SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012044187.1 NCBI__GCF_000015165.1:WP_012044187.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

8pnhA Chorismate mutase
58% identity, 89% coverage: 31:263/263 of query aligns to 2:231/386 of 8pnhA

query
sites
8pnhA
R
 
R
L
 
L
D
 
D
E
 
D
I
 
I
M
 
T
Q
 
A
R
 
R
G
 
G
S
 
V
L
 
L
R
 
R
V
 
V
G
 
G
M
 
T
T
 
T
G
 
G
D
 
D
Y
|
Y
K
 
K
P
 
P
F
 
F
T
 
S
Y
 
-
L
 
-
D
 
S
K
 
R
A
 
A
T
 
G
G
 
N
K
 
D
F
 
F
S
 
V
G
 
G
F
 
L
D
 
D
V
 
I
D
 
E
M
 
L
A
 
A
E
 
A
A
 
D
L
 
L
G
 
A
K
 
R
A
 
T
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
P
V
 
V
E
 
Q
F
 
I
V
 
V
P
 
P
T
 
T
S
 
S
W
 
W
P
 
P
Q
 
T
L
 
L
M
 
M
K
 
K
D
 
D
F
 
F
E
 
G
A
 
D
D
 
G
K
 
K
F
 
F
D
 
D
V
 
I
A
 
A
M
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
V
S
|
S
I
 
I
T
 
T
L
 
P
D
 
E
R
 
R
Q
 
Q
K
 
K
K
 
Q
G
 
G
L
 
L
F
 
F
S
 
S
T
 
V
P
 
S
I
 
Y
M
 
L
R
 
R
E
 
D
G
 
G
K
 
K
T
 
T
P
 
P
I
 
I
A
 
T
R
 
R
C
 
C
S
 
E
D
 
N
T
 
S
S
 
A
K
 
R
Y
 
F
Q
 
Q
T
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
Q
I
 
I
D
 
D
K
 
Q
P
 
P
G
 
G
T
 
V
R
 
R
V
 
L
I
 
V
V
 
V
N
|
N
P
 
P
G
 
G
G
|
G
T
|
T
N
|
N
E
 
E
R
 
R
F
 
F
A
 
A
R
 
R
A
 
S
N
 
Q
V
 
A
K
 
P
A
 
N
A
 
A
D
 
Q
I
 
L
R
 
T
V
 
V
H
 
Y
N
 
P
D
 
D
N
 
N
V
 
V
T
 
T
I
 
I
F
 
F
E
 
D
E
 
Q
I
 
I
A
 
V
K
 
T
G
 
G
D
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
L
M
 
M
M
 
I
T
 
T
D
 
D
A
 
A
S
 
I
E
|
E
T
 
T
R
 
R
Y
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
K
 
R
L
 
L
H
 
R
P
 
P
G
 
Q
V
 
-
L
 
L
C
 
C
A
 
A
V
 
V
H
 
H
P
 
P
D
 
D
K
 
T
P
 
P
F
 
F
D
 
D
F
 
F
S
 
A
E
 
E
K
 
K
A
 
A
Y
 
I
W
 
L
L
 
L
Q
 
P
R
 
R
D
 
D
V
 
V
A
 
A
L
 
F
K
 
K
A
 
A
F
 
V
V
 
V
D
 
D
Q
 
K
W
 
W
L
 
L
H
 
Q
I
 
Q
S
 
R
T
 
I
E
 
A
N
 
S
G
 
G
S
 
A
Y
 
V
Q
 
Q
A
 
R
I
 
S
Y
 
V
K
 
D
I
 
R
W
 
W
F
 
L
E
 
D

Sites not aligning to the query:

8pnjA Chorismate mutase
48% identity, 78% coverage: 40:245/263 of query aligns to 167:369/390 of 8pnjA

query
sites
8pnjA
S
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
V
G
 
G
M
 
V
T
 
T
G
 
L
D
 
D
Y
 
Y
K
 
E
P
 
P
F
 
F
T
 
S
Y
 
Y
L
 
Q
D
 
D
K
 
N
A
 
E
T
 
-
G
 
G
K
 
N
F
 
R
S
 
A
G
 
G
F
 
I
D
 
D
V
 
I
D
 
E
M
 
L
A
 
A
E
 
T
A
 
A
L
 
L
G
 
A
K
 
K
A
 
E
L
 
F
G
 
G
V
 
Y
K
 
R
V
 
I
E
 
V
F
 
W
V
 
V
P
 
K
T
 
T
S
 
S
W
 
W
P
 
P
Q
 
T
L
 
L
M
 
M
K
 
A
D
 
D
F
 
A
E
 
E
A
 
D
D
 
N
K
 
L
F
 
F
D
 
D
V
 
I
A
 
A
M
 
L
G
 
S
G
 
G
V
 
I
S
 
S
I
 
I
T
 
T
L
 
A
D
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
K
 
H
K
 
R
G
 
M
L
 
M
F
 
F
S
 
S
T
 
A
P
 
P
I
 
Y
M
 
H
R
 
T
E
 
G
G
 
G
K
 
K
T
 
T
P
 
A
I
 
I
A
 
G
R
 
R
C
 
C
S
 
S
D
 
S
T
 
V
S
 
D
K
 
E
Y
 
L
Q
 
N
T
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
L
I
 
I
D
 
D
K
 
R
P
 
A
G
 
E
T
 
T
R
 
R
V
 
I
I
 
I
V
 
V
N
 
N
P
 
P
G
 
G
G
 
G
T
 
T
N
 
N
E
 
E
R
 
R
F
 
F
A
 
V
R
 
R
A
 
S
N
 
A
V
 
L
K
 
T
A
 
N
A
 
A
D
 
S
I
 
I
R
 
R
V
 
I
H
 
H
N
 
P
D
 
D
N
 
N
V
 
R
T
 
T
I
 
I
F
 
F
E
 
N
E
 
E
I
 
L
A
 
V
K
 
S
G
 
G
D
 
T
A
 
A
D
 
D
L
 
A
M
 
M
M
 
F
T
 
T
D
 
D
A
 
S
S
 
I
E
 
E
T
 
A
R
 
Q
Y
 
L
Q
 
Q
Q
 
A
K
 
T
L
 
K
H
 
H
P
 
P
G
 
S
V
 
-
L
 
L
C
 
C
A
 
V
V
 
L
H
 
-
P
 
L
D
 
D
K
 
Q
P
 
P
F
 
L
D
 
T
F
 
F
S
 
Q
E
 
Q
K
 
K
A
 
G
Y
 
I
W
 
L
L
 
L
Q
 
Q
R
 
P
D
 
D
V
 
P
A
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
K
F
 
R
V
 
I
D
 
D
Q
 
T
W
 
W
L
 
L

Sites not aligning to the query:

5t0wA Crystal structure of the ancestral amino acid-binding protein anccdt- 1, a precursor of cyclohexadienyl dehydratase
40% identity, 89% coverage: 30:263/263 of query aligns to 1:229/229 of 5t0wA

query
sites
5t0wA
S
 
S
R
 
T
L
 
L
D
 
D
E
 
E
I
 
I
M
 
M
Q
 
K
R
 
R
G
 
G
S
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
V
G
 
G
M
 
T
T
x
D
G
 
A
D
 
D
Y
|
Y
K
 
K
P
 
P
F
 
F
T
 
S
Y
 
F
L
 
K
D
 
D
K
 
K
A
 
-
T
 
N
G
 
G
K
 
Q
F
 
Y
S
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
M
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
A
L
 
L
G
 
A
K
 
K
A
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
V
P
 
P
T
 
T
S
 
T
W
|
W
P
 
D
Q
 
G
L
 
I
M
 
I
K
 
P
D
 
A
F
 
L
E
 
Q
A
 
T
D
 
G
K
 
K
F
 
F
D
 
D
V
 
I
A
 
V
M
 
M
G
x
S
G
|
G
V
x
M
S
x
T
I
 
I
T
 
T
L
 
P
D
 
E
R
|
R
Q
 
K
K
 
K
K
 
K
G
 
V
L
 
D
F
 
F
S
 
S
T
 
D
P
 
P
I
 
Y
M
 
M
R
 
T
E
 
A
G
 
G
K
 
Q
T
 
T
P
 
I
I
 
L
A
 
V
R
 
K
C
 
K
S
 
D
D
 
N
T
 
A
S
 
D
K
 
K
Y
 
I
Q
 
K
T
 
S
L
 
F
S
 
E
D
 
D
I
 
L
D
 
N
K
 
K
P
 
P
G
 
D
T
 
V
R
 
K
V
 
V
I
 
A
V
 
V
N
x
Q
P
 
L
G
 
G
G
x
T
T
|
T
N
 
S
E
 
E
R
 
Q
F
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
E
N
 
F
V
 
L
K
 
P
A
 
K
A
 
A
D
 
K
I
 
I
R
 
R
V
 
T
H
 
F
N
 
E
D
 
N
N
 
N
V
 
A
T
 
E
I
 
A
F
 
F
E
 
Q
E
 
E
I
 
V
A
 
V
K
 
S
G
 
G
D
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
A
M
 
M
M
 
V
T
 
T
D
|
D
A
 
S
S
 
P
E
 
V
T
 
A
R
 
A
Y
 
Y
Q
 
Y
Q
 
A
K
 
K
L
 
-
H
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
L
 
L
C
 
A
A
 
V
V
 
V
H
 
V
P
 
V
D
 
D
K
 
E
P
 
P
F
 
F
D
 
T
F
 
H
S
 
E
E
 
P
K
 
L
A
 
G
Y
 
F
W
 
A
L
 
I
Q
 
R
R
 
K
-
 
G
D
 
D
V
 
P
A
 
E
L
 
L
K
 
L
A
 
N
F
 
W
V
 
V
D
 
N
Q
 
N
W
 
W
L
 
L
H
 
K
I
 
Q
S
 
M
T
 
K
E
 
K
N
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
K
I
 
L
Y
 
Y
K
 
E
I
 
K
W
 
W
F
 
F
E
 
K

3k4uE Crystal structure of putative binding component of abc transporter from wolinella succinogenes dsm 1740 complexed with lysine
29% identity, 86% coverage: 38:262/263 of query aligns to 3:226/234 of 3k4uE

query
sites
3k4uE
R
 
R
G
 
G
S
 
E
L
 
L
R
 
R
V
 
V
G
 
G
M
 
L
T
x
E
G
 
P
D
 
G
Y
|
Y
K
 
L
P
 
P
F
 
F
T
 
E
Y
 
M
L
 
K
D
 
D
K
 
K
A
 
-
T
 
K
G
 
G
K
 
N
F
 
V
S
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
M
 
L
A
 
A
E
 
R
A
 
E
L
 
M
G
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
M
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
L
E
 
K
F
 
L
V
 
V
P
 
P
T
 
T
S
 
S
W
|
W
P
 
D
Q
 
G
L
 
L
M
 
I
K
 
P
D
 
G
F
 
L
E
 
V
A
 
T
D
 
E
K
 
K
F
 
F
D
 
D
V
 
I
A
 
I
M
 
I
G
 
S
G
|
G
V
 
M
S
x
T
I
 
I
T
 
S
L
 
Q
D
 
E
R
|
R
Q
 
N
K
 
L
K
 
R
G
 
V
L
 
N
F
 
F
S
 
V
T
 
E
P
 
P
I
 
Y
M
 
I
R
 
V
E
 
V
G
 
G
K
 
Q
T
 
S
P
 
L
I
 
L
A
 
V
R
 
K
C
 
K
S
 
G
D
 
L
T
 
E
S
 
K
K
 
G
Y
 
V
Q
 
K
T
 
S
L
 
Y
S
 
K
D
 
D
I
 
L
D
 
D
K
 
K
P
 
P
G
 
E
T
 
L
R
 
T
V
 
L
I
 
V
V
 
T
N
x
K
P
 
F
G
 
G
G
x
V
T
x
S
N
 
A
E
 
E
R
 
Y
F
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
R
N
 
L
V
 
F
K
 
K
A
 
N
A
 
A
D
 
K
I
 
L
R
 
K
V
 
T
H
 
Y
N
 
D
D
 
T
N
x
E
V
 
A
T
 
E
I
 
A
F
 
V
E
 
Q
E
 
E
I
 
V
A
 
L
K
 
N
G
 
G
D
 
K
A
 
A
D
 
D
L
 
M
M
 
F
M
 
I
T
 
F
D
|
D
A
 
L
S
 
P
-
 
F
E
 
N
T
 
V
R
 
A
Y
 
F
Q
 
M
Q
 
A
K
 
Q
L
 
K
H
 
G
P
 
Q
G
 
G
V
 
Y
L
 
L
C
 
-
A
 
-
V
 
V
H
 
H
P
 
L
D
 
D
K
 
T
P
 
S
F
 
L
D
 
T
F
 
Y
S
 
E
E
 
P
K
 
L
A
 
G
Y
 
W
W
 
A
L
 
I
Q
 
K
R
 
K
-
 
G
D
 
D
V
 
P
A
 
D
L
 
F
K
 
L
A
 
N
F
 
W
V
 
L
D
 
N
Q
 
H
W
 
F
L
 
L
H
 
A
I
 
Q
S
 
I
T
 
K
E
 
H
N
 
D
G
 
G
S
 
S
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
E
I
 
L
Y
 
Y
K
 
E
I
 
R
W
 
W
F
 
F

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
31% identity, 86% coverage: 38:262/263 of query aligns to 3:225/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
R
 
R
G
 
G
S
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
V
G
 
G
M
 
T
T
x
E
G
 
A
D
 
T
Y
x
F
K
 
P
P
 
P
F
 
F
T
 
G
Y
 
F
L
 
K
D
 
D
K
 
E
A
 
-
T
 
N
G
 
G
K
 
K
F
 
L
S
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
M
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
A
K
 
K
A
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
K
P
 
P
T
 
M
S
 
D
W
x
F
P
 
D
Q
 
G
L
 
I
M
 
I
K
 
P
D
 
A
F
 
L
E
 
Q
A
 
S
D
 
G
K
 
K
F
 
I
D
 
D
V
 
V
A
 
V
M
 
I
G
x
A
G
|
G
V
x
M
S
x
T
I
 
I
T
 
T
L
 
E
D
 
E
R
|
R
Q
 
K
K
 
K
K
 
Q
G
 
V
L
 
D
F
 
F
S
 
S
T
 
D
P
 
P
I
 
Y
M
 
F
R
 
E
E
 
A
G
 
G
K
 
Q
T
 
A
P
 
I
I
 
V
A
 
V
R
 
K
C
 
K
S
 
G
D
 
N
T
 
D
S
 
S
K
 
-
Y
 
I
Q
 
K
T
 
S
L
 
L
S
 
E
D
 
D
I
 
L
D
 
-
K
 
-
P
 
K
G
 
G
T
 
K
R
 
K
V
 
V
I
 
G
V
 
V
N
x
Q
P
 
L
G
 
G
G
x
S
T
|
T
N
 
S
E
 
E
R
 
Q
F
 
H
A
 
V
R
 
K
A
 
K
N
 
V
V
 
A
K
 
K
A
 
D
A
 
A
D
 
G
I
 
V
R
 
K
V
 
V
H
 
K
N
 
K
-
 
F
D
 
D
N
 
N
V
 
F
T
 
S
-
 
E
I
 
A
F
 
F
E
 
Q
E
 
E
I
 
L
A
 
K
K
 
S
G
 
G
D
 
R
A
 
V
D
 
D
L
 
A
M
 
V
M
 
V
T
 
T
D
|
D
A
 
N
S
 
A
E
 
V
T
 
A
R
 
L
Y
 
A
Q
 
Y
Q
 
V
K
 
K
L
 
Q
H
 
N
P
 
P
G
 
N
V
 
A
L
 
G
C
 
V
A
 
K
V
 
I
H
 
V
P
 
G
D
 
E
K
 
-
P
 
-
F
 
-
D
 
T
F
 
F
S
 
S
E
 
G
K
 
E
A
 
P
Y
 
Y
W
 
G
L
 
I
-
 
A
-
 
V
-
 
R
Q
 
K
R
 
G
D
 
N
V
 
S
A
 
E
L
 
L
K
 
L
A
 
E
F
 
K
V
 
I
D
 
N
Q
 
K
W
 
A
L
 
L
H
 
E
I
 
E
S
 
M
T
 
K
E
 
K
N
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
K
I
 
I
Y
 
Y
K
 
E
I
 
K
W
 
W
F
 
F

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
29% identity, 86% coverage: 38:262/263 of query aligns to 3:223/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
R
 
R
G
 
G
S
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
V
G
 
G
M
 
T
T
x
E
G
 
A
D
 
T
Y
x
F
K
 
P
P
 
P
F
 
F
T
 
G
Y
 
F
L
 
K
D
 
D
K
 
E
A
 
-
T
 
N
G
 
G
K
 
K
F
 
L
S
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
M
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
A
K
 
K
A
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
K
P
 
P
T
 
M
S
 
D
W
x
F
P
 
D
Q
 
G
L
 
I
M
 
I
K
 
P
D
 
A
F
 
L
E
 
Q
A
 
S
D
 
G
K
 
K
F
 
I
D
 
D
V
 
V
A
 
V
M
 
I
G
 
A
G
|
G
V
x
M
S
x
T
I
 
I
T
 
T
L
 
E
D
 
E
R
|
R
Q
 
K
K
 
K
K
 
Q
G
 
V
L
 
D
F
 
F
S
 
S
T
 
D
P
 
P
I
 
Y
M
 
F
R
 
E
E
 
A
G
 
G
K
 
Q
T
 
A
P
 
I
I
 
V
A
 
V
R
 
K
C
 
K
S
 
G
D
 
N
T
 
D
S
 
S
K
 
-
Y
 
I
Q
 
K
T
 
S
L
 
L
S
 
E
D
 
D
I
 
L
D
 
-
K
 
-
P
 
K
G
 
G
T
 
K
R
 
K
V
 
V
I
 
G
V
 
V
N
 
Q
P
 
L
G
 
G
G
x
S
T
|
T
N
 
S
E
 
E
R
 
Q
F
 
H
A
 
V
R
 
K
A
 
K
N
 
V
V
 
A
K
 
A
A
 
G
A
 
V
D
 
K
I
 
V
R
 
K
V
 
K
H
 
F
N
 
D
D
 
N
N
 
F
V
 
S
T
 
E
I
 
A
F
 
F
E
 
Q
E
 
E
I
 
L
A
 
K
K
 
S
G
 
G
D
 
R
A
 
V
D
 
D
L
 
A
M
 
V
M
 
V
T
 
T
D
|
D
A
 
N
S
 
A
E
 
V
T
 
A
R
 
L
Y
 
A
Q
 
Y
Q
 
V
K
 
K
L
 
Q
H
 
N
P
 
P
G
 
N
V
 
A
L
 
G
C
 
V
A
 
K
V
 
I
H
 
V
P
 
G
D
 
E
K
 
-
P
 
-
F
 
-
D
 
T
F
 
F
S
 
S
E
 
G
K
 
E
A
 
P
Y
 
Y
W
 
G
L
 
I
-
 
A
-
 
V
-
 
R
Q
 
K
R
 
G
D
 
N
V
 
S
A
 
E
L
 
L
K
 
L
A
 
E
F
 
K
V
 
I
D
 
N
Q
 
K
W
 
A
L
 
L
H
 
E
I
 
E
S
 
M
T
 
K
E
 
K
N
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
K
I
 
I
Y
 
Y
K
 
E
I
 
K
W
 
W
F
 
F

5kkwA Crystal structure of sar11_1068 bound to a sulfobetaine (3-(1- methylpiperidinium-1-yl)propane-1-sulfonate)
26% identity, 87% coverage: 30:257/263 of query aligns to 2:227/237 of 5kkwA

query
sites
5kkwA
S
 
S
R
 
K
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
I
 
I
M
 
L
Q
 
S
R
 
S
G
 
G
S
 
E
L
 
L
R
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
T
T
 
T
G
 
G
D
 
D
Y
x
W
K
 
D
P
 
P
F
 
M
T
 
A
Y
 
M
L
 
K
D
 
D
K
 
P
A
 
A
T
 
T
G
 
N
K
 
K
F
 
Y
S
 
K
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
M
 
V
A
 
M
E
 
Q
A
 
E
L
 
L
G
 
A
K
 
K
A
 
D
L
 
M
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
I
E
 
T
F
 
F
V
 
V
P
 
P
T
 
T
S
 
E
W
|
W
P
 
K
Q
 
T
L
 
I
M
 
V
K
 
S
D
 
G
F
 
I
E
 
T
A
 
A
D
 
G
K
 
R
F
 
Y
D
 
D
V
 
I
A
 
S
M
 
T
G
 
-
G
 
S
V
|
V
S
x
T
I
 
K
T
 
T
L
 
P
D
 
K
R
|
R
Q
 
A
K
 
E
K
 
V
G
 
A
L
 
G
F
 
F
S
 
T
T
 
D
P
 
S
I
 
Y
M
 
Y
R
 
K
E
 
Y
G
 
G
K
 
T
T
 
V
P
 
P
I
 
L
A
 
V
R
 
L
C
 
K
S
 
K
D
 
N
T
 
L
S
 
K
K
 
K
Y
 
Y
Q
 
S
T
 
T
L
 
W
S
 
K
D
 
S
I
 
L
D
 
N
K
 
N
P
 
K
G
 
D
T
 
V
R
 
T
V
 
I
I
 
A
V
 
T
N
 
T
P
 
L
G
 
G
G
 
T
T
 
S
N
 
Q
E
 
E
R
 
E
F
 
K
A
 
A
R
 
K
A
 
E
N
 
F
V
 
F
K
 
P
A
 
L
A
 
S
D
 
K
I
 
L
R
 
Q
V
 
S
H
 
V
N
 
E
D
 
S
N
 
P
V
 
A
T
 
R
I
 
D
F
 
F
E
 
Q
E
 
E
I
 
V
A
 
L
K
 
A
G
 
G
D
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
G
M
 
N
M
 
I
T
 
T
D
 
S
A
 
S
S
 
T
E
 
E
T
 
A
R
 
N
Y
 
K
Q
 
L
Q
 
V
K
 
V
L
 
K
H
 
Y
P
 
P
G
 
Q
V
 
L
L
 
-
C
 
-
A
 
A
V
 
I
H
 
V
P
 
P
D
 
D
K
 
G
P
 
E
F
 
K
D
 
N
F
 
P
S
 
A
E
 
F
K
 
L
A
 
A
Y
 
M
W
 
M
L
 
V
Q
 
S
R
 
K
-
 
N
D
 
D
V
 
Q
A
 
V
L
 
W
K
 
N
A
 
D
F
 
Y
V
 
V
D
 
N
Q
 
E
W
 
W
L
 
I
H
 
K
I
 
S
S
 
K
T
 
K
E
 
S
N
 
S
G
 
G
S
 
F
Y
 
F
Q
 
N
A
 
K
I
 
L

6svfA Crystal structure of the p235gk mutant of argbp from t. Maritima (see paper)
26% identity, 88% coverage: 32:262/263 of query aligns to 3:227/229 of 6svfA

query
sites
6svfA
L
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
M
 
K
Q
 
S
R
 
R
G
 
G
S
 
Y
L
 
L
R
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
L
T
 
S
G
 
A
D
 
D
Y
x
F
K
 
P
P
 
P
F
 
F
T
 
E
Y
 
F
L
 
V
D
 
D
K
 
E
A
 
-
T
 
N
G
 
G
K
 
N
F
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
M
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
E
L
 
I
G
 
A
K
 
R
A
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
E
V
 
L
E
 
K
F
 
I
V
 
V
P
 
D
T
 
M
S
 
T
W
x
F
P
 
D
Q
 
G
L
 
L
M
 
I
K
 
P
D
 
S
F
 
L
E
 
L
A
 
T
D
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
V
 
V
A
 
I
M
 
I
G
x
S
G
|
G
V
x
M
S
x
T
I
 
I
T
 
T
L
 
E
D
 
E
R
|
R
Q
 
K
K
 
K
K
 
V
G
 
V
L
 
A
F
 
F
S
 
S
T
 
D
P
 
P
I
 
Y
M
 
F
R
 
D
E
 
A
G
 
G
K
 
Q
T
 
V
P
 
I
I
 
V
A
 
V
R
 
R
C
 
K
S
 
D
D
 
S
T
 
D
S
 
F
K
 
R
Y
 
P
Q
 
K
T
 
T
L
 
Y
S
 
E
D
 
D
I
 
L
D
 
V
K
 
G
P
 
K
G
 
T
T
 
V
R
 
A
V
 
V
I
x
Q
V
 
I
N
 
G
P
x
T
G
x
T
G
 
G
T
 
D
N
 
I
E
 
E
R
 
V
F
 
S
A
 
K
R
 
Y
A
 
D
N
 
G
V
 
I
K
 
K
A
 
V
A
 
V
D
 
R
I
 
F
R
 
D
V
 
K
H
 
F
N
 
T
D
 
D
N
 
A
V
 
-
T
 
-
I
 
-
F
 
F
E
 
L
E
 
E
I
 
L
A
 
K
K
 
R
G
 
G
D
 
R
A
 
A
D
 
D
L
 
A
M
 
V
M
 
V
T
 
L
D
|
D
A
 
S
S
 
A
E
 
T
T
 
A
R
 
R
Y
 
A
Q
 
F
Q
 
V
K
 
A
L
 
K
H
 
N
P
 
P
G
 
D
V
 
L
L
 
V
C
 
I
A
 
S
V
 
S
H
 
G
P
 
V
D
 
-
K
 
-
P
 
-
F
 
-
D
 
-
F
 
L
S
 
S
E
 
S
K
 
E
A
 
Q
Y
 
Y
W
 
G
L
 
I
-
 
A
-
 
V
-
 
R
Q
 
K
R
 
E
D
 
D
V
 
T
A
 
D
L
 
L
K
 
L
A
 
E
F
 
F
V
 
I
D
 
N
Q
 
S
W
 
V
L
 
L
H
 
R
I
 
E
S
 
L
T
 
K
E
 
K
N
 
S
G
 
G
S
 
K
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
V
I
 
L
Y
 
I
K
 
E
I
 
K
W
 
W
F
 
F

2q2cA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
28% identity, 84% coverage: 43:262/263 of query aligns to 5:220/231 of 2q2cA

query
sites
2q2cA
V
 
V
G
 
G
M
 
T
T
 
D
G
 
A
D
 
A
Y
x
F
K
 
A
P
 
P
F
 
F
T
 
E
Y
 
Y
L
 
M
D
 
Q
K
 
K
A
 
-
T
 
-
G
 
G
K
 
K
F
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
M
 
L
A
 
L
E
 
D
A
 
A
L
 
V
G
 
M
K
 
K
A
 
A
L
 
A
G
 
G
V
 
L
K
 
D
V
 
Y
E
 
E
F
 
L
V
 
K
P
 
N
T
 
I
S
 
G
W
|
W
P
 
D
Q
 
P
L
 
L
M
 
F
K
 
A
D
 
S
F
 
L
E
 
Q
A
 
S
D
 
K
K
 
E
F
 
V
D
 
D
V
 
M
A
 
G
M
 
I
G
x
S
G
|
G
V
x
I
S
x
T
I
 
I
T
 
T
L
 
D
D
 
E
R
|
R
Q
 
K
K
 
Q
K
 
S
G
 
Y
L
 
D
F
 
F
S
 
S
T
 
D
P
 
P
I
 
Y
M
 
F
R
 
E
E
 
A
G
 
T
K
 
Q
T
 
V
P
 
I
I
 
L
A
 
V
R
 
K
C
 
Q
S
 
G
D
 
S
T
 
P
S
 
V
K
 
K
Y
 
-
Q
 
-
T
 
-
L
 
-
S
 
N
D
 
A
I
 
L
D
 
D
K
 
L
P
 
K
G
 
G
T
 
K
R
 
T
V
 
I
I
 
G
V
 
V
N
x
Q
P
 
N
G
 
A
G
x
T
T
|
T
N
 
G
E
 
Q
R
 
E
F
 
A
A
 
A
R
 
E
A
 
K
N
 
L
V
 
F
-
 
G
K
 
K
A
 
G
A
 
P
D
 
H
I
 
I
R
 
K
V
 
K
H
 
F
N
 
E
D
 
T
N
 
T
V
 
V
T
 
V
I
 
A
F
 
I
E
 
M
E
 
E
I
 
L
A
 
L
K
 
N
G
 
G
D
 
G
A
 
V
D
 
D
L
 
A
M
 
V
M
 
I
T
 
T
D
|
D
A
 
N
S
 
A
E
 
V
T
 
A
R
 
N
Y
 
E
Q
 
Y
Q
 
V
K
 
K
L
 
N
H
 
N
P
 
P
G
 
N
V
 
K
L
 
K
C
 
L
A
 
Q
V
 
V
H
 
I
P
 
E
D
 
D
K
 
-
P
 
P
F
 
K
D
 
N
F
 
F
S
 
A
E
 
S
K
 
E
A
 
Y
Y
 
Y
W
 
G
L
 
M
-
 
I
-
 
F
Q
 
P
R
 
K
D
 
N
V
 
S
A
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
A
F
 
K
V
 
V
D
 
D
Q
 
E
W
 
A
L
 
L
H
 
K
I
 
N
S
 
V
T
 
I
E
 
N
N
 
S
G
 
G
S
 
K
Y
 
Y
Q
 
T
A
 
E
I
 
I
Y
 
Y
K
 
K
I
 
K
W
 
W
F
 
F

2pvuA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
28% identity, 84% coverage: 43:262/263 of query aligns to 9:224/235 of 2pvuA

query
sites
2pvuA
V
 
V
G
 
G
M
 
T
T
 
D
G
 
A
D
 
A
Y
x
F
K
 
A
P
 
P
F
 
F
T
 
E
Y
 
Y
L
 
M
D
 
Q
K
 
K
A
 
-
T
 
-
G
 
G
K
 
K
F
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
M
 
L
A
 
L
E
 
D
A
 
A
L
 
V
G
 
M
K
 
K
A
 
A
L
 
A
G
 
G
V
 
L
K
 
D
V
 
Y
E
 
E
F
 
L
V
 
K
P
 
N
T
 
I
S
 
G
W
|
W
P
 
D
Q
 
P
L
 
L
M
 
F
K
 
A
D
 
S
F
 
L
E
 
Q
A
 
S
D
 
K
K
 
E
F
 
V
D
 
D
V
 
M
A
 
G
M
 
I
G
 
S
G
|
G
V
x
I
S
x
T
I
 
I
T
 
T
L
 
D
D
 
E
R
|
R
Q
 
K
K
 
Q
K
 
S
G
 
Y
L
 
D
F
 
F
S
 
S
T
 
D
P
 
P
I
 
Y
M
 
F
R
 
E
E
 
A
G
 
T
K
 
Q
T
 
V
P
 
I
I
 
L
A
 
V
R
 
K
C
 
Q
S
 
G
D
 
S
T
 
P
S
 
V
K
 
K
Y
 
-
Q
 
-
T
 
-
L
 
-
S
 
N
D
 
A
I
 
L
D
 
D
K
 
L
P
 
K
G
 
G
T
 
K
R
 
T
V
 
I
I
 
G
V
 
V
N
x
Q
P
 
N
G
 
A
G
x
T
T
|
T
N
 
G
E
 
Q
R
 
E
F
 
A
A
 
A
R
 
E
A
 
K
N
 
L
V
 
F
-
 
G
K
 
K
A
 
G
A
 
P
D
 
H
I
 
I
R
 
K
V
 
K
H
 
F
N
 
E
D
 
T
N
 
T
V
 
V
T
 
V
I
 
A
F
 
I
E
 
M
E
 
E
I
 
L
A
 
L
K
 
N
G
 
G
D
 
G
A
 
V
D
 
D
L
 
A
M
 
V
M
 
I
T
 
T
D
|
D
A
 
N
S
 
A
E
 
V
T
 
A
R
 
N
Y
 
E
Q
 
Y
Q
 
V
K
 
K
L
 
N
H
 
N
P
 
P
G
 
N
V
 
K
L
 
K
C
 
L
A
 
Q
V
 
V
H
 
I
P
 
E
D
 
D
K
 
-
P
 
P
F
 
K
D
 
N
F
 
F
S
 
A
E
 
S
K
 
E
A
 
Y
Y
 
Y
W
 
G
L
 
M
-
 
I
-
 
F
Q
 
P
R
 
K
D
 
N
V
 
S
A
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
A
F
 
K
V
 
V
D
 
D
Q
 
E
W
 
A
L
 
L
H
 
K
I
 
N
S
 
V
T
 
I
E
 
N
N
 
S
G
 
G
S
 
K
Y
 
Y
Q
 
T
A
 
E
I
 
I
Y
 
Y
K
 
K
I
 
K
W
 
W
F
 
F

2q2aA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
28% identity, 84% coverage: 43:262/263 of query aligns to 15:230/241 of 2q2aA

query
sites
2q2aA
V
 
V
G
 
G
M
 
T
T
x
D
G
 
A
D
 
A
Y
x
F
K
 
A
P
 
P
F
 
F
T
 
E
Y
 
Y
L
 
M
D
 
Q
K
 
K
A
 
-
T
 
-
G
 
G
K
 
K
F
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
M
 
L
A
 
L
E
 
D
A
 
A
L
 
V
G
 
M
K
 
K
A
 
A
L
 
A
G
 
G
V
 
L
K
 
D
V
 
Y
E
 
E
F
 
L
V
 
K
P
 
N
T
 
I
S
 
G
W
|
W
P
 
D
Q
 
P
L
 
L
M
 
F
K
 
A
D
 
S
F
 
L
E
 
Q
A
 
S
D
 
K
K
 
E
F
 
V
D
 
D
V
 
M
A
 
G
M
 
I
G
x
S
G
|
G
V
x
I
S
x
T
I
 
I
T
 
T
L
 
D
D
 
E
R
|
R
Q
 
K
K
 
Q
K
 
S
G
 
Y
L
 
D
F
 
F
S
 
S
T
 
D
P
 
P
I
 
Y
M
 
F
R
 
E
E
 
A
G
 
T
K
 
Q
T
 
V
P
 
I
I
 
L
A
 
V
R
 
K
C
 
Q
S
 
G
D
 
S
T
 
P
S
 
V
K
 
K
Y
 
-
Q
 
-
T
 
-
L
 
-
S
 
N
D
 
A
I
 
L
D
 
D
K
 
L
P
 
K
G
 
G
T
 
K
R
 
T
V
 
I
I
 
G
V
 
V
N
x
Q
P
 
N
G
 
A
G
x
T
T
|
T
N
 
G
E
 
Q
R
 
E
F
 
A
A
 
A
R
 
E
A
 
K
N
 
L
V
 
F
-
 
G
K
 
K
A
 
G
A
 
P
D
 
H
I
 
I
R
 
K
V
 
K
H
 
F
N
 
E
D
 
T
N
 
T
V
 
V
T
 
V
I
 
A
F
 
I
E
 
M
E
 
E
I
 
L
A
 
L
K
 
N
G
 
G
D
 
G
A
 
V
D
 
D
L
 
A
M
 
V
M
 
I
T
 
T
D
|
D
A
 
N
S
 
A
E
 
V
T
 
A
R
 
N
Y
 
E
Q
 
Y
Q
 
V
K
 
K
L
 
N
H
 
N
P
 
P
G
 
N
V
 
K
L
 
K
C
 
L
A
 
Q
V
 
V
H
 
I
P
 
E
D
 
D
K
 
-
P
 
P
F
 
K
D
 
N
F
 
F
S
 
A
E
 
S
K
 
E
A
 
Y
Y
 
Y
W
 
G
L
 
M
-
 
I
-
 
F
Q
 
P
R
 
K
D
 
N
V
 
S
A
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
A
F
 
K
V
 
V
D
 
D
Q
 
E
W
 
A
L
 
L
H
 
K
I
 
N
S
 
V
T
 
I
E
 
N
N
 
S
G
 
G
S
 
K
Y
 
Y
Q
 
T
A
 
E
I
 
I
Y
 
Y
K
 
K
I
 
K
W
 
W
F
 
F

7a99B Crystal structure of the phe57trp mutant of the arginine-bound form of domain 1 from tmargbp (see paper)
40% identity, 35% coverage: 32:122/263 of query aligns to 2:91/130 of 7a99B

query
sites
7a99B
L
 
I
D
 
D
E
 
E
I
 
I
M
 
K
Q
 
S
R
 
R
G
 
G
S
 
Y
L
 
L
R
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
L
T
 
S
G
 
A
D
|
D
Y
x
F
K
 
P
P
 
P
F
 
F
T
x
E
Y
 
F
L
 
V
D
 
D
K
 
E
A
 
-
T
 
N
G
 
G
K
 
N
F
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
V
D
 
D
M
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
E
L
 
I
G
 
A
K
 
R
A
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
E
V
 
L
E
 
K
F
 
I
V
 
V
P
 
D
T
 
M
S
 
T
W
|
W
P
 
D
Q
 
G
L
 
L
M
 
I
K
 
P
D
 
S
F
 
L
E
 
L
A
 
T
D
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
V
 
V
A
 
I
M
 
I
G
x
S
G
|
G
V
x
M
S
x
T
I
 
I
T
 
T
L
 
E
D
 
E
R
|
R
Q
 
K
K
 
K
K
 
V
G
 
V
L
 
A
F
 
F
S
 
S
T
 
D
P
 
P

Sites not aligning to the query:

2ylnA Crystal structure of the l-cystine solute receptor of neisseria gonorrhoeae in the closed conformation (see paper)
37% identity, 44% coverage: 30:146/263 of query aligns to 5:119/240 of 2ylnA

query
sites
2ylnA
S
 
S
R
 
L
L
 
I
D
 
E
E
 
R
I
 
I
M
 
N
Q
 
N
R
 
K
G
 
G
S
 
T
L
 
V
R
 
T
V
 
V
G
 
G
M
 
T
T
x
E
G
 
G
D
 
T
Y
|
Y
K
 
A
P
 
P
F
 
F
T
 
T
Y
 
Y
L
 
H
D
 
D
K
 
K
A
 
-
T
 
D
G
 
G
K
 
K
F
 
L
S
 
T
G
 
G
F
 
Y
D
 
D
V
 
V
D
 
E
M
 
V
A
 
T
E
 
R
A
 
A
L
 
V
G
 
A
K
 
E
A
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
K
P
 
E
T
 
T
S
 
Q
W
|
W
P
 
D
Q
 
S
L
 
M
M
 
M
K
 
A
D
 
G
F
 
L
E
 
K
A
 
A
D
 
G
K
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
A
 
V
M
 
A
G
x
N
G
 
Q
V
 
V
S
 
G
I
 
L
T
 
T
L
 
S
-
 
P
D
 
E
R
|
R
Q
 
Q
K
 
A
K
 
T
G
 
F
L
 
D
F
 
K
S
 
S
T
 
E
P
 
P
I
 
Y
M
 
S
R
 
W
E
 
S
G
 
G
K
 
A
T
 
V
P
 
L
I
 
V
A
 
A
R
 
H
C
 
-
S
 
-
D
 
N
T
 
D
S
 
S
K
 
N
Y
 
I
Q
 
K
T
 
S
L
 
I
S
 
A
D
 
D
I
 
I

Sites not aligning to the query:

4h5fA Crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l- arginine, form 1
25% identity, 86% coverage: 30:256/263 of query aligns to 2:229/240 of 4h5fA

query
sites
4h5fA
S
 
S
R
 
A
L
 
V
D
 
E
E
 
A
I
 
I
M
 
K
Q
 
Q
R
 
K
G
 
G
S
 
K
L
 
L
R
 
V
V
 
V
G
 
A
M
 
T
T
x
S
G
 
P
D
|
D
Y
|
Y
K
 
A
P
 
P
F
 
F
T
 
E
Y
 
F
L
 
Q
D
 
S
K
 
L
A
 
V
T
 
D
G
 
G
K
 
K
-
 
N
-
 
Q
F
 
V
S
 
V
G
 
G
F
 
A
D
 
D
V
 
I
D
 
D
M
 
M
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
L
 
I
G
 
A
K
 
D
A
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
L
E
 
E
F
 
I
V
 
L
P
 
S
T
 
M
S
 
S
W
x
F
P
 
D
Q
 
N
L
 
V
M
 
L
K
 
T
D
 
S
F
 
L
E
 
Q
A
 
T
D
 
G
K
 
K
F
 
A
D
 
D
V
 
L
A
 
A
M
 
V
G
x
A
G
|
G
V
x
I
S
|
S
I
 
A
T
 
T
L
 
D
D
 
E
R
|
R
Q
 
K
K
 
E
K
 
V
G
 
F
L
 
D
F
 
F
S
 
S
T
 
I
P
 
P
I
 
Y
M
 
Y
R
 
E
E
 
N
G
 
K
K
 
I
T
 
S
P
 
F
I
 
L
A
 
V
R
 
H
C
 
K
S
 
A
D
 
D
T
 
V
S
 
E
K
 
K
Y
 
Y
Q
 
K
T
 
D
L
 
L
S
 
T
D
 
S
I
 
L
D
 
E
K
 
-
P
 
-
G
 
S
T
 
A
R
 
N
V
 
I
I
 
A
V
 
A
N
x
Q
P
 
K
G
 
G
G
x
T
T
 
V
N
 
P
E
 
E
R
 
S
F
 
M
A
 
V
R
 
K
A
 
E
N
 
Q
V
 
L
K
 
P
A
 
K
A
 
A
D
 
Q
I
 
L
R
 
T
V
 
S
H
 
L
N
 
T
D
 
N
N
 
M
V
 
G
T
 
E
I
 
A
F
 
V
E
 
N
E
 
E
I
 
L
A
 
Q
K
 
A
G
 
G
D
 
K
A
 
I
D
 
D
L
 
A
M
 
V
M
 
H
T
 
M
D
|
D
A
 
E
S
 
P
E
 
V
T
 
A
R
 
L
Y
 
S
Q
 
Y
Q
 
A
K
 
A
L
 
K
H
 
N
P
 
A
G
 
G
V
 
L
L
 
A
C
 
V
A
 
A
V
 
T
H
 
V
P
 
S
D
 
L
K
 
K
P
 
M
F
 
K
D
 
D
F
 
G
S
 
D
E
 
A
K
 
N
A
 
A
Y
 
V
W
 
A
L
 
L
Q
 
R
R
 
K
D
 
N
V
 
S
-
 
D
A
 
D
L
 
L
K
 
K
A
 
E
F
 
V
V
 
V
D
 
D
Q
 
K
W
 
V
L
 
I
H
 
Q
I
 
K
S
 
L
T
 
K
E
 
D
N
 
E
G
 
G
S
 
T
Y
 
Y
Q
 
Q
A
 
S

4i62A 1.05 angstrom crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein abpa from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l-arginine
25% identity, 88% coverage: 32:263/263 of query aligns to 1:232/237 of 4i62A

query
sites
4i62A
L
 
I
D
 
E
E
 
A
I
 
I
M
 
K
Q
 
S
R
 
K
G
 
G
S
 
K
L
 
L
R
 
V
V
 
V
G
 
A
M
 
L
T
x
N
G
 
P
D
 
D
Y
x
F
K
 
A
P
 
P
F
 
F
T
 
E
Y
 
Y
L
 
Q
D
 
K
K
 
V
A
 
V
T
 
D
G
 
G
K
 
K
-
 
N
-
 
Q
F
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
S
D
 
D
V
 
I
D
 
E
M
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
A
L
 
I
G
 
A
K
 
T
A
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
E
V
 
L
E
 
E
F
 
L
V
 
S
P
 
P
T
 
M
S
 
S
W
x
F
P
 
D
Q
 
N
L
 
V
M
 
L
K
 
A
D
 
S
F
 
V
E
 
Q
A
 
S
D
 
G
K
 
K
F
 
A
D
 
D
V
 
L
A
 
A
M
 
I
G
x
S
G
|
G
V
|
V
S
|
S
I
 
K
T
 
T
L
 
D
D
 
E
R
|
R
Q
 
S
K
 
K
K
 
V
G
 
F
L
 
D
F
 
F
S
 
S
T
 
T
P
 
P
I
 
Y
M
 
Y
R
 
T
E
 
A
G
 
K
K
 
N
T
 
K
P
 
L
I
 
I
A
 
V
R
 
K
C
 
K
S
 
S
D
 
D
T
 
L
S
 
A
K
 
T
Y
 
Y
Q
 
Q
T
 
S
L
 
V
S
 
N
D
 
D
I
 
L
D
 
A
K
 
Q
P
 
-
G
 
-
T
 
K
R
 
K
V
 
V
I
 
G
V
 
A
N
x
Q
P
 
K
G
 
G
G
x
S
T
x
I
N
x
Q
E
 
E
R
 
T
F
 
M
A
 
A
R
 
K
A
 
D
N
 
L
V
 
L
K
 
Q
A
 
N
A
 
S
D
 
S
I
 
L
R
 
V
V
 
S
H
 
L
N
 
P
D
 
K
N
 
N
V
 
G
T
 
N
I
 
L
F
 
I
E
 
T
E
 
D
I
 
L
A
 
K
K
 
S
G
 
G
D
 
Q
A
 
V
D
 
D
L
 
A
M
 
V
M
 
I
T
 
F
D
x
E
A
 
E
S
 
P
E
 
V
T
 
A
R
 
K
Y
 
G
Q
 
F
Q
 
V
K
 
E
L
 
N
H
 
N
P
 
P
G
 
D
V
 
L
L
 
A
C
 
I
A
 
A
V
 
-
H
 
-
P
 
-
D
 
D
K
 
L
P
 
N
F
 
F
D
 
E
F
 
K
S
 
Q
E
 
D
K
 
D
A
 
S
Y
 
Y
-
 
A
-
 
V
W
 
A
L
 
M
Q
 
K
R
 
K
D
 
D
V
 
S
-
 
K
A
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
E
F
 
A
V
 
V
D
 
D
Q
 
K
W
 
T
L
 
I
H
 
Q
I
 
K
S
 
L
T
 
K
E
 
E
N
 
S
G
 
G
S
 
E
Y
 
L
Q
 
D
A
 
K
I
 
L
Y
 
I
K
 
E
I
 
D
W
 
A
F
 
F
E
 
K

5owfA Structure of a lao-binding protein mutant with glutamine (see paper)
28% identity, 85% coverage: 40:263/263 of query aligns to 2:229/235 of 5owfA

query
sites
5owfA
S
 
T
L
 
V
R
 
R
V
 
I
G
 
G
M
 
T
T
 
D
G
 
T
D
 
T
Y
|
Y
K
 
A
P
 
P
F
 
F
T
 
S
Y
 
S
L
 
K
D
 
D
K
 
-
A
 
A
T
 
K
G
 
G
K
 
E
F
 
F
S
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
M
 
L
A
 
G
E
 
N
A
 
E
L
 
M
G
 
C
K
 
K
A
 
R
L
 
M
G
 
Q
V
 
V
K
 
K
V
 
C
E
 
T
F
 
W
V
 
V
P
 
A
T
 
S
S
 
D
W
x
F
P
 
D
Q
 
A
L
 
L
M
 
I
K
 
P
D
 
S
F
 
L
E
 
K
A
 
A
D
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
V
 
A
A
 
I
M
 
I
G
x
S
G
x
S
V
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
L
 
D
D
 
K
R
|
R
Q
 
Q
K
 
Q
K
 
E
G
 
I
L
 
A
F
 
F
S
 
S
T
 
D
P
 
K
I
 
L
M
 
Y
R
 
A
E
 
A
G
 
D
K
 
S
T
 
R
P
 
L
I
 
I
A
 
A
R
 
-
C
 
A
S
 
K
D
 
G
T
 
S
S
 
P
K
 
I
Y
 
Q
Q
 
P
T
 
T
L
 
L
S
 
E
D
 
S
I
 
L
D
 
-
K
 
-
P
 
K
G
 
G
T
 
K
R
 
H
V
 
V
I
 
G
V
 
V
N
x
K
P
 
Q
G
 
G
G
x
S
T
|
T
N
 
Q
E
 
E
R
 
A
F
 
Y
A
 
A
R
 
N
A
 
D
N
 
N
-
 
W
-
 
R
V
 
T
K
 
K
A
 
G
A
 
V
D
 
D
I
 
V
R
 
V
V
 
A
H
 
Y
N
 
A
D
 
N
N
 
Q
V
 
D
T
 
L
I
 
I
F
 
Y
E
 
S
E
 
D
I
 
L
A
 
T
K
 
A
G
 
G
D
 
R
A
 
L
D
 
D
L
 
A
M
 
A
M
 
L
T
 
Q
D
|
D
-
 
E
-
 
V
-
 
A
A
 
A
S
 
S
E
 
E
T
 
G
R
 
F
Y
 
L
Q
 
K
Q
 
Q
-
 
P
-
 
A
-
 
G
K
 
K
L
 
E
H
 
Y
P
 
A
G
 
F
V
 
A
L
 
G
C
 
P
A
 
S
V
 
V
H
 
K
P
 
D
D
 
K
K
 
K
P
 
Y
F
 
F
D
 
G
F
 
D
S
 
G
E
 
T
K
 
G
A
 
V
Y
 
G
W
 
L
L
 
R
Q
 
K
R
 
D
D
 
D
V
 
T
A
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
A
F
 
A
V
 
F
D
 
D
Q
 
K
W
 
A
L
 
L
H
 
T
I
 
E
S
 
L
T
 
R
E
 
Q
N
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
K
I
 
M
Y
 
A
K
 
K
I
 
K
W
 
Y
F
 
F
E
 
D

P02911 Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein; LAO-binding protein from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
27% identity, 97% coverage: 10:263/263 of query aligns to 4:254/260 of P02911

query
sites
P02911
T
 
T
L
 
V
T
 
L
G
 
A
I
 
L
A
 
S
L
 
L
L
 
L
W
 
I
G
 
G
V
 
L
A
 
G
S
 
A
A
 
T
A
 
A
L
 
A
A
 
S
E
 
Y
Q
 
A
A
 
A
S
 
-
R
 
-
L
 
-
D
 
-
E
 
-
I
 
L
M
 
P
Q
 
Q
R
 
-
G
 
-
S
 
T
L
 
V
R
 
R
V
 
I
G
 
G
M
 
T
T
x
D
G
 
T
D
 
T
Y
|
Y
K
 
A
P
 
P
F
 
F
T
 
S
Y
 
S
L
 
K
D
 
D
K
 
-
A
 
A
T
 
K
G
 
G
K
 
E
F
 
F
S
 
I
G
 
G
F
 
F
D
|
D
V
 
I
D
 
D
M
 
L
A
 
G
E
 
N
A
 
E
L
 
M
G
x
C
K
 
K
A
 
R
L
 
M
G
 
Q
V
 
V
K
 
K
V
x
C
E
 
T
F
 
W
V
 
V
P
 
A
T
 
S
S
 
D
W
x
F
P
 
D
Q
 
A
L
 
L
M
 
I
K
 
P
D
 
S
F
 
L
E
 
K
A
 
A
D
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
V
 
A
A
 
I
M
 
I
G
x
S
G
x
S
V
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
L
 
D
D
 
K
R
|
R
Q
 
Q
K
 
Q
K
 
E
G
 
I
L
 
A
F
 
F
S
 
S
T
 
D
P
 
K
I
 
L
M
 
Y
R
 
A
E
 
A
G
 
D
K
 
S
T
 
R
P
 
L
I
 
I
A
 
A
R
 
-
C
 
A
S
 
K
D
 
G
T
 
S
S
 
P
K
 
I
Y
 
Q
Q
 
P
T
 
T
L
 
L
S
 
E
D
 
S
I
 
L
D
 
-
K
 
-
P
 
K
G
 
G
T
 
K
R
 
H
V
 
V
I
 
G
V
 
V
N
x
L
P
 
Q
G
 
G
G
 
S
T
|
T
N
 
Q
E
 
E
R
 
A
F
 
Y
A
 
A
R
 
N
A
 
D
N
 
N
-
 
W
-
 
R
V
 
T
K
 
K
A
 
G
A
 
V
D
 
D
I
 
V
R
 
V
V
 
A
H
 
Y
N
 
A
D
 
N
N
 
Q
V
 
D
T
 
L
I
 
I
F
 
Y
E
 
S
E
 
D
I
 
L
A
 
T
K
 
A
G
 
G
D
 
R
A
 
L
D
 
D
L
 
A
M
 
A
M
 
L
T
 
Q
D
|
D
-
 
E
-
 
V
-
 
A
A
 
A
S
 
S
E
 
E
T
 
G
R
 
F
Y
 
L
Q
 
K
Q
 
Q
-
 
P
-
 
A
-
 
G
K
 
K
L
 
E
H
 
Y
P
 
A
G
 
F
V
 
A
L
 
G
C
 
P
A
 
S
V
 
V
H
 
K
P
 
D
D
 
K
K
 
K
P
 
Y
F
 
F
D
 
G
F
 
D
S
 
G
E
 
T
K
 
G
A
 
V
Y
 
G
W
 
L
L
 
R
Q
 
K
R
 
D
D
 
D
V
 
T
A
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
A
F
 
A
V
 
F
D
 
D
Q
 
K
W
 
A
L
 
L
H
 
T
I
 
E
S
 
L
T
 
R
E
 
Q
N
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
K
I
 
M
Y
 
A
K
 
K
I
 
K
W
 
Y
F
 
F
E
 
D

1lstA Three-dimensional structures of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein with and without a ligand (see paper)
28% identity, 85% coverage: 40:263/263 of query aligns to 5:232/238 of 1lstA

query
sites
1lstA
S
 
T
L
 
V
R
 
R
V
 
I
G
 
G
M
 
T
T
 
D
G
 
T
D
 
T
Y
|
Y
K
 
A
P
 
P
F
 
F
T
 
S
Y
 
S
L
 
K
D
 
D
K
 
-
A
 
A
T
 
K
G
 
G
K
 
E
F
 
F
S
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
M
 
L
A
 
G
E
 
N
A
 
E
L
 
M
G
 
C
K
 
K
A
 
R
L
 
M
G
 
Q
V
 
V
K
 
K
V
 
C
E
 
T
F
 
W
V
 
V
P
 
A
T
 
S
S
 
D
W
x
F
P
 
D
Q
 
A
L
 
L
M
 
I
K
 
P
D
 
S
F
 
L
E
 
K
A
 
A
D
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
V
 
A
A
 
I
M
 
I
G
 
S
G
x
S
V
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
L
 
D
D
 
K
R
|
R
Q
 
Q
K
 
Q
K
 
E
G
 
I
L
 
A
F
 
F
S
 
S
T
 
D
P
 
K
I
 
L
M
 
Y
R
 
A
E
 
A
G
 
D
K
 
S
T
 
R
P
 
L
I
 
I
A
 
A
R
 
-
C
 
A
S
 
K
D
 
G
T
 
S
S
 
P
K
 
I
Y
 
Q
Q
 
P
T
 
T
L
 
L
S
 
E
D
 
S
I
 
L
D
 
-
K
 
-
P
 
K
G
 
G
T
 
K
R
 
H
V
 
V
I
 
G
V
 
V
N
x
L
P
 
Q
G
 
G
G
x
S
T
|
T
N
x
Q
E
 
E
R
 
A
F
 
Y
A
 
A
R
 
N
A
 
D
N
 
N
-
 
W
-
 
R
V
 
T
K
 
K
A
 
G
A
 
V
D
 
D
I
 
V
R
 
V
V
 
A
H
 
Y
N
 
A
D
 
N
N
 
Q
V
 
D
T
 
L
I
 
I
F
 
Y
E
 
S
E
 
D
I
 
L
A
 
T
K
 
A
G
 
G
D
 
R
A
 
L
D
 
D
L
 
A
M
 
A
M
 
L
T
 
Q
D
|
D
-
 
E
-
 
V
-
 
A
A
 
A
S
 
S
E
 
E
T
 
G
R
 
F
Y
 
L
Q
 
K
Q
 
Q
-
 
P
-
 
A
-
 
G
K
 
K
L
 
E
H
 
Y
P
 
A
G
 
F
V
 
A
L
 
G
C
 
P
A
 
S
V
 
V
H
 
K
P
 
D
D
 
K
K
 
K
P
 
Y
F
 
F
D
 
G
F
 
D
S
 
G
E
 
T
K
 
G
A
 
V
Y
 
G
W
 
L
L
 
R
Q
 
K
R
 
D
D
 
D
V
 
T
A
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
A
F
 
A
V
 
F
D
 
D
Q
 
K
W
 
A
L
 
L
H
 
T
I
 
E
S
 
L
T
 
R
E
 
Q
N
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
K
I
 
M
Y
 
A
K
 
K
I
 
K
W
 
Y
F
 
F
E
 
D

1lahE Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein (see paper)
28% identity, 85% coverage: 40:263/263 of query aligns to 5:232/238 of 1lahE

query
sites
1lahE
S
 
T
L
 
V
R
 
R
V
 
I
G
 
G
M
 
T
T
 
D
G
 
T
D
 
T
Y
|
Y
K
 
A
P
 
P
F
 
F
T
 
S
Y
 
S
L
 
K
D
 
D
K
 
-
A
 
A
T
 
K
G
 
G
K
 
E
F
 
F
S
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
M
 
L
A
 
G
E
 
N
A
 
E
L
 
M
G
 
C
K
 
K
A
 
R
L
 
M
G
 
Q
V
 
V
K
 
K
V
 
C
E
 
T
F
 
W
V
 
V
P
 
A
T
 
S
S
 
D
W
x
F
P
 
D
Q
 
A
L
 
L
M
 
I
K
 
P
D
 
S
F
 
L
E
 
K
A
 
A
D
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
V
 
A
A
 
I
M
 
I
G
 
S
G
x
S
V
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
L
 
D
D
 
K
R
|
R
Q
 
Q
K
 
Q
K
 
E
G
 
I
L
 
A
F
 
F
S
 
S
T
 
D
P
 
K
I
 
L
M
 
Y
R
 
A
E
 
A
G
 
D
K
 
S
T
 
R
P
 
L
I
 
I
A
 
A
R
 
-
C
 
A
S
 
K
D
 
G
T
 
S
S
 
P
K
 
I
Y
 
Q
Q
 
P
T
 
T
L
 
L
S
 
E
D
 
S
I
 
L
D
 
-
K
 
-
P
 
K
G
 
G
T
 
K
R
 
H
V
 
V
I
 
G
V
 
V
N
 
L
P
 
Q
G
 
G
G
x
S
T
 
T
N
x
Q
E
 
E
R
 
A
F
 
Y
A
 
A
R
 
N
A
 
D
N
 
N
-
 
W
-
 
R
V
 
T
K
 
K
A
 
G
A
 
V
D
 
D
I
 
V
R
 
V
V
 
A
H
 
Y
N
 
A
D
 
N
N
 
Q
V
 
D
T
 
L
I
 
I
F
 
Y
E
 
S
E
 
D
I
 
L
A
 
T
K
 
A
G
 
G
D
 
R
A
 
L
D
 
D
L
 
A
M
 
A
M
 
L
T
 
Q
D
|
D
-
 
E
-
 
V
-
 
A
A
 
A
S
 
S
E
 
E
T
 
G
R
 
F
Y
 
L
Q
 
K
Q
 
Q
-
 
P
-
 
A
-
 
G
K
 
K
L
 
E
H
 
Y
P
 
A
G
 
F
V
 
A
L
 
G
C
 
P
A
 
S
V
 
V
H
 
K
P
 
D
D
 
K
K
 
K
P
 
Y
F
 
F
D
 
G
F
 
D
S
 
G
E
 
T
K
 
G
A
 
V
Y
 
G
W
 
L
L
 
R
Q
 
K
R
 
D
D
 
D
V
 
T
A
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
A
F
 
A
V
 
F
D
 
D
Q
 
K
W
 
A
L
 
L
H
 
T
I
 
E
S
 
L
T
 
R
E
 
Q
N
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
K
I
 
M
Y
 
A
K
 
K
I
 
K
W
 
Y
F
 
F
E
 
D

1lagE Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein (see paper)
28% identity, 85% coverage: 40:263/263 of query aligns to 5:232/238 of 1lagE

query
sites
1lagE
S
 
T
L
 
V
R
 
R
V
 
I
G
 
G
M
 
T
T
 
D
G
 
T
D
 
T
Y
|
Y
K
 
A
P
 
P
F
 
F
T
 
S
Y
 
S
L
 
K
D
 
D
K
 
-
A
 
A
T
 
K
G
 
G
K
 
E
F
 
F
S
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
V
 
I
D
 
D
M
 
L
A
 
G
E
 
N
A
 
E
L
 
M
G
 
C
K
 
K
A
 
R
L
 
M
G
 
Q
V
 
V
K
 
K
V
 
C
E
 
T
F
 
W
V
 
V
P
 
A
T
 
S
S
 
D
W
x
F
P
 
D
Q
 
A
L
 
L
M
 
I
K
 
P
D
 
S
F
 
L
E
 
K
A
 
A
D
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
V
 
A
A
 
I
M
 
I
G
x
S
G
x
S
V
x
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
L
 
D
D
 
K
R
|
R
Q
 
Q
K
 
Q
K
 
E
G
 
I
L
 
A
F
 
F
S
 
S
T
 
D
P
 
K
I
 
L
M
 
Y
R
 
A
E
 
A
G
 
D
K
 
S
T
 
R
P
 
L
I
 
I
A
 
A
R
 
-
C
 
A
S
 
K
D
 
G
T
 
S
S
 
P
K
 
I
Y
 
Q
Q
 
P
T
 
T
L
 
L
S
 
E
D
 
S
I
 
L
D
 
-
K
 
-
P
 
K
G
 
G
T
 
K
R
 
H
V
 
V
I
 
G
V
 
V
N
x
L
P
 
Q
G
 
G
G
x
S
T
 
T
N
x
Q
E
 
E
R
 
A
F
 
Y
A
 
A
R
 
N
A
 
D
N
 
N
-
 
W
-
 
R
V
 
T
K
 
K
A
 
G
A
 
V
D
 
D
I
 
V
R
 
V
V
 
A
H
 
Y
N
 
A
D
 
N
N
 
Q
V
 
D
T
 
L
I
 
I
F
 
Y
E
 
S
E
 
D
I
 
L
A
 
T
K
 
A
G
 
G
D
 
R
A
 
L
D
 
D
L
 
A
M
 
A
M
 
L
T
 
Q
D
|
D
-
 
E
-
 
V
-
 
A
A
 
A
S
 
S
E
 
E
T
 
G
R
 
F
Y
 
L
Q
 
K
Q
 
Q
-
 
P
-
 
A
-
 
G
K
 
K
L
 
E
H
 
Y
P
 
A
G
 
F
V
 
A
L
 
G
C
 
P
A
 
S
V
 
V
H
 
K
P
 
D
D
 
K
K
 
K
P
 
Y
F
 
F
D
 
G
F
 
D
S
 
G
E
 
T
K
 
G
A
 
V
Y
 
G
W
 
L
L
 
R
Q
 
K
R
 
D
D
 
D
V
 
T
A
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
A
F
 
A
V
 
F
D
 
D
Q
 
K
W
 
A
L
 
L
H
 
T
I
 
E
S
 
L
T
 
R
E
 
Q
N
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
A
 
K
I
 
M
Y
 
A
K
 
K
I
 
K
W
 
Y
F
 
F
E
 
D

Query Sequence

>WP_012044187.1 NCBI__GCF_000015165.1:WP_012044187.1
MGFFDRTIATLTGIALLWGVASAALAEQASRLDEIMQRGSLRVGMTGDYKPFTYLDKATG
KFSGFDVDMAEALGKALGVKVEFVPTSWPQLMKDFEADKFDVAMGGVSITLDRQKKGLFS
TPIMREGKTPIARCSDTSKYQTLSDIDKPGTRVIVNPGGTNERFARANVKAADIRVHNDN
VTIFEEIAKGDADLMMTDASETRYQQKLHPGVLCAVHPDKPFDFSEKAYWLQRDVALKAF
VDQWLHISTENGSYQAIYKIWFE

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory