SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011911959.1 NCBI__GCF_000013785.1:WP_011911959.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6y88B Igps (indole-3-glycerol phosphate synthase) from pseudomonas aeruginosa in complex with substrate inhibitor rcdrp (see paper)
79% identity, 95% coverage: 2:264/278 of query aligns to 1:264/265 of 6y88B

query
sites
6y88B
S
 
S
V
 
V
P
 
P
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
Q
K
 
K
I
 
I
I
 
L
A
 
A
R
 
R
K
 
K
L
 
A
E
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
A
E
 
E
R
 
R
S
 
R
R
 
A
R
 
R
I
 
V
G
 
N
L
 
L
A
 
A
E
 
E
L
 
V
E
 
E
Q
 
R
Q
 
L
A
 
A
A
 
R
I
 
S
A
 
A
D
 
D
P
 
A
V
 
P
R
 
R
G
 
G
F
 
F
A
 
A
A
 
N
A
 
A
L
 
L
E
 
L
Q
 
E
R
 
R
V
 
A
N
 
K
A
 
R
K
 
K
E
 
E
P
 
P
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
E
|
E
V
 
I
K
|
K
K
 
K
A
 
A
S
|
S
P
|
P
S
|
S
K
 
K
G
 
G
V
 
V
I
 
L
R
 
R
D
 
E
P
 
H
F
 
F
L
 
V
P
 
P
A
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
A
A
 
R
G
 
S
Y
 
Y
E
 
E
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
C
 
C
L
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
L
T
 
T
D
 
D
I
 
V
D
 
D
F
|
F
F
|
F
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
Q
 
K
Q
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
A
C
 
C
S
 
A
L
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
I
R
 
R
K
|
K
D
 
D
F
 
F
M
 
M
I
 
I
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
Q
V
 
I
V
 
V
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
C
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
I
V
 
V
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
D
 
D
A
 
V
R
 
L
M
 
M
H
 
A
E
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
T
A
 
A
K
 
K
A
 
S
H
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
E
|
E
V
 
V
H
 
H
D
 
D
G
 
G
D
 
T
E
 
E
L
 
L
E
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
K
-
 
T
L
 
L
E
 
D
T
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
I
N
|
N
N
 
N
R
|
R
N
 
N
L
|
L
H
 
H
T
 
T
F
 
F
E
 
E
V
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
E
T
 
T
T
 
T
L
 
L
D
 
D
L
 
L
L
 
L
P
 
P
R
 
E
V
 
I
P
 
P
K
 
R
D
 
D
R
 
R
L
 
L
V
 
V
I
 
V
T
 
T
E
|
E
S
|
S
G
 
G
I
 
I
L
 
L
N
 
N
R
 
R
A
 
A
D
 
D
V
 
V
E
 
E
L
 
L
M
 
M
E
 
E
I
 
V
N
 
S
Q
 
E
V
 
V
Y
 
Y
A
 
A
F
 
F
L
|
L
V
|
V
G
|
G
E
|
E
A
 
A
F
 
F
M
 
M
R
 
R
A
 
A
E
 
D
Q
 
D
P
 
P
G
 
G
V
 
L
E
 
E
L
 
L
Q
 
K
R
 
R
L
 
L
F
 
F
F
 
F

6y88G Igps (indole-3-glycerol phosphate synthase) from pseudomonas aeruginosa in complex with substrate inhibitor rcdrp (see paper)
78% identity, 86% coverage: 25:264/278 of query aligns to 15:251/253 of 6y88G

query
sites
6y88G
I
 
V
G
 
N
L
 
L
A
 
A
E
 
E
L
 
V
E
 
E
Q
 
R
Q
 
L
A
 
A
A
 
R
I
 
S
A
 
A
D
 
D
P
 
A
V
 
P
R
 
R
G
 
G
F
 
F
A
 
A
A
 
N
A
 
A
L
 
L
E
 
L
Q
 
E
R
 
R
V
 
A
N
 
K
A
 
R
K
 
K
E
 
E
P
 
P
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
A
E
|
E
V
 
I
K
|
K
K
 
K
A
 
A
S
 
S
P
 
P
S
 
S
K
 
K
G
 
G
V
 
V
I
 
L
R
 
R
D
 
E
P
 
H
F
 
F
L
 
V
P
 
P
A
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
A
A
 
R
G
 
S
Y
 
Y
E
 
E
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
C
 
C
L
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
L
T
 
T
D
 
D
I
 
-
D
 
-
F
 
-
F
 
-
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
Q
 
K
Q
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
A
C
 
C
S
 
A
L
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
I
R
 
R
K
|
K
D
 
D
F
 
F
M
 
M
I
 
I
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
Q
V
 
I
V
 
V
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
C
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
I
V
 
V
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
D
 
D
A
 
V
R
 
L
M
 
M
H
 
A
E
 
E
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
T
A
 
A
K
 
K
A
 
S
H
 
V
G
 
G
L
 
L
D
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
E
|
E
V
 
V
H
 
H
D
 
D
G
 
G
D
 
T
E
 
E
L
 
L
E
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
K
-
 
T
L
 
L
E
 
D
T
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
I
N
|
N
N
 
N
R
|
R
N
 
N
L
 
L
H
 
H
T
 
T
F
 
F
E
 
E
V
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
E
T
 
T
T
 
T
L
 
L
D
 
D
L
 
L
L
 
L
P
 
P
R
 
E
V
 
I
P
 
P
K
 
R
D
 
D
R
 
R
L
 
L
V
 
V
I
 
V
T
 
T
E
|
E
S
|
S
G
 
G
I
 
I
L
 
L
N
 
N
R
 
R
A
 
A
D
 
D
V
 
V
E
 
E
L
 
L
M
 
M
E
 
E
I
 
V
N
 
S
Q
 
E
V
 
V
Y
 
Y
A
 
A
F
 
F
L
 
L
V
 
V
G
|
G
E
|
E
A
 
A
F
 
F
M
 
M
R
 
R
A
 
A
E
 
D
Q
 
D
P
 
P
G
 
G
V
 
L
E
 
E
L
 
L
Q
 
K
R
 
R
L
 
L
F
 
F
F
 
F

1piiA Three-dimensional structure of the bifunctional enzyme phosphoribosylanthranilate isomerase: indoleglycerolphosphate synthase from escherichia coli refined at 2.0 angstroms resolution (see paper)
43% identity, 88% coverage: 5:250/278 of query aligns to 3:240/452 of 1piiA

query
sites
1piiA
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
A
K
 
K
I
 
I
I
 
V
A
 
A
R
 
D
K
 
K
L
 
A
E
 
I
E
 
W
V
 
V
A
 
E
E
 
A
R
 
R
S
 
K
R
 
Q
R
 
Q
I
 
Q
G
 
P
L
 
L
A
 
A
E
 
S
L
 
F
E
 
Q
Q
 
N
Q
 
E
A
 
-
A
 
-
I
 
V
A
 
Q
D
 
P
P
 
S
V
 
T
R
 
R
G
 
H
F
 
F
A
 
Y
A
 
D
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
Q
 
-
R
 
-
V
 
-
N
 
-
A
 
G
K
 
A
E
 
R
P
 
T
A
 
A
V
 
F
I
 
I
A
 
L
E
|
E
V
 
C
K
|
K
K
 
K
A
 
A
S
 
S
P
 
P
S
 
S
K
 
K
G
 
G
V
 
V
I
 
I
R
 
R
D
 
D
P
 
D
F
 
F
L
 
D
P
 
P
A
 
A
E
 
R
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
I
Y
 
Y
E
 
K
A
 
H
G
 
Y
G
 
A
A
 
S
A
 
A
C
 
-
L
 
I
S
 
S
V
 
V
L
 
L
T
 
T
D
 
D
I
 
E
D
 
K
F
 
Y
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
A
 
S
D
 
F
A
 
N
Y
 
F
L
 
L
Q
 
P
Q
 
I
A
 
V
R
 
S
A
 
Q
A
 
I
C
 
A
S
 
P
L
 
Q
P
 
P
V
 
I
I
 
L
R
 
C
K
|
K
D
 
D
F
 
F
M
 
I
I
 
I
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
Q
V
 
I
V
 
Y
E
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
Y
L
 
Y
G
 
Q
A
 
A
D
 
D
C
 
A
I
 
C
L
 
L
L
 
L
I
 
M
V
 
L
A
 
S
A
 
V
L
 
L
D
 
D
D
 
D
A
 
D
R
 
Q
M
 
Y
H
 
R
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
K
 
H
A
 
S
H
 
L
G
 
E
L
 
M
D
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
T
E
|
E
V
 
V
H
 
S
D
 
N
G
 
E
D
 
E
E
 
E
L
 
Q
E
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
I
R
 
A
L
 
L
E
 
G
T
 
A
P
 
K
L
 
V
V
 
V
G
 
G
I
 
I
N
|
N
N
 
N
R
 
R
N
 
D
L
 
L
H
 
R
T
 
D
F
 
L
E
 
S
V
 
I
S
 
D
L
 
L
E
 
N
T
 
R
T
 
T
L
 
R
D
 
E
L
 
L
L
 
A
P
 
P
R
 
K
V
 
L
P
 
G
K
 
H
D
 
N
R
 
V
L
 
T
V
 
V
I
 
I
T
 
S
E
|
E
S
|
S
G
 
G
I
 
I
L
 
N
N
 
T
R
 
Y
A
 
A
D
 
Q
V
 
V
-
 
R
E
 
E
L
 
L
M
 
S
E
 
H
I
 
F
N
 
A
Q
 
N
V
 
-
Y
 
-
A
 
G
F
 
F
L
 
L
V
x
I
G
|
G
E
x
S
A
 
A
F
 
L
M
 
M

Sites not aligning to the query:

1jcmP Trpc stability mutant containing an engineered disulphide bridge and in complex with a cdrp-related substrate (see paper)
42% identity, 88% coverage: 5:250/278 of query aligns to 3:240/259 of 1jcmP

query
sites
1jcmP
T
 
C
V
 
V
L
 
L
E
 
A
K
 
K
I
|
I
I
 
V
A
 
A
R
 
D
K
 
K
L
 
A
E
 
I
E
 
W
V
 
V
A
 
E
E
 
A
R
 
R
S
 
K
R
 
Q
R
 
Q
I
 
Q
G
 
P
L
 
L
A
 
A
E
 
S
L
 
F
E
 
Q
Q
 
N
Q
 
E
A
 
-
A
 
-
I
 
V
A
 
Q
D
 
P
P
 
S
V
 
T
R
 
R
G
 
H
F
 
F
A
 
Y
A
 
D
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
Q
 
-
R
 
-
V
 
-
N
 
-
A
 
G
K
 
A
E
 
R
P
 
T
A
 
A
V
 
F
I
 
I
A
 
L
E
|
E
V
 
C
K
|
K
K
 
K
A
 
A
S
|
S
P
|
P
S
|
S
K
 
K
G
 
G
V
 
V
I
 
I
R
 
R
D
 
D
P
 
D
F
 
F
L
 
D
P
 
P
A
 
A
E
 
R
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
I
Y
 
Y
E
 
K
A
 
H
G
 
Y
G
 
A
A
 
S
A
 
A
C
 
-
L
 
I
S
 
S
V
 
V
L
 
L
T
 
T
D
 
D
I
 
E
D
 
K
F
 
Y
F
|
F
Q
 
Q
G
 
G
A
 
S
D
 
F
A
 
N
Y
 
F
L
 
L
Q
 
P
Q
 
I
A
 
V
R
 
S
A
 
Q
A
 
I
C
 
A
S
 
P
L
 
Q
P
 
P
V
 
I
I
 
L
R
 
C
K
|
K
D
 
D
F
 
F
M
 
I
I
 
I
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
Q
V
 
I
V
 
Y
E
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
Y
L
 
Y
G
 
Q
A
 
A
D
 
D
C
 
A
I
 
C
L
 
L
L
 
L
I
 
M
V
 
L
A
 
S
A
 
V
L
 
L
D
 
D
D
 
D
A
 
D
R
 
Q
M
 
Y
H
 
R
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
K
 
H
A
 
S
H
 
L
G
 
E
L
 
M
D
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
T
E
 
E
V
 
V
H
 
S
D
 
N
G
 
E
D
 
E
E
 
E
L
 
Q
E
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
I
R
 
A
L
 
L
E
 
G
T
 
A
P
 
K
L
 
V
V
 
V
G
 
G
I
 
I
N
 
N
N
 
N
R
 
R
N
 
D
L
|
L
H
 
C
T
 
D
F
x
L
E
 
S
V
 
I
S
 
D
L
 
L
E
 
N
T
 
R
T
 
T
L
 
R
D
 
E
L
 
L
L
 
A
P
 
P
R
 
K
V
 
L
P
 
G
K
 
H
D
 
N
R
 
V
L
 
T
V
 
V
I
 
I
T
 
S
E
 
E
S
|
S
G
 
G
I
 
I
L
 
N
N
 
T
R
 
Y
A
 
A
D
 
Q
V
 
V
-
x
R
E
 
E
L
 
L
M
 
S
E
x
H
I
 
F
N
 
A
Q
 
N
V
 
-
Y
 
-
A
 
G
F
 
F
L
|
L
V
x
I
G
|
G
E
x
S
A
 
A
F
 
L
M
 
M

3t55A Crystal structure of mycobacterium tuberculosis indole glycerol phosphate synthase (igps) in complex with phenoxymethyl benzoic acid (pmba)
39% identity, 90% coverage: 5:255/278 of query aligns to 1:247/258 of 3t55A

query
sites
3t55A
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
D
K
 
S
I
 
I
I
 
L
A
 
E
R
 
G
K
 
V
L
 
R
E
 
A
E
 
D
V
 
V
A
 
A
E
 
A
R
 
R
S
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
V
G
 
S
L
 
L
A
 
S
E
 
E
L
 
I
E
 
K
Q
 
A
Q
 
A
A
 
A
A
 
A
I
 
A
A
 
A
D
 
P
P
 
P
V
 
P
R
 
L
G
 
D
F
 
V
A
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
-
Q
 
-
R
 
-
V
 
-
N
 
-
A
 
-
K
 
R
E
 
E
P
 
P
A
 
G
-
 
I
-
 
G
V
 
V
I
 
I
A
 
A
E
|
E
V
 
V
K
|
K
K
 
R
A
 
A
S
|
S
P
|
P
S
|
S
K
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
L
R
 
A
D
 
T
P
 
I
F
 
A
L
 
D
P
 
P
A
 
A
E
 
K
I
 
L
A
 
A
A
 
Q
G
 
A
Y
 
Y
E
 
Q
A
 
D
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
R
C
 
I
L
 
V
S
 
S
V
 
V
L
 
V
T
 
T
D
 
E
I
 
Q
D
 
R
F
 
R
F
|
F
Q
 
Q
G
 
G
A
 
S
D
 
L
A
 
D
Y
 
D
L
 
L
Q
 
D
Q
 
A
A
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
S
C
 
V
S
 
S
L
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
L
R
 
R
K
|
K
D
|
D
F
|
F
M
 
V
I
 
V
D
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
Q
V
 
I
V
 
H
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
H
G
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
M
I
 
L
L
|
L
L
 
L
I
 
I
V
 
V
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
E
D
 
Q
A
 
S
R
 
V
M
 
L
H
 
V
E
 
S
L
 
M
A
 
L
A
 
D
V
 
R
A
 
T
K
 
E
A
 
S
H
 
L
G
 
G
L
 
M
D
 
T
V
 
A
L
 
L
V
 
V
E
|
E
V
 
V
H
 
H
D
 
T
G
 
E
D
 
Q
E
 
E
L
 
A
E
 
D
R
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
K
L
 
A
E
 
G
T
 
A
P
 
K
L
 
V
V
 
I
G
 
G
I
 
V
N
|
N
N
 
A
R
|
R
N
 
D
L
|
L
H
 
M
T
 
T
F
x
L
E
 
D
V
 
V
S
 
D
L
 
R
E
 
D
T
 
C
T
 
F
L
 
A
D
 
R
L
 
I
L
 
A
P
 
P
R
 
G
V
 
L
P
 
P
K
 
S
D
 
S
R
 
V
L
 
I
V
 
R
I
 
I
T
 
A
E
|
E
S
|
S
G
 
G
I
 
V
L
 
R
N
 
G
R
 
T
A
 
A
D
 
D
V
 
L
E
 
L
L
 
A
M
 
Y
E
 
A
I
 
G
N
 
A
Q
 
G
V
 
A
Y
 
D
A
 
A
F
 
V
L
 
L
V
 
V
G
 
G
E
 
E
A
 
G
F
 
L
M
 
V
R
 
T
A
 
S
E
 
G
Q
 
D
P
 
P

3t44A Crystal structure of mycobacterium tuberculosis indole glycerol phosphate synthase (igps) in complex with indole glycerol phosphate (igp) amd anthranilate
39% identity, 90% coverage: 5:255/278 of query aligns to 1:247/259 of 3t44A

query
sites
3t44A
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
D
K
 
S
I
 
I
I
 
L
A
 
E
R
 
G
K
 
V
L
 
R
E
 
A
E
 
D
V
 
V
A
 
A
E
 
A
R
 
R
S
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
V
G
 
S
L
 
L
A
 
S
E
 
E
L
 
I
E
 
K
Q
 
A
Q
 
A
A
 
A
A
 
A
I
 
A
A
 
A
D
 
P
P
 
P
V
 
P
R
 
L
G
 
D
F
 
V
A
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
-
Q
 
-
R
 
-
V
 
-
N
 
-
A
 
-
K
 
R
E
 
E
P
 
P
A
 
G
-
 
I
-
 
G
V
 
V
I
 
I
A
 
A
E
|
E
V
 
V
K
|
K
K
 
R
A
 
A
S
|
S
P
|
P
S
|
S
K
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
L
R
 
A
D
 
T
P
 
I
F
 
A
L
 
D
P
 
P
A
 
A
E
 
K
I
 
L
A
 
A
A
 
Q
G
 
A
Y
 
Y
E
 
Q
A
 
D
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
R
C
 
I
L
 
V
S
 
S
V
 
V
L
 
V
T
 
T
D
 
E
I
 
Q
D
 
R
F
 
R
F
|
F
Q
 
Q
G
 
G
A
 
S
D
 
L
A
 
D
Y
 
D
L
 
L
Q
 
D
Q
 
A
A
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
S
C
 
V
S
 
S
L
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
L
R
 
R
K
|
K
D
 
D
F
|
F
M
 
V
I
 
V
D
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
Q
V
 
I
V
 
H
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
H
G
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
M
I
 
L
L
 
L
L
 
L
I
 
I
V
 
V
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
E
D
 
Q
A
 
S
R
 
V
M
 
L
H
 
V
E
 
S
L
 
M
A
 
L
A
 
D
V
 
R
A
 
T
K
 
E
A
 
S
H
 
L
G
 
G
L
 
M
D
 
T
V
 
A
L
 
L
V
 
V
E
|
E
V
 
V
H
 
H
D
 
T
G
 
E
D
 
Q
E
 
E
L
 
A
E
 
D
R
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
K
L
 
A
E
 
G
T
 
A
P
 
K
L
 
V
V
 
I
G
 
G
I
 
V
N
|
N
N
 
A
R
|
R
N
 
D
L
|
L
H
 
M
T
 
T
F
 
L
E
 
D
V
 
V
S
 
D
L
 
R
E
 
D
T
 
C
T
 
F
L
 
A
D
 
R
L
 
I
L
 
A
P
 
P
R
 
G
V
 
L
P
 
P
K
 
S
D
 
S
R
 
V
L
 
I
V
 
R
I
 
I
T
 
A
E
|
E
S
|
S
G
 
G
I
 
V
L
 
R
N
 
G
R
 
T
A
 
A
D
 
D
V
 
L
E
 
L
L
 
A
M
 
Y
E
 
A
I
 
G
N
 
A
Q
 
G
V
 
A
Y
 
D
A
 
A
F
 
V
L
|
L
V
|
V
G
|
G
E
|
E
A
 
G
F
 
L
M
 
V
R
 
T
A
 
S
E
 
G
Q
 
D
P
 
P

3t78A Crystal structure of mycobacterium tuberculosis indole glycerol phosphate synthase (igps) in complex with 5-fluoroanthranilate
39% identity, 90% coverage: 5:255/278 of query aligns to 1:245/257 of 3t78A

query
sites
3t78A
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
D
K
 
S
I
 
I
I
 
L
A
 
E
R
 
G
K
 
V
L
 
R
E
 
A
E
 
D
V
 
V
A
 
A
E
 
A
R
 
R
S
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
V
G
 
S
L
 
L
A
 
S
E
 
E
L
 
I
E
 
K
Q
 
A
Q
 
A
A
 
A
A
 
A
I
 
A
A
 
A
D
 
P
P
 
P
V
 
P
R
 
L
G
 
D
F
 
V
A
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
-
Q
 
-
R
 
-
V
 
-
N
 
-
A
 
-
K
 
R
E
 
E
P
 
P
A
 
G
-
 
I
-
 
G
V
 
V
I
 
I
A
 
A
E
|
E
V
 
V
K
|
K
K
 
R
A
 
A
S
|
S
P
|
P
S
|
S
K
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
L
R
 
A
D
 
T
P
 
I
F
 
A
L
 
D
P
 
P
A
 
A
E
 
K
I
 
L
A
 
A
A
 
Q
G
 
A
Y
 
Y
E
 
Q
A
 
D
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
R
C
 
I
L
 
V
S
 
S
V
 
V
L
 
V
T
 
T
D
 
E
I
 
Q
D
 
R
F
 
R
F
|
F
Q
 
Q
G
 
G
A
 
S
D
 
L
A
 
D
Y
 
D
L
 
L
Q
 
D
Q
 
A
A
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
S
C
 
V
S
 
S
L
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
L
R
 
R
K
|
K
D
 
D
F
|
F
M
 
V
I
 
V
D
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
Q
V
 
I
V
 
H
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
H
G
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
M
I
 
L
L
 
L
L
 
L
I
 
I
V
 
V
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
E
D
 
Q
A
 
S
R
 
V
M
 
L
H
 
V
E
 
S
L
 
M
A
 
L
A
 
D
V
 
R
A
 
T
K
 
E
A
 
S
H
 
L
G
 
G
L
 
M
D
 
T
V
 
A
L
 
L
V
 
V
E
|
E
V
 
V
H
 
H
D
 
T
G
 
E
D
 
Q
E
 
E
L
 
A
E
 
D
R
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
K
L
 
A
E
 
G
T
 
A
P
 
K
L
 
V
V
 
I
G
 
G
I
 
V
N
|
N
N
 
A
R
|
R
N
 
D
L
|
L
H
 
M
T
 
T
F
 
L
E
 
D
V
 
-
S
 
-
L
 
R
E
 
D
T
 
C
T
 
F
L
 
A
D
 
R
L
 
I
L
 
A
P
 
P
R
 
G
V
 
L
P
 
P
K
 
S
D
 
S
R
 
V
L
 
I
V
 
R
I
 
I
T
 
A
E
|
E
S
|
S
G
 
G
I
 
V
L
 
R
N
 
G
R
 
T
A
 
A
D
 
D
V
 
L
E
 
L
L
 
A
M
 
Y
E
 
A
I
 
G
N
 
A
Q
 
G
V
 
A
Y
 
D
A
 
A
F
 
V
L
 
L
V
 
V
G
 
G
E
 
E
A
 
G
F
 
L
M
 
V
R
 
T
A
 
S
E
 
G
Q
 
D
P
 
P

7etxA Crystal structure of bifunctional indole-3-glycerol phosphate synthase / phosphoribosylanthranilate isomerase (trpc) from corynebacterium glutamicum (see paper)
36% identity, 95% coverage: 2:264/278 of query aligns to 2:257/472 of 7etxA

query
sites
7etxA
S
 
N
V
 
L
P
 
P
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
K
 
S
I
 
I
I
 
V
A
 
E
R
 
G
K
 
R
L
 
R
E
 
G
E
 
H
V
 
L
A
 
E
E
 
E
R
 
I
S
 
R
R
 
A
R
 
R
I
 
I
G
 
A
L
 
H
A
 
V
E
 
D
L
 
V
E
 
D
Q
 
-
Q
 
-
A
 
-
A
 
A
I
 
L
A
 
P
D
 
K
P
 
S
V
x
T
R
 
R
G
 
S
F
 
L
A
 
F
A
 
D
A
 
S
L
 
L
E
 
N
Q
 
Q
-
 
G
R
 
R
V
 
G
N
 
G
A
 
A
K
 
R
E
 
-
P
 
-
A
 
-
V
 
F
I
 
I
A
 
M
E
 
E
V
 
C
K
 
K
K
 
S
A
 
A
S
 
S
P
 
P
S
 
S
K
 
L
G
 
G
V
 
M
I
 
I
R
 
R
D
 
E
P
 
H
F
 
Y
L
 
Q
P
 
P
A
 
G
E
 
E
I
 
I
A
 
A
A
 
R
G
 
V
Y
 
Y
E
 
S
A
 
R
G
 
Y
G
 
-
A
 
A
A
 
S
C
 
G
L
 
I
S
 
S
V
 
V
L
 
L
T
 
C
D
 
E
I
 
P
D
 
D
F
 
R
F
 
F
Q
 
G
G
 
G
A
 
D
D
 
Y
A
 
D
Y
 
H
L
 
L
Q
 
A
Q
 
T
A
 
V
R
 
A
A
 
A
A
 
T
C
 
S
S
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
L
R
 
C
K
 
K
D
 
D
F
 
F
M
 
I
I
 
I
D
 
D
P
 
P
Y
 
V
Q
 
Q
V
 
V
V
 
H
E
 
A
A
 
A
R
|
R
A
 
Y
L
 
F
G
 
G
A
 
A
D
|
D
C
 
A
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
M
V
 
L
A
 
S
A
 
V
L
 
L
D
 
D
D
 
D
A
 
E
R
 
E
M
 
Y
H
 
A
E
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
E
A
 
A
K
 
A
A
 
R
H
 
F
G
 
D
L
 
L
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
T
E
 
E
V
 
V
H
 
I
D
 
D
G
 
E
D
 
E
E
 
E
L
 
V
E
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
R
 
K
L
 
L
E
 
G
T
 
A
P
 
K
L
 
I
V
 
F
G
 
G
I
 
V
N
 
N
N
 
H
R
 
R
N
 
N
L
 
L
H
 
H
T
 
D
F
 
L
E
 
S
V
 
I
S
 
D
L
 
L
E
 
D
T
 
R
T
 
S
L
 
R
D
 
R
L
 
L
L
 
S
P
 
K
R
 
L
V
 
I
P
 
P
K
 
A
D
 
D
R
 
A
L
 
V
V
 
L
I
 
V
T
 
S
E
 
E
S
 
S
G
 
G
I
 
V
L
 
R
N
 
D
R
 
T
A
 
E
D
 
T
V
 
V
E
 
R
L
 
Q
M
 
L
E
 
G
I
 
-
N
 
G
Q
 
H
V
 
S
Y
 
N
A
 
A
F
 
F
L
 
L
V
 
V
G
 
G
E
 
S
A
 
Q
F
 
L
M
 
T
R
 
S
A
 
Q
E
 
E
Q
 
N
P
 
V
G
 
D
V
 
L
E
 
A
L
 
A
Q
 
R
R
 
E
L
 
L
F
 
V
F
 
Y

Sites not aligning to the query:

7etyA Crystal structure of bifunctional indole-3-glycerol phosphate synthase / phosphoribosylanthranilate isomerase (trpc) from corynebacterium glutamicum in complex with reduced 1-(o-carboxyphenylamino)-1- deoxyribulose 5-phosphate (rcdrp) (see paper)
37% identity, 94% coverage: 3:264/278 of query aligns to 1:255/470 of 7etyA

query
sites
7etyA
V
 
L
P
 
P
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
E
K
 
S
I
|
I
I
 
V
A
 
E
R
 
G
K
 
R
L
 
R
E
 
G
E
 
H
V
 
L
A
 
E
E
 
E
R
 
I
S
 
R
R
 
A
R
 
R
I
 
I
G
 
A
L
 
H
A
 
V
E
 
D
L
 
V
E
 
D
Q
 
-
Q
 
-
A
 
-
A
 
A
I
 
L
A
 
P
D
 
K
P
 
S
V
x
T
R
 
R
G
 
S
F
 
L
A
 
F
A
 
D
A
 
S
L
 
L
E
 
N
Q
 
Q
-
 
G
R
 
R
V
 
G
N
 
G
A
 
A
K
 
R
E
 
-
P
 
-
A
 
-
V
 
F
I
 
I
A
 
M
E
|
E
V
 
C
K
|
K
K
 
S
A
 
A
S
|
S
P
|
P
S
|
S
K
 
L
G
 
G
V
x
M
I
 
I
R
 
R
D
 
E
P
 
H
F
 
Y
L
 
Q
P
 
P
A
 
G
E
 
E
I
 
I
A
 
A
A
 
R
G
 
V
Y
 
Y
E
 
S
A
 
R
G
 
Y
G
 
-
A
 
A
A
 
S
C
 
G
L
 
I
S
 
S
V
 
V
L
 
L
T
 
C
D
 
E
I
x
P
D
|
D
F
x
R
F
|
F
Q
x
G
G
 
G
A
 
D
D
 
Y
A
 
D
Y
 
H
L
 
L
Q
 
A
Q
 
T
A
 
V
R
 
A
A
 
A
A
 
T
C
 
S
S
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
V
I
 
L
R
 
C
K
|
K
D
 
D
F
 
F
M
 
I
I
 
I
D
 
D
P
 
P
Y
 
V
Q
 
Q
V
 
V
V
 
H
E
 
A
A
 
A
R
|
R
A
 
Y
L
 
F
G
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
A
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
M
V
 
L
A
 
S
A
 
V
L
 
L
D
 
D
D
 
D
A
 
E
R
 
E
M
 
Y
H
 
A
E
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
E
A
 
A
K
 
A
A
 
R
H
 
F
G
 
D
L
 
L
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
T
E
 
E
V
 
V
H
 
I
D
 
D
G
 
E
D
 
E
E
 
E
L
 
V
E
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
R
 
K
L
 
L
E
 
G
T
 
A
P
 
K
L
 
I
V
 
F
G
 
G
I
 
V
N
 
N
N
 
H
R
 
R
N
 
N
L
|
L
H
 
H
T
 
D
F
 
L
E
 
S
V
 
I
S
 
D
L
 
L
E
 
D
T
 
R
T
 
S
L
 
R
D
 
R
L
 
L
L
 
S
P
 
K
R
 
L
V
 
I
P
 
P
K
 
A
D
 
D
R
 
A
L
 
V
V
 
L
I
 
V
T
 
S
E
 
E
S
|
S
G
 
G
I
 
V
L
x
R
N
 
D
R
 
T
A
 
E
D
 
T
V
 
V
E
 
R
L
 
Q
M
 
L
E
 
G
I
 
-
N
 
G
Q
 
H
V
 
S
Y
 
N
A
 
A
F
 
F
L
 
L
V
|
V
G
|
G
E
x
S
A
 
Q
F
 
L
M
 
T
R
 
S
A
 
Q
E
 
E
Q
 
N
P
 
V
G
 
D
V
 
L
E
 
A
L
 
A
Q
 
R
R
 
E
L
 
L
F
 
V
F
 
Y

Sites not aligning to the query:

1lbfA Crystal structure of indole-3-glycerol phosphate syntase (igps)with reduced 1-(o-caboxyphenylamino)-1-deoxyribulose 5-phosphate (rcdrp) (see paper)
36% identity, 70% coverage: 57:251/278 of query aligns to 46:237/247 of 1lbfA

query
sites
1lbfA
A
 
A
V
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
V
 
Y
K
|
K
K
 
R
A
 
K
S
|
S
P
|
P
S
|
S
K
 
G
-
 
L
G
 
D
V
 
V
I
 
E
R
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
I
L
 
E
P
 
Y
A
 
S
E
 
K
I
 
F
A
 
M
A
 
E
G
 
R
Y
 
Y
E
 
A
A
 
V
G
 
G
G
 
-
A
 
-
A
 
-
C
 
-
L
 
L
S
 
S
V
 
I
L
 
L
T
 
T
D
 
E
I
 
E
D
 
K
F
 
Y
F
|
F
Q
 
N
G
 
G
A
 
S
D
 
Y
A
 
E
Y
 
T
L
 
L
Q
 
R
Q
 
K
A
 
I
R
 
A
A
 
S
A
 
S
C
 
V
S
 
S
L
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
L
R
 
M
K
|
K
D
 
D
F
 
F
M
 
I
I
 
V
D
 
K
P
 
E
Y
 
S
Q
 
Q
V
 
I
V
 
D
E
 
D
A
 
A
R
 
Y
A
 
N
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
T
I
 
V
L
 
L
L
 
L
I
 
I
V
 
V
A
 
K
A
 
I
L
 
L
D
 
T
D
 
E
A
 
R
R
 
E
M
 
L
H
 
E
E
 
S
L
 
L
A
 
L
A
 
E
V
 
Y
A
 
A
K
 
R
A
 
S
H
 
Y
G
 
G
L
 
M
D
 
E
V
 
P
L
 
L
V
 
I
E
|
E
V
 
I
H
 
N
D
 
D
G
 
E
D
 
N
E
 
D
L
 
L
E
 
D
R
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
L
 
I
E
 
G
T
 
A
P
 
R
L
 
F
V
 
I
G
 
G
I
 
I
N
|
N
N
 
S
R
|
R
N
 
D
L
|
L
H
 
E
T
 
T
F
x
L
E
 
E
V
 
I
S
 
N
L
 
K
E
 
E
T
 
N
T
 
Q
L
 
R
D
 
K
L
 
L
L
 
I
P
 
S
R
 
M
V
 
I
P
 
P
K
 
S
D
 
N
R
 
V
L
 
V
V
 
K
I
 
V
T
 
A
E
|
E
S
|
S
G
|
G
I
 
I
L
 
S
N
 
E
R
 
R
A
 
N
D
 
E
V
 
I
E
 
E
L
 
E
M
 
L
E
 
R
I
 
K
N
 
L
Q
 
G
V
 
V
Y
 
N
A
 
A
F
 
F
L
|
L
V
 
I
G
|
G
E
x
S
A
 
S
F
 
L
M
 
M
R
 
R

Sites not aligning to the query:

1jukA Indole-3-glycerolphosphate synthase from sulfolobus solfataricus in a trigonal crystal form (see paper)
36% identity, 70% coverage: 57:251/278 of query aligns to 46:237/247 of 1jukA

query
sites
1jukA
A
 
A
V
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
V
 
Y
K
|
K
K
 
R
A
 
K
S
 
S
P
 
P
S
 
S
K
 
G
-
 
L
G
 
D
V
 
V
I
 
E
R
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
I
L
 
E
P
 
Y
A
 
S
E
 
K
I
 
F
A
 
M
A
 
E
G
 
R
Y
 
Y
E
 
A
A
 
V
G
 
G
G
 
-
A
 
-
A
 
-
C
 
-
L
 
L
S
 
S
V
 
I
L
 
L
T
 
T
D
 
E
I
 
E
D
 
K
F
 
Y
F
 
F
Q
 
N
G
 
G
A
 
S
D
 
Y
A
 
E
Y
 
T
L
 
L
Q
 
R
Q
 
K
A
 
I
R
 
A
A
 
S
A
 
S
C
 
V
S
 
S
L
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
L
R
 
M
K
|
K
D
 
D
F
 
F
M
 
I
I
 
V
D
 
K
P
 
E
Y
 
S
Q
 
Q
V
 
I
V
 
D
E
 
D
A
 
A
R
 
Y
A
 
N
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
T
I
 
V
L
 
L
L
 
L
I
 
I
V
 
V
A
 
K
A
 
I
L
 
L
D
 
T
D
 
E
A
 
R
R
 
E
M
 
L
H
 
E
E
 
S
L
 
L
A
 
L
A
 
E
V
 
Y
A
 
A
K
 
R
A
 
S
H
 
Y
G
 
G
L
 
M
D
 
E
V
 
P
L
 
L
V
 
I
E
|
E
V
 
I
H
 
N
D
 
D
G
 
E
D
 
N
E
 
D
L
 
L
E
 
D
R
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
L
 
I
E
 
G
T
 
A
P
 
R
L
 
F
V
 
I
G
 
G
I
 
I
N
|
N
N
 
S
R
 
R
N
 
D
L
 
L
H
 
E
T
 
T
F
 
L
E
 
E
V
 
I
S
 
N
L
 
K
E
 
E
T
 
N
T
 
Q
L
 
R
D
 
K
L
 
L
L
 
I
P
 
S
R
 
M
V
 
I
P
 
P
K
 
S
D
 
N
R
 
V
L
 
V
V
 
K
I
 
V
T
 
A
E
|
E
S
|
S
G
 
G
I
 
I
L
 
S
N
 
E
R
 
R
A
 
N
D
 
E
V
 
I
E
 
E
L
 
E
M
 
L
E
 
R
I
 
K
N
 
L
Q
 
G
V
 
V
Y
 
N
A
 
A
F
 
F
L
 
L
V
 
I
G
|
G
E
x
S
A
 
S
F
 
L
M
 
M
R
 
R

1igsA Indole-3-glycerolphosphate synthase from sulfolobus solfataricus at 2.0 a resolution (see paper)
36% identity, 70% coverage: 57:251/278 of query aligns to 46:237/247 of 1igsA

query
sites
1igsA
A
 
A
V
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
V
 
Y
K
|
K
K
 
R
A
 
K
S
 
S
P
 
P
S
 
S
K
 
G
-
 
L
G
 
D
V
 
V
I
 
E
R
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
I
L
 
E
P
 
Y
A
 
S
E
 
K
I
 
F
A
 
M
A
 
E
G
 
R
Y
 
Y
E
 
A
A
 
V
G
 
G
G
 
-
A
 
-
A
 
-
C
 
-
L
 
L
S
 
S
V
 
I
L
 
L
T
 
T
D
 
E
I
 
E
D
 
K
F
 
Y
F
 
F
Q
 
N
G
 
G
A
 
S
D
 
Y
A
 
E
Y
 
T
L
 
L
Q
 
R
Q
 
K
A
 
I
R
 
A
A
 
S
A
 
S
C
 
V
S
 
S
L
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
L
R
 
M
K
|
K
D
 
D
F
 
F
M
 
I
I
 
V
D
 
K
P
 
E
Y
 
S
Q
 
Q
V
 
I
V
 
D
E
 
D
A
 
A
R
 
Y
A
 
N
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
T
I
 
V
L
 
L
L
 
L
I
 
I
V
 
V
A
 
K
A
 
I
L
 
L
D
 
T
D
 
E
A
 
R
R
 
E
M
 
L
H
 
E
E
 
S
L
 
L
A
 
L
A
 
E
V
 
Y
A
 
A
K
 
R
A
 
S
H
 
Y
G
 
G
L
 
M
D
 
E
V
 
P
L
 
L
V
 
I
E
|
E
V
 
I
H
 
N
D
 
D
G
 
E
D
 
N
E
 
D
L
 
L
E
 
D
R
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
L
 
I
E
 
G
T
 
A
P
 
R
L
 
F
V
 
I
G
 
G
I
 
I
N
|
N
N
 
S
R
 
R
N
 
D
L
 
L
H
 
E
T
 
T
F
 
L
E
 
E
V
 
I
S
 
N
L
 
K
E
 
E
T
 
N
T
 
Q
L
 
R
D
 
K
L
 
L
L
 
I
P
 
S
R
 
M
V
 
I
P
 
P
K
 
S
D
 
N
R
 
V
L
 
V
V
 
K
I
 
V
T
 
A
E
|
E
S
|
S
G
 
G
I
 
I
L
 
S
N
 
E
R
 
R
A
 
N
D
 
E
V
 
I
E
 
E
L
 
E
M
 
L
E
 
R
I
 
K
N
 
L
Q
 
G
V
 
V
Y
 
N
A
 
A
F
 
F
L
 
L
V
 
I
G
|
G
E
x
S
A
 
S
F
 
L
M
 
M
R
 
R

1a53A Complex of indole-3-glycerolphosphate synthase from sulfolobus solfataricus with indole-3-glycerolphosphate at 2.0 a resolution (see paper)
36% identity, 70% coverage: 57:251/278 of query aligns to 46:237/247 of 1a53A

query
sites
1a53A
A
 
A
V
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
V
 
Y
K
|
K
K
 
R
A
 
K
S
 
S
P
 
P
S
 
S
K
 
G
-
 
L
G
 
D
V
 
V
I
 
E
R
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
I
L
 
E
P
 
Y
A
 
S
E
 
K
I
 
F
A
 
M
A
 
E
G
 
R
Y
 
Y
E
 
A
A
 
V
G
 
G
G
 
-
A
 
-
A
 
-
C
 
-
L
 
L
S
 
S
V
 
I
L
 
L
T
 
T
D
 
E
I
 
E
D
 
K
F
 
Y
F
|
F
Q
 
N
G
 
G
A
 
S
D
 
Y
A
 
E
Y
 
T
L
 
L
Q
 
R
Q
 
K
A
 
I
R
 
A
A
 
S
A
 
S
C
 
V
S
 
S
L
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
L
R
 
M
K
|
K
D
 
D
F
 
F
M
 
I
I
 
V
D
 
K
P
 
E
Y
 
S
Q
 
Q
V
 
I
V
 
D
E
 
D
A
 
A
R
 
Y
A
 
N
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
T
I
 
V
L
 
L
L
 
L
I
 
I
V
 
V
A
 
K
A
 
I
L
 
L
D
 
T
D
 
E
A
 
R
R
 
E
M
 
L
H
 
E
E
 
S
L
 
L
A
 
L
A
 
E
V
 
Y
A
 
A
K
 
R
A
 
S
H
 
Y
G
 
G
L
 
M
D
 
E
V
 
P
L
 
L
V
 
I
E
|
E
V
 
I
H
 
N
D
 
D
G
 
E
D
 
N
E
 
D
L
 
L
E
 
D
R
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
L
 
I
E
 
G
T
 
A
P
 
R
L
 
F
V
 
I
G
 
G
I
 
I
N
|
N
N
 
S
R
 
R
N
 
D
L
 
L
H
 
E
T
 
T
F
 
L
E
 
E
V
 
I
S
 
N
L
 
K
E
 
E
T
 
N
T
 
Q
L
 
R
D
 
K
L
 
L
L
 
I
P
 
S
R
 
M
V
 
I
P
 
P
K
 
S
D
 
N
R
 
V
L
 
V
V
 
K
I
 
V
T
 
A
E
|
E
S
|
S
G
|
G
I
 
I
L
 
S
N
 
E
R
 
R
A
 
N
D
 
E
V
 
I
E
 
E
L
 
E
M
 
L
E
 
R
I
 
K
N
 
L
Q
 
G
V
 
V
Y
 
N
A
 
A
F
 
F
L
 
L
V
 
I
G
|
G
E
x
S
A
 
S
F
 
L
M
 
M
R
 
R

1vc4B Crystal structure of indole-3-glycerol phosphate synthase (trpc) from thermus thermophilus at 1.8 a resolution (see paper)
42% identity, 71% coverage: 57:252/278 of query aligns to 47:242/254 of 1vc4B

query
sites
1vc4B
A
 
S
V
 
V
I
 
I
A
 
A
E
|
E
V
 
V
K
|
K
K
 
R
A
 
Q
S
 
S
P
 
P
S
 
S
K
 
E
G
 
G
V
 
L
I
 
I
R
 
R
D
 
E
P
 
-
F
 
V
L
 
D
P
 
P
A
 
V
E
 
E
I
 
A
A
 
A
A
 
L
G
 
A
Y
 
Y
E
 
A
A
 
R
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
R
C
 
A
L
 
V
S
 
S
V
 
V
L
 
L
T
 
T
D
 
E
I
 
P
D
 
H
F
 
R
F
 
F
Q
 
G
G
 
G
A
 
S
D
 
L
A
 
L
Y
 
D
L
 
L
Q
 
K
Q
 
R
A
 
V
R
 
R
A
 
E
A
 
A
C
 
V
S
 
D
L
 
L
P
 
P
V
 
L
I
 
L
R
 
R
K
|
K
D
 
D
F
 
F
M
 
V
I
 
V
D
 
D
P
 
P
Y
 
F
Q
 
M
V
 
L
V
 
E
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
F
G
 
G
A
 
A
D
 
S
C
 
A
I
 
A
L
 
L
L
 
L
I
 
I
V
 
V
A
 
A
A
 
L
L
 
L
D
 
G
D
 
E
-
 
L
-
 
T
-
 
G
A
 
A
R
 
Y
M
 
L
H
 
E
E
 
E
L
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
A
 
A
K
 
R
A
 
R
H
 
L
G
 
G
L
 
L
D
 
E
V
 
A
L
 
L
V
 
V
E
|
E
V
 
V
H
 
H
D
 
T
G
 
E
D
 
R
E
 
E
L
 
L
E
 
E
R
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
E
L
 
A
E
 
G
T
 
A
P
 
E
L
 
V
V
 
L
G
 
G
I
 
I
N
|
N
N
 
N
R
 
R
N
 
D
L
 
L
H
 
A
T
 
T
F
 
L
E
 
H
V
 
I
S
 
N
L
 
L
E
 
E
T
 
T
T
 
A
L
 
-
D
 
P
L
 
R
L
 
L
P
 
G
R
 
R
V
x
L
P
 
A
K
 
R
D
 
K
R
|
R
-
 
G
-
 
F
-
 
G
-
 
G
L
 
V
V
 
L
I
 
V
T
 
A
E
|
E
S
|
S
G
 
G
I
 
Y
L
 
S
N
 
R
R
 
K
A
 
E
D
 
E
V
 
L
E
 
K
L
 
A
M
 
L
E
 
E
I
 
-
N
 
G
Q
 
L
V
 
F
Y
 
D
A
 
A
F
 
V
L
 
L
V
 
I
G
 
G
E
 
T
A
 
S
F
 
L
M
 
M
R
 
R
A
 
A

3t40A Crystal structure of mycobacterium tuberculosis indole glycerol phosphate synthase (igps) complex with n-2-carboxyphenyl glycine (cpg)
37% identity, 90% coverage: 5:255/278 of query aligns to 1:233/251 of 3t40A

query
sites
3t40A
T
 
T
V
 
V
L
 
L
E
 
D
K
 
S
I
 
I
I
 
L
A
 
E
R
 
G
K
 
V
L
 
R
E
 
A
E
 
D
V
 
V
A
 
A
E
 
A
R
 
R
S
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
V
G
 
S
L
 
L
A
 
S
E
 
E
L
 
I
E
 
K
Q
 
A
Q
 
A
A
 
A
A
 
A
I
 
A
A
 
A
D
 
P
P
 
P
V
 
P
R
 
L
G
 
D
F
 
V
A
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
-
Q
 
-
R
 
-
V
 
-
N
 
-
A
 
-
K
 
R
E
 
E
P
 
P
A
 
G
-
 
I
-
 
G
V
 
V
I
 
I
A
 
A
E
|
E
V
 
V
K
|
K
K
 
R
A
 
-
S
 
-
P
 
-
S
 
-
K
 
-
G
 
-
V
 
T
I
 
I
R
 
A
D
 
D
P
 
P
F
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
A
E
 
K
I
 
L
A
 
A
A
 
Q
G
 
A
Y
 
Y
E
 
Q
A
 
D
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
R
C
 
I
L
 
V
S
 
S
V
 
V
L
 
V
T
 
T
D
 
E
I
 
Q
D
 
R
F
 
R
F
|
F
Q
 
Q
G
 
G
A
 
S
D
 
L
A
 
D
Y
 
D
L
 
L
Q
 
D
Q
 
A
A
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
S
C
 
V
S
 
S
L
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
L
R
 
R
K
|
K
D
|
D
F
 
F
M
 
V
I
 
V
D
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
Q
V
 
I
V
 
H
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
H
G
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
M
I
 
L
L
|
L
L
 
L
I
 
I
V
 
V
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
E
D
 
Q
A
 
S
R
 
V
M
 
L
H
 
V
E
 
S
L
 
M
A
 
L
A
 
D
V
 
R
A
 
T
K
 
E
A
 
S
H
 
L
G
 
G
L
 
M
D
 
T
V
 
A
L
 
L
V
 
V
E
|
E
V
 
V
H
 
H
D
 
T
G
 
E
D
 
Q
E
 
E
L
 
A
E
 
D
R
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
K
L
 
A
E
 
G
T
 
A
P
 
K
L
 
V
V
 
I
G
 
G
I
 
V
N
|
N
N
 
A
R
 
R
N
 
D
L
 
-
H
 
-
T
 
-
F
 
-
E
 
-
V
 
V
S
 
D
L
 
R
E
 
D
T
 
C
T
 
F
L
 
A
D
 
R
L
 
I
L
 
A
P
 
P
R
 
G
V
 
L
P
 
P
K
 
S
D
 
S
R
 
V
L
 
I
V
 
R
I
 
I
T
 
A
E
|
E
S
|
S
G
 
G
I
 
V
L
 
R
N
 
G
R
 
T
A
 
A
D
 
D
V
 
L
E
 
L
L
 
A
M
 
Y
E
 
A
I
 
G
N
 
A
Q
 
G
V
 
A
Y
 
D
A
 
A
F
 
V
L
 
L
V
 
V
G
 
G
E
 
E
A
 
G
F
 
L
M
 
V
R
 
T
A
 
S
E
 
G
Q
 
D
P
 
P

4iwwA Computational design of an unnatural amino acid metalloprotein with atomic level accuracy (see paper)
33% identity, 73% coverage: 57:259/278 of query aligns to 46:245/247 of 4iwwA

query
sites
4iwwA
A
 
A
V
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
V
 
Y
K
|
K
K
 
R
A
 
K
S
 
S
P
 
P
S
 
S
K
 
G
-
 
L
G
 
D
V
 
V
I
 
E
R
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
I
L
 
E
P
 
Y
A
 
A
E
 
K
I
 
F
A
 
M
A
 
E
G
 
R
Y
 
Y
E
 
A
A
 
V
G
 
G
G
 
-
A
 
-
A
 
-
C
 
-
L
 
L
S
 
S
V
 
I
L
 
L
T
 
T
D
 
E
I
 
E
D
 
K
F
 
Y
F
 
F
Q
 
N
G
 
G
A
 
S
D
 
Y
A
 
E
Y
 
T
L
 
L
Q
 
R
Q
 
K
A
 
I
R
 
A
A
 
S
A
 
S
C
 
V
S
 
S
L
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
L
R
 
M
K
x
M
D
 
D
F
 
F
M
 
I
I
 
V
D
 
K
P
 
E
Y
 
S
Q
 
Q
V
 
I
V
 
D
E
 
D
A
 
A
R
 
Y
A
 
N
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
T
I
 
V
L
 
L
L
 
L
I
x
A
V
 
V
A
 
K
A
 
I
L
 
L
D
 
T
D
 
E
A
 
R
R
 
E
M
 
L
H
 
E
E
 
S
L
 
L
A
 
L
A
 
E
V
 
Y
A
 
A
K
 
R
A
 
S
H
 
Y
G
 
G
L
 
M
D
 
E
V
 
P
L
 
L
V
x
I
E
|
E
V
 
I
H
 
T
D
 
D
G
 
E
D
 
N
E
 
D
L
 
L
E
 
D
R
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
L
 
I
E
 
G
T
 
A
P
 
R
L
 
F
V
 
I
G
 
G
I
|
I
N
 
S
N
 
S
R
 
Q
N
 
D
L
x
D
H
 
E
T
 
T
F
 
L
E
 
E
V
 
I
S
 
N
L
 
K
E
 
E
T
 
N
T
 
Q
L
 
R
D
 
K
L
 
L
L
 
I
P
 
S
R
 
M
V
 
I
P
 
P
K
 
S
D
 
N
R
 
V
L
 
V
V
 
K
I
 
V
T
x
A
E
x
D
S
 
S
G
 
G
I
 
I
L
 
S
N
 
E
R
 
R
A
 
N
D
 
E
V
 
I
E
 
E
L
 
E
M
 
L
E
 
R
I
 
K
N
 
L
Q
 
G
V
 
V
Y
 
N
A
 
A
F
 
F
L
 
L
V
 
I
G
 
G
E
 
S
A
 
S
F
 
L
M
 
M
R
 
R
A
 
N
E
 
P
Q
 
E
P
 
K
G
 
I
V
 
K
E
 
E
L
 
L

4ou1A Crystal structure of a computationally designed retro-aldolase covalently bound to folding probe 1 [(6-methoxynaphthalen-2-yl) (oxiran-2-yl)methanol] (see paper)
31% identity, 73% coverage: 57:259/278 of query aligns to 46:245/247 of 4ou1A

query
sites
4ou1A
A
 
A
V
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
V
 
Y
K
|
K
K
 
R
A
 
K
S
x
D
P
|
P
S
 
S
K
 
G
-
 
L
G
 
D
V
 
V
I
 
E
R
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
I
L
 
E
P
 
Y
A
 
A
E
 
K
I
 
F
A
 
M
A
 
E
G
 
R
Y
 
Y
E
 
A
A
 
V
G
 
G
G
 
-
A
 
-
A
 
-
C
 
-
L
 
L
S
 
F
V
 
I
L
 
S
T
 
T
D
 
E
I
 
E
D
 
K
F
 
Y
F
|
F
Q
 
N
G
 
G
A
 
S
D
 
Y
A
 
E
Y
 
T
L
 
L
Q
 
R
Q
 
K
A
 
I
R
 
A
A
 
S
A
 
S
C
 
V
S
 
S
L
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
L
R
 
M
K
x
Y
D
 
D
F
 
F
M
 
I
I
 
V
D
 
K
P
 
E
Y
 
S
Q
 
Q
V
 
I
V
 
D
E
 
D
A
 
A
R
 
Y
A
 
N
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
T
I
 
V
L
 
A
L
 
L
I
 
I
V
 
V
A
 
K
A
 
I
L
 
L
D
 
T
D
 
E
A
 
R
R
 
E
M
 
L
H
 
E
E
 
S
L
 
L
A
 
L
A
 
E
V
 
Y
A
 
A
K
 
R
A
 
S
H
 
Y
G
 
G
L
 
M
D
 
E
V
 
P
L
 
L
V
 
I
E
x
I
V
 
I
H
 
N
D
 
D
G
 
E
D
 
N
E
 
D
L
 
L
E
 
D
R
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
L
 
I
E
 
G
T
 
A
P
 
R
L
 
F
V
 
I
G
 
G
I
 
I
N
x
A
N
 
A
R
|
R
N
x
D
L
x
W
H
 
E
T
 
T
F
x
G
E
 
E
V
 
I
S
 
N
L
 
K
E
 
E
T
 
N
T
 
Q
L
 
R
D
 
K
L
 
L
L
 
I
P
 
S
R
 
M
V
 
I
P
 
P
K
 
S
D
 
N
R
 
V
L
 
V
V
 
K
I
 
V
T
 
A
E
x
K
S
x
E
G
 
G
I
 
I
L
 
S
N
 
E
R
 
R
A
 
N
D
 
E
V
 
I
E
 
E
L
 
E
M
 
L
E
 
R
I
 
K
N
 
L
Q
 
G
V
 
V
Y
 
N
A
 
A
F
 
F
L
 
L
V
 
I
G
 
G
E
 
S
A
 
S
F
 
L
M
 
M
R
 
R
A
 
N
E
 
P
Q
 
E
P
 
K
G
 
I
V
 
K
E
 
E
L
 
L

5k7jA Structure of designed zinc binding protein ze2 bound to zn2+ (see paper)
32% identity, 70% coverage: 57:251/278 of query aligns to 46:230/240 of 5k7jA

query
sites
5k7jA
A
 
A
V
 
I
I
 
I
A
 
A
E
|
E
V
 
Y
K
|
K
K
 
R
A
 
K
S
 
S
P
 
P
S
 
S
K
 
G
-
 
L
G
 
D
V
 
V
I
 
E
R
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
I
L
 
E
P
 
Y
A
 
S
E
 
K
I
 
F
A
 
M
A
 
E
G
 
R
Y
 
Y
E
 
A
A
 
V
G
 
G
G
 
-
A
 
-
A
 
-
C
 
-
L
 
L
S
 
S
V
 
I
L
 
L
T
 
T
D
 
E
I
 
E
D
 
K
F
 
Y
F
 
F
Q
 
N
G
 
G
A
 
S
D
 
Y
A
 
E
Y
 
T
L
 
L
Q
 
R
Q
 
K
A
 
I
R
 
A
A
 
S
A
 
S
C
 
V
S
 
S
L
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
L
R
 
M
K
x
A
D
 
D
F
 
F
M
 
I
I
 
V
D
 
K
P
 
E
Y
 
S
Q
 
Q
V
 
I
V
 
D
E
 
D
A
 
A
R
 
Y
A
 
N
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
T
I
 
V
L
 
L
L
 
L
I
 
I
V
 
V
A
 
K
A
 
I
L
 
L
D
 
T
D
 
E
A
 
R
R
 
E
M
 
L
H
 
E
E
 
S
L
 
L
A
 
L
A
 
E
V
 
Y
A
 
A
K
 
R
A
 
S
H
 
Y
G
 
G
L
 
M
D
 
E
V
 
P
L
 
L
V
 
I
E
x
G
V
 
I
H
 
N
D
 
D
G
 
E
D
 
N
E
 
D
L
 
L
E
 
D
R
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
L
 
I
E
 
G
T
 
A
P
 
R
L
 
F
V
 
I
G
 
G
I
 
I
N
x
H
N
 
S
R
x
H
N
 
N
L
 
-
H
 
-
T
 
-
F
 
-
E
 
-
V
 
-
S
 
-
L
 
K
E
 
E
T
 
N
T
 
Q
L
 
R
D
 
K
L
 
L
L
 
I
P
 
S
R
 
M
V
 
I
P
 
P
K
 
S
D
 
N
R
 
V
L
 
V
V
 
K
I
 
V
T
 
A
E
x
A
S
x
H
G
 
G
I
 
I
L
 
S
N
 
E
R
 
R
A
 
N
D
 
E
V
 
I
E
 
E
L
 
E
M
 
L
E
 
R
I
 
K
N
 
L
Q
 
G
V
 
V
Y
 
N
A
 
A
F
 
F
L
 
L
V
 
I
G
 
G
E
 
S
A
 
S
F
 
L
M
 
M
R
 
R

4a2rA Structure of the engineered retro-aldolase ra95.5-5 (see paper)
30% identity, 73% coverage: 57:259/278 of query aligns to 46:245/247 of 4a2rA

query
sites
4a2rA
A
 
A
V
 
I
I
 
I
A
 
A
E
x
Y
V
 
Y
K
x
T
K
 
R
A
 
K
S
 
S
P
 
P
S
 
S
K
 
G
-
 
L
G
 
D
V
 
V
I
 
E
R
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
I
L
 
E
P
 
Y
A
 
A
E
 
K
I
 
F
A
 
M
A
 
E
G
 
R
Y
 
Y
E
 
A
A
 
V
G
 
G
G
 
-
A
 
-
A
 
-
C
 
-
L
 
L
S
 
S
V
 
I
L
x
K
T
 
T
D
 
E
I
 
E
D
 
K
F
 
Y
F
 
F
Q
 
N
G
 
G
A
 
S
D
 
Y
A
 
E
Y
 
M
L
 
L
Q
 
R
Q
 
K
A
 
I
R
 
A
A
 
S
A
 
S
C
 
V
S
 
S
L
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
L
R
 
M
K
x
N
D
|
D
F
|
F
M
 
I
I
 
V
D
 
K
P
 
E
Y
 
S
Q
 
Q
V
 
I
V
 
D
E
 
D
A
 
A
R
 
Y
A
 
N
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
T
I
 
V
L
 
L
L
 
L
I
|
I
V
 
V
A
x
K
A
 
I
L
 
L
D
 
T
D
 
E
A
 
R
R
 
E
M
 
L
H
 
E
E
 
S
L
 
L
A
 
L
A
 
E
V
 
Y
A
 
A
K
 
R
A
 
S
H
 
Y
G
 
G
L
 
M
D
 
E
V
 
P
L
 
L
V
 
I
E
x
L
V
 
I
H
 
N
D
 
D
G
 
E
D
 
N
E
 
D
L
 
L
E
 
D
R
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
L
 
I
E
 
G
T
 
A
P
 
R
L
 
F
V
 
I
G
 
S
I
 
I
N
x
F
N
 
S
R
 
M
N
 
N
L
x
F
H
 
E
T
 
T
F
 
G
E
 
E
V
 
I
S
 
N
L
 
K
E
 
E
T
 
N
T
 
Q
L
 
R
D
 
K
L
 
L
L
 
I
P
 
S
R
 
M
V
 
I
P
 
P
K
 
S
D
 
N
R
 
V
L
 
V
V
 
K
I
 
V
T
 
A
E
x
K
S
x
L
G
 
G
I
 
I
L
 
S
N
 
E
R
 
R
A
 
N
D
 
E
V
 
I
E
 
E
L
 
E
M
 
L
E
 
R
I
 
K
N
 
L
Q
 
G
V
 
V
Y
 
N
A
 
A
F
 
F
L
 
L
V
 
I
G
 
S
E
 
S
A
 
S
F
 
L
M
 
M
R
 
R
A
 
N
E
 
P
Q
 
E
P
 
K
G
 
I
V
 
K
E
 
E
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3uxdA Designed protein ke59 r1 7/10h with dichlorobenzotriazole (dbt) (see paper)
31% identity, 73% coverage: 57:259/278 of query aligns to 46:245/247 of 3uxdA

query
sites
3uxdA
A
 
A
V
 
I
I
 
I
A
 
A
E
 
V
V
 
Y
K
 
K
K
 
R
A
 
K
S
 
S
P
 
P
S
 
S
K
 
G
-
 
L
G
 
D
V
 
V
I
 
E
R
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
I
L
 
E
P
 
Y
A
 
A
E
 
K
I
 
F
A
 
M
A
 
E
G
 
R
Y
 
Y
E
 
A
A
 
V
G
 
G
G
 
-
A
 
-
A
 
-
C
 
-
L
 
L
S
 
V
V
 
I
L
 
L
T
 
T
D
 
E
I
 
E
D
 
K
F
 
Y
F
 
F
Q
 
N
G
 
G
A
 
S
D
 
Y
A
 
E
Y
 
D
L
 
L
Q
 
R
Q
 
K
A
 
I
R
 
A
A
 
S
A
 
S
C
 
V
S
 
S
L
 
I
P
 
P
V
 
I
I
 
L
R
 
M
K
x
W
D
 
D
F
 
F
M
 
I
I
 
V
D
 
K
P
 
E
Y
 
S
Q
 
Q
V
 
I
V
 
D
E
 
D
A
 
A
R
 
Y
A
 
N
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
C
 
T
I
 
V
L
x
G
L
 
L
I
|
I
V
 
V
A
 
K
A
 
I
L
 
L
D
 
T
D
 
E
A
 
R
R
 
E
M
 
L
H
 
E
E
 
S
L
 
L
A
 
L
A
 
E
V
 
Y
A
 
A
K
 
R
A
 
S
H
 
Y
G
 
G
L
 
M
D
 
E
V
 
P
L
 
A
V
 
I
E
x
V
V
 
I
H
 
N
D
 
D
G
 
E
D
 
E
E
 
D
L
 
L
E
 
D
R
 
I
A
 
A
L
 
L
R
 
R
L
 
I
E
 
G
T
 
A
P
 
R
L
 
I
V
 
I
G
 
I
I
 
I
N
 
S
N
 
S
R
 
R
N
 
D
L
 
L
H
 
E
T
 
T
F
 
L
E
 
E
V
 
I
S
 
N
L
 
K
E
 
E
T
 
N
T
 
Q
L
 
R
D
 
K
L
 
L
L
 
I
P
 
S
R
 
M
V
 
I
P
 
P
K
 
S
D
 
N
R
 
V
L
 
V
V
 
K
I
 
V
T
 
A
E
 
A
S
 
S
G
 
G
I
 
I
L
 
S
N
 
E
R
 
R
A
 
N
D
 
E
V
 
I
E
 
E
L
 
E
M
 
L
E
 
R
I
 
K
N
 
L
Q
 
G
V
 
V
Y
 
N
A
 
A
F
 
F
L
x
E
V
 
I
G
 
G
E
 
S
A
 
S
F
 
L
M
 
M
R
 
R
A
 
N
E
 
P
Q
 
E
P
 
K
G
 
I
V
 
K
E
 
E
L
 
L

Query Sequence

>WP_011911959.1 NCBI__GCF_000013785.1:WP_011911959.1
MSVPTVLEKIIARKLEEVAERSRRIGLAELEQQAAIADPVRGFAAALEQRVNAKEPAVIA
EVKKASPSKGVIRDPFLPAEIAAGYEAGGAACLSVLTDIDFFQGADAYLQQARAACSLPV
IRKDFMIDPYQVVEARALGADCILLIVAALDDARMHELAAVAKAHGLDVLVEVHDGDELE
RALRLETPLVGINNRNLHTFEVSLETTLDLLPRVPKDRLVITESGILNRADVELMEINQV
YAFLVGEAFMRAEQPGVELQRLFFPDRARSRGVVADPE

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory