SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012046899.1 NCBI__GCF_000015165.1:WP_012046899.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4k28A 2.15 angstrom resolution crystal structure of a shikimate dehydrogenase family protein from pseudomonas putida kt2440 in complex with NAD+ (see paper)
38% identity, 91% coverage: 7:249/268 of query aligns to 2:248/266 of 4k28A

query
sites
4k28A
G
 
G
A
 
S
T
 
T
R
 
E
L
 
L
H
 
V
I
 
A
I
 
I
I
 
V
G
 
G
D
 
S
P
 
P
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
R
 
K
A
 
S
P
 
P
A
 
Q
G
 
N
V
 
F
S
 
N
R
 
T
A
 
W
F
 
F
A
 
N
E
 
H
R
 
N
G
 
N
S
 
C
D
 
N
A
 
L
I
 
A
L
 
M
V
 
L
P
 
P
V
 
I
Q
 
D
V
 
L
A
 
H
P
 
E
V
 
A
D
 
A
L
 
L
A
 
D
G
 
S
F
 
F
L
 
A
A
 
D
T
 
T
A
 
L
T
 
R
R
 
G
V
 
W
K
 
Q
N
 
N
L
 
L
D
 
R
G
 
G
I
 
C
V
 
V
A
 
V
T
 
T
I
 
V
P
 
P
H
 
Y
K
 
K
F
 
Q
A
 
A
C
 
L
Y
 
A
R
 
N
A
 
R
C
 
V
A
 
D
T
 
G
A
 
L
T
 
S
E
 
E
R
 
R
A
 
A
H
 
A
F
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
S
V
 
I
N
 
N
L
 
V
M
 
I
R
 
R
R
 
R
S
 
E
P
 
R
N
 
D
G
 
G
G
 
R
W
 
L
H
 
L
G
 
G
D
 
D
M
 
N
V
 
V
D
 
D
G
 
G
L
 
A
G
 
G
F
 
F
V
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
R
 
H
A
 
K
K
 
H
G
 
G
F
 
F
D
 
E
P
 
P
N
 
A
G
 
G
T
 
K
R
 
R
A
 
A
L
 
L
Q
 
V
I
|
I
G
|
G
A
 
C
G
|
G
G
|
G
A
x
V
G
 
G
S
 
S
A
 
A
I
 
I
A
 
A
L
 
Y
A
 
A
L
 
L
I
 
A
D
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
R
 
A
E
 
S
L
 
I
A
 
T
I
 
L
H
x
C
D
|
D
S
x
P
D
 
S
A
 
T
G
 
A
R
|
R
R
 
M
D
 
G
A
 
A
L
 
V
I
x
C
A
 
E
R
 
L
L
 
L
N
 
G
E
 
N
R
 
G
G
 
F
R
 
P
G
 
G
R
 
L
A
 
T
L
x
V
I
 
S
G
 
T
A
 
Q
M
x
F
D
 
S
A
 
G
-
 
L
T
 
E
G
 
D
F
 
F
D
 
D
L
 
L
V
 
V
A
 
A
N
 
N
A
 
A
T
x
S
P
|
P
A
 
V
G
 
G
M
 
M
Q
 
G
P
 
T
G
 
R
D
 
A
P
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
L
D
 
S
-
 
A
-
 
A
-
 
L
M
 
L
A
 
A
T
 
T
V
 
L
S
 
Q
P
 
P
S
 
D
A
 
T
Y
 
L
C
 
V
G
 
A
C
 
D
V
|
V
I
 
V
T
 
T
R
 
S
P
 
P
E
 
E
V
 
I
S
 
T
P
 
P
F
 
L
I
 
L
A
 
N
A
 
R
A
 
A
R
 
R
E
 
Q
R
 
V
G
 
G
C
 
C
L
 
R
T
 
I
A
 
Q
T
 
T
G
|
G
T
 
P
D
 
E
M
|
M

Sites not aligning to the query:

P15770 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SD; SDH; EC 1.1.1.25 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
28% identity, 85% coverage: 12:240/268 of query aligns to 4:230/272 of P15770

query
sites
P15770
H
 
Y
I
 
A
I
 
V
I
 
F
G
 
G
D
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
A
Q
 
H
V
 
S
R
 
K
A
 
S
P
 
P
A
 
F
G
 
-
V
 
I
S
 
H
R
 
Q
A
 
Q
F
 
F
A
 
A
-
 
Q
-
 
Q
-
 
L
-
 
N
-
 
I
E
 
E
R
 
H
G
 
P
S
 
Y
D
 
G
A
 
R
I
 
V
L
 
L
V
 
A
P
 
P
V
 
I
Q
 
N
V
 
D
A
 
F
P
 
I
V
 
N
D
 
T
L
 
L
A
 
N
G
 
A
F
 
F
L
 
F
A
 
S
T
 
A
A
 
G
T
 
G
R
 
K
V
 
G
K
 
A
N
 
N
L
 
V
D
 
-
G
 
-
I
 
-
V
 
-
A
 
-
T
 
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
 
K
F
 
E
A
 
E
C
 
A
Y
 
F
R
 
A
A
 
R
C
 
A
A
 
D
T
 
E
A
 
L
T
 
T
E
 
E
R
 
R
A
 
A
H
 
A
F
 
L
I
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
L
 
T
M
 
L
R
 
M
R
 
R
S
 
L
P
 
E
N
 
D
G
 
G
G
 
R
W
 
L
H
 
L
G
 
G
D
 
D
M
 
N
V
 
T
D
 
D
G
 
G
L
 
V
G
 
G
F
 
L
V
 
L
G
 
S
A
 
D
A
 
L
R
 
E
A
 
R
K
 
L
G
 
S
F
 
F
D
 
I
P
 
R
N
 
P
G
 
G
T
 
L
R
 
R
A
 
I
L
 
L
Q
 
L
I
 
I
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
S
S
 
R
A
 
G
I
 
V
A
 
L
L
 
L
A
 
P
L
 
L
I
 
L
D
 
S
A
 
L
G
 
D
V
 
C
R
 
-
E
 
A
L
 
V
A
 
T
I
 
I
H
 
T
D
x
N
S
x
R
D
x
T
A
x
V
G
x
S
R
|
R
R
 
A
D
 
E
A
 
E
L
 
L
I
 
A
A
 
K
R
 
L
L
 
F
N
 
A
E
 
H
R
 
T
G
 
G
R
 
S
G
 
I
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
-
 
S
I
 
M
G
 
D
A
 
E
M
 
L
D
 
E
A
 
G
T
 
H
G
 
E
F
 
F
D
 
D
L
 
L
V
 
I
A
 
I
N
 
N
A
 
A
T
 
T
P
 
S
A
 
S
G
 
G
M
 
I
Q
 
S
P
 
-
G
 
G
D
 
D
P
 
I
L
 
P
P
 
A
V
 
I
D
 
P
M
 
S
A
 
S
T
 
L
V
 
I
S
 
H
P
 
P
S
 
G
A
 
I
Y
 
Y
C
 
C
G
 
Y
C
 
D
V
x
M
I
 
F
T
 
Y
R
 
Q
P
 
K
E
 
G
V
 
K
S
 
T
P
 
P
F
 
F
I
 
L
A
 
A
A
 
W
A
 
C
R
 
E
E
 
Q
R
 
R
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1nytA Shikimate dehydrogenase aroe complexed with NADP+ (see paper)
28% identity, 85% coverage: 12:240/268 of query aligns to 4:230/271 of 1nytA

query
sites
1nytA
H
 
Y
I
 
A
I
 
V
I
 
F
G
 
G
D
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
A
Q
 
H
V
 
S
R
 
K
A
 
S
P
 
P
A
 
F
G
 
-
V
 
I
S
 
H
R
 
Q
A
 
Q
F
 
F
A
 
A
-
 
Q
-
 
Q
-
 
L
-
 
N
-
 
I
E
 
E
R
 
H
G
 
P
S
 
Y
D
 
G
A
 
R
I
 
V
L
 
L
V
 
A
P
 
P
V
 
I
Q
 
N
V
 
D
A
 
F
P
 
I
V
 
N
D
 
T
L
 
L
A
 
N
G
 
A
F
 
F
L
 
F
A
 
S
T
 
A
A
 
G
T
 
G
R
 
K
V
 
G
K
 
A
N
 
N
L
 
V
D
 
-
G
 
-
I
 
-
V
 
-
A
 
-
T
 
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
F
 
E
A
 
E
C
 
A
Y
 
F
R
 
A
A
 
R
C
 
A
A
 
D
T
 
E
A
 
L
T
 
T
E
 
E
R
 
R
A
 
A
H
 
A
F
 
L
I
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
L
 
T
M
 
L
R
 
M
R
 
R
S
 
L
P
 
E
N
 
D
G
 
G
G
 
R
W
 
L
H
 
L
G
 
G
D
 
D
M
 
N
V
 
T
D
|
D
G
 
G
L
 
V
G
 
G
F
 
L
V
 
L
G
 
S
A
 
D
A
 
L
R
 
E
A
 
R
K
 
L
G
 
S
F
 
F
D
 
I
P
 
R
N
 
P
G
 
G
T
 
L
R
 
R
A
 
I
L
 
L
Q
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
S
S
 
R
A
 
G
I
 
V
A
 
L
L
 
L
A
 
P
L
 
L
I
 
L
D
 
S
A
 
L
G
 
D
V
 
C
R
 
-
E
 
A
L
 
V
A
 
T
I
 
I
H
 
T
D
x
N
S
x
R
D
x
T
A
 
V
G
 
S
R
|
R
R
 
A
D
 
E
A
 
E
L
 
L
I
 
A
A
 
K
R
 
L
L
 
F
N
 
A
E
 
H
R
 
T
G
 
G
R
 
S
G
 
I
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
-
 
S
I
 
M
G
 
D
A
 
E
M
 
L
D
 
E
A
 
G
T
 
H
G
 
E
F
 
F
D
 
D
L
 
L
V
 
I
A
 
I
N
 
N
A
 
A
T
|
T
P
x
S
A
x
S
G
 
G
M
 
I
Q
 
S
P
 
-
G
 
G
D
 
D
P
 
I
L
 
P
P
 
A
V
 
I
D
 
P
M
 
S
A
 
S
T
 
L
V
 
I
S
 
H
P
 
P
S
 
G
A
 
I
Y
 
Y
C
 
C
G
 
Y
C
 
D
V
x
M
I
 
F
T
 
Y
R
 
Q
P
 
K
E
 
G
V
 
K
S
 
T
P
 
P
F
 
F
I
 
L
A
 
A
A
 
W
A
 
C
R
 
E
E
 
Q
R
 
R
G
 
G

Sites not aligning to the query:

3tozA 2.2 angstrom crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase from listeria monocytogenes in complex with NAD.
27% identity, 91% coverage: 6:249/268 of query aligns to 10:264/291 of 3tozA

query
sites
3tozA
T
 
T
G
 
G
A
 
H
T
 
T
R
 
E
L
 
L
H
 
I
I
 
G
I
 
L
I
 
I
G
 
A
D
 
T
P
 
P
I
 
I
A
 
R
Q
 
H
V
 
S
R
 
L
A
 
S
P
 
P
A
 
T
G
 
M
V
 
H
S
 
N
R
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
E
 
K
R
 
L
G
 
G
S
 
L
D
 
D
A
 
Y
I
 
V
L
 
Y
V
 
L
P
 
A
V
 
F
Q
 
E
V
 
V
A
 
G
P
 
D
V
 
K
D
 
E
L
 
L
A
 
K
G
 
D
F
 
-
L
 
V
A
 
V
T
 
Q
A
 
G
T
 
F
R
 
R
V
 
A
K
 
M
N
 
N
L
 
L
D
 
R
G
 
G
I
 
W
V
 
N
A
 
V
T
 
S
I
 
M
P
 
P
H
 
N
K
 
K
F
 
T
A
 
N
C
 
I
Y
 
H
R
 
K
A
 
Y
C
 
L
A
 
D
T
 
K
A
 
L
T
 
S
E
 
P
R
 
A
A
 
A
H
 
E
F
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
L
 
T
M
 
V
R
 
V
R
 
-
S
 
N
P
 
D
N
 
D
G
 
G
G
 
V
W
 
L
H
 
T
G
 
G
D
 
H
M
 
I
V
 
T
D
 
D
G
 
G
L
 
T
G
 
G
F
 
Y
V
 
M
G
 
R
A
 
A
A
 
L
R
 
K
A
 
E
K
 
A
G
 
G
F
 
H
D
 
D
P
 
I
N
 
I
G
 
G
T
 
K
R
 
K
A
 
M
L
 
T
Q
 
I
I
 
C
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
A
S
 
T
A
 
A
I
 
I
A
 
C
L
 
I
A
 
Q
L
 
A
I
 
A
D
 
L
A
 
D
G
 
G
V
 
V
R
 
K
E
 
E
L
 
I
A
 
S
I
 
I
-
 
F
-
x
N
-
x
R
H
 
K
D
|
D
S
 
D
D
x
F
A
 
Y
G
 
A
R
 
N
R
 
A
D
 
E
A
 
K
L
 
T
I
 
V
A
 
E
R
 
K
L
 
I
N
 
N
E
 
S
R
 
K
G
 
T
R
 
D
G
 
C
R
 
K
A
 
A
-
 
Q
L
 
L
I
 
F
G
 
D
A
 
I
M
 
E
D
 
D
A
 
H
T
 
E
G
 
Q
F
 
L
D
 
R
-
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
S
-
 
V
L
 
I
V
 
F
A
 
T
N
 
N
A
 
A
T
|
T
P
x
G
A
x
V
G
 
G
M
|
M
Q
 
K
P
 
P
-
x
F
-
 
E
G
 
G
D
 
E
P
 
T
L
 
L
P
 
L
V
 
P
D
 
S
M
 
A
A
 
D
T
 
M
V
 
L
S
 
R
P
 
P
S
 
E
A
 
L
Y
 
I
C
 
V
G
 
S
C
 
D
V
|
V
I
 
V
T
x
Y
R
 
K
P
 
P
E
 
T
V
 
K
S
 
T
P
 
R
F
 
L
I
 
L
A
 
E
A
 
I
A
 
A
R
 
E
E
 
E
R
 
Q
G
 
G
C
 
C
L
 
Q
T
 
T
A
 
L
T
 
N
G
|
G
T
 
L
D
 
G
M
|
M

Sites not aligning to the query:

Q8Y9N5 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e)
27% identity, 91% coverage: 6:249/268 of query aligns to 10:264/291 of Q8Y9N5

query
sites
Q8Y9N5
T
 
T
G
 
G
A
 
H
T
 
T
R
 
E
L
 
L
H
 
I
I
 
G
I
 
L
I
 
I
G
 
A
D
 
T
P
 
P
I
 
I
A
 
R
Q
 
H
V
x
S
R
x
L
A
x
S
P
 
P
A
 
T
G
 
M
V
 
H
S
 
N
R
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
E
 
K
R
 
L
G
 
G
S
 
L
D
 
D
A
 
Y
I
 
V
L
 
Y
V
 
L
P
 
A
V
 
F
Q
 
E
V
 
V
A
 
G
P
 
D
V
 
K
D
 
E
L
 
L
A
 
K
G
 
D
F
 
-
L
 
V
A
 
V
T
 
Q
A
 
G
T
 
F
R
 
R
V
 
A
K
 
M
N
 
N
L
 
L
D
 
R
G
 
G
I
 
W
V
 
N
A
 
V
T
 
S
I
 
M
P
 
P
H
 
N
K
 
K
F
 
T
A
 
N
C
 
I
Y
 
H
R
 
K
A
 
Y
C
 
L
A
 
D
T
 
K
A
 
L
T
 
S
E
 
P
R
 
A
A
 
A
H
 
E
F
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
L
 
T
M
 
V
R
 
V
R
 
-
S
 
N
P
 
D
N
 
D
G
 
G
G
 
V
W
 
L
H
 
T
G
 
G
D
 
H
M
 
I
V
 
T
D
 
D
G
 
G
L
 
T
G
 
G
F
 
Y
V
 
M
G
 
R
A
 
A
A
 
L
R
 
K
A
 
E
K
 
A
G
 
G
F
 
H
D
 
D
P
 
I
N
 
I
G
 
G
T
 
K
R
 
K
A
 
M
L
 
T
Q
 
I
I
 
C
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
A
S
 
T
A
 
A
I
 
I
A
 
C
L
 
I
A
 
Q
L
 
A
I
 
A
D
 
L
A
 
D
G
 
G
V
 
V
R
 
K
E
 
E
L
 
I
A
 
S
I
 
I
-
 
F
-
x
N
-
x
R
H
x
K
D
|
D
S
 
D
D
 
F
A
 
Y
G
 
A
R
 
N
R
 
A
D
 
E
A
 
K
L
 
T
I
 
V
A
 
E
R
 
K
L
 
I
N
 
N
E
 
S
R
 
K
G
 
T
R
 
D
G
 
C
R
 
K
A
 
A
-
 
Q
L
 
L
I
 
F
G
 
D
A
 
I
M
 
E
D
 
D
A
 
H
T
 
E
G
 
Q
F
 
L
D
 
R
-
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
S
-
 
V
L
 
I
V
 
F
A
 
T
N
 
N
A
 
A
T
 
T
P
 
G
A
 
V
G
 
G
M
|
M
Q
 
K
P
 
P
-
 
F
-
 
E
G
 
G
D
 
E
P
 
T
L
 
L
P
 
L
V
 
P
D
 
S
M
 
A
A
 
D
T
 
M
V
 
L
S
 
R
P
 
P
S
 
E
A
 
L
Y
 
I
C
 
V
G
 
S
C
 
D
V
 
V
I
 
V
T
 
Y
R
 
K
P
 
P
E
 
T
V
 
K
S
 
T
P
 
R
F
 
L
I
 
L
A
 
E
A
 
I
A
 
A
R
 
E
E
 
E
R
 
Q
G
 
G
C
 
C
L
 
Q
T
 
T
A
 
L
T
 
N
G
 
G
T
 
L
D
 
G
M
 
M

3tnlA 1.45 angstrom crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase from listeria monocytogenes in complex with shikimate and NAD.
27% identity, 91% coverage: 6:249/268 of query aligns to 7:261/288 of 3tnlA

query
sites
3tnlA
T
 
T
G
 
G
A
 
H
T
 
T
R
 
E
L
 
L
H
 
I
I
 
G
I
 
L
I
 
I
G
 
A
D
 
T
P
 
P
I
 
I
A
 
R
Q
 
H
V
x
S
R
 
L
A
x
S
P
 
P
A
 
T
G
 
M
V
 
H
S
 
N
R
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
E
 
K
R
 
L
G
 
G
S
 
L
D
 
D
A
 
Y
I
 
V
L
 
Y
V
 
L
P
 
A
V
 
F
Q
 
E
V
 
V
A
 
G
P
 
D
V
 
K
D
 
E
L
 
L
A
 
K
G
 
D
F
 
-
L
 
V
A
 
V
T
 
Q
A
 
G
T
 
F
R
 
R
V
 
A
K
 
M
N
 
N
L
 
L
D
 
R
G
 
G
I
 
W
V
x
N
A
 
V
T
x
S
I
x
M
P
 
P
H
 
N
K
|
K
F
 
T
A
 
N
C
 
I
Y
 
H
R
 
K
A
 
Y
C
 
L
A
 
D
T
 
K
A
 
L
T
 
S
E
 
P
R
 
A
A
 
A
H
 
E
F
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
L
 
T
M
 
V
R
 
V
R
 
-
S
 
N
P
 
D
N
 
D
G
 
G
G
 
V
W
 
L
H
 
T
G
 
G
D
 
H
M
 
I
V
 
T
D
|
D
G
 
G
L
 
T
G
 
G
F
 
Y
V
 
M
G
 
R
A
 
A
A
 
L
R
 
K
A
 
E
K
 
A
G
 
G
F
 
H
D
 
D
P
 
I
N
 
I
G
 
G
T
 
K
R
 
K
A
 
M
L
 
T
Q
 
I
I
 
C
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
A
S
 
T
A
 
A
I
 
I
A
 
C
L
 
I
A
 
Q
L
 
A
I
 
A
D
 
L
A
 
D
G
 
G
V
 
V
R
 
K
E
 
E
L
 
I
A
 
S
I
 
I
-
 
F
-
x
N
-
x
R
H
 
K
D
|
D
S
 
D
D
x
F
A
 
Y
G
 
A
R
 
N
R
 
A
D
 
E
A
 
K
L
 
T
I
 
V
A
 
E
R
 
K
L
 
I
N
 
N
E
 
S
R
 
K
G
 
T
R
 
D
G
 
C
R
 
K
A
 
A
-
 
Q
L
 
L
I
 
F
G
 
D
A
 
I
M
 
E
D
 
D
A
 
H
T
 
E
G
 
Q
F
 
L
D
 
R
-
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
S
-
 
V
L
 
I
V
 
F
A
 
T
N
 
N
A
 
A
T
|
T
P
 
G
A
x
V
G
 
G
M
|
M
Q
 
K
P
 
P
-
x
F
-
 
E
G
 
G
D
 
E
P
 
T
L
 
L
P
 
L
V
 
P
D
 
S
M
 
A
A
 
D
T
 
M
V
 
L
S
 
R
P
 
P
S
 
E
A
 
L
Y
 
I
C
 
V
G
 
S
C
 
D
V
|
V
I
 
V
T
x
Y
R
 
K
P
 
P
E
 
T
V
 
K
S
 
T
P
 
R
F
 
L
I
 
L
A
 
E
A
 
I
A
 
A
R
 
E
E
 
E
R
 
Q
G
 
G
C
 
C
L
 
Q
T
 
T
A
 
L
T
 
N
G
 
G
T
 
L
D
 
G
M
|
M

Sites not aligning to the query:

Q5HNV1 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Staphylococcus epidermidis (strain ATCC 35984 / RP62A) (see paper)
27% identity, 88% coverage: 14:250/268 of query aligns to 5:236/269 of Q5HNV1

query
sites
Q5HNV1
I
 
V
I
 
I
G
 
G
D
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
S
Q
 
H
V
x
S
R
x
L
A
x
S
P
 
P
-
 
L
-
 
M
-
 
H
-
 
H
A
 
A
G
 
N
V
 
F
S
 
Q
R
 
S
A
 
L
F
 
N
A
 
L
E
 
E
R
 
N
G
 
T
S
 
Y
D
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
N
V
 
V
P
 
P
V
 
V
Q
 
N
V
 
Q
A
 
F
P
 
Q
V
 
-
D
 
D
L
 
I
A
 
K
G
 
K
F
 
I
L
 
I
A
 
S
T
 
E
A
 
-
T
 
-
R
 
-
V
 
-
K
 
K
N
 
S
L
 
I
D
 
D
G
 
G
I
 
F
V
 
N
A
 
V
T
|
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
 
K
F
 
E
A
 
R
C
 
I
Y
 
I
R
 
P
A
 
Y
C
 
L
A
 
D
T
 
D
A
 
I
T
 
N
E
 
E
R
 
Q
A
 
A
H
 
K
F
 
S
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
L
 
T
M
 
V
R
 
L
R
 
-
S
 
V
P
 
K
N
 
D
G
 
G
G
 
K
W
 
W
H
 
I
G
 
G
D
 
Y
M
 
N
V
 
T
D
|
D
G
 
G
L
 
I
G
 
G
F
 
Y
V
 
V
G
 
N
A
 
G
A
 
L
R
 
K
A
 
Q
K
 
I
G
 
Y
F
 
E
D
 
G
P
 
I
N
 
E
G
 
D
T
 
A
R
 
Y
A
 
I
L
 
L
Q
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
S
S
 
K
A
 
G
I
 
I
A
 
A
L
 
N
A
 
E
L
 
L
I
 
Y
D
 
K
A
 
I
G
 
V
V
 
R
R
 
P
E
 
T
L
 
L
A
 
T
I
 
V
H
 
A
D
 
N
S
 
R
D
 
T
A
 
M
G
 
S
R
 
R
R
 
F
D
 
N
A
 
N
L
 
W
I
 
S
A
 
L
R
 
N
L
 
I
N
 
N
E
 
K
R
 
I
G
 
N
R
 
L
G
 
S
R
 
H
A
 
A
L
 
E
I
 
-
G
 
S
A
 
H
M
 
L
D
 
D
A
 
E
T
 
-
G
 
-
F
 
F
D
 
D
L
 
I
V
 
I
A
 
I
N
 
N
A
 
T
T
 
T
P
 
P
A
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
N
P
 
G
G
 
N
D
 
T
P
 
D
L
 
S
P
 
V
V
 
I
D
 
S
M
 
L
A
 
N
T
 
R
V
 
L
S
 
A
P
 
S
S
 
H
A
 
T
Y
 
L
C
 
V
G
 
S
C
 
D
V
 
I
I
 
V
T
x
Y
R
 
N
P
 
P
E
 
Y
V
 
K
S
 
T
P
 
P
F
 
I
I
 
L
A
 
I
A
 
E
A
 
A
R
 
E
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
C
 
N
L
 
P
T
 
I
A
 
Y
T
 
N
G
 
G
T
 
L
D
 
D
M
 
M
Y
 
F

Sites not aligning to the query:

Q9KVT3 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961)
26% identity, 87% coverage: 12:244/268 of query aligns to 8:238/278 of Q9KVT3

query
sites
Q9KVT3
H
 
Y
I
 
A
I
 
V
I
 
F
G
 
G
D
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
N
Q
 
H
V
x
S
R
x
K
A
x
S
P
 
P
A
 
F
G
 
-
V
 
I
S
 
H
R
 
T
A
 
L
F
 
F
A
 
A
E
 
R
R
 
Q
G
 
T
S
 
Q
D
 
Q
A
 
S
I
 
M
L
 
I
V
 
Y
P
 
T
V
 
A
Q
 
Q
V
 
C
A
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
D
L
 
-
A
 
-
G
 
G
F
 
F
L
 
T
A
 
E
T
 
A
A
 
A
T
 
K
R
 
H
V
 
F
-
 
F
-
 
A
K
 
Q
N
 
G
L
 
G
D
 
R
G
 
G
I
 
C
V
 
N
A
 
V
T
 
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
 
K
F
 
E
A
 
E
C
 
A
Y
 
Y
R
 
R
A
 
F
C
 
A
A
 
D
T
 
R
A
 
L
T
 
T
E
 
E
R
 
R
A
 
A
H
 
R
F
 
L
I
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
L
 
T
M
 
L
R
 
K
R
 
K
S
 
L
P
 
D
N
 
D
G
 
G
G
 
E
W
 
I
H
 
L
G
 
G
D
 
D
M
 
N
V
 
T
D
|
D
G
 
G
L
 
E
G
 
G
F
 
L
V
 
V
G
 
Q
A
 
D
A
 
L
R
 
L
A
 
A
K
 
Q
G
 
Q
F
 
V
D
 
L
P
 
L
N
 
K
G
 
G
T
 
A
R
 
T
A
 
I
L
 
L
Q
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
A
S
 
R
A
 
G
I
 
V
A
 
L
L
 
K
A
 
P
L
 
L
I
 
L
D
 
D
A
 
Q
G
 
Q
V
 
P
R
 
A
E
 
S
L
 
I
A
 
T
I
 
V
H
 
T
D
x
N
S
x
R
D
x
T
A
x
F
G
x
A
R
x
K
R
 
A
D
 
E
A
 
Q
L
 
L
I
 
A
A
 
E
R
 
L
L
 
V
N
 
A
E
 
A
R
 
Y
G
 
G
R
 
E
G
 
V
R
 
K
A
 
A
L
 
Q
I
 
A
G
 
F
A
 
E
M
 
Q
D
 
L
A
 
K
T
 
Q
G
 
S
F
 
Y
D
 
D
L
 
V
V
 
I
A
 
I
N
 
N
A
 
S
T
 
T
P
 
S
A
 
A
G
 
S
M
 
L
Q
 
-
P
 
D
G
 
G
D
 
E
P
 
L
L
 
P
P
 
A
V
 
I
D
 
D
M
 
P
A
 
V
T
 
I
V
 
F
S
 
S
P
 
S
S
 
R
A
 
S
Y
 
V
C
 
C
G
 
Y
C
 
D
V
 
M
I
 
M
T
 
Y
R
 
G
P
 
K
E
 
G
V
 
Y
S
 
T
P
 
V
F
 
F
I
 
N
A
 
Q
A
 
W
A
 
A
R
 
R
E
 
Q
R
 
H
G
 
G
C
 
C
L
 
A
T
 
Q
A
 
A

Sites not aligning to the query:

3pgjA 2.49 angstrom resolution crystal structure of shikimate 5- dehydrogenase (aroe) from vibrio cholerae o1 biovar eltor str. N16961 in complex with shikimate
26% identity, 87% coverage: 12:244/268 of query aligns to 4:234/272 of 3pgjA

query
sites
3pgjA
H
 
Y
I
 
A
I
 
V
I
 
F
G
 
G
D
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
N
Q
 
H
V
x
S
R
 
K
A
x
S
P
 
P
A
 
F
G
 
-
V
 
I
S
 
H
R
 
T
A
 
L
F
 
F
A
 
A
E
 
R
R
 
Q
G
 
T
S
 
Q
D
 
Q
A
 
S
I
 
M
L
 
I
V
 
Y
P
 
T
V
 
A
Q
 
Q
V
 
C
A
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
D
L
 
-
A
 
-
G
 
G
F
 
F
L
 
T
A
 
E
T
 
A
A
 
A
T
 
K
R
 
H
V
 
F
-
 
F
-
 
A
K
 
Q
N
 
G
L
 
G
D
 
R
G
 
G
I
 
C
V
x
N
A
 
V
T
|
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
F
 
E
A
 
E
C
 
A
Y
 
Y
R
 
R
A
 
F
C
 
A
A
 
D
T
 
R
A
 
L
T
 
T
E
 
E
R
 
R
A
 
A
H
 
R
F
 
L
I
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
L
 
T
M
 
L
R
 
K
R
 
K
S
 
L
P
 
D
N
 
D
G
 
G
G
 
E
W
 
I
H
 
L
G
 
G
D
 
D
M
 
N
V
 
T
D
|
D
G
 
G
L
 
E
G
 
G
F
 
L
V
 
V
G
 
Q
A
 
D
A
 
L
R
 
L
A
 
A
K
 
Q
G
 
Q
F
 
V
D
 
L
P
 
L
N
 
K
G
 
G
T
 
A
R
 
T
A
 
I
L
 
L
Q
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
A
S
 
R
A
 
G
I
 
V
A
 
L
L
 
K
A
 
P
L
 
L
I
 
L
D
 
D
A
 
Q
G
 
Q
V
 
P
R
 
A
E
 
S
L
 
I
A
 
T
I
 
V
H
 
T
D
 
N
S
 
R
D
 
T
A
 
F
G
 
A
R
 
K
R
 
A
D
 
E
A
 
Q
L
 
L
I
 
A
A
 
E
R
 
L
L
 
V
N
 
A
E
 
A
R
 
Y
G
 
G
R
 
E
G
 
V
R
 
K
A
 
A
L
 
Q
I
 
A
G
 
F
A
 
E
M
 
Q
D
 
L
A
 
K
T
 
Q
G
 
S
F
 
Y
D
 
D
L
 
V
V
 
I
A
 
I
N
 
N
A
 
S
T
 
T
P
 
S
A
 
A
G
 
S
M
 
L
Q
 
-
P
 
D
G
 
G
D
 
E
P
 
L
L
 
P
P
 
A
V
 
I
D
 
D
M
 
P
A
 
V
T
 
I
V
 
F
S
 
S
P
 
S
S
 
R
A
 
S
Y
 
V
C
 
C
G
 
Y
C
 
D
V
 
M
I
 
M
T
 
Y
R
 
G
P
 
K
E
 
G
V
 
Y
S
 
T
P
 
V
F
 
F
I
 
N
A
 
Q
A
 
W
A
 
A
R
 
R
E
 
Q
R
 
H
G
 
G
C
 
C
L
 
A
T
 
Q
A
 
A

Sites not aligning to the query:

2gptA Crystal structure of arabidopsis dehydroquinate dehydratase-shikimate dehydrogenase in complex with tartrate and shikimate (see paper)
26% identity, 90% coverage: 9:250/268 of query aligns to 234:461/498 of 2gptA

query
sites
2gptA
T
 
T
R
 
K
L
 
V
H
 
Y
I
 
G
I
|
I
I
 
I
G
 
G
D
 
K
P
 
P
I
 
V
A
 
S
Q
 
H
V
x
S
R
 
K
A
x
S
P
 
P
A
 
I
G
 
V
V
 
H
S
 
N
R
 
Q
A
 
A
F
 
F
A
 
K
E
 
S
R
 
V
G
 
D
S
 
F
D
 
N
A
 
G
I
 
V
L
 
Y
V
 
V
P
 
H
V
 
L
Q
 
L
V
 
V
A
 
D
P
 
-
V
 
-
D
 
N
L
 
L
A
 
V
G
 
S
F
 
F
L
 
L
A
 
Q
T
 
-
A
 
A
T
 
Y
R
 
S
V
 
S
K
 
S
N
 
D
L
 
F
D
 
A
G
 
G
I
 
F
V
 
S
A
 
C
T
|
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
F
 
E
A
 
A
C
 
A
Y
 
L
R
 
Q
A
 
C
C
 
C
A
 
D
T
 
E
A
 
V
T
 
D
E
 
P
R
 
L
A
 
A
H
 
K
F
 
S
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
-
 
T
L
 
I
M
 
L
R
 
R
R
 
R
S
 
K
P
 
S
N
 
D
G
 
G
G
 
K
W
 
L
H
 
L
G
 
G
D
 
Y
M
 
N
V
 
T
D
|
D
G
 
C
L
 
I
G
 
G
F
 
S
V
 
I
G
 
S
A
 
A
A
 
I
R
 
E
A
 
-
K
 
-
G
 
-
F
 
-
D
 
-
P
 
-
N
 
-
G
 
-
T
 
-
R
 
-
A
 
-
L
 
-
Q
 
-
I
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
D
G
 
G
S
 
L
A
 
T
I
 
V
A
 
V
L
 
V
A
 
I
L
 
G
I
 
A
D
 
G
A
 
G
G
 
A
V
 
G
R
 
K
E
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
Y
H
 
G
D
 
A
S
 
K
D
 
E
A
 
K
G
 
G
R
 
A
R
 
K
D
 
V
A
 
V
L
 
I
I
 
A
A
 
N
R
 
R
L
 
T
N
 
Y
E
 
E
R
 
R
G
 
E
R
 
L
G
 
A
R
 
E
A
 
A
L
 
-
I
 
I
G
 
G
A
 
A
M
 
L
D
 
S
A
 
L
T
 
T
G
 
D
F
 
L
D
 
D
-
 
N
-
 
Y
-
 
E
-
 
D
-
 
G
-
 
M
L
 
V
V
 
L
A
 
A
N
 
N
A
 
T
T
 
T
P
 
S
A
 
M
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
P
 
P
G
 
N
-
 
V
D
 
E
P
 
E
L
 
T
P
 
P
V
 
I
D
 
S
M
 
K
A
 
D
T
 
A
V
 
L
S
 
K
P
 
H
S
 
Y
A
 
A
Y
 
L
C
 
V
G
 
F
C
 
D
V
 
A
I
 
V
T
x
Y
R
 
T
P
 
P
E
 
R
V
 
I
S
 
T
P
 
R
F
 
L
I
 
L
A
 
R
A
 
E
A
 
A
R
 
E
E
 
E
R
 
S
G
 
G
C
 
A
L
 
I
T
 
T
A
 
V
T
 
S
G
 
G
T
 
S
D
 
E
M
 
M
Y
 
F

Sites not aligning to the query:

3dooA Crystal structure of shikimate dehydrogenase from staphylococcus epidermidis complexed with shikimate (see paper)
25% identity, 88% coverage: 14:250/268 of query aligns to 5:227/258 of 3dooA

query
sites
3dooA
I
 
V
I
 
I
G
 
G
D
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
S
Q
 
H
V
x
S
R
 
L
A
x
S
P
 
P
-
 
L
-
 
M
-
 
H
-
 
H
A
 
A
G
 
N
V
 
F
S
 
Q
R
 
S
A
 
L
F
 
N
A
 
L
E
 
E
R
 
N
G
 
T
S
 
Y
D
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
N
V
 
V
P
 
P
V
 
V
Q
 
N
V
 
Q
A
 
F
P
 
Q
V
 
-
D
 
D
L
 
I
A
 
K
G
 
K
F
 
I
L
 
I
A
 
S
T
 
E
A
 
-
T
 
-
R
 
-
V
 
-
K
 
K
N
 
S
L
 
I
D
 
D
G
 
G
I
 
F
V
x
N
A
 
V
T
|
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
F
 
E
A
 
R
C
 
I
Y
 
I
R
 
P
A
 
Y
C
 
L
A
 
D
T
 
D
A
 
I
T
 
N
E
 
E
R
 
Q
A
 
A
H
 
K
F
 
S
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
L
 
T
M
 
V
R
 
-
R
 
L
S
 
V
P
 
K
N
 
D
G
 
G
G
 
K
W
 
W
H
 
I
G
 
G
D
 
Y
M
 
N
V
 
T
D
|
D
G
 
G
L
 
I
G
 
G
F
 
Y
V
 
V
G
 
N
A
 
G
A
 
L
R
 
K
A
 
Q
K
 
I
G
 
Y
F
 
E
D
 
G
P
 
I
N
 
E
G
 
D
T
 
A
R
 
Y
A
 
I
L
 
L
Q
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
S
S
 
K
A
 
G
I
 
I
A
 
A
L
 
N
A
 
E
L
 
L
I
 
Y
D
 
K
A
 
I
G
 
V
V
 
R
R
 
P
E
 
T
L
 
L
A
 
T
I
 
V
H
 
A
D
 
N
S
 
R
D
 
T
A
 
M
G
 
S
R
 
R
R
 
F
D
 
N
A
 
N
L
 
W
I
 
S
A
 
L
R
 
N
L
 
I
N
 
N
E
 
K
R
 
I
G
 
N
R
 
L
G
 
S
R
 
H
A
 
A
L
 
E
I
 
-
G
 
S
A
 
H
M
 
L
D
 
D
A
 
E
T
 
-
G
 
-
F
 
F
D
 
D
L
 
I
V
 
I
A
 
I
N
 
N
A
 
T
T
 
T
P
 
P
A
 
V
G
 
-
M
 
-
Q
 
-
P
 
-
G
 
-
D
 
-
P
 
-
L
 
-
P
 
-
V
 
I
D
 
S
M
 
L
A
 
N
T
 
R
V
 
L
S
 
A
P
 
S
S
 
H
A
 
T
Y
 
L
C
 
V
G
 
S
C
 
D
V
 
I
I
 
V
T
 
Y
R
 
N
P
 
P
E
 
Y
V
 
K
S
 
T
P
 
P
F
 
I
I
 
L
A
 
I
A
 
E
A
 
A
R
 
E
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
C
 
N
L
 
P
T
 
I
A
 
Y
T
 
N
G
 
G
T
 
L
D
 
D
M
 
M
Y
x
F

Sites not aligning to the query:

6bmqA Crystal structure of arabidopsis dehydroquinate dehydratase-shikimate dehydrogenase (t381g mutant) in complex with tartrate and shikimate (see paper)
25% identity, 90% coverage: 9:250/268 of query aligns to 234:461/498 of 6bmqA

query
sites
6bmqA
T
 
T
R
 
K
L
 
V
H
 
Y
I
 
G
I
 
I
I
 
I
G
 
G
D
 
K
P
 
P
I
 
V
A
 
S
Q
 
H
V
x
S
R
 
K
A
x
S
P
 
P
A
 
I
G
 
V
V
 
H
S
 
N
R
 
Q
A
 
A
F
 
F
A
 
K
E
 
S
R
 
V
G
 
D
S
 
F
D
 
N
A
 
G
I
 
V
L
 
Y
V
 
V
P
 
H
V
 
L
Q
 
L
V
 
V
A
 
D
P
 
-
V
 
-
D
 
N
L
 
L
A
 
V
G
 
S
F
 
F
L
 
L
A
 
Q
T
 
-
A
 
A
T
 
Y
R
 
S
V
 
S
K
 
S
N
 
D
L
 
F
D
 
A
G
 
G
I
 
F
V
 
S
A
x
C
T
 
G
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
F
 
E
A
 
A
C
 
A
Y
 
L
R
 
Q
A
 
C
C
 
C
A
 
D
T
 
E
A
 
V
T
 
D
E
 
P
R
 
L
A
 
A
H
 
K
F
 
S
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
-
 
T
L
 
I
M
 
L
R
 
R
R
 
R
S
 
K
P
 
S
N
 
D
G
 
G
G
 
K
W
 
L
H
 
L
G
 
G
D
 
Y
M
 
N
V
 
T
D
|
D
G
 
C
L
 
I
G
 
G
F
 
S
V
 
I
G
 
S
A
 
A
A
 
I
R
 
E
A
 
-
K
 
-
G
 
-
F
 
-
D
 
-
P
 
-
N
 
-
G
 
-
T
 
-
R
 
-
A
 
-
L
 
-
Q
 
-
I
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
D
G
 
G
S
 
L
A
 
T
I
 
V
A
 
V
L
 
V
A
 
I
L
 
G
I
 
A
D
 
G
A
 
G
G
 
A
V
 
G
R
 
K
E
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
Y
H
 
G
D
 
A
S
 
K
D
 
E
A
 
K
G
 
G
R
 
A
R
 
K
D
 
V
A
 
V
L
 
I
I
 
A
A
 
N
R
 
R
L
 
T
N
 
Y
E
 
E
R
 
R
G
 
E
R
 
L
G
 
A
R
 
E
A
 
A
L
 
-
I
 
I
G
 
G
A
 
A
M
 
L
D
 
S
A
 
L
T
 
T
G
 
D
F
 
L
D
 
D
-
 
N
-
 
Y
-
 
E
-
 
D
-
 
G
-
 
M
L
 
V
V
 
L
A
 
A
N
 
N
A
 
T
T
 
T
P
 
S
A
 
M
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
P
 
P
G
 
N
-
 
V
D
 
E
P
 
E
L
 
T
P
 
P
V
 
I
D
 
S
M
 
K
A
 
D
T
 
A
V
 
L
S
 
K
P
 
H
S
 
Y
A
 
A
Y
 
L
C
 
V
G
 
F
C
 
D
V
 
A
I
 
V
T
x
Y
R
 
T
P
 
P
E
 
R
V
 
I
S
 
T
P
 
R
F
 
L
I
 
L
A
 
R
A
 
E
A
 
A
R
 
E
E
 
E
R
 
S
G
 
G
C
 
A
L
 
I
T
 
T
A
 
V
T
 
S
G
 
G
T
 
S
D
 
E
M
 
M
Y
 
F

Sites not aligning to the query:

3sefA 2.4 angstrom resolution crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (aroe) from vibrio cholerae o1 biovar eltor str. N16961 in complex with shikimate and NADPH
25% identity, 87% coverage: 12:244/268 of query aligns to 4:230/268 of 3sefA

query
sites
3sefA
H
 
Y
I
 
A
I
 
V
I
 
F
G
 
G
D
 
N
P
 
P
I
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
S
R
 
K
A
 
S
P
 
P
A
 
F
G
 
-
V
 
I
S
 
H
R
 
T
A
 
L
F
 
F
A
 
A
E
 
R
R
 
Q
G
 
T
S
 
Q
D
 
Q
A
 
S
I
 
M
L
 
I
V
 
Y
P
 
T
V
 
A
Q
 
Q
V
 
C
A
 
V
P
 
P
V
 
-
D
 
-
L
 
-
A
 
D
G
 
G
F
 
F
L
 
T
A
 
E
T
 
A
A
 
A
T
 
K
R
 
H
V
 
F
-
 
F
-
 
A
K
 
Q
N
 
G
L
 
G
D
 
R
G
 
G
I
 
C
V
 
N
A
 
V
T
 
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
 
K
F
 
E
A
 
E
C
 
A
Y
 
Y
R
 
R
A
 
F
C
 
A
A
 
D
T
 
R
A
 
L
T
 
T
E
 
E
R
 
R
A
 
A
H
 
R
F
 
L
I
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
L
 
T
M
 
L
R
 
K
R
 
K
S
 
L
P
 
D
N
 
D
G
 
G
G
 
E
W
 
I
H
 
L
G
 
G
D
 
D
M
 
N
V
 
T
D
 
D
G
 
G
L
 
E
G
 
G
F
 
L
V
 
V
G
 
Q
A
 
D
A
 
L
R
 
L
A
 
A
K
 
Q
G
 
Q
F
 
V
D
 
L
P
 
L
N
 
K
G
 
G
T
 
A
R
 
T
A
 
I
L
 
L
Q
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
 
G
A
|
A
G
 
A
S
 
R
A
 
G
I
 
V
A
 
L
L
 
K
A
 
P
L
 
L
I
 
L
D
 
D
A
 
Q
G
 
Q
V
 
P
R
 
A
E
 
S
L
 
I
A
 
T
I
 
V
H
 
T
D
x
N
S
x
R
D
x
T
A
 
F
G
 
A
R
 
K
R
 
A
D
 
E
A
 
Q
L
 
L
I
 
A
A
 
E
R
 
L
L
 
V
N
 
A
E
 
A
R
 
Y
G
 
G
R
 
E
G
 
V
R
 
K
A
 
A
L
 
Q
I
 
A
G
 
F
A
 
E
M
 
Q
D
 
L
A
 
K
T
 
Q
G
 
S
F
 
Y
D
 
D
L
 
V
V
 
I
A
 
I
N
 
N
A
x
S
T
|
T
P
x
S
A
|
A
G
 
S
M
 
L
Q
 
-
P
 
D
G
 
G
D
 
E
P
 
L
L
 
P
P
 
A
V
 
I
D
 
D
M
 
P
A
 
V
T
 
I
V
 
F
S
 
S
P
 
S
S
 
R
A
 
S
Y
 
V
C
 
C
G
 
Y
C
 
D
V
 
M
I
x
M
T
 
Y
R
 
G
P
 
K
E
 
G
V
 
Y
S
 
T
P
 
V
F
 
F
I
 
N
A
 
Q
A
 
W
A
 
A
R
 
R
E
 
Q
R
 
H
G
 
G
C
 
C
L
 
A
T
 
Q
A
 
A

3sefC 2.4 angstrom resolution crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (aroe) from vibrio cholerae o1 biovar eltor str. N16961 in complex with shikimate and NADPH
27% identity, 70% coverage: 12:199/268 of query aligns to 4:189/244 of 3sefC

query
sites
3sefC
H
 
Y
I
 
A
I
 
V
I
 
F
G
 
G
D
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
N
Q
 
H
V
x
S
R
 
K
A
x
S
P
 
P
A
 
F
G
 
-
V
 
I
S
 
H
R
 
T
A
 
L
F
 
F
A
 
A
E
 
R
R
 
Q
G
 
T
S
 
Q
D
 
Q
A
 
S
I
 
M
L
 
I
V
 
Y
P
 
T
V
 
A
Q
 
Q
V
 
C
A
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
D
L
 
-
A
 
-
G
 
G
F
 
F
L
 
T
A
 
E
T
 
A
A
 
A
T
 
K
R
 
H
V
 
F
-
 
F
-
 
A
K
 
Q
N
 
G
L
 
G
D
 
R
G
 
G
I
 
C
V
 
N
A
 
V
T
 
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
F
 
E
A
 
E
C
 
A
Y
 
Y
R
 
R
A
 
F
C
 
A
A
 
D
T
 
R
A
 
L
T
 
T
E
 
E
R
 
R
A
 
A
H
 
R
F
 
L
I
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
L
 
T
M
 
L
R
 
K
R
 
K
S
 
D
P
 
-
N
 
D
G
 
G
G
 
E
W
 
I
H
 
L
G
 
G
D
 
D
M
 
N
V
 
T
D
|
D
G
 
G
L
 
E
G
 
G
F
 
L
V
 
V
G
 
Q
A
 
D
A
 
L
R
 
L
A
 
A
K
 
Q
G
 
Q
F
 
V
D
 
L
P
 
L
N
 
K
G
 
G
T
 
A
R
 
T
A
 
I
L
 
L
Q
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
A
S
 
R
A
 
G
I
 
V
A
 
L
L
 
K
A
 
P
L
 
L
I
 
L
D
 
D
A
 
Q
G
 
Q
V
 
P
R
 
A
E
 
S
L
 
I
A
 
T
I
 
V
H
 
T
D
 
N
S
 
R
D
 
T
A
 
F
G
 
A
R
 
K
R
 
A
D
 
E
A
 
Q
L
 
L
I
 
A
A
 
E
R
 
L
L
 
V
N
 
A
E
 
A
R
 
Y
G
 
G
R
 
E
G
 
V
R
 
K
A
 
A
L
 
Q
I
 
A
G
 
F
A
 
E
M
 
Q
D
 
L
A
 
K
T
 
Q
G
 
S
F
 
Y
D
 
D
L
 
V
V
 
I
A
 
I
N
 
N
A
 
S
T
 
T
P
 
S
A
 
A

Sites not aligning to the query:

2o7sA Crystal structure of the a. Thaliana dhq-dehydroshikimate-sdh- shikimate-NADP(h)
28% identity, 90% coverage: 9:250/268 of query aligns to 234:463/500 of 2o7sA

query
sites
2o7sA
T
 
T
R
 
K
L
 
V
H
 
Y
I
 
G
I
|
I
I
 
I
G
 
G
D
 
K
P
 
P
I
 
V
A
 
S
Q
 
H
V
x
S
R
 
K
A
x
S
P
 
P
A
 
I
G
 
V
V
 
H
S
 
N
R
 
Q
A
 
A
F
 
F
A
 
K
E
 
S
R
 
V
G
 
D
S
 
F
D
 
N
A
 
G
I
 
V
L
 
Y
V
 
V
P
 
H
V
 
L
Q
 
L
V
 
V
A
 
D
P
 
-
V
 
-
D
 
N
L
 
L
A
 
V
G
 
S
F
 
F
L
 
L
A
 
Q
T
 
-
A
 
A
T
 
Y
R
 
S
V
 
S
K
 
S
N
 
D
L
 
F
D
 
A
G
 
G
I
 
F
V
 
S
A
 
C
T
|
T
I
|
I
P
|
P
H
 
H
K
|
K
F
 
E
A
 
A
C
 
A
Y
 
L
R
 
Q
A
 
C
C
 
C
A
 
D
T
 
E
A
 
V
T
 
D
E
 
P
R
 
L
A
 
A
H
 
K
F
 
S
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
-
 
T
L
 
I
M
 
L
R
 
R
R
 
R
S
 
K
P
 
S
N
 
D
G
 
G
G
 
K
W
 
L
H
 
L
G
 
G
D
 
Y
M
 
N
V
 
T
D
|
D
G
 
C
L
 
I
G
 
G
F
 
S
V
 
I
G
 
S
A
 
A
A
 
I
R
 
E
A
 
-
K
 
-
G
 
-
F
 
-
D
 
-
P
 
-
N
 
D
G
 
G
T
 
L
R
 
T
A
 
V
L
 
V
Q
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
G
S
 
K
A
 
A
I
 
L
A
 
A
L
 
Y
A
 
G
L
 
A
I
 
K
D
 
E
A
 
K
G
 
G
V
 
A
R
 
V
E
 
V
L
 
I
A
 
A
I
 
-
H
 
-
D
 
-
S
 
-
D
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
R
 
-
D
 
-
A
 
-
L
 
-
I
 
-
A
x
N
R
|
R
L
x
T
N
 
Y
E
 
E
R
|
R
G
 
A
-
 
L
-
 
E
R
 
L
G
 
A
R
 
E
A
 
A
L
 
I
I
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
L
D
 
S
A
 
L
T
 
T
G
 
D
F
 
L
D
 
D
-
 
N
-
 
Y
-
 
E
-
 
D
-
 
G
-
 
M
L
 
V
V
 
L
A
 
A
N
 
N
A
 
T
T
|
T
P
x
S
A
x
M
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
P
 
P
G
 
N
-
 
V
D
 
E
P
 
E
L
 
T
P
 
P
V
 
I
D
 
S
M
 
K
A
 
D
T
 
A
V
 
L
S
 
K
P
 
H
S
 
Y
A
 
A
Y
 
L
C
 
V
G
 
F
C
 
D
V
x
A
I
 
V
T
x
Y
R
 
T
P
 
P
E
 
R
V
 
I
S
 
T
P
 
R
F
 
L
I
 
L
A
 
R
A
 
E
A
 
A
R
 
E
E
 
E
R
 
S
G
 
G
C
 
A
L
 
I
T
 
T
A
 
V
T
 
S
G
 
G
T
 
S
D
 
E
M
|
M
Y
x
F

Sites not aligning to the query:

7colA Crystal structure of 5-ketofructose reductase complexed with NADPH (see paper)
30% identity, 94% coverage: 18:268/268 of query aligns to 14:267/280 of 7colA

query
sites
7colA
P
 
P
I
 
C
A
 
A
Q
 
D
V
 
N
R
 
P
A
 
T
P
 
V
A
 
A
G
 
M
V
 
V
S
 
E
R
 
A
A
 
G
F
 
Y
A
 
H
E
 
H
R
 
A
G
 
G
S
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
R
L
 
Y
V
 
I
P
 
N
V
 
C
Q
 
D
V
 
V
A
 
K
P
 
A
V
 
S
D
 
G
L
 
L
A
 
A
G
 
D
F
 
A
L
 
V
A
 
K
T
 
G
A
 
A
T
 
K
R
 
A
V
 
M
K
 
E
N
 
W
L
 
V
D
 
-
G
 
G
I
 
F
V
 
N
A
 
C
T
 
S
I
 
L
P
 
P
H
 
H
K
 
K
F
 
V
A
 
A
C
 
V
Y
 
L
R
 
D
A
 
H
C
 
L
A
 
D
T
 
D
A
 
I
T
 
A
E
 
E
R
 
S
A
 
A
H
 
R
F
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
L
 
C
M
 
V
R
 
A
R
 
I
S
 
R
P
 
-
N
 
E
G
 
G
G
 
K
W
 
L
H
 
I
G
 
G
D
 
H
M
 
N
V
 
T
D
 
D
G
 
G
L
 
K
G
 
G
F
 
F
V
 
L
G
 
A
A
 
S
A
 
L
R
 
K
A
 
T
K
 
V
G
 
-
F
 
T
D
 
S
P
 
P
N
 
A
G
 
G
T
 
K
R
 
R
A
 
V
L
 
V
Q
 
I
I
 
L
G
|
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
A
S
 
R
A
 
A
I
 
I
A
 
A
L
 
V
A
 
E
L
 
L
I
 
A
D
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
A
R
 
A
E
 
H
L
 
I
A
 
T
I
 
I
H
 
V
D
x
N
S
x
R
D
 
D
A
 
A
G
 
S
R
x
K
R
 
A
D
 
E
A
 
T
L
 
I
I
 
A
A
 
A
R
 
L
L
 
I
N
 
N
E
 
D
R
 
K
-
 
T
-
 
E
-
 
A
-
 
T
G
 
G
R
 
E
G
 
A
R
 
Q
A
 
A
L
 
W
I
 
S
G
 
G
A
 
K
M
 
F
D
 
S
A
 
L
-
 
P
T
 
T
G
 
G
F
 
T
D
 
D
L
 
I
V
 
L
A
 
I
N
 
N
A
 
A
T
|
T
P
x
S
A
x
I
G
 
G
M
 
L
Q
 
-
P
 
-
G
 
G
D
 
D
P
 
P
L
 
N
-
 
A
-
 
A
-
 
P
P
 
P
V
 
V
D
 
E
M
 
M
A
 
G
T
 
S
V
 
L
S
 
T
P
 
K
S
 
E
A
 
T
Y
 
V
C
 
V
G
 
A
C
 
D
V
|
V
I
 
I
T
 
P
R
 
N
P
 
P
E
 
P
V
 
Q
S
 
T
P
 
R
F
 
F
I
 
L
A
 
K
A
 
D
A
 
A
R
 
K
E
 
A
R
 
L
G
 
G
C
 
C
L
 
T
T
 
T
A
 
L
T
 
D
G
 
G
T
 
L
D
 
G
M
 
M
Y
 
L
R
 
V
A
 
N
L
x
Q
E
 
G
R
 
V
V
 
I
M
 
G
V
 
V
D
 
E
F
 
I
L
 
W
L
 
L
S
 
G
R
 
R
Q
 
T
P
 
L
P
 
D
S
 
S

P43876 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (see paper)
25% identity, 94% coverage: 11:261/268 of query aligns to 3:261/272 of P43876

query
sites
P43876
L
 
L
H
 
Y
I
 
A
I
 
V
I
 
W
G
 
G
D
 
N
P
 
P
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
V
 
S
R
 
K
A
 
S
P
 
P
A
 
L
G
 
-
V
 
I
S
 
Q
R
 
N
A
 
K
F
 
L
A
 
A
E
 
A
R
 
Q
G
 
T
S
 
H
D
 
Q
A
 
T
I
 
M
L
 
E
V
 
Y
P
 
I
V
 
A
Q
 
K
V
 
L
A
 
G
P
 
D
V
 
L
D
 
D
L
 
A
A
 
F
G
 
E
F
 
Q
L
 
Q
A
 
L
T
 
L
A
 
A
T
 
F
R
 
F
V
 
E
K
 
E
N
 
G
L
 
A
D
 
K
G
 
G
I
 
C
V
 
N
A
 
I
T
 
T
I
 
S
P
 
P
H
 
F
K
 
K
F
 
E
A
 
R
C
 
A
Y
 
Y
R
 
Q
A
 
L
C
 
A
A
 
D
T
 
E
A
 
Y
T
 
S
E
 
Q
R
 
R
A
 
A
H
 
K
F
 
L
I
 
A
G
 
E
A
 
A
V
 
C
N
 
N
L
 
T
M
 
L
R
 
K
R
 
K
S
 
L
P
 
D
N
 
D
G
 
G
G
 
K
W
 
L
H
 
Y
G
 
A
D
 
D
M
 
N
V
 
T
D
 
D
G
 
G
L
 
I
G
 
G
F
 
L
V
 
V
-
 
T
G
 
D
A
 
L
A
 
Q
R
 
R
A
 
L
K
 
N
G
 
W
F
 
L
D
 
R
P
 
P
N
 
N
G
 
-
T
 
Q
R
 
H
A
 
V
L
 
L
Q
 
I
I
 
L
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
G
 
T
S
 
K
A
 
G
I
 
V
A
 
L
L
 
L
A
 
P
L
 
L
I
 
L
D
 
Q
A
 
A
G
 
Q
V
 
-
R
 
Q
E
 
N
L
 
I
A
 
V
I
 
L
H
 
A
D
x
N
S
x
R
D
x
T
A
x
F
G
x
S
R
x
K
R
 
T
D
 
K
A
 
E
L
 
L
I
 
A
A
 
E
R
 
R
L
 
F
N
 
Q
E
 
P
R
 
Y
G
 
G
R
 
N
G
 
I
R
 
Q
A
 
A
L
 
V
I
 
-
G
 
-
A
 
S
M
 
M
D
 
D
A
 
S
-
 
I
-
 
P
-
 
L
T
 
Q
G
 
T
F
 
Y
D
 
D
L
 
L
V
 
V
A
 
I
N
 
N
A
 
A
T
 
T
P
x
S
A
 
A
G
 
G
M
 
L
Q
 
S
P
 
G
G
 
G
D
 
T
P
 
A
L
 
-
P
 
S
V
 
V
D
 
D
M
 
A
A
 
E
T
 
I
V
 
L
S
 
K
P
 
L
-
 
G
S
 
S
A
 
A
Y
 
F
C
 
Y
G
 
D
C
 
M
V
 
Q
I
 
Y
T
 
A
R
 
K
P
 
G
E
 
T
V
 
D
S
 
T
P
 
P
F
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
L
A
 
C
R
 
K
E
 
S
R
 
L
G
 
G
C
 
L
-
 
T
-
 
N
-
 
V
-
 
S
-
 
D
-
 
G
-
 
F
-
 
G
-
 
M
L
 
L
T
 
V
A
 
A
T
 
Q
G
 
A
T
 
A
D
 
H
M
 
S
Y
 
F
R
 
H
A
 
L
L
 
W
E
 
R
R
 
G
V
 
V
M
 
M
V
 
P
D
 
D
F
 
F
L
 
V

Q9X5C9 Quinate/shikimate dehydrogenase (NAD(+)); QSDH; EC 1.1.1.-; EC 1.1.1.24 from Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / BCRC 11384 / CCUG 27702 / LMG 3730 / NBRC 12168 / NCIMB 10025 / NRRL B-2784 / 534) (see paper)
34% identity, 69% coverage: 64:249/268 of query aligns to 63:254/283 of Q9X5C9

query
sites
Q9X5C9
L
 
F
D
 
N
G
 
G
I
 
L
V
 
N
A
 
I
T
|
T
I
 
H
P
 
P
H
 
Y
K
|
K
F
 
Q
A
 
A
C
 
V
Y
 
L
R
 
P
A
 
L
C
 
L
A
 
D
T
 
E
A
 
V
T
 
S
E
 
E
R
 
Q
A
 
A
H
 
T
F
 
Q
I
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
L
 
T
M
 
V
R
 
V
R
 
I
S
 
D
P
 
A
N
 
T
G
 
G
G
 
H
W
 
T
H
 
T
G
 
G
D
 
H
M
 
N
V
 
T
D
|
D
G
 
V
L
 
S
G
 
G
F
 
F
V
 
-
G
 
G
A
 
R
A
 
G
R
 
M
A
 
E
K
 
E
G
 
G
F
 
L
D
 
-
P
 
P
N
 
N
G
 
A
T
 
K
-
 
L
-
 
D
R
 
S
A
 
V
L
 
V
Q
 
Q
I
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
|
G
A
x
V
G
 
G
S
 
N
A
 
A
I
 
V
A
 
A
L
 
Y
A
 
A
L
 
L
I
 
V
D
 
T
A
 
H
G
 
G
V
 
V
R
 
Q
E
 
K
L
 
L
A
 
Q
I
 
V
H
 
A
D
|
D
S
 
L
D
 
D
A
 
T
G
 
S
R
|
R
R
 
A
D
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
A
A
 
D
R
 
V
L
 
I
N
 
N
E
 
-
R
 
N
G
 
A
R
 
V
G
 
G
R
 
R
A
 
E
L
 
A
I
 
V
G
 
V
A
 
G
M
 
V
D
 
D
A
 
A
T
 
R
G
 
G
F
 
I
-
 
E
-
 
D
-
 
V
-
 
I
-
 
A
-
 
A
-
 
A
D
 
D
L
 
G
V
 
V
A
 
V
N
 
N
A
 
A
T
 
T
P
|
P
A
x
M
G
|
G
M
|
M
Q
 
-
P
 
P
G
 
A
D
 
H
P
 
P
-
 
G
L
 
T
P
x
A
V
 
F
D
 
D
M
 
V
A
 
S
T
 
C
V
 
L
S
 
T
P
 
K
S
 
D
A
 
H
Y
 
W
C
 
V
G
 
G
C
 
D
V
|
V
I
 
V
T
 
Y
R
 
M
P
 
P
E
 
I
V
 
E
S
 
T
P
 
E
F
 
L
I
 
L
A
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
R
E
 
A
R
 
L
G
 
G
C
 
C
L
 
E
T
 
T
A
 
L
T
 
D
G
|
G
T
 
T
D
 
R
M
 
M

Sites not aligning to the query:

3jyqA Quinate dehydrogenase from corynebacterium glutamicum in complex with shikimate and nadh (see paper)
34% identity, 69% coverage: 64:249/268 of query aligns to 62:253/282 of 3jyqA

query
sites
3jyqA
L
 
F
D
 
N
G
 
G
I
 
L
V
x
N
A
 
I
T
|
T
I
 
H
P
 
P
H
 
Y
K
 
K
F
 
Q
A
 
A
C
 
V
Y
 
L
R
 
P
A
 
L
C
 
L
A
 
D
T
 
E
A
 
V
T
 
S
E
 
E
R
 
Q
A
 
A
H
 
T
F
 
Q
I
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
L
 
T
M
 
V
R
 
V
R
 
I
S
 
D
P
 
A
N
 
T
G
 
G
G
 
H
W
 
T
H
 
T
G
 
G
D
 
H
M
 
N
V
 
T
D
|
D
G
 
V
L
 
S
G
 
G
F
 
F
V
 
-
G
 
G
A
 
R
A
 
G
R
 
M
A
 
E
K
 
E
G
 
G
F
 
L
D
 
-
P
 
P
N
 
N
G
 
A
T
 
K
-
 
L
-
 
D
R
 
S
A
 
V
L
 
V
Q
 
Q
I
x
V
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
x
V
G
 
G
S
 
N
A
 
A
I
 
V
A
 
A
L
 
Y
A
 
A
L
 
L
I
 
V
D
 
T
A
 
H
G
 
G
V
 
V
R
 
Q
E
 
K
L
 
L
A
 
Q
I
 
V
H
 
A
D
|
D
S
x
L
D
 
D
A
 
T
G
 
S
R
|
R
R
 
A
D
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
A
A
 
D
R
 
V
L
 
I
N
 
N
E
 
-
R
 
N
G
 
A
R
 
V
G
 
G
R
 
R
A
 
E
L
 
A
I
 
V
G
 
V
A
 
G
M
 
V
D
 
D
A
 
A
T
 
R
G
 
G
F
 
I
-
 
E
-
 
D
-
 
V
-
 
I
-
 
A
-
 
A
-
 
A
D
 
D
L
 
G
V
 
V
A
 
V
N
 
N
A
 
A
T
|
T
P
|
P
A
 
M
G
 
G
M
|
M
Q
 
-
P
 
P
G
 
A
D
 
H
P
 
P
-
 
G
L
 
T
P
 
A
V
 
F
D
 
D
M
 
V
A
 
S
T
 
C
V
 
L
S
 
T
P
 
K
S
 
D
A
 
H
Y
 
W
C
 
V
G
 
G
C
 
D
V
|
V
I
 
V
T
 
Y
R
 
M
P
 
P
E
 
I
V
 
E
S
 
T
P
 
E
F
 
L
I
 
L
A
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
R
E
 
A
R
 
L
G
 
G
C
 
C
L
 
E
T
 
T
A
 
L
T
 
D
G
 
G
T
 
T
D
 
R
M
 
M

Sites not aligning to the query:

3jypA Quinate dehydrogenase from corynebacterium glutamicum in complex with quinate and nadh (see paper)
34% identity, 69% coverage: 64:249/268 of query aligns to 62:253/282 of 3jypA

query
sites
3jypA
L
 
F
D
 
N
G
 
G
I
 
L
V
x
N
A
 
I
T
|
T
I
 
H
P
 
P
H
 
Y
K
|
K
F
 
Q
A
 
A
C
 
V
Y
 
L
R
 
P
A
 
L
C
 
L
A
 
D
T
 
E
A
 
V
T
 
S
E
 
E
R
 
Q
A
 
A
H
 
T
F
 
Q
I
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
L
 
T
M
 
V
R
 
V
R
 
I
S
 
D
P
 
A
N
 
T
G
 
G
G
 
H
W
 
T
H
 
T
G
 
G
D
 
H
M
 
N
V
 
T
D
|
D
G
 
V
L
 
S
G
 
G
F
 
F
V
 
-
G
 
G
A
 
R
A
 
G
R
 
M
A
 
E
K
 
E
G
 
G
F
 
L
D
 
-
P
 
P
N
 
N
G
 
A
T
 
K
-
 
L
-
 
D
R
 
S
A
 
V
L
 
V
Q
 
Q
I
x
V
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
 
G
A
x
V
G
 
G
S
 
N
A
 
A
I
 
V
A
 
A
L
 
Y
A
 
A
L
 
L
I
 
V
D
 
T
A
 
H
G
 
G
V
 
V
R
 
Q
E
 
K
L
 
L
A
 
Q
I
 
V
H
 
A
D
|
D
S
x
L
D
 
D
A
 
T
G
 
S
R
|
R
R
 
A
D
 
Q
A
 
A
L
 
L
I
 
A
A
 
D
R
 
V
L
 
I
N
 
N
E
 
-
R
 
N
G
 
A
R
 
V
G
 
G
R
 
R
A
 
E
L
 
A
I
 
V
G
 
V
A
 
G
M
 
V
D
 
D
A
 
A
T
 
R
G
 
G
F
 
I
-
 
E
-
 
D
-
 
V
-
 
I
-
 
A
-
 
A
-
 
A
D
 
D
L
 
G
V
 
V
A
 
V
N
 
N
A
 
A
T
|
T
P
|
P
A
 
M
G
 
G
M
|
M
Q
 
-
P
 
P
G
 
A
D
 
H
P
 
P
-
 
G
L
 
T
P
x
A
V
 
F
D
 
D
M
 
V
A
 
S
T
 
C
V
 
L
S
 
T
P
 
K
S
 
D
A
 
H
Y
 
W
C
 
V
G
 
G
C
 
D
V
|
V
I
 
V
T
x
Y
R
 
M
P
 
P
E
 
I
V
 
E
S
 
T
P
 
E
F
 
L
I
 
L
A
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
R
E
 
A
R
 
L
G
 
G
C
 
C
L
 
E
T
 
T
A
 
L
T
 
D
G
 
G
T
 
T
D
 
R
M
 
M

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_012046899.1 NCBI__GCF_000015165.1:WP_012046899.1
MIPVPTGATRLHIIIGDPIAQVRAPAGVSRAFAERGSDAILVPVQVAPVDLAGFLATATR
VKNLDGIVATIPHKFACYRACATATERAHFIGAVNLMRRSPNGGWHGDMVDGLGFVGAAR
AKGFDPNGTRALQIGAGGAGSAIALALIDAGVRELAIHDSDAGRRDALIARLNERGRGRA
LIGAMDATGFDLVANATPAGMQPGDPLPVDMATVSPSAYCGCVITRPEVSPFIAAARERG
CLTATGTDMYRALERVMVDFLLSRQPPS

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory