SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011941012.1 NCBI__GCF_000016745.1:WP_011941012.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6tg9A Cryo-em structure of nadh reduced form of NAD+-dependent formate dehydrogenase from rhodobacter capsulatus (see paper)
32% identity, 99% coverage: 2:819/828 of query aligns to 19:908/949 of 6tg9A

query
sites
6tg9A
V
 
V
N
 
H
L
 
L
T
 
T
I
 
I
D
 
D
D
 
G
K
 
V
K
 
E
V
 
V
T
 
T
V
 
V
P
 
P
K
 
A
D
 
G
A
 
T
T
 
S
I
 
V
F
 
L
D
 
R
A
 
A
A
 
A
K
 
A
S
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
S
I
 
I
P
 
P
I
 
K
L
 
L
C
|
C
H
 
A
D
 
T
K
 
D
K
 
N
L
 
V
H
 
E
P
 
P
F
x
V
G
|
G
G
 
S
C
|
C
R
 
R
M
 
L
C
|
C
L
 
M
V
 
V
E
 
E
V
 
I
E
 
E
Q
 
G
M
 
M
K
 
R
G
 
G
R
 
T
L
 
P
I
 
T
P
 
-
A
 
S
C
|
C
T
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
V
T
 
A
E
 
P
G
 
G
M
 
M
T
 
R
V
 
V
T
 
H
T
 
T
T
 
Q
T
 
T
P
 
P
E
 
Q
I
 
L
I
 
Q
K
 
K
A
 
L
R
 
R
K
 
R
M
 
G
V
 
V
L
 
M
E
 
E
L
 
L
L
 
Y
L
 
I
L
 
S
K
 
D
H
|
H
P
 
P
I
 
L
D
 
D
C
|
C
P
 
L
V
 
T
C
|
C
D
 
A
A
|
A
A
 
N
G
 
G
D
 
D
C
|
C
D
 
E
L
 
L
Q
 
Q
N
 
D
L
 
M
T
 
A
Y
 
G
E
 
A
Y
 
V
K
 
G
V
 
L
N
 
R
T
 
E
N
 
V
K
 
R
F
 
Y
H
 
Q
D
 
A
E
 
K
K
 
D
F
 
T
H
 
H
H
 
F
K
 
A
I
 
R
-
 
R
-
 
D
-
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
P
-
 
N
-
 
P
-
 
R
-
 
Y
-
 
I
-
 
P
-
 
K
D
 
D
Y
 
N
E
 
S
N
 
N
P
 
P
L
 
Y
I
 
F
E
 
S
R
 
Y
D
 
D
M
 
P
N
 
A
R
 
K
C
|
C
I
|
I
H
x
V
C
|
C
G
x
M
K
 
R
C
|
C
A
 
V
R
 
R
I
 
A
C
|
C
D
 
E
E
 
E
I
 
V
V
 
Q
S
 
G
Y
 
T
G
 
F
A
 
A
Y
 
L
T
 
T
F
 
V
I
 
M
S
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
F
E
 
D
A
 
A
K
 
R
M
x
I
G
 
S
T
 
P
E
 
A
F
 
A
D
 
P
G
 
D
P
 
F
L
 
L
-
 
S
-
 
S
N
 
D
C
|
C
E
 
V
F
x
S
C
|
C
G
|
G
S
 
A
C
|
C
V
 
V
S
 
Q
V
 
A
C
|
C
P
 
P
V
x
T
G
x
A
A
 
T
L
 
L
I
 
V
S
 
E
R
 
K
P
 
S
F
 
V
K
 
E
F
 
R
K
 
I
A
 
G
R
 
T
W
 
-
W
 
-
S
 
P
L
 
E
N
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
V
T
 
T
V
 
T
C
|
C
S
 
A
Y
|
Y
C
|
C
G
 
G
T
x
V
G
 
G
C
|
C
Q
 
S
L
x
F
T
 
E
L
 
A
G
 
H
V
 
M
K
 
L
D
 
G
N
 
D
K
 
Q
V
 
L
L
 
V
T
 
R
T
 
M
I
 
V
Y
 
P
D
 
W
E
 
K
N
 
G
Q
 
G
G
 
A
F
 
A
H
 
N
N
 
R
G
 
G
Q
 
H
L
 
S
C
|
C
T
 
V
R
x
K
G
 
G
R
 
R
F
 
F
G
 
A
Y
 
Y
Q
 
G
F
 
Y
V
 
A
N
 
T
S
 
H
D
 
Q
N
 
D
R
 
R
L
 
I
T
 
L
T
 
K
P
 
P
L
 
M
I
 
I
R
 
R
K
 
D
-
 
K
-
 
I
N
 
T
G
 
D
K
 
P
L
 
W
V
 
R
E
 
E
A
 
V
S
 
N
W
 
W
E
 
T
E
 
E
A
 
A
L
 
L
S
 
D
L
 
F
V
 
T
A
 
A
D
 
T
R
 
R
L
 
L
R
 
R
E
 
A
A
 
L
K
 
R
A
 
D
S
 
S
-
 
H
G
 
G
A
 
A
D
 
D
S
 
A
V
 
L
A
 
G
G
 
V
L
 
I
V
 
T
T
 
S
P
 
S
R
|
R
L
x
C
T
 
T
N
 
N
E
 
E
E
 
E
L
 
T
F
 
Y
L
 
L
Y
 
V
G
 
Q
K
 
K
L
 
L
F
 
A
R
 
R
E
 
A
T
 
V
L
 
F
G
 
G
S
 
T
E
 
N
N
 
N
I
 
T
D
 
D
H
 
T
S
 
C
A
 
A
G
 
R
F
 
V
A
x
C
H
|
H
S
 
S
A
 
P
L
 
T
T
 
G
S
 
Y
G
 
G
A
 
L
L
 
K
E
 
Q
S
 
T
L
 
F
G
 
G
Y
 
T
A
 
S
A
 
A
S
 
G
P
 
T
S
 
Q
T
 
D
I
 
F
A
 
D
D
 
S
I
 
V
Q
 
E
K
 
E
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
A
L
 
L
V
 
V
V
 
I
K
x
G
T
x
A
D
 
N
A
 
P
Y
 
T
E
x
D
T
x
G
H
|
H
P
 
P
V
|
V
L
 
F
G
 
A
F
 
S
E
 
R
I
 
L
N
 
R
L
 
K
G
 
R
V
 
L
K
 
-
R
 
R
K
 
A
D
 
G
V
 
A
D
 
K
L
 
L
R
 
I
I
 
V
V
 
V
S
 
D
D
x
P
K
x
R
R
 
R
G
 
I
K
 
D
L
 
L
S
 
L
K
 
N
L
 
T
P
 
P
K
 
H
A
 
R
K
 
G
T
 
E
Y
 
A
V
 
W
H
 
H
-
 
L
-
 
Q
-
 
L
K
 
K
P
|
P
G
 
G
N
 
T
E
x
N
V
 
V
V
 
A
L
 
V
L
 
M
N
 
T
A
 
A
L
 
M
A
 
A
K
 
H
A
 
V
I
 
I
I
 
V
D
 
T
E
 
E
N
 
Q
L
 
I
V
 
F
D
 
D
A
 
K
A
 
R
A
 
F
T
 
I
-
 
G
T
 
D
V
 
R
A
 
C
G
 
D
L
 
W
D
 
D
E
 
E
L
 
W
K
 
A
Q
 
D
T
 
Y
L
 
A
E
 
E
-
 
F
-
 
V
-
 
A
-
 
N
-
 
P
S
 
E
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
S
 
E
K
 
A
V
 
V
A
 
E
E
 
S
A
 
L
C
 
T
G
 
G
M
 
V
S
 
P
A
 
A
D
 
G
E
 
L
I
 
L
K
 
R
A
 
Q
L
 
A
A
 
A
S
 
R
D
 
A
Y
 
Y
A
 
A
K
 
A
A
 
A
E
 
P
K
 
N
A
 
A
L
 
A
I
 
I
L
 
Y
L
 
Y
P
 
G
I
x
L
G
|
G
L
 
V
G
 
T
Y
 
E
S
x
H
G
 
S
H
 
Q
G
 
G
K
 
S
E
 
T
L
 
T
A
 
V
Q
 
I
A
 
A
V
 
I
I
 
A
N
 
N
L
 
L
A
 
A
L
 
M
L
 
M
T
 
T
G
 
G
R
 
N
I
 
I
G
 
G
K
 
R
E
 
P
G
 
G
C
 
V
G
 
G
V
 
V
L
 
N
I
 
P
M
 
L
G
 
R
E
x
G
K
x
Q
N
 
N
N
 
N
S
 
V
Q
 
Q
G
 
G
A
 
S
L
 
C
D
 
D
M
 
M
G
 
G
I
 
S
Y
 
F
P
 
P
-
 
H
-
 
E
-
 
F
-
 
P
-
 
G
-
 
Y
-
 
R
-
 
H
-
 
V
-
 
S
-
 
D
-
 
D
-
 
A
-
 
T
-
 
R
-
 
G
-
 
L
-
 
F
-
 
E
-
 
R
-
 
T
-
 
W
-
 
G
-
 
V
-
 
T
-
 
L
-
 
S
T
 
S
S
 
E
K
 
P
G
 
G
K
 
L
N
 
R
A
 
I
A
 
P
T
 
N
I
 
M
I
 
L
D
 
D
S
 
A
C
 
A
A
 
V
A
 
E
G
 
G
T
 
R
V
 
F
K
 
K
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
V
 
V
A
 
Q
G
|
G
E
|
E
N
 
D
P
 
I
V
 
L
I
 
Q
S
|
S
Y
 
D
P
 
P
N
 
D
R
 
T
K
 
R
K
 
H
I
 
V
E
 
S
A
 
A
A
 
G
L
 
L
D
 
A
K
 
A
V
 
M
E
 
D
F
 
L
L
 
V
V
 
I
V
 
V
Q
 
H
D
 
D
L
 
L
F
 
F
L
 
L
T
x
N
E
 
E
T
 
T
A
 
A
E
 
N
K
 
Y
A
 
A
H
 
H
V
 
V
V
 
F
L
 
L
P
 
P
A
 
G
C
x
S
S
 
T
F
 
F
A
 
L
E
 
E
K
|
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
F
 
F
T
 
T
S
 
N
V
 
A
G
 
E
R
 
R
T
 
R
V
 
I
Q
 
N
R
 
R
V
 
V
N
 
R
K
 
R
A
 
V
I
 
M
K
 
A
P
 
P
I
 
K
G
 
A
L
 
-
S
 
G
R
 
F
S
 
A
D
|
D
L
 
W
D
 
E
I
 
V
L
 
T
S
 
Q
S
 
M
L
 
L
N
 
A
G
 
N
I
 
A
L
 
L
G
 
G
-
 
A
G
 
G
T
 
W
T
 
H
Y
 
Y
A
 
T
N
 
H
A
 
P
S
 
S
E
 
E
V
 
I
F
 
M
A
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
A
E
 
A
N
 
T
V
 
T
P
 
P
G
 
G
Y
 
F
K
 
A
D
 
A
L
 
V
S
 
T
Y
 
Y
D
 
E
G
 
M
L
 
L
G
 
D
E
 
A
N
 
R
G
 
G
Q
 
S
I
 
V
-
 
Q
I
 
W
P
 
P
V
 
C
T
 
N
T
 
E
K
 
K
A
 
A
-
 
P
-
 
E
-
 
G
-
 
S
-
 
P
-
 
I
-
 
M
-
 
H
-
 
V
-
 
E
-
 
G
-
 
F
-
 
V
-
 
R
-
 
G
-
 
K
-
 
G
K
 
R
F
 
F
V
 
I
P
 
R
V
 
T
A
 
A
A
 
Y
A
 
L
P
 
P
V
 
T
K
 
D
A
 
E
E
 
K
T
 
T
G
 
G
-
 
P
K
 
R
F
 
F
A
 
P
M
 
L
V
 
L
-
 
L
-
x
T
T
|
T
G
 
G
S
x
R
A
x
I
L
|
L
-
 
S
-
 
Q
Y
 
Y
H
x
N
C
x
V
G
 
G
T
 
A
M
x
Q
S
 
T
R
 
R
Y
 
R
G
 
T
E
 
E
G
 
N
P
 
T
M
 
V
H
 
W
V
 
H
C
 
G
P
 
-
E
 
E
G
 
D
Y
 
R
A
 
L
E
 
E
L
 
I
S
 
H
R
 
P
Q
 
T
D
 
D
A
 
A
A
 
E
E
 
T
L
 
R
K
 
G
I
 
I
S
 
R
E
 
D
N
 
G
D
 
D
M
 
W
L
 
V
T
 
R
I
 
L
K
 
A
S
 
S
T
 
R
T
 
A
G
 
G
E
 
E
I
 
T
K
 
T
L
 
L
K
 
R
A
 
A
K
 
T
V
 
V
N
 
T
V
 
D
R
 
R
M
 
V
P
 
S
Q
 
P
G
 
G
V
 
V
V
 
V
F
 
Y
A
 
T
P
 
T
Y
 
F
H
 
H
F
 
H
A
 
P
E
 
D
Q
 
T
S
 
Q
V
 
A
N
|
N
T
 
V
V
 
V
T
 
T
D
 
T
G
 
D
T
 
T

Sites not aligning to the query:

7vw6A Cryo-em structure of formate dehydrogenase 1 from methylorubrum extorquens am1 (see paper)
30% identity, 99% coverage: 2:817/828 of query aligns to 2:891/913 of 7vw6A

query
sites
7vw6A
V
 
I
N
 
A
L
 
F
T
 
E
I
 
F
D
 
D
D
 
G
K
 
Q
K
 
Q
V
 
V
T
 
E
V
 
A
P
 
Q
K
 
P
D
 
G
A
 
E
T
 
T
I
 
I
F
 
W
D
 
A
A
 
V
A
 
A
K
 
K
S
 
R
A
 
L
G
 
G
I
 
T
K
 
H
I
 
I
P
 
P
I
x
H
L
 
L
C
|
C
H
|
H
-
 
K
-
 
P
D
 
D
K
 
P
K
 
G
L
 
Y
H
 
R
P
 
P
F
 
D
G
|
G
G
 
N
C
|
C
R
|
R
M
 
A
C
|
C
L
 
M
V
 
V
E
 
E
V
 
I
E
 
E
Q
 
G
M
 
E
K
 
R
G
 
-
R
 
V
L
 
L
I
 
A
P
 
A
A
 
S
C
|
C
T
 
K
T
 
R
P
 
T
V
 
P
T
 
A
E
 
I
G
 
G
M
 
M
T
 
K
V
 
V
T
 
K
T
 
S
T
 
A
T
 
T
P
 
E
E
 
R
I
 
A
I
 
T
K
 
K
A
 
A
R
 
R
K
 
A
M
 
M
V
 
V
L
 
L
E
 
E
L
 
L
L
 
L
L
 
V
L
 
A
K
 
D
H
 
Q
P
 
P
I
 
E
D
 
R
C
 
A
P
 
T
V
 
S
C
 
H
D
 
D
A
 
P
A
 
S
G
 
S
D
 
H
C
 
F
D
 
W
L
 
V
Q
 
Q
N
 
A
L
 
D
T
 
V
Y
 
L
E
 
D
Y
 
-
K
 
-
V
 
V
N
 
T
T
 
E
N
 
S
K
 
R
F
 
F
H
 
P
D
 
A
E
 
A
K
 
E
F
 
-
H
 
R
H
 
W
K
 
T
I
 
S
D
 
D
Y
 
V
E
 
S
N
 
H
P
 
P
L
 
A
I
 
M
E
 
S
R
 
V
D
 
N
M
 
L
N
 
D
R
 
A
C
|
C
I
|
I
H
x
Q
C
|
C
G
x
N
K
 
L
C
|
C
A
 
V
R
 
R
I
 
A
C
|
C
D
 
R
E
 
E
I
 
V
V
 
Q
S
 
V
Y
x
N
G
 
D
A
x
V
Y
x
I
T
 
G
F
 
M
I
 
A
S
 
Y
R
 
R
G
 
A
I
 
A
E
 
G
A
 
S
K
 
K
M
x
V
G
 
V
T
 
F
E
 
D
F
 
F
D
 
D
G
 
D
P
 
P
L
 
M
-
 
G
-
 
G
-
 
S
N
 
T
C
|
C
E
x
V
F
x
A
C
|
C
G
|
G
S
 
E
C
|
C
V
 
V
S
 
Q
V
 
A
C
|
C
P
|
P
V
x
T
G
 
G
A
|
A
L
|
L
I
 
M
S
 
P
R
 
A
P
 
A
F
 
Y
K
 
L
F
 
D
K
 
A
A
 
N
R
 
Q
W
 
T
W
 
R
S
 
T
L
 
V
-
 
Y
-
 
P
-
 
D
N
 
R
K
 
E
V
 
V
K
 
K
T
 
S
V
 
L
C
|
C
S
 
P
Y
 
Y
C
|
C
G
 
G
T
 
V
G
 
G
C
|
C
Q
 
Q
L
 
V
T
 
S
L
 
Y
G
 
K
V
 
V
K
 
K
D
 
D
N
 
E
K
 
R
V
 
I
L
 
-
T
 
-
T
 
-
I
 
V
Y
 
Y
D
 
A
E
 
E
-
 
G
-
 
V
N
 
N
Q
 
G
G
 
P
F
 
A
H
 
N
N
 
Q
G
 
N
Q
 
R
L
 
L
C
|
C
T
 
V
R
x
K
G
|
G
R
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
F
Q
 
D
F
 
Y
V
 
V
N
 
H
S
 
H
D
 
P
N
 
H
R
 
R
L
 
L
T
 
T
T
 
V
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
R
K
 
L
N
 
E
G
 
N
-
 
V
-
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
A
-
 
N
-
 
D
-
 
Q
-
 
V
-
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
N
-
 
P
-
 
W
-
 
T
K
 
H
L
 
F
V
 
R
E
 
E
A
 
A
S
 
T
W
 
W
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
S
 
D
L
 
R
V
 
A
A
 
A
D
 
G
R
 
G
L
 
L
R
 
K
E
 
A
A
 
I
K
 
R
-
 
D
A
 
T
S
 
N
G
 
G
A
 
R
D
 
K
S
 
A
V
 
L
A
 
A
G
 
G
L
 
F
V
 
G
T
 
S
P
 
A
R
x
K
L
 
G
T
 
S
N
 
N
E
 
E
E
 
E
L
 
A
F
 
Y
L
 
L
Y
 
F
G
 
Q
K
 
K
L
 
L
F
 
V
R
 
R
E
 
L
T
 
G
L
 
F
G
 
G
S
 
T
E
 
N
N
 
N
I
 
V
D
 
D
H
 
H
S
x
C
A
 
T
G
 
R
F
 
L
A
x
C
H
 
H
S
 
A
A
 
S
L
 
S
T
 
V
S
 
A
G
 
A
A
 
L
L
 
M
E
 
E
S
 
G
L
 
L
G
 
N
Y
 
S
A
 
G
A
 
A
S
 
V
P
 
T
S
 
A
T
 
P
I
 
F
A
 
S
D
 
A
I
 
A
Q
 
L
K
 
D
T
 
A
D
 
E
L
 
V
L
 
I
L
 
V
V
 
V
V
 
I
K
x
G
T
 
A
D
x
N
A
 
P
Y
 
T
E
 
V
T
x
N
H
 
H
P
 
P
V
|
V
L
 
A
G
 
A
F
 
T
E
 
F
I
 
L
N
 
K
L
 
N
G
 
A
V
 
V
K
 
K
R
 
Q
K
 
R
D
 
G
V
 
A
D
 
K
L
 
L
R
 
I
I
 
I
V
 
M
S
x
D
D
x
P
K
x
R
R
 
R
G
 
Q
K
 
T
L
 
L
S
 
S
K
 
R
L
 
-
P
 
-
K
 
-
A
 
-
K
 
H
T
 
A
Y
 
Y
V
 
R
H
 
H
-
 
L
-
 
A
-
x
F
K
 
R
P
 
P
G
|
G
N
 
S
E
x
D
V
 
V
V
 
A
L
 
M
L
 
L
N
 
N
A
 
A
L
 
M
A
 
L
K
 
N
A
 
V
I
 
I
I
 
V
D
 
T
E
 
E
N
 
G
L
 
L
V
 
Y
D
 
D
A
 
E
A
 
Q
-
 
Y
-
 
I
A
 
A
T
 
G
T
 
Y
V
 
T
A
 
E
G
 
N
L
 
F
D
 
E
E
 
A
L
 
L
K
 
R
Q
 
E
T
 
K
L
 
I
E
 
V
S
 
D
Y
 
F
A
 
T
P
 
P
S
 
E
K
 
K
V
 
M
A
 
A
E
 
S
A
 
V
C
 
C
G
 
G
M
 
I
S
 
D
A
 
A
D
 
E
E
 
T
I
 
L
K
 
R
A
 
E
L
 
V
A
 
A
S
 
R
D
 
L
Y
 
Y
A
 
A
K
 
R
A
 
A
E
 
K
K
 
S
A
 
S
L
 
L
I
 
I
L
 
F
L
 
W
P
x
G
I
x
M
G
|
G
L
 
V
G
 
S
Y
x
Q
S
x
H
G
 
V
H
 
H
G
 
G
K
 
T
E
 
D
L
 
N
A
 
S
Q
 
R
A
 
C
V
 
L
I
 
I
N
 
A
L
 
L
A
 
A
L
 
L
L
 
I
T
 
T
G
 
G
R
 
Q
I
 
I
G
 
G
K
 
R
E
 
P
G
 
G
C
 
T
G
 
G
V
 
L
L
 
H
I
 
P
M
 
L
G
 
R
E
x
G
K
x
Q
N
 
N
N
 
N
S
 
V
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
L
 
S
D
 
D
M
 
A
G
 
G
I
 
L
Y
 
I
P
 
P
T
 
M
-
 
V
-
 
Y
-
 
P
-
 
D
-
 
Y
-
 
Q
-
 
S
-
 
V
-
 
E
-
 
K
-
 
D
-
 
A
-
 
V
-
 
R
-
 
E
-
 
L
-
 
F
-
 
E
-
 
E
-
 
F
-
 
W
-
 
G
-
 
Q
-
 
S
-
 
L
-
 
D
-
 
P
S
 
Q
K
 
K
G
 
G
K
 
L
N
 
T
A
 
V
A
 
V
T
 
E
I
 
I
I
 
M
D
 
R
S
 
A
C
 
I
A
 
H
A
 
A
G
 
G
T
 
E
V
 
I
K
 
R
A
 
G
L
 
M
Y
 
F
V
 
V
A
 
E
G
|
G
E
 
E
N
|
N
P
 
P
V
 
A
I
 
M
S
|
S
Y
 
D
P
 
P
N
 
D
R
 
L
K
 
N
K
 
H
I
 
A
E
 
R
A
 
H
A
 
A
L
 
L
D
 
A
K
 
M
V
 
L
E
 
D
F
 
H
L
 
L
V
 
V
V
 
V
Q
|
Q
D
|
D
L
|
L
F
 
F
L
 
L
T
 
T
E
 
E
T
 
T
A
 
A
E
 
F
K
 
H
A
 
A
H
 
D
V
 
V
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
A
C
 
S
S
 
A
F
 
F
A
 
A
E
 
E
K
 
K
D
 
A
G
 
G
T
 
T
F
 
F
T
 
T
S
 
N
V
 
T
G
 
D
R
 
R
T
 
R
V
 
V
Q
 
Q
R
 
I
V
 
A
N
 
Q
K
 
P
A
 
V
I
 
V
K
 
A
P
 
P
I
 
P
G
 
G
L
 
D
S
 
A
R
 
R
S
 
Q
D
 
D
L
 
W
D
 
W
I
 
I
L
 
I
S
 
Q
S
 
E
L
 
L
N
 
A
G
 
R
I
 
R
L
 
L
G
 
D
-
 
L
G
 
D
T
 
W
T
 
N
Y
 
Y
A
 
G
N
 
G
A
 
P
S
 
A
E
 
D
V
 
I
F
 
F
A
 
A
E
 
E
I
 
M
A
 
A
E
 
Q
N
 
V
V
 
M
P
 
P
G
 
S
Y
 
L
K
 
N
D
 
N
L
 
I
S
 
T
Y
 
W
D
 
E
G
 
R
L
 
L
G
 
E
E
 
R
N
 
E
G
 
G
Q
 
A
I
 
V
I
 
T
-
 
Y
P
 
P
V
 
V
-
 
D
-
 
A
-
 
P
-
 
D
-
 
Q
-
 
P
-
 
G
-
 
N
-
 
E
-
 
I
-
 
I
-
 
F
-
 
Y
-
 
A
-
 
G
-
 
F
-
 
P
-
 
T
-
 
E
T
 
S
T
 
G
K
 
R
A
 
A
K
 
K
F
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
A
A
 
A
A
 
I
A
 
V
P
 
P
V
 
P
-
 
D
K
 
E
A
 
V
E
 
P
T
 
D
G
 
D
K
 
E
F
 
F
A
 
P
M
 
M
V
 
V
-
 
L
-
 
S
T
|
T
G
 
G
S
x
R
A
x
V
L
|
L
-
 
E
-
x
H
Y
x
W
H
|
H
C
x
T
G
 
G
T
 
S
M
|
M
S
 
T
R
 
R
Y
 
R
G
 
A
E
 
G
G
 
V
P
 
L
M
 
D
H
 
A
V
 
L
C
 
E
P
 
P
E
 
E
G
 
A
Y
 
V
A
 
A
E
 
F
L
 
M
S
 
A
R
 
P
Q
 
K
D
 
E
A
 
L
A
 
Y
E
 
R
L
 
L
K
 
G
I
 
L
S
 
R
E
 
P
N
 
G
D
 
G
M
 
S
L
 
M
T
 
R
I
 
L
K
 
E
S
 
T
T
 
R
T
 
R
G
 
G
E
 
A
I
 
V
K
 
V
L
 
L
K
 
K
A
 
V
K
 
R
V
 
S
N
 
D
V
 
R
R
 
D
M
 
V
P
 
P
Q
 
I
G
 
G
V
 
M
V
 
I
F
 
F
A
 
M
P
 
P
Y
x
F
H
 
C
F
 
Y
A
 
A
E
 
E
Q
 
A
S
 
A
V
 
A
N
|
N
T
 
L
V
 
L
T
 
T
D
 
N

Sites not aligning to the query:

7qv7S Cryo-em structure of hydrogen-dependent co2 reductase. (see paper)
34% identity, 60% coverage: 218:711/828 of query aligns to 3:528/571 of 7qv7S

query
sites
7qv7S
K
 
K
V
 
V
K
 
L
T
 
T
V
 
T
C
|
C
S
 
P
Y
 
Y
C
|
C
G
 
G
T
 
T
G
|
G
C
|
C
Q
 
G
L
 
L
T
 
Y
L
 
L
G
 
K
V
 
V
K
 
E
D
 
N
N
 
E
K
 
K
V
 
I
L
 
V
T
 
G
T
 
V
I
 
E
Y
 
P
D
 
D
E
 
K
N
 
L
Q
 
H
G
 
P
F
 
V
H
 
N
N
 
Q
G
 
G
Q
 
E
L
|
L
C
|
C
T
 
I
R
 
K
G
 
G
R
 
Y
F
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
K
F
 
Y
V
 
V
N
 
H
S
 
D
D
 
P
N
 
R
R
 
R
L
 
L
T
 
T
T
 
S
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
K
K
 
K
N
 
N
G
 
G
K
 
K
L
 
F
V
 
V
E
 
P
A
 
V
S
 
S
W
 
W
E
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
S
 
N
L
 
F
V
 
I
A
 
A
D
 
N
R
 
G
L
 
L
R
 
K
E
 
K
A
 
I
K
 
K
A
 
S
S
 
E
-
 
Y
G
 
G
A
 
S
D
 
D
S
 
A
V
 
F
A
 
A
G
 
M
L
 
F
V
 
C
T
 
S
P
 
A
R
 
R
L
 
A
T
 
T
N
 
N
E
 
E
E
 
D
L
 
N
F
 
Y
L
 
A
Y
 
A
G
 
Q
K
 
K
L
 
F
F
 
A
R
 
R
E
 
A
T
 
V
L
 
I
G
 
G
S
 
I
E
 
N
N
 
N
I
 
V
D
 
D
H
 
H
S
 
C
A
 
A
G
 
R
F
 
L
A
 
-
H
 
H
S
 
A
A
 
P
L
 
T
T
 
V
S
 
A
G
 
G
A
 
L
L
 
A
E
 
M
S
 
T
L
 
L
G
 
G
Y
 
S
A
 
G
A
 
A
S
 
M
P
 
T
S
 
N
T
 
S
I
 
I
A
 
P
D
 
E
I
 
I
Q
 
S
K
 
T
-
 
Y
T
 
S
D
 
D
L
 
V
L
 
I
L
 
F
V
 
I
V
 
I
K
 
G
T
 
S
D
 
N
A
 
T
Y
 
A
E
 
E
T
 
C
H
 
H
P
 
P
V
x
L
L
 
I
G
 
A
F
 
A
E
 
H
I
 
V
N
 
-
L
 
I
G
 
K
V
 
A
K
 
K
R
 
E
K
 
R
D
 
G
V
 
A
D
 
K
L
 
L
R
 
-
I
 
I
V
 
V
S
 
A
D
 
D
K
 
P
R
 
R
G
 
M
K
 
N
L
 
-
S
 
A
K
 
M
L
 
V
P
 
H
K
 
K
A
 
A
K
 
D
T
 
I
Y
 
W
V
 
L
H
 
R
K
 
V
P
 
P
-
 
S
G
 
G
N
 
Y
E
 
N
V
 
I
V
 
P
L
 
L
L
 
I
N
 
N
A
 
G
L
 
M
A
 
I
K
 
H
A
 
I
I
 
I
I
 
I
D
 
K
E
 
E
N
 
G
L
 
L
V
 
V
-
 
K
-
 
T
D
 
D
A
 
F
A
 
V
A
 
K
T
 
N
T
 
H
V
 
A
A
 
V
G
 
G
L
 
F
D
 
E
E
 
E
L
 
M
K
 
A
Q
 
K
T
 
A
L
 
V
E
 
E
S
 
K
Y
 
Y
A
 
T
P
 
P
S
 
E
K
 
Y
V
 
V
A
 
E
E
 
E
A
 
L
C
 
T
G
 
G
M
 
I
S
 
P
A
 
K
D
 
K
E
 
D
I
 
L
K
 
I
A
 
K
L
 
A
A
 
A
S
 
R
D
 
F
Y
 
Y
A
 
G
K
 
Q
A
 
A
E
 
Q
K
 
A
A
 
A
L
 
A
I
 
I
L
 
L
L
 
Y
P
 
S
I
 
M
G
 
G
L
 
V
G
 
T
Y
 
Q
S
 
F
G
 
S
H
 
H
G
 
G
K
 
T
E
 
G
L
 
N
A
 
V
Q
 
V
A
 
S
V
 
L
I
 
A
N
 
N
L
 
L
A
 
A
L
 
V
L
 
I
T
 
T
G
 
G
R
 
N
I
 
L
G
 
G
K
 
R
E
 
P
G
 
G
C
 
A
G
 
G
V
 
I
L
 
C
I
 
P
M
 
L
G
 
R
E
 
G
K
 
Q
N
 
N
N
 
N
S
 
V
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
L
 
C
D
 
D
M
 
V
G
 
G
I
 
A
Y
 
L
P
 
P
-
 
N
-
 
V
-
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
Y
-
 
L
-
 
D
-
 
V
-
 
T
-
 
K
-
 
E
-
 
Q
-
 
N
-
 
R
-
 
E
-
 
R
-
 
F
-
 
E
-
 
K
-
 
V
-
 
W
-
 
G
-
 
V
-
 
K
-
 
L
-
 
P
T
 
S
S
 
N
K
 
I
G
 
G
K
 
L
N
 
R
A
 
V
A
 
T
T
 
E
I
 
V
I
 
P
D
 
D
S
 
A
C
 
I
A
 
L
A
 
N
G
 
K
T
 
R
V
 
V
K
 
R
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
V
 
I
A
 
F
G
 
G
E
 
E
N
 
N
P
 
P
V
 
I
I
 
M
S
 
S
Y
 
D
P
 
P
N
 
D
R
 
S
K
 
D
K
 
H
I
 
L
E
 
R
A
 
H
A
 
A
L
 
L
D
 
E
K
 
H
V
 
L
E
 
D
F
 
L
L
 
L
V
 
I
V
 
V
Q
 
Q
D
 
D
L
 
I
F
 
F
L
 
L
T
 
T
E
 
E
T
 
T
A
 
A
E
 
R
K
 
L
A
 
A
H
 
H
V
 
V
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
A
C
 
A
S
 
C
F
 
W
A
 
A
E
 
E
K
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
F
 
F
T
 
T
S
 
N
V
 
T
G
 
E
R
 
R
T
 
R
V
 
V
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
N
 
R
K
 
K
A
 
A
I
 
V
K
 
E
P
 
A
I
 
P
G
 
G
L
 
E
S
 
A
R
 
K
S
 
P
D
 
D
L
 
W
D
 
W
I
 
I
L
 
F
S
 
S
S
 
Q
L
 
I
N
 
A
G
 
E
I
 
R
L
 
M
G
 
G
-
 
Y
-
 
T
G
 
G
T
 
M
T
 
Q
Y
 
Y
A
 
N
N
 
N
A
 
V
S
 
Q
E
 
E
V
 
I
F
 
W
A
 
D
E
 
E
I
 
V
A
 
R
E
 
K
N
 
I
V
 
V
P
 
P
-
 
E
G
 
K
Y
 
F
K
 
G
D
 
G
L
 
I
S
 
S
Y
 
Y
D
 
A
G
 
R
L
 
L
-
 
E
G
 
K
E
 
E
N
 
K
G
 
G
Q
 
L
I
 
A
I
 
W
P
 
P
V
 
C
T
 
P
T
 
T
K
 
E

8oh5C Cryo-em structure of the electron bifurcating transhydrogenase stnabc complex from sporomusa ovata (state 2) (see paper)
34% identity, 76% coverage: 102:732/828 of query aligns to 567:1161/1172 of 8oh5C

query
sites
8oh5C
C
|
C
D
 
R
A
 
D
A
 
Y
G
 
F
D
 
E
C
|
C
D
 
Q
L
 
L
Q
 
I
N
 
K
L
 
Y
T
 
I
Y
 
Q
E
 
D
Y
 
Y
K
 
D
V
 
V
N
 
S
T
 
T
N
 
E
K
 
K
F
 
D
H
 
S
D
 
Q
E
 
V
K
 
E
F
 
C
H
 
H
H
 
K
K
 
T
I
 
T
D
 
E
Y
 
F
E
 
D
N
 
N
-
 
H
P
 
P
L
 
F
I
 
I
E
 
E
R
 
R
D
 
N
M
 
P
N
 
D
R
 
K
C
|
C
I
x
V
H
x
L
C
|
C
G
|
G
K
 
L
C
|
C
A
 
V
R
 
R
I
 
V
C
|
C
D
 
D
E
 
E
I
 
V
V
 
V
S
 
G
Y
 
A
G
 
T
A
 
A
Y
 
I
T
 
G
F
 
L
I
 
V
S
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
F
E
 
D
A
 
S
K
 
V
M
x
I
G
 
M
T
 
P
E
 
E
F
 
F
D
 
K
G
 
L
P
 
P
L
 
L
N
 
S
-
 
E
-
 
T
-
 
A
C
|
C
E
x
I
F
x
S
C
|
C
G
|
G
S
 
Q
C
|
C
V
 
V
S
 
D
V
 
V
C
|
C
P
 
P
V
 
T
G
|
G
A
|
A
L
 
C
I
 
M
S
 
E
R
 
K
P
 
Q
F
 
V
K
 
S
F
 
Y
K
 
K
A
 
Q
R
 
I
W
 
P
W
 
A
S
 
N
L
 
M
N
 
D
K
 
S
V
 
M
K
 
A
T
 
S
V
 
V
C
|
C
S
 
G
Y
|
Y
C
|
C
G
 
G
T
 
V
G
 
G
C
|
C
Q
 
N
L
 
V
T
 
N
L
 
I
G
 
E
V
 
Y
K
 
K
D
 
G
N
 
D
K
 
V
V
 
V
L
 
F
T
 
R
T
 
V
I
 
T
Y
 
P
D
 
D
E
 
R
N
 
V
Q
 
N
G
 
-
F
 
-
H
 
D
N
 
D
G
 
G
Q
 
W
L
 
L
C
|
C
T
 
Q
R
|
R
G
|
G
R
 
K
F
 
F
G
 
G
Y
 
L
Q
 
G
F
 
H
V
 
A
N
 
N
S
 
D
D
 
K
N
 
A
R
 
R
L
 
L
T
 
T
T
 
A
P
 
P
L
 
V
I
 
I
R
 
K
K
 
R
N
 
N
G
 
G
K
 
Q
L
 
F
V
 
V
E
 
K
A
 
V
S
 
D
W
 
W
E
 
N
E
 
E
A
 
A
L
 
N
S
 
L
L
 
E
V
 
V
A
 
V
D
 
K
R
 
R
L
 
L
R
 
Q
E
 
A
A
 
V
K
 
V
A
 
A
S
 
A
-
 
Y
G
 
G
A
 
K
D
 
D
S
 
S
V
 
I
A
 
G
G
 
V
L
 
V
V
 
V
T
 
S
P
 
P
R
 
R
L
 
L
T
 
T
N
 
N
E
 
E
E
 
E
L
 
L
F
 
F
L
 
L
Y
 
A
G
 
G
K
 
K
L
 
L
F
 
-
R
 
-
E
 
-
T
 
-
L
 
-
G
 
-
S
 
A
E
 
D
N
 
A
I
 
V
D
 
N
H
 
T
S
 
T
A
 
I
G
 
K
F
 
T
A
 
S
H
 
Y
S
 
S
A
 
V
-
 
D
L
 
G
T
 
G
S
 
S
G
 
G
A
 
L
L
 
G
E
 
S
S
 
V
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
A
 
D
A
 
A
S
 
S
P
 
T
S
 
N
T
 
S
I
 
F
A
 
A
D
 
E
I
 
L
Q
 
D
K
 
N
T
 
S
D
 
D
L
 
F
L
 
V
L
 
L
V
 
T
V
 
L
K
 
G
T
 
K
D
 
-
A
 
V
Y
 
K
E
 
E
T
 
N
H
 
H
P
 
P
V
|
V
L
 
L
G
 
D
F
 
F
E
 
K
I
 
I
N
 
R
L
 
L
G
 
S
V
 
-
K
 
-
R
 
-
K
 
-
D
 
-
V
 
-
D
 
-
L
 
-
R
 
-
I
 
-
V
 
-
S
 
-
D
 
-
K
 
-
R
 
-
G
 
G
K
 
V
L
 
C
S
 
S
-
 
V
K
 
A
L
 
W
P
 
P
K
 
Q
A
 
S
K
 
-
T
 
-
Y
 
-
V
 
L
H
 
A
K
 
N
P
 
T
G
 
A
N
 
D
E
 
M
V
 
K
V
 
V
L
 
F
L
 
L
N
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
L
K
 
N
A
 
L
I
 
G
I
 
V
D
 
D
E
 
E
N
 
N
L
 
K
V
 
V
D
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
A
T
 
E
T
 
K
V
 
T
A
 
E
G
 
G
L
 
F
D
 
A
E
 
E
L
 
L
K
 
K
Q
 
A
T
 
S
L
 
L
E
 
-
S
 
-
Y
 
-
A
 
A
P
 
D
S
 
V
K
 
K
V
 
V
A
 
S
E
 
E
A
 
-
C
 
-
G
 
-
M
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
-
E
 
E
I
 
I
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
Q
D
 
K
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
A
 
A
E
 
A
K
 
K
A
 
P
L
 
L
I
 
I
L
 
V
L
 
I
P
 
D
I
 
E
G
 
D
L
 
T
G
 
V
Y
 
S
S
 
A
G
 
E
H
 
A
G
 
V
K
 
K
E
 
L
L
 
M
A
 
A
Q
 
Y
A
 
A
V
 
-
I
 
-
N
 
-
L
 
-
A
 
A
L
 
V
L
 
I
T
 
T
G
 
G
R
 
K
I
 
I
G
 
G
K
 
A
E
 
A
G
 
Y
C
 
R
G
 
G
V
 
I
L
 
I
I
 
L
M
 
V
G
 
R
E
 
T
K
 
K
N
 
N
N
 
N
S
 
T
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
L
 
V
D
 
D
M
 
M
G
 
G
-
 
F
I
 
V
Y
 
M
P
 
P
T
 
V
S
 
S
K
 
-
G
 
-
K
 
-
N
 
-
A
 
-
A
 
-
T
 
A
I
 
V
I
 
A
D
 
Q
S
 
G
C
 
I
A
 
E
A
 
S
G
 
G
T
 
K
V
 
I
K
 
K
A
 
A
L
 
L
Y
 
V
V
 
V
A
 
I
G
 
G
E
 
E
N
 
D
P
 
P
V
 
A
I
 
-
S
 
A
Y
 
Y
P
 
P
N
 
Q
R
 
E
K
 
S
K
 
-
I
 
-
E
 
-
A
 
A
A
 
L
L
 
L
D
 
Q
K
 
K
V
 
L
E
 
S
F
 
F
L
 
L
V
 
V
V
 
V
Q
 
Y
D
 
D
L
 
M
F
 
F
L
 
M
T
 
T
E
 
K
T
 
T
A
 
A
E
 
T
K
 
A
A
 
A
H
 
D
V
 
M
V
 
V
L
 
V
P
 
P
A
 
L
C
 
V
S
 
S
F
 
S
A
 
A
E
 
E
K
 
V
D
 
N
G
 
G
T
 
T
F
 
Y
T
 
T
S
 
R
V
 
S
G
 
D
R
 
R
T
 
R
V
 
I
Q
 
Q
R
 
A
V
 
V
N
 
R
K
 
A
A
 
A
I
 
I
K
 
Q
P
 
P
I
 
-
G
 
K
L
 
T
S
 
G
R
 
K
S
 
A
D
 
T
L
 
L
D
 
Q
I
 
I
L
 
L
-
 
I
S
 
E
S
 
T
L
 
L
N
 
K
G
 
S
I
 
L
L
 
-
G
 
-
G
 
G
T
 
I
T
 
K
Y
 
Y
A
 
D
N
 
T
A
 
I
S
 
A
E
 
D
V
 
V
F
 
R
A
 
A
E
 
A
I
 
I
A
 
A
E
 
S
N
 
E
V
 
V
P
 
S
G
 
N
Y
 
Y
-
 
A
-
 
G
-
 
M
-
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
D
-
 
F
-
 
G
-
 
T
-
 
T
-
 
V
-
 
Y
-
 
W
-
 
P
-
 
N
-
 
N
K
 
K
D
 
N
L
 
V
S
 
L
Y
 
Y
-
 
T
D
 
D
G
 
G
L
 
F
G
 
A
E
 
T
N
 
E
G
 
G
Q
 
Q
I
 
-
I
 
-
P
 
-
V
 
-
T
 
-
T
 
-
K
 
K
A
 
A
K
 
I
F
 
L
V
 
A
P
 
A
V
 
V
A
 
G
A
 
D
A
 
V
P
 
P
V
 
V
K
 
F
A
 
V
E
 
E
T
 
K
G
 
K
K
 
K
F
 
Y
A
 
D
M
 
S
V
 
V

Sites not aligning to the query:

P07658 Formate dehydrogenase H; Formate dehydrogenase-H subunit alpha; FDH-H; Formate-hydrogen-lyase-linked, selenocysteine-containing polypeptide; EC 1.17.98.4 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
30% identity, 71% coverage: 216:807/828 of query aligns to 1:656/715 of P07658

query
sites
P07658
L
 
M
N
 
K
K
 
K
V
 
V
K
 
V
T
 
T
V
 
V
C
|
C
S
 
P
Y
 
Y
C
|
C
G
 
A
T
 
S
G
 
G
C
|
C
Q
 
K
L
 
I
T
 
N
L
 
L
G
 
V
V
 
V
K
 
D
D
 
N
N
 
G
K
 
K
V
 
I
L
 
V
T
 
R
T
 
A
I
 
-
Y
 
-
D
 
E
E
 
A
N
 
A
Q
 
Q
G
 
G
F
 
K
H
 
T
N
 
N
-
 
Q
G
 
G
Q
 
T
L
 
L
C
|
C
T
 
L
R
 
K
G
 
G
R
 
Y
F
 
Y
G
 
G
Y
 
W
Q
 
D
F
 
F
V
 
I
N
 
N
S
 
D
D
 
T
N
 
Q
-
 
I
-
 
L
-
 
T
-
 
P
R
 
R
L
 
L
T
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
M
I
 
I
R
 
R
K
 
R
N
 
Q
-
 
R
-
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
L
V
 
E
E
 
P
A
 
V
S
 
S
W
 
W
E
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
S
 
N
L
 
Y
V
 
V
A
 
A
D
 
E
R
 
R
L
 
L
R
 
S
E
 
A
A
 
I
K
 
K
A
 
E
S
 
K
-
 
Y
G
 
G
A
 
P
D
 
D
S
 
A
V
 
I
A
 
Q
G
 
T
L
 
T
V
 
G
T
 
S
P
 
S
R
|
R
L
 
G
T
 
T
-
 
G
N
 
N
E
 
E
E
 
T
L
 
N
F
 
Y
L
 
V
Y
 
M
G
 
Q
K
 
K
L
 
F
F
 
A
R
 
R
E
 
A
T
 
V
L
 
I
G
 
G
S
 
T
E
 
N
N
 
N
I
 
V
D
 
D
H
 
C
S
 
C
A
 
A
G
 
R
F
 
V
A
x
U
H
 
H
S
 
G
A
 
P
L
 
S
T
 
V
S
 
A
G
 
G
A
 
L
L
 
H
E
 
Q
S
 
S
L
 
V
G
 
G
Y
 
N
A
 
G
A
 
A
S
 
M
P
 
S
S
 
N
T
 
A
I
 
I
A
 
N
D
 
E
I
 
I
Q
 
D
K
 
N
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
V
L
 
F
V
 
V
V
 
F
K
 
G
T
 
Y
D
x
N
A
 
P
Y
 
A
E
x
D
T
x
S
H
 
H
P
 
P
V
 
I
L
 
V
G
 
A
F
 
N
E
 
H
I
 
V
N
 
-
L
 
I
G
 
N
V
 
A
K
 
K
R
 
R
K
 
N
D
 
G
V
 
A
D
 
K
L
 
I
R
 
-
I
 
I
V
 
V
S
x
C
D
|
D
K
 
P
R
|
R
G
 
-
K
 
K
L
 
I
S
 
E
K
 
T
L
 
A
P
 
R
K
 
I
A
 
A
K
 
D
T
 
M
Y
 
H
V
 
I
H
 
A
-
 
L
K
 
K
P
 
N
G
|
G
N
 
S
E
x
N
V
 
I
V
 
A
L
 
L
L
 
L
N
 
N
A
 
A
L
 
M
A
 
G
K
 
H
A
 
V
I
 
I
I
 
I
D
 
E
E
 
E
N
 
N
L
 
L
V
 
Y
D
 
D
A
 
K
A
 
A
-
 
F
-
 
V
A
 
A
T
 
S
T
 
R
V
 
T
A
 
E
G
 
G
L
 
F
D
 
E
E
 
E
L
 
Y
K
 
R
Q
 
K
T
 
I
L
 
V
E
 
E
S
 
G
Y
 
Y
A
 
T
P
 
P
S
 
E
K
 
S
V
 
V
A
 
E
E
 
D
A
 
I
C
 
T
G
 
G
M
 
V
S
 
S
A
 
A
D
 
S
E
 
E
I
 
I
K
 
R
A
 
Q
L
 
A
A
 
A
S
 
R
D
 
M
Y
 
Y
A
 
A
K
 
Q
A
 
A
E
 
K
K
 
S
A
 
A
L
 
A
I
 
I
L
 
L
L
 
W
P
 
G
I
x
M
G
 
G
L
 
V
G
 
T
Y
 
Q
S
 
F
G
 
Y
H
 
Q
G
 
G
K
 
V
E
 
E
L
 
T
A
 
V
Q
 
R
A
 
S
V
 
L
I
 
T
N
 
S
L
 
L
A
 
A
L
 
M
L
 
L
T
 
T
G
 
G
R
 
N
I
 
L
G
 
G
K
 
K
E
 
P
G
 
H
C
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
N
I
 
P
M
 
V
G
 
R
E
 
G
K
x
Q
N
 
N
N
 
N
S
 
V
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
L
 
C
D
 
D
M
 
M
G
 
G
I
 
A
Y
 
L
P
 
P
T
 
D
S
 
T
-
 
Y
-
 
P
-
 
G
-
 
Y
-
 
Q
-
 
Y
-
 
V
-
 
K
-
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
N
-
 
R
-
 
E
-
 
K
-
 
F
-
 
A
-
 
K
-
 
A
-
 
W
-
 
G
-
 
V
-
 
E
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
A
-
 
H
K
 
T
G
 
G
K
 
Y
N
 
R
A
 
I
A
 
S
T
 
E
I
 
L
I
 
P
D
 
H
S
 
R
C
 
A
A
 
A
A
 
H
G
 
G
T
 
E
V
 
V
K
 
R
A
 
A
L
 
A
Y
 
Y
V
 
I
A
 
M
G
 
G
E
 
E
N
x
D
P
 
P
V
 
L
I
 
Q
S
x
T
Y
 
D
P
 
A
N
 
E
R
 
L
K
 
S
K
 
A
I
 
V
E
 
R
A
 
K
A
 
A
L
 
F
D
 
E
K
 
D
V
 
L
E
 
E
F
 
L
L
 
V
V
 
I
V
 
V
Q
|
Q
D
|
D
L
 
I
F
 
F
L
 
M
T
 
T
E
 
K
T
 
T
A
 
A
E
 
S
K
 
A
A
 
A
H
 
D
V
 
V
V
 
I
L
 
L
P
 
P
A
x
S
C
 
T
S
 
S
F
 
W
A
 
G
E
 
E
K
 
H
D
 
E
G
 
G
T
 
V
F
 
F
T
 
T
S
 
A
V
 
A
G
 
D
R
 
R
T
 
G
V
 
F
Q
 
Q
R
 
R
V
 
F
N
 
F
K
 
K
A
 
A
I
 
V
K
 
E
P
 
P
I
 
K
G
 
W
L
 
D
S
 
L
R
 
K
S
 
T
D
|
D
L
 
W
D
 
Q
I
 
I
L
 
I
S
 
S
S
 
E
L
 
I
N
 
A
G
 
T
I
 
R
L
 
M
G
 
G
-
 
Y
G
 
P
T
 
M
T
 
H
Y
 
Y
A
 
N
N
 
N
A
 
T
S
 
Q
E
 
E
V
 
I
F
 
W
A
 
D
E
 
E
I
 
L
A
 
R
E
 
H
N
 
L
V
 
C
P
 
P
G
 
D
Y
 
F
K
 
Y
D
 
G
L
 
A
S
 
T
Y
 
Y
D
 
E
G
 
K
L
 
M
G
 
G
E
 
E
N
 
L
G
 
G
Q
 
F
I
 
I
-
 
Q
-
 
W
-
 
P
-
 
C
-
 
R
-
 
D
-
 
T
-
 
S
-
 
D
-
 
A
-
 
D
-
 
Q
-
 
G
-
 
T
-
 
S
-
 
Y
-
 
L
-
 
F
-
 
K
-
 
E
-
 
K
-
 
F
-
 
D
I
 
T
P
 
P
V
 
N
T
 
G
T
 
L
K
 
A
A
 
Q
K
 
F
F
 
F
V
 
T
P
 
C
V
 
D
A
 
W
A
 
V
A
 
A
P
 
P
V
 
I
K
 
D
A
 
K
E
 
L
T
 
T
G
 
D
K
 
E
F
 
Y
A
 
P
M
 
M
V
 
V
T
 
L
G
 
S
S
 
T
A
 
V
L
x
R
-
x
E
-
 
V
-
 
G
-
x
H
Y
 
Y
H
x
S
C
 
C
G
 
R
T
 
S
M
 
M
S
 
T
R
 
G
Y
 
N
G
 
C
E
 
A
G
 
A
P
 
L
M
 
A
H
 
A
V
 
L
C
 
A
P
 
D
E
 
E
-
 
P
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
E
 
Q
L
 
I
S
 
N
R
 
T
Q
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
K
E
 
R
L
 
L
K
 
G
I
 
I
S
 
E
E
 
D
N
 
E
D
 
A
M
 
L
L
 
V
T
 
W
I
 
V
K
 
H
S
 
S
T
 
R
T
 
K
G
 
G
E
 
K
I
 
I
K
 
I
L
 
T
K
 
R
A
 
A
K
 
Q
V
 
V
N
 
S
V
 
D
R
 
R
M
 
P
P
 
N
Q
 
K
G
 
G
V
 
A
V
 
I
F
 
Y
A
 
M
P
 
T
Y
 
Y
H
 
Q
F
 
W

Sites not aligning to the query:

1fdiA Oxidized form of formate dehydrogenase h from e. Coli complexed with the inhibitor nitrite (see paper)
30% identity, 71% coverage: 216:807/828 of query aligns to 1:656/715 of 1fdiA

query
sites
1fdiA
L
 
M
N
 
K
K
 
K
V
 
V
K
 
V
T
 
T
V
 
V
C
|
C
S
 
P
Y
|
Y
C
|
C
G
 
A
T
x
S
G
 
G
C
|
C
Q
 
K
L
 
I
T
 
N
L
 
L
G
 
V
V
 
V
K
 
D
D
 
N
N
 
G
K
 
K
V
 
I
L
 
V
T
 
R
T
 
A
I
 
-
Y
 
-
D
 
E
E
 
A
N
 
A
Q
 
Q
G
 
G
F
 
K
H
 
T
N
 
N
-
 
Q
G
 
G
Q
 
T
L
|
L
C
|
C
T
 
L
R
x
K
G
 
G
R
 
Y
F
 
Y
G
 
G
Y
 
W
Q
 
D
F
 
F
V
 
I
N
 
N
S
 
D
D
 
T
N
 
Q
-
 
I
-
 
L
-
 
T
-
 
P
R
 
R
L
 
L
T
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
M
I
 
I
R
 
R
K
 
R
N
 
Q
-
 
R
-
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
L
V
 
E
E
 
P
A
 
V
S
 
S
W
 
W
E
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
S
 
N
L
 
Y
V
 
V
A
 
A
D
 
E
R
 
R
L
 
L
R
 
S
E
 
A
A
 
I
K
 
K
A
 
E
S
 
K
-
 
Y
G
 
G
A
 
P
D
 
D
S
 
A
V
 
I
A
 
Q
G
 
T
L
 
T
V
 
G
T
x
S
P
 
S
R
|
R
L
x
G
T
 
T
-
 
G
N
 
N
E
 
E
E
 
T
L
 
N
F
 
Y
L
 
V
Y
 
M
G
 
Q
K
 
K
L
 
F
F
 
A
R
 
R
E
 
A
T
 
V
L
 
I
G
 
G
S
 
T
E
 
N
N
 
N
I
 
V
D
|
D
H
 
C
S
 
C
A
 
A
G
 
R
F
x
V
A
x
C
H
|
H
S
 
G
A
 
P
L
 
S
T
 
V
S
 
A
G
 
G
A
 
L
L
 
H
E
 
Q
S
 
S
L
 
V
G
 
G
Y
 
N
A
 
G
A
 
A
S
 
M
P
 
S
S
 
N
T
 
A
I
 
I
A
 
N
D
 
E
I
 
I
Q
 
D
K
 
N
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
V
L
 
F
V
 
V
V
x
F
K
x
G
T
x
Y
D
x
N
A
 
P
Y
 
A
E
x
D
T
x
S
H
 
H
P
|
P
V
x
I
L
 
V
G
 
A
F
 
N
E
 
H
I
 
V
N
 
-
L
 
I
G
 
N
V
 
A
K
 
K
R
 
R
K
 
N
D
 
G
V
 
A
D
 
K
L
 
I
R
 
-
I
 
I
V
 
V
S
x
C
D
|
D
K
x
P
R
|
R
G
 
-
K
 
K
L
 
I
S
 
E
K
 
T
L
 
A
P
 
R
K
 
I
A
 
A
K
 
D
T
 
M
Y
 
H
V
 
I
H
 
A
-
x
L
K
 
K
P
 
N
G
|
G
N
 
S
E
x
N
V
 
I
V
 
A
L
 
L
L
 
L
N
 
N
A
 
A
L
 
M
A
 
G
K
 
H
A
 
V
I
 
I
I
 
I
D
 
E
E
 
E
N
 
N
L
 
L
V
 
Y
D
 
D
A
 
K
A
 
A
-
 
F
-
 
V
A
 
A
T
 
S
T
 
R
V
 
T
A
 
E
G
 
G
L
 
F
D
 
E
E
 
E
L
 
Y
K
 
R
Q
 
K
T
 
I
L
 
V
E
 
E
S
 
G
Y
 
Y
A
 
T
P
 
P
S
 
E
K
 
S
V
 
V
A
 
E
E
 
D
A
 
I
C
 
T
G
 
G
M
 
V
S
 
S
A
 
A
D
 
S
E
 
E
I
 
I
K
 
R
A
 
Q
L
 
A
A
 
A
S
 
R
D
 
M
Y
 
Y
A
 
A
K
 
Q
A
 
A
E
 
K
K
 
S
A
 
A
L
 
A
I
 
I
L
 
L
L
 
W
P
x
G
I
x
M
G
|
G
L
 
V
G
 
T
Y
 
Q
S
x
F
G
 
Y
H
 
Q
G
 
G
K
 
V
E
 
E
L
 
T
A
 
V
Q
 
R
A
 
S
V
 
L
I
 
T
N
 
S
L
 
L
A
 
A
L
 
M
L
 
L
T
 
T
G
 
G
R
 
N
I
 
L
G
 
G
K
 
K
E
 
P
G
 
H
C
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
N
I
 
P
M
 
V
G
x
R
E
x
G
K
x
Q
N
 
N
N
 
N
S
x
V
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
L
 
C
D
 
D
M
 
M
G
 
G
I
 
A
Y
 
L
P
 
P
T
 
D
S
 
T
-
 
Y
-
 
P
-
 
G
-
 
Y
-
 
Q
-
 
Y
-
 
V
-
 
K
-
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
N
-
 
R
-
 
E
-
 
K
-
 
F
-
 
A
-
 
K
-
 
A
-
 
W
-
 
G
-
 
V
-
 
E
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
A
-
 
H
K
 
T
G
 
G
K
 
Y
N
 
R
A
 
I
A
 
S
T
 
E
I
 
L
I
 
P
D
 
H
S
 
R
C
 
A
A
 
A
A
 
H
G
 
G
T
 
E
V
 
V
K
 
R
A
 
A
L
 
A
Y
 
Y
V
 
I
A
 
M
G
|
G
E
|
E
N
 
D
P
 
P
V
 
L
I
 
Q
S
x
T
Y
 
D
P
 
A
N
 
E
R
 
L
K
 
S
K
 
A
I
 
V
E
 
R
A
 
K
A
 
A
L
 
F
D
 
E
K
 
D
V
 
L
E
 
E
F
 
L
L
 
V
V
 
I
V
 
V
Q
|
Q
D
|
D
L
x
I
F
 
F
L
 
M
T
 
T
E
 
K
T
 
T
A
 
A
E
 
S
K
 
A
A
 
A
H
 
D
V
 
V
V
 
I
L
 
L
P
 
P
A
x
S
C
 
T
S
 
S
F
 
W
A
 
G
E
 
E
K
 
H
D
 
E
G
 
G
T
 
V
F
 
F
T
 
T
S
 
A
V
 
A
G
 
D
R
 
R
T
 
G
V
 
F
Q
 
Q
R
 
R
V
 
F
N
 
F
K
 
K
A
 
A
I
 
V
K
 
E
P
 
P
I
 
K
G
 
W
L
 
D
S
 
L
R
 
K
S
 
T
D
|
D
L
 
W
D
 
Q
I
 
I
L
 
I
S
 
S
S
 
E
L
 
I
N
 
A
G
 
T
I
 
R
L
 
M
G
 
G
-
 
Y
G
 
P
T
 
M
T
 
H
Y
 
Y
A
 
N
N
 
N
A
 
T
S
 
Q
E
 
E
V
 
I
F
 
W
A
 
D
E
 
E
I
 
L
A
 
R
E
 
H
N
 
L
V
 
C
P
 
P
G
 
D
Y
 
F
K
 
Y
D
 
G
L
 
A
S
 
T
Y
 
Y
D
 
E
G
 
K
L
 
M
G
 
G
E
 
E
N
 
L
G
 
G
Q
 
F
I
 
I
-
 
Q
-
 
W
-
 
P
-
 
C
-
 
R
-
 
D
-
 
T
-
 
S
-
 
D
-
 
A
-
 
D
-
 
Q
-
 
G
-
 
T
-
 
S
-
 
Y
-
 
L
-
 
F
-
 
K
-
 
E
-
 
K
-
 
F
-
 
D
I
 
T
P
 
P
V
 
N
T
 
G
T
 
L
K
 
A
A
 
Q
K
 
F
F
 
F
V
 
T
P
 
C
V
 
D
A
 
W
A
 
V
A
 
A
P
 
P
V
 
I
K
 
D
A
 
K
E
 
L
T
 
T
G
 
D
K
 
E
F
 
Y
A
 
P
M
 
M
V
 
V
T
 
L
G
 
S
S
x
T
A
x
V
L
x
R
-
x
E
-
 
V
-
 
G
-
x
H
Y
|
Y
H
x
S
C
|
C
G
 
R
T
 
S
M
 
M
S
 
T
R
 
G
Y
 
N
G
 
C
E
 
A
G
 
A
P
 
L
M
 
A
H
 
A
V
 
L
C
 
A
P
 
D
E
 
E
-
 
P
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
E
 
Q
L
 
I
S
 
N
R
 
T
Q
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
K
E
 
R
L
 
L
K
 
G
I
 
I
S
 
E
E
 
D
N
 
E
D
 
A
M
 
L
L
 
V
T
 
W
I
 
V
K
 
H
S
 
S
T
 
R
T
 
K
G
 
G
E
 
K
I
 
I
K
 
I
L
 
T
K
 
R
A
 
A
K
 
Q
V
 
V
N
 
S
V
 
D
R
 
R
M
 
P
P
 
N
Q
 
K
G
 
G
V
 
A
V
 
I
F
 
Y
A
 
M
P
 
T
Y
|
Y
H
 
Q
F
 
W

Sites not aligning to the query:

2iv2X Reinterpretation of reduced form of formate dehydrogenase h from e. Coli (see paper)
30% identity, 71% coverage: 216:807/828 of query aligns to 1:656/697 of 2iv2X

query
sites
2iv2X
L
 
M
N
 
K
K
 
K
V
 
V
K
 
V
T
 
T
V
 
V
C
|
C
S
 
P
Y
 
Y
C
|
C
G
 
A
T
x
S
G
 
G
C
|
C
Q
 
K
L
 
I
T
 
N
L
 
L
G
 
V
V
 
V
K
 
D
D
 
N
N
 
G
K
 
K
V
 
I
L
 
V
T
 
R
T
 
A
I
 
-
Y
 
-
D
 
E
E
 
A
N
 
A
Q
 
Q
G
 
G
F
 
K
H
 
T
N
 
N
-
 
Q
G
 
G
Q
 
T
L
|
L
C
|
C
T
 
L
R
x
K
G
|
G
R
 
Y
F
 
Y
G
 
G
Y
 
W
Q
 
D
F
 
F
V
 
I
N
 
N
S
 
D
D
 
T
N
 
Q
-
 
I
-
 
L
-
 
T
-
 
P
R
 
R
L
 
L
T
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
M
I
 
I
R
 
R
K
 
R
N
 
Q
-
 
R
-
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
L
V
 
E
E
 
P
A
 
V
S
 
S
W
 
W
E
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
S
 
N
L
 
Y
V
 
V
A
 
A
D
 
E
R
 
R
L
 
L
R
 
S
E
 
A
A
 
I
K
 
K
A
 
E
S
 
K
-
 
Y
G
 
G
A
 
P
D
 
D
S
 
A
V
 
I
A
 
Q
G
 
T
L
 
T
V
 
G
T
x
S
P
 
S
R
|
R
L
x
G
T
|
T
-
 
G
N
 
N
E
 
E
E
 
T
L
 
N
F
 
Y
L
 
V
Y
 
M
G
 
Q
K
 
K
L
 
F
F
 
A
R
 
R
E
 
A
T
 
V
L
 
I
G
 
G
S
 
T
E
 
N
N
 
N
I
 
V
D
 
D
H
 
C
S
 
C
A
|
A
G
 
R
F
 
V
A
x
C
H
|
H
S
 
G
A
 
P
L
 
S
T
 
V
S
 
A
G
 
G
A
 
L
L
 
H
E
 
Q
S
 
S
L
 
V
G
 
G
Y
 
N
A
 
G
A
 
A
S
 
M
P
 
S
S
 
N
T
 
A
I
 
I
A
 
N
D
 
E
I
 
I
Q
 
D
K
 
N
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
V
L
 
F
V
 
V
V
x
F
K
x
G
T
x
Y
D
x
N
A
 
P
Y
 
A
E
x
D
T
x
S
H
 
H
P
 
P
V
x
I
L
 
V
G
 
A
F
 
N
E
 
H
I
 
V
N
 
-
L
 
I
G
 
N
V
 
A
K
 
K
R
 
R
K
 
N
D
 
G
V
 
A
D
 
K
L
 
I
R
 
-
I
 
I
V
 
V
S
 
C
D
|
D
K
x
P
R
|
R
G
 
-
K
 
K
L
 
I
S
 
E
K
 
T
L
 
A
P
 
R
K
 
I
A
 
A
K
 
D
T
 
M
Y
 
H
V
 
I
H
 
A
-
 
L
K
 
K
P
 
N
G
 
G
N
 
S
E
x
N
V
 
I
V
 
A
L
 
L
L
 
L
N
 
N
A
 
A
L
 
M
A
 
G
K
 
H
A
 
V
I
 
I
I
 
I
D
 
E
E
 
E
N
 
N
L
 
L
V
 
Y
D
 
D
A
 
K
A
 
A
-
 
F
-
 
V
A
 
A
T
 
S
T
 
R
V
 
T
A
 
E
G
 
G
L
 
F
D
 
E
E
 
E
L
 
Y
K
 
R
Q
 
K
T
 
I
L
 
V
E
 
E
S
 
G
Y
 
Y
A
 
T
P
 
P
S
 
E
K
 
S
V
 
V
A
 
E
E
 
D
A
 
I
C
 
T
G
 
G
M
 
V
S
 
S
A
 
A
D
 
S
E
 
E
I
 
I
K
 
R
A
 
Q
L
 
A
A
 
A
S
 
R
D
 
M
Y
 
Y
A
 
A
K
 
Q
A
 
A
E
 
K
K
 
S
A
 
A
L
 
A
I
 
I
L
 
L
L
 
W
P
x
G
I
x
M
G
 
G
L
 
V
G
 
T
Y
 
Q
S
x
F
G
 
Y
H
 
Q
G
 
G
K
 
V
E
 
E
L
 
T
A
 
V
Q
 
R
A
 
S
V
 
L
I
 
T
N
 
S
L
 
L
A
 
A
L
 
M
L
 
L
T
 
T
G
 
G
R
 
N
I
 
L
G
 
G
K
 
K
E
 
P
G
 
H
C
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
N
I
 
P
M
 
V
G
x
R
E
x
G
K
x
Q
N
 
N
N
 
N
S
 
V
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
L
 
C
D
 
D
M
 
M
G
 
G
I
 
A
Y
 
L
P
 
P
T
 
D
S
 
T
-
 
Y
-
 
P
-
 
G
-
 
Y
-
 
Q
-
 
Y
-
 
V
-
 
K
-
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
N
-
 
R
-
 
E
-
 
K
-
 
F
-
 
A
-
 
K
-
 
A
-
 
W
-
 
G
-
 
V
-
 
E
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
A
-
 
H
K
 
T
G
 
G
K
 
Y
N
 
R
A
 
I
A
 
S
T
 
E
I
 
L
I
 
P
D
 
H
S
 
R
C
 
A
A
 
A
A
 
H
G
 
G
T
 
E
V
 
V
K
 
R
A
 
A
L
 
A
Y
 
Y
V
 
I
A
 
M
G
|
G
E
|
E
N
x
D
P
 
P
V
 
L
I
 
Q
S
x
T
Y
 
D
P
x
A
N
 
E
R
 
L
K
 
S
K
 
A
I
 
V
E
 
R
A
 
K
A
 
A
L
 
F
D
 
E
K
 
D
V
 
L
E
 
E
F
 
L
L
 
V
V
 
I
V
 
V
Q
|
Q
D
|
D
L
x
I
F
 
F
L
 
M
T
 
T
E
 
K
T
 
T
A
 
A
E
 
S
K
 
A
A
 
A
H
 
D
V
 
V
V
 
I
L
 
L
P
 
P
A
x
S
C
 
T
S
 
S
F
 
W
A
 
G
E
 
E
K
 
H
D
 
E
G
 
G
T
 
V
F
 
F
T
 
T
S
 
A
V
 
A
G
 
D
R
 
R
T
 
G
V
 
F
Q
 
Q
R
 
R
V
 
F
N
 
F
K
 
K
A
 
A
I
 
V
K
 
E
P
 
P
I
 
K
G
 
W
L
 
D
S
 
L
R
 
K
S
 
T
D
|
D
L
 
W
D
 
Q
I
 
I
L
 
I
S
 
S
S
 
E
L
 
I
N
 
A
G
 
T
I
 
R
L
 
M
G
 
G
-
 
Y
G
 
P
T
 
M
T
 
H
Y
 
Y
A
 
N
N
 
N
A
 
T
S
 
Q
E
 
E
V
 
I
F
 
W
A
 
D
E
 
E
I
 
L
A
 
R
E
 
H
N
 
L
V
 
C
P
 
P
G
 
D
Y
 
F
K
 
Y
D
 
G
L
 
A
S
 
T
Y
 
Y
D
 
E
G
 
K
L
 
M
G
 
G
E
 
E
N
 
L
G
 
G
Q
 
F
I
 
I
-
 
Q
-
 
W
-
 
P
-
 
C
-
 
R
-
 
D
-
 
T
-
 
S
-
 
D
-
 
A
-
 
D
-
 
Q
-
 
G
-
 
T
-
 
S
-
 
Y
-
 
L
-
 
F
-
 
K
-
 
E
-
 
K
-
 
F
-
 
D
I
 
T
P
 
P
V
 
N
T
 
G
T
 
L
K
 
A
A
 
Q
K
 
F
F
 
F
V
 
T
P
 
C
V
 
D
A
 
W
A
 
V
A
 
A
P
 
P
V
 
I
K
 
D
A
 
K
E
 
L
T
 
T
G
 
D
K
 
E
F
 
Y
A
 
P
M
 
M
V
 
V
T
 
L
G
 
S
S
 
T
A
 
V
L
x
R
-
x
E
-
x
V
-
 
G
-
x
H
Y
|
Y
H
x
S
C
|
C
G
 
R
T
 
S
M
 
M
S
 
T
R
 
G
Y
 
N
G
 
C
E
 
A
G
 
A
P
 
L
M
 
A
H
 
A
V
 
L
C
 
A
P
 
D
E
 
E
-
 
P
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
E
 
Q
L
 
I
S
 
N
R
 
T
Q
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
K
E
 
R
L
 
L
K
 
G
I
 
I
S
 
E
E
 
D
N
 
E
D
 
A
M
 
L
L
 
V
T
 
W
I
 
V
K
 
H
S
 
S
T
 
R
T
 
K
G
 
G
E
 
K
I
 
I
K
 
I
L
 
T
K
 
R
A
 
A
K
 
Q
V
 
V
N
 
S
V
 
D
R
 
R
M
 
P
P
 
N
Q
 
K
G
 
G
V
 
A
V
 
I
F
 
Y
A
 
M
P
 
T
Y
 
Y
H
 
Q
F
 
W

Sites not aligning to the query:

7bkbD Formate dehydrogenase - heterodisulfide reductase - formylmethanofuran dehydrogenase complex from methanospirillum hungatei (hexameric, composite structure) (see paper)
34% identity, 58% coverage: 216:699/828 of query aligns to 4:506/549 of 7bkbD

query
sites
7bkbD
L
 
M
N
 
K
K
 
Y
V
 
V
K
 
A
T
 
T
V
 
T
C
|
C
S
 
P
Y
|
Y
C
|
C
G
 
G
T
 
V
G
 
G
C
|
C
Q
 
T
L
 
L
T
 
N
L
 
L
G
 
V
V
 
V
K
 
S
D
 
N
N
 
G
K
 
K
V
 
V
L
 
V
T
 
G
T
 
V
I
 
E
Y
 
P
D
 
N
E
 
Q
N
 
R
Q
 
S
G
 
P
F
 
I
H
 
N
N
 
E
G
 
G
Q
 
K
L
 
L
C
|
C
T
 
P
R
x
K
G
|
G
R
 
V
F
 
T
G
 
C
Y
 
W
Q
 
E
F
 
H
V
 
I
N
 
H
S
 
S
D
 
P
N
 
D
R
 
R
L
 
L
T
 
T
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
K
K
 
K
N
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
F
V
 
I
E
 
E
A
 
A
S
 
S
W
 
W
E
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
S
 
D
L
 
L
V
 
V
A
 
A
D
 
K
R
 
N
L
 
L
R
 
K
E
 
V
A
 
I
K
 
Y
A
 
D
S
 
K
G
 
H
A
 
G
D
 
P
S
 
K
V
 
G
A
 
L
G
 
G
L
 
F
V
 
Q
T
 
T
P
 
S
-
 
C
R
 
R
L
 
T
T
 
V
N
 
N
E
 
E
E
 
D
L
 
C
F
 
Y
L
 
I
Y
 
F
G
 
Q
K
 
K
L
 
F
F
 
A
R
 
R
E
 
V
T
 
G
L
 
F
G
 
K
S
 
T
E
 
N
N
 
N
I
 
V
D
 
D
H
 
N
S
 
C
A
 
A
G
 
R
F
 
I
A
 
C
H
 
H
S
 
G
A
 
P
L
 
S
T
 
V
S
 
A
G
 
G
A
 
L
L
 
S
E
 
L
S
 
S
L
 
F
G
 
G
Y
 
S
A
 
G
A
 
A
S
 
A
P
 
T
S
 
N
T
 
G
I
 
F
A
 
E
D
 
D
I
 
A
Q
 
L
K
 
N
T
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
I
L
 
L
V
 
I
V
 
W
K
 
G
T
 
S
D
 
N
A
 
A
Y
 
V
E
 
E
T
 
A
H
 
H
P
 
P
V
x
L
L
 
A
G
 
G
F
 
R
E
 
R
I
 
I
N
 
-
L
 
A
G
 
Q
V
 
A
K
 
K
R
 
K
K
 
K
D
 
G
V
 
I
D
 
Q
L
 
I
R
 
I
I
 
A
V
 
V
S
 
D
D
 
P
K
 
R
R
 
Y
G
 
T
K
 
M
L
 
T
S
 
A
K
 
R
L
 
L
P
 
-
K
 
-
A
 
A
K
 
D
T
 
T
Y
 
Y
V
 
V
H
 
R
-
 
F
K
 
N
P
 
P
G
 
S
N
 
T
E
 
H
V
 
I
V
 
A
L
 
L
L
 
A
N
 
N
A
 
S
L
 
M
A
 
M
K
 
Y
A
 
W
I
 
I
I
 
I
D
 
K
E
 
E
N
 
G
L
 
L
V
 
E
D
 
D
A
 
K
A
 
K
-
 
F
-
 
I
A
 
Q
T
 
D
T
 
R
V
 
V
A
 
N
G
 
G
L
 
F
D
 
E
E
 
D
L
 
L
K
 
K
Q
 
K
T
 
T
L
 
V
E
 
E
S
 
N
Y
 
Y
A
 
A
P
 
D
S
 
A
K
 
E
V
 
A
A
 
I
E
 
H
A
 
-
C
 
-
G
 
G
M
 
V
S
 
P
A
 
L
D
 
D
E
 
V
I
 
V
K
 
K
A
 
D
L
 
I
A
 
A
S
 
F
D
 
R
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
A
 
A
E
 
K
K
 
N
A
 
A
L
 
V
I
 
I
L
 
I
L
 
-
P
 
-
I
 
-
G
 
-
L
 
-
G
 
-
Y
 
-
S
 
-
G
 
-
H
 
Y
G
 
C
K
 
T
E
 
D
L
 
N
A
 
V
Q
 
R
A
 
S
V
 
M
I
 
G
N
 
N
L
 
L
A
 
A
L
 
L
L
 
L
T
 
T
G
 
G
R
 
N
I
 
V
G
 
G
K
 
R
E
 
E
G
 
G
C
 
V
G
 
G
V
 
V
L
 
N
I
 
P
M
 
L
G
 
R
E
 
G
K
 
Q
N
 
N
N
 
N
S
 
V
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
L
 
C
D
 
D
M
 
M
G
 
G
I
 
A
Y
 
Y
P
 
P
T
 
N
-
 
V
-
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
Y
-
 
Q
-
 
K
-
 
C
-
 
E
-
 
V
-
 
A
-
 
E
-
 
N
-
 
R
S
 
A
K
 
K
G
 
M
K
 
E
N
 
K
A
 
A
A
 
W
T
 
S
I
 
V
-
 
T
-
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
D
-
 
W
-
 
Y
-
 
G
-
 
A
-
 
T
-
 
L
-
 
T
-
 
E
-
 
Q
I
 
I
D
 
N
S
 
Q
C
 
C
A
 
G
A
 
-
G
 
D
T
 
E
V
 
I
K
 
K
A
 
G
L
 
M
Y
 
Y
V
 
I
A
 
L
G
 
G
E
 
L
N
 
N
P
 
P
V
 
V
I
 
V
S
 
T
Y
 
Y
P
 
P
N
 
S
R
 
S
K
 
N
K
 
H
I
 
V
E
 
K
A
 
A
A
 
Q
L
 
L
D
 
E
K
 
K
V
 
L
E
 
D
F
 
F
L
 
L
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
D
 
D
L
 
I
F
 
F
L
 
F
T
 
T
E
 
E
T
 
T
A
 
C
E
 
Q
K
 
Y
A
 
A
H
 
D
V
 
V
V
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
G
C
 
A
S
 
C
F
 
F
A
 
A
E
 
E
K
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
F
 
F
T
 
T
S
 
S
V
 
G
G
 
E
R
 
R
T
 
R
V
 
I
Q
 
N
R
 
R
V
 
V
N
 
R
K
 
K
A
 
A
I
 
V
K
 
N
P
 
P
I
 
P
G
 
G
L
 
Q
S
 
A
R
 
K
S
 
E
D
 
D
L
 
I
D
 
H
I
 
I
L
 
I
S
 
S
S
 
E
L
 
L
N
 
A
G
 
A
I
 
K
L
 
M
G
 
G
-
 
F
-
 
K
G
 
G
T
 
F
T
 
E
Y
 
L
A
 
P
N
 
T
A
 
A
S
 
K
E
 
D
V
 
V
F
 
W
A
 
D
E
 
D
I
 
M
A
 
R
E
 
A
N
 
V
V
 
T
P
 
P
G
 
S
Y
 
M
K
 
F
D
 
G
L
 
A
S
 
T
Y
 
Y
D
 
E
G
 
K
L
 
L

8e9hG Mycobacterial respiratory complex i, fully-inserted quinone (see paper)
28% identity, 98% coverage: 1:813/828 of query aligns to 4:766/782 of 8e9hG

query
sites
8e9hG
M
 
M
V
 
V
N
 
S
L
 
L
T
 
T
I
 
I
D
 
D
D
 
D
K
 
H
K
 
E
V
 
I
T
 
S
V
 
V
P
 
P
K
 
K
D
 
G
A
 
T
T
 
L
I
 
L
F
 
I
D
 
R
A
 
A
A
 
A
K
 
E
S
 
L
A
 
M
G
 
G
I
 
I
K
 
Q
I
 
I
P
 
P
I
x
R
L
 
F
C
|
C
H
x
D
D
 
H
K
 
P
K
 
L
L
 
L
H
 
D
P
 
P
F
 
V
G
|
G
G
 
A
C
|
C
R
|
R
M
 
Q
C
|
C
L
 
L
V
 
V
E
 
E
V
 
V
E
 
E
Q
 
G
M
 
Q
K
 
R
G
 
-
R
 
K
L
 
P
I
 
M
P
x
A
A
 
S
C
|
C
T
 
T
T
 
T
P
 
T
V
 
V
T
 
M
E
 
P
G
 
D
M
 
M
T
 
V
V
 
V
T
 
R
T
 
T
-
 
Q
-
 
F
T
 
T
T
 
S
P
 
E
E
 
A
I
 
A
I
 
D
K
 
K
A
 
A
R
 
Q
K
 
R
M
 
G
V
 
V
L
 
M
E
 
E
L
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
I
K
 
N
H
|
H
P
 
P
I
 
L
D
|
D
C
|
C
P
 
P
V
 
I
C
|
C
D
 
D
A
 
K
A
x
G
G
 
G
D
 
E
C
|
C
D
 
P
L
 
L
Q
|
Q
N
 
N
L
 
Q
T
 
A
Y
 
M
E
 
S
Y
 
N
K
 
G
V
 
R
N
 
P
T
 
E
N
 
T
K
 
R
F
 
F
H
 
E
D
 
D
E
 
V
K
 
K
-
 
R
-
 
T
F
 
F
H
 
P
H
 
K
K
 
P
I
 
I
D
 
S
Y
 
I
E
 
S
N
 
S
P
 
Q
L
 
V
I
 
L
E
 
-
R
 
L
D
 
D
M
 
R
N
 
E
R
 
R
C
|
C
I
x
V
H
x
L
C
|
C
G
x
A
K
x
R
C
|
C
A
 
T
R
 
R
I
 
F
C
 
S
D
 
S
E
 
Q
I
 
I
V
 
A
S
 
G
Y
 
D
G
 
P
A
 
F
Y
 
I
T
 
D
F
 
L
I
 
M
S
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
A
E
 
L
A
 
Q
K
 
Q
M
 
V
G
 
G
T
 
I
E
 
G
F
 
Q
D
 
D
G
 
K
P
 
P
L
 
F
N
 
Q
C
 
S
E
 
Y
F
 
F
C
 
S
G
 
G
S
 
N
C
 
T
V
 
V
S
 
Q
V
 
I
C
|
C
P
|
P
V
|
V
G
 
G
A
|
A
L
|
L
I
 
T
S
 
G
R
 
T
P
 
A
F
 
Y
K
 
R
F
 
F
K
 
R
A
 
A
R
 
R
W
 
P
W
 
F
S
 
D
L
 
L
N
 
V
K
 
S
V
 
S
K
 
P
T
 
S
V
 
V
C
|
C
S
 
E
Y
 
H
C
|
C
G
 
A
T
x
S
G
 
G
C
|
C
Q
 
A
L
 
Q
T
 
R
L
 
T
G
 
D
V
 
H
K
 
R
D
 
R
N
 
G
K
 
K
V
 
V
L
 
L
T
 
R
T
 
R
I
 
L
Y
 
A
D
 
G
E
 
D
N
 
E
Q
 
P
G
 
E
F
 
V
H
 
N
N
 
E
G
 
E
Q
 
W
L
x
N
C
|
C
T
 
D
R
 
K
G
|
G
R
 
R
F
 
W
G
 
A
Y
 
F
Q
 
T
F
 
Y
V
 
A
N
 
T
S
 
V
D
 
G
N
 
D
R
 
R
L
 
I
T
 
T
T
 
T
P
 
P
L
 
M
I
 
L
R
 
R
K
 
D
N
 
G
G
 
G
K
 
V
L
 
L
V
 
R
E
 
P
A
 
A
S
 
S
W
 
W
E
 
S
E
 
E
A
 
A
L
 
L
S
 
T
L
 
V
V
 
A
A
 
A
D
 
A
R
 
G
L
 
L
R
 
L
E
 
T
A
 
A
K
 
A
A
 
G
S
 
S
G
 
T
A
 
G
D
 
V
S
 
L
V
 
V
A
 
G
G
 
G
L
 
-
V
 
-
T
 
-
P
 
-
R
|
R
L
 
C
T
 
T
N
 
V
E
 
E
E
 
D
L
 
A
F
 
Y
L
 
A
Y
 
Y
G
 
A
K
 
K
L
 
F
F
 
A
R
 
R
E
 
M
T
 
V
L
 
L
G
 
N
S
 
T
E
 
N
N
 
D
I
 
V
D
 
D
-
 
F
-
 
R
-
 
A
-
 
R
-
 
P
H
 
H
S
 
S
A
 
A
G
 
E
F
 
E
A
 
A
H
 
E
-
 
F
-
 
L
S
 
A
A
 
A
L
 
H
T
 
V
S
 
A
G
 
G
A
 
Q
L
 
T
E
 
M
S
 
G
L
 
L
G
 
R
Y
 
Y
A
 
-
A
 
-
S
 
-
P
 
-
S
 
-
T
 
-
I
 
-
A
 
A
D
 
E
I
 
L
Q
 
E
K
 
N
T
 
A
D
 
P
L
 
T
L
 
V
L
 
L
V
 
L
V
 
A
K
 
G
T
 
F
D
 
E
A
 
P
Y
 
E
E
 
E
T
 
E
H
 
S
P
|
P
V
x
I
L
 
V
G
 
F
F
 
L
E
 
R
I
 
L
N
 
R
L
 
K
G
 
G
V
 
V
K
 
R
R
 
K
K
 
N
D
 
G
V
 
V
D
 
Q
L
 
V
R
 
V
I
 
A
V
 
V
S
 
A
D
 
P
-
 
W
-
 
A
K
 
S
R
 
R
G
 
G
K
 
-
L
 
L
S
 
T
K
 
K
L
 
L
P
 
-
K
 
-
A
 
A
K
 
G
T
 
T
Y
 
V
V
 
V
H
 
P
K
 
T
-
 
V
P
 
P
G
 
G
N
 
D
E
 
E
V
 
P
V
 
A
L
 
A
L
 
L
N
 
D
A
 
G
L
 
M
A
 
H
K
 
D
A
 
-
I
 
-
I
 
-
D
 
D
E
 
D
N
 
R
L
 
L
V
 
R
D
 
R
A
 
P
A
 
G
A
 
A
T
 
V
T
 
I
V
 
L
A
 
V
G
 
G
L
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
-
K
 
-
Q
 
-
T
 
-
L
 
-
E
 
-
S
 
-
Y
 
-
A
 
-
P
 
-
S
 
E
K
 
R
V
 
L
A
 
A
E
 
T
A
 
S
C
 
P
G
 
G
M
 
A
S
 
L
A
 
S
D
 
A
E
 
A
I
 
V
K
 
R
A
 
L
L
 
A
A
 
A
S
 
A
D
 
T
Y
 
G
A
 
A
K
 
R
A
 
-
E
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
L
I
 
A
L
 
W
L
 
I
P
 
P
I
x
R
G
x
R
L
 
A
G
 
G
Y
 
E
S
 
R
G
 
G
H
 
A
G
 
I
K
 
E
E
 
-
L
 
-
A
 
A
Q
 
G
A
 
A
V
 
L
I
 
P
N
 
N
L
 
L
A
 
-
L
 
L
L
 
P
T
 
G
G
 
G
R
 
R
I
 
P
G
 
V
K
 
D
E
 
D
G
 
A
C
 
-
G
 
-
V
 
-
L
 
-
I
 
-
M
 
-
G
 
D
E
 
A
K
 
R
N
 
A
N
 
E
S
 
V
Q
 
A
G
 
R
A
 
A
L
 
W
D
 
Y
M
 
I
G
 
S
I
 
A
Y
 
L
P
 
P
T
 
E
S
 
A
K
 
P
G
 
G
K
 
R
N
 
D
A
 
T
A
 
A
T
 
A
I
 
I
I
 
L
D
 
S
S
 
T
C
 
A
A
 
A
A
 
S
G
 
G
T
 
H
V
 
L
K
 
A
A
 
A
L
 
L
Y
 
L
V
 
V
A
 
G
G
|
G
E
 
V
N
x
E
P
 
-
V
 
L
I
 
G
S
x
D
Y
 
L
P
 
P
N
 
D
R
 
P
K
 
E
K
 
L
I
 
A
E
 
V
A
 
A
A
 
A
L
 
V
D
 
R
K
 
T
V
 
T
E
 
P
F
 
F
L
 
V
V
 
V
V
 
S
Q
x
L
D
x
E
L
 
L
F
x
R
L
 
E
T
 
S
E
 
A
T
 
V
A
 
T
E
 
E
K
 
L
A
 
A
H
 
D
V
 
V
V
 
V
L
 
F
P
 
P
A
 
V
C
 
A
S
 
P
F
 
V
A
 
V
E
 
E
K
 
K
D
 
A
G
 
G
T
 
S
F
 
F
T
 
L
S
 
N
V
 
W
G
 
E
R
 
G
T
 
R
V
 
P
Q
 
R
R
 
P
V
 
F
N
 
A
K
 
P
A
 
S
I
 
L
K
 
K
P
 
T
I
 
N
G
 
A
L
 
I
S
 
-
R
 
-
S
 
P
D
|
D
L
 
L
D
 
R
I
 
V
L
 
L
S
 
H
S
 
Y
L
 
L
N
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
-
T
 
-
T
 
-
Y
 
-
A
 
-
N
 
-
A
 
A
S
 
D
E
 
E
V
 
I
F
 
G
A
 
V
E
 
D
I
 
L
A
 
A
E
 
L
N
 
P
V
 
T
P
 
A
G
 
E
Y
 
A
K
 
A
D
 
D
L
 
A
S
 
E
Y
 
L
D
 
A
G
 
Q
L
 
L
G
 
G
E
 
T
N
 
W
G
 
G
Q
 
G
I
 
A
I
 
R
P
 
P
V
 
P
T
 
A
T
 
P
K
 
T
A
 
A
K
 
P
F
 
-
V
 
-
P
 
-
V
 
-
A
 
P
A
 
T
A
 
A
P
 
R
V
 
P
K
 
E
A
 
A
E
 
G
T
 
S
G
 
G
K
 
Q
F
 
A
A
 
V
M
 
L
V
 
A
T
 
S
G
 
W
S
x
R
A
 
M
L
 
L
Y
 
L
H
 
D
C
 
A
G
|
G
T
 
-
M
 
-
S
 
-
R
|
R
Y
x
L
G
 
Q
E
 
D
G
 
G
P
 
E
M
 
P
H
 
H
V
 
L
C
 
A
P
 
G
E
 
T
G
 
A
-
 
V
-
 
R
-
 
P
Y
 
V
A
 
A
E
 
R
L
 
M
S
 
S
R
 
A
Q
 
A
D
 
T
A
 
A
A
 
A
E
 
G
L
 
I
K
 
G
I
 
A
S
 
S
E
 
D
N
 
G
D
 
A
M
 
P
L
 
V
T
 
T
I
 
V
K
 
S
S
 
T
T
 
E
T
 
R
G
 
G
E
 
A
I
 
V
K
 
T
L
 
L
K
 
P
A
 
L
K
 
A
V
 
V
N
 
T
V
 
-
R
 
D
M
 
M
P
 
P
Q
 
D
G
 
G
V
 
V
V
 
V
F
 
W
A
 
L
P
 
P
Y
 
M
H
 
N
F
 
S
A
 
P
E
 
G
Q
 
S
S
 
A
V
 
V
N
 
H

3i9vC Crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex i from thermus thermophilus, oxidized, 2 mol/asu (see paper)
29% identity, 81% coverage: 1:670/828 of query aligns to 1:626/754 of 3i9vC

query
sites
3i9vC
M
 
M
V
 
V
N
 
R
L
 
V
T
 
K
I
 
V
D
 
N
D
 
D
K
 
R
K
 
I
V
 
V
T
 
E
V
 
V
P
 
P
K
 
P
D
 
G
A
 
T
T
 
S
I
 
V
F
 
M
D
 
D
A
 
A
A
 
V
K
 
F
S
 
H
A
 
A
G
 
G
I
 
Y
K
 
D
I
 
V
P
 
P
I
 
L
L
 
F
C
|
C
H
x
S
D
 
E
K
 
K
K
 
H
L
 
L
H
 
S
P
 
P
F
 
I
G
|
G
G
x
A
C
|
C
R
|
R
M
 
M
C
|
C
L
 
L
V
 
V
E
 
R
V
 
I
E
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
I
Q
 
Q
M
 
W
K
 
Q
G
 
P
R
 
K
L
 
L
I
 
A
P
 
A
A
 
S
C
|
C
T
 
V
T
 
T
P
 
A
V
 
V
T
 
A
E
 
D
G
 
G
M
 
M
T
 
V
V
 
V
T
 
D
T
 
T
T
 
L
T
 
S
P
 
D
E
 
V
I
 
V
I
 
R
K
 
E
A
 
A
R
 
Q
K
 
A
M
 
G
V
 
M
L
 
V
E
 
E
L
 
F
L
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
N
H
|
H
P
 
P
I
 
L
D
|
D
C
|
C
P
 
P
V
 
T
C
|
C
D
 
D
A
x
K
A
 
G
G
 
G
D
 
A
C
|
C
D
 
E
L
|
L
Q
|
Q
N
 
D
L
 
R
T
 
T
Y
 
V
E
 
E
Y
 
Y
-
 
G
-
 
L
-
 
Y
-
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
E
-
 
L
-
 
P
-
 
V
-
 
Y
-
 
T
K
 
R
V
 
F
N
 
E
T
 
F
N
 
T
K
 
R
F
 
R
H
 
H
D
 
V
E
x
D
K
 
K
F
 
-
H
 
H
H
|
H
K
 
P
I
 
L
D
 
-
Y
 
-
E
 
-
N
 
S
P
 
P
L
 
F
I
 
V
E
 
I
R
 
L
D
 
D
M
 
R
N
 
E
R
 
R
C
|
C
I
|
I
H
 
H
C
|
C
G
 
K
K
 
R
C
|
C
A
 
V
R
 
R
I
 
Y
C
 
F
D
 
E
E
 
E
I
 
V
V
 
P
S
 
G
Y
 
D
G
 
E
A
 
V
Y
 
L
T
 
D
F
|
F
I
 
I
S
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
V
E
 
H
A
 
T
K
 
F
M
x
I
G
 
G
T
 
T
E
 
-
F
 
M
D
 
D
G
 
F
P
 
G
L
 
L
N
 
P
C
 
S
E
 
G
F
 
F
C
 
S
G
 
G
S
 
N
C
 
I
V
 
T
S
 
D
V
 
I
C
|
C
P
|
P
V
|
V
G
 
G
A
|
A
L
 
L
I
 
L
S
 
D
R
 
L
P
 
T
F
 
A
K
 
R
F
 
F
K
 
R
A
 
A
R
 
R
W
 
N
W
 
W
S
 
E
L
 
M
N
 
E
K
 
E
V
 
T
K
 
P
T
 
T
V
 
T
C
|
C
S
 
A
Y
x
L
C
|
C
G
 
P
T
x
V
G
|
G
C
|
C
Q
 
G
L
 
I
T
 
T
L
 
A
G
 
D
V
 
T
K
 
R
D
 
S
N
 
G
K
 
E
V
x
L
L
 
L
T
 
R
T
 
I
I
 
R
Y
 
A
D
 
R
E
 
E
N
 
V
Q
 
P
G
 
E
F
 
V
H
 
N
N
 
E
G
 
I
Q
 
W
L
 
I
C
|
C
T
 
D
R
x
A
G
|
G
R
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
H
Q
 
E
F
 
W
V
 
A
N
x
D
S
 
Q
D
 
-
N
 
N
R
 
R
L
 
L
T
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
V
R
 
R
K
 
K
N
 
E
G
 
G
K
 
R
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
A
S
 
T
W
 
W
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
F
S
 
L
L
 
A
V
 
L
A
 
K
D
 
E
R
 
G
L
 
L
R
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
R
A
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
G
D
 
E
S
 
E
V
 
V
A
 
G
G
 
L
L
 
Y
V
 
L
T
 
A
P
 
H
R
 
D
L
 
A
T
 
T
N
 
L
E
 
E
E
 
E
L
 
G
F
 
L
L
 
L
Y
 
A
G
 
S
K
 
E
L
 
L
F
 
A
R
 
K
E
 
-
T
 
A
L
 
L
G
 
K
S
 
T
E
 
P
N
 
H
I
 
L
D
 
D
H
 
F
S
 
Q
A
 
G
G
 
R
F
 
T
A
|
A
H
x
A
S
 
P
A
 
A
-
 
S
-
 
L
L
 
F
T
 
P
S
 
P
G
 
A
A
 
S
L
 
L
E
 
E
S
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
Q
-
 
A
-
 
D
-
 
F
-
 
A
-
 
L
-
 
V
L
 
L
G
 
G
Y
 
D
A
 
P
A
 
T
S
 
E
P
 
E
S
 
A
T
x
P
I
 
I
A
 
L
D
 
H
I
 
L
Q
 
R
K
 
L
T
 
S
D
 
E
L
 
F
L
 
V
L
 
R
V
 
D
V
 
L
K
 
K
T
 
P
D
 
P
A
 
H
Y
 
R
E
 
Y
T
 
N
H
 
H
-
 
G
-
 
T
P
 
P
V
 
F
L
 
A
G
 
D
F
 
L
E
 
Q
I
 
I
N
 
K
L
 
E
G
 
R
V
 
M
K
 
P
R
 
R
K
 
R
D
 
T
V
 
D
D
 
K
L
 
M
R
 
A
I
 
L
V
 
F
S
 
A
D
 
P
K
 
Y
R
 
R
G
 
A
K
 
P
L
 
L
S
 
M
K
 
K
L
 
W
P
 
-
K
 
A
A
 
A
K
 
I
T
 
H
Y
 
E
V
 
V
H
 
H
K
 
R
P
 
P
G
 
G
N
 
E
E
 
E
V
 
R
V
 
E
L
 
I
L
 
L
N
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
-
K
 
-
A
 
-
I
 
-
I
 
-
D
 
-
E
 
-
N
 
-
L
 
L
V
 
G
D
 
D
A
 
-
A
 
-
A
 
-
T
 
-
T
 
-
V
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
-
K
 
K
Q
 
E
T
 
G
L
 
S
E
 
E
S
 
M
Y
 
V
A
 
A
P
 
K
S
 
A
K
 
K
V
 
E
A
 
A
E
 
-
A
 
-
C
 
-
G
 
-
M
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
-
E
 
-
I
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
S
 
-
D
 
-
Y
 
W
A
 
E
K
 
K
A
 
A
E
 
K
K
 
N
A
 
P
L
 
V
I
 
L
L
 
I
L
 
L
P
 
G
I
x
A
G
 
G
L
 
V
G
 
L
Y
 
Q
S
 
D
G
 
T
H
 
V
G
 
A
K
 
A
E
 
E
L
 
R
A
 
A
Q
 
R
A
 
L
V
 
L
I
 
A
N
 
E
L
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
G
 
-
K
 
R
E
 
K
G
 
G
C
 
A
G
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
A
M
 
M
G
 
T
E
x
P
K
x
A
N
 
A
N
 
N
S
 
A
Q
 
R
G
 
G
A
 
L
L
 
E
D
 
A
M
 
M
G
 
G
I
 
V
Y
 
L
P
 
P
T
 
G
S
 
A
K
 
K
G
 
G
K
 
-
N
 
-
A
 
-
A
 
-
T
 
-
I
 
-
I
 
-
D
 
-
S
 
-
C
 
A
A
 
S
A
 
W
G
 
D
T
 
E
V
 
P
K
 
G
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
V
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
N
 
-
P
 
-
V
 
-
I
 
-
S
 
A
Y
 
Y
P
 
Y
N
 
G
R
 
F
K
 
V
K
 
P
I
 
P
E
 
E
A
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
K
K
 
G
V
 
K
E
 
R
F
 
F
L
 
V
V
 
V
V
 
M
Q
 
H
D
 
L
L
 
S
F
 
H
L
 
L
T
 
H
E
 
P
T
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
R
-
 
Y
A
 
A
H
 
H
V
 
V
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
A
C
 
P
S
 
T
F
 
F
A
 
Y
E
 
E
K
 
K
D
 
R
G
 
G
T
 
H
F
 
L
T
 
V
S
 
N
V
 
L
G
 
E
R
 
G
T
 
R
V
 
V
Q
 
L
R
 
P
V
 
L
N
 
S
K
 
P
A
 
A
I
 
P
K
 
I
P
 
E
I
 
N
G
 
G
L
 
E
S
 
A
R
 
E
S
 
G
D
 
A
L
 
L
D
 
Q
I
 
V
L
 
L
S
 
A
S
 
L
L
 
L
N
 
A
G
 
E
I
 
A
L
 
L
G
 
G

3i9v3 Crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex i from thermus thermophilus, oxidized, 2 mol/asu (see paper)
29% identity, 81% coverage: 1:670/828 of query aligns to 1:626/754 of 3i9v3

query
sites
3i9v3
M
 
M
V
 
V
N
 
R
L
 
V
T
 
K
I
 
V
D
 
N
D
 
D
K
 
R
K
 
I
V
 
V
T
 
E
V
 
V
P
 
P
K
 
P
D
 
G
A
 
T
T
 
S
I
 
V
F
 
M
D
 
D
A
 
A
A
 
V
K
 
F
S
 
H
A
 
A
G
 
G
I
 
Y
K
 
D
I
 
V
P
 
P
I
 
L
L
 
F
C
|
C
H
x
S
D
 
E
K
 
K
K
 
H
L
 
L
H
 
S
P
 
P
F
 
I
G
|
G
G
 
A
C
|
C
R
|
R
M
 
M
C
|
C
L
 
L
V
 
V
E
 
R
V
 
I
E
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
I
Q
 
Q
M
 
W
K
 
Q
G
 
P
R
 
K
L
 
L
I
 
A
P
 
A
A
 
S
C
|
C
T
 
V
T
 
T
P
 
A
V
 
V
T
 
A
E
 
D
G
 
G
M
 
M
T
 
V
V
 
V
T
 
D
T
 
T
T
 
L
T
 
S
P
 
D
E
 
V
I
 
V
I
 
R
K
 
E
A
 
A
R
 
Q
K
 
A
M
 
G
V
 
M
L
 
V
E
 
E
L
 
F
L
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
N
H
|
H
P
 
P
I
 
L
D
|
D
C
|
C
P
 
P
V
 
T
C
|
C
D
 
D
A
 
K
A
 
G
G
 
G
D
 
A
C
|
C
D
 
E
L
 
L
Q
|
Q
N
 
D
L
 
R
T
 
T
Y
 
V
E
 
E
Y
 
Y
-
 
G
-
 
L
-
 
Y
-
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
E
-
 
L
-
 
P
-
 
V
-
 
Y
-
 
T
K
 
R
V
 
F
N
 
E
T
 
F
N
 
T
K
 
R
F
 
R
H
 
H
D
 
V
E
 
D
K
 
K
F
 
-
H
 
H
H
 
H
K
 
P
I
 
L
D
 
-
Y
 
-
E
 
-
N
 
S
P
 
P
L
 
F
I
 
V
E
 
I
R
 
L
D
 
D
M
 
R
N
 
E
R
 
R
C
|
C
I
|
I
H
 
H
C
|
C
G
 
K
K
 
R
C
|
C
A
 
V
R
 
R
I
 
Y
C
 
F
D
 
E
E
 
E
I
 
V
V
 
P
S
 
G
Y
 
D
G
 
E
A
 
V
Y
 
L
T
 
D
F
|
F
I
 
I
S
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
V
E
 
H
A
 
T
K
 
F
M
x
I
G
 
G
T
 
T
E
 
-
F
 
M
D
 
D
G
 
F
P
 
G
L
 
L
N
 
P
C
 
S
E
 
G
F
 
F
C
 
S
G
 
G
S
 
N
C
 
I
V
 
T
S
 
D
V
 
I
C
|
C
P
|
P
V
|
V
G
 
G
A
|
A
L
 
L
I
 
L
S
 
D
R
 
L
P
 
T
F
 
A
K
 
R
F
 
F
K
 
R
A
 
A
R
 
R
W
 
N
W
 
W
S
 
E
L
 
M
N
 
E
K
 
E
V
 
T
K
 
P
T
 
T
V
 
T
C
|
C
S
 
A
Y
 
L
C
|
C
G
 
P
T
x
V
G
|
G
C
|
C
Q
 
G
L
 
I
T
 
T
L
 
A
G
 
D
V
 
T
K
 
R
D
 
S
N
 
G
K
 
E
V
x
L
L
 
L
T
 
R
T
 
I
I
 
R
Y
 
A
D
 
R
E
 
E
N
 
V
Q
 
P
G
 
E
F
 
V
H
 
N
N
 
E
G
 
I
Q
 
W
L
 
I
C
|
C
T
 
D
R
 
A
G
|
G
R
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
H
Q
 
E
F
 
W
V
 
A
N
x
D
S
 
Q
D
 
-
N
 
N
R
 
R
L
 
L
T
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
V
R
 
R
K
 
K
N
 
E
G
 
G
K
 
R
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
A
S
 
T
W
 
W
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
F
S
 
L
L
 
A
V
 
L
A
 
K
D
 
E
R
 
G
L
 
L
R
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
R
A
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
G
D
 
E
S
 
E
V
 
V
A
 
G
G
 
L
L
 
Y
V
 
L
T
 
A
P
 
H
R
 
D
L
 
A
T
 
T
N
 
L
E
 
E
E
 
E
L
 
G
F
 
L
L
 
L
Y
 
A
G
 
S
K
 
E
L
 
L
F
 
A
R
 
K
E
 
-
T
 
A
L
 
L
G
 
K
S
 
T
E
 
P
N
 
H
I
 
L
D
 
D
H
 
F
S
 
Q
A
 
G
G
 
R
F
 
T
A
|
A
H
x
A
S
 
P
A
 
A
-
 
S
-
 
L
L
 
F
T
 
P
S
 
P
G
 
A
A
 
S
L
 
L
E
 
E
S
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
Q
-
 
A
-
 
D
-
 
F
-
 
A
-
 
L
-
 
V
L
 
L
G
 
G
Y
 
D
A
 
P
A
 
T
S
 
E
P
 
E
S
 
A
T
x
P
I
 
I
A
 
L
D
 
H
I
 
L
Q
 
R
K
 
L
T
 
S
D
 
E
L
 
F
L
 
V
L
 
R
V
 
D
V
 
L
K
 
K
T
 
P
D
 
P
A
 
H
Y
 
R
E
 
Y
T
 
N
H
 
H
-
 
G
-
 
T
P
 
P
V
 
F
L
 
A
G
 
D
F
 
L
E
 
Q
I
 
I
N
 
K
L
 
E
G
 
R
V
 
M
K
 
P
R
 
R
K
 
R
D
 
T
V
 
D
D
 
K
L
 
M
R
 
A
I
 
L
V
 
F
S
 
A
D
 
P
K
 
Y
R
 
R
G
 
A
K
 
P
L
 
L
S
 
M
K
 
K
L
 
W
P
 
-
K
 
A
A
 
A
K
 
I
T
 
H
Y
 
E
V
 
V
H
 
H
K
 
R
P
 
P
G
 
G
N
 
E
E
 
E
V
 
R
V
 
E
L
 
I
L
 
L
N
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
-
K
 
-
A
 
-
I
 
-
I
 
-
D
 
-
E
 
-
N
 
-
L
 
L
V
 
G
D
 
D
A
 
-
A
 
-
A
 
-
T
 
-
T
 
-
V
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
-
K
 
K
Q
 
E
T
 
G
L
 
S
E
 
E
S
 
M
Y
 
V
A
 
A
P
 
K
S
 
A
K
 
K
V
 
E
A
 
A
E
 
-
A
 
-
C
 
-
G
 
-
M
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
-
E
 
-
I
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
S
 
-
D
 
-
Y
 
W
A
 
E
K
 
K
A
 
A
E
 
K
K
 
N
A
 
P
L
 
V
I
 
L
L
 
I
L
 
L
P
 
G
I
x
A
G
 
G
L
 
V
G
 
L
Y
 
Q
S
 
D
G
 
T
H
 
V
G
 
A
K
 
A
E
 
E
L
 
R
A
 
A
Q
 
R
A
 
L
V
 
L
I
 
A
N
 
E
L
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
G
 
-
K
 
R
E
 
K
G
 
G
C
 
A
G
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
A
M
 
M
G
 
T
E
x
P
K
x
A
N
 
A
N
 
N
S
 
A
Q
 
R
G
 
G
A
 
L
L
 
E
D
 
A
M
 
M
G
 
G
I
 
V
Y
 
L
P
 
P
T
 
G
S
 
A
K
 
K
G
 
G
K
 
-
N
 
-
A
 
-
A
 
-
T
 
-
I
 
-
I
 
-
D
 
-
S
 
-
C
 
A
A
 
S
A
 
W
G
 
D
T
 
E
V
 
P
K
 
G
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
V
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
N
 
-
P
 
-
V
 
-
I
 
-
S
 
A
Y
 
Y
P
 
Y
N
 
G
R
 
F
K
 
V
K
 
P
I
 
P
E
 
E
A
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
K
K
 
G
V
 
K
E
 
R
F
 
F
L
 
V
V
 
V
V
 
M
Q
 
H
D
 
L
L
 
S
F
 
H
L
 
L
T
 
H
E
 
P
T
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
R
-
 
Y
A
 
A
H
 
H
V
 
V
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
A
C
 
P
S
 
T
F
 
F
A
 
Y
E
 
E
K
 
K
D
 
R
G
 
G
T
 
H
F
 
L
T
 
V
S
 
N
V
 
L
G
 
E
R
 
G
T
 
R
V
 
V
Q
 
L
R
 
P
V
 
L
N
 
S
K
 
P
A
 
A
I
 
P
K
 
I
P
 
E
I
 
N
G
 
G
L
 
E
S
 
A
R
 
E
S
 
G
D
 
A
L
 
L
D
 
Q
I
 
V
L
 
L
S
 
A
S
 
L
L
 
L
N
 
A
G
 
E
I
 
A
L
 
L
G
 
G

2ybb3 Fitted model for bovine mitochondrial supercomplex i1iii2iv1 by single particle cryo-em (emd-1876) (see paper)
29% identity, 81% coverage: 1:670/828 of query aligns to 1:626/754 of 2ybb3

query
sites
2ybb3
M
 
M
V
 
V
N
 
R
L
 
V
T
 
K
I
 
V
D
 
N
D
 
D
K
 
R
K
 
I
V
 
V
T
 
E
V
 
V
P
 
P
K
 
P
D
 
G
A
 
T
T
 
S
I
 
V
F
 
M
D
 
D
A
 
A
A
 
V
K
 
F
S
 
H
A
 
A
G
 
G
I
 
Y
K
 
D
I
 
V
P
 
P
I
 
L
L
 
F
C
|
C
H
x
S
D
 
E
K
 
K
K
 
H
L
 
L
H
 
S
P
 
P
F
 
I
G
|
G
G
 
A
C
|
C
R
|
R
M
 
M
C
|
C
L
 
L
V
 
V
E
 
R
V
 
I
E
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
I
Q
 
Q
M
 
W
K
 
Q
G
 
P
R
 
K
L
 
L
I
 
A
P
 
A
A
 
S
C
|
C
T
 
V
T
 
T
P
 
A
V
 
V
T
 
A
E
 
D
G
 
G
M
 
M
T
 
V
V
 
V
T
 
D
T
 
T
T
 
L
T
 
S
P
 
D
E
 
V
I
 
V
I
 
R
K
 
E
A
 
A
R
 
Q
K
 
A
M
 
G
V
 
M
L
 
V
E
 
E
L
 
F
L
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
N
H
|
H
P
 
P
I
 
L
D
 
D
C
|
C
P
 
P
V
 
T
C
|
C
D
 
D
A
x
K
A
 
G
G
 
G
D
 
A
C
|
C
D
 
E
L
 
L
Q
|
Q
N
 
D
L
 
R
T
 
T
Y
 
V
E
 
E
Y
 
Y
-
 
G
-
 
L
-
 
Y
-
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
E
-
 
L
-
 
P
-
 
V
-
 
Y
-
 
T
K
 
R
V
 
F
N
 
E
T
 
F
N
 
T
K
 
R
F
 
R
H
 
H
D
 
V
E
 
D
K
 
K
F
 
-
H
 
H
H
 
H
K
 
P
I
 
L
D
 
-
Y
 
-
E
 
-
N
 
S
P
 
P
L
 
F
I
 
V
E
 
I
R
 
L
D
 
D
M
 
R
N
 
E
R
 
R
C
|
C
I
 
I
H
|
H
C
|
C
G
 
K
K
 
R
C
|
C
A
 
V
R
 
R
I
 
Y
C
 
F
D
 
E
E
 
E
I
 
V
V
 
P
S
 
G
Y
 
D
G
 
E
A
 
V
Y
 
L
T
 
D
F
 
F
I
 
I
S
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
V
E
 
H
A
 
T
K
 
F
M
 
I
G
 
G
T
 
T
E
 
-
F
 
M
D
 
D
G
 
F
P
 
G
L
 
L
N
 
P
C
 
S
E
 
G
F
 
F
C
 
S
G
 
G
S
 
N
C
 
I
V
 
T
S
 
D
V
 
I
C
|
C
P
|
P
V
|
V
G
 
G
A
 
A
L
|
L
I
 
L
S
 
D
R
 
L
P
 
T
F
 
A
K
 
R
F
 
F
K
 
R
A
 
A
R
 
R
W
 
N
W
 
W
S
 
E
L
 
M
N
 
E
K
 
E
V
 
T
K
 
P
T
 
T
V
 
T
C
|
C
S
 
A
Y
 
L
C
|
C
G
 
P
T
x
V
G
 
G
C
|
C
Q
 
G
L
 
I
T
 
T
L
 
A
G
 
D
V
 
T
K
 
R
D
 
S
N
 
G
K
 
E
V
x
L
L
 
L
T
 
R
T
 
I
I
 
R
Y
 
A
D
 
R
E
 
E
N
 
V
Q
 
P
G
 
E
F
 
V
H
 
N
N
 
E
G
 
I
Q
 
W
L
x
I
C
|
C
T
 
D
R
 
A
G
 
G
R
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
H
Q
 
E
F
 
W
V
 
A
N
x
D
S
 
Q
D
 
-
N
 
N
R
 
R
L
 
L
T
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
V
R
 
R
K
 
K
N
 
E
G
 
G
K
 
R
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
A
S
 
T
W
 
W
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
F
S
 
L
L
 
A
V
 
L
A
 
K
D
 
E
R
 
G
L
 
L
R
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
R
A
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
G
D
 
E
S
 
E
V
 
V
A
 
G
G
 
L
L
 
Y
V
 
L
T
 
A
P
 
H
R
 
D
L
 
A
T
 
T
N
 
L
E
 
E
E
 
E
L
 
G
F
 
L
L
 
L
Y
 
A
G
 
S
K
 
E
L
 
L
F
 
A
R
 
K
E
 
-
T
 
A
L
 
L
G
 
K
S
 
T
E
 
P
N
 
H
I
 
L
D
 
D
H
 
F
S
 
Q
A
 
G
G
 
R
F
 
T
A
|
A
H
x
A
S
 
P
A
 
A
-
 
S
-
 
L
L
 
F
T
 
P
S
 
P
G
 
A
A
 
S
L
 
L
E
 
E
S
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
Q
-
 
A
-
 
D
-
 
F
-
 
A
-
 
L
-
 
V
L
 
L
G
 
G
Y
 
D
A
 
P
A
 
T
S
 
E
P
 
E
S
 
A
T
x
P
I
|
I
A
 
L
D
 
H
I
 
L
Q
 
R
K
 
L
T
 
S
D
 
E
L
 
F
L
 
V
L
 
R
V
 
D
V
 
L
K
 
K
T
 
P
D
 
P
A
 
H
Y
 
R
E
 
Y
T
 
N
H
 
H
-
 
G
-
 
T
P
 
P
V
 
F
L
 
A
G
 
D
F
 
L
E
 
Q
I
 
I
N
 
K
L
 
E
G
 
R
V
 
M
K
 
P
R
 
R
K
 
R
D
 
T
V
 
D
D
 
K
L
 
M
R
 
A
I
 
L
V
 
F
S
 
A
D
 
P
K
 
Y
R
 
R
G
 
A
K
 
P
L
 
L
S
 
M
K
 
K
L
 
W
P
 
-
K
 
A
A
 
A
K
 
I
T
 
H
Y
 
E
V
 
V
H
 
H
K
 
R
P
 
P
G
 
G
N
 
E
E
 
E
V
 
R
V
 
E
L
 
I
L
 
L
N
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
-
K
 
-
A
 
-
I
 
-
I
 
-
D
 
-
E
 
-
N
 
-
L
 
L
V
 
G
D
 
D
A
 
-
A
 
-
A
 
-
T
 
-
T
 
-
V
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
-
K
 
K
Q
 
E
T
 
G
L
 
S
E
 
E
S
 
M
Y
 
V
A
 
A
P
 
K
S
 
A
K
 
K
V
 
E
A
 
A
E
 
-
A
 
-
C
 
-
G
 
-
M
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
-
E
 
-
I
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
S
 
-
D
 
-
Y
 
W
A
 
E
K
 
K
A
 
A
E
 
K
K
 
N
A
 
P
L
 
V
I
 
L
L
 
I
L
 
L
P
 
G
I
x
A
G
 
G
L
 
V
G
 
L
Y
 
Q
S
 
D
G
 
T
H
 
V
G
 
A
K
 
A
E
 
E
L
 
R
A
 
A
Q
 
R
A
 
L
V
 
L
I
 
A
N
 
E
L
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
G
 
-
K
 
R
E
 
K
G
 
G
C
 
A
G
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
A
M
 
M
G
 
T
E
x
P
K
x
A
N
 
A
N
 
N
S
 
A
Q
 
R
G
 
G
A
 
L
L
 
E
D
 
A
M
 
M
G
 
G
I
 
V
Y
 
L
P
 
P
T
 
G
S
 
A
K
 
K
G
 
G
K
 
-
N
 
-
A
 
-
A
 
-
T
 
-
I
 
-
I
 
-
D
 
-
S
 
-
C
 
A
A
 
S
A
 
W
G
 
D
T
 
E
V
 
P
K
 
G
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
V
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
N
 
-
P
 
-
V
 
-
I
 
-
S
 
A
Y
 
Y
P
 
Y
N
 
G
R
 
F
K
 
V
K
 
P
I
 
P
E
 
E
A
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
K
K
 
G
V
 
K
E
 
R
F
 
F
L
 
V
V
 
V
V
 
M
Q
 
H
D
 
L
L
 
S
F
 
H
L
 
L
T
 
H
E
 
P
T
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
R
-
 
Y
A
 
A
H
 
H
V
 
V
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
A
C
 
P
S
 
T
F
 
F
A
 
Y
E
 
E
K
 
K
D
 
R
G
 
G
T
 
H
F
 
L
T
 
V
S
 
N
V
 
L
G
 
E
R
 
G
T
 
R
V
 
V
Q
 
L
R
 
P
V
 
L
N
 
S
K
 
P
A
 
A
I
 
P
K
 
I
P
 
E
I
 
N
G
 
G
L
 
E
S
 
A
R
 
E
S
 
G
D
 
A
L
 
L
D
 
Q
I
 
V
L
 
L
S
 
A
S
 
L
L
 
L
N
 
A
G
 
E
I
 
A
L
 
L
G
 
G

4hea3 Crystal structure of the entire respiratory complex i from thermus thermophilus (see paper)
29% identity, 81% coverage: 1:670/828 of query aligns to 1:628/756 of 4hea3

query
sites
4hea3
M
 
M
V
 
V
N
 
R
L
 
V
T
 
K
I
 
V
D
 
N
D
 
D
K
 
R
K
 
I
V
 
V
T
 
E
V
 
V
P
 
P
K
 
P
D
 
G
A
 
T
T
 
S
I
 
V
F
 
M
D
 
D
A
 
A
A
 
V
K
 
F
S
 
H
A
 
A
G
 
G
I
 
Y
K
 
D
I
 
V
P
 
P
I
 
L
L
 
F
C
|
C
H
x
S
D
 
E
K
 
K
K
 
H
L
 
L
H
 
S
P
 
P
F
 
I
G
|
G
G
 
A
C
|
C
R
|
R
M
 
M
C
|
C
L
 
L
V
 
V
E
 
R
V
 
I
E
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
I
Q
 
Q
M
 
W
K
 
Q
G
 
P
R
 
K
L
 
L
I
 
A
P
 
A
A
 
S
C
|
C
T
 
V
T
 
T
P
 
A
V
 
V
T
 
A
E
 
D
G
 
G
M
 
M
T
 
V
V
 
V
T
 
D
T
 
T
T
 
L
T
 
S
P
 
D
E
 
V
I
 
V
I
 
R
K
 
E
A
 
A
R
 
Q
K
 
A
M
 
G
V
 
M
L
 
V
E
 
E
L
 
F
L
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
N
H
|
H
P
 
P
I
 
L
D
|
D
C
|
C
P
 
P
V
 
T
C
|
C
D
 
D
A
 
K
A
 
G
G
 
G
D
 
A
C
|
C
D
 
E
L
 
L
Q
|
Q
N
 
D
L
 
R
T
 
T
Y
 
V
E
 
E
Y
 
Y
-
 
G
-
 
L
-
 
Y
-
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
P
-
 
L
-
 
E
-
 
L
-
 
P
-
 
V
-
 
Y
-
 
T
K
 
R
V
 
F
N
 
E
T
 
F
N
 
T
K
 
R
F
 
R
H
 
H
D
 
V
E
 
D
K
 
K
F
 
-
H
 
H
H
 
H
K
 
P
I
 
L
D
 
-
Y
 
-
E
 
-
N
 
S
P
 
P
L
 
F
I
 
V
E
 
I
R
 
L
D
 
D
M
 
R
N
 
E
R
|
R
C
|
C
I
|
I
H
 
H
C
|
C
G
 
K
K
x
R
C
|
C
A
 
V
R
 
R
I
 
Y
C
 
F
D
 
E
E
 
E
I
 
V
V
 
P
S
 
G
Y
 
D
G
 
E
A
 
V
Y
 
L
T
 
D
F
|
F
I
 
I
S
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
V
E
 
H
A
 
T
K
 
F
M
 
I
G
 
G
T
 
T
E
 
-
F
 
M
D
 
D
G
 
F
P
 
G
L
 
L
N
 
P
C
 
S
E
 
G
F
 
F
C
 
S
G
 
G
S
 
N
C
 
I
V
 
T
S
 
D
V
 
I
C
|
C
P
|
P
V
|
V
G
 
G
A
|
A
L
|
L
I
 
L
S
 
D
R
 
L
P
 
T
F
 
A
K
 
R
F
 
F
K
 
R
A
 
A
R
 
R
W
 
N
W
 
W
S
 
E
L
 
M
N
 
E
K
 
E
V
 
T
K
 
P
T
 
T
V
 
T
C
|
C
S
 
A
Y
x
L
C
|
C
G
 
P
T
x
V
G
|
G
C
|
C
Q
 
G
L
 
I
T
 
T
L
 
A
G
 
D
V
 
T
K
 
R
D
 
S
N
 
G
K
 
E
V
 
L
L
 
L
T
 
R
T
 
I
I
 
R
Y
 
A
D
 
R
E
 
E
N
 
V
Q
 
P
G
 
E
F
 
V
H
 
N
N
 
E
G
 
I
Q
 
W
L
 
I
C
|
C
T
 
D
R
 
A
G
|
G
R
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
H
Q
 
E
F
 
W
V
 
A
N
 
D
S
 
Q
D
 
-
N
 
N
R
 
R
L
 
L
T
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
V
R
 
R
K
 
K
N
 
E
G
 
G
K
 
R
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
A
S
 
T
W
 
W
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
F
S
 
L
L
 
A
V
 
L
A
 
K
D
 
E
R
 
G
L
 
L
R
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
R
A
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
G
D
 
E
S
 
E
V
 
V
A
 
G
G
 
L
L
 
Y
V
 
L
T
 
A
P
 
H
R
 
D
L
 
A
T
 
T
N
 
L
E
 
E
E
 
E
L
 
G
F
 
L
L
 
L
Y
 
A
G
 
S
K
 
E
L
 
L
F
 
A
R
 
K
E
 
-
T
 
A
L
 
L
G
 
K
S
 
T
E
 
P
N
 
H
I
 
L
D
 
D
H
 
F
S
 
Q
A
 
G
G
 
R
F
 
T
A
|
A
H
x
A
S
 
P
A
 
A
-
 
S
-
 
L
L
 
F
T
 
P
S
 
P
G
 
A
A
 
S
L
 
L
E
 
E
S
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
Q
-
 
A
-
 
D
-
 
F
-
 
A
-
 
L
-
 
V
L
 
L
G
 
G
Y
 
D
A
 
P
A
 
T
S
 
E
P
 
E
S
 
A
T
 
P
I
|
I
A
 
L
D
 
H
I
 
L
Q
 
R
K
 
L
T
 
S
D
 
E
L
 
F
L
 
V
L
 
R
V
 
D
V
 
L
K
 
K
T
 
P
D
 
P
A
 
H
Y
 
R
E
 
Y
T
 
N
H
 
H
-
 
G
-
 
T
P
 
P
V
 
F
L
 
A
G
 
D
F
 
L
E
 
Q
I
 
I
N
 
K
L
 
E
G
 
R
V
 
M
K
 
P
R
 
R
K
 
R
D
 
T
V
 
D
D
 
K
L
 
M
R
 
A
I
 
L
V
 
F
S
 
A
D
 
P
K
 
Y
R
 
R
G
 
A
K
 
P
L
 
L
S
 
M
K
 
K
L
 
W
P
 
-
K
 
A
A
 
A
K
 
I
T
 
H
Y
 
E
V
 
V
H
 
H
K
 
R
P
 
P
G
 
G
N
 
E
E
 
E
V
 
R
V
 
E
L
 
I
L
 
L
N
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
-
K
 
-
A
 
-
I
 
-
I
 
-
D
 
-
E
 
-
N
 
-
L
 
L
V
 
G
D
 
D
A
 
-
A
 
-
A
 
-
T
 
-
T
 
-
V
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
-
K
 
K
Q
 
E
T
 
G
L
 
S
E
 
E
S
 
M
Y
 
V
A
 
A
P
 
K
S
 
A
K
 
K
V
 
E
A
 
A
E
 
-
A
 
-
C
 
-
G
 
-
M
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
-
E
 
-
I
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
S
 
-
D
 
-
Y
 
W
A
 
E
K
 
K
A
 
A
E
 
K
K
 
N
A
 
P
L
 
V
I
 
L
L
 
I
L
 
L
P
 
G
I
x
A
G
 
G
L
 
V
G
 
L
Y
 
Q
S
 
D
G
 
T
H
 
V
G
 
A
K
 
A
E
 
E
L
 
R
A
 
A
Q
 
R
A
 
L
V
 
L
I
 
A
N
 
E
L
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
G
 
-
K
 
R
E
 
K
G
 
G
C
 
A
G
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
A
M
 
M
G
 
T
E
x
P
K
x
A
N
 
A
N
 
N
S
 
A
Q
 
R
G
 
G
A
 
L
L
 
E
D
 
A
M
 
M
G
 
G
I
 
V
Y
 
L
P
 
P
T
 
G
S
 
A
K
 
K
G
 
G
K
 
-
N
 
-
A
 
-
A
 
-
T
 
-
I
 
-
I
 
-
D
 
-
S
 
-
C
 
A
A
 
S
A
 
W
G
 
D
T
 
E
V
 
P
K
 
G
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
V
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
N
 
-
P
 
-
V
 
-
I
 
-
S
 
A
Y
 
Y
P
 
Y
N
 
G
R
 
F
K
 
V
K
 
P
I
 
P
E
 
E
A
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
K
K
 
G
V
 
K
E
 
R
F
 
F
L
 
V
V
 
V
V
 
M
Q
 
H
D
 
L
L
 
S
F
 
H
L
 
L
T
 
H
E
 
P
T
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
R
-
 
Y
A
 
A
H
 
H
V
 
V
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
A
C
 
P
S
 
T
F
 
F
A
 
Y
E
 
E
K
 
K
D
 
R
G
 
G
T
 
H
F
 
L
T
 
V
S
 
N
V
 
L
G
 
E
R
 
G
T
 
R
V
 
V
Q
 
L
R
 
P
V
 
L
N
 
S
K
 
P
A
 
A
I
 
P
K
 
I
P
 
E
I
 
N
G
 
G
L
 
E
S
 
A
R
 
E
S
 
G
D
 
A
L
 
L
D
 
Q
I
 
V
L
 
L
S
 
A
S
 
L
L
 
L
N
 
A
G
 
E
I
 
A
L
 
L
G
 
G

7b0nG 3.7-angstrom structure of Yarrowia lipolytica complex I with an R121M mutation in NUCM. (see paper)
28% identity, 83% coverage: 2:689/828 of query aligns to 3:620/694 of 7b0nG

query
sites
7b0nG
V
 
I
N
 
E
L
 
L
T
 
T
I
 
I
D
 
D
D
 
G
K
 
H
K
 
K
V
 
V
T
 
S
V
 
I
P
 
E
K
 
A
D
 
G
A
 
S
T
 
A
I
 
L
F
 
I
D
 
Q
A
 
A
A
 
C
K
 
E
S
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
V
K
 
T
I
 
V
P
 
P
I
 
R
L
 
Y
C
|
C
H
 
Y
D
 
H
K
 
D
K
 
K
L
 
L
H
 
A
P
 
I
F
 
A
G
|
G
G
 
N
C
|
C
R
|
R
M
 
M
C
|
C
L
 
L
V
 
V
E
 
D
V
 
V
E
 
E
Q
 
R
M
 
A
K
 
P
G
 
-
R
 
K
L
 
P
I
 
V
P
 
A
A
 
S
C
|
C
T
 
A
T
 
Y
P
 
P
V
 
V
T
 
A
E
 
P
G
 
G
M
 
M
T
 
V
V
 
V
T
 
R
T
 
T
T
 
D
T
 
T
P
 
E
E
 
R
I
 
V
I
 
K
K
 
Q
A
 
A
R
 
R
K
 
E
M
 
N
V
 
V
L
 
M
E
 
E
L
 
M
L
 
M
L
 
L
L
 
Q
K
 
N
H
|
H
P
 
P
I
 
L
D
 
D
C
|
C
P
 
P
V
 
V
C
|
C
D
 
D
A
 
Q
A
 
G
G
 
G
D
 
E
C
|
C
D
 
D
L
 
L
Q
|
Q
N
 
D
L
 
Q
T
 
S
Y
 
M
E
 
R
Y
 
Y
K
 
G
V
 
R
N
 
D
T
 
R
N
 
G
K
 
R
F
 
F
H
 
T
D
 
E
E
 
I
K
 
T
F
 
G
H
 
K
H
 
R
K
 
S
I
 
T
D
 
E
Y
 
D
E
 
K
N
 
N
-
 
I
-
 
G
P
 
P
L
 
L
I
 
V
E
 
K
R
 
T
D
 
S
M
 
M
N
 
N
R
 
R
C
|
C
I
 
I
H
|
H
C
|
C
G
x
T
K
 
R
C
|
C
A
 
V
R
 
R
I
 
F
C
 
A
D
 
N
E
 
D
I
 
I
V
 
A
S
 
G
Y
 
A
G
 
P
A
 
E
Y
 
L
T
 
G
F
 
S
I
 
S
S
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
N
E
 
D
A
 
M
K
 
Q
M
 
I
G
 
G
T
 
T
E
 
Y
F
 
L
D
 
E
G
 
K
P
 
N
L
 
L
N
 
N
C
 
T
E
 
E
F
 
L
C
 
S
G
 
G
S
 
N
C
 
V
V
 
I
S
 
D
V
 
L
C
|
C
P
 
P
V
|
V
G
 
G
A
 
A
L
 
L
I
 
T
S
 
N
R
 
K
P
 
P
F
 
Y
K
 
A
F
 
F
K
 
R
A
 
A
R
 
R
W
 
P
W
 
W
S
 
E
L
 
L
N
 
K
K
 
K
V
 
T
K
 
E
T
 
S
V
 
I
C
 
D
S
 
V
Y
 
M
C
 
D
G
 
A
T
 
V
G
 
G
C
 
S
Q
 
N
L
 
I
T
 
R
L
 
I
G
 
D
V
 
S
K
 
K
D
 
G
N
 
V
K
 
E
V
 
V
L
 
M
T
 
R
T
 
V
I
 
I
Y
 
P
D
 
R
E
 
V
N
 
H
Q
 
E
G
 
D
F
 
V
H
 
N
N
 
E
G
 
E
Q
 
W
L
 
I
C
 
N
T
 
D
R
 
K
G
 
S
R
 
R
F
 
F
G
 
A
Y
 
C
Q
 
D
F
 
G
V
 
L
N
 
K
S
 
T
D
 
-
N
 
Q
R
 
R
L
 
L
T
 
T
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
R
K
 
V
N
 
G
G
 
D
K
 
K
L
 
F
V
 
V
E
 
N
A
 
A
S
 
T
W
 
W
E
 
D
E
 
D
A
 
A
L
 
L
S
 
S
L
 
T
V
 
I
A
 
A
D
 
K
R
 
A
L
 
Y
R
 
Q
E
 
Q
A
 
K
K
 
A
A
 
P
S
 
K
G
 
G
A
 
D
D
 
E
-
 
F
-
 
K
S
 
A
V
 
V
A
 
A
G
 
G
L
 
A
V
 
-
T
 
-
P
 
-
R
 
-
L
 
L
T
 
V
N
 
E
E
 
V
E
 
E
L
 
S
F
 
M
L
 
V
Y
 
A
G
 
L
K
 
K
L
 
D
F
 
M
R
 
T
E
 
N
T
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
S
E
 
E
N
 
N
I
 
T
D
 
T
H
 
T
S
 
D
A
 
T
G
 
P
F
 
N
A
 
G
H
 
N
S
 
S
A
 
A
L
 
P
T
 
A
S
 
H
G
 
G
A
 
I
L
 
T
E
 
F
S
 
R
L
 
S
G
 
N
Y
 
Y
A
 
L
A
 
F
S
 
N
P
 
-
S
 
S
T
 
S
I
 
I
A
 
A
D
 
G
I
 
I
Q
 
E
K
 
D
T
 
A
D
 
D
L
 
A
L
 
I
L
 
L
V
 
L
V
 
V
K
 
G
T
 
T
D
 
N
A
 
-
Y
 
-
E
 
-
T
 
-
H
 
-
P
 
-
V
 
-
L
 
-
G
 
-
F
 
-
E
 
-
I
 
-
N
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
-
K
 
-
R
 
-
K
 
-
D
 
-
V
 
-
D
 
-
L
 
-
R
 
-
I
 
-
V
 
-
S
 
-
D
 
-
K
 
-
R
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
S
 
-
K
 
-
L
 
-
P
 
-
K
 
-
A
 
-
K
 
-
T
 
-
Y
 
-
V
 
-
H
 
-
K
 
-
P
 
P
G
 
R
N
 
R
E
 
E
V
 
A
V
 
A
L
 
V
L
 
M
N
 
N
A
 
A
-
 
R
L
 
I
A
 
R
K
 
K
A
 
A
I
 
W
I
 
L
D
 
R
E
 
Q
N
 
E
L
 
L
V
 
E
D
 
I
A
 
A
A
 
S
A
 
-
T
 
-
T
 
-
V
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
V
K
 
G
Q
 
P
T
 
T
L
 
L
E
 
D
S
 
-
Y
 
-
A
 
A
P
 
T
S
 
F
K
 
D
V
 
V
A
 
A
E
 
E
A
 
L
C
 
G
G
 
N
M
 
T
S
 
H
A
 
A
D
 
D
E
 
L
I
 
E
K
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
S
S
 
G
D
 
E
Y
 
F
A
 
G
K
 
E
-
 
V
-
 
L
-
 
K
-
 
N
A
 
A
E
 
K
K
 
N
A
 
P
L
 
L
I
 
I
L
 
I
L
 
V
P
 
G
I
 
S
G
 
G
L
 
I
G
 
T
Y
 
D
S
 
R
G
 
E
H
 
D
G
 
A
K
 
G
E
 
A
L
 
F
A
 
F
Q
 
N
A
 
T
V
 
I
I
 
G
N
 
K
L
 
F
A
 
V
L
 
E
L
 
S
T
 
T
G
 
P
R
 
S
I
 
V
G
 
L
K
 
N
E
 
E
G
 
N
C
 
W
-
 
N
G
 
G
V
 
Y
L
 
N
I
 
V
M
 
L
G
 
Q
E
 
R
K
 
S
N
 
A
N
 
S
S
 
R
Q
 
A
G
 
G
A
 
A
L
 
Y
D
 
D
M
 
I
G
 
G
I
 
F
Y
 
T
P
 
P
T
 
S
S
 
-
K
 
-
G
 
-
K
 
-
N
 
-
A
 
-
A
 
-
T
 
-
I
 
-
I
 
-
D
 
D
S
 
E
C
 
A
A
 
S
A
 
K
G
 
T
T
 
T
V
 
P
K
 
K
A
 
M
L
 
V
Y
 
W
V
 
L
A
 
L
G
 
G
E
 
A
N
 
D
P
 
E
V
 
V
I
 
A
S
 
A
Y
 
-
P
 
-
N
 
-
R
 
-
K
 
-
K
 
-
I
 
-
E
 
-
A
 
S
A
 
D
L
 
I
D
 
P
K
 
A
V
 
D
E
 
A
F
 
F
L
 
V
V
 
V
V
 
Y
Q
 
Q
D
 
G
L
 
H
F
 
N
L
 
G
T
 
D
E
 
V
T
 
G
A
 
A
E
 
Q
K
 
F
A
 
A
H
 
D
V
 
V
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
G
C
 
A
S
 
A
F
 
Y
A
 
T
E
 
E
K
 
K
D
 
A
G
 
G
T
 
T
F
 
Y
T
 
V
S
 
N
V
 
T
G
 
E
R
 
G
T
 
R
V
 
S
Q
 
Q
R
 
I
V
 
S
N
 
R
K
 
A
A
 
A
I
 
T
K
 
G
P
 
P
I
 
P
G
 
G
L
 
G
S
 
A
R
 
R
S
 
E
D
 
D
L
 
W
D
 
K
I
 
I
L
 
L
S
 
R
S
 
A
L
 
V
N
 
S
G
 
E
I
 
Y
L
 
L
G
 
G
-
 
V
G
 
A
T
 
L
T
 
P
Y
 
Y
A
 
E
N
 
D
A
 
A
S
 
Y
E
 
E
V
 
V
F
 
R
A
 
D
E
 
R
I
 
L
A
 
A
E
 
E
N
 
I
V
 
S
P
 
P

7zm7A Cryoem structure of mitochondrial complex i from chaetomium thermophilum (inhibited by ddm) (see paper)
27% identity, 83% coverage: 2:689/828 of query aligns to 3:622/711 of 7zm7A

query
sites
7zm7A
V
 
V
N
 
E
L
 
L
T
 
T
I
 
I
D
 
D
D
 
G
K
 
K
K
 
K
V
 
V
T
 
S
V
 
I
P
 
E
K
 
A
D
 
G
A
 
S
T
 
A
I
 
L
F
 
I
D
 
Q
A
 
A
A
 
C
K
 
E
S
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
V
K
 
V
I
 
V
P
 
P
I
x
R
L
 
Y
C
|
C
H
x
Y
D
 
H
K
 
E
K
 
K
L
 
L
H
 
A
P
 
I
F
 
A
G
|
G
G
 
N
C
|
C
R
|
R
M
 
M
C
|
C
L
 
L
V
 
V
E
 
E
V
 
V
E
 
E
Q
 
R
M
 
S
K
 
P
G
 
-
R
 
K
L
 
P
I
 
V
P
 
A
A
 
S
C
|
C
T
 
A
T
 
W
P
 
P
V
 
V
T
 
Q
E
 
A
G
 
G
M
 
M
T
 
V
V
 
V
T
 
K
T
 
T
T
 
N
T
 
S
P
 
P
E
 
L
I
 
T
I
 
H
K
 
K
A
 
A
R
 
R
K
 
E
M
 
G
V
 
V
L
 
M
E
 
E
L
 
F
L
 
L
L
 
L
L
 
A
K
 
N
H
|
H
P
 
P
I
 
L
D
|
D
C
|
C
P
 
P
V
 
I
C
|
C
D
 
D
A
x
Q
A
x
G
G
 
G
D
 
E
C
|
C
D
 
D
L
 
L
Q
|
Q
N
 
D
L
 
Q
T
 
S
Y
 
M
E
 
R
Y
 
Y
K
 
G
V
 
A
N
 
D
T
 
R
N
 
G
K
 
R
F
 
F
H
 
H
D
 
E
E
 
I
K
 
G
F
 
G
H
 
K
H
 
R
K
 
A
I
 
V
D
 
E
Y
 
D
E
 
K
N
 
N
-
 
I
-
 
G
P
 
P
L
 
L
I
 
I
E
 
K
R
 
T
D
 
S
M
 
M
N
 
N
R
 
R
C
|
C
I
|
I
H
 
H
C
|
C
G
x
T
K
 
R
C
|
C
A
 
V
R
 
R
I
 
F
C
 
M
D
 
N
E
 
D
I
 
I
V
 
A
S
 
G
Y
 
A
G
 
P
A
 
E
Y
 
L
T
 
G
F
 
S
I
 
T
S
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
N
E
 
D
A
 
L
K
 
Q
M
x
I
G
 
G
T
 
T
E
 
Y
F
 
L
D
 
E
G
 
K
P
 
N
L
 
L
N
 
D
C
 
S
E
 
E
F
 
L
C
 
S
G
 
G
S
 
N
C
 
V
V
 
I
S
 
D
V
 
L
C
|
C
P
 
P
V
|
V
G
 
G
A
 
A
L
|
L
I
 
T
S
 
S
R
 
K
P
 
P
F
 
Y
K
 
A
F
 
F
K
 
R
A
 
A
R
 
R
W
 
P
W
 
W
S
 
E
L
 
L
N
 
K
K
 
R
V
 
T
K
 
E
T
 
S
V
 
I
C
 
D
S
 
V
Y
 
L
C
 
D
G
 
G
T
 
L
G
 
G
C
 
S
Q
 
N
L
 
I
T
 
R
L
 
V
G
 
D
V
 
S
K
 
R
D
 
G
N
 
L
K
 
E
V
 
V
L
 
M
T
 
R
T
 
I
I
 
L
Y
 
P
D
 
R
E
 
L
N
 
N
Q
 
D
G
 
D
F
 
V
H
 
N
N
 
E
G
 
E
Q
 
W
L
 
I
C
 
N
T
 
D
R
 
K
G
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
Y
 
C
Q
 
D
F
 
G
V
 
L
N
 
K
S
 
T
D
 
-
N
 
Q
R
 
R
L
 
L
T
 
T
T
 
M
P
 
P
L
 
L
I
 
V
R
 
R
K
 
R
N
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
F
V
 
E
E
 
P
A
 
A
S
 
T
W
 
W
E
 
E
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
S
 
T
L
 
E
V
 
I
A
 
A
D
 
H
R
 
A
L
 
Y
R
 
Q
-
 
T
-
 
L
E
 
A
A
 
P
K
 
K
A
 
E
S
 
N
G
 
E
A
 
F
D
 
K
S
 
V
V
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
-
V
 
-
T
 
-
P
 
-
R
 
Q
L
 
L
T
 
V
N
 
E
E
 
V
E
 
E
L
 
S
F
 
L
L
 
V
Y
 
A
G
 
M
K
 
K
L
 
D
F
 
L
R
 
A
E
 
N
T
 
R
L
 
L
G
 
G
S
 
S
E
 
E
N
 
N
I
 
L
D
 
A
H
 
L
S
 
D
A
 
F
G
 
P
F
 
G
A
 
G
H
 
S
S
 
Q
A
 
P
L
 
L
T
 
A
S
 
H
G
 
G
A
 
V
L
 
D
E
 
I
S
 
R
L
 
S
G
 
N
Y
 
Y
A
 
L
A
 
F
S
 
N
P
 
-
S
 
S
T
 
K
I
 
I
A
 
W
D
 
G
I
 
I
Q
 
E
K
 
E
T
 
A
D
 
D
L
 
A
L
 
I
L
 
L
V
 
L
V
 
V
K
 
G
T
 
T
D
 
N
A
 
P
Y
 
R
E
 
H
T
 
E
H
 
A
P
 
A
V
 
V
L
 
L
G
 
N
F
 
A
E
 
R
I
 
I
N
 
R
L
 
K
G
 
Q
V
 
W
K
 
L
R
 
R
K
 
S
D
 
D
V
 
L
D
 
E
L
 
I
R
 
A
I
 
A
V
 
V
S
 
G
D
 
Q
K
 
-
R
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
S
 
-
K
 
-
L
 
-
P
 
P
K
 
W
A
 
E
K
 
S
T
 
T
-
 
F
-
 
D
Y
 
Y
V
 
E
H
 
H
K
 
L
P
 
G
G
 
T
N
 
D
E
 
L
V
 
A
V
 
A
L
 
L
L
 
K
N
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
S
K
 
-
A
 
-
I
 
-
I
 
-
D
 
-
E
 
-
N
 
-
L
 
-
V
 
-
D
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
T
 
-
T
 
-
V
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
-
K
 
-
Q
 
-
T
 
-
L
 
-
E
 
-
S
 
-
Y
 
-
A
 
-
P
 
-
S
 
-
K
 
-
V
 
-
A
 
-
E
 
-
A
 
-
C
 
-
G
 
G
M
 
P
S
 
F
A
 
G
D
 
E
E
 
K
I
 
L
K
 
K
A
 
-
L
 
-
A
 
-
S
 
-
D
 
-
Y
 
-
A
 
-
K
 
K
A
 
A
E
 
K
K
 
R
A
 
P
L
 
M
I
 
I
L
 
I
L
 
V
P
 
G
I
 
S
G
 
G
L
 
V
G
 
T
Y
 
E
S
 
H
G
 
P
H
 
D
G
 
A
K
 
K
E
 
A
L
 
F
A
 
Y
Q
 
E
A
 
T
V
 
V
I
 
W
N
 
S
L
 
F
A
 
V
L
 
E
-
 
K
-
 
N
L
 
A
T
 
S
G
 
N
R
 
F
I
 
L
G
 
T
K
 
E
E
 
E
G
 
W
C
 
C
G
 
G
V
 
Y
L
 
N
I
 
V
M
 
L
G
 
Q
E
 
R
K
 
A
N
 
A
N
 
S
S
 
R
Q
 
A
G
 
G
A
 
A
L
 
F
D
 
E
M
 
V
G
 
G
I
 
F
Y
 
V
P
 
V
T
 
P
S
 
S
K
 
P
G
 
-
K
 
-
N
 
-
A
 
-
A
 
-
T
 
-
I
 
-
I
 
-
D
 
-
S
 
E
C
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
T
T
 
K
V
 
P
K
 
K
A
 
F
L
 
V
Y
 
W
V
 
L
A
 
L
G
 
G
E
 
A
N
 
D
P
 
E
V
 
F
I
 
D
S
 
P
Y
 
-
P
 
-
N
 
-
R
 
-
K
 
-
K
 
-
I
 
-
E
 
-
A
 
A
A
 
D
L
 
V
D
 
P
K
 
K
V
 
D
E
 
A
F
 
F
L
 
I
V
 
V
V
 
Y
Q
 
Q
D
 
G
L
 
H
F
 
H
L
 
G
T
 
D
E
 
R
T
 
G
A
 
A
E
 
E
K
 
I
A
 
A
H
 
D
V
 
I
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
G
C
 
A
S
 
A
F
 
Y
A
 
T
E
 
E
K
 
K
D
 
A
G
 
G
T
 
T
F
 
Y
T
 
V
S
 
N
V
 
T
G
 
E
R
 
G
T
 
R
V
 
V
Q
 
Q
R
 
M
V
 
T
N
 
R
K
 
A
A
 
A
I
 
T
K
 
G
P
 
L
I
 
P
G
 
G
L
 
A
S
 
A
R
 
R
S
 
T
D
 
D
L
 
W
D
 
K
I
 
I
L
 
I
S
 
R
S
 
A
L
 
V
N
 
S
G
 
E
I
 
F
L
 
L
G
 
G
-
 
V
G
 
P
T
 
L
T
 
P
Y
 
Y
A
 
D
N
 
D
A
 
V
S
 
A
E
 
Q
V
 
L
F
 
R
A
 
D
E
 
R
I
 
M
A
 
A
E
 
E
N
 
I
V
 
S
P
 
P

Q56223 NADH-quinone oxidoreductase subunit 3; NADH dehydrogenase I chain 3; NDH-1 subunit 3; EC 7.1.1.- from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see 2 papers)
28% identity, 81% coverage: 1:670/828 of query aligns to 1:649/783 of Q56223

query
sites
Q56223
M
 
M
V
 
V
N
 
R
L
 
V
T
 
K
I
 
V
D
 
N
D
 
D
K
 
R
K
 
I
V
 
V
T
 
E
V
 
V
P
 
P
K
 
P
D
 
G
A
 
T
T
 
S
I
 
V
F
 
M
D
 
D
A
 
A
A
 
V
K
 
F
S
 
H
A
 
A
G
 
G
I
 
Y
K
 
D
I
 
V
P
 
P
I
 
L
L
 
F
C
|
C
H
 
S
D
 
E
K
 
K
K
 
H
L
 
L
H
 
S
P
 
P
F
 
I
G
 
G
G
 
A
C
|
C
R
 
R
M
 
M
C
|
C
L
 
L
V
 
V
E
 
R
V
 
I
E
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
K
-
 
K
-
 
G
-
 
P
-
 
D
-
 
G
-
 
K
-
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
N
-
 
E
-
 
K
-
 
G
-
 
E
-
 
P
-
 
E
-
 
I
Q
 
Q
M
 
W
K
 
Q
G
 
P
R
 
K
L
 
L
I
 
A
P
 
A
A
 
S
C
|
C
T
 
V
T
 
T
P
 
A
V
 
V
T
 
A
E
 
D
G
 
G
M
 
M
T
 
V
V
 
V
T
 
D
T
 
T
T
 
L
T
 
S
P
 
D
E
 
V
I
 
V
I
 
R
K
 
E
A
 
A
R
 
Q
K
 
A
M
 
G
V
 
M
L
 
V
E
 
E
L
 
F
L
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
N
H
|
H
P
 
P
I
 
L
D
 
D
C
 
C
P
 
P
V
 
T
C
 
C
D
 
D
A
 
K
A
 
G
G
 
G
D
 
A
C
 
C
D
 
E
L
 
L
Q
 
Q
N
 
D
L
 
R
T
 
T
Y
 
V
E
 
E
Y
 
Y
-
 
G
-
 
L
-
 
Y
-
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
Y
-
 
Q
-
 
K
-
 
G
-
 
P
-
 
L
-
 
E
-
 
L
-
 
P
-
 
V
-
 
Y
-
 
T
K
 
R
V
 
F
N
 
E
T
 
F
N
 
T
K
 
R
F
 
R
H
 
H
D
 
V
E
 
D
K
 
K
F
 
-
H
 
H
H
 
H
K
 
P
I
 
L
D
 
-
Y
 
-
E
 
-
N
 
S
P
 
P
L
 
F
I
 
V
E
 
I
R
 
L
D
 
D
M
 
R
N
 
E
R
 
R
C
|
C
I
 
I
H
 
H
C
|
C
G
 
K
K
 
R
C
|
C
A
 
V
R
 
R
I
 
Y
C
 
F
D
 
E
E
 
E
I
 
V
V
 
P
S
 
G
Y
 
D
G
 
E
A
 
V
Y
 
L
T
 
D
F
 
F
I
 
I
S
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
V
E
 
H
A
 
T
K
 
F
M
 
I
G
 
G
T
 
T
E
 
-
F
 
M
D
 
D
G
 
F
P
 
G
L
 
L
N
 
P
C
 
S
E
 
G
F
 
F
C
 
S
G
 
G
S
 
N
C
 
I
V
 
T
S
 
D
V
 
I
C
|
C
P
 
P
V
 
V
G
 
G
A
 
A
L
 
L
I
 
L
S
 
D
R
 
L
P
 
T
F
 
A
K
 
R
F
 
F
K
 
R
A
 
A
R
 
R
W
 
N
W
 
W
S
 
E
L
 
M
N
 
E
K
 
E
V
 
T
K
 
P
T
 
T
V
 
T
C
|
C
S
 
A
Y
 
L
C
|
C
G
 
P
T
 
V
G
 
G
C
|
C
Q
 
G
L
 
I
T
 
T
L
 
A
G
 
D
V
 
T
K
 
R
D
 
S
N
 
G
K
 
E
V
 
L
L
 
L
T
 
R
T
 
I
I
 
R
Y
 
A
D
 
R
E
 
E
N
 
V
Q
 
P
G
 
E
F
 
V
H
 
N
N
 
E
G
 
I
Q
 
W
L
 
I
C
|
C
T
 
D
R
 
A
G
 
G
R
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
H
Q
 
E
F
 
W
V
 
A
N
 
D
S
 
Q
D
 
-
N
 
N
R
 
R
L
 
L
T
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
V
R
 
R
K
 
K
N
 
E
G
 
G
K
 
R
L
 
L
V
 
V
E
 
E
A
 
A
S
 
T
W
 
W
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
F
S
 
L
L
 
A
V
 
L
A
 
K
D
 
E
R
 
G
L
 
L
R
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
R
A
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
G
D
 
E
S
 
E
V
 
V
A
 
G
G
 
L
L
 
Y
V
 
L
T
 
A
P
 
H
R
 
D
L
 
A
T
 
T
N
 
L
E
 
E
E
 
E
L
 
G
F
 
L
L
 
L
Y
 
A
G
 
S
K
 
E
L
 
L
F
 
A
R
 
K
E
 
-
T
 
A
L
 
L
G
 
K
S
 
T
E
 
P
N
 
H
I
 
L
D
 
D
H
 
F
S
 
Q
A
 
G
G
 
R
F
 
T
A
 
A
H
 
A
S
 
P
A
 
A
-
 
S
-
 
L
L
 
F
T
 
P
S
 
P
G
 
A
A
 
S
L
 
L
E
 
E
S
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
Q
-
 
A
-
 
D
-
 
F
-
 
A
-
 
L
-
 
V
L
 
L
G
 
G
Y
 
D
A
 
P
A
 
T
S
 
E
P
 
E
S
 
A
T
 
P
I
 
I
A
 
L
D
 
H
I
 
L
Q
 
R
K
 
L
T
 
S
D
 
E
L
 
F
L
 
V
L
 
R
V
 
D
V
 
L
K
 
K
T
 
P
D
 
P
A
 
H
Y
 
R
E
 
Y
T
 
N
H
 
H
-
 
G
-
 
T
P
 
P
V
 
F
L
 
A
G
 
D
F
 
L
E
 
Q
I
 
I
N
 
K
L
 
E
G
 
R
V
 
M
K
 
P
R
 
R
K
 
R
D
 
T
V
 
D
D
 
K
L
 
M
R
 
A
I
 
L
V
 
F
S
 
A
D
 
P
K
 
Y
R
 
R
G
 
A
K
 
P
L
 
L
S
 
M
K
 
K
L
 
W
P
 
-
K
 
A
A
 
A
K
 
I
T
 
H
Y
 
E
V
 
V
H
 
H
K
 
R
P
 
P
G
 
G
N
 
E
E
 
E
V
 
R
V
 
E
L
 
I
L
 
L
N
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
-
K
 
-
A
 
-
I
 
-
I
 
-
D
 
-
E
 
-
N
 
-
L
 
L
V
 
G
D
 
D
A
 
-
A
 
-
A
 
-
T
 
-
T
 
-
V
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
-
K
 
K
Q
 
E
T
 
G
L
 
S
E
 
E
S
 
M
Y
 
V
A
 
A
P
 
K
S
 
A
K
 
K
V
 
E
A
 
A
E
 
-
A
 
-
C
 
-
G
 
-
M
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
-
E
 
-
I
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
S
 
-
D
 
-
Y
 
W
A
 
E
K
 
K
A
 
A
E
 
K
K
 
N
A
 
P
L
 
V
I
 
L
L
 
I
L
 
L
P
 
G
I
 
A
G
 
G
L
 
V
G
 
L
Y
 
Q
S
 
D
G
 
T
H
 
V
G
 
A
K
 
A
E
 
E
L
 
R
A
 
A
Q
 
R
A
 
L
V
 
L
I
 
A
N
 
E
L
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
T
 
-
G
 
-
R
 
-
I
 
-
G
 
-
K
 
R
E
 
K
G
 
G
C
 
A
G
 
K
V
 
V
L
 
L
I
 
A
M
 
M
G
 
T
E
 
P
K
 
A
N
 
A
N
 
N
S
 
A
Q
 
R
G
 
G
A
 
L
L
 
E
D
 
A
M
 
M
G
 
G
I
 
V
Y
 
L
P
 
P
T
 
G
S
 
A
K
 
K
G
 
G
K
 
-
N
 
-
A
 
-
A
 
-
T
 
-
I
 
-
I
 
-
D
 
-
S
 
-
C
 
A
A
 
S
A
 
W
G
 
D
T
 
E
V
 
P
K
 
G
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
V
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
N
 
-
P
 
-
V
 
-
I
 
-
S
 
A
Y
 
Y
P
 
Y
N
 
G
R
 
F
K
 
V
K
 
P
I
 
P
E
 
E
A
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
K
K
 
G
V
 
K
E
 
R
F
 
F
L
 
V
V
 
V
V
 
M
Q
 
H
D
 
L
L
 
S
F
 
H
L
 
L
T
 
H
E
 
P
T
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
R
-
 
Y
A
 
A
H
 
H
V
 
V
V
 
V
L
 
L
P
 
P
A
 
A
C
 
P
S
 
T
F
 
F
A
 
Y
E
 
E
K
 
K
D
 
R
G
 
G
T
 
H
F
 
L
T
 
V
S
 
N
V
 
L
G
 
E
R
 
G
T
 
R
V
 
V
Q
 
L
R
 
P
V
 
L
N
 
S
K
 
P
A
 
A
I
 
P
K
 
I
P
 
E
I
 
N
G
 
G
L
 
E
S
 
A
R
 
E
S
 
G
D
 
A
L
 
L
D
 
Q
I
 
V
L
 
L
S
 
A
S
 
L
L
 
L
N
 
A
G
 
E
I
 
A
L
 
L
G
 
G

7t30A Structure of electron bifurcating ni-fe hydrogenase complex hydabcsl in fmn/NAD(h) bound state (see paper)
28% identity, 81% coverage: 2:670/828 of query aligns to 4:637/666 of 7t30A

query
sites
7t30A
V
 
I
N
 
T
L
 
L
T
 
T
I
 
I
D
 
D
D
 
G
K
 
K
K
 
V
V
 
C
T
 
K
V
 
G
P
 
V
K
 
Q
D
 
G
A
 
D
T
 
T
I
 
I
F
 
L
D
 
D
A
 
V
A
 
A
K
 
N
S
 
K
A
 
N
G
 
D
I
 
V
K
 
Y
I
 
I
P
 
P
I
 
T
L
 
L
C
|
C
H
 
Y
D
 
Q
K
 
K
K
 
G
L
 
L
H
 
T
P
 
P
F
 
I
G
|
G
G
 
A
C
|
C
R
|
R
M
 
M
C
|
C
L
 
V
V
 
V
E
 
Q
V
 
L
E
 
E
Q
 
G
M
 
-
K
 
N
G
 
P
R
 
K
L
 
M
I
 
L
P
 
P
A
 
S
C
|
C
T
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
A
T
 
Q
E
 
D
G
 
G
M
 
M
T
 
V
V
 
V
T
 
V
T
 
T
T
 
K
T
 
N
P
 
E
E
 
K
I
 
L
I
 
K
K
 
D
A
 
Y
R
 
R
K
 
R
M
 
Q
V
 
I
L
 
L
E
 
E
L
 
L
L
 
L
L
x
F
L
 
A
K
 
G
H
 
R
P
 
N
I
x
H
D
x
F
C
|
C
P
 
M
V
 
Y
C
|
C
D
 
S
A
x
Q
A
 
S
G
 
G
D
 
D
C
|
C
D
 
E
L
 
L
Q
 
Q
N
 
R
L
 
L
T
 
A
Y
 
I
E
 
E
Y
 
H
K
 
E
V
 
M
N
 
D
T
 
S
N
 
V
K
 
R
F
 
F
H
 
P
D
 
Y
E
 
L
K
 
Y
F
 
E
H
 
D
H
 
F
K
 
E
I
 
V
D
 
D
Y
 
A
E
 
T
N
 
D
P
 
P
L
 
N
I
x
L
E
 
M
R
 
M
D
 
D
M
 
H
N
 
N
R
|
R
C
|
C
I
 
V
H
x
L
C
|
C
G
x
Q
K
 
R
C
|
C
A
 
I
R
 
R
I
 
T
C
|
C
D
 
S
E
 
E
I
 
I
V
 
V
S
 
G
Y
 
A
G
 
H
A
 
T
Y
 
L
T
 
D
F
 
L
I
 
E
S
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
W
E
 
Q
A
 
A
K
 
K
-
 
V
-
 
I
-
 
A
-
 
D
M
 
L
G
 
G
T
 
K
E
 
R
F
 
L
D
 
R
G
 
E
P
 
S
L
 
D
N
 
T
C
|
C
E
x
V
F
x
N
C
|
C
G
|
G
S
x
A
C
|
C
V
 
A
S
 
Q
V
 
S
C
|
C
P
|
P
V
x
T
G
|
G
A
x
T
L
x
I
I
 
T
S
 
I
R
 
R
P
 
E
F
 
F
K
 
A
F
 
Y
K
 
R
A
 
G
R
 
R
W
 
R
W
 
S
S
 
E
L
 
C
N
 
D
K
 
A
-
 
V
V
 
V
K
 
E
T
 
S
V
 
V
C
|
C
S
 
P
Y
 
L
C
|
C
G
 
A
T
 
V
G
|
G
C
|
C
Q
 
K
L
 
I
T
 
K
L
 
T
G
 
Y
V
 
V
K
 
R
D
 
T
N
 
G
K
 
S
V
 
I
L
 
V
T
 
R
-
 
V
-
 
E
-
 
G
T
 
T
I
 
G
Y
 
V
D
 
E
E
 
E
N
 
P
Q
 
D
G
 
G
F
 
-
H
 
-
N
 
-
G
 
G
Q
 
Q
L
|
L
C
|
C
T
 
H
R
 
M
G
 
G
R
 
R
F
 
W
G
 
W
Y
 
L
Q
 
P
F
 
E
V
 
S
N
 
T
S
 
E
D
 
R
N
 
E
R
 
R
L
 
V
T
 
T
T
 
V
P
 
P
L
 
L
I
 
I
R
 
R
K
 
E
N
 
G
G
 
A
K
 
S
L
 
Y
V
 
R
E
 
E
A
 
A
S
 
T
W
 
W
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
S
 
A
L
 
L
V
 
A
A
 
S
D
 
A
R
 
E
L
 
F
R
 
K
E
 
-
A
 
-
K
 
K
A
 
A
S
 
Y
G
 
D
A
 
Q
D
 
E
S
 
K
V
 
A
A
 
G
G
 
A
L
 
I
V
 
L
T
 
S
P
 
S
R
 
L
L
 
C
T
 
T
N
 
D
E
 
E
E
 
E
L
 
L
F
 
T
L
 
L
Y
 
F
G
 
S
K
 
A
L
 
L
F
 
F
R
 
R
E
 
N
T
 
A
L
 
L
G
 
K
S
 
M
E
 
K
N
 
H
I
 
I
D
 
D
H
 
T
S
 
F
A
 
D
G
 
G
F
 
D
A
 
I
H
 
I
S
 
R
A
 
G
L
 
F
T
 
F
S
 
K
G
 
G
A
 
F
L
 
M
E
 
P
S
 
F
L
 
R
G
 
E
Y
 
Q
A
 
G
A
 
V
S
 
R
P
 
P
S
 
F
T
 
T
I
 
A
A
 
A
-
 
H
D
 
H
I
 
I
Q
 
L
K
 
D
T
 
S
D
 
D
L
 
L
L
 
I
L
 
I
V
 
T
V
 
M
K
 
F
T
 
A
D
 
D
A
 
P
Y
 
Q
E
 
K
T
 
E
H
 
A
P
 
P
V
|
V
L
 
V
G
 
A
F
 
S
E
 
Y
I
 
I
N
 
R
L
 
V
G
 
A
V
 
C
K
 
L
R
 
H
K
 
R
D
 
N
V
 
A
D
 
K
L
 
L
R
 
M
I
 
N
V
 
L
S
 
S
D
 
-
K
 
-
R
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
S
 
-
K
 
-
L
 
-
P
 
-
K
 
-
A
 
-
K
 
-
T
 
-
Y
 
Y
V
 
G
H
 
P
K
 
S
P
 
P
G
 
F
N
 
P
E
 
G
V
 
L
V
 
V
L
 
D
L
 
L
N
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
K
 
-
A
 
-
I
 
-
I
 
-
D
 
D
E
 
I
N
 
R
L
 
L
V
 
P
D
 
E
A
 
G
A
 
Q
A
 
A
T
 
V
T
 
P
V
 
K
A
 
A
G
 
-
L
 
L
D
 
S
E
 
N
L
 
L
K
 
A
Q
 
E
T
 
I
L
 
I
E
 
G
S
 
K
Y
 
I
A
 
S
P
 
I
S
 
E
K
 
E
V
 
S
A
 
A
E
 
R
A
 
A
C
 
M
G
 
G
M
 
L
S
 
D
A
 
P
D
 
K
E
 
I
I
 
A
K
 
E
A
 
E
L
 
V
A
 
A
S
 
L
D
 
M
Y
 
L
A
 
I
K
 
S
A
 
A
E
 
R
K
 
R
A
 
P
L
 
I
I
 
F
L
 
I
L
 
-
P
 
-
I
 
I
G
 
G
L
 
-
G
 
G
Y
 
R
S
 
A
G
 
T
H
 
K
G
 
S
K
 
H
E
 
E
L
 
L
A
 
V
Q
 
T
A
 
A
V
 
A
I
 
C
N
 
N
L
 
L
A
 
A
L
 
V
L
 
A
T
 
S
G
 
K
R
 
A
I
 
F
G
 
F
K
 
E
E
 
D
G
 
G
C
 
L
G
 
G
V
 
V
L
 
V
I
 
P
M
 
L
G
 
L
E
 
V
K
 
S
N
 
A
N
 
N
S
 
S
Q
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
R
D
 
N
M
 
T
G
 
V
I
 
V
Y
 
S
P
 
E
T
 
N
S
 
P
K
 
W
-
 
L
G
 
G
K
 
R
N
 
E
A
 
R
A
 
R
T
 
D
I
 
F
I
 
-
D
 
-
S
 
-
C
 
-
A
 
-
A
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
L
Y
 
Y
V
 
V
A
 
F
G
 
S
E
 
T
N
 
A
P
 
M
V
 
V
I
 
-
S
 
-
Y
 
-
P
 
P
N
 
E
R
 
E
K
 
E
K
 
E
I
 
I
E
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
I
D
 
S
K
 
A
V
 
T
E
 
R
F
 
F
L
 
V
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
D
 
T
L
 
P
F
 
F
-
 
K
L
 
V
T
 
R
E
 
P
T
 
L
A
 
V
E
 
N
K
 
L
A
 
A
H
 
D
V
 
I
V
 
L
L
 
L
P
 
P
A
 
A
C
 
P
S
 
A
F
 
W
A
 
Y
E
 
E
K
 
R
D
 
S
G
 
G
T
 
H
F
 
F
T
 
C
S
 
T
V
 
I
G
 
E
R
 
G
T
 
E
V
 
R
Q
 
R
R
 
K
V
 
L
N
 
N
K
 
T
A
 
I
I
 
V
K
 
P
P
 
P
I
 
K
G
 
G
L
 
E
S
 
I
R
 
K
S
 
S
D
 
L
L
 
H
D
 
Y
I
 
V
L
 
M
S
 
D
S
 
E
L
 
F
N
 
A
G
 
K
I
 
K
L
 
L
G
 
G

7arcG Cryo-em structure of polytomella complex-i (peripheral arm) (see paper)
33% identity, 47% coverage: 6:392/828 of query aligns to 10:385/682 of 7arcG

query
sites
7arcG
I
 
V
D
 
N
D
 
G
K
 
E
K
 
A
V
 
V
T
 
V
V
 
V
P
 
P
K
 
K
D
 
N
A
 
F
T
 
T
I
 
V
F
 
L
D
 
Q
A
 
A
A
 
C
K
 
D
S
 
A
A
 
A
G
 
G
I
 
V
K
 
D
I
 
V
P
 
P
I
x
R
L
 
F
C
|
C
H
x
Y
D
 
H
K
 
Q
K
 
R
L
 
L
H
 
S
P
 
I
F
 
A
G
|
G
G
 
N
C
|
C
R
|
R
M
 
M
C
|
C
L
 
L
V
 
V
E
 
E
V
 
I
E
 
E
Q
 
K
M
 
A
K
 
P
G
 
-
R
 
K
L
 
P
I
 
V
P
 
A
A
 
S
C
|
C
T
 
A
T
 
F
P
 
P
V
 
A
T
 
G
E
 
P
G
 
G
M
 
M
T
 
K
V
 
I
T
 
K
T
 
T
T
 
D
T
 
T
P
 
P
E
 
V
I
 
I
I
 
K
K
 
K
A
 
A
R
 
R
K
 
E
M
 
G
V
 
V
L
 
M
E
 
E
L
 
F
L
 
L
L
 
L
L
 
I
K
 
N
H
|
H
P
 
P
I
 
L
D
|
D
C
|
C
P
 
P
V
 
I
C
|
C
D
 
D
A
x
Q
A
 
G
G
 
G
D
 
E
C
|
C
D
 
D
L
 
L
Q
|
Q
N
 
D
L
 
Q
T
 
A
Y
 
M
E
 
I
Y
 
F
K
 
G
V
 
S
N
 
D
T
 
R
N
 
S
K
 
R
F
 
F
H
 
I
D
 
E
E
 
Y
K
 
K
F
 
R
H
 
A
H
 
V
K
 
A
I
 
D
D
 
K
Y
 
N
E
 
L
N
 
G
P
 
P
L
 
L
I
 
I
E
 
K
R
 
T
D
 
S
M
 
M
N
 
N
R
 
R
C
|
C
I
|
I
H
 
H
C
|
C
G
 
T
K
 
R
C
|
C
A
 
V
R
 
R
I
 
F
C
 
T
D
 
H
E
 
E
I
 
V
V
 
A
S
 
G
Y
 
T
G
 
S
A
 
E
Y
 
L
T
 
G
F
 
I
I
 
T
S
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
R
E
 
D
A
 
S
K
 
E
M
 
V
G
 
G
T
 
T
E
 
Y
F
 
I
D
 
E
G
 
K
P
 
L
L
 
H
N
 
S
C
 
S
E
 
E
F
 
L
C
 
S
G
 
G
S
 
N
C
 
V
V
 
I
S
 
D
V
 
L
C
|
C
P
 
P
V
|
V
G
 
G
A
|
A
L
|
L
I
 
L
S
 
S
R
 
K
P
 
P
F
 
Y
K
 
A
F
 
F
K
 
T
A
 
A
R
 
R
W
 
S
W
 
W
S
 
E
L
 
L
N
 
K
K
 
G
V
 
T
K
 
E
T
 
T
V
 
I
C
 
D
S
 
V
Y
 
S
C
 
D
G
 
A
T
 
L
G
 
G
C
 
S
Q
 
N
L
 
I
T
 
K
L
 
V
G
 
D
V
 
C
K
 
R
D
 
G
N
 
T
K
 
E
V
 
V
L
 
M
T
 
R
T
 
I
I
 
T
Y
 
P
D
 
R
E
 
L
N
 
N
Q
 
D
G
 
A
F
 
I
H
 
N
N
 
E
G
 
E
Q
 
W
L
 
L
C
 
S
T
 
D
R
 
K
G
 
G
R
 
R
F
 
F
G
 
Q
Y
 
Y
Q
 
D
F
 
G
V
 
L
N
x
K
S
 
R
D
 
-
N
x
Q
R
|
R
L
 
L
T
x
N
T
 
T
P
 
P
L
 
L
I
 
V
R
 
K
K
 
G
N
 
A
G
 
K
K
 
G
L
 
L
V
 
E
E
 
N
A
 
A
S
 
T
W
 
W
E
 
S
E
 
A
A
 
A
L
 
F
S
 
D
L
 
A
V
 
I
A
 
R
D
 
T
R
 
A
L
 
I
R
 
A
E
 
G
A
 
A
K
 
K
A
 
G
S
 
N
G
 
E
A
 
L
D
 
K
S
 
A
V
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
-
V
 
-
T
 
-
P
 
-
R
 
K
L
 
L
T
 
A
N
 
D
E
 
A
E
 
E
L
 
S
F
 
M
L
 
I
Y
 
A
G
 
L
K
 
K
L
 
D
F
 
L
R
 
F
E
 
N
T
 
K
L
 
L
G
 
G
S
 
S
E
 
G
N
 
N
I
 
L
D
 
I
H
 
H
S
 
E
A
 
D
G
 
G
F
 
-
A
 
-
H
 
-
S
 
S
A
 
A
L
 
T
T
 
L
S
 
S
G
 
A
A
 
D
L
 
V
E
 
R
S
 
S
L
 
-
G
 
S
Y
 
Y
A
 
I
A
 
A
S
 
N
P
 
-
S
 
T
T
 
T
I
 
I
A
 
A
D
 
S
I
 
I
Q
 
E
K
 
K
T
 
A
D
 
D
L
 
V
L
 
I
L
 
L
V
 
L
V
 
V
K
 
G
T
 
T
D
 
N
A
 
P
Y
 
R
E
 
F
T
 
E
H
 
S
P
 
P
V
 
V
L
 
F

Sites not aligning to the query:

7nyrG Respiratory complex i from escherichia coli - conformation 1 (see paper)
28% identity, 79% coverage: 1:651/828 of query aligns to 1:636/907 of 7nyrG

query
sites
7nyrG
M
 
M
V
 
A
N
 
T
L
 
I
T
 
H
I
 
V
D
 
D
D
 
G
K
 
K
K
 
E
V
 
Y
T
 
E
V
 
V
P
 
N
K
 
G
D
 
A
A
 
D
T
 
N
I
 
L
F
 
L
D
 
E
A
 
A
A
 
C
K
 
L
S
 
S
A
 
L
G
 
G
I
 
L
K
 
D
I
 
I
P
 
P
I
 
Y
L
 
F
C
|
C
H
x
W
D
 
H
K
 
P
K
 
A
L
 
L
H
 
G
P
 
S
F
 
V
G
 
G
G
 
A
C
|
C
R
|
R
M
 
Q
C
|
C
L
 
A
V
 
V
E
 
K
-
 
Q
-
 
Y
-
 
Q
-
 
N
V
 
A
E
 
E
Q
 
D
M
 
T
K
 
R
G
 
G
R
 
R
L
 
L
I
 
V
P
x
M
A
 
S
C
|
C
T
 
M
T
 
T
P
 
P
V
 
A
T
 
S
E
 
D
G
 
G
M
 
T
T
 
F
V
 
I
T
 
S
T
 
I
T
 
D
T
 
D
P
 
E
E
 
E
I
 
A
I
 
K
K
 
Q
A
 
F
R
 
R
K
 
E
M
 
S
V
 
V
L
 
V
E
 
E
L
 
W
L
 
L
L
 
M
L
 
T
K
 
N
H
|
H
P
 
P
I
 
H
D
|
D
C
|
C
P
 
P
V
 
V
C
|
C
D
 
E
A
 
E
A
x
G
G
 
G
D
 
N
C
|
C
D
 
H
L
 
L
Q
|
Q
N
 
D
L
 
M
T
 
T
Y
 
V
E
 
M
Y
 
T
K
 
G
V
 
H
N
 
S
T
 
F
N
 
R
K
 
R
F
 
Y
H
 
R
D
 
F
E
 
T
K
 
K
F
 
R
H
 
T
H
 
H
K
 
R
I
 
N
D
 
Q
Y
 
D
E
 
L
N
 
G
P
 
P
L
 
F
I
 
I
E
 
S
R
 
H
D
 
E
M
 
M
N
 
N
R
 
R
C
|
C
I
|
I
H
x
A
C
|
C
G
x
Y
K
 
R
C
|
C
A
 
V
R
 
R
I
 
Y
C
 
Y
D
 
K
E
 
D
I
 
Y
V
 
A
S
 
D
-
 
G
-
 
T
-
 
D
-
 
L
-
 
G
-
 
V
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
Y
 
H
T
 
D
F
 
N
I
 
V
S
 
Y
R
 
-
G
 
-
I
 
-
E
 
-
A
 
-
K
 
-
M
x
F
G
 
G
T
 
R
E
 
P
F
 
E
D
 
D
G
 
G
P
 
T
L
 
L
N
 
E
C
 
S
E
 
E
F
 
F
C
 
S
G
 
G
S
 
N
C
 
L
V
 
V
S
 
E
V
 
I
C
|
C
P
 
P
V
 
T
G
|
G
A
x
V
L
x
F
I
 
T
S
 
D
R
 
K
P
 
T
F
 
H
K
 
S
F
 
E
K
 
R
-
 
Y
A
 
N
R
 
R
W
 
K
W
 
W
S
 
D
L
 
M
N
 
Q
K
 
F
V
 
A
K
 
P
T
 
S
V
 
I
C
|
C
S
 
Q
Y
 
Q
C
|
C
G
 
S
T
x
I
G
 
G
C
|
C
Q
 
N
L
 
I
T
 
S
L
 
P
G
 
G
V
 
E
K
 
R
D
 
Y
N
 
G
K
 
E
V
 
L
L
 
R
T
 
R
T
 
I
I
 
E
Y
 
N
D
 
R
E
 
Y
N
 
N
Q
 
G
G
 
T
F
 
V
H
 
N
N
 
H
G
 
Y
Q
 
F
L
 
L
C
|
C
T
 
D
R
 
R
G
|
G
R
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
G
F
 
Y
V
 
V
N
 
N
S
 
L
D
 
K
N
 
D
R
 
R
L
 
P
T
 
R
T
 
Q
P
 
P
L
 
V
I
 
Q
R
 
R
K
 
R
N
 
G
G
 
D
K
 
D
L
 
F
V
 
I
E
 
T
A
 
L
S
 
N
W
 
A
E
 
E
E
 
Q
A
 
A
L
 
M
S
 
Q
L
 
G
V
 
A
A
 
A
D
 
D
R
 
I
L
 
L
R
 
R
E
 
Q
A
 
S
K
 
K
A
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
-
D
 
-
S
 
K
V
 
V
A
 
I
G
 
G
L
 
I
V
 
G
T
 
S
P
 
P
R
 
R
L
 
A
T
 
S
N
 
V
E
 
E
E
 
S
L
 
N
F
 
F
L
 
A
Y
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
F
 
L
R
 
R
E
 
E
T
 
L
L
 
V
G
 
G
S
 
E
E
 
E
N
 
N
I
 
F
D
 
Y
H
 
T
S
 
G
A
 
I
G
 
A
F
 
H
A
 
G
H
 
E
S
 
Q
A
 
E
L
 
R
T
 
L
S
 
Q
G
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
K
S
 
V
L
 
L
-
 
R
-
 
E
G
 
G
Y
 
G
A
 
I
A
 
Y
S
 
T
P
 
P
S
 
A
T
 
-
I
 
L
A
 
R
D
 
E
I
 
I
Q
 
E
K
 
S
T
 
Y
D
 
D
L
 
A
L
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
L
K
 
G
T
 
E
D
 
D
A
 
V
Y
 
T
E
 
Q
T
 
T
H
 
G
P
 
A
V
 
R
L
 
V
G
 
A
F
 
L
E
 
A
I
 
V
N
 
R
L
 
Q
G
 
A
V
 
V
K
 
K
R
 
G
K
 
K
D
 
A
V
 
R
D
 
E
L
 
M
-
 
A
-
 
A
-
 
A
R
 
Q
I
 
K
V
 
V
S
 
A
D
 
D
K
 
W
R
 
Q
-
 
I
-
 
A
-
 
A
-
 
I
-
 
L
-
 
N
-
 
I
G
 
G
K
 
Q
L
 
R
S
 
A
K
 
K
L
 
H
P
 
P
K
 
L
A
 
F
K
 
V
T
 
T
Y
 
N
V
 
V
H
 
-
K
 
-
P
 
-
G
 
-
N
 
-
E
 
D
V
 
D
V
 
T
L
 
R
L
 
L
N
 
D
A
 
D
L
 
I
A
 
A
K
 
A
A
 
W
I
 
T
I
 
Y
D
 
R
E
 
A
N
 
P
L
 
V
V
 
E
D
 
D
A
 
Q
A
 
A
A
 
R
T
 
L
T
 
G
V
 
F
A
 
A
G
 
-
L
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
I
K
 
A
Q
 
H
T
 
A
L
 
L
E
 
D
S
 
N
Y
 
S
A
 
A
P
 
P
S
 
A
K
 
V
V
 
D
A
 
G
E
 
I
A
 
E
C
 
P
G
 
E
M
 
L
S
 
Q
A
 
S
D
 
-
E
 
K
I
 
I
K
 
D
A
 
V
L
 
I
A
 
V
S
 
Q
D
 
A
Y
 
L
A
 
A
K
 
G
A
 
A
E
 
K
K
 
K
A
 
P
L
 
L
I
 
I
L
 
I
L
 
S
P
 
-
I
 
-
G
 
-
L
 
-
G
 
G
Y
 
T
S
 
N
G
 
A
H
 
G
G
 
S
K
 
L
E
 
E
L
 
V
A
 
I
Q
 
Q
A
 
A
V
 
A
I
 
A
N
 
N
L
 
V
A
 
A
-
 
K
L
 
A
L
 
L
T
 
K
G
 
G
R
 
R
I
 
G
G
 
A
K
 
D
E
 
-
G
 
-
C
 
V
G
 
G
V
 
I
L
 
T
I
 
M
M
 
I
G
 
A
E
 
R
K
 
S
N
 
V
N
 
N
S
 
S
Q
 
M
G
 
G
A
 
-
L
 
-
D
 
-
M
 
L
G
 
G
I
 
I
Y
 
M
P
 
G
T
 
G
S
 
G
K
 
S
G
 
L
K
 
E
N
 
E
A
 
A
A
 
L
T
 
T
I
 
E
I
 
L
D
 
E
S
 
T
C
 
G
A
 
R
A
 
A
G
 
D
T
 
A
V
 
V
K
 
V
A
 
V
L
 
L
Y
 
-
V
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
E
N
 
N
P
 
D
V
 
L
I
 
H
S
 
R
Y
 
H
P
 
A
N
 
S
R
 
A
K
 
I
K
 
R
I
 
V
E
 
N
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
A
K
 
K
V
 
A
E
 
P
F
 
L
L
 
V
V
 
M
V
 
V
Q
 
V
D
 
D
L
 
H
F
 
Q
L
 
R
T
 
T
E
 
A
T
 
I
A
 
M
E
 
E
K
 
N
A
 
A
H
 
H
V
 
L
V
 
V
L
 
L
P
 
S
A
 
A
C
 
A
S
 
S
F
 
F
A
 
A
E
 
E
K
 
S
D
|
D
G
 
G
T
 
T
F
 
V
T
 
I
S
 
N
V
 
N
G
 
E
R
 
G
T
 
R
V
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
F
N
 
F
K
x
Q
A
 
V
I
 
Y
K
 
D
P
 
P

Sites not aligning to the query:

7awtG E. Coli nadh quinone oxidoreductase hydrophilic arm (see paper)
28% identity, 78% coverage: 4:651/828 of query aligns to 3:635/907 of 7awtG

query
sites
7awtG
L
 
I
T
 
H
I
 
V
D
 
D
D
 
G
K
 
K
K
 
E
V
 
Y
T
 
E
V
 
V
P
 
N
K
 
G
D
 
A
A
 
D
T
 
N
I
 
L
F
 
L
D
 
E
A
 
A
A
 
C
K
 
L
S
 
S
A
 
L
G
 
G
I
 
L
K
 
D
I
 
I
P
 
P
I
x
Y
L
 
F
C
|
C
H
x
W
D
 
H
K
 
P
K
 
A
L
 
L
H
 
G
P
 
S
F
 
V
G
|
G
G
 
A
C
|
C
R
|
R
M
 
Q
C
|
C
L
 
A
V
 
V
E
 
K
-
 
Q
-
 
Y
-
 
Q
-
 
N
V
 
A
E
 
E
Q
 
D
M
 
T
K
 
R
G
 
G
R
 
R
L
 
L
I
 
V
P
 
M
A
 
S
C
|
C
T
 
M
T
 
T
P
 
P
V
 
A
T
 
S
E
 
D
G
 
G
M
 
T
T
 
F
V
 
I
T
 
S
T
 
I
T
 
D
T
 
D
P
 
E
E
 
E
I
 
A
I
 
K
K
 
Q
A
 
F
R
 
R
K
 
E
M
 
S
V
 
V
L
 
V
E
 
E
L
 
W
L
 
L
L
 
M
L
 
T
K
 
N
H
|
H
P
 
P
I
 
H
D
|
D
C
|
C
P
 
P
V
 
V
C
|
C
D
 
E
A
 
E
A
 
G
G
 
G
D
 
N
C
|
C
D
 
H
L
 
L
Q
|
Q
N
 
D
L
 
M
T
 
T
Y
 
V
E
 
M
Y
 
T
K
 
G
V
 
H
N
 
S
T
 
F
N
 
R
K
 
R
F
 
Y
H
 
R
D
 
F
E
 
T
K
 
K
F
 
R
H
 
T
H
 
H
K
 
R
I
 
N
D
 
Q
Y
 
D
E
 
L
N
 
G
P
 
P
L
 
F
I
 
I
E
 
S
R
 
H
D
 
E
M
 
M
N
 
N
R
 
R
C
|
C
I
|
I
H
x
A
C
|
C
G
x
Y
K
 
R
C
|
C
A
 
V
R
 
R
I
 
Y
C
 
Y
D
 
K
E
 
D
I
 
Y
V
 
A
S
 
D
-
 
G
-
 
T
-
 
D
-
 
L
-
 
G
-
 
V
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
Y
 
H
T
 
D
F
 
N
I
 
V
S
 
Y
R
 
-
G
 
-
I
 
-
E
 
-
A
 
-
K
 
-
M
x
F
G
 
G
T
 
R
E
 
P
F
 
E
D
 
D
G
 
G
P
 
T
L
 
L
N
 
E
C
 
S
E
 
E
F
 
F
C
 
S
G
 
G
S
 
N
C
 
L
V
|
V
S
 
E
V
 
I
C
|
C
P
|
P
V
x
T
G
|
G
A
x
V
L
 
F
I
 
T
S
 
D
R
 
K
P
 
T
F
 
H
K
 
S
F
 
E
K
 
R
-
 
Y
A
 
N
R
 
R
W
 
K
W
 
W
S
 
D
L
 
M
N
 
Q
K
 
F
V
 
A
K
 
P
T
 
S
V
 
I
C
|
C
S
 
Q
Y
x
Q
C
|
C
G
 
S
T
x
I
G
 
G
C
|
C
Q
 
N
L
 
I
T
 
S
L
 
P
G
 
G
V
 
E
K
 
R
D
 
Y
N
 
G
K
 
E
V
 
L
L
 
R
T
 
R
T
 
I
I
 
E
Y
 
N
D
 
R
E
 
Y
N
 
N
Q
 
G
G
 
T
F
 
V
H
 
N
N
 
H
G
 
Y
Q
 
F
L
 
L
C
|
C
T
 
D
R
 
R
G
 
G
R
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
G
F
 
Y
V
 
V
N
 
N
S
 
L
D
 
K
N
 
D
R
 
R
L
 
P
T
 
R
T
 
Q
P
 
P
L
 
V
I
 
Q
R
 
R
K
 
R
N
 
G
G
 
D
K
 
D
L
 
F
V
 
I
E
 
T
A
 
L
S
 
N
W
 
A
E
 
E
E
 
Q
A
 
A
L
 
M
S
 
Q
L
 
G
V
 
A
A
 
A
D
 
D
R
 
I
L
 
L
R
 
R
E
 
Q
A
 
S
K
 
K
A
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
-
D
 
-
S
 
K
V
 
V
A
 
I
G
 
G
L
 
I
V
 
G
T
 
S
P
 
P
R
 
R
L
 
A
T
 
S
N
 
V
E
 
E
E
 
S
L
 
N
F
 
F
L
 
A
Y
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
F
 
L
R
 
R
E
 
E
T
 
L
L
 
V
G
 
G
S
 
E
E
 
E
N
 
N
I
 
F
D
 
Y
H
 
T
S
 
G
A
 
I
G
 
A
F
 
H
A
 
G
H
 
E
S
 
Q
A
 
E
L
 
R
T
 
L
S
 
Q
G
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
K
S
 
V
L
 
L
-
 
R
-
 
E
G
 
G
Y
 
G
A
 
I
A
 
Y
S
 
T
P
 
P
S
 
A
T
 
-
I
 
L
A
 
R
D
 
E
I
 
I
Q
 
E
K
 
S
T
 
Y
D
 
D
L
 
A
L
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
L
K
 
G
T
 
E
D
 
D
A
 
V
Y
 
T
E
 
Q
T
 
T
H
 
G
P
 
A
V
x
R
L
 
V
G
 
A
F
 
L
E
 
A
I
 
V
N
 
R
L
 
Q
G
 
A
V
 
V
K
 
K
R
 
G
K
 
K
D
 
A
V
 
R
D
 
E
L
 
M
-
 
A
-
 
A
-
 
A
R
 
Q
I
 
K
V
 
V
S
 
A
D
 
D
K
 
W
R
 
Q
-
 
I
-
 
A
-
 
A
-
 
I
-
 
L
-
 
N
-
 
I
G
 
G
K
 
Q
L
 
R
S
 
A
K
 
K
L
 
H
P
 
P
K
 
L
A
 
F
K
 
V
T
 
T
Y
 
N
V
 
V
H
 
-
K
 
-
P
 
-
G
 
-
N
 
-
E
 
D
V
 
D
V
 
T
L
 
R
L
 
L
N
 
D
A
 
D
L
 
I
A
 
A
K
 
A
A
 
W
I
 
T
I
 
Y
D
 
R
E
 
A
N
 
P
L
 
V
V
 
E
D
 
D
A
 
Q
A
 
A
A
 
R
T
 
L
T
 
G
V
 
F
A
 
A
G
 
-
L
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
I
K
 
A
Q
 
H
T
 
A
L
 
L
E
 
D
S
 
N
Y
 
S
A
 
A
P
 
P
S
 
A
K
 
V
V
 
D
A
 
G
E
 
I
A
 
E
C
 
P
G
 
E
M
 
L
S
 
Q
A
 
S
D
 
-
E
 
K
I
 
I
K
 
D
A
 
V
L
 
I
A
 
V
S
 
Q
D
 
A
Y
 
L
A
 
A
K
 
G
A
 
A
E
 
K
K
 
K
A
 
P
L
 
L
I
 
I
L
 
I
L
 
S
P
 
-
I
 
-
G
 
-
L
 
-
G
 
G
Y
 
T
S
 
N
G
 
A
H
 
G
G
 
S
K
 
L
E
 
E
L
 
V
A
 
I
Q
 
Q
A
 
A
V
 
A
I
 
A
N
 
N
L
 
V
A
 
A
-
 
K
L
 
A
L
 
L
T
 
K
G
 
G
R
 
R
I
 
G
G
 
A
K
 
D
E
 
-
G
 
-
C
 
V
G
 
G
V
 
I
L
 
T
I
 
M
M
 
I
G
 
A
E
 
R
K
 
S
N
 
V
N
 
N
S
 
S
Q
 
M
G
 
G
A
 
-
L
 
-
D
 
-
M
 
L
G
 
G
I
 
I
Y
 
M
P
 
G
T
 
G
S
 
G
K
 
S
G
 
L
K
 
E
N
 
E
A
 
A
A
 
L
T
 
T
I
 
E
I
 
L
D
 
E
S
 
T
C
 
G
A
 
R
A
 
A
G
 
D
T
 
A
V
 
V
K
 
V
A
 
V
L
 
L
Y
 
-
V
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
E
N
 
N
P
 
D
V
 
L
I
 
H
S
 
R
Y
 
H
P
 
A
N
 
S
R
 
A
K
 
I
K
 
R
I
 
V
E
 
N
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
A
K
 
K
V
 
A
E
 
P
F
 
L
L
 
V
V
 
M
V
 
V
Q
 
V
D
 
D
L
 
H
F
 
Q
L
 
R
T
 
T
E
 
A
T
 
I
A
 
M
E
 
E
K
 
N
A
 
A
H
 
H
V
 
L
V
 
V
L
 
L
P
 
S
A
 
A
C
 
A
S
 
S
F
 
F
A
 
A
E
 
E
K
 
S
D
|
D
G
 
G
T
 
T
F
 
V
T
 
I
S
 
N
V
 
N
G
 
E
R
 
G
T
 
R
V
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
F
N
 
F
K
x
Q
A
 
V
I
 
Y
K
 
D
P
 
P

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_011941012.1 NCBI__GCF_000016745.1:WP_011941012.1
MVNLTIDDKKVTVPKDATIFDAAKSAGIKIPILCHDKKLHPFGGCRMCLVEVEQMKGRLI
PACTTPVTEGMTVTTTTPEIIKARKMVLELLLLKHPIDCPVCDAAGDCDLQNLTYEYKVN
TNKFHDEKFHHKIDYENPLIERDMNRCIHCGKCARICDEIVSYGAYTFISRGIEAKMGTE
FDGPLNCEFCGSCVSVCPVGALISRPFKFKARWWSLNKVKTVCSYCGTGCQLTLGVKDNK
VLTTIYDENQGFHNGQLCTRGRFGYQFVNSDNRLTTPLIRKNGKLVEASWEEALSLVADR
LREAKASGADSVAGLVTPRLTNEELFLYGKLFRETLGSENIDHSAGFAHSALTSGALESL
GYAASPSTIADIQKTDLLLVVKTDAYETHPVLGFEINLGVKRKDVDLRIVSDKRGKLSKL
PKAKTYVHKPGNEVVLLNALAKAIIDENLVDAAATTVAGLDELKQTLESYAPSKVAEACG
MSADEIKALASDYAKAEKALILLPIGLGYSGHGKELAQAVINLALLTGRIGKEGCGVLIM
GEKNNSQGALDMGIYPTSKGKNAATIIDSCAAGTVKALYVAGENPVISYPNRKKIEAALD
KVEFLVVQDLFLTETAEKAHVVLPACSFAEKDGTFTSVGRTVQRVNKAIKPIGLSRSDLD
ILSSLNGILGGTTYANASEVFAEIAENVPGYKDLSYDGLGENGQIIPVTTKAKFVPVAAA
PVKAETGKFAMVTGSALYHCGTMSRYGEGPMHVCPEGYAELSRQDAAELKISENDMLTIK
STTGEIKLKAKVNVRMPQGVVFAPYHFAEQSVNTVTDGTPVIWVSISK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory