SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012102004.1 NCBI__GCF_000016505.1:WP_012102004.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

Q72X44 Homoserine O-acetyltransferase; HAT; Homoserine transacetylase; HTA; EC 2.3.1.31 from Bacillus cereus (strain ATCC 10987 / NRS 248) (see paper)
64% identity, 97% coverage: 1:301/309 of query aligns to 1:301/301 of Q72X44

query
sites
Q72X44
M
 
M
P
 
P
I
 
I
K
 
I
I
 
I
K
 
D
D
 
K
D
 
D
L
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
R
E
 
K
I
 
V
L
 
L
N
 
Q
S
 
E
E
 
E
N
 
N
I
 
I
F
 
F
I
 
V
M
 
M
P
 
T
E
 
K
N
 
E
V
 
R
A
 
A
F
 
E
H
 
T
Q
 
Q
D
 
D
I
 
I
R
 
R
P
 
A
L
 
L
K
 
K
I
 
I
A
 
A
I
 
I
L
 
L
N
 
N
L
 
L
M
 
M
P
 
P
I
 
T
K
|
K
I
 
Q
T
 
E
T
 
T
E
 
E
V
 
A
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
L
I
 
I
G
 
G
N
 
N
T
 
T
A
 
P
L
 
L
Q
 
Q
I
 
L
E
 
D
I
 
V
E
 
H
L
 
L
L
 
L
H
 
H
L
 
M
K
 
E
T
 
S
H
 
H
V
 
L
C
 
S
K
 
R
N
 
N
T
 
V
S
 
A
E
 
Q
E
 
E
Y
 
H
L
 
L
T
 
T
N
 
S
F
 
F
Y
 
Y
R
 
K
T
 
T
F
 
F
D
 
R
E
 
D
I
 
I
K
 
E
N
 
N
E
 
E
K
 
K
F
 
F
D
 
D
G
 
G
L
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
T
G
 
G
A
 
A
P
 
P
I
 
V
E
|
E
Q
 
T
L
 
L
E
 
S
F
 
F
S
 
E
R
 
E
V
 
V
N
 
D
Y
 
Y
W
 
W
E
 
E
E
 
E
L
 
L
K
 
K
D
 
R
I
 
I
M
 
M
E
 
E
W
 
Y
S
 
S
K
 
K
C
 
T
H
 
N
V
 
V
Y
 
T
S
 
S
T
 
T
L
 
L
H
 
H
I
 
I
C
|
C
W
 
W
G
 
G
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
H
H
 
H
Y
 
Y
G
 
G
I
 
V
P
 
Q
K
 
K
Y
 
Y
I
 
P
L
 
L
K
 
K
E
 
E
K
|
K
L
 
M
F
 
F
G
 
G
V
 
V
F
 
F
K
 
E
H
 
H
E
 
E
V
 
V
T
 
R
E
 
E
E
 
Q
K
 
H
E
 
V
K
 
K
L
 
L
V
 
L
R
 
Q
G
 
G
F
 
F
D
 
D
D
 
E
E
 
L
F
 
F
Y
 
F
V
 
A
P
 
P
H
 
H
S
|
S
R
 
R
Y
 
H
T
 
T
E
 
E
V
 
V
K
 
R
R
 
E
E
 
S
D
 
D
V
 
I
E
 
R
K
 
E
V
 
V
K
 
K
E
 
E
L
 
L
T
 
T
I
 
L
L
 
L
A
 
A
Q
 
N
S
 
S
K
 
E
K
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
V
Y
 
H
L
 
L
I
 
V
L
 
I
D
 
G
N
 
Q
K
 
E
G
 
G
R
 
R
R
 
Q
I
 
V
F
 
F
V
 
A
T
 
L
G
 
G
H
|
H
S
 
S
E
|
E
Y
 
Y
D
 
S
P
 
C
L
 
D
T
 
T
L
 
L
K
 
K
D
 
Q
E
 
E
Y
 
Y
M
 
E
R
|
R
D
 
D
I
 
R
S
 
D
K
 
K
G
 
G
E
 
L
D
 
N
I
 
I
K
 
D
M
 
V
P
 
P
E
 
K
N
 
N
Y
 
Y
F
 
F
P
 
K
D
 
H
D
 
D
N
 
N
P
 
P
D
 
N
R
 
E
K
 
K
P
 
P
V
 
L
V
 
V
K
 
R
W
 
W
R
 
R
S
 
S
H
 
H
A
 
G
D
 
N
L
 
L
L
 
L
F
 
F
S
 
S
N
 
N
W
 
W
L
 
L
N
 
N
Y
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
Y
 
Y
Q
 
Q
E
 
E
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
D
 
V
L
 
L

2vdjA Crystal structure of homoserine o-acetyltransferase (meta) from bacillus cereus with homoserine (see paper)
62% identity, 90% coverage: 18:296/309 of query aligns to 2:268/268 of 2vdjA

query
sites
2vdjA
E
 
E
N
 
N
I
 
I
F
 
F
I
 
V
M
 
M
P
 
T
E
 
K
N
 
E
V
 
R
A
 
A
F
 
E
H
 
T
Q
 
Q
D
 
D
I
 
I
R
 
R
P
 
A
L
 
L
K
 
K
I
 
I
A
 
A
I
 
I
L
 
L
N
 
N
L
 
L
M
 
M
P
 
P
I
 
T
K
 
K
I
 
Q
T
 
E
T
 
T
E
 
E
V
 
A
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
L
I
 
I
G
 
G
N
 
N
T
 
T
A
 
P
L
 
L
Q
 
Q
I
 
L
E
 
D
I
 
V
E
 
H
L
 
L
L
 
L
H
 
H
L
 
M
K
 
E
T
 
S
H
 
-
V
 
-
C
 
-
K
 
-
N
 
-
T
 
-
S
 
-
E
 
-
E
 
-
Y
 
-
L
 
-
T
 
-
N
 
S
F
 
F
Y
 
Y
R
 
K
T
 
T
F
 
F
D
 
R
E
 
D
I
 
I
K
 
E
N
 
N
E
 
E
K
 
K
F
 
F
D
 
D
G
 
G
L
 
L
I
 
I
I
 
I
T
 
T
G
 
G
A
 
A
P
 
P
I
 
V
E
 
E
Q
 
T
L
 
L
E
 
S
F
 
F
S
 
E
R
 
E
V
 
V
N
 
D
Y
 
Y
W
 
W
E
 
E
E
 
E
L
 
L
K
 
K
D
 
R
I
 
I
M
 
M
E
 
E
W
 
Y
S
 
S
K
 
K
C
 
T
H
 
N
V
 
V
Y
 
T
S
 
S
T
 
T
L
 
L
H
 
H
I
 
I
C
 
C
W
 
W
G
 
G
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
Y
 
H
H
 
H
Y
 
Y
G
 
G
I
 
V
P
 
Q
K
 
K
Y
 
Y
I
 
P
L
 
L
K
 
K
E
 
E
K
 
K
L
 
M
F
 
F
G
 
G
V
 
V
F
 
F
K
 
E
H
 
H
E
 
E
V
 
V
T
 
R
E
 
E
E
 
Q
K
 
H
E
 
V
K
 
K
L
 
L
V
 
L
R
 
Q
G
 
G
F
 
F
D
 
D
D
 
E
E
 
L
F
 
F
Y
 
F
V
 
A
P
 
V
H
 
H
S
|
S
R
 
R
Y
 
H
T
 
T
E
 
E
V
 
V
K
 
R
R
 
E
E
 
S
D
 
D
V
 
I
E
 
R
K
 
E
V
 
V
K
 
K
E
 
E
L
 
L
T
 
T
I
 
L
L
 
L
A
 
A
Q
 
N
S
 
S
K
 
E
K
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
V
Y
 
H
L
 
L
I
 
V
L
 
I
D
 
G
N
 
Q
K
 
E
G
 
G
R
 
R
R
 
Q
I
 
V
F
 
F
V
 
A
T
 
L
G
 
G
H
|
H
S
 
S
E
 
E
Y
 
Y
D
 
S
P
 
C
L
 
D
T
 
T
L
 
L
K
 
K
D
 
Q
E
|
E
Y
 
Y
M
 
E
R
|
R
D
 
D
I
 
R
S
 
D
K
 
K
G
 
G
E
 
L
D
 
N
I
 
I
K
 
D
M
 
V
P
 
P
E
 
K
N
 
N
Y
 
Y
F
 
F
P
 
K
D
 
H
D
 
D
N
 
N
P
 
P
D
 
N
R
 
E
K
 
K
P
 
P
V
 
L
V
 
V
K
 
R
W
 
W
R
 
R
S
 
S
H
 
H
A
 
G
D
 
N
L
 
L
L
 
L
F
 
F
S
 
S
N
 
N
W
 
W
L
 
L
N
 
N
Y
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
Y
 
Y
Q
 
Q
E
 
E

P07623 Homoserine O-succinyltransferase; HST; Homoserine transsuccinylase; HTS; EC 2.3.1.46 from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
49% identity, 100% coverage: 1:308/309 of query aligns to 1:308/309 of P07623

query
sites
P07623
M
|
M
P
 
P
I
 
I
K
 
R
I
 
V
K
 
P
D
 
D
D
 
E
L
 
L
P
 
P
A
 
A
A
 
V
E
 
N
I
 
F
L
 
L
N
 
R
S
 
E
E
 
E
N
 
N
I
 
V
F
 
F
I
 
V
M
 
M
P
 
T
E
 
T
N
 
S
V
 
R
A
 
A
F
 
S
H
 
G
Q
 
Q
D
 
E
I
 
I
R
 
R
P
 
P
L
 
L
K
 
K
I
 
V
A
 
L
I
 
I
L
 
L
N
 
N
L
 
L
M
 
M
P
 
P
I
x
K
K
|
K
I
 
I
T
 
E
T
 
T
E
 
E
V
 
N
Q
 
Q
L
 
F
L
 
L
R
 
R
L
 
L
I
 
L
G
 
S
N
 
N
T
 
S
A
 
P
L
 
L
Q
 
Q
I
 
V
E
 
D
I
 
I
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
H
 
R
L
 
I
K
 
D
T
 
S
H
 
R
V
 
E
C
 
S
K
 
R
N
 
N
T
 
T
S
 
P
E
 
A
E
 
E
Y
 
H
L
 
L
T
 
N
N
 
N
F
 
F
Y
 
Y
R
x
C
T
 
N
F
 
F
D
 
E
E
 
D
I
 
I
K
 
Q
N
 
D
E
 
Q
K
 
N
F
 
F
D
 
D
G
 
G
L
 
L
I
 
I
I
 
V
T
 
T
G
 
G
A
 
A
P
 
P
I
 
L
E
 
G
Q
 
L
L
 
V
E
 
E
F
 
F
S
 
N
R
 
D
V
 
V
N
 
A
Y
 
Y
W
 
W
E
 
P
E
 
Q
L
 
I
K
 
K
D
 
Q
I
 
V
M
 
L
E
 
E
W
 
W
S
 
S
K
 
K
C
 
D
H
 
H
V
 
V
Y
 
T
S
 
S
T
 
T
L
 
L
H
 
F
I
 
V
C
|
C
W
 
W
G
 
A
A
 
V
Q
 
Q
A
 
A
G
 
A
L
 
L
Y
 
N
Y
 
I
H
 
L
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
P
 
P
K
|
K
Y
 
Q
I
 
T
L
 
R
K
 
T
E
 
E
K
 
K
L
 
L
F
 
S
G
 
G
V
 
V
F
 
Y
K
 
E
H
 
H
E
 
H
V
 
I
T
 
L
E
 
H
E
 
P
K
 
H
E
 
A
K
 
L
L
 
L
V
 
T
R
 
R
G
 
G
F
 
F
D
 
D
D
 
D
E
 
S
F
 
F
Y
 
L
V
 
A
P
 
P
H
 
H
S
 
S
R
|
R
Y
 
Y
T
 
A
E
 
D
V
 
F
K
 
P
R
 
A
E
 
A
D
 
L
V
 
I
E
 
R
K
 
D
V
 
Y
K
 
T
E
 
D
L
 
L
T
 
E
I
 
I
L
 
L
A
 
A
Q
 
E
S
 
T
K
 
E
K
 
E
A
 
G
G
 
D
V
 
A
Y
 
Y
L
 
L
I
 
F
L
 
A
D
 
S
N
 
K
K
 
D
G
 
K
R
 
R
R
 
I
I
 
A
F
 
F
V
 
V
T
 
T
G
 
G
H
|
H
S
 
P
E
|
E
Y
|
Y
D
 
D
P
 
A
L
 
Q
T
 
T
L
 
L
K
 
A
D
 
Q
E
|
E
Y
 
F
M
 
F
R
|
R
D
 
D
I
 
V
S
 
E
K
 
A
G
 
G
E
 
L
D
 
D
I
 
P
K
 
D
M
 
V
P
 
P
E
 
Y
N
 
N
Y
 
Y
F
 
F
P
 
P
D
 
H
D
 
N
N
 
D
P
 
P
D
 
Q
R
 
N
K
 
T
P
 
P
V
 
R
V
 
A
K
 
S
W
 
W
R
 
R
S
 
S
H
 
H
A
 
G
D
 
N
L
 
L
L
 
L
F
 
F
S
 
T
N
 
N
W
 
W
L
 
L
N
 
N
Y
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
Y
 
Y
Q
 
Q
E
 
I
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
D
 
D
L
 
L
S
 
R
E
 
H
M
 
M
P
 
N
P
 
P
S
 
T
F
 
L

Query Sequence

>WP_012102004.1 NCBI__GCF_000016505.1:WP_012102004.1
MPIKIKDDLPAAEILNSENIFIMPENVAFHQDIRPLKIAILNLMPIKITTEVQLLRLIGN
TALQIEIELLHLKTHVCKNTSEEYLTNFYRTFDEIKNEKFDGLIITGAPIEQLEFSRVNY
WEELKDIMEWSKCHVYSTLHICWGAQAGLYYHYGIPKYILKEKLFGVFKHEVTEEKEKLV
RGFDDEFYVPHSRYTEVKREDVEKVKELTILAQSKKAGVYLILDNKGRRIFVTGHSEYDP
LTLKDEYMRDISKGEDIKMPENYFPDDNPDRKPVVKWRSHADLLFSNWLNYYVYQETPYD
LSEMPPSFL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory