SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011969870.1 NCBI__GCF_000017145.1:WP_011969870.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5y8lB Mycobacterium tuberculosis 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase (mthibadh) + NAD +(s)-3-hydroxyisobutyrate (s-hiba) (see paper)
56% identity, 97% coverage: 1:290/298 of query aligns to 1:289/290 of 5y8lB

query
sites
5y8lB
M
 
M
T
 
T
K
 
T
I
 
I
A
 
A
F
 
F
I
 
L
G
|
G
L
 
L
G
|
G
N
|
N
M
|
M
G
 
G
G
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
S
A
 
A
N
 
N
L
 
L
V
 
V
K
 
G
A
 
A
G
 
G
H
 
H
A
 
V
V
 
V
T
 
R
G
 
G
F
|
F
D
|
D
L
x
P
L
 
A
E
 
P
A
 
T
S
 
A
R
 
A
N
 
S
A
 
G
A
 
A
A
 
A
K
 
A
S
 
H
G
 
G
V
 
V
S
 
A
V
 
V
A
 
F
G
 
R
S
 
S
I
 
A
A
 
P
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
R
 
A
E
 
E
M
 
A
E
 
D
C
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
T
M
|
M
L
|
L
P
 
P
A
 
T
S
 
G
A
 
E
H
 
V
V
 
V
L
 
R
Y
 
R
V
 
C
W
 
Y
D
 
T
E
 
D
L
 
V
L
 
L
G
 
A
F
 
A
V
 
A
D
 
R
P
 
P
G
 
A
T
 
T
L
 
L
L
 
F
I
 
I
D
 
D
S
 
S
S
 
S
T
|
T
I
 
I
D
 
S
V
 
V
E
 
T
S
 
D
A
 
A
R
 
R
K
 
E
V
 
V
H
 
H
G
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
S
A
 
H
N
 
G
C
 
M
P
 
L
S
 
Q
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
|
S
G
|
G
G
|
G
T
 
V
A
 
K
G
 
G
A
 
A
A
 
A
G
 
A
A
 
A
T
|
T
L
 
L
T
 
A
F
 
F
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
D
D
 
E
G
 
S
A
 
T
F
 
L
S
 
R
R
 
R
G
 
A
K
 
R
H
 
P
L
 
V
L
 
L
E
|
E
A
 
P
M
 
M
G
x
A
K
x
G
K
|
K
I
 
I
V
 
I
H
 
H
C
 
C
G
 
G
D
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
K
|
K
I
 
V
C
 
C
N
 
N
N
 
N
M
 
M
I
 
V
L
 
L
G
 
A
V
 
V
S
 
Q
M
 
Q
A
 
I
A
 
A
V
 
I
C
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
E
R
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
S
H
 
A
Q
 
Q
A
 
S
L
 
L
F
 
F
D
 
D
V
 
V
A
 
I
S
 
T
T
 
G
S
 
A
S
 
T
G
 
G
Q
 
N
C
 
C
W
|
W
S
 
A
L
 
V
T
 
H
T
 
T
Y
 
N
C
 
C
P
 
P
V
 
V
P
 
P
G
 
G
P
 
P
V
 
V
P
 
P
T
 
T
S
 
S
P
 
P
A
 
A
N
 
N
S
 
N
G
 
D
Y
 
F
K
 
K
P
 
P
G
 
G
F
|
F
A
 
S
A
 
T
S
 
A
L
|
L
M
 
M
L
 
N
K
|
K
D
 
D
L
 
L
K
 
G
L
 
L
S
 
A
Q
 
M
Q
 
D
A
 
A
A
 
V
S
 
A
A
 
A
S
 
T
G
 
G
A
 
A
A
 
T
T
 
A
P
 
P
M
 
L
G
 
G
A
 
S
Q
 
H
A
 
A
M
 
A
Q
 
D
L
 
I
Y
 
Y
S
 
A
L
 
K
F
 
F
E
 
A
K
 
A
L
 
-
G
 
D
H
 
H
G
 
A
S
 
D
E
 
L
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
A
L
 
V
I
 
I
H
 
H
L
 
T
L
 
L
R
 
R

5y8kA Mycobacterium tuberculosis 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase (mthibadh) + l-serine (see paper)
56% identity, 97% coverage: 1:290/298 of query aligns to 1:289/290 of 5y8kA

query
sites
5y8kA
M
 
M
T
 
T
K
 
T
I
 
I
A
 
A
F
 
F
I
 
L
G
 
G
L
 
L
G
 
G
N
 
N
M
 
M
G
 
G
G
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
S
A
 
A
N
 
N
L
 
L
V
 
V
K
 
G
A
 
A
G
 
G
H
 
H
A
 
V
V
 
V
T
 
R
G
 
G
F
 
F
D
 
D
L
 
P
L
 
A
E
 
P
A
 
T
S
 
A
R
 
A
N
 
S
A
 
G
A
 
A
A
 
A
K
 
A
S
 
H
G
 
G
V
 
V
S
 
A
V
 
V
A
 
F
G
 
R
S
 
S
I
 
A
A
 
P
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
R
 
A
E
 
E
M
 
A
E
 
D
C
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
T
M
 
M
L
 
L
P
 
P
A
 
T
S
 
G
A
 
E
H
 
V
V
 
V
L
 
R
Y
 
R
V
 
C
W
 
Y
D
 
T
E
 
D
L
 
V
L
 
L
G
 
A
F
 
A
V
 
A
D
 
R
P
 
P
G
 
A
T
 
T
L
 
L
L
 
F
I
 
I
D
 
D
S
 
S
S
 
S
T
|
T
I
 
I
D
 
S
V
 
V
E
 
T
S
 
D
A
 
A
R
 
R
K
 
E
V
 
V
H
 
H
G
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
S
A
 
H
N
 
G
C
 
M
P
 
L
S
 
Q
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
 
S
G
 
G
G
 
G
T
 
V
A
 
K
G
 
G
A
 
A
A
 
A
G
 
A
A
 
A
T
 
T
L
 
L
T
 
A
F
 
F
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
D
D
 
E
G
 
S
A
 
T
F
 
L
S
 
R
R
 
R
G
 
A
K
x
R
H
 
P
L
 
V
L
 
L
E
|
E
A
 
P
M
 
M
G
x
A
K
x
G
K
 
K
I
|
I
V
 
I
H
 
H
C
 
C
G
 
G
D
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
K
|
K
I
 
V
C
 
C
N
 
N
N
 
N
M
 
M
I
 
V
L
 
L
G
 
A
V
 
V
S
 
Q
M
 
Q
A
 
I
A
 
A
V
 
I
C
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
E
R
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
S
H
 
A
Q
 
Q
A
 
S
L
 
L
F
 
F
D
 
D
V
 
V
A
 
I
S
 
T
T
 
G
S
 
A
S
 
T
G
 
G
Q
 
N
C
 
C
W
 
W
S
 
A
L
 
V
T
 
H
T
 
T
Y
 
N
C
 
C
P
 
P
V
 
V
P
 
P
G
 
G
P
 
P
V
 
V
P
 
P
T
 
T
S
 
S
P
 
P
A
 
A
N
 
N
S
 
N
G
 
D
Y
 
F
K
 
K
P
 
P
G
 
G
F
|
F
A
 
S
A
 
T
S
 
A
L
|
L
M
 
M
L
 
N
K
|
K
D
|
D
L
 
L
K
 
G
L
 
L
S
 
A
Q
 
M
Q
 
D
A
 
A
A
 
V
S
 
A
A
 
A
S
 
T
G
 
G
A
 
A
A
 
T
T
 
A
P
 
P
M
 
L
G
 
G
A
 
S
Q
 
H
A
 
A
M
 
A
Q
 
D
L
 
I
Y
 
Y
S
 
A
L
 
K
F
 
F
E
 
A
K
 
A
L
 
-
G
 
D
H
 
H
G
 
A
S
 
D
E
 
L
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
A
L
 
V
I
 
I
H
 
H
L
 
T
L
 
L
R
 
R

5y8iA Mycobacterium tuberculosis 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase (mthibadh) + (s)-3-hydroxyisobutyrate (s-hiba) (see paper)
55% identity, 98% coverage: 2:294/298 of query aligns to 1:292/292 of 5y8iA

query
sites
5y8iA
T
 
T
K
 
T
I
 
I
A
 
A
F
 
F
I
 
L
G
 
G
L
 
L
G
 
G
N
 
N
M
 
M
G
 
G
G
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
S
A
 
A
N
 
N
L
 
L
V
 
V
K
 
G
A
 
A
G
 
G
H
 
H
A
 
V
V
 
V
T
 
R
G
 
G
F
 
F
D
 
D
L
 
P
L
 
A
E
 
P
A
 
T
S
 
A
R
 
A
N
 
S
A
 
G
A
 
A
A
 
A
K
 
A
S
 
H
G
 
G
V
 
V
S
 
A
V
 
V
A
 
F
G
 
R
S
 
S
I
 
A
A
 
P
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
R
 
A
E
 
E
M
 
A
E
 
D
C
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
T
M
 
M
L
 
L
P
 
P
A
 
T
S
 
G
A
 
E
H
 
V
V
 
V
L
 
R
Y
 
R
V
 
C
W
 
Y
D
 
T
E
 
D
L
 
V
L
 
L
G
 
A
F
 
A
V
 
A
D
 
R
P
 
P
G
 
A
T
 
T
L
 
L
L
 
F
I
 
I
D
 
D
S
 
S
S
 
S
T
 
T
I
 
I
D
 
S
V
 
V
E
 
T
S
 
D
A
 
A
R
 
R
K
 
E
V
 
V
H
 
H
G
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
S
A
 
H
N
 
G
C
 
M
P
 
L
S
 
Q
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
 
S
G
 
G
G
 
G
T
 
V
A
 
K
G
 
G
A
 
A
A
 
A
G
 
A
A
 
A
T
 
T
L
 
L
T
 
A
F
 
F
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
D
D
 
E
G
 
S
A
 
T
F
 
L
S
 
R
R
 
R
G
 
A
K
 
R
H
 
P
L
 
V
L
 
L
E
|
E
A
 
P
M
 
M
G
x
A
K
 
G
K
|
K
I
|
I
V
 
I
H
 
H
C
 
C
G
 
G
D
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
K
 
K
I
 
V
C
 
C
N
 
N
N
 
N
M
 
M
I
 
V
L
 
L
G
 
A
V
 
V
S
 
Q
M
 
Q
A
 
I
A
 
A
V
 
I
C
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
E
R
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
S
H
 
A
Q
 
Q
A
 
S
L
 
L
F
 
F
D
 
D
V
 
V
A
 
I
S
 
T
T
 
G
S
 
A
S
 
T
G
 
G
Q
 
N
C
 
C
W
 
W
S
 
A
L
 
V
T
 
H
T
 
T
Y
 
N
C
 
C
P
 
P
V
 
V
P
 
P
G
 
G
P
 
P
V
 
V
P
 
P
T
 
T
S
 
S
P
 
P
A
 
A
N
 
N
S
 
N
G
 
D
Y
 
F
K
 
K
P
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
S
A
 
T
S
 
A
L
 
L
M
 
M
L
 
N
K
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
G
L
 
L
S
 
A
Q
 
M
Q
 
D
A
 
A
A
 
V
S
 
A
A
 
A
S
 
T
G
 
G
A
 
A
A
 
T
T
 
A
P
 
P
M
 
L
G
 
G
A
 
S
Q
 
H
A
 
A
M
 
A
Q
 
D
L
 
I
Y
 
Y
S
 
A
L
 
K
F
 
F
E
 
A
K
 
A
L
 
-
G
 
D
H
 
H
G
 
A
S
 
D
E
 
L
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
A
L
 
V
I
 
I
H
 
H
L
 
T
L
 
L
R
 
R
G
 
A
N
 
R
E
 
A
E
 
D

5y8hA Mycobacterium tuberculosis 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase (mthibadh) + NAD+ (see paper)
55% identity, 98% coverage: 2:292/298 of query aligns to 1:290/291 of 5y8hA

query
sites
5y8hA
T
 
T
K
 
T
I
 
I
A
 
A
F
 
F
I
 
L
G
|
G
L
 
L
G
|
G
N
|
N
M
|
M
G
 
G
G
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
S
A
 
A
N
 
N
L
 
L
V
 
V
K
 
G
A
 
A
G
 
G
H
 
H
A
 
V
V
 
V
T
 
R
G
 
G
F
|
F
D
|
D
L
x
P
L
 
A
E
 
P
A
 
T
S
 
A
R
 
A
N
 
S
A
 
G
A
 
A
A
 
A
K
 
A
S
 
H
G
 
G
V
 
V
S
 
A
V
 
V
A
 
F
G
 
R
S
 
S
I
 
A
A
 
P
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
R
 
A
E
 
E
M
 
A
E
 
D
C
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
T
M
|
M
L
|
L
P
 
P
A
 
T
S
 
G
A
 
E
H
 
V
V
 
V
L
 
R
Y
 
R
V
 
C
W
 
Y
D
 
T
E
 
D
L
 
V
L
 
L
G
 
A
F
 
A
V
 
A
D
 
R
P
 
P
G
 
A
T
 
T
L
 
L
L
 
F
I
 
I
D
 
D
S
 
S
S
 
S
T
 
T
I
 
I
D
 
S
V
 
V
E
 
T
S
 
D
A
 
A
R
 
R
K
 
E
V
 
V
H
 
H
G
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
S
A
 
H
N
 
G
C
 
M
P
 
L
S
 
Q
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
 
S
G
 
G
G
|
G
T
 
V
A
 
K
G
 
G
A
 
A
A
 
A
G
 
A
A
 
A
T
 
T
L
 
L
T
 
A
F
 
F
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
D
D
 
E
G
 
S
A
 
T
F
 
L
S
 
R
R
 
R
G
 
A
K
x
R
H
 
P
L
 
V
L
 
L
E
|
E
A
 
P
M
 
M
G
x
A
K
 
G
K
|
K
I
 
I
V
 
I
H
 
H
C
 
C
G
 
G
D
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
K
 
K
I
 
V
C
 
C
N
 
N
N
 
N
M
 
M
I
 
V
L
 
L
G
 
A
V
 
V
S
 
Q
M
 
Q
A
 
I
A
 
A
V
 
I
C
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
E
R
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
S
H
 
A
Q
 
Q
A
 
S
L
 
L
F
 
F
D
 
D
V
 
V
A
 
I
S
 
T
T
 
G
S
 
A
S
 
T
G
 
G
Q
 
N
C
 
C
W
 
W
S
 
A
L
 
V
T
 
H
T
 
T
Y
 
N
C
 
C
P
 
P
V
 
V
P
 
P
G
 
G
P
 
P
V
 
V
P
 
P
T
 
T
S
 
S
P
 
P
A
 
A
N
 
N
S
 
N
G
 
D
Y
 
F
K
 
K
P
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
S
A
 
T
S
 
A
L
|
L
M
 
M
L
 
N
K
|
K
D
 
D
L
 
L
K
 
G
L
 
L
S
 
A
Q
 
M
Q
 
D
A
 
A
A
 
V
S
 
A
A
 
A
S
 
T
G
 
G
A
 
A
A
 
T
T
 
A
P
 
P
M
 
L
G
 
G
A
 
S
Q
 
H
A
 
A
M
 
A
Q
 
D
L
 
I
Y
 
Y
S
 
A
L
 
K
F
 
F
E
 
A
K
 
A
L
 
-
G
 
D
H
 
H
G
 
A
S
 
D
E
 
L
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
A
L
 
V
I
 
I
H
 
H
L
 
T
L
 
L
R
 
R
G
 
A
N
 
R

P29266 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase, mitochondrial; HIBADH; EC 1.1.1.31 from Rattus norvegicus (Rat) (see paper)
41% identity, 98% coverage: 2:293/298 of query aligns to 39:333/335 of P29266

query
sites
P29266
T
 
T
K
 
P
I
 
V
A
 
G
F
 
F
I
 
I
G
 
G
L
 
L
G
 
G
N
 
N
M
 
M
G
 
G
G
 
N
P
 
P
M
 
M
A
 
A
A
 
K
N
 
N
L
 
L
V
 
I
K
 
K
A
 
H
G
 
G
H
 
Y
A
 
P
V
 
L
T
 
I
G
 
L
F
 
Y
D
|
D
L
 
V
L
 
F
E
 
P
A
 
D
S
 
V
R
 
C
N
 
K
A
 
E
A
 
F
A
 
K
K
 
E
S
 
A
G
 
G
V
 
E
S
 
Q
V
 
V
A
 
A
G
 
S
S
 
S
I
 
P
A
 
A
Q
 
D
A
 
V
V
 
A
R
 
E
E
 
K
M
 
A
E
 
D
C
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
T
M
 
M
L
 
L
P
 
P
A
 
S
S
 
S
A
 
M
H
 
N
V
 
S
L
 
I
Y
 
E
V
 
V
W
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
A
D
 
N
E
 
G
L
 
I
L
 
L
G
 
K
F
 
K
V
 
V
D
 
K
P
 
K
G
 
G
T
 
S
L
 
L
L
 
L
I
 
I
D
 
D
S
 
S
S
 
S
T
 
T
I
 
I
D
 
D
V
 
P
E
 
S
S
 
V
A
 
S
R
 
K
K
 
E
V
 
L
H
 
A
G
 
K
L
 
E
A
 
V
E
 
E
K
 
K
A
 
M
N
 
G
C
 
A
P
 
V
S
 
F
L
 
M
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
 
S
G
 
G
G
 
G
T
 
V
A
 
G
G
 
A
A
 
A
A
 
R
G
 
S
A
 
G
T
 
N
L
 
L
T
 
T
F
 
F
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
V
D
 
E
G
 
N
A
 
E
F
 
F
S
 
A
R
 
A
G
 
A
K
 
Q
H
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
G
A
 
C
M
 
M
G
 
G
K
 
S
K
 
N
I
 
V
V
 
L
H
 
Y
C
 
C
G
 
G
D
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
S
G
 
G
Q
 
Q
A
 
S
A
 
A
K
|
K
I
 
I
C
 
C
N
 
N
N
|
N
M
 
M
I
 
L
L
 
L
G
 
A
V
 
I
S
 
S
M
 
M
A
 
I
A
 
G
V
 
T
C
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
M
V
 
N
L
 
L
A
 
G
E
 
I
R
 
R
L
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
D
H
 
P
Q
 
K
A
 
L
L
 
L
F
 
A
D
 
K
V
 
I
A
 
L
S
 
N
T
 
M
S
 
S
S
 
S
G
 
G
Q
 
R
C
 
C
W
 
W
S
 
S
L
 
S
T
 
D
T
 
T
Y
 
Y
C
 
N
P
 
P
V
 
V
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
 
M
P
 
D
T
 
G
S
 
V
P
 
P
A
 
S
N
 
S
S
 
N
G
 
N
Y
 
Y
K
 
Q
P
 
G
G
 
G
F
 
F
A
 
G
A
 
T
S
 
T
L
 
L
M
 
M
L
 
A
K
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
G
L
 
L
S
 
A
Q
 
Q
Q
 
D
A
 
S
A
 
A
S
 
T
A
 
S
S
 
T
G
 
K
A
 
T
A
 
P
T
 
I
P
 
L
M
 
L
G
 
G
A
 
S
Q
 
V
A
 
A
M
 
H
Q
 
Q
L
 
I
Y
 
Y
S
 
R
L
 
M
F
 
M
E
 
C
K
 
S
L
 
K
G
 
G
H
 
Y
G
 
S
S
 
K
E
 
K
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
S
L
 
V
I
 
F
H
 
Q
L
 
Y
L
 
L
R
 
R
G
 
E
N
 
E
E
 
E

P31937 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase, mitochondrial; HIBADH; EC 1.1.1.31 from Homo sapiens (Human) (see paper)
41% identity, 98% coverage: 2:293/298 of query aligns to 40:334/336 of P31937

query
sites
P31937
T
|
T
K
x
P
I
x
V
A
x
G
F
|
F
I
|
I
G
|
G
L
|
L
G
|
G
N
|
N
M
|
M
G
|
G
G
x
N
P
|
P
M
|
M
A
|
A
A
x
K
N
|
N
L
|
L
V
x
M
K
|
K
A
x
H
G
|
G
H
x
Y
A
x
P
V
x
L
T
x
I
G
x
I
F
x
Y
D
 
D
L
 
V
L
 
F
E
 
P
A
 
D
S
 
A
R
 
C
N
 
K
A
 
E
A
 
F
A
 
Q
K
 
D
S
 
A
G
 
G
V
 
E
S
 
Q
V
 
V
A
 
V
G
 
S
S
 
S
I
 
P
A
 
A
Q
 
D
A
 
V
V
 
A
R
 
E
E
 
K
M
 
A
E
 
D
C
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
T
M
 
M
L
|
L
P
|
P
A
 
T
S
 
S
A
 
I
H
x
N
V
 
A
L
 
I
Y
 
E
V
 
A
W
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
A
D
 
N
E
 
G
L
 
I
L
 
L
G
 
K
F
 
K
V
 
V
D
 
K
P
 
K
G
 
G
T
 
S
L
 
L
L
 
L
I
 
I
D
 
D
S
 
S
S
 
S
T
|
T
I
 
I
D
 
D
V
 
P
E
 
A
S
 
V
A
 
S
R
 
K
K
 
E
V
 
L
H
 
A
G
 
K
L
 
E
A
 
V
E
 
E
K
 
K
A
 
M
N
 
G
C
 
A
P
 
V
S
 
F
L
 
M
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
 
S
G
 
G
G
 
G
T
 
V
A
 
G
G
 
A
A
 
A
A
 
R
G
 
S
A
 
G
T
 
N
L
 
L
T
 
T
F
 
F
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
V
D
 
E
G
 
D
A
 
E
F
 
F
S
 
A
R
 
A
G
 
A
K
 
Q
H
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
G
A
 
C
M
 
M
G
 
G
K
 
S
K
 
N
I
 
V
V
 
V
H
 
Y
C
 
C
G
 
G
D
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
T
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
K
 
K
I
 
I
C
 
C
N
 
N
N
 
N
M
 
M
I
 
L
L
 
L
G
 
A
V
 
I
S
 
S
M
 
M
A
 
I
A
 
G
V
 
T
C
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
M
V
 
N
L
 
L
A
 
G
E
 
I
R
 
R
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
D
H
 
P
Q
 
K
A
 
L
L
 
L
F
 
A
D
 
K
V
 
I
A
 
L
S
 
N
T
 
M
S
 
S
S
 
S
G
 
G
Q
 
R
C
 
C
W
 
W
S
 
S
L
 
S
T
 
D
T
 
T
Y
 
Y
C
 
N
P
 
P
V
 
V
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
 
M
P
 
D
T
 
G
S
 
V
P
 
P
A
 
S
N
 
A
S
 
N
G
 
N
Y
 
Y
K
 
Q
P
 
G
G
 
G
F
 
F
A
 
G
A
 
T
S
 
T
L
 
L
M
 
M
L
 
A
K
|
K
D
 
D
L
 
L
K
 
G
L
 
L
S
 
A
Q
 
Q
Q
 
D
A
 
S
A
 
A
S
 
T
A
 
S
S
 
T
G
 
K
A
 
S
A
 
P
T
 
I
P
 
L
M
 
L
G
 
G
A
 
S
Q
 
L
A
 
A
M
 
H
Q
 
Q
L
 
I
Y
 
Y
S
 
R
L
 
M
F
 
M
E
 
C
K
 
A
L
 
K
G
 
G
H
 
Y
G
 
S
S
 
K
E
 
K
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
S
L
 
V
I
 
F
H
 
Q
L
 
F
L
 
L
R
 
R
G
 
E
N
 
E
E
 
E

Sites not aligning to the query:

2i9pB Crystal structure of human hydroxyisobutyrate dehydrogenase complexed with NAD+
41% identity, 97% coverage: 4:293/298 of query aligns to 3:295/296 of 2i9pB

query
sites
2i9pB
I
 
V
A
 
G
F
 
F
I
 
I
G
 
G
L
 
L
G
|
G
N
|
N
M
|
M
G
 
G
G
 
N
P
 
P
M
 
M
A
 
A
A
 
K
N
 
N
L
 
L
V
 
M
K
 
K
A
 
H
G
 
G
H
 
Y
A
 
P
V
 
L
T
 
I
G
 
I
F
x
Y
D
|
D
L
x
V
L
 
F
E
 
P
A
 
D
S
 
A
R
 
C
N
 
K
A
 
E
A
 
F
A
 
Q
K
 
D
S
 
A
G
 
G
V
 
E
S
 
Q
V
 
V
A
 
V
G
 
S
S
 
S
I
 
P
A
 
A
Q
 
D
A
 
V
V
 
A
R
 
E
E
 
K
M
 
A
E
 
D
C
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
T
M
|
M
L
|
L
P
|
P
A
 
T
S
 
S
A
 
I
H
 
N
V
 
A
L
 
I
Y
 
E
V
 
A
W
 
Y
-
 
S
-
 
G
-
 
A
D
 
N
E
 
G
L
 
I
L
 
L
G
 
K
F
 
K
V
 
V
D
 
K
P
 
K
G
 
G
T
 
S
L
 
L
L
 
L
I
 
I
D
 
D
S
 
S
S
 
S
T
|
T
I
 
I
D
 
D
V
 
P
E
 
A
S
 
V
A
 
S
R
 
K
K
 
E
V
 
L
H
 
A
G
 
K
L
 
E
A
 
V
E
 
E
K
 
K
A
 
M
N
 
G
C
 
A
P
 
V
S
 
F
L
 
M
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
 
S
G
|
G
G
 
G
T
 
V
A
 
G
G
 
A
A
 
A
A
 
R
G
 
S
A
 
G
T
 
N
L
 
L
T
 
T
F
 
F
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
V
D
 
E
G
 
D
A
 
E
F
 
F
S
 
A
R
 
A
G
 
A
K
 
Q
H
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
G
A
 
C
M
 
M
G
 
G
K
 
S
K
 
N
I
 
V
V
 
V
H
 
Y
C
 
C
G
 
G
D
 
A
A
 
V
G
 
G
A
 
T
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
K
 
K
I
 
I
C
 
C
N
 
N
N
 
N
M
 
M
I
 
L
L
 
L
G
 
A
V
 
I
S
 
S
M
 
M
A
 
I
A
 
G
V
 
T
C
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
M
V
 
N
L
 
L
A
 
G
E
 
I
R
 
R
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
D
H
 
P
Q
 
K
A
 
L
L
 
L
F
 
A
D
 
K
V
 
I
A
 
L
S
 
N
T
 
M
S
 
S
S
 
S
G
 
G
Q
 
R
C
 
C
W
 
W
S
 
S
L
 
S
T
 
D
T
 
T
Y
 
Y
C
 
N
P
 
P
V
 
V
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
 
M
P
 
D
T
 
G
S
 
V
P
 
P
A
 
S
N
 
A
S
 
N
G
 
N
Y
 
Y
K
 
Q
P
 
G
G
 
G
F
|
F
A
 
G
A
 
T
S
 
T
L
 
L
M
 
M
L
 
A
K
|
K
D
 
D
L
 
L
K
 
G
L
 
L
S
 
A
Q
 
Q
Q
 
D
A
 
S
A
 
A
S
 
T
A
 
S
S
 
T
G
 
K
A
 
S
A
 
P
T
 
I
P
 
L
M
 
L
G
 
G
A
 
S
Q
 
L
A
 
A
M
 
H
Q
 
Q
L
 
I
Y
 
Y
S
 
R
L
 
M
F
 
M
E
 
C
K
 
A
L
 
K
G
 
G
H
 
Y
G
 
S
S
 
K
E
 
K
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
S
L
 
V
I
 
F
H
 
Q
L
 
F
L
 
L
R
 
R
G
 
E
N
 
E
E
 
E

3q3cA Crystal structure of a serine dehydrogenase from pseudomonas aeruginosa pao1 in complex with NAD (see paper)
49% identity, 96% coverage: 3:289/298 of query aligns to 2:290/294 of 3q3cA

query
sites
3q3cA
K
 
Q
I
 
I
A
 
A
F
 
F
I
 
I
G
 
G
L
 
L
G
|
G
N
x
H
M
|
M
G
 
G
G
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
A
A
 
T
N
 
N
L
 
L
V
 
L
K
 
K
A
 
A
G
 
G
H
 
Y
A
 
L
V
 
L
T
 
N
G
 
V
F
|
F
D
|
D
L
|
L
L
 
V
E
 
Q
A
 
S
S
 
A
R
 
V
N
 
D
A
 
G
A
 
L
A
 
V
K
 
A
S
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
S
V
 
A
A
 
A
G
 
R
S
 
S
I
 
A
A
 
R
Q
 
D
A
 
A
V
 
V
R
 
Q
E
 
G
M
 
A
E
 
D
C
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
S
M
|
M
L
|
L
P
|
P
A
 
A
S
 
S
A
 
Q
H
 
H
V
 
V
-
 
E
-
 
G
L
 
L
Y
 
Y
V
 
L
W
 
D
D
 
D
E
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
A
F
 
H
V
 
I
D
 
A
P
 
P
G
 
G
T
 
T
L
 
L
L
 
V
I
 
L
D
 
E
S
 
C
S
 
S
T
|
T
I
 
I
D
 
A
V
 
P
E
 
T
S
 
S
A
 
A
R
 
R
K
 
K
V
 
I
H
 
H
G
 
A
L
 
A
A
 
A
E
 
R
K
 
E
A
 
R
N
 
G
C
 
L
P
 
A
S
 
M
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
 
S
G
|
G
G
 
G
T
 
T
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
A
G
 
A
A
 
G
T
 
T
L
 
L
T
 
T
F
 
F
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
D
D
 
A
G
 
E
A
 
A
F
 
L
S
 
E
R
 
K
G
 
A
K
 
R
H
 
P
L
 
L
L
 
F
E
 
E
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
R
K
 
N
I
 
I
V
 
F
H
 
H
C
 
A
G
 
G
D
 
P
A
 
D
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
A
 
V
A
 
A
K
 
K
I
 
V
C
 
C
N
 
N
N
 
N
M
 
Q
I
 
L
L
 
L
G
 
A
V
 
V
S
 
L
M
 
M
A
 
I
A
 
G
V
 
T
C
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
M
V
 
A
L
 
L
A
 
G
E
 
V
R
 
A
L
 
N
G
 
G
L
 
L
S
 
E
H
 
A
Q
 
K
A
 
V
L
 
L
F
 
A
D
 
E
V
 
I
A
 
M
S
 
R
T
 
R
S
 
S
S
 
S
G
 
G
Q
 
G
C
 
N
W
 
W
S
 
A
L
 
L
T
 
E
T
 
V
Y
 
Y
C
 
N
P
 
P
V
 
W
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
 
M
P
 
E
T
 
N
S
 
A
P
 
P
A
 
A
N
 
S
S
 
R
G
 
D
Y
 
Y
K
 
S
P
 
G
G
 
G
F
|
F
A
 
M
A
 
A
S
 
Q
L
 
L
M
 
M
L
 
A
K
|
K
D
 
D
L
 
L
K
 
G
L
 
L
S
 
A
Q
 
Q
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
Q
A
 
A
S
 
S
G
 
A
A
 
S
A
 
S
T
 
T
P
 
P
M
 
M
G
 
G
A
 
S
Q
 
L
A
 
A
M
 
L
Q
 
S
L
 
L
Y
 
Y
S
 
R
L
 
L
F
 
L
E
 
L
K
 
K
L
 
Q
G
 
G
H
 
Y
G
 
A
S
 
E
E
 
R
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
V
L
 
V
I
 
Q
H
 
K
L
 
L
L
 
F

Q9I5I6 NAD-dependent L-serine dehydrogenase; L-serine 3-dehydrogenase (NAD(+)); EC 1.1.1.387 from Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (see paper)
49% identity, 97% coverage: 1:289/298 of query aligns to 1:292/298 of Q9I5I6

query
sites
Q9I5I6
M
 
M
T
x
K
K
x
Q
I
|
I
A
|
A
F
|
F
I
|
I
G
|
G
L
|
L
G
|
G
N
x
H
M
|
M
G
|
G
G
x
A
P
|
P
M
|
M
A
|
A
A
x
T
N
|
N
L
|
L
V
x
L
K
|
K
A
|
A
G
|
G
H
x
Y
A
x
L
V
x
L
T
x
N
G
x
V
F
|
F
D
|
D
L
 
L
L
 
V
E
 
Q
A
 
S
S
 
A
R
 
V
N
 
D
A
 
G
A
 
L
A
 
V
K
 
A
S
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
S
V
 
A
A
 
A
G
 
R
S
 
S
I
 
A
A
 
R
Q
 
D
A
 
A
V
 
V
R
 
Q
E
 
G
M
 
A
E
 
D
C
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
S
M
 
M
L
 
L
P
|
P
A
 
A
S
 
S
A
 
Q
H
 
H
V
 
V
-
 
E
-
 
G
L
 
L
Y
 
Y
V
 
L
W
 
D
D
 
D
E
 
D
-
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
A
F
 
H
V
 
I
D
 
A
P
 
P
G
 
G
T
 
T
L
 
L
L
 
V
I
 
L
D
 
E
S
 
C
S
 
S
T
|
T
I
 
I
D
 
A
V
 
P
E
 
T
S
 
S
A
 
A
R
 
R
K
 
K
V
 
I
H
 
H
G
 
A
L
 
A
A
 
A
E
 
R
K
 
E
A
 
R
N
 
G
C
 
L
P
 
A
S
 
M
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
|
S
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
A
G
 
A
A
 
G
T
 
T
L
 
L
T
 
T
F
 
F
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
D
D
 
A
G
 
E
A
 
A
F
 
L
S
 
E
R
 
K
G
 
A
K
 
R
H
 
P
L
 
L
L
 
F
E
 
E
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
R
K
 
N
I
 
I
V
 
F
H
 
H
C
 
A
G
 
G
D
 
P
A
 
D
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
A
 
V
A
 
A
K
|
K
I
 
V
C
 
C
N
 
N
N
|
N
M
 
Q
I
 
L
L
 
L
G
 
A
V
 
V
S
 
L
M
 
M
A
 
I
A
 
G
V
 
T
C
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
M
V
 
A
L
 
L
A
 
G
E
 
V
R
 
A
L
 
N
G
 
G
L
 
L
S
 
E
H
 
A
Q
 
K
A
 
V
L
 
L
F
 
A
D
 
E
V
 
I
A
 
M
S
 
R
T
 
R
S
 
S
S
 
S
G
 
G
Q
 
G
C
 
N
W
|
W
S
 
A
L
 
L
T
 
E
T
 
V
Y
|
Y
C
 
N
P
 
P
V
 
W
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
 
M
P
 
E
T
 
N
S
 
A
P
 
P
A
 
A
N
 
S
S
 
R
G
 
D
Y
 
Y
K
 
S
P
 
G
G
 
G
F
 
F
A
 
M
A
 
A
S
 
Q
L
 
L
M
 
M
L
 
A
K
|
K
D
|
D
L
 
L
K
 
G
L
 
L
S
 
A
Q
 
Q
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
Q
A
 
A
S
 
S
G
 
A
A
 
S
A
 
S
T
 
T
P
 
P
M
 
M
G
 
G
A
 
S
Q
 
L
A
 
A
M
 
L
Q
 
S
L
 
L
Y
 
Y
S
 
R
L
 
L
F
 
L
E
 
L
K
 
K
L
 
Q
G
 
G
H
 
Y
G
 
A
S
 
E
E
 
R
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
V
L
 
V
I
 
Q
H
 
K
L
 
L
L
 
F

3obbA Crystal structure of a possible 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase from pseudomonas aeruginosa pao1 (see paper)
48% identity, 97% coverage: 1:289/298 of query aligns to 1:291/295 of 3obbA

query
sites
3obbA
M
 
M
T
 
K
K
 
Q
I
 
I
A
 
A
F
 
F
I
 
I
G
 
G
L
 
L
G
 
G
N
 
H
M
 
M
G
 
G
G
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
A
A
 
T
N
 
N
L
 
L
V
 
L
K
 
K
A
 
A
G
 
G
H
 
Y
A
 
L
V
 
L
T
 
N
G
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
L
 
V
E
 
Q
A
 
S
S
 
A
R
 
V
N
 
D
A
 
G
A
 
L
A
 
V
K
 
A
S
 
A
G
 
G
V
 
A
S
 
S
V
 
A
A
 
A
G
 
R
S
 
S
I
 
A
A
 
R
Q
 
D
A
 
A
V
 
V
R
 
Q
E
 
G
M
 
A
E
 
D
C
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
S
M
 
M
L
 
L
P
 
P
A
 
A
S
 
S
A
 
Q
H
 
H
V
 
V
-
 
E
-
 
G
L
 
L
Y
 
Y
V
 
L
W
 
D
D
 
D
E
 
D
-
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
A
F
 
H
V
 
I
D
 
A
P
 
P
G
 
-
T
 
T
L
 
L
L
 
V
I
 
L
D
 
E
S
 
C
S
 
S
T
 
T
I
 
I
D
 
A
V
 
P
E
 
T
S
 
S
A
 
A
R
 
R
K
 
K
V
 
I
H
 
H
G
 
A
L
 
A
A
 
A
E
 
R
K
 
E
A
 
R
N
 
G
C
 
L
P
 
A
S
 
M
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
 
S
G
|
G
G
|
G
T
 
T
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
A
G
 
A
A
 
G
T
 
T
L
 
L
T
 
T
F
 
F
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
D
D
 
A
G
 
E
A
 
A
F
 
L
S
 
E
R
 
K
G
 
A
K
 
R
H
 
P
L
 
L
L
 
F
E
 
E
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
R
K
 
N
I
 
I
V
 
F
H
 
H
C
 
A
G
 
G
D
 
P
A
 
D
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
A
 
V
A
 
A
K
|
K
I
 
V
C
 
C
N
 
N
N
|
N
M
 
Q
I
 
L
L
 
L
G
 
A
V
 
V
S
 
L
M
 
M
A
 
I
A
 
G
V
 
T
C
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
M
V
 
A
L
 
L
A
 
G
E
 
V
R
 
A
L
 
N
G
 
G
L
 
L
S
 
E
H
 
A
Q
 
K
A
 
V
L
 
L
F
 
A
D
 
E
V
 
I
A
 
M
S
 
R
T
 
R
S
 
S
S
 
S
G
 
G
Q
 
G
C
 
N
W
|
W
S
 
A
L
 
L
T
 
E
T
 
V
Y
|
Y
C
 
N
P
 
P
V
 
W
P
 
P
G
 
G
P
 
V
V
 
M
P
 
E
T
 
N
S
 
A
P
 
P
A
 
A
N
 
S
S
 
R
G
 
D
Y
 
Y
K
 
S
P
 
G
G
 
G
F
|
F
A
 
M
A
 
A
S
 
Q
L
 
L
M
 
M
L
 
A
K
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
G
L
 
L
S
 
A
Q
 
Q
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
Q
A
 
A
S
 
S
G
 
A
A
 
S
A
 
S
T
 
T
P
 
P
M
 
M
G
 
G
A
 
S
Q
 
L
A
 
A
M
 
L
Q
 
S
L
 
L
Y
 
Y
S
 
R
L
 
L
F
 
L
E
 
L
K
 
K
L
 
Q
G
 
G
H
 
Y
G
 
A
S
 
E
E
 
R
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
V
L
 
V
I
 
Q
H
 
K
L
 
L
L
 
F

5je8B The crystal structure of bacillus cereus 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase in complex with NAD (see paper)
33% identity, 96% coverage: 1:285/298 of query aligns to 3:285/294 of 5je8B

query
sites
5je8B
M
 
M
T
 
K
K
 
K
I
 
I
A
 
G
F
 
F
I
 
I
G
 
G
L
 
L
G
|
G
N
|
N
M
|
M
G
 
G
G
 
L
P
 
P
M
 
M
A
 
S
A
 
K
N
 
N
L
 
L
V
 
V
K
 
K
A
 
S
G
 
G
H
 
Y
A
 
T
V
 
V
T
 
Y
G
 
G
F
 
V
D
|
D
L
|
L
L
 
N
E
 
K
A
 
E
S
 
A
R
 
E
N
 
A
A
 
S
A
 
F
A
 
E
K
 
K
S
 
E
G
 
G
V
 
G
S
 
I
V
 
I
A
 
G
G
 
L
S
 
S
I
 
I
A
 
S
Q
 
K
A
 
L
V
 
A
R
 
E
E
 
T
M
 
C
E
 
D
C
 
V
V
 
V
I
 
F
T
 
T
M
 
S
L
|
L
P
|
P
A
 
S
S
 
P
A
 
R
H
 
A
V
 
V
L
 
E
Y
 
A
V
|
V
W
 
Y
D
 
F
E
 
G
L
 
A
L
 
E
G
 
G
F
 
L
V
 
F
D
 
E
P
 
N
G
 
G
-
 
H
-
 
S
-
 
N
T
 
V
L
 
V
L
 
F
I
 
I
D
 
D
S
 
T
S
|
S
T
 
T
I
 
V
D
 
S
V
 
P
E
 
Q
S
 
L
A
 
N
R
 
K
K
 
Q
V
 
L
H
 
E
G
 
E
L
 
A
A
 
A
E
 
K
K
 
E
A
 
K
N
 
K
C
 
V
P
 
D
S
 
F
L
 
L
D
 
A
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
 
S
G
 
G
G
 
G
T
 
V
A
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
E
G
 
N
A
 
R
T
 
T
L
 
L
T
 
T
F
 
F
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
S
D
 
K
G
 
D
A
 
V
F
 
Y
S
 
E
R
 
K
G
 
T
K
 
E
H
 
S
L
 
I
L
 
M
E
 
G
A
 
V
M
 
L
G
 
G
K
 
A
K
 
N
I
 
I
V
 
F
H
 
H
C
 
V
G
 
S
D
 
E
A
 
Q
-
 
I
G
 
D
A
 
S
G
 
G
Q
 
T
A
 
T
A
 
V
K
 
K
I
 
L
C
 
I
N
 
N
N
 
N
M
 
L
I
 
L
L
 
I
G
 
G
V
 
F
S
 
Y
M
 
T
A
 
A
A
 
G
V
 
V
C
 
S
E
 
E
A
 
A
F
 
L
V
 
T
L
 
L
A
 
A
E
 
K
R
 
K
L
 
N
G
 
N
L
 
M
S
 
D
H
 
L
Q
 
D
A
 
K
L
 
M
F
 
F
D
 
D
V
 
I
A
 
L
S
 
N
T
 
V
S
 
S
S
 
Y
G
 
G
Q
 
Q
C
 
S
W
 
R
S
 
I
L
 
Y
-
 
E
T
 
R
T
 
N
Y
 
Y
C
 
K
P
 
S
V
 
F
P
 
I
G
 
A
P
 
P
V
 
-
P
 
-
T
 
-
S
 
-
P
 
-
A
 
-
N
 
-
S
 
E
G
 
N
Y
 
Y
K
 
E
P
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
T
A
 
V
S
 
N
L
 
L
M
 
L
L
 
K
K
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
G
L
 
F
S
 
A
Q
 
V
Q
 
D
A
 
L
A
 
A
S
 
K
A
 
E
S
 
S
G
 
E
A
 
L
A
 
H
T
 
L
P
 
P
M
 
V
G
 
S
A
 
E
Q
 
M
A
 
L
M
 
L
Q
 
N
L
 
V
Y
 
Y
S
 
D
L
 
E
F
 
A
E
 
S
K
 
Q
L
 
A
G
 
G
H
 
Y
G
 
G
S
 
E
E
 
N
D
 
D
F
 
M
S
 
A
A
 
A
L
 
L

3ws7A The 1.18 a resolution structure of l-serine 3-dehydrogenase complexed with NADP+ and sulfate ion from the hyperthermophilic archaeon pyrobaculum calidifontis (see paper)
34% identity, 95% coverage: 3:285/298 of query aligns to 15:290/293 of 3ws7A

query
sites
3ws7A
K
 
R
I
 
V
A
 
G
F
 
F
I
 
I
G
|
G
L
|
L
G
|
G
N
x
I
M
|
M
G
 
G
G
 
G
P
 
P
M
 
M
A
 
A
A
 
T
N
 
H
L
 
L
V
 
L
K
 
K
A
 
A
G
 
G
H
 
F
A
 
L
V
 
A
T
 
A
G
 
V
F
 
Y
D
x
N
L
x
R
L
x
T
E
 
R
A
 
E
S
x
K
R
 
T
N
 
K
A
 
P
A
 
F
A
 
A
K
 
E
S
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
Y
V
 
V
A
 
A
G
 
E
S
 
S
I
 
P
A
 
A
Q
 
D
A
 
L
V
 
A
R
 
K
E
 
R
M
 
V
E
 
D
C
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
V
M
|
M
L
x
V
-
x
S
-
 
D
-
 
A
P
 
P
A
x
D
S
 
V
A
 
E
H
x
Q
V
 
V
L
 
L
Y
 
F
V
 
G
W
 
P
D
 
S
E
 
G
L
 
V
L
 
V
G
 
E
F
 
G
V
 
A
D
 
R
P
 
P
G
 
G
T
 
L
L
 
I
L
 
V
I
 
V
D
 
D
S
 
M
S
 
S
T
 
T
I
 
N
D
 
S
V
 
P
E
 
D
S
 
W
A
 
A
R
 
R
K
 
K
V
 
F
H
 
A
G
 
E
L
 
R
A
 
L
E
 
A
K
 
Q
A
 
Y
N
 
G
C
 
I
P
 
E
S
 
F
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
x
T
G
|
G
G
 
G
T
 
Q
A
 
K
G
 
G
A
 
A
A
 
I
G
 
E
A
 
G
T
 
T
L
 
L
T
 
T
F
 
I
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
K
D
 
E
G
 
E
A
 
L
F
 
F
S
 
H
R
 
R
G
 
L
K
 
L
H
 
P
L
 
I
L
 
F
E
 
K
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
R
K
 
D
I
 
I
V
 
V
H
 
Y
C
 
M
G
 
G
D
 
P
A
 
V
G
 
G
A
 
Y
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
A
 
M
K
|
K
I
 
L
C
 
V
N
 
N
N
 
Q
M
 
V
I
 
V
L
 
V
G
 
A
V
 
L
S
 
N
M
 
T
A
 
V
A
 
A
V
 
M
C
 
V
E
 
E
A
 
G
F
 
L
V
 
K
L
 
L
A
 
A
E
 
K
R
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
D
H
 
M
Q
 
D
A
 
K
L
 
V
F
 
A
D
 
E
V
 
V
A
 
L
S
 
T
T
 
A
S
 
R
S
 
S
G
 
G
Q
 
-
C
 
-
W
 
-
S
 
A
L
 
I
T
 
E
T
 
L
Y
 
Y
C
 
L
P
 
P
V
 
-
P
 
-
G
 
-
P
 
-
V
 
-
P
 
-
T
 
-
S
 
K
P
 
L
A
 
L
N
 
K
S
 
G
G
 
D
Y
 
L
K
 
S
P
 
P
G
 
G
F
|
F
A
x
K
A
 
A
S
 
E
L
x
H
M
 
L
L
 
K
K
|
K
D
 
D
L
 
L
K
 
G
L
 
Y
S
 
V
Q
 
L
Q
 
E
A
 
E
A
 
A
S
 
R
A
 
K
S
 
R
G
 
G
A
 
V
A
 
K
T
 
L
P
 
P
M
 
G
G
 
A
A
 
E
Q
 
L
A
 
A
M
 
Y
Q
 
E
L
 
L
Y
 
Y
S
 
R
L
 
K
F
 
M
E
 
V
K
 
E
L
 
D
G
 
G
H
 
A
G
 
G
S
 
S
E
 
L
D
 
G
F
 
I
S
 
H
A
 
A
L
 
L

3w6zA Crystal structure of NADP bound l-serine 3-dehydrogenase (k170m) from hyperthermophilic archaeon pyrobaculum calidifontis (see paper)
33% identity, 95% coverage: 3:285/298 of query aligns to 15:293/296 of 3w6zA

query
sites
3w6zA
K
 
R
I
 
V
A
 
G
F
 
F
I
 
I
G
|
G
L
|
L
G
|
G
N
x
I
M
|
M
G
 
G
G
 
G
P
 
P
M
 
M
A
 
A
A
 
T
N
 
H
L
 
L
V
 
L
K
 
K
A
 
A
G
 
G
H
 
F
A
 
L
V
 
A
T
 
A
G
 
V
F
 
Y
D
x
N
L
x
R
L
x
T
E
 
R
A
 
E
S
x
K
R
 
T
N
 
K
A
 
P
A
 
F
A
 
A
K
 
E
S
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
Y
V
 
V
A
 
A
G
 
E
S
 
S
I
 
P
A
 
A
Q
 
D
A
 
L
V
 
A
R
 
K
E
 
R
M
 
V
E
 
D
C
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
V
M
 
M
L
x
V
-
x
S
-
 
D
-
 
A
P
 
P
A
x
D
S
 
V
A
 
E
H
x
Q
V
 
V
L
 
L
Y
 
F
V
 
G
W
 
P
D
 
S
E
 
G
L
 
V
L
 
V
G
 
E
F
 
G
V
 
A
D
 
R
P
 
P
G
 
G
T
 
L
L
 
I
L
 
V
I
 
V
D
 
D
S
 
M
S
 
S
T
 
T
I
 
N
D
 
S
V
 
P
E
 
D
S
 
W
A
 
A
R
 
R
K
 
K
V
 
F
H
 
A
G
 
E
L
 
R
A
 
L
E
 
A
K
 
Q
A
 
Y
N
 
G
C
 
I
P
 
E
S
 
F
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
Q
A
 
K
G
 
G
A
 
A
A
 
I
G
 
E
A
 
G
T
 
T
L
 
L
T
 
T
F
 
I
M
 
M
V
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
K
D
 
E
G
 
E
A
 
L
F
 
F
S
 
H
R
 
R
G
 
L
K
 
L
H
 
P
L
 
I
L
 
F
E
 
K
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
R
K
 
D
I
 
I
V
 
V
H
 
Y
C
 
M
G
 
G
D
 
P
A
 
V
G
 
G
A
 
Y
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
A
 
M
K
 
M
I
 
L
C
 
V
N
 
N
N
 
Q
M
 
V
I
 
V
L
 
V
G
 
A
V
 
L
S
 
N
M
 
T
A
 
V
A
 
A
V
 
M
C
 
V
E
 
E
A
 
G
F
 
L
V
 
K
L
 
L
A
 
A
E
 
K
R
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
D
H
 
M
Q
 
D
A
 
K
L
 
V
F
 
A
D
 
E
V
 
V
A
 
L
S
 
T
T
 
R
S
 
G
S
 
A
G
 
A
Q
 
R
C
 
S
W
 
G
S
 
A
L
 
I
T
 
E
T
 
L
Y
 
Y
C
 
L
P
 
P
V
 
-
P
 
-
G
 
-
P
 
-
V
 
-
P
 
-
T
 
-
S
 
K
P
 
L
A
 
L
N
 
K
S
 
G
G
 
D
Y
 
L
K
 
S
P
 
P
G
 
G
F
|
F
A
x
K
A
 
A
S
 
E
L
x
H
M
 
L
L
 
K
K
|
K
D
 
D
L
 
L
K
 
G
L
 
Y
S
 
V
Q
 
L
Q
 
E
A
 
E
A
 
A
S
 
R
A
 
K
S
 
R
G
 
G
A
 
V
A
 
K
T
 
L
P
 
P
M
 
G
G
 
A
A
 
E
Q
 
L
A
 
A
M
 
Y
Q
 
E
L
 
L
Y
 
Y
S
 
R
L
 
K
F
 
M
E
 
V
K
 
E
L
 
D
G
 
G
H
 
A
G
 
G
S
 
S
E
 
L
D
 
G
F
 
I
S
 
H
A
 
A
L
 
L

2cvzC Structure of hydroxyisobutyrate dehydrogenase from thermus thermophilus hb8 (see paper)
32% identity, 97% coverage: 1:290/298 of query aligns to 1:282/289 of 2cvzC

query
sites
2cvzC
M
 
M
T
 
E
K
 
K
I
 
V
A
 
A
F
 
F
I
 
I
G
|
G
L
|
L
G
|
G
N
x
A
M
|
M
G
 
G
G
 
Y
P
 
P
M
 
M
A
 
A
A
 
G
N
 
H
L
 
L
V
 
A
K
 
R
A
 
R
G
 
F
H
 
P
A
 
T
V
 
L
T
 
V
G
 
W
F
x
N
D
x
R
L
x
T
L
 
F
E
 
E
A
 
K
S
 
A
R
 
L
N
 
R
A
 
H
A
 
Q
A
 
E
K
 
E
S
 
F
G
 
G
V
 
S
S
 
E
V
 
A
A
 
V
G
 
P
S
 
-
I
 
-
A
 
L
Q
 
E
A
 
R
V
 
V
R
 
A
E
 
E
M
 
A
E
 
R
C
 
V
V
 
I
I
 
F
T
 
T
M
x
C
L
|
L
P
|
P
A
 
T
S
 
T
A
 
R
H
x
E
V
 
V
L
 
Y
Y
x
E
V
 
V
W
 
A
D
 
E
E
 
A
L
 
L
L
 
Y
G
 
P
F
 
Y
V
 
L
D
 
R
P
 
E
G
 
G
T
 
T
L
 
Y
L
 
W
I
 
V
D
 
D
S
 
A
S
 
T
T
x
S
I
 
G
D
 
E
V
 
P
E
 
E
S
 
A
A
 
S
R
 
R
K
 
R
V
 
L
H
 
A
G
 
E
L
 
R
A
 
L
E
 
R
K
 
E
A
 
K
N
 
G
C
 
V
P
 
T
S
 
Y
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
|
S
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
S
G
 
G
A
 
A
A
 
E
G
 
A
A
 
G
T
 
T
L
 
L
T
 
T
F
 
V
M
 
M
V
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
P
D
 
E
G
 
E
A
 
A
F
 
V
S
 
E
R
 
R
G
 
V
K
 
R
H
 
P
L
 
F
L
 
L
E
 
-
A
 
A
M
 
Y
G
 
A
K
 
K
K
 
K
I
 
V
V
 
V
H
 
H
C
 
V
G
 
G
D
 
P
A
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
H
A
 
A
A
 
V
K
|
K
I
 
A
C
 
I
N
|
N
N
|
N
M
 
A
I
 
L
L
 
L
G
 
A
V
 
V
S
 
N
M
 
L
A
 
W
A
 
A
V
 
A
C
 
G
E
 
E
A
 
G
F
 
L
V
 
L
L
 
A
A
 
L
E
 
V
R
 
K
L
 
Q
G
 
G
L
 
V
S
 
S
H
 
A
Q
 
E
A
 
K
L
 
A
F
 
L
D
 
E
V
 
V
A
 
I
S
 
N
T
 
A
S
 
S
S
 
S
G
 
G
Q
 
R
C
 
-
W
 
-
S
 
S
L
 
N
T
 
A
T
 
T
Y
 
E
C
 
N
P
 
L
V
 
I
P
 
P
G
 
Q
P
 
R
V
 
V
P
 
L
T
 
T
S
 
-
P
 
-
A
 
-
N
 
-
S
 
R
G
 
A
Y
 
F
K
 
P
P
 
K
G
 
T
F
|
F
A
 
A
A
 
L
S
 
G
L
 
L
M
 
L
L
 
V
K
|
K
D
 
D
L
 
L
K
 
G
L
 
I
S
 
A
Q
 
M
Q
 
G
A
 
V
A
 
L
S
 
D
A
 
G
S
 
E
G
 
K
A
 
A
A
 
P
T
 
S
P
 
P
M
 
L
G
 
L
A
 
R
Q
 
L
A
 
A
M
 
R
Q
 
E
L
 
V
Y
 
Y
S
 
E
L
 
M
F
 
A
E
 
K
K
 
R
-
 
E
L
 
L
G
 
G
H
 
P
G
 
D
S
 
A
E
 
D
D
 
H
F
 
V
S
 
E
A
 
A
L
 
L
I
 
R
H
 
L
L
 
L
L
 
E
R
 
R

1wp4A Structure of tt368 protein from thermus thermophilus hb8 (see paper)
32% identity, 97% coverage: 3:290/298 of query aligns to 2:281/288 of 1wp4A

query
sites
1wp4A
K
 
K
I
 
V
A
 
A
F
 
F
I
 
I
G
|
G
L
|
L
G
|
G
N
x
A
M
|
M
G
 
G
G
 
Y
P
 
P
M
 
M
A
 
A
A
 
G
N
 
H
L
 
L
V
 
A
K
 
R
A
 
R
G
 
F
H
 
P
A
 
T
V
 
L
T
 
V
G
 
W
F
x
N
D
x
R
L
x
T
L
 
F
E
 
E
A
x
K
S
 
A
R
 
L
N
 
R
A
 
H
A
 
Q
A
 
E
K
 
E
S
 
F
G
 
G
V
 
S
S
 
E
V
 
A
A
 
V
G
 
P
S
 
-
I
 
-
A
 
L
Q
 
E
A
 
R
V
 
V
R
 
A
E
 
E
M
 
A
E
 
R
C
 
V
V
 
I
I
 
F
T
 
T
M
x
C
L
|
L
P
|
P
A
 
T
S
 
T
A
 
R
H
x
E
V
 
V
L
 
Y
Y
 
E
V
 
V
W
 
A
D
 
E
E
 
A
L
 
L
L
 
Y
G
 
P
F
 
Y
V
 
L
D
 
R
P
 
E
G
 
G
T
 
T
L
 
Y
L
 
W
I
 
V
D
 
D
S
 
A
S
 
T
T
x
S
I
 
G
D
 
E
V
 
P
E
 
E
S
 
A
A
 
S
R
 
R
K
 
R
V
 
L
H
 
A
G
 
E
L
 
R
A
 
L
E
 
R
K
 
E
A
 
K
N
 
G
C
 
V
P
 
T
S
 
Y
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
|
S
G
|
G
G
|
G
T
 
T
A
 
S
G
 
G
A
 
A
A
 
E
G
 
A
A
 
G
T
 
T
L
 
L
T
 
T
F
 
V
M
 
M
V
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
P
D
 
E
G
 
E
A
 
A
F
 
V
S
 
E
R
 
R
G
 
V
K
 
R
H
 
P
L
 
F
L
 
L
E
 
-
A
 
A
M
 
Y
G
 
A
K
 
K
K
 
K
I
 
V
V
 
V
H
 
H
C
 
V
G
 
G
D
 
P
A
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
H
A
 
A
A
 
V
K
|
K
I
 
A
C
 
I
N
|
N
N
|
N
M
 
A
I
 
L
L
 
L
G
 
A
V
 
V
S
 
N
M
 
L
A
 
W
A
 
A
V
 
A
C
 
G
E
 
E
A
 
G
F
 
L
V
 
L
L
 
A
A
 
L
E
 
V
R
 
K
L
 
Q
G
 
G
L
 
V
S
 
S
H
 
A
Q
 
E
A
 
K
L
 
A
F
 
L
D
 
E
V
 
V
A
 
I
S
 
N
T
 
A
S
 
S
S
 
S
G
 
G
Q
 
R
C
 
-
W
 
-
S
 
S
L
 
N
T
 
A
T
 
T
Y
 
E
C
 
N
P
 
L
V
 
I
P
 
P
G
 
Q
P
 
R
V
 
V
P
 
L
T
 
T
S
 
-
P
 
-
A
 
-
N
 
-
S
 
R
G
 
A
Y
 
F
K
 
P
P
 
K
G
x
T
F
|
F
A
 
A
A
 
L
S
 
G
L
 
L
M
 
L
L
 
V
K
|
K
D
 
D
L
 
L
K
 
G
L
 
I
S
 
A
Q
 
M
Q
 
G
A
 
V
A
 
L
S
 
D
A
 
G
S
 
E
G
 
K
A
 
A
A
 
P
T
 
S
P
 
P
M
 
L
G
 
L
A
 
R
Q
 
L
A
 
A
M
 
R
Q
 
E
L
 
V
Y
 
Y
S
 
E
L
 
M
F
 
A
E
 
K
K
 
R
-
 
E
L
 
L
G
 
G
H
 
P
G
 
D
S
 
A
E
 
D
D
 
H
F
 
V
S
 
E
A
 
A
L
 
L
I
 
R
H
 
L
L
 
L
L
 
E
R
 
R

P0A9V8 3-sulfolactaldehyde reductase; SLA reductase; 4-hydroxybutyrate dehydrogenase; Gamma-hydroxybutyrate dehydrogenase; GHBDH; Succinic semialdehyde reductase; SSA reductase; EC 1.1.1.373; EC 1.1.1.61 from Escherichia coli (strain K12)
32% identity, 97% coverage: 1:290/298 of query aligns to 1:287/298 of P0A9V8

query
sites
P0A9V8
M
 
M
T
 
A
K
 
A
I
 
I
A
 
A
F
 
F
I
 
I
G
 
G
L
 
L
G
 
G
N
x
Q
M
|
M
G
 
G
G
 
S
P
 
P
M
 
M
A
 
A
A
 
S
N
 
N
L
 
L
V
 
L
K
 
Q
A
 
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
Q
V
 
L
T
 
R
G
 
V
F
 
F
D
|
D
L
 
V
-
 
N
L
 
A
E
 
E
A
 
A
S
 
V
R
 
R
N
 
H
A
 
L
A
 
V
A
 
D
K
 
K
S
 
-
G
 
G
V
 
A
S
 
T
V
 
P
A
 
A
G
 
A
S
 
N
I
 
P
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
A
R
 
K
E
 
D
M
 
A
E
 
E
C
 
F
V
 
I
I
 
I
T
 
T
M
 
M
L
|
L
P
 
P
A
 
N
S
 
G
-
 
D
-
 
L
-
 
V
A
 
R
H
 
N
V
 
V
L
 
L
Y
 
F
V
 
G
W
 
E
D
 
N
E
 
G
L
 
V
L
 
C
G
 
E
F
 
G
V
 
L
D
 
S
P
 
T
G
 
D
T
 
A
L
 
L
L
 
V
I
 
I
D
 
D
S
 
M
S
 
S
T
|
T
I
 
I
D
 
H
V
 
P
E
 
L
S
 
Q
A
 
T
R
 
D
K
 
K
V
 
L
H
 
I
G
 
A
L
 
D
A
 
M
E
 
Q
K
 
A
A
 
K
N
 
G
C
 
F
P
 
S
S
 
M
L
 
M
D
 
D
A
 
V
P
 
P
V
 
V
S
x
G
G
x
R
G
x
T
T
 
S
A
 
A
G
 
N
A
 
A
A
 
I
G
 
T
A
 
G
T
 
T
L
 
L
T
 
L
F
 
L
M
 
L
V
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
T
D
 
A
G
 
E
A
 
Q
F
 
V
S
 
E
R
 
R
G
 
A
K
 
T
H
 
P
L
 
I
L
 
L
E
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
S
K
 
E
I
 
L
V
 
I
H
 
N
C
 
A
G
 
G
D
 
G
A
 
P
G
 
G
A
 
M
G
 
G
Q
 
I
A
 
R
A
 
V
K
 
K
I
 
L
C
 
I
N
|
N
N
|
N
M
x
Y
I
x
M
L
x
S
G
 
I
V
 
A
S
 
L
M
 
N
A
 
A
A
 
L
V
 
S
C
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
C
E
 
E
R
 
A
L
 
L
G
 
N
L
 
L
S
 
P
H
 
F
Q
 
D
A
 
V
L
 
A
F
 
V
D
 
K
V
 
V
A
 
M
S
 
S
-
 
G
T
 
T
S
 
A
S
 
A
G
 
G
Q
 
K
C
 
G
W
 
H
S
 
F
L
 
T
T
 
T
T
 
S
Y
 
W
C
 
-
P
 
-
V
 
-
P
 
-
G
 
-
P
 
-
V
 
-
P
 
P
T
 
N
S
 
K
P
 
V
A
 
L
N
 
S
S
 
G
G
 
D
Y
 
L
K
 
S
P
 
P
G
 
A
F
 
F
A
 
M
A
 
I
S
 
D
L
 
L
M
 
A
L
 
H
K
|
K
D
 
D
L
 
L
K
 
G
L
 
I
S
 
A
Q
 
L
Q
 
D
A
 
V
A
 
A
S
 
N
A
 
Q
S
 
L
G
 
H
A
 
V
A
 
P
T
 
M
P
 
P
M
 
L
G
 
G
A
 
A
Q
 
A
A
 
S
M
 
R
Q
 
E
L
 
V
Y
 
Y
S
 
S
L
 
Q
F
 
A
E
 
R
K
 
A
L
 
A
G
 
G
H
 
R
G
 
G
S
 
R
E
 
Q
D
 
D
F
 
W
S
 
S
A
 
A
L
 
I
I
 
L
H
 
E
L
 
Q
L
 
V
R
 
R

6smyA Crystal structure of sla reductase yihu from e. Coli with nadh and product dhps
32% identity, 96% coverage: 4:290/298 of query aligns to 3:286/294 of 6smyA

query
sites
6smyA
I
 
I
A
 
A
F
 
F
I
 
I
G
 
G
L
 
L
G
 
G
N
 
Q
M
 
M
G
 
G
G
 
S
P
 
P
M
 
M
A
 
A
A
 
S
N
 
N
L
 
L
V
 
L
K
 
Q
A
 
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
Q
V
 
L
T
 
R
G
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
V
-
 
N
L
 
A
E
 
E
A
 
A
S
 
V
R
 
R
N
 
H
A
 
L
A
 
V
A
 
D
K
 
K
S
 
-
G
 
G
V
 
A
S
 
T
V
 
P
A
 
A
G
 
A
S
 
N
I
 
P
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
A
R
 
K
E
 
D
M
 
A
E
 
E
C
 
F
V
 
I
I
 
I
T
 
T
M
 
M
L
 
L
P
 
P
A
 
N
S
 
G
-
 
D
-
 
L
-
 
V
A
 
R
H
 
N
V
 
V
L
 
L
Y
 
F
V
 
G
W
 
E
D
 
N
E
 
G
L
 
V
L
 
C
G
 
E
F
 
G
V
 
L
D
 
S
P
 
T
G
 
D
T
 
A
L
 
L
L
 
V
I
 
I
D
 
D
S
 
M
S
 
S
T
 
T
I
 
I
D
 
H
V
 
P
E
 
L
S
 
Q
A
 
T
R
 
D
K
 
K
V
 
L
H
 
I
G
 
A
L
 
D
A
 
M
E
 
Q
K
 
A
A
 
K
N
 
G
C
 
F
P
 
S
S
 
M
L
 
M
D
 
D
A
 
V
P
 
P
V
 
V
S
 
G
G
 
R
G
 
T
T
 
S
A
 
A
G
 
N
A
 
A
A
 
I
G
 
T
A
 
G
T
 
T
L
 
L
T
 
L
F
 
L
M
 
L
V
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
T
D
 
A
G
 
E
A
 
Q
F
 
V
S
 
E
R
 
R
G
 
A
K
 
T
H
 
P
L
 
I
L
 
L
E
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
S
K
 
E
I
 
L
V
 
I
H
 
N
C
 
A
G
 
G
D
 
G
A
 
P
G
 
G
A
 
M
G
 
G
Q
 
I
A
 
R
A
 
V
K
 
K
I
 
L
C
 
I
N
 
N
N
 
N
M
 
Y
I
 
M
L
 
S
G
 
I
V
 
A
S
 
L
M
 
N
A
 
A
A
 
L
V
 
S
C
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
C
E
 
E
R
 
A
L
 
L
G
 
N
L
 
L
S
 
P
H
 
F
Q
 
D
A
 
V
L
 
A
F
 
V
D
 
K
V
 
V
A
 
M
S
 
S
-
 
G
T
 
T
S
 
A
S
 
A
G
 
G
Q
 
K
C
 
G
W
 
H
S
 
F
L
 
T
T
 
T
T
 
S
Y
 
W
C
 
-
P
 
-
V
 
-
P
 
-
G
 
-
P
 
-
V
 
-
P
 
P
T
 
N
S
 
K
P
 
V
A
 
L
N
 
S
S
 
G
G
 
D
Y
 
L
K
 
S
P
 
P
G
 
A
F
|
F
A
 
M
A
 
I
S
 
D
L
 
L
M
 
A
L
 
H
K
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
G
L
 
I
S
 
A
Q
 
L
Q
 
D
A
 
V
A
 
A
S
 
N
A
 
Q
S
 
L
G
 
H
A
 
V
A
 
P
T
 
M
P
 
P
M
 
L
G
 
G
A
 
A
Q
 
A
A
 
S
M
 
R
Q
 
E
L
 
V
Y
 
Y
S
 
S
L
 
Q
F
 
A
E
 
R
K
 
A
L
 
A
G
 
G
H
 
R
G
 
G
S
 
R
E
 
Q
D
 
D
F
x
W
S
 
S
A
 
A
L
 
I
I
 
L
H
 
E
L
 
Q
L
 
V
R
 
R

6smzC Crystal structure of sla reductase yihu from e. Coli in complex with nadh
32% identity, 96% coverage: 4:290/298 of query aligns to 3:286/295 of 6smzC

query
sites
6smzC
I
 
I
A
 
A
F
 
F
I
 
I
G
 
G
L
 
L
G
|
G
N
x
Q
M
|
M
G
 
G
G
 
S
P
 
P
M
 
M
A
 
A
A
 
S
N
 
N
L
 
L
V
 
L
K
 
Q
A
 
Q
G
 
G
H
 
H
A
 
Q
V
 
L
T
 
R
G
 
V
F
|
F
D
|
D
L
x
V
-
 
N
L
 
A
E
 
E
A
 
A
S
 
V
R
 
R
N
 
H
A
 
L
A
 
V
A
 
D
K
 
K
S
 
-
G
 
G
V
 
A
S
 
T
V
 
P
A
 
A
G
 
A
S
 
N
I
 
P
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
A
R
 
K
E
 
D
M
 
A
E
 
E
C
 
F
V
 
I
I
 
I
T
 
T
M
|
M
L
|
L
P
 
P
A
 
N
S
 
G
-
 
D
-
 
L
-
 
V
A
 
R
H
 
N
V
|
V
L
 
L
Y
 
F
V
 
G
W
 
E
D
 
N
E
 
G
L
 
V
L
 
C
G
 
E
F
 
G
V
 
L
D
 
S
P
 
T
G
 
D
T
 
A
L
 
L
L
 
V
I
 
I
D
 
D
S
 
M
S
|
S
T
|
T
I
 
I
D
 
H
V
 
P
E
 
L
S
 
Q
A
 
T
R
 
D
K
 
K
V
 
L
H
 
I
G
 
A
L
 
D
A
 
M
E
 
Q
K
 
A
A
 
K
N
 
G
C
 
F
P
 
S
S
 
M
L
 
M
D
 
D
A
 
V
P
 
P
V
 
V
S
 
G
G
x
R
G
 
T
T
 
S
A
 
A
G
 
N
A
 
A
A
 
I
G
 
T
A
 
G
T
 
T
L
 
L
T
 
L
F
 
L
M
 
L
V
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
T
D
 
A
G
 
E
A
 
Q
F
 
V
S
 
E
R
 
R
G
 
A
K
 
T
H
 
P
L
 
I
L
 
L
E
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
G
K
 
S
K
 
E
I
 
L
V
 
I
H
 
N
C
 
A
G
 
G
D
 
G
A
 
P
G
 
G
A
 
M
G
 
G
Q
 
I
A
 
R
A
 
V
K
 
K
I
 
L
C
 
I
N
 
N
N
 
N
M
 
Y
I
 
M
L
 
S
G
 
I
V
 
A
S
 
L
M
 
N
A
 
A
A
 
L
V
 
S
C
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
C
E
 
E
R
 
A
L
 
L
G
 
N
L
 
L
S
 
P
H
 
F
Q
 
D
A
 
V
L
 
A
F
 
V
D
 
K
V
 
V
A
 
M
S
 
S
-
 
G
T
 
T
S
 
A
S
 
A
G
 
G
Q
 
K
C
 
G
W
 
H
S
 
F
L
 
T
T
 
T
T
 
S
Y
 
W
C
 
-
P
 
-
V
 
-
P
 
-
G
 
-
P
 
-
V
 
-
P
 
P
T
 
N
S
 
K
P
 
V
A
 
L
N
 
S
S
 
G
G
 
D
Y
 
L
K
 
S
P
 
P
G
 
A
F
 
F
A
 
M
A
 
I
S
 
D
L
 
L
M
 
A
L
 
H
K
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
G
L
 
I
S
 
A
Q
 
L
Q
 
D
A
 
V
A
 
A
S
 
N
A
 
Q
S
 
L
G
 
H
A
 
V
A
 
P
T
 
M
P
 
P
M
 
L
G
 
G
A
 
A
Q
 
A
A
 
S
M
 
R
Q
 
E
L
 
V
Y
 
Y
S
 
S
L
 
Q
F
 
A
E
 
R
K
 
A
L
 
A
G
 
G
H
 
R
G
 
G
S
 
R
E
 
Q
D
 
D
F
 
W
S
 
S
A
 
A
L
 
I
I
 
L
H
 
E
L
 
Q
L
 
V
R
 
R

3pefA Crystal structure of gamma-hydroxybutyrate dehydrogenase from geobacter metallireducens in complex with NADP+ (see paper)
31% identity, 96% coverage: 3:287/298 of query aligns to 3:283/287 of 3pefA

query
sites
3pefA
K
 
K
I
 
F
A
 
G
F
 
F
I
 
I
G
 
G
L
 
L
G
|
G
N
x
I
M
|
M
G
 
G
G
 
S
P
 
A
M
 
M
A
 
A
A
 
K
N
 
N
L
 
L
V
 
V
K
 
K
A
 
A
G
 
G
H
 
C
A
 
S
V
 
V
T
 
T
G
 
I
F
 
W
D
x
N
L
x
R
L
x
S
E
 
P
A
 
E
S
x
K
R
 
A
N
 
E
A
 
E
A
 
L
A
 
A
K
 
A
S
 
L
G
 
G
V
 
A
S
 
E
V
 
R
A
 
A
G
 
A
S
 
T
I
 
P
A
 
C
Q
 
E
A
 
V
V
 
V
R
 
E
E
 
S
M
 
C
E
 
P
C
 
V
V
 
T
I
 
F
T
 
A
M
|
M
L
|
L
-
x
A
-
x
D
P
 
P
A
 
A
S
x
A
A
 
A
H
 
E
-
x
E
V
 
V
L
 
C
Y
 
F
V
 
G
W
 
K
D
 
H
E
 
G
L
 
V
L
 
L
G
 
E
F
 
G
V
 
I
D
 
G
P
 
E
G
 
G
T
 
R
L
 
G
L
 
Y
I
 
V
D
 
D
S
 
M
S
 
S
T
|
T
I
 
V
D
 
D
V
 
P
E
 
A
S
 
T
A
 
S
R
 
Q
K
 
R
V
 
I
H
 
G
G
 
V
L
 
A
A
 
V
E
 
V
K
 
A
A
 
K
N
 
G
C
 
G
P
 
R
S
 
F
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
 
S
G
|
G
G
x
S
T
 
K
A
 
K
G
 
P
A
 
A
A
 
E
G
 
D
A
 
G
T
 
T
L
 
L
T
 
I
F
 
I
M
 
L
V
 
A
G
 
A
G
 
G
S
 
D
D
 
R
G
 
N
A
 
L
F
 
Y
S
 
D
R
 
E
G
 
A
K
 
M
H
 
P
L
 
G
L
 
F
E
 
E
A
 
K
M
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
K
I
 
I
V
 
I
H
 
H
C
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
G
Q
 
A
A
 
E
A
 
M
K
|
K
I
 
L
C
 
V
N
 
V
N
|
N
M
 
M
I
 
V
L
x
M
G
 
G
V
 
G
S
 
M
M
 
M
A
 
A
A
 
C
V
 
F
C
 
C
E
 
E
A
 
G
F
 
L
V
 
A
L
 
L
A
 
G
E
 
E
R
 
K
L
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
A
H
 
T
Q
 
D
A
 
A
L
 
I
F
x
L
D
 
D
V
 
V
-
 
I
-
x
G
A
 
A
S
 
G
T
 
A
S
 
M
S
 
A
G
x
N
Q
 
P
C
 
M
W
 
F
S
x
A
L
 
L
T
 
K
T
 
G
Y
 
-
C
 
-
P
 
-
V
 
-
P
 
-
G
 
G
P
 
L
V
 
I
P
 
-
T
 
-
S
 
-
P
 
-
A
 
R
N
 
D
S
 
R
G
 
N
Y
 
F
K
 
A
P
 
P
G
x
A
F
|
F
A
 
P
A
 
L
S
 
K
L
x
H
M
 
M
L
 
Q
K
|
K
D
 
D
L
 
L
K
x
R
L
 
L
S
 
A
Q
 
V
Q
 
A
A
 
L
A
 
G
S
 
D
A
 
R
S
 
V
G
 
G
A
 
Q
A
 
P
T
 
L
P
 
V
M
 
A
G
 
S
A
 
A
Q
 
A
A
 
A
M
 
N
Q
 
E
L
 
L
Y
 
F
S
 
K
L
 
G
F
 
A
E
x
R
K
 
A
L
 
A
G
 
G
H
 
F
G
 
G
S
 
D
E
 
E
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
A
L
 
I
I
 
F
H
 
K

3pduA Crystal structure of gamma-hydroxybutyrate dehydrogenase from geobacter sulfurreducens in complex with NADP+ (see paper)
32% identity, 97% coverage: 1:289/298 of query aligns to 1:285/287 of 3pduA

query
sites
3pduA
M
 
M
T
 
T
K
 
T
I
 
Y
A
 
G
F
 
F
I
 
L
G
|
G
L
 
L
G
|
G
N
x
I
M
|
M
G
 
G
G
 
G
P
 
P
M
 
M
A
 
A
A
 
A
N
 
N
L
 
L
V
 
V
K
 
R
A
 
A
G
 
G
H
 
F
A
 
D
V
 
V
T
 
T
G
 
V
F
 
W
D
x
N
L
x
R
L
x
N
E
 
P
A
 
A
S
 
K
R
 
C
N
 
A
A
 
P
A
 
L
A
 
V
K
 
A
S
 
L
G
 
G
V
 
A
S
 
R
V
 
Q
A
 
A
G
 
S
S
 
S
I
 
P
A
 
A
Q
 
E
A
 
V
V
 
C
R
 
A
E
 
A
M
 
C
E
 
D
C
 
I
V
 
T
I
 
I
T
 
A
M
|
M
L
|
L
-
x
A
-
 
D
P
 
P
A
 
A
S
x
A
A
 
A
H
 
R
-
 
E
V
 
V
L
 
C
Y
 
F
V
 
G
W
 
A
D
 
N
E
 
G
L
 
V
L
 
L
G
 
E
F
 
G
V
 
I
D
 
G
P
 
G
G
 
G
T
 
R
L
 
G
L
 
Y
I
 
I
D
 
D
S
 
M
S
 
S
T
|
T
I
 
V
D
 
D
V
 
D
E
 
E
S
 
T
A
 
S
R
 
T
K
 
A
V
 
I
H
 
G
G
 
A
L
 
A
A
 
V
E
 
T
K
 
A
A
 
R
N
 
G
C
 
G
P
 
R
S
 
F
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
 
S
G
|
G
G
x
T
T
 
K
A
 
K
G
 
P
A
 
A
A
 
E
G
 
D
A
 
G
T
 
T
L
 
L
T
 
I
F
 
I
M
 
L
V
 
A
G
 
A
G
 
G
S
 
D
D
 
Q
G
 
S
A
 
L
F
 
F
S
 
T
R
 
D
G
 
A
K
 
G
H
 
P
L
 
A
L
 
F
E
 
A
A
 
A
M
 
L
G
 
G
K
 
K
K
 
K
I
 
C
V
 
L
H
 
H
C
 
L
G
 
G
D
 
E
A
 
V
G
 
G
A
 
Q
G
 
G
Q
 
A
A
 
R
A
 
M
K
|
K
I
 
L
C
 
V
N
 
V
N
 
N
M
 
M
I
 
I
L
 
M
G
 
G
V
 
Q
S
 
M
M
 
M
A
 
T
A
 
A
V
 
L
C
 
G
E
 
E
A
 
G
F
 
M
V
 
A
L
 
L
A
 
G
E
 
R
R
 
N
L
 
C
G
 
G
L
 
L
S
 
D
H
 
G
Q
 
G
A
 
Q
L
 
L
F
 
L
D
 
E
V
 
V
-
 
L
-
 
D
A
 
A
S
 
G
T
 
A
S
 
M
S
 
A
G
 
N
Q
 
P
C
 
M
W
 
F
S
 
K
L
 
G
T
 
K
T
 
G
Y
 
Q
C
 
M
P
 
L
V
 
L
P
 
S
G
 
G
P
 
E
V
 
F
P
 
P
T
 
T
S
|
S
P
 
-
A
 
-
N
 
-
S
 
-
G
 
-
Y
 
-
K
 
-
P
 
-
G
 
-
F
|
F
A
x
P
A
 
L
S
 
K
L
x
H
M
 
M
L
 
Q
K
|
K
D
 
D
L
 
L
K
x
R
L
 
L
S
 
A
Q
 
V
Q
x
E
A
 
L
A
 
G
S
 
D
A
x
R
S
 
L
G
 
G
A
 
Q
A
 
P
T
 
L
P
 
H
M
 
G
G
 
A
A
 
A
Q
 
T
A
 
A
M
 
N
Q
 
E
L
 
S
Y
 
F
S
 
K
L
 
R
F
 
A
E
 
R
K
 
A
L
 
A
G
 
G
H
 
H
G
 
A
S
 
D
E
 
E
D
 
D
F
 
F
S
 
A
A
 
A
L
 
V
I
 
F
H
 
R
L
 
V
L
 
L

Query Sequence

>WP_011969870.1 NCBI__GCF_000017145.1:WP_011969870.1
MTKIAFIGLGNMGGPMAANLVKAGHAVTGFDLLEASRNAAAKSGVSVAGSIAQAVREMEC
VITMLPASAHVLYVWDELLGFVDPGTLLIDSSTIDVESARKVHGLAEKANCPSLDAPVSG
GTAGAAGATLTFMVGGSDGAFSRGKHLLEAMGKKIVHCGDAGAGQAAKICNNMILGVSMA
AVCEAFVLAERLGLSHQALFDVASTSSGQCWSLTTYCPVPGPVPTSPANSGYKPGFAASL
MLKDLKLSQQAASASGAATPMGAQAMQLYSLFEKLGHGSEDFSALIHLLRGNEEGKAE

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory