SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011973734.1 NCBI__GCF_000017185.1:WP_011973734.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 9 hits to proteins with known functional sites (download)

2pv7B Crystal structure of chorismate mutase / prephenate dehydrogenase (tyra) (1574749) from haemophilus influenzae rd at 2.00 a resolution (see paper)
31% identity, 61% coverage: 3:275/447 of query aligns to 12:264/280 of 2pv7B

query
sites
2pv7B
I
 
I
S
 
V
I
 
I
I
 
V
G
|
G
G
 
G
T
 
Y
D
x
G
G
x
K
L
|
L
G
 
G
K
 
G
W
 
L
F
 
F
A
 
A
K
 
R
Y
 
Y
L
 
L
S
 
R
S
 
A
K
 
S
G
 
G
Y
 
Y
S
 
P
V
 
I
I
 
-
V
 
-
S
 
S
G
 
I
R
 
L
D
|
D
K
x
R
E
 
E
K
 
D
G
 
W
E
 
A
A
 
V
V
 
A
E
 
E
K
 
S
E
 
I
L
 
L
G
 
A
V
 
-
I
 
-
Y
 
-
T
 
-
Q
 
-
D
 
-
N
 
-
I
 
-
E
 
-
A
 
-
T
 
-
K
 
-
K
 
N
G
 
A
D
 
D
I
 
V
V
 
V
I
 
I
L
 
V
A
 
S
V
|
V
P
|
P
I
|
I
N
 
N
I
 
L
T
 
T
E
 
L
W
 
E
M
 
T
I
 
I
K
 
E
E
 
R
L
 
L
A
 
K
P
 
P
H
 
Y
V
 
L
R
 
T
E
 
E
N
 
N
C
 
M
V
 
L
L
 
L
M
 
A
D
 
D
I
x
L
T
|
T
S
|
S
I
 
V
K
 
K
E
 
R
I
 
E
P
 
P
T
 
L
K
 
A
A
 
K
M
 
M
L
 
L
K
 
E
Y
 
V
A
 
H
K
 
T
K
 
G
D
 
A
T
 
-
F
 
-
I
 
V
M
 
L
P
 
G
T
 
L
H
|
H
P
 
P
M
 
M
F
|
F
G
 
G
P
 
A
S
 
D
T
 
I
P
 
A
S
 
S
L
 
M
R
 
A
R
 
K
Q
 
Q
V
 
V
V
 
V
I
 
V
L
 
R
T
 
C
P
 
D
P
 
-
T
 
G
K
 
R
E
 
F
H
 
P
E
 
E
N
 
R
N
 
Y
P
 
E
W
 
W
F
 
L
I
 
L
K
 
E
I
 
Q
K
 
I
N
 
Q
F
 
I
F
 
W
E
 
-
E
 
-
E
 
-
G
 
G
A
 
A
R
 
K
V
 
I
I
 
Y
I
 
Q
I
 
T
P
 
N
P
 
A
E
 
T
K
 
E
H
 
H
D
 
D
K
 
H
I
 
N
M
 
M
G
 
T
V
 
Y
V
 
I
Q
|
Q
G
 
A
L
 
L
T
 
R
H
 
H
Y
 
F
S
 
S
Y
 
T
I
 
F
V
 
A
L
 
N
G
 
G
S
 
L
T
 
H
L
 
L
R
 
S
E
 
K
L
 
Q
N
 
P
I
 
I
D
 
N
I
 
L
K
 
A
E
 
N
S
 
L
R
 
L
K
 
A
Y
 
L
A
 
S
S
 
S
P
 
P
I
 
I
Y
 
Y
E
 
R
L
 
L
M
 
E
I
 
L
N
 
A
I
 
M
I
 
I
A
 
G
R
|
R
I
 
L
I
 
F
G
 
A
Q
|
Q
N
 
D
P
 
A
Y
 
E
L
|
L
Y
|
Y
A
 
A
D
 
D
I
 
I
Q
 
I
M
 
M
H
 
D
N
 
K
P
 
S
Q
 
E
I
 
N
N
 
L
D
 
A
I
 
V
H
 
I
Q
 
E
T
 
T
F
 
L
I
 
K
N
 
Q
E
 
T
C
 
Y
E
 
D
K
 
E
I
 
A
K
 
L
E
 
T
I
 
F
V
 
F
E
 
E
N
 
N
N
 
N
D
 
D
R
 
R
E
 
Q
A
 
G
F
 
F
A
 
I
K
 
D
L
 
A
M
 
F
K
 
H
E
 
K
S
 
V
S
 
R
K
 
D
H
 
W
F
 
F
G
 
G
N
 
D

4wjiA Crystal structure of cyclohexadienyl dehydrogenase from sinorhizobium meliloti in complex with NADP and tyrosine
27% identity, 44% coverage: 39:233/447 of query aligns to 45:242/293 of 4wjiA

query
sites
4wjiA
A
 
A
V
 
G
E
 
E
K
 
L
E
 
G
L
 
L
G
 
G
V
 
D
I
 
R
Y
 
Y
T
 
T
Q
 
L
D
 
S
N
 
A
I
 
A
E
 
E
A
 
A
T
 
V
K
 
E
K
 
G
G
 
A
D
 
D
I
 
L
V
 
V
I
 
V
L
 
V
A
x
S
V
|
V
P
|
P
I
 
V
N
 
G
I
x
A
T
 
S
E
 
G
W
 
A
M
 
V
I
 
A
K
 
A
E
 
E
L
 
I
A
 
A
P
 
A
H
 
H
V
 
L
R
 
K
E
 
P
N
 
G
C
 
A
V
 
I
L
 
V
M
 
T
D
 
D
I
x
V
T
 
G
S
|
S
I
 
T
K
 
K
E
 
G
I
 
S
P
 
V
T
 
I
K
 
A
A
 
Q
M
 
M
L
 
A
K
 
P
Y
 
H
A
 
L
K
 
P
K
 
K
D
 
D
T
 
V
F
 
H
I
 
F
M
 
V
P
 
P
T
 
G
H
|
H
P
 
P
M
 
I
F
x
A
G
 
G
P
x
T
-
 
E
-
 
H
S
|
S
T
 
G
P
 
P
S
 
D
-
 
A
-
 
G
-
 
F
-
 
A
-
 
G
-
 
L
L
 
F
R
 
R
R
 
G
Q
 
R
V
 
W
V
 
C
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
P
T
 
A
K
 
G
E
 
T
H
 
D
E
 
E
N
 
E
N
 
A
P
 
-
W
 
-
F
 
V
I
 
A
K
 
R
I
 
L
K
 
R
N
 
L
F
 
F
F
 
W
E
 
E
E
 
T
E
 
L
G
 
G
A
 
S
R
 
M
V
 
V
I
 
D
I
 
E
I
 
M
P
 
D
P
 
P
E
 
K
K
 
H
H
 
H
D
 
D
K
 
K
I
 
V
M
 
L
G
 
A
V
 
I
V
 
V
Q
 
S
G
 
H
L
 
L
T
 
P
H
 
H
-
 
I
Y
 
I
S
 
A
Y
 
Y
I
 
N
V
 
I
L
 
V
G
 
G
S
 
T
T
 
A
L
 
D
R
 
D
E
 
L
L
 
E
N
 
T
I
 
V
D
 
T
I
 
E
K
 
S
E
 
E
S
 
V
R
 
I
K
 
K
Y
 
Y
A
 
S
S
 
A
P
 
S
I
 
G
Y
 
F
E
 
-
L
 
-
M
 
-
I
 
-
N
 
R
I
 
D
I
 
F
A
 
T
R
|
R
I
 
L
I
 
A
G
 
A
Q
 
S
N
 
D
P
 
P
Y
 
T
L
x
M
Y
 
W
A
 
R
D
 
D
I
 
V
Q
 
C
M
 
L
H
 
H
N
 
N

Sites not aligning to the query:

5t9fB Prephenate dehydrogenase n222d mutant from soybean (see paper)
23% identity, 51% coverage: 6:233/447 of query aligns to 7:227/253 of 5t9fB

query
sites
5t9fB
I
 
I
G
 
V
G
|
G
T
 
F
D
x
G
G
x
N
L
x
F
G
 
G
K
 
Q
W
 
F
F
 
L
A
 
A
K
 
K
Y
 
T
L
 
M
S
 
I
S
 
K
K
 
Q
G
 
G
Y
 
H
S
 
T
V
 
L
I
 
T
V
 
A
S
 
T
G
x
S
R
|
R
D
x
S
K
 
D
E
x
Y
K
 
S
G
 
E
E
 
L
A
 
C
V
 
L
E
 
Q
K
 
-
E
 
-
L
 
M
G
 
G
V
 
I
I
 
H
Y
 
F
T
 
F
Q
 
R
D
 
D
-
 
V
N
 
S
I
 
A
E
 
F
A
 
L
T
 
T
K
 
A
K
 
D
G
 
I
D
 
D
I
 
V
V
 
I
I
 
V
L
 
L
A
x
C
V
x
T
P
x
S
I
|
I
-
 
L
N
x
S
I
 
L
T
 
S
E
 
E
W
 
V
M
 
V
I
 
G
K
 
S
E
 
M
L
 
P
A
 
L
P
 
T
H
 
S
V
 
L
R
 
K
E
 
R
N
 
P
C
 
T
V
 
L
L
 
F
M
 
V
D
 
D
I
x
V
T
x
L
S
|
S
I
 
V
K
 
K
E
 
E
I
 
H
P
 
P
T
 
R
K
 
E
A
 
L
M
 
L
L
 
L
K
 
R
Y
 
E
A
 
L
K
 
P
K
 
E
D
 
D
T
 
S
F
 
D
I
 
I
M
 
L
P
 
C
T
 
T
H
|
H
P
 
P
M
 
M
F
 
F
G
|
G
P
|
P
S
x
Q
T
|
T
P
 
A
-
 
K
-
 
N
-
 
G
-
 
W
-
 
T
-
 
D
-
 
H
-
 
T
-
 
F
-
 
M
-
 
Y
-
 
D
-
 
K
-
 
V
S
 
R
L
 
I
R
 
R
R
 
D
Q
 
E
V
 
V
V
 
I
I
 
C
L
 
-
T
 
-
P
 
-
P
 
-
T
 
-
K
 
-
E
 
-
H
 
-
E
 
-
N
 
S
N
 
N
P
 
-
W
 
-
F
 
F
I
 
I
K
 
Q
I
 
I
K
 
-
N
 
-
F
 
-
F
 
F
E
 
A
E
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
C
R
 
K
V
 
M
I
 
V
I
 
Q
I
 
M
P
 
S
P
 
C
E
 
E
K
 
E
H
 
H
D
 
D
K
 
R
I
 
A
M
 
A
G
 
A
V
 
K
V
 
S
Q
|
Q
G
 
F
L
 
I
T
 
T
H
 
H
Y
 
-
S
 
-
Y
 
-
I
 
-
V
 
T
L
 
I
G
 
G
S
 
R
T
 
T
L
 
L
R
 
G
E
 
E
L
 
M
N
 
D
I
 
I
D
 
-
I
 
-
K
 
-
E
 
Q
S
 
S
R
 
T
K
 
P
Y
 
I
A
 
D
S
 
T
P
 
K
I
 
G
Y
 
F
E
 
E
L
 
T
M
 
L
I
 
V
N
 
K
I
 
L
I
 
K
A
 
E
R
 
T
I
 
M
I
 
M
G
 
R
Q
x
D
N
x
S
P
 
F
Y
 
D
L
 
L
Y
 
Y
A
 
S
D
 
G
I
 
L
Q
 
F
M
 
V
H
 
Y
N
 
N

5uyyA Crystal structure of prephenate dehydrogenase tyra from bacillus anthracis in complex with l-tyrosine (see paper)
23% identity, 57% coverage: 5:258/447 of query aligns to 19:272/373 of 5uyyA

query
sites
5uyyA
I
 
L
I
 
I
G
 
G
G
 
G
T
 
S
D
 
L
G
 
A
L
 
L
G
 
A
K
 
I
W
 
K
F
 
K
A
 
D
K
 
H
Y
 
D
L
 
V
S
 
T
S
 
I
K
 
T
G
 
G
Y
 
Y
S
 
D
V
 
I
I
 
F
V
 
Q
S
 
E
G
 
Q
R
 
V
D
 
E
K
 
R
E
 
A
K
 
K
G
 
E
E
 
L
A
 
H
V
 
V
E
 
V
K
 
D
E
 
E
L
 
I
G
 
A
V
 
V
I
 
-
Y
 
-
T
 
-
Q
 
-
D
 
D
N
 
L
I
 
Q
E
 
H
A
 
A
T
 
C
K
 
E
K
 
E
G
 
A
D
 
H
I
 
L
V
 
I
I
 
V
L
 
F
A
 
A
V
 
S
P
 
P
I
 
V
N
 
E
I
 
E
T
 
T
E
 
K
W
 
K
M
 
L
I
 
L
K
 
H
E
 
K
L
 
L
A
 
A
P
 
S
-
 
F
H
 
H
V
 
L
R
 
R
E
 
E
N
 
D
C
 
V
V
 
I
L
 
V
M
 
T
D
 
D
I
 
V
T
 
G
S
 
S
I
 
T
K
 
K
-
 
G
E
 
S
I
 
I
P
 
M
T
 
N
K
 
E
A
 
A
M
 
E
L
 
A
K
 
L
Y
 
F
A
 
S
K
 
K
K
 
E
D
 
I
T
 
S
F
 
F
I
 
I
M
 
-
P
 
G
T
 
G
H
 
H
P
 
P
M
 
M
F
 
A
G
 
G
P
 
S
S
 
H
T
 
K
P
 
T
S
 
G
L
 
V
R
 
E
R
 
S
Q
 
A
-
 
K
-
 
A
-
 
H
-
 
L
-
 
F
-
 
E
-
x
N
-
 
A
V
 
F
V
 
Y
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
-
T
 
-
K
 
M
E
 
H
H
 
H
E
 
V
N
 
P
N
 
N
P
 
E
W
 
H
F
 
V
I
 
E
K
 
E
I
 
L
K
 
K
N
 
D
F
 
W
F
 
L
E
 
K
E
 
G
E
 
T
G
 
G
A
 
S
R
 
H
V
 
F
I
 
L
I
 
V
I
 
L
P
 
N
P
 
T
E
 
E
K
 
E
H
 
H
D
 
D
K
 
Y
I
 
V
M
 
T
G
 
G
V
 
I
V
 
V
Q
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
S
H
 
H
Y
 
F
S
 
P
Y
 
H
I
 
L
V
 
I
L
 
A
G
 
A
S
 
G
T
 
L
L
 
-
R
 
-
E
 
-
L
 
-
N
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
V
K
 
K
E
 
Q
S
 
V
R
 
E
K
 
K
Y
 
H
A
 
A
S
 
G
P
 
D
-
 
N
-
 
P
-
 
L
I
 
I
Y
 
H
E
 
Q
L
 
L
M
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
G
I
 
F
N
 
K
I
 
D
I
 
I
A
 
T
R
 
R
I
 
I
I
 
A
G
 
S
Q
 
S
N
 
S
P
 
P
Y
 
K
L
 
M
Y
 
W
A
 
S
D
 
D
I
 
I
Q
 
V
M
 
K
H
 
Q
N
 
N
P
 
R
Q
 
E
-
 
H
I
 
L
N
 
M
D
 
V
I
 
L
H
 
L
Q
 
K
T
 
E
F
 
W
I
 
I
N
 
S
E
 
E
C
 
M
E
 
E
K
 
D
I
 
L
K
 
Y
E
 
D
I
 
T
V
 
V
E
 
S
N
 
S
N
 
G
D
 
D

Sites not aligning to the query:

6u60B Crystal structure of prephenate dehydrogenase tyra from bacillus anthracis in complex with NAD and l-tyrosine (see paper)
23% identity, 57% coverage: 5:258/447 of query aligns to 11:264/365 of 6u60B

query
sites
6u60B
I
x
L
I
|
I
G
 
G
G
 
G
T
 
S
D
 
L
G
 
A
L
 
L
G
 
A
K
 
I
W
 
K
F
 
K
A
 
D
K
 
H
Y
 
D
L
 
V
S
 
T
S
 
I
K
 
T
G
 
G
Y
 
Y
S
x
D
V
x
I
I
 
F
V
 
Q
S
 
E
G
 
Q
R
 
V
D
 
E
K
 
R
E
 
A
K
 
K
G
 
E
E
 
L
A
 
H
V
 
V
E
 
V
K
 
D
E
 
E
L
 
I
G
 
A
V
 
V
I
 
-
Y
 
-
T
 
-
Q
 
-
D
 
D
N
 
L
I
 
Q
E
 
H
A
 
A
T
 
C
K
 
E
K
 
E
G
 
A
D
 
H
I
 
L
V
 
I
I
 
V
L
 
F
A
|
A
V
 
S
P
|
P
I
 
V
N
 
E
I
x
E
T
 
T
E
 
K
W
 
K
M
 
L
I
 
L
K
 
H
E
 
K
L
 
L
A
 
A
P
 
S
-
 
F
H
 
H
V
 
L
R
 
R
E
 
E
N
 
D
C
 
V
V
 
I
L
 
V
M
 
T
D
 
D
I
x
V
T
 
G
S
|
S
I
 
T
K
 
K
-
 
G
E
 
S
I
 
I
P
 
M
T
 
N
K
 
E
A
 
A
M
 
E
L
 
A
K
 
L
Y
 
F
A
 
S
K
 
K
K
 
E
D
 
I
T
 
S
F
 
F
I
 
I
M
 
-
P
 
G
T
 
G
H
 
H
P
 
P
M
 
M
F
 
A
G
 
G
P
 
S
S
 
H
T
x
K
P
 
T
S
x
G
L
 
V
R
 
E
R
 
S
Q
 
A
-
 
K
-
 
A
-
 
H
-
 
L
-
 
F
-
 
E
-
 
N
-
 
A
V
 
F
V
 
Y
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
-
T
 
-
K
 
M
E
 
H
H
 
H
E
 
V
N
 
P
N
 
N
P
 
E
W
 
H
F
 
V
I
 
E
K
 
E
I
 
L
K
 
K
N
 
D
F
 
W
F
 
L
E
 
K
E
 
G
E
 
T
G
 
G
A
 
S
R
 
H
V
 
F
I
 
L
I
 
V
I
 
L
P
 
N
P
 
T
E
 
E
K
 
E
H
 
H
D
 
D
K
 
Y
I
 
V
M
 
T
G
 
G
V
 
I
V
 
V
Q
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
S
H
 
H
Y
 
F
S
 
P
Y
 
H
I
 
L
V
 
I
L
 
A
G
 
A
S
 
G
T
 
L
L
 
-
R
 
-
E
 
-
L
 
-
N
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
V
K
 
K
E
 
Q
S
 
V
R
 
E
K
 
K
Y
 
H
A
 
A
S
 
G
P
 
D
-
 
N
-
 
P
-
 
L
I
 
I
Y
 
H
E
 
Q
L
 
L
M
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
G
I
 
F
N
 
K
I
 
D
I
 
I
A
 
T
R
 
R
I
 
I
I
 
A
G
 
S
Q
 
S
N
 
S
P
 
P
Y
 
K
L
 
M
Y
 
W
A
 
S
D
 
D
I
 
I
Q
 
V
M
 
K
H
 
Q
N
 
N
P
 
R
Q
 
E
-
 
H
I
 
L
N
 
M
D
 
V
I
 
L
H
 
L
Q
 
K
T
 
E
F
 
W
I
 
I
N
 
S
E
 
E
C
 
M
E
 
E
K
 
D
I
 
L
K
 
Y
E
 
D
I
 
T
V
 
V
E
 
S
N
 
S
N
 
G
D
 
D

Sites not aligning to the query:

5n2iA F420:nadph oxidoreductase from thermobifida fusca with NADP+ bound (see paper)
33% identity, 17% coverage: 1:78/447 of query aligns to 13:93/225 of 5n2iA

query
sites
5n2iA
M
 
L
I
 
S
I
 
I
S
 
A
I
 
V
I
 
L
G
|
G
G
 
G
T
|
T
D
x
G
G
 
D
L
x
Q
G
 
G
K
 
R
W
 
G
F
 
L
A
 
A
K
 
R
Y
 
R
L
 
F
S
 
A
S
 
M
K
 
A
G
 
G
Y
 
H
S
 
E
V
 
V
I
 
I
V
 
L
S
 
G
G
x
S
R
|
R
D
 
S
K
 
A
E
 
E
K
x
R
G
 
A
E
 
Q
A
 
A
V
 
V
E
 
A
K
 
A
E
 
E
L
 
L
G
 
G
-
 
E
-
 
G
-
 
L
V
 
P
I
 
V
Y
 
R
T
 
G
Q
 
M
D
 
D
N
 
N
I
 
A
E
 
G
A
 
A
T
 
A
K
 
E
K
 
A
G
 
G
D
 
D
I
 
V
V
 
V
I
 
I
L
 
V
A
|
A
V
|
V
P
|
P
I
 
W
N
 
D
I
x
G
T
 
H
E
 
R
W
 
A
M
 
L
I
 
L
K
 
E
E
 
S
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3gggD The crystal structure of a. Aeolicus prephenate dehydrogenase in complex with tyrosine and NAD+ (see paper)
23% identity, 59% coverage: 5:268/447 of query aligns to 17:285/293 of 3gggD

query
sites
3gggD
I
 
L
I
 
I
G
 
V
G
 
G
T
x
V
D
x
G
G
x
F
L
x
M
G
 
G
K
 
G
W
 
S
F
 
F
A
 
A
K
 
K
Y
 
S
L
 
L
S
 
R
S
 
R
K
 
S
G
 
G
Y
 
F
S
 
K
V
 
G
I
 
K
V
 
I
S
 
Y
G
 
G
R
 
Y
D
|
D
K
x
I
E
 
N
K
 
P
G
 
-
E
 
E
A
x
S
V
 
I
E
 
S
K
 
K
E
 
A
L
 
V
G
 
D
V
 
L
I
 
G
Y
 
I
T
 
I
Q
 
D
D
 
E
N
 
G
I
 
T
E
 
T
A
 
S
T
 
I
K
 
A
K
 
K
-
 
V
-
 
E
-
 
D
-
 
F
-
 
S
G
 
P
D
 
D
I
 
F
V
 
V
I
 
M
L
 
L
A
x
S
V
x
S
P
|
P
I
x
V
N
 
R
I
x
T
T
 
F
E
 
R
W
 
E
M
 
I
I
 
A
K
 
K
E
 
K
L
 
L
A
 
S
P
 
Y
H
 
I
V
 
L
R
 
S
E
 
E
N
 
D
C
 
A
V
 
T
L
 
V
M
 
T
D
 
D
I
x
Q
T
 
G
S
|
S
I
 
V
K
 
K
E
 
-
I
 
-
P
 
-
T
 
-
K
 
-
A
 
G
M
 
K
L
 
L
K
 
V
Y
 
Y
A
 
D
K
 
L
K
 
E
D
 
N
T
 
I
F
 
L
-
 
G
-
 
K
-
 
R
I
 
F
M
 
V
P
 
G
T
 
G
H
 
H
P
 
P
M
 
I
F
 
A
G
|
G
P
x
T
S
 
E
T
 
K
P
 
S
S
 
G
L
 
V
R
 
E
R
 
Y
Q
 
S
V
 
L
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
Y
-
 
E
-
 
G
-
 
K
-
 
K
V
 
V
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
T
T
 
K
K
 
K
E
 
T
H
 
D
E
 
K
N
 
K
N
 
R
P
 
L
W
 
K
F
 
L
I
 
V
K
 
K
I
 
-
K
 
-
N
 
R
F
 
V
F
 
W
E
 
E
E
 
D
E
 
V
G
 
G
A
 
G
R
 
V
V
 
V
I
 
E
I
 
Y
I
 
M
P
 
S
P
 
P
E
 
E
K
 
L
H
 
H
D
 
D
K
 
Y
I
 
V
M
 
F
G
 
G
V
 
V
V
 
V
Q
 
S
G
 
H
L
 
L
T
 
P
H
 
H
Y
 
A
S
 
V
Y
 
A
I
 
F
V
 
A
L
 
L
G
 
V
S
 
D
T
 
T
L
 
L
R
 
I
E
 
H
L
 
M
N
 
S
I
 
T
D
 
P
I
 
E
K
 
V
E
 
D
S
 
L
R
 
F
K
 
K
Y
 
Y
A
 
P
S
x
G
P
x
G
I
 
G
Y
 
F
E
 
K
L
 
-
M
 
-
I
 
-
N
 
-
I
 
D
I
 
F
A
 
T
R
 
R
I
 
I
I
 
A
G
 
K
Q
 
S
N
 
D
P
 
P
Y
 
I
L
 
M
Y
 
W
A
 
R
D
 
D
I
 
I
Q
 
F
M
 
L
H
 
E
N
 
N
P
 
K
Q
 
E
-
 
N
I
 
V
N
 
M
D
 
K
I
 
A
H
 
I
Q
 
E
T
 
G
F
 
F
I
 
E
N
 
K
E
 
S
C
 
L
E
 
N
K
 
H
I
 
L
K
 
K
E
 
E
I
 
L
V
 
I
E
 
V
N
 
R
N
 
E
D
 
A
R
 
E
E
 
E
A
 
E
F
 
L
A
 
V
K
 
E
L
 
Y
M
 
L
K
 
K
E
 
E

3ggoA Crystal structure of prephenate dehydrogenase from a. Aeolicus with hpp and nadh (see paper)
23% identity, 59% coverage: 5:268/447 of query aligns to 9:277/285 of 3ggoA

query
sites
3ggoA
I
 
L
I
 
I
G
 
V
G
 
G
T
x
V
D
x
G
G
x
F
L
x
M
G
 
G
K
 
G
W
 
S
F
 
F
A
 
A
K
 
K
Y
 
S
L
 
L
S
 
R
S
 
R
K
 
S
G
 
G
Y
 
F
S
 
K
V
 
G
I
 
K
V
 
I
S
 
Y
G
 
G
R
 
Y
D
|
D
K
x
I
E
 
N
K
 
P
G
 
-
E
 
E
A
x
S
V
 
I
E
 
S
K
 
K
E
 
A
L
 
V
G
 
D
V
 
L
I
 
G
Y
 
I
T
 
I
Q
 
D
D
 
E
N
 
G
I
 
T
E
 
T
A
 
S
T
 
I
K
 
A
K
 
K
-
 
V
-
 
E
-
 
D
-
 
F
-
 
S
G
 
P
D
 
D
I
 
F
V
 
V
I
 
M
L
 
L
A
x
S
V
x
S
P
|
P
I
 
V
N
 
R
I
x
T
T
 
F
E
 
R
W
 
E
M
 
I
I
 
A
K
 
K
E
 
K
L
 
L
A
 
S
P
 
Y
H
 
I
V
 
L
R
 
S
E
 
E
N
 
D
C
 
A
V
 
T
L
 
V
M
 
T
D
 
D
I
x
Q
T
 
G
S
|
S
I
 
V
K
 
K
E
 
-
I
 
-
P
 
-
T
 
-
K
 
-
A
 
G
M
 
K
L
 
L
K
 
V
Y
 
Y
A
 
D
K
 
L
K
 
E
D
 
N
T
 
I
F
 
L
-
 
G
-
 
K
-
 
R
I
 
F
M
 
V
P
 
G
T
 
G
H
 
H
P
 
P
M
 
I
F
x
A
G
 
G
P
 
T
S
 
E
T
 
K
P
 
S
S
x
G
L
 
V
R
 
E
R
 
Y
Q
 
S
V
 
L
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
Y
-
 
E
-
 
G
-
 
K
-
 
K
V
 
V
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
T
T
 
K
K
 
K
E
 
T
H
 
D
E
 
K
N
 
K
N
 
R
P
 
L
W
 
K
F
 
L
I
 
V
K
 
K
I
 
-
K
 
-
N
 
R
F
 
V
F
 
W
E
 
E
E
 
D
E
 
V
G
 
G
A
 
G
R
 
V
V
 
V
I
 
E
I
 
Y
I
 
M
P
 
S
P
 
P
E
 
E
K
 
L
H
 
H
D
 
D
K
 
Y
I
 
V
M
 
F
G
 
G
V
 
V
V
 
V
Q
 
S
G
 
H
L
 
L
T
 
P
H
 
H
Y
 
A
S
 
V
Y
 
A
I
 
F
V
 
A
L
 
L
G
 
V
S
 
D
T
 
T
L
 
L
R
 
I
E
 
H
L
 
M
N
 
S
I
 
T
D
 
P
I
 
E
K
 
V
E
 
D
S
 
L
R
 
F
K
 
K
Y
 
Y
A
 
P
S
x
G
P
x
G
I
x
G
Y
 
F
E
 
K
L
 
-
M
 
-
I
 
-
N
 
-
I
 
D
I
 
F
A
 
T
R
 
R
I
 
I
I
 
A
G
 
K
Q
 
S
N
 
D
P
 
P
Y
 
I
L
x
M
Y
 
W
A
 
R
D
 
D
I
 
I
Q
 
F
M
 
L
H
 
E
N
 
N
P
 
K
Q
 
E
-
 
N
I
 
V
N
 
M
D
 
K
I
 
A
H
 
I
Q
 
E
T
 
G
F
 
F
I
 
E
N
 
K
E
 
S
C
 
L
E
 
N
K
 
H
I
 
L
K
 
K
E
 
E
I
 
L
V
 
I
E
 
V
N
 
R
N
 
E
D
 
A
R
 
E
E
 
E
A
 
E
F
 
L
A
 
V
K
 
E
L
 
Y
M
 
L
K
 
K
E
 
E

3ggpA Crystal structure of prephenate dehydrogenase from a. Aeolicus in complex with hydroxyphenyl propionate and NAD+ (see paper)
23% identity, 59% coverage: 5:268/447 of query aligns to 9:277/286 of 3ggpA

query
sites
3ggpA
I
 
L
I
 
I
G
 
V
G
 
G
T
x
V
D
x
G
G
x
F
L
x
M
G
 
G
K
 
G
W
 
S
F
 
F
A
 
A
K
 
K
Y
 
S
L
 
L
S
 
R
S
 
R
K
 
S
G
 
G
Y
 
F
S
 
K
V
 
G
I
 
K
V
 
I
S
 
Y
G
 
G
R
 
Y
D
|
D
K
x
I
E
 
N
K
 
P
G
 
-
E
 
E
A
x
S
V
 
I
E
 
S
K
 
K
E
 
A
L
 
V
G
 
D
V
 
L
I
 
G
Y
 
I
T
 
I
Q
 
D
D
 
E
N
 
G
I
 
T
E
 
T
A
 
S
T
 
I
K
 
A
K
 
K
-
 
V
-
 
E
-
 
D
-
 
F
-
 
S
G
 
P
D
 
D
I
 
F
V
 
V
I
 
M
L
 
L
A
x
S
V
x
S
P
|
P
I
 
V
N
 
R
I
x
T
T
 
F
E
 
R
W
 
E
M
 
I
I
 
A
K
 
K
E
 
K
L
 
L
A
 
S
P
 
Y
H
 
I
V
 
L
R
 
S
E
 
E
N
 
D
C
 
A
V
 
T
L
 
V
M
 
T
D
 
D
I
x
Q
T
 
G
S
|
S
I
 
V
K
 
K
E
 
-
I
 
-
P
 
-
T
 
-
K
 
-
A
 
G
M
 
K
L
 
L
K
 
V
Y
 
Y
A
 
D
K
 
L
K
 
E
D
 
N
T
 
I
F
 
L
-
 
G
-
 
K
-
 
R
I
 
F
M
 
V
P
 
G
T
 
G
H
 
H
P
 
P
M
 
I
F
 
A
G
 
G
P
 
T
S
 
E
T
 
K
P
 
S
S
x
G
L
 
V
R
 
E
R
 
Y
Q
 
S
V
 
L
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
Y
-
 
E
-
 
G
-
 
K
-
 
K
V
 
V
I
 
I
L
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
T
T
 
K
K
 
K
E
 
T
H
 
D
E
 
K
N
 
K
N
 
R
P
 
L
W
 
K
F
 
L
I
 
V
K
 
K
I
 
-
K
 
-
N
 
R
F
 
V
F
 
W
E
 
E
E
 
D
E
 
V
G
 
G
A
 
G
R
 
V
V
 
V
I
 
E
I
 
Y
I
 
M
P
 
S
P
 
P
E
 
E
K
 
L
H
 
H
D
 
D
K
 
Y
I
 
V
M
 
F
G
 
G
V
 
V
V
 
V
Q
 
S
G
 
H
L
 
L
T
 
P
H
 
H
Y
 
A
S
 
V
Y
 
A
I
 
F
V
 
A
L
 
L
G
 
V
S
 
D
T
 
T
L
 
L
R
 
I
E
 
H
L
 
M
N
 
S
I
 
T
D
 
P
I
 
E
K
 
V
E
 
D
S
 
L
R
 
F
K
 
K
Y
 
Y
A
 
P
S
 
G
P
x
G
I
x
G
Y
 
F
E
 
K
L
 
-
M
 
-
I
 
-
N
 
-
I
 
D
I
 
F
A
 
T
R
 
R
I
 
I
I
 
A
G
 
K
Q
 
S
N
 
D
P
 
P
Y
 
I
L
x
M
Y
 
W
A
 
R
D
 
D
I
 
I
Q
 
F
M
 
L
H
 
E
N
 
N
P
 
K
Q
 
E
-
 
N
I
 
V
N
 
M
D
 
K
I
 
A
H
 
I
Q
 
E
T
 
G
F
 
F
I
 
E
N
 
K
E
 
S
C
 
L
E
 
N
K
 
H
I
 
L
K
 
K
E
 
E
I
 
L
V
 
I
E
 
V
N
 
R
N
 
E
D
 
A
R
 
E
E
 
E
A
 
E
F
 
L
A
 
V
K
 
E
L
 
Y
M
 
L
K
 
K
E
 
E

Query Sequence

>WP_011973734.1 NCBI__GCF_000017185.1:WP_011973734.1
MIISIIGGTDGLGKWFAKYLSSKGYSVIVSGRDKEKGEAVEKELGVIYTQDNIEATKKGD
IVILAVPINITEWMIKELAPHVRENCVLMDITSIKEIPTKAMLKYAKKDTFIMPTHPMFG
PSTPSLRRQVVILTPPTKEHENNPWFIKIKNFFEEEGARVIIIPPEKHDKIMGVVQGLTH
YSYIVLGSTLRELNIDIKESRKYASPIYELMINIIARIIGQNPYLYADIQMHNPQINDIH
QTFINECEKIKEIVENNDREAFAKLMKESSKHFGNETIKGMNYSDKAVGAITREVDKLKK
SIGKEAGLKHAYSNKVHFGIVKDVVDDFIILDKQGKDLKLSIANTNLMTKEELKQWKEAN
LKKYYNDISFLFKDNIDIDIILELLKSKYNIEIIDVYKGAPIQEGYKSITFRIYSFKKQD
LENLRSSLIRTVENIGGIKRYNTDILN

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory