SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012116171.1 NCBI__GCF_000017645.1:WP_012116171.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3e0iA Cu2+ substituted aquifex aeolicus kdo8ps in complex with pep (see paper)
52% identity, 89% coverage: 33:292/292 of query aligns to 5:263/263 of 3e0iA

query
sites
3e0iA
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
|
C
Q
 
A
M
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
E
A
 
E
H
 
L
A
 
L
L
 
L
E
 
K
V
 
V
A
 
G
S
 
E
A
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
R
 
E
R
 
K
-
 
F
R
 
K
G
 
E
I
 
V
G
 
E
L
 
F
I
 
V
F
 
F
K
|
K
T
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
R
|
R
T
x
S
S
 
S
L
 
I
S
 
H
A
 
S
Q
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
Y
A
 
G
L
 
V
P
 
K
V
 
A
F
 
L
A
 
R
E
 
K
I
 
V
R
 
K
E
 
E
S
 
E
L
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
Q
 
Q
C
 
A
A
 
E
A
 
P
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
I
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
L
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
R
T
 
A
V
 
V
N
 
N
V
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
A
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
N
 
E
K
 
K
L
 
L
T
 
K
G
 
F
A
 
G
G
 
G
N
 
A
G
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
Y
V
 
L
T
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
A
 
S
L
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
Q
T
 
W
T
 
-
G
 
-
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
G
 
G
S
 
D
S
x
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
C
A
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
M
E
|
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
D
 
E
K
 
K
A
 
A
P
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
M
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
G
L
 
I
I
 
I
T
 
E
T
 
A
L
 
I
Q
 
L
A
 
E
F
 
I
D
 
R
A
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
S
A
 
K
N
 
Y
P
 
Y
V
 
E
T
 
T
I
 
I

2a21A Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with pep, po4, and zn2+ (see paper)
52% identity, 89% coverage: 33:292/292 of query aligns to 5:263/263 of 2a21A

query
sites
2a21A
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
|
C
Q
 
A
M
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
E
A
 
E
H
 
L
A
 
L
L
 
L
E
 
K
V
 
V
A
 
G
S
 
E
A
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
R
 
E
R
 
K
-
 
F
R
 
K
G
 
E
I
 
V
G
 
E
L
 
F
I
 
V
F
 
F
K
|
K
T
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
R
|
R
T
x
S
S
 
S
L
 
I
S
 
H
A
 
S
Q
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
Y
A
 
G
L
 
V
P
 
K
V
 
A
F
 
L
A
 
R
E
 
K
I
 
V
R
 
K
E
 
E
S
 
E
L
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
Q
 
Q
C
 
A
A
 
E
A
 
P
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
I
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
L
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
R
T
 
A
V
 
V
N
 
N
V
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
A
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
N
 
E
K
 
K
L
 
L
T
 
K
G
 
F
A
 
G
G
 
G
N
 
A
G
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
Y
V
 
L
T
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
A
 
S
L
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
Q
T
 
W
T
 
-
G
 
-
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
G
 
G
S
 
D
S
 
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
C
A
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
M
E
|
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
D
 
E
K
 
K
A
 
A
P
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
M
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
G
L
 
I
I
 
I
T
 
E
T
 
A
L
 
I
Q
 
L
A
 
E
F
 
I
D
 
R
A
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
S
A
 
K
N
 
Y
P
 
Y
V
 
E
T
 
T
I
 
I

1jcyA Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with r5p, pep and cadmium (see paper)
52% identity, 89% coverage: 33:292/292 of query aligns to 5:263/263 of 1jcyA

query
sites
1jcyA
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
Q
 
A
M
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
E
A
 
E
H
 
L
A
 
L
L
 
L
E
 
K
V
 
V
A
 
G
S
 
E
A
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
R
 
E
R
 
K
-
 
F
R
 
K
G
 
E
I
 
V
G
 
E
L
 
F
I
 
V
F
 
F
K
|
K
T
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
T
x
S
S
 
S
L
 
I
S
 
H
A
 
S
Q
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
Y
A
 
G
L
 
V
P
 
K
V
 
A
F
 
L
A
 
R
E
 
K
I
 
V
R
 
K
E
 
E
S
 
E
L
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
Q
 
Q
C
 
A
A
 
E
A
 
P
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
I
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
L
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
R
T
 
A
V
 
V
N
 
N
V
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
A
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
N
 
E
K
 
K
L
 
L
T
 
K
G
 
F
A
 
G
G
 
G
N
 
A
G
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
Y
V
 
L
T
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
A
 
S
L
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
Q
T
 
W
T
 
-
G
 
-
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
|
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
G
 
G
S
 
D
S
 
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
C
A
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
D
 
E
K
 
K
A
 
A
P
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
M
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
G
L
 
I
I
 
I
T
 
E
T
 
A
L
 
I
Q
 
L
A
 
E
F
 
I
D
 
R
A
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
S
A
 
K
N
 
Y
P
 
Y
V
 
E
T
 
T
I
 
I

1fwwA Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with pep, a5p and cadmium (see paper)
52% identity, 89% coverage: 33:292/292 of query aligns to 5:263/263 of 1fwwA

query
sites
1fwwA
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
Q
 
A
M
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
E
A
 
E
H
 
L
A
 
L
L
 
L
E
 
K
V
 
V
A
 
G
S
 
E
A
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
R
 
E
R
 
K
-
 
F
R
 
K
G
 
E
I
 
V
G
 
E
L
 
F
I
 
V
F
 
F
K
|
K
T
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
T
x
S
S
 
S
L
 
I
S
 
H
A
 
S
Q
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
Y
A
 
G
L
 
V
P
 
K
V
 
A
F
 
L
A
 
R
E
 
K
I
 
V
R
 
K
E
 
E
S
 
E
L
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
Q
 
Q
C
 
A
A
 
E
A
 
P
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
I
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
L
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
R
T
 
A
V
 
V
N
 
N
V
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
A
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
N
 
E
K
 
K
L
 
L
T
 
K
G
 
F
A
 
G
G
 
G
N
 
A
G
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
Y
V
 
L
T
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
A
 
S
L
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
Q
T
 
W
T
 
-
G
 
-
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
G
 
G
S
 
D
S
 
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
C
A
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
D
 
E
K
 
K
A
 
A
P
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
M
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
G
L
 
I
I
 
I
T
 
E
T
 
A
L
 
I
Q
 
L
A
 
E
F
 
I
D
 
R
A
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
S
A
 
K
N
 
Y
P
 
Y
V
 
E
T
 
T
I
 
I

1fwtA Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with pep, e4p and cadmium (see paper)
52% identity, 89% coverage: 33:292/292 of query aligns to 5:263/263 of 1fwtA

query
sites
1fwtA
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
Q
 
A
M
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
E
A
 
E
H
 
L
A
 
L
L
 
L
E
 
K
V
 
V
A
 
G
S
 
E
A
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
R
 
E
R
 
K
-
 
F
R
 
K
G
 
E
I
 
V
G
 
E
L
 
F
I
 
V
F
 
F
K
|
K
T
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
T
x
S
S
 
S
L
 
I
S
 
H
A
 
S
Q
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
Y
A
 
G
L
 
V
P
 
K
V
 
A
F
 
L
A
 
R
E
 
K
I
 
V
R
 
K
E
 
E
S
 
E
L
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
Q
 
Q
C
 
A
A
 
E
A
 
P
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
I
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
L
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
R
T
 
A
V
 
V
N
 
N
V
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
A
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
N
 
E
K
 
K
L
 
L
T
 
K
G
 
F
A
 
G
G
 
G
N
 
A
G
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
Y
V
 
L
T
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
A
 
S
L
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
Q
T
 
W
T
 
-
G
 
-
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
G
 
G
S
 
D
S
 
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
C
A
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
D
 
E
K
 
K
A
 
A
P
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
M
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
G
L
 
I
I
 
I
T
 
E
T
 
A
L
 
I
Q
 
L
A
 
E
F
 
I
D
 
R
A
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
S
A
 
K
N
 
Y
P
 
Y
V
 
E
T
 
T
I
 
I

2nx3D Structural and mechanistic changes along an engineered path from metallo to non-metallo kdo8p synthase (see paper)
52% identity, 89% coverage: 33:292/292 of query aligns to 4:262/262 of 2nx3D

query
sites
2nx3D
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
x
N
Q
 
A
M
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
E
A
 
E
H
 
L
A
 
L
L
 
L
E
 
K
V
 
V
A
 
G
S
 
E
A
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
R
 
E
R
 
K
-
 
F
R
 
K
G
 
E
I
 
V
G
 
E
L
 
F
I
 
V
F
 
F
K
 
K
T
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
T
x
S
S
 
S
L
 
I
S
 
H
A
 
S
Q
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
Y
A
 
G
L
 
V
P
 
K
V
 
A
F
 
L
A
 
R
E
 
K
I
 
V
R
 
K
E
 
E
S
 
E
L
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
Q
 
Q
C
 
A
A
 
E
A
 
P
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
I
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
L
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
R
T
 
A
V
 
V
N
 
N
V
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
A
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
N
 
E
K
 
K
L
 
L
T
 
K
G
 
F
A
 
G
G
 
G
N
 
A
G
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
Y
V
 
L
T
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
A
 
S
L
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
Q
T
 
W
T
 
-
G
 
-
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
G
 
G
S
 
D
S
x
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
C
A
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
D
 
E
K
 
K
A
 
A
P
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
P
N
 
T
M
 
A
V
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
G
L
 
I
I
 
I
T
 
E
T
 
A
L
 
I
Q
 
L
A
 
E
F
 
I
D
 
R
A
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
S
A
 
K
N
 
Y
P
 
Y
V
 
E
T
 
T
I
 
I

2nx1A Structural and mechanistic changes along an engineered path from metallo to non-metallo kdo8p synthase (see paper)
52% identity, 89% coverage: 33:292/292 of query aligns to 5:263/263 of 2nx1A

query
sites
2nx1A
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
N
Q
 
A
M
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
E
A
 
E
H
 
L
A
 
L
L
 
L
E
 
K
V
 
V
A
 
G
S
 
E
A
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
R
 
E
R
 
K
-
 
F
R
 
K
G
 
E
I
 
V
G
 
E
L
 
F
I
 
V
F
 
F
K
|
K
T
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
T
x
S
S
 
S
L
 
I
S
 
H
A
 
S
Q
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
Y
A
 
G
L
 
V
P
 
K
V
 
A
F
 
L
A
 
R
E
 
K
I
 
V
R
 
K
E
 
E
S
 
E
L
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
Q
 
Q
C
 
A
A
 
E
A
 
P
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
I
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
L
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
R
T
 
A
V
 
V
N
 
N
V
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
A
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
N
 
E
K
 
K
L
 
L
T
 
K
G
 
F
A
 
G
G
 
G
N
 
A
G
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
Y
V
 
L
T
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
A
 
S
L
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
Q
T
 
W
T
 
-
G
 
-
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
G
 
G
S
 
D
S
 
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
C
A
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
D
 
E
K
 
K
A
 
A
P
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
M
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
G
L
 
I
I
 
I
T
 
E
T
 
A
L
 
I
Q
 
L
A
 
E
F
 
I
D
 
R
A
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
S
A
 
K
N
 
Y
P
 
Y
V
 
E
T
 
T
I
 
I

3e12A Cu2+ substituted aquifex aeolicus kdo8ps in complex with kdo8p (see paper)
51% identity, 89% coverage: 33:292/292 of query aligns to 5:258/258 of 3e12A

query
sites
3e12A
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
|
C
Q
 
A
M
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
E
A
 
E
H
 
L
A
 
L
L
 
L
E
 
K
V
 
V
A
 
G
S
 
E
A
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
R
 
E
R
 
K
-
 
F
R
 
K
G
 
E
I
 
V
G
 
E
L
 
F
I
 
V
F
 
F
K
|
K
T
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
T
x
S
S
 
S
L
 
I
S
 
H
A
 
S
Q
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
Y
A
 
G
L
 
V
P
 
K
V
 
A
F
 
L
A
 
R
E
 
K
I
 
V
R
 
K
E
 
E
S
 
E
L
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
Q
 
Q
C
 
A
A
 
E
A
 
P
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
I
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
L
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
R
T
 
A
V
 
V
N
 
N
V
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
A
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
N
 
E
K
 
K
L
 
L
T
 
K
G
 
F
A
 
G
G
 
G
N
 
A
G
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
Y
V
 
L
T
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
A
 
S
L
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
Q
T
 
-
T
 
-
G
 
W
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
-
G
 
-
S
 
-
S
 
-
S
 
-
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
C
A
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
M
E
|
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
D
 
E
K
 
K
A
 
A
P
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
M
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
G
L
 
I
I
 
I
T
 
E
T
 
A
L
 
I
Q
 
L
A
 
E
F
 
I
D
 
R
A
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
S
A
 
K
N
 
Y
P
 
Y
V
 
E
T
 
T
I
 
I

1pe1A Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with cadmium and 2-pga (see paper)
51% identity, 89% coverage: 33:292/292 of query aligns to 6:258/258 of 1pe1A

query
sites
1pe1A
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
Q
 
A
M
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
E
A
 
E
H
 
L
A
 
L
L
 
L
E
 
K
V
 
V
A
 
G
S
 
E
A
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
R
 
E
R
 
K
-
 
F
R
 
K
G
 
E
I
 
V
G
 
E
L
 
F
I
 
V
F
 
F
K
|
K
T
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
 
N
R
 
R
T
 
S
S
 
S
L
 
I
S
 
H
A
 
S
Q
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
Y
A
 
G
L
 
V
P
 
K
V
 
A
F
 
L
A
 
R
E
 
K
I
 
V
R
 
K
E
 
E
S
 
E
L
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
|
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
Q
 
Q
C
 
A
A
 
E
A
 
P
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
I
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
L
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
R
T
 
A
V
 
V
N
 
N
V
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
A
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
N
 
E
K
 
K
L
 
L
T
 
K
G
 
F
A
 
G
G
 
G
N
 
A
G
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
Y
V
 
L
T
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
A
 
S
L
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
Q
T
 
-
T
 
-
G
 
W
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
S
 
-
S
 
-
S
 
-
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
C
A
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
D
 
E
K
 
K
A
 
A
P
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
M
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
G
L
 
I
I
 
I
T
 
E
T
 
A
L
 
I
Q
 
L
A
 
E
F
 
I
D
 
R
A
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
S
A
 
K
N
 
Y
P
 
Y
V
 
E
T
 
T
I
 
I

1pcwA Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with cadmium and app, a bisubstrate inhibitor (see paper)
51% identity, 89% coverage: 33:292/292 of query aligns to 5:257/257 of 1pcwA

query
sites
1pcwA
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
Q
 
A
M
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
E
A
 
E
H
 
L
A
 
L
L
 
L
E
 
K
V
 
V
A
 
G
S
 
E
A
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
R
 
E
R
 
K
-
 
F
R
 
K
G
 
E
I
 
V
G
 
E
L
 
F
I
 
V
F
 
F
K
 
K
T
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
T
x
S
S
 
S
L
 
I
S
 
H
A
 
S
Q
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
Y
A
 
G
L
 
V
P
 
K
V
 
A
F
 
L
A
 
R
E
 
K
I
 
V
R
 
K
E
 
E
S
 
E
L
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
Q
 
Q
C
 
A
A
 
E
A
 
P
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
 
Q
I
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
L
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
R
T
 
A
V
 
V
N
 
N
V
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
A
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
N
 
E
K
 
K
L
 
L
T
 
K
G
 
F
A
 
G
G
 
G
N
 
A
G
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
Y
V
 
L
T
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
A
 
S
L
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
Q
T
 
-
T
 
-
G
 
W
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
|
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
S
 
-
S
 
-
S
 
-
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
C
A
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
D
 
E
K
 
K
A
 
A
P
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
M
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
G
L
 
I
I
 
I
T
 
E
T
 
A
L
 
I
Q
 
L
A
 
E
F
 
I
D
 
R
A
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
S
A
 
K
N
 
Y
P
 
Y
V
 
E
T
 
T
I
 
I

3undB Substrate-bound crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from burkholderia pseudomallei (see paper)
50% identity, 91% coverage: 23:289/292 of query aligns to 12:279/284 of 3undB

query
sites
3undB
V
 
V
R
 
T
I
 
A
G
 
G
N
 
N
G
 
S
L
 
L
P
 
P
L
 
F
A
 
V
L
 
L
I
 
F
A
 
G
G
 
G
P
 
I
C
x
N
Q
 
V
M
 
L
E
 
E
S
 
S
R
 
L
A
 
D
H
 
F
A
 
T
L
 
L
E
 
D
V
 
V
A
 
C
S
 
G
A
 
E
L
 
Y
K
 
V
E
 
A
I
 
V
T
 
T
R
 
R
R
 
K
R
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
P
L
 
F
I
 
V
F
 
F
K
|
K
T
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
T
x
S
S
 
S
L
 
I
S
 
H
A
 
S
Q
 
Y
R
 
R
G
 
G
L
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
D
A
 
E
A
 
G
L
 
L
P
 
K
V
 
I
F
 
F
A
 
A
E
 
E
I
 
V
R
 
K
E
 
A
S
 
R
L
 
F
G
 
G
L
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
I
T
 
T
D
 
D
V
 
V
H
 
H
E
 
E
I
 
A
D
 
E
Q
 
Q
C
 
A
A
 
A
A
 
P
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
I
V
 
A
D
 
D
V
 
V
L
 
L
Q
|
Q
I
 
V
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
V
I
 
V
A
 
A
A
 
I
A
 
A
R
 
K
T
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
P
V
 
V
N
 
N
V
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
L
 
M
A
 
S
P
 
P
W
 
T
D
 
Q
M
 
L
A
 
K
N
 
H
V
 
V
V
 
V
N
 
S
K
 
K
L
 
C
T
 
G
G
 
E
A
 
V
G
 
G
N
 
N
G
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
M
V
 
L
T
 
C
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
S
S
 
S
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
T
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
M
R
 
L
A
 
G
L
 
F
P
 
R
I
 
Q
L
 
M
A
 
A
K
 
E
T
 
T
T
 
T
-
 
G
G
 
G
A
 
C
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
D
 
D
A
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
L
Q
|
Q
Q
 
C
P
x
R
G
 
D
G
 
P
Q
 
L
G
 
G
S
 
D
S
x
A
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
R
R
 
R
E
 
R
F
 
Q
V
 
V
P
 
L
V
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
G
V
 
I
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
I
A
 
A
A
 
G
V
 
L
F
 
F
I
 
L
E
 
E
T
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
D
 
D
K
 
R
A
 
A
P
 
R
S
x
C
D
|
D
G
 
G
P
 
P
N
 
S
M
 
A
V
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
H
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
G
L
 
L
I
 
L
T
 
S
T
 
Q
L
 
M
Q
 
K
A
 
A
F
 
I
D
 
D
A
 
D
V
 
L
A
 
V
K
 
K
A
 
R
N
 
M
P
 
P

1pckA Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with z-methyl-pep (see paper)
51% identity, 89% coverage: 33:292/292 of query aligns to 5:258/258 of 1pckA

query
sites
1pckA
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
Q
 
A
M
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
E
A
 
E
H
 
L
A
 
L
L
 
L
E
 
K
V
 
V
A
 
G
S
 
E
A
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
R
 
E
R
 
K
-
 
F
R
 
K
G
 
E
I
 
V
G
 
E
L
 
F
I
 
V
F
 
F
K
|
K
T
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
 
R
T
 
S
S
 
S
L
 
I
S
 
H
A
 
S
Q
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
Y
A
 
G
L
 
V
P
 
K
V
 
A
F
 
L
A
 
R
E
 
K
I
 
V
R
 
K
E
 
E
S
 
E
L
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
Q
 
Q
C
 
A
A
 
E
A
 
P
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
I
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
L
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
R
T
 
A
V
 
V
N
 
N
V
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
A
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
N
 
E
K
 
K
L
 
L
T
 
K
G
 
F
A
 
G
G
 
G
N
 
A
G
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
Y
V
 
L
T
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
A
 
S
L
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
Q
T
 
-
T
 
-
G
 
W
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
G
 
-
S
 
-
S
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
C
A
 
D
A
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
D
 
E
K
 
K
A
 
A
P
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
M
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
G
L
 
I
I
 
I
T
 
E
T
 
A
L
 
I
Q
 
L
A
 
E
F
 
I
D
 
R
A
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
S
A
 
K
N
 
Y
P
 
Y
V
 
E
T
 
T
I
 
I

1jcxA Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with api and cadmium (see paper)
50% identity, 89% coverage: 33:292/292 of query aligns to 5:255/255 of 1jcxA

query
sites
1jcxA
L
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
Q
 
A
M
 
I
E
 
E
S
 
S
R
 
E
A
 
E
H
 
L
A
 
L
L
 
L
E
 
K
V
 
V
A
 
G
S
 
E
A
 
E
L
 
I
K
 
K
E
 
R
I
 
L
T
 
S
R
 
E
R
 
K
-
 
F
R
 
K
G
 
E
I
 
V
G
 
E
L
 
F
I
 
V
F
 
F
K
|
K
T
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
T
x
S
S
 
S
L
 
I
S
 
H
A
 
S
Q
 
F
R
 
R
G
 
G
L
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
Y
A
 
G
L
 
V
P
 
K
V
 
A
F
 
L
A
 
R
E
 
K
I
 
V
R
 
K
E
 
E
S
 
E
L
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
I
 
S
D
 
W
Q
 
Q
C
 
A
A
 
E
A
 
P
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
I
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
L
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
R
T
 
A
V
 
V
N
 
N
V
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
A
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
N
 
E
K
 
K
L
 
L
T
 
K
G
 
F
A
 
G
G
 
G
N
 
A
G
 
K
R
 
E
V
 
I
L
 
Y
V
 
L
T
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
A
 
S
L
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
Q
T
 
-
T
 
-
G
 
W
A
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
|
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
-
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
S
 
-
S
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
C
A
 
D
A
 
G
V
 
V
F
|
F
I
 
M
E
|
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
D
 
E
K
 
K
A
 
A
P
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
M
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
G
L
 
I
I
 
I
T
 
E
T
 
A
L
 
I
Q
 
L
A
 
E
F
 
I
D
 
R
A
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
S
A
 
K
N
 
Y
P
 
Y
V
 
E
T
 
T
I
 
I

1g7vA Crystal structures of kdo8p synthase in its binary complexes with the mechanism-based inhibitor (see paper)
44% identity, 95% coverage: 11:287/292 of query aligns to 3:276/284 of 1g7vA

query
sites
1g7vA
Q
 
Q
P
 
K
I
 
V
V
 
V
E
 
S
V
 
I
G
 
G
Q
 
D
D
 
-
V
 
-
D
 
-
L
 
-
V
 
I
R
 
N
I
 
V
G
 
A
N
 
N
G
 
D
L
 
L
P
 
P
L
 
F
A
 
V
L
 
L
I
 
F
A
 
G
G
 
G
P
 
M
C
x
N
Q
 
V
M
 
L
E
 
E
S
 
S
R
 
R
A
 
D
H
 
L
A
 
A
L
 
M
E
 
R
V
 
I
A
 
C
S
 
E
A
 
H
L
 
Y
K
 
V
E
 
T
I
 
V
T
 
T
R
 
Q
R
 
K
R
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
P
L
 
Y
I
 
V
F
 
F
K
 
K
T
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
T
 
S
S
 
S
L
 
I
S
 
H
A
 
S
Q
 
Y
R
 
R
G
 
G
L
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
G
L
 
M
P
 
K
V
 
I
F
 
F
A
 
Q
E
 
E
I
 
L
R
 
K
E
 
Q
S
 
T
L
 
F
G
 
G
L
 
V
P
 
K
V
 
I
L
 
I
T
 
T
D
 
D
V
 
V
H
 
H
E
 
E
I
 
P
D
 
S
Q
 
Q
C
 
A
A
 
Q
A
 
P
A
 
V
A
 
A
Q
 
D
A
 
V
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
I
Q
 
Q
I
 
L
P
 
P
A
 
A
F
|
F
L
 
L
C
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
V
I
 
E
A
 
A
A
 
M
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
A
T
 
V
V
 
I
N
 
N
V
 
V
K
 
K
K
 
K
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
L
 
V
A
 
S
P
 
P
W
 
G
D
 
Q
M
 
M
A
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
N
 
D
K
 
K
L
 
F
T
 
K
G
 
E
A
 
G
G
 
G
N
 
N
G
 
E
R
 
K
V
 
V
L
 
I
V
 
L
T
 
C
E
 
D
R
|
R
G
 
G
V
 
A
S
 
N
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
T
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
M
R
 
L
A
 
G
L
 
F
P
 
S
I
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
K
T
 
V
T
 
S
G
 
G
-
 
N
A
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
D
 
D
A
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
A
V
 
L
Q
|
Q
Q
 
C
P
 
R
G
 
D
G
 
P
Q
 
F
G
 
G
S
 
A
S
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
R
R
 
R
E
 
A
F
 
Q
V
 
V
P
 
A
V
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
G
V
 
M
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
L
A
 
A
A
 
G
V
 
L
F
 
F
I
 
I
E
 
E
T
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
D
 
E
K
 
H
A
|
A
P
 
K
S
 
C
D
|
D
G
|
G
P
|
P
N
 
S
M
 
A
V
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
A
Q
 
K
L
 
L
E
 
E
A
 
P
L
 
F
I
 
L
T
 
K
T
 
Q
L
 
M
Q
 
K
A
 
A
F
 
I
D
 
D
A
 
D
V
 
L
A
 
V
K
 
K
A
 
G

1g7uA Crystal structures of kdo8p synthase in its binary complex with substrate phosphoenol pyruvate (see paper)
44% identity, 95% coverage: 11:286/292 of query aligns to 3:275/284 of 1g7uA

query
sites
1g7uA
Q
 
Q
P
 
K
I
 
V
V
 
V
E
 
S
V
 
I
G
 
G
Q
 
D
D
 
-
V
 
-
D
 
-
L
 
-
V
 
I
R
 
N
I
 
V
G
 
A
N
 
N
G
 
D
L
 
L
P
 
P
L
 
F
A
 
V
L
 
L
I
 
F
A
 
G
G
 
G
P
 
M
C
 
N
Q
 
V
M
 
L
E
 
E
S
 
S
R
 
R
A
 
D
H
 
L
A
 
A
L
 
M
E
 
R
V
 
I
A
 
C
S
 
E
A
 
H
L
 
Y
K
 
V
E
 
T
I
 
V
T
 
T
R
 
Q
R
 
K
R
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
P
L
 
Y
I
 
V
F
 
F
K
 
K
T
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
 
N
R
 
R
T
 
S
S
 
S
L
 
I
S
 
H
A
 
S
Q
 
Y
R
 
R
G
 
G
L
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
G
L
 
M
P
 
K
V
 
I
F
 
F
A
 
Q
E
 
E
I
 
L
R
 
K
E
 
Q
S
 
T
L
 
F
G
 
G
L
 
V
P
 
K
V
 
I
L
 
I
T
 
T
D
 
D
V
 
V
H
 
H
E
 
E
I
 
P
D
 
S
Q
 
Q
C
 
A
A
 
Q
A
 
P
A
 
V
A
 
A
Q
 
D
A
 
V
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
I
Q
 
Q
I
 
L
P
 
P
A
 
A
F
|
F
L
 
L
C
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
V
I
 
E
A
 
A
A
 
M
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
A
T
 
V
V
 
I
N
 
N
V
 
V
K
 
K
K
 
K
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
L
 
V
A
 
S
P
 
P
W
 
G
D
 
Q
M
 
M
A
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
N
 
D
K
 
K
L
 
F
T
 
K
G
 
E
A
 
G
G
 
G
N
 
N
G
 
E
R
 
K
V
 
V
L
 
I
V
 
L
T
 
C
E
 
D
R
|
R
G
 
G
V
 
A
S
 
N
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
T
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
M
R
 
L
A
 
G
L
 
F
P
 
S
I
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
K
T
 
V
T
 
S
G
 
G
-
 
N
A
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
D
 
D
A
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
A
V
 
L
Q
 
Q
Q
 
C
P
 
R
G
 
D
G
 
P
Q
 
F
G
 
V
S
 
A
S
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
R
R
 
R
E
 
A
F
 
Q
V
 
V
P
 
A
V
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
G
V
 
M
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
L
A
 
A
A
 
G
V
 
L
F
 
F
I
 
I
E
 
E
T
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
D
 
E
K
 
H
A
 
A
P
 
K
S
 
C
D
 
D
G
 
G
P
 
P
N
 
S
M
 
A
V
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
A
Q
 
K
L
 
L
E
 
E
A
 
P
L
 
F
I
 
L
T
 
K
T
 
Q
L
 
M
Q
 
K
A
 
A
F
 
I
D
 
D
A
 
D
V
 
L
A
 
V
K
 
K

1x6uA Kdo8p synthase in it's binary complex with the product kdo8p (see paper)
43% identity, 95% coverage: 11:286/292 of query aligns to 3:263/272 of 1x6uA

query
sites
1x6uA
Q
 
Q
P
 
K
I
 
V
V
 
V
E
 
S
V
 
I
G
 
G
Q
 
D
D
 
-
V
 
-
D
 
-
L
 
-
V
 
I
R
 
N
I
 
V
G
 
A
N
 
N
G
 
D
L
 
L
P
 
P
L
 
F
A
 
V
L
 
L
I
 
F
A
 
G
G
 
G
P
 
M
C
x
N
Q
 
V
M
 
L
E
 
E
S
 
S
R
 
R
A
 
D
H
 
L
A
 
A
L
 
M
E
 
R
V
 
I
A
 
C
S
 
E
A
 
H
L
 
Y
K
 
V
E
 
T
I
 
V
T
 
T
R
 
Q
R
 
K
R
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
P
L
 
Y
I
 
V
F
 
F
K
|
K
T
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
 
R
T
 
S
S
 
S
L
 
I
S
 
H
A
 
S
Q
 
Y
R
 
R
G
 
G
L
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
G
L
 
M
P
 
K
V
 
I
F
 
F
A
 
Q
E
 
E
I
 
L
R
 
K
E
 
Q
S
 
T
L
 
F
G
 
G
L
 
V
P
 
K
V
 
I
L
 
I
T
 
T
D
 
D
V
 
V
H
 
H
E
 
E
I
 
P
D
 
S
Q
 
Q
C
 
A
A
 
Q
A
 
P
A
 
V
A
 
A
Q
 
D
A
 
V
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
I
Q
|
Q
I
 
L
P
 
P
A
 
A
F
|
F
L
 
L
C
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
V
I
 
E
A
 
A
A
 
M
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
A
T
 
V
V
 
I
N
 
N
V
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
L
 
V
A
 
S
P
 
P
W
 
G
D
 
Q
M
 
M
A
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
N
 
D
K
 
K
L
 
F
T
 
K
G
 
E
A
 
G
G
 
G
N
 
N
G
 
E
R
 
K
V
 
V
L
 
I
V
 
L
T
 
C
E
 
D
R
 
R
G
 
G
V
 
A
S
 
N
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
T
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
M
R
 
L
A
 
G
L
 
F
P
 
S
I
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
K
T
 
V
T
 
S
G
 
G
-
 
N
A
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
D
|
D
A
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
A
V
 
L
Q
 
-
Q
 
-
P
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
S
 
-
S
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
Q
R
 
R
E
 
A
F
 
Q
V
 
V
P
 
A
V
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
G
V
 
M
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
L
A
 
A
A
 
G
V
 
L
F
|
F
I
 
I
E
|
E
T
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
D
 
E
K
 
H
A
 
A
P
 
K
S
 
C
D
|
D
G
 
G
P
|
P
N
 
S
M
 
A
V
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
A
Q
 
K
L
 
L
E
 
E
A
 
P
L
 
F
I
 
L
T
 
K
T
 
Q
L
 
M
Q
 
K
A
 
A
F
 
I
D
 
D
A
 
D
V
 
L
A
 
V
K
 
K

1phwA Crystal structure of kdo8p synthase in its binary complex with substrate analog 1-deoxy-a5p (see paper)
43% identity, 95% coverage: 11:286/292 of query aligns to 3:263/272 of 1phwA

query
sites
1phwA
Q
 
Q
P
 
K
I
 
V
V
 
V
E
 
S
V
 
I
G
 
G
Q
 
D
D
 
-
V
 
-
D
 
-
L
 
-
V
 
I
R
 
N
I
 
V
G
 
A
N
 
N
G
 
D
L
 
L
P
 
P
L
 
F
A
 
V
L
 
L
I
 
F
A
 
G
G
 
G
P
 
M
C
x
N
Q
 
V
M
 
L
E
 
E
S
 
S
R
 
R
A
 
D
H
 
L
A
 
A
L
 
M
E
 
R
V
 
I
A
 
C
S
 
E
A
 
H
L
 
Y
K
 
V
E
 
T
I
 
V
T
 
T
R
 
Q
R
 
K
R
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
P
L
 
Y
I
 
V
F
 
F
K
 
K
T
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
R
 
R
T
 
S
S
 
S
L
 
I
S
 
H
A
 
S
Q
 
Y
R
 
R
G
 
G
L
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
G
L
 
M
P
 
K
V
 
I
F
 
F
A
 
Q
E
 
E
I
 
L
R
 
K
E
 
Q
S
 
T
L
 
F
G
 
G
L
 
V
P
 
K
V
 
I
L
 
I
T
 
T
D
 
D
V
 
V
H
 
H
E
 
E
I
 
P
D
 
S
Q
 
Q
C
 
A
A
 
Q
A
 
P
A
 
V
A
 
A
Q
 
D
A
 
V
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
I
Q
 
Q
I
 
L
P
|
P
A
|
A
F
|
F
L
 
L
C
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
V
I
 
E
A
 
A
A
 
M
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
A
T
 
V
V
 
I
N
 
N
V
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
L
 
V
A
 
S
P
 
P
W
 
G
D
 
Q
M
 
M
A
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
N
 
D
K
 
K
L
 
F
T
 
K
G
 
E
A
 
G
G
 
G
N
 
N
G
 
E
R
 
K
V
 
V
L
 
I
V
 
L
T
 
C
E
 
D
R
|
R
G
 
G
V
 
A
S
 
N
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
T
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
M
R
 
L
A
 
G
L
 
F
P
 
S
I
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
K
T
 
V
T
 
S
G
 
G
-
 
N
A
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
D
 
D
A
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
A
V
 
L
Q
 
-
Q
 
-
P
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
S
 
-
S
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
Q
R
 
R
E
 
A
F
 
Q
V
 
V
P
 
A
V
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
G
V
 
M
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
L
A
 
A
A
 
G
V
 
L
F
 
F
I
 
I
E
 
E
T
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
D
 
E
K
 
H
A
 
A
P
 
K
S
 
C
D
|
D
G
 
G
P
 
P
N
 
S
M
 
A
V
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
A
Q
 
K
L
 
L
E
 
E
A
 
P
L
 
F
I
 
L
T
 
K
T
 
Q
L
 
M
Q
 
K
A
 
A
F
 
I
D
 
D
A
 
D
V
 
L
A
 
V
K
 
K

1phqA Crystal structure of kdo8p synthase in its binary complex with substrate analog e-fpep
43% identity, 95% coverage: 11:286/292 of query aligns to 3:263/272 of 1phqA

query
sites
1phqA
Q
 
Q
P
 
K
I
 
V
V
 
V
E
 
S
V
 
I
G
 
G
Q
 
D
D
 
-
V
 
-
D
 
-
L
 
-
V
 
I
R
 
N
I
 
V
G
 
A
N
 
N
G
 
D
L
 
L
P
 
P
L
 
F
A
 
V
L
 
L
I
 
F
A
 
G
G
 
G
P
 
M
C
x
N
Q
 
V
M
 
L
E
 
E
S
 
S
R
 
R
A
 
D
H
 
L
A
 
A
L
 
M
E
 
R
V
 
I
A
 
C
S
 
E
A
 
H
L
 
Y
K
 
V
E
 
T
I
 
V
T
 
T
R
 
Q
R
 
K
R
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
P
L
 
Y
I
 
V
F
 
F
K
 
K
T
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
R
 
R
T
 
S
S
 
S
L
 
I
S
 
H
A
 
S
Q
 
Y
R
 
R
G
 
G
L
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
G
L
 
M
P
 
K
V
 
I
F
 
F
A
 
Q
E
 
E
I
 
L
R
 
K
E
 
Q
S
 
T
L
 
F
G
 
G
L
 
V
P
 
K
V
 
I
L
 
I
T
 
T
D
 
D
V
 
V
H
 
H
E
 
E
I
 
P
D
 
S
Q
 
Q
C
 
A
A
 
Q
A
 
P
A
 
V
A
 
A
Q
 
D
A
 
V
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
I
Q
 
Q
I
 
L
P
|
P
A
|
A
F
|
F
L
 
L
C
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
V
I
 
E
A
 
A
A
 
M
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
A
T
 
V
V
 
I
N
 
N
V
 
V
K
 
K
K
 
K
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
L
 
V
A
 
S
P
 
P
W
 
G
D
 
Q
M
 
M
A
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
N
 
D
K
 
K
L
 
F
T
 
K
G
 
E
A
 
G
G
 
G
N
 
N
G
 
E
R
 
K
V
 
V
L
 
I
V
 
L
T
 
C
E
 
D
R
|
R
G
 
G
V
 
A
S
 
N
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
T
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
M
R
 
L
A
 
G
L
 
F
P
 
S
I
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
K
T
 
V
T
 
S
G
 
G
-
 
N
A
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
D
 
D
A
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
A
V
 
L
Q
 
-
Q
 
-
P
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
S
 
-
S
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
Q
R
 
R
E
 
A
F
 
Q
V
 
V
P
 
A
V
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
G
V
 
M
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
L
A
 
A
A
 
G
V
 
L
F
 
F
I
 
I
E
 
E
T
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
D
 
E
K
 
H
A
 
A
P
 
K
S
 
C
D
|
D
G
 
G
P
 
P
N
 
S
M
 
A
V
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
A
Q
 
K
L
 
L
E
 
E
A
 
P
L
 
F
I
 
L
T
 
K
T
 
Q
L
 
M
Q
 
K
A
 
A
F
 
I
D
 
D
A
 
D
V
 
L
A
 
V
K
 
K

1gg0A Crystal structure analysis of kdop synthase at 3.0 a (see paper)
43% identity, 95% coverage: 11:286/292 of query aligns to 3:266/275 of 1gg0A

query
sites
1gg0A
Q
 
Q
P
 
K
I
 
V
V
 
V
E
 
S
V
 
I
G
 
G
Q
 
D
D
 
-
V
 
-
D
 
-
L
 
-
V
 
I
R
 
N
I
 
V
G
 
A
N
 
N
G
 
D
L
 
L
P
 
P
L
 
F
A
 
V
L
 
L
I
 
F
A
 
G
G
 
G
P
 
M
C
x
N
Q
 
V
M
 
L
E
 
E
S
 
S
R
 
R
A
 
D
H
 
L
A
 
A
L
 
M
E
 
R
V
 
I
A
 
C
S
 
E
A
 
H
L
 
Y
K
 
V
E
 
T
I
 
V
T
 
T
R
 
Q
R
 
K
R
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
P
L
 
Y
I
 
V
F
 
F
K
 
K
T
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
R
 
R
T
 
S
S
 
S
L
 
I
S
 
H
A
 
S
Q
 
Y
R
 
R
G
 
G
L
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
G
L
 
M
P
 
K
V
 
I
F
 
F
A
 
Q
E
 
E
I
 
L
R
 
K
E
 
Q
S
 
T
L
 
F
G
 
G
L
 
V
P
 
K
V
 
I
L
 
I
T
 
T
D
 
D
V
 
V
H
 
H
E
 
E
I
 
P
D
 
S
Q
 
Q
C
 
A
A
 
Q
A
 
P
A
 
V
A
 
A
Q
 
D
A
 
V
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
I
Q
 
Q
I
 
L
P
 
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
V
I
 
E
A
 
A
A
 
M
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
A
T
 
V
V
 
I
N
 
N
V
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
L
 
V
A
 
S
P
 
P
W
 
G
D
 
Q
M
 
M
A
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
N
 
D
K
 
K
L
 
F
T
 
K
G
 
E
A
 
G
G
 
G
N
 
N
G
 
E
R
 
K
V
 
V
L
 
I
V
 
L
T
 
C
E
 
D
R
|
R
G
 
G
V
 
A
S
 
N
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
T
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
M
R
 
L
A
 
G
L
 
F
P
 
S
I
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
K
T
 
V
T
 
S
G
 
G
-
 
N
A
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
D
 
D
A
 
V
T
 
T
H
 
H
S
 
A
V
 
L
Q
 
Q
Q
 
-
P
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
S
 
-
S
 
-
S
 
-
G
 
C
G
 
R
Q
 
R
R
 
R
E
 
A
F
 
Q
V
 
V
P
 
A
V
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
G
V
 
M
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
L
A
 
A
A
 
G
V
 
L
F
 
F
I
 
I
E
 
E
T
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
D
 
E
K
 
H
A
 
A
P
 
K
S
 
C
D
|
D
G
 
G
P
 
P
N
 
S
M
 
A
V
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
A
Q
 
K
L
 
L
E
 
E
A
 
P
L
 
F
I
 
L
T
 
K
T
 
Q
L
 
M
Q
 
K
A
 
A
F
 
I
D
 
D
A
 
D
V
 
L
A
 
V
K
 
K

3fyoD Crystal structure of the triple mutant (n23c/d247e/p249a) of 3-deoxy- d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis (see paper)
42% identity, 93% coverage: 20:290/292 of query aligns to 5:260/261 of 3fyoD

query
sites
3fyoD
V
 
I
D
 
N
L
 
D
V
 
I
R
 
T
I
 
L
G
 
G
N
 
N
G
 
N
L
 
S
P
 
P
L
 
F
A
 
V
L
 
L
I
 
F
A
 
G
G
 
G
P
 
I
C
|
C
Q
 
V
M
 
L
E
 
E
S
 
S
R
 
L
A
 
D
H
 
S
A
 
T
L
 
L
E
 
Q
V
 
T
A
 
C
S
 
A
A
 
H
L
 
Y
K
 
V
E
 
E
I
 
V
T
 
T
R
 
R
R
 
K
R
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
P
L
 
Y
I
 
I
F
 
F
K
|
K
T
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
 
N
R
 
R
T
 
S
S
 
S
L
 
I
S
 
H
A
 
S
Q
 
Y
R
 
R
G
 
G
L
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
E
A
 
G
L
 
L
P
 
K
V
 
I
F
 
F
A
 
E
E
 
K
I
 
V
R
 
K
E
 
A
S
 
E
L
 
F
G
 
G
L
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
I
T
 
T
D
 
D
V
 
V
H
 
H
E
 
E
I
 
P
D
 
H
Q
 
Q
C
 
C
A
 
Q
A
 
P
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
V
V
 
C
D
 
D
V
 
V
L
 
I
Q
|
Q
I
 
L
P
 
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
D
 
D
L
 
L
L
 
V
I
 
V
A
 
A
A
 
M
A
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
K
 
N
T
 
V
V
 
V
N
 
N
V
 
I
K
|
K
K
 
K
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
S
P
 
P
W
 
S
D
 
Q
M
 
M
A
 
K
N
 
N
V
 
I
V
 
V
N
 
E
K
 
K
L
 
F
T
 
H
G
 
E
A
 
A
G
 
G
N
 
N
G
 
G
R
 
K
V
 
L
L
 
I
V
 
L
T
 
C
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
S
S
 
S
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
T
 
N
L
 
L
V
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
M
R
 
L
A
 
G
L
 
F
P
 
G
I
 
V
L
 
M
A
 
K
K
 
Q
T
 
T
T
 
C
G
 
G
-
 
N
A
 
L
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
D
 
D
A
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
L
Q
 
Q
Q
 
T
P
 
R
G
 
R
G
 
A
Q
 
Q
G
 
A
S
 
L
S
 
D
S
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
-
R
 
-
E
 
-
F
 
-
V
 
-
P
 
-
V
 
-
L
 
L
A
 
A
R
 
L
A
 
A
A
 
G
V
 
M
A
 
A
V
 
T
G
 
R
V
 
L
A
 
A
A
 
G
V
 
L
F
|
F
I
 
L
E
|
E
T
 
S
H
 
H
P
 
-
D
 
-
P
 
-
D
 
-
K
 
-
A
 
-
P
 
P
S
 
C
D
 
E
G
 
G
P
 
A
N
 
S
M
 
A
V
 
L
P
 
P
L
 
L
S
 
H
Q
 
L
L
 
L
E
 
E
A
 
D
L
 
F
I
 
L
T
 
I
T
 
R
L
 
I
Q
 
K
A
 
A
F
 
L
D
 
D
A
 
D
V
 
L
A
 
I
K
 
K
A
 
S
N
 
Q
P
 
P
V
 
I

Query Sequence

>WP_012116171.1 NCBI__GCF_000017645.1:WP_012116171.1
MTAAPPATTPQPIVEVGQDVDLVRIGNGLPLALIAGPCQMESRAHALEVASALKEITRRR
GIGLIFKTSFDKANRTSLSAQRGLGLEAALPVFAEIRESLGLPVLTDVHEIDQCAAAAQA
VDVLQIPAFLCRQTDLLIAAARTGKTVNVKKGQFLAPWDMANVVNKLTGAGNGRVLVTER
GVSFGYNTLVSDMRALPILAKTTGAPVVFDATHSVQQPGGQGSSSGGQREFVPVLARAAV
AVGVAAVFIETHPDPDKAPSDGPNMVPLSQLEALITTLQAFDAVAKANPVTI

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory