SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_012169975.1 NCBI__GCF_000010525.1:WP_012169975.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P15474 3-dehydroquinate dehydratase; 3-dehydroquinase; Type II DHQase; EC 4.2.1.10 from Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (see 2 papers)
51% identity, 97% coverage: 5:146/147 of query aligns to 10:152/157 of P15474

query
sites
P15474
I
 
I
Y
 
M
L
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
 
N
L
 
L
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
A
 
E
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
T
 
S
A
 
D
T
 
T
L
 
L
K
 
A
E
 
D
I
 
V
A
 
E
D
 
A
R
 
L
S
 
C
A
 
V
E
 
K
K
 
A
G
 
A
R
 
A
T
 
A
L
 
H
G
 
G
Y
 
G
D
 
T
I
 
V
E
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
F
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
L
Q
 
N
A
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
I
 
V
I
 
I
N
 
N
P
 
P
A
 
A
G
 
A
Y
 
Y
T
 
S
F
 
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
N
M
 
T
F
 
C
D
 
D
G
 
G
-
 
L
P
 
P
K
 
V
I
 
V
E
 
E
L
 
V
H
 
H
I
 
I
S
 
S
N
 
N
V
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
 
R
E
 
E
S
 
P
L
 
F
Y
 
R
H
 
H
K
 
H
S
 
S
L
 
Y
V
 
V
S
 
S
P
 
Q
V
 
R
V
 
A
T
 
D
G
 
G
I
 
V
I
 
V
I
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
A
 
V
A
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
E
 
E
A
 
R
M
 
I
A
 
A
R
 
A
L
 
L
V
 
A
P
 
G
A
 
A

Sites not aligning to the query:

2cjfA Type ii dehydroquinase inhibitor complex (see paper)
51% identity, 95% coverage: 5:143/147 of query aligns to 8:147/149 of 2cjfA

query
sites
2cjfA
I
 
I
Y
 
M
L
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
|
N
L
|
L
N
 
N
L
|
L
L
|
L
G
 
G
Q
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
A
 
E
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
T
 
S
A
 
D
T
 
T
L
 
L
K
 
A
E
 
D
I
 
V
A
 
E
D
 
A
R
 
L
S
 
C
A
 
V
E
 
K
K
 
A
G
 
A
R
 
A
T
 
A
L
 
H
G
 
G
Y
 
G
D
 
T
I
 
V
E
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
F
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
L
Q
 
N
A
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
I
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
G
x
A
Y
 
Y
T
 
S
F
x
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
N
M
 
T
F
 
C
D
 
D
G
 
G
-
 
L
P
 
P
K
 
V
I
 
V
E
 
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
 
R
E
 
E
S
 
P
L
 
F
Y
x
R
H
 
H
K
 
H
S
 
S
L
 
Y
V
 
V
S
 
S
P
 
Q
V
 
R
V
 
A
T
 
D
G
 
G
I
 
V
I
 
V
I
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
A
 
V
A
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
E
 
E
A
 
R
M
 
I
A
 
A
R
 
A
L
 
L

2bt4A Type ii dehydroquinase inhibitor complex (see paper)
51% identity, 95% coverage: 5:143/147 of query aligns to 8:147/149 of 2bt4A

query
sites
2bt4A
I
 
I
Y
 
M
L
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
|
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
A
 
E
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
T
 
S
A
 
D
T
 
T
L
 
L
K
 
A
E
 
D
I
 
V
A
 
E
D
 
A
R
 
L
S
 
C
A
 
V
E
 
K
K
 
A
G
 
A
R
 
A
T
 
A
L
 
H
G
 
G
Y
 
G
D
 
T
I
 
V
E
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
F
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
L
Q
 
N
A
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
I
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
G
x
A
Y
 
Y
T
 
S
F
x
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
N
M
 
T
F
 
C
D
 
D
G
 
G
-
 
L
P
 
P
K
 
V
I
 
V
E
 
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
 
R
E
 
E
S
 
P
L
 
F
Y
x
R
H
 
H
K
 
H
S
 
S
L
 
Y
V
 
V
S
 
S
P
 
Q
V
 
R
V
 
A
T
 
D
G
 
G
I
 
V
I
 
V
I
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
A
 
V
A
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
E
 
E
A
 
R
M
 
I
A
 
A
R
 
A
L
 
L

1gu1A Crystal structure of type ii dehydroquinase from streptomyces coelicolor complexed with 2,3-anhydro-quinic acid (see paper)
51% identity, 95% coverage: 5:143/147 of query aligns to 8:147/149 of 1gu1A

query
sites
1gu1A
I
 
I
Y
 
M
L
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
|
L
N
 
N
L
 
L
L
|
L
G
 
G
Q
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
A
 
E
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
T
 
S
A
 
D
T
 
T
L
 
L
K
 
A
E
 
D
I
 
V
A
 
E
D
 
A
R
 
L
S
 
C
A
 
V
E
 
K
K
 
A
G
 
A
R
 
A
T
 
A
L
 
H
G
 
G
Y
 
G
D
 
T
I
 
V
E
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
F
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
L
Q
 
N
A
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
I
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
G
x
A
Y
 
Y
T
 
S
F
x
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
N
M
 
T
F
 
C
D
 
D
G
 
G
-
 
L
P
 
P
K
 
V
I
 
V
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
|
R
E
 
E
S
 
P
L
 
F
Y
x
R
H
 
H
K
 
H
S
 
S
L
 
Y
V
 
V
S
 
S
P
 
Q
V
 
R
V
 
A
T
 
D
G
 
G
I
 
V
I
 
V
I
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
A
 
V
A
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
E
 
E
A
 
R
M
 
I
A
 
A
R
 
A
L
 
L

1v1jA Crystal structure of type ii dehydroquintae dehydratase from streptomyces coelicolor in complex with 3-fluoro (see paper)
51% identity, 95% coverage: 5:143/147 of query aligns to 9:148/150 of 1v1jA

query
sites
1v1jA
I
 
I
Y
 
M
L
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
R
|
R
E
 
Q
P
 
P
A
 
E
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
T
 
S
A
 
D
T
 
T
L
 
L
K
 
A
E
 
D
I
 
V
A
 
E
D
 
A
R
 
L
S
 
C
A
 
V
E
 
K
K
 
A
G
 
A
R
 
A
T
 
A
L
 
H
G
 
G
Y
 
G
D
 
T
I
 
V
E
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
F
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
L
Q
 
N
A
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
I
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
G
x
A
Y
 
Y
T
 
S
F
x
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
N
M
 
T
F
 
C
D
 
D
G
 
G
-
 
L
P
 
P
K
 
V
I
 
V
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
|
R
E
 
E
S
 
P
L
 
F
Y
x
R
H
 
H
K
 
H
S
 
S
L
 
Y
V
 
V
S
 
S
P
 
Q
V
 
R
V
 
A
T
 
D
G
 
G
I
 
V
I
 
V
I
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
A
 
V
A
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
E
 
E
A
 
R
M
 
I
A
 
A
R
 
A
L
 
L

1gtzA Structure of streptomyces coelicolor type ii dehydroquinase r23a mutant in complex with dehydroshikimate (see paper)
51% identity, 95% coverage: 5:143/147 of query aligns to 8:147/149 of 1gtzA

query
sites
1gtzA
I
 
I
Y
 
M
L
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
R
x
A
E
 
Q
P
 
P
A
 
E
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
T
 
S
A
 
D
T
 
T
L
 
L
K
 
A
E
 
D
I
 
V
A
 
E
D
 
A
R
 
L
S
 
C
A
 
V
E
 
K
K
 
A
G
 
A
R
 
A
T
 
A
L
 
H
G
 
G
Y
 
G
D
 
T
I
 
V
E
 
D
F
 
F
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
F
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
L
Q
 
N
A
 
H
C
 
C
G
 
G
I
 
I
I
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
G
x
A
Y
 
Y
T
 
S
F
x
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
L
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
N
M
 
T
F
 
C
D
 
D
G
 
G
-
 
L
P
 
P
K
 
V
I
 
V
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
I
H
 
H
A
 
Q
R
|
R
E
 
E
S
 
P
L
 
F
Y
x
R
H
 
H
K
 
H
S
 
S
L
 
Y
V
 
V
S
 
S
P
 
Q
V
 
R
V
 
A
T
 
D
G
 
G
I
 
V
I
 
V
I
 
A
G
 
G
F
 
C
G
 
G
A
 
V
A
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
V
L
 
F
A
 
G
I
 
V
E
 
E
A
 
R
M
 
I
A
 
A
R
 
A
L
 
L

8idrC Crystal structure of apo-form of dehydroquinate dehydratase from corynebacterium glutamicum (see paper)
47% identity, 95% coverage: 4:143/147 of query aligns to 3:142/147 of 8idrC

query
sites
8idrC
R
 
K
I
 
I
Y
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
 
N
L
 
L
N
 
N
L
 
M
L
 
L
G
 
G
Q
 
K
R
 
R
E
 
E
P
 
P
A
 
D
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
T
 
H
A
 
D
T
 
T
L
 
L
K
 
E
E
 
D
I
 
V
A
 
V
D
 
A
R
 
L
S
 
A
A
 
T
E
 
A
K
 
E
G
 
A
R
 
A
T
 
K
L
 
H
G
 
G
Y
 
L
D
 
E
I
 
V
E
 
E
F
 
A
R
 
L
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
F
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
I
E
 
D
S
 
A
V
 
L
H
 
H
E
 
N
A
 
A
R
 
R
A
 
G
Q
 
T
A
 
H
C
 
I
G
 
G
I
 
C
I
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
x
G
G
 
G
Y
 
L
T
 
T
F
 
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
V
K
 
K
M
 
A
F
 
S
D
 
E
G
 
L
P
 
P
K
 
T
I
 
V
E
 
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
P
H
 
H
A
 
A
R
 
R
E
 
E
S
 
E
L
 
F
Y
 
R
H
 
H
K
 
H
S
 
S
L
 
Y
V
 
I
S
 
S
P
 
L
V
 
A
V
 
A
T
 
V
G
 
S
I
 
V
I
 
I
I
 
A
G
 
G
F
 
A
G
 
G
A
 
I
A
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
R
L
 
F
A
 
A
I
 
V
E
 
D
A
 
I
M
 
L
A
 
A
R
 
N
L
 
L

8iduA Crystal structure of substrate bound-form dehydroquinate dehydratase from corynebacterium glutamicum (see paper)
46% identity, 95% coverage: 4:143/147 of query aligns to 3:142/145 of 8iduA

query
sites
8iduA
R
 
K
I
 
I
Y
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
N
G
 
G
P
 
P
N
 
N
L
 
L
N
 
N
L
 
M
L
 
L
G
 
G
Q
 
K
R
 
A
E
 
E
P
 
P
A
 
D
I
 
I
Y
|
Y
G
 
G
T
 
H
A
 
D
T
 
T
L
 
L
K
 
E
E
 
D
I
 
V
A
 
V
D
 
A
R
 
L
S
 
A
A
 
T
E
 
A
K
 
E
G
 
A
R
 
A
T
 
K
L
 
H
G
 
G
Y
 
L
D
 
E
I
 
V
E
 
E
F
 
A
R
 
L
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
F
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
I
E
 
D
S
 
A
V
 
L
H
 
H
E
 
N
A
 
A
R
 
R
A
 
G
Q
 
T
A
 
H
C
 
I
G
 
G
I
 
C
I
 
V
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
T
 
T
F
x
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
V
K
 
K
M
 
A
F
 
S
D
 
E
G
 
L
P
 
P
K
 
T
I
 
V
E
 
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
P
H
 
H
A
 
A
R
 
R
E
 
E
S
 
E
L
 
F
Y
x
R
H
 
H
K
 
H
S
 
S
L
 
Y
V
 
I
S
 
S
P
 
L
V
 
A
V
 
A
T
 
V
G
 
S
I
 
V
I
 
I
I
 
A
G
 
G
F
 
A
G
 
G
A
 
I
A
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
R
L
 
F
A
 
A
I
 
V
E
 
D
A
 
I
M
 
L
A
 
A
R
 
N
L
 
L

2c4wA Type ii dehydroquinase from h. Pylori in complex with ah9095 (see paper)
40% identity, 96% coverage: 4:144/147 of query aligns to 11:154/168 of 2c4wA

query
sites
2c4wA
R
 
K
I
 
I
Y
 
L
L
 
V
L
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
|
L
N
 
N
L
 
M
L
|
L
G
 
G
Q
 
H
R
|
R
E
x
D
P
 
P
A
 
R
I
 
L
Y
|
Y
G
 
G
T
 
M
A
 
V
T
 
T
L
 
L
K
 
D
E
 
Q
I
 
I
A
 
H
D
 
E
-
 
I
-
 
M
R
 
Q
S
 
T
A
 
F
E
 
V
K
 
K
G
 
Q
R
 
G
T
 
N
L
 
L
G
 
D
Y
 
V
D
 
E
I
 
L
E
 
E
F
 
F
R
 
F
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
F
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
I
E
 
D
S
 
K
V
 
I
H
 
Q
E
 
E
A
 
S
-
 
V
R
 
G
A
 
S
Q
 
E
A
 
Y
C
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
x
G
G
x
A
Y
 
F
T
 
S
F
x
H
T
 
T
S
 
S
V
 
I
A
 
A
L
 
I
L
 
A
D
 
D
A
 
A
L
 
I
K
 
M
M
 
L
F
 
A
D
 
G
G
 
K
P
 
P
K
 
V
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
x
L
S
x
T
N
 
N
V
x
I
H
 
Q
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
L
 
F
Y
x
R
H
 
K
K
 
N
S
 
S
L
 
Y
V
 
T
S
 
G
P
 
A
V
 
A
V
 
C
T
 
G
G
 
G
I
 
V
I
 
I
I
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
A
 
P
A
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
N
L
 
M
A
 
A
I
 
L
E
 
M
A
 
A
M
 
M
A
 
V
R
 
N
L
 
I
V
 
L

4b6sA Structure of helicobacter pylori type ii dehydroquinase inhibited by (2s)-2-perfluorobenzyl-3-dehydroquinic acid (see paper)
40% identity, 96% coverage: 4:144/147 of query aligns to 2:145/158 of 4b6sA

query
sites
4b6sA
R
 
K
I
 
I
Y
 
L
L
 
V
L
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
 
M
L
|
L
G
 
G
Q
 
H
R
|
R
E
 
D
P
 
P
A
 
R
I
 
L
Y
|
Y
G
 
G
T
 
M
A
 
V
T
 
T
L
 
L
K
 
D
E
 
Q
I
 
I
A
 
H
D
 
E
-
 
I
-
 
M
R
 
Q
S
 
T
A
 
F
E
 
V
K
 
K
G
 
Q
R
 
G
T
 
N
L
 
L
G
 
D
Y
 
V
D
 
E
I
 
L
E
 
E
F
 
F
R
 
F
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
F
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
I
E
 
D
S
 
K
V
 
I
H
 
Q
E
 
E
A
 
S
R
 
V
A
 
G
Q
 
S
A
 
D
C
 
Y
-
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
x
G
G
x
A
Y
 
F
T
 
S
F
x
H
T
 
T
S
 
S
V
 
I
A
 
A
L
 
I
L
 
A
D
 
D
A
 
A
L
 
I
K
 
M
M
 
L
F
 
A
D
 
G
G
 
K
P
 
P
K
 
V
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
x
L
S
x
T
N
 
N
V
 
I
H
 
Q
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
L
 
F
Y
x
R
H
 
K
K
 
N
S
 
S
L
 
Y
V
 
T
S
 
G
P
 
A
V
 
A
V
 
C
T
 
G
G
 
G
I
 
V
I
 
I
I
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
A
 
P
A
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
N
L
 
M
A
 
A
I
 
L
E
 
M
A
 
A
M
 
M
A
 
V
R
 
N
L
 
I
V
 
L

2xb9A Structure of helicobacter pylori type ii dehydroquinase in complex with inhibitor compound (2r)-2-(4-methoxybenzyl)-3-dehydroquinic acid (see paper)
40% identity, 96% coverage: 4:144/147 of query aligns to 2:145/158 of 2xb9A

query
sites
2xb9A
R
 
K
I
 
I
Y
 
L
L
 
V
L
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
 
M
L
 
L
G
 
G
Q
 
H
R
|
R
E
 
D
P
 
P
A
 
R
I
 
L
Y
|
Y
G
 
G
T
 
M
A
 
V
T
 
T
L
 
L
K
 
D
E
 
Q
I
 
I
A
 
H
D
 
E
-
 
I
-
 
M
R
 
Q
S
 
T
A
 
F
E
 
V
K
 
K
G
 
Q
R
 
G
T
 
N
L
 
L
G
 
D
Y
 
V
D
 
E
I
 
L
E
 
E
F
 
F
R
 
F
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
F
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
I
E
 
D
S
 
K
V
 
I
H
 
Q
E
 
E
A
 
S
R
 
V
A
 
G
Q
 
S
A
 
D
C
 
Y
-
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
 
G
G
x
A
Y
 
F
T
 
S
F
x
H
T
 
T
S
 
S
V
 
I
A
 
A
L
 
I
L
 
A
D
 
D
A
 
A
L
 
I
K
 
M
M
 
L
F
 
A
D
 
G
G
 
K
P
 
P
K
 
V
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
x
L
S
x
T
N
 
N
V
 
I
H
 
Q
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
L
 
F
Y
x
R
H
 
K
K
 
N
S
 
S
L
 
Y
V
 
T
S
 
G
P
 
A
V
 
A
V
 
C
T
 
G
G
 
G
I
 
V
I
 
I
I
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
A
 
P
A
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
N
L
 
M
A
 
A
I
 
L
E
 
M
A
 
A
M
 
M
A
 
V
R
 
N
L
 
I
V
 
L

1j2yA Crystal structure of the type ii 3-dehydroquinase (see paper)
40% identity, 96% coverage: 4:144/147 of query aligns to 2:145/158 of 1j2yA

query
sites
1j2yA
R
 
K
I
 
I
Y
 
L
L
 
V
L
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
 
M
L
 
L
G
 
G
Q
 
H
R
|
R
E
 
D
P
 
P
A
 
R
I
 
L
Y
|
Y
G
 
G
T
 
M
A
 
V
T
 
T
L
 
L
K
 
D
E
 
Q
I
 
I
A
 
H
D
 
E
-
 
I
-
 
M
R
 
Q
S
 
T
A
 
F
E
 
V
K
 
K
G
 
Q
R
 
G
T
 
N
L
 
L
G
 
D
Y
 
V
D
 
E
I
 
L
E
 
E
F
 
F
R
 
F
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
F
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
I
E
 
D
S
 
K
V
 
I
H
 
Q
E
 
E
A
 
S
R
 
V
A
 
G
Q
 
S
A
 
D
C
 
Y
-
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
x
G
G
x
A
Y
 
F
T
 
S
F
x
H
T
 
T
S
 
S
V
 
I
A
 
A
L
 
I
L
 
A
D
 
D
A
 
A
L
 
I
K
 
M
M
 
L
F
 
A
D
 
G
G
 
K
P
 
P
K
 
V
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
x
L
S
x
T
N
 
N
V
 
I
H
 
Q
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
L
 
F
Y
x
R
H
 
K
K
 
N
S
 
S
L
 
Y
V
 
T
S
 
G
P
 
A
V
 
A
V
 
C
T
 
G
G
 
G
I
 
V
I
 
I
I
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
A
 
P
A
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
N
L
 
M
A
 
A
I
 
L
E
 
M
A
 
A
M
 
M
A
 
V
R
 
N
L
 
I
V
 
L

Q48255 3-dehydroquinate dehydratase; 3-dehydroquinase; Type II DHQase; EC 4.2.1.10 from Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (Campylobacter pylori) (see paper)
40% identity, 96% coverage: 4:144/147 of query aligns to 2:145/167 of Q48255

query
sites
Q48255
R
 
K
I
 
I
Y
 
L
L
 
V
L
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
 
P
N
 
N
L
 
L
N
 
N
L
 
M
L
 
L
G
 
G
Q
 
H
R
 
R
E
 
D
P
 
P
A
 
R
I
 
L
Y
 
Y
G
 
G
T
 
M
A
 
V
T
 
T
L
 
L
K
 
D
E
 
Q
I
 
I
A
 
H
D
 
E
-
 
I
-
 
M
R
 
Q
S
 
T
A
 
F
E
 
V
K
 
K
G
 
Q
R
 
G
T
 
N
L
 
L
G
 
D
Y
 
V
D
 
E
I
 
L
E
 
E
F
 
F
R
 
F
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
F
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
I
E
 
D
S
 
K
V
 
I
H
 
Q
E
 
E
A
 
S
R
 
V
A
 
G
Q
 
S
A
 
D
C
 
Y
-
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
 
G
G
 
A
Y
 
F
T
 
S
F
x
H
T
 
T
S
 
S
V
 
I
A
 
A
L
 
I
L
 
A
D
|
D
A
 
A
L
 
I
K
 
M
M
 
L
F
 
A
D
 
G
G
 
K
P
 
P
K
 
V
I
 
I
E
 
E
L
 
V
H
 
H
I
 
L
S
 
T
N
 
N
V
 
I
H
 
Q
A
 
A
R
 
R
E
 
E
S
 
E
L
 
F
Y
x
R
H
 
K
K
 
N
S
 
S
L
 
Y
V
 
T
S
 
G
P
 
A
V
 
A
V
 
C
T
 
G
G
 
G
I
 
V
I
 
I
I
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
A
 
P
A
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
N
L
 
M
A
 
A
I
 
L
E
 
M
A
 
A
M
 
M
A
 
V
R
 
N
L
 
I
V
 
L

5ydbA Crystal structure of the complex of type ii dehydroquinate dehydratase from acinetobacter baumannii with dehydroquinic acid at 1.76 angstrom resolution
44% identity, 96% coverage: 5:145/147 of query aligns to 3:145/145 of 5ydbA

query
sites
5ydbA
I
 
I
Y
 
L
L
 
V
L
 
I
N
 
H
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
K
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
E
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
H
A
 
L
T
 
T
L
 
L
K
 
D
E
 
N
I
 
I
A
 
N
D
 
R
R
 
Q
S
 
L
A
 
I
E
 
A
K
 
Q
G
 
A
R
 
E
T
 
Q
L
 
A
G
 
S
Y
 
I
D
 
T
I
 
L
E
 
D
F
 
T
R
 
F
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
F
 
W
E
 
E
G
 
G
E
 
A
L
 
I
V
 
V
E
 
D
S
 
R
V
 
I
H
 
H
E
 
Q
A
 
A
R
 
Q
A
 
T
Q
 
E
A
 
G
C
 
V
G
 
K
-
 
L
I
 
I
I
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
|
A
G
x
A
Y
 
L
T
 
T
F
x
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
L
M
 
G
F
 
V
D
 
A
G
 
I
P
 
P
K
 
F
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
x
L
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
A
L
 
F
Y
x
R
H
 
H
K
 
H
S
 
S
L
 
Y
V
 
L
S
 
S
P
 
D
V
 
K
V
 
A
T
 
I
G
 
G
I
 
V
I
 
I
I
 
C
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
K
G
 
G
Y
 
Y
E
 
S
L
 
F
A
 
A
I
 
L
E
 
D
-
 
Y
A
 
A
M
 
I
A
 
E
R
 
K
L
 
I
V
 
Q
P
 
P

5b6pB Structure of the dodecameric type-ii dehydrogenate dehydratase from acinetobacter baumannii at 2.00 a resolution (see paper)
44% identity, 96% coverage: 5:145/147 of query aligns to 3:145/145 of 5b6pB

query
sites
5b6pB
I
 
I
Y
 
L
L
 
V
L
 
I
N
 
H
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
K
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
E
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
H
A
 
L
T
 
T
L
 
L
K
 
D
E
 
N
I
 
I
A
 
N
D
 
R
R
 
Q
S
 
L
A
 
I
E
 
A
K
 
Q
G
 
A
R
 
E
T
 
Q
L
 
A
G
 
S
Y
 
I
D
 
T
I
 
L
E
 
D
F
 
T
R
 
F
Q
 
Q
T
 
S
N
 
N
F
 
W
E
 
E
G
 
G
E
 
A
L
 
I
V
 
V
E
 
D
S
 
R
V
 
I
H
 
H
E
 
Q
A
 
A
R
 
Q
A
 
T
Q
 
E
A
 
G
C
 
V
G
 
K
-
 
L
I
 
I
I
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
 
A
G
x
A
Y
 
L
T
 
T
F
 
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
L
M
 
G
F
 
V
D
 
A
G
 
I
P
 
P
K
 
F
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
x
L
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
A
L
 
F
Y
 
R
H
 
H
K
 
H
S
 
S
L
 
Y
V
 
L
S
 
S
P
 
D
V
 
K
V
 
A
T
 
I
G
 
G
I
 
V
I
 
I
I
 
C
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
K
G
 
G
Y
 
Y
E
 
S
L
 
F
A
 
A
I
 
L
E
 
D
-
 
Y
A
 
A
M
 
I
A
 
E
R
 
K
L
 
I
V
 
Q
P
 
P

4b6rA Structure of helicobacter pylori type ii dehydroquinase inhibited by (2s)-2-(4-methoxy)benzyl-3-dehydroquinic acid (see paper)
40% identity, 96% coverage: 4:144/147 of query aligns to 2:145/157 of 4b6rA

query
sites
4b6rA
R
 
K
I
 
I
Y
 
L
L
 
V
L
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
 
M
L
 
L
G
 
G
Q
 
H
R
|
R
E
 
D
P
 
P
A
 
R
I
 
L
Y
|
Y
G
 
G
T
 
M
A
 
V
T
 
T
L
 
L
K
 
D
E
 
Q
I
 
I
A
 
H
D
 
E
-
 
I
-
 
M
R
 
Q
S
 
T
A
 
F
E
 
V
K
 
K
G
 
Q
R
 
G
T
 
N
L
 
L
G
 
D
Y
 
V
D
 
E
I
 
L
E
 
E
F
 
F
R
 
F
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
F
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
I
E
 
D
S
 
K
V
 
I
H
 
Q
E
 
E
A
 
S
R
 
V
A
 
G
Q
 
S
A
 
D
C
 
Y
-
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
x
G
G
x
A
Y
 
F
T
 
S
F
x
H
T
 
T
S
 
S
V
 
I
A
 
A
L
 
I
L
 
A
D
|
D
A
 
A
L
 
I
K
 
M
M
x
L
F
 
A
D
 
G
G
 
K
P
 
P
K
 
V
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
x
L
S
x
T
N
 
N
V
 
I
H
 
Q
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
L
 
F
Y
x
R
H
 
K
K
 
N
S
 
S
L
 
Y
V
 
T
S
 
G
P
 
A
V
 
A
V
 
C
T
 
G
G
 
G
I
 
V
I
 
I
I
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
A
 
P
A
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
N
L
 
M
A
 
A
I
 
L
E
 
M
A
 
A
M
 
M
A
 
V
R
 
N
L
 
I
V
 
L

2xdaA Structure of helicobacter pylori type ii dehydroquinase in complex with inhibitor compound (4r,6r,7s)-2-(2-cyclopropyl)ethyl-4,6,7- trihydroxy-4,5,6,7-tetrahydrobenzo(b)thiophene-4-carboxylic acid (see paper)
40% identity, 96% coverage: 4:144/147 of query aligns to 2:145/150 of 2xdaA

query
sites
2xdaA
R
 
K
I
 
I
Y
 
L
L
 
V
L
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
|
L
N
 
N
L
x
M
L
 
L
G
 
G
Q
 
H
R
|
R
E
 
D
P
 
P
A
 
R
I
 
L
Y
|
Y
G
 
G
T
 
M
A
 
V
T
 
T
L
 
L
K
 
D
E
 
Q
I
 
I
A
 
H
D
 
E
-
 
I
-
 
M
R
 
Q
S
 
T
A
 
F
E
 
V
K
 
K
G
 
Q
R
 
G
T
 
N
L
 
L
G
 
D
Y
 
V
D
 
E
I
 
L
E
 
E
F
 
F
R
 
F
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
F
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
I
E
 
D
S
 
K
V
 
I
H
 
Q
E
 
E
A
 
S
R
 
V
A
 
G
Q
 
S
A
 
D
C
 
Y
-
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
 
G
G
x
A
Y
 
F
T
 
S
F
x
H
T
 
T
S
 
S
V
 
I
A
 
A
L
 
I
L
 
A
D
 
D
A
 
A
L
 
I
K
 
M
M
 
L
F
 
A
D
 
G
G
 
K
P
 
P
K
 
V
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
x
L
S
x
T
N
 
N
V
 
I
H
 
Q
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
L
 
F
Y
x
R
H
 
K
K
 
N
S
 
S
L
 
Y
V
 
T
S
 
G
P
 
A
V
 
A
V
 
C
T
 
G
G
 
G
I
 
V
I
 
I
I
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
A
 
P
A
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
N
L
 
M
A
 
A
I
 
L
E
 
M
A
 
A
M
 
M
A
 
V
R
 
N
L
 
I
V
 
L

2xd9A Structure of helicobacter pylori type ii dehydroquinase in complex with inhibitor compound (4r,6r,7s)-4,6,7-trihydroxy-2-((e)-prop-1- enyl)-4,5,6,7-tetrahydrobenzo(b)thiophene-4-carboxylic acid (see paper)
40% identity, 96% coverage: 4:144/147 of query aligns to 2:145/153 of 2xd9A

query
sites
2xd9A
R
 
K
I
 
I
Y
 
L
L
 
V
L
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
N
L
 
M
L
|
L
G
 
G
Q
 
H
R
|
R
E
 
D
P
 
P
A
 
R
I
 
L
Y
|
Y
G
 
G
T
 
M
A
 
V
T
 
T
L
 
L
K
 
D
E
 
Q
I
 
I
A
 
H
D
 
E
-
 
I
-
 
M
R
 
Q
S
 
T
A
 
F
E
 
V
K
 
K
G
 
Q
R
 
G
T
 
N
L
 
L
G
 
D
Y
 
V
D
 
E
I
 
L
E
 
E
F
 
F
R
 
F
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
F
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
I
E
 
D
S
 
K
V
 
I
H
 
Q
E
 
E
A
 
S
R
 
V
A
 
G
Q
 
S
A
 
D
C
 
Y
-
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
x
G
G
x
A
Y
 
F
T
 
S
F
x
H
T
 
T
S
 
S
V
 
I
A
 
A
L
 
I
L
 
A
D
 
D
A
 
A
L
 
I
K
 
M
M
 
L
F
 
A
D
 
G
G
 
K
P
 
P
K
 
V
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
x
L
S
x
T
N
 
N
V
 
I
H
 
Q
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
L
 
F
Y
x
R
H
 
K
K
 
N
S
 
S
L
 
Y
V
 
T
S
 
G
P
 
A
V
 
A
V
 
C
T
 
G
G
 
G
I
 
V
I
 
I
I
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
A
 
P
A
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
N
L
 
M
A
 
A
I
 
L
E
 
M
A
 
A
M
 
M
A
 
V
R
 
N
L
 
I
V
 
L

2wksA Structure of helicobacter pylori type ii dehydroquinase with a new carbasugar-thiophene inhibitor. (see paper)
40% identity, 96% coverage: 4:144/147 of query aligns to 2:145/153 of 2wksA

query
sites
2wksA
R
 
K
I
 
I
Y
 
L
L
 
V
L
 
I
N
 
Q
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
|
L
N
 
N
L
 
M
L
 
L
G
 
G
Q
 
H
R
|
R
E
 
D
P
 
P
A
 
R
I
 
L
Y
|
Y
G
 
G
T
 
M
A
 
V
T
 
T
L
 
L
K
 
D
E
 
Q
I
 
I
A
 
H
D
 
E
-
 
I
-
 
M
R
 
Q
S
 
T
A
 
F
E
 
V
K
 
K
G
 
Q
R
 
G
T
 
N
L
 
L
G
 
D
Y
 
V
D
 
E
I
 
L
E
 
E
F
 
F
R
 
F
Q
 
Q
T
 
T
N
 
N
F
 
F
E
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
I
E
 
D
S
 
K
V
 
I
H
 
Q
E
 
E
A
 
S
R
 
V
A
 
G
Q
 
S
A
 
D
C
 
Y
-
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
I
 
I
N
|
N
P
 
P
A
x
G
G
x
A
Y
 
F
T
 
S
F
x
H
T
 
T
S
 
S
V
 
I
A
 
A
L
 
I
L
 
A
D
 
D
A
 
A
L
 
I
K
 
M
M
 
L
F
 
A
D
 
G
G
 
K
P
 
P
K
 
V
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
x
L
S
x
T
N
 
N
V
 
I
H
 
Q
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
L
 
F
Y
x
R
H
 
K
K
 
N
S
 
S
L
 
Y
V
 
T
S
 
G
P
 
A
V
 
A
V
 
C
T
 
G
G
 
G
I
 
V
I
 
I
I
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
G
A
 
P
A
 
L
G
 
G
Y
 
Y
E
 
N
L
 
M
A
 
A
I
 
L
E
 
M
A
 
A
M
 
M
A
 
V
R
 
N
L
 
I
V
 
L

4b6pA Structure of mycobacterium tuberculosis type ii dehydroquinase inhibited by (2s)-2-perfluorobenzyl-3-dehydroquinic acid (see paper)
44% identity, 95% coverage: 5:144/147 of query aligns to 3:142/142 of 4b6pA

query
sites
4b6pA
I
 
V
Y
 
N
L
 
V
L
 
I
N
 
N
G
 
G
P
|
P
N
|
N
L
 
L
N
 
G
L
 
R
L
|
L
G
 
G
Q
 
R
R
|
R
E
 
E
P
 
P
A
 
A
I
 
V
Y
|
Y
G
 
G
T
 
G
A
 
T
T
 
T
L
 
H
K
 
D
E
 
E
I
 
L
A
 
V
D
 
A
R
 
L
S
 
I
A
 
E
E
 
R
K
 
E
G
 
A
R
 
A
T
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
L
D
 
K
I
 
A
E
 
V
F
 
V
R
 
R
Q
 
Q
T
 
S
N
 
D
F
 
S
E
 
E
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
V
 
L
E
 
D
S
 
W
V
 
I
H
 
H
E
 
Q
A
 
A
R
 
A
A
 
D
Q
 
A
A
 
A
C
 
E
G
 
P
I
 
V
I
 
I
I
 
L
N
|
N
P
 
A
A
x
G
G
|
G
Y
 
L
T
 
T
F
x
H
T
 
T
S
 
S
V
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
C
K
 
A
M
 
E
F
 
L
D
 
S
G
 
A
P
 
P
K
 
L
I
 
I
E
|
E
L
 
V
H
|
H
I
|
I
S
|
S
N
 
N
V
 
V
H
 
H
A
 
A
R
|
R
E
 
E
S
 
E
L
 
F
Y
x
R
H
 
R
K
 
H
S
 
S
L
 
Y
V
 
L
S
 
S
P
 
P
V
 
I
V
 
A
T
 
T
G
 
G
I
 
V
I
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
A
 
I
A
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
E
 
L
L
 
L
A
 
A
I
 
L
E
 
R
A
 
Y
M
 
L
A
 
A
R
 
E
L
 
H
V
 
V

Query Sequence

>WP_012169975.1 NCBI__GCF_000010525.1:WP_012169975.1
MDRRIYLLNGPNLNLLGQREPAIYGTATLKEIADRSAEKGRTLGYDIEFRQTNFEGELVE
SVHEARAQACGIIINPAGYTFTSVALLDALKMFDGPKIELHISNVHARESLYHKSLVSPV
VTGIIIGFGAAGYELAIEAMARLVPAA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory