SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011884818.1 NCBI__GCF_000016205.1:WP_011884818.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 7 hits to proteins with known functional sites (download)

P54968 IAA-amino acid hydrolase ILR1; EC 3.5.1.- from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
39% identity, 100% coverage: 1:386/387 of query aligns to 39:427/442 of P54968

query
sites
P54968
M
 
M
T
 
L
H
 
H
S
 
S
V
 
A
I
 
K
P
 
D
A
 
P
G
 
E
L
 
F
A
 
F
D
 
E
E
 
W
M
 
M
I
 
R
D
 
G
I
 
I
R
 
R
H
 
R
R
 
K
I
 
I
H
 
H
A
 
E
H
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
T
G
 
G
F
 
F
E
 
Q
E
|
E
F
 
F
A
 
K
T
 
T
S
 
S
D
 
Q
L
 
L
V
 
V
A
 
R
E
 
D
Q
 
E
L
 
L
Q
 
D
G
 
S
W
 
L
G
 
G
Y
 
V
T
 
K
V
 
Y
R
 
K
R
 
Y
G
 
P
L
 
V
G
 
A
G
 
K
T
 
T
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
A
Q
 
W
L
 
-
K
 
-
V
 
I
G
 
G
D
 
S
G
 
C
T
 
S
Q
 
K
R
 
P
L
 
V
-
 
F
G
 
G
L
 
L
R
 
R
A
 
A
D
 
D
M
 
M
D
 
D
A
 
A
L
 
L
P
 
P
I
 
L
H
 
Q
E
 
E
S
 
L
T
 
V
G
 
E
L
 
W
P
 
E
Y
 
S
R
 
K
S
 
S
T
 
K
I
 
V
P
 
D
G
 
G
K
 
K
M
 
M
H
 
H
A
 
A
C
 
C
G
|
G
H
 
H
D
 
D
G
 
T
H
 
H
T
 
V
A
 
A
M
 
M
L
 
L
L
 
L
A
 
G
A
 
A
A
 
A
K
 
K
H
 
L
L
 
L
A
 
Q
R
 
T
E
 
T
R
 
K
R
 
H
F
 
L
-
 
I
S
 
K
G
 
G
T
 
T
L
 
V
N
 
K
L
 
L
I
 
V
F
 
F
Q
 
Q
P
 
P
A
 
G
E
 
E
E
 
E
G
 
G
L
 
Y
G
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
Y
K
 
E
M
 
M
L
 
L
D
 
K
D
 
D
G
 
E
L
 
I
F
 
L
E
 
D
Q
 
D
F
 
L
P
 
-
C
 
-
D
 
D
A
 
G
I
 
I
F
 
L
A
 
S
M
 
V
H
 
H
N
 
V
M
 
F
P
 
P
G
 
S
F
 
I
P
 
P
T
 
S
G
 
G
K
 
G
L
 
I
G
 
G
F
 
S
L
 
R
A
 
P
G
 
G
P
 
T
F
 
V
M
 
L
A
 
A
S
 
G
S
 
A
D
 
G
T
 
L
V
 
F
I
 
T
V
 
V
D
 
T
V
 
V
H
 
H
G
 
G
R
 
Q
G
 
G
G
 
S
H
 
H
G
 
A
A
 
A
V
 
T
P
 
P
H
 
H
K
 
F
A
 
S
I
 
K
D
 
D
P
 
P
V
 
V
V
 
L
V
 
A
C
 
A
A
 
S
Q
 
S
I
 
A
V
 
V
I
 
V
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
Q
I
 
I
V
 
V
S
 
S
R
 
R
N
 
E
V
 
L
S
 
D
P
 
P
L
 
L
D
 
E
M
 
A
A
 
G
I
 
V
V
 
V
T
 
T
V
 
V
G
 
G
A
 
Y
I
 
I
H
 
E
A
 
G
G
 
G
D
 
H
A
 
A
P
 
Q
N
 
N
V
 
V
I
 
I
P
 
P
E
 
Q
H
 
S
A
 
A
Q
 
K
M
 
F
R
 
G
L
 
G
S
 
T
V
 
F
R
 
R
A
 
S
L
 
L
K
 
S
P
 
N
D
 
D
V
 
G
R
 
L
D
 
L
L
 
F
L
 
I
E
 
Q
T
 
R
R
 
R
I
 
I
K
 
K
E
 
E
V
 
I
V
 
S
H
 
E
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
S
V
 
V
F
 
Y
G
 
R
A
 
C
T
 
K
A
 
A
T
 
E
I
 
V
D
 
N
Y
 
F
Q
 
E
R
 
E
R
 
K
-
 
K
-
 
P
-
 
S
-
 
L
Y
 
H
P
 
P
V
 
V
L
 
M
V
 
N
N
 
N
D
 
D
A
 
E
R
 
G
M
 
L
T
 
Y
A
 
E
F
 
H
A
 
G
R
 
K
D
 
K
V
 
V
A
 
A
H
 
E
A
 
A
W
 
M
A
 
I
G
 
G
A
 
K
E
 
N
N
 
N
L
 
F
I
 
H
D
 
D
G
 
-
M
 
-
V
 
F
P
 
P
L
 
V
T
 
T
-
 
M
G
 
G
S
 
G
E
 
E
D
 
D
F
 
F
A
 
S
F
 
F
L
 
F
L
 
T
E
 
Q
Q
 
K
R
 
T
P
 
K
G
 
A
C
 
A
Y
 
I
L
 
F
I
 
V
I
 
L
G
 
G
-
 
V
-
 
K
N
 
N
G
 
E
D
 
T
G
 
L
E
 
G
G
 
A
G
 
G
C
 
K
M
 
P
V
 
L
H
 
H
N
 
S
P
 
P
G
 
Y
Y
 
F
D
 
F
F
 
V
N
 
D
D
 
E
A
 
E
A
 
A
L
 
L
P
 
P
I
 
V
G
|
G
A
 
A
S
 
A
Y
 
L
W
 
H
V
 
A
K
 
A
L
 
M
A
 
A
E
 
V
A
 
S
F
 
Y
L
 
L

O04373 IAA-amino acid hydrolase ILR1-like 4; jasmonoyl-L-amino acid hydrolase; EC 3.5.1.-; EC 3.5.1.127 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
39% identity, 97% coverage: 12:387/387 of query aligns to 46:424/440 of O04373

query
sites
O04373
D
 
D
E
 
W
M
 
M
I
 
V
D
 
G
I
 
I
R
 
R
H
 
R
R
 
R
I
 
I
H
 
H
A
 
E
H
 
N
P
 
P
E
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
Y
E
 
E
E
 
E
F
 
V
A
 
E
T
 
T
S
 
S
D
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
R
E
 
A
Q
 
E
L
 
L
Q
 
E
G
 
K
W
 
M
G
 
G
Y
 
V
T
 
S
V
 
Y
R
 
K
R
 
Y
G
 
P
L
 
V
G
 
A
G
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
G
Q
 
Y
L
 
V
K
 
G
V
 
T
G
 
G
D
 
H
G
 
A
T
 
P
Q
 
-
R
 
F
L
 
V
G
 
A
L
 
L
R
 
R
A
 
A
D
 
D
M
 
M
D
 
D
A
 
A
L
 
L
P
 
A
I
 
M
H
 
Q
E
 
E
S
 
M
T
 
V
G
 
E
L
 
W
P
 
E
Y
 
H
R
 
K
S
 
S
T
 
K
I
 
V
P
 
P
G
 
G
K
 
K
M
 
M
H
 
H
A
 
A
C
 
C
G
 
G
H
 
H
D
 
D
G
 
A
H
 
H
T
 
T
A
 
T
M
 
M
L
 
L
L
 
L
A
 
G
A
 
A
A
 
A
K
 
K
H
 
L
L
 
L
A
 
K
R
 
E
-
 
H
E
 
E
R
 
E
R
 
E
F
 
L
S
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
V
N
 
V
L
 
L
I
 
V
F
 
F
Q
 
Q
P
 
P
A
 
A
E
 
E
E
 
E
G
 
G
L
 
G
G
 
G
G
 
G
A
 
A
K
 
K
K
 
K
M
 
I
L
 
V
D
 
E
D
 
A
G
 
G
L
 
V
F
 
L
E
 
E
Q
 
N
F
 
-
P
 
-
C
 
V
D
 
S
A
 
A
I
 
I
F
 
F
A
 
G
M
 
L
H
 
H
N
 
V
M
 
T
P
 
N
G
 
Q
F
 
L
P
 
A
T
 
L
G
 
G
K
 
Q
L
 
V
G
 
S
F
x
S
L
 
R
A
 
E
G
 
G
P
 
P
F
 
M
M
 
L
A
 
A
S
 
G
S
 
S
D
 
G
T
 
F
V
 
F
I
 
K
V
 
A
D
 
K
V
 
I
H
 
S
G
|
G
R
 
K
G
|
G
G
 
G
H
 
H
G
 
A
A
|
A
V
 
L
P
 
P
H
 
Q
K
 
H
A
 
T
I
 
I
D
 
D
P
 
P
V
 
I
V
 
L
V
 
A
C
 
A
A
 
S
Q
 
N
I
 
V
V
 
I
I
 
V
A
 
S
L
 
L
Q
 
Q
T
 
H
I
 
L
V
 
V
S
 
S
R
 
R
N
 
E
V
 
A
S
 
D
P
 
P
L
 
L
D
 
D
M
 
S
A
 
Q
I
 
V
V
 
V
T
 
T
V
 
V
G
 
A
A
 
K
I
 
F
H
 
E
A
 
G
G
 
G
D
 
G
A
 
A
P
 
F
N
 
N
V
 
V
I
 
I
P
 
P
E
 
D
H
 
S
A
 
V
Q
 
T
M
 
I
R
 
G
L
 
G
S
 
T
V
 
F
R
 
R
A
 
A
L
 
F
K
 
S
P
 
T
D
 
K
V
 
S
R
 
F
D
 
M
L
 
Q
L
 
L
E
 
K
T
 
K
R
 
R
I
 
I
K
 
E
E
 
Q
V
 
V
V
 
I
H
 
T
A
 
R
Q
 
Q
A
 
A
A
 
S
V
 
V
F
 
N
G
 
M
A
 
C
T
 
N
A
 
A
T
 
T
I
 
V
D
 
D
Y
 
F
Q
 
I
R
 
E
R
 
E
-
 
E
-
 
K
-
 
P
-
 
F
Y
 
F
P
 
P
V
 
P
L
 
T
V
 
V
N
 
N
D
 
D
A
 
K
R
 
A
M
 
L
T
 
H
A
 
Q
F
 
F
A
 
F
R
 
K
D
 
N
V
 
V
A
 
S
H
 
G
A
 
D
W
 
M
A
 
L
G
 
G
A
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
Y
I
 
V
D
 
E
G
 
-
M
 
M
V
 
Q
P
 
P
L
 
L
T
 
M
G
 
G
S
 
S
E
 
E
D
 
D
F
 
F
A
 
S
F
 
F
L
 
Y
L
 
Q
E
 
Q
Q
 
A
R
 
I
P
 
P
G
 
G
C
 
H
Y
 
F
L
 
S
I
 
F
I
 
V
G
 
G
N
 
M
G
 
Q
D
 
N
G
 
K
E
 
A
G
 
R
G
 
S
C
 
P
M
 
M
V
 
A
-
 
S
-
 
P
H
 
H
N
 
S
P
 
P
G
 
Y
Y
 
F
D
 
E
F
 
V
N
 
N
D
 
E
A
 
E
A
 
L
L
 
L
P
 
P
I
 
Y
G
 
G
A
 
A
S
 
S
Y
 
L
W
 
H
V
 
A
K
 
S
L
 
M
A
 
A
E
 
T
A
 
R
F
 
Y
L
 
L
V
 
L

P54955 N-acetylcysteine deacetylase; S-(2-succino)cysteine metabolism operon protein P; EC 3.5.1.- from Bacillus subtilis (strain 168)
37% identity, 95% coverage: 14:382/387 of query aligns to 10:372/380 of P54955

query
sites
P54955
M
 
L
I
 
I
D
 
N
I
 
M
R
 
R
H
 
R
R
 
D
I
 
L
H
 
H
A
 
E
H
 
H
P
 
P
E
 
E
L
 
L
G
 
S
F
 
F
E
 
Q
E
 
E
F
 
V
A
 
E
T
 
T
S
 
T
D
 
K
L
 
K
V
 
I
A
 
R
E
 
R
Q
 
W
L
 
L
Q
 
E
G
 
E
W
 
E
G
 
Q
Y
 
I
T
 
E
V
 
I
R
 
L
R
 
D
G
 
V
L
 
P
G
 
Q
-
 
L
G
 
K
T
 
T
G
 
G
V
 
V
V
 
I
A
 
A
Q
 
E
L
 
I
K
 
K
V
 
G
G
 
R
D
 
E
G
 
D
T
 
G
Q
 
P
R
 
V
L
 
I
G
 
A
L
 
I
R
 
R
A
 
A
D
 
D
M
 
I
D
 
D
A
 
A
L
 
L
P
 
P
I
 
I
H
 
Q
E
 
E
S
 
Q
T
 
T
G
 
N
L
 
L
P
 
P
Y
 
F
R
 
A
S
 
S
T
 
K
I
 
V
P
 
D
G
 
G
K
 
T
M
 
M
H
 
H
A
 
A
C
|
C
G
 
G
H
|
H
D
 
D
G
 
F
H
 
H
T
 
T
A
 
A
M
 
S
L
 
I
L
 
I
A
 
G
A
 
T
A
 
A
K
 
M
H
 
L
L
 
L
A
 
N
R
 
Q
E
 
R
R
 
R
-
 
A
R
 
E
F
 
L
S
 
K
G
 
G
T
 
T
L
 
V
N
 
R
L
 
F
I
 
I
F
 
F
Q
 
Q
P
 
P
A
 
A
E
 
E
E
|
E
G
 
I
L
 
A
G
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
R
K
 
K
M
 
V
L
 
L
D
 
E
D
 
A
G
 
G
L
 
V
F
 
L
E
 
N
Q
 
G
F
 
-
P
 
-
C
 
V
D
 
S
A
 
A
I
 
I
F
 
F
A
 
G
M
 
M
H
|
H
N
 
N
M
 
K
P
 
P
G
 
D
F
 
L
P
 
P
T
 
V
G
 
G
K
 
T
L
 
I
G
 
G
F
 
V
L
 
K
A
 
E
G
 
G
P
 
P
F
 
L
M
 
M
A
 
A
S
 
S
S
 
V
D
 
D
T
 
R
V
 
F
I
 
E
V
 
I
D
 
V
V
 
I
H
 
K
G
 
G
R
 
K
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
A
A
 
G
V
 
I
P
 
P
H
 
N
K
 
N
A
 
S
I
 
I
D
 
D
P
 
P
V
 
I
V
 
A
V
 
A
C
 
A
A
 
G
Q
 
Q
I
 
I
V
 
I
I
 
S
A
 
G
L
 
L
Q
 
Q
T
 
S
I
 
V
V
 
V
S
 
S
R
 
R
N
 
N
V
 
I
S
 
S
P
 
S
L
 
L
D
 
Q
M
 
N
A
 
A
I
 
V
V
 
V
T
 
S
V
 
I
G
 
T
A
 
R
I
 
V
H
 
Q
A
 
A
G
 
G
D
 
T
A
 
S
P
 
W
N
 
N
V
 
V
I
 
I
P
 
P
E
 
D
H
 
Q
A
 
A
Q
 
E
M
 
M
R
 
E
L
 
G
S
 
T
V
 
V
R
 
R
A
 
T
L
 
F
K
 
Q
P
 
K
D
 
E
V
 
A
R
 
R
D
 
Q
L
 
A
L
 
V
E
 
P
T
 
E
R
 
H
I
 
M
K
 
R
E
 
R
V
 
V
V
 
A
H
 
E
A
 
G
Q
 
I
A
 
A
A
 
A
V
 
G
F
 
Y
G
 
G
A
 
A
T
 
Q
A
 
A
T
 
E
I
 
F
D
 
K
Y
 
W
Q
 
F
R
 
P
R
 
Y
Y
 
L
P
 
P
V
 
S
L
 
V
V
 
Q
N
 
N
D
 
D
A
 
G
R
 
T
M
 
F
T
 
L
A
 
N
F
 
A
A
 
A
R
 
S
D
 
E
V
 
A
A
 
A
H
 
-
A
 
A
W
 
R
A
 
L
G
 
G
A
 
Y
E
 
Q
N
 
T
L
 
V
I
 
H
D
 
A
G
 
E
M
 
Q
V
 
S
P
 
P
L
 
-
T
 
-
G
 
G
S
 
G
E
 
E
D
 
D
F
 
F
A
 
A
F
 
L
L
 
Y
L
 
Q
E
 
E
Q
 
K
R
 
I
P
 
P
G
 
G
C
 
F
Y
 
F
L
 
V
I
 
W
I
 
M
G
 
G
-
 
T
N
 
N
G
 
G
D
 
T
G
 
E
E
 
E
G
 
W
G
 
-
C
 
-
M
 
-
V
 
-
H
|
H
N
 
H
P
 
P
G
 
A
Y
 
F
D
 
T
F
 
L
N
 
D
D
 
E
A
 
E
A
 
A
L
 
L
P
 
T
I
 
V
G
 
A
A
 
S
S
 
Q
Y
 
Y
W
 
F
V
 
A
K
 
E
L
 
L
A
 
A

4ewtA The crystal structure of a putative aminohydrolase from methicillin resistant staphylococcus aureus (see paper)
36% identity, 94% coverage: 13:376/387 of query aligns to 15:378/389 of 4ewtA

query
sites
4ewtA
E
 
K
M
 
M
I
 
I
D
 
E
I
 
I
R
 
R
H
 
R
R
 
Y
I
 
L
H
 
H
A
 
Q
H
 
H
P
 
P
E
 
E
L
 
L
G
 
S
F
 
F
E
 
H
E
 
E
F
 
D
A
 
E
T
 
T
S
 
A
D
 
K
L
 
Y
V
 
I
A
 
A
E
 
E
Q
 
F
L
 
Y
Q
 
K
G
 
G
W
 
K
G
 
D
Y
 
V
T
 
E
V
 
V
R
 
E
R
 
T
G
 
N
L
 
V
G
 
G
G
 
P
T
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
K
A
 
V
Q
 
T
L
 
I
K
 
D
V
 
S
G
 
G
D
 
K
G
 
P
T
 
G
Q
 
K
R
 
T
L
 
L
G
 
A
L
 
I
R
 
R
A
 
A
D
 
D
M
 
F
D
 
D
A
 
A
L
 
L
P
 
P
I
 
I
H
 
T
E
 
E
S
 
D
T
 
T
G
 
G
L
 
L
P
 
S
Y
 
F
R
 
A
S
 
S
T
 
Q
I
 
N
P
 
K
G
 
G
K
 
V
M
 
M
H
 
H
A
 
A
C
|
C
G
 
G
H
|
H
D
 
D
G
 
A
H
 
H
T
 
T
A
 
A
M
 
Y
L
 
M
L
 
L
A
 
V
A
 
L
A
 
A
K
 
E
H
 
T
L
 
L
A
 
A
R
 
E
E
 
M
R
 
K
-
 
D
R
 
S
F
 
F
S
 
T
G
 
G
T
 
K
L
 
V
N
 
V
L
 
V
I
 
I
F
 
H
Q
 
Q
P
 
P
A
 
A
E
 
E
E
|
E
-
 
V
G
 
P
L
 
P
G
 
G
G
 
G
A
 
A
K
 
K
K
 
T
M
 
M
L
 
I
D
 
E
D
 
N
G
 
G
L
 
V
F
 
L
E
 
D
Q
 
G
F
 
-
P
 
-
C
 
V
D
 
D
A
 
H
I
 
V
F
 
L
A
 
G
M
 
V
H
|
H
N
 
V
M
 
M
P
 
S
G
 
T
F
 
M
P
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
K
L
 
V
G
 
Y
F
 
Y
L
 
R
A
 
P
G
 
G
P
 
Y
F
 
V
M
 
Q
A
 
T
S
 
G
S
 
R
D
 
A
T
 
F
V
 
F
I
 
K
V
 
L
D
 
K
V
 
V
H
 
Q
G
 
G
R
 
K
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
S
V
 
S
P
 
P
H
 
H
K
 
M
A
 
A
I
 
N
D
 
D
P
 
A
V
 
I
V
 
V
V
 
A
C
 
G
A
 
S
Q
 
Y
I
 
F
V
 
V
I
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
I
 
V
V
 
V
S
 
S
R
 
R
N
x
R
V
 
L
S
 
S
P
 
P
L
 
F
D
 
E
M
 
T
A
 
G
I
 
V
V
 
V
T
 
T
V
 
I
G
 
G
A
 
S
I
 
F
H
 
D
A
 
G
G
 
K
D
 
G
A
 
Q
P
 
F
N
 
N
V
 
V
I
 
I
P
 
K
E
 
D
H
 
V
A
 
V
Q
 
E
M
 
I
R
 
E
L
 
G
S
 
D
V
 
V
R
 
R
A
 
G
L
 
L
K
 
T
P
 
D
D
 
A
V
 
T
R
 
K
D
 
A
L
 
T
L
 
I
E
 
E
T
 
K
R
 
E
I
 
I
K
 
K
E
x
R
V
 
L
V
 
S
H
 
K
A
 
G
Q
 
L
A
 
E
A
 
D
V
 
M
F
 
Y
G
 
G
A
 
V
T
 
T
A
 
C
T
 
T
I
 
L
D
 
E
Y
 
Y
Q
 
N
R
 
D
R
 
D
Y
 
Y
P
 
P
V
 
A
L
 
L
V
 
Y
N
 
N
D
 
D
A
 
P
R
 
E
M
 
F
T
 
T
A
 
E
F
 
Y
A
 
-
R
 
-
D
 
-
V
 
V
A
 
A
H
 
K
A
 
T
W
 
L
A
 
K
G
 
E
A
 
A
E
 
-
N
 
N
L
 
L
-
 
D
-
 
F
-
 
G
I
 
V
D
 
E
G
 
M
M
 
C
V
 
E
P
 
P
L
 
Q
T
 
P
G
 
P
S
 
S
E
 
E
D
 
D
F
 
F
A
 
A
F
 
Y
L
 
Y
L
 
A
E
 
K
Q
 
E
R
 
R
P
 
P
G
 
S
C
 
A
Y
 
F
L
 
I
I
 
Y
I
 
T
G
 
G
N
 
A
G
 
A
D
 
V
G
 
E
E
 
N
G
 
G
G
 
E
C
 
I
M
 
Y
V
 
P
-
 
H
H
|
H
N
 
H
P
 
P
G
 
K
Y
 
F
D
 
N
F
 
I
N
 
S
D
 
E
A
 
K
A
 
S
L
 
L
P
 
L
I
 
I
G
 
S
A
 
A
S
 
E

6slfA Nalpha-acylglutamine aminoacylase from corynebacterium sp.Releasing human axilla odorants co-crystallised with high affinity inhibitor (see paper)
38% identity, 84% coverage: 13:337/387 of query aligns to 18:344/398 of 6slfA

query
sites
6slfA
E
 
E
M
 
R
I
 
E
D
 
E
I
 
L
R
 
Y
H
 
K
R
 
W
I
 
F
H
 
H
A
 
Q
H
 
H
P
 
P
E
 
E
L
 
M
G
 
S
F
 
M
E
 
Q
E
 
E
F
 
H
A
 
E
T
 
T
S
 
S
D
 
K
L
 
R
V
 
I
A
 
A
E
 
E
Q
 
E
L
 
L
Q
 
E
G
 
K
W
 
L
G
 
G
Y
 
L
T
 
E
V
 
-
R
 
P
R
 
Q
G
 
N
L
 
I
G
 
G
G
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
Q
V
 
V
A
 
A
Q
 
V
L
 
I
K
 
K
V
 
N
G
 
G
D
 
E
G
 
G
T
 
P
Q
 
S
R
 
-
L
 
V
G
 
A
L
 
F
R
 
R
A
 
A
D
 
D
M
 
F
D
 
D
A
 
A
L
 
L
P
 
P
I
 
I
H
 
T
E
 
E
S
 
N
T
 
T
G
 
G
L
 
L
P
 
D
Y
 
Y
R
 
S
S
 
A
T
 
D
I
 
P
P
 
E
-
 
L
G
 
G
K
 
M
M
 
M
H
 
H
A
 
A
C
|
C
G
 
G
H
|
H
D
 
D
G
 
L
H
 
H
T
 
T
A
 
T
M
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
G
A
 
A
A
 
V
K
 
R
H
 
A
L
 
L
A
 
V
R
 
E
E
 
N
R
 
K
R
 
D
-
 
L
F
 
W
S
 
S
G
 
G
T
 
T
L
 
F
N
 
I
L
 
A
I
 
V
F
 
H
Q
 
Q
P
 
P
A
 
G
E
|
E
E
|
E
G
 
G
L
 
G
G
 
G
G
 
G
A
 
A
K
 
R
K
 
H
M
 
M
L
 
V
D
 
D
D
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
A
E
 
E
Q
 
K
F
 
I
P
 
A
C
 
A
-
 
P
D
 
D
A
 
V
I
 
C
F
 
F
A
 
A
M
 
Q
H
|
H
N
 
V
M
 
F
P
 
N
G
 
E
F
 
D
P
 
P
T
 
A
G
 
F
K
 
G
L
 
Y
G
 
V
F
 
F
L
 
T
A
 
P
G
 
G
P
 
R
F
 
F
M
 
L
A
 
T
S
 
A
S
 
A
D
 
S
T
 
N
V
 
W
I
 
R
V
 
I
D
 
H
V
 
I
H
 
H
G
 
G
R
 
E
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
A
x
S
V
x
R
P
 
P
H
 
H
K
 
L
A
 
T
I
 
K
D
 
D
P
 
P
V
 
I
V
 
V
V
 
V
C
 
A
A
 
A
Q
 
S
I
 
I
V
 
I
I
 
T
A
 
K
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
I
 
I
V
 
V
S
 
S
R
 
R
N
 
E
V
 
V
S
 
D
P
 
P
L
 
N
D
 
E
M
 
V
A
 
A
I
 
V
V
 
V
T
 
T
V
 
V
G
 
G
A
 
S
I
 
I
H
 
E
A
 
G
G
 
G
D
 
K
A
 
S
P
 
T
N
|
N
V
 
S
I
 
I
P
 
P
E
 
Y
H
 
T
A
 
V
Q
 
T
M
 
L
R
 
G
L
 
V
S
 
N
V
 
T
R
|
R
A
 
A
L
 
S
K
 
N
P
 
D
D
 
E
V
 
L
R
 
S
D
 
E
L
 
Y
L
 
V
E
 
Q
T
 
N
R
 
A
I
 
I
K
 
K
E
 
R
V
 
I
V
 
V
H
 
I
A
 
A
-
 
E
-
 
C
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
V
 
G
F
 
I
G
 
E
A
 
Q
T
 
E
A
 
P
T
 
E
I
 
F
D
 
E
Y
 
Y
Q
 
L
R
 
D
R
 
S
Y
 
V
P
 
P
V
 
A
L
 
V
V
 
I
N
 
N
D
 
D
A
 
E
R
 
D
M
 
L
T
 
T
A
 
E
F
 
Q
A
 
L
R
 
M
D
 
A
V
 
Q
A
 
F
H
 
R
A
 
E
W
 
F
A
 
F
G
 
G
A
 
E
E
 
D
N
 
Q
L
 
A
I
 
V
D
 
E
G
 
-
M
 
I
V
 
P
P
 
P
L
 
L
T
 
S
G
|
G
S
|
S
E
 
E
D
 
D
F
 
Y
A
 
P
F
 
F
L
 
I

Sites not aligning to the query:

3ramA Crystal structure of hmra (see paper)
27% identity, 72% coverage: 15:292/387 of query aligns to 19:273/391 of 3ramA

query
sites
3ramA
I
 
I
D
 
E
I
 
I
R
 
S
H
 
H
R
 
R
I
 
I
H
 
H
A
 
E
H
 
R
P
 
P
E
 
E
L
 
L
G
 
G
F
 
N
E
 
E
E
 
E
F
 
I
A
 
F
T
 
A
S
 
S
D
 
R
L
 
T
V
 
L
A
 
I
E
 
D
Q
 
R
L
 
L
Q
 
K
G
 
E
W
 
H
G
 
D
Y
 
F
T
 
E
V
 
I
R
 
E
R
 
T
G
 
E
L
 
I
G
 
A
G
 
G
-
 
H
-
 
A
T
 
T
G
 
G
V
 
F
V
 
I
A
 
A
Q
 
T
L
 
Y
K
 
D
V
 
S
G
 
G
D
 
L
G
 
D
T
 
G
Q
 
P
R
 
A
L
 
I
G
 
G
L
 
F
R
 
L
A
 
A
D
 
E
M
 
Y
D
 
D
A
 
A
L
 
L
P
 
-
I
 
-
H
 
-
E
 
-
S
 
-
T
 
-
G
 
-
L
 
-
P
 
-
Y
 
-
R
 
-
S
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
P
G
 
G
K
 
L
M
 
G
H
 
H
A
 
A
C
|
C
G
 
G
H
|
H
D
 
N
-
 
I
G
 
I
H
 
G
T
 
T
A
 
A
M
 
S
L
 
V
L
 
L
A
 
G
A
 
A
A
 
I
K
 
G
H
 
L
L
 
K
A
 
Q
R
 
V
E
 
I
R
 
D
R
 
Q
F
 
I
S
 
G
G
 
G
T
 
K
L
 
V
N
 
V
L
 
V
I
 
L
F
 
G
Q
 
C
P
 
P
A
 
A
E
 
E
E
|
E
G
 
G
-
 
G
-
 
E
L
 
N
G
 
G
G
 
S
A
 
A
K
 
K
-
 
A
K
 
S
M
 
Y
L
 
V
D
 
K
D
 
A
G
 
G
L
 
V
F
 
I
E
 
D
Q
 
Q
F
 
I
P
 
-
C
 
-
D
 
D
A
 
I
I
 
A
F
 
L
A
 
M
M
 
I
H
|
H
N
 
-
M
 
-
P
 
P
G
 
G
F
 
N
P
 
E
T
 
T
G
 
Y
K
 
K
L
 
-
G
 
-
F
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
P
 
-
F
 
-
M
 
-
A
 
-
S
 
T
S
 
I
D
 
D
T
 
T
V
 
L
I
 
A
V
 
V
D
 
D
V
 
V
H
 
L
G
 
D
R
 
V
G
 
K
G
 
F
H
 
Y
G
 
G
A
 
K
V
 
S
P
 
A
H
 
H
K
 
A
A
 
S
I
 
E
D
 
N
P
 
-
V
 
-
V
 
-
V
 
-
C
 
A
A
 
D
Q
 
E
I
 
A
V
 
L
I
 
N
A
 
A
L
 
L
Q
 
D
T
 
A
I
 
M
V
 
I
S
 
S
-
 
Y
-
 
F
R
 
N
N
 
G
V
 
V
S
 
A
P
 
Q
L
 
L
D
 
R
M
 
Q
A
 
H
I
 
I
V
 
K
T
 
K
V
 
D
G
 
Q
A
 
R
I
 
V
H
 
H
-
 
G
-
 
V
-
 
I
-
 
L
-
 
D
A
 
G
G
 
G
D
 
K
A
 
A
P
 
A
N
 
N
V
 
I
I
 
I
P
 
P
E
 
D
H
 
Y
A
 
T
Q
 
H
M
 
A
R
 
R
L
 
F
S
 
Y
V
 
T
R
 
R
A
 
A
L
 
M
K
 
T
P
 
R
D
 
K
V
 
E
R
 
L
D
 
D
L
 
I
L
 
L
E
 
T
T
 
E
R
 
K
I
 
V
K
 
N
E
 
Q
V
 
I
V
 
A
H
 
R
A
 
G
Q
 
A
A
 
A
A
 
I
V
 
Q
F
 
T
G
 
G
A
 
C
T
 
-
A
 
-
T
 
-
I
 
-
D
 
D
Y
 
Y
Q
 
E

Sites not aligning to the query:

7t1qA Crystal structure of the succinyl-diaminopimelate desuccinylase (dape) from acinetobacter baumannii in complex with succinic acid
24% identity, 44% coverage: 108:276/387 of query aligns to 107:276/377 of 7t1qA

query
sites
7t1qA
A
 
A
M
 
M
L
 
V
L
 
V
A
 
A
A
 
S
A
 
E
K
 
R
H
 
F
L
 
V
A
 
A
R
 
K
E
 
H
R
 
P
R
 
N
F
 
H
S
 
K
G
 
G
T
 
S
L
 
I
N
 
A
L
 
F
I
 
L
F
 
I
Q
 
T
P
 
S
A
 
D
E
 
E
E
|
E
G
 
G
-
 
P
-
 
A
L
 
V
G
 
N
G
 
G
A
 
T
K
 
V
K
 
K
M
 
V
L
 
I
D
 
E
D
 
-
G
 
-
L
 
T
F
 
L
E
 
E
Q
 
K
F
 
R
P
 
N
C
 
E
D
 
K
A
 
I
I
 
T
F
 
W
A
 
C
M
 
L
H
 
V
N
 
G
M
x
E
P
 
P
G
 
S
F
 
-
P
 
S
T
 
T
G
 
H
K
 
K
L
 
L
G
 
G
F
 
D
L
 
I
A
 
V
G
 
K
P
 
N
F
 
G
M
 
R
A
 
R
S
 
G
S
 
S
D
 
L
T
 
N
V
 
A
I
 
V
V
 
L
D
 
K
V
 
V
H
 
Q
G
 
G
R
 
K
G
 
Q
G
 
G
H
 
H
G
 
V
A
 
A
V
 
Y
P
 
P
H
 
H
K
 
L
A
 
A
I
 
R
D
 
N
P
 
P
V
 
I
V
 
H
V
 
E
C
 
A
A
 
S
Q
 
P
I
 
A
V
 
L
I
 
A
A
 
E
L
 
L
-
 
C
Q
 
Q
T
 
T
I
 
V
V
 
W
S
 
D
R
 
N
N
 
G
V
 
N
S
 
E
P
 
Y
L
 
F
D
 
P
M
 
A
A
 
T
I
 
S
V
 
F
T
 
Q
V
 
I
G
 
S
A
 
N
I
 
I
H
 
H
A
 
A
G
 
G
D
 
T
-
 
G
A
 
A
P
 
T
N
 
N
V
 
V
I
 
I
P
 
P
E
 
G
H
 
A
A
 
L
Q
 
E
M
 
V
R
 
T
L
 
F
S
 
N
V
 
F
R
 
R
A
 
Y
L
 
S
K
 
T
P
 
E
D
 
V
V
 
T
R
 
A
D
 
E
L
 
Q
L
 
L
E
 
K
T
 
Q
R
 
R
I
 
V
K
 
H
E
 
E
V
 
I
V
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_011884818.1 NCBI__GCF_000016205.1:WP_011884818.1
MTHSVIPAGLADEMIDIRHRIHAHPELGFEEFATSDLVAEQLQGWGYTVRRGLGGTGVVA
QLKVGDGTQRLGLRADMDALPIHESTGLPYRSTIPGKMHACGHDGHTAMLLAAAKHLARE
RRFSGTLNLIFQPAEEGLGGAKKMLDDGLFEQFPCDAIFAMHNMPGFPTGKLGFLAGPFM
ASSDTVIVDVHGRGGHGAVPHKAIDPVVVCAQIVIALQTIVSRNVSPLDMAIVTVGAIHA
GDAPNVIPEHAQMRLSVRALKPDVRDLLETRIKEVVHAQAAVFGATATIDYQRRYPVLVN
DARMTAFARDVAHAWAGAENLIDGMVPLTGSEDFAFLLEQRPGCYLIIGNGDGEGGCMVH
NPGYDFNDAALPIGASYWVKLAEAFLV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory