SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011988737.1 NCBI__GCF_000016505.1:WP_011988737.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

7p8na Tmhydabc- t. Maritima hydrogenase with bridge closed (see paper)
31% identity, 62% coverage: 111:387/447 of query aligns to 180:489/642 of 7p8na

query
sites
7p8na
P
 
P
F
 
L
I
 
I
D
 
E
K
 
T
D
 
E
K
 
-
C
|
C
T
x
V
D
x
L
C
|
C
G
|
G
F
 
Q
C
|
C
V
 
V
D
 
A
A
 
Y
C
|
C
P
|
P
N
x
T
G
 
G
S
x
A
I
x
L
M
 
S
D
 
I
T
 
R
V
 
N
Q
 
D
F
 
I
L
 
D
P
 
K
L
 
L
A
 
I
N
 
E
I
 
A
L
 
L
K
 
E
S
 
S
D
 
D
S
 
K
P
 
I
V
 
V
I
 
I
A
 
G
I
 
M
V
 
I
A
 
A
P
 
P
A
 
A
I
 
V
T
 
R
G
 
A
-
 
A
-
 
I
-
 
Q
-
 
E
Q
 
E
F
 
F
G
 
G
-
 
I
-
 
D
-
 
E
D
 
D
N
 
V
V
 
A
T
 
M
M
 
A
E
 
E
Q
 
K
L
 
L
R
 
V
T
 
S
S
 
F
F
 
L
K
 
K
K
 
T
I
 
I
G
 
G
F
 
F
T
 
D
D
 
K
M
 
V
I
 
F
E
 
D
V
 
V
A
 
S
F
 
F
F
 
G
A
 
A
D
 
D
M
 
L
L
 
V
T
 
A
L
 
Y
K
 
E
E
 
E
A
 
A
V
 
H
E
 
E
F
 
F
D
 
Y
S
 
E
H
 
R
V
 
L
K
 
K
D
 
K
K
 
G
K
 
E
D
 
R
L
 
L
V
 
P
I
 
Q
T
 
F
S
 
T
C
 
S
C
 
C
C
|
C
P
 
P
M
 
A
W
 
W
V
 
V
G
 
K
M
 
H
L
 
A
R
 
E
R
 
H
K
 
T
Y
 
Y
N
 
P
N
 
Q
L
 
Y
V
 
L
K
 
Q
H
 
N
V
 
L
S
 
S
P
 
S
S
 
V
V
 
K
S
 
S
P
 
P
M
 
Q
T
 
Q
A
 
A
G
 
L
G
 
G
R
 
T
V
 
V
L
 
I
K
 
K
K
 
K
L
 
I
N
 
Y
-
 
A
-
 
R
-
 
K
-
 
L
-
 
G
-
 
V
P
 
P
E
 
E
C
 
E
K
 
K
V
 
I
V
 
F
F
 
L
I
 
V
G
 
S
-
 
F
-
 
M
P
 
P
C
|
C
I
 
T
A
 
A
K
 
K
K
 
K
A
 
F
E
 
E
A
 
A
K
 
E
E
 
R
K
 
E
D
 
E
I
 
H
I
 
E
G
 
G
D
 
I
I
 
V
D
 
D
F
 
I
V
 
V
L
 
L
T
 
T
F
 
T
T
 
R
E
 
E
T
 
L
K
 
A
D
 
Q
I
 
L
F
 
I
D
 
K
A
 
M
L
 
S
N
 
R
I
 
I
D
 
D
P
 
I
S
 
N
K
 
R
I
 
V
E
 
E
G
 
P
-
 
Q
-
 
P
-
 
F
D
 
D
A
 
R
S
 
P
T
 
Y
E
 
G
Y
 
V
A
 
S
S
 
S
K
 
Q
G
 
A
G
 
G
R
 
L
L
 
G
Y
 
F
A
 
G
R
 
K
T
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
-
 
F
S
 
S
I
 
C
A
 
V
V
 
L
G
 
S
E
 
V
A
 
L
V
 
N
E
 
E
K
 
E
M
 
I
F
 
G
P
 
I
E
 
E
K
 
K
K
 
V
E
 
D
L
 
V
-
 
K
-
 
S
-
 
P
-
 
E
-
 
D
-
 
G
-
 
I
-
 
R
-
 
V
-
 
A
-
 
E
-
 
V
-
 
T
-
 
L
-
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
T
-
 
S
F
 
F
K
 
K
S
 
G
V
 
A
Q
 
V
A
 
I
N
 
Y
G
 
G
V
 
L
K
 
G
E
 
K
C
 
V
K
 
K
E
 
K
L
 
F
L
 
L
S
 
E
R
 
E
A
 
R
E
 
K
K
 
D
G
 
V
E
 
E
I
 
I
S
 
-
A
 
-
N
 
-
F
 
-
I
 
I
E
 
E
G
 
V
M
|
M
G
x
A
C
|
C
I
 
N
G
 
Y
G
 
G
C
|
C
V
 
V
G
 
G
G
 
G

Sites not aligning to the query:

5oefA Active semisynthetic [fefe]-hydrogenase cpi with aza-diselenato- bridged [2fe] cofactor (see paper)
25% identity, 85% coverage: 18:395/447 of query aligns to 80:516/574 of 5oefA

query
sites
5oefA
D
 
N
E
 
E
N
 
K
F
 
I
E
 
K
E
 
S
T
 
R
V
 
I
E
 
S
Q
 
Q
I
 
L
L
 
L
S
 
D
E
 
I
H
|
H
K
 
E
L
x
F
-
x
K
-
x
C
-
 
G
-
 
P
-
x
C
D
 
N
R
|
R
E
x
R
E
 
E
F
 
N
C
|
C
K
 
E
I
 
F
I
x
L
S
 
K
S
 
L
L
 
V
C
 
I
G
 
K
T
 
Y
N
 
K
I
 
A
T
 
R
Y
 
A
S
 
S
S
 
K
N
 
P
F
 
F
M
 
L
-
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
T
E
 
E
E
 
Y
L
 
V
K
 
D
K
 
E
A
 
R
I
 
S
K
 
K
S
 
S
Y
 
L
N
 
T
K
 
V
D
 
D
E
 
R
K
 
T
I
 
K
I
x
C
N
x
L
K
x
L
V
x
C
T
x
G
N
 
R
C
|
C
S
 
V
Q
 
N
E
 
A
C
|
C
R
 
G
D
 
K
G
 
N
D
x
T
K
 
E
T
 
T
L
 
Y
C
x
A
E
x
M
K
 
K
S
 
F
C
 
L
P
 
N
F
 
K
D
 
N
A
 
G
I
 
K
F
 
T
I
 
I
H
x
I
K
 
G
E
 
A
K
 
E
N
 
D
H
 
E
P
 
K
F
 
C
I
 
F
D
 
D
K
 
D
D
 
T
K
 
N
C
|
C
T
x
L
D
x
L
C
|
C
G
|
G
F
 
Q
C
|
C
V
 
I
D
 
I
A
 
A
C
|
C
P
|
P
N
x
V
G
 
A
S
x
A
I
x
L
M
 
S
D
 
E
T
 
K
V
 
S
Q
 
H
F
 
M
L
 
D
P
 
R
L
 
V
A
 
K
N
 
N
I
 
A
L
 
L
K
 
N
S
 
A
-
 
P
D
 
E
S
 
K
P
 
H
V
 
V
I
 
I
A
 
V
I
 
A
V
 
M
A
|
A
P
|
P
A
x
S
I
 
V
T
 
R
G
 
A
Q
 
S
F
 
I
G
 
G
D
 
E
N
 
L
V
 
F
T
 
N
M
 
M
E
 
G
-
 
F
-
 
G
-
 
V
-
 
D
-
 
V
-
 
T
-
 
G
Q
 
K
L
 
I
R
 
Y
T
 
T
S
 
A
F
 
L
K
 
R
K
 
Q
I
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
D
D
 
K
M
 
I
I
 
F
E
 
D
V
 
I
A
 
N
F
 
F
F
 
G
A
 
A
D
 
D
M
 
M
L
 
T
T
 
I
L
 
M
K
 
E
E
|
E
A
 
A
V
 
T
E
|
E
F
 
L
D
 
V
S
 
Q
H
 
R
V
 
I
K
 
E
D
 
N
K
 
N
K
 
G
D
 
P
L
 
F
V
 
P
I
 
M
T
 
F
S
 
T
C
 
S
C
|
C
C
|
C
P
 
P
M
 
G
W
 
W
V
 
V
G
 
R
M
 
Q
L
 
A
R
 
E
R
 
N
K
 
Y
Y
 
Y
N
 
P
N
 
E
L
 
L
V
 
L
K
 
N
H
 
N
V
 
L
S
|
S
P
 
S
S
 
A
V
 
K
S
 
S
P
|
P
M
x
Q
T
 
Q
A
 
I
G
 
F
G
 
G
R
 
T
V
 
A
L
 
S
K
 
K
K
 
T
L
 
Y
N
 
Y
P
 
P
E
 
S
C
 
I
K
 
S
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
P
-
 
K
-
 
N
-
 
V
-
 
F
V
 
T
V
 
V
F
 
T
I
 
V
G
x
M
P
|
P
C
|
C
I
 
T
A
 
S
K
|
K
K
 
K
A
 
F
E
|
E
A
 
A
K
 
D
-
 
R
-
 
P
-
x
Q
-
 
M
E
 
E
K
 
K
D
 
D
I
 
G
I
 
L
G
 
R
D
 
D
I
 
I
D
 
D
F
 
A
V
 
V
L
 
I
T
 
T
F
 
T
T
 
R
E
 
E
T
 
L
K
 
A
D
 
K
I
 
M
F
 
I
D
 
K
A
 
D
L
 
A
N
 
K
I
 
I
D
 
P
P
 
F
S
 
A
K
 
K
I
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
S
E
 
E
G
 
A
D
 
D
A
 
P
S
 
A
T
 
M
E
 
G
Y
 
E
A
 
Y
S
 
S
K
 
G
G
 
A
G
 
G
R
 
A
L
 
I
Y
x
F
A
 
G
R
 
A
T
 
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
S
 
M
I
 
E
A
 
A
V
 
A
G
 
L
E
 
R
A
 
S
V
 
A
E
 
-
K
 
K
M
 
D
F
 
F
P
 
A
E
 
E
K
 
N
K
 
A
E
 
E
L
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
E
F
 
Y
K
 
K
S
 
Q
V
 
V
Q
 
R
A
 
G
-
 
L
N
 
N
G
 
G
V
 
I
K
 
K
E
 
E
C
 
A
K
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
N
-
 
N
-
 
K
-
 
Y
-
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
V
-
 
I
-
 
N
-
 
G
-
 
A
-
 
S
-
 
N
-
 
L
-
 
F
E
 
K
L
 
F
L
 
M
S
 
K
R
 
S
A
 
G
E
 
M
K
 
I
G
 
N
E
 
E
I
 
K
S
 
Q
A
 
Y
N
 
H
F
 
F
I
 
I
E
 
E
G
 
V
M
|
M
G
x
A
C
|
C
I
 
H
G
 
G
G
 
G
C
|
C
V
 
V
-
 
N
-
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
Q
K
 
P
V
 
H
L
 
V
I
 
N
P
 
P
K
 
K
E
 
D

Sites not aligning to the query:

3c8yA 1.39 angstrom crystal structure of fe-only hydrogenase (see paper)
25% identity, 85% coverage: 18:395/447 of query aligns to 80:516/574 of 3c8yA

query
sites
3c8yA
D
 
N
E
 
E
N
 
K
F
 
I
E
 
K
E
 
S
T
 
R
V
 
I
E
 
S
Q
 
Q
I
 
L
L
 
L
S
 
D
E
 
I
H
|
H
K
 
E
L
x
F
-
x
K
-
x
C
-
 
G
-
 
P
-
x
C
D
 
N
R
 
R
E
x
R
E
 
E
F
 
N
C
|
C
K
 
E
I
 
F
I
x
L
S
 
K
S
 
L
L
 
V
C
 
I
G
 
K
T
 
Y
N
 
K
I
 
A
T
 
R
Y
 
A
S
 
S
S
 
K
N
 
P
F
 
F
M
 
L
-
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
T
E
 
E
E
 
Y
L
 
V
K
 
D
K
 
E
A
 
R
I
 
S
K
 
K
S
 
S
Y
 
L
N
 
T
K
 
V
D
 
D
E
 
R
K
 
T
I
 
K
I
x
C
N
x
L
K
x
L
V
x
C
T
x
G
N
 
R
C
|
C
S
 
V
Q
 
N
E
 
A
C
|
C
R
 
G
D
 
K
G
 
N
D
x
T
K
 
E
T
 
T
L
 
Y
C
x
A
E
x
M
K
 
K
S
 
F
C
 
L
P
 
N
F
 
K
D
 
N
A
 
G
I
 
K
F
 
T
I
 
I
H
x
I
K
 
G
E
 
A
K
 
E
N
 
D
H
 
E
P
 
K
F
 
C
I
 
F
D
 
D
K
 
D
D
 
T
K
 
N
C
|
C
T
x
L
D
x
L
C
|
C
G
|
G
F
x
Q
C
|
C
V
 
I
D
 
I
A
 
A
C
|
C
P
|
P
N
 
V
G
x
A
S
x
A
I
x
L
M
 
S
D
 
E
T
 
K
V
 
S
Q
 
H
F
 
M
L
 
D
P
 
R
L
 
V
A
 
K
N
 
N
I
 
A
L
 
L
K
 
N
S
 
A
-
 
P
D
 
E
S
 
K
P
 
H
V
 
V
I
 
I
A
 
V
I
 
A
V
 
M
A
|
A
P
|
P
A
x
S
I
 
V
T
 
R
G
 
A
Q
 
S
F
 
I
G
 
G
D
 
E
N
 
L
V
 
F
T
 
N
M
 
M
E
 
G
-
 
F
-
 
G
-
 
V
-
 
D
-
 
V
-
 
T
-
 
G
Q
 
K
L
 
I
R
 
Y
T
 
T
S
 
A
F
 
L
K
 
R
K
 
Q
I
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
D
D
 
K
M
 
I
I
 
F
E
 
D
V
 
I
A
 
N
F
 
F
F
 
G
A
 
A
D
 
D
M
 
M
L
 
T
T
 
I
L
 
M
K
 
E
E
|
E
A
 
A
V
 
T
E
|
E
F
 
L
D
 
V
S
 
Q
H
 
R
V
 
I
K
 
E
D
 
N
K
 
N
K
 
G
D
 
P
L
 
F
V
 
P
I
 
M
T
 
F
S
 
T
C
 
S
C
|
C
C
|
C
P
 
P
M
 
G
W
 
W
V
 
V
G
 
R
M
 
Q
L
 
A
R
 
E
R
 
N
K
 
Y
Y
 
Y
N
 
P
N
 
E
L
 
L
V
 
L
K
 
N
H
 
N
V
 
L
S
|
S
P
 
S
S
 
A
V
 
K
S
 
S
P
|
P
M
x
Q
T
 
Q
A
 
I
G
 
F
G
 
G
R
 
T
V
 
A
L
 
S
K
 
K
K
 
T
L
 
Y
N
 
Y
P
 
P
E
 
S
C
 
I
K
 
S
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
P
-
 
K
-
 
N
-
 
V
-
 
F
V
 
T
V
 
V
F
 
T
I
 
V
G
x
M
P
|
P
C
|
C
I
 
T
A
 
S
K
|
K
K
 
K
A
 
F
E
|
E
A
 
A
K
 
D
-
 
R
-
 
P
-
x
Q
-
 
M
E
 
E
K
 
K
D
 
D
I
 
G
I
 
L
G
 
R
D
 
D
I
 
I
D
 
D
F
 
A
V
 
V
L
 
I
T
 
T
F
 
T
T
 
R
E
 
E
T
 
L
K
 
A
D
 
K
I
 
M
F
 
I
D
 
K
A
 
D
L
 
A
N
 
K
I
 
I
D
 
P
P
 
F
S
 
A
K
 
K
I
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
S
E
 
E
G
 
A
D
 
D
A
 
P
S
 
A
T
 
M
E
 
G
Y
 
E
A
 
Y
S
 
S
K
 
G
G
 
A
G
 
G
R
 
A
L
 
I
Y
x
F
A
 
G
R
 
A
T
 
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
S
 
M
I
 
E
A
 
A
V
 
A
G
 
L
E
 
R
A
 
S
V
 
A
E
 
-
K
 
K
M
 
D
F
 
F
P
 
A
E
 
E
K
 
N
K
 
A
E
 
E
L
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
E
F
 
Y
K
 
K
S
 
Q
V
 
V
Q
 
R
A
 
G
-
 
L
N
 
N
G
 
G
V
 
I
K
 
K
E
 
E
C
 
A
K
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
N
-
 
N
-
 
K
-
 
Y
-
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
V
-
 
I
-
 
N
-
 
G
-
 
A
-
 
S
-
 
N
-
 
L
-
 
F
E
 
K
L
 
F
L
 
M
S
 
K
R
 
S
A
 
G
E
 
M
K
 
I
G
 
N
E
 
E
I
 
K
S
 
Q
A
 
Y
N
 
H
F
 
F
I
 
I
E
 
E
G
 
V
M
|
M
G
x
A
C
|
C
I
 
H
G
 
G
G
 
G
C
|
C
V
 
V
-
 
N
-
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
Q
K
 
P
V
 
H
L
 
V
I
 
N
P
 
P
K
 
K
E
 
D

Sites not aligning to the query:

1c4cA Binding of exogenously added carbon monoxide at the active site of the fe-only hydrogenase (cpi) from clostridium pasteurianum (see paper)
25% identity, 85% coverage: 18:395/447 of query aligns to 80:516/574 of 1c4cA

query
sites
1c4cA
D
 
N
E
 
E
N
 
K
F
 
I
E
 
K
E
 
S
T
 
R
V
 
I
E
 
S
Q
 
Q
I
 
L
L
 
L
S
 
D
E
 
I
H
|
H
K
 
E
L
x
F
-
x
K
-
x
C
-
 
G
-
 
P
-
x
C
D
 
N
R
 
R
E
x
R
E
 
E
F
 
N
C
|
C
K
 
E
I
 
F
I
 
L
S
 
K
S
 
L
L
 
V
C
 
I
G
 
K
T
 
Y
N
 
K
I
 
A
T
 
R
Y
 
A
S
 
S
S
 
K
N
 
P
F
 
F
M
 
L
-
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
T
E
 
E
E
 
Y
L
 
V
K
 
D
K
 
E
A
 
R
I
 
S
K
 
K
S
 
S
Y
 
L
N
 
T
K
 
V
D
 
D
E
 
R
K
 
T
I
 
K
I
x
C
N
x
L
K
x
L
V
x
C
T
 
G
N
 
R
C
|
C
S
 
V
Q
 
N
E
 
A
C
|
C
R
 
G
D
 
K
G
 
N
D
 
T
K
 
E
T
 
T
L
 
Y
C
 
A
E
x
M
K
 
K
S
 
F
C
 
L
P
 
N
F
 
K
D
 
N
A
 
G
I
 
K
F
 
T
I
 
I
H
x
I
K
 
G
E
 
A
K
 
E
N
 
D
H
 
E
P
 
K
F
 
C
I
 
F
D
 
D
K
 
D
D
 
T
K
 
N
C
|
C
T
x
L
D
x
L
C
|
C
G
|
G
F
 
Q
C
|
C
V
 
I
D
 
I
A
 
A
C
|
C
P
|
P
N
x
V
G
x
A
S
x
A
I
x
L
M
 
S
D
 
E
T
 
K
V
 
S
Q
 
H
F
 
M
L
 
D
P
 
R
L
 
V
A
 
K
N
 
N
I
 
A
L
 
L
K
 
N
S
 
A
-
 
P
D
 
E
S
 
K
P
 
H
V
 
V
I
 
I
A
 
V
I
 
A
V
 
M
A
|
A
P
|
P
A
x
S
I
 
V
T
 
R
G
 
A
Q
 
S
F
 
I
G
 
G
D
 
E
N
 
L
V
 
F
T
 
N
M
 
M
E
 
G
-
 
F
-
 
G
-
 
V
-
 
D
-
 
V
-
 
T
-
 
G
Q
 
K
L
 
I
R
 
Y
T
 
T
S
 
A
F
 
L
K
 
R
K
 
Q
I
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
D
D
 
K
M
 
I
I
 
F
E
 
D
V
 
I
A
 
N
F
 
F
F
 
G
A
 
A
D
 
D
M
 
M
L
 
T
T
 
I
L
 
M
K
 
E
E
|
E
A
 
A
V
 
T
E
|
E
F
 
L
D
 
V
S
 
Q
H
 
R
V
 
I
K
 
E
D
 
N
K
 
N
K
 
G
D
 
P
L
 
F
V
 
P
I
 
M
T
 
F
S
 
T
C
 
S
C
|
C
C
|
C
P
 
P
M
 
G
W
 
W
V
 
V
G
 
R
M
 
Q
L
 
A
R
 
E
R
 
N
K
 
Y
Y
 
Y
N
 
P
N
 
E
L
 
L
V
 
L
K
 
N
H
 
N
V
 
L
S
|
S
P
 
S
S
 
A
V
 
K
S
 
S
P
|
P
M
x
Q
T
 
Q
A
 
I
G
 
F
G
 
G
R
 
T
V
 
A
L
 
S
K
 
K
K
 
T
L
 
Y
N
 
Y
P
 
P
E
 
S
C
 
I
K
 
S
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
P
-
 
K
-
 
N
-
 
V
-
 
F
V
 
T
V
 
V
F
 
T
I
 
V
G
x
M
P
|
P
C
|
C
I
 
T
A
 
S
K
|
K
K
 
K
A
 
F
E
|
E
A
 
A
K
 
D
-
 
R
-
 
P
-
x
Q
-
 
M
E
 
E
K
 
K
D
 
D
I
 
G
I
 
L
G
 
R
D
 
D
I
 
I
D
 
D
F
 
A
V
 
V
L
 
I
T
 
T
F
 
T
T
 
R
E
 
E
T
 
L
K
 
A
D
 
K
I
 
M
F
 
I
D
 
K
A
 
D
L
 
A
N
 
K
I
 
I
D
 
P
P
 
F
S
 
A
K
 
K
I
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
S
E
 
E
G
 
A
D
 
D
A
 
P
S
 
A
T
 
M
E
 
G
Y
 
E
A
 
Y
S
 
S
K
 
G
G
 
A
G
 
G
R
 
A
L
 
I
Y
x
F
A
 
G
R
 
A
T
 
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
S
 
M
I
 
E
A
 
A
V
 
A
G
 
L
E
 
R
A
 
S
V
 
A
E
 
-
K
 
K
M
 
D
F
 
F
P
 
A
E
 
E
K
 
N
K
 
A
E
 
E
L
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
E
F
 
Y
K
 
K
S
 
Q
V
 
V
Q
 
R
A
 
G
-
 
L
N
 
N
G
 
G
V
 
I
K
 
K
E
 
E
C
 
A
K
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
N
-
 
N
-
 
K
-
 
Y
-
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
V
-
 
I
-
 
N
-
 
G
-
 
A
-
 
S
-
 
N
-
 
L
-
 
F
E
 
K
L
 
F
L
 
M
S
 
K
R
 
S
A
 
G
E
 
M
K
 
I
G
 
N
E
 
E
I
 
K
S
 
Q
A
 
Y
N
 
H
F
 
F
I
 
I
E
 
E
G
 
V
M
|
M
G
x
A
C
|
C
I
 
H
G
 
G
G
 
G
C
|
C
V
 
V
-
 
N
-
x
G
G
 
G
G
 
G
P
 
Q
K
 
P
V
 
H
L
 
V
I
 
N
P
 
P
K
 
K
E
 
D

Sites not aligning to the query:

1c4aA Binding of exogenously added carbon monoxide at the active site of the fe-only hydrogenase (cpi) from clostridium pasteurianum (see paper)
25% identity, 85% coverage: 18:395/447 of query aligns to 80:516/574 of 1c4aA

query
sites
1c4aA
D
 
N
E
 
E
N
 
K
F
 
I
E
 
K
E
 
S
T
 
R
V
 
I
E
 
S
Q
 
Q
I
 
L
L
 
L
S
 
D
E
 
I
H
|
H
K
 
E
L
 
F
-
x
K
-
x
C
-
 
G
-
 
P
-
x
C
D
 
N
R
 
R
E
x
R
E
 
E
F
 
N
C
|
C
K
 
E
I
 
F
I
 
L
S
 
K
S
 
L
L
 
V
C
 
I
G
 
K
T
 
Y
N
 
K
I
 
A
T
 
R
Y
 
A
S
 
S
S
 
K
N
 
P
F
 
F
M
 
L
-
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
T
E
 
E
E
 
Y
L
 
V
K
 
D
K
 
E
A
 
R
I
 
S
K
 
K
S
 
S
Y
x
L
N
 
T
K
 
V
D
 
D
E
 
R
K
 
T
I
x
K
I
x
C
N
x
L
K
x
L
V
x
C
T
x
G
N
 
R
C
|
C
S
 
V
Q
 
N
E
 
A
C
|
C
R
 
G
D
 
K
G
 
N
D
x
T
K
 
E
T
 
T
L
 
Y
C
x
A
E
x
M
K
 
K
S
 
F
C
 
L
P
 
N
F
 
K
D
 
N
A
 
G
I
 
K
F
 
T
I
 
I
H
x
I
K
 
G
E
 
A
K
 
E
N
 
D
H
 
E
P
 
K
F
 
C
I
 
F
D
 
D
K
 
D
D
 
T
K
 
N
C
|
C
T
x
L
D
x
L
C
|
C
G
|
G
F
 
Q
C
|
C
V
 
I
D
 
I
A
 
A
C
|
C
P
|
P
N
x
V
G
x
A
S
x
A
I
x
L
M
 
S
D
 
E
T
 
K
V
 
S
Q
 
H
F
 
M
L
 
D
P
 
R
L
 
V
A
 
K
N
 
N
I
 
A
L
 
L
K
 
N
S
 
A
-
 
P
D
 
E
S
 
K
P
 
H
V
 
V
I
 
I
A
 
V
I
 
A
V
 
M
A
|
A
P
|
P
A
x
S
I
 
V
T
 
R
G
 
A
Q
 
S
F
 
I
G
 
G
D
 
E
N
 
L
V
 
F
T
 
N
M
 
M
E
 
G
-
 
F
-
 
G
-
 
V
-
 
D
-
 
V
-
 
T
-
 
G
Q
 
K
L
 
I
R
 
Y
T
 
T
S
 
A
F
 
L
K
 
R
K
 
Q
I
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
D
D
 
K
M
 
I
I
 
F
E
 
D
V
 
I
A
 
N
F
 
F
F
 
G
A
 
A
D
 
D
M
 
M
L
 
T
T
 
I
L
 
M
K
 
E
E
|
E
A
 
A
V
 
T
E
|
E
F
 
L
D
 
V
S
 
Q
H
 
R
V
 
I
K
 
E
D
 
N
K
 
N
K
 
G
D
 
P
L
 
F
V
 
P
I
 
M
T
 
F
S
 
T
C
 
S
C
|
C
C
|
C
P
 
P
M
 
G
W
 
W
V
 
V
G
 
R
M
 
Q
L
 
A
R
 
E
R
 
N
K
 
Y
Y
 
Y
N
 
P
N
 
E
L
 
L
V
 
L
K
 
N
H
 
N
V
 
L
S
|
S
P
 
S
S
 
A
V
 
K
S
 
S
P
|
P
M
 
Q
T
 
Q
A
 
I
G
 
F
G
 
G
R
 
T
V
 
A
L
 
S
K
 
K
K
 
T
L
 
Y
N
 
Y
P
 
P
E
 
S
C
 
I
K
 
S
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
P
-
 
K
-
 
N
-
 
V
-
 
F
V
 
T
V
 
V
F
 
T
I
 
V
G
x
M
P
|
P
C
|
C
I
 
T
A
 
S
K
|
K
K
 
K
A
 
F
E
|
E
A
 
A
K
 
D
-
 
R
-
 
P
-
x
Q
-
 
M
E
 
E
K
 
K
D
 
D
I
 
G
I
 
L
G
 
R
D
 
D
I
 
I
D
 
D
F
 
A
V
 
V
L
 
I
T
 
T
F
 
T
T
 
R
E
 
E
T
 
L
K
 
A
D
 
K
I
 
M
F
 
I
D
 
K
A
 
D
L
 
A
N
 
K
I
 
I
D
 
P
P
 
F
S
 
A
K
 
K
I
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
S
E
 
E
G
 
A
D
 
D
A
 
P
S
 
A
T
 
M
E
 
G
Y
 
E
A
 
Y
S
 
S
K
 
G
G
 
A
G
 
G
R
 
A
L
 
I
Y
x
F
A
 
G
R
 
A
T
 
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
S
 
M
I
 
E
A
 
A
V
 
A
G
 
L
E
 
R
A
 
S
V
 
A
E
 
-
K
 
K
M
 
D
F
 
F
P
 
A
E
 
E
K
 
N
K
 
A
E
 
E
L
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
E
F
 
Y
K
 
K
S
 
Q
V
 
V
Q
 
R
A
 
G
-
 
L
N
 
N
G
 
G
V
 
I
K
 
K
E
 
E
C
 
A
K
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
N
-
 
N
-
 
K
-
 
Y
-
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
V
-
 
I
-
 
N
-
 
G
-
 
A
-
 
S
-
 
N
-
 
L
-
 
F
E
 
K
L
 
F
L
 
M
S
 
K
R
 
S
A
 
G
E
 
M
K
 
I
G
 
N
E
 
E
I
 
K
S
 
Q
A
 
Y
N
 
H
F
 
F
I
 
I
E
 
E
G
 
V
M
|
M
G
x
A
C
|
C
I
 
H
G
 
G
G
 
G
C
|
C
V
 
V
-
 
N
-
x
G
G
 
G
G
 
G
P
 
Q
K
 
P
V
 
H
L
 
V
I
 
N
P
 
P
K
 
K
E
 
D

Sites not aligning to the query:

P29166 Iron hydrogenase 1; CpI; Fe-only hydrogenase; [Fe] hydrogenase; EC 1.12.7.2 from Clostridium pasteurianum (see 2 papers)
25% identity, 85% coverage: 18:395/447 of query aligns to 80:516/574 of P29166

query
sites
P29166
D
 
N
E
 
E
N
 
K
F
 
I
E
 
K
E
 
S
T
 
R
V
 
I
E
 
S
Q
 
Q
I
 
L
L
 
L
S
 
D
E
 
I
H
|
H
K
 
E
L
 
F
-
 
K
-
x
C
-
 
G
-
 
P
-
x
C
D
 
N
R
 
R
E
 
R
E
 
E
F
 
N
C
|
C
K
 
E
I
 
F
I
 
L
S
 
K
S
 
L
L
 
V
C
 
I
G
 
K
T
 
Y
N
 
K
I
 
A
T
 
R
Y
 
A
S
 
S
S
 
K
N
 
P
F
 
F
M
 
L
-
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
T
E
 
E
E
 
Y
L
 
V
K
 
D
K
 
E
A
 
R
I
 
S
K
 
K
S
 
S
Y
 
L
N
 
T
K
 
V
D
 
D
E
 
R
K
 
T
I
 
K
I
x
C
N
 
L
K
 
L
V
x
C
T
 
G
N
 
R
C
|
C
S
 
V
Q
 
N
E
 
A
C
|
C
R
 
G
D
 
K
G
 
N
D
 
T
K
 
E
T
 
T
L
 
Y
C
 
A
E
 
M
K
 
K
S
 
F
C
 
L
P
 
N
F
 
K
D
 
N
A
 
G
I
 
K
F
 
T
I
 
I
H
 
I
K
 
G
E
 
A
K
 
E
N
 
D
H
 
E
P
 
K
F
 
C
I
 
F
D
 
D
K
 
D
D
 
T
K
 
N
C
|
C
T
 
L
D
 
L
C
|
C
G
 
G
F
 
Q
C
|
C
V
 
I
D
 
I
A
 
A
C
|
C
P
 
P
N
 
V
G
 
A
S
 
A
I
 
L
M
 
S
D
 
E
T
 
K
V
 
S
Q
 
H
F
 
M
L
 
D
P
 
R
L
 
V
A
 
K
N
 
N
I
 
A
L
 
L
K
 
N
S
 
A
-
 
P
D
 
E
S
 
K
P
 
H
V
 
V
I
 
I
A
 
V
I
 
A
V
 
M
A
 
A
P
 
P
A
 
S
I
 
V
T
 
R
G
 
A
Q
 
S
F
 
I
G
 
G
D
 
E
N
 
L
V
 
F
T
 
N
M
 
M
E
 
G
-
 
F
-
 
G
-
 
V
-
 
D
-
 
V
-
 
T
-
 
G
Q
 
K
L
 
I
R
 
Y
T
 
T
S
 
A
F
 
L
K
 
R
K
 
Q
I
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
D
D
 
K
M
 
I
I
 
F
E
 
D
V
 
I
A
 
N
F
 
F
F
 
G
A
 
A
D
 
D
M
 
M
L
 
T
T
 
I
L
 
M
K
 
E
E
 
E
A
 
A
V
 
T
E
 
E
F
 
L
D
 
V
S
 
Q
H
 
R
V
 
I
K
 
E
D
 
N
K
 
N
K
 
G
D
 
P
L
 
F
V
 
P
I
 
M
T
 
F
S
 
T
C
 
S
C
 
C
C
|
C
P
 
P
M
 
G
W
 
W
V
 
V
G
 
R
M
 
Q
L
 
A
R
 
E
R
 
N
K
 
Y
Y
 
Y
N
 
P
N
 
E
L
 
L
V
 
L
K
 
N
H
 
N
V
 
L
S
 
S
P
 
S
S
 
A
V
 
K
S
 
S
P
 
P
M
 
Q
T
 
Q
A
 
I
G
 
F
G
 
G
R
 
T
V
 
A
L
 
S
K
 
K
K
 
T
L
 
Y
N
 
Y
P
 
P
E
 
S
C
 
I
K
 
S
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
P
-
 
K
-
 
N
-
 
V
-
 
F
V
 
T
V
 
V
F
 
T
I
 
V
G
 
M
P
 
P
C
|
C
I
 
T
A
 
S
K
 
K
K
 
K
A
 
F
E
 
E
A
 
A
K
 
D
-
 
R
-
 
P
-
 
Q
-
 
M
E
 
E
K
 
K
D
 
D
I
 
G
I
 
L
G
 
R
D
 
D
I
 
I
D
 
D
F
 
A
V
 
V
L
 
I
T
 
T
F
 
T
T
 
R
E
 
E
T
 
L
K
 
A
D
 
K
I
 
M
F
 
I
D
 
K
A
 
D
L
 
A
N
 
K
I
 
I
D
 
P
P
 
F
S
 
A
K
 
K
I
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
S
E
 
E
G
 
A
D
 
D
A
 
P
S
 
A
T
 
M
E
 
G
Y
 
E
A
 
Y
S
 
S
K
 
G
G
 
A
G
 
G
R
 
A
L
 
I
Y
 
F
A
 
G
R
 
A
T
 
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
S
 
M
I
 
E
A
 
A
V
 
A
G
 
L
E
 
R
A
 
S
V
 
A
E
 
-
K
 
K
M
 
D
F
 
F
P
 
A
E
 
E
K
 
N
K
 
A
E
 
E
L
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
E
F
 
Y
K
 
K
S
 
Q
V
 
V
Q
 
R
A
 
G
-
 
L
N
 
N
G
 
G
V
 
I
K
 
K
E
 
E
C
 
A
K
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
N
-
 
N
-
 
K
-
 
Y
-
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
V
-
 
I
-
 
N
-
 
G
-
 
A
-
 
S
-
 
N
-
 
L
-
 
F
E
 
K
L
 
F
L
 
M
S
 
K
R
 
S
A
 
G
E
 
M
K
 
I
G
 
N
E
 
E
I
 
K
S
 
Q
A
 
Y
N
 
H
F
 
F
I
 
I
E
 
E
G
 
V
M
 
M
G
 
A
C
|
C
I
 
H
G
 
G
G
 
G
C
|
C
V
 
V
-
 
N
-
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
Q
K
 
P
V
 
H
L
 
V
I
 
N
P
 
P
K
 
K
E
 
D

Sites not aligning to the query:

5bysA Semisynthetic [fefe]-hydrogenase cpi with sulfur-dithiolato-bridged [2fe] cofactor (see paper)
25% identity, 85% coverage: 18:395/447 of query aligns to 79:515/576 of 5bysA

query
sites
5bysA
D
 
N
E
 
E
N
 
K
F
 
I
E
 
K
E
 
S
T
 
R
V
 
I
E
 
S
Q
 
Q
I
 
L
L
 
L
S
 
D
E
 
I
H
|
H
K
 
E
L
x
F
-
x
K
-
x
C
-
 
G
-
 
P
-
x
C
D
 
N
R
 
R
E
 
R
E
 
E
F
 
N
C
|
C
K
 
E
I
 
F
I
 
L
S
 
K
S
 
L
L
 
V
C
 
I
G
 
K
T
 
Y
N
 
K
I
 
A
T
 
R
Y
 
A
S
 
S
S
 
K
N
 
P
F
 
F
M
 
L
-
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
T
E
 
E
E
 
Y
L
 
V
K
 
D
K
 
E
A
 
R
I
 
S
K
 
K
S
 
S
Y
 
L
N
 
T
K
 
V
D
 
D
E
 
R
K
 
T
I
x
K
I
x
C
N
x
L
K
x
L
V
x
C
T
x
G
N
 
R
C
|
C
S
 
V
Q
 
N
E
 
A
C
|
C
R
 
G
D
 
K
G
 
N
D
x
T
K
 
E
T
 
T
L
 
Y
C
x
A
E
x
M
K
 
K
S
 
F
C
 
L
P
 
N
F
 
K
D
 
N
A
 
G
I
 
K
F
 
T
I
 
I
H
x
I
K
 
G
E
 
A
K
 
E
N
 
D
H
 
E
P
 
K
F
 
C
I
 
F
D
 
D
K
 
D
D
 
T
K
 
N
C
|
C
T
x
L
D
x
L
C
|
C
G
|
G
F
 
Q
C
|
C
V
 
I
D
 
I
A
 
A
C
|
C
P
|
P
N
x
V
G
x
A
S
x
A
I
x
L
M
 
S
D
 
E
T
 
K
V
 
S
Q
 
H
F
 
M
L
 
D
P
 
R
L
 
V
A
 
K
N
 
N
I
 
A
L
 
L
K
 
N
S
 
A
-
 
P
D
 
E
S
 
K
P
 
H
V
 
V
I
 
I
A
 
V
I
 
A
V
 
M
A
|
A
P
|
P
A
x
S
I
 
V
T
 
R
G
 
A
Q
 
S
F
 
I
G
 
G
D
 
E
N
 
L
V
 
F
T
 
N
M
 
M
E
 
G
-
 
F
-
 
G
-
 
V
-
 
D
-
 
V
-
 
T
-
 
G
Q
 
K
L
 
I
R
 
Y
T
 
T
S
 
A
F
 
L
K
 
R
K
 
Q
I
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
D
D
 
K
M
 
I
I
 
F
E
 
D
V
x
I
A
 
N
F
 
F
F
 
G
A
 
A
D
 
D
M
 
M
L
 
T
T
 
I
L
 
M
K
 
E
E
|
E
A
 
A
V
 
T
E
|
E
F
 
L
D
 
V
S
 
Q
H
 
R
V
 
I
K
 
E
D
 
N
K
 
N
K
 
G
D
 
P
L
 
F
V
 
P
I
 
M
T
 
F
S
 
T
C
 
S
C
|
C
C
|
C
P
 
P
M
 
G
W
 
W
V
 
V
G
 
R
M
 
Q
L
 
A
R
 
E
R
 
N
K
 
Y
Y
 
Y
N
 
P
N
 
E
L
 
L
V
 
L
K
 
N
H
 
N
V
 
L
S
|
S
P
 
S
S
 
A
V
 
K
S
 
S
P
|
P
M
x
Q
T
 
Q
A
 
I
G
 
F
G
 
G
R
 
T
V
 
A
L
 
S
K
 
K
K
 
T
L
 
Y
N
 
Y
P
 
P
E
 
S
C
 
I
K
 
S
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
P
-
 
K
-
 
N
-
 
V
-
 
F
V
 
T
V
 
V
F
 
T
I
 
V
G
x
M
P
|
P
C
|
C
I
 
T
A
 
S
K
|
K
K
 
K
A
 
F
E
|
E
A
 
A
K
 
D
-
 
R
-
 
P
-
x
Q
-
 
M
E
 
E
K
 
K
D
 
D
I
 
G
I
 
L
G
 
R
D
 
D
I
 
I
D
 
D
F
 
A
V
 
V
L
 
I
T
 
T
F
 
T
T
 
R
E
 
E
T
 
L
K
 
A
D
 
K
I
 
M
F
 
I
D
 
K
A
 
D
L
 
A
N
 
K
I
 
I
D
 
P
P
 
F
S
 
A
K
 
K
I
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
S
E
 
E
G
 
A
D
 
D
A
 
P
S
 
A
T
 
M
E
 
G
Y
 
E
A
 
Y
S
 
S
K
 
G
G
 
A
G
 
G
R
 
A
L
 
I
Y
x
F
A
 
G
R
 
A
T
 
T
G
 
G
G
 
G
V
|
V
S
 
M
I
 
E
A
 
A
V
 
A
G
 
L
E
 
R
A
 
S
V
 
A
E
 
-
K
 
K
M
 
D
F
 
F
P
 
A
E
 
E
K
 
N
K
 
A
E
 
E
L
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
E
F
 
Y
K
 
K
S
 
Q
V
 
V
Q
 
R
A
 
G
-
 
L
N
 
N
G
 
G
V
 
I
K
 
K
E
 
E
C
 
A
K
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
N
-
 
N
-
 
K
-
 
Y
-
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
V
-
 
I
-
 
N
-
 
G
-
 
A
-
 
S
-
 
N
-
 
L
-
 
F
E
 
K
L
 
F
L
 
M
S
 
K
R
 
S
A
 
G
E
 
M
K
 
I
G
 
N
E
 
E
I
 
K
S
 
Q
A
 
Y
N
 
H
F
 
F
I
 
I
E
 
E
G
 
V
M
|
M
G
x
A
C
|
C
I
 
H
G
 
G
G
 
G
C
|
C
V
 
V
-
 
N
-
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
Q
K
 
P
V
 
H
L
 
V
I
 
N
P
 
P
K
 
K
E
 
D

Sites not aligning to the query:

8aioA Co-bound [fefe]-hydrogenase i from clostridium pasteurianum (cpi) (see paper)
25% identity, 85% coverage: 18:395/447 of query aligns to 80:516/573 of 8aioA

query
sites
8aioA
D
 
N
E
 
E
N
 
K
F
 
I
E
 
K
E
 
S
T
 
R
V
 
I
E
 
S
Q
 
Q
I
 
L
L
 
L
S
 
D
E
 
I
H
|
H
K
 
E
L
x
F
-
x
K
-
x
C
-
 
G
-
 
P
-
x
C
D
 
N
R
 
R
E
 
R
E
 
E
F
 
N
C
|
C
K
 
E
I
 
F
I
 
L
S
 
K
S
 
L
L
 
V
C
 
I
G
 
K
T
 
Y
N
 
K
I
 
A
T
 
R
Y
 
A
S
 
S
S
 
K
N
 
P
F
 
F
M
 
L
-
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
T
E
 
E
E
 
Y
L
 
V
K
 
D
K
 
E
A
 
R
I
 
S
K
 
K
S
 
S
Y
 
L
N
 
T
K
 
V
D
 
D
E
 
R
K
 
T
I
x
K
I
x
C
N
x
L
K
x
L
V
x
C
T
x
G
N
 
R
C
|
C
S
 
V
Q
 
N
E
 
A
C
|
C
R
 
G
D
 
K
G
 
N
D
 
T
K
 
E
T
 
T
L
 
Y
C
x
A
E
x
M
K
 
K
S
 
F
C
 
L
P
 
N
F
 
K
D
 
N
A
 
G
I
 
K
F
 
T
I
 
I
H
x
I
K
 
G
E
 
A
K
 
E
N
 
D
H
 
E
P
 
K
F
 
C
I
 
F
D
 
D
K
 
D
D
 
T
K
 
N
C
|
C
T
x
L
D
x
L
C
|
C
G
|
G
F
 
Q
C
|
C
V
 
I
D
 
I
A
 
A
C
|
C
P
|
P
N
x
V
G
 
A
S
x
A
I
x
L
M
 
S
D
 
E
T
 
K
V
 
S
Q
 
H
F
 
M
L
 
D
P
 
R
L
 
V
A
 
K
N
 
N
I
 
A
L
 
L
K
 
N
S
 
A
-
 
P
D
 
E
S
 
K
P
 
H
V
 
V
I
 
I
A
 
V
I
 
A
V
 
M
A
|
A
P
|
P
A
x
S
I
 
V
T
 
R
G
 
A
Q
 
S
F
 
I
G
 
G
D
 
E
N
 
L
V
 
F
T
 
N
M
 
M
E
 
G
-
 
F
-
 
G
-
 
V
-
 
D
-
 
V
-
 
T
-
 
G
Q
 
K
L
 
I
R
 
Y
T
 
T
S
 
A
F
 
L
K
 
R
K
 
Q
I
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
D
D
 
K
M
 
I
I
 
F
E
 
D
V
 
I
A
 
N
F
 
F
F
 
G
A
 
A
D
 
D
M
 
M
L
 
T
T
 
I
L
 
M
K
 
E
E
 
E
A
 
A
V
 
T
E
 
E
F
 
L
D
 
V
S
 
Q
H
 
R
V
 
I
K
 
E
D
 
N
K
 
N
K
 
G
D
 
P
L
 
F
V
 
P
I
 
M
T
 
F
S
 
T
C
 
S
C
|
C
C
|
C
P
 
P
M
 
G
W
 
W
V
 
V
G
 
R
M
 
Q
L
 
A
R
 
E
R
 
N
K
 
Y
Y
 
Y
N
 
P
N
 
E
L
 
L
V
 
L
K
 
N
H
 
N
V
 
L
S
 
S
P
 
S
S
 
A
V
 
K
S
 
S
P
|
P
M
x
Q
T
 
Q
A
 
I
G
 
F
G
 
G
R
 
T
V
 
A
L
 
S
K
 
K
K
 
T
L
 
Y
N
 
Y
P
 
P
E
 
S
C
 
I
K
 
S
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
P
-
 
K
-
 
N
-
 
V
-
 
F
V
 
T
V
 
V
F
 
T
I
 
V
G
x
M
P
|
P
C
|
C
I
 
T
A
 
S
K
|
K
K
 
K
A
 
F
E
 
E
A
 
A
K
 
D
-
 
R
-
 
P
-
 
Q
-
 
M
E
 
E
K
 
K
D
 
D
I
 
G
I
 
L
G
 
R
D
 
D
I
 
I
D
 
D
F
 
A
V
 
V
L
 
I
T
 
T
F
 
T
T
 
R
E
 
E
T
 
L
K
 
A
D
 
K
I
 
M
F
 
I
D
 
K
A
 
D
L
 
A
N
 
K
I
 
I
D
 
P
P
 
F
S
 
A
K
 
K
I
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
S
E
 
E
G
 
A
D
 
D
A
 
P
S
 
A
T
 
M
E
 
G
Y
 
E
A
 
Y
S
 
S
K
 
G
G
 
A
G
 
G
R
 
A
L
 
I
Y
x
F
A
 
G
R
 
A
T
 
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
S
 
M
I
 
E
A
 
A
V
 
A
G
 
L
E
 
R
A
 
S
V
 
A
E
 
-
K
 
K
M
 
D
F
 
F
P
 
A
E
 
E
K
 
N
K
 
A
E
 
E
L
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
E
F
 
Y
K
 
K
S
 
Q
V
 
V
Q
 
R
A
 
G
-
 
L
N
 
N
G
 
G
V
 
I
K
 
K
E
 
E
C
 
A
K
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
N
-
 
N
-
 
K
-
 
Y
-
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
V
-
 
I
-
 
N
-
 
G
-
 
A
-
 
S
-
 
N
-
 
L
-
 
F
E
 
K
L
 
F
L
 
M
S
 
K
R
 
S
A
 
G
E
 
M
K
 
I
G
 
N
E
 
E
I
 
K
S
 
Q
A
 
Y
N
 
H
F
 
F
I
 
I
E
 
E
G
 
V
M
|
M
G
 
A
C
|
C
I
 
H
G
 
G
G
 
G
C
|
C
V
 
V
-
 
N
-
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
Q
K
 
P
V
 
H
L
 
V
I
 
N
P
 
P
K
 
K
E
 
D

Sites not aligning to the query:

6h63A Semisynthetic [fefe]-hydrogenase cpi with ethanedithiolate [2fe] cofactor
25% identity, 85% coverage: 18:395/447 of query aligns to 79:515/578 of 6h63A

query
sites
6h63A
D
 
N
E
 
E
N
 
K
F
 
I
E
 
K
E
 
S
T
 
R
V
 
I
E
 
S
Q
 
Q
I
 
L
L
 
L
S
 
D
E
 
I
H
|
H
K
 
E
L
x
F
-
x
K
-
x
C
-
 
G
-
 
P
-
x
C
D
 
N
R
|
R
E
 
R
E
 
E
F
 
N
C
|
C
K
 
E
I
 
F
I
 
L
S
 
K
S
 
L
L
 
V
C
 
I
G
 
K
T
 
Y
N
 
K
I
 
A
T
 
R
Y
 
A
S
 
S
S
 
K
N
 
P
F
 
F
M
 
L
-
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
T
E
 
E
E
 
Y
L
 
V
K
 
D
K
 
E
A
 
R
I
 
S
K
 
K
S
 
S
Y
 
L
N
 
T
K
 
V
D
 
D
E
 
R
K
 
T
I
 
K
I
x
C
N
x
L
K
x
L
V
x
C
T
x
G
N
 
R
C
|
C
S
 
V
Q
 
N
E
 
A
C
|
C
R
 
G
D
 
K
G
 
N
D
x
T
K
 
E
T
 
T
L
 
Y
C
x
A
E
x
M
K
 
K
S
 
F
C
 
L
P
 
N
F
 
K
D
 
N
A
 
G
I
 
K
F
 
T
I
 
I
H
x
I
K
 
G
E
 
A
K
 
E
N
 
D
H
 
E
P
 
K
F
 
C
I
 
F
D
 
D
K
 
D
D
 
T
K
 
N
C
|
C
T
x
L
D
x
L
C
|
C
G
|
G
F
 
Q
C
|
C
V
 
I
D
 
I
A
 
A
C
|
C
P
|
P
N
x
V
G
 
A
S
x
A
I
x
L
M
 
S
D
 
E
T
 
K
V
 
S
Q
 
H
F
 
M
L
 
D
P
 
R
L
 
V
A
 
K
N
 
N
I
 
A
L
 
L
K
 
N
S
 
A
-
 
P
D
 
E
S
 
K
P
 
H
V
 
V
I
 
I
A
 
V
I
 
A
V
 
M
A
|
A
P
|
P
A
x
S
I
 
V
T
 
R
G
 
A
Q
 
S
F
 
I
G
 
G
D
 
E
N
 
L
V
 
F
T
 
N
M
 
M
E
 
G
-
 
F
-
 
G
-
 
V
-
 
D
-
 
V
-
 
T
-
 
G
Q
 
K
L
 
I
R
 
Y
T
 
T
S
 
A
F
 
L
K
 
R
K
 
Q
I
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
D
D
 
K
M
 
I
I
 
F
E
 
D
V
 
I
A
 
N
F
 
F
F
 
G
A
 
A
D
 
D
M
 
M
L
 
T
T
 
I
L
 
M
K
 
E
E
|
E
A
 
A
V
 
T
E
|
E
F
 
L
D
 
V
S
 
Q
H
 
R
V
 
I
K
 
E
D
 
N
K
 
N
K
 
G
D
 
P
L
 
F
V
 
P
I
 
M
T
 
F
S
 
T
C
 
S
C
|
C
C
|
C
P
 
P
M
 
G
W
 
W
V
 
V
G
 
R
M
 
Q
L
 
A
R
 
E
R
 
N
K
 
Y
Y
 
Y
N
 
P
N
 
E
L
 
L
V
 
L
K
 
N
H
 
N
V
 
L
S
|
S
P
 
S
S
 
A
V
 
K
S
 
S
P
|
P
M
x
Q
T
 
Q
A
 
I
G
 
F
G
 
G
R
 
T
V
 
A
L
 
S
K
 
K
K
 
T
L
 
Y
N
 
Y
P
 
P
E
 
S
C
 
I
K
 
S
-
 
G
-
 
L
-
 
D
-
 
P
-
 
K
-
 
N
-
 
V
-
 
F
V
 
T
V
 
V
F
 
T
I
 
V
G
x
M
P
|
P
C
|
C
I
 
T
A
 
S
K
|
K
K
 
K
A
 
F
E
|
E
A
 
A
K
 
D
-
 
R
-
 
P
-
x
Q
-
 
M
E
 
E
K
 
K
D
 
D
I
 
G
I
 
L
G
 
R
D
 
D
I
 
I
D
 
D
F
 
A
V
 
V
L
 
I
T
 
T
F
 
T
T
 
R
E
 
E
T
 
L
K
 
A
D
 
K
I
 
M
F
 
I
D
 
K
A
 
D
L
 
A
N
 
K
I
 
I
D
 
P
P
 
F
S
 
A
K
 
K
I
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
S
E
 
E
G
 
A
D
 
D
A
 
P
S
 
A
T
 
M
E
 
G
Y
 
E
A
 
Y
S
 
S
K
 
G
G
 
A
G
 
G
R
 
A
L
 
I
Y
x
F
A
 
G
R
 
A
T
 
T
G
 
G
G
 
G
V
 
V
S
 
M
I
 
E
A
 
A
V
 
A
G
 
L
E
 
R
A
 
S
V
 
A
E
 
-
K
 
K
M
 
D
F
 
F
P
 
A
E
 
E
K
 
N
K
 
A
E
 
E
L
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
E
F
 
Y
K
 
K
S
 
Q
V
 
V
Q
 
R
A
 
G
-
 
L
N
 
N
G
 
G
V
 
I
K
 
K
E
 
E
C
 
A
K
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
N
-
 
N
-
 
K
-
 
Y
-
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
V
-
 
I
-
 
N
-
 
G
-
 
A
-
 
S
-
 
N
-
 
L
-
 
F
E
 
K
L
 
F
L
 
M
S
 
K
R
 
S
A
 
G
E
 
M
K
 
I
G
 
N
E
 
E
I
 
K
S
 
Q
A
 
Y
N
 
H
F
 
F
I
 
I
E
 
E
G
 
V
M
|
M
G
x
A
C
|
C
I
 
H
G
 
G
G
 
G
C
|
C
V
 
V
-
 
N
-
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
Q
K
 
P
V
 
H
L
 
V
I
 
N
P
 
P
K
 
K
E
 
D

Sites not aligning to the query:

5byrA Semisynthetic [fefe]-hydrogenase cpi with propane-dithiolato-bridged [2fe] cofactor (see paper)
25% identity, 85% coverage: 18:395/447 of query aligns to 79:515/571 of 5byrA

query
sites
5byrA
D
 
N
E
 
E
N
 
K
F
 
I
E
 
K
E
 
S
T
 
R
V
 
I
E
 
S
Q
 
Q
I
 
L
L
 
L
S
 
D
E
 
I
H
|
H
K
 
E
L
x
F
-
x
K
-
x
C
-
 
G
-
 
P
-
x
C
D
 
N
R
 
R
E
x
R
E
 
E
F
 
N
C
|
C
K
 
E
I
 
F
I
 
L
S
 
K
S
 
L
L
 
V
C
 
I
G
 
K
T
 
Y
N
 
K
I
 
A
T
 
R
Y
 
A
S
 
S
S
 
K
N
 
P
F
 
F
M
 
L
-
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
T
E
 
E
E
 
Y
L
 
V
K
 
D
K
 
E
A
 
R
I
 
S
K
 
K
S
 
S
Y
 
L
N
 
T
K
 
V
D
 
D
E
 
R
K
 
T
I
 
K
I
x
C
N
x
L
K
x
L
V
x
C
T
x
G
N
 
R
C
|
C
S
 
V
Q
 
N
E
 
A
C
|
C
R
 
G
D
 
K
G
 
N
D
 
T
K
 
E
T
 
T
L
 
Y
C
x
A
E
x
M
K
 
K
S
 
F
C
 
L
P
 
N
F
 
K
D
 
N
A
 
G
I
 
K
F
 
T
I
 
I
H
x
I
K
 
G
E
 
A
K
 
E
N
 
D
H
 
E
P