
P
 
P
P
 
R
E
 
Q
I
 
V
D
 
A
K
 
D
I
 
I
I
 
M
K
 
K
Y
 
Y
K
 
D
G
 
G
H
 
H
T
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
V
P
 
P
F
 
V
S
 
N
V
 
I
H
 
H
R
 
R
V
 
V
N
 
N
W
 
W
L
 
L
Y
 
W
V
 
I
N
 
N
K
 
P
A
 
Q
A
 
V
L
 
F
D
 
D
K
 
K
I
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
V
P
 
P
T
 
T
T
 
T
W
 
L
P
 
D
E
 
E
F
 
L
F
 
F
A
 
A
V
 
A
A
 
A
D
 
D
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
I
 
F
Q
 
I
P
 
P
V
 
L
A
 
A
M
 
H
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
L
 
S
T
 
T
L
 
V
W
 
F
E
 
E
D
 
D
V
 
L
V
 
V
L
 
L
S
 
S
-
 
I
Q
 
L
G
 
G
P
 
P
A
 
K
F
 
G
Y
 
Y
K
 
H
K
 
A
A
 
A
L
 
F
V
 
V
D
 
D
L
 
L
D
 
D
Q
 
E
A
 
K
T
 
T
L
 
L
T
 
T
S
 
G
P
 
P
Q
 
Q
M
 
M
L
 
T
S
 
E
V
 
A
F
 
F
D
 
A
T
 
T
V
 
L
R
 
K
K
 
R
I
 
L
Q
 
G
G
 
T
Y
 
Y
F
 
M
D
 
D
T
 
P
G
 
N
R
 
R
N
 
A
G
 
G
R
 
R
D
 
D
W
|
W
N
 
N
L
 
I
A
 
A
T
 
A
A
 
A
M
 
E
V
 
V
I
 
I
N
 
N
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
F
 
I
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
K
G
 
S
E
 
E
F
 
W
E
 
S
N
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
K
K
 
V
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
D
Y
 
Y
I
 
Q
C
 
C
A
 
V
P
 
A
V
 
F
P
 
P
G
 
G
T
 
T
A
 
Q
N
 
G
A
 
S
Y
 
F
T
 
A
F
 
Y
N
 
N
V
 
I
D
|
D
S
 
S
F
 
L
V
 
A
F
 
M
F
 
F
Q
 
K
Q
 
L
K
 
K
G
 
-
E
 
D
K
 
A
N
 
N
A
 
D
T
 
I
P
 
K
G
 
A
Q
 
Q
L
 
N
A
 
D
L
 
L
A
 
A
K
 
K
T
 
V
I
 
A
M
 
L
T
 
E
P
 
P
A
 
E
F
 
F
Q
 
Q
E
 
T
Q
 
V
F
 
F
S
 
N
L
 
Q
L
 
N
K
|
K
G
 
G
S
 
S
V
 
L
P
 
P
V
 
V
R
 
R
L
 
Q
G
 
D
V
 
M
K
 
D
M
 
M
D
 
S
K
 
K
F
 
F
D
 
D
D
 
A
C
 
C
A
 
T
K
 
Q
K
 
K
S
 
S
Y
 
A
A
 
A
D
 
D
E
 
F
Q
 
K
T
 
E
A
 
A
I
 
A
K
 
K
S
 
G
G
 
D
G
 
G
F
 
L
V
 
Q
P
 
P
S
 
S
L
 
M
A
 
A
H
|
H
G
 
N
M
 
M
A
 
A
Q
 
T
G
 
T
D
 
L
A
 
A
T
 
V
A
 
Q
G
 
G
A
 
A
I
 
I
T
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
V
T
 
T
K
 
N
F
 
F
M
 
L
N
 
N
S
 
D
Q
 
P
Q
 
Q
-
 
A
D
 
E
S
 
P
K
 
A
S
 
T
A
 
A
V
 
V
A
 
K
A
 
Q
L
 
L
A
 
N
K
 
A
A
 
A
A
 
I
K
 
K

5dviA High resolution crystal structure of glucose complexed periplasmic glucose binding protein (ppgbp) from p. Putida csv86 (see paper)
56% identity, 93% coverage: 28:413/415 of query aligns to 5:393/396 of 5dviA

query
sites
5dviA
V
 
V
T
 
D
V
 
V
L
 
L
H
 
H
W
|
W
W
|
W
T
 
T
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
S
 
A
K
 
K
A
 
A
V
 
V
G
 
E
V
 
T
L
 
L
K
 
K
D
 
Q
D
 
Q
L
 
I
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
D
G
 
G
Y
 
F
V
 
I
W
 
W
K
 
K
D
 
D
F
 
N
A
 
A
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
x
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
A
 
A
M
 
M
T
 
T
A
 
V
L
 
L
K
 
K
T
 
T
K
 
R
V
 
A
I
 
I
S
 
S
G
 
G
D
 
N
A
 
P
P
 
P
S
 
S
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
K
|
K
G
 
G
P
 
P
L
 
D
I
 
I
Q
 
Q
D
 
E
W
 
W
A
 
G
D
 
A
Q
 
L
G
 
G
V
 
L
L
 
L
V
 
T
N
 
E
I
 
L
D
 
D
-
 
D
-
 
V
S
 
A
A
 
A
A
 
A
T
 
N
D
 
K
W
 
W
K
 
D
Q
 
D
N
 
L
L
 
L
P
 
P
P
 
R
E
 
Q
I
 
V
D
 
A
K
 
D
I
 
I
I
 
M
K
 
K
Y
 
Y
K
 
D
G
 
G
H
 
H
T
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
V
P
 
P
F
 
V
S
 
N
V
 
I
H
 
H
R
 
R
V
 
V
N
 
N
W
 
W
L
 
L
Y
 
W
V
 
I
N
 
N
K
 
P
A
 
Q
A
 
V
L
 
F
D
 
D
K
 
K
I
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
V
P
 
P
T
 
T
T
 
T
W
 
L
P
 
D
E
 
E
F
 
L
F
 
F
A
 
A
V
 
A
A
 
A
D
 
D
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
I
 
F
Q
 
I
P
 
P
V
 
L
A
 
A
M
 
H
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
L
 
S
T
 
T
L
 
V
W
 
F
E
 
E
D
 
D
V
 
L
V
 
V
L
 
L
S
 
S
-
 
I
Q
 
L
G
 
G
P
 
P
A
 
K
F
 
G
Y
 
Y
K
 
H
K
 
A
A
 
A
L
 
F
V
 
V
D
 
D
L
 
L
D
 
D
Q
 
E
A
 
K
T
 
T
L
 
L
T
 
T
S
 
G
P
 
P
Q
 
Q
M
 
M
L
 
T
S
 
E
V
 
A
F
 
F
D
 
A
T
 
T
V
 
L
R
 
K
K
 
R
I
 
L
Q
 
G
G
 
T
Y
 
Y
F
 
M
D
 
D
T
 
P
G
 
N
R
 
R
N
 
A
G
 
G
R
 
R
D
 
D
W
 
W
N
 
N
L
 
I
A
 
A
T
 
A
A
 
A
M
 
E
V
 
V
I
 
I
N
 
N
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
F
 
I
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
K
G
 
S
E
 
E
F
 
W
E
 
S
N
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
K
K
 
V
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
D
Y
 
Y
I
 
Q
C
 
C
A
 
V
P
 
A
V
 
F
P
 
P
G
 
G
T
 
T
A
 
Q
N
 
G
A
 
S
Y
 
F
T
 
A
F
 
Y
N
|
N
V
 
I
D
|
D
S
 
S
F
 
L
V
 
A
F
 
M
F
 
F
Q
 
K
Q
 
L
K
 
K
G
 
-
E
 
D
K
 
A
N
 
N
A
 
D
T
 
I
P
 
K
G
 
A
Q
 
Q
L
 
N
A
 
D
L
 
L
A
 
A
K
 
K
T
 
V
I
 
A
M
 
L
T
 
E
P
 
P
A
 
E
F
 
F
Q
 
Q
E
 
T
Q
 
V
F
 
F
S
 
N
L
 
Q
L
 
N
K
|
K
G
 
G
S
 
S
V
 
L
P
 
P
V
 
V
R
 
R
L
 
Q
G
 
D
V
 
M
K
 
D
M
 
M
D
 
S
K
 
K
F
 
F
D
 
D
D
 
A
C
 
C
A
 
T
K
 
Q
K
 
K
S
 
S
Y
 
A
A
 
A
D
 
D
E
 
F
Q
 
K
T
 
E
A
 
A
I
 
A
K
 
K
S
 
G
G
 
D
G
 
G
F
 
L
V
 
Q
P
 
P
S
 
S
L
 
M
A
 
A
H
|
H
G
 
N
M
 
M
A
 
A
Q
 
T
G
 
T
D
 
L
A
 
A
T
 
V
A
 
Q
G
 
G
A
 
A
I
 
I
T
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
V
T
 
T
K
 
N
F
 
F
M
 
L
N
 
N
S
 
D
Q
 
P
Q
 
Q
-
 
A
D
 
E
S
 
P
K
 
A
S
 
T
A
 
A
V
 
V
A
 
K
A
 
Q
L
 
L
A
 
N
K
 
A
A
 
A
A
 
I
K
 
K

4r2bA Crystal structure of sugar transporter oant_3817 from ochrobactrum anthropi, target efi-510528, with bound glucose
51% identity, 94% coverage: 23:413/415 of query aligns to 2:392/395 of 4r2bA

query
sites
4r2bA
Q
 
Q
A
 
D
A
 
K
E
 
Q
N
 
N
V
 
V
T
 
E
V
 
V
L
 
L
H
 
H
W
|
W
W
 
W
T
 
T
S
 
A
G
 
G
G
 
G
E
|
E
S
 
A
K
 
A
A
 
A
V
 
L
G
 
D
V
 
V
L
 
L
K
 
K
D
 
K
D
 
D
L
 
L
Q
 
E
K
 
K
Q
 
K
G
 
G
Y
 
I
V
 
S
W
 
W
K
 
T
D
 
D
F
 
M
A
 
P
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
|
G
A
x
G
G
 
G
A
 
T
A
 
E
A
 
A
M
 
M
T
 
T
A
 
V
L
 
L
K
 
R
T
 
A
K
 
R
V
 
V
I
 
T
S
 
A
G
 
G
D
 
N
A
 
A
P
 
P
S
 
T
A
 
A
A
 
V
Q
 
Q
I
 
M
K
 
L
G
 
G
P
 
F
L
 
D
I
 
I
Q
 
R
D
 
D
W
 
W
A
 
A
D
 
E
Q
 
Q
G
 
G
V
 
A
L
 
L
V
 
G
N
 
N
I
 
L
D
 
D
S
 
E
A
 
I
A
 
A
T
 
N
D
 
K
-
 
E
-
 
G
W
 
W
K
 
E
Q
 
K
N
 
V
L
 
I
P
 
P
P
 
A
E
 
P
I
 
L
D
 
Q
K
 
E
I
 
F
I
 
A
K
 
K
Y
 
Y
K
 
D
G
 
G
H
 
H
T
 
W
V
 
I
A
 
A
A
 
A
P
 
P
F
 
V
S
 
N
V
 
V
H
|
H
R
 
S
V
 
T
N
 
N
W
 
W
L
 
M
Y
 
W
V
 
I
N
 
N
K
 
K
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
D
K
 
K
I
 
A
G
 
G
A
 
G
K
 
K
V
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
N
W
 
W
P
 
D
E
 
E
F
 
L
F
 
I
A
 
A
V
 
L
A
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
F
K
 
K
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
I
Q
 
T
P
 
P
V
 
I
A
 
A
M
 
H
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
L
 
A
T
 
T
L
 
I
W
 
F
E
 
D
D
 
A
V
 
V
V
 
V
L
 
L
S
 
S
Q
 
F
G
 
G
P
 
T
A
 
D
F
 
F
Y
 
Y
K
 
K
K
 
K
A
 
A
L
 
F
V
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
D
Q
 
P
A
 
E
T
 
T
L
 
L
T
 
G
S
 
S
P
 
D
Q
 
T
M
 
M
L
 
K
S
 
Q
V
 
A
F
 
F
D
 
D
T
 
R
V
 
M
R
 
T
K
 
K
I
 
L
Q
 
R
G
 
S
Y
 
Y
F
 
V
D
 
D
T
 
D
G
 
N
R
 
F
N
 
S
G
 
G
R
 
R
D
 
D
W
|
W
N
 
N
L
 
L
A
 
A
T
 
S
A
 
A
M
 
M
V
 
V
I
 
I
N
 
E
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
G
M
 
L
Q
 
Q
F
 
F
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
K
G
 
G
E
 
E
F
 
F
E
 
V
N
 
K
A
 
A
G
 
G
K
 
K
K
 
K
A
 
P
G
 
G
K
 
E
D
 
D
Y
 
F
I
 
V
C
 
C
A
 
M
P
 
R
V
 
Y
P
 
P
G
 
G
T
 
T
A
 
Q
N
 
G
A
 
A
Y
 
I
T
 
T
F
 
F
N
 
N
V
 
S
D
|
D
S
 
M
F
 
F
V
 
A
F
 
M
F
 
F
Q
 
K
Q
 
V
K
 
S
G
 
E
E
 
D
K
 
K
N
 
-
A
 
-
T
 
V
P
 
P
G
 
A
Q
 
Q
L
 
L
A
 
E
L
 
M
A
 
A
K
 
S
T
 
A
I
 
I
M
 
E
T
 
S
P
 
P
A
 
T
F
 
F
Q
 
Q
E
 
S
Q
 
A
F
 
F
S
 
N
L
 
V
L
 
V
K
|
K
G
 
G
S
 
S
V
 
A
P
 
P
V
 
A
R
 
R
L
 
T
G
 
D
V
 
V
K
 
P
M
 
D
D
 
T
K
 
D
F
 
F
D
 
D
D
 
A
C
 
C
A
 
G
K
 
K
K
 
K
S
 
A
Y
 
I
A
 
A
D
 
D
E
 
E
Q
 
K
T
 
E
A
 
A
I
 
S
K
 
E
S
 
K
G
 
G
G
 
T
F
 
M
V
 
L
P
 
G
S
 
S
L
 
M
A
 
A
H
|
H
G
 
G
M
 
Y
A
 
A
Q
 
N
G
 
P
D
 
A
A
 
A
T
 
V
A
 
K
G
 
N
A
 
A
I
 
I
T
 
Y
D
 
D
V
 
V
V
 
V
T
 
T
K
 
R
F
 
Q
M
 
F
N
 
N
S
 
G
Q
 
Q
Q
 
L
D
 
S
S
 
S
K
 
E
S
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
K
A
 
E
L
 
L
A
 
V
K
 
S
A
 
A
A
 
V
K
 
E

8hqqA Crystal structure of the glucose-binding protein sar11_0769 from "candidatus pelagibacter ubique" htcc1062 bound to glucose
52% identity, 91% coverage: 25:401/415 of query aligns to 2:383/398 of 8hqqA

query
sites
8hqqA
A
 
A
E
 
P
N
 
K
V
 
A
T
 
E
V
 
V
L
 
L
H
 
H
W
|
W
W
 
W
T
 
T
S
 
G
G
 
G
G
 
G
E
|
E
S
 
A
K
 
K
A
 
A
V
 
L
G
 
K
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
D
 
D
D
 
E
L
 
F
Q
 
A
K
 
A
Q
 
Q
G
 
N
Y
 
G
V
 
V
W
 
W
K
 
L
D
 
D
F
 
M
A
 
P
V
 
V
A
 
S
G
 
G
G
 
G
A
x
G
G
 
G
A
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
M
T
 
Q
A
 
T
L
 
L
K
 
K
T
 
A
K
 
R
V
 
I
I
 
V
S
 
A
G
 
N
D
 
D
A
 
A
P
 
P
S
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
K
|
K
G
 
G
P
 
P
L
 
T
I
 
I
Q
 
Q
D
 
E
W
 
Y
A
 
D
D
 
E
Q
 
E
G
 
G
V
 
V
L
 
V
V
 
A
-
 
P
-
 
Y
N
 
N
I
 
I
D
 
D
S
 
A
A
 
V
A
 
A
T
 
K
D
 
K
-
 
E
-
 
G
W
 
W
K
 
D
Q
 
N
N
 
L
L
 
L
P
 
S
P
 
K
E
 
Q
I
 
V
D
 
A
K
 
S
I
 
H
I
 
M
K
 
K
Y
 
C
K
 
D
G
 
D
H
 
G
T
 
K
-
 
A
-
 
Y
V
 
C
A
 
A
A
 
A
P
 
P
F
 
V
S
 
N
V
 
I
H
|
H
R
 
R
V
 
I
N
 
D
W
 
W
L
 
I
Y
 
W
V
 
A
N
 
N
K
 
K
A
 
K
A
 
V
L
 
L
D
 
D
K
 
S
I
 
N
G
 
G
A
 
I
K
 
K
V
 
M
P
 
P
T
 
S
T
 
T
W
 
W
P
 
A
E
 
E
F
 
F
F
 
N
A
 
A
V
 
A
A
 
A
D
 
D
K
 
K
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
A
 
N
G
 
G
I
 
I
Q
 
I
P
 
P
V
 
L
A
 
A
M
 
H
G
 
G
G
 
S
Q
 
Q
P
 
P
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
L
 
A
T
 
T
L
 
V
W
 
F
E
 
E
D
 
A
V
 
V
V
 
A
L
 
L
S
 
G
-
 
V
Q
 
G
G
 
G
P
 
N
A
 
D
F
 
F
Y
 
Y
K
 
R
K
 
K
A
 
A
L
 
F
V
 
V
D
 
D
L
 
L
D
 
D
Q
 
A
A
 
A
T
 
T
L
 
L
T
 
G
S
 
G
P
 
S
Q
 
T
M
 
M
L
 
T
S
 
K
V
 
V
F
 
F
D
 
D
T
 
Q
V
 
M
R
 
R
K
 
K
I
 
L
Q
 
K
G
 
G
Y
 
Y
F
 
T
D
 
D
T
 
A
G
 
G
R
 
S
N
 
P
G
 
G
R
 
R
D
 
D
W
 
W
N
 
N
L
 
V
A
 
A
T
 
T
A
 
G
M
 
M
V
 
V
I
 
M
N
 
E
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
A
M
 
F
Q
 
Q
F
 
I
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
K
G
 
G
E
 
E
F
 
F
E
 
A
N
 
A
A
 
N
G
 
N
K
 
M
K
 
A
A
 
P
G
 
G
K
 
K
D
 
D
Y
 
Y
I
 
I
C
 
C
A
 
A
P
 
P
V
 
T
P
 
P
G
 
-
T
 
S
A
 
N
N
 
N
A
 
G
Y
 
Y
T
 
L
F
 
Y
N
 
N
V
 
V
D
|
D
S
 
S
F
 
F
V
 
I
F
 
F
F
 
Y
Q
 
K
Q
 
V
K
 
K
G
 
G
E
 
-
K
 
K
N
 
D
A
 
K
T
 
V
P
 
E
G
 
G
Q
 
Q
L
 
K
A
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
S
T
 
L
I
 
M
M
 
M
T
 
G
P
 
K
A
 
N
F
 
F
Q
 
Q
E
 
K
Q
 
V
F
 
F
S
 
N
L
 
I
L
 
Y
K
|
K
G
 
G
S
 
S
V
 
I
P
 
P
V
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
D
V
 
V
K
 
S
M
 
M
D
 
D
K
 
E
F
 
F
D
 
D
D
 
M
C
 
C
A
 
A
K
 
K
K
 
K
S
 
S
Y
 
N
A
 
A
D
 
D
E
 
L
Q
 
K
T
 
T
A
 
A
I
 
G
K
 
S
S
 
K
G
 
G
G
 
G
F
 
L
V
 
L
P
 
P
S
 
S
L
 
F
A
 
A
H
|
H
G
 
G
M
 
M
A
 
A
Q
 
L
G
 
R
D
 
L
A
 
A
T
 
Q
A
 
K
G
 
G
A
 
A
I
 
I
T
 
Q
D
 
D
V
 
V
V
 
V
T
 
T
K
 
E
F
 
H
M
 
F
N
 
N
S
 
S
Q
 
N
Q
 
M
D
 
S
S
 
S

8kd0A Crystal structure of sar11_0769 from 'candidatus pelagibacter ubique' htcc1062 bound to a co-purified ligand, beta-galactopyranose
52% identity, 91% coverage: 25:401/415 of query aligns to 1:382/397 of 8kd0A

query
sites
8kd0A
A
 
A
E
 
P
N
 
K
V
 
A
T
 
E
V
 
V
L
 
L
H
 
H
W
|
W
W
|
W
T
 
T
S
 
G
G
 
G
G
 
G
E
|
E
S
 
A
K
 
K
A
 
A
V
 
L
G
 
K
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
D
 
D
D
 
E
L
 
F
Q
 
A
K
 
A
Q
 
Q
G
 
N
Y
 
G
V
 
V
W
 
W
K
 
L
D
 
D
F
 
M
A
 
P
V
 
V
A
 
S
G
 
G
G
|
G
A
x
G
G
 
G
A
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
M
T
 
Q
A
 
T
L
 
L
K
 
K
T
 
A
K
 
R
V
 
I
I
 
V
S
 
A
G
 
N
D
 
D
A
 
A
P
 
P
S
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
K
|
K
G
 
G
P
 
P
L
 
T
I
 
I
Q
 
Q
D
 
E
W
 
Y
A
 
D
D
 
E
Q
 
E
G
 
G
V
 
V
L
 
V
V
 
A
-
 
P
-
 
Y
N
 
N
I
 
I
D
 
D
S
 
A
A
 
V
A
 
A
T
 
K
D
 
K
-
 
E
-
 
G
W
 
W
K
 
D
Q
 
N
N
 
L
L
 
L
P
 
S
P
 
K
E
 
Q
I
 
V
D
 
A
K
 
S
I
 
H
I
 
M
K
 
K
Y
 
C
K
 
D
G
 
D
H
 
G
T
 
K
-
 
A
-
 
Y
V
 
C
A
 
A
A
 
A
P
 
P
F
 
V
S
 
N
V
 
I
H
 
H
R
 
R
V
 
I
N
 
D
W
 
W
L
 
I
Y
 
W
V
 
A
N
 
N
K
 
K
A
 
K
A
 
V
L
 
L
D
 
D
K
 
S
I
 
N
G
 
G
A
 
I
K
 
K
V
 
M
P
 
P
T
 
S
T
 
T
W
 
W
P
 
A
E
 
E
F
 
F
F
 
N
A
 
A
V
 
A
A
 
A
D
 
D
K
 
K
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
A
 
N
G
 
G
I
 
I
Q
 
I
P
 
P
V
 
L
A
 
A
M
 
H
G
 
G
G
 
S
Q
 
Q
P
 
P
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
L
 
A
T
 
T
L
 
V
W
 
F
E
 
E
D
 
A
V
 
V
V
 
A
L
 
L
S
 
G
-
 
V
Q
 
G
G
 
G
P
 
N
A
 
D
F
 
F
Y
 
Y
K
 
R
K
 
K
A
 
A
L
 
F
V
 
V
D
 
D
L
 
L
D
 
D
Q
 
A
A
 
A
T
 
T
L
 
L
T
 
G
S
 
G
P
 
S
Q
 
T
M
 
M
L
 
T
S
 
K
V
 
V
F
 
F
D
 
D
T
 
Q
V
 
M
R
 
R
K
 
K
I
 
L
Q
 
K
G
 
G
Y
 
Y
F
 
T
D
 
D
T
 
A
G
 
G
R
 
S
N
 
P
G
 
G
R
 
R
D
 
D
W
|
W
N
 
N
L
 
V
A
 
A
T
 
T
A
 
G
M
 
M
V
 
V
I
 
M
N
 
E
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
A
M
 
F
Q
 
Q
F
 
I
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
K
G
 
G
E
 
E
F
 
F
E
 
A
N
 
A
A
 
N
G
 
N
K
 
M
K
 
A
A
 
P
G
 
G
K
 
K
D
 
D
Y
 
Y
I
 
I
C
 
C
A
 
A
P
 
P
V
 
T
P
 
P
G
 
-
T
 
S
A
 
N
N
 
N
A
 
G
Y
 
Y
T
 
L
F
 
Y
N
 
N
V
 
V
D
|
D
S
 
S
F
 
F
V
 
I
F
 
F
F
 
Y
Q
 
K
Q
 
V
K
 
K
G
 
G
E
 
-
K
 
K
N
 
D
A
 
K
T
 
V
P
 
E
G
 
G
Q
 
Q
L
 
K
A
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
S
T
 
L
I
 
M
M
 
M
T
 
G
P
 
K
A
 
N
F
 
F
Q
 
Q
E
 
K
Q
 
V
F
 
F
S
 
N
L
 
I
L
 
Y
K
|
K
G
 
G
S
 
S
V
 
I
P
 
P
V
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
D
V
 
V
K
 
S
M
 
M
D
 
D
K
 
E
F
 
F
D
 
D
D
 
M
C
 
C
A
 
A
K
 
K
K
 
K
S
 
S
Y
 
N
A
 
A
D
 
D
E
 
L
Q
 
K
T
 
T
A
 
A
I
 
G
K
 
S
S
 
K
G
 
G
G
 
G
F
 
L
V
 
L
P
 
P
S
 
S
L
 
F
A
 
A
H
|
H
G
 
G
M
 
M
A
 
A
Q
 
L
G
 
R
D
 
L
A
 
A
T
 
Q
A
 
K
G
 
G
A
 
A
I
 
I
T
 
Q
D
 
D
V
 
V
V
 
V
T
 
T
K
 
E
F
 
H
M
 
F
N
 
N
S
 
S
Q
 
N
Q
 
M
D
 
S
S
 
S

2b3fA Thermus thermophilus glucose/galactose binding protein bound with galactose (see paper)
28% identity, 90% coverage: 28:399/415 of query aligns to 3:372/392 of 2b3fA

query
sites
2b3fA
V
 
L
T
 
E
V
 
I
L
 
F
H
 
S
W
|
W
W
|
W
T
 
-
S
 
A
G
 
G
G
 
D
E
|
E
S
 
G
K
 
P
A
 
A
V
 
L
G
 
E
V
 
A
L
 
L
K
 
I
D
 
R
D
 
-
L
 
L
Q
 
Y
K
 
K
Q
 
Q
G
 
K
Y
 
Y
V
 
P
W
 
G
K
 
V
D
 
E
F
 
V
-
 
I
-
 
N
-
 
A
A
 
T
V
 
V
A
 
T
G
 
G
G
|
G
A
|
A
G
 
G
A
 
V
A
 
N
A
 
A
M
 
R
T
 
A
A
 
V
L
 
L
K
 
K
T
 
T
K
 
R
V
 
M
I
 
L
S
 
G
G
 
G
D
 
D
A
 
P
P
 
P
S
 
D
A
 
T
A
 
F
Q
 
Q
I
 
V
K
x
H
G
 
A
-
 
G
-
 
M
P
 
E
L
 
L
I
 
I
Q
 
G
D
 
T
W
 
W
A
 
V
D
 
V
Q
 
A
G
 
N
V
 
R
L
 
M
V
 
E
N
 
D
I
 
L
D
 
S
S
 
A
-
 
L
-
 
F
A
 
R
A
 
Q
T
 
E
D
 
G
W
 
W
K
 
L
Q
 
Q
N
 
A
L
 
F
P
 
P
P
 
K
E
 
G
I
 
L
D
 
I
K
 
D
I
 
L
I
 
I
K
 
S
Y
 
Y
K
 
K
G
 
G
H
 
G
T
 
I
V
 
W
A
 
S
A
 
V
P
 
P
F
 
V
S
 
N
V
 
I
H
 
H
R
 
R
V
 
S
N
 
N
W
 
V
L
 
M
Y
 
W
V
 
Y
N
 
L
K
 
P
A
 
A
A
 
K
L
 
L
D
 
K
K
 
G
I
 
W
G
 
G
A
 
V
K
 
N
V
 
P
P
 
P
T
 
R
T
 
T
W
 
W
P
 
D
E
 
K
F
 
F
F
 
L
A
 
A
V
 
T
A
 
C
D
 
Q
K
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
Q
A
 
K
G
 
G
I
 
L
Q
 
E
-
 
A
P
 
P
V
 
L
A
 
A
M
 
L
G
 
-
G
 
G
Q
 
E
P
 
N
W
 
W
Q
 
T
D
 
Q
L
 
Q
T
 
H
L
 
L
W
 
W
E
 
E
D
 
S
V
 
V
V
 
A
L
 
L
S
 
A
-
 
V
Q
 
L
G
 
G
P
 
P
A
 
D
F
 
D
Y
 
W
K
 
N
K
 
N
A
 
L
L
 
W
V
 
N
D
 
-
L
 
-
D
 
G
Q
 
K
A
 
L
T
 
K
L
 
F
T
 
T
S
 
D
P
 
P
Q
 
K
M
 
A
L
 
V
S
 
R
V
 
A
F
 
W
D
 
E
T
 
V
V
 
F
R
 
G
K
 
R
I
 
V
Q
 
L
G
 
D
Y
 
C
F
 
A
D
 
N
T
 
K
G
 
D
R
 
A
N
 
A
G
 
G
R
 
L
D
 
S
W
 
W
N
 
Q
L
 
Q
A
 
A
T
 
V
A
 
D
M
 
R
V
 
V
I
 
V
N
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
A
M
 
F
Q
 
N
F
 
I
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
A
G
 
G
E
 
Y
F
 
M
E
 
T
N
 
T
A
 
T
G
 
L
K
 
K
-
 
L
K
 
K
A
 
P
G
 
G
K
 
T
D
 
D
Y
 
F
I
 
A
C
 
W
A
 
A
P
 
P
V
 
S
P
 
P
G
 
G
T
 
T
A
 
Q
N
 
G
A
 
V
Y
 
F
T
 
M
F
 
M
N
 
L
V
 
S
D
|
D
S
 
S
F
 
F
V
 
G
F
 
L
F
 
-
Q
 
-
Q
 
P
K
 
K
G
 
G
E
 
A
K
 
K
N
 
N
A
 
R
T
 
Q
P
 
-
G
 
N
Q
 
A
L
 
I
A
 
N
L
 
W
A
 
L
K
 
R
T
 
L
I
 
V
M
 
G
T
 
S
P
 
K
A
 
E
F
 
G
Q
 
Q
E
 
D
Q
 
T
F
 
S
S
 
N
L
 
P
L
 
L
K
|
K
G
 
G
S
 
S
V
 
I
P
 
A
V
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
D
V
 
S
K
 
D
M
 
P
D
 
S
K
 
K
F
 
Y
D
 
N
D
 
A
C
 
Y
A
 
G
K
 
Q
K
 
S
S
 
A
Y
 
M
A
 
R
D
 
D
E
 
-
Q
 
-
T
 
-
A
 
-
I
 
W
K
 
R
S
 
S
G
 
N
G
 
R
F
 
I
V
 
V
P
 
G
S
 
S
L
 
L
A
 
V
H
|
H
G
 
G
M
 
A
A
 
V
Q
 
A
G
 
P
D
 
E
A
 
S
T
 
F
A
 
M
G
 
S
A
 
Q
I
 
F
T
 
G
D
 
T
V
 
V
V
 
M
T
 
E
K
 
I
F
 
F
M
 
L
N
 
Q
S
 
T
Q
 
R
Q
 
N

2b3bC Thermus thermophilus glucose/galactose binding protein with bound glucose (see paper)
28% identity, 90% coverage: 28:399/415 of query aligns to 3:372/392 of 2b3bC

query
sites
2b3bC
V
 
L
T
 
E
V
 
I
L
 
F
H
 
S
W
|
W
W
 
W
T
 
-
S
 
A
G
 
G
G
 
D
E
|
E
S
 
G
K
 
P
A
 
A
V
 
L
G
 
E
V
 
A
L
 
L
K
 
I
D
 
R
D
 
-
L
 
L
Q
 
Y
K
 
K
Q
 
Q
G
 
K
Y
 
Y
V
 
P
W
 
G
K
 
V
D
 
E
F
 
V
-
 
I
-
 
N
-
 
A
A
 
T
V
 
V
A
 
T
G
 
G
G
 
G
A
|
A
G
 
G
A
 
V
A
 
N
A
 
A
M
 
R
T
 
A
A
 
V
L
 
L
K
 
K
T
 
T
K
 
R
V
 
M
I
 
L
S
 
G
G
 
G
D
 
D
A
 
P
P
 
P
S
 
D
A
 
T
A
 
F
Q
 
Q
I
 
V
K
x
H
G
 
A
-
 
G
-
 
M
P
 
E
L
 
L
I
 
I
Q
 
G
D
 
T
W
 
W
A
 
V
D
 
V
Q
 
A
G
 
N
V
 
R
L
 
M
V
 
E
N
 
D
I
 
L
D
 
S
S
 
A
-
 
L
-
 
F
A
 
R
A
 
Q
T
 
E
D
 
G
W
 
W
K
 
L
Q
 
Q
N
 
A
L
 
F
P
 
P
P
 
K
E
 
G
I
 
L
D
 
I
K
 
D
I
 
L
I
 
I
K
 
S
Y
 
Y
K
 
K
G
 
G
H
 
G
T
 
I
V
 
W
A
 
S
A
 
V
P
 
P
F
 
V
S
 
N
V
 
I
H
 
H
R
 
R
V
 
S
N
 
N
W
 
V
L
 
M
Y
 
W
V
 
Y
N
 
L
K
 
P
A
 
A
A
 
K
L
 
L
D
 
K
K
 
G
I
 
W
G
 
G
A
 
V
K
 
N
V
 
P
P
 
P
T
 
R
T
 
T
W
 
W
P
 
D
E
 
K
F
 
F
F
 
L
A
 
A
V
 
T
A
 
C
D
 
Q
K
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
Q
A
 
K
G
 
G
I
 
L
Q
 
E
-
 
A
P
 
P
V
 
L
A
 
A
M
 
L
G
 
-
G
 
G
Q
 
E
P
 
N
W
 
W
Q
 
T
D
 
Q
L
 
Q
T
 
H
L
 
L
W
 
W
E
 
E
D
 
S
V
 
V
V
 
A
L
 
L
S
 
A
-
 
V
Q
 
L
G
 
G
P
 
P
A
 
D
F
 
D
Y
 
W
K
 
N
K
 
N
A
 
L
L
 
W
V
 
N
D
 
-
L
 
-
D
 
G
Q
 
K
A
 
L
T
 
K
L
 
F
T
 
T
S
 
D
P
 
P
Q
 
K
M
 
A
L
 
V
S
 
R
V
 
A
F
 
W
D
 
E
T
 
V
V
 
F
R
 
G
K
 
R
I
 
V
Q
 
L
G
 
D
Y
 
C
F
 
A
D
 
N
T
 
K
G
 
D
R
 
A
N
 
A
G
 
G
R
 
L
D
 
S
W
 
W
N
 
Q
L
 
Q
A
 
A
T
 
V
A
 
D
M
 
R
V
 
V
I
 
V
N
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
A
M
 
F
Q
 
N
F
 
I
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
A
G
 
G
E
 
Y
F
 
M
E
 
T
N
 
T
A
 
T
G
 
L
K
 
K
-
 
L
K
 
K
A
 
P
G
 
G
K
 
T
D
 
D
Y
 
F
I
 
A
C
 
W
A
 
A
P
 
P
V
 
S
P
 
P
G
 
G
T
 
T
A
 
Q
N
 
G
A
 
V
Y
 
F
T
 
M
F
 
M
N
 
L
V
 
S
D
|
D
S
 
S
F
 
F
V
 
G
F
 
L
F
 
-
Q
 
-
Q
 
P
K
 
K
G
 
G
E
 
A
K
 
K
N
 
N
A
 
R
T
 
Q
P
 
-
G
 
N
Q
 
A
L
 
I
A
 
N
L
 
W
A
 
L
K
 
R
T
 
L
I
 
V
M
 
G
T
 
S
P
 
K
A
 
E
F
 
G
Q
 
Q
E
 
D
Q
 
T
F
 
S
S
 
N
L
 
P
L
 
L
K
|
K
G
 
G
S
 
S
V
 
I
P
 
A
V
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
D
V
 
S
K
 
D
M
 
P
D
 
S
K
 
K
F
 
Y
D
 
N
D
 
A
C
 
Y
A
 
G
K
 
Q
K
 
S
S
 
A
Y
 
M
A
 
R
D
 
D
E
 
-
Q
 
-
T
 
-
A
 
-
I
 
W
K
 
R
S
 
S
G
 
N
G
 
R
F
 
I
V
 
V
P
 
G
S
 
S
L
 
L
A
 
V
H
|
H
G
 
G
M
 
A
A
 
V
Q
 
A
G
 
P
D
 
E
A
 
S
T
 
F
A
 
M
G
 
S
A
 
Q
I
 
F
T
 
G
D
 
T
V
 
V
V
 
M
T
 
E
K
 
I
F
 
F
M
 
L
N
 
Q
S
 
T
Q
 
R
Q
 
N

2b3bA Thermus thermophilus glucose/galactose binding protein with bound glucose (see paper)
28% identity, 90% coverage: 28:399/415 of query aligns to 3:372/392 of 2b3bA

query
sites
2b3bA
V
 
L
T
 
E
V
 
I
L
 
F
H
 
S
W
|
W
W
|
W
T
 
-
S
 
A
G
 
G
G
 
D
E
|
E
S
 
G
K
 
P
A
 
A
V
 
L
G
 
E
V
 
A
L
 
L
K
 
I
D
 
R
D
 
-
L
 
L
Q
 
Y
K
 
K
Q
 
Q
G
 
K
Y
 
Y
V
 
P
W
 
G
K
 
V
D
 
E
F
 
V
-
 
I
-
 
N
-
 
A
A
 
T
V
 
V
A
 
T
G
 
G
G
 
G
A
|
A
G
 
G
A
 
V
A
 
N
A
 
A
M
 
R
T
 
A
A
 
V
L
 
L
K
 
K
T
 
T
K
 
R
V
 
M
I
 
L
S
 
G
G
 
G
D
 
D
A
 
P
P
 
P
S
 
D
A
 
T
A
 
F
Q
 
Q
I
 
V
K
x
H
G
 
A
-
 
G
-
 
M
P
 
E
L
 
L
I
 
I
Q
 
G
D
 
T
W
 
W
A
 
V
D
 
V
Q
 
A
G
 
N
V
 
R
L
 
M
V
 
E
N
 
D
I
 
L
D
 
S
S
 
A
-
 
L
-
 
F
A
 
R
A
 
Q
T
 
E
D
 
G
W
 
W
K
 
L
Q
 
Q
N
 
A
L
 
F
P
 
P
P
 
K
E
 
G
I
 
L
D
 
I
K
 
D
I
 
L
I
 
I
K
 
S
Y
 
Y
K
 
K
G
 
G
H
 
G
T
 
I
V
 
W
A
 
S
A
 
V
P
 
P
F
 
V
S
 
N
V
 
I
H
 
H
R
 
R
V
 
S
N
 
N
W
 
V
L
 
M
Y
 
W
V
 
Y
N
 
L
K
 
P
A
 
A
A
 
K
L
 
L
D
 
K
K
 
G
I
 
W
G
 
G
A
 
V
K
 
N
V
 
P
P
 
P
T
 
R
T
 
T
W
 
W
P
 
D
E
 
K
F
 
F
F
 
L
A
 
A
V
 
T
A
 
C
D
 
Q
K
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
Q
A
 
K
G
 
G
I
 
L
Q
 
E
-
 
A
P
 
P
V
 
L
A
 
A
M
 
L
G
 
-
G
 
G
Q
 
E
P
 
N
W
 
W
Q
 
T
D
 
Q
L
 
Q
T
 
H
L
 
L
W
 
W
E
 
E
D
 
S
V
 
V
V
 
A
L
 
L
S
 
A
-
 
V
Q
 
L
G
 
G
P
 
P
A
 
D
F
 
D
Y
 
W
K
 
N
K
 
N
A
 
L
L
 
W
V
 
N
D
 
-
L
 
-
D
 
G
Q
 
K
A
 
L
T
 
K
L
 
F
T
 
T
S
 
D
P
 
P
Q
 
K
M
 
A
L
 
V
S
 
R
V
 
A
F
 
W
D
 
E
T
 
V
V
 
F
R
 
G
K
 
R
I
 
V
Q
 
L
G
 
D
Y
 
C
F
 
A
D
 
N
T
 
K
G
 
D
R
 
A
N
 
A
G
 
G
R
 
L
D
 
S
W
 
W
N
 
Q
L
 
Q
A
 
A
T
 
V
A
 
D
M
 
R
V
 
V
I
 
V
N
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
A
M
 
F
Q
 
N
F
 
I
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
A
G
 
G
E
 
Y
F
 
M
E
 
T
N
 
T
A
 
T
G
 
L
K
 
K
-
 
L
K
 
K
A
 
P
G
 
G
K
 
T
D
 
D
Y
 
F
I
 
A
C
 
W
A
 
A
P
 
P
V
 
S
P
 
P
G
 
G
T
 
T
A
 
Q
N
 
G
A
 
V
Y
 
F
T
 
M
F
 
M
N
 
L
V
 
S
D
|
D
S
 
S
F
 
F
V
 
G
F
 
L
F
 
-
Q
 
-
Q
 
P
K
 
K
G
 
G
E
 
A
K
 
K
N
 
N
A
 
R
T
 
Q
P
 
-
G
 
N
Q
 
A
L
 
I
A
 
N
L
 
W
A
 
L
K
 
R
T
 
L
I
 
V
M
 
G
T
 
S
P
 
K
A
 
E
F
 
G
Q
 
Q
E
 
D
Q
 
T
F
 
S
S
 
N
L
 
P
L
 
L
K
|
K
G
 
G
S
 
S
V
 
I
P
 
A
V
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
D
V
 
S
K
 
D
M
 
P
D
 
S
K
 
K
F
 
Y
D
 
N
D
 
A
C
 
Y
A
 
G
K
 
Q
K
 
S
S
 
A
Y
 
M
A
 
R
D
 
D
E
 
-
Q
 
-
T
 
-
A
 
-
I
 
W
K
 
R
S
 
S
G
 
N
G
 
R
F
 
I
V
 
V
P
 
G
S
 
S
L
 
L
A
 
V
H
|
H
G
 
G
M
 
A
A
 
V
Q
 
A
G
 
P
D
 
E
A
 
S
T
 
F
A
 
M
G
 
S
A
 
Q
I
 
F
T
 
G
D
 
T
V
 
V
V
 
M
T
 
E
K
 
I
F
 
F
M
 
L
N
 
Q
S
 
T
Q
 
R
Q
 
N

4g68A Biochemical and structural insights into xylan utilization by the thermophilic bacteriumcaldanaerobius polysaccharolyticus (see paper)
30% identity, 49% coverage: 69:270/415 of query aligns to 43:247/392 of 4g68A

query
sites
4g68A
A
 
A
A
 
Y
M
x
K
T
 
T
A
 
K
L
 
I
K
 
K
T
 
A
K
 
A
V
 
I
I
 
A
S
 
A
G
 
N
D
 
E
A
 
A
P
 
P
S
 
D
A
 
I
A
 
F
Q
 
Q
I
 
T
-
x
W
K
 
A
G
 
G
P
 
G
L
 
F
I
 
S
Q
 
Q
D
 
P
W
 
F
A
 
V
D
 
E
Q
 
A
G
 
G
V
 
K
L
 
V
V
 
L
N
 
Q
I
 
L
D
 
D
S
 
S
A
 
Y
A
 
L
T
 
N
D
 
D
W
 
G
K
 
T
Q
 
K
N
 
D
-
 
Q
-
 
L
L
 
L
P
 
P
P
 
G
E
 
S
I
 
F
D
 
D
K
 
N
I
 
V
I
 
T
K
 
-
Y
 
Y
K
 
N
G
 
G
H
 
K
T
 
I
V
 
Y
A
 
G
A
 
I
P
 
P
F
 
F
S
 
D
V
 
-
H
 
Q
R
x
Q
V
 
A
N
 
S
W
 
V
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
N
 
N
K
 
K
A
 
E
A
 
L
L
 
F
D
 
D
K
 
K
I
 
Y
G
 
N
A
 
V
K
 
K
V
 
V
P
 
P
T
 
T
T
 
T
W
 
F
P
 
S
E
 
E
F
 
L
F
 
I
A
 
D
V
 
A
A
 
I
D
 
K
K
 
T
L
 
F
K
 
K
A
 
S
A
 
K
G
 
G
I
 
V
Q
 
T
P
 
P
V
 
F
A
 
A
M
 
L
G
 
G
G
 
E
Q
 
K
-
 
D
P
 
E
W
|
W
Q
 
P
D
 
G
L
 
M
T
x
W
L
 
Y
W
 
Y
E
 
D
D
 
M
V
 
I
V
 
A
L
 
L
S
 
R
Q
 
E
G
 
G
-
 
G
-
 
V
-
 
Q
-
 
L
-
 
T
-
 
R
P
 
D
A
 
A
F
 
L
Y
 
N
K
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
S
V
 
F
D
 
D
L
 
-
D
 
N
Q
 
Q
A
 
A
T
 
F
L
 
T
T
 
D
S
 
A
P
 
A
Q
 
Q
M
 
K
L
 
L
S
 
Q
V
 
-
F
 
-
D
 
D
T
 
M
V
 
V
R
 
N
K
 
A
I
 
-
Q
 
-
G
 
G
Y
 
A
F
 
F
D
 
D
T
 
S
G
 
G
R
 
F
N
 
M
G
 
G
R
 
L
D
 
T
W
x
R
N
 
D
L
 
E
A
 
A
T
 
T
A
 
A
M
 
E
V
 
F
I
 
N
N
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
A
M
 
M
Q
 
Y
F
 
F
M
 
G
G
 
G
D
 
N
W
x
F
A
 
D
K
 
A
G
 
A
E
 
A
F
 
F

Sites not aligning to the query:

3oo6A Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose (see paper)
27% identity, 48% coverage: 91:288/415 of query aligns to 66:277/390 of 3oo6A

query
sites
3oo6A
G
 
G
P
 
Y
L
x
R
I
 
L
Q
 
Q
D
 
F
W
 
F
A
 
A
D
 
A
Q
 
Q
G
 
G
V
 
L
L
 
L
V
 
T
N
 
P
I
 
I
D
 
D
S
 
D
-
 
V
-
 
W
-
 
D
-
 
K
-
 
I
-
 
G
-
 
G
A
 
T
A
 
F
T
 
N
D
 
D
W
 
A
K
 
A
Q
 
K
N
 
S
L
 
L
P
 
S
P
 
K
E
 
G
I
 
L
D
 
D
K
 
-
I
 
-
I
 
-
K
 
-
Y
 
-
K
 
-
G
 
G
H
 
H
T
 
Y
V
 
Y
A
 
L
A
 
V
P
 
P
F
 
-
S
 
-
V
 
L
H
 
Y
R
 
N
V
x
Y
N
 
P
W
|
W
L
 
V
-
 
V
Y
 
F
V
 
Y
N
 
N
K
 
K
A
 
S
A
 
V
L
 
F
D
 
Q
K
 
S
I
 
K
G
 
G
A
 
Y
K
 
E
V
 
V
P
 
P
T
 
A
T
 
S
W
 
W
P
 
E
E
 
A
F
 
F
F
 
I
A
 
A
V
 
L
A
 
A
D
 
R
K
 
K
L
 
M
K
 
Q
A
 
S
A
 
D
G
 
G
I
 
L
Q
 
V
P
 
P
V
 
L
A
 
A
M
 
F
G
 
A
G
 
D
Q
 
K
P
 
D
-
 
G
W
|
W
Q
 
P
D
 
A
L
 
L
T
 
G
L
 
T
W
 
F
E
 
D
D
 
I
V
 
L
V
 
N
L
 
L
S
 
R
Q
 
I
G
 
N
P
 
G
A
 
Y
F
 
D
Y
 
Y
K
 
H
K
 
I
A
 
K
L
 
L
V
 
M
D
 
K
L
 
-
D
 
H
Q
 
E
A
 
V
T
 
P
L
 
W
T
 
T
S
 
D
P
 
P
Q
 
G
M
 
V
L
 
T
S
 
K
V
 
V
F
 
F
D
 
D
T
 
Q
V
 
W
R
 
R
K
 
E
I
 
L
Q
 
A
G
 
A
Y
 
Y
F
 
Q
D
 
Q
T
 
K
G
 
G
R
 
A
N
 
N
G
 
G
R
 
R
D
 
T
W
 
W
N
 
Q
L
 
D
A
 
A
T
 
A
A
 
K
M
 
A
V
 
L
I
 
E
N
 
N
G
 
K
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
M
F
 
F
M
 
Q
G
 
G
-
 
S
-
 
N
-
 
Q
-
 
V
-
 
A
-
 
A
-
 
N
-
 
Y
-
 
S
-
 
A
-
 
K
-
 
N
-
 
L
-
 
P
D
 
D
W
 
L
A
 
D
K
 
F
G
 
F
E
 
V
F
 
F
E
 
P
N
 
A
A
 
I
G
 
N
K
 
P
K
 
Q
A
 
Y
G
 
G
K
 
T
D
 
D
Y
 
Y
I
 
M
C
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
T
P
 
D
G
 
G

Sites not aligning to the query:

3vxcA Crystal structure of xylobiose-bxle complex from streptomyces thermoviolaceus opc-520
30% identity, 36% coverage: 129:276/415 of query aligns to 108:264/398 of 3vxcA

query
sites
3vxcA
G
 
G
H
 
H
T
 
E
V
 
Y
A
 
G
A
 
I
P
 
P
F
 
M
S
x
R
V
 
G
H
 
M
R
x
Q
V
 
P
N
 
V
W
 
L
L
 
L
Y
 
F
V
 
Y
N
 
N
K
 
K
A
 
S
A
 
V
L
 
F
D
 
A
K
 
E
I
 
H
G
 
K
A
 
L
K
 
T
V
 
P
P
 
P
T
 
T
T
 
T
W
 
W
P
 
D
E
 
Q
F
 
L
F
 
L
A
 
D
V
 
N
A
 
V
D
 
A
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
V
Q
 
T
P
 
P
V
 
F
A
 
A
M
 
L
G
 
G
G
 
G
-
 
V
Q
 
E
P
 
I
W
|
W
Q
 
P
D
 
E
L
 
L
T
 
-
L
 
M
W
 
W
E
 
L
D
 
E
V
 
Y
V
 
L
L
 
V
S
 
D
Q
 
R
-
 
I
-
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
Q
F
 
V
Y
 
F
K
 
D
K
 
K
A
 
-
L
 
I
V
 
R
D
 
N
L
 
G
D
 
D
Q
 
A
A
 
S
T
 
G
L
 
W
T
 
G
S
 
D
P
 
P
Q
 
A
M
 
V
L
 
L
S
 
K
V
 
A
F
 
A
D
 
Q
T
 
T
V
 
V
R
 
K
K
 
Q
I
 
L
-
 
V
-
 
D
Q
 
E
G
 
G
Y
 
A
F
 
F
D
 
G
T
 
K
G
 
G
R
 
F
N
 
S
G
 
S
R
 
V
D
 
S
W
 
Y
N
 
N
L
 
N
-
 
G
-
 
G
A
 
A
T
 
P
A
 
A
M
 
L
V
 
L
I
 
A
N
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
H
F
 
L
M
 
M
G
 
G
D
 
S
W
|
W
A
 
E
K
 
Y
-
 
S
-
 
T
-
 
Q
-
 
L
G
 
G
E
 
K
F
 
F
E
 
P
N
 
D
A
 
F
G
 
A
K
 
K
K
 
K

Sites not aligning to the query:

6preA Sbp rafe in complex with verbascose (see paper)
28% identity, 27% coverage: 74:184/415 of query aligns to 47:156/386 of 6preA

query
sites
6preA
L
 
L
K
 
K
T
 
T
K
 
R
V
 
V
I
 
L
S
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
V
P
 
P
S
 
D
A
 
V
A
 
V
Q
 
N
I
 
I
-
x
Y
-
 
P
K
x
Q
G
 
S
P
 
I
L
 
E
I
 
L
Q
 
Q
D
 
E
W
 
W
A
 
A
D
 
K
Q
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
F
V
 
E
N
 
-
I
 
-
D
 
D
S
 
L
A
 
S
A
 
N
T
 
K
D
 
D
W
 
Y
K
 
L
Q
 
K
N
 
R
L
 
V
P
 
K
P
 
N
E
 
G
I
 
Y
D
 
A
K
 
E
I
 
K
I
 
Y
K
 
A
Y
 
V
K
 
N
G
 
E
H
 
K
T
 
V
V
 
Y
A
 
N
A
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
T
V
 
A
H
 
N
R
 
A
V
 
Y
N
 
G
W
 
-
L
 
I
Y
 
Y
V
 
Y
N
 
N
K
 
K
A
 
D
A
 
K
L
 
F
D
 
E
K
 
E
I
 
L
G
 
G
A
 
L
K
 
K
V
 
V
P
 
P
T
 
E
T
 
T
W
 
W
P
 
D
E
 
E
F
 
F
F
 
E
A
 
Q
V
 
L
A
 
V
D
 
K
K
 
D
L
 
I
K
 
V
A
 
A
A
 
K
G
 
G
I
 
Q
Q
 
T
P
 
P
V
 
F
A
 
G
M
 
I
G
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

2i58A Crystal structure of rafe from streptococcus pneumoniae complexed with raffinose
28% identity, 27% coverage: 74:184/415 of query aligns to 46:155/385 of 2i58A

query
sites
2i58A
L
 
L
K
 
K
T
 
T
K
 
R
V
 
V
I
 
L
S
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
V
P
 
P
S
 
D
A
 
V
A
 
V
Q
 
N
I
 
I
-
x
Y
-
 
P
K
x
Q
G
 
S
P
 
I
L
 
E
I
 
L
Q
 
Q
D
 
E
W
 
W
A
 
A
D
 
K
Q
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
F
V
 
E
N
 
-
I
 
-
D
 
D
S
 
L
A
 
S
A
 
N
T
 
K
D
 
D
W
 
Y
K
 
L
Q
 
K
N
 
R
L
 
V
P
 
K
P
 
N
E
 
G
I
 
Y
D
 
A
K
 
E
I
 
K
I
 
Y
K
 
A
Y
 
V
K
 
N
G
 
E
H
 
K
T
 
V
V
 
Y
A
 
N
A
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
T
V
 
A
H
 
N
R
 
A
V
 
Y
N
 
G
W
 
-
L
 
I
Y
 
Y
V
 
Y
N
 
N
K
 
K
A
 
D
A
 
K
L
 
F
D
 
E
K
 
E
I
 
L
G
 
G
A
 
L
K
 
K
V
 
V
P
 
P
T
 
E
T
 
T
W
 
W
P
 
D
E
 
E
F
 
F
F
 
E
A
 
Q
V
 
L
A
 
V
D
 
K
K
 
D
L
 
I
K
 
V
A
 
A
A
 
K
G
 
G
I
 
Q
Q
 
T
P
 
P
V
 
F
A
 
G
M
 
I
G
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

5f7vA Abc substrate-binding protein lmo0181 from listeria monocytogenes in complex with cycloalternan (see paper)
26% identity, 49% coverage: 71:273/415 of query aligns to 44:249/388 of 5f7vA

query
sites
5f7vA
M
 
F
T
 
T
A
 
K
L
 
L
K
 
Q
T
 
T
K
 
Q
V
 
I
I
 
A
S
 
G
G
 
G
D
 
D
A
 
A
P
 
P
S
 
D
A
 
A
A
 
F
Q
 
E
I
 
L
K
x
N
G
 
Y
P
x
E
L
 
T
I
 
F
Q
 
M
D
 
Q
W
 
Y
A
 
A
D
 
E
Q
 
K
G
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
A
N
 
D
I
 
L
D
 
T
S
 
S
A
 
Y
A
 
I
T
 
E
D
 
K
W
 
D
K
 
K
Q
 
D
N
 
F
L
 
D
P
 
P
P
 
S
E
 
T
I
 
L
D
 
N
K
 
K
-
 
Q
-
 
A
-
 
Y
-
 
D
I
 
A
I
 
F
K
 
K
Y
 
Y
K
 
D
G
 
G
H
 
K
T
 
Q
V
 
Y
A
 
G
A
 
M
P
 
V
F
 
E
S
 
S
V
 
F
H
 
S
R
 
N
V
 
V
N
 
V
W
 
T
L
 
I
Y
 
Y
V
 
-
N
 
N
K
 
K
A
 
D
A
 
L
L
 
F
D
 
D
K
 
K
I
 
A
G
 
G
A
 
V
K
 
E
V
 
Y
P
 
P
T
 
T
-
 
A
-
 
D
-
 
W
T
 
T
W
 
W
P
 
K
E
 
D
F
 
E
F
 
E
A
 
A
V
 
A
A
 
A
D
 
K
K
 
K
L
 
L
K
 
T
A
 
D
A
 
A
-
 
K
-
 
N
-
 
K
-
 
V
-
 
W
-
 
G
G
 
T
I
 
S
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
A
 
T
M
 
M
G
x
N
G
x
E
Q
 
-
P
 
-
W
 
-
Q
 
-
D
 
-
L
 
-
T
 
-
L
 
-
W
 
F
E
 
Y
D
 
K
V
 
V
V
 
A
L
 
A
S
 
Q
Q
 
N
G
 
G
P
 
G
A
 
S
F
 
I
Y
 
F
K
 
N
K
 
E
A
 
-
L
 
-
V
 
-
D
 
D
L
 
L
D
 
T
Q
 
E
A
 
T
T
 
T
L
 
I
T
 
N
S
 
S
P
 
P
Q
 
E
M
 
N
L
 
V
S
 
E
V
 
A
F
 
L
D
 
T
T
 
H
V
 
L
R
 
T
K
 
N
I
 
E
Q
 
V
G
 
T
Y
 
D
F
 
S
D
 
K
T
 
V
G
 
A
R
 
P
N
 
S
G
 
P
R
 
A
D
 
D
W
 
L
N
 
S
-
 
G
-
 
Q
L
 
L
A
 
P
T
x
E
A
 
D
M
 
L
V
 
F
I
 
M
N
 
N
G
 
G
K
 
Q
A
 
I
G
 
A
M
 
M
Q
 
L
F
 
H
M
 
T
G
 
G
D
 
I
W
|
W
A
 
L
K
 
F
G
 
D
E
 
M
F
 
F
E
 
Q
N
 
D
A
 
A

Sites not aligning to the query:

7vfqC Wild type glta from bifidobacterium infantis jcm 1222 complexed with lacto-n-tetraose
26% identity, 39% coverage: 65:227/415 of query aligns to 42:221/397 of 7vfqC

query
sites
7vfqC
G
 
G
A
 
N
G
x
A
A
x
S
A
 
E
A
 
M
M
 
I
T
 
K
A
 
K
L
 
L
K
 
E
T
 
T
K
 
D
V
 
V
I
 
K
S
 
A
G
 
G
D
 
N
A
 
A
P
 
P
S
 
D
A
 
L
A
 
A
Q
 
Q
I
 
V
K
 
G
G
 
Y
P
 
A
L
 
E
I
 
V
Q
 
P
D
 
E
W
 
V
A
 
F
D
 
T
Q
 
K
G
 
G
V
 
L
L
 
L
V
 
Q
N
 
D
I
 
V
D
 
T
S
 
D
A
 
E
A
 
A
T
 
A
D
 
K
W
 
Y
K
 
K
Q
 
D
N
 
D
L
 
F
P
 
A
P
 
S
E
 
A
I
 
P
D
 
F
K
 
A
I
 
L
I
 
M
K
 
Q
Y
 
V
K
 
D
G
 
G
H
 
K
T
 
T
V
 
Y
A
 
G
A
 
L
P
 
P
F
 
Q
S
x
D
V
 
T
H
 
G
R
 
P
V
 
L
N
 
A
W
 
Y
L
 
F
Y
 
Y
V
 
-
N
 
N
K
 
A
A
 
A
A
 
E
L
 
F
D
 
E
K
 
K
I
 
L
G
 
G
A
 
I
K
 
T
V
 
V
P
 
P
T
 
K
T
 
T
W
 
A
P
 
D
E
 
E
F
 
L
F
 
I
A
 
E
V
 
T
A
 
A
D
 
K
K
 
K
L
 
T
K
 
A
A
 
A
A
 
Q
G
 
G
-
 
K
-
 
Y
-
 
I
-
 
M
-
 
T
I
 
F
Q
 
Q
P
 
P
-
 
D
-
x
E
-
 
A
-
 
M
V
 
M
A
 
M
M
 
M
G
 
S
G
 
G
Q
 
Q
-
 
A
-
 
G
-
 
A
-
 
S
-
 
G
P
 
P
W
 
W
Q
 
Y
D
 
K
L
 
V
T
 
D
L
 
G
W
 
N
E
 
S
D
 
W
V
 
V
V
 
V
L
 
N
S
 
T
Q
 
Q
G
 
T
P
 
K
A
 
G
F
 
-
Y
 
-
K
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
V
V
 
A
D
 
D
L
 
V
-
 
Y
-
 
Q
-
 
Q
-
 
L
-
 
I
-
 
D
D
 
N
Q
 
K
A
 
A
T
 
A
L
 
L
T
 
T
S
 
N
P
 
P
Q
 
R
M
x
W
L
 
D
S
 
A
V
 
S
F
 
F
D
 
D

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_011883672.1 NCBI__GCF_000016205.1:WP_011883672.1
MKVRSIMGALCAAGLMAGAVAAQAAENVTVLHWWTSGGESKAVGVLKDDLQKQGYVWKDF
AVAGGAGAAAMTALKTKVISGDAPSAAQIKGPLIQDWADQGVLVNIDSAATDWKQNLPPE
IDKIIKYKGHTVAAPFSVHRVNWLYVNKAALDKIGAKVPTTWPEFFAVADKLKAAGIQPV
AMGGQPWQDLTLWEDVVLSQGPAFYKKALVDLDQATLTSPQMLSVFDTVRKIQGYFDTGR
NGRDWNLATAMVINGKAGMQFMGDWAKGEFENAGKKAGKDYICAPVPGTANAYTFNVDSF
VFFQQKGEKNATPGQLALAKTIMTPAFQEQFSLLKGSVPVRLGVKMDKFDDCAKKSYADE
QTAIKSGGFVPSLAHGMAQGDATAGAITDVVTKFMNSQQDSKSAVAALAKAAKVK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory