SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012049805.1 NCBI__GCF_000016765.1:WP_012049805.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 19 hits to proteins with known functional sites (download)

7t1qA Crystal structure of the succinyl-diaminopimelate desuccinylase (dape) from acinetobacter baumannii in complex with succinic acid
45% identity, 95% coverage: 15:374/377 of query aligns to 16:377/377 of 7t1qA

query
sites
7t1qA
P
 
P
S
 
S
V
 
V
T
 
T
P
 
P
A
 
I
D
 
D
A
 
H
G
 
T
A
 
C
M
 
Q
A
 
T
V
 
I
I
 
M
A
 
A
T
 
D
A
 
R
L
 
L
E
 
A
S
 
K
I
 
V
G
 
G
F
 
F
T
 
H
V
 
I
H
 
E
-
 
P
-
 
M
R
 
R
F
 
F
A
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
G
P
 
D
V
 
V
E
 
D
N
 
N
L
 
L
F
 
W
A
 
A
I
 
R
R
 
R
G
 
G
Q
 
T
G
 
E
G
 
G
P
 
P
H
 
V
F
 
F
A
 
C
F
 
F
A
 
A
G
 
G
H
|
H
S
 
T
D
 
D
V
 
V
V
 
V
P
 
P
P
 
T
G
 
G
-
 
R
-
 
L
D
 
D
G
 
A
W
 
W
T
 
N
S
 
S
D
 
D
P
 
P
F
 
F
V
 
A
P
 
P
E
 
E
I
 
I
R
 
R
G
 
D
E
 
G
L
 
K
L
 
L
H
 
Y
G
 
G
R
 
R
G
 
G
A
 
S
V
 
A
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
T
A
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
A
F
 
M
I
 
V
A
 
V
A
 
A
A
 
S
A
 
E
R
 
R
L
 
F
-
 
V
-
 
A
-
 
K
-
 
H
G
 
P
D
 
N
H
 
H
P
 
K
G
 
G
T
 
S
I
 
I
S
 
A
L
 
F
I
 
L
I
 
I
T
 
T
G
 
S
D
 
D
E
 
E
E
|
E
G
 
G
P
 
P
A
 
A
T
 
V
F
 
N
G
 
G
T
 
T
V
 
V
A
 
K
L
 
V
I
 
I
D
 
E
W
 
T
M
 
L
K
 
E
A
 
K
R
 
R
G
 
N
L
 
E
C
 
K
P
 
I
D
 
T
L
 
W
C
 
C
L
 
L
V
 
V
G
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
S
S
 
S
T
 
T
H
 
H
R
 
K
L
 
L
G
 
G
D
 
D
M
 
I
V
 
V
K
 
K
I
 
N
G
 
G
R
 
R
R
 
R
G
 
G
S
 
S
V
 
L
N
 
N
M
 
A
W
 
V
I
 
L
E
 
K
N
 
V
V
 
Q
G
 
G
T
 
K
Q
 
Q
G
 
G
H
 
H
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
P
 
P
H
 
H
L
 
L
A
 
A
A
 
R
N
 
N
P
 
P
I
 
I
P
 
H
A
 
E
L
 
A
V
 
S
K
 
P
A
 
A
L
 
L
D
 
A
A
 
E
L
 
L
A
 
C
A
 
Q
L
 
T
H
 
V
L
 
W
D
 
D
D
 
N
G
 
G
N
 
N
A
 
E
W
 
Y
F
 
F
Q
 
P
P
 
A
S
 
T
N
 
S
L
 
F
E
 
Q
I
 
I
T
 
S
T
 
N
V
 
I
D
 
H
V
 
A
G
 
G
N
 
T
A
 
G
A
 
A
T
 
T
N
 
N
V
 
V
I
 
I
P
 
P
A
 
G
V
 
A
A
 
L
R
 
E
A
 
V
R
 
T
L
 
F
N
 
N
I
 
F
R
 
R
F
 
Y
N
 
S
D
 
T
E
 
E
H
 
V
R
 
T
G
 
A
A
 
E
D
 
Q
L
 
L
V
 
K
E
 
Q
L
 
R
V
 
V
R
 
H
R
 
E
T
 
I
V
 
L
A
 
D
E
 
K
H
 
H
A
 
G
P
 
L
A
 
Q
A
 
Y
T
 
E
V
 
I
R
 
V
A
 
W
V
 
N
I
 
L
S
 
S
G
 
G
E
 
L
S
 
P
F
 
F
I
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
V
G
 
G
D
 
E
F
 
L
S
 
V
A
 
N
L
 
A
I
 
A
S
 
Q
A
 
T
A
 
A
I
 
I
M
 
L
K
 
N
V
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
T
T
 
E
P
 
T
E
 
E
L
 
L
S
 
S
T
 
T
T
 
S
G
 
G
G
 
G
T
 
T
S
 
S
D
 
D
A
 
G
R
 
R
F
 
F
L
 
I
S
 
A
K
 
P
L
 
T
-
 
G
C
 
A
P
 
Q
V
 
V
V
 
L
E
 
E
F
 
L
G
 
G
L
 
V
C
 
L
N
 
N
A
 
A
T
 
T
M
 
I
H
|
H
K
 
Q
L
 
I
D
 
N
E
 
E
A
 
H
V
 
V
A
 
D
I
 
V
P
 
H
D
 
D
L
 
L
H
 
D
A
 
P
L
 
L
A
 
T
D
 
D
I
 
I
Y
 
Y
E
 
E
D
 
Q
I
 
I
V
 
L
R
 
E
T
 
N
V
 
L
L
 
L
A
 
A
H
 
Q

4o23A Crystal structure of mono-zinc form of succinyl diaminopimelate desuccinylase from neisseria meningitidis mc58 (see paper)
42% identity, 98% coverage: 5:373/377 of query aligns to 6:376/376 of 4o23A

query
sites
4o23A
L
 
L
D
 
E
L
 
L
T
 
A
Q
 
K
R
 
E
L
 
L
I
 
I
A
 
S
C
 
R
P
 
P
S
 
S
V
 
V
T
 
T
P
 
P
A
 
D
D
 
D
A
 
R
G
 
D
A
 
C
M
 
Q
A
 
K
V
 
L
I
 
L
A
 
A
T
 
E
A
 
R
L
 
L
E
 
H
S
 
K
I
 
I
G
 
G
F
 
F
T
 
-
V
 
-
H
 
-
R
 
-
F
 
-
A
 
A
A
 
A
G
 
E
E
 
E
A
 
L
P
 
H
D
 
F
G
 
G
P
 
D
V
 
T
E
 
K
N
 
N
L
 
I
F
 
W
A
 
L
I
 
R
R
 
R
G
 
G
Q
 
T
G
 
K
G
 
A
P
 
P
H
 
V
F
 
V
A
 
C
F
 
F
A
 
A
G
 
G
H
|
H
S
 
T
D
 
D
V
 
V
V
 
V
P
 
P
P
 
T
G
 
G
-
 
P
-
 
V
D
 
E
G
 
K
W
 
W
T
 
D
S
 
S
D
 
P
P
 
P
F
 
F
V
 
E
P
 
P
E
 
A
I
 
E
R
 
R
G
 
D
E
 
G
L
 
R
L
 
L
H
 
Y
G
 
G
R
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
A
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
A
 
C
F
 
F
I
 
V
A
 
T
A
 
A
A
 
C
A
 
E
R
 
R
L
 
F
-
 
V
-
 
A
-
 
K
-
 
H
G
 
P
D
 
N
H
 
H
P
 
Q
G
 
G
T
 
S
I
 
I
S
 
A
L
 
L
I
 
L
I
 
I
T
 
T
G
 
S
D
 
D
E
 
E
E
 
E
G
 
G
P
 
D
A
 
A
T
 
L
F
 
D
G
 
G
T
 
T
V
 
T
A
 
K
L
 
V
I
 
V
D
 
D
W
 
V
M
 
L
K
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
D
L
 
E
C
 
L
P
 
I
D
 
D
L
 
Y
C
 
C
L
 
I
V
 
V
G
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
T
S
 
A
T
 
V
H
 
D
R
 
K
L
 
L
G
 
G
D
 
D
M
 
M
V
 
I
K
 
K
I
 
N
G
 
G
R
 
R
R
 
R
G
 
G
S
 
S
V
 
L
N
 
S
M
 
G
W
 
N
I
 
L
E
 
T
N
 
V
V
 
K
G
 
G
T
 
K
Q
 
Q
G
 
G
H
 
H
V
 
I
A
 
A
Y
 
Y
P
 
P
H
 
H
L
 
L
A
 
A
A
 
I
N
 
N
P
 
P
I
 
V
P
 
H
A
 
T
L
 
F
V
 
A
K
 
P
A
 
A
L
 
L
D
 
L
A
 
E
L
 
L
A
 
T
A
 
Q
L
 
E
H
 
V
L
 
W
D
 
D
D
 
E
G
 
G
N
 
N
A
 
E
W
 
Y
F
 
F
Q
 
P
P
 
P
S
 
T
N
 
S
L
 
F
E
 
Q
I
 
I
T
 
S
T
 
N
V
 
I
D
 
N
V
 
G
G
 
G
N
 
T
A
 
G
A
 
A
T
 
T
N
 
N
V
 
V
I
 
I
P
 
P
A
 
G
V
 
E
A
 
L
R
 
N
A
 
V
R
 
K
L
 
F
N
 
N
I
 
F
R
 
R
F
 
F
N
 
S
D
 
T
E
 
E
H
 
S
R
 
T
G
 
E
A
 
A
D
 
G
L
 
L
V
 
K
E
 
Q
L
 
R
V
 
V
R
 
H
R
 
A
T
 
I
V
 
L
A
 
D
E
 
K
H
 
H
A
 
G
P
 
V
A
 
Q
A
 
Y
T
 
D
V
 
L
R
 
Q
A
 
W
V
 
S
I
 
C
S
 
S
G
 
G
E
 
Q
S
 
P
F
 
F
I
 
L
T
 
T
P
 
Q
P
 
A
G
 
G
D
 
K
F
 
L
S
 
T
A
 
D
L
 
V
I
 
A
S
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
I
M
 
A
K
 
E
V
 
T
T
 
C
G
 
G
L
 
I
T
 
E
P
 
A
E
 
E
L
 
L
S
 
S
T
 
T
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
S
 
S
D
 
D
A
 
G
R
 
R
F
 
F
L
 
I
S
 
K
K
 
A
L
 
I
C
 
A
P
 
Q
-
 
E
V
 
L
V
 
I
E
 
E
F
 
L
G
 
G
L
 
P
C
 
S
N
 
N
A
 
A
T
 
T
M
 
I
H
 
H
K
 
Q
L
 
I
D
 
N
E
 
E
A
 
N
V
 
V
A
 
R
I
 
L
P
 
N
D
 
D
L
 
I
H
 
P
A
 
K
L
 
L
A
 
S
D
 
A
I
 
V
Y
 
Y
E
 
E
D
 
G
I
 
I
V
 
L
R
 
A
T
 
R
V
 
L
L
 
L
A
 
A

4pqaA Crystal structure of succinyl-diaminopimelate desuccinylase from neisseria meningitidis mc58 in complex with the inhibitor captopril (see paper)
42% identity, 98% coverage: 5:372/377 of query aligns to 6:375/375 of 4pqaA

query
sites
4pqaA
L
 
L
D
 
E
L
 
L
T
 
A
Q
 
K
R
 
E
L
 
L
I
 
I
A
 
S
C
 
R
P
 
P
S
 
S
V
 
V
T
 
T
P
 
P
A
 
D
D
 
D
A
 
R
G
 
D
A
 
C
M
 
Q
A
 
K
V
 
L
I
 
L
A
 
A
T
 
E
A
 
R
L
 
L
E
 
H
S
 
K
I
 
I
G
 
G
F
 
F
T
 
-
V
 
-
H
 
-
R
 
-
F
 
-
A
 
A
A
 
A
G
 
E
E
 
E
A
 
L
P
 
H
D
 
F
G
 
G
P
 
D
V
 
T
E
 
K
N
 
N
L
 
I
F
 
W
A
 
L
I
 
R
R
 
R
G
 
G
Q
 
T
G
 
K
G
 
A
P
 
P
H
 
V
F
 
V
A
 
C
F
 
F
A
 
A
G
 
G
H
|
H
S
 
T
D
 
D
V
 
V
V
 
V
P
 
P
P
 
T
G
 
G
-
 
P
-
 
V
D
 
E
G
 
K
W
 
W
T
 
D
S
 
S
D
 
P
P
 
P
F
 
F
V
 
E
P
 
P
E
 
A
I
 
E
R
 
R
G
 
D
E
 
G
L
 
R
L
 
L
H
 
Y
G
 
G
R
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
A
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
A
 
C
F
 
F
I
 
V
A
 
T
A
 
A
A
 
C
A
 
E
R
 
R
L
 
F
-
 
V
-
 
A
-
 
K
-
 
H
G
 
P
D
 
N
H
 
H
P
 
Q
G
 
G
T
 
S
I
 
I
S
 
A
L
 
L
I
 
L
I
 
I
T
 
T
G
 
S
D
 
D
E
|
E
E
|
E
G
 
G
P
 
D
A
 
A
T
 
L
F
 
D
G
 
G
T
 
T
V
 
T
A
 
K
L
 
V
I
 
V
D
 
D
W
 
V
M
 
L
K
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
D
L
 
E
C
 
L
P
 
I
D
 
D
L
 
Y
C
 
C
L
 
I
V
 
V
G
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
T
S
 
A
T
 
V
H
 
D
R
 
K
L
 
L
G
 
G
D
 
D
M
 
M
V
 
I
K
 
K
I
 
N
G
 
G
R
 
R
R
 
R
G
 
G
S
 
S
V
 
L
N
 
S
M
 
G
W
 
N
I
 
L
E
 
T
N
 
V
V
 
K
G
 
G
T
 
K
Q
 
Q
G
 
G
H
 
H
V
 
I
A
 
A
Y
 
Y
P
 
P
H
 
H
L
 
L
A
 
A
A
 
I
N
 
N
P
 
P
I
 
V
P
 
H
A
 
T
L
 
F
V
 
A
K
 
P
A
 
A
L
 
L
D
 
L
A
 
E
L
 
L
A
 
T
A
 
Q
L
 
E
H
 
V
L
 
W
D
 
D
D
 
E
G
 
G
N
 
N
A
 
E
W
 
Y
F
 
F
Q
 
P
P
 
P
S
 
T
N
 
S
L
 
F
E
 
Q
I
 
I
T
 
S
T
 
N
V
 
I
D
 
N
V
 
G
G
 
G
N
 
T
A
 
G
A
 
A
T
 
T
N
 
N
V
 
V
I
 
I
P
 
P
A
 
G
V
 
E
A
 
L
R
 
N
A
 
V
R
 
K
L
 
F
N
 
N
I
 
F
R
 
R
F
 
F
N
 
S
D
 
T
E
 
E
H
 
S
R
 
T
G
 
E
A
 
A
D
 
G
L
 
L
V
 
K
E
 
Q
L
 
R
V
 
V
R
 
H
R
 
A
T
 
I
V
 
L
A
 
D
E
 
K
H
 
H
A
 
G
P
 
V
A
 
Q
A
 
Y
T
 
D
V
 
L
R
 
Q
A
 
W
V
 
S
I
 
C
S
 
S
G
 
G
E
 
Q
S
 
P
F
 
F
I
 
L
T
 
T
P
 
Q
P
 
A
G
 
G
D
 
K
F
 
L
S
 
T
A
 
D
L
 
V
I
 
A
S
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
I
M
 
A
K
 
E
V
 
T
T
 
C
G
 
G
L
 
I
T
 
E
P
 
A
E
 
E
L
 
L
S
 
S
T
 
T
T
 
T
G
 
G
G
|
G
T
 
T
S
 
S
D
 
D
A
 
G
R
 
R
F
 
F
L
 
I
S
 
K
K
 
A
L
 
I
C
 
A
P
 
Q
-
 
E
V
 
L
V
 
I
E
 
E
F
 
L
G
 
G
L
 
P
C
 
S
N
 
N
A
 
A
T
 
T
M
x
I
H
|
H
K
 
Q
L
 
I
D
 
N
E
 
E
A
 
N
V
 
V
A
 
R
I
 
L
P
 
N
D
 
D
L
 
I
H
 
P
A
 
K
L
 
L
A
 
S
D
 
A
I
 
V
Y
 
Y
E
 
E
D
 
G
I
 
I
V
 
L
R
 
A
T
 
R
V
 
L
L
 
L

7lgpB Dape enzyme from shigella flexneri
41% identity, 98% coverage: 5:373/377 of query aligns to 8:377/377 of 7lgpB

query
sites
7lgpB
L
 
I
D
 
E
L
 
L
T
 
T
Q
 
Q
R
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
R
C
 
R
P
 
P
S
 
S
V
 
L
T
 
S
P
 
P
A
 
D
D
 
D
A
 
A
G
 
G
A
 
C
M
 
Q
A
 
A
V
 
L
I
 
L
A
 
I
T
 
E
A
 
R
L
 
L
E
 
Q
S
 
A
I
 
I
G
 
G
F
 
F
T
 
T
V
 
V
H
 
E
R
 
R
F
 
M
A
 
D
A
 
F
G
 
A
E
 
D
A
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
P
 
-
V
 
T
E
 
Q
N
 
N
L
 
F
F
 
W
A
 
A
I
 
W
R
 
R
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
G
 
-
P
 
E
H
 
T
F
 
L
A
 
A
F
 
F
A
 
A
G
 
G
H
|
H
S
 
T
D
 
D
V
 
V
V
 
V
P
 
P
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
A
-
 
D
-
 
R
W
 
W
T
 
I
S
 
N
D
 
P
P
 
P
F
 
F
V
 
E
P
 
P
E
 
T
I
 
I
R
 
R
G
 
D
E
 
G
L
 
M
L
 
L
H
 
F
G
 
G
R
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
A
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
G
A
 
S
I
 
L
A
 
A
A
 
A
F
 
M
I
 
V
A
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
E
R
 
R
L
 
F
-
 
V
-
 
A
-
 
Q
-
 
H
G
 
P
D
 
N
H
 
H
P
 
T
G
 
G
T
 
R
I
 
L
S
 
A
L
 
F
I
 
L
I
 
I
T
 
T
G
 
S
D
 
D
E
 
E
E
 
E
G
 
A
P
 
S
A
 
A
T
 
H
F
 
N
G
 
G
T
 
T
V
 
V
A
 
K
L
 
V
I
 
V
D
 
E
W
 
A
M
 
L
K
 
M
A
 
A
R
 
R
G
 
N
L
 
E
C
 
R
P
 
L
D
 
D
L
 
Y
C
 
C
L
 
L
V
 
V
G
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
S
S
 
S
T
 
I
H
 
E
R
 
V
L
 
V
G
 
G
D
 
D
M
 
V
V
 
V
K
 
K
I
 
N
G
 
G
R
 
R
R
 
R
G
 
G
S
 
S
V
 
L
N
 
T
M
 
C
W
 
N
I
 
L
E
 
T
N
 
I
V
 
H
G
 
G
T
 
V
Q
 
Q
G
 
G
H
 
H
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
P
 
P
H
 
H
L
 
L
A
 
A
A
 
D
N
 
N
P
 
P
I
 
V
P
 
H
A
 
R
L
 
A
V
 
A
K
 
P
A
 
F
L
 
L
D
 
N
A
 
E
L
 
L
A
 
V
A
 
A
L
 
I
H
 
E
L
 
W
D
 
D
D
 
Q
G
 
G
N
 
N
A
 
E
W
 
F
F
 
F
Q
 
P
P
 
A
S
 
T
N
 
S
L
 
M
E
 
Q
I
 
I
T
 
A
T
 
N
V
 
I
D
 
Q
V
 
A
G
 
G
N
 
T
A
 
G
A
 
S
T
 
N
N
 
N
V
 
V
I
 
I
P
 
P
A
 
G
V
 
E
A
 
L
R
 
F
A
 
V
R
 
Q
L
 
F
N
 
N
I
 
F
R
 
R
F
 
F
N
 
S
D
 
T
E
 
E
H
 
L
R
 
T
G
 
D
A
 
E
D
 
M
L
 
I
V
 
K
E
 
A
L
 
Q
V
 
V
R
 
L
R
 
A
T
 
L
V
 
L
A
 
E
E
 
K
H
 
H
A
 
Q
P
 
L
A
 
R
A
 
Y
T
 
T
V
 
V
R
 
D
A
 
W
V
 
W
I
 
L
S
 
S
G
 
G
E
 
Q
S
 
P
F
 
F
I
 
L
T
 
T
P
 
A
P
 
R
G
 
G
D
 
K
F
 
L
S
 
V
A
 
D
L
 
A
I
 
V
S
 
V
A
 
N
A
 
A
I
 
V
M
 
E
K
 
H
V
 
Y
T
 
N
G
 
E
L
 
I
T
 
K
P
 
P
E
 
Q
L
 
L
S
 
L
T
 
T
T
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
S
 
S
D
 
D
A
 
G
R
 
R
F
 
F
L
 
I
S
 
A
K
 
R
L
 
M
-
 
G
C
 
A
P
 
Q
V
 
V
V
 
V
E
 
E
F
 
L
G
 
G
L
 
P
C
 
V
N
 
N
A
 
A
T
 
T
M
 
I
H
 
H
K
 
K
L
 
I
D
 
N
E
 
E
A
 
C
V
 
V
A
 
N
I
 
A
P
 
A
D
 
D
L
 
L
H
 
Q
A
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
R
I
 
M
Y
 
Y
E
 
Q
D
 
R
I
 
I
V
 
M
R
 
E
T
 
Q
V
 
L
L
 
V
A
 
A

5vo3A Crystal structure of dape in complex with the products (succinic acid and diaminopimelic acid) (see paper)
41% identity, 98% coverage: 5:372/377 of query aligns to 10:379/380 of 5vo3A

query
sites
5vo3A
L
 
V
D
 
S
L
 
L
T
 
A
Q
 
Q
R
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
R
C
 
R
P
 
P
S
 
S
V
 
I
T
 
S
P
 
P
A
 
N
D
 
D
A
 
E
G
 
G
A
 
C
M
 
Q
A
 
Q
V
 
I
I
 
I
A
 
A
T
 
E
A
 
R
L
 
L
E
 
E
S
 
K
I
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
Q
V
 
I
H
 
E
R
 
W
F
 
M
A
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
-
P
 
P
D
 
F
G
 
N
P
 
D
V
 
T
E
 
L
N
 
N
L
 
L
F
 
W
A
 
A
I
 
K
R
 
H
G
 
G
Q
 
T
G
 
S
G
 
E
P
 
P
H
 
V
F
 
I
A
 
A
F
 
F
A
 
A
G
 
G
H
|
H
S
 
T
D
 
D
V
 
V
V
 
V
P
 
P
P
 
T
G
 
G
D
 
D
-
 
E
-
 
N
G
 
Q
W
 
W
T
 
S
S
 
S
D
 
P
P
 
P
F
 
F
V
 
S
P
 
A
E
 
E
I
 
I
R
 
I
G
 
D
E
 
G
L
 
M
L
 
L
H
 
Y
G
 
G
R
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
A
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
G
A
 
S
I
 
L
A
 
A
A
 
A
F
 
M
I
 
I
A
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
E
R
 
E
L
 
Y
-
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
N
G
 
P
D
 
N
H
 
H
P
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
I
S
 
A
L
 
L
I
 
L
I
 
I
T
 
T
G
 
S
D
 
D
E
|
E
E
|
E
G
x
A
P
 
T
A
 
A
T
 
K
F
 
D
G
 
G
T
 
T
V
 
I
A
 
H
L
 
V
I
 
V
D
 
E
W
 
T
M
 
L
K
 
M
A
 
A
R
 
R
G
 
D
L
 
E
C
 
K
P
 
I
D
 
T
L
 
Y
C
 
C
L
 
M
V
 
V
G
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
S
S
 
S
T
 
A
H
 
K
R
 
N
L
 
L
G
 
G
D
 
D
M
 
V
V
 
V
K
 
K
I
 
N
G
 
G
R
|
R
R
 
R
G
 
G
S
|
S
V
 
I
-
 
T
-
 
G
N
 
N
M
 
L
W
 
Y
I
 
I
E
 
Q
N
 
-
V
 
-
G
 
G
T
 
I
Q
 
Q
G
 
G
H
 
H
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
P
 
P
H
 
H
L
 
L
A
 
A
A
 
E
N
 
N
P
 
P
I
 
I
P
 
H
A
 
K
L
 
A
V
 
A
K
 
L
A
 
F
L
 
L
D
 
Q
A
 
E
L
 
L
A
 
T
A
 
T
L
 
Y
H
 
Q
L
 
W
D
 
D
D
 
K
G
 
G
N
 
N
A
 
E
W
 
F
F
 
F
Q
 
P
P
 
P
S
 
T
N
 
S
L
 
L
E
 
Q
I
 
I
T
 
A
T
 
N
V
 
I
D
 
H
V
 
A
G
 
G
N
 
T
A
 
G
A
 
S
T
 
N
N
 
N
V
 
V
I
 
I
P
 
P
A
 
A
V
 
E
A
 
L
R
 
Y
A
 
I
R
 
Q
L
 
F
N
 
N
I
 
L
R
|
R
F
 
Y
N
 
C
D
 
T
E
 
E
H
 
V
R
 
T
G
 
D
A
 
E
D
 
I
L
 
I
V
 
K
E
 
Q
L
 
K
V
 
V
R
 
A
R
 
E
T
 
M
V
 
L
A
 
E
E
 
K
H
 
H
A
 
N
P
 
L
A
 
K
A
 
Y
T
 
R
V
 
I
R
 
E
A
 
W
V
 
N
I
 
L
S
|
S
G
 
G
E
 
K
S
 
P
F
 
F
I
 
L
T
 
T
P
 
K
P
 
P
G
 
G
D
 
K
F
 
L
S
 
L
A
 
D
L
 
S
I
 
I
S
 
T
A
 
S
A
 
A
I
 
I
M
 
E
K
 
E
V
 
T
T
 
I
G
 
G
L
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
K
L
 
A
S
 
E
T
 
T
T
 
G
G
 
G
G
|
G
T
|
T
S
 
S
D
 
D
A
 
G
R
 
R
F
 
F
L
 
I
S
 
A
K
 
L
L
 
M
-
 
G
C
 
A
P
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
E
F
 
F
G
 
G
L
 
P
C
 
L
N
 
N
A
 
S
T
 
T
M
 
I
H
|
H
K
 
K
L
 
V
D
 
N
E
 
E
A
 
C
V
 
V
A
 
S
I
 
V
P
 
E
D
 
D
L
 
L
H
 
G
A
 
K
L
 
C
A
 
G
D
 
E
I
 
I
Y
 
Y
E
 
H
D
 
K
I
 
M
V
 
L
R
 
V
T
 
N
V
 
L
L
 
L

P44514 Succinyl-diaminopimelate desuccinylase; SDAP desuccinylase; N-succinyl-LL-2,6-diaminoheptanedioate amidohydrolase; EC 3.5.1.18 from Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (see 3 papers)
41% identity, 98% coverage: 5:372/377 of query aligns to 6:375/377 of P44514

query
sites
P44514
L
 
V
D
 
S
L
 
L
T
 
A
Q
 
Q
R
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
R
C
 
R
P
 
P
S
 
S
V
 
I
T
 
S
P
 
P
A
 
N
D
 
D
A
 
E
G
 
G
A
 
C
M
 
Q
A
 
Q
V
 
I
I
 
I
A
 
A
T
 
E
A
 
R
L
 
L
E
 
E
S
 
K
I
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
Q
V
 
I
H
 
E
R
 
W
F
 
M
A
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
-
P
 
P
D
 
F
G
 
N
P
 
D
V
 
T
E
 
L
N
 
N
L
 
L
F
 
W
A
 
A
I
 
K
R
 
H
G
 
G
Q
 
T
G
 
S
G
 
E
P
 
P
H
 
V
F
 
I
A
 
A
F
 
F
A
 
A
G
 
G
H
|
H
S
 
T
D
 
D
V
 
V
V
 
V
P
 
P
P
 
T
G
 
G
D
 
D
-
 
E
-
 
N
G
 
Q
W
 
W
T
 
S
S
 
S
D
 
P
P
 
P
F
 
F
V
 
S
P
 
A
E
 
E
I
 
I
R
 
I
G
 
D
E
 
G
L
 
M
L
 
L
H
 
Y
G
 
G
R
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
A
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
G
A
 
S
I
 
L
A
 
A
A
 
A
F
 
M
I
 
I
A
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
E
R
 
E
L
 
Y
-
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
N
G
 
P
D
 
N
H
 
H
P
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
I
S
 
A
L
 
L
I
 
L
I
 
I
T
 
T
G
 
S
D
 
D
E
|
E
E
|
E
G
 
A
P
 
T
A
 
A
T
 
K
F
 
D
G
 
G
T
 
T
V
 
I
A
 
H
L
 
V
I
 
V
D
 
E
W
 
T
M
 
L
K
 
M
A
 
A
R
 
R
G
 
D
L
 
E
C
 
K
P
 
I
D
 
T
L
 
Y
C
 
C
L
 
M
V
 
V
G
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
S
S
 
S
T
 
A
H
 
K
R
 
N
L
 
L
G
 
G
D
 
D
M
 
V
V
 
V
K
 
K
I
 
N
G
 
G
R
 
R
R
 
R
G
 
G
S
 
S
V
 
I
-
 
T
-
 
G
N
 
N
M
 
L
W
 
Y
I
 
I
E
 
Q
N
 
-
V
 
-
G
 
G
T
 
I
Q
 
Q
G
 
G
H
 
H
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
P
 
P
H
 
H
L
 
L
A
 
A
A
 
E
N
 
N
P
 
P
I
 
I
P
 
H
A
 
K
L
 
A
V
 
A
K
 
L
A
 
F
L
 
L
D
 
Q
A
 
E
L
 
L
A
 
T
A
 
T
L
 
Y
H
 
Q
L
 
W
D
 
D
D
 
K
G
 
G
N
 
N
A
 
E
W
 
F
F
 
F
Q
 
P
P
 
P
S
 
T
N
 
S
L
 
L
E
 
Q
I
 
I
T
 
A
T
 
N
V
 
I
D
 
H
V
 
A
G
 
G
N
 
T
A
 
G
A
 
S
T
 
N
N
 
N
V
 
V
I
 
I
P
 
P
A
 
A
V
 
E
A
 
L
R
 
Y
A
 
I
R
 
Q
L
 
F
N
 
N
I
 
L
R
 
R
F
 
Y
N
 
C
D
 
T
E
 
E
H
 
V
R
 
T
G
 
D
A
 
E
D
 
I
L
 
I
V
 
K
E
 
Q
L
 
K
V
 
V
R
 
A
R
 
E
T
 
M
V
 
L
A
 
E
E
 
K
H
 
H
A
 
N
P
 
L
A
 
K
A
 
Y
T
 
R
V
 
I
R
 
E
A
 
W
V
 
N
I
 
L
S
 
S
G
 
G
E
 
K
S
 
P
F
 
F
I
 
L
T
 
T
P
 
K
P
 
P
G
 
G
D
 
K
F
 
L
S
 
L
A
 
D
L
 
S
I
 
I
S
 
T
A
 
S
A
 
A
I
 
I
M
 
E
K
 
E
V
 
T
T
 
I
G
 
G
L
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
K
L
 
A
S
 
E
T
 
T
T
 
G
G
 
G
G
 
G
T
 
T
S
 
S
D
 
D
A
 
G
R
 
R
F
 
F
L
 
I
S
 
A
K
 
L
L
 
M
-
 
G
C
 
A
P
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
E
F
 
F
G
 
G
L
 
P
C
 
L
N
 
N
A
 
S
T
 
T
M
 
I
H
|
H
K
 
K
L
 
V
D
 
N
E
 
E
A
 
C
V
 
V
A
 
S
I
 
V
P
 
E
D
 
D
L
 
L
H
 
G
A
 
K
L
 
C
A
 
G
D
 
E
I
 
I
Y
 
Y
E
 
H
D
 
K
I
 
M
V
 
L
R
 
V
T
 
N
V
 
L
L
 
L

4h2kA Crystal structure of the catalytic domain of succinyl-diaminopimelate desuccinylase from haemophilus influenzae (see paper)
46% identity, 46% coverage: 5:178/377 of query aligns to 8:182/258 of 4h2kA

query
sites
4h2kA
L
 
V
D
 
S
L
 
L
T
 
A
Q
 
Q
R
 
D
L
 
L
I
 
I
A
 
R
C
 
R
P
 
P
S
 
S
V
 
I
T
 
S
P
 
P
A
 
N
D
 
D
A
 
E
G
 
G
A
 
C
M
 
Q
A
 
Q
V
 
I
I
 
I
A
 
A
T
 
E
A
 
R
L
 
L
E
 
E
S
 
K
I
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
Q
V
 
I
H
 
E
R
 
W
F
 
M
A
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
-
P
 
P
D
 
F
G
 
N
P
 
D
V
 
T
E
 
L
N
 
N
L
 
L
F
 
W
A
 
A
I
 
K
R
 
H
G
 
G
Q
 
T
G
 
S
G
 
E
P
 
P
H
 
V
F
 
I
A
 
A
F
 
F
A
 
A
G
 
G
H
|
H
S
 
T
D
 
D
V
 
V
V
 
V
P
 
P
P
 
T
G
 
G
D
 
D
-
 
E
-
 
N
G
 
Q
W
 
W
T
 
S
S
 
S
D
 
P
P
 
P
F
 
F
V
 
S
P
 
A
E
 
E
I
 
I
R
 
I
G
 
D
E
 
G
L
 
M
L
 
L
H
 
Y
G
 
G
R
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
A
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
G
A
 
S
I
 
L
A
 
A
A
 
A
F
 
M
I
 
I
A
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
E
R
 
E
L
 
Y
-
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
N
G
 
P
D
 
N
H
 
H
P
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
I
S
 
A
L
 
L
I
 
L
I
 
I
T
 
T
G
 
S
D
 
D
E
 
E
E
|
E
G
 
A
P
 
T
A
 
A
T
 
K
F
 
D
G
 
G
T
 
T
V
 
I
A
 
H
L
 
V
I
 
V
D
 
E
W
 
T
M
 
L
K
 
M
A
 
A
R
 
R
G
 
D
L
 
E
C
 
K
P
 
I
D
 
T
L
 
Y
C
 
C
L
 
M
V
 
V
G
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
S
S
 
S
T
 
A
H
 
K
R
 
N
L
 
L
G
 
G
D
 
D
M
 
V
V
 
V
K
 
K
I
 
N
G
 
G
R
 
R
R
 
R
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4op4B Crystal structure of the catalytic domain of dape protein from v.Cholerea in the zn bound form (see paper)
44% identity, 46% coverage: 5:178/377 of query aligns to 6:180/265 of 4op4B

query
sites
4op4B
L
 
L
D
 
A
L
 
L
T
 
A
Q
 
K
R
 
E
L
 
L
I
 
I
A
 
S
C
 
R
P
 
Q
S
 
S
V
 
V
T
 
T
P
 
P
A
 
A
D
 
D
A
 
A
G
 
G
A
 
C
M
 
Q
A
 
D
V
 
L
I
 
M
A
 
I
T
 
E
A
 
R
L
 
L
E
 
K
S
 
A
I
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
E
V
 
I
H
 
E
R
 
S
F
 
M
A
 
V
A
 
F
G
 
E
E
 
D
A
 
T
P
 
T
D
 
-
G
 
-
P
 
-
V
 
-
E
 
-
N
 
N
L
 
F
F
 
W
A
 
A
I
 
R
R
 
R
G
 
G
Q
 
T
G
 
Q
G
 
S
P
 
P
H
 
L
F
 
F
A
 
V
F
 
F
A
 
A
G
 
G
H
|
H
S
 
T
D
 
D
V
 
V
V
 
V
P
 
P
P
 
A
G
 
G
-
 
P
-
 
L
D
 
S
G
 
Q
W
 
W
T
 
H
S
 
T
D
 
P
P
 
P
F
 
F
V
 
E
P
 
P
E
 
T
I
 
V
R
 
I
G
 
D
E
 
G
L
 
F
L
 
L
H
 
H
G
 
G
R
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
A
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
G
A
 
S
I
 
L
A
 
A
A
 
C
F
 
M
I
 
I
A
 
V
A
 
A
A
 
V
A
 
E
R
 
R
L
 
F
-
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
H
G
 
P
D
 
D
H
 
H
P
 
Q
G
 
G
T
 
S
I
 
I
S
 
G
L
 
F
I
 
L
I
 
I
T
 
T
G
 
S
D
 
D
E
 
E
E
|
E
G
 
G
P
 
P
A
 
F
T
 
I
F
 
N
G
 
G
T
 
T
V
 
V
A
 
R
L
 
V
I
 
V
D
 
E
W
 
T
M
 
L
K
 
M
A
 
A
R
 
R
G
 
N
L
 
E
C
 
L
P
 
I
D
 
D
L
 
M
C
 
C
L
 
I
V
 
V
G
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
S
S
 
S
T
 
T
H
 
L
R
 
A
L
 
V
G
 
G
D
 
D
M
 
V
V
 
V
K
 
K
I
 
N
G
 
G
R
 
R
R
 
R
G
 
G

Sites not aligning to the query:

7uoiA Crystallographic structure of dape from enterococcus faecium (see paper)
27% identity, 84% coverage: 59:373/377 of query aligns to 63:383/383 of 7uoiA

query
sites
7uoiA
R
 
K
G
 
G
Q
 
Q
G
 
S
G
 
G
P
 
K
H
 
V
F
 
L
A
 
G
F
 
L
A
 
S
G
 
G
H
|
H
S
 
M
D
 
D
V
 
V
V
 
V
P
 
A
P
 
A
G
 
G
D
 
D
-
 
E
-
 
S
G
 
S
W
 
W
T
 
T
S
 
Y
D
 
A
P
 
P
F
 
F
V
 
A
P
 
A
E
 
E
I
 
I
R
 
H
G
 
G
E
 
N
L
 
R
L
 
L
H
 
Y
G
 
G
R
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
T
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
S
A
 
G
I
 
L
A
 
A
A
 
A
F
 
M
I
 
V
A
 
I
A
 
A
A
 
M
A
 
I
R
 
E
L
 
L
G
 
K
D
 
E
H
 
S
-
 
G
-
 
K
-
 
P
-
 
F
P
 
N
G
 
G
T
 
T
I
 
V
S
 
K
L
 
L
I
 
L
I
 
A
T
 
T
G
 
-
D
 
-
E
 
-
E
 
-
G
 
-
P
 
V
A
 
G
T
 
E
F
 
E
G
 
V
T
 
G
V
 
E
A
 
L
L
 
G
I
 
G
D
 
E
W
 
Q
M
 
L
K
 
T
A
 
K
R
 
A
G
 
G
L
 
Y
C
 
V
P
 
D
D
 
D
L
 
L
-
 
D
-
 
A
C
 
L
L
 
I
V
 
I
G
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
T
S
 
N
T
 
Y
H
 
S
R
 
L
L
 
M
G
 
-
D
 
-
M
 
-
V
 
-
K
 
-
I
 
Y
G
 
T
R
 
H
R
 
M
G
 
G
S
 
S
V
 
I
N
 
N
M
 
Y
W
 
T
I
 
V
E
 
T
N
 
S
V
 
H
G
 
G
T
 
K
Q
 
E
G
 
A
H
 
H
V
 
S
A
 
S
Y
 
M
P
 
P
H
 
D
L
 
Q
A
 
G
A
 
Y
N
 
N
P
 
A
I
 
I
P
 
N
A
 
H
L
 
L
-
 
N
-
 
E
-
 
F
-
 
I
V
 
T
K
 
K
A
 
A
L
 
N
D
 
A
A
 
E
L
 
M
A
 
N
A
 
H
L
 
L
H
 
A
L
 
E
D
 
T
D
 
I
G
 
E
N
 
N
A
 
P
W
 
V
F
 
L
Q
 
G
P
 
K
S
 
T
N
 
I
L
 
H
E
 
N
I
 
V
T
 
T
T
 
L
V
 
I
D
 
S
V
 
G
G
 
G
N
 
N
A
 
-
A
 
Q
T
 
V
N
 
N
V
 
S
I
 
I
P
 
P
A
 
S
V
 
H
A
 
A
R
 
Q
A
 
L
R
 
Q
L
 
G
N
 
N
I
 
I
R
 
R
F
 
S
N
 
I
D
 
P
E
 
E
H
 
Y
R
 
P
G
 
N
A
 
D
D
 
K
L
 
I
V
 
I
E
 
A
L
 
L
V
 
L
R
 
Q
R
 
S
T
 
I
V
 
V
A
 
N
E
 
E
-
 
L
-
 
N
H
 
Q
A
 
E
P
 
T
A
 
D
A
 
Y
T
 
H
V
 
L
R
 
E
A
 
L
V
 
M
I
 
I
S
 
D
G
 
Y
E
 
N
S
 
K
F
 
I
I
 
P
T
 
V
P
 
K
P
 
A
G
 
D
D
 
P
F
 
D
S
 
S
A
 
P
L
 
L
I
 
I
S
 
H
A
 
S
A
 
I
I
 
Q
M
 
Q
K
 
Q
V
 
F
T
 
S
G
 
Q
L
 
P
T
 
L
P
 
P
E
 
L
L
 
V
S
 
G
T
 
A
T
 
A
G
 
A
G
 
T
T
 
T
S
 
D
D
 
A
A
 
A
R
 
E
F
 
F
L
 
T
-
 
K
-
 
A
S
 
N
K
 
H
L
 
S
C
 
F
P
 
D
V
 
F
V
 
V
E
 
V
F
 
F
G
 
G
L
 
P
C
 
G
N
 
V
A
 
V
T
 
T
M
 
L
-
 
P
H
 
H
K
 
Q
L
 
V
D
 
D
E
 
E
A
 
Y
V
 
V
A
 
E
I
 
I
P
 
D
D
 
N
L
 
Y
H
 
L
A
 
D
L
 
M
A
 
I
D
 
E
I
 
K
Y
 
Y
E
 
Q
D
 
G
I
 
I
V
 
I
R
 
L
T
 
S
V
 
Y
L
 
L
A
 
A

8uw6B Acetylornithine deacetylase from escherichia coli, di-zinc form. (see paper)
26% identity, 67% coverage: 5:256/377 of query aligns to 7:262/381 of 8uw6B

query
sites
8uw6B
L
 
I
D
 
E
L
 
I
T
 
Y
Q
 
R
R
 
A
L
 
L
I
 
I
A
 
A
C
 
T
P
 
P
S
 
S
V
 
I
T
 
S
-
 
A
-
 
T
-
 
E
-
 
E
-
 
A
-
 
L
-
 
D
P
 
Q
A
 
S
D
 
N
A
 
A
G
 
D
A
 
L
M
 
I
A
 
T
V
 
L
I
 
L
A
 
A
T
 
D
A
 
W
L
 
F
E
 
K
S
 
D
I
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
N
V
 
V
H
 
E
R
 
V
F
 
Q
A
 
P
A
 
V
G
 
P
E
 
G
A
 
T
P
 
R
D
 
N
G
 
K
P
 
-
V
 
-
E
 
F
N
 
N
L
 
M
F
 
L
A
 
A
I
 
S
R
 
T
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
G
 
A
P
 
G
H
 
G
F
 
L
A
 
L
F
 
L
A
 
A
G
 
G
H
|
H
S
 
T
D
 
D
V
 
T
V
 
V
P
 
P
P
 
F
G
 
D
D
 
D
G
 
G
-
 
R
W
 
W
T
 
T
S
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
F
V
 
T
P
 
L
E
 
T
I
 
E
R
 
H
G
 
D
E
 
G
L
 
K
L
 
L
H
 
Y
G
 
G
R
 
L
G
 
G
A
 
T
V
 
A
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
G
A
 
-
I
 
F
A
 
F
A
 
A
F
 
F
I
 
I
A
 
L
A
 
D
A
 
A
A
 
L
R
 
R
L
 
D
G
 
V
D
 
D
-
 
V
-
 
T
-
 
K
H
 
L
P
 
K
G
 
K
T
 
P
I
 
L
S
 
Y
L
 
I
I
 
L
I
 
A
T
 
T
G
 
A
D
 
D
E
 
E
E
|
E
G
 
T
P
 
S
A
 
M
T
 
A
F
 
G
G
 
A
T
 
R
V
 
Y
A
 
-
L
 
-
I
 
-
D
 
-
W
 
F
M
 
A
K
 
E
A
 
T
R
 
T
G
 
A
L
 
L
C
 
R
P
 
P
D
 
D
L
 
C
C
 
A
L
 
I
V
 
I
G
 
G
E
|
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
T
 
L
H
 
Q
R
 
P
L
 
V
G
 
R
D
 
-
M
 
-
V
 
-
K
 
-
I
 
-
G
 
A
R
 
H
R
 
K
G
 
G
S
 
H
V
 
I
N
 
S
M
 
N
W
 
A
I
 
I
E
 
R
N
 
I
V
 
Q
G
 
G
T
 
Q
Q
 
S
G
 
G
H
 
H
V
 
S
A
 
S
Y
 
D
P
 
P
H
 
A
L
 
R
A
 
G
A
 
V
N
 
N
P
 
A
I
 
I
P
 
E
A
 
L
L
 
M
V
 
H
K
 
D
A
 
A
L
 
I
D
 
G
A
 
H
L
 
I
A
 
L
A
 
Q
L
 
L
H
 
R
L
 
D
D
 
N
D
 
L
G
 
K
N
 
E
A
 
R
W
 
Y
-
 
H
F
 
Y
Q
 
E
P
 
A
S
 
F
N
 
T
L
 
V
E
 
P
I
 
Y
T
 
P
T
 
T
V
 
L
D
 
N
V
 
L
G
 
G
N
 
H
A
 
I
-
 
H
-
 
G
-
 
G
-
 
D
A
 
A
T
 
S
N
 
N
V
 
R
I
 
I
P
 
C
A
 
A
V
 
W
A
 
C
R
 
E
A
 
L
R
 
H
L
 
M
N
 
D
I
 
I
R
 
R

Sites not aligning to the query:

3pfoA Crystal structure of a putative acetylornithine deacetylase (rpa2325) from rhodopseudomonas palustris cga009 at 1.90 a resolution
27% identity, 57% coverage: 3:218/377 of query aligns to 20:238/426 of 3pfoA

query
sites
3pfoA
D
 
D
P
 
Q
L
 
V
D
 
A
L
 
F
T
 
L
Q
 
Q
R
 
R
L
 
M
I
 
V
A
 
Q
C
 
F
P
 
R
S
 
S
V
 
V
T
 
R
P
 
G
A
 
E
D
 
E
A
 
A
G
 
P
A
 
Q
M
 
Q
A
 
E
V
 
W
I
 
L
A
 
A
T
 
Q
A
 
Q
L
 
F
E
 
A
S
 
D
I
 
R
G
 
G
F
 
Y
T
 
K
V
 
V
H
 
D
R
 
T
F
 
F
A
 
S
A
 
L
G
 
A
E
 
D
A
 
V
-
 
D
-
 
I
-
 
A
-
 
S
-
 
H
-
 
P
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
P
-
 
M
-
 
D
-
 
T
-
 
I
-
 
D
P
 
P
D
 
A
G
 
G
P
 
S
V
 
M
E
 
Q
N
 
V
L
 
V
F
 
A
A
 
T
I
 
A
R
 
D
G
 
S
Q
 
D
G
 
G
-
 
K
G
 
G
P
 
R
H
 
S
F
 
L
A
 
I
F
 
L
A
 
Q
G
 
G
H
|
H
S
 
I
D
 
D
V
 
V
V
 
V
P
 
P
P
 
E
G
 
G
-
 
P
-
 
V
D
 
D
G
 
L
W
 
W
T
 
S
S
 
D
D
 
P
P
 
P
F
 
Y
V
 
E
P
 
A
E
 
K
I
 
V
R
 
R
G
 
D
E
 
G
L
 
W
L
 
M
H
 
I
G
 
G
R
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
Q
D
|
D
M
 
M
K
 
K
G
 
G
A
 
G
I
 
V
A
 
S
A
 
A
F
 
M
I
 
I
A
 
F
A
 
A
A
 
L
A
 
D
R
 
A
L
 
I
-
 
R
-
 
T
-
 
A
G
 
G
D
 
Y
H
 
A
P
 
P
G
 
D
T
 
A
I
 
R
S
 
V
L
 
H
I
 
V
I
 
Q
T
 
T
G
 
V
D
 
T
E
 
E
E
 
E
G
x
E
P
 
S
A
 
T
T
 
G
F
 
N
G
 
G
T
 
A
V
 
L
A
 
S
L
 
T
I
 
L
D
 
-
W
 
-
M
 
-
K
 
-
A
 
M
R
 
R
G
 
G
L
 
Y
C
 
R
P
 
A
D
 
D
L
 
A
C
 
C
L
 
L
V
 
I
G
 
P
E
|
E
P
 
P
T
 
T
S
 
-
T
 
-
H
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
G
D
 
H
M
 
T
V
 
L
K
 
T
I
 
R
G
 
A
R
 
Q
R
 
V
G
 
G
S
 
A
V
 
V
N
 
W
M
 
F
W
 
R
I
 
L
E
 
R
N
 
V
V
 
R
G
 
G
T
 
T
Q
 
P
G
 
V
H
 
H
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
P
 
S
H
 
E
L
 
T
A
 
G
A
 
T
N
 
S
P
 
A
I
 
I
P
 
-
A
 
-
L
 
-
V
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
L
 
L
A
 
S
A
 
A
L
 
M
H
 
H
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Q96KN2 Beta-Ala-His dipeptidase; CNDP dipeptidase 1; Carnosine dipeptidase 1; Glutamate carboxypeptidase-like protein 2; Serum carnosinase; EC 3.4.13.20 from Homo sapiens (Human) (see 4 papers)
27% identity, 52% coverage: 25:219/377 of query aligns to 78:316/507 of Q96KN2

query
sites
Q96KN2
M
 
M
A
 
A
V
 
V
I
 
A
A
 
A
T
 
D
A
 
T
L
 
L
E
 
Q
S
 
R
I
 
L
G
 
G
F
 
A
T
 
R
V
 
V
H
 
A
R
 
S
F
 
V
A
 
D
A
 
M
G
 
G
-
 
P
-
 
Q
E
 
Q
A
 
L
P
 
P
D
 
D
G
 
G
-
 
Q
-
 
S
-
 
L
P
 
P
V
 
I
E
 
P
N
 
P
L
 
V
F
 
I
A
 
L
I
 
A
R
 
E
G
 
L
Q
 
G
G
 
S
G
 
D
P
 
P
H
 
T
-
 
K
-
 
G
-
 
T
F
 
V
A
 
C
F
 
F
A
 
Y
G
 
G
H
|
H
S
 
L
D
 
D
V
 
V
V
 
Q
P
 
P
P
 
A
-
 
D
-
 
R
G
 
G
D
 
D
G
 
G
W
 
W
T
 
L
S
 
T
D
 
D
P
 
P
F
 
Y
V
 
V
-
 
L
P
 
T
E
 
E
I
 
V
R
 
D
G
 
G
E
 
K
L
 
-
L
 
L
H
 
Y
G
 
G
R
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
T
D
|
D
M
 
N
K
 
K
G
 
G
A
 
P
I
 
V
A
 
L
A
 
A
F
 
W
I
 
I
A
 
N
A
 
A
A
 
V
A
 
S
R
 
A
L
 
F
-
 
R
-
 
A
-
 
L
-
 
E
G
 
Q
D
 
D
H
 
L
P
 
P
G
 
V
T
 
N
I
 
I
S
 
K
L
 
F
I
 
I
I
 
I
T
 
E
G
 
G
D
 
M
E
 
E
E
|
E
G
 
A
P
 
-
A
 
-
T
 
-
F
 
-
G
 
G
T
 
S
V
 
V
A
 
A
-
 
L
-
 
E
-
 
E
L
 
L
I
 
V
D
 
E
W
 
K
M
 
E
K
 
K
A
 
D
R
 
R
G
 
F
L
 
F
C
 
S
-
 
G
P
 
V
D
 
D
L
 
Y
C
 
I
L
 
V
V
 
I
G
 
S
E
x
D
P
 
N
T
 
L
S
 
W
T
 
I
H
 
S
R
 
Q
L
 
R
G
 
K
D
 
P
M
 
A
V
 
I
K
 
T
I
 
Y
G
 
G
R
 
T
R
 
R
G
 
G
S
 
N
V
 
S
N
 
Y
M
 
F
W
 
M
I
 
V
E
 
E
N
 
V
-
 
K
-
 
C
-
 
R
-
 
D
-
 
Q
-
 
D
-
 
F
-
 
H
-
 
S
-
 
G
-
 
T
-
 
F
-
 
G
-
 
G
-
 
I
-
 
L
-
 
H
-
 
E
-
 
P
-
 
M
-
 
A
-
 
D
-
 
L
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
L
-
 
G
-
 
S
-
 
L
V
 
V
G
 
D
T
 
S
Q
 
S
G
 
G
H
 
H
V
 
I
A
 
L
Y
 
V
P
 
P
H
 
G
L
 
I
A
 
Y
A
 
D
N
 
E
P
 
V
I
 
V
P
 
P
A
 
L
L
 
T
V
 
E
K
 
E
A
 
E
L
 
I
D
 
N
A
 
T
L
 
Y
A
 
K
A
 
A
L
 
I
H
 
H
L
 
L
D
 
D

Sites not aligning to the query:

Q8C165 N-fatty-acyl-amino acid synthase/hydrolase PM20D1; Peptidase M20 domain-containing protein 1; PM20D1; EC 3.5.1.114; EC 3.5.1.14 from Mus musculus (Mouse) (see paper)
26% identity, 59% coverage: 54:276/377 of query aligns to 106:384/503 of Q8C165

query
sites
Q8C165
N
 
H
L
 
L
F
 
F
A
 
T
I
 
I
R
 
Q
G
 
G
Q
 
S
G
 
D
-
 
P
-
 
S
-
 
L
G
 
Q
P
 
P
H
 
Y
F
 
M
A
 
L
F
 
M
A
 
A
G
 
-
H
|
H
S
 
I
D
|
D
V
 
V
V
 
V
P
 
P
-
 
A
P
 
P
G
 
E
D
 
E
G
 
G
W
 
W
T
 
E
S
 
V
D
 
P
P
 
P
F
 
F
V
 
S
P
 
G
E
 
L
I
 
E
R
 
R
G
 
N
E
 
G
L
 
F
L
 
I
H
 
Y
G
 
G
R
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
L
D
 
D
M
 
N
K
 
K
G
 
N
A
 
S
I
 
V
A
 
M
A
 
A
F
 
I
I
 
L
A
 
H
A
 
A
A
 
L
A
 
E
R
 
L
L
 
L
-
 
L
-
 
I
-
 
R
G
 
N
D
 
Y
H
 
S
P
 
P
G
 
K
T
 
R
I
 
S
S
 
F
L
 
F
I
 
I
I
 
A
T
 
L
G
 
G
-
 
H
D
 
D
E
 
E
E
 
E
G
 
V
P
 
S
A
 
G
T
 
E
F
 
K
G
 
G
T
 
A
V
 
Q
A
 
K
L
 
I
I
 
S
D
 
A
W
 
L
M
 
L
K
 
Q
A
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
V
C
 
Q
P
 
L
-
 
A
-
 
F
-
 
L
-
 
V
-
 
D
-
 
E
-
 
G
D
 
S
L
 
F
C
 
I
L
 
L
V
 
E
G
 
G
E
 
F
P
 
I
T
 
P
S
 
N
T
 
L
H
 
E
R
 
K
L
 
P
G
 
V
D
 
A
M
 
M
V
 
I
K
 
S
I
 
V
G
 
T
R
 
E
R
 
K
G
 
G
S
 
A
V
 
L
N
 
D
M
 
L
W
 
M
I
 
L
E
 
Q
N
 
V
V
 
N
G
 
M
T
 
T
Q
 
P
G
 
G
H
 
H
V
 
S
A
 
S
Y
 
A
P
 
P
-
 
P
-
 
K
-
 
E
-
 
T
-
 
S
-
 
I
-
 
G
-
 
I
-
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
S
H
 
R
L
 
L
A
 
E
A
 
Q
N
 
T
P
 
P
I
 
M
P
 
P
A
 
N
-
 
M
-
 
F
-
 
G
-
 
G
-
 
G
-
 
P
L
 
L
V
 
K
K
 
K
A
 
T
L
 
M
D
 
K
A
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
N
-
 
E
-
 
F
-
 
S
-
 
F
-
 
P
L
 
I
H
 
N
L
 
I
D
 
V
D
 
L
G
 
R
N
 
N
A
 
L
W
 
W
-
 
L
F
 
F
Q
 
H
P
 
P
S
 
I
N
 
V
L
 
S
E
 
R
I
 
I
-
 
M
-
 
E
-
 
R
-
 
N
-
 
P
-
 
I
-
 
T
-
 
N
-
 
A
-
 
L
-
 
V
-
 
R
-
 
T
-
 
T
T
 
T
T
 
A
V
 
L
D
 
T
V
 
M
G
 
F
N
 
N
A
 
A
-
 
G
-
 
I
A
 
K
T
 
V
N
 
N
V
 
V
I
 
I
P
 
P
A
 
P
V
 
L
A
 
A
R
 
Q
A
 
A
R
 
T
L
 
I
N
 
N
I
 
C
R
 
R
F
 
I
N
 
H
D
 
P
E
 
S
H
 
Q
R
 
T
G
 
V
A
 
H
D
 
E
L
 
V
V
 
L
E
 
E
L
 
L
V
 
V
R
 
K
R
 
N
T
 
T
V
 
V
A
 
A
E
 
D

Sites not aligning to the query:

3dljA Crystal structure of human carnosine dipeptidase 1
27% identity, 40% coverage: 68:219/377 of query aligns to 98:283/471 of 3dljA

query
sites
3dljA
F
 
F
A
 
Y
G
 
G
H
|
H
S
 
L
D
 
D
V
 
V
V
 
Q
P
 
P
P
 
A
-
 
D
-
 
R
G
 
G
D
 
D
G
 
G
W
 
W
T
 
L
S
 
T
D
 
D
P
 
P
F
 
Y
V
 
V
-
 
L
P
 
T
E
 
E
I
 
V
R
 
D
G
 
G
E
 
K
L
 
-
L
 
L
H
 
Y
G
 
G
R
 
R
G
 
G
A
 
A
V
 
T
D
|
D
M
 
N
K
 
K
G
 
G
A
 
P
I
 
V
A
 
L
A
 
A
F
 
W
I
 
I
A
 
N
A
 
A
A
 
V
A
 
S
R
 
A
L
 
F
-
 
R
-
 
A
-
 
L
-
 
E
G
 
Q
D
 
D
H
 
L
P
 
P
G
 
V
T
 
N
I
 
I
S
 
K
L
 
F
I
 
I
I
 
I
T
 
E
G
 
G
D
 
M
E
 
E
E
|
E
G
 
A
P
 
-
A
 
-
T
 
-
F
 
-
G
 
G
T
 
S
V
 
V
A
 
A
L
 
L
I
 
E
D
 
E
W
 
L
M
 
V
K
 
E
A
 
K
R
 
E
G
 
K
-
 
D
-
 
R
-
 
F
-
 
F
-
 
S
-
 
G
-
 
V
-
 
D
-
 
Y
-
 
I
L
 
V
C
 
I
P
 
S
D
|
D
L
 
N
C
 
L
L
 
W
V
 
I
G
 
S
E
 
K
P
 
P
T
 
A
S
 
I
T
 
T
H
 
Y
R
 
-
L
 
-
G
 
-
D
 
-
M
 
-
V
 
-
K
 
-
I
 
-
G
 
G
R
 
T
R
 
R
G
 
G
S
 
N
V
 
S
N
 
Y
M
 
F
W
 
M
I
 
V
E
 
E
N
 
V
-
 
K
-
 
C
-
 
R
-
 
D
-
 
Q
-
 
D
-
 
F
-
 
H
-
 
S
-
 
G
-
 
T
-
 
F
-
 
G
-
 
G
-
 
I
-
 
L
-
 
H
-
 
E
-
 
P
-
 
M
-
 
A
-
 
D
-
 
L
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
L
-
 
G
-
 
S
-
 
L
V
 
V
G
 
D
T
 
S
Q
 
S
G
 
G
H
 
H
V
 
I
A
 
L
Y
 
V
P
 
P
H
 
G
L
 
I
A
 
Y
A
 
D
N
 
E
P
 
V
I
 
V
P
 
P
A
 
L
L
 
T
V
 
E
K
 
E
A
 
E
L
 
I
D
 
N
A
 
T
L
 
Y
A
 
K
A
 
A
L
 
I
H
 
H
L
 
L
D
 
D

Sites not aligning to the query:

2pokA Crystal structure of a m20 family metallo peptidase from streptococcus pneumoniae
41% identity, 19% coverage: 68:137/377 of query aligns to 88:163/458 of 2pokA

query
sites
2pokA
F
 
F
A
 
Y
G
 
N
H
|
H
S
 
Y
D
 
D
V
 
T
V
 
V
P
 
P
P
 
A
-
 
D
G
 
G
D
 
D
G
 
Q
-
 
V
W
 
W
T
 
T
S
 
E
D
 
D
P
 
P
F
 
F
V
 
T
P
 
L
E
 
S
I
 
V
R
 
R
G
 
N
E
 
G
L
 
F
L
 
M
H
 
Y
G
 
G
R
 
R
G
 
G
A
 
V
V
 
D
D
|
D
M
 
D
K
 
K
G
 
G
A
 
H
I
 
I
A
 
T
A
 
A
F
 
R
I
 
L
A
 
S
A
 
A
A
 
L
A
 
R
R
 
K
L
 
Y
G
 
M
D
 
Q
H
 
H
-
 
H
-
 
D
-
 
D
-
 
L
P
 
P
G
 
V
T
 
N
I
 
I
S
 
S
L
 
F
I
 
I
I
 
M
T
 
E
G
 
G
D
 
A
E
|
E
E
 
E
G
 
S
P
 
A
A
 
S
T
 
T

Sites not aligning to the query:

3ki9A Crystal structure of staphylococcus aureus metallopeptidase (sapep/dape) in the mn2+ bound form (see paper)
35% identity, 27% coverage: 60:161/377 of query aligns to 74:183/467 of 3ki9A

query
sites
3ki9A
G
 
G
Q
 
K
G
 
G
G
 
N
P
 
D
H
 
V
F
 
L
A
 
G
F
 
I
A
 
L
G
 
C
H
|
H
S
 
V
D
 
D
V
 
V
V
 
V
P
 
P
P
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
W
 
W
T
 
D
S
 
S
D
 
N
P
 
P
F
 
F
V
 
E
P
 
P
E
 
V
I
 
V
R
 
T
G
 
E
E
 
D
L
 
A
L
 
I
H
 
I
G
 
A
R
 
R
G
 
G
A
 
T
V
 
L
D
|
D
M
 
D
K
 
K
G
 
G
-
 
P
A
 
T
I
 
I
A
 
A
A
 
A
F
 
Y
I
 
Y
A
 
A
A
 
I
A
 
K
A
 
I
R
 
L
L
 
E
G
 
D
-
 
M
-
 
N
-
 
V
D
 
D
H
 
W
P
 
K
G
 
K
T
 
R
I
 
I
S
 
H
L
 
M
I
 
I
I
 
I
T
 
G
G
 
T
D
 
D
E
 
E
E
|
E
G
 
S
P
 
D
-
 
W
A
 
K
T
 
C
F
 
T
G
 
D
T
 
R
V
 
Y
A
 
F
L
 
K
I
 
T
D
 
E
W
 
E
M
 
M
K
 
P
A
 
T
R
 
L
G
 
G
L
 
F
C
 
A
P
 
P
D
|
D
L
 
A
-
 
E
-
 
F
-
 
P
C
 
C
L
 
I
V
 
H
G
 
G
E
 
E

Sites not aligning to the query:

P45494 Beta-Ala-Xaa dipeptidase; Beta-Ala-His dipeptidase; Peptidase V; EC 3.4.13.- from Lactobacillus delbrueckii subsp. lactis (see paper)
51% identity, 12% coverage: 60:105/377 of query aligns to 76:122/470 of P45494

query
sites
P45494
G
 
G
Q
 
A
G
 
G
G
 
D
P
 
K
H
 
R
F
 
L
A
 
G
F
 
I
A
 
I
G
 
G
H
|
H
S
 
M
D
 
D
V
 
V
V
 
V
P
 
P
P
 
A
G
 
G
D
 
E
G
 
G
W
 
W
T
 
T
S
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
F
V
 
K
P
 
M
E
 
E
I
 
I
R
 
D
G
 
E
E
 
E
-
 
G
L
 
R
L
 
I
H
 
Y
G
 
G
R
 
R
G
 
G
A
 
S
V
 
A
D
|
D
M
 
D
K
 
K
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1lfwA Crystal structure of pepv (see paper)
51% identity, 12% coverage: 60:105/377 of query aligns to 76:122/468 of 1lfwA

query
sites
1lfwA
G
 
G
Q
 
A
G
 
G
G
 
D
P
 
K
H
 
R
F
 
L
A
 
G
F
 
I
A
 
I
G
 
G
H
|
H
S
 
M
D
 
D
V
 
V
V
 
V
P
 
P
P
 
A
G
 
G
D
 
E
G
 
G
W
 
W
T
 
T
S
 
R
D
 
D
P
 
P
F
 
F
V
 
K
P
 
M
E
 
E
I
 
I
R
 
D
G
 
E
E
 
E
-
 
G
L
 
R
L
 
I
H
 
Y
G
 
G
R
 
R
G
 
G
A
 
S
V
 
A
D
|
D
M
 
D
K
 
K
G
 
G

Sites not aligning to the query:

Q8P8J5 N-acetyl-L-citrulline deacetylase; ACDase; Acetylcitrulline deacetylase; EC 3.5.1.- from Xanthomonas campestris pv. campestris (strain ATCC 33913 / DSM 3586 / NCPPB 528 / LMG 568 / P 25) (see paper)
33% identity, 39% coverage: 49:194/377 of query aligns to 53:183/366 of Q8P8J5

query
sites
Q8P8J5
D
 
D
G
 
G
P
 
A
V
 
V
E
 
-
N
 
S
L
 
L
F
 
Y
A
 
A
I
 
V
R
 
R
G
 
G
Q
 
T
G
 
-
G
 
-
P
 
P
H
 
K
F
 
Y
A
 
L
F
 
F
A
 
N
G
 
V
H
|
H
S
 
L
D
 
D
V
 
T
V
 
V
P
 
P
P
 
D
G
 
S
D
 
P
G
 
H
W
 
W
T
 
S
S
 
A
D
 
D
P
 
P
F
 
H
V
 
V
P
 
M
E
 
R
I
 
R
R
 
T
G
 
E
E
 
D
L
 
R
L
 
V
H
 
I
G
 
G
R
 
L
G
 
G
A
 
V
V
 
C
D
|
D
M
 
I
K
 
K
G
 
G
A
 
A
I
 
A
A
 
A
A
 
A
F
 
L
I
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
N
R
 
A
L
 
G
G
 
-
D
 
-
H
 
-
P
 
D
G
 
G
T
 
D
I
 
A
S
 
A
L
 
F
I
 
L
I
 
F
T
 
S
G
 
S
D
 
D
E
 
E
E
 
E
G
 
A
P
 
N
A
 
D
T
 
P
F
 
R
G
 
C
T
 
I
V
 
A
A
 
A
L
 
F
I
 
L
D
 
-
W
 
-
M
 
-
K
 
-
A
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
L
C
 
P
P
 
Y
D
 
D
L
 
A
C
 
V
L
 
L
V
 
V
G
 
A
E
|
E
P
 
P
T
 
T
S
 
M
T
 
S
H
 
E
R
 
A
L
 
V
G
 
-
D
 
-
M
 
-
V
 
-
K
 
-
I
 
L
G
 
A
R
 
H
R
 
R
G
 
G
S
 
I
V
 
S
N
 
S
M
 
V
W
 
L
I
 
M
E
 
R
N
 
F
V
 
A
G
 
G
T
 
R
Q
 
A
G
 
G
H
 
H
V
 
A
A
 
S

Query Sequence

>WP_012049805.1 NCBI__GCF_000016765.1:WP_012049805.1
MIDPLDLTQRLIACPSVTPADAGAMAVIATALESIGFTVHRFAAGEAPDGPVENLFAIRG
QGGPHFAFAGHSDVVPPGDGWTSDPFVPEIRGELLHGRGAVDMKGAIAAFIAAAARLGDH
PGTISLIITGDEEGPATFGTVALIDWMKARGLCPDLCLVGEPTSTHRLGDMVKIGRRGSV
NMWIENVGTQGHVAYPHLAANPIPALVKALDALAALHLDDGNAWFQPSNLEITTVDVGNA
ATNVIPAVARARLNIRFNDEHRGADLVELVRRTVAEHAPAATVRAVISGESFITPPGDFS
ALISAAIMKVTGLTPELSTTGGTSDARFLSKLCPVVEFGLCNATMHKLDEAVAIPDLHAL
ADIYEDIVRTVLAHPGA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory