SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012049033.1 NCBI__GCF_000016765.1:WP_012049033.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2hk9B Crystal structure of shikimate dehydrogenase from aquifex aeolicus in complex with shikimate and NADP+ at 2.2 angstrom resolution (see paper)
35% identity, 94% coverage: 14:286/289 of query aligns to 11:267/267 of 2hk9B

query
sites
2hk9B
V
 
V
I
 
I
G
 
G
D
 
F
P
 
P
I
 
V
G
 
K
H
 
H
S
|
S
K
 
L
S
|
S
P
 
P
T
 
V
I
 
F
H
 
Q
K
 
N
F
 
A
W
 
L
L
 
I
D
 
R
R
 
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
L
P
 
N
A
 
A
D
 
V
Y
 
Y
R
 
L
A
 
A
A
 
F
H
 
E
V
 
I
K
 
N
P
 
P
E
 
E
D
 
E
L
 
L
W
 
K
I
 
K
Y
 
A
F
 
F
E
 
E
E
 
G
R
 
F
R
 
K
R
 
A
D
 
L
P
 
K
A
 
V
W
 
-
R
 
K
G
 
G
C
 
I
N
|
N
V
 
V
T
|
T
I
x
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
Q
 
E
A
 
E
V
 
I
M
 
I
K
 
P
L
 
L
V
 
L
D
 
D
R
 
Y
I
 
V
D
 
E
P
 
D
A
 
T
A
 
A
E
 
K
R
 
E
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
M
 
K
P
 
F
E
 
E
D
 
N
G
 
G
K
 
K
L
 
A
V
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
Y
 
W
A
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
E
 
K
P
 
S
I
 
L
R
 
K
P
 
S
L
 
L
L
 
I
A
 
P
Q
 
E
Q
 
V
H
 
K
L
 
E
F
 
-
R
 
K
M
 
S
A
 
I
R
 
L
V
 
V
F
 
L
G
|
G
T
 
A
G
 
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
K
 
R
A
 
A
V
 
V
V
 
I
L
 
Y
A
 
A
L
 
L
H
 
V
D
 
K
H
 
E
G
 
G
F
 
A
T
 
K
I
 
V
V
 
F
V
 
L
A
 
W
A
x
N
R
|
R
D
x
T
L
 
K
D
 
E
K
|
K
A
 
A
R
 
I
A
 
K
L
 
L
R
 
A
E
 
Q
A
 
K
F
 
F
E
 
-
P
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
P
 
P
I
 
L
E
 
E
I
 
V
F
 
V
A
 
N
D
 
S
P
 
P
T
 
E
D
 
E
F
 
V
P
 
I
F
 
-
D
 
-
D
 
D
R
 
K
E
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
V
D
 
Q
L
 
V
V
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
T
T
|
T
S
|
S
L
x
V
G
 
G
M
 
L
N
 
K
G
 
D
Q
 
E
P
 
D
P
 
P
L
 
E
A
 
I
L
 
F
D
 
N
F
 
Y
S
 
D
H
 
L
V
 
I
P
 
K
P
 
K
D
 
D
A
 
H
V
 
V
I
 
V
Y
 
V
D
 
D
I
|
I
V
 
I
Y
|
Y
A
 
K
P
 
-
L
 
-
E
 
E
T
 
T
P
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
K
A
 
A
K
 
K
R
 
E
H
 
K
G
 
G
L
 
A
R
 
K
T
 
L
I
 
L
D
 
D
G
 
G
L
 
L
H
 
P
M
|
M
L
|
L
I
 
L
G
 
W
Q
|
Q
A
 
G
A
 
I
A
 
E
A
 
A
F
 
F
E
 
K
R
 
I
F
 
W
Y
 
N
G
 
G
R
 
C
P
 
E
A
 
V
P
 
P
R
 
Y
D
 
S
-
 
V
A
 
A
D
 
E
D
 
R
A
 
S
L
 
V
R
 
R
A
 
D
L
 
L

2hk9A Crystal structure of shikimate dehydrogenase from aquifex aeolicus in complex with shikimate and NADP+ at 2.2 angstrom resolution (see paper)
35% identity, 94% coverage: 14:286/289 of query aligns to 11:267/269 of 2hk9A

query
sites
2hk9A
V
 
V
I
 
I
G
 
G
D
 
F
P
 
P
I
 
V
G
 
K
H
 
H
S
|
S
K
 
L
S
|
S
P
 
P
T
 
V
I
 
F
H
 
Q
K
 
N
F
 
A
W
 
L
L
 
I
D
 
R
R
 
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
L
P
 
N
A
 
A
D
 
V
Y
 
Y
R
 
L
A
 
A
A
 
F
H
 
E
V
 
I
K
 
N
P
 
P
E
 
E
D
 
E
L
 
L
W
 
K
I
 
K
Y
 
A
F
 
F
E
 
E
E
 
G
R
 
F
R
 
K
R
 
A
D
 
L
P
 
K
A
 
V
W
 
-
R
 
K
G
 
G
C
 
I
N
|
N
V
 
V
T
 
T
I
x
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
Q
 
E
A
 
E
V
 
I
M
 
I
K
 
P
L
 
L
V
 
L
D
 
D
R
 
Y
I
 
V
D
 
E
P
 
D
A
 
T
A
 
A
E
 
K
R
 
E
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
M
 
K
P
 
F
E
 
E
D
 
N
G
 
G
K
 
K
L
 
A
V
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
Y
 
W
A
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
E
 
K
P
 
S
I
 
L
R
 
K
P
 
S
L
 
L
L
 
I
A
 
P
Q
 
E
Q
 
V
H
 
K
L
 
E
F
 
-
R
 
K
M
 
S
A
 
I
R
 
L
V
 
V
F
 
L
G
 
G
T
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
K
 
R
A
 
A
V
 
V
V
 
I
L
 
Y
A
 
A
L
 
L
H
 
V
D
 
K
H
 
E
G
 
G
F
 
A
T
 
K
I
 
V
V
 
F
V
 
L
A
 
W
A
x
N
R
|
R
D
x
T
L
 
K
D
 
E
K
 
K
A
 
A
R
 
I
A
 
K
L
 
L
R
 
A
E
 
Q
A
 
K
F
 
F
E
 
-
P
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
P
 
P
I
 
L
E
 
E
I
 
V
F
 
V
A
 
N
D
 
S
P
 
P
T
 
E
D
 
E
F
 
V
P
 
I
F
 
-
D
 
-
D
 
D
R
 
K
E
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
V
D
 
Q
L
 
V
V
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
T
T
|
T
S
|
S
L
x
V
G
 
G
M
 
L
N
 
K
G
 
D
Q
 
E
P
 
D
P
 
P
L
 
E
A
 
I
L
 
F
D
 
N
F
 
Y
S
 
D
H
 
L
V
 
I
P
 
K
P
 
K
D
 
D
A
 
H
V
 
V
I
 
V
Y
 
V
D
 
D
I
 
I
V
 
I
Y
|
Y
A
 
K
P
 
-
L
 
-
E
 
E
T
 
T
P
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
K
A
 
A
K
 
K
R
 
E
H
 
K
G
 
G
L
 
A
R
 
K
T
 
L
I
 
L
D
 
D
G
 
G
L
 
L
H
 
P
M
 
M
L
|
L
I
 
L
G
 
W
Q
|
Q
A
 
G
A
 
I
A
 
E
A
 
A
F
 
F
E
 
K
R
 
I
F
 
W
Y
 
N
G
 
G
R
 
C
P
 
E
A
 
V
P
 
P
R
 
Y
D
 
S
-
 
V
A
 
A
D
 
E
D
 
R
A
 
S
L
 
V
R
 
R
A
 
D
L
 
L

O67049 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SD; SDH; EC 1.1.1.25 from Aquifex aeolicus (strain VF5) (see paper)
35% identity, 94% coverage: 14:286/289 of query aligns to 11:267/269 of O67049

query
sites
O67049
V
 
V
I
 
I
G
 
G
D
 
F
P
 
P
I
 
V
G
 
K
H
 
H
S
|
S
K
x
L
S
|
S
P
 
P
T
 
V
I
 
F
H
 
Q
K
 
N
F
 
A
W
 
L
L
 
I
D
 
R
R
 
Y
A
 
A
G
 
G
I
 
L
P
 
N
A
 
A
D
 
V
Y
 
Y
R
 
L
A
 
A
A
 
F
H
 
E
V
 
I
K
 
N
P
 
P
E
 
E
D
 
E
L
 
L
W
 
K
I
 
K
Y
 
A
F
 
F
E
 
E
E
 
G
R
 
F
R
 
K
R
 
A
D
 
L
P
 
K
A
 
V
W
 
-
R
 
K
G
 
G
C
 
I
N
 
N
V
 
V
T
 
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
 
K
Q
 
E
A
 
E
V
 
I
M
 
I
K
 
P
L
 
L
V
 
L
D
 
D
R
 
Y
I
 
V
D
 
E
P
x
D
A
 
T
A
 
A
E
 
K
R
 
E
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
M
 
K
P
 
F
E
 
E
D
 
N
G
 
G
K
 
K
L
 
A
V
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
Y
 
W
A
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
L
E
 
K
P
 
S
I
 
L
R
 
K
P
 
S
L
 
L
L
 
I
A
 
P
Q
 
E
Q
 
V
H
 
K
L
 
E
F
 
-
R
 
K
M
 
S
A
 
I
R
 
L
V
 
V
F
 
L
G
|
G
T
x
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
K
 
R
A
 
A
V
 
V
V
 
I
L
 
Y
A
 
A
L
 
L
H
 
V
D
 
K
H
 
E
G
 
G
F
 
A
T
 
K
I
 
V
V
 
F
V
 
L
A
 
W
A
 
N
R
 
R
D
 
T
L
 
K
D
 
E
K
 
K
A
 
A
R
 
I
A
 
K
L
 
L
R
 
A
E
 
Q
A
 
K
F
 
F
E
 
-
P
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
P
 
P
I
 
L
E
 
E
I
 
V
F
 
V
A
 
N
D
 
S
P
 
P
T
 
E
D
 
E
F
 
V
P
 
I
F
 
-
D
 
-
D
 
D
R
 
K
E
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
V
D
 
Q
L
 
V
V
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
T
T
 
T
S
 
S
L
 
V
G
 
G
M
 
L
N
 
K
G
 
D
Q
 
K
P
 
D
P
 
P
L
 
E
A
 
I
L
 
F
D
 
N
F
 
Y
S
 
D
H
 
L
V
 
I
P
 
K
P
 
K
D
 
D
A
 
H
V
 
V
I
 
V
Y
 
V
D
 
D
I
|
I
V
 
I
Y
|
Y
A
 
K
P
 
-
L
 
-
E
 
E
T
 
T
P
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
K
A
 
A
K
 
K
R
 
E
H
 
K
G
 
G
L
 
A
R
 
K
T
 
L
I
 
F
D
 
D
G
|
G
L
 
L
H
 
P
M
 
M
L
 
L
I
 
L
G
 
W
Q
|
Q
A
 
G
A
 
I
A
 
E
A
 
A
F
 
F
E
 
K
R
 
I
F
 
W
Y
 
N
G
 
G
R
 
C
P
 
E
A
 
V
P
 
P
R
 
Y
D
 
S
-
 
V
A
 
A
D
 
E
D
 
R
A
 
S
L
 
V
R
 
R
A
 
D
L
 
L

Q9KVT3 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961)
35% identity, 95% coverage: 14:287/289 of query aligns to 10:274/278 of Q9KVT3

query
sites
Q9KVT3
V
 
V
I
 
F
G
 
G
D
 
N
P
 
P
I
 
I
G
 
N
H
 
H
S
|
S
K
|
K
S
|
S
P
 
P
T
 
F
I
 
I
H
 
H
K
 
T
F
 
L
W
 
F
L
 
A
D
 
R
R
 
Q
A
 
T
G
 
Q
I
 
Q
P
 
S
A
 
M
D
 
I
Y
 
Y
R
 
T
A
 
A
A
 
Q
H
 
C
V
 
V
K
 
-
P
 
P
E
 
V
D
 
D
L
 
G
W
 
F
I
 
T
Y
 
E
F
 
A
E
 
A
E
 
K
R
 
H
R
 
F
R
 
F
D
 
A
P
 
Q
A
 
G
W
 
G
R
 
R
G
 
G
C
 
C
N
 
N
V
 
V
T
 
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
 
K
Q
 
E
A
 
E
V
 
A
M
 
Y
K
 
R
L
 
F
V
 
A
D
 
D
R
 
R
I
 
L
D
 
T
P
 
E
A
 
R
A
 
A
E
 
R
R
 
L
I
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
L
M
 
K
P
 
K
-
 
L
E
 
D
D
 
D
G
 
G
K
 
E
L
 
I
V
 
L
G
 
G
Y
 
D
N
 
N
T
 
T
D
|
D
Y
 
G
A
 
E
G
 
G
F
 
L
L
 
-
E
 
-
P
 
-
I
 
V
R
 
Q
P
 
D
L
 
L
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
H
 
V
L
 
L
F
 
L
R
 
K
M
 
G
A
 
A
R
 
T
V
 
I
F
 
L
-
 
L
-
 
I
G
 
G
T
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
G
V
 
V
V
 
L
L
 
K
A
 
P
L
 
L
H
 
L
D
 
D
H
 
Q
G
 
Q
-
 
P
F
 
A
T
 
S
I
 
I
V
 
T
V
 
V
A
 
T
A
x
N
R
|
R
D
x
T
L
x
F
D
x
A
K
|
K
A
 
A
R
 
E
A
 
Q
L
 
L
R
 
A
E
 
E
A
 
-
F
 
-
E
 
-
P
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
L
I
 
V
A
 
A
P
 
A
I
 
-
E
 
-
I
 
-
F
 
Y
A
 
G
D
 
E
P
 
V
T
 
K
D
 
A
F
 
Q
P
 
A
F
 
F
D
 
E
D
 
Q
R
 
L
E
 
K
G
 
Q
I
 
S
L
 
Y
D
 
D
L
 
V
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
S
T
 
T
S
 
S
L
 
A
G
 
S
M
 
L
N
 
D
G
 
G
Q
 
E
P
 
L
P
 
P
L
 
-
A
 
A
L
 
I
D
 
D
F
 
P
S
 
V
H
 
I
V
 
F
P
 
S
P
 
S
D
 
R
A
 
S
V
 
V
I
 
C
Y
 
Y
D
 
D
I
 
M
V
 
M
Y
 
Y
A
 
G
P
 
K
L
 
G
E
 
Y
T
 
T
P
 
V
L
 
F
L
 
N
A
 
Q
E
 
W
A
 
A
K
 
R
R
 
Q
H
 
H
G
 
G
L
 
C
-
 
A
R
 
Q
T
 
A
I
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
L
H
 
G
M
 
M
L
 
L
I
 
V
G
 
G
Q
|
Q
A
 
A
A
 
A
A
 
E
A
 
S
F
 
F
E
 
M
R
 
L
F
 
W
Y
 
R
G
 
G
-
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
G
P
 
T
R
 
K
D
 
Q
A
 
I
D
 
L
D
 
R
A
 
E
L
 
L
R
 
R
A
 
K
L
 
N
L
 
L

3pgjA 2.49 angstrom resolution crystal structure of shikimate 5- dehydrogenase (aroe) from vibrio cholerae o1 biovar eltor str. N16961 in complex with shikimate
35% identity, 95% coverage: 14:287/289 of query aligns to 6:270/272 of 3pgjA

query
sites
3pgjA
V
 
V
I
 
F
G
 
G
D
 
N
P
 
P
I
 
I
G
 
N
H
 
H
S
|
S
K
 
K
S
|
S
P
 
P
T
 
F
I
 
I
H
 
H
K
 
T
F
 
L
W
 
F
L
 
A
D
 
R
R
 
Q
A
 
T
G
 
Q
I
 
Q
P
 
S
A
 
M
D
 
I
Y
 
Y
R
 
T
A
 
A
A
 
Q
H
 
C
V
 
V
K
 
-
P
 
P
E
 
V
D
 
D
L
 
G
W
 
F
I
 
T
Y
 
E
F
 
A
E
 
A
E
 
K
R
 
H
R
 
F
R
 
F
D
 
A
P
 
Q
A
 
G
W
 
G
R
 
R
G
 
G
C
 
C
N
|
N
V
 
V
T
|
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
Q
 
E
A
 
E
V
 
A
M
 
Y
K
 
R
L
 
F
V
 
A
D
 
D
R
 
R
I
 
L
D
 
T
P
 
E
A
 
R
A
 
A
E
 
R
R
 
L
I
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
L
M
 
K
P
 
K
-
 
L
E
 
D
D
 
D
G
 
G
K
 
E
L
 
I
V
 
L
G
 
G
Y
 
D
N
 
N
T
 
T
D
|
D
Y
 
G
A
 
E
G
 
G
F
 
L
L
 
-
E
 
-
P
 
-
I
 
V
R
 
Q
P
 
D
L
 
L
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
H
 
V
L
 
L
F
 
L
R
 
K
M
 
G
A
 
A
R
 
T
V
 
I
F
 
L
-
 
L
-
 
I
G
 
G
T
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
G
V
 
V
V
 
L
L
 
K
A
 
P
L
 
L
H
 
L
D
 
D
H
 
Q
G
 
Q
-
 
P
F
 
A
T
 
S
I
 
I
V
 
T
V
 
V
A
 
T
A
 
N
R
 
R
D
 
T
L
 
F
D
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
E
A
 
Q
L
 
L
R
 
A
E
 
E
A
 
-
F
 
-
E
 
-
P
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
L
I
 
V
A
 
A
P
 
A
I
 
-
E
 
-
I
 
-
F
 
Y
A
 
G
D
 
E
P
 
V
T
 
K
D
 
A
F
 
Q
P
 
A
F
 
F
D
 
E
D
 
Q
R
 
L
E
 
K
G
 
Q
I
 
S
L
 
Y
D
 
D
L
 
V
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
S
T
 
T
S
 
S
L
 
A
G
 
S
M
 
L
N
 
D
G
 
G
Q
 
E
P
 
L
P
 
P
L
 
-
A
 
A
L
 
I
D
 
D
F
 
P
S
 
V
H
 
I
V
 
F
P
 
S
P
 
S
D
 
R
A
 
S
V
 
V
I
 
C
Y
 
Y
D
 
D
I
 
M
V
 
M
Y
 
Y
A
 
G
P
 
K
L
 
G
E
 
Y
T
 
T
P
 
V
L
 
F
L
 
N
A
 
Q
E
 
W
A
 
A
K
 
R
R
 
Q
H
 
H
G
 
G
L
 
C
-
 
A
R
 
Q
T
 
A
I
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
L
H
 
G
M
 
M
L
 
L
I
 
V
G
 
G
Q
|
Q
A
 
A
A
 
A
A
 
E
A
 
S
F
 
F
E
 
M
R
 
L
F
 
W
Y
 
R
G
 
G
-
 
L
R
 
R
P
 
P
A
 
G
P
 
T
R
 
K
D
 
Q
A
 
I
D
 
L
D
 
R
A
 
E
L
 
L
R
 
R
A
 
K
L
 
N
L
 
L

Q58484 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (Methanococcus jannaschii) (see paper)
38% identity, 90% coverage: 14:272/289 of query aligns to 11:264/282 of Q58484

query
sites
Q58484
V
 
L
I
 
I
G
 
G
D
 
H
P
 
P
I
 
V
G
 
E
H
 
H
S
 
S
K
 
F
S
 
S
P
 
P
T
 
I
I
 
M
H
 
H
K
 
N
F
 
A
W
 
A
L
 
F
D
 
K
R
 
D
A
 
K
G
 
G
I
 
L
P
 
N
A
 
Y
D
 
V
Y
 
Y
R
 
V
A
 
A
A
 
F
H
 
D
V
 
V
K
 
L
P
 
P
E
 
E
D
 
N
L
 
L
W
 
K
I
 
-
Y
 
Y
F
 
V
E
 
I
E
 
D
R
 
G
R
 
A
R
 
K
D
 
A
P
 
L
A
 
G
W
 
I
R
 
V
G
 
G
C
 
F
N
 
N
V
 
V
T
 
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
 
K
Q
 
I
A
 
E
V
 
I
M
 
M
K
 
K
L
 
Y
V
 
L
D
 
D
R
 
E
I
 
I
D
 
D
P
 
K
A
 
D
A
 
A
E
 
Q
R
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
V
 
I
M
 
K
P
 
I
E
 
E
D
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
 
D
Y
 
G
A
 
I
G
 
G
F
 
A
L
 
R
E
 
M
P
 
A
I
 
L
R
 
E
P
 
E
L
 
E
L
 
I
A
 
G
Q
 
R
Q
 
V
H
 
K
L
 
D
F
 
K
R
 
N
M
 
I
A
 
V
R
 
-
V
 
I
F
 
Y
G
|
G
T
x
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
A
K
 
R
A
 
A
V
 
V
V
 
A
L
 
F
A
 
E
L
 
L
H
 
A
D
 
K
H
 
D
G
 
N
F
 
-
T
 
N
I
 
I
V
 
I
V
 
I
A
 
A
A
x
N
R
|
R
D
x
T
L
x
V
D
x
E
K
|
K
A
 
A
R
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
-
E
 
-
A
 
A
F
 
K
E
 
E
P
 
I
D
 
A
E
 
E
R
 
K
L
 
L
I
 
N
A
 
K
P
 
K
I
 
-
E
 
-
I
 
-
F
 
F
A
 
G
D
 
E
P
 
E
T
 
V
D
 
K
F
 
F
P
 
S
-
 
G
F
 
L
D
 
D
-
 
V
D
 
D
R
 
L
E
 
D
G
 
G
I
 
V
L
 
-
D
 
D
L
 
I
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
A
T
|
T
S
 
P
L
 
I
G
 
G
M
|
M
-
 
Y
-
 
P
N
 
N
G
 
I
Q
 
D
P
 
V
P
 
E
L
 
P
A
 
I
L
 
V
D
 
K
F
 
A
S
 
E
H
 
K
V
 
L
P
 
R
P
 
E
D
 
D
A
 
M
V
 
V
I
 
V
Y
 
M
D
 
D
I
x
L
V
 
I
Y
 
Y
A
 
N
P
 
P
L
 
L
E
 
E
T
 
T
P
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
K
R
 
K
H
 
V
G
 
N
L
 
A
R
 
K
T
 
T
I
 
I
D
 
N
G
 
G
L
 
L
H
 
G
M
 
M
L
 
L
I
 
I
G
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
A
 
A
A
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
K
R
 
I
F
 
W
Y
 
T
G
 
G

1nvtB Crystal structure of shikimate dehydrogenase (aroe or mj1084) in complex with NADP+ (see paper)
38% identity, 90% coverage: 14:272/289 of query aligns to 16:269/287 of 1nvtB

query
sites
1nvtB
V
 
L
I
 
I
G
 
G
D
 
H
P
 
P
I
 
V
G
x
E
H
|
H
S
 
S
K
 
F
S
 
S
P
 
P
T
 
I
I
 
M
H
 
H
K
 
N
F
 
A
W
 
A
L
 
F
D
 
K
R
 
D
A
 
K
G
 
G
I
 
L
P
 
N
A
 
Y
D
 
V
Y
 
Y
R
 
V
A
 
A
A
 
F
H
 
D
V
 
V
K
 
L
P
 
P
E
 
E
D
 
N
L
 
L
W
 
K
I
 
-
Y
 
Y
F
 
V
E
 
I
E
 
D
R
 
G
R
 
A
R
 
K
D
 
A
P
 
L
A
 
G
W
 
I
R
 
V
G
 
G
C
 
F
N
 
N
V
 
V
T
 
T
I
|
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
Q
 
I
A
 
E
V
 
I
M
 
M
K
 
K
L
 
Y
V
 
L
D
 
D
R
 
E
I
 
I
D
 
D
P
 
K
A
 
D
A
 
A
E
 
Q
R
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
V
 
I
M
 
K
P
 
I
E
 
E
D
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
Y
 
G
A
 
I
G
 
G
F
 
A
L
 
R
E
 
M
P
 
A
I
 
L
R
 
E
P
 
E
L
 
E
L
 
I
A
 
G
Q
 
R
Q
 
V
H
 
K
L
 
D
F
 
K
R
 
N
M
 
I
A
 
V
R
 
-
V
 
I
F
 
Y
G
|
G
T
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
A
K
 
R
A
 
A
V
 
V
V
 
A
L
 
F
A
 
E
L
 
L
H
 
A
D
 
K
H
 
D
G
 
N
F
 
-
T
 
N
I
 
I
V
 
I
V
 
I
A
 
A
A
x
N
R
|
R
D
x
T
L
 
V
D
 
E
K
|
K
A
 
A
R
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
-
E
 
-
A
 
A
F
 
K
E
 
E
P
 
I
D
 
A
E
 
E
R
 
K
L
 
L
I
 
N
A
 
K
P
 
K
I
 
-
E
 
-
I
 
-
F
 
F
A
 
G
D
 
E
P
 
E
T
 
V
D
 
K
F
 
F
P
 
S
-
 
G
F
 
L
D
 
D
-
 
V
D
 
D
R
 
L
E
 
D
G
 
G
I
 
V
L
 
-
D
 
D
L
 
I
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
x
A
T
|
T
S
x
P
L
x
I
G
 
G
M
|
M
-
 
Y
-
 
P
N
 
N
G
 
I
Q
 
D
P
 
V
P
 
E
L
 
P
A
 
I
L
 
V
D
 
K
F
 
A
S
 
E
H
 
K
V
 
L
P
 
R
P
 
E
D
 
D
A
 
M
V
 
V
I
 
V
Y
 
M
D
 
D
I
x
L
V
 
I
Y
|
Y
A
 
N
P
 
P
L
 
L
E
 
E
T
 
T
P
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
K
R
 
K
H
 
V
G
 
N
L
 
A
R
 
K
T
 
T
I
 
I
D
 
N
G
 
G
L
 
L
H
 
G
M
|
M
L
|
L
I
 
I
G
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
A
 
A
A
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
K
R
 
I
F
 
W
Y
 
T
G
 
G

1nvtA Crystal structure of shikimate dehydrogenase (aroe or mj1084) in complex with NADP+ (see paper)
38% identity, 90% coverage: 14:272/289 of query aligns to 16:269/287 of 1nvtA

query
sites
1nvtA
V
 
L
I
 
I
G
 
G
D
 
H
P
 
P
I
 
V
G
 
E
H
 
H
S
 
S
K
 
F
S
 
S
P
 
P
T
 
I
I
 
M
H
 
H
K
 
N
F
 
A
W
 
A
L
 
F
D
 
K
R
 
D
A
 
K
G
 
G
I
 
L
P
 
N
A
 
Y
D
 
V
Y
 
Y
R
 
V
A
 
A
A
 
F
H
 
D
V
 
V
K
 
L
P
 
P
E
 
E
D
 
N
L
 
L
W
 
K
I
 
-
Y
 
Y
F
 
V
E
 
I
E
 
D
R
 
G
R
 
A
R
 
K
D
 
A
P
 
L
A
 
G
W
 
I
R
 
V
G
 
G
C
 
F
N
 
N
V
 
V
T
 
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
Q
 
I
A
 
E
V
 
I
M
 
M
K
 
K
L
 
Y
V
 
L
D
 
D
R
 
E
I
 
I
D
 
D
P
 
K
A
 
D
A
 
A
E
 
Q
R
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
V
 
I
M
 
K
P
 
I
E
 
E
D
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
Y
 
G
A
 
I
G
 
G
F
 
A
L
 
R
E
 
M
P
 
A
I
 
L
R
 
E
P
 
E
L
 
E
L
 
I
A
 
G
Q
 
R
Q
 
V
H
 
K
L
 
D
F
 
K
R
 
N
M
 
I
A
 
V
R
 
-
V
 
I
F
 
Y
G
|
G
T
 
A
G
 
G
G
 
G
A
|
A
A
 
A
K
 
R
A
 
A
V
 
V
V
 
A
L
 
F
A
 
E
L
 
L
H
 
A
D
 
K
H
 
D
G
 
N
F
 
-
T
 
N
I
 
I
V
 
I
V
 
I
A
 
A
A
x
N
R
|
R
D
x
T
L
 
V
D
 
E
K
|
K
A
 
A
R
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
-
E
 
-
A
 
A
F
 
K
E
 
E
P
 
I
D
 
A
E
 
E
R
 
K
L
 
L
I
 
N
A
 
K
P
 
K
I
 
-
E
 
-
I
 
-
F
 
F
A
 
G
D
 
E
P
 
E
T
 
V
D
 
K
F
 
F
P
 
S
-
 
G
F
 
L
D
 
D
-
 
V
D
 
D
R
 
L
E
 
D
G
 
G
I
 
V
L
 
-
D
 
D
L
 
I
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
x
A
T
|
T
S
x
P
L
x
I
G
 
G
M
|
M
-
 
Y
-
 
P
N
 
N
G
 
I
Q
 
D
P
 
V
P
 
E
L
 
P
A
 
I
L
 
V
D
 
K
F
 
A
S
 
E
H
 
K
V
 
L
P
 
R
P
 
E
D
 
D
A
 
M
V
 
V
I
 
V
Y
 
M
D
 
D
I
x
L
V
 
I
Y
|
Y
A
 
N
P
 
P
L
 
L
E
 
E
T
 
T
P
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
K
R
 
K
H
 
V
G
 
N
L
 
A
R
 
K
T
 
T
I
 
I
D
 
N
G
|
G
L
 
L
H
 
G
M
|
M
L
|
L
I
 
I
G
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
A
 
A
A
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
K
R
 
I
F
 
W
Y
 
T
G
 
G

2cy0A Crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (aroe) from thermus thermophilus hb8 in complex with NADP (see paper)
37% identity, 94% coverage: 14:284/289 of query aligns to 6:258/262 of 2cy0A

query
sites
2cy0A
V
 
V
I
 
L
G
 
G
D
 
H
P
 
P
I
 
V
G
 
A
H
 
H
S
 
S
K
 
L
S
 
S
P
 
P
T
 
A
I
 
M
H
 
H
K
 
A
F
 
F
W
 
A
L
 
L
D
 
E
R
 
S
A
 
L
G
 
G
I
 
L
P
 
E
A
 
G
D
 
S
Y
 
Y
R
 
E
A
 
A
A
 
W
H
 
D
V
 
T
K
 
P
P
 
L
E
 
E
D
 
A
L
 
L
W
 
P
I
 
G
Y
 
R
F
 
L
E
 
K
E
 
E
R
 
V
R
 
R
R
 
R
D
 
-
P
 
-
A
 
A
W
 
F
R
 
R
G
 
G
C
 
V
N
 
N
V
 
L
T
 
T
I
 
L
P
 
P
H
 
L
K
|
K
Q
 
E
A
 
A
V
 
A
M
 
L
K
 
A
L
 
H
V
 
L
D
 
D
R
 
W
I
 
V
D
 
S
P
 
P
A
 
E
A
 
A
E
 
Q
R
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
V
 
V
M
 
L
P
 
Q
E
 
V
D
 
E
G
 
G
K
 
R
L
 
L
V
 
F
G
 
G
Y
 
F
N
 
N
T
 
T
D
|
D
Y
 
A
A
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
L
E
 
E
P
 
A
I
 
L
R
 
K
P
 
A
L
 
-
L
 
-
A
 
G
Q
 
G
Q
 
I
H
 
P
L
 
L
F
 
K
R
 
G
M
 
P
A
 
A
R
 
L
V
 
V
F
 
L
G
|
G
T
 
A
G
 
G
G
|
G
A
|
A
A
 
G
K
 
R
A
 
A
V
 
V
V
 
A
L
 
F
A
 
A
L
 
L
H
 
R
D
 
E
H
 
A
G
 
G
F
 
L
T
 
E
I
 
V
V
 
W
V
 
V
A
 
W
A
x
N
R
|
R
D
x
T
L
 
P
D
 
Q
K
x
R
A
 
A
R
 
L
A
 
A
L
 
L
R
 
A
E
 
E
A
 
E
F
 
F
E
 
-
P
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
P
 
-
I
 
-
E
 
G
I
 
L
F
 
R
A
 
A
D
 
V
P
 
P
T
 
L
D
 
E
F
 
K
P
 
A
F
 
R
D
 
E
D
 
A
R
 
R
E
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
D
 
-
L
 
L
V
 
L
V
 
V
N
 
N
T
 
A
T
|
T
S
x
R
L
x
V
G
 
G
M
 
L
N
 
E
G
 
D
Q
 
P
P
 
S
P
 
A
L
 
S
A
 
P
L
 
L
D
 
P
F
 
A
S
 
E
H
 
L
V
 
F
P
 
P
P
 
E
D
 
E
A
 
G
V
 
A
I
 
A
Y
 
V
D
 
D
I
x
L
V
 
V
Y
 
Y
A
 
R
P
 
P
L
 
L
E
 
W
T
 
T
P
 
R
L
 
F
L
 
L
A
 
R
E
 
E
A
 
A
K
 
K
R
 
A
H
 
K
G
 
G
L
 
L
R
 
K
T
 
V
I
 
Q
D
 
T
G
 
G
L
 
L
H
 
P
M
 
M
L
|
L
I
 
A
G
 
W
Q
 
Q
A
 
G
A
 
A
A
 
L
A
 
A
F
 
F
E
 
R
R
 
L
F
 
W
Y
 
T
G
 
G
-
 
L
R
 
L
P
 
P
A
 
D
P
 
P
R
 
S
D
 
G
A
 
M
D
 
E
D
 
E
A
 
A
L
 
A
R
 
R

2ev9B Crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (aroe) from thermus thermophilus hb8 in complex with NADP(h) and shikimate (see paper)
37% identity, 94% coverage: 14:284/289 of query aligns to 6:258/263 of 2ev9B

query
sites
2ev9B
V
 
V
I
 
L
G
 
G
D
 
H
P
 
P
I
 
V
G
 
A
H
 
H
S
|
S
K
 
L
S
|
S
P
 
P
T
 
A
I
 
M
H
 
H
K
 
A
F
 
F
W
 
A
L
 
L
D
 
E
R
 
S
A
 
L
G
 
G
I
 
L
P
 
E
A
 
G
D
 
S
Y
 
Y
R
 
E
A
 
A
A
 
W
H
 
D
V
 
T
K
 
P
P
 
L
E
 
E
D
 
A
L
 
L
W
 
P
I
 
G
Y
 
R
F
 
L
E
 
K
E
 
E
R
 
V
R
 
R
R
 
R
D
 
-
P
 
-
A
 
A
W
 
F
R
 
R
G
 
G
C
 
V
N
|
N
V
 
L
T
|
T
I
 
L
P
 
P
H
 
L
K
|
K
Q
 
E
A
 
A
V
 
A
M
 
L
K
 
A
L
 
H
V
 
L
D
 
D
R
 
W
I
 
V
D
 
S
P
 
P
A
 
E
A
 
A
E
 
Q
R
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
M
 
L
P
 
Q
E
 
V
D
 
E
G
 
G
K
 
R
L
 
L
V
 
F
G
 
G
Y
 
F
N
 
N
T
 
T
D
|
D
Y
 
A
A
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
L
E
 
E
P
 
A
I
 
L
R
 
K
P
 
A
L
 
-
L
 
-
A
 
G
Q
 
G
Q
 
I
H
 
P
L
 
L
F
 
K
R
 
G
M
 
P
A
 
A
R
 
L
V
 
V
F
 
L
G
 
G
T
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
G
K
 
R
A
 
A
V
 
V
V
 
A
L
 
F
A
 
A
L
 
L
H
 
R
D
 
E
H
 
A
G
 
G
F
 
L
T
 
E
I
 
V
V
 
W
V
 
V
A
 
W
A
 
N
R
 
R
D
 
T
L
 
P
D
 
Q
K
 
R
A
 
A
R
 
L
A
 
A
L
 
L
R
 
A
E
 
E
A
 
E
F
 
F
E
 
-
P
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
P
 
-
I
 
-
E
 
G
I
 
L
F
 
R
A
 
A
D
 
V
P
 
P
T
 
L
D
 
E
F
 
K
P
 
A
F
 
R
D
 
E
D
 
A
R
 
R
E
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
D
 
-
L
 
L
V
 
L
V
 
V
N
 
N
T
 
A
T
 
T
S
 
R
L
 
V
G
 
G
M
 
L
N
 
E
G
 
D
Q
 
P
P
 
S
P
 
A
L
 
S
A
 
P
L
 
L
D
 
P
F
 
A
S
 
E
H
 
L
V
 
F
P
 
P
P
 
E
D
 
E
A
 
G
V
 
A
I
 
A
Y
 
V
D
 
D
I
 
L
V
 
V
Y
 
Y
A
 
R
P
 
P
L
 
L
E
 
W
T
 
T
P
 
R
L
 
F
L
 
L
A
 
R
E
 
E
A
 
A
K
 
K
R
 
A
H
 
K
G
 
G
L
 
L
R
 
K
T
 
V
I
 
Q
D
 
T
G
 
G
L
 
L
H
 
P
M
 
M
L
 
L
I
 
A
G
 
W
Q
|
Q
A
 
G
A
 
A
A
 
L
A
 
A
F
 
F
E
 
R
R
 
L
F
 
W
Y
 
T
G
 
G
-
 
L
R
 
L
P
 
P
A
 
D
P
 
P
R
 
S
D
 
G
A
 
M
D
 
E
D
 
E
A
 
A
L
 
A
R
 
R

Q5SJF8 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see paper)
37% identity, 94% coverage: 14:284/289 of query aligns to 6:258/263 of Q5SJF8

query
sites
Q5SJF8
V
 
V
I
 
L
G
 
G
D
 
H
P
 
P
I
 
V
G
 
A
H
 
H
S
|
S
K
x
L
S
|
S
P
 
P
T
 
A
I
 
M
H
 
H
K
 
A
F
 
F
W
 
A
L
 
L
D
 
E
R
 
S
A
 
L
G
 
G
I
 
L
P
 
E
A
 
G
D
 
S
Y
 
Y
R
 
E
A
 
A
A
 
W
H
 
D
V
 
T
K
 
P
P
 
L
E
 
E
D
 
A
L
 
L
W
 
P
I
 
G
Y
 
R
F
 
L
E
 
K
E
 
E
R
 
V
R
 
R
R
 
R
D
 
-
P
 
-
A
 
A
W
 
F
R
 
R
G
 
G
C
 
V
N
 
N
V
 
L
T
|
T
I
 
L
P
 
P
H
 
L
K
|
K
Q
 
E
A
 
A
V
 
A
M
 
L
K
 
A
L
 
H
V
 
L
D
 
D
R
 
W
I
 
V
D
 
S
P
 
P
A
 
E
A
 
A
E
 
Q
R
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
M
 
L
P
 
Q
E
 
V
D
 
E
G
 
G
K
 
R
L
 
L
V
 
F
G
 
G
Y
 
F
N
 
N
T
 
T
D
|
D
Y
 
A
A
 
P
G
 
G
F
 
F
L
 
L
E
 
E
P
 
A
I
 
L
R
 
K
P
 
A
L
 
-
L
 
-
A
 
G
Q
 
G
Q
 
I
H
 
P
L
 
L
F
 
K
R
 
G
M
 
P
A
 
A
R
 
L
V
 
V
F
 
L
G
|
G
T
x
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
G
K
 
R
A
 
A
V
 
V
V
 
A
L
 
F
A
 
A
L
 
L
H
 
R
D
 
E
H
 
A
G
 
G
F
 
L
T
 
E
I
 
V
V
 
W
V
 
V
A
 
W
A
x
N
R
|
R
D
x
T
L
x
P
D
x
Q
K
x
R
A
 
A
R
 
L
A
 
A
L
 
L
R
 
A
E
 
E
A
 
E
F
 
F
E
 
-
P
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
P
 
-
I
 
-
E
 
G
I
 
L
F
 
R
A
 
A
D
 
V
P
 
P
T
 
L
D
 
E
F
 
K
P
 
A
F
 
R
D
 
E
D
 
A
R
 
R
E
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
D
 
-
L
 
L
V
 
L
V
 
V
N
 
N
T
 
A
T
 
T
S
 
R
L
 
V
G
 
G
M
 
L
N
 
E
G
 
D
Q
 
P
P
 
S
P
 
A
L
 
S
A
 
P
L
 
L
D
 
P
F
 
A
S
 
E
H
 
L
V
 
F
P
 
P
P
 
E
D
 
E
A
 
G
V
 
A
I
 
A
Y
 
V
D
 
D
I
x
L
V
 
V
Y
|
Y
A
 
R
P
 
P
L
 
L
E
 
W
T
 
T
P
 
R
L
 
F
L
 
L
A
 
R
E
 
E
A
 
A
K
 
K
R
 
A
H
 
K
G
 
G
L
 
L
R
 
K
T
 
V
I
 
Q
D
 
T
G
|
G
L
 
L
H
 
P
M
 
M
L
 
L
I
 
A
G
 
W
Q
|
Q
A
 
G
A
 
A
A
 
L
A
 
A
F
 
F
E
 
R
R
 
L
F
 
W
Y
 
T
G
 
G
-
 
L
R
 
L
P
 
P
A
 
D
P
 
P
R
 
S
D
 
G
A
 
M
D
 
E
D
 
E
A
 
A
L
 
A
R
 
R

Q5HNV1 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Staphylococcus epidermidis (strain ATCC 35984 / RP62A) (see paper)
31% identity, 88% coverage: 14:268/289 of query aligns to 5:245/269 of Q5HNV1

query
sites
Q5HNV1
V
 
V
I
 
I
G
 
G
D
 
N
P
 
P
I
 
I
G
 
S
H
 
H
S
|
S
K
x
L
S
|
S
P
 
P
T
 
L
I
 
M
H
 
H
K
 
H
F
 
A
W
 
N
L
 
F
D
 
Q
R
 
S
A
 
L
G
 
N
I
 
L
P
 
E
A
 
N
D
 
T
Y
 
Y
R
 
E
A
 
A
A
 
I
H
 
N
V
 
V
-
 
P
-
 
V
-
 
N
K
 
Q
P
 
F
E
 
Q
D
 
D
L
 
I
W
 
K
I
 
K
Y
 
I
F
 
I
E
 
S
E
 
E
R
 
K
R
 
S
R
 
I
D
 
D
P
 
-
A
 
-
W
 
-
R
 
-
G
 
G
C
 
F
N
 
N
V
 
V
T
|
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
 
K
Q
 
E
A
 
R
V
 
I
M
 
I
K
 
P
L
 
Y
V
 
L
D
 
D
R
 
D
I
 
I
D
 
N
P
 
E
A
 
Q
A
 
A
E
 
K
R
 
S
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
V
M
 
L
P
 
V
E
 
K
D
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
W
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
Y
 
G
A
 
I
G
 
G
F
 
Y
L
 
V
E
 
N
P
 
G
I
 
L
R
 
K
P
 
Q
L
 
I
-
 
Y
-
 
E
-
 
G
L
 
I
A
 
E
Q
 
D
Q
 
A
H
 
Y
L
 
I
F
 
L
R
 
-
M
 
-
A
 
-
R
 
-
V
 
I
F
 
L
G
 
G
T
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
S
K
 
K
A
 
G
V
 
I
V
 
A
L
 
N
A
 
E
L
 
L
H
 
Y
D
 
K
H
 
I
G
 
V
F
 
R
-
 
P
T
 
T
I
 
L
V
 
T
V
 
V
A
 
A
A
 
N
R
 
R
D
 
T
L
 
M
D
 
-
K
 
-
A
 
S
R
 
R
A
 
F
L
 
N
R
 
N
E
 
W
A
 
S
F
 
L
E
 
N
P
 
I
D
 
N
E
 
K
R
 
I
L
 
N
I
 
L
A
 
S
P
 
H
I
 
A
E
 
E
I
 
S
F
 
H
A
 
L
D
 
D
P
 
E
T
 
-
D
 
-
F
 
-
P
 
-
F
 
-
D
 
-
D
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
F
D
 
D
L
 
I
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
T
T
 
T
S
 
P
L
 
A
G
 
G
M
 
M
N
 
N
G
 
G
Q
 
N
P
 
T
P
 
D
L
 
S
A
 
V
L
 
I
D
 
S
F
 
L
S
 
N
H
 
R
V
 
L
P
 
A
P
 
S
D
 
H
A
 
T
V
 
L
I
 
V
Y
 
S
D
 
D
I
 
I
V
 
V
Y
|
Y
A
 
N
P
 
P
L
 
Y
E
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
I
L
 
L
A
 
I
E
 
E
A
 
A
K
 
E
R
 
Q
H
 
R
G
 
G
L
 
N
R
 
P
T
 
I
I
 
Y
D
 
N
G
 
G
L
 
L
H
 
D
M
 
M
L
 
F
I
 
V
G
 
H
Q
|
Q
A
 
G
A
 
A
A
 
E
A
 
S
F
 
F
E
 
K

Q9SQT8 Bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase, chloroplastic; DHQ-SDH protein; DHQase-SORase; Protein EMBRYO DEFECTIVE 3004; EC 4.2.1.10; EC 1.1.1.25 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
32% identity, 92% coverage: 14:278/289 of query aligns to 328:594/603 of Q9SQT8

query
sites
Q9SQT8
V
 
I
I
 
I
G
 
G
D
 
K
P
 
P
I
 
V
G
 
S
H
 
H
S
|
S
K
 
K
S
|
S
P
 
P
T
 
I
I
 
V
H
 
H
K
 
-
F
 
-
W
 
-
L
 
-
D
 
N
R
 
Q
A
 
A
G
 
F
I
 
K
P
 
S
A
 
V
D
 
D
Y
 
F
R
 
N
A
 
G
A
 
V
H
 
Y
V
 
V
K
 
H
P
 
L
-
 
L
E
 
V
D
 
D
L
 
N
W
 
L
I
 
V
Y
 
S
F
 
F
E
 
L
E
 
Q
R
 
A
R
 
Y
R
 
S
D
 
S
P
 
S
A
 
D
W
 
F
R
 
A
G
 
G
C
 
F
N
 
S
V
 
C
T
|
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
Q
 
E
A
 
A
V
 
A
M
 
L
K
 
Q
L
 
C
V
 
C
D
 
D
R
 
E
I
 
V
D
 
D
P
 
P
A
 
L
A
 
A
E
 
K
R
 
S
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
I
M
 
L
-
 
R
-
 
R
P
 
K
E
 
S
D
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
L
V
 
L
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
Y
 
C
A
 
I
G
 
G
F
 
S
L
 
I
E
 
S
P
 
A
I
 
I
R
 
E
P
 
D
L
 
G
L
 
L
A
 
R
Q
 
S
Q
 
S
H
 
G
L
 
D
F
 
P
R
 
S
M
 
S
A
 
V
R
 
P
V
 
S
F
 
S
G
 
S
T
 
S
G
 
P
G
 
L
A
 
A
A
 
S
K
 
K
A
 
T
V
 
V
V
 
V
L
 
V
-
 
I
-
 
G
-
x
A
-
 
G
-
x
G
-
x
A
-
 
G
-
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
A
-
 
Y
A
 
G
L
 
A
H
 
K
D
 
E
H
 
K
G
 
G
F
 
A
T
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
I
A
 
A
A
x
N
R
 
R
D
x
T
L
 
Y
D
 
E
K
x
R
A
 
A
R
 
L
A
 
E
L
 
L
R
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
I
E
 
G
P
 
G
D
 
K
E
 
A
R
 
L
L
 
S
I
 
L
A
 
T
P
 
D
I
 
L
E
 
D
I
 
N
F
 
Y
A
 
-
D
 
H
P
 
P
T
 
E
D
 
D
F
 
-
P
 
-
F
 
-
D
 
-
D
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
G
I
 
M
L
 
V
D
 
-
L
 
-
V
 
L
V
 
A
N
 
N
T
 
T
T
 
T
S
 
S
L
 
M
G
 
G
M
|
M
N
 
Q
-
 
P
-
 
N
-
 
V
G
 
E
Q
 
E
P
 
T
P
 
P
L
 
I
A
 
S
L
 
K
D
 
D
-
 
A
F
 
L
S
 
K
H
 
H
V
 
Y
P
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
A
V
 
L
I
 
V
Y
 
F
D
 
D
I
x
A
V
 
V
Y
|
Y
A
 
T
P
 
P
L
 
R
E
 
I
T
 
T
P
 
R
L
 
L
L
 
L
A
 
R
E
 
E
A
 
A
K
 
E
R
 
E
H
 
S
G
 
G
L
 
A
R
 
I
T
 
T
I
 
V
D
 
S
G
|
G
L
 
S
H
 
E
M
 
M
L
 
F
I
 
V
G
 
R
Q
|
Q
A
 
A
A
 
Y
A
 
E
A
x
Q
F
 
F
E
 
E
R
 
I
F
 
F
Y
 
T
G
 
G
R
 
L
P
 
P
A
 
A
P
 
P
R
 
K
D
 
E

Sites not aligning to the query:

2o7qA Crystal structure of the a. Thaliana dhq-dehydroshikimate-sdh- shikimate-NADP(h)
31% identity, 92% coverage: 14:278/289 of query aligns to 239:483/501 of 2o7qA

query
sites
2o7qA
V
x
I
I
 
I
G
 
G
D
 
K
P
 
P
I
 
V
G
 
S
H
 
H
S
|
S
K
 
K
S
|
S
P
 
P
T
 
I
I
 
V
H
 
H
K
 
-
F
 
-
W
 
-
L
 
-
D
 
N
R
 
Q
A
 
A
G
 
F
I
 
K
P
 
S
A
 
V
D
 
D
Y
 
F
R
 
N
A
 
G
A
 
V
H
 
Y
V
 
V
K
 
H
P
 
L
-
 
L
E
 
V
D
 
D
L
 
N
W
 
L
I
 
V
Y
 
S
F
 
F
E
 
L
E
 
Q
R
 
A
R
 
Y
R
 
S
D
 
S
P
 
S
A
 
D
W
 
F
R
 
A
G
 
G
C
 
F
N
 
S
V
 
C
T
|
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
Q
 
E
A
 
A
V
 
A
M
 
L
K
 
Q
L
 
C
V
 
C
D
 
D
R
 
E
I
 
V
D
 
D
P
 
P
A
 
L
A
 
A
E
 
K
R
 
S
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
V
 
I
M
 
L
-
 
R
-
 
R
P
 
K
E
 
S
D
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
L
V
 
L
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
Y
 
C
A
 
I
G
 
G
F
 
S
L
 
I
E
 
S
P
 
A
I
 
I
R
 
E
P
 
D
L
 
G
L
 
L
A
 
T
Q
 
V
Q
 
V
H
 
V
L
 
I
F
 
G
R
 
A
M
 
G
A
 
G
R
 
A
V
 
G
F
 
K
G
 
A
T
 
L
G
 
A
G
 
Y
A
 
G
A
 
A
K
 
K
A
 
-
V
 
-
V
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
-
H
 
-
D
 
-
H
 
E
G
 
K
F
 
A
T
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
I
A
 
A
A
 
N
R
 
R
D
 
T
L
 
Y
D
 
E
K
 
R
A
 
A
R
 
L
A
 
E
L
 
L
R
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
I
E
 
G
P
 
G
D
 
K
E
 
A
R
 
L
L
 
S
I
 
L
A
 
T
P
 
D
I
 
L
E
 
D
I
 
N
F
 
Y
A
 
E
D
 
D
P
 
G
T
 
M
D
 
-
F
 
-
P
 
-
F
 
-
D
 
-
D
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
D
 
-
L
 
V
V
 
L
V
 
A
N
 
N
T
 
T
T
 
T
S
 
S
L
 
M
G
 
G
M
 
M
N
 
Q
-
 
P
-
 
N
-
 
V
G
 
E
Q
 
E
P
 
T
P
 
P
L
 
I
A
 
S
L
 
K
D
 
D
-
 
A
F
 
L
S
 
K
H
 
H
V
 
Y
P
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
A
V
 
L
I
 
V
Y
 
F
D
 
D
I
 
A
V
 
V
Y
|
Y
A
 
T
P
 
P
L
 
R
E
 
I
T
 
T
P
 
R
L
 
L
L
 
L
A
 
R
E
 
E
A
 
A
K
 
E
R
 
E
H
 
S
G
 
G
L
 
A
R
 
I
T
 
T
I
 
V
D
 
S
G
 
G
L
 
S
H
 
E
M
 
M
L
x
F
I
 
V
G
 
R
Q
|
Q
A
 
A
A
 
Y
A
 
E
A
x
Q
F
 
F
E
 
E
R
 
I
F
 
F
Y
 
T
G
 
G
R
 
L
P
 
P
A
 
A
P
 
P
R
 
K
D
 
E

Sites not aligning to the query:

2o7sA Crystal structure of the a. Thaliana dhq-dehydroshikimate-sdh- shikimate-NADP(h)
35% identity, 92% coverage: 14:278/289 of query aligns to 239:482/500 of 2o7sA

query
sites
2o7sA
V
x
I
I
 
I
G
 
G
D
 
K
P
 
P
I
 
V
G
 
S
H
 
H
S
|
S
K
 
K
S
|
S
P
 
P
T
 
I
I
 
V
H
 
H
K
 
-
F
 
-
W
 
-
L
 
-
D
 
N
R
 
Q
A
 
A
G
 
F
I
 
K
P
 
S
A
 
V
D
 
D
Y
 
F
R
 
N
A
 
G
A
 
V
H
 
Y
V
 
V
K
 
H
P
 
L
-
 
L
E
 
V
D
 
D
L
 
N
W
 
L
I
 
V
Y
 
S
F
 
F
E
 
L
E
 
Q
R
 
A
R
 
Y
R
 
S
D
 
S
P
 
S
A
 
D
W
 
F
R
 
A
G
 
G
C
 
F
N
 
S
V
 
C
T
|
T
I
|
I
P
|
P
H
 
H
K
|
K
Q
 
E
A
 
A
V
 
A
M
 
L
K
 
Q
L
 
C
V
 
C
D
 
D
R
 
E
I
 
V
D
 
D
P
 
P
A
 
L
A
 
A
E
 
K
R
 
S
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
I
M
 
L
-
 
R
-
 
R
P
 
K
E
 
S
D
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
L
V
 
L
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
Y
 
C
A
 
I
G
 
G
F
 
S
L
 
I
E
 
S
P
 
A
I
 
I
R
 
E
P
 
D
L
 
G
L
 
L
A
 
T
Q
 
-
Q
 
-
H
 
-
L
 
-
F
 
-
R
 
-
M
 
-
A
 
V
R
 
V
V
 
V
F
 
I
G
 
G
T
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
G
K
 
K
A
 
A
V
 
L
V
 
A
L
 
Y
A
 
G
L
 
A
H
 
K
D
 
E
H
 
K
G
 
G
F
 
-
T
 
A
I
 
V
V
 
V
V
 
I
A
 
A
A
x
N
R
|
R
D
x
T
L
 
Y
D
 
E
K
x
R
A
 
A
R
 
L
A
 
E
L
 
L
R
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
I
E
 
G
P
 
G
D
 
A
E
 
L
R
 
S
L
 
L
I
 
-
A
 
-
P
 
-
I
 
-
E
 
-
I
 
-
F
 
-
A
 
-
D
 
-
P
 
-
T
 
T
D
 
D
F
 
L
P
 
-
F
 
-
D
 
D
D
 
N
R
 
Y
E
 
E
G
 
D
I
 
G
L
 
M
D
 
-
L
 
V
V
 
L
V
 
A
N
 
N
T
 
T
T
|
T
S
|
S
L
x
M
G
 
G
M
 
M
N
 
Q
-
 
P
-
 
N
-
 
V
G
 
E
Q
 
E
P
 
T
P
 
P
L
 
I
A
 
S
L
 
K
D
 
D
-
 
A
F
 
L
S
 
K
H
 
H
V
 
Y
P
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
A
V
 
L
I
 
V
Y
 
F
D
 
D
I
x
A
V
 
V
Y
|
Y
A
 
T
P
 
P
L
 
R
E
 
I
T
 
T
P
 
R
L
 
L
L
 
L
A
 
R
E
 
E
A
 
A
K
 
E
R
 
E
H
 
S
G
 
G
L
 
A
R
 
I
T
 
T
I
 
V
D
 
S
G
 
G
L
 
S
H
 
E
M
|
M
L
x
F
I
 
V
G
 
R
Q
|
Q
A
 
A
A
 
Y
A
 
E
A
x
Q
F
 
F
E
 
E
R
 
I
F
 
F
Y
 
T
G
 
G
R
 
L
P
 
P
A
 
A
P
 
P
R
 
K
D
 
E

Sites not aligning to the query:

2gptA Crystal structure of arabidopsis dehydroquinate dehydratase-shikimate dehydrogenase in complex with tartrate and shikimate (see paper)
35% identity, 92% coverage: 14:278/289 of query aligns to 239:480/498 of 2gptA

query
sites
2gptA
V
x
I
I
 
I
G
 
G
D
 
K
P
 
P
I
 
V
G
 
S
H
 
H
S
|
S
K
 
K
S
|
S
P
 
P
T
 
I
I
 
V
H
 
H
K
 
-
F
 
-
W
 
-
L
 
-
D
 
N
R
 
Q
A
 
A
G
 
F
I
 
K
P
 
S
A
 
V
D
 
D
Y
 
F
R
 
N
A
 
G
A
 
V
H
 
Y
V
 
V
K
 
H
P
 
L
-
 
L
E
 
V
D
 
D
L
 
N
W
 
L
I
 
V
Y
 
S
F
 
F
E
 
L
E
 
Q
R
 
A
R
 
Y
R
 
S
D
 
S
P
 
S
A
 
D
W
 
F
R
 
A
G
 
G
C
 
F
N
 
S
V
 
C
T
|
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
Q
 
E
A
 
A
V
 
A
M
 
L
K
 
Q
L
 
C
V
 
C
D
 
D
R
 
E
I
 
V
D
 
D
P
 
P
A
 
L
A
 
A
E
 
K
R
 
S
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
T
 
T
V
 
I
M
 
L
-
 
R
-
 
R
P
 
K
E
 
S
D
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
L
V
 
L
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
Y
 
C
A
 
I
G
 
G
F
 
S
L
 
I
E
 
S
P
 
A
I
 
I
R
 
E
P
 
D
L
 
G
L
 
L
A
 
T
Q
 
-
Q
 
-
H
 
-
L
 
-
F
 
-
R
 
-
M
 
-
A
 
V
R
 
V
V
 
V
F
 
I
G
 
G
T
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
A
 
G
K
 
K
A
 
A
V
 
L
V
 
A
L
 
Y
A
 
G
L
 
A
H
 
K
D
 
E
H
 
K
G
 
G
F
 
A
T
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
I
A
 
A
A
 
N
R
 
R
D
 
T
L
 
Y
D
 
E
K
 
-
A
 
-
R
 
R
A
 
E
L
 
L
R
 
A
E
 
E
A
 
A
F
 
-
E
 
-
P
 
-
D
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
-
I
 
I
A
 
G
P
 
A
I
 
L
E
 
S
I
 
L
F
 
-
A
 
-
D
 
-
P
 
-
T
 
T
D
 
D
F
 
L
P
 
-
F
 
-
D
 
D
D
 
N
R
 
Y
E
 
E
G
 
D
I
 
G
L
 
M
D
 
-
L
 
V
V
 
L
V
 
A
N
 
N
T
 
T
T
 
T
S
 
S
L
 
M
G
 
G
M
 
M
N
 
Q
-
 
P
-
 
N
-
 
V
G
 
E
Q
 
E
P
 
T
P
 
P
L
 
I
A
 
S
L
 
K
D
 
D
-
 
A
F
 
L
S
 
K
H
 
H
V
 
Y
P
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
A
V
 
L
I
 
V
Y
 
F
D
 
D
I
 
A
V
 
V
Y
|
Y
A
 
T
P
 
P
L
 
R
E
 
I
T
 
T
P
 
R
L
 
L
L
 
L
A
 
R
E
 
E
A
 
A
K
 
E
R
 
E
H
 
S
G
 
G
L
 
A
R
 
I
T
 
T
I
 
V
D
 
S
G
 
G
L
 
S
H
 
E
M
 
M
L
 
F
I
 
V
G
 
R
Q
|
Q
A
 
A
A
 
Y
A
 
E
A
x
Q
F
 
F
E
 
E
R
 
I
F
 
F
Y
 
T
G
 
G
R
 
L
P
 
P
A
 
A
P
 
P
R
 
K
D
 
E

Sites not aligning to the query:

P15770 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SD; SDH; EC 1.1.1.25 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
33% identity, 90% coverage: 14:272/289 of query aligns to 6:254/272 of P15770

query
sites
P15770
V
 
V
I
 
F
G
 
G
D
 
N
P
 
P
I
 
I
G
 
A
H
 
H
S
 
S
K
 
K
S
 
S
P
 
P
T
 
F
I
 
I
H
 
H
K
 
Q
F
 
Q
W
 
F
L
 
A
D
 
Q
R
 
Q
A
 
L
G
 
N
I
 
I
P
 
E
A
 
H
D
 
P
Y
 
Y
R
 
G
A
 
R
A
 
V
H
 
-
V
 
L
K
 
A
P
 
P
E
 
I
D
 
N
L
 
D
W
 
F
I
 
I
Y
 
N
F
 
T
E
 
L
E
 
N
R
 
A
R
 
F
R
 
F
D
 
S
P
 
A
A
 
G
W
 
G
R
 
K
G
 
G
C
 
A
N
 
N
V
 
V
T
 
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
 
K
Q
 
E
A
 
E
V
 
A
M
 
F
K
 
A
L
 
R
V
 
A
D
 
D
R
 
E
I
 
L
D
 
T
P
 
E
A
 
R
A
 
A
E
 
A
R
 
L
I
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
V
 
L
M
 
M
P
 
R
-
 
L
E
 
E
D
 
D
G
 
G
K
 
R
L
 
L
V
 
L
G
 
G
Y
 
D
N
 
N
T
 
T
D
 
D
Y
 
G
A
 
V
G
 
G
F
 
L
L
 
L
E
 
S
P
 
D
I
 
L
R
 
E
P
 
R
L
 
L
L
 
S
A
 
F
Q
 
I
Q
 
R
H
 
P
L
 
G
F
 
L
R
 
R
M
 
I
A
 
L
R
 
L
V
 
I
F
 
-
G
|
G
T
x
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
K
 
R
A
 
G
V
 
V
V
 
L
L
 
L
A
 
P
L
 
L
H
 
L
D
 
S
H
 
L
G
 
D
F
 
C
T
 
A
I
 
V
V
 
T
V
 
I
A
 
T
A
x
N
R
|
R
D
x
T
L
x
V
D
x
S
K
x
R
A
 
A
R
 
E
A
 
E
L
 
L
R
 
A
E
 
K
A
 
L
F
 
F
E
 
A
P
 
H
D
 
T
E
 
G
R
 
S
L
 
I
I
 
Q
A
 
A
P
 
-
I
 
-
E
 
-
I
 
-
F
 
-
A
 
-
D
 
-
P
 
-
T
 
-
D
 
-
F
 
L
P
 
S
F
 
M
D
 
D
D
 
E
R
 
L
E
 
E
G
 
G
-
 
H
I
 
E
L
 
F
D
 
D
L
 
L
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
A
T
 
T
S
 
S
L
 
S
G
 
G
M
 
I
N
 
S
G
 
G
Q
 
D
P
 
I
P
 
P
L
 
-
A
 
A
L
 
I
D
 
P
F
 
S
S
 
S
H
 
L
V
 
I
P
 
H
P
 
P
D
 
G
A
 
I
V
 
Y
I
 
C
Y
 
Y
D
 
D
I
x
M
V
 
F
Y
 
Y
A
 
Q
P
 
K
L
 
G
E
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
F
L
 
L
A
 
A
E
 
W
A
 
C
K
 
E
R
 
Q
H
 
R
G
 
G
L
 
S
-
 
K
R
 
R
T
 
N
I
 
A
D
 
D
G
|
G
L
 
L
H
 
G
M
 
M
L
 
L
I
 
V
G
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
A
 
H
A
 
A
F
 
F
E
 
L
R
 
L
F
 
W
Y
 
H
G
 
G

1nytA Shikimate dehydrogenase aroe complexed with NADP+ (see paper)
33% identity, 90% coverage: 14:272/289 of query aligns to 6:254/271 of 1nytA

query
sites
1nytA
V
 
V
I
 
F
G
 
G
D
 
N
P
 
P
I
 
I
G
 
A
H
 
H
S
 
S
K
 
K
S
 
S
P
 
P
T
 
F
I
 
I
H
 
H
K
 
Q
F
 
Q
W
 
F
L
 
A
D
 
Q
R
 
Q
A
 
L
G
 
N
I
 
I
P
 
E
A
 
H
D
 
P
Y
 
Y
R
 
G
A
 
R
A
 
V
H
 
-
V
 
L
K
 
A
P
 
P
E
 
I
D
 
N
L
 
D
W
 
F
I
 
I
Y
 
N
F
 
T
E
 
L
E
 
N
R
 
A
R
 
F
R
 
F
D
 
S
P
 
A
A
 
G
W
 
G
R
 
K
G
 
G
C
 
A
N
 
N
V
 
V
T
 
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
Q
 
E
A
 
E
V
 
A
M
 
F
K
 
A
L
 
R
V
 
A
D
 
D
R
 
E
I
 
L
D
 
T
P
 
E
A
 
R
A
 
A
E
 
A
R
 
L
I
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
 
N
T
 
T
V
 
L
M
 
M
P
 
R
-
 
L
E
 
E
D
 
D
G
 
G
K
 
R
L
 
L
V
 
L
G
 
G
Y
 
D
N
 
N
T
 
T
D
|
D
Y
 
G
A
 
V
G
 
G
F
 
L
L
 
L
E
 
S
P
 
D
I
 
L
R
 
E
P
 
R
L
 
L
L
 
S
A
 
F
Q
 
I
Q
 
R
H
 
P
L
 
G
F
 
L
R
 
R
M
 
I
A
 
L
R
 
L
V
 
I
F
 
-
G
 
G
T
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
K
 
R
A
 
G
V
 
V
V
 
L
L
 
L
A
 
P
L
 
L
H
 
L
D
 
S
H
 
L
G
 
D
F
 
C
T
 
A
I
 
V
V
 
T
V
 
I
A
 
T
A
x
N
R
|
R
D
x
T
L
 
V
D
 
S
K
x
R
A
 
A
R
 
E
A
 
E
L
 
L
R
 
A
E
 
K
A
 
L
F
 
F
E
 
A
P
 
H
D
 
T
E
 
G
R
 
S
L
 
I
I
 
Q
A
 
A
P
 
-
I
 
-
E
 
-
I
 
-
F
 
-
A
 
-
D
 
-
P
 
-
T
 
-
D
 
-
F
 
L
P
 
S
F
 
M
D
 
D
D
 
E
R
 
L
E
 
E
G
 
G
-
 
H
I
 
E
L
 
F
D
 
D
L
 
L
V
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
A
T
|
T
S
|
S
L
x
S
G
 
G
M
 
I
N
 
S
G
 
G
Q
 
D
P
 
I
P
 
P
L
 
-
A
 
A
L
 
I
D
 
P
F
 
S
S
 
S
H
 
L
V
 
I
P
 
H
P
 
P
D
 
G
A
 
I
V
 
Y
I
 
C
Y
 
Y
D
 
D
I
x
M
V
 
F
Y
 
Y
A
 
Q
P
 
K
L
 
G
E
 
K
T
 
T
P
 
P
L
 
F
L
 
L
A
 
A
E
 
W
A
 
C
K
 
E
R
 
Q
H
 
R
G
 
G
L
 
S
-
 
K
R
 
R
T
 
N
I
 
A
D
 
D
G
|
G
L
 
L
H
 
G
M
|
M
L
|
L
I
 
V
G
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
A
 
H
A
 
A
F
 
F
E
 
L
R
 
L
F
 
W
Y
 
H
G
 
G

1o9bA Quinate/shikimate dehydrogenase ydib complexed with nadh (see paper)
32% identity, 90% coverage: 18:276/289 of query aligns to 10:270/280 of 1o9bA

query
sites
1o9bA
P
 
P
I
 
I
G
 
R
H
 
H
S
 
S
K
 
L
S
 
S
P
 
P
T
 
E
I
 
M
H
 
Q
K
 
N
F
 
K
W
 
A
L
 
L
D
 
E
R
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
L
P
 
P
A
 
F
D
 
T
Y
 
Y
R
 
M
A
 
A
A
 
F
H
 
E
V
 
V
K
 
D
P
 
-
E
 
N
D
 
D
L
 
S
W
 
F
I
 
P
Y
 
G
F
 
A
E
 
I
E
 
E
R
 
G
R
 
L
R
 
K
D
 
A
P
 
L
A
 
K
W
 
M
R
 
R
G
 
G
C
 
T
N
 
G
V
 
V
T
 
S
I
 
M
P
 
P
H
 
N
K
 
K
Q
 
Q
A
 
L
V
 
A
M
 
C
K
 
E
L
 
Y
V
 
V
D
 
D
R
 
E
I
 
L
D
 
T
P
 
P
A
 
A
A
 
A
E
 
K
R
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
I
N
 
N
T
 
T
V
 
I
M
 
V
P
 
N
E
 
D
D
 
D
G
 
G
K
 
Y
L
 
L
V
 
R
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
 
D
Y
 
G
A
 
T
G
 
G
F
 
H
L
 
I
E
 
R
P
 
A
I
 
I
R
 
K
P
 
E
L
 
S
L
 
G
A
 
F
Q
 
D
Q
 
I
H
 
K
L
 
G
F
 
K
R
 
T
M
 
M
A
 
V
R
 
-
V
 
L
F
 
L
G
 
G
T
x
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
K
 
T
A
 
A
V
 
I
V
 
G
L
 
A
A
 
Q
L
 
G
H
 
A
D
 
I
H
 
E
G
 
G
F
 
L
T
 
K
I
 
E
V
 
I
-
 
K
-
 
L
V
 
F
A
 
N
A
x
R
R
 
R
D
 
D
-
 
E
-
x
F
L
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
R
 
L
A
 
A
L
 
F
R
 
A
E
 
Q
A
 
R
F
 
V
E
 
N
P
 
E
D
 
N
E
 
T
R
 
D
L
 
C
I
 
V
A
 
V
P
 
T
I
 
V
E
 
T
I
 
D
F
 
L
A
 
A
D
 
D
P
 
Q
T
 
Q
D
 
-
F
 
-
P
 
A
F
 
F
D
 
A
D
 
E
R
 
A
E
 
L
G
 
A
I
 
S
L
 
A
D
 
D
L
 
I
V
 
L
V
 
T
N
 
N
T
 
G
T
 
T
S
x
K
L
x
V
G
 
G
M
|
M
N
 
K
-
 
P
-
 
L
G
 
E
Q
 
N
P
 
E
P
 
S
L
 
L
A
 
V
L
 
N
D
 
D
F
 
I
S
 
S
H
 
L
V
 
L
P
 
H
P
 
P
D
 
G
A
 
L
V
 
L
I
 
V
Y
 
T
D
 
E
I
x
C
V
 
V
Y
|
Y
A
 
N
P
 
P
L
 
H
E
 
M
T
 
T
P
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
Q
E
 
Q
A
 
A
K
 
Q
R
 
Q
H
 
A
G
 
G
L
 
C
R
 
K
T
 
T
I
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
Y
H
 
G
M
|
M
L
|
L
I
 
L
G
 
W
Q
 
Q
A
 
G
A
 
A
A
 
E
A
 
Q
F
 
F
E
 
T
R
 
L
F
 
W
Y
 
T
G
 
G
R
 
K
P
 
D
A
 
F
P
 
P

1npdB X-ray structure of shikimate dehydrogenase complexed with NAD+ from e.Coli (ydib) northeast structural genomics research consortium (nesg) target er24 (see paper)
32% identity, 90% coverage: 18:276/289 of query aligns to 16:276/288 of 1npdB

query
sites
1npdB
P
 
P
I
 
I
G
 
R
H
 
H
S
 
S
K
 
L
S
 
S
P
 
P
T
 
E
I
 
M
H
 
Q
K
 
N
F
 
K
W
 
A
L
 
L
D
 
E
R
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
L
P
 
P
A
 
F
D
 
T
Y
 
Y
R
 
M
A
 
A
A
 
F
H
 
E
V
 
V
K
 
-
P
 
D
E
 
N
D
 
D
L
 
S
W
 
F
I
 
P
Y
 
G
F
 
A
E
 
I
E
 
E
R
 
G
R
 
L
R
 
K
D
 
A
P
 
L
A
 
K
W
 
M
R
 
R
G
 
G
C
 
T
N
 
G
V
 
V
T
 
S
I
 
M
P
 
P
H
 
N
K
 
K
Q
 
Q
A
 
L
V
 
A
M
 
C
K
 
E
L
 
Y
V
 
V
D
 
D
R
 
E
I
 
L
D
 
T
P
 
P
A
 
A
A
 
A
E
 
K
R
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
I
N
 
N
T
 
T
V
 
I
M
 
V
P
 
N
E
 
D
D
 
D
G
 
G
K
 
Y
L
 
L
V
 
R
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
 
D
Y
 
G
A
 
T
G
 
G
F
 
H
L
 
I
E
 
R
P
 
A
I
 
I
R
 
K
P
 
E
L
 
S
L
 
G
A
 
F
Q
 
D
Q
 
I
H
 
K
L
 
G
F
 
K
R
 
T
M
 
M
A
 
V
R
 
-
V
 
L
F
 
L
G
 
G
T
x
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
A
 
S
K
 
T
A
 
A
V
 
I
V
 
G
L
 
A
A
 
Q
L
 
G
H
 
A
D
 
I
H
 
E
G
 
G
F
 
L
T
 
K
I
 
E
V
 
I
-
 
K
-
 
L
V
 
F
A
x
N
A
x
R
R
 
R
D
|
D
-
 
E
-
x
F
L
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
R
 
L
A
 
A
L
 
F
R
 
A
E
 
Q
A
 
R
F
 
V
E
 
N
P
 
E
D
 
N
E
 
T
R
 
D
L
 
C
I
 
V
A
 
V
P
 
T
I
 
V
E
 
T
I
 
D
F
 
L
A
 
A
D
 
D
P
 
Q
T
 
Q
D
 
-
F
 
-
P
 
A
F
 
F
D
 
A
D
 
E
R
 
A
E
 
L
G
 
A
I
 
S
L
 
A
D
 
D
L
 
I
V
 
L
V
 
T
N
 
N
T
 
G
T
|
T
S
x
K
L
x
V
G
 
G
M
|
M
N
 
K
-
 
P
-
 
L
G
 
E
Q
 
N
P
 
E
P
 
S
L
 
L
A
 
V
L
 
N
D
 
D
F
 
I
S
 
S
H
 
L
V
 
L
P
 
H
P
 
P
D
 
G
A
 
L
V
 
L
I
 
V
Y
 
T
D
 
E
I
x
C
V
 
V
Y
 
Y
A
 
N
P
 
P
L
 
H
E
 
M
T
 
T
P
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
Q
E
 
Q
A
 
A
K
 
Q
R
 
Q
H
 
A
G
 
G
L
 
C
R
 
K
T
 
T
I
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
Y
H
 
G
M
|
M
L
|
L
I
 
L
G
 
W
Q
 
Q
A
 
G
A
 
A
A
 
E
A
 
Q
F
 
F
E
 
T
R
 
L
F
 
W
Y
 
T
G
 
G
R
 
K
P
 
D
A
 
F
P
 
P

Query Sequence

>WP_012049033.1 NCBI__GCF_000016765.1:WP_012049033.1
MSELPFAPGAFAEVIGDPIGHSKSPTIHKFWLDRAGIPADYRAAHVKPEDLWIYFEERRR
DPAWRGCNVTIPHKQAVMKLVDRIDPAAERIGAVNTVMPEDGKLVGYNTDYAGFLEPIRP
LLAQQHLFRMARVFGTGGAAKAVVLALHDHGFTIVVAARDLDKARALREAFEPDERLIAP
IEIFADPTDFPFDDREGILDLVVNTTSLGMNGQPPLALDFSHVPPDAVIYDIVYAPLETP
LLAEAKRHGLRTIDGLHMLIGQAAAAFERFYGRPAPRDADDALRALLVA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory