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SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_011939107.1 NCBI__GCF_000016745.1:WP_011939107.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P77961 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
63% identity, 100% coverage: 2:469/470 of query aligns to 4:472/473 of P77961

query
sites
P77961

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E134 (= E132) binding Mg(2+)
E215 (= E212) binding Mg(2+)
E223 (= E220) binding Mg(2+)
E361 (= E358) binding Mn(2+)

3ng0A Crystal structure of glutamine synthetase from synechocystis sp. Pcc 6803
62% identity, 100% coverage: 2:469/470 of query aligns to 2:464/465 of 3ng0A

query
sites
3ng0A

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binding phosphoaminophosphonic acid-adenylate ester: Y126 (= Y126), E130 (= E130), K209 (≠ C208), I224 (≠ M223), F226 (= F225), H272 (= H271), S274 (= S273), R340 (= R339), R345 (= R344), R357 (= R356)
binding manganese (ii) ion: E130 (= E130), E132 (= E132), E213 (= E212), E221 (= E220), H270 (= H269), E359 (= E358), R361 (= R360)

1htoA Crystallographic structure of a relaxed glutamine synthetase from mycobacterium tuberculosis (see paper)
61% identity, 100% coverage: 2:470/470 of query aligns to 4:477/477 of 1htoA

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sites
1htoA

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binding adenosine monophosphate: Y128 (= Y126), G130 (= G128), E132 (= E130), F231 (= F225), H277 (= H271), S279 (= S273), R363 (= R356)
binding manganese (ii) ion: E132 (= E130), H275 (= H269), E365 (= E358)

P9WN39 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 5 papers)
61% identity, 100% coverage: 2:470/470 of query aligns to 5:478/478 of P9WN39

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sites
P9WN39

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Y406 (= Y398) modified: O-AMP-tyrosine; mutation to F: Unable to be adenylylated.

Sites not aligning to the query:

1 modified: Initiator methionine, Removed

4acfA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with imidazopyridine inhibitor ((4-(6-bromo-3- (butylamino)imidazo(1,2-a)pyridin-2-yl)phenoxy) acetic acid) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate.
61% identity, 100% coverage: 2:470/470 of query aligns to 2:475/475 of 4acfA

query
sites
4acfA

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3zxvA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (4-(2-tert-butyl- 4-(6-methoxynaphthalen-2-yl)-1h-imidazol-5-yl)pyridin-2-amine) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate (see paper)
61% identity, 100% coverage: 2:470/470 of query aligns to 2:475/475 of 3zxvA

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sites
3zxvA

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3zxrA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (3-(2-tert-butyl- 5-(pyridin-4-yl)-1h-imidazol-4-yl)quinoline) and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
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2bvcA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a transition state mimic (see paper)
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binding adenosine-5'-diphosphate: E130 (= E130), E211 (= E207), K212 (≠ C208), N226 (≠ D222), F229 (= F225), H275 (= H271), S277 (= S273), R344 (= R339), R349 (= R344), R361 (= R356), E363 (= E358)
binding magnesium ion: E130 (= E130), E130 (= E130), E132 (= E132), E216 (= E212), E224 (= E220), E224 (= E220), H273 (= H269), E363 (= E358)
binding l-methionine-s-sulfoximine phosphate: E130 (= E130), E132 (= E132), E216 (= E212), E224 (= E220), G269 (= G265), H273 (= H269), R326 (= R321), E332 (= E327), R344 (= R339), R365 (= R360)

2whiA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a purine analogue inhibitor and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
61% identity, 100% coverage: 2:470/470 of query aligns to 3:476/476 of 2whiA

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2whiA

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binding 1-(3,4-dichlorobenzyl)-3,7-dimethyl-8-morpholin-4-yl-3,7-dihydro-1H-purine-2,6-dione: Y127 (= Y126), G129 (= G128), F230 (= F225), H276 (= H271), S278 (= S273), W280 (= W275), K359 (= K353), R362 (= R356)
binding magnesium ion: E131 (= E130), E131 (= E130), E133 (= E132), E217 (= E212), E225 (= E220), E225 (= E220), H274 (= H269), E364 (= E358)
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A0R079 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
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A0R079

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