SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012047099.1 NCBI__GCF_000015165.1:WP_012047099.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

3tdtA Complex of tetrahydrodipicolinate n-succinyltransferase with 2-amino- 6-oxopimelate and coenzyme a (see paper)
59% identity, 99% coverage: 3:280/281 of query aligns to 1:271/274 of 3tdtA

query
sites
3tdtA
L
 
M
S
 
Q
A
 
Q
L
 
L
E
 
Q
S
 
N
T
 
V
I
 
I
N
 
E
S
 
S
A
 
A
F
 
F
D
 
E
A
 
R
R
 
R
D
 
A
G
 
D
V
 
I
S
 
T
T
 
P
T
 
A
T
 
N
K
 
V
G
 
D
E
 
T
I
 
V
-
 
T
R
 
R
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
N
S
 
Q
A
 
V
L
 
I
E
 
G
L
 
L
L
 
L
D
 
D
K
 
S
G
 
G
E
 
A
A
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
A
E
 
E
R
 
K
G
 
-
T
 
I
D
 
D
G
 
G
T
 
Q
W
 
W
S
 
V
V
 
T
N
 
H
Q
 
Q
W
 
W
L
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
S
F
 
F
R
 
R
L
 
I
N
 
N
D
 
D
M
 
N
S
 
K
V
 
V
I
 
M
P
 
D
G
 
G
G
 
A
P
 
-
G
 
-
Q
 
E
A
 
T
S
 
R
W
 
Y
W
 
Y
D
 
D
K
 
K
V
 
V
P
 
P
S
 
M
K
 
K
F
 
F
E
 
A
G
 
D
W
 
Y
G
 
D
E
 
E
N
 
A
R
 
R
F
 
F
R
 
Q
E
 
K
A
 
E
G
 
G
F
 
F
R
|
R
A
 
V
V
 
V
P
 
P
G
 
P
A
 
A
I
 
T
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
S
 
G
A
 
A
F
 
F
I
 
I
A
 
A
K
 
R
N
 
N
V
 
T
V
 
V
L
 
L
M
|
M
P
 
P
S
 
S
F
 
Y
V
 
V
N
 
N
L
 
I
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
V
 
V
D
 
D
E
 
E
A
 
G
T
 
T
M
|
M
V
 
V
D
|
D
T
 
T
W
 
W
S
 
A
T
 
T
V
 
V
G
 
G
S
 
S
C
 
C
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
K
 
K
R
 
N
V
 
V
H
 
H
I
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
|
G
V
 
V
L
 
L
E
 
E
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
G
 
N
P
 
P
V
 
T
I
 
I
I
 
I
E
 
E
D
 
D
D
 
N
C
 
C
F
 
F
I
 
I
G
|
G
A
|
A
R
 
R
S
 
S
E
|
E
V
 
V
A
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
V
V
 
I
V
 
V
R
 
E
K
 
E
G
 
G
A
 
S
V
 
V
L
 
I
A
x
S
M
|
M
G
 
G
V
 
V
F
 
Y
L
 
L
G
 
G
A
 
Q
S
 
S
T
 
T
K
 
R
V
 
I
I
 
Y
D
 
D
R
|
R
E
 
E
T
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
I
F
 
H
V
 
Y
G
 
G
E
 
R
V
 
V
P
 
P
E
 
A
Y
 
G
A
 
S
V
 
V
V
 
V
V
|
V
P
 
S
G
 
G
A
 
N
L
 
L
P
 
P
G
 
S
K
 
-
P
 
-
M
 
-
K
 
K
N
 
D
G
 
G
Q
 
S
I
 
Y
G
 
-
P
 
-
S
 
S
T
 
L
A
 
Y
C
 
C
A
 
A
V
 
V
I
 
I
V
 
V
K
|
K
R
 
K
V
 
V
D
 
D
E
 
A
R
x
K
T
|
T
R
 
R
S
 
G
K
|
K
T
 
V
S
 
G
I
 
I
N
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
R

2tdtA Complex of tetrahydrodipicolinate n-succinyltransferase with 2- aminopimelate and coenzyme a (see paper)
59% identity, 99% coverage: 3:280/281 of query aligns to 1:271/274 of 2tdtA

query
sites
2tdtA
L
 
M
S
 
Q
A
 
Q
L
 
L
E
 
Q
S
 
N
T
 
V
I
 
I
N
 
E
S
 
S
A
 
A
F
 
F
D
 
E
A
 
R
R
 
R
D
 
A
G
 
D
V
 
I
S
 
T
T
 
P
T
 
A
T
 
N
K
 
V
G
 
D
E
 
T
I
 
V
-
 
T
R
 
R
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
N
S
 
Q
A
 
V
L
 
I
E
 
G
L
 
L
L
 
L
D
 
D
K
 
S
G
 
G
E
 
A
A
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
A
E
 
E
R
 
K
G
 
-
T
 
I
D
 
D
G
 
G
T
 
Q
W
 
W
S
 
V
V
 
T
N
 
H
Q
 
Q
W
 
W
L
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
S
F
 
F
R
 
R
L
 
I
N
 
N
D
 
D
M
 
N
S
 
K
V
 
V
I
 
M
P
 
D
G
 
G
G
 
A
P
 
-
G
 
-
Q
 
E
A
 
T
S
 
R
W
 
Y
W
 
Y
D
 
D
K
 
K
V
 
V
P
 
P
S
 
M
K
 
K
F
 
F
E
 
A
G
 
D
W
 
Y
G
 
D
E
 
E
N
 
A
R
 
R
F
 
F
R
 
Q
E
 
K
A
 
E
G
 
G
F
 
F
R
|
R
A
 
V
V
 
V
P
 
P
G
 
P
A
 
A
I
 
T
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
S
 
G
A
 
A
F
 
F
I
 
I
A
 
A
K
 
R
N
 
N
V
 
T
V
 
V
L
 
L
M
|
M
P
 
P
S
 
S
F
 
Y
V
 
V
N
 
N
L
 
I
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
V
 
V
D
 
D
E
 
E
A
 
G
T
 
T
M
|
M
V
 
V
D
|
D
T
 
T
W
 
W
S
 
A
T
 
T
V
 
V
G
 
G
S
 
S
C
 
C
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
K
 
K
R
 
N
V
 
V
H
 
H
I
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
|
G
V
 
V
L
 
L
E
 
E
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
G
 
N
P
 
P
V
 
T
I
 
I
I
 
I
E
 
E
D
 
D
D
 
N
C
 
C
F
|
F
I
 
I
G
|
G
A
 
A
R
 
R
S
 
S
E
|
E
V
 
V
A
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
V
V
 
I
V
 
V
R
 
E
K
 
E
G
 
G
A
 
S
V
 
V
L
 
I
A
x
S
M
|
M
G
 
G
V
 
V
F
 
Y
L
 
L
G
 
G
A
 
Q
S
 
S
T
 
T
K
 
R
V
 
I
I
 
Y
D
 
D
R
|
R
E
 
E
T
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
I
F
 
H
V
 
Y
G
 
G
E
 
R
V
 
V
P
 
P
E
 
A
Y
 
G
A
 
S
V
 
V
V
 
V
V
 
V
P
 
S
G
 
G
A
 
N
L
 
L
P
 
P
G
 
S
K
 
-
P
 
-
M
 
-
K
 
K
N
 
D
G
 
G
Q
 
S
I
 
Y
G
 
-
P
 
-
S
 
S
T
 
L
A
 
Y
C
 
C
A
 
A
V
 
V
I
 
I
V
 
V
K
|
K
R
 
K
V
 
V
D
 
D
E
 
A
R
x
K
T
|
T
R
 
R
S
 
G
K
|
K
T
 
V
S
 
G
I
 
I
N
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
R

1kgtA Crystal structure of tetrahydrodipicolinate n-succinyltransferase in complex with pimelate and succinyl-coa (see paper)
59% identity, 99% coverage: 3:280/281 of query aligns to 1:271/274 of 1kgtA

query
sites
1kgtA
L
 
M
S
 
Q
A
 
Q
L
 
L
E
 
Q
S
 
N
T
 
V
I
 
I
N
 
E
S
 
S
A
 
A
F
 
F
D
 
E
A
 
R
R
 
R
D
 
A
G
 
D
V
 
I
S
 
T
T
 
P
T
 
A
T
 
N
K
 
V
G
 
D
E
 
T
I
 
V
-
 
T
R
 
R
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
N
S
 
Q
A
 
V
L
 
I
E
 
G
L
 
L
L
 
L
D
 
D
K
 
S
G
 
G
E
 
A
A
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
A
E
 
E
R
 
K
G
 
-
T
 
I
D
 
D
G
 
G
T
 
Q
W
 
W
S
 
V
V
 
T
N
 
H
Q
 
Q
W
 
W
L
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
S
F
 
F
R
 
R
L
 
I
N
 
N
D
 
D
M
 
N
S
 
K
V
 
V
I
 
M
P
 
D
G
 
G
G
 
A
P
 
-
G
 
-
Q
 
E
A
 
T
S
 
R
W
 
Y
W
 
Y
D
 
D
K
 
K
V
 
V
P
 
P
S
 
M
K
 
K
F
 
F
E
 
A
G
 
D
W
 
Y
G
 
D
E
 
E
N
 
A
R
 
R
F
 
F
R
 
Q
E
 
K
A
 
E
G
 
G
F
 
F
R
|
R
A
 
V
V
 
V
P
 
P
G
 
P
A
 
A
I
 
T
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
S
 
G
A
 
A
F
 
F
I
 
I
A
 
A
K
 
R
N
 
N
V
 
T
V
 
V
L
 
L
M
|
M
P
 
P
S
 
S
F
 
Y
V
 
V
N
 
N
L
 
I
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
V
 
V
D
 
D
E
 
E
A
 
G
T
 
T
M
|
M
V
 
V
D
|
D
T
 
T
W
 
W
S
 
A
T
 
T
V
 
V
G
 
G
S
 
S
C
 
C
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
K
 
K
R
 
N
V
 
V
H
 
H
I
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
|
G
V
 
V
L
 
L
E
 
E
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
G
 
N
P
 
P
V
 
T
I
 
I
I
 
I
E
 
E
D
 
D
D
 
N
C
 
C
F
 
F
I
 
I
G
 
G
A
|
A
R
 
R
S
 
S
E
|
E
V
 
V
A
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
V
V
 
I
V
 
V
R
 
E
K
 
E
G
 
G
A
 
S
V
 
V
L
 
I
A
x
S
M
 
M
G
 
G
V
 
V
F
 
Y
L
 
L
G
 
G
A
 
Q
S
 
S
T
 
T
K
 
R
V
 
I
I
 
Y
D
 
D
R
|
R
E
 
E
T
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
I
F
 
H
V
 
Y
G
 
G
E
 
R
V
 
V
P
 
P
E
 
A
Y
 
G
A
 
S
V
 
V
V
 
V
V
 
V
P
 
S
G
 
G
A
 
N
L
 
L
P
 
P
G
 
S
K
 
-
P
 
-
M
 
-
K
 
K
N
 
D
G
 
G
Q
 
S
I
 
Y
G
 
-
P
 
-
S
 
S
T
 
L
A
 
Y
C
 
C
A
 
A
V
 
V
I
 
I
V
 
V
K
 
K
R
 
K
V
 
V
D
 
D
E
 
A
R
x
K
T
|
T
R
 
R
S
 
G
K
|
K
T
 
V
S
 
G
I
 
I
N
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
R

1kgqA Crystal structure of tetrahydrodipicolinate n-succinyltransferase in complex with l-2-aminopimelate and succinamide-coa (see paper)
59% identity, 99% coverage: 3:280/281 of query aligns to 1:271/274 of 1kgqA

query
sites
1kgqA
L
 
M
S
 
Q
A
 
Q
L
 
L
E
 
Q
S
 
N
T
 
V
I
 
I
N
 
E
S
 
S
A
 
A
F
 
F
D
 
E
A
 
R
R
 
R
D
 
A
G
 
D
V
 
I
S
 
T
T
 
P
T
 
A
T
 
N
K
 
V
G
 
D
E
 
T
I
 
V
-
 
T
R
 
R
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
N
S
 
Q
A
 
V
L
 
I
E
 
G
L
 
L
L
 
L
D
 
D
K
 
S
G
 
G
E
 
A
A
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
A
E
 
E
R
 
K
G
 
-
T
 
I
D
 
D
G
 
G
T
 
Q
W
 
W
S
 
V
V
 
T
N
 
H
Q
 
Q
W
 
W
L
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
S
F
 
F
R
 
R
L
 
I
N
 
N
D
 
D
M
 
N
S
 
K
V
 
V
I
 
M
P
 
D
G
 
G
G
 
A
P
 
-
G
 
-
Q
 
E
A
 
T
S
 
R
W
 
Y
W
 
Y
D
 
D
K
 
K
V
 
V
P
 
P
S
 
M
K
 
K
F
 
F
E
 
A
G
 
D
W
 
Y
G
 
D
E
 
E
N
 
A
R
 
R
F
 
F
R
 
Q
E
 
K
A
 
E
G
 
G
F
 
F
R
|
R
A
 
V
V
 
V
P
 
P
G
 
P
A
 
A
I
 
T
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
S
 
G
A
 
A
F
 
F
I
 
I
A
 
A
K
 
R
N
 
N
V
 
T
V
 
V
L
 
L
M
|
M
P
 
P
S
 
S
F
 
Y
V
 
V
N
 
N
L
 
I
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
V
 
V
D
 
D
E
 
E
A
 
G
T
 
T
M
|
M
V
 
V
D
|
D
T
 
T
W
 
W
S
 
A
T
 
T
V
 
V
G
 
G
S
 
S
C
 
C
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
K
 
K
R
 
N
V
 
V
H
 
H
I
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
|
G
V
 
V
L
 
L
E
 
E
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
G
 
N
P
 
P
V
 
T
I
 
I
I
 
I
E
 
E
D
 
D
D
 
N
C
 
C
F
|
F
I
 
I
G
|
G
A
 
A
R
 
R
S
 
S
E
|
E
V
 
V
A
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
V
V
 
I
V
 
V
R
 
E
K
 
E
G
 
G
A
 
S
V
 
V
L
 
I
A
x
S
M
|
M
G
 
G
V
 
V
F
 
Y
L
 
L
G
 
G
A
 
Q
S
 
S
T
 
T
K
 
R
V
 
I
I
 
Y
D
 
D
R
|
R
E
 
E
T
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
I
F
 
H
V
 
Y
G
 
G
E
 
R
V
 
V
P
 
P
E
 
A
Y
 
G
A
 
S
V
 
V
V
 
V
V
|
V
P
 
S
G
 
G
A
 
N
L
 
L
P
 
P
G
 
S
K
 
-
P
 
-
M
 
-
K
 
K
N
 
D
G
 
G
Q
 
S
I
 
Y
G
 
-
P
 
-
S
 
S
T
 
L
A
 
Y
C
 
C
A
 
A
V
 
V
I
 
I
V
 
V
K
|
K
R
 
K
V
 
V
D
 
D
E
 
A
R
x
K
T
|
T
R
 
R
S
 
G
K
|
K
T
 
V
S
 
G
I
 
I
N
 
N
E
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
R

3r8yA Structure of the bacillus anthracis tetrahydropicolinate succinyltransferase
43% identity, 32% coverage: 108:198/281 of query aligns to 77:168/203 of 3r8yA

query
sites
3r8yA
R
 
R
A
 
I
V
 
E
P
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
I
V
 
I
R
 
R
R
 
D
S
 
H
A
 
V
F
 
E
I
 
I
A
 
G
K
 
D
N
 
N
-
 
A
V
 
V
V
 
I
L
 
M
M
 
M
P
 
N
S
 
A
F
 
T
V
 
I
N
 
N
L
 
I
G
 
G
A
 
A
Y
 
V
V
 
I
D
 
G
E
 
E
A
 
G
T
 
S
M
 
M
V
 
I
D
|
D
T
 
M
W
 
N
S
 
A
T
 
V
V
 
L
G
|
G
S
x
G
C
 
R
A
 
A
Q
 
T
I
 
V
G
 
G
K
 
K
R
 
N
V
 
C
H
 
H
I
 
V
S
 
G
G
 
A
G
 
G
V
 
A
G
 
V
I
 
L
G
 
A
G
|
G
V
 
V
L
 
I
E
 
E
P
 
P
L
 
P
Q
 
S
A
 
A
G
 
K
P
 
P
V
 
V
I
 
I
I
 
V
E
 
E
D
 
D
D
 
D
C
 
V
F
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
N
S
 
V
E
x
V
V
 
V
A
 
L
E
 
E
G
 
G
V
 
V

Query Sequence

>WP_012047099.1 NCBI__GCF_000015165.1:WP_012047099.1
MSLSALESTINSAFDARDGVSTTTKGEIRDAVESALELLDKGEARVAERGTDGTWSVNQW
LKKAVLLSFRLNDMSVIPGGPGQASWWDKVPSKFEGWGENRFREAGFRAVPGAIVRRSAF
IAKNVVLMPSFVNLGAYVDEATMVDTWSTVGSCAQIGKRVHISGGVGIGGVLEPLQAGPV
IIEDDCFIGARSEVAEGVVVRKGAVLAMGVFLGASTKVIDRETGETFVGEVPEYAVVVPG
ALPGKPMKNGQIGPSTACAVIVKRVDERTRSKTSINELLRD

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory