SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011913168.1 NCBI__GCF_000013785.1:WP_011913168.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

1rkvA Structure of phosphate complex of thrh from pseudomonas aeruginosa (see paper)
88% identity, 100% coverage: 1:205/205 of query aligns to 2:206/206 of 1rkvA

query
sites
1rkvA
M
 
M
E
 
E
I
 
I
A
 
A
C
 
C
L
 
L
D
|
D
L
 
L
E
|
E
G
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
V
P
 
P
E
 
E
I
 
I
W
 
W
I
 
I
A
 
A
F
 
F
A
 
A
E
 
E
A
 
K
T
 
T
G
 
G
I
 
I
E
 
D
S
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
A
T
 
T
T
 
T
R
 
R
D
 
D
I
 
I
P
 
P
D
 
D
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
L
 
L
M
 
M
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
R
 
R
I
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
H
 
H
G
 
G
L
 
L
K
 
K
L
 
L
A
 
G
D
 
D
I
 
I
Q
 
Q
K
 
E
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
T
L
 
L
K
 
K
P
 
P
L
 
L
E
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
V
E
 
E
F
 
F
I
 
V
D
 
D
W
 
W
L
 
L
R
 
R
E
 
E
R
 
R
F
 
F
Q
 
Q
V
 
V
V
 
V
I
 
I
L
 
L
S
|
S
D
|
D
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
P
 
P
L
 
L
M
 
M
R
 
R
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
F
 
F
P
 
P
T
 
T
L
 
L
L
 
L
C
 
C
H
 
H
R
 
K
L
 
L
I
 
E
T
 
I
D
 
D
E
 
D
T
 
S
D
 
D
R
 
R
V
 
V
V
 
V
D
 
G
Y
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
K
 
K
D
 
D
P
 
P
K
|
K
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
V
 
V
I
 
I
A
 
A
L
 
F
K
 
K
S
 
S
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
R
 
R
V
 
V
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
D
|
D
S
 
S
Y
 
Y
N
 
N
D
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
M
L
 
L
S
 
S
E
 
E
A
 
A
H
 
H
A
 
A
G
 
G
I
 
I
L
 
L
F
 
F
H
 
H
A
 
A
P
 
P
D
 
E
N
 
N
V
 
V
I
 
I
A
 
R
E
 
E
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
H
 
H
T
 
T
F
 
Y
D
 
E
A
 
D
L
 
L
K
 
K
Q
 
R
E
 
E
F
 
F
L
 
L
K
 
K
A
 
A
S
 
S
N
 
S
R
 
R
K
 
S
L
 
L
T
 
S
L
 
L

1rkuA Crystal structure of thrh gene product of pseudomonas aeruginosa (see paper)
88% identity, 100% coverage: 1:205/205 of query aligns to 2:206/206 of 1rkuA

query
sites
1rkuA
M
 
M
E
 
E
I
 
I
A
 
A
C
 
C
L
 
L
D
|
D
L
 
L
E
|
E
G
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
V
P
 
P
E
 
E
I
 
I
W
 
W
I
 
I
A
 
A
F
 
F
A
 
A
E
 
E
A
 
K
T
 
T
G
 
G
I
 
I
E
 
D
S
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
A
T
 
T
T
 
T
R
 
R
D
 
D
I
 
I
P
 
P
D
 
D
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
L
 
L
M
 
M
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
R
 
R
I
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
H
 
H
G
 
G
L
 
L
K
 
K
L
 
L
A
 
G
D
 
D
I
 
I
Q
 
Q
K
 
E
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
T
L
 
L
K
 
K
P
 
P
L
 
L
E
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
V
E
 
E
F
 
F
I
 
V
D
 
D
W
 
W
L
 
L
R
 
R
E
 
E
R
 
R
F
 
F
Q
 
Q
V
 
V
V
 
V
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
P
 
P
L
 
L
M
 
M
R
 
R
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
F
 
F
P
 
P
T
 
T
L
 
L
L
 
L
C
 
C
H
 
H
R
 
K
L
 
L
I
 
E
T
 
I
D
 
D
E
 
D
T
 
S
D
 
D
R
 
R
V
 
V
V
 
V
D
 
G
Y
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
K
 
K
D
 
D
P
 
P
K
 
K
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
V
 
V
I
 
I
A
 
A
L
 
F
K
 
K
S
 
S
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
R
 
R
V
 
V
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
D
|
D
S
 
S
Y
 
Y
N
 
N
D
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
M
L
 
L
S
 
S
E
 
E
A
 
A
H
 
H
A
 
A
G
 
G
I
 
I
L
 
L
F
 
F
H
 
H
A
 
A
P
 
P
D
 
E
N
 
N
V
 
V
I
 
I
A
 
R
E
 
E
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
H
 
H
T
 
T
F
 
Y
D
 
E
A
 
D
L
 
L
K
 
K
Q
 
R
E
 
E
F
 
F
L
 
L
K
 
K
A
 
A
S
 
S
N
 
S
R
 
R
K
 
S
L
 
L
T
 
S
L
 
L

Q9I2Y2 Phosphoserine phosphatase ThrH; PSP; PSPase; EC 3.1.3.3 from Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (see paper)
88% identity, 100% coverage: 1:205/205 of query aligns to 1:205/205 of Q9I2Y2

query
sites
Q9I2Y2
M
 
M
E
 
E
I
 
I
A
 
A
C
 
C
L
 
L
D
|
D
L
 
L
E
|
E
G
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
V
P
 
P
E
 
E
I
 
I
W
 
W
I
 
I
A
 
A
F
 
F
A
 
A
E
 
E
A
 
K
T
 
T
G
 
G
I
 
I
E
 
D
S
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
A
T
 
T
T
 
T
R
 
R
D
 
D
I
 
I
P
 
P
D
 
D
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
L
 
L
M
 
M
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
R
 
R
I
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
H
 
H
G
 
G
L
 
L
K
 
K
L
 
L
A
 
G
D
 
D
I
 
I
Q
 
Q
K
 
E
V
 
V
I
 
I
A
 
A
T
 
T
L
 
L
K
 
K
P
 
P
L
 
L
E
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
V
E
 
E
F
 
F
I
 
V
D
 
D
W
 
W
L
 
L
R
 
R
E
 
E
R
 
R
F
 
F
Q
 
Q
V
 
V
V
 
V
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
 
D
T
 
T
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
P
 
P
L
 
L
M
 
M
R
 
R
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
F
 
F
P
 
P
T
 
T
L
 
L
L
 
L
C
 
C
H
 
H
R
 
K
L
 
L
I
 
E
T
 
I
D
 
D
E
 
D
T
 
S
D
 
D
R
 
R
V
 
V
V
 
V
D
 
G
Y
 
Y
Q
 
Q
L
 
L
R
 
R
Q
 
Q
K
 
K
D
 
D
P
 
P
K
 
K
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
V
 
V
I
 
I
A
 
A
L
 
F
K
 
K
S
 
S
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
R
 
R
V
 
V
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
D
|
D
S
 
S
Y
 
Y
N
 
N
D
 
D
T
 
T
T
 
T
M
 
M
L
 
L
S
 
S
E
 
E
A
 
A
H
 
H
A
 
A
G
 
G
I
 
I
L
 
L
F
 
F
H
 
H
A
 
A
P
 
P
D
 
E
N
 
N
V
 
V
I
 
I
A
 
R
E
 
E
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
F
 
F
P
 
P
A
 
A
V
 
V
H
 
H
T
 
T
F
 
Y
D
 
E
A
 
D
L
 
L
K
 
K
Q
 
R
E
 
E
F
 
F
L
 
L
K
 
K
A
 
A
S
 
S
N
 
S
R
 
R
K
 
S
L
 
L
T
 
S
L
 
L

7qplA Crystal structure of phosphoserine phosphatase (serb) from brucella melitensis in complex with phosphate and magnesium
28% identity, 74% coverage: 28:178/205 of query aligns to 114:269/295 of 7qplA

query
sites
7qplA
S
 
T
L
 
A
R
 
R
A
 
A
T
 
M
T
 
N
R
 
G
D
 
E
I
 
I
P
 
A
D
 
-
Y
 
F
D
 
E
V
 
P
L
 
A
M
 
L
K
 
R
Q
 
E
R
 
R
L
 
V
R
 
A
I
 
L
L
 
L
D
 
-
E
 
-
H
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
P
L
 
L
A
 
S
D
 
V
I
 
I
Q
 
D
K
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
S
T
 
T
-
 
R
-
 
I
-
 
T
L
 
L
K
 
T
P
 
P
L
 
-
E
 
-
G
 
G
A
 
G
P
 
P
E
 
Q
F
 
L
I
 
V
D
 
R
W
 
T
L
 
M
R
 
R
E
 
K
R
 
H
F
 
G
Q
 
A
-
 
Y
V
 
T
V
 
A
I
 
L
L
 
V
S
 
S
D
 
G
T
 
G
F
 
F
Y
 
T
E
 
S
F
 
F
S
 
T
Q
 
R
P
 
R
L
 
I
M
 
A
R
 
E
Q
 
M
L
 
I
G
 
G
F
 
F
P
 
N
T
 
E
L
 
E
L
 
R
C
 
A
H
 
N
R
 
R
L
 
L
I
 
I
T
 
D
D
 
D
E
 
G
T
 
T
D
 
-
R
 
R
V
 
L
V
 
T
D
 
G
Y
 
T
Q
 
V
L
 
A
R
 
E
Q
 
P
K
 
I
D
 
L
P
 
G
K
 
R
R
 
E
Q
 
A
S
 
K
V
 
V
I
 
E
A
 
K
L
 
L
K
 
V
S
 
E
L
 
I
Y
 
A
Y
 
E
R
 
R
V
 
V
-
 
G
-
 
L
-
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
D
-
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
V
G
 
G
D
|
D
S
 
G
Y
 
A
N
 
N
D
 
D
T
 
L
T
 
G
M
 
M
L
 
I
S
 
Q
E
 
L
A
 
A
H
 
G
A
 
T
G
 
G
I
 
V
L
 
A
F
 
L
H
 
H
A
 
A
P
 
K
D
 
P
N
 
A
V
 
V
I
 
A
A
 
A
E
 
Q

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_011913168.1 NCBI__GCF_000013785.1:WP_011913168.1
MEIACLDLEGVLVPEIWIAFAEATGIESLRATTRDIPDYDVLMKQRLRILDEHGLKLADI
QKVIATLKPLEGAPEFIDWLRERFQVVILSDTFYEFSQPLMRQLGFPTLLCHRLITDETD
RVVDYQLRQKDPKRQSVIALKSLYYRVIAAGDSYNDTTMLSEAHAGILFHAPDNVIAEFP
QFPAVHTFDALKQEFLKASNRKLTL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory