SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011970225.1 NCBI__GCF_000017145.1:WP_011970225.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
34% identity, 92% coverage: 15:238/244 of query aligns to 14:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
F
|
F
T
 
G
G
 
E
L
x
F
R
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
H
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
S
 
S
L
 
V
A
 
C
T
 
K
G
 
G
E
 
D
V
 
V
V
 
T
G
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
N
 
N
A
 
V
I
 
I
T
 
T
G
 
G
Q
 
F
V
 
L
K
 
K
L
 
A
A
 
D
S
 
E
G
 
G
T
 
R
I
 
V
T
 
Y
A
 
F
G
 
E
S
 
N
T
 
K
T
 
D
L
 
I
S
 
T
G
 
N
L
 
K
S
 
E
P
 
P
R
 
A
E
 
E
V
 
L
A
 
Y
L
 
H
A
 
Y
G
 
G
V
 
I
S
 
V
R
 
R
S
 
T
F
 
F
Q
 
Q
I
 
T
V
 
P
R
 
Q
L
 
P
F
 
L
N
 
K
T
 
E
M
 
M
T
 
T
V
 
V
F
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
L
E
 
L
A
 
I
A
 
G
A
 
E
L
 
I
A
 
N
K
 
P
G
 
G
A
 
E
S
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
R
 
K
T
 
W
I
 
I
A
 
P
-
 
K
-
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
M
A
 
V
Q
 
E
R
 
K
T
 
A
Q
 
F
N
 
K
L
 
I
L
 
L
D
 
E
E
 
F
L
 
L
G
 
K
L
 
L
A
 
S
A
 
H
K
 
L
A
 
Y
D
 
D
E
 
R
L
 
K
G
 
A
E
 
G
N
 
E
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
K
 
M
R
 
K
R
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
A
 
T
E
 
N
P
 
P
L
 
K
F
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
A
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
A
D
 
P
A
 
G
E
 
L
T
 
A
E
 
H
A
 
D
L
 
I
L
 
F
H
 
N
T
 
H
L
 
V
A
 
L
E
 
E
L
 
L
P
 
K
G
 
A
K
 
K
R
 
-
G
 
G
L
 
I
G
 
T
L
 
F
L
 
L
I
 
I
I
 
I
D
 
E
H
 
H
D
 
R
M
 
L
G
 
D
L
 
I
I
 
V
M
 
L
R
 
N
L
 
Y
C
 
I
H
 
D
R
 
H
L
 
L
H
 
Y
V
 
V
L
 
M
A
 
F
S
 
N
G
 
G
R
 
Q
T
 
I
I
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
E
-
 
E
D
 
E
A
 
I
A
 
K
H
 
N
V
 
V
R
 
L
S
 
S
H
 
D
P
 
P
A
 
K
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
33% identity, 92% coverage: 15:239/244 of query aligns to 14:254/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
F
|
F
T
 
G
G
 
E
L
x
F
R
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
H
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
S
 
S
L
 
V
A
 
N
T
 
K
G
 
G
E
 
D
V
 
V
V
 
T
G
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
N
 
N
A
 
V
I
 
I
T
 
T
G
 
G
Q
 
F
V
 
L
K
 
K
L
 
A
A
 
D
S
 
E
G
 
G
T
 
R
I
 
V
T
 
Y
A
 
F
G
 
E
S
 
N
T
 
K
T
 
D
L
 
I
S
 
T
G
 
N
L
 
K
S
 
E
P
 
P
R
 
A
E
 
E
V
 
L
A
 
Y
L
 
H
A
 
Y
G
 
G
V
 
I
S
 
V
R
 
R
S
 
T
F
 
F
Q
 
Q
I
 
T
V
 
P
R
 
Q
L
 
P
F
 
L
N
 
K
T
 
E
M
 
M
T
 
T
V
 
V
F
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
L
E
 
L
A
 
I
A
 
G
A
 
E
L
 
I
A
 
C
K
 
P
G
 
G
A
 
E
S
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
R
 
K
T
 
W
I
 
I
A
 
P
-
 
K
-
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
M
A
 
V
Q
 
E
R
 
K
T
 
A
Q
 
F
N
 
K
L
 
I
L
 
L
D
 
E
E
 
F
L
 
L
G
 
K
L
 
L
A
 
S
A
 
H
K
 
L
A
 
Y
D
 
D
E
 
R
L
 
K
G
 
A
E
 
G
N
 
E
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
K
 
M
R
 
K
R
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
A
 
T
E
 
N
P
 
P
L
 
K
F
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
A
D
 
P
A
 
G
E
 
L
T
 
A
E
 
H
A
 
D
L
 
I
L
 
F
H
 
N
T
 
H
L
 
V
A
 
L
E
 
E
L
 
L
P
 
K
G
 
A
K
 
K
R
 
-
G
 
G
L
 
I
G
 
T
L
 
F
L
 
L
I
 
I
I
 
I
D
 
E
H
 
H
D
 
R
M
 
L
G
 
D
L
 
I
I
 
V
M
 
L
R
 
N
L
 
Y
C
 
I
H
 
D
R
 
H
L
 
L
H
 
Y
V
 
V
L
 
M
A
 
F
S
 
N
G
 
G
R
 
Q
T
 
I
I
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
E
-
 
E
D
 
E
A
 
I
A
 
K
H
 
N
V
 
V
R
 
L
S
 
S
H
 
D
P
 
P
A
 
K
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G
K
 
E

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
35% identity, 92% coverage: 15:239/244 of query aligns to 12:236/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
F
 
Y
T
 
K
G
 
G
L
 
R
R
 
R
A
 
V
L
 
V
D
 
E
H
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
L
 
V
A
 
N
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
T
I
 
F
N
 
Y
A
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
V
 
V
K
 
P
L
 
R
A
 
D
S
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
T
 
I
A
 
I
G
 
D
S
 
D
T
 
D
T
 
D
L
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
P
 
L
R
 
H
E
 
A
V
 
R
A
 
A
L
 
R
A
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
 
Q
I
 
E
V
 
A
R
 
S
L
 
I
F
 
F
N
x
R
T
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
F
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
E
 
M
A
 
A
A
 
V
-
 
L
A
 
Q
L
 
I
A
 
R
K
 
D
G
 
D
A
 
L
S
 
S
R
 
A
T
 
E
I
 
Q
A
 
R
A
 
E
Q
 
D
R
 
R
T
 
A
Q
 
N
N
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
E
 
E
L
 
F
G
 
H
L
 
I
A
 
E
A
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
x
M
G
|
G
E
x
Q
N
 
S
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
K
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
L
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
D
 
P
A
 
I
E
 
S
T
 
V
E
 
I
A
 
D
L
 
I
L
 
K
H
 
R
T
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
P
 
R
G
 
D
K
 
S
R
 
-
G
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
I
 
I
I
 
T
D
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
L
 
E
I
 
T
M
 
L
R
 
A
L
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
T
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
A
 
T
H
 
E
V
 
I
R
 
L
S
 
Q
H
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
K
 
E

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
35% identity, 92% coverage: 15:239/244 of query aligns to 12:236/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
F
x
Y
T
 
K
G
 
G
L
x
R
R
 
R
A
 
V
L
 
V
D
 
E
H
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
L
 
V
A
 
N
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
N
 
Y
A
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
V
 
V
K
 
P
L
 
R
A
 
D
S
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
T
 
I
A
 
I
G
 
D
S
 
D
T
 
D
T
 
D
L
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
P
 
L
R
 
H
E
 
A
V
 
R
A
 
A
L
 
R
A
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
|
Q
I
 
E
V
 
A
R
 
S
L
 
I
F
 
F
N
 
R
T
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
F
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
E
 
M
A
 
A
A
 
V
-
 
L
A
 
Q
L
 
I
A
 
R
K
 
D
G
 
D
A
 
L
S
 
S
R
 
A
T
 
E
I
 
Q
A
 
R
A
 
E
Q
 
D
R
 
R
T
 
A
Q
 
N
N
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
E
 
E
L
 
F
G
 
H
L
 
I
A
 
E
A
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
G
 
G
E
 
Q
N
x
S
L
 
L
S
|
S
Y
 
G
G
 
G
D
x
E
K
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
L
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
D
 
P
A
 
I
E
 
S
T
 
V
E
 
I
A
 
D
L
 
I
L
 
K
H
 
R
T
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
P
 
R
G
 
D
K
 
S
R
 
-
G
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
I
 
I
I
 
T
D
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
L
 
E
I
 
T
M
 
L
R
 
A
L
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
T
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
A
 
T
H
 
E
V
 
I
R
 
L
S
 
Q
H
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
K
 
E

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
35% identity, 92% coverage: 15:239/244 of query aligns to 12:236/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
F
 
Y
T
 
K
G
 
K
L
 
R
R
 
K
A
 
V
L
 
V
D
 
S
H
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
Q
L
 
V
A
 
E
T
 
S
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
S
I
 
F
N
 
Y
A
 
M
I
 
I
T
 
V
G
 
G
Q
 
L
V
 
V
K
 
A
L
 
R
A
 
D
S
 
E
G
 
G
T
 
T
I
 
I
T
 
T
A
 
I
G
 
D
S
 
D
T
 
N
T
 
D
L
 
I
S
 
S
G
 
I
L
 
L
S
 
P
P
 
M
R
 
H
E
 
S
V
 
R
A
 
S
L
 
R
A
 
M
G
 
G
V
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
 
Q
I
 
E
V
 
A
R
 
S
L
 
I
F
 
F
N
 
R
T
 
K
M
 
L
T
 
S
V
 
V
F
 
E
E
 
D
N
 
N
V
 
I
E
 
M
A
 
A
A
 
V
A
 
L
L
 
Q
A
 
T
K
 
R
G
 
E
A
 
E
-
 
L
S
 
T
R
 
H
T
x
E
I
 
E
A
 
R
A
 
Q
Q
x
D
R
 
K
T
 
L
Q
 
E
N
 
D
L
 
L
L
 
L
D
 
E
E
 
E
L
 
F
G
 
H
L
 
I
A
 
Q
A
 
H
K
 
I
A
 
R
D
 
K
E
 
S
L
 
A
G
 
G
E
 
M
N
 
A
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
K
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
L
 
Q
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
-
D
 
D
A
 
P
E
 
I
T
 
S
E
 
V
A
 
I
L
 
D
L
 
I
H
 
K
T
 
K
L
 
I
A
 
I
E
 
E
L
 
H
P
 
L
G
 
R
K
 
D
R
 
R
G
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
I
 
I
I
 
T
D
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
L
 
E
I
 
T
M
 
L
R
 
D
L
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
K
L
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
R
T
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G
D
 
T
A
 
P
A
 
Q
H
 
D
V
 
V
R
 
L
S
 
N
H
 
N
P
 
E
A
 
Q
V
 
V
I
 
K
E
 
Q
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
K
 
E

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
35% identity, 92% coverage: 15:238/244 of query aligns to 12:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
F
x
Y
T
 
K
G
 
G
L
 
R
R
 
R
A
 
V
L
 
V
D
 
E
H
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
L
 
V
A
 
N
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
N
 
Y
A
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
V
 
V
K
 
P
L
 
R
A
 
D
S
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
T
 
I
A
 
I
G
 
D
S
 
D
T
 
D
T
 
D
L
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
P
 
L
R
 
H
E
 
A
V
 
R
A
 
A
L
 
R
A
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
|
Q
I
 
E
V
 
A
R
 
S
L
 
I
F
 
F
N
 
R
T
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
F
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
E
 
M
A
 
A
A
 
V
-
 
L
A
 
Q
L
 
I
A
 
R
K
 
D
G
 
D
A
 
L
S
 
S
R
 
A
T
 
E
I
 
Q
A
 
R
A
 
E
Q
 
D
R
 
R
T
 
A
Q
 
N
N
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
E
 
E
L
 
F
G
 
H
L
 
I
A
 
E
A
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
G
 
G
E
 
Q
N
x
S
L
 
L
S
|
S
Y
x
G
G
|
G
D
 
E
K
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
L
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
|
G
M
 
V
N
 
D
D
 
P
A
 
I
E
 
S
T
 
V
E
 
I
A
 
D
L
 
I
L
 
K
H
 
R
T
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
P
 
R
G
 
D
K
 
S
R
 
-
G
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
I
 
I
I
 
T
D
 
D
H
|
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
L
 
E
I
 
T
M
 
L
R
 
A
L
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
T
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
A
 
T
H
 
E
V
 
I
R
 
L
S
 
Q
H
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
34% identity, 92% coverage: 15:239/244 of query aligns to 13:237/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
F
x
Y
T
 
K
G
 
G
L
x
R
R
 
R
A
x
V
L
 
V
D
 
E
H
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
L
 
V
A
 
N
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
N
 
Y
A
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
V
 
V
K
 
P
L
 
R
A
 
D
S
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
T
 
I
A
 
I
G
 
D
S
 
D
T
 
D
T
 
D
L
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
P
 
L
R
 
H
E
 
A
V
 
R
A
 
A
L
 
R
A
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
 
Q
I
 
E
V
 
A
R
 
S
L
 
I
F
 
F
N
 
R
T
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
F
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
E
 
M
A
 
A
A
 
V
-
 
L
A
 
Q
L
 
I
A
 
R
K
 
D
G
 
D
A
 
L
S
 
S
R
 
A
T
 
E
I
 
Q
A
 
R
A
 
E
Q
 
D
R
 
R
T
 
A
Q
 
N
N
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
E
 
E
L
 
F
G
 
H
L
 
I
A
 
E
A
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
G
 
G
E
 
Q
N
 
S
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
K
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
L
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
D
 
P
A
 
I
E
 
S
T
 
V
E
 
I
A
 
D
L
 
I
L
 
K
H
 
R
T
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
P
 
R
G
 
D
K
 
S
R
 
-
G
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
I
 
I
I
 
T
D
 
D
H
|
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
L
 
E
I
 
T
M
 
L
R
 
A
L
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
T
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
A
 
T
H
 
E
V
 
I
R
 
L
S
 
Q
H
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
K
 
E

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
34% identity, 91% coverage: 15:237/244 of query aligns to 12:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
F
x
Y
T
 
K
G
 
G
L
x
R
R
 
R
A
x
V
L
 
V
D
 
E
H
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
L
 
V
A
 
N
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
N
 
Y
A
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
V
 
V
K
 
P
L
 
R
A
 
D
S
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
T
 
I
A
 
I
G
 
D
S
 
D
T
 
D
T
 
D
L
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
P
x
L
R
x
H
E
 
A
V
 
R
A
 
A
L
 
R
A
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
x
P
Q
|
Q
I
 
E
V
x
A
R
x
S
L
 
I
F
|
F
N
x
R
T
x
R
M
x
L
T
 
S
V
 
V
F
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
E
 
M
A
 
A
A
x
V
-
 
L
A
 
Q
L
 
I
A
 
R
K
 
D
G
 
D
A
 
L
S
 
S
R
 
A
T
 
E
I
 
Q
A
 
R
A
 
E
Q
 
D
R
 
R
T
 
A
Q
 
N
N
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
E
 
E
L
 
F
G
 
H
L
 
I
A
 
E
A
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
G
 
G
E
x
Q
N
 
S
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
K
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
L
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
D
 
P
A
 
I
E
 
S
T
 
V
E
 
I
A
 
D
L
 
I
L
 
K
H
 
R
T
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
P
 
R
G
 
D
K
 
S
R
 
-
G
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
I
 
I
I
 
T
D
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
L
 
E
I
 
T
M
 
L
R
 
A
L
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
T
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
A
 
T
H
 
E
V
 
I
R
 
L
S
 
Q
H
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
34% identity, 91% coverage: 15:237/244 of query aligns to 12:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
F
x
Y
T
 
K
G
 
G
L
x
R
R
 
R
A
x
V
L
 
V
D
 
E
H
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
L
 
V
A
 
N
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
N
 
Y
A
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
V
 
V
K
 
P
L
 
R
A
 
D
S
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
T
 
I
A
 
I
G
 
D
S
 
D
T
 
D
T
 
D
L
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
P
 
L
R
 
H
E
 
A
V
 
R
A
 
A
L
 
R
A
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
|
Q
I
 
E
V
 
A
R
 
S
L
 
I
F
 
F
N
 
R
T
 
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
F
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
E
 
M
A
 
A
A
 
V
-
 
L
A
 
Q
L
 
I
A
 
R
K
 
D
G
 
D
A
 
L
S
 
S
R
 
A
T
 
E
I
 
Q
A
 
R
A
 
E
Q
 
D
R
 
R
T
 
A
Q
 
N
N
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
E
 
E
L
 
F
G
 
H
L
 
I
A
 
E
A
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
G
 
G
E
 
Q
N
 
S
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
K
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
L
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
D
 
P
A
 
I
E
 
S
T
 
V
E
 
I
A
 
D
L
 
I
L
 
K
H
 
R
T
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
P
 
R
G
 
D
K
 
S
R
 
-
G
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
I
 
I
I
 
T
D
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
L
 
E
I
 
T
M
 
L
R
 
A
L
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
T
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
A
 
T
H
 
E
V
 
I
R
 
L
S
 
Q
H
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
34% identity, 91% coverage: 15:236/244 of query aligns to 12:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
F
x
Y
T
 
K
G
 
G
L
x
R
R
 
R
A
x
V
L
 
V
D
 
E
H
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
L
 
V
A
 
N
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
N
 
Y
A
 
M
I
 
V
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
V
 
V
K
 
P
L
 
R
A
 
D
S
 
A
G
 
G
T
 
N
I
 
I
T
 
I
A
 
I
G
 
D
S
 
D
T
 
D
T
 
D
L
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
P
 
L
R
 
H
E
 
A
V
 
R
A
 
A
L
 
R
A
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
R
 
Y
S
 
L
F
 
P
Q
 
Q
I
 
E
V
 
A
R
 
S
L
 
I
F
|
F
N
x
R
T
x
R
M
 
L
T
 
S
V
 
V
F
 
Y
E
 
D
N
 
N
V
 
L
E
 
M
A
 
A
A
 
V
-
 
L
A
 
Q
L
 
I
A
 
R
K
 
D
G
 
D
A
 
L
S
 
S
R
 
A
T
 
E
I
 
Q
A
 
R
A
 
E
Q
 
D
R
 
R
T
 
A
Q
 
N
N
 
E
L
 
L
L
 
M
D
 
E
E
 
E
L
 
F
G
 
H
L
 
I
A
 
E
A
 
H
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
S
L
 
M
G
 
G
E
 
Q
N
 
S
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
K
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
L
 
K
F
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
D
D
 
P
A
 
I
E
 
S
T
 
V
E
 
I
A
 
D
L
 
I
L
 
K
H
 
R
T
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
P
 
R
G
 
D
K
 
S
R
 
-
G
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
L
I
 
I
I
 
T
D
 
D
H
 
H
D
 
N
M
 
V
G
 
R
L
 
E
I
 
T
M
 
L
R
 
A
L
 
V
C
 
C
H
 
E
R
 
R
L
 
A
H
 
Y
V
 
I
L
 
V
A
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
T
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
H
G
 
G
D
 
T
A
 
P
A
 
T
H
 
E
V
 
I
R
 
L
S
 
Q
H
 
D
P
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
34% identity, 87% coverage: 18:230/244 of query aligns to 18:232/343 of P30750

query
sites
P30750
L
 
I
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
D
 
N
H
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
H
L
 
V
A
 
P
T
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
G
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
x
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
N
 
R
A
 
C
I
 
V
T
 
N
G
 
L
Q
 
L
V
 
E
K
 
R
L
 
P
A
 
T
S
 
E
G
 
G
T
 
S
I
 
V
T
 
L
A
 
V
G
 
D
S
 
G
T
 
Q
T
 
E
L
 
L
S
 
T
G
 
T
L
 
L
S
 
S
P
 
E
R
 
S
E
 
E
V
 
L
A
 
T
L
 
K
A
 
A
-
 
R
-
 
R
G
 
Q
V
 
I
S
 
G
R
 
M
S
 
I
F
 
F
Q
 
Q
I
 
H
V
 
F
R
 
N
L
 
L
F
 
L
N
 
S
T
 
S
M
 
R
T
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
E
 
A
A
 
L
A
 
P
A
 
L
L
 
E
A
 
L
K
 
D
G
 
N
A
 
T
S
 
P
R
 
K
T
 
D
I
 
E
A
 
V
A
 
K
Q
 
R
R
 
R
T
 
V
Q
 
T
N
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
S
E
 
L
L
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
G
A
 
D
K
 
K
A
 
H
D
 
D
E
 
S
L
 
Y
G
 
P
E
 
S
N
 
N
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
K
 
K
R
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
S
E
 
N
P
 
P
L
 
K
F
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
A
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
N
 
D
D
 
P
A
 
A
E
 
T
T
 
T
E
 
R
A
 
S
L
 
I
L
 
L
H
 
E
T
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
D
L
 
I
P
 
N
G
 
R
K
 
R
R
 
L
G
 
G
L
 
L
G
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
L
I
 
I
D
 
T
H
 
H
D
 
E
M
 
M
G
 
D
L
 
V
I
 
V
M
 
K
R
 
R
L
 
I
C
 
C
H
 
D
R
 
C
L
 
V
H
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
S
S
 
N
G
 
G
R
 
E
T
 
L
I
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
D
 
T
A
 
V
A
 
S
H
 
E
V
 
V
R
 
F
S
 
S
H
 
H
P
 
P

Sites not aligning to the query:

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
33% identity, 87% coverage: 18:230/244 of query aligns to 19:233/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
L
x
I
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
D
 
N
H
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
H
L
 
V
A
 
P
T
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
G
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
x
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
N
 
R
A
 
C
I
 
V
T
 
N
G
 
L
Q
 
L
V
 
E
K
 
R
L
 
P
A
 
T
S
 
E
G
 
G
T
 
S
I
 
V
T
 
L
A
 
V
G
 
D
S
 
G
T
 
Q
T
 
E
L
 
L
S
 
T
G
 
T
L
 
L
S
 
S
P
 
E
R
 
S
E
 
E
V
 
L
A
 
T
L
 
K
A
 
A
-
 
R
-
 
R
G
 
Q
V
 
I
S
 
G
R
 
M
S
 
I
F
 
F
Q
 
Q
I
 
H
V
 
F
R
 
N
L
 
L
F
 
L
N
 
S
T
 
S
M
 
R
T
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
E
 
A
A
 
L
A
 
P
A
 
L
L
 
E
A
 
L
K
 
D
G
 
N
A
 
T
S
 
P
R
 
K
T
 
D
I
 
E
A
 
V
A
 
K
Q
 
R
R
 
R
T
 
V
Q
 
T
N
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
S
E
 
L
L
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
G
A
 
D
K
 
K
A
 
H
D
 
D
E
 
S
L
 
Y
G
 
P
E
 
S
N
|
N
L
 
L
S
|
S
Y
 
G
G
 
G
D
x
Q
K
 
K
R
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
S
E
 
N
P
 
P
L
 
K
F
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
A
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
N
 
D
D
 
P
A
 
A
E
 
T
T
 
T
E
 
R
A
 
S
L
 
I
L
 
L
H
 
E
T
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
D
L
 
I
P
 
N
G
 
R
K
 
R
R
 
L
G
 
G
L
 
L
G
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
L
I
 
I
D
 
T
H
|
H
D
 
E
M
 
M
G
 
D
L
 
V
I
 
V
M
 
K
R
 
R
L
 
I
C
 
C
H
 
D
R
 
C
L
 
V
H
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
S
S
 
N
G
 
G
R
 
E
T
 
L
I
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
D
 
T
A
 
V
A
 
S
H
 
E
V
 
V
R
 
F
S
 
S
H
 
H
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
33% identity, 87% coverage: 18:230/244 of query aligns to 19:233/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
L
 
I
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
D
 
N
H
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
H
L
 
V
A
 
P
T
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
G
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
S
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
N
 
R
A
 
C
I
 
V
T
 
N
G
 
L
Q
 
L
V
 
E
K
 
R
L
 
P
A
 
T
S
 
E
G
 
G
T
 
S
I
 
V
T
 
L
A
 
V
G
 
D
S
 
G
T
 
Q
T
 
E
L
 
L
S
 
T
G
 
T
L
 
L
S
 
S
P
 
E
R
 
S
E
 
E
V
 
L
A
 
T
L
 
K
A
 
A
-
 
R
-
 
R
G
 
Q
V
 
I
S
 
G
R
 
M
S
 
I
F
 
F
Q
 
Q
I
 
H
V
 
F
R
 
N
L
 
L
F
 
L
N
 
S
T
 
S
M
 
R
T
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
E
 
A
A
 
L
A
 
P
A
 
L
L
 
E
A
 
L
K
 
D
G
 
N
A
 
T
S
 
P
R
 
K
T
 
D
I
 
E
A
 
V
A
 
K
Q
 
R
R
 
R
T
 
V
Q
 
T
N
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
S
E
 
L
L
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
G
A
 
D
K
 
K
A
 
H
D
 
D
E
 
S
L
 
Y
G
 
P
E
 
S
N
 
N
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
K
 
K
R
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
S
E
 
N
P
 
P
L
 
K
F
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
A
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
N
 
D
D
 
P
A
 
A
E
 
T
T
 
T
E
 
R
A
 
S
L
 
I
L
 
L
H
 
E
T
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
D
L
 
I
P
 
N
G
 
R
K
 
R
R
 
L
G
 
G
L
 
L
G
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
L
I
 
I
D
 
T
H
 
H
D
 
E
M
 
M
G
 
D
L
 
V
I
 
V
M
 
K
R
 
R
L
 
I
C
 
C
H
 
D
R
 
C
L
 
V
H
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
S
S
 
N
G
 
G
R
 
E
T
 
L
I
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
D
 
T
A
 
V
A
 
S
H
 
E
V
 
V
R
 
F
S
 
S
H
 
H
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
33% identity, 87% coverage: 18:230/244 of query aligns to 19:233/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
L
 
I
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
D
 
N
H
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
H
L
 
V
A
 
P
T
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
G
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
N
 
R
A
 
C
I
 
V
T
 
N
G
 
L
Q
 
L
V
 
E
K
 
R
L
 
P
A
 
T
S
 
E
G
 
G
T
 
S
I
 
V
T
 
L
A
 
V
G
 
D
S
 
G
T
 
Q
T
 
E
L
 
L
S
 
T
G
 
T
L
 
L
S
 
S
P
 
E
R
 
S
E
 
E
V
 
L
A
 
T
L
 
K
A
 
A
-
 
R
-
 
R
G
 
Q
V
 
I
S
 
G
R
 
M
S
 
I
F
 
F
Q
 
Q
I
 
H
V
 
F
R
 
N
L
 
L
F
 
L
N
 
S
T
 
S
M
 
R
T
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
G
N
 
N
V
 
V
E
 
A
A
 
L
A
 
P
A
 
L
L
 
E
A
 
L
K
 
D
G
 
N
A
 
T
S
 
P
R
 
K
T
 
D
I
 
E
A
 
V
A
 
K
Q
 
R
R
 
R
T
 
V
Q
 
T
N
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
S
E
 
L
L
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
G
A
 
D
K
 
K
A
 
H
D
 
D
E
 
S
L
 
Y
G
 
P
E
 
S
N
 
N
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
K
 
K
R
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
S
E
 
N
P
 
P
L
 
K
F
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
A
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
N
 
D
D
 
P
A
 
A
E
 
T
T
 
T
E
 
R
A
 
S
L
 
I
L
 
L
H
 
E
T
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
D
L
 
I
P
 
N
G
 
R
K
 
R
R
 
L
G
 
G
L
 
L
G
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
L
I
 
I
D
 
T
H
 
H
D
 
E
M
 
M
G
 
D
L
 
V
I
 
V
M
 
K
R
 
R
L
 
I
C
 
C
H
 
D
R
 
C
L
 
V
H
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
S
S
 
N
G
 
G
R
 
E
T
 
L
I
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
D
 
T
A
 
V
A
 
S
H
 
E
V
 
V
R
 
F
S
 
S
H
 
H
P
 
P

Sites not aligning to the query:

P04983 Ribose import ATP-binding protein RbsA; EC 7.5.2.7 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
32% identity, 97% coverage: 3:239/244 of query aligns to 2:240/501 of P04983

query
sites
P04983
E
 
E
T
 
A
R
 
L
L
 
L
A
 
Q
V
 
L
N
 
K
A
 
G
V
 
I
S
 
D
V
 
K
E
 
A
F
 
F
T
 
P
G
 
G
L
 
V
R
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
S
H
 
G
V
 
A
S
 
A
L
 
L
S
 
N
L
 
V
A
 
Y
T
 
P
G
 
G
E
 
R
V
 
V
V
 
M
G
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
E
N
 
N
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
|
K
T
 
S
T
 
T
L
 
M
I
 
M
N
 
K
A
 
V
I
 
L
T
 
T
G
 
G
Q
 
I
V
 
Y
K
 
T
L
 
R
A
 
D
S
 
A
G
 
G
T
 
T
I
 
L
T
 
L
-
 
W
-
 
L
A
 
G
G
 
K
S
 
E
T
 
T
T
 
T
L
 
F
S
 
T
G
 
G
L
 
-
S
 
-
P
 
P
R
 
K
E
 
S
V
 
S
A
 
Q
L
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
S
 
G
R
 
I
S
 
I
F
 
H
Q
 
Q
I
 
E
V
 
L
R
 
N
L
 
L
F
 
I
N
 
P
T
 
Q
M
 
L
T
 
T
V
 
I
F
 
A
E
 
E
N
 
N
V
 
I
E
 
F
-
 
L
-
 
G
-
 
R
-
 
E
-
 
F
A
 
V
A
 
N
A
 
R
L
 
F
A
 
G
K
 
K
G
 
I
A
 
D
S
 
W
R
 
K
T
 
T
I
 
M
A
 
Y
A
 
A
Q
 
E
R
 
-
T
 
A
Q
 
D
N
 
K
L
 
L
L
 
L
D
 
A
E
 
K
L
 
L
G
 
N
L
 
L
A
 
R
A
 
F
K
 
K
A
 
S
D
 
D
E
 
K
L
 
L
G
 
V
E
 
G
N
 
D
L
 
L
S
 
S
Y
 
I
G
 
G
D
 
D
K
 
Q
R
 
Q
R
 
M
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
K
A
 
V
L
 
L
A
 
S
A
 
F
E
 
E
P
 
S
L
 
K
F
 
V
L
 
I
L
 
I
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
T
A
 
D
G
 
A
M
 
L
N
 
T
D
 
D
A
 
T
E
 
E
T
 
T
E
 
E
A
 
S
L
 
L
L
 
F
H
 
R
T
 
V
L
 
I
A
 
R
E
 
E
L
 
L
P
 
K
G
 
S
K
 
Q
R
 
-
G
 
G
L
 
R
G
 
G
L
 
I
L
 
V
I
 
Y
I
 
I
D
 
S
H
 
H
D
 
R
M
 
M
G
 
K
L
 
E
I
 
I
M
 
F
R
 
E
L
 
I
C
 
C
H
 
D
R
 
D
L
 
V
H
 
T
V
 
V
L
 
F
A
 
R
S
 
D
G
 
G
R
 
Q
T
 
F
I
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
R
D
 
E
A
 
V
A
 
A
H
 
S
V
 
L
R
 
-
S
 
T
H
 
E
P
 
D
A
 
S
V
 
L
I
 
I
E
 
E
A
 
M
Y
 
M
L
 
V
G
 
G
K
 
R

5x40A Structure of a cbio dimer bound with amppcp (see paper)
38% identity, 93% coverage: 6:233/244 of query aligns to 5:234/280 of 5x40A

query
sites
5x40A
L
 
L
A
 
A
V
 
A
N
 
E
A
 
A
V
 
L
S
 
T
V
 
Y
E
 
A
F
|
F
T
 
P
G
 
G
-
 
G
L
x
V
R
 
K
A
|
A
L
 
L
D
 
D
H
 
D
V
 
L
S
 
S
L
 
L
S
 
A
L
 
V
A
 
P
T
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
S
V
 
L
G
 
A
L
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
L
N
 
L
A
 
H
I
 
L
T
 
N
G
 
G
Q
 
T
V
 
L
K
 
R
L
 
P
A
 
Q
S
 
S
G
 
G
T
 
R
I
 
V
T
 
L
A
 
L
G
 
G
S
 
G
T
 
T
T
 
A
L
 
-
S
 
T
G
 
G
L
 
H
S
 
S
P
 
R
R
 
K
E
 
D
V
 
-
A
 
-
L
 
L
A
 
T
G
 
G
V
 
W
S
 
R
R
 
R
S
 
R
F
 
V
Q
 
G
I
 
L
V
 
V
-
 
L
-
x
Q
-
 
D
-
 
A
-
 
D
-
 
D
R
 
Q
L
 
L
F
 
F
N
 
A
T
 
T
M
 
-
T
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
E
N
 
D
V
 
V
E
 
S
A
 
F
A
 
G
A
 
P
L
 
L
A
 
N
K
 
L
G
 
G
A
 
L
S
 
S
R
 
E
T
 
A
I
 
E
A
 
A
A
 
R
Q
 
A
R
 
R
T
 
V
Q
 
E
N
 
E
L
 
A
L
 
L
D
 
A
E
 
A
L
 
L
G
 
S
L
 
I
A
 
S
A
 
D
K
 
L
A
 
R
D
 
D
E
 
R
L
 
P
G
 
T
E
x
H
N
x
M
L
|
L
S
|
S
Y
 
G
G
|
G
D
x
Q
K
 
K
R
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
G
A
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
M
E
 
R
P
 
P
L
 
E
F
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
x
Q
P
 
P
A
 
T
A
 
A
G
 
G
M
 
L
N
 
D
D
 
L
A
 
A
E
 
G
T
 
T
E
 
E
A
 
Q
L
 
L
L
 
L
H
 
T
T
 
L
L
 
L
A
 
R
E
 
G
L
 
L
P
 
R
G
 
A
K
 
A
R
 
-
G
 
G
L
 
M
G
 
T
L
 
L
L
 
V
I
 
F
I
 
S
D
 
T
H
|
H
D
 
D
M
 
V
G
 
E
L
 
L
I
 
A
M
 
A
R
 
A
L
 
L
C
 
A
H
 
D
R
 
R
L
 
V
H
 
A
V
 
L
L
 
F
A
 
R
S
 
T
G
 
G
R
 
R
T
 
V
I
 
L
A
 
A
E
 
E
G
 
G
D
 
A
A
 
A
A
 
E
H
 
A
V
 
V
R
 
L
S
 
S
H
 
D
P
 
R
A
 
A
V
 
T
I
 
L

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
30% identity, 91% coverage: 6:226/244 of query aligns to 2:223/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
L
 
I
A
 
F
V
 
V
N
 
N
A
 
D
V
 
V
S
 
Y
V
 
K
E
 
N
F
|
F
T
 
G
G
 
S
L
 
L
R
 
E
A
x
V
L
 
L
D
 
K
H
 
G
V
 
V
S
 
T
L
 
L
S
 
K
L
 
V
A
 
N
T
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
G
 
V
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
L
N
 
R
A
 
C
I
 
I
T
 
N
-
 
L
-
 
L
-
 
E
-
 
E
-
 
P
-
 
T
-
 
K
G
 
G
Q
 
E
V
 
V
K
 
F
L
 
I
A
 
D
S
 
G
G
 
V
T
 
K
I
 
I
T
 
N
A
 
N
G
 
G
S
 
K
T
 
V
T
 
N
L
 
I
S
 
N
G
 
K
L
 
V
S
 
R
P
 
Q
R
 
K
E
 
-
V
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
V
 
V
S
 
G
R
 
M
S
 
V
F
 
F
Q
 
Q
I
 
H
V
 
F
R
 
N
L
 
L
F
 
F
N
 
P
T
 
H
M
 
L
T
 
T
V
 
A
F
 
I
E
 
E
N
 
N
V
 
I
E
 
T
A
 
L
A
 
A
A
 
P
L
 
V
-
 
K
A
 
V
K
 
K
G
 
K
A
 
M
S
 
N
R
 
K
T
 
K
I
 
E
A
 
A
A
 
E
Q
 
E
R
 
L
T
 
A
Q
 
V
N
 
D
L
 
L
L
 
L
D
 
A
E
 
K
L
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
L
A
 
D
K
 
K
A
 
K
D
 
D
E
 
Q
L
 
Y
G
 
P
E
 
I
N
 
K
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
K
 
K
R
 
Q
R
 
R
V
 
L
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
M
E
 
Q
P
 
P
L
 
E
F
 
V
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
A
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
N
 
D
D
 
P
A
 
E
E
 
M
T
 
V
E
 
K
A
 
E
L
 
V
L
 
L
H
 
N
T
 
V
L
 
M
A
 
K
E
 
Q
L
 
L
P
 
-
G
 
A
K
 
N
R
 
E
G
 
G
L
 
M
G
 
T
L
 
M
L
 
V
I
 
V
I
 
V
D
 
T
H
|
H
D
 
E
M
 
M
G
 
G
L
 
F
I
 
A
M
 
R
R
 
E
L
 
V
C
 
G
H
 
D
R
 
R
L
 
V
H
 
I
V
 
F
L
 
M
A
 
D
S
 
D
G
 
G
R
 
V
T
 
I
I
 
V
A
 
E
E
 
E
G
 
G
D
 
T
A
 
P
A
 
E
H
 
E
V
 
I

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
32% identity, 89% coverage: 15:230/244 of query aligns to 12:227/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
F
|
F
T
 
G
G
 
P
L
 
L
R
 
H
A
x
V
L
 
L
D
 
K
H
 
G
V
 
I
S
 
H
L
 
L
S
 
E
L
 
V
A
 
A
T
 
P
G
 
G
E
 
E
V
 
K
V
 
L
G
 
V
L
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
N
 
R
A
 
T
I
 
I
T
 
N
G
 
-
Q
 
-
V
 
-
K
 
R
L
 
L
A
 
E
S
 
D
G
 
-
T
 
-
I
 
F
T
 
Q
A
 
E
G
 
G
S
 
E
T
 
V
T
 
V
L
 
V
S
 
D
G
 
G
L
 
L
S
 
S
P
 
V
R
 
K
E
 
D
-
 
D
V
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
R
G
 
E
V
 
I
S
 
R
R
 
R
S
 
E
-
 
V
-
 
G
-
 
M
-
 
V
F
 
F
Q
 
Q
I
 
Q
V
 
F
R
 
N
L
 
L
F
 
F
N
 
P
T
 
H
M
 
M
T
 
T
V
 
V
F
 
L
E
 
E
N
 
N
V
 
V
E
 
T
A
 
L
A
 
A
A
 
P
L
 
M
-
 
R
A
 
V
K
 
R
G
 
R
A
 
W
S
 
P
R
 
R
T
 
E
I
 
K
A
 
A
A
 
E
Q
 
K
R
 
K
T
 
A
Q
 
L
N
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
E
E
 
R
L
 
V
G
 
G
L
 
I
A
 
L
A
 
D
K
 
Q
A
 
A
D
 
R
E
 
K
L
 
Y
G
 
P
E
 
A
N
 
Q
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
Q
K
 
Q
R
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
M
E
 
E
P
 
P
L
 
K
F
 
I
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
N
 
D
D
 
P
A
 
E
E
 
M
T
 
V
E
 
G
A
 
E
L
 
V
L
 
L
H
 
D
T
 
V
L
 
M
A
 
R
E
 
D
L
 
L
P
 
-
G
 
A
K
 
Q
R
 
G
G
 
G
L
 
M
G
 
T
L
 
M
L
 
V
I
 
V
I
 
V
D
 
T
H
 
H
D
 
E
M
 
M
G
 
G
L
 
F
I
 
A
M
 
R
R
 
E
L
 
V
C
 
A
H
 
D
R
 
R
L
 
V
H
 
V
V
 
F
L
 
M
A
 
D
S
 
G
G
 
G
R
 
Q
T
 
I
I
 
V
A
 
E
E
 
E
G
 
G
D
 
R
A
 
P
A
 
E
H
 
E
V
 
I
R
 
F
S
 
T
H
 
R
P
 
P

6z4wA Ftse structure from streptococcus pneumoniae in complex with adp (space group p 1) (see paper)
30% identity, 84% coverage: 16:220/244 of query aligns to 15:220/230 of 6z4wA

query
sites
6z4wA
T
 
N
G
 
G
L
x
T
R
 
T
A
|
A
L
 
L
D
 
R
H
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
V
S
 
S
L
 
V
A
 
Q
T
 
P
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
A
G
 
Y
L
 
I
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
I
 
I
N
 
R
A
 
S
I
 
L
T
 
Y
G
 
R
Q
 
E
V
 
V
K
 
K
L
 
I
A
 
D
S
 
K
G
 
G
T
 
S
I
 
L
T
 
S
A
 
V
G
 
A
S
 
G
T
 
F
T
 
N
L
 
L
S
 
V
G
 
K
L
 
I
S
 
K
P
 
K
R
 
K
E
 
D
V
 
V
A
 
P
L
 
L
-
 
L
-
 
R
A
 
R
G
 
S
V
 
V
S
 
G
R
 
V
S
 
V
F
 
F
Q
 
Q
I
 
D
V
 
Y
R
 
K
L
 
L
F
 
L
N
 
P
T
 
K
M
 
K
T
 
T
V
 
V
F
 
Y
E
 
E
N
 
N
V
 
I
E
 
A
A
 
Y
A
 
A
A
 
M
L
 
E
A
 
V
K
 
I
G
 
G
A
 
E
S
 
N
R
 
R
T
 
R
I
 
N
A
 
I
A
 
K
Q
 
R
R
 
R
T
 
V
Q
 
M
N
 
E
L
 
V
L
 
L
D
 
D
E
 
L
L
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
K
A
 
H
K
 
K
A
 
V
D
 
R
E
 
S
L
 
F
G
 
P
E
 
N
N
 
E
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
K
 
Q
R
 
Q
R
 
R
V
 
I
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
V
A
 
N
E
 
N
P
 
P
L
 
K
F
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
A
 
T
A
 
G
G
 
N
M
 
L
N
 
-
D
 
D
A
 
P
E
 
D
T
 
N
E
 
S
A
 
W
L
 
E
L
 
I
H
 
M
T
 
N
L
 
L
A
 
L
E
 
E
L
 
R
P
 
I
G
 
N
K
 
L
R
 
Q
G
 
G
L
 
T
G
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
M
I
 
A
D
 
T
H
 
H
D
 
N
M
 
S
G
 
Q
L
 
I
I
 
V
M
 
N
R
 
T
L
 
L
C
 
R
H
 
H
R
 
R
L
 
V
H
 
I
V
 
A
L
 
I
A
 
E
S
 
N
G
 
G
R
 
R
T
 
V
I
 
V
A
 
R
E
 
D

Sites not aligning to the query:

A0A0H2ZM82 Cell division ATP-binding protein FtsE from Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain D39 / NCTC 7466) (see paper)
30% identity, 84% coverage: 16:220/244 of query aligns to 15:220/230 of A0A0H2ZM82

query
sites
A0A0H2ZM82
T
 
N
G
 
G
L
 
T
R
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
R
H
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
V
S
 
S
L
 
V
A
 
Q
T
 
P
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
A
G
 
Y
L
 
I
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
|
K
T
 
S
T
 
T
L
 
F
I
 
I
N
 
R
A
 
S
I
 
L
T
 
Y
G
 
R
Q
 
E
V
 
V
K
 
K
L
 
I
A
 
D
S
 
K
G
 
G
T
 
S
I
 
L
T
 
S
A
 
V
G
 
A
S
 
G
T
 
F
T
 
N
L
 
L
S
 
V
G
 
K
L
 
I
S
 
K
P
 
K
R
 
K
E
 
D
V
 
V
A
 
P
L
 
L
-
 
L
-
 
R
A
 
R
G
 
S
V
 
V
S
 
G
R
 
V
S
 
V
F
 
F
Q
 
Q
I
 
D
V
 
Y
R
 
K
L
 
L
F
 
L
N
 
P
T
 
K
M
 
K
T
 
T
V
 
V
F
 
Y
E
 
E
N
 
N
V
 
I
E
 
A
A
 
Y
A
 
A
A
 
M
L
 
E
A
 
V
K
 
I
G
 
G
A
 
E
S
 
N
R
 
R
T
 
R
I
 
N
A
 
I
A
 
K
Q
 
R
R
 
R
T
 
V
Q
 
M
N
 
E
L
 
V
L
 
L
D
 
D
E
 
L
L
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
K
A
 
H
K
 
K
A
 
V
D
 
R
E
 
S
L
 
F
G
 
P
E
 
N
N
 
E
L
 
L
S
 
S
Y
 
G
G
 
G
D
 
E
K
 
Q
R
 
Q
R
 
R
V
 
I
E
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
A
 
V
A
 
N
E
 
N
P
 
P
L
 
K
F
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
A
D
|
D
E
|
E
P
 
P
A
 
T
A
 
G
G
 
N
M
 
L
N
 
-
D
 
D
A
 
P
E
 
D
T
 
N
E
 
S
A
 
W
L
 
E
L
 
I
H
 
M
T
 
N
L
 
L
A
 
L
E
 
E
L
 
R
P
 
I
G
 
N
K
 
L
R
 
Q
G
 
G
L
 
T
G
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
M
I
 
A
D
 
T
H
 
H
D
 
N
M
 
S
G
 
Q
L
 
I
I
 
V
M
 
N
R
 
T
L
 
L
C
 
R
H
 
H
R
 
R
L
 
V
H
 
I
V
 
A
L
 
I
A
 
E
S
 
N
G
 
G
R
 
R
T
 
V
I
 
V
A
 
R
E
 
D

Query Sequence

>WP_011970225.1 NCBI__GCF_000017145.1:WP_011970225.1
MSETRLAVNAVSVEFTGLRALDHVSLSLATGEVVGLIGPNGSGKTTLINAITGQVKLASG
TITAGSTTLSGLSPREVALAGVSRSFQIVRLFNTMTVFENVEAAALAKGASRTIAAQRTQ
NLLDELGLAAKADELGENLSYGDKRRVEIARALAAEPLFLLLDEPAAGMNDAETEALLHT
LAELPGKRGLGLLIIDHDMGLIMRLCHRLHVLASGRTIAEGDAAHVRSHPAVIEAYLGKG
AAHA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory