SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012102027.1 NCBI__GCF_000016505.1:WP_012102027.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P0DXC4 Canavanine gamma-lyase; CangammaL; EC 4.4.1.43 from Pseudomonas canavaninivorans (see paper)
54% identity, 97% coverage: 11:390/393 of query aligns to 15:398/400 of P0DXC4

query
sites
P0DXC4
T
 
T
K
 
L
C
 
A
I
 
V
H
 
H
V
 
G
G
 
G
N
 
N
G
 
V
I
 
A
D
 
D
K
 
A
E
 
T
T
 
S
G
 
G
A
 
A
I
 
V
R
 
R
R
 
T
P
 
P
I
 
L
T
 
V
M
 
M
A
 
A
N
 
N
C
 
S
Y
 
Y
R
 
L
L
 
L
P
 
P
E
 
E
D
 
D
A
 
P
S
 
A
S
 
T
I
 
M
N
 
D
W
 
W
S
 
S
D
 
S
A
 
P
D
 
D
Q
 
G
L
 
L
L
 
V
Y
 
Y
T
 
T
R
 
R
N
 
N
T
 
Q
S
 
G
A
 
H
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
Y
 
C
L
 
L
Q
 
E
E
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
A
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
C
E
 
E
D
 
A
C
 
A
V
 
V
V
 
V
L
 
F
A
 
A
S
 
T
G
 
G
V
 
V
S
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
H
G
 
S
V
 
V
F
 
F
F
 
F
S
 
S
F
 
F
L
 
L
N
 
K
K
 
S
E
 
G
S
 
D
H
 
H
V
 
V
I
 
I
C
 
V
S
 
S
N
 
D
V
 
I
S
 
T
Y
 
Y
I
 
Q
A
 
A
V
 
V
Y
 
W
R
 
R
L
 
L
L
 
F
N
 
A
E
 
E
Y
 
L
L
 
L
P
 
P
D
 
E
K
 
R
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
Q
 
E
T
 
A
S
 
T
F
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
V
S
 
G
N
 
D
L
 
L
E
 
D
E
 
S
I
 
V
K
 
R
K
 
Q
A
 
A
I
 
L
R
 
R
P
 
P
N
 
N
T
 
T
K
 
R
L
 
L
I
 
I
H
 
H
I
 
T
E
 
E
T
 
V
P
 
I
G
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
T
K
 
K
I
 
V
S
 
A
D
 
D
I
 
I
E
 
G
E
 
A
I
 
L
S
 
T
K
 
E
I
 
I
V
 
A
K
 
H
S
 
A
I
 
H
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
I
S
 
S
V
 
V
D
 
D
S
 
A
T
 
T
F
 
F
A
 
T
S
 
P
P
 
P
F
 
P
L
 
F
Q
 
F
R
 
R
P
 
A
L
 
S
Q
 
Q
L
 
Q
G
 
G
A
 
V
D
 
D
L
 
F
V
 
V
I
 
V
H
 
H
S
 
S
L
 
L
T
 
T
K
|
K
Y
 
Y
I
 
I
N
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
A
 
A
M
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
K
 
T
K
 
Q
E
 
R
L
 
M
I
 
I
D
 
D
K
 
K
I
 
I
K
 
K
R
 
N
E
 
D
A
 
A
M
 
L
V
 
V
N
 
D
L
 
L
G
 
G
G
 
A
T
 
T
I
 
I
S
 
S
P
 
P
F
 
F
N
 
N
A
 
A
W
 
W
L
 
M
I
 
I
M
 
M
R
 
R
G
 
G
V
 
S
V
 
V
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
L
R
 
R
M
 
L
K
 
N
Q
 
Q
H
 
L
S
 
L
D
 
S
T
 
S
A
 
A
L
 
G
E
 
K
V
 
I
A
 
A
E
 
E
F
 
F
L
 
L
E
 
D
S
 
S
N
 
D
P
 
D
V
 
R
V
 
I
K
 
A
F
 
Y
V
 
V
A
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
A
S
 
S
H
 
H
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
N
 
E
I
 
L
A
 
A
K
 
R
K
 
R
Q
 
Q
M
 
F
-
 
A
-
 
G
N
 
K
M
 
G
Y
 
Y
S
 
G
G
 
A
I
 
M
I
 
M
A
 
A
F
 
F
A
 
A
L
 
V
K
 
K
A
 
G
D
 
D
V
 
P
D
 
D
T
 
T
H
 
Q
N
 
N
K
 
R
F
 
F
I
 
V
N
 
S
S
 
N
L
 
L
K
 
R
L
 
I
I
 
I
T
 
T
Q
 
S
A
 
A
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
G
H
 
H
D
 
D
E
 
E
S
 
S
L
 
L
I
 
I
V
 
V
Y
 
H
T
 
V
G
 
G
P
 
A
N
 
-
D
 
E
E
 
G
R
 
R
I
 
G
N
 
G
F
 
F
-
 
D
-
 
K
Y
 
Y
P
 
P
E
 
E
Q
 
E
F
 
F
R
 
R
E
 
Q
-
 
Y
G
 
G
Y
 
H
I
 
L
R
 
R
F
 
F
S
 
S
I
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
S
 
D
A
 
P
S
 
E
D
 
D
I
 
L
I
 
I
A
 
S
D
 
D
L
 
I
K
 
T
Q
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
D
K
 
E
C
 
T

6egrA Crystal structure of citrobacter freundii methionine gamma-lyase with v358y replacement (see paper)
41% identity, 98% coverage: 3:389/393 of query aligns to 2:394/396 of 6egrA

query
sites
6egrA
D
 
D
D
 
C
N
 
R
N
 
T
I
 
Y
D
 
G
F
 
F
I
 
N
T
 
T
K
 
Q
C
 
I
I
 
V
H
 
H
V
 
A
G
 
G
N
 
Q
G
 
Q
I
 
P
D
 
D
K
 
P
E
 
S
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
L
R
 
S
R
 
T
P
 
P
I
 
I
T
 
F
M
 
Q
A
 
T
N
 
S
C
 
T
Y
 
F
R
 
V
L
 
F
-
 
D
-
 
S
P
 
A
E
 
E
D
 
Q
A
 
G
S
 
A
S
 
A
I
 
R
N
 
F
W
 
A
S
 
L
D
 
E
A
 
E
D
 
S
Q
 
G
L
 
Y
L
 
I
Y
 
Y
T
 
T
R
 
R
N
 
L
T
 
G
S
 
N
A
 
P
N
 
T
Q
 
T
V
 
D
Y
 
A
L
 
L
Q
 
E
E
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
V
L
 
L
E
 
E
G
 
R
G
 
G
E
 
E
D
 
A
C
 
G
V
 
L
V
 
A
L
 
T
A
 
A
S
 
S
G
|
G
V
x
I
S
 
S
A
 
A
L
 
I
A
 
T
G
 
T
V
 
T
F
 
L
F
 
L
S
 
T
F
 
L
L
 
C
N
 
Q
K
 
Q
E
 
G
S
 
D
H
 
H
V
 
I
I
 
V
C
 
S
S
 
A
N
 
S
V
 
A
S
 
I
Y
|
Y
I
 
G
A
 
C
V
 
T
Y
 
H
R
 
A
L
 
F
L
 
L
N
 
S
E
 
H
Y
 
S
L
 
M
P
 
P
D
 
-
K
 
K
Y
 
F
G
 
G
I
 
I
Q
 
N
T
 
V
S
 
S
F
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
A
S
 
A
N
 
K
L
 
P
E
 
E
E
 
E
I
 
I
K
 
R
K
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
R
P
 
P
N
 
E
T
 
T
K
 
K
L
 
V
I
 
V
H
 
Y
I
 
I
E
|
E
T
 
T
P
 
P
G
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
L
K
 
S
I
 
L
S
 
V
D
 
D
I
 
I
E
 
E
E
 
T
I
 
V
S
 
A
K
 
G
I
 
I
V
 
A
K
 
H
S
 
Q
I
 
Q
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
S
 
V
V
 
V
D
|
D
S
 
N
T
|
T
F
|
F
A
 
M
S
 
S
P
 
P
F
 
Y
L
 
C
Q
 
Q
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
V
H
 
H
S
|
S
L
 
V
T
|
T
K
|
K
Y
 
Y
I
 
I
N
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
A
 
V
M
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
I
V
 
I
I
 
V
G
 
G
K
 
K
K
 
Q
E
 
E
L
 
F
I
 
I
D
 
D
K
 
Q
I
 
A
K
 
R
R
 
F
E
 
V
A
 
G
M
 
L
V
 
K
N
 
D
L
 
I
-
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
C
I
 
M
S
 
S
P
 
P
F
 
F
N
 
N
A
 
A
W
 
W
L
 
L
I
 
T
M
 
L
R
 
R
G
 
G
V
 
V
V
 
K
T
 
T
L
 
L
P
 
G
L
 
I
R
 
R
M
 
M
K
 
E
Q
 
R
H
 
H
S
 
C
D
 
E
T
 
N
A
 
A
L
 
L
E
 
K
V
 
I
A
 
A
E
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
E
S
 
G
N
 
H
P
 
P
V
 
S
V
 
I
K
 
T
F
 
R
V
 
V
A
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
S
S
 
S
H
 
H
P
 
P
Q
 
Q
H
 
Y
N
 
E
I
 
L
A
 
G
K
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
M
 
M
N
 
S
M
 
L
Y
 
P
S
 
G
G
 
G
I
 
I
I
 
I
A
 
S
F
 
F
A
 
E
L
 
I
K
 
A
A
 
G
D
 
G
V
 
L
D
 
E
T
 
A
H
 
G
N
 
R
K
 
R
F
 
M
I
 
I
N
 
N
S
 
S
L
 
V
K
 
E
L
 
L
I
 
C
T
 
L
Q
 
L
A
 
A
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
G
H
 
D
D
 
T
E
 
E
S
 
T
L
 
L
I
 
I
V
 
Q
Y
 
H
T
 
P
G
 
A
P
 
S
N
 
M
D
 
T
E
 
H
R
 
S
I
 
-
N
 
P
F
 
Y
Y
 
A
P
 
P
E
 
E
Q
 
E
-
 
R
-
 
L
-
 
K
-
 
A
-
 
G
F
 
I
R
 
T
E
 
D
G
 
G
Y
 
L
I
 
I
R
 
R
F
 
L
S
 
S
I
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
S
 
D
A
 
P
S
 
E
D
 
D
I
 
I
I
 
I
A
 
N
D
 
D
L
 
L
K
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
K
 
R
K
 
K

4omaA The crystal structure of methionine gamma-lyase from citrobacter freundii in complex with l-cycloserine pyridoxal-5'-phosphate (see paper)
41% identity, 98% coverage: 3:389/393 of query aligns to 2:394/396 of 4omaA

query
sites
4omaA
D
 
D
D
 
C
N
 
R
N
 
T
I
 
Y
D
 
G
F
 
F
I
 
N
T
 
T
K
 
Q
C
 
I
I
 
V
H
 
H
V
 
A
G
 
G
N
 
Q
G
 
Q
I
 
P
D
 
D
K
 
P
E
 
S
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
L
R
 
S
R
 
T
P
 
P
I
 
I
T
 
F
M
 
Q
A
 
T
N
 
S
C
 
T
Y
 
F
R
 
V
L
 
F
-
 
D
-
 
S
P
 
A
E
 
E
D
 
Q
A
 
G
S
 
A
S
 
A
I
 
R
N
 
F
W
 
A
S
 
L
D
 
E
A
 
E
D
 
S
Q
 
G
L
 
Y
L
 
I
Y
 
Y
T
 
T
R
|
R
N
 
L
T
 
G
S
 
N
A
 
P
N
 
T
Q
 
T
V
 
D
Y
 
A
L
 
L
Q
 
E
E
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
V
L
 
L
E
 
E
G
 
R
G
 
G
E
 
E
D
 
A
C
 
G
V
 
L
V
 
A
L
 
T
A
 
A
S
 
S
G
|
G
V
x
I
S
 
S
A
 
A
L
 
I
A
 
T
G
 
T
V
 
T
F
 
L
F
 
L
S
 
T
F
 
L
L
 
C
N
 
Q
K
 
Q
E
 
G
S
 
D
H
 
H
V
 
I
I
 
V
C
 
S
S
 
A
N
 
S
V
 
A
S
 
I
Y
|
Y
I
 
G
A
 
C
V
 
T
Y
 
H
R
 
A
L
 
F
L
 
L
N
 
S
E
 
H
Y
 
S
L
 
M
P
 
P
D
 
-
K
 
K
Y
 
F
G
 
G
I
 
I
Q
 
N
T
 
V
S
 
S
F
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
A
S
 
A
N
 
K
L
 
P
E
 
E
E
 
E
I
 
I
K
 
R
K
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
R
P
 
P
N
 
E
T
 
T
K
 
K
L
 
V
I
 
V
H
 
Y
I
 
I
E
 
E
T
 
T
P
 
P
G
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
L
K
 
S
I
 
L
S
 
V
D
 
D
I
 
I
E
 
E
E
 
T
I
 
V
S
 
A
K
 
G
I
 
I
V
 
A
K
 
H
S
 
Q
I
 
Q
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
S
 
V
V
 
V
D
|
D
S
 
N
T
 
T
F
 
F
A
 
M
S
 
S
P
 
P
F
 
Y
L
 
C
Q
 
Q
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
V
H
 
H
S
|
S
L
 
V
T
|
T
K
|
K
Y
 
Y
I
 
I
N
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
A
 
V
M
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
I
V
 
I
I
 
V
G
 
G
K
 
K
K
 
Q
E
 
E
L
 
F
I
 
I
D
 
D
K
 
Q
I
 
A
K
 
R
R
 
F
E
 
V
A
 
G
M
 
L
V
 
K
N
 
D
L
 
I
-
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
C
I
 
M
S
 
S
P
 
P
F
 
F
N
 
N
A
 
A
W
 
W
L
 
L
I
 
T
M
 
L
R
 
R
G
 
G
V
 
V
V
 
K
T
 
T
L
 
L
P
 
G
L
 
I
R
 
R
M
 
M
K
 
E
Q
 
R
H
 
H
S
 
C
D
 
E
T
 
N
A
 
A
L
 
L
E
 
K
V
 
I
A
 
A
E
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
E
S
 
G
N
 
H
P
 
P
V
 
S
V
 
I
K
 
T
F
 
R
V
 
V
A
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
S
S
 
S
H
 
H
P
 
P
Q
 
Q
H
 
Y
N
 
E
I
 
L
A
 
G
K
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
M
 
M
N
 
S
M
 
L
Y
 
P
S
 
G
G
 
G
I
 
I
I
 
I
A
 
S
F
 
F
A
 
E
L
 
I
K
 
A
A
 
G
D
 
G
V
 
L
D
 
E
T
 
A
H
 
G
N
 
R
K
 
R
F
 
M
I
 
I
N
 
N
S
 
S
L
 
V
K
 
E
L
 
L
I
 
C
T
 
L
Q
 
L
A
 
A
V
|
V
S
|
S
L
 
L
G
 
G
H
 
D
D
 
T
E
 
E
S
 
T
L
 
L
I
 
I
V
 
Q
Y
 
H
T
 
P
G
 
A
P
 
S
N
 
M
D
 
T
E
 
H
R
 
S
I
 
P
N
 
V
F
 
A
Y
 
P
P
 
E
E
 
E
Q
 
R
F
 
L
R
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
I
-
 
T
E
 
D
G
 
G
Y
 
L
I
 
I
R
|
R
F
 
L
S
 
S
I
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
S
 
D
A
 
P
S
 
E
D
 
D
I
 
I
I
 
I
A
 
N
D
 
D
L
 
L
K
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
K
 
R
K
 
K

3jwbA Crystal structure of l-methionine gamma-lyase from citrobacter freundii with norleucine (see paper)
41% identity, 98% coverage: 3:389/393 of query aligns to 2:394/396 of 3jwbA

query
sites
3jwbA
D
 
D
D
 
C
N
 
R
N
 
T
I
 
Y
D
 
G
F
 
F
I
 
N
T
 
T
K
 
Q
C
 
I
I
 
V
H
 
H
V
 
A
G
 
G
N
 
Q
G
 
Q
I
 
P
D
 
D
K
 
P
E
 
S
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
L
R
 
S
R
 
T
P
 
P
I
 
I
T
 
F
M
 
Q
A
 
T
N
 
S
C
 
T
Y
 
F
R
 
V
L
 
F
-
 
D
-
 
S
P
 
A
E
 
E
D
 
Q
A
 
G
S
 
A
S
 
A
I
 
R
N
 
F
W
 
A
S
 
L
D
 
E
A
 
E
D
 
S
Q
 
G
L
 
Y
L
 
I
Y
 
Y
T
 
T
R
|
R
N
 
L
T
 
G
S
 
N
A
 
P
N
 
T
Q
 
T
V
 
D
Y
 
A
L
 
L
Q
 
E
E
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
V
L
 
L
E
 
E
G
 
R
G
 
G
E
 
E
D
 
A
C
 
G
V
 
L
V
 
A
L
 
T
A
 
A
S
 
S
G
 
G
V
 
I
S
 
S
A
 
A
L
 
I
A
 
T
G
 
T
V
 
T
F
 
L
F
 
L
S
 
T
F
 
L
L
 
C
N
 
Q
K
 
Q
E
 
G
S
 
D
H
 
H
V
 
I
I
 
V
C
 
S
S
 
A
N
 
S
V
 
A
S
 
I
Y
|
Y
I
 
G
A
 
C
V
 
T
Y
 
H
R
 
A
L
 
F
L
 
L
N
 
S
E
 
H
Y
 
S
L
 
M
P
 
P
D
 
-
K
 
K
Y
 
F
G
 
G
I
 
I
Q
 
N
T
 
V
S
 
S
F
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
A
S
 
A
N
 
K
L
 
P
E
 
E
E
 
E
I
 
I
K
 
R
K
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
R
P
 
P
N
 
E
T
 
T
K
 
K
L
 
V
I
 
V
H
 
Y
I
 
I
E
 
E
T
 
T
P
 
P
G
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
L
K
 
S
I
 
L
S
 
V
D
 
D
I
 
I
E
 
E
E
 
T
I
 
V
S
 
A
K
 
G
I
 
I
V
 
A
K
 
H
S
 
Q
I
 
Q
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
S
 
V
V
 
V
D
|
D
S
 
N
T
 
T
F
 
F
A
 
M
S
 
S
P
 
P
F
 
Y
L
 
C
Q
 
Q
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
V
H
 
H
S
 
S
L
 
V
T
 
T
K
|
K
Y
 
Y
I
 
I
N
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
A
 
V
M
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
I
V
 
I
I
 
V
G
 
G
K
 
K
K
 
Q
E
 
E
L
 
F
I
 
I
D
 
D
K
 
Q
I
 
A
K
 
R
R
 
F
E
 
V
A
 
G
M
 
L
V
 
K
N
 
D
L
 
I
-
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
C
I
 
M
S
 
S
P
 
P
F
 
F
N
 
N
A
 
A
W
 
W
L
 
L
I
 
T
M
 
L
R
 
R
G
 
G
V
 
V
V
 
K
T
 
T
L
 
L
P
 
G
L
 
I
R
 
R
M
 
M
K
 
E
Q
 
R
H
 
H
S
 
C
D
 
E
T
 
N
A
 
A
L
 
L
E
 
K
V
 
I
A
 
A
E
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
E
S
 
G
N
 
H
P
 
P
V
 
S
V
 
I
K
 
T
F
 
R
V
 
V
A
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
S
S
 
S
H
 
H
P
 
P
Q
 
Q
H
 
Y
N
 
E
I
 
L
A
 
G
K
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
M
 
M
N
 
S
M
 
L
Y
 
P
S
 
G
G
 
G
I
 
I
I
 
I
A
 
S
F
 
F
A
 
E
L
 
I
K
 
A
A
 
G
D
 
G
V
 
L
D
 
E
T
 
A
H
 
G
N
 
R
K
 
R
F
 
M
I
 
I
N
 
N
S
 
S
L
 
V
K
 
E
L
 
L
I
 
C
T
 
L
Q
 
L
A
 
A
V
 
V
S
|
S
L
 
L
G
 
G
H
 
D
D
 
T
E
 
E
S
 
T
L
 
L
I
 
I
V
 
Q
Y
 
H
T
 
P
G
 
A
P
 
S
N
 
M
D
 
T
E
 
H
R
 
S
I
 
P
N
 
V
F
 
A
Y
 
P
P
 
E
E
 
E
Q
 
R
F
 
L
R
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
I
-
 
T
E
 
D
G
 
G
Y
 
L
I
 
I
R
|
R
F
 
L
S
 
S
I
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
S
 
D
A
 
P
S
 
E
D
 
D
I
 
I
I
 
I
A
 
N
D
 
D
L
 
L
K
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
K
 
R
K
 
K

3jwaA Crystal structure of l-methionine gamma-lyase from citrobacter freundii with methionine phosphinate (see paper)
41% identity, 98% coverage: 3:389/393 of query aligns to 2:394/396 of 3jwaA

query
sites
3jwaA
D
 
D
D
 
C
N
 
R
N
 
T
I
 
Y
D
 
G
F
 
F
I
 
N
T
 
T
K
 
Q
C
 
I
I
 
V
H
 
H
V
 
A
G
 
G
N
 
Q
G
 
Q
I
 
P
D
 
D
K
 
P
E
 
S
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
L
R
 
S
R
 
T
P
 
P
I
 
I
T
 
F
M
 
Q
A
 
T
N
 
S
C
 
T
Y
 
F
R
 
V
L
 
F
-
 
D
-
 
S
P
 
A
E
 
E
D
 
Q
A
 
G
S
 
A
S
 
A
I
 
R
N
 
F
W
 
A
S
 
L
D
 
E
A
 
E
D
 
S
Q
 
G
L
 
Y
L
 
I
Y
 
Y
T
 
T
R
|
R
N
 
L
T
 
G
S
 
N
A
 
P
N
 
T
Q
 
T
V
 
D
Y
 
A
L
 
L
Q
 
E
E
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
V
L
 
L
E
 
E
G
 
R
G
 
G
E
 
E
D
 
A
C
 
G
V
 
L
V
 
A
L
 
T
A
 
A
S
 
S
G
 
G
V
 
I
S
 
S
A
 
A
L
 
I
A
 
T
G
 
T
V
 
T
F
 
L
F
 
L
S
 
T
F
 
L
L
 
C
N
 
Q
K
 
Q
E
 
G
S
 
D
H
 
H
V
 
I
I
 
V
C
 
S
S
 
A
N
 
S
V
 
A
S
 
I
Y
|
Y
I
 
G
A
 
C
V
 
T
Y
 
H
R
 
A
L
 
F
L
 
L
N
 
S
E
 
H
Y
 
S
L
 
M
P
 
P
D
 
-
K
 
K
Y
 
F
G
 
G
I
 
I
Q
 
N
T
 
V
S
 
S
F
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
A
S
 
A
N
 
K
L
 
P
E
 
E
E
 
E
I
 
I
K
 
R
K
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
R
P
 
P
N
 
E
T
 
T
K
 
K
L
 
V
I
 
V
H
 
Y
I
 
I
E
 
E
T
 
T
P
 
P
G
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
L
K
 
S
I
 
L
S
 
V
D
 
D
I
 
I
E
 
E
E
 
T
I
 
V
S
 
A
K
 
G
I
 
I
V
 
A
K
 
H
S
 
Q
I
 
Q
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
S
 
V
V
 
V
D
|
D
S
 
N
T
 
T
F
 
F
A
 
M
S
 
S
P
 
P
F
 
Y
L
 
C
Q
 
Q
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
V
H
 
H
S
 
S
L
 
V
T
 
T
K
|
K
Y
 
Y
I
 
I
N
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
A
 
V
M
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
I
V
 
I
I
 
V
G
 
G
K
 
K
K
 
Q
E
 
E
L
 
F
I
 
I
D
 
D
K
 
Q
I
 
A
K
 
R
R
 
F
E
 
V
A
 
G
M
 
L
V
 
K
N
 
D
L
 
I
-
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
C
I
 
M
S
 
S
P
 
P
F
 
F
N
 
N
A
 
A
W
 
W
L
 
L
I
 
T
M
 
L
R
 
R
G
 
G
V
 
V
V
 
K
T
 
T
L
 
L
P
 
G
L
 
I
R
 
R
M
 
M
K
 
E
Q
 
R
H
 
H
S
 
C
D
 
E
T
 
N
A
 
A
L
 
L
E
 
K
V
 
I
A
 
A
E
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
E
S
 
G
N
 
H
P
 
P
V
 
S
V
 
I
K
 
T
F
 
R
V
 
V
A
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
S
S
 
S
H
 
H
P
 
P
Q
 
Q
H
 
Y
N
 
E
I
 
L
A
 
G
K
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
M
 
M
N
 
S
M
 
L
Y
 
P
S
 
G
G
 
G
I
 
I
I
 
I
A
 
S
F
 
F
A
 
E
L
 
I
K
 
A
A
 
G
D
 
G
V
 
L
D
 
E
T
 
A
H
 
G
N
 
R
K
 
R
F
 
M
I
 
I
N
 
N
S
 
S
L
 
V
K
 
E
L
 
L
I
 
C
T
 
L
Q
 
L
A
 
A
V
|
V
S
|
S
L
 
L
G
 
G
H
 
D
D
 
T
E
 
E
S
 
T
L
 
L
I
 
I
V
 
Q
Y
 
H
T
 
P
G
 
A
P
 
S
N
 
M
D
 
T
E
 
H
R
 
S
I
 
P
N
 
V
F
 
A
Y
 
P
P
 
E
E
 
E
Q
 
R
F
 
L
R
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
I
-
 
T
E
 
D
G
 
G
Y
 
L
I
 
I
R
|
R
F
 
L
S
 
S
I
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
S
 
D
A
 
P
S
 
E
D
 
D
I
 
I
I
 
I
A
 
N
D
 
D
L
 
L
K
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
K
 
R
K
 
K

3jw9A Crystal structure of l-methionine gamma-lyase from citrobacter freundii with s-ethyl-cysteine (see paper)
41% identity, 98% coverage: 3:389/393 of query aligns to 2:394/396 of 3jw9A

query
sites
3jw9A
D
 
D
D
 
C
N
 
R
N
 
T
I
 
Y
D
 
G
F
 
F
I
 
N
T
 
T
K
 
Q
C
 
I
I
 
V
H
 
H
V
 
A
G
 
G
N
 
Q
G
 
Q
I
 
P
D
 
D
K
 
P
E
 
S
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
L
R
 
S
R
 
T
P
 
P
I
 
I
T
 
F
M
 
Q
A
 
T
N
 
S
C
 
T
Y
 
F
R
 
V
L
 
F
-
 
D
-
 
S
P
 
A
E
 
E
D
 
Q
A
 
G
S
 
A
S
 
A
I
 
R
N
 
F
W
 
A
S
 
L
D
 
E
A
 
E
D
 
S
Q
 
G
L
 
Y
L
 
I
Y
 
Y
T
 
T
R
|
R
N
 
L
T
 
G
S
 
N
A
 
P
N
 
T
Q
 
T
V
 
D
Y
 
A
L
 
L
Q
 
E
E
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
V
L
 
L
E
 
E
G
 
R
G
 
G
E
 
E
D
 
A
C
 
G
V
 
L
V
 
A
L
 
T
A
 
A
S
 
S
G
 
G
V
 
I
S
 
S
A
 
A
L
 
I
A
 
T
G
 
T
V
 
T
F
 
L
F
 
L
S
 
T
F
 
L
L
 
C
N
 
Q
K
 
Q
E
 
G
S
 
D
H
 
H
V
 
I
I
 
V
C
 
S
S
 
A
N
 
S
V
 
A
S
 
I
Y
|
Y
I
 
G
A
 
C
V
 
T
Y
 
H
R
 
A
L
 
F
L
 
L
N
 
S
E
 
H
Y
 
S
L
 
M
P
 
P
D
 
-
K
 
K
Y
 
F
G
 
G
I
 
I
Q
 
N
T
 
V
S
 
S
F
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
A
S
 
A
N
 
K
L
 
P
E
 
E
E
 
E
I
 
I
K
 
R
K
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
R
P
 
P
N
 
E
T
 
T
K
 
K
L
 
V
I
 
V
H
 
Y
I
 
I
E
 
E
T
 
T
P
 
P
G
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
L
K
 
S
I
 
L
S
 
V
D
 
D
I
 
I
E
 
E
E
 
T
I
 
V
S
 
A
K
 
G
I
 
I
V
 
A
K
 
H
S
 
Q
I
 
Q
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
S
 
V
V
 
V
D
|
D
S
 
N
T
 
T
F
 
F
A
 
M
S
 
S
P
 
P
F
 
Y
L
 
C
Q
 
Q
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
V
H
 
H
S
 
S
L
 
V
T
 
T
K
|
K
Y
 
Y
I
 
I
N
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
A
 
V
M
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
I
V
 
I
I
 
V
G
 
G
K
 
K
K
 
Q
E
 
E
L
 
F
I
 
I
D
 
D
K
 
Q
I
 
A
K
 
R
R
 
F
E
 
V
A
 
G
M
 
L
V
 
K
N
 
D
L
 
I
-
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
C
I
 
M
S
 
S
P
 
P
F
 
F
N
 
N
A
 
A
W
 
W
L
 
L
I
 
T
M
 
L
R
 
R
G
 
G
V
 
V
V
 
K
T
 
T
L
 
L
P
 
G
L
 
I
R
 
R
M
 
M
K
 
E
Q
 
R
H
 
H
S
 
C
D
 
E
T
 
N
A
 
A
L
 
L
E
 
K
V
 
I
A
 
A
E
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
E
S
 
G
N
 
H
P
 
P
V
 
S
V
 
I
K
 
T
F
 
R
V
 
V
A
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
S
S
 
S
H
 
H
P
 
P
Q
 
Q
H
 
Y
N
 
E
I
 
L
A
 
G
K
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
M
 
M
N
 
S
M
 
L
Y
 
P
S
 
G
G
 
G
I
 
I
I
 
I
A
 
S
F
 
F
A
 
E
L
 
I
K
 
A
A
 
G
D
 
G
V
 
L
D
 
E
T
 
A
H
 
G
N
 
R
K
 
R
F
 
M
I
 
I
N
 
N
S
 
S
L
 
V
K
 
E
L
 
L
I
 
C
T
 
L
Q
 
L
A
 
A
V
|
V
S
|
S
L
 
L
G
 
G
H
 
D
D
 
T
E
 
E
S
 
T
L
 
L
I
 
I
V
 
Q
Y
 
H
T
 
P
G
 
A
P
 
S
N
 
M
D
 
T
E
 
H
R
 
S
I
 
P
N
 
V
F
 
A
Y
 
P
P
 
E
E
 
E
Q
 
R
F
 
L
R
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
I
-
 
T
E
 
D
G
 
G
Y
 
L
I
 
I
R
 
R
F
 
L
S
 
S
I
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
S
 
D
A
 
P
S
 
E
D
 
D
I
 
I
I
 
I
A
 
N
D
 
D
L
 
L
K
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
K
 
R
K
 
K

5m3zA Crystal structure of citrobacter freundii methionine gamma-lyase with c115h replacement in the complex with l-norleucine (see paper)
41% identity, 98% coverage: 3:389/393 of query aligns to 1:393/395 of 5m3zA

query
sites
5m3zA
D
 
D
D
 
C
N
 
R
N
 
T
I
 
Y
D
 
G
F
 
F
I
 
N
T
 
T
K
 
Q
C
 
I
I
 
V
H
 
H
V
 
A
G
 
G
N
 
Q
G
 
Q
I
 
P
D
 
D
K
 
P
E
 
S
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
L
R
 
S
R
 
T
P
 
P
I
 
I
T
 
F
M
 
Q
A
 
T
N
 
S
C
 
T
Y
 
F
R
 
V
L
 
F
-
 
D
-
 
S
P
 
A
E
 
E
D
 
Q
A
 
G
S
 
A
S
 
A
I
 
R
N
 
F
W
 
A
S
 
L
D
 
E
A
 
E
D
 
S
Q
 
G
L
 
Y
L
 
I
Y
 
Y
T
 
T
R
|
R
N
 
L
T
 
G
S
 
N
A
 
P
N
 
T
Q
 
T
V
 
D
Y
 
A
L
 
L
Q
 
E
E
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
V
L
 
L
E
 
E
G
 
R
G
 
G
E
 
E
D
 
A
C
 
G
V
 
L
V
 
A
L
 
T
A
 
A
S
 
S
G
|
G
V
x
I
S
 
S
A
 
A
L
 
I
A
 
T
G
 
T
V
 
T
F
 
L
F
 
L
S
 
T
F
 
L
L
 
C
N
 
Q
K
 
Q
E
 
G
S
 
D
H
 
H
V
 
I
I
 
V
C
 
S
S
 
A
N
 
S
V
 
A
S
 
I
Y
|
Y
I
 
G
A
x
H
V
 
T
Y
 
H
R
 
A
L
 
F
L
 
L
N
 
S
E
 
H
Y
 
S
L
 
M
P
 
P
D
 
-
K
 
K
Y
 
F
G
 
G
I
 
I
Q
 
N
T
 
V
S
 
S
F
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
A
S
 
A
N
 
K
L
 
P
E
 
E
E
 
E
I
 
I
K
 
R
K
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
R
P
 
P
N
 
E
T
 
T
K
 
K
L
 
V
I
 
V
H
 
Y
I
 
I
E
|
E
T
 
T
P
 
P
G
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
L
K
 
S
I
 
L
S
 
V
D
 
D
I
 
I
E
 
E
E
 
T
I
 
V
S
 
A
K
 
G
I
 
I
V
 
A
K
 
H
S
 
Q
I
 
Q
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
S
 
V
V
 
V
D
|
D
S
 
N
T
|
T
F
 
F
A
 
M
S
 
S
P
 
P
F
 
Y
L
 
C
Q
 
Q
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
V
H
 
H
S
|
S
L
 
V
T
|
T
K
|
K
Y
 
Y
I
 
I
N
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
A
 
V
M
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
I
V
 
I
I
 
V
G
 
G
K
 
K
K
 
Q
E
 
E
L
 
F
I
 
I
D
 
D
K
 
Q
I
 
A
K
 
R
R
 
F
E
 
V
A
 
G
M
 
L
V
 
K
N
 
D
L
 
I
-
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
C
I
 
M
S
 
S
P
 
P
F
 
F
N
 
N
A
 
A
W
 
W
L
 
L
I
 
T
M
 
L
R
 
R
G
 
G
V
 
V
V
 
K
T
 
T
L
 
L
P
 
G
L
 
I
R
 
R
M
 
M
K
 
E
Q
 
R
H
 
H
S
 
C
D
 
E
T
 
N
A
 
A
L
 
L
E
 
K
V
 
I
A
 
A
E
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
E
S
 
G
N
 
H
P
 
P
V
 
S
V
 
I
K
 
T
F
 
R
V
 
V
A
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
S
S
 
S
H
 
H
P
 
P
Q
 
Q
H
 
Y
N
 
E
I
 
L
A
 
G
K
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
M
 
M
N
 
S
M
 
L
Y
 
P
S
 
G
G
 
G
I
 
I
I
 
I
A
 
S
F
 
F
A
 
E
L
 
I
K
 
A
A
 
G
D
 
G
V
 
L
D
 
E
T
 
A
H
 
G
N
 
R
K
 
R
F
 
M
I
 
I
N
 
N
S
 
S
L
 
V
K
 
E
L
 
L
I
 
C
T
 
L
Q
 
L
A
 
A
V
|
V
S
|
S
L
 
L
G
 
G
H
 
D
D
 
T
E
 
E
S
 
T
L
 
L
I
 
I
V
 
Q
Y
 
H
T
 
P
G
 
A
P
 
S
N
 
M
D
 
T
E
 
H
R
 
S
I
 
P
N
 
V
F
 
A
Y
 
P
P
 
E
E
 
E
Q
 
R
F
 
L
R
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
I
-
 
T
E
 
D
G
 
G
Y
 
L
I
 
I
R
|
R
F
 
L
S
 
S
I
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
S
 
D
A
 
P
S
 
E
D
 
D
I
 
I
I
 
I
A
 
N
D
 
D
L
 
L
K
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
K
 
R
K
 
K

4hf8A Crystal structure of l-methionine gamma-lyase from citrobacter freundii with glycine (see paper)
41% identity, 98% coverage: 3:389/393 of query aligns to 2:394/396 of 4hf8A

query
sites
4hf8A
D
 
D
D
 
C
N
 
R
N
 
T
I
 
Y
D
 
G
F
 
F
I
 
N
T
 
T
K
 
Q
C
 
I
I
 
V
H
 
H
V
 
A
G
 
G
N
 
Q
G
 
Q
I
 
P
D
 
D
K
 
P
E
 
S
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
L
R
 
S
R
 
T
P
 
P
I
 
I
T
 
F
M
 
Q
A
 
T
N
 
S
C
 
T
Y
 
F
R
 
V
L
 
F
-
 
D
-
 
S
P
 
A
E
 
E
D
 
Q
A
 
G
S
 
A
S
 
A
I
 
R
N
 
F
W
 
A
S
 
L
D
 
E
A
 
E
D
 
S
Q
 
G
L
 
Y
L
 
I
Y
 
Y
T
 
T
R
|
R
N
 
L
T
 
G
S
 
N
A
 
P
N
 
T
Q
 
T
V
 
D
Y
 
A
L
 
L
Q
 
E
E
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
V
L
 
L
E
 
E
G
 
R
G
 
G
E
 
E
D
 
A
C
 
G
V
 
L
V
 
A
L
 
T
A
 
A
S
 
S
G
|
G
V
x
I
S
 
S
A
 
A
L
 
I
A
 
T
G
 
T
V
 
T
F
 
L
F
 
L
S
 
T
F
 
L
L
 
C
N
 
Q
K
 
Q
E
 
G
S
 
D
H
 
H
V
 
I
I
 
V
C
 
S
S
 
A
N
 
S
V
 
A
S
 
I
Y
|
Y
I
 
G
A
 
C
V
 
T
Y
 
H
R
 
A
L
 
F
L
 
L
N
 
S
E
 
H
Y
 
S
L
 
M
P
 
P
D
 
-
K
 
K
Y
 
F
G
 
G
I
 
I
Q
 
N
T
 
V
S
 
R
F
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
A
S
 
A
N
 
K
L
 
P
E
 
E
E
 
E
I
 
I
K
 
R
K
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
R
P
 
P
N
 
E
T
 
T
K
 
K
L
 
V
I
 
V
H
 
Y
I
 
I
E
|
E
T
 
T
P
 
P
G
 
A
N
|
N
P
 
P
T
 
T
T
 
L
K
 
S
I
 
L
S
 
V
D
 
D
I
 
I
E
 
E
E
 
T
I
 
V
S
 
A
K
 
G
I
 
I
V
 
A
K
 
H
S
 
Q
I
 
Q
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
S
 
V
V
 
V
D
|
D
S
 
N
T
 
T
F
 
F
A
 
M
S
 
S
P
 
P
F
 
Y
L
 
C
Q
 
Q
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
V
H
 
H
S
|
S
L
 
V
T
 
T
K
|
K
Y
 
Y
I
 
I
N
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
A
 
V
M
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
I
V
 
I
I
 
V
G
 
G
K
 
K
K
 
Q
E
 
E
L
 
F
I
 
I
D
 
D
K
 
Q
I
 
A
K
 
R
R
 
F
E
 
V
A
 
G
M
 
L
V
 
K
N
 
D
L
 
I
-
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
C
I
 
M
S
 
S
P
 
P
F
 
F
N
 
N
A
 
A
W
 
W
L
 
L
I
 
T
M
 
L
R
 
R
G
 
G
V
 
V
V
 
K
T
 
T
L
 
L
P
 
G
L
 
I
R
 
R
M
 
M
K
 
E
Q
 
R
H
 
H
S
 
C
D
 
E
T
 
N
A
 
A
L
 
L
E
 
K
V
 
I
A
 
A
E
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
E
S
 
G
N
 
H
P
 
P
V
 
S
V
 
I
K
 
T
F
 
R
V
 
V
A
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
S
S
 
S
H
 
H
P
 
P
Q
 
Q
H
 
Y
N
 
E
I
 
L
A
 
G
K
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
M
 
M
N
 
S
M
 
L
Y
 
P
S
 
G
G
 
G
I
 
I
I
 
I
A
 
S
F
 
F
A
 
E
L
 
I
K
 
A
A
 
G
D
 
G
V
 
L
D
 
E
T
 
A
H
 
G
N
 
R
K
 
R
F
 
M
I
 
I
N
 
N
S
 
S
L
 
V
K
 
E
L
 
L
I
 
C
T
 
L
Q
 
L
A
 
A
V
 
V
S
|
S
L
 
L
G
 
G
H
 
D
D
 
T
E
 
E
S
 
T
L
 
L
I
 
I
V
 
Q
Y
 
H
T
 
P
G
 
A
P
 
S
N
 
M
D
 
T
E
 
H
R
 
S
I
 
P
N
 
V
F
 
A
Y
 
P
P
 
E
E
 
E
Q
 
R
F
 
L
R
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
I
-
 
T
E
 
D
G
 
G
Y
 
L
I
 
I
R
|
R
F
 
L
S
 
S
I
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
S
 
D
A
 
P
S
 
E
D
 
D
I
 
I
I
 
I
A
 
N
D
 
D
L
 
L
K
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
K
 
R
K
 
K

3mkjA Methionine gamma-lyase from citrobacter freundii with pyridoximine-5'- phosphate (see paper)
41% identity, 98% coverage: 3:389/393 of query aligns to 2:383/386 of 3mkjA

query
sites
3mkjA
D
 
D
D
 
C
N
 
R
N
 
T
I
 
Y
D
 
G
F
 
F
I
 
N
T
 
T
K
 
Q
C
 
I
I
 
V
H
 
H
V
 
A
G
 
G
N
 
Q
G
 
Q
I
 
P
D
 
D
K
 
P
E
 
S
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
L
R
 
S
R
 
T
P
 
P
I
 
I
T
 
F
M
 
Q
A
 
T
N
 
S
C
 
T
Y
 
F
R
 
V
L
 
F
P
 
-
E
 
-
D
 
D
A
 
S
S
 
A
S
 
E
I
 
-
N
 
-
W
 
-
S
 
Q
D
 
G
A
 
A
D
 
A
Q
 
R
L
 
F
L
 
L
Y
 
G
T
 
N
R
 
P
N
 
T
T
 
T
S
 
D
A
 
A
N
 
-
Q
 
-
V
 
-
Y
 
-
L
 
L
Q
 
E
E
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
V
L
 
L
E
 
E
G
 
R
G
 
G
E
 
E
D
 
A
C
 
G
V
 
L
V
 
A
L
 
T
A
 
A
S
 
S
G
|
G
V
x
I
S
 
S
A
 
A
L
 
I
A
 
T
G
 
T
V
 
T
F
 
L
F
 
L
S
 
T
F
 
L
L
 
C
N
 
Q
K
 
Q
E
 
G
S
 
D
H
 
H
V
 
I
I
 
V
C
 
S
S
 
A
N
 
S
V
 
A
S
 
I
Y
|
Y
I
 
G
A
 
C
V
 
T
Y
 
H
R
 
A
L
 
F
L
 
L
N
 
S
E
 
H
Y
 
S
L
 
M
P
 
P
D
 
-
K
 
K
Y
 
F
G
 
G
I
 
I
Q
 
N
T
 
V
S
 
S
F
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
A
S
 
A
N
 
K
L
 
P
E
 
E
E
 
E
I
 
I
K
 
R
K
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
R
P
 
P
N
 
E
T
 
T
K
 
K
L
 
V
I
 
V
H
 
Y
I
 
I
E
|
E
T
 
T
P
 
P
G
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
L
K
 
S
I
 
L
S
 
V
D
 
D
I
 
I
E
 
E
E
 
T
I
 
V
S
 
A
K
 
G
I
 
I
V
 
A
K
 
H
S
 
Q
I
 
Q
G
 
G
A
 
A
L
 
L
L
 
L
S
 
V
V
 
V
D
|
D
S
 
N
T
 
T
F
|
F
A
 
M
S
 
S
P
 
P
F
 
Y
L
 
C
Q
 
Q
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
V
H
 
H
S
|
S
L
 
V
T
|
T
K
|
K
Y
 
Y
I
 
I
N
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
A
 
V
M
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
I
V
 
I
I
 
V
G
 
G
K
 
K
K
 
Q
E
 
E
L
 
F
I
 
I
D
 
D
K
 
Q
I
 
A
K
 
R
R
 
F
E
 
V
A
 
G
M
 
L
V
 
K
N
 
D
L
 
I
-
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
C
I
 
M
S
 
S
P
 
P
F
 
F
N
 
N
A
 
A
W
 
W
L
 
L
I
 
T
M
 
L
R
 
R
G
 
G
V
 
V
V
 
K
T
 
T
L
 
L
P
 
G
L
 
I
R
 
R
M
 
M
K
 
E
Q
 
R
H
 
H
S
 
C
D
 
E
T
 
N
A
 
A
L
 
L
E
 
K
V
 
I
A
 
A
E
 
R
F
 
F
L
 
L
E
 
E
S
 
G
N
 
H
P
 
P
V
 
S
V
 
I
K
 
T
F
 
R
V
 
V
A
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
S
S
 
S
H
 
H
P
 
P
Q
 
Q
H
 
Y
N
 
E
I
 
L
A
 
G
K
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
M
 
M
N
 
S
M
 
L
Y
 
P
S
 
G
G
 
G
I
 
I
I
 
I
A
 
S
F
 
F
A
 
E
L
 
I
K
 
A
A
 
G
D
 
G
V
 
L
D
 
E
T
 
A
H
 
G
N
 
R
K
 
R
F
 
M
I
 
I
N
 
N
S
 
S
L
 
V
K
 
E
L
 
L
I
 
C
T
 
L
Q
 
L
A
 
A
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
G
H
 
D
D
 
T
E
 
E
S
 
T
L
 
L
I
 
I
V
 
Q
Y
 
H
T
 
P
G
 
A
P
 
S
N
 
M
D
 
T
E
 
H
R
 
S
I
 
P
N
 
V
F
 
A
Y
 
P
P
 
E
E
 
E
Q
 
R
F
 
L
R
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
I
-
 
T
E
 
D
G
 
G
Y
 
L
I
 
I
R
 
R
F
 
L
S
 
S
I
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
S
 
D
A
 
P
S
 
E
D
 
D
I
 
I
I
 
I
A
 
N
D
 
D
L
 
L
K
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
I
K
 
R
K
 
K

5dx5A Crystal structure of methionine gamma-lyase from clostridium sporogenes (see paper)
42% identity, 97% coverage: 7:387/393 of query aligns to 6:394/399 of 5dx5A

query
sites
5dx5A
I
 
M
D
 
G
F
 
F
I
 
A
T
 
T
K
 
K
C
 
A
I
 
I
H
 
H
V
 
G
G
 
G
N
 
H
G
 
I
I
 
G
D
 
D
K
 
K
E
 
Q
T
 
F
G
 
G
A
 
S
I
 
L
R
 
A
R
 
T
P
 
P
I
 
I
T
 
Y
M
 
Q
A
 
T
N
 
S
C
 
T
Y
 
F
R
 
I
L
 
F
-
 
D
-
 
S
P
 
A
E
 
E
D
 
Q
A
 
G
S
 
G
S
 
R
I
 
R
N
 
F
W
 
A
S
 
G
D
 
E
A
 
E
D
 
S
Q
 
G
L
 
Y
L
 
I
Y
|
Y
T
 
S
R
|
R
N
 
L
T
 
G
S
 
N
A
 
P
N
 
T
Q
 
S
V
 
T
Y
 
E
L
 
V
Q
 
E
E
 
N
K
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
G
E
 
E
D
 
A
C
 
A
V
 
V
V
 
V
L
 
A
A
 
A
S
|
S
G
|
G
V
x
M
S
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
A
G
 
A
V
 
S
F
 
L
F
 
W
S
 
S
F
 
A
L
 
L
N
 
K
K
 
S
E
 
G
S
 
D
H
 
H
V
 
V
I
 
V
C
 
A
S
 
S
N
 
D
V
 
T
S
 
L
Y
|
Y
I
 
G
A
 
C
V
 
T
Y
 
F
R
 
A
L
 
L
L
 
L
N
 
N
E
 
H
Y
 
G
L
 
L
P
 
T
D
 
-
K
 
R
Y
 
Y
G
 
G
I
 
V
Q
 
E
T
 
V
S
 
T
F
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
V
S
 
S
N
 
N
L
 
L
E
 
D
E
 
E
I
 
V
K
 
K
K
 
N
A
 
A
I
 
L
R
 
K
P
 
P
N
 
N
T
 
T
K
 
K
L
 
V
I
 
V
H
 
Y
I
 
L
E
 
E
T
 
T
P
 
P
G
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
L
K
 
K
I
 
V
S
 
T
D
 
D
I
 
I
E
 
R
E
 
K
I
 
I
S
 
S
K
 
N
I
 
M
V
 
V
K
 
H
S
 
E
I
 
S
G
 
N
-
 
K
-
 
E
A
 
C
L
 
F
L
 
V
S
 
F
V
 
V
D
|
D
S
 
N
T
 
T
F
|
F
A
 
C
S
 
T
P
 
P
F
 
Y
L
 
I
Q
 
Q
R
 
R
P
 
P
L
 
L
Q
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
V
V
 
V
I
 
V
H
 
H
S
|
S
L
 
A
T
|
T
K
|
K
Y
 
Y
I
 
L
N
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
A
 
V
M
 
I
G
 
A
G
 
G
A
 
F
V
 
A
I
 
V
G
 
G
K
 
K
K
 
E
E
 
E
L
 
F
I
 
I
D
 
N
K
 
Q
I
 
V
K
 
K
R
 
L
E
 
F
A
 
G
M
 
I
V
 
K
N
 
D
L
 
M
G
 
T
G
 
G
T
 
S
I
 
V
S
 
T
-
 
G
P
 
P
F
 
F
N
 
E
A
 
S
W
 
F
L
 
L
I
 
I
M
 
I
R
 
R
G
 
G
V
 
M
V
 
K
T
 
T
L
 
L
P
 
Q
L
 
L
R
 
R
M
 
M
K
 
E
Q
 
K
H
 
H
S
 
C
D
 
K
T
 
N
A
 
A
L
 
M
E
 
E
V
 
V
A
 
A
E
 
K
F
 
F
L
 
L
E
 
E
S
 
S
N
 
H
P
 
P
V
 
A
V
 
V
K
 
E
F
 
K
V
 
V
A
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
S
 
S
H
 
F
P
 
K
Q
 
Y
H
 
Y
N
 
Q
I
 
L
A
 
A
K
 
R
K
 
E
Q
 
Q
M
 
M
N
 
K
M
 
L
Y
 
P
S
 
G
G
 
A
I
 
M
I
 
I
A
 
S
F
 
F
A
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
G
D
 
G
V
 
V
D
 
E
T
 
E
H
 
G
N
 
K
K
 
I
F
 
V
I
 
M
N
 
N
S
 
N
L
 
V
K
 
K
L
 
L
I
 
A
T
 
T
Q
 
L
A
 
A
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
G
H
 
D
D
 
S
E
 
E
S
 
T
L
 
L
I
 
I
V
 
Q
Y
 
H
T
 
-
G
 
-
P
 
P
N
 
A
D
 
S
E
 
M
R
 
T
I
 
H
N
 
S
F
 
P
Y
 
Y
P
 
T
E
 
A
Q
 
E
F
 
E
R
 
R
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
I
-
 
S
E
 
D
G
 
G
Y
 
L
I
 
V
R
 
R
F
 
L
S
 
S
I
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
S
 
D
A
 
A
S
 
E
D
 
D
I
 
I
I
 
I
A
 
D
D
 
D
L
 
L
K
 
K
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L

1pg8A Crystal structure of l-methionine alpha-, gamma-lyase
37% identity, 97% coverage: 9:388/393 of query aligns to 10:395/398 of 1pg8A

query
sites
1pg8A
F
 
F
I
 
A
T
 
T
K
 
R
C
 
A
I
 
I
H
 
H
V
 
H
G
 
G
N
 
Y
G
 
D
I
 
P
D
 
Q
K
 
D
E
 
H
T
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
L
R
 
V
R
 
P
P
 
P
I
 
V
T
 
Y
M
 
Q
A
 
T
N
 
A
C
 
T
Y
 
F
R
 
T
L
 
F
P
 
P
-
 
T
-
 
V
E
 
E
D
 
Y
A
 
G
S
 
A
S
 
A
I
 
C
N
 
F
W
 
A
S
 
G
D
 
E
A
 
Q
D
 
A
Q
 
G
L
 
H
L
 
F
Y
|
Y
T
 
S
R
|
R
N
 
I
T
 
S
S
 
N
A
 
P
N
 
T
Q
 
L
V
 
N
Y
 
L
L
 
L
Q
 
E
E
 
A
K
 
R
L
 
M
A
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
G
E
 
E
D
 
A
C
 
G
V
 
L
V
 
A
L
 
L
A
 
A
S
|
S
G
|
G
V
x
M
S
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
T
G
 
S
V
 
T
F
 
L
F
 
W
S
 
T
F
 
L
L
 
L
N
 
R
K
 
P
E
 
G
S
 
D
H
 
E
V
 
V
I
 
L
C
 
L
S
 
G
N
 
N
V
 
T
S
 
L
Y
|
Y
I
 
G
A
 
C
V
 
T
Y
 
F
R
 
A
L
 
F
L
 
L
N
 
H
E
 
H
Y
 
G
L
 
I
P
 
-
D
 
G
K
 
E
Y
 
F
G
 
G
I
 
V
Q
 
K
T
 
L
S
 
R
F
 
H
V
 
V
D
 
D
T
 
M
S
 
A
N
 
D
L
 
L
E
 
Q
E
 
A
I
 
L
K
 
E
K
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
T
P
 
P
N
 
A
T
 
T
K
 
R
L
 
V
I
 
I
H
 
Y
I
 
F
E
 
E
T
 
S
P
 
P
G
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
N
T
 
M
K
 
H
I
 
M
S
 
A
D
 
D
I
 
I
E
 
A
E
 
G
I
 
V
S
 
A
K
 
K
I
 
I
V
 
A
K
 
R
S
 
K
I
 
H
G
 
G
A
 
A
L
 
T
L
 
V
S
 
V
V
 
V
D
|
D
S
 
N
T
 
T
F
 
Y
A
 
C
S
 
T
P
 
P
F
 
Y
L
 
L
Q
 
Q
R
 
R
P
 
P
L
 
L
Q
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
V
H
 
H
S
|
S
L
 
A
T
|
T
K
|
K
Y
 
Y
I
 
L
N
 
S
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
A
 
I
M
 
T
G
 
A
G
 
G
A
 
I
V
 
V
I
 
V
G
 
G
K
 
S
K
 
Q
E
 
A
L
 
L
I
 
V
D
 
D
K
 
R
I
 
I
K
 
R
R
 
L
E
 
Q
A
 
G
M
 
L
V
 
K
N
 
D
L
 
M
-
 
T
G
 
G
G
 
A
T
 
V
I
 
L
S
 
S
P
 
P
F
 
H
N
 
D
A
 
A
W
 
A
L
 
L
I
 
L
M
 
M
R
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
K
T
 
T
L
 
L
P
 
N
L
 
L
R
 
R
M
 
M
K
 
D
Q
 
R
H
 
H
S
 
C
D
 
A
T
 
N
A
 
A
L
 
Q
E
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
E
F
 
F
L
 
L
E
 
A
S
 
R
N
 
Q
P
 
P
V
 
Q
V
 
V
K
 
E
F
 
L
V
 
I
A
 
H
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
A
S
 
S
H
 
F
P
 
P
Q
 
Q
H
 
Y
N
 
T
I
 
L
A
 
A
K
 
R
K
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
N
 
S
M
 
Q
Y
 
P
S
 
G
G
 
G
I
 
M
I
 
I
A
 
A
F
 
F
A
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
G
D
 
G
V
 
I
D
 
G
T
 
A
H
 
G
N
 
R
K
 
R
F
 
F
I
 
M
N
 
N
S
 
A
L
 
L
K
 
Q
L
 
L
I
 
F
T
 
S
Q
 
R
A
 
A
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
G
H
 
D
D
 
A
E
 
E
S
 
S
L
 
L
I
 
A
V
 
Q
Y
 
H
T
 
P
G
 
A
P
 
S
N
 
M
D
 
T
E
 
H
R
 
S
I
 
-
N
 
S
F
 
Y
Y
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
E
-
 
R
-
 
A
-
 
H
-
 
Y
-
 
G
F
 
I
R
 
S
E
 
E
G
 
G
Y
 
L
I
 
V
R
 
R
F
 
L
S
 
S
I
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
S
 
D
A
 
I
S
 
D
D
 
D
I
 
L
I
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
V
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K

P13254 L-methionine gamma-lyase; MGL; Homocysteine desulfhydrase; L-methioninase; EC 4.4.1.11; EC 4.4.1.2 from Pseudomonas putida (Arthrobacter siderocapsulatus) (see 3 papers)
37% identity, 97% coverage: 9:388/393 of query aligns to 10:395/398 of P13254

query
sites
P13254
F
 
F
I
 
A
T
 
T
K
 
R
C
 
A
I
 
I
H
 
H
V
 
H
G
 
G
N
 
Y
G
 
D
I
 
P
D
 
Q
K
 
D
E
 
H
T
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
L
R
 
V
R
 
P
P
 
P
I
 
V
T
 
Y
M
 
Q
A
 
T
N
 
A
C
 
T
Y
 
F
R
 
T
L
 
F
P
 
P
-
 
T
-
 
V
E
 
E
D
 
Y
A
 
G
S
 
A
S
 
A
I
 
C
N
 
F
W
 
A
S
 
G
D
 
E
A
 
Q
D
 
A
Q
 
G
L
 
H
L
 
F
Y
|
Y
T
x
S
R
|
R
N
 
I
T
 
S
S
 
N
A
 
P
N
 
T
Q
 
L
V
 
N
Y
 
L
L
 
L
Q
 
E
E
 
A
K
 
R
L
 
M
A
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
G
E
 
E
D
 
A
C
 
G
V
 
L
V
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
G
|
G
V
x
M
S
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
T
G
 
S
V
 
T
F
 
L
F
 
W
S
 
T
F
 
L
L
 
L
N
 
R
K
 
P
E
 
G
S
 
D
H
 
E
V
 
V
I
 
L
C
 
L
S
 
G
N
 
N
V
 
T
S
 
L
Y
|
Y
I
 
G
A
x
C
V
 
T
Y
 
F
R
 
A
L
 
F
L
 
L
N
 
H
E
 
H
Y
 
G
L
 
I
P
 
-
D
 
G
K
 
E
Y
 
F
G
 
G
I
 
V
Q
 
K
T
 
L
S
 
R
F
 
H
V
 
V
D
 
D
T
 
M
S
 
A
N
 
D
L
 
L
E
 
Q
E
 
A
I
 
L
K
 
E
K
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
T
P
 
P
N
 
A
T
 
T
K
 
R
L
 
V
I
 
I
H
 
Y
I
 
F
E
 
E
T
 
S
P
 
P
G
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
N
T
 
M
K
 
H
I
 
M
S
 
A
D
 
D
I
 
I
E
 
A
E
 
G
I
 
V
S
 
A
K
 
K
I
 
I
V
 
A
K
 
R
S
 
K
I
 
H
G
 
G
A
 
A
L
 
T
L
 
V
S
 
V
V
 
V
D
 
D
S
 
N
T
 
T
F
 
Y
A
 
C
S
 
T
P
 
P
F
 
Y
L
 
L
Q
 
Q
R
 
R
P
 
P
L
 
L
Q
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
V
H
 
H
S
|
S
L
x
A
T
|
T
K
|
K
Y
 
Y
I
 
L
N
 
S
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
A
 
I
M
 
T
G
 
A
G
 
G
A
 
I
V
 
V
I
 
V
G
 
G
K
 
S
K
 
Q
E
 
A
L
 
L
I
 
V
D
 
D
K
 
R
I
 
I
K
 
R
R
 
L
E
 
Q
A
 
G
M
 
L
V
x
K
N
x
D
L
 
M
-
 
T
G
 
G
G
 
A
T
 
V
I
 
L
S
 
S
P
 
P
F
 
H
N
 
D
A
 
A
W
 
A
L
 
L
I
 
L
M
 
M
R
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
K
T
 
T
L
 
L
P
 
N
L
 
L
R
 
R
M
 
M
K
 
D
Q
 
R
H
 
H
S
 
C
D
 
A
T
 
N
A
 
A
L
 
Q
E
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
E
F
 
F
L
 
L
E
 
A
S
 
R
N
 
Q
P
 
P
V
 
Q
V
 
V
K
 
E
F
 
L
V
 
I
A
 
H
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
A
S
 
S
H
 
F
P
 
P
Q
 
Q
H
 
Y
N
 
T
I
 
L
A
 
A
K
 
R
K
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
N
 
S
M
 
Q
Y
 
P
S
 
G
G
 
G
I
 
M
I
 
I
A
 
A
F
 
F
A
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
G
D
 
G
V
 
I
D
 
G
T
 
A
H
 
G
N
 
R
K
 
R
F
 
F
I
 
M
N
 
N
S
 
A
L
 
L
K
 
Q
L
 
L
I
 
F
T
 
S
Q
 
R
A
 
A
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
G
H
 
D
D
 
A
E
 
E
S
 
S
L
 
L
I
 
A
V
 
Q
Y
 
H
T
 
P
G
 
A
P
 
S
N
 
M
D
 
T
E
 
H
R
 
S
I
 
-
N
 
S
F
 
Y
Y
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
E
-
 
R
-
 
A
-
 
H
-
 
Y
-
 
G
F
 
I
R
 
S
E
 
E
G
 
G
Y
 
L
I
 
V
R
|
R
F
 
L
S
 
S
I
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
S
 
D
A
 
I
S
 
D
D
 
D
I
 
L
I
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
V
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K

5x2xA Crystal structure of pseudomonas putida methionine gamma-lyase wild type with l-homocysteine intermediates (see paper)
37% identity, 97% coverage: 9:388/393 of query aligns to 4:389/392 of 5x2xA

query
sites
5x2xA
F
 
F
I
 
A
T
 
T
K
 
R
C
 
A
I
 
I
H
 
H
V
 
H
G
 
G
N
 
Y
G
 
D
I
 
P
D
 
Q
K
 
D
E
 
H
T
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
L
R
 
V
R
 
P
P
 
P
I
 
V
T
 
Y
M
 
Q
A
 
T
N
 
A
C
 
T
Y
 
F
R
 
T
L
 
F
P
 
P
-
 
T
-
 
V
E
 
E
D
 
Y
A
 
G
S
 
A
S
 
A
I
 
C
N
 
F
W
 
A
S
 
G
D
 
E
A
 
Q
D
 
A
Q
 
G
L
 
H
L
 
F
Y
|
Y
T
 
S
R
|
R
N
 
I
T
 
S
S
 
N
A
 
P
N
 
T
Q
 
L
V
 
N
Y
 
L
L
 
L
Q
 
E
E
 
A
K
 
R
L
 
M
A
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
G
E
 
E
D
 
A
C
 
G
V
 
L
V
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
G
|
G
V
x
M
S
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
T
G
 
S
V
 
T
F
 
L
F
 
W
S
 
T
F
 
L
L
 
L
N
 
R
K
 
P
E
 
G
S
 
D
H
 
E
V
 
V
I
 
L
C
 
L
S
 
G
N
 
N
V
 
T
S
 
L
Y
|
Y
I
 
G
A
 
C
V
 
T
Y
 
F
R
 
A
L
 
F
L
 
L
N
 
H
E
 
H
Y
 
G
L
 
I
P
 
-
D
 
G
K
 
E
Y
 
F
G
 
G
I
 
V
Q
 
K
T
 
L
S
 
R
F
 
H
V
 
V
D
 
D
T
 
M
S
 
A
N
 
D
L
 
L
E
 
Q
E
 
A
I
 
L
K
 
E
K
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
T
P
 
P
N
 
A
T
 
T
K
 
R
L
 
V
I
 
I
H
 
Y
I
 
F
E
 
E
T
 
S
P
 
P
G
 
A
N
|
N
P
 
P
T
 
N
T
 
M
K
 
H
I
 
M
S
 
A
D
 
D
I
 
I
E
 
A
E
 
G
I
 
V
S
 
A
K
 
K
I
 
I
V
 
A
K
 
R
S
 
K
I
 
H
G
 
G
A
 
A
L
 
T
L
 
V
S
 
V
V
 
V
D
|
D
S
 
N
T
 
T
F
 
Y
A
 
C
S
 
T
P
 
P
F
 
Y
L
 
L
Q
 
Q
R
 
R
P
 
P
L
 
L
Q
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
V
H
 
H
S
|
S
L
 
A
T
|
T
K
|
K
Y
 
Y
I
 
L
N
 
S
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
A
 
I
M
 
T
G
 
A
G
 
G
A
 
I
V
 
V
I
 
V
G
 
G
K
 
S
K
 
Q
E
 
A
L
 
L
I
 
V
D
 
D
K
 
R
I
 
I
K
 
R
R
 
L
E
 
Q
A
 
G
M
 
L
V
 
K
N
 
D
L
 
M
-
 
T
G
 
G
G
 
A
T
 
V
I
 
L
S
 
S
P
 
P
F
 
H
N
 
D
A
 
A
W
 
A
L
 
L
I
 
L
M
 
M
R
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
K
T
 
T
L
 
L
P
 
N
L
 
L
R
 
R
M
 
M
K
 
D
Q
 
R
H
 
H
S
 
C
D
 
A
T
 
N
A
 
A
L
 
Q
E
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
E
F
 
F
L
 
L
E
 
A
S
 
R
N
 
Q
P
 
P
V
 
Q
V
 
V
K
 
E
F
 
L
V
 
I
A
 
H
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
A
S
 
S
H
 
F
P
 
P
Q
 
Q
H
 
Y
N
 
T
I
 
L
A
 
A
K
 
R
K
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
N
 
S
M
 
Q
Y
 
P
S
 
G
G
 
G
I
 
M
I
 
I
A
 
A
F
 
F
A
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
G
D
 
G
V
 
I
D
 
G
T
 
A
H
 
G
N
 
R
K
 
R
F
 
F
I
 
M
N
 
N
S
 
A
L
 
L
K
 
Q
L
 
L
I
 
F
T
 
S
Q
 
R
A
 
A
V
|
V
S
|
S
L
 
L
G
 
G
H
 
D
D
 
A
E
 
E
S
 
S
L
 
L
I
 
A
V
 
Q
Y
 
H
T
 
P
G
 
A
P
 
S
N
 
M
D
 
T
E
 
H
R
 
S
I
 
-
N
 
S
F
 
Y
Y
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
E
-
 
R
-
 
A
-
 
H
-
 
Y
-
 
G
F
 
I
R
 
S
E
 
E
G
 
G
Y
 
L
I
 
V
R
|
R
F
 
L
S
 
S
I
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
S
 
D
A
 
I
S
 
D
D
 
D
I
 
L
I
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
V
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K

5x2wA Crystal structure of pseudomonas putida methionine gamma-lyase wild type with l-methionine intermediates (see paper)
37% identity, 97% coverage: 9:388/393 of query aligns to 4:389/392 of 5x2wA

query
sites
5x2wA
F
 
F
I
 
A
T
 
T
K
 
R
C
 
A
I
 
I
H
 
H
V
 
H
G
 
G
N
 
Y
G
 
D
I
 
P
D
 
Q
K
 
D
E
 
H
T
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
L
R
 
V
R
 
P
P
 
P
I
 
V
T
 
Y
M
 
Q
A
 
T
N
 
A
C
 
T
Y
 
F
R
 
T
L
 
F
P
 
P
-
 
T
-
 
V
E
 
E
D
 
Y
A
 
G
S
 
A
S
 
A
I
 
C
N
 
F
W
 
A
S
 
G
D
 
E
A
 
Q
D
 
A
Q
 
G
L
 
H
L
 
F
Y
|
Y
T
 
S
R
|
R
N
 
I
T
 
S
S
 
N
A
 
P
N
 
T
Q
 
L
V
 
N
Y
 
L
L
 
L
Q
 
E
E
 
A
K
 
R
L
 
M
A
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
G
E
 
E
D
 
A
C
 
G
V
 
L
V
 
A
L
 
L
A
 
A
S
|
S
G
|
G
V
x
M
S
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
T
G
 
S
V
 
T
F
 
L
F
 
W
S
 
T
F
 
L
L
 
L
N
 
R
K
 
P
E
 
G
S
 
D
H
 
E
V
 
V
I
 
L
C
 
L
S
 
G
N
 
N
V
 
T
S
 
L
Y
|
Y
I
 
G
A
 
C
V
 
T
Y
 
F
R
 
A
L
 
F
L
 
L
N
 
H
E
 
H
Y
 
G
L
 
I
P
 
-
D
 
G
K
 
E
Y
 
F
G
 
G
I
 
V
Q
 
K
T
 
L
S
 
R
F
 
H
V
 
V
D
 
D
T
 
M
S
 
A
N
 
D
L
 
L
E
 
Q
E
 
A
I
 
L
K
 
E
K
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
T
P
 
P
N
 
A
T
 
T
K
 
R
L
 
V
I
 
I
H
 
Y
I
 
F
E
 
E
T
 
S
P
 
P
G
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
N
T
 
M
K
 
H
I
 
M
S
 
A
D
 
D
I
 
I
E
 
A
E
 
G
I
 
V
S
 
A
K
 
K
I
 
I
V
 
A
K
 
R
S
 
K
I
 
H
G
 
G
A
 
A
L
 
T
L
 
V
S
 
V
V
 
V
D
|
D
S
 
N
T
 
T
F
 
Y
A
 
C
S
 
T
P
 
P
F
 
Y
L
 
L
Q
 
Q
R
 
R
P
 
P
L
 
L
Q
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
V
H
 
H
S
|
S
L
 
A
T
 
T
K
|
K
Y
 
Y
I
 
L
N
 
S
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
A
 
I
M
 
T
G
 
A
G
 
G
A
 
I
V
 
V
I
 
V
G
 
G
K
 
S
K
 
Q
E
 
A
L
 
L
I
 
V
D
 
D
K
 
R
I
 
I
K
 
R
R
 
L
E
 
Q
A
 
G
M
 
L
V
 
K
N
 
D
L
 
M
-
 
T
G
 
G
G
 
A
T
 
V
I
 
L
S
 
S
P
 
P
F
 
H
N
 
D
A
 
A
W
 
A
L
 
L
I
 
L
M
 
M
R
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
K
T
 
T
L
 
L
P
 
N
L
 
L
R
 
R
M
 
M
K
 
D
Q
 
R
H
 
H
S
 
C
D
 
A
T
 
N
A
 
A
L
 
Q
E
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
E
F
 
F
L
 
L
E
 
A
S
 
R
N
 
Q
P
 
P
V
 
Q
V
 
V
K
 
E
F
 
L
V
 
I
A
 
H
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
A
S
 
S
H
 
F
P
 
P
Q
 
Q
H
 
Y
N
 
T
I
 
L
A
 
A
K
 
R
K
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
N
 
S
M
 
Q
Y
 
P
S
 
G
G
 
G
I
 
M
I
 
I
A
 
A
F
 
F
A
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
G
D
 
G
V
 
I
D
 
G
T
 
A
H
 
G
N
 
R
K
 
R
F
 
F
I
 
M
N
 
N
S
 
A
L
 
L
K
 
Q
L
 
L
I
 
F
T
 
S
Q
 
R
A
 
A
V
|
V
S
|
S
L
 
L
G
 
G
H
 
D
D
 
A
E
 
E
S
 
S
L
 
L
I
 
A
V
 
Q
Y
 
H
T
 
P
G
 
A
P
 
S
N
 
M
D
 
T
E
 
H
R
 
S
I
 
-
N
 
S
F
 
Y
Y
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
E
-
 
R
-
 
A
-
 
H
-
 
Y
-
 
G
F
 
I
R
 
S
E
 
E
G
 
G
Y
 
L
I
 
V
R
|
R
F
 
L
S
 
S
I
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
S
 
D
A
 
I
S
 
D
D
 
D
I
 
L
I
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
V
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K

3vk3A Crystal structure of l-methionine gamma-lyase from pseudomonas putida c116h mutant complexed with l-methionine (see paper)
37% identity, 97% coverage: 9:388/393 of query aligns to 9:394/397 of 3vk3A

query
sites
3vk3A
F
 
F
I
 
A
T
 
T
K
 
R
C
 
A
I
 
I
H
 
H
V
 
H
G
 
G
N
 
Y
G
 
D
I
 
P
D
 
Q
K
 
D
E
 
H
T
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
L
R
 
V
R
 
P
P
 
P
I
 
V
T
 
Y
M
 
Q
A
 
T
N
 
A
C
 
T
Y
 
F
R
 
T
L
 
F
P
 
P
-
 
T
-
 
V
E
 
E
D
 
Y
A
 
G
S
 
A
S
 
A
I
 
C
N
 
F
W
 
A
S
 
G
D
 
E
A
 
Q
D
 
A
Q
 
G
L
 
H
L
 
F
Y
 
Y
T
 
S
R
|
R
N
 
I
T
 
S
S
 
N
A
 
P
N
 
T
Q
 
L
V
 
N
Y
 
L
L
 
L
Q
 
E
E
 
A
K
 
R
L
 
M
A
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
G
E
 
E
D
 
A
C
 
G
V
 
L
V
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
G
 
G
V
 
M
S
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
T
G
 
S
V
 
T
F
 
L
F
 
W
S
 
T
F
 
L
L
 
L
N
 
R
K
 
P
E
 
G
S
 
D
H
 
E
V
 
V
I
 
L
C
 
L
S
 
G
N
 
N
V
 
T
S
 
L
Y
|
Y
I
 
G
A
 
H
V
 
T
Y
 
F
R
 
A
L
 
F
L
 
L
N
 
H
E
 
H
Y
 
G
L
 
I
P
 
-
D
 
G
K
 
E
Y
 
F
G
 
G
I
 
V
Q
 
K
T
 
L
S
 
R
F
 
H
V
 
V
D
 
D
T
 
M
S
 
A
N
 
D
L
 
L
E
 
Q
E
 
A
I
 
L
K
 
E
K
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
T
P
 
P
N
 
A
T
 
T
K
 
R
L
 
V
I
 
I
H
 
Y
I
 
F
E
 
E
T
 
S
P
 
P
G
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
N
T
 
M
K
 
H
I
 
M
S
 
A
D
 
D
I
 
I
E
 
A
E
 
G
I
 
V
S
 
A
K
 
K
I
 
I
V
 
A
K
 
R
S
 
K
I
 
H
G
 
G
A
 
A
L
 
T
L
 
V
S
 
V
V
 
V
D
|
D
S
 
N
T
 
T
F
 
Y
A
 
C
S
 
T
P
 
P
F
 
Y
L
 
L
Q
 
Q
R
 
R
P
 
P
L
 
L
Q
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
V
H
 
H
S
 
S
L
 
A
T
 
T
K
|
K
Y
 
Y
I
 
L
N
 
S
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
A
 
I
M
 
T
G
 
A
G
 
G
A
 
I
V
 
V
I
 
V
G
 
G
K
 
S
K
 
Q
E
 
A
L
 
L
I
 
V
D
 
D
K
 
R
I
 
I
K
 
R
R
 
L
E
 
Q
A
 
G
M
 
L
V
 
K
N
 
D
L
 
M
-
 
T
G
 
G
G
 
A
T
 
V
I
 
L
S
 
S
P
 
P
F
 
H
N
 
D
A
 
A
W
 
A
L
 
L
I
 
L
M
 
M
R
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
K
T
 
T
L
 
L
P
 
N
L
 
L
R
 
R
M
 
M
K
 
D
Q
 
R
H
 
H
S
 
C
D
 
A
T
 
N
A
 
A
L
 
Q
E
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
E
F
 
F
L
 
L
E
 
A
S
 
R
N
 
Q
P
 
P
V
 
Q
V
 
V
K
 
E
F
 
L
V
 
I
A
 
H
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
A
S
 
S
H
 
F
P
 
P
Q
 
Q
H
 
Y
N
 
T
I
 
L
A
 
A
K
 
R
K
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
N
 
S
M
 
Q
Y
 
P
S
 
G
G
 
G
I
 
M
I
 
I
A
 
A
F
 
F
A
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
G
D
 
G
V
 
I
D
 
G
T
 
A
H
 
G
N
 
R
K
 
R
F
 
F
I
 
M
N
 
N
S
 
A
L
 
L
K
 
Q
L
 
L
I
 
F
T
 
S
Q
 
R
A
 
A
V
|
V
S
|
S
L
|
L
G
 
G
H
 
D
D
 
A
E
 
E
S
 
S
L
 
L
I
 
A
V
 
Q
Y
 
H
T
 
P
G
 
A
P
 
S
N
 
M
D
 
T
E
 
H
R
 
S
I
 
-
N
 
S
F
 
Y
Y
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
E
-
 
R
-
 
A
-
 
H
-
 
Y
-
 
G
F
 
I
R
 
S
E
 
E
G
 
G
Y
 
L
I
 
V
R
|
R
F
 
L
S
 
S
I
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
S
 
D
A
 
I
S
 
D
D
 
D
I
 
L
I
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
V
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K

5x30C Crystal structure of pseudomonas putida methionine gamma-lyase c116h mutant with l-homocysteine intermediates. (see paper)
37% identity, 97% coverage: 9:388/393 of query aligns to 5:390/393 of 5x30C

query
sites
5x30C
F
 
F
I
 
A
T
 
T
K
 
R
C
 
A
I
 
I
H
 
H
V
 
H
G
 
G
N
 
Y
G
 
D
I
 
P
D
 
Q
K
 
D
E
 
H
T
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
L
R
 
V
R
 
P
P
 
P
I
 
V
T
 
Y
M
 
Q
A
 
T
N
 
A
C
 
T
Y
 
F
R
 
T
L
 
F
P
 
P
-
 
T
-
 
V
E
 
E
D
 
Y
A
 
G
S
 
A
S
 
A
I
 
C
N
 
F
W
 
A
S
 
G
D
 
E
A
 
Q
D
 
A
Q
 
G
L
 
H
L
 
F
Y
|
Y
T
 
S
R
|
R
N
 
I
T
 
S
S
 
N
A
 
P
N
 
T
Q
 
L
V
 
N
Y
 
L
L
 
L
Q
 
E
E
 
A
K
 
R
L
 
M
A
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
G
E
 
E
D
 
A
C
 
G
V
 
L
V
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
G
 
G
V
 
M
S
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
T
G
 
S
V
 
T
F
 
L
F
 
W
S
 
T
F
 
L
L
 
L
N
 
R
K
 
P
E
 
G
S
 
D
H
 
E
V
 
V
I
 
L
C
 
L
S
 
G
N
 
N
V
 
T
S
 
L
Y
|
Y
I
 
G
A
 
H
V
 
T
Y
 
F
R
 
A
L
 
F
L
 
L
N
 
H
E
 
H
Y
 
G
L
 
I
P
 
-
D
 
G
K
 
E
Y
 
F
G
 
G
I
 
V
Q
 
K
T
 
L
S
 
R
F
 
H
V
 
V
D
 
D
T
 
M
S
 
A
N
 
D
L
 
L
E
 
Q
E
 
A
I
 
L
K
 
E
K
 
A
A
 
A
I
 
M
R
 
T
P
 
P
N
 
A
T
 
T
K
 
R
L
 
V
I
 
I
H
 
Y
I
 
F
E
 
E
T
 
S
P
 
P
G
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
N
T
 
M
K
 
H
I
 
M
S
 
A
D
 
D
I
 
I
E
 
A
E
 
G
I
 
V
S
 
A
K
 
K
I
 
I
V
 
A
K
 
R
S
 
K
I
 
H
G
 
G
A
 
A
L
 
T
L
 
V
S
 
V
V
 
V
D
|
D
S
 
N
T
 
T
F
 
Y
A
 
C
S
 
T
P
 
P
F
 
Y
L
 
L
Q
 
Q
R
 
R
P
 
P
L
 
L
Q
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
V
H
 
H
S
 
S
L
 
A
T
 
T
K
|
K
Y
 
Y
I
 
L
N
 
S
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
A
 
I
M
 
T
G
 
A
G
 
G
A
 
I
V
 
V
I
 
V
G
 
G
K
 
S
K
 
Q
E
 
A
L
 
L
I
 
V
D
 
D
K
 
R
I
 
I
K
 
R
R
 
L
E
 
Q
A
 
G
M
 
L
V
 
K
N
 
D
L
 
M
-
 
T
G
 
G
G
 
A
T
 
V
I
 
L
S
 
S
P
 
P
F
 
H
N
 
D
A
 
A
W
 
A
L
 
L
I
 
L
M
 
M
R
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
K
T
 
T
L
 
L
P
 
N
L
 
L
R
 
R
M
 
M
K
 
D
Q
 
R
H
 
H
S
 
C
D
 
A
T
 
N
A
 
A
L
 
Q
E
 
V
V
 
L
A
 
A
E
 
E
F
 
F
L
 
L
E
 
A
S
 
R
N
 
Q
P
 
P
V
 
Q
V
 
V
K
 
E
F
 
L
V
 
I
A
 
H
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
A
S
 
S
H
 
F
P
 
P
Q
 
Q
H
 
Y
N
 
T
I
 
L
A
 
A
K
 
R
K
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
N
 
S
M
 
Q
Y
 
P
S
 
G
G
 
G
I
 
M
I
 
I
A
 
A
F
 
F
A
 
E
L
 
L
K
 
K
A
 
G
D
 
G
V
 
I
D
 
G
T
 
A
H
 
G
N
 
R
K
 
R
F
 
F
I
 
M
N
 
N
S
 
A
L
 
L
K
 
Q
L
 
L
I
 
F
T
 
S
Q
 
R
A
 
A
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
G
H
 
D
D
 
A
E
 
E
S
 
S
L
 
L
I
 
A
V
 
Q
Y
 
H
T
 
P
G
 
A
P
 
S
N
 
M
D
 
T
E
 
H
R
 
S
I
 
-
N
 
S
F
 
Y
Y
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
E
-
 
R
-
 
A
-
 
H
-
 
Y
-
 
G
F
 
I
R
 
S
E
 
E
G
 
G
Y
 
L
I
 
V
R
 
R
F
 
L
S
 
S
I
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
S
 
D
A
 
I
S
 
D
D
 
D
I
 
L
I
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
V
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K

1e5fA Methionine gamma-lyase (mgl) from trichomonas vaginalis
41% identity, 96% coverage: 11:387/393 of query aligns to 7:389/393 of 1e5fA

query
sites
1e5fA
T
 
T
K
 
A
C
 
C
I
 
I
H
 
H
V
 
-
G
 
A
N
 
N
G
 
P
I
 
Q
D
 
K
K
 
D
E
 
Q
T
 
F
G
 
G
A
 
A
I
 
A
R
 
I
R
 
P
P
 
P
I
 
I
T
 
Y
M
 
Q
A
 
T
N
 
S
C
 
T
Y
 
F
R
 
V
L
 
F
P
 
D
E
 
N
D
 
C
A
 
Q
S
 
Q
S
 
G
I
 
G
N
 
N
W
 
R
S
 
F
D
 
A
A
 
G
D
 
Q
Q
 
E
-
 
S
-
 
G
L
 
Y
L
 
I
Y
|
Y
T
 
T
R
|
R
N
 
L
T
 
G
S
 
N
A
 
P
N
 
T
Q
 
V
V
 
S
Y
 
N
L
 
L
Q
 
E
E
 
G
K
 
K
L
 
I
A
 
A
S
 
F
L
 
L
E
 
E
G
 
K
G
 
T
E
 
E
D
 
A
C
 
C
V
 
V
V
 
A
L
 
T
A
 
S
S
 
S
G
|
G
V
x
M
S
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
A
G
 
A
V
 
T
F
 
V
F
 
L
S
 
T
F
 
I
L
 
L
N
 
K
K
 
A
E
 
G
S
 
D
H
 
H
V
 
L
I
 
I
C
 
S
S
 
D
N
 
E
V
 
C
S
 
L
Y
|
Y
I
 
G
A
 
C
V
 
T
Y
 
H
R
 
A
L
 
L
L
 
F
N
 
-
E
 
E
Y
 
H
L
 
A
P
 
L
D
 
T
K
 
K
Y
 
F
G
 
G
I
 
I
Q
 
Q
T
 
V
S
 
D
F
 
F
V
 
I
D
 
N
T
 
T
S
 
A
N
 
I
L
 
P
E
 
G
E
 
E
I
 
V
K
 
K
K
 
K
A
 
H
I
 
M
R
 
K
P
 
P
N
 
N
T
 
T
K
 
K
L
 
I
I
 
V
H
 
Y
I
 
F
E
 
E
T
 
T
P
 
P
G
 
A
N
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
L
K
 
K
I
 
I
S
 
I
D
 
D
I
 
M
E
 
E
E
 
R
I
 
V
S
 
C
K
 
K
I
 
D
V
 
A
K
 
H
S
 
S
I
 
Q
-
 
E
G
 
G
A
 
V
L
 
L
L
 
V
S
 
I
V
 
A
D
|
D
S
 
N
T
 
T
F
 
F
A
 
C
S
 
S
P
 
P
F
 
M
L
 
I
Q
 
T
R
 
N
P
 
P
L
 
V
Q
 
D
L
 
F
G
 
G
A
 
V
D
 
D
L
 
V
V
 
V
I
 
V
H
 
H
S
|
S
L
 
A
T
 
T
K
|
K
Y
 
Y
I
 
I
N
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
T
D
 
D
A
 
V
M
 
V
G
 
A
G
 
G
A
 
L
V
 
I
I
 
C
G
 
G
K
 
K
K
 
A
E
 
D
L
 
L
I
 
L
D
 
Q
K
 
Q
I
 
I
K
 
R
R
 
M
E
 
V
A
 
G
M
 
I
V
 
K
N
 
D
L
 
I
G
 
T
G
 
G
T
 
S
-
 
V
I
 
I
S
 
S
P
 
P
F
 
H
N
 
D
A
 
A
W
 
W
L
 
L
I
 
I
M
 
T
R
 
R
G
 
G
V
 
L
V
 
S
T
 
T
L
 
L
P
 
N
L
 
I
R
 
R
M
 
M
K
 
K
Q
 
A
H
 
E
S
 
S
D
 
E
T
 
N
A
 
A
L
 
M
E
 
K
V
 
V
A
 
A
E
 
E
F
 
Y
L
 
L
E
 
K
S
 
S
N
 
H
P
 
P
V
 
A
V
 
V
K
 
E
F
 
K
V
 
V
A
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
F
E
 
E
S
 
D
H
 
H
P
 
E
Q
 
G
H
 
H
N
 
D
I
 
I
A
 
A
K
 
K
K
 
K
Q
 
Q
M
 
M
N
 
R
M
 
M
Y
 
Y
S
 
G
G
 
S
I
 
M
I
 
I
A
 
T
F
 
F
A
 
I
L
 
L
K
 
K
A
 
S
D
 
G
V
 
F
D
 
E
T
 
G
H
 
A
N
 
K
K
 
K
F
 
L
I
 
L
N
 
D
S
 
N
L
 
L
K
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
L
A
 
A
V
 
V
S
 
S
L
 
L
G
 
G
H
 
G
D
 
C
E
 
E
S
 
S
L
 
L
I
 
I
V
 
Q
Y
 
H
T
 
-
G
 
-
P
 
P
N
 
A
D
 
S
E
 
M
R
 
T
I
 
H
N
 
A
F
 
V
Y
 
V
P
 
P
E
 
K
Q
 
E
F
 
E
R
 
R
E
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
I
-
 
T
-
 
D
G
 
G
Y
 
M
I
 
I
R
 
R
F
 
L
S
 
S
I
 
V
G
 
G
L
 
I
E
 
E
S
 
D
A
 
A
S
 
D
D
 
E
I
 
L
I
 
I
A
 
A
D
 
D
L
 
F
K
 
K
Q
 
Q
A
 
G
L
 
L

1e5eA Methionine gamma-lyase (mgl) from trichomonas vaginalis in complex with propargylglycine
41% identity, 96% coverage: 11:387/393 of query aligns to 7:389/394 of 1e5eA

query
sites
1e5eA
T
 
T
K
 
A
C
 
C
I
 
I
H
 
H
V
 
-
G
 
A
N
 
N
G
 
P
I
 
Q
D
 
K
K
 
D
E
 
Q
T
 
F
G
 
G
A
 
A
I
 
A
R
 
I
R
 
P
P
 
P
I
 
I
T
 
Y
M
 
Q
A
 
T
N
 
S
C
 
T
Y
 
F
R
 
V
L
 
F
P
 
D
E
 
N
D
 
C
A
 
Q
S
 
Q
S
 
G
I
 
G
N
 
N
W
 
R
S
 
F
D
 
A
A
 
G
D
 
Q
Q
 
E
-
 
S
-
 
G
L
 
Y
L
 
I
Y
|
Y
T
 
T
R
|
R
N
 
L
T
 
G
S
 
N
A
 
P
N
 
T
Q
 
V
V
 
S
Y
 
N
L
 
L
Q
 
E
E
 
G
K
 
K
L
 
I
A
 
A
S
 
F
L
 
L
E
 
E
G
 
K
G
 
T
E
 
E
D
 
A
C
 
C
V
 
V
V
 
A
L
 
T
A
 
S
S
 
S
G
|
G
V
x
M
S
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
A
G
 
A
V
 
T
F
 
V
F
 
L
S
 
T
F
 
I
L
 
L
N
 
K
K
 
A
E
 
G
S
 
D
H
 
H
V
 
L
I
 
I
C
 
S
S
 
D
N
 
E
V
 
C
S
 
L
Y
|
Y
I
 
G
A
 
C
V
 
T
Y
 
H
R
 
A
L
 
L
L
 
F
N
 
-
E
 
E
Y
 
H
L
 
A
P
 
L
D
 
T
K
 
K
Y
 
F
G
 
G
I
 
I
Q
 
Q
T
 
V
S
 
D
F
 
F
V
 
I
D
 
N
T
 
T
S
 
A
N
 
I
L
 
P
E
 
G
E
 
E
I
 
V
K
 
K
K
 
K
A
 
H
I
 
M
R
 
K
P
 
P
N
 
N
T
 
T
K
 
K
L
 
I
I
 
V
H
 
Y
I
 
F
E
 
E
T
 
T
P
 
P
G
 
A
N
|
N
P
 
P
T
 
T
T
 
L
K
 
K
I
 
I
S
 
I
D
 
D
I
 
M
E
 
E
E
 
R
I
 
V
S
 
C
K
 
K
I
 
D
V
 
A
K
 
H
S
 
S
I
 
Q
-
 
E
G
 
G
A
 
V
L
 
L
L
 
V
S
 
I
V
 
A
D
|
D
S
 
N
T
 
T
F
 
F
A
 
C
S
 
S
P
 
P
F
 
M
L
 
I
Q
 
T
R
 
N
P
 
P
L
 
V
Q
 
D
L
 
F
G
 
G
A
 
V
D
 
D
L
 
V
V
 
V
I
 
V
H
 
H
S
|
S
L
 
A
T
|
T
K
|
K
Y
 
Y
I
 
I
N
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
T
D
 
D
A
 
V
M
 
V
G
 
A
G
 
G
A
 
L
V
 
I
I
 
C
G
 
G
K
 
K
K
 
A
E
 
D
L
 
L
I
 
L
D
 
Q
K
 
Q
I
 
I
K
 
R
R
 
M
E
 
V
A
 
G
M
 
I
V
 
K
N
 
D
L
 
I
G
 
T
G
 
G
T
 
S
-
 
V
I
 
I
S
 
S
P
 
P
F
 
H
N
 
D
A
 
A
W
 
W
L
 
L
I
 
I
M
 
T
R
 
R
G
 
G
V
 
L
V
 
S
T
 
T
L
 
L
P
 
N
L
 
I
R
 
R
M
 
M
K
 
K
Q
 
A
H
 
E
S
 
S
D
 
E
T
 
N
A
 
A
L
 
M
E
 
K
V
 
V
A
 
A
E
 
E
F
 
Y
L
 
L
E
 
K
S
 
S
N
 
H
P
 
P
V
 
A
V
 
V
K
 
E
F
 
K
V
 
V
A
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
F
E
 
E
S
 
D
H
 
H
P
 
E
Q
 
G
H
 
H
N
 
D
I
 
I
A
 
A
K
 
K
K
 
K
Q
 
Q
M
 
M
N
 
R
M
 
M
Y
 
Y
S
 
G
G
 
S
I
 
M
I
 
I
A
 
T
F
 
F
A
 
I
L
 
L
K
 
K
A
 
S
D
 
G
V
 
F
D
 
E
T
 
G
H
 
A
N
 
K
K
 
K
F
 
L
I
 
L
N
 
D
S
 
N
L
 
L
K
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
L
A
 
A
V
 
V
S
|
S
L
 
L
G
 
G
H
 
G
D
 
C
E
 
E
S
 
S
L
 
L
I
 
I
V
 
Q
Y
 
H
T
 
-
G
 
-
P
 
P
N
 
A
D
 
S
E
 
M
R
x
T
I
 
H
N
 
A
F
 
V
Y
 
V
P
 
P
E
 
K
Q
 
E
F
 
E
R
 
R
E
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
I
-
 
T
-
 
D
G
 
G
Y
 
M
I
 
I
R
|
R
F
 
L
S
 
S
I
 
V
G
 
G
L
 
I
E
 
E
S
 
D
A
 
A
S
 
D
D
 
E
I
 
L
I
 
I
A
 
A
D
 
D
L
 
F
K
 
K
Q
 
Q
A
 
G
L
 
L

4l0oH Structure determination of cystathionine gamma-synthase from helicobacter pylori
40% identity, 96% coverage: 11:389/393 of query aligns to 5:372/373 of 4l0oH

query
sites
4l0oH
T
 
T
K
 
K
C
 
L
I
 
I
H
 
H
V
 
G
G
 
G
N
 
I
G
 
S
I
 
E
D
 
D
K
 
A
E
 
T
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
V
R
 
S
R
 
V
P
 
P
I
 
I
T
 
Y
M
 
Q
A
 
T
N
 
S
C
 
T
Y
 
Y
R
 
R
L
 
-
P
 
-
E
 
-
D
 
-
A
 
-
S
 
-
S
 
-
I
 
-
N
 
-
W
 
-
S
 
-
D
 
-
A
 
Q
D
 
D
Q
 
G
L
 
Y
L
 
E
Y
|
Y
T
 
S
R
|
R
N
 
S
T
 
G
S
 
N
A
 
P
N
 
T
Q
 
R
V
 
F
Y
 
A
L
 
L
Q
 
E
E
 
E
K
 
L
L
 
I
A
 
A
S
 
D
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
G
E
 
V
D
 
K
C
 
G
V
 
F
V
 
A
L
 
F
A
 
A
S
|
S
G
|
G
V
x
L
S
 
A
A
 
G
L
 
I
A
 
H
G
 
A
V
 
V
F
 
F
F
 
-
S
 
S
F
 
L
L
 
L
N
 
Q
K
 
S
E
 
G
S
 
D
H
 
H
V
 
V
I
 
L
C
 
L
S
 
G
N
 
D
V
 
D
S
 
V
Y
|
Y
I
 
G
A
 
G
V
 
T
Y
 
F
R
 
R
L
 
L
L
 
F
N
 
N
E
 
Q
Y
 
V
L
 
L
P
 
V
D
 
-
K
 
K
Y
 
N
G
 
G
I
 
L
Q
 
S
T
 
C
S
 
T
F
 
I
V
 
I
D
 
D
T
 
T
S
 
S
N
 
D
L
 
I
E
 
S
E
 
Q
I
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
A
I
 
I
R
 
K
P
 
P
N
 
N
T
 
T
K
 
K
L
 
A
I
 
L
H
 
Y
I
 
L
E
 
E
T
 
T
P
 
P
G
 
S
N
 
N
P
 
P
T
 
L
T
 
L
K
 
K
I
 
I
S
 
T
D
 
D
I
 
L
E
 
A
E
 
Q
I
 
C
S
 
A
K
 
S
I
 
V
V
 
A
K
 
K
S
 
D
I
 
H
G
 
G
A
 
L
L
 
L
L
 
T
S
 
I
V
 
V
D
|
D
S
 
N
T
 
T
F
 
F
A
 
A
S
 
T
P
 
P
F
 
Y
L
 
Y
Q
 
Q
R
 
N
P
 
P
L
 
L
Q
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
I
V
 
V
I
 
A
H
 
H
S
|
S
L
 
G
T
|
T
K
|
K
Y
 
Y
I
 
L
N
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
S
D
 
D
A
 
V
M
 
V
G
 
A
G
 
G
A
 
L
V
 
V
I
 
T
G
 
T
K
 
N
K
 
N
E
 
E
L
 
A
I
 
L
D
 
A
K
 
Q
I
 
E
K
 
I
R
 
A
E
 
F
A
 
F
M
 
Q
V
 
N
N
 
A
L
 
I
G
 
G
G
 
G
T
 
V
I
 
L
S
 
G
P
 
P
F
 
Q
N
 
D
A
 
S
W
 
W
L
 
L
I
 
L
M
 
Q
R
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
K
T
 
T
L
 
L
P
 
G
L
 
L
R
 
R
M
 
M
K
 
E
Q
 
A
H
 
H
S
 
Q
D
 
K
T
 
N
A
 
A
L
 
L
E
 
C
V
 
V
A
 
A
E
 
E
F
 
F
L
 
L
E
 
E
S
 
K
N
 
H
P
 
P
V
 
K
V
 
V
K
 
E
F
 
R
V
 
V
A
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
P
S
 
T
H
 
H
P
 
P
Q
 
N
H
 
Y
N
 
E
I
 
L
A
 
A
K
 
K
K
 
K
Q
 
Q
M
 
M
N
 
R
M
 
G
Y
 
F
S
 
S
G
 
G
I
 
M
I
 
L
A
 
S
F
 
F
A
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
N
D
 
D
V
 
S
D
 
E
T
 
A
H
 
-
N
 
V
K
 
A
F
 
F
I
 
V
N
 
E
S
 
S
L
 
L
K
 
K
L
 
L
I
 
F
T
 
I
Q
 
L
A
 
G
V
 
E
S
 
S
L
 
L
G
 
G
H
 
G
D
 
V
E
 
E
S
 
S
L
 
L
I
 
V
V
 
G
Y
 
I
T
 
P
G
 
A
-
 
F
-
 
M
-
 
T
-
 
H
-
 
A
-
 
C
-
 
I
P
 
P
N
 
K
D
 
T
E
 
Q
R
 
R
I
 
-
N
 
-
F
 
-
Y
 
E
P
 
A
E
 
A
Q
 
G
F
 
I
R
 
R
E
 
D
G
 
G
Y
 
L
I
 
V
R
 
R
F
 
L
S
 
S
I
 
V
G
 
G
L
 
I
E
 
E
S
 
H
A
 
E
S
 
Q
D
 
D
I
 
L
I
 
L
A
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
E
Q
 
Q
A
 
A
L
 
F
K
 
A
K
 
K

4iyoB Crystal structure of cystathionine gamma lyase from xanthomonas oryzae pv. Oryzae (xometc) in complex with e-site serine, a-site serine, a- site external aldimine structure with aminoacrylate and a-site iminopropionate intermediates (see paper)
38% identity, 97% coverage: 7:387/393 of query aligns to 2:380/381 of 4iyoB

query
sites
4iyoB
I
 
L
D
 
S
F
 
L
I
 
A
T
 
T
K
 
L
C
 
A
I
 
I
H
 
H
V
 
G
G
 
G
N
 
Q
G
 
S
I
 
P
D
 
D
K
 
P
E
 
S
T
 
T
G
 
G
A
 
A
I
 
V
R
 
M
R
 
P
P
 
P
I
 
I
T
 
Y
M
 
A
A
 
T
N
 
S
C
 
T
Y
 
Y
R
 
-
L
 
-
P
 
-
E
 
-
D
 
-
A
 
-
S
 
A
S
 
Q
I
 
S
N
 
S
W
 
P
S
 
G
D
 
E
A
 
H
D
 
Q
Q
 
G
L
 
F
L
 
E
Y
|
Y
T
 
S
R
|
R
N
x
T
T
 
H
S
 
N
A
 
P
N
 
T
Q
 
R
V
 
F
Y
 
A
L
 
Y
Q
 
E
E
 
R
K
 
C
L
 
V
A
 
A
S
 
A
L
 
L
E
 
E
G
 
G
G
 
G
E
 
T
D
 
R
C
 
A
V
 
F
V
 
A
L
 
F
A
 
A
S
 
S
G
 
G
V
 
M
S
 
A
A
 
A
L
 
T
A
 
S
G
 
T
V
 
V
F
 
M
F
 
-
S
 
E
F
 
L
L
 
L
N
 
D
K
 
A
E
 
G
S
 
S
H
 
H
V
 
V
I
 
V
C
 
A
S
 
M
N
 
D
V
 
D
S
 
L
Y
|
Y
I
 
G
A
 
G
V
 
T
Y
 
F
R
|
R
L
 
L
L
 
F
N
 
E
E
 
R
Y
 
V
L
 
R
P
 
R
D
 
R
K
 
T
Y
 
A
G
 
G
I
 
L
Q
 
D
T
 
F
S
 
S
F
 
F
V
 
V
D
 
D
T
 
L
S
 
T
N
 
D
L
 
P
E
 
A
E
 
A
I
 
F
K
 
K
K
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
P
 
A
N
 
D
T
 
T
K
 
K
L
 
M
I
 
V
H
 
W
I
 
I
E
 
E
T
 
T
P
 
P
G
 
T
N
 
N
P
 
P
T
 
M
T
 
L
K
 
K
I
 
L
S
 
V
D
 
D
I
 
I
E
 
A
E
 
A
I
 
I
S
 
A
K
 
V
I
 
I
V
 
A
K
 
R
S
 
K
I
 
H
G
 
G
A
 
L
L
 
L
L
 
T
S
 
V
V
 
V
D
|
D
S
 
N
T
 
T
F
 
F
A
 
A
S
 
S
P
 
P
F
 
M
L
 
L
Q
 
Q
R
 
R
P
 
P
L
 
L
Q
 
S
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
V
I
 
V
H
 
H
S
 
S
L
 
A
T
 
T
K
|
K
Y
 
Y
I
 
L
N
 
N
G
 
G
H
 
H
G
 
S
D
 
D
A
 
M
M
 
V
G
 
G
G
 
G
-
 
I
A
 
A
V
 
V
I
 
V
G
 
G
K
 
D
K
 
N
E
 
A
L
 
E
I
 
L
D
 
A
K
 
E
I
x
Q
K
 
M
R
 
A
E
x
F
A
 
L
M
 
Q
V
x
N
N
 
S
L
 
I
G
 
G
G
 
G
T
 
V
I
 
Q
S
 
G
P
 
P
F
 
F
N
 
D
A
 
S
W
 
F
L
 
L
I
 
A
M
 
L
R
 
R
G
 
G
V
 
L
V
 
K
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
L
R
 
R
M
 
M
K
 
R
Q
 
A
H
 
H
S
 
C
D
 
E
T
 
N
A
 
A
L
 
L
E
 
A
V
 
L
A
 
A
E
 
Q
F
 
W
L
 
L
E
 
E
S
 
T
N
 
H
P
 
P
V
 
A
V
 
I
K
 
E
F
 
K
V
 
V
A
 
I
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
A
S
 
S
H
 
H
P
 
P
Q
 
Q
H
 
H
N
 
V
I
 
L
A
 
A
K
 
K
K
 
R
Q
 
Q
M
 
M
N
 
S
M
 
G
Y
 
F
S
 
G
G
 
G
I
 
I
I
 
V
A
 
S
F
 
I
A
 
V
L
 
L
K
 
K
A
 
G
D
 
G
V
 
F
D
 
D
T
 
A
H
 
A
N
 
K
K
 
R
F
 
F
I
 
C
N
 
E
S
 
K
L
 
T
K
 
E
L
 
L
I
 
F
T
 
T
Q
 
L
A
 
A
V
x
E
S
|
S
L
 
L
G
 
G
H
 
G
D
 
V
E
 
E
S
 
S
L
 
L
I
 
V
V
 
N
Y
 
H
T
 
-
G
 
-
P
 
P
N
 
A
D
 
V
E
 
M
R
x
T
I
 
H
N
 
A
F
 
S
Y
 
I
P
 
P
E
 
V
Q
 
A
F
 
R
R
 
R
E
 
E
-
 
Q
-
 
L
-
 
G
-
 
I
-
 
S
-
 
D
G
 
A
Y
 
L
I
 
V
R
|
R
F
 
L
S
 
S
I
 
V
G
 
G
L
 
I
E
 
E
S
 
D
A
 
L
S
 
G
D
 
D
I
 
L
I
 
R
A
 
G
D
 
D
L
 
L
K
 
E
Q
 
R
A
 
A
L
 
L

Query Sequence

>WP_012102027.1 NCBI__GCF_000016505.1:WP_012102027.1
MIDDNNIDFITKCIHVGNGIDKETGAIRRPITMANCYRLPEDASSINWSDADQLLYTRNT
SANQVYLQEKLASLEGGEDCVVLASGVSALAGVFFSFLNKESHVICSNVSYIAVYRLLNE
YLPDKYGIQTSFVDTSNLEEIKKAIRPNTKLIHIETPGNPTTKISDIEEISKIVKSIGAL
LSVDSTFASPFLQRPLQLGADLVIHSLTKYINGHGDAMGGAVIGKKELIDKIKREAMVNL
GGTISPFNAWLIMRGVVTLPLRMKQHSDTALEVAEFLESNPVVKFVAYPGLESHPQHNIA
KKQMNMYSGIIAFALKADVDTHNKFINSLKLITQAVSLGHDESLIVYTGPNDERINFYPE
QFREGYIRFSIGLESASDIIADLKQALKKCGLQ

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory